Added loop for extraction of clusters really attached to its track.
[u/mrichter/AliRoot.git] / ANALYSIS / AliAnalysisTaskCfg.cxx
1 /**************************************************************************
2  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
3  *                                                                        *
4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
6  *                                                                        *
7  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
9  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
10  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
11  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
12  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
14  **************************************************************************/
15
16 #include "AliAnalysisTaskCfg.h"
17 #include "AliAnalysisManager.h"
18
19 #include "Riostream.h"
20 #include "TError.h"
21 #include "TMacro.h"
22 #include "TInterpreter.h"
23 #include "TSystem.h"
24 #include "TObjArray.h"
25 #include "TObjString.h"
26 #include "TList.h"
27
28 // Author: Andrei Gheata, 12/08/2011
29
30 //==============================================================================
31 //   AliAnalysysTaskCfg - Class embedding the configuration needed to run
32 // a given analysis task: libraries to be loaded, location and name of the macro
33 // used to add the task to the analysis manager, dependencies.
34 //==============================================================================
35
36 // This class is used to fully describe how to run a given analysis task. It
37 // requires that the user creates an AddTask macro for his task and defines:
38 //  - The needed libs separated by commas,
39 //  - The full path to the AddTask macro (starting with $ALICE_ROOT if needed)
40 //  - The list of arguments to be provided to the AddTask macro. One can use
41 //    here only constants that can be interpreted.
42 //  - The list of dependencies (other modules required to run this task). These
43 //    must be names of other AliAnalysisTaskCfg objects, separated by commas.
44 //  - Data types supported by the task (e.g. ESD, AOD, MC)
45 // The class has normal ROOT IO, but it can also read from and write to text files.
46 // An example:
47 // Content of file: QAsym.cfg
48 /*
49 # Lines that do not start with #Module are ignored, except those in embedded
50   macro blocks
51 #Module.Begin        QAsym
52 #Module.Libs         PWGPP
53 #Module.Deps         PhysicsSelection
54 #Module.DataTypes    ESD, AOD, MC
55 #Module.MacroName    $ALICE_ROOT/PWGPP/PilotTrain/AddTaskQAsym.C
56 #Module.MacroArgs    0, AliVEvent::kAnyINT, AliVEvent::kHighMult, AliVEvent::kEMC7, AliVEvent::kMUU7
57 #Module.OutputFile   
58 #Module.TerminateFile
59 #Module.StartConfig  
60 __R_ADDTASK__->SelectCollisionCandidates();
61 #Module.EndConfig
62 */
63 // The following special variable names can be used:
64 // __R_ADDTASK__ = the return value of the AddTask macro included
65 // __R_ESDH__    = pointer to ESD handler
66 // __R_AODH__    = pointer to AOD handler
67 // __R_MCH__     = pointer to MC handler
68 // The static method ExtractModulesFrom(const char *filename) allows reading
69 // several task configuration modules from the same text file and returning
70 // them in a TObjArray.
71 //
72 // A list of configuration modules representing a train should be injected in
73 // the right order in the grid handler to generate train macros.
74
75
76 using std::cout;
77 using std::endl;
78 using std::ios;
79 using std::ofstream;
80 using std::ifstream;
81 ClassImp(AliAnalysisTaskCfg)
82
83 //______________________________________________________________________________
84 AliAnalysisTaskCfg::AliAnalysisTaskCfg()
85                    :TNamed(),
86                     fMacroName(),
87                     fMacroArgs(),
88                     fLibs(),
89                     fDeps(),
90                     fDataTypes(),
91                     fOutputFile(),
92                     fTerminateFile(),
93                     fMacro(0),
94                     fConfigDeps(0),
95                     fRAddTask(0)
96 {
97 // I/O constructor.
98 }
99
100 //______________________________________________________________________________
101 AliAnalysisTaskCfg::AliAnalysisTaskCfg(const char *name)
102                    :TNamed(name,""),
103                     fMacroName(),
104                     fMacroArgs(),
105                     fLibs(),
106                     fDeps(),
107                     fDataTypes(),
108                     fOutputFile(),
109                     fTerminateFile(),
110                     fMacro(0),
111                     fConfigDeps(0),
112                     fRAddTask(0)
113 {
114 // Constructor. All configuration objects need to be named since they are looked
115 // for by name.
116 }
117
118 //______________________________________________________________________________
119 AliAnalysisTaskCfg::AliAnalysisTaskCfg(const AliAnalysisTaskCfg &other)
120                    :TNamed(other),
121                     fMacroName(other.fMacroName),
122                     fMacroArgs(other.fMacroArgs),
123                     fLibs(other.fLibs),
124                     fDeps(other.fDeps),
125                     fDataTypes(other.fDataTypes),
126                     fOutputFile(other.fOutputFile),
127                     fTerminateFile(other.fTerminateFile),
128                     fMacro(0),
129                     fConfigDeps(0),
130                     fRAddTask(0)
131 {
132 // Copy constructor.
133    if (other.fMacro) fMacro = new TMacro(*other.fMacro);
134    if (other.fConfigDeps) fConfigDeps = new TMacro(*other.fConfigDeps);
135 }   
136
137 //______________________________________________________________________________
138 AliAnalysisTaskCfg::~AliAnalysisTaskCfg()
139 {
140 // Destructor.
141    delete fMacro;
142    delete fConfigDeps;
143 }
144
145 //______________________________________________________________________________
146 AliAnalysisTaskCfg& AliAnalysisTaskCfg::operator=(const AliAnalysisTaskCfg &other)
147 {
148 // Assignment operator.
149    if (&other == this) return *this;
150    TNamed::operator=(other);
151    fMacroName = other.fMacroName;
152    fMacroArgs = other.fMacroArgs;
153    fLibs      = other.fLibs;
154    fDeps      = other.fDeps;
155    fDataTypes = other.fDataTypes;
156    fOutputFile = other.fOutputFile;
157    fTerminateFile = other.fTerminateFile;
158    if (other.fMacro) fMacro = new TMacro(*other.fMacro);
159    if (other.fConfigDeps) fConfigDeps = new TMacro(*other.fConfigDeps);
160    fRAddTask  = other.fRAddTask;
161    return *this;
162 }
163    
164 //______________________________________________________________________________
165 TMacro *AliAnalysisTaskCfg::OpenMacro(const char *name)
166 {
167 // Opens the specified macro if name is not empty. In case of success updates
168 // fMacroName, creates the maco object and returns its pointer.
169    // Clean-up previous macro if any
170    if (fMacro) {
171       delete fMacro;
172       fMacro = 0;
173    }   
174    TString expname;
175    if (strlen(name)) expname = gSystem->ExpandPathName(name);
176    else              expname = gSystem->ExpandPathName(fMacroName.Data());
177    if (expname.IsNull()) {
178       Error("OpenMacro", "Macro name not provided and not previously set");
179       return 0;
180    }   
181    if (gSystem->AccessPathName(expname)) {
182       Error("OpenMacro", "Macro: %s cannot be opened.", expname.Data());
183       return 0;
184    }
185    if (strlen(name)) fMacroName = name;
186    fMacro = new TMacro(expname);
187    return fMacro;
188 }   
189
190 //______________________________________________________________________________
191 void AliAnalysisTaskCfg::SetMacro(TMacro *macro)
192 {
193 // Set the AddTask macro from outside. This will discard the existing macro if
194 // any. The provided macro will be owned by this object.
195    if (fMacro) delete fMacro;
196    fMacro = macro;
197 }   
198
199 //______________________________________________________________________________
200 Long64_t AliAnalysisTaskCfg::ExecuteMacro(const char *newargs)
201 {
202 // Execute AddTask macro. Opens first the macro pointed by fMacroName if not yet
203 // done. Checks if the requested libraries are loaded, else loads them. Executes 
204 // with stored fMacroArgs unless new arguments are provided. The flag IsLoaded
205 // is set once the macro was successfully executed.
206    if (IsLoaded()) return kTRUE;
207    if (!fMacro && !OpenMacro()) {
208       Error("ExecuteMacro", "Cannot execute this macro");
209       return -1;
210    }
211    if (!CheckLoadLibraries()) {
212       Error("ExecuteMacro", "Cannot load requested libraries: %s", fLibs.Data());
213       return -1;
214    }
215    
216    AliAnalysisManager *mgr = AliAnalysisManager::GetAnalysisManager();
217    if (!mgr) {
218       Error("ExecuteMacro", "Analysis manager not defined yet");
219       return -1;
220    }
221    Int_t ntasks0 = mgr->GetTasks()->GetEntriesFast();
222    TString args = newargs;
223    if (args.IsNull()) args = fMacroArgs;
224    Int_t error = 0;
225    Long64_t retval = fMacro->Exec(args, &error);
226    if (error != TInterpreter::kNoError)
227    {
228       Error("ExecuteMacro", "Macro interpretation failed");
229       return -1;
230    }
231    Int_t ntasks = mgr->GetTasks()->GetEntriesFast();
232    if (ntasks<=ntasks0)
233    {
234       Error("ExecuteMacro", "The macro did not add any tasks to the manager");
235       return -1;
236    }
237    Long64_t ptrTask = (Long64_t)mgr->GetTasks()->At(ntasks0);
238    if (retval >= ptrTask) {
239       TObject::SetBit(AliAnalysisTaskCfg::kLoaded, kTRUE);
240       fRAddTask = reinterpret_cast<TObject*>(retval);
241       if (fConfigDeps && dynamic_cast<TObject*>(fRAddTask)) {
242          TString classname = fRAddTask->ClassName();
243          classname += Form("* __R_ADDTASK__ = (%s*)0x%lx;", classname.Data(),(ULong_t)retval);
244          classname.Prepend("  ");
245          TObjString *line = fConfigDeps->GetLineWith("__R_ADDTASK__");
246          if (line) {
247             TList *lines = fConfigDeps->GetListOfLines();
248             lines->AddBefore(line, new TObjString(classname));
249          }
250       }   
251    }
252    Info("ExecuteMacro", "Macro %s added %d tasks to the manager", fMacro->GetName(), ntasks-ntasks0);
253    return retval;
254 }
255
256 //______________________________________________________________________________
257 Int_t AliAnalysisTaskCfg::GetNlibs() const
258 {
259 // Returns number of requested libraries.
260    if (fLibs.IsNull()) return 0;
261    TObjArray *list  = fLibs.Tokenize(",");
262    Int_t nlibs = list->GetEntriesFast();
263    delete list;
264    return nlibs;
265 }
266
267 //______________________________________________________________________________
268 const char *AliAnalysisTaskCfg::GetLibrary(Int_t i) const
269 {
270 // Returns library name for the i-th library.
271    Int_t nlibs = GetNlibs();
272    if (i>=nlibs) return 0;
273    static TString libname;
274    TObjArray *list  = fLibs.Tokenize(",");
275    libname = list->At(i)->GetName();
276    libname.ReplaceAll(".so","");
277    libname.ReplaceAll(" ","");
278    if (libname.BeginsWith("lib")) libname.Remove(0, 3);
279    delete list;
280    return libname.Data();
281 }
282
283 //______________________________________________________________________________
284 Bool_t AliAnalysisTaskCfg::CheckLoadLibraries() const
285 {
286 // Check if all requested libraries were loaded, otherwise load them. If some
287 // library cannot be loaded return false.
288    TString library;
289    Int_t nlibs = GetNlibs();
290    for (Int_t i=0; i<nlibs; i++) {
291       library = GetLibrary(i);
292       library.Prepend("lib");
293       Int_t loaded = strlen(gSystem->GetLibraries(library,"",kFALSE));
294       if (!loaded) loaded = gSystem->Load(library);
295       if (loaded < 0) {
296          Error("CheckLoadLibraries", "Cannot load library %s", library.Data());
297          return kFALSE;
298       }
299    }
300    return kTRUE;
301 }
302
303 //______________________________________________________________________________
304 Bool_t AliAnalysisTaskCfg::NeedsLibrary(const char *lib) const
305 {
306 // Check if a given library is needed by the module.
307    TString libname = lib;
308    libname.ReplaceAll(".so","");
309    if (libname.BeginsWith("lib")) libname.Remove(0, 3);
310    return fLibs.Contains(libname);
311 }
312
313 //______________________________________________________________________________
314 Int_t AliAnalysisTaskCfg::GetNdeps() const
315 {
316 // Returns number of requested libraries.
317    if (fDeps.IsNull()) return 0;
318    Int_t ndeps = fDeps.CountChar(',')+1;
319    return ndeps;
320 }
321
322 //______________________________________________________________________________
323 const char *AliAnalysisTaskCfg::GetDependency(Int_t i) const
324 {
325 // Returns library name for the i-th library.
326    Int_t ndeps = GetNdeps();
327    if (i>=ndeps) return 0;
328    static TString depname;
329    TObjArray *list  = fDeps.Tokenize(",");
330    depname = list->At(i)->GetName();
331    depname.ReplaceAll(" ","");
332    delete list;
333    return depname.Data();
334 }
335
336 //______________________________________________________________________________
337 Bool_t AliAnalysisTaskCfg::NeedsDependency(const char *dep) const
338 {
339 // Check if a given library is needed by the module.
340    Int_t indmin = 0;
341    Int_t indmax = 0;
342    Int_t len = fDeps.Length();
343    TString crt;
344    while (indmax<len) {
345       indmax = fDeps.Index(",",indmin);
346       if (indmax < 0) indmax = len;
347       // indmin points to the beginning of the string while indmax to the end+1
348       crt = fDeps(indmin, indmax-indmin);
349       if (crt==dep) return kTRUE;
350       indmin = indmax+1;
351    }
352    return kFALSE;
353 }
354
355 //______________________________________________________________________________
356 TMacro *AliAnalysisTaskCfg::OpenConfigMacro(const char *name)
357 {
358 // Opens the specified macro if name is not empty.
359    if (fConfigDeps) {
360       delete fConfigDeps;
361       fConfigDeps = 0;
362    }
363    
364    TString expname = gSystem->ExpandPathName(name);
365    if (expname.IsNull()) {
366       Error("OpenConfigMacro", "Macro name not provided");
367       return 0;
368    }   
369    if (gSystem->AccessPathName(expname)) {
370       Error("OpenMacro", "Macro: %s cannot be opened.", expname.Data());
371       return 0;
372    }
373    fConfigDeps = new TMacro(expname);
374    return fConfigDeps;
375 }   
376
377 //______________________________________________________________________________
378 void AliAnalysisTaskCfg::SetConfigMacro(TMacro *macro)
379 {
380 // Set the macro for configuring deps from outside. This will discard the 
381 // existing macro if any. The provided macro will be owned by this object.
382    if (fConfigDeps) delete fConfigDeps;
383    fConfigDeps = macro;
384 }   
385   
386 //______________________________________________________________________________
387 Long64_t AliAnalysisTaskCfg::ExecuteConfigMacro()
388 {
389 // Execute macro to configure dependencies. No arguments are supported.
390    if (!fConfigDeps) {
391       Error("ExecuteConfigMacro", "Call OpenConfigMacro() first");
392       return -1;
393    }
394    if (!CheckLoadLibraries()) {
395       Error("ExecuteConfigMacro", "Cannot load requested libraries: %s", fLibs.Data());
396       return -1;
397    }
398    Int_t error = 0;
399    Long64_t retval = fConfigDeps->Exec("", &error);
400    if (error != TInterpreter::kNoError)
401    {
402       Error("ExecuteMacro", "Macro interpretation failed");
403       return -1;
404    }
405    return retval;
406 }
407
408 //______________________________________________________________________________
409 void AliAnalysisTaskCfg::SetDataTypes(const char *types)
410 {
411 // Sets the data types supported by the module. Stored in upper case.
412    fDataTypes = types;
413    fDataTypes.ToUpper();
414 }
415
416 //______________________________________________________________________________
417 Bool_t AliAnalysisTaskCfg::SupportsData(const char *type) const
418 {
419 // Checks if the given data type is supported.
420    TString stype = type;
421    stype.ToUpper();
422    return fDataTypes.Contains(stype);
423 }
424
425 //______________________________________________________________________________
426 void AliAnalysisTaskCfg::Print(Option_t * option) const
427 {
428 // Print content of the module.
429    TString opt(option);
430    Bool_t full = (opt.Length())?kTRUE:kFALSE;
431    printf("====================================================================\n");
432    printf("# Analysis task:                %s\n", GetName());
433    printf("# Supported data types:         %s\n", fDataTypes.Data());
434    printf("# Extra libraries:              %s\n", fLibs.Data());
435    printf("# Extra dependencies:           %s\n", fDeps.Data());
436    if (fConfigDeps) {
437       printf("# Macro to configure deps:      %s\n", fConfigDeps->GetTitle());
438       if (full) fConfigDeps->Print();
439    }   
440    printf("# Macro connecting this task:   %s\n", fMacroName.Data());
441    printf("# Arguments to run the macro:   %s\n", fMacroArgs.Data());
442    if (full) {
443       if (fMacro) fMacro->Print();
444       else {
445          TMacro macro(gSystem->ExpandPathName(fMacroName.Data()));
446          macro.Print();
447       }   
448    }   
449 }
450    
451 //______________________________________________________________________________
452 void AliAnalysisTaskCfg::SaveAs(const char *filename, Option_t *option) const
453 {
454 // Save the configuration module as text file in the form key:value. The
455 // option can be APPEND, otherwise the file gets overwritten.
456    TString opt(option);
457    opt.ToUpper();
458    ios::openmode mode = ios::out;
459    if (opt == "APPEND") mode = ios::app;
460    ofstream out;
461    out.open(filename, mode);
462    if (out.bad()) {
463       Error("SaveAs", "Bad file name: %s", filename);
464       return;
465    }
466    out << "#Module.Begin " << GetName() << endl;
467    out << "#Module.Libs " << fLibs << endl;
468    out << "#Module.Deps " << fDeps << endl;
469    out << "#Module.DataTypes " << fDataTypes << endl;
470    out << "#Module.OutputFile " << fOutputFile << endl;
471    out << "#Module.TerminateFile " << fTerminateFile << endl;
472    out << "#Module.MacroName " << fMacroName << endl;
473    out << "#Module.MacroArgs " << fMacroArgs << endl;
474    if (fConfigDeps) {
475       out << "#Config.Deps " << fConfigDeps->GetTitle() << endl;
476    }      
477 }
478
479
480 //______________________________________________________________________________
481 const char *AliAnalysisTaskCfg::DecodeValue(TString &line)
482 {
483 // Decode the value string from the line
484    static TString value;
485    value = line(line.Index(' '),line.Length());
486    value = value.Strip(TString::kLeading,' ');
487    value = value.Strip(TString::kTrailing,' ');
488    return value.Data();
489 }
490    
491 //______________________________________________________________________________
492 TObjArray *AliAnalysisTaskCfg::ExtractModulesFrom(const char *filename)
493 {
494 // Read all modules from a text file and add them to an object array. The
495 // caller must delete the array at the end. Any module must start with a line
496 // containing: #Module.Begin
497    TString expname = gSystem->ExpandPathName(filename);
498    if (gSystem->AccessPathName(expname)) {
499       ::Error("ExtractModulesFrom", "Cannot open file %s", filename);
500       return 0;
501    }   
502    AliAnalysisTaskCfg *cfg = 0;
503    TObjArray *array = 0;
504    ifstream in;
505    in.open(expname);
506    char cline[1024];
507    TString line;
508    TString decode;
509    TMacro *addMacro = 0;
510    TMacro *addConfig = 0;
511    while (in.good()) {
512       in.getline(cline,1024);
513       line = cline;
514       if (line.BeginsWith("#Module.Begin")) {
515       // New module found, save previous if any
516          if (cfg) {
517             if (addMacro) cfg->SetMacro(addMacro);
518             if (addConfig) cfg->SetConfigMacro(addConfig);
519             if (!array) array = new TObjArray();
520             array->Add(cfg);
521          }
522          // Decode module name from the line
523          decode = AliAnalysisTaskCfg::DecodeValue(line);
524          cfg = new AliAnalysisTaskCfg(decode);
525          addMacro = 0;
526          addConfig = 0;
527       } else if (cfg && line.BeginsWith("#Module.Libs")) {
528          // Libraries section
529          decode = AliAnalysisTaskCfg::DecodeValue(line);
530          cfg->SetLibraries(decode);
531       } else if (cfg && line.BeginsWith("#Module.Deps")) {
532          // Dependencies section
533          decode = AliAnalysisTaskCfg::DecodeValue(line);
534          cfg->SetDependencies(decode);
535       } else if (cfg && line.BeginsWith("#Module.DataTypes")) {
536          // Data types
537          decode = AliAnalysisTaskCfg::DecodeValue(line);
538          cfg->SetDataTypes(decode);
539       } else if (cfg && line.BeginsWith("#Module.OutputFile")) {
540          // Desired output file name (via SetCommonOutput)
541          decode = AliAnalysisTaskCfg::DecodeValue(line);
542          cfg->SetOutputFileName(decode);
543       } else if (cfg && line.BeginsWith("#Module.TerminateFile")) {
544          // Custom file name produced in Terminate if any
545          decode = AliAnalysisTaskCfg::DecodeValue(line);
546          cfg->SetTerminateFileName(decode);
547       } else if (cfg && line.BeginsWith("#Module.MacroName")) {
548          // Name of the add task macro (including path)
549          decode = AliAnalysisTaskCfg::DecodeValue(line);
550          cfg->SetMacroName(decode);
551       } else if (cfg && line.BeginsWith("#Module.MacroArgs")) {
552          // Arguments for the AddTask macro
553          decode = AliAnalysisTaskCfg::DecodeValue(line);
554          cfg->SetMacroArgs(decode);
555       } else if (cfg && line.BeginsWith("#Module.StartMacro")) {
556          // Marker for start of the AddTask macro
557          addMacro = new TMacro();
558          TString shortName = gSystem->BaseName(cfg->GetMacroName());
559          shortName = shortName(0,shortName.Index("."));
560          addMacro->SetName(shortName);
561          addMacro->SetTitle(cfg->GetMacroName());
562       } else if (cfg && line.BeginsWith("#Module.StartConfig")) {
563          // Marker for start of the configuration macro
564          addConfig = new TMacro();
565 //         TString shortName = gSystem->BaseName(cfg->GetMacroName());
566 //         shortName = shortName(0,shortName.Index("."));
567          TString shortName = cfg->GetName();
568          shortName += "_Config";
569          addConfig->SetName(shortName);
570 //         shortName.Prepend("/");
571 //         shortName.Prepend(gSystem->DirName(cfg->GetMacroName()));
572          shortName += ".C";
573          addConfig->SetTitle(shortName);
574       } else if (cfg && line.BeginsWith("#Module.EndMacro")) {
575          // Marker for the end of the embedded macro. EndMacro block mandatory.
576          if (cfg && addMacro) {
577             cfg->SetMacro(addMacro);
578             addMacro = 0;
579          } else {
580             ::Error("ExtractModulesFrom", "Canot end un-started macro block");
581          }
582       } else if (cfg && line.BeginsWith("#Module.EndConfig")) {
583          // Marker for the end of the config macro. EndConfig block is mandatory
584          if (cfg && addConfig) {
585             addConfig->GetListOfLines()->AddFirst(new TObjString(Form("%s() {",gSystem->BaseName(addConfig->GetName()))));
586             addConfig->GetListOfLines()->AddLast(new TObjString("}"));
587             cfg->SetConfigMacro(addConfig);
588             addConfig = 0;
589          } else {
590             ::Error("ExtractModulesFrom", "Canot end un-started config macro block");
591          }
592       } else {   
593          // Reading a block line
594          if (addMacro) addMacro->AddLine(line);
595          else if (addConfig) addConfig->AddLine(line);
596       }   
597    }
598    // Add last found object to the list
599    if (cfg) {
600       if (addMacro) ::Error("ExtractModulesFrom", "#Module.EndMacro block not found");         
601       if (addConfig) ::Error("ExtractModulesFrom", "#Module.EndConfig block not found");
602       if (!array) array = new TObjArray();
603       array->Add(cfg);
604    }
605    return array;  
606 }