ANALYSIS/AliFileMerger.cxx

   1 /**************************************************************************
   2  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
   3  *                                                                        *
   4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
   5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
   6  *                                                                        *
   7  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
   8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
   9  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
  10  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
  11  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
  12  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
  13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
  14  **************************************************************************/
  15
  16 /* $Id$ */
  17
  18 //////////////////////////////////////////////////////////////////////////
  19 //  marian.ivanov@cern.ch
  20 //  Utilities for file merging.
  21 //  Additional functionality on top of the standard TFileMerger:
  22 //
  23 //  1. Possibility to Set the reject/accept list.
  24 //     1.a)  Only entries selected in accept list are merged. By default all entries are selected
  25 //           use AddAccept 0 to specify your desired entry
  26 //     1.b)  Entries selected in reject list are not merged. By default the reject list is empty.
  27 //
  28 //  2. syswatch.log is created diring mergin procedure.
  29 //     Memeory consumption - for reading and for merging can be monitored
  30
  31
  32 /*
  33   Usage:
  34   // Libraries for all classes to be merged should be loaded before using the class
  35   gSystem->Load("libANALYSIS");
  36   gSystem->Load("libANALYSIScalib");
  37   gSystem->Load("libTPCcalib");
  38   TH1::AddDirectory(0);
  39
  40   //Example usage starting from the input data list in text file:
  41   //
  42   AliFileMerger merger;
  43   merger.AddReject("esdFriend");
  44   merger.IterTXT("calib.list","CalibObjects.root",kFALSE);
  45   //
  46
  47 */
  48 //////////////////////////////////////////////////////////////////////////
  49
  50
  51 #include <fstream>
  52 #include "TSystem.h"
  53 #include "TFile.h"
  54 #include "TGrid.h"
  55 #include "TGridResult.h"
  56 #include "TObjString.h"
  57 #include "TObjArray.h"
  58 #include "TMethodCall.h"
  59
  60 #include "AliSysInfo.h"
  61 #include "AliFileMerger.h"
  62
  63 ClassImp(AliFileMerger)
  64
  65 ////////////////////////////////////////////////////////////////////////
  66
  67 AliFileMerger::AliFileMerger():
  68   TNamed(),
  69   fRejectMask(0),
  70   fAcceptMask(0)
  71 {
  72   //
  73   // Default constructor
  74   //
  75 }
  76
  77 //______________________________________________________________________
  78
  79 AliFileMerger::AliFileMerger(const char* name):
  80   TNamed(name,name),
  81   fRejectMask(0),
  82   fAcceptMask(0)
  83 {
  84   //
  85   //
  86   //
  87 }
  88
  89
  90 void AliFileMerger::IterAlien(const char* outputDir, const char* outputFileName, const char* pattern){
  91
  92   //
  93   // Merge the files coming out of the calibration job
  94   //
  95
  96   TObjArray * mergeArray= new TObjArray;
  97
  98   TString outputFile(outputFileName);
  99   TString command;
 100   // looking for files to be merged in the output directory
 101   command = Form("find %s/ *%s", outputDir, pattern);
 102   printf("command: %s\n", command.Data());
 103   TGrid::Connect("alien://");
 104   TGridResult *res = gGrid->Command(command);
 105   if (!res) return;
 106   TIter nextmap(res);
 107   TMap *map = 0;
 108   // loop over the results
 109   while((map=(TMap*)nextmap())) {
 110     // getting the turl
 111     TObjString *objs = dynamic_cast<TObjString*>(map->GetValue("turl"));
 112     if (!objs || !objs->GetString().Length()) {
 113       // Nothing found - skip this output
 114       delete res;
 115       break;
 116     }
 117     printf("looking for file %s\n",(objs->GetString()).Data());
 118     TFile* currentFile=TFile::Open((objs->GetString()).Data());
 119     Merge(currentFile, mergeArray);
 120   }
 121   Bool_t separate = kFALSE;
 122   if (separate)
 123     StoreSeparateResults(mergeArray,outputFileName);
 124   else
 125     StoreResults(mergeArray,outputFileName);
 126   delete mergeArray;
 127 }
 128
 129
 130
 131 void AliFileMerger::IterTXT( const char * fileList,  const char* outputFileName, Bool_t separate){
 132
 133   // Merge the files indicated in the list - fileList
 134   // ASCII file option example:
 135   // find `pwd`/ | grep AliESDfriends_v1.root > calib.list
 136
 137   TObjArray * mergeArray= new TObjArray;
 138
 139   // Open the input stream
 140
 141   ifstream in;
 142   in.open(fileList);
 143   // Read the input list of files
 144   TString objfile;
 145   Int_t counter=0;
 146   while(in.good()) {
 147     in >> objfile;
 148     if (!objfile.Contains("root")) continue; // protection
 149     printf("Open file:Counter\t%d\tMerging file %s\n",counter++,objfile.Data());
 150     TFile currentFile(objfile.Data());
 151     Merge(&currentFile, mergeArray);
 152   }
 153   if (separate)
 154     StoreSeparateResults(mergeArray, outputFileName);
 155   else
 156     StoreResults(mergeArray, outputFileName);
 157   delete mergeArray;
 158 }
 159
 160 void AliFileMerger::StoreResults(TObjArray * array, const char* outputFileName){
 161   //
 162   // Storing the results in one single file
 163   //
 164   TFile *f = new TFile(outputFileName,"recreate");
 165   for (Int_t i=0; i<array->GetEntries(); i++){
 166     TObject *object0 = array->At(i);
 167     if (!object0) continue;
 168     object0->Write();
 169   }
 170   f->Close();
 171   delete f;
 172 }
 173
 174
 175 void AliFileMerger::StoreSeparateResults(TObjArray * array, const char* outputFileName){
 176   //
 177   // Store the results in separate files (one per object)
 178   //
 179   for (Int_t i=0; i<array->GetEntries(); i++){
 180     TObject *object0 = array->At(i);
 181     if (!object0) continue;
 182     TFile *f = new TFile(Form("%s_%s.root",outputFileName,object0->GetName()),"recreate");
 183     object0->Write();
 184     f->Close();
 185     delete f;
 186   }
 187 }
 188
 189
 190
 191 void AliFileMerger::Merge(TFile* fileIn, TObjArray * array){
 192   //
 193   // Merging procedure
 194   //
 195   static Int_t counter=-1;
 196   counter++;
 197   TObjArray *carray = new TObjArray;   //array of the objects inside current file
 198   carray->SetOwner(kTRUE);
 199
 200   // load all objects to  memory
 201
 202   TList *farr = fileIn->GetListOfKeys();
 203   if (!farr) return;
 204   for (Int_t ical=0; ical<farr->GetEntries(); ical++){
 205     if (!farr->At(ical)) continue;
 206     TString name(farr->At(ical)->GetName());
 207     if (!IsAccepted(name)) continue;                        // skip not accepted entries
 208     TObject *obj = fileIn->Get(name.Data());
 209     if (obj) carray->AddLast(obj);
 210     AliSysInfo::AddStamp(name.Data(),1,ical,counter);
 211   }
 212
 213   if (carray->GetEntries()==0) return;
 214   TMethodCall callEnv;
 215
 216   for (Int_t i=0; i<carray->GetEntries(); i++){
 217
 218     TObjArray *templist = new TObjArray(1);
 219     templist->SetOwner(kFALSE);
 220     TObject *currentObject = carray->At(i);
 221     if (!currentObject) continue;
 222     printf("%s\n",currentObject->GetName());
 223     callEnv.InitWithPrototype(currentObject->IsA(), "Merge", "TCollection*");
 224     if (!callEnv.IsValid()) {continue;}
 225     TString oname=currentObject->GetName();
 226     TObject *mergedObject = array->FindObject(currentObject->GetName());
 227     if (!mergedObject) {
 228       array->AddLast(currentObject);
 229       carray->RemoveAt(i);
 230       continue;
 231     }
 232     templist->AddLast(currentObject);
 233     callEnv.SetParam((Long_t) templist);
 234     callEnv.Execute(mergedObject);
 235     AliSysInfo::AddStamp(currentObject->GetName(),2,i,counter);
 236     delete templist;
 237   }
 238   delete carray;
 239 }
 240
 241 Bool_t AliFileMerger::IsAccepted(TString name){
 242   //
 243   // Accept/reject logic
 244   // name - name of the entry
 245   //
 246   //  if fAcceptMask specified   - entry has to be in list of selected
 247   //  if fRejectMask speciefied  - entry with name speciief in the list are rejected
 248   //
 249   Bool_t accept=kTRUE;
 250   if (fAcceptMask){
 251     //
 252     accept=kFALSE;
 253     for (Int_t iaccept=0; iaccept<fAcceptMask->GetEntries(); iaccept++){
 254       if (name.Contains(fAcceptMask->At(iaccept)->GetName())) accept=kTRUE;   // entry was selected
 255     }
 256   }
 257   if (!accept) return kFALSE;
 258
 259   if (fRejectMask){
 260     //
 261     for (Int_t ireject=0; ireject<fRejectMask->GetEntries(); ireject++){
 262       if (name.Contains(fRejectMask->At(ireject)->GetName())) accept=kFALSE;   // entry was rejected
 263     }
 264   }
 265   return accept;
 266 }
 267
 268
 269
 270
 271 void AliFileMerger::AddReject(const char *reject){
 272   //
 273   // add reject string to the list of entries to be rejected for merging
 274   //
 275   if (!fRejectMask) fRejectMask = new TObjArray;
 276   fRejectMask->AddLast(new TObjString(reject));
 277 }
 278 void AliFileMerger::AddAccept(const char *accept){
 279   //
 280   // add reject string to the list of entries to be rejected for merging
 281   //
 282   if (!fAcceptMask) fAcceptMask = new TObjArray;
 283   fAcceptMask->AddLast(new TObjString(accept));
 284
 285
 286 }
 287