ANALYSIS/AliAnalysisAlien.h

   1 #ifndef ALIANALYSISALIEN_H
   2 #define ALIANALYSISALIEN_H
   3 /* Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
   4  * See cxx source for full Copyright notice                               */
   5
   6 // Author: Mihaela Gheata, 01/09/2008
   7
   8 //==============================================================================
   9 //   AliAnalysisAlien - AliEn utility class. Provides interface for creating
  10 // a personalized JDL, finding and creating a dataset.
  11 //==============================================================================
  12
  13 #ifndef ALIANALYSISGRID_H
  14 #include "AliAnalysisGrid.h"
  15 #endif
  16
  17 #ifndef ROOT_TString
  18 #include <TString.h>
  19 #endif
  20
  21 #ifndef ROOT_TMath
  22 #include <TMath.h>
  23 #endif
  24
  25 #ifndef ROOT_TMap
  26 #include <TMap.h>
  27 #endif
  28
  29 class AliAnalysisManager;
  30 class AliAnalysisTaskCfg;
  31 class TGridJDL;
  32
  33 class AliAnalysisAlien : public AliAnalysisGrid {
  34
  35 public:
  36
  37    AliAnalysisAlien();
  38    AliAnalysisAlien(const char *name);
  39    virtual ~AliAnalysisAlien();
  40    AliAnalysisAlien(const AliAnalysisAlien& other);
  41    AliAnalysisAlien& operator=(const AliAnalysisAlien& other);
  42 // Setters
  43    virtual void        AddAdditionalLibrary(const char *name);
  44    virtual void        AddIncludePath(const char *path);
  45    virtual void        AddRunNumber(Int_t run);
  46    virtual void        AddRunNumber(const char *run);
  47    virtual void        AddRunList(const char *runList);
  48    virtual void        AddDataFile(const char *lfn);
  49    virtual void        AddExternalPackage(const char *name);
  50    virtual void        SetExecutable(const char *name="analysis.sh")     {fExecutable = name;}
  51    virtual void        SetExecutableCommand(const char *command="root -b -q") {fExecutableCommand = command;}
  52    virtual void        SetArguments(const char *name="")                 {fArguments = name;}
  53    virtual void        SetExecutableArgs(const char *name="")            {fExecutableArgs = name;}
  54    virtual void        SetAnalysisMacro(const char *name="myAnalysis.C") {fAnalysisMacro = name;}
  55    virtual void        SetAnalysisSource(const char *name="myAnalysisClass.cxx") {fAnalysisSource = name;}
  56    virtual void        SetValidationScript(const char *name="validation.sh") {fValidationScript = name;}
  57    virtual void        SetAdditionalLibs(const char *list)               {fAdditionalLibs = list;}
  58    virtual void        SetAdditionalRootLibs(const char *list)           {fAdditionalRootLibs = list;}
  59    virtual void        SetPrice(Int_t price=1)                           {fPrice = price;}
  60    virtual void        SetRunRange(Int_t min, Int_t max)                 {fRunRange[0] = min; fRunRange[1] = max;}
  61    virtual void        SetJobTag(const char *tag="")                     {fJobTag = tag;}
  62    virtual void        SetNrunsPerMaster(Int_t nruns=1)                  {fNrunsPerMaster = nruns;}
  63    virtual void        SetMaxMergeFiles(Int_t nfiles)                    {fMaxMergeFiles = nfiles;}
  64    virtual void        SetMaxMergeStages(Int_t nstages)                  {fMaxMergeStages = nstages;}
  65    virtual void        SetSplitMode(const char *type="se")               {fSplitMode = type;}
  66    virtual void        SetSplitMaxInputFileNumber(Int_t nfiles=100)      {fSplitMaxInputFileNumber = nfiles;}
  67    virtual void        SetAPIVersion(const char *version)                {fAPIVersion = version;}
  68    virtual void        SetROOTVersion(const char *version)               {fROOTVersion = version;}
  69    virtual void        SetAliROOTVersion(const char *version)            {fAliROOTVersion=version;}
  70    virtual void        SetUser(const char *user)                         {fUser = user;}
  71    virtual void        SetTTL(Int_t ttl=30000)                           {fTTL = ttl;}
  72    virtual void        SetGridWorkingDir(const char *name="workdir")     {fGridWorkingDir = name;}
  73    virtual void        SetGridDataDir(const char *name)                  {fGridDataDir = name;}
  74    virtual void        SetDataPattern(const char *pattern="*AliESDs.root") {fDataPattern = pattern;}
  75    virtual void        SetFriendChainName(const char *name="")           {fFriendChainName = name;}
  76    virtual void        SetDefaultOutputs(Bool_t flag);
  77    virtual void        SetGridOutputDir(const char *name="output")       {fGridOutputDir = name;}
  78    virtual void        SetOutputArchive(const char *list="log_archive.zip:std*@disk=1 root_archive.zip:*.root@disk=2");
  79    virtual void        SetOutputFiles(const char *list);
  80    virtual void        SetOutputToRunNo(Int_t mode=1)                    {fOutputToRunNo = mode;}
  81    virtual void        SetInputFormat(const char *format="xml-single")   {fInputFormat = format;}
  82    virtual void        SetMaxInitFailed(Int_t nfail=5)                   {fMaxInitFailed = nfail;}
  83    virtual void        SetTerminateFiles(const char *list)               {fTerminateFiles = list;}
  84    virtual void        SetMergeExcludes(const char *list)                {fMergeExcludes = list;};
  85    virtual void        SetMergeViaJDL(Bool_t on=kTRUE)                   {fMergeViaJDL = on ? 1 : 0;}
  86    virtual void        SetMergeDirName(const char *name)                 {fMergeDirName = name;}
  87    virtual void        SetMasterResubmitThreshold(Int_t percentage)      {fMasterResubmitThreshold = percentage;}
  88    virtual void        SetNtestFiles(Int_t nfiles)                       {fNtestFiles = nfiles;}
  89    virtual void        SetNumberOfReplicas(Int_t ncopies)                {fNreplicas = TMath::Min(ncopies,4);}
  90    virtual void        SetJDLName(const char *name="analysis.jdl")       {fJDLName = name;}
  91    virtual void        SetPreferedSE(const char *se);
  92    virtual void        SetProductionMode(Int_t mode=1)                   {fProductionMode = mode;}
  93    virtual void        SetRegisterExcludes(const char *list)             {fRegisterExcludes = list;}
  94    virtual void        SetRunPrefix(const char *prefix);
  95    virtual void        SetOutputSingleFolder(const char *folder)         {fOutputSingle = folder; fSplitMode="file"; fSplitMaxInputFileNumber=1;}
  96    virtual void        SetFastReadOption(Bool_t on=kTRUE)                {fFastReadOption = on ? 1 : 0;}
  97    virtual void        SetOverwriteMode(Bool_t on=kTRUE)                 {fOverwriteMode = on ? 1 : 0;}
  98
  99    TGridJDL           *GetGridJDL() const {return fGridJDL;}
 100    TGridJDL           *GetMergingJDL() const {return fMergingJDL;}
 101    const char         *GetGridOutputDir() const                          {return fGridOutputDir;}
 102 //Utilities
 103    void                AddModule(AliAnalysisTaskCfg *module);
 104    void                AddModules(TObjArray *list);
 105    AliAnalysisManager *CreateAnalysisManager(const char *name, const char *filename="");
 106    Int_t               GetNmodules() const;
 107    AliAnalysisTaskCfg *GetModule(const char *name);
 108    Bool_t              LoadModules();
 109    Bool_t              GenerateTest(const char *name, const char *modname="");
 110    Bool_t              GenerateTrain(const char *name);
 111    virtual Bool_t      CreateDataset(const char *pattern);
 112    Bool_t              CopyLocalDataset(const char *griddir, const char *pattern, Int_t nfiles, const char *output="data.txt", const char *archivefile="", const char *outputdir="data");
 113    virtual Bool_t      CreateJDL();
 114    virtual void        EnablePackage(const char *package);
 115    static Bool_t       DirectoryExists(const char *lfn);
 116    static Bool_t       FileExists(const char *lfn);
 117    static const char  *GetJobStatus(Int_t jobidstart, Int_t lastid, Int_t &nrunning, Int_t &nwaiting, Int_t &nerror, Int_t &ndone);
 118    const char         *GetListOfFiles(const char *type);
 119    Bool_t              CheckMergedFiles(const char *filename, const char *aliendir, Int_t nperchunk, const char *jdl="");
 120    static AliAnalysisManager *LoadAnalysisManager(const char *fname);
 121    static Bool_t       MergeOutput(const char *output, const char *basedir, Int_t nmaxmerge, Int_t stage=0);
 122    virtual Bool_t      MergeOutputs();
 123    virtual void        Print(Option_t *option="") const;
 124    virtual Bool_t      StartAnalysis(Long64_t nentries=123456789, Long64_t firstentry=0);
 125    static Bool_t       SetupPar(const char *package);
 126    virtual Bool_t      Submit();
 127    virtual Bool_t      SubmitMerging();
 128    static Int_t        SubmitSingleJob(const char *query);
 129    virtual void        WriteAnalysisFile();
 130    virtual void        WriteAnalysisMacro();
 131    virtual void        WriteMergingMacro();
 132    virtual void        WriteMergeExecutable();
 133    virtual void        WriteExecutable();
 134    virtual Bool_t      WriteJDL(Bool_t copy);
 135    virtual void        WriteProductionFile(const char *filename) const;
 136    virtual void        WriteValidationScript(Bool_t merge=kFALSE);
 137
 138 // PROOF mode
 139    virtual void        SetProofCluster(const char *cluster)              {fProofCluster = cluster;}
 140    virtual void        SetProofDataSet(const char *dataset)              {fProofDataSet = dataset;}
 141    virtual const char *GetProofDataSet() const                           {return fProofDataSet.Data();}
 142    virtual void        SetProofParameter(const char *pname, const char *value);
 143    const char         *GetProofParameter(const char *pname) const;
 144    virtual void        SetProofReset(Int_t mode)                         {fProofReset = mode;}
 145    virtual void        SetNproofWorkers(Int_t nworkers)                  {fNproofWorkers = nworkers;}
 146    virtual void        SetNproofWorkersPerSlave(Int_t nworkers)          {fNproofWorkersPerSlave = nworkers;}
 147    virtual void        SetRootVersionForProof(const char *version)       {fRootVersionForProof = version;}
 148    virtual void        SetAliRootMode(const char *mode)                  {fAliRootMode = mode;}
 149    // .txt file containing the list of files to be chained in test mode
 150    virtual void        SetFileForTestMode(const char *filename)          {fFileForTestMode = filename;}
 151    virtual TChain     *GetChainForTestMode(const char *treeName) const;
 152
 153 protected:
 154    void                CdWork();
 155    Bool_t              CheckInputData();
 156    void                CheckDataType(const char *lfn, Bool_t &is_collection, Bool_t &is_xml, Bool_t &use_tags);
 157    virtual Bool_t      Connect();
 158    virtual void        SetDefaults();
 159    Bool_t              SubmitNext();
 160
 161    Bool_t              IsCollection(const char *lfn) const;
 162    virtual Bool_t      IsSingleOutput() const;
 163    Bool_t              IsUsingTags() const {return TObject::TestBit(AliAnalysisGrid::kUseTags);}
 164    Bool_t              LoadModule(AliAnalysisTaskCfg *mod);
 165    Bool_t              CheckDependencies();
 166    Bool_t              CheckFileCopy(const char *alienpath);
 167
 168 private:
 169    TGridJDL        *fGridJDL;         //! JDL maker
 170    TGridJDL        *fMergingJDL;      //! JDL maker
 171    Int_t            fPrice;           // Grid price for the job;
 172    Int_t            fTTL;             // Time to live.
 173    Int_t            fSplitMaxInputFileNumber; // Maximum number of files to be processed per subjob
 174    Int_t            fMaxInitFailed;   // Maximum initial consecutive subjobs accepted to fail
 175    Int_t            fMasterResubmitThreshold; // Failed jobs will be resubmitted until this DONE ratio
 176    Int_t            fNtestFiles;      // Number of files used in the testing case
 177    Int_t            fRunRange[2];     // Run range
 178    Int_t            fNrunsPerMaster;  // Number of runs per masterjob
 179    Int_t            fMaxMergeFiles;   // Maximum number of files to be merged in one chunk
 180    Int_t            fMaxMergeStages;  // Maximum number of merging stages
 181    Int_t            fNsubmitted;      // Number of jobs submitted
 182    Int_t            fProductionMode;  // Production mode (0-off, 1-on)
 183    Int_t            fOutputToRunNo;   // Use run number as output directory
 184    Int_t            fMergeViaJDL;     // Enable merging via automatic JDL
 185    Int_t            fFastReadOption;  // Use xrootd tweaks to reduce timeouts in file access
 186    Int_t            fOverwriteMode;   // Overwrite existing files if any
 187    Int_t            fNreplicas;       // Number of replicas for the output files
 188    Int_t            fNproofWorkers;   // Number of workers in proof mode
 189    Int_t            fNproofWorkersPerSlave; // Max number of workers per slave in proof mode
 190    Int_t            fProofReset;      // Proof reset mode: 0=no reset, 1=soft, 2=hard
 191    TString          fRunNumbers;      // List of runs to be processed
 192    TString          fExecutable;      // Executable script for AliEn job
 193    TString          fExecutableCommand;  // Command(s) to be executed in the executable script
 194    TString          fArguments;       // Arguments for the executable script
 195    TString          fExecutableArgs;  // arguments added to the executable script after the analysis macro
 196    TString          fAnalysisMacro;   // Root macro steering the analysis
 197    TString          fAnalysisSource;  // User analysis implementation (.cxx) file(s)
 198    TString          fValidationScript; // Name of the validation script
 199    TString          fAdditionalRootLibs;  // List (separated by blacs) of additional libraries needed for/before analysis libs/par file compilation
 200    TString          fAdditionalLibs;  // List (separated by blacs) of additional libraries needed for the analysis loaded AFTER all par files
 201    TString          fSplitMode;       // Job split mode
 202    TString          fAPIVersion;      // API version
 203    TString          fROOTVersion;     // ROOT version
 204    TString          fAliROOTVersion;  // AliROOT version
 205    TString          fExternalPackages; // External packages
 206    TString          fUser;            // AliEn user name
 207    TString          fGridWorkingDir;  // AliEn directory containing the input packages
 208    TString          fGridDataDir;     // AliEn data production directory
 209    TString          fDataPattern;     // Data pattern for 'find' command
 210    TString          fGridOutputDir;   // AliEn directory (wrt work dir) where the output should be written
 211    TString          fOutputArchive;   // List of output archives separated by blancs
 212    TString          fOutputFiles;     // List of output files separated by blancs
 213    TString          fInputFormat;     // Input format (xml-single)
 214    TString          fDatasetName;     // Dataset xml file to be created
 215    TString          fJDLName;         // JDL file to be generated
 216    TString          fTerminateFiles;  // List of output files produced during Terminate
 217    TString          fMergeExcludes;   // List of output files excluded from merging
 218    TString          fRegisterExcludes; // List of liles not to be registered/merged
 219    TString          fIncludePath;     // Include path
 220    TString          fCloseSE;         // Preffered storage element. Taken from alien_CLOSE_SE environment.
 221    TString          fFriendChainName; // File name to construct friend chain (for AOD)
 222    TString          fJobTag;          // Job tag
 223    TString          fOutputSingle;    // Directory name for the output when split is per file
 224    TString          fRunPrefix;       // Run prefix to be applied to run numbers
 225    TString          fProofCluster;    // Proof cluster name
 226    TString          fProofDataSet;    // Proof dataset to be used
 227    TString          fFileForTestMode; // .txt file for the chain to be used in PROOF test mode
 228    TString          fRootVersionForProof; // ROOT version to be used in PROOF mode. The default one taken if empty.
 229    TString          fAliRootMode;     // AliRoot mode among the list supported by the proof cluster
 230    TString          fMergeDirName;    // Name of the directory that should be added to the output directory
 231    TObjArray       *fInputFiles;      // List of input files to be processed by the job
 232    TObjArray       *fPackages;        // List of packages to be used
 233    TObjArray       *fModules;         // List of AliAnalysisTaskCfg modules
 234    TMap             fProofParam;      // Key-value pairs for proof mode
 235
 236    ClassDef(AliAnalysisAlien, 20)   // Class providing some AliEn utilities
 237 };
 238 #endif