get rid of compilation warning
[u/mrichter/AliRoot.git] / ANALYSIS / AliAnalysisManager.cxx
1 /**************************************************************************
2  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
3  *                                                                        *
4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
6  *                                                                        *
7  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
9  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
10  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
11  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
12  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
14  **************************************************************************/
15
16 /* $Id$ */
17 // Author: Andrei Gheata, 31/05/2006
18
19 //==============================================================================
20 //   AliAnalysysManager - Manager analysis class. Allows creation of several
21 // analysis tasks and data containers storing their input/output. Allows
22 // connecting/chaining tasks via shared data containers. Serializes the current
23 // event for all tasks depending only on initial input data.
24 //==============================================================================
25 //
26 //==============================================================================
27
28 #include <Riostream.h>
29
30 #include <TClass.h>
31 #include <TFile.h>
32 #include <TMethodCall.h>
33 #include <TChain.h>
34 #include <TSystem.h>
35 #include <TROOT.h>
36 #include <TCanvas.h>
37
38 #include "AliAnalysisSelector.h"
39 #include "AliAnalysisTask.h"
40 #include "AliAnalysisDataContainer.h"
41 #include "AliAnalysisDataSlot.h"
42 #include "AliVEventHandler.h"
43 #include "AliVEventPool.h"
44 #include "AliSysInfo.h"
45 #include "AliAnalysisManager.h"
46
47 ClassImp(AliAnalysisManager)
48
49 AliAnalysisManager *AliAnalysisManager::fgAnalysisManager = NULL;
50
51 //______________________________________________________________________________
52 AliAnalysisManager::AliAnalysisManager(const char *name, const char *title)
53                    :TNamed(name,title),
54                     fTree(NULL),
55                     fInputEventHandler(NULL),
56                     fOutputEventHandler(NULL),
57                     fMCtruthEventHandler(NULL),
58                     fEventPool(NULL),
59                     fCurrentEntry(-1),
60                     fNSysInfo(0),
61                     fMode(kLocalAnalysis),
62                     fInitOK(kFALSE),
63                     fDebug(0),
64                     fSpecialOutputLocation(""), 
65                     fTasks(NULL),
66                     fTopTasks(NULL),
67                     fZombies(NULL),
68                     fContainers(NULL),
69                     fInputs(NULL),
70                     fOutputs(NULL),
71                     fSelector(NULL)
72 {
73 // Default constructor.
74    fgAnalysisManager = this;
75    fTasks      = new TObjArray();
76    fTopTasks   = new TObjArray();
77    fZombies    = new TObjArray();
78    fContainers = new TObjArray();
79    fInputs     = new TObjArray();
80    fOutputs    = new TObjArray();
81    SetEventLoop(kTRUE);
82 }
83
84 //______________________________________________________________________________
85 AliAnalysisManager::AliAnalysisManager(const AliAnalysisManager& other)
86                    :TNamed(other),
87                     fTree(NULL),
88                     fInputEventHandler(NULL),
89                     fOutputEventHandler(NULL),
90                     fMCtruthEventHandler(NULL),
91                     fEventPool(NULL),
92                     fCurrentEntry(-1),
93                     fNSysInfo(0),
94                     fMode(other.fMode),
95                     fInitOK(other.fInitOK),
96                     fDebug(other.fDebug),
97                     fSpecialOutputLocation(""), 
98                     fTasks(NULL),
99                     fTopTasks(NULL),
100                     fZombies(NULL),
101                     fContainers(NULL),
102                     fInputs(NULL),
103                     fOutputs(NULL),
104                     fSelector(NULL)
105 {
106 // Copy constructor.
107    fTasks      = new TObjArray(*other.fTasks);
108    fTopTasks   = new TObjArray(*other.fTopTasks);
109    fZombies    = new TObjArray(*other.fZombies);
110    fContainers = new TObjArray(*other.fContainers);
111    fInputs     = new TObjArray(*other.fInputs);
112    fOutputs    = new TObjArray(*other.fOutputs);
113    fgAnalysisManager = this;
114 }
115    
116 //______________________________________________________________________________
117 AliAnalysisManager& AliAnalysisManager::operator=(const AliAnalysisManager& other)
118 {
119 // Assignment
120    if (&other != this) {
121       TNamed::operator=(other);
122       fInputEventHandler   = other.fInputEventHandler;
123       fOutputEventHandler  = other.fOutputEventHandler;
124       fMCtruthEventHandler = other.fMCtruthEventHandler;
125       fEventPool           = other.fEventPool;
126       fTree       = NULL;
127       fCurrentEntry = -1;
128       fNSysInfo   = other.fNSysInfo;
129       fMode       = other.fMode;
130       fInitOK     = other.fInitOK;
131       fDebug      = other.fDebug;
132       fTasks      = new TObjArray(*other.fTasks);
133       fTopTasks   = new TObjArray(*other.fTopTasks);
134       fZombies    = new TObjArray(*other.fZombies);
135       fContainers = new TObjArray(*other.fContainers);
136       fInputs     = new TObjArray(*other.fInputs);
137       fOutputs    = new TObjArray(*other.fOutputs);
138       fSelector   = NULL;
139       fgAnalysisManager = this;
140    }
141    return *this;
142 }
143
144 //______________________________________________________________________________
145 AliAnalysisManager::~AliAnalysisManager()
146 {
147 // Destructor.
148    if (fTasks) {fTasks->Delete(); delete fTasks;}
149    if (fTopTasks) delete fTopTasks;
150    if (fZombies) delete fZombies;
151    if (fContainers) {fContainers->Delete(); delete fContainers;}
152    if (fInputs) delete fInputs;
153    if (fOutputs) delete fOutputs;
154    if (fgAnalysisManager==this) fgAnalysisManager = NULL;
155 }
156
157 //______________________________________________________________________________
158 Int_t AliAnalysisManager::GetEntry(Long64_t entry, Int_t getall)
159 {
160 // Read one entry of the tree or a whole branch.
161    if (fDebug > 0) printf("== AliAnalysisManager::GetEntry(%lld)\n", entry);
162    fCurrentEntry = entry;
163    return fTree ? fTree->GetTree()->GetEntry(entry, getall) : 0;
164 }
165    
166 //______________________________________________________________________________
167 void AliAnalysisManager::Init(TTree *tree)
168 {
169   // The Init() function is called when the selector needs to initialize
170   // a new tree or chain. Typically here the branch addresses of the tree
171   // will be set. It is normaly not necessary to make changes to the
172   // generated code, but the routine can be extended by the user if needed.
173   // Init() will be called many times when running with PROOF.
174    if (!tree) return;
175    if (fDebug > 0) {
176       printf("->AliAnalysisManager::Init(%s)\n", tree->GetName());
177    }
178
179    // Call InitTree of EventHandler
180    if (fOutputEventHandler) {
181       if (fMode == kProofAnalysis) {
182          fOutputEventHandler->Init(0x0, "proof");
183       } else {
184          fOutputEventHandler->Init(0x0, "local");
185       }
186    }
187
188    if (fInputEventHandler) {
189       if (fMode == kProofAnalysis) {
190          fInputEventHandler->Init(tree, "proof");
191       } else {
192          fInputEventHandler->Init(tree, "local");
193       }
194    } else {
195       // If no input event handler we need to get the tree once
196       // for the chain
197       if(!tree->GetTree()) tree->LoadTree(0);
198    }
199    
200
201    if (fMCtruthEventHandler) {
202       if (fMode == kProofAnalysis) {
203          fMCtruthEventHandler->Init(0x0, "proof");
204       } else {
205          fMCtruthEventHandler->Init(0x0, "local");
206       }
207    }
208
209    if (!fInitOK) InitAnalysis();
210    if (!fInitOK) return;
211    fTree = tree;
212    AliAnalysisDataContainer *top = (AliAnalysisDataContainer*)fInputs->At(0);
213    if (!top) {
214       Error("Init","No top input container !");
215       return;
216    }
217    top->SetData(tree);
218    if (fDebug > 0) {
219       printf("<-AliAnalysisManager::Init(%s)\n", tree->GetName());
220    }
221 }
222
223 //______________________________________________________________________________
224 void AliAnalysisManager::SlaveBegin(TTree *tree)
225 {
226   // The SlaveBegin() function is called after the Begin() function.
227   // When running with PROOF SlaveBegin() is called on each slave server.
228   // The tree argument is deprecated (on PROOF 0 is passed).
229    if (fDebug > 0) printf("->AliAnalysisManager::SlaveBegin()\n");
230
231    // Call Init of EventHandler
232    if (fOutputEventHandler) {
233       if (fMode == kProofAnalysis) {
234          fOutputEventHandler->Init("proof");
235       } else {
236          fOutputEventHandler->Init("local");
237       }
238    }
239
240    if (fInputEventHandler) {
241       fInputEventHandler->SetInputTree(tree);
242       if (fMode == kProofAnalysis) {
243          fInputEventHandler->Init("proof");
244       } else {
245          fInputEventHandler->Init("local");
246       }
247    }
248
249    if (fMCtruthEventHandler) {
250       if (fMode == kProofAnalysis) {
251          fMCtruthEventHandler->Init("proof");
252       } else {
253          fMCtruthEventHandler->Init("local");
254       }
255    }
256
257    TIter next(fTasks);
258    AliAnalysisTask *task;
259    // Call CreateOutputObjects for all tasks
260    while ((task=(AliAnalysisTask*)next())) {
261       TDirectory *curdir = gDirectory;
262       task->CreateOutputObjects();
263       if (curdir) curdir->cd();
264    }
265
266    if (fDebug > 0) printf("<-AliAnalysisManager::SlaveBegin()\n");
267 }
268
269 //______________________________________________________________________________
270 Bool_t AliAnalysisManager::Notify()
271 {
272    // The Notify() function is called when a new file is opened. This
273    // can be either for a new TTree in a TChain or when when a new TTree
274    // is started when using PROOF. It is normaly not necessary to make changes
275    // to the generated code, but the routine can be extended by the
276    // user if needed. The return value is currently not used.
277    if (!fTree) {
278       Error("Notify","No current tree.");
279       return kFALSE;
280    }   
281    TFile *curfile = fTree->GetCurrentFile();
282    if (!curfile) {
283       Error("Notify","No current file");
284       return kFALSE;
285    }   
286    
287    if (fDebug > 0) printf("->AliAnalysisManager::Notify() file: %s\n", curfile->GetName());
288    TIter next(fTasks);
289    AliAnalysisTask *task;
290    // Call Notify for all tasks
291    while ((task=(AliAnalysisTask*)next())) 
292       task->Notify();
293         
294    // Call Notify of the event handlers
295    if (fInputEventHandler) {
296        fInputEventHandler->Notify(curfile->GetName());
297    }
298
299    if (fOutputEventHandler) {
300        fOutputEventHandler->Notify(curfile->GetName());
301    }
302
303    if (fMCtruthEventHandler) {
304        fMCtruthEventHandler->Notify(curfile->GetName());
305    }
306    if (fDebug > 0) printf("<-AliAnalysisManager::Notify()\n");
307    return kTRUE;
308 }    
309
310 //______________________________________________________________________________
311 Bool_t AliAnalysisManager::Process(Long64_t entry)
312 {
313   // The Process() function is called for each entry in the tree (or possibly
314   // keyed object in the case of PROOF) to be processed. The entry argument
315   // specifies which entry in the currently loaded tree is to be processed.
316   // It can be passed to either TTree::GetEntry() or TBranch::GetEntry()
317   // to read either all or the required parts of the data. When processing
318   // keyed objects with PROOF, the object is already loaded and is available
319   // via the fObject pointer.
320   //
321   // This function should contain the "body" of the analysis. It can contain
322   // simple or elaborate selection criteria, run algorithms on the data
323   // of the event and typically fill histograms.
324
325   // WARNING when a selector is used with a TChain, you must use
326   //  the pointer to the current TTree to call GetEntry(entry).
327   //  The entry is always the local entry number in the current tree.
328   //  Assuming that fChain is the pointer to the TChain being processed,
329   //  use fChain->GetTree()->GetEntry(entry).
330    if (fDebug > 0) printf("->AliAnalysisManager::Process(%lld)\n", entry);
331
332    if (fInputEventHandler)   fInputEventHandler  ->BeginEvent(entry);
333    if (fOutputEventHandler)  fOutputEventHandler ->BeginEvent(entry);
334    if (fMCtruthEventHandler) fMCtruthEventHandler->BeginEvent(entry);
335    
336    GetEntry(entry);
337    ExecAnalysis();
338    if (fDebug > 0) printf("<-AliAnalysisManager::Process()\n");
339    return kTRUE;
340 }
341
342 //______________________________________________________________________________
343 void AliAnalysisManager::PackOutput(TList *target)
344 {
345   // Pack all output data containers in the output list. Called at SlaveTerminate
346   // stage in PROOF case for each slave.
347    if (fDebug > 0) printf("->AliAnalysisManager::PackOutput()\n");
348    if (!target) {
349       Error("PackOutput", "No target. Aborting.");
350       return;
351    }
352    if (fInputEventHandler)   fInputEventHandler  ->Terminate();
353    if (fOutputEventHandler)  fOutputEventHandler ->Terminate();
354    if (fMCtruthEventHandler) fMCtruthEventHandler->Terminate();
355
356    // Call FinishTaskOutput() for each event loop task (not called for 
357    // post-event loop tasks - use Terminate() fo those)
358    TIter nexttask(fTasks);
359    AliAnalysisTask *task;
360    while ((task=(AliAnalysisTask*)nexttask())) {
361       if (!task->IsPostEventLoop()) {
362          if (fDebug > 0) printf("->FinishTaskOutput: task %s\n", task->GetName());
363          task->FinishTaskOutput();
364          if (fDebug > 0) printf("<-FinishTaskOutput: task %s\n", task->GetName());
365       }
366    }      
367    
368    if (fMode == kProofAnalysis) {
369       TIter next(fOutputs);
370       AliAnalysisDataContainer *output;
371       while ((output=(AliAnalysisDataContainer*)next())) {
372          // Do not consider outputs of post event loop tasks
373          if (output->GetProducer()->IsPostEventLoop()) continue;
374          // Check if data was posted to this container. If not, issue an error.
375          if (!output->GetData() ) {
376             Error("PackOutput", "No data for output container %s. Forgot to PostData ?\n", output->GetName());
377             continue;
378          }   
379          if (!output->IsSpecialOutput()) {
380             // Normal outputs
381             const char *filename = output->GetFileName();
382             if (!(strcmp(filename, "default"))) {
383                if (fOutputEventHandler) filename = fOutputEventHandler->GetOutputFileName();
384             }      
385             if (strlen(filename)) {
386             // File resident outputs
387                TFile *file = output->GetFile();
388                // Backup current folder
389                TDirectory *opwd = gDirectory;
390                // Create file if not existing and register to container.
391                if (file) file->cd();
392                else      file = new TFile(filename, "RECREATE"); 
393                if (file->IsZombie()) {
394                   Fatal("PackOutput", "Could not recreate file %s\n", filename);
395                   return;
396                }   
397                output->SetFile(file);
398                // Clear file list to release object ownership to user.
399                file->Clear();
400                // Save data to file, then close.
401                if (output->GetData()->InheritsFrom(TCollection::Class())) {
402                   // If data is a collection, we set the name of the collection 
403                   // as the one of the container and we save as a single key.
404                   TCollection *coll = (TCollection*)output->GetData();
405                   coll->SetName(output->GetName());
406                   coll->Write(output->GetName(), TObject::kSingleKey);
407                } else {
408                   output->GetData()->Write();
409                }      
410                if (fDebug > 1) printf("PackOutput %s: memory merge, file resident output\n", output->GetName());
411                if (fDebug > 2) {
412                   printf("   file %s listing content:\n", filename);
413                   file->ls();
414                }   
415                file->Close();
416                // Restore current directory
417                if (opwd) opwd->cd();
418             } else {
419                // Memory-resident outputs   
420                if (fDebug > 1) printf("PackOutput %s: memory merge memory resident output\n", output->GetName());
421             }   
422             AliAnalysisDataWrapper *wrap = output->ExportData();
423             // Output wrappers must delete data after merging (AG 13/11/07)
424             wrap->SetDeleteData(kTRUE);
425             target->Add(wrap);
426          }   
427          // Special outputs
428          if (output->IsSpecialOutput()) {
429             TDirectory *opwd = gDirectory;
430             TFile *file = output->GetFile();
431             if (!file) {
432                AliAnalysisTask *producer = output->GetProducer();
433                Error("PackOutput", 
434                      "File %s for special container %s was NOT opened in %s::CreateOutputObjects !!!",
435                      output->GetFileName(), output->GetName(), producer->ClassName());
436                continue;
437             }   
438             file->cd();
439             // Release object ownership to users after writing data to file
440             if (output->GetData()->InheritsFrom(TCollection::Class())) {
441                // If data is a collection, we set the name of the collection 
442                // as the one of the container and we save as a single key.
443                TCollection *coll = (TCollection*)output->GetData();
444                coll->SetName(output->GetName());
445                coll->Write(output->GetName(), TObject::kSingleKey);
446             } else {
447                output->GetData()->Write();
448             }      
449             file->Clear();
450             if (fDebug > 2) {
451                printf("   file %s listing content:\n", output->GetFileName());
452                file->ls();
453             }   
454             file->Close();
455             // Restore current directory
456             if (opwd) opwd->cd();
457             // Check if a special output location was provided or the output files have to be merged
458             if (strlen(fSpecialOutputLocation.Data())) {
459                TString remote = fSpecialOutputLocation;
460                remote += "/";
461                Int_t gid = gROOT->ProcessLine("gProofServ->GetGroupId();");
462                remote += Form("%s_%d_", gSystem->HostName(), gid);
463                remote += output->GetFileName();
464                TFile::Cp(output->GetFileName(), remote.Data());
465             } else {
466             // No special location specified-> use TProofOutputFile as merging utility
467             // The file at this output slot must be opened in CreateOutputObjects
468                if (fDebug > 1) printf("   File %s to be merged...\n", output->GetFileName());
469             }
470          }      
471       }
472    } 
473    if (fDebug > 0) printf("<-AliAnalysisManager::PackOutput: output list contains %d containers\n", target->GetSize());
474 }
475
476 //______________________________________________________________________________
477 void AliAnalysisManager::ImportWrappers(TList *source)
478 {
479 // Import data in output containers from wrappers coming in source.
480    if (fDebug > 0) printf("->AliAnalysisManager::ImportWrappers()\n");
481    TIter next(fOutputs);
482    AliAnalysisDataContainer *cont;
483    AliAnalysisDataWrapper   *wrap;
484    Int_t icont = 0;
485    while ((cont=(AliAnalysisDataContainer*)next())) {
486       if (cont->GetProducer()->IsPostEventLoop()) continue;
487       if (cont->IsSpecialOutput()) {
488          if (strlen(fSpecialOutputLocation.Data())) continue;
489          // Copy merged file from PROOF scratch space
490          if (fDebug > 1) 
491             printf("   Copying file %s from PROOF scratch space\n", cont->GetFileName());
492          Bool_t gotit = TFile::Cp(Form("root://lxb6045.cern.ch:11094//pool/scratch/%s",cont->GetFileName()),
493                    cont->GetFileName()); 
494          if (!gotit) {
495             Error("ImportWrappers", "Could not get file %s from proof scratch space", cont->GetFileName());
496          }
497          // Normally we should connect data from the copied file to the
498          // corresponding output container, but it is not obvious how to do this
499          // automatically if several objects in file...
500          continue;
501       }   
502       wrap = (AliAnalysisDataWrapper*)source->FindObject(cont->GetName());
503       if (!wrap) {
504          Error("ImportWrappers","Container %s not found in analysis output !", cont->GetName());
505          continue;
506       }
507       icont++;
508       if (fDebug > 1) {
509          printf("   Importing data for container %s", cont->GetName());
510          if (strlen(cont->GetFileName())) printf("    -> file %s\n", cont->GetFileName());
511          else printf("\n");
512       }   
513       cont->ImportData(wrap);
514    }         
515    if (fDebug > 0) printf("<-AliAnalysisManager::ImportWrappers(): %d containers imported\n", icont);
516 }
517
518 //______________________________________________________________________________
519 void AliAnalysisManager::UnpackOutput(TList *source)
520 {
521   // Called by AliAnalysisSelector::Terminate only on the client.
522    if (fDebug > 0) printf("->AliAnalysisManager::UnpackOutput()\n");
523    if (!source) {
524       Error("UnpackOutput", "No target. Aborting.");
525       return;
526    }
527    if (fDebug > 1) printf("   Source list contains %d containers\n", source->GetSize());
528
529    if (fMode == kProofAnalysis) ImportWrappers(source);
530
531    TIter next(fOutputs);
532    AliAnalysisDataContainer *output;
533    while ((output=(AliAnalysisDataContainer*)next())) {
534       if (!output->GetData()) continue;
535       // Check if there are client tasks that run post event loop
536       if (output->HasConsumers()) {
537          // Disable event loop semaphore
538          output->SetPostEventLoop(kTRUE);
539          TObjArray *list = output->GetConsumers();
540          Int_t ncons = list->GetEntriesFast();
541          for (Int_t i=0; i<ncons; i++) {
542             AliAnalysisTask *task = (AliAnalysisTask*)list->At(i);
543             task->CheckNotify(kTRUE);
544             // If task is active, execute it
545             if (task->IsPostEventLoop() && task->IsActive()) {
546                if (fDebug > 0) printf("== Executing post event loop task %s\n", task->GetName());
547                task->ExecuteTask();
548             }   
549          }
550       }   
551    }
552    if (fDebug > 0) printf("<-AliAnalysisManager::UnpackOutput()\n");
553 }
554
555 //______________________________________________________________________________
556 void AliAnalysisManager::Terminate()
557 {
558   // The Terminate() function is the last function to be called during
559   // a query. It always runs on the client, it can be used to present
560   // the results graphically.
561    if (fDebug > 0) printf("->AliAnalysisManager::Terminate()\n");
562    AliAnalysisTask *task;
563    TIter next(fTasks);
564    // Call Terminate() for tasks
565    while ((task=(AliAnalysisTask*)next())) task->Terminate();
566    //
567    TIter next1(fOutputs);
568    AliAnalysisDataContainer *output;
569    while ((output=(AliAnalysisDataContainer*)next1())) {
570       // Close all files at output
571       // Special outputs have the files already closed and written.
572       if (output->IsSpecialOutput()) continue;
573       const char *filename = output->GetFileName();
574       if (!(strcmp(filename, "default"))) {
575          if (fOutputEventHandler) filename = fOutputEventHandler->GetOutputFileName();
576          TFile *aodfile = (TFile*)gROOT->GetListOfFiles()->FindObject(filename);
577          if (aodfile) {
578             if (fDebug > 1) printf("Writing output handler file: %s\n", filename);
579             aodfile->Write();
580             continue;
581          }   
582       }      
583       if (!strlen(filename)) continue;
584       if (!output->GetData()) continue;
585       TFile *file = output->GetFile();
586       TDirectory *opwd = gDirectory;
587       if (file) {
588          file->cd();
589       } else {
590          file = new TFile(filename, "RECREATE");
591          if (file->IsZombie()) continue;
592          output->SetFile(file);
593       }   
594       if (fDebug > 1) printf("   writing output data %s to file %s\n", output->GetData()->GetName(), file->GetName());
595       if (output->GetData()->InheritsFrom(TCollection::Class())) {
596       // If data is a collection, we set the name of the collection 
597       // as the one of the container and we save as a single key.
598          TCollection *coll = (TCollection*)output->GetData();
599          coll->SetName(output->GetName());
600          coll->Write(output->GetName(), TObject::kSingleKey);
601       } else {
602          output->GetData()->Write();
603       }      
604       file->Close();
605       if (opwd) opwd->cd();
606    }   
607
608    if (fInputEventHandler)   fInputEventHandler  ->TerminateIO();
609    if (fOutputEventHandler)  fOutputEventHandler ->TerminateIO();
610    if (fMCtruthEventHandler) fMCtruthEventHandler->TerminateIO();
611
612    Bool_t getsysInfo = ((fNSysInfo>0) && (fMode==kLocalAnalysis))?kTRUE:kFALSE;
613    if (getsysInfo) {
614       TDirectory *cdir = gDirectory;
615       TFile f("syswatch.root", "RECREATE");
616       if (!f.IsZombie()) {
617          TTree *tree = AliSysInfo::MakeTree("syswatch.log");
618          tree->SetMarkerStyle(kCircle);
619          tree->SetMarkerColor(kBlue);
620          tree->SetMarkerSize(0.5);
621          if (!gROOT->IsBatch()) {
622             tree->SetAlias("event", "id0");
623             tree->SetAlias("memUSED", "pI.fMemVirtual");
624             tree->SetAlias("userCPU", "pI.fCpuUser");
625             TCanvas *c = new TCanvas("SysInfo","SysInfo",10,10,800,600);
626             c->Divide(2,1,0.01,0.01);
627             c->cd(1);
628             tree->Draw("memUSED:event","","", 1234567890, 0);
629             c->cd(2);
630             tree->Draw("userCPU:event","","", 1234567890, 0);
631          }   
632          tree->Write();
633          f.Close();
634          delete tree;
635       }
636       if (cdir) cdir->cd();
637    }      
638    if (fDebug > 0) printf("<-AliAnalysisManager::Terminate()\n");
639 }
640
641 //______________________________________________________________________________
642 void AliAnalysisManager::AddTask(AliAnalysisTask *task)
643 {
644 // Adds a user task to the global list of tasks.
645    if (fTasks->FindObject(task)) {
646       Warning("AddTask", "Task %s: the same object already added to the analysis manager. Not adding.", task->GetName());
647       return;
648    }   
649    task->SetActive(kFALSE);
650    fTasks->Add(task);
651 }  
652
653 //______________________________________________________________________________
654 AliAnalysisTask *AliAnalysisManager::GetTask(const char *name) const
655 {
656 // Retreive task by name.
657    if (!fTasks) return NULL;
658    return (AliAnalysisTask*)fTasks->FindObject(name);
659 }
660
661 //______________________________________________________________________________
662 AliAnalysisDataContainer *AliAnalysisManager::CreateContainer(const char *name, 
663                                 TClass *datatype, EAliAnalysisContType type, const char *filename)
664 {
665 // Create a data container of a certain type. Types can be:
666 //   kExchangeContainer  = 0, used to exchange date between tasks
667 //   kInputContainer   = 1, used to store input data
668 //   kOutputContainer  = 2, used for posting results
669    if (fContainers->FindObject(name)) {
670       Error("CreateContainer","A container named %s already defined !\n",name);
671       return NULL;
672    }   
673    AliAnalysisDataContainer *cont = new AliAnalysisDataContainer(name, datatype);
674    fContainers->Add(cont);
675    switch (type) {
676       case kInputContainer:
677          fInputs->Add(cont);
678          break;
679       case kOutputContainer:
680          fOutputs->Add(cont);
681          if (filename && strlen(filename)) {
682             cont->SetFileName(filename);
683             cont->SetDataOwned(kFALSE);  // data owned by the file
684          }   
685          break;
686       case kExchangeContainer:
687          break;   
688    }
689    return cont;
690 }
691          
692 //______________________________________________________________________________
693 Bool_t AliAnalysisManager::ConnectInput(AliAnalysisTask *task, Int_t islot,
694                                         AliAnalysisDataContainer *cont)
695 {
696 // Connect input of an existing task to a data container.
697    if (!fTasks->FindObject(task)) {
698       AddTask(task);
699       Info("ConnectInput", "Task %s was not registered. Now owned by analysis manager", task->GetName());
700    } 
701    Bool_t connected = task->ConnectInput(islot, cont);
702    return connected;
703 }   
704
705 //______________________________________________________________________________
706 Bool_t AliAnalysisManager::ConnectOutput(AliAnalysisTask *task, Int_t islot,
707                                         AliAnalysisDataContainer *cont)
708 {
709 // Connect output of an existing task to a data container.
710    if (!fTasks->FindObject(task)) {
711       AddTask(task);
712       Warning("ConnectOutput", "Task %s not registered. Now owned by analysis manager", task->GetName());
713    } 
714    Bool_t connected = task->ConnectOutput(islot, cont);
715    return connected;
716 }   
717                                
718 //______________________________________________________________________________
719 void AliAnalysisManager::CleanContainers()
720 {
721 // Clean data from all containers that have already finished all client tasks.
722    TIter next(fContainers);
723    AliAnalysisDataContainer *cont;
724    while ((cont=(AliAnalysisDataContainer *)next())) {
725       if (cont->IsOwnedData() && 
726           cont->IsDataReady() && 
727           cont->ClientsExecuted()) cont->DeleteData();
728    }
729 }
730
731 //______________________________________________________________________________
732 Bool_t AliAnalysisManager::InitAnalysis()
733 {
734 // Initialization of analysis chain of tasks. Should be called after all tasks
735 // and data containers are properly connected
736    // Check for input/output containers
737    fInitOK = kFALSE;
738    // Check for top tasks (depending only on input data containers)
739    if (!fTasks->First()) {
740       Error("InitAnalysis", "Analysis has no tasks !");
741       return kFALSE;
742    }   
743    TIter next(fTasks);
744    AliAnalysisTask *task;
745    AliAnalysisDataContainer *cont;
746    Int_t ntop = 0;
747    Int_t nzombies = 0;
748    Bool_t iszombie = kFALSE;
749    Bool_t istop = kTRUE;
750    Int_t i;
751    while ((task=(AliAnalysisTask*)next())) {
752       istop = kTRUE;
753       iszombie = kFALSE;
754       Int_t ninputs = task->GetNinputs();
755       for (i=0; i<ninputs; i++) {
756          cont = task->GetInputSlot(i)->GetContainer();
757          if (!cont) {
758             if (!iszombie) {
759                task->SetZombie();
760                fZombies->Add(task);
761                nzombies++;
762                iszombie = kTRUE;
763             }   
764             Error("InitAnalysis", "Input slot %d of task %s has no container connected ! Declared zombie...", 
765                   i, task->GetName()); 
766          }
767          if (iszombie) continue;
768          // Check if cont is an input container
769          if (istop && !fInputs->FindObject(cont)) istop=kFALSE;
770          // Connect to parent task
771       }
772       if (istop) {
773          ntop++;
774          fTopTasks->Add(task);
775       }
776    }
777    if (!ntop) {
778       Error("InitAnalysis", "No top task defined. At least one task should be connected only to input containers");
779       return kFALSE;
780    }                        
781    // Check now if there are orphan tasks
782    for (i=0; i<ntop; i++) {
783       task = (AliAnalysisTask*)fTopTasks->At(i);
784       task->SetUsed();
785    }
786    Int_t norphans = 0;
787    next.Reset();
788    while ((task=(AliAnalysisTask*)next())) {
789       if (!task->IsUsed()) {
790          norphans++;
791          Warning("InitAnalysis", "Task %s is orphan", task->GetName());
792       }   
793    }          
794    // Check the task hierarchy (no parent task should depend on data provided
795    // by a daughter task)
796    for (i=0; i<ntop; i++) {
797       task = (AliAnalysisTask*)fTopTasks->At(i);
798       if (task->CheckCircularDeps()) {
799          Error("InitAnalysis", "Found illegal circular dependencies between following tasks:");
800          PrintStatus("dep");
801          return kFALSE;
802       }   
803    }
804    // Check that all containers feeding post-event loop tasks are in the outputs list
805    TIter nextcont(fContainers); // loop over all containers
806    while ((cont=(AliAnalysisDataContainer*)nextcont())) {
807       if (!cont->IsPostEventLoop() && !fOutputs->FindObject(cont)) {
808          if (cont->HasConsumers()) {
809          // Check if one of the consumers is post event loop
810             TIter nextconsumer(cont->GetConsumers());
811             while ((task=(AliAnalysisTask*)nextconsumer())) {
812                if (task->IsPostEventLoop()) {
813                   fOutputs->Add(cont);
814                   break;
815                }
816             }
817          }
818       }
819    }   
820    // Check if all special output containers have a file name provided
821    TIter nextout(fOutputs);
822    while ((cont=(AliAnalysisDataContainer*)nextout())) {
823       if (cont->IsSpecialOutput() && !strlen(cont->GetFileName())) {
824          Error("InitAnalysis", "Wrong container %s : a file name MUST be provided for special outputs", cont->GetName());
825          return kFALSE;
826       }
827    }      
828    fInitOK = kTRUE;
829    return kTRUE;
830 }   
831
832 //______________________________________________________________________________
833 void AliAnalysisManager::PrintStatus(Option_t *option) const
834 {
835 // Print task hierarchy.
836    if (!fInitOK) {
837       Info("PrintStatus", "Analysis manager %s not initialized : call InitAnalysis() first", GetName());
838       return;
839    }   
840    Bool_t getsysInfo = ((fNSysInfo>0) && (fMode==kLocalAnalysis))?kTRUE:kFALSE;
841    if (getsysInfo)
842       Info("PrintStatus", "System information will be collected each %lld events", fNSysInfo);
843    TIter next(fTopTasks);
844    AliAnalysisTask *task;
845    while ((task=(AliAnalysisTask*)next()))
846       task->PrintTask(option);
847 }
848
849 //______________________________________________________________________________
850 void AliAnalysisManager::ResetAnalysis()
851 {
852 // Reset all execution flags and clean containers.
853    CleanContainers();
854 }
855
856 //______________________________________________________________________________
857 void AliAnalysisManager::StartAnalysis(const char *type, TTree *tree, Long64_t nentries, Long64_t firstentry)
858 {
859 // Start analysis for this manager. Analysis task can be: LOCAL, PROOF or GRID.
860 // Process nentries starting from firstentry
861    if (!fInitOK) {
862       Error("StartAnalysis","Analysis manager was not initialized !");
863       return;
864    }
865    if (fDebug > 0) printf("StartAnalysis %s\n",GetName());
866    TString anaType = type;
867    anaType.ToLower();
868    fMode = kLocalAnalysis;
869    if (tree) {
870       if (anaType.Contains("proof"))     fMode = kProofAnalysis;
871       else if (anaType.Contains("grid")) fMode = kGridAnalysis;
872    }
873    if (fMode == kGridAnalysis) {
874       Warning("StartAnalysis", "GRID analysis mode not implemented. Running local.");
875       fMode = kLocalAnalysis;
876    }
877    char line[256];
878    SetEventLoop(kFALSE);
879    // Enable event loop mode if a tree was provided
880    if (tree) SetEventLoop(kTRUE);
881
882    TChain *chain = 0;
883    TString ttype = "TTree";
884    if (tree->IsA() == TChain::Class()) {
885       chain = (TChain*)tree;
886       if (!chain || !chain->GetListOfFiles()->First()) {
887          Error("StartAnalysis", "Cannot process null or empty chain...");
888          return;
889       }   
890       ttype = "TChain";
891    }   
892
893    // Initialize locally all tasks
894    TIter next(fTasks);
895    AliAnalysisTask *task;
896    while ((task=(AliAnalysisTask*)next())) {
897       task->LocalInit();
898    }
899    
900    switch (fMode) {
901       case kLocalAnalysis:
902          if (!tree) {
903             TIter nextT(fTasks);
904             // Call CreateOutputObjects for all tasks
905             while ((task=(AliAnalysisTask*)nextT())) {
906                TDirectory *curdir = gDirectory;
907                task->CreateOutputObjects();
908                if (curdir) curdir->cd();
909             }   
910             ExecAnalysis();
911             Terminate();
912             return;
913          } 
914          // Run tree-based analysis via AliAnalysisSelector  
915          cout << "===== RUNNING LOCAL ANALYSIS " << GetName() << " ON TREE " << tree->GetName() << endl;
916          sprintf(line, "AliAnalysisSelector *selector = new AliAnalysisSelector((AliAnalysisManager*)0x%lx);",(ULong_t)this);
917          gROOT->ProcessLine(line);
918          sprintf(line, "((%s*)0x%lx)->Process(selector, \"\",%lld, %lld);",ttype.Data(),(ULong_t)tree, nentries, firstentry);
919          gROOT->ProcessLine(line);
920          break;
921       case kProofAnalysis:
922          if (!gROOT->GetListOfProofs() || !gROOT->GetListOfProofs()->GetEntries()) {
923             printf("StartAnalysis: no PROOF!!!\n");
924             return;
925          }   
926          sprintf(line, "gProof->AddInput((TObject*)0x%lx);", (ULong_t)this);
927          gROOT->ProcessLine(line);
928          if (chain) {
929             chain->SetProof();
930             cout << "===== RUNNING PROOF ANALYSIS " << GetName() << " ON CHAIN " << chain->GetName() << endl;
931             chain->Process("AliAnalysisSelector", "", nentries, firstentry);
932          } else {
933             printf("StartAnalysis: no chain\n");
934             return;
935          }      
936          break;
937       case kGridAnalysis:
938          Warning("StartAnalysis", "GRID analysis mode not implemented. Running local.");
939    }   
940 }   
941
942 //______________________________________________________________________________
943 void AliAnalysisManager::StartAnalysis(const char *type, const char *dataset, Long64_t nentries, Long64_t firstentry)
944 {
945 // Start analysis for this manager on a given dataset. Analysis task can be: 
946 // LOCAL, PROOF or GRID. Process nentries starting from firstentry.
947    if (!fInitOK) {
948       Error("StartAnalysis","Analysis manager was not initialized !");
949       return;
950    }
951    if (fDebug > 0) printf("StartAnalysis %s\n",GetName());
952    TString anaType = type;
953    anaType.ToLower();
954    if (!anaType.Contains("proof")) {
955       Error("Cannot process datasets in %s mode. Try PROOF.", type);
956       return;
957    }   
958    fMode = kProofAnalysis;
959    char line[256];
960    SetEventLoop(kTRUE);
961    // Set the dataset flag
962    TObject::SetBit(kUseDataSet);
963    fTree = 0;
964
965    // Initialize locally all tasks
966    TIter next(fTasks);
967    AliAnalysisTask *task;
968    while ((task=(AliAnalysisTask*)next())) {
969       task->LocalInit();
970    }
971    
972    if (!gROOT->GetListOfProofs() || !gROOT->GetListOfProofs()->GetEntries()) {
973       printf("StartAnalysis: no PROOF!!!\n");
974       return;
975    }   
976    sprintf(line, "gProof->AddInput((TObject*)0x%lx);", (ULong_t)this);
977    gROOT->ProcessLine(line);
978    sprintf(line, "gProof->GetDataSet(\"%s\");", dataset);
979    if (!gROOT->ProcessLine(line)) {
980       Error("StartAnalysis", "Dataset %s not found", dataset);
981       return;
982    }   
983    sprintf(line, "gProof->Process(\"%s\", \"AliAnalysisSelector\", \"\", %lld, %lld);",
984            dataset, nentries, firstentry);
985    cout << "===== RUNNING PROOF ANALYSIS " << GetName() << " ON DATASET " << dataset << endl;
986    gROOT->ProcessLine(line);
987 }   
988
989 //______________________________________________________________________________
990 TFile *AliAnalysisManager::OpenProofFile(const char *filename, const char *option)
991 {
992 // Opens a special output file used in PROOF.
993    char line[256];
994    if (fMode!=kProofAnalysis || !fSelector) {
995       Error("OpenProofFile","Cannot open PROOF file %s",filename);
996       return NULL;
997    }   
998    sprintf(line, "TProofOutputFile *pf = new TProofOutputFile(\"%s\");", filename);
999    if (fDebug > 1) printf("=== %s\n", line);
1000    gROOT->ProcessLine(line);
1001    sprintf(line, "pf->OpenFile(\"%s\");", option);
1002    gROOT->ProcessLine(line);
1003    if (fDebug > 1) {
1004       gROOT->ProcessLine("pf->Print()");
1005       printf(" == proof file name: %s\n", gFile->GetName());
1006    }   
1007    sprintf(line, "((TList*)0x%lx)->Add(pf);",(ULong_t)fSelector->GetOutputList());
1008    if (fDebug > 1) printf("=== %s\n", line);
1009    gROOT->ProcessLine(line);
1010    return gFile;
1011 }   
1012
1013 //______________________________________________________________________________
1014 void AliAnalysisManager::ExecAnalysis(Option_t *option)
1015 {
1016 // Execute analysis.
1017    static Long64_t ncalls = 0;
1018    Bool_t getsysInfo = ((fNSysInfo>0) && (fMode==kLocalAnalysis))?kTRUE:kFALSE;
1019    if (getsysInfo && ncalls==0) AliSysInfo::AddStamp("Start", (Int_t)ncalls);
1020    ncalls++;
1021    if (!fInitOK) {
1022      Error("ExecAnalysis", "Analysis manager was not initialized !");
1023       return;
1024    }   
1025    AliAnalysisTask *task;
1026    // Check if the top tree is active.
1027    if (fTree) {
1028       TIter next(fTasks);
1029    // De-activate all tasks
1030       while ((task=(AliAnalysisTask*)next())) task->SetActive(kFALSE);
1031       AliAnalysisDataContainer *cont = (AliAnalysisDataContainer*)fInputs->At(0);
1032       if (!cont) {
1033               Error("ExecAnalysis","Cannot execute analysis in TSelector mode without at least one top container");
1034          return;
1035       }   
1036       cont->SetData(fTree); // This will notify all consumers
1037       Long64_t entry = fTree->GetTree()->GetReadEntry();
1038       
1039 //
1040 //    Call BeginEvent() for optional input/output and MC services 
1041       if (fInputEventHandler)   fInputEventHandler  ->BeginEvent(entry);
1042       if (fOutputEventHandler)  fOutputEventHandler ->BeginEvent(entry);
1043       if (fMCtruthEventHandler) fMCtruthEventHandler->BeginEvent(entry);
1044 //
1045 //    Execute the tasks
1046 //      TIter next1(cont->GetConsumers());
1047       TIter next1(fTopTasks);
1048       while ((task=(AliAnalysisTask*)next1())) {
1049          if (fDebug >1) {
1050             cout << "    Executing task " << task->GetName() << endl;
1051          }   
1052          
1053          task->ExecuteTask(option);
1054       }
1055 //
1056 //    Call FinishEvent() for optional output and MC services 
1057       if (fInputEventHandler)   fInputEventHandler  ->FinishEvent();
1058       if (fOutputEventHandler)  fOutputEventHandler ->FinishEvent();
1059       if (fMCtruthEventHandler) fMCtruthEventHandler->FinishEvent();
1060       // Gather system information if requested
1061       if (getsysInfo && ((ncalls%fNSysInfo)==0)) 
1062          AliSysInfo::AddStamp(Form("Event#%lld",ncalls),(Int_t)ncalls);
1063       return;
1064    }   
1065    // The event loop is not controlled by TSelector   
1066 //
1067 //  Call BeginEvent() for optional input/output and MC services 
1068    if (fInputEventHandler)   fInputEventHandler  ->BeginEvent(-1);
1069    if (fOutputEventHandler)  fOutputEventHandler ->BeginEvent(-1);
1070    if (fMCtruthEventHandler) fMCtruthEventHandler->BeginEvent(-1);
1071    TIter next2(fTopTasks);
1072    while ((task=(AliAnalysisTask*)next2())) {
1073       task->SetActive(kTRUE);
1074       if (fDebug > 1) {
1075          cout << "    Executing task " << task->GetName() << endl;
1076       }   
1077       task->ExecuteTask(option);
1078    }   
1079 //
1080 // Call FinishEvent() for optional output and MC services 
1081    if (fInputEventHandler)   fInputEventHandler  ->FinishEvent();
1082    if (fOutputEventHandler)  fOutputEventHandler ->FinishEvent();
1083    if (fMCtruthEventHandler) fMCtruthEventHandler->FinishEvent();
1084 }
1085
1086 //______________________________________________________________________________
1087 void AliAnalysisManager::FinishAnalysis()
1088 {
1089 // Finish analysis.
1090 }