ANALYSIS/AliAnalysisManager.cxx

   1 /**************************************************************************
   2  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
   3  *                                                                        *
   4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
   5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
   6  *                                                                        *
   7  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
   8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
   9  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
  10  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
  11  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
  12  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
  13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
  14  **************************************************************************/
  15
  16 /* $Id$ */
  17 // Author: Andrei Gheata, 31/05/2006
  18
  19 //==============================================================================
  20 //   AliAnalysysManager - Manager analysis class. Allows creation of several
  21 // analysis tasks and data containers storing their input/output. Allows
  22 // connecting/chaining tasks via shared data containers. Serializes the current
  23 // event for all tasks depending only on initial input data.
  24 //==============================================================================
  25 //
  26 //==============================================================================
  27
  28 #include <Riostream.h>
  29
  30 #include <TClass.h>
  31 #include <TFile.h>
  32 #include <TMethodCall.h>
  33 #include <TChain.h>
  34 #include <TSystem.h>
  35 #include <TROOT.h>
  36 #include <TCanvas.h>
  37
  38 #include "AliAnalysisTask.h"
  39 #include "AliAnalysisDataContainer.h"
  40 #include "AliAnalysisDataSlot.h"
  41 #include "AliVEventHandler.h"
  42 #include "AliSysInfo.h"
  43 #include "AliAnalysisManager.h"
  44
  45 ClassImp(AliAnalysisManager)
  46
  47 AliAnalysisManager *AliAnalysisManager::fgAnalysisManager = NULL;
  48
  49 //______________________________________________________________________________
  50 AliAnalysisManager::AliAnalysisManager(const char *name, const char *title)
  51                    :TNamed(name,title),
  52                     fTree(NULL),
  53                     fInputEventHandler(NULL),
  54                     fOutputEventHandler(NULL),
  55                     fMCtruthEventHandler(NULL),
  56                     fCurrentEntry(-1),
  57                     fNSysInfo(0),
  58                     fMode(kLocalAnalysis),
  59                     fInitOK(kFALSE),
  60                     fDebug(0),
  61                     fTasks(NULL),
  62                     fTopTasks(NULL),
  63                     fZombies(NULL),
  64                     fContainers(NULL),
  65                     fInputs(NULL),
  66                     fOutputs(NULL)
  67 {
  68 // Default constructor.
  69    fgAnalysisManager = this;
  70    fTasks      = new TObjArray();
  71    fTopTasks   = new TObjArray();
  72    fZombies    = new TObjArray();
  73    fContainers = new TObjArray();
  74    fInputs     = new TObjArray();
  75    fOutputs    = new TObjArray();
  76    SetEventLoop(kTRUE);
  77 }
  78
  79 //______________________________________________________________________________
  80 AliAnalysisManager::AliAnalysisManager(const AliAnalysisManager& other)
  81                    :TNamed(other),
  82                     fTree(NULL),
  83                     fInputEventHandler(NULL),
  84                     fOutputEventHandler(NULL),
  85                     fMCtruthEventHandler(NULL),
  86                     fCurrentEntry(-1),
  87                     fNSysInfo(0),
  88                     fMode(other.fMode),
  89                     fInitOK(other.fInitOK),
  90                     fDebug(other.fDebug),
  91                     fTasks(NULL),
  92                     fTopTasks(NULL),
  93                     fZombies(NULL),
  94                     fContainers(NULL),
  95                     fInputs(NULL),
  96                     fOutputs(NULL)
  97 {
  98 // Copy constructor.
  99    fTasks      = new TObjArray(*other.fTasks);
 100    fTopTasks   = new TObjArray(*other.fTopTasks);
 101    fZombies    = new TObjArray(*other.fZombies);
 102    fContainers = new TObjArray(*other.fContainers);
 103    fInputs     = new TObjArray(*other.fInputs);
 104    fOutputs    = new TObjArray(*other.fOutputs);
 105    fgAnalysisManager = this;
 106 }
 107
 108 //______________________________________________________________________________
 109 AliAnalysisManager& AliAnalysisManager::operator=(const AliAnalysisManager& other)
 110 {
 111 // Assignment
 112    if (&other != this) {
 113       TNamed::operator=(other);
 114       fInputEventHandler   = other.fInputEventHandler;
 115       fOutputEventHandler  = other.fOutputEventHandler;
 116       fMCtruthEventHandler = other.fMCtruthEventHandler;
 117       fTree       = NULL;
 118       fCurrentEntry = -1;
 119       fNSysInfo   = other.fNSysInfo;
 120       fMode       = other.fMode;
 121       fInitOK     = other.fInitOK;
 122       fDebug      = other.fDebug;
 123       fTasks      = new TObjArray(*other.fTasks);
 124       fTopTasks   = new TObjArray(*other.fTopTasks);
 125       fZombies    = new TObjArray(*other.fZombies);
 126       fContainers = new TObjArray(*other.fContainers);
 127       fInputs     = new TObjArray(*other.fInputs);
 128       fOutputs    = new TObjArray(*other.fOutputs);
 129       fgAnalysisManager = this;
 130    }
 131    return *this;
 132 }
 133
 134 //______________________________________________________________________________
 135 AliAnalysisManager::~AliAnalysisManager()
 136 {
 137 // Destructor.
 138    if (fTasks) {fTasks->Delete(); delete fTasks;}
 139    if (fTopTasks) delete fTopTasks;
 140    if (fZombies) delete fZombies;
 141    if (fContainers) {fContainers->Delete(); delete fContainers;}
 142    if (fInputs) delete fInputs;
 143    if (fOutputs) delete fOutputs;
 144    if (fgAnalysisManager==this) fgAnalysisManager = NULL;
 145 }
 146
 147 //______________________________________________________________________________
 148 Int_t AliAnalysisManager::GetEntry(Long64_t entry, Int_t getall)
 149 {
 150 // Read one entry of the tree or a whole branch.
 151    if (fDebug > 1) {
 152       cout << "== AliAnalysisManager::GetEntry()" << endl;
 153    }
 154    fCurrentEntry = entry;
 155    return fTree ? fTree->GetTree()->GetEntry(entry, getall) : 0;
 156 }
 157
 158 //______________________________________________________________________________
 159 void AliAnalysisManager::Init(TTree *tree)
 160 {
 161   // The Init() function is called when the selector needs to initialize
 162   // a new tree or chain. Typically here the branch addresses of the tree
 163   // will be set. It is normaly not necessary to make changes to the
 164   // generated code, but the routine can be extended by the user if needed.
 165   // Init() will be called many times when running with PROOF.
 166    if (!tree) return;
 167    if (fDebug > 1) {
 168       printf("->AliAnalysisManager::InitTree(%s)\n", tree->GetName());
 169    }
 170
 171    // Call InitTree of EventHandler
 172    if (fOutputEventHandler) {
 173       if (fMode == kProofAnalysis) {
 174          fOutputEventHandler->Init(0x0, "proof");
 175       } else {
 176          fOutputEventHandler->Init(0x0, "local");
 177       }
 178    }
 179
 180    if (fInputEventHandler) {
 181       if (fMode == kProofAnalysis) {
 182          fInputEventHandler->Init(tree, "proof");
 183       } else {
 184          fInputEventHandler->Init(tree, "local");
 185       }
 186    } else {
 187       // If no input event handler we need to get the tree once
 188       // for the chain
 189       if(!tree->GetTree()) tree->LoadTree(0);
 190    }
 191
 192
 193    if (fMCtruthEventHandler) {
 194       if (fMode == kProofAnalysis) {
 195          fMCtruthEventHandler->Init(0x0, "proof");
 196       } else {
 197          fMCtruthEventHandler->Init(0x0, "local");
 198       }
 199    }
 200
 201    if (!fInitOK) InitAnalysis();
 202    if (!fInitOK) return;
 203    fTree = tree;
 204    AliAnalysisDataContainer *top = (AliAnalysisDataContainer*)fInputs->At(0);
 205    if (!top) {
 206       cout<<"Error: No top input container !" <<endl;
 207       return;
 208    }
 209    top->SetData(tree);
 210    if (fDebug > 1) {
 211       printf("<-AliAnalysisManager::Init(%s)\n", tree->GetName());
 212    }
 213 }
 214
 215 //______________________________________________________________________________
 216 void AliAnalysisManager::SlaveBegin(TTree *tree)
 217 {
 218   // The SlaveBegin() function is called after the Begin() function.
 219   // When running with PROOF SlaveBegin() is called on each slave server.
 220   // The tree argument is deprecated (on PROOF 0 is passed).
 221    if (fDebug > 1) {
 222       cout << "->AliAnalysisManager::SlaveBegin()" << endl;
 223    }
 224
 225    // Call Init of EventHandler
 226    if (fOutputEventHandler) {
 227       if (fMode == kProofAnalysis) {
 228          fOutputEventHandler->Init("proof");
 229       } else {
 230          fOutputEventHandler->Init("local");
 231       }
 232    }
 233
 234    if (fInputEventHandler) {
 235       fInputEventHandler->SetInputTree(tree);
 236       if (fMode == kProofAnalysis) {
 237          fInputEventHandler->Init("proof");
 238       } else {
 239          fInputEventHandler->Init("local");
 240       }
 241    }
 242
 243    if (fMCtruthEventHandler) {
 244       if (fMode == kProofAnalysis) {
 245          fMCtruthEventHandler->Init("proof");
 246       } else {
 247          fMCtruthEventHandler->Init("local");
 248       }
 249    }
 250
 251    TIter next(fTasks);
 252    AliAnalysisTask *task;
 253    // Call CreateOutputObjects for all tasks
 254    while ((task=(AliAnalysisTask*)next())) {
 255       TDirectory *curdir = gDirectory;
 256       task->CreateOutputObjects();
 257       if (curdir) curdir->cd();
 258    }
 259
 260    if (fDebug > 1) {
 261       cout << "<-AliAnalysisManager::SlaveBegin()" << endl;
 262    }
 263 }
 264
 265 //______________________________________________________________________________
 266 Bool_t AliAnalysisManager::Notify()
 267 {
 268    // The Notify() function is called when a new file is opened. This
 269    // can be either for a new TTree in a TChain or when when a new TTree
 270    // is started when using PROOF. It is normaly not necessary to make changes
 271    // to the generated code, but the routine can be extended by the
 272    // user if needed. The return value is currently not used.
 273     if (fTree) {
 274         TFile *curfile = fTree->GetCurrentFile();
 275         if (curfile && fDebug>1) printf("AliAnalysisManager::Notify() file: %s\n", curfile->GetName());
 276         TIter next(fTasks);
 277         AliAnalysisTask *task;
 278         // Call Notify for all tasks
 279         while ((task=(AliAnalysisTask*)next()))
 280             task->Notify();
 281
 282         // Call Notify of the event handlers
 283         if (fInputEventHandler) {
 284             fInputEventHandler->Notify(curfile->GetName());
 285         }
 286
 287         if (fOutputEventHandler) {
 288             fOutputEventHandler->Notify(curfile->GetName());
 289         }
 290
 291         if (fMCtruthEventHandler) {
 292             fMCtruthEventHandler->Notify(curfile->GetName());
 293         }
 294
 295     }
 296     return kTRUE;
 297 }
 298
 299 //______________________________________________________________________________
 300 Bool_t AliAnalysisManager::Process(Long64_t entry)
 301 {
 302   // The Process() function is called for each entry in the tree (or possibly
 303   // keyed object in the case of PROOF) to be processed. The entry argument
 304   // specifies which entry in the currently loaded tree is to be processed.
 305   // It can be passed to either TTree::GetEntry() or TBranch::GetEntry()
 306   // to read either all or the required parts of the data. When processing
 307   // keyed objects with PROOF, the object is already loaded and is available
 308   // via the fObject pointer.
 309   //
 310   // This function should contain the "body" of the analysis. It can contain
 311   // simple or elaborate selection criteria, run algorithms on the data
 312   // of the event and typically fill histograms.
 313
 314   // WARNING when a selector is used with a TChain, you must use
 315   //  the pointer to the current TTree to call GetEntry(entry).
 316   //  The entry is always the local entry number in the current tree.
 317   //  Assuming that fChain is the pointer to the TChain being processed,
 318   //  use fChain->GetTree()->GetEntry(entry).
 319    if (fDebug > 1) {
 320       cout << "->AliAnalysisManager::Process(" << entry << ")" << endl;
 321    }
 322    if (fInputEventHandler)   fInputEventHandler  ->BeginEvent(entry);
 323    if (fOutputEventHandler)  fOutputEventHandler ->BeginEvent(entry);
 324    if (fMCtruthEventHandler) fMCtruthEventHandler->BeginEvent(entry);
 325
 326    GetEntry(entry);
 327    ExecAnalysis();
 328    if (fDebug > 1) {
 329       cout << "<-AliAnalysisManager::Process()" << endl;
 330    }
 331    return kTRUE;
 332 }
 333
 334 //______________________________________________________________________________
 335 void AliAnalysisManager::PackOutput(TList *target)
 336 {
 337   // Pack all output data containers in the output list. Called at SlaveTerminate
 338   // stage in PROOF case for each slave.
 339    if (fDebug > 1) {
 340       cout << "->AliAnalysisManager::PackOutput()" << endl;
 341    }
 342    if (!target) {
 343       Error("PackOutput", "No target. Aborting.");
 344       return;
 345    }
 346    if (fInputEventHandler)   fInputEventHandler  ->Terminate();
 347    if (fOutputEventHandler)  fOutputEventHandler ->Terminate();
 348    if (fMCtruthEventHandler) fMCtruthEventHandler->Terminate();
 349
 350    if (fMode == kProofAnalysis) {
 351       TIter next(fOutputs);
 352       AliAnalysisDataContainer *output;
 353       while ((output=(AliAnalysisDataContainer*)next())) {
 354          if (output->GetData() && !output->IsSpecialOutput()) {
 355             if (output->GetProducer()->IsPostEventLoop()) continue;
 356             AliAnalysisDataWrapper *wrap = output->ExportData();
 357             // Output wrappers must delete data after merging (AG 13/11/07)
 358             wrap->SetDeleteData(kTRUE);
 359             if (fDebug > 1) printf("   Packing container %s...\n", output->GetName());
 360             target->Add(wrap);
 361          }
 362          // Special outputs files are closed and copied on the remote location
 363          if (output->IsSpecialOutput() && strlen(output->GetFileName())) {
 364             TFile *file = (TFile*)gROOT->GetListOfFiles()->FindObject(output->GetFileName());
 365             if (!file) continue;
 366             file->cd();
 367             if (output->GetData()) output->GetData()->Write();
 368             file->Close();
 369             if (strlen(fSpecialOutputLocation.Data())) {
 370                TString remote = fSpecialOutputLocation;
 371                remote += "/";
 372                Int_t gid = gROOT->ProcessLine("gProofServ->GetGroupId();");
 373                remote += Form("%s_%d", gSystem->HostName(), gid);
 374                remote += output->GetFileName();
 375                TFile::Cp(output->GetFileName(), remote.Data());
 376             }
 377          }
 378       }
 379    }
 380    if (fDebug > 1) {
 381       printf("<-AliAnalysisManager::PackOutput: output list contains %d containers\n", target->GetSize());
 382    }
 383 }
 384
 385 //______________________________________________________________________________
 386 void AliAnalysisManager::ImportWrappers(TList *source)
 387 {
 388 // Import data in output containers from wrappers coming in source.
 389    if (fDebug > 1) {
 390       cout << "->AliAnalysisManager::ImportWrappers()" << endl;
 391    }
 392    TIter next(fOutputs);
 393    AliAnalysisDataContainer *cont;
 394    AliAnalysisDataWrapper   *wrap;
 395    Int_t icont = 0;
 396    while ((cont=(AliAnalysisDataContainer*)next())) {
 397       if (cont->GetProducer()->IsPostEventLoop() ||
 398           cont->IsSpecialOutput()) continue;
 399       wrap = (AliAnalysisDataWrapper*)source->FindObject(cont->GetName());
 400       if (!wrap && fDebug>1) {
 401          printf("(WW) ImportWrappers: container %s not found in analysis output !\n", cont->GetName());
 402          continue;
 403       }
 404       icont++;
 405       if (fDebug > 1) printf("   Importing data for container %s\n", wrap->GetName());
 406       if (cont->GetFileName()) printf("    -> %s\n", cont->GetFileName());
 407       cont->ImportData(wrap);
 408    }
 409    if (fDebug > 1) {
 410       cout << "<-AliAnalysisManager::ImportWrappers(): "<< icont << " containers imported" << endl;
 411    }
 412 }
 413
 414 //______________________________________________________________________________
 415 void AliAnalysisManager::UnpackOutput(TList *source)
 416 {
 417   // Called by AliAnalysisSelector::Terminate. Output containers should
 418   // be in source in the same order as in fOutputs.
 419    if (fDebug > 1) {
 420       cout << "->AliAnalysisManager::UnpackOutput()" << endl;
 421    }
 422    if (!source) {
 423       Error("UnpackOutput", "No target. Aborting.");
 424       return;
 425    }
 426    if (fDebug > 1) {
 427       printf("   Source list contains %d containers\n", source->GetSize());
 428    }
 429
 430    if (fMode == kProofAnalysis) ImportWrappers(source);
 431
 432    TIter next(fOutputs);
 433    AliAnalysisDataContainer *output;
 434    while ((output=(AliAnalysisDataContainer*)next())) {
 435       if (!output->GetData()) continue;
 436       // Check if there are client tasks that run post event loop
 437       if (output->HasConsumers()) {
 438          // Disable event loop semaphore
 439          output->SetPostEventLoop(kTRUE);
 440          TObjArray *list = output->GetConsumers();
 441          Int_t ncons = list->GetEntriesFast();
 442          for (Int_t i=0; i<ncons; i++) {
 443             AliAnalysisTask *task = (AliAnalysisTask*)list->At(i);
 444             task->CheckNotify(kTRUE);
 445             // If task is active, execute it
 446             if (task->IsPostEventLoop() && task->IsActive()) {
 447                if (fDebug > 1) {
 448                   cout << "== Executing post event loop task " << task->GetName() << endl;
 449                }
 450                task->ExecuteTask();
 451             }
 452          }
 453       }
 454       // Check if the output need to be written to a file.
 455       const char *filename = output->GetFileName();
 456       if (!(strcmp(filename, "default"))) {
 457           if (fOutputEventHandler) filename = fOutputEventHandler->GetOutputFileName();
 458       }
 459
 460       if (!filename || !strlen(filename)) continue;
 461       TFile *file = (TFile*)gROOT->GetListOfFiles()->FindObject(filename);
 462       TDirectory *opwd = gDirectory;
 463       if (file) file->cd();
 464       else      file = new TFile(filename, "RECREATE");
 465       if (file->IsZombie()) continue;
 466       // Reparent data to this file
 467       TMethodCall callEnv;
 468       if (output->GetData()->IsA())
 469          callEnv.InitWithPrototype(output->GetData()->IsA(), "SetDirectory", "TDirectory*");
 470       if (callEnv.IsValid()) {
 471          callEnv.SetParam((Long_t) file);
 472          callEnv.Execute(output->GetData());
 473       }
 474       output->GetData()->Write();
 475       if (opwd) opwd->cd();
 476    }
 477    if (fDebug > 1) {
 478       cout << "<-AliAnalysisManager::UnpackOutput()" << endl;
 479    }
 480 }
 481
 482 //______________________________________________________________________________
 483 void AliAnalysisManager::Terminate()
 484 {
 485   // The Terminate() function is the last function to be called during
 486   // a query. It always runs on the client, it can be used to present
 487   // the results graphically.
 488    if (fDebug > 1) {
 489       cout << "->AliAnalysisManager::Terminate()" << endl;
 490    }
 491    AliAnalysisTask *task;
 492    TIter next(fTasks);
 493    // Call Terminate() for tasks
 494    while ((task=(AliAnalysisTask*)next())) task->Terminate();
 495    if (fDebug > 1) {
 496       cout << "<-AliAnalysisManager::Terminate()" << endl;
 497    }
 498    //
 499    if (fInputEventHandler)   fInputEventHandler  ->TerminateIO();
 500    if (fOutputEventHandler)  fOutputEventHandler ->TerminateIO();
 501    if (fMCtruthEventHandler) fMCtruthEventHandler->TerminateIO();
 502    TIter next1(fOutputs);
 503    AliAnalysisDataContainer *output;
 504    while ((output=(AliAnalysisDataContainer*)next1())) {
 505       // Close all files at output
 506       const char *filename = output->GetFileName();
 507       if (!(strcmp(filename, "default"))) {
 508          if (fOutputEventHandler) filename = fOutputEventHandler->GetOutputFileName();
 509       }
 510
 511       if (!filename || !strlen(filename)) continue;
 512       TFile *file = (TFile*)gROOT->GetListOfFiles()->FindObject(filename);
 513       if (!file || file->IsZombie()) continue;
 514       file->Close();
 515    }
 516
 517    Bool_t getsysInfo = ((fNSysInfo>0) && (fMode==kLocalAnalysis))?kTRUE:kFALSE;
 518    if (getsysInfo) {
 519       TDirectory *cdir = gDirectory;
 520       TFile f("syswatch.root", "RECREATE");
 521       if (!f.IsZombie()) {
 522          TTree *tree = AliSysInfo::MakeTree("syswatch.log");
 523          tree->SetMarkerStyle(kCircle);
 524          tree->SetMarkerColor(kBlue);
 525          tree->SetMarkerSize(0.5);
 526          if (!gROOT->IsBatch()) {
 527             tree->SetAlias("event", "id0");
 528             tree->SetAlias("memUSED", "mi.fMemUsed");
 529             tree->SetAlias("userCPU", "pI.fCpuUser");
 530             TCanvas *c = new TCanvas("SysInfo","SysInfo",10,10,800,600);
 531             c->Divide(2,1,0.01,0.01);
 532             c->cd(1);
 533             tree->Draw("memUSED:event","","", 1234567890, 0);
 534             c->cd(2);
 535             tree->Draw("userCPU:event","","", 1234567890, 0);
 536          }
 537          tree->Write();
 538          f.Close();
 539          delete tree;
 540       }
 541       if (cdir) cdir->cd();
 542    }
 543 }
 544
 545 //______________________________________________________________________________
 546 void AliAnalysisManager::AddTask(AliAnalysisTask *task)
 547 {
 548 // Adds a user task to the global list of tasks.
 549    task->SetActive(kFALSE);
 550    fTasks->Add(task);
 551 }
 552
 553 //______________________________________________________________________________
 554 AliAnalysisTask *AliAnalysisManager::GetTask(const char *name) const
 555 {
 556 // Retreive task by name.
 557    if (!fTasks) return NULL;
 558    return (AliAnalysisTask*)fTasks->FindObject(name);
 559 }
 560
 561 //______________________________________________________________________________
 562 AliAnalysisDataContainer *AliAnalysisManager::CreateContainer(const char *name,
 563                                 TClass *datatype, EAliAnalysisContType type, const char *filename)
 564 {
 565 // Create a data container of a certain type. Types can be:
 566 //   kExchangeContainer  = 0, used to exchange date between tasks
 567 //   kInputContainer   = 1, used to store input data
 568 //   kOutputContainer  = 2, used for posting results
 569    if (fContainers->FindObject(name)) {
 570       Error("CreateContainer","A container named %s already defined !\n",name);
 571       return NULL;
 572    }
 573    AliAnalysisDataContainer *cont = new AliAnalysisDataContainer(name, datatype);
 574    fContainers->Add(cont);
 575    switch (type) {
 576       case kInputContainer:
 577          fInputs->Add(cont);
 578          break;
 579       case kOutputContainer:
 580          fOutputs->Add(cont);
 581          if (filename && strlen(filename)) {
 582             cont->SetFileName(filename);
 583             cont->SetDataOwned(kFALSE);  // data owned by the file
 584          }
 585          break;
 586       case kExchangeContainer:
 587          break;
 588    }
 589    return cont;
 590 }
 591
 592 //______________________________________________________________________________
 593 Bool_t AliAnalysisManager::ConnectInput(AliAnalysisTask *task, Int_t islot,
 594                                         AliAnalysisDataContainer *cont)
 595 {
 596 // Connect input of an existing task to a data container.
 597    if (!fTasks->FindObject(task)) {
 598       AddTask(task);
 599       Warning("ConnectInput", "Task %s not registered. Now owned by analysis manager", task->GetName());
 600    }
 601    Bool_t connected = task->ConnectInput(islot, cont);
 602    return connected;
 603 }
 604
 605 //______________________________________________________________________________
 606 Bool_t AliAnalysisManager::ConnectOutput(AliAnalysisTask *task, Int_t islot,
 607                                         AliAnalysisDataContainer *cont)
 608 {
 609 // Connect output of an existing task to a data container.
 610    if (!fTasks->FindObject(task)) {
 611       AddTask(task);
 612       Warning("ConnectOutput", "Task %s not registered. Now owned by analysis manager", task->GetName());
 613    }
 614    Bool_t connected = task->ConnectOutput(islot, cont);
 615    return connected;
 616 }
 617
 618 //______________________________________________________________________________
 619 void AliAnalysisManager::CleanContainers()
 620 {
 621 // Clean data from all containers that have already finished all client tasks.
 622    TIter next(fContainers);
 623    AliAnalysisDataContainer *cont;
 624    while ((cont=(AliAnalysisDataContainer *)next())) {
 625       if (cont->IsOwnedData() &&
 626           cont->IsDataReady() &&
 627           cont->ClientsExecuted()) cont->DeleteData();
 628    }
 629 }
 630
 631 //______________________________________________________________________________
 632 Bool_t AliAnalysisManager::InitAnalysis()
 633 {
 634 // Initialization of analysis chain of tasks. Should be called after all tasks
 635 // and data containers are properly connected
 636    // Check for input/output containers
 637    fInitOK = kFALSE;
 638    // Check for top tasks (depending only on input data containers)
 639    if (!fTasks->First()) {
 640       Error("InitAnalysis", "Analysis has no tasks !");
 641       return kFALSE;
 642    }
 643    TIter next(fTasks);
 644    AliAnalysisTask *task;
 645    AliAnalysisDataContainer *cont;
 646    Int_t ntop = 0;
 647    Int_t nzombies = 0;
 648    Bool_t iszombie = kFALSE;
 649    Bool_t istop = kTRUE;
 650    Int_t i;
 651    while ((task=(AliAnalysisTask*)next())) {
 652       istop = kTRUE;
 653       iszombie = kFALSE;
 654       Int_t ninputs = task->GetNinputs();
 655       for (i=0; i<ninputs; i++) {
 656          cont = task->GetInputSlot(i)->GetContainer();
 657          if (!cont) {
 658             if (!iszombie) {
 659                task->SetZombie();
 660                fZombies->Add(task);
 661                nzombies++;
 662                iszombie = kTRUE;
 663             }
 664             Error("InitAnalysis", "Input slot %d of task %s has no container connected ! Declared zombie...",
 665                   i, task->GetName());
 666          }
 667          if (iszombie) continue;
 668          // Check if cont is an input container
 669          if (istop && !fInputs->FindObject(cont)) istop=kFALSE;
 670          // Connect to parent task
 671       }
 672       if (istop) {
 673          ntop++;
 674          fTopTasks->Add(task);
 675       }
 676    }
 677    if (!ntop) {
 678       Error("InitAnalysis", "No top task defined. At least one task should be connected only to input containers");
 679       return kFALSE;
 680    }
 681    // Check now if there are orphan tasks
 682    for (i=0; i<ntop; i++) {
 683       task = (AliAnalysisTask*)fTopTasks->At(i);
 684       task->SetUsed();
 685    }
 686    Int_t norphans = 0;
 687    next.Reset();
 688    while ((task=(AliAnalysisTask*)next())) {
 689       if (!task->IsUsed()) {
 690          norphans++;
 691          Warning("InitAnalysis", "Task %s is orphan", task->GetName());
 692       }
 693    }
 694    // Check the task hierarchy (no parent task should depend on data provided
 695    // by a daughter task)
 696    for (i=0; i<ntop; i++) {
 697       task = (AliAnalysisTask*)fTopTasks->At(i);
 698       if (task->CheckCircularDeps()) {
 699          Error("InitAnalysis", "Found illegal circular dependencies between following tasks:");
 700          PrintStatus("dep");
 701          return kFALSE;
 702       }
 703    }
 704    // Check that all containers feeding post-event loop tasks are in the outputs list
 705    TIter nextcont(fContainers); // loop over all containers
 706    while ((cont=(AliAnalysisDataContainer*)nextcont())) {
 707       if (!cont->IsPostEventLoop() && !fOutputs->FindObject(cont)) {
 708          if (cont->HasConsumers()) {
 709          // Check if one of the consumers is post event loop
 710             TIter nextconsumer(cont->GetConsumers());
 711             while ((task=(AliAnalysisTask*)nextconsumer())) {
 712                if (task->IsPostEventLoop()) {
 713                   fOutputs->Add(cont);
 714                   break;
 715                }
 716             }
 717          }
 718       }
 719    }
 720    fInitOK = kTRUE;
 721    return kTRUE;
 722 }
 723
 724 //______________________________________________________________________________
 725 void AliAnalysisManager::PrintStatus(Option_t *option) const
 726 {
 727 // Print task hierarchy.
 728    if (!fInitOK) {
 729       Info("PrintStatus", "Analysis manager %s not initialized : call InitAnalysis() first", GetName());
 730       return;
 731    }
 732    Bool_t getsysInfo = ((fNSysInfo>0) && (fMode==kLocalAnalysis))?kTRUE:kFALSE;
 733    if (getsysInfo)
 734       Info("PrintStatus", "System information will be collected each %lld events", fNSysInfo);
 735    TIter next(fTopTasks);
 736    AliAnalysisTask *task;
 737    while ((task=(AliAnalysisTask*)next()))
 738       task->PrintTask(option);
 739 }
 740
 741 //______________________________________________________________________________
 742 void AliAnalysisManager::ResetAnalysis()
 743 {
 744 // Reset all execution flags and clean containers.
 745    CleanContainers();
 746 }
 747
 748 //______________________________________________________________________________
 749 void AliAnalysisManager::StartAnalysis(const char *type, TTree *tree, Long64_t nentries, Long64_t firstentry)
 750 {
 751 // Start analysis for this manager. Analysis task can be: LOCAL, PROOF or GRID.
 752 // Process nentries starting from firstentry
 753    if (!fInitOK) {
 754       Error("StartAnalysis","Analysis manager was not initialized !");
 755       return;
 756    }
 757    if (fDebug>1) {
 758       cout << "StartAnalysis: " << GetName() << endl;
 759    }
 760    TString anaType = type;
 761    anaType.ToLower();
 762    fMode = kLocalAnalysis;
 763    if (tree) {
 764       if (anaType.Contains("proof"))     fMode = kProofAnalysis;
 765       else if (anaType.Contains("grid")) fMode = kGridAnalysis;
 766    }
 767    if (fMode == kGridAnalysis) {
 768       Warning("StartAnalysis", "GRID analysis mode not implemented. Running local.");
 769       fMode = kLocalAnalysis;
 770    }
 771    char line[256];
 772    SetEventLoop(kFALSE);
 773    // Disable all branches if requested and set event loop mode
 774    if (tree) {
 775       if (TestBit(kDisableBranches)) {
 776          printf("Disabling all branches...\n");
 777 //         tree->SetBranchStatus("*",0); // not yet working
 778       }
 779       SetEventLoop(kTRUE);
 780    }
 781
 782    TChain *chain = 0;
 783    TString ttype = "TTree";
 784    if (tree->IsA() == TChain::Class()) {
 785       chain = (TChain*)tree;
 786       if (!chain || !chain->GetListOfFiles()->First()) {
 787          Error("StartAnalysis", "Cannot process null or empty chain...");
 788          return;
 789       }
 790       ttype = "TChain";
 791    }
 792
 793    // Initialize locally all tasks
 794    TIter next(fTasks);
 795    AliAnalysisTask *task;
 796    while ((task=(AliAnalysisTask*)next())) {
 797       task->LocalInit();
 798    }
 799
 800    switch (fMode) {
 801       case kLocalAnalysis:
 802          if (!tree) {
 803             TIter next(fTasks);
 804             AliAnalysisTask *task;
 805             // Call CreateOutputObjects for all tasks
 806             while ((task=(AliAnalysisTask*)next())) {
 807                TDirectory *curdir = gDirectory;
 808                task->CreateOutputObjects();
 809                if (curdir) curdir->cd();
 810             }
 811             ExecAnalysis();
 812             Terminate();
 813             return;
 814          }
 815          // Run tree-based analysis via AliAnalysisSelector
 816          cout << "===== RUNNING LOCAL ANALYSIS " << GetName() << " ON TREE " << tree->GetName() << endl;
 817          sprintf(line, "AliAnalysisSelector *selector = new AliAnalysisSelector((AliAnalysisManager*)0x%lx);",(ULong_t)this);
 818          gROOT->ProcessLine(line);
 819          sprintf(line, "((%s*)0x%lx)->Process(selector, \"\",%lld, %lld);",ttype.Data(),(ULong_t)tree, nentries, firstentry);
 820          gROOT->ProcessLine(line);
 821          break;
 822       case kProofAnalysis:
 823          if (!gROOT->GetListOfProofs() || !gROOT->GetListOfProofs()->GetEntries()) {
 824             printf("StartAnalysis: no PROOF!!!\n");
 825             return;
 826          }
 827          sprintf(line, "gProof->AddInput((TObject*)0x%lx);", (ULong_t)this);
 828          gROOT->ProcessLine(line);
 829          if (chain) {
 830             chain->SetProof();
 831             cout << "===== RUNNING PROOF ANALYSIS " << GetName() << " ON CHAIN " << chain->GetName() << endl;
 832             chain->Process("AliAnalysisSelector", "", nentries, firstentry);
 833          } else {
 834             printf("StartAnalysis: no chain\n");
 835             return;
 836          }
 837          break;
 838       case kGridAnalysis:
 839          Warning("StartAnalysis", "GRID analysis mode not implemented. Running local.");
 840    }
 841 }
 842
 843 //______________________________________________________________________________
 844 void AliAnalysisManager::StartAnalysis(const char *type, const char *dataset, Long64_t nentries, Long64_t firstentry)
 845 {
 846 // Start analysis for this manager on a given dataset. Analysis task can be:
 847 // LOCAL, PROOF or GRID. Process nentries starting from firstentry.
 848    if (!fInitOK) {
 849       Error("StartAnalysis","Analysis manager was not initialized !");
 850       return;
 851    }
 852    if (fDebug>1) {
 853       cout << "StartAnalysis: " << GetName() << endl;
 854    }
 855    TString anaType = type;
 856    anaType.ToLower();
 857    if (!anaType.Contains("proof")) {
 858       Error("Cannot process datasets in %s mode. Try PROOF.", type);
 859       return;
 860    }
 861    fMode = kProofAnalysis;
 862    char line[256];
 863    SetEventLoop(kTRUE);
 864    // Set the dataset flag
 865    TObject::SetBit(kUseDataSet);
 866    fTree = 0;
 867
 868    // Initialize locally all tasks
 869    TIter next(fTasks);
 870    AliAnalysisTask *task;
 871    while ((task=(AliAnalysisTask*)next())) {
 872       task->LocalInit();
 873    }
 874
 875    if (!gROOT->GetListOfProofs() || !gROOT->GetListOfProofs()->GetEntries()) {
 876       printf("StartAnalysis: no PROOF!!!\n");
 877       return;
 878    }
 879    sprintf(line, "gProof->AddInput((TObject*)0x%lx);", (ULong_t)this);
 880    gROOT->ProcessLine(line);
 881    sprintf(line, "gProof->GetDataSet(\"%s\");", dataset);
 882    if (!gROOT->ProcessLine(line)) {
 883       Error("StartAnalysis", "Dataset %s not found", dataset);
 884       return;
 885    }
 886    sprintf(line, "gProof->Process(\"%s\", \"AliAnalysisSelector\", \"\", %lld, %lld);",
 887            dataset, nentries, firstentry);
 888    cout << "===== RUNNING PROOF ANALYSIS " << GetName() << " ON DATASET " << dataset << endl;
 889    gROOT->ProcessLine(line);
 890 }
 891
 892 //______________________________________________________________________________
 893 void AliAnalysisManager::ExecAnalysis(Option_t *option)
 894 {
 895 // Execute analysis.
 896    static Long64_t ncalls = 0;
 897    Bool_t getsysInfo = ((fNSysInfo>0) && (fMode==kLocalAnalysis))?kTRUE:kFALSE;
 898    if (getsysInfo && ncalls==0) AliSysInfo::AddStamp("Start", (Int_t)ncalls);
 899    ncalls++;
 900    if (!fInitOK) {
 901      Error("ExecAnalysis", "Analysis manager was not initialized !");
 902       return;
 903    }
 904    AliAnalysisTask *task;
 905    // Check if the top tree is active.
 906    if (fTree) {
 907       TIter next(fTasks);
 908    // De-activate all tasks
 909       while ((task=(AliAnalysisTask*)next())) task->SetActive(kFALSE);
 910       AliAnalysisDataContainer *cont = (AliAnalysisDataContainer*)fInputs->At(0);
 911       if (!cont) {
 912               Error("ExecAnalysis","Cannot execute analysis in TSelector mode without at least one top container");
 913          return;
 914       }
 915       cont->SetData(fTree); // This will notify all consumers
 916       Long64_t entry = fTree->GetTree()->GetReadEntry();
 917
 918 //
 919 //    Call BeginEvent() for optional input/output and MC services
 920       if (fInputEventHandler)   fInputEventHandler  ->BeginEvent(entry);
 921       if (fOutputEventHandler)  fOutputEventHandler ->BeginEvent(entry);
 922       if (fMCtruthEventHandler) fMCtruthEventHandler->BeginEvent(entry);
 923 //
 924 //    Execute the tasks
 925       TIter next1(cont->GetConsumers());
 926       while ((task=(AliAnalysisTask*)next1())) {
 927          if (fDebug >1) {
 928             cout << "    Executing task " << task->GetName() << endl;
 929          }
 930
 931          task->ExecuteTask(option);
 932       }
 933 //
 934 //    Call FinishEvent() for optional output and MC services
 935       if (fInputEventHandler)   fInputEventHandler  ->FinishEvent();
 936       if (fOutputEventHandler)  fOutputEventHandler ->FinishEvent();
 937       if (fMCtruthEventHandler) fMCtruthEventHandler->FinishEvent();
 938       // Gather system information if requested
 939       if (getsysInfo && ((ncalls%fNSysInfo)==0))
 940          AliSysInfo::AddStamp(Form("Event#%lld",ncalls),(Int_t)ncalls);
 941       return;
 942    }
 943    // The event loop is not controlled by TSelector
 944 //
 945 //  Call BeginEvent() for optional input/output and MC services
 946    if (fInputEventHandler)   fInputEventHandler  ->BeginEvent(-1);
 947    if (fOutputEventHandler)  fOutputEventHandler ->BeginEvent(-1);
 948    if (fMCtruthEventHandler) fMCtruthEventHandler->BeginEvent(-1);
 949    TIter next2(fTopTasks);
 950    while ((task=(AliAnalysisTask*)next2())) {
 951       task->SetActive(kTRUE);
 952       if (fDebug > 1) {
 953          cout << "    Executing task " << task->GetName() << endl;
 954       }
 955       task->ExecuteTask(option);
 956    }
 957 //
 958 // Call FinishEvent() for optional output and MC services
 959    if (fInputEventHandler)   fInputEventHandler  ->FinishEvent();
 960    if (fOutputEventHandler)  fOutputEventHandler ->FinishEvent();
 961    if (fMCtruthEventHandler) fMCtruthEventHandler->FinishEvent();
 962 }
 963
 964 //______________________________________________________________________________
 965 void AliAnalysisManager::FinishAnalysis()
 966 {
 967 // Finish analysis.
 968 }