ANALYSIS/AliPhysicsSelection.cxx

   1 /* $Id: AliPhysicsSelection.cxx 35782 2009-10-22 11:54:31Z jgrosseo $ */
   2
   3 /**************************************************************************
   4  * Copyright(c) 1998-2009, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
   5  *                                                                        *
   6  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
   7  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
   8  *                                                                        *
   9  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
  10  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
  11  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
  12  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
  13  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
  14  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
  15  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
  16  **************************************************************************/
  17
  18 //-------------------------------------------------------------------------
  19 //                      Implementation of   Class AliPhysicsSelection
  20 // This class selects collision candidates from data runs, applying selection cuts on triggers
  21 // and background rejection based on the content of the ESD
  22 //
  23 // Usage:
  24 //
  25 // Create the object:
  26 //   fPhysicsSelection = new AliPhysicsSelection;
  27 //
  28 // For MC data, call
  29 //   fPhysicsSelection->SetAnalyzeMC()
  30 //
  31 // To check if an event is a collision candidate, use:
  32 //   fPhysicsSelection->IsCollisionCandidate(fESD)
  33 //
  34 // After processing save the resulting histograms to a file with (a folder physics_selection
  35 //   will be created that contains the histograms):
  36 //   fPhysicsSelection->SaveHistograms("physics_selection")
  37 //
  38 // To print statistics after processing use:
  39 //   fPhysicsSelection->Print();
  40 //
  41 // The BX ids corresponding to real bunches crossings p2 are
  42 // automatically selected. You cannot process runs with different
  43 // filling schemes if this option is set. If you want to disable this,
  44 // use:
  45 //   fPhysicsSelection->SetUseBXNumbers(0);
  46 //
  47 //
  48 // If you are analizing muons and you want to keep the muon triggers
  49 // besides the CINT1B you can set:
  50 //   fPhysicsSelection->SetUseMuonTriggers();
  51 //
  52 //
  53 // To compute the Background automatically using the control triggers
  54 // use:
  55 //   fPhysicsSelection->SetComputeBG();
  56 // this will show the value of the Beam Gas, accidentals and good
  57 // events as additional rows in the statistic tables, but it will NOT
  58 // subtract the background automatically.
  59 // This option will only work for runs taken with the CINT1
  60 // suite. This options enables automatically also the usage of BX
  61 // numbers. You can only process one run at a time if you require this
  62 // options, because it uses the bunch intensity estimated run by run.
  63 //
  64 // The BG will usually be more important in the so-called "bin 0": the
  65 // class can also compute the statistics table for events in this
  66 // bin. Since the definition of bin 0 may in general change from
  67 // analysis to analysis, the user needs to provide a callback
  68 // implementing the definition of bin zero. The callback should be
  69 // implemented as a method in the analysis task and should override
  70 // the IsEventInBinZero method of AliAnalysisTaskSE, and should thus
  71 // have the the following prototype:
  72 //   Bool_t IsEventInBinZero();
  73 // It should return true if the event is in the bin 0 and it is set by
  74 // passing to the physics selection the NAME of the task where the
  75 // callback is implemented:
  76 //   fPhysicsSelection->SetBin0Callback("MyTask").
  77 //
  78 //
  79 // Usually the class selects the trigger scheme by itself depending on the run number.
  80 // Nevertheless, you can do that manually by calling AddCollisionTriggerClass() and AddBGTriggerClass()
  81 // Example:
  82 // To define the class CINT1B-ABCE-NOPF-ALL as collision trigger (those will be accepted as
  83 // collision candidates when they pass the selection):
  84 //   AddCollisionTriggerClass("+CINT1B-ABCE-NOPF-ALL #769 #3119");
  85 // To select on bunch crossing IDs in addition, use:
  86 //   AddCollisionTriggerClass("+CINT1B-ABCE-NOPF-ALL #769 #3119");
  87 // To define the class CINT1A-ABCE-NOPF-ALL as a background trigger (those will only be counted
  88 // for the control histograms):
  89 //   AddBGTriggerClass("+CINT1A-ABCE-NOPF-ALL");
  90 // You can also specify more than one trigger class in a string or you can require that some are *not*
  91 // present. The following line would require CSMBA-ABCE-NOPF-ALL, but CSMBB-ABCE-NOPF-ALL is not allowed
  92 // to be present:
  93 //   AddBGTriggerClass("+CSMBA-ABCE-NOPF-ALL -CSMBB-ABCE-NOPF-ALL");
  94 //
  95 // The class also supports the triggers used in heavy ion runs
  96 //
  97 //   Origin: Jan Fiete Grosse-Oetringhaus, CERN
  98 //           Michele Floris, CERN
  99 //-------------------------------------------------------------------------
 100
 101 #include <Riostream.h>
 102 #include <TH1F.h>
 103 #include <TH2F.h>
 104 #include <TList.h>
 105 #include <TIterator.h>
 106 #include <TDirectory.h>
 107 #include <TObjArray.h>
 108 #include <TPRegexp.h>
 109 #include <TFormula.h>
 110 #include <TParameter.h>
 111 #include <TInterpreter.h>
 112
 113 #include <AliPhysicsSelection.h>
 114
 115 #include <AliTriggerAnalysis.h>
 116 #include <AliLog.h>
 117
 118 #include <AliESDEvent.h>
 119 #include <AliAnalysisTaskSE.h>
 120 #include "AliAnalysisManager.h"
 121 #include "TPRegexp.h"
 122 #include "TFile.h"
 123 #include <AliOADBContainer.h>
 124 #include "AliOADBPhysicsSelection.h"
 125 #include "AliOADBFillingScheme.h"
 126
 127 ClassImp(AliPhysicsSelection)
 128
 129 AliPhysicsSelection::AliPhysicsSelection() :
 130   AliAnalysisCuts("AliPhysicsSelection", "AliPhysicsSelection"),
 131   fCurrentRun(-1),
 132   fMC(kFALSE),
 133   fCollTrigClasses(),
 134   fBGTrigClasses(),
 135   fTriggerAnalysis(),
 136   fBackgroundIdentification(0),
 137 //  fHistStatisticsTokens(0),
 138   fHistBunchCrossing(0),
 139   fHistTriggerPattern(0),
 140   fSkipTriggerClassSelection(0),
 141   fUsingCustomClasses(0),
 142   fSkipV0(0),
 143   fSkipZDCTime(0),
 144   fBIFactorA(-1),
 145   fBIFactorC(-1),
 146   fBIFactorAC(-1),
 147   fComputeBG(0),
 148   fBGStatOffset(-1),
 149   fUseBXNumbers(1),
 150   fUseMuonTriggers(0),
 151   fFillingScheme(""),
 152   fBin0CallBack(""),
 153   fBin0CallBackPointer(0),
 154   fIsPP(kFALSE),
 155   fPSOADB(0),
 156   fFillOADB(0),
 157   fRegexp(0),
 158   fCashedTokens(0)
 159
 160 {
 161   // constructor
 162
 163   fCollTrigClasses.SetOwner(1);
 164   fBGTrigClasses.SetOwner(1);
 165   fTriggerAnalysis.SetOwner(1);
 166   fHistStatistics[0] = 0;
 167   fHistStatistics[1] = 0;
 168
 169   fRegexp = new TPRegexp("([[:alpha:]]\\w*)");
 170   fCashedTokens = new TList;
 171   fCashedTokens->SetOwner();
 172
 173   AliLog::SetClassDebugLevel("AliPhysicsSelection", AliLog::kWarning);
 174 }
 175
 176 AliPhysicsSelection::~AliPhysicsSelection()
 177 {
 178   // destructor
 179
 180   fCollTrigClasses.Delete();
 181   fBGTrigClasses.Delete();
 182   fTriggerAnalysis.Delete();
 183
 184   if (fHistStatistics[0])
 185   {
 186     delete fHistStatistics[0];
 187     fHistStatistics[0] = 0;
 188   }
 189   if (fHistStatistics[1])
 190   {
 191     delete fHistStatistics[1];
 192     fHistStatistics[1] = 0;
 193   }
 194   // if (fHistStatisticsTokens) {
 195   //   delete fHistStatisticsTokens;
 196   //   fHistStatisticsTokens = 0;
 197   // }
 198   if (fHistBunchCrossing)
 199   {
 200     delete fHistBunchCrossing;
 201     fHistBunchCrossing = 0;
 202   }
 203   if (fHistTriggerPattern)
 204   {
 205     delete fHistTriggerPattern;
 206     fHistTriggerPattern = 0;
 207   }
 208   if (fBackgroundIdentification)
 209   {
 210     delete fBackgroundIdentification;
 211     fBackgroundIdentification = 0;
 212   }
 213
 214   if (fPSOADB)
 215   {
 216     delete fPSOADB;
 217     fPSOADB = 0;
 218
 219   }
 220   if (fFillOADB)
 221   {
 222     delete fFillOADB;
 223     fFillOADB = 0;
 224   }
 225
 226   if (fRegexp)
 227   {
 228     delete fRegexp;
 229     fRegexp = 0;
 230   }
 231
 232   if (fCashedTokens)
 233   {
 234     delete fCashedTokens;
 235     fCashedTokens = 0;
 236   }
 237
 238
 239 }
 240
 241 UInt_t AliPhysicsSelection::CheckTriggerClass(const AliESDEvent* aEsd, const char* trigger, Int_t& triggerLogic) const
 242 {
 243   // checks if the given trigger class(es) are found for the current event
 244   // format of trigger: +TRIGGER1,TRIGGER1b,TRIGGER1c -TRIGGER2 [#XXX] [&YY] [*ZZ]
 245   //   requires one out of TRIGGER1,TRIGGER1b,TRIGGER1c and rejects TRIGGER2
 246   //   in bunch crossing XXX
 247   //   if successful, YY is returned (for association between entry in fCollTrigClasses and AliVEvent::EOfflineTriggerTypes)
 248   //   triggerLogic is filled with ZZ, defaults to kCINT1
 249
 250   Bool_t foundBCRequirement = kFALSE;
 251   Bool_t foundCorrectBC = kFALSE;
 252
 253   UInt_t returnCode = AliVEvent::kUserDefined;
 254   triggerLogic = kCINT1;
 255
 256   AliDebug(AliLog::kDebug+1, Form("Processing event with triggers %s", aEsd->GetFiredTriggerClasses().Data()));
 257
 258   TString str(trigger);
 259   TObjArray* tokens = str.Tokenize(" ");
 260
 261   for (Int_t i=0; i < tokens->GetEntries(); i++)
 262   {
 263     TString str2(((TObjString*) tokens->At(i))->String());
 264
 265     if (str2[0] == '+' || str2[0] == '-')
 266     {
 267       Bool_t flag = (str2[0] == '+');
 268
 269       str2.Remove(0, 1);
 270
 271       TObjArray* tokens2 = str2.Tokenize(",");
 272
 273       Bool_t foundTriggerClass = kFALSE;
 274       for (Int_t j=0; j < tokens2->GetEntries(); j++)
 275       {
 276         TString str3(((TObjString*) tokens2->At(j))->String());
 277
 278         if (flag && aEsd->IsTriggerClassFired(str3))
 279           foundTriggerClass = kTRUE;
 280         if (!flag && aEsd->IsTriggerClassFired(str3))
 281         {
 282           AliDebug(AliLog::kDebug+1, Form("Rejecting event because trigger class %s is present", str3.Data()));
 283           delete tokens2;
 284           delete tokens;
 285           return kFALSE;
 286         }
 287       }
 288
 289       delete tokens2;
 290
 291       if (flag && !foundTriggerClass)
 292       {
 293         AliDebug(AliLog::kDebug+1, Form("Rejecting event because (none of the) trigger class(es) %s is present", str2.Data()));
 294         delete tokens;
 295         return kFALSE;
 296       }
 297     }
 298     else if (str2[0] == '#')
 299     {
 300       foundBCRequirement = kTRUE;
 301
 302       str2.Remove(0, 1);
 303
 304       Int_t bcNumber = str2.Atoi();
 305       AliDebug(AliLog::kDebug+1, Form("Checking for bunch crossing number %d", bcNumber));
 306
 307       if (aEsd->GetBunchCrossNumber() == bcNumber)
 308       {
 309         foundCorrectBC = kTRUE;
 310         AliDebug(AliLog::kDebug+1, Form("Found correct bunch crossing %d", bcNumber));
 311       }
 312     }
 313     else if (str2[0] == '&')
 314     {
 315       str2.Remove(0, 1);
 316
 317       returnCode = str2.Atoll();
 318     }
 319     else if (str2[0] == '*')
 320     {
 321       str2.Remove(0, 1);
 322
 323       triggerLogic = str2.Atoi();
 324     }
 325     else
 326       AliFatal(Form("Invalid trigger syntax: %s", trigger));
 327   }
 328
 329   delete tokens;
 330
 331   if (foundBCRequirement && !foundCorrectBC)
 332     return kFALSE;
 333
 334   return returnCode;
 335 }
 336
 337 //______________________________________________________________________________
 338 TObject *AliPhysicsSelection::GetStatistics(const Option_t *option) const
 339 {
 340 // Get the statistics histograms ("ALL" and "BIN0" and "TOK")
 341    TString opt(option);
 342    opt.ToUpper();
 343    Int_t ihist = 0;
 344    if (opt == "ALL") ihist = kStatIdxAll;
 345    if (opt == "BIN0") ihist = kStatIdxBin0;
 346    //   if (opt == "TOK") return fHistStatisticsTokens;
 347    return fHistStatistics[ihist];
 348 }
 349
 350 //______________________________________________________________________________
 351 Bool_t AliPhysicsSelection::EvaluateTriggerLogic(const AliESDEvent* aEsd, AliTriggerAnalysis* triggerAnalysis, const char* triggerLogic, Bool_t offline)
 352 {
 353   // evaluates trigger logic. If called with no ESD pointer/triggerAnalysis pointer, it just caches the tokens
 354   // Fills the statistics histogram, if booked at row i
 355   TString trigger(triggerLogic);
 356
 357   // add space after each token (to use ReplaceAll later)
 358   fRegexp->Substitute(trigger, "$1 ", "g");
 359
 360   while (1)
 361   {
 362     AliDebug(AliLog::kDebug, trigger.Data());
 363
 364     TArrayI pos;
 365     Int_t nMatches = fRegexp->Match(trigger, "", 0, 2, &pos);
 366
 367     if (nMatches <= 0)
 368       break;
 369
 370     TString token(trigger(pos[0], pos[1]-pos[0]+1));
 371
 372     TParameter<Int_t>* param = (TParameter<Int_t>*) fCashedTokens->FindObject(token);
 373     if (!param)
 374     {
 375       TInterpreter::EErrorCode error;
 376       Int_t bit = gInterpreter->ProcessLine(Form("AliTriggerAnalysis::k%s;", token.Data()), &error);
 377
 378       if (error > 0)
 379         AliFatal(Form("Trigger token %s unknown", token.Data()));
 380
 381       param = new TParameter<Int_t>(token, bit);
 382       fCashedTokens->Add(param);
 383       AliDebug(AliLog::kDebug, "Added token");
 384     }
 385
 386     Long64_t bit = param->GetVal();
 387
 388     AliDebug(AliLog::kDebug, Form("Tok %d %d %s %lld", pos[0], pos[1], token.Data(), bit));
 389
 390     if (offline)
 391       bit |= AliTriggerAnalysis::kOfflineFlag;
 392
 393     if(aEsd && triggerAnalysis) {
 394       trigger.ReplaceAll(token, Form("%d", triggerAnalysis->EvaluateTrigger(aEsd, (AliTriggerAnalysis::Trigger) bit)));
 395       //      if(fHistStatisticsTokens)
 396     }
 397   }
 398
 399   TFormula formula("formula", trigger);
 400   Bool_t result = formula.Eval(0);
 401
 402   AliDebug(AliLog::kDebug, Form("%s --> %d", trigger.Data(), result));
 403
 404   return result;
 405 }
 406
 407 //______________________________________________________________________________
 408 UInt_t AliPhysicsSelection::IsCollisionCandidate(const AliESDEvent* aEsd)
 409 {
 410   // checks if the given event is a collision candidate
 411   //
 412   // returns a bit word describing the fired offline triggers (see AliVEvent::EOfflineTriggerTypes)
 413   AliAnalysisManager *mgr = AliAnalysisManager::GetAnalysisManager();
 414   if (!mgr) {
 415     AliError("Cannot get the analysis manager");
 416     return 0;
 417   }
 418   mgr->LoadBranch("AliESDHeader.");
 419   mgr->LoadBranch("AliESDRun.");
 420   mgr->LoadBranch("AliMultiplicity.");
 421   mgr->LoadBranch("AliESDFMD.");
 422   mgr->LoadBranch("AliESDVZERO.");
 423   mgr->LoadBranch("AliESDZDC.");
 424   mgr->LoadBranch("SPDVertex.");
 425   mgr->LoadBranch("PrimaryVertex.");
 426   if (fCurrentRun != aEsd->GetRunNumber()) {
 427     if (!Initialize(aEsd))
 428       AliFatal(Form("Could not initialize for run %d", aEsd->GetRunNumber()));
 429     if(fComputeBG) SetBIFactors(aEsd); // is this safe here?
 430   }
 431   const AliESDHeader* esdHeader = aEsd->GetHeader();
 432   if (!esdHeader)
 433   {
 434     AliError("ESD Header could not be retrieved");
 435     return kFALSE;
 436   }
 437
 438   // check event type; should be PHYSICS = 7 for data and 0 for MC
 439   if (!fMC)
 440   {
 441     if (esdHeader->GetEventType() != 7)
 442       return kFALSE;
 443   }
 444   else
 445   {
 446     if (esdHeader->GetEventType() != 0)
 447       AliFatal(Form("Invalid event type for MC: %d", esdHeader->GetEventType()));
 448   }
 449
 450   UInt_t accept = 0;
 451
 452   Int_t count = fCollTrigClasses.GetEntries() + fBGTrigClasses.GetEntries();
 453   for (Int_t i=0; i < count; i++)
 454   {
 455     const char* triggerClass = 0;
 456     if (i < fCollTrigClasses.GetEntries())
 457       triggerClass = ((TObjString*) fCollTrigClasses.At(i))->String();
 458     else
 459       triggerClass = ((TObjString*) fBGTrigClasses.At(i - fCollTrigClasses.GetEntries()))->String();
 460
 461     AliDebug(AliLog::kDebug+1, Form("Processing trigger class %s", triggerClass));
 462
 463     AliTriggerAnalysis* triggerAnalysis = static_cast<AliTriggerAnalysis*> (fTriggerAnalysis.At(i));
 464
 465     triggerAnalysis->FillTriggerClasses(aEsd);
 466
 467     Int_t triggerLogic = 0;
 468     UInt_t singleTriggerResult = CheckTriggerClass(aEsd, triggerClass, triggerLogic);
 469
 470     if (singleTriggerResult)
 471     {
 472       triggerAnalysis->FillHistograms(aEsd);
 473
 474       Bool_t isBin0 = kFALSE;
 475       if (fBin0CallBack != "") {
 476           isBin0 = ((AliAnalysisTaskSE*)mgr->GetTask(fBin0CallBack.Data()))->IsEventInBinZero();
 477       } else if (fBin0CallBackPointer) {
 478           isBin0 = (*fBin0CallBackPointer)(aEsd);
 479       }
 480
 481       // ---->
 482       // FIXME: this stuff is still used to fill the stat
 483       // tables. Decide wethere we are switching to a new stat table
 484       // (with all AliTriggerAnalysis tokens? Only we the tokens
 485       // actually used in the selection?) and clean up
 486
 487       // hardware trigger
 488       Int_t fastORHW   = triggerAnalysis->EvaluateTrigger(aEsd, AliTriggerAnalysis::kSPDGFO); // SPD number of chips from trigger bits (!)
 489       //      Int_t fastORHWL1 = triggerAnalysis->EvaluateTrigger(aEsd, AliTriggerAnalysis::kSPDGFOL1); // SPD number of chips from trigger bits in second layer (!)
 490       Bool_t v0AHW     = fSkipV0 ? 0 : triggerAnalysis->EvaluateTrigger(aEsd, AliTriggerAnalysis::kV0A);// should replay hw trigger
 491       Bool_t v0CHW     = fSkipV0 ? 0 : triggerAnalysis->EvaluateTrigger(aEsd, AliTriggerAnalysis::kV0C);// should replay hw trigger
 492
 493       // offline trigger
 494       Int_t fastOROffline   = triggerAnalysis->EvaluateTrigger(aEsd, (AliTriggerAnalysis::Trigger) (AliTriggerAnalysis::kOfflineFlag | AliTriggerAnalysis::kSPDGFO)); // SPD number of chips from clusters (!)
 495       Int_t fastOROfflineL1 = triggerAnalysis->EvaluateTrigger(aEsd, (AliTriggerAnalysis::Trigger) (AliTriggerAnalysis::kOfflineFlag | AliTriggerAnalysis::kSPDGFOL1)); // SPD number of chips from clusters in second layer (!)
 496       Bool_t v0A       = fSkipV0 ? 0 : triggerAnalysis->EvaluateTrigger(aEsd, (AliTriggerAnalysis::Trigger) (AliTriggerAnalysis::kOfflineFlag | AliTriggerAnalysis::kV0A));
 497       Bool_t v0C       = fSkipV0 ? 0 : triggerAnalysis->EvaluateTrigger(aEsd, (AliTriggerAnalysis::Trigger) (AliTriggerAnalysis::kOfflineFlag | AliTriggerAnalysis::kV0C));
 498       Bool_t v0ABG = fSkipV0 ? 0 : triggerAnalysis->EvaluateTrigger(aEsd, (AliTriggerAnalysis::Trigger) (AliTriggerAnalysis::kOfflineFlag | AliTriggerAnalysis::kV0ABG));
 499       Bool_t v0CBG = fSkipV0 ? 0 : triggerAnalysis->EvaluateTrigger(aEsd, (AliTriggerAnalysis::Trigger) (AliTriggerAnalysis::kOfflineFlag | AliTriggerAnalysis::kV0CBG));
 500       Bool_t v0BG = v0ABG || v0CBG;
 501
 502       // fmd
 503       Bool_t fmdA = triggerAnalysis->EvaluateTrigger(aEsd, (AliTriggerAnalysis::Trigger) (AliTriggerAnalysis::kOfflineFlag | AliTriggerAnalysis::kFMDA));
 504       Bool_t fmdC = triggerAnalysis->EvaluateTrigger(aEsd, (AliTriggerAnalysis::Trigger) (AliTriggerAnalysis::kOfflineFlag | AliTriggerAnalysis::kFMDC));
 505       Bool_t fmd  = fmdA || fmdC;
 506
 507       // SSD
 508       //Int_t ssdClusters = triggerAnalysis->SSDClusters(aEsd);
 509
 510       // ZDC
 511       // Bool_t zdcA = triggerAnalysis->IsOfflineTriggerFired(aEsd, AliTriggerAnalysis::kZDCA);
 512       // Bool_t zdcC = triggerAnalysis->IsOfflineTriggerFired(aEsd, AliTriggerAnalysis::kZDCC);
 513       Bool_t zdcA    = triggerAnalysis->EvaluateTrigger(aEsd, (AliTriggerAnalysis::Trigger) (AliTriggerAnalysis::kOfflineFlag | AliTriggerAnalysis::kZDCTDCA));
 514       Bool_t zdcC    = triggerAnalysis->EvaluateTrigger(aEsd, (AliTriggerAnalysis::Trigger) (AliTriggerAnalysis::kOfflineFlag | AliTriggerAnalysis::kZDCTDCC));
 515       Bool_t zdcTime = triggerAnalysis->EvaluateTrigger(aEsd, (AliTriggerAnalysis::Trigger) (AliTriggerAnalysis::kOfflineFlag | AliTriggerAnalysis::kZDCTime));
 516
 517       // Some "macros"
 518       Bool_t mb1 = (fastOROffline > 0 || v0A || v0C) && (!v0BG);
 519       Bool_t mb1prime = (fastOROffline > 1 || (fastOROffline > 0 && (v0A || v0C)) || (v0A && v0C) ) && (!v0BG);
 520
 521       // Background rejection
 522       Bool_t bgID = kFALSE;
 523       if (fBackgroundIdentification)
 524         bgID = ! fBackgroundIdentification->IsSelected(const_cast<AliESDEvent*> (aEsd));
 525
 526
 527       /*Int_t ntrig = fastOROffline; // any 2 hits
 528       if(v0A)              ntrig += 1;
 529       if(v0C)              ntrig += 1; //v0C alone is enough
 530       if(fmd)              ntrig += 1;
 531       if(ssdClusters>1)    ntrig += 1;*/
 532
 533
 534       // <---
 535
 536       TString triggerLogicOnline  = fPSOADB->GetHardwareTrigger(triggerLogic);
 537       TString triggerLogicOffline = fPSOADB->GetOfflineTrigger(triggerLogic);
 538
 539       AliDebug(AliLog::kDebug, Form("Triggers from OADB [0x%x][%d][%s][%s]",singleTriggerResult,AliOADBPhysicsSelection::GetActiveBit(singleTriggerResult),triggerLogicOffline.Data(),triggerLogicOnline.Data()));
 540
 541       // replay hardware trigger (should only remove events for MC)
 542       Bool_t onlineTrigger  = EvaluateTriggerLogic(aEsd, triggerAnalysis, triggerLogicOnline, kFALSE);
 543       // offline selection
 544       Bool_t offlineTrigger = EvaluateTriggerLogic(aEsd, triggerAnalysis, triggerLogicOffline, kTRUE);
 545
 546       // Printf("%s %s", triggerLogicOnline.Data(), triggerLogicOffline.Data());
 547       // Printf("%d %d", onlineTrigger, offlineTrigger);
 548
 549
 550       // Fill trigger pattern histo
 551       Int_t tpatt = 0;
 552       if (fastORHW>0) tpatt+=1;
 553       if (v0AHW)      tpatt+=2;
 554       if (v0CHW)      tpatt+=4;
 555       fHistTriggerPattern->Fill( tpatt );
 556
 557       // fill statistics and return decision
 558       const Int_t nHistStat = 2;
 559       for(Int_t iHistStat = 0; iHistStat < nHistStat; iHistStat++){
 560         if (iHistStat == kStatIdxBin0 && !isBin0) continue; // skip the filling of bin0 stats if the event is not in the bin0
 561
 562         fHistStatistics[iHistStat]->Fill(kStatTriggerClass, i);
 563         if(iHistStat == kStatIdxAll) fHistBunchCrossing->Fill(aEsd->GetBunchCrossNumber(), i); // Fill only for all (avoid double counting)
 564
 565         // We fill the rest only if hw trigger is ok
 566         if (!onlineTrigger)
 567           {
 568             AliDebug(AliLog::kDebug, "Rejecting event because hardware trigger is not fired");
 569             continue;
 570           } else {
 571           fHistStatistics[iHistStat]->Fill(kStatHWTrig, i);
 572         }
 573
 574
 575         // v0 BG stats
 576         if (v0ABG)
 577           fHistStatistics[iHistStat]->Fill(kStatV0ABG, i);
 578         if (v0CBG)
 579           fHistStatistics[iHistStat]->Fill(kStatV0CBG, i);
 580
 581         // mb 1
 582         if (mb1)
 583           fHistStatistics[iHistStat]->Fill(kStatMB1, i);
 584
 585         if (mb1prime)
 586           fHistStatistics[iHistStat]->Fill(kStatMB1Prime, i);
 587
 588         if (fmd)
 589           fHistStatistics[iHistStat]->Fill(kStatFMD, i);
 590
 591         //if(ntrig >= 2 && !v0BG)
 592         //  fHistStatistics[iHistStat]->Fill(kStatAny2Hits, i);
 593
 594         if (fastOROffline > 0)
 595           fHistStatistics[iHistStat]->Fill(kStatFO1, i);
 596         if (fastOROffline > 1)
 597           fHistStatistics[iHistStat]->Fill(kStatFO2, i);
 598         if (fastOROfflineL1 > 1)
 599           fHistStatistics[iHistStat]->Fill(kStatFO2L1, i);
 600
 601         if (v0A)
 602           fHistStatistics[iHistStat]->Fill(kStatV0A, i);
 603         if (v0C)
 604           fHistStatistics[iHistStat]->Fill(kStatV0C, i);
 605
 606         if (zdcA)
 607           fHistStatistics[iHistStat]->Fill(kStatZDCA, i);
 608         if (zdcC)
 609           fHistStatistics[iHistStat]->Fill(kStatZDCC, i);
 610         if (zdcA && zdcC)
 611           fHistStatistics[iHistStat]->Fill(kStatZDCAC, i);
 612
 613         if (zdcTime)
 614           fHistStatistics[iHistStat]->Fill(kStatZDCTime, i);
 615
 616         if (v0A && v0C && !v0BG && (!bgID && fIsPP))
 617           fHistStatistics[iHistStat]->Fill(kStatV0, i);
 618
 619
 620
 621         // FIXME: check lines below
 622         if ( offlineTrigger )
 623           {
 624             if (!v0BG || fSkipV0)
 625               {
 626                 if (!v0BG) fHistStatistics[iHistStat]->Fill(kStatOffline, i);
 627
 628                 if (fBackgroundIdentification && bgID && fIsPP)
 629                   {
 630                     AliDebug(AliLog::kDebug, "Rejecting event because of background identification");
 631                     fHistStatistics[iHistStat]->Fill(kStatBG, i);
 632                   }
 633                 else
 634                   {
 635                     AliDebug(AliLog::kDebug, Form("Accepted event for histograms with trigger logic %d", triggerLogic));
 636
 637                     fHistStatistics[iHistStat]->Fill(kStatAccepted, i);
 638                     // if(iHistStat == kStatIdxAll) fHistBunchCrossing->Fill(aEsd->GetBunchCrossNumber(), i); // Fill only for all (avoid double counting)
 639                     if((i < fCollTrigClasses.GetEntries() || fSkipTriggerClassSelection) && (iHistStat==kStatIdxAll))
 640                       accept |= singleTriggerResult; // only set for "all" (should not really matter)
 641                   }
 642               }
 643             else
 644               AliDebug(AliLog::kDebug, "Rejecting event because of V0 BG flag");
 645           }
 646         else
 647           AliDebug(AliLog::kDebug, Form("Rejecting event because trigger logic %d is not fulfilled", triggerLogic));
 648       }
 649     }
 650   }
 651
 652   if (accept)
 653     AliDebug(AliLog::kDebug, Form("Accepted event as collision candidate with bit mask %d", accept));
 654
 655   return accept;
 656 }
 657
 658
 659 // const char * AliPhysicsSelection::GetFillingScheme(UInt_t runNumber)  {
 660
 661 //   if(fMC) return "MC";
 662
 663 //   if      (runNumber >= 104065 && runNumber <= 104160) {
 664 //     return "4x4a";
 665 //   }
 666 //   else if (runNumber >= 104315 && runNumber <= 104321) {
 667 //     return "4x4a*";
 668 //   }
 669 //   else if (runNumber >= 104792 && runNumber <= 104803) {
 670 //     return "4x4b";
 671 //   }
 672 //   else if (runNumber >= 104824 && runNumber <= 104892) {
 673 //     return "4x4c";
 674 //   }
 675 //   else if (runNumber == 105143 || runNumber == 105160) {
 676 //     return "16x16a";
 677 //   }
 678 //   else if (runNumber >= 105256 && runNumber <= 105268) {
 679 //     return "4x4c";
 680 //   }
 681 //   else if (runNumber >= 114786 && runNumber <= 116684) {
 682 //     return "Single_2b_1_1_1";
 683 //   }
 684 //   else if (runNumber >= 117048 && runNumber <= 117120) {
 685 //     return "Single_3b_2_2_2";
 686 //   }
 687 //   else if (runNumber >= 117220 && runNumber <= 119163) {
 688 //     return "Single_2b_1_1_1";
 689 //   }
 690 //   else if (runNumber >= 119837 && runNumber <= 119862) {
 691 //     return "Single_4b_2_2_2";
 692 //   }
 693 //   else if (runNumber >= 119902 && runNumber <= 120691) {
 694 //     return "Single_6b_3_3_3";
 695 //   }
 696 //   else if (runNumber >= 120741 && runNumber <= 122375) {
 697 //     return "Single_13b_8_8_8";
 698 //   }
 699 //   else if (runNumber >= 130148 && runNumber <= 130375) {
 700 //     return "125n_48b_36_16_36";
 701 //   }
 702 //   else if (runNumber >= 130601 && runNumber <= 130640) {
 703 //     return "1000ns_50b_35_14_35";
 704 //   }
 705 //   else {
 706 //     AliError(Form("Unknown filling scheme (run %d)", runNumber));
 707 //   }
 708
 709 //   return "Unknown";
 710 // }
 711
 712 // const char * AliPhysicsSelection::GetBXIDs(UInt_t runNumber, const char * trigger)  {
 713
 714 //   if (!fUseBXNumbers || fMC) return "";
 715
 716 //   if      (runNumber >= 104065 && runNumber <= 104160) {
 717 //     if     (!strcmp("CINT1B-ABCE-NOPF-ALL",trigger)) return " #2128 #3019";
 718 //     else if(!strcmp("CINT1A-ABCE-NOPF-ALL",trigger)) return " #346 #3465";
 719 //     else if(!strcmp("CINT1C-ABCE-NOPF-ALL",trigger)) return " #1234 #1680";
 720 //     else if(!strcmp("CINT1-E-NOPF-ALL",trigger))     return " #790";
 721 //     //    else AliError(Form("Unknown trigger: %s", trigger));
 722 //   }
 723 //   else if (runNumber >= 104315 && runNumber <= 104321) {
 724 //     if     (!strcmp("CINT1B-ABCE-NOPF-ALL",trigger)) return " #2000 #2891";
 725 //     else if(!strcmp("CINT1A-ABCE-NOPF-ALL",trigger)) return " #218 #3337";
 726 //     else if(!strcmp("CINT1C-ABCE-NOPF-ALL",trigger)) return " #1106 #1552";
 727 //     else if(!strcmp("CINT1-E-NOPF-ALL",trigger))     return " #790";
 728 //     //    else AliError(Form("Unknown trigger: %s", trigger));
 729 //   }
 730 //   else if (runNumber >= 104792 && runNumber <= 104803) {
 731 //     if     (!strcmp("CINT1B-ABCE-NOPF-ALL",trigger)) return " #2228 #3119";
 732 //     else if(!strcmp("CINT1A-ABCE-NOPF-ALL",trigger)) return " #2554 #446";
 733 //     else if(!strcmp("CINT1C-ABCE-NOPF-ALL",trigger)) return " #1334 #769";
 734 //     else if(!strcmp("CINT1-E-NOPF-ALL",trigger))     return " #790";
 735 //     //    else AliError(Form("Unknown trigger: %s", trigger));
 736 //   }
 737 //   else if (runNumber >= 104824 && runNumber <= 104892) {
 738 //     if     (!strcmp("CINT1B-ABCE-NOPF-ALL",trigger)) return " #3119 #769";
 739 //     else if(!strcmp("CINT1A-ABCE-NOPF-ALL",trigger)) return " #2554 #446";
 740 //     else if(!strcmp("CINT1C-ABCE-NOPF-ALL",trigger)) return " #1334 #2228";
 741 //     else if(!strcmp("CINT1-E-NOPF-ALL",trigger))     return " #790";
 742 //     //    else AliError(Form("Unknown trigger: %s", trigger));
 743 //   }
 744 //   else if (runNumber == 105143 || runNumber == 105160) {
 745 //     if     (!strcmp("CINT1B-ABCE-NOPF-ALL",trigger)) return " #1337 #1418 #2228 #2309 #3119 #3200 #446 #527";
 746 //     else if(!strcmp("CINT1A-ABCE-NOPF-ALL",trigger)) return " #1580  #1742  #1904  #2066  #2630  #2792  #2954  #3362";
 747 //     else if(!strcmp("CINT1C-ABCE-NOPF-ALL",trigger)) return "  #845  #1007  #1169   #1577 #3359 #3521 #119  #281 ";
 748 //     else if(!strcmp("CINT1-E-NOPF-ALL",trigger))     return " #790";
 749 //     //    else AliError(Form("Unknown trigger: %s", trigger));
 750 //   }
 751 //   else if (runNumber >= 105256 && runNumber <= 105268) {
 752 //     if     (!strcmp("CINT1B-ABCE-NOPF-ALL",trigger)) return " #3019 #669";
 753 //     else if(!strcmp("CINT1A-ABCE-NOPF-ALL",trigger)) return " #2454 #346";
 754 //     else if(!strcmp("CINT1C-ABCE-NOPF-ALL",trigger)) return " #1234 #2128";
 755 //     else if(!strcmp("CINT1-E-NOPF-ALL",trigger))     return " #790";
 756 //     //    else AliError(Form("Unknown trigger: %s", trigger));
 757 //   } else if (runNumber >= 114786 && runNumber <= 116684) { // 7 TeV 2010, assume always the same filling scheme
 758 //     if     (!strcmp("CINT1B-ABCE-NOPF-ALL",trigger)) return " #346";
 759 //     else if(!strcmp("CINT1A-ABCE-NOPF-ALL",trigger)) return " #2131";
 760 //     else if(!strcmp("CINT1C-ABCE-NOPF-ALL",trigger)) return " #3019";
 761 //     else if(!strcmp("CINT1-E-NOPF-ALL",trigger))     return " #1238";
 762 //     //    else AliError(Form("Unknown trigger: %s", trigger));
 763 //   }
 764 //   else if (runNumber >= 117048 && runNumber <= 117120) {
 765 //     //    return "Single_3b_2_2_2";
 766 //    if      (!strcmp("CINT1B-ABCE-NOPF-ALL",trigger)) return "   #346  #1240 ";
 767 //    else if (!strcmp("CINT1A-ABCE-NOPF-ALL",trigger)) return "   #2131 ";
 768 //    else if (!strcmp("CINT1C-ABCE-NOPF-ALL",trigger)) return "   #3019 ";
 769 //    else if (!strcmp("CINT1-E-NOPF-ALL",trigger)) return " #1238";
 770 //    //   else AliError(Form("Unknown trigger: %s", trigger));
 771
 772 //   }
 773 //   else if ((runNumber >= 117220 && runNumber <= 118555) || (runNumber >= 118784 && runNumber <= 119163))
 774 //   {
 775 //     //    return "Single_2b_1_1_1";
 776 //     if      (!strcmp("CINT1B-ABCE-NOPF-ALL",trigger)) return "   #346 ";
 777 //     else if (!strcmp("CINT1A-ABCE-NOPF-ALL",trigger)) return "   #2131 ";
 778 //     else if (!strcmp("CINT1C-ABCE-NOPF-ALL",trigger)) return "   #3019 ";
 779 //     else if (!strcmp("CINT1-E-NOPF-ALL",trigger)) return " #1238 ";
 780 //     //    else AliError(Form("Unknown trigger: %s", trigger));
 781 //   }
 782 //   else if (runNumber >= 118556 && runNumber <= 118783) {
 783 //     //    return "Single_2b_1_1_1";
 784 //     // same as previous but was misaligned by 1 BX in fill 1069
 785 //     if      (!strcmp("CINT1B-ABCE-NOPF-ALL",trigger)) return "   #345 ";
 786 //     else if (!strcmp("CINT1A-ABCE-NOPF-ALL",trigger)) return "   #2130 ";
 787 //     else if (!strcmp("CINT1C-ABCE-NOPF-ALL",trigger)) return "   #3018 ";
 788 //     else if (!strcmp("CINT1-E-NOPF-ALL",trigger)) return " #1238 ";
 789 //     //    else AliError(Form("Unknown trigger: %s", trigger));
 790 //   }
 791 //   else if (runNumber >= 119837 && runNumber <= 119862) {
 792 //     //    return "Single_4b_2_2_2";
 793 //     if      (!strcmp("CINT1B-ABCE-NOPF-ALL",trigger)) return "   #669  #3019 ";
 794 //     else if (!strcmp("CINT1A-ABCE-NOPF-ALL",trigger)) return "   #346  #2454 ";
 795 //     else if (!strcmp("CINT1C-ABCE-NOPF-ALL",trigger)) return "   #1234  #2128 ";
 796 //     else if (!strcmp("CINT1-E-NOPF-ALL",trigger)) return " #1681 #3463";
 797 //     //    else AliError(Form("Unknown trigger: %s", trigger));
 798
 799 //   }
 800 //   else if (runNumber >= 119902 && runNumber <= 120691) {
 801 //     //    return "Single_6b_3_3_3";
 802 //     if      (!strcmp("CINT1B-ABCE-NOPF-ALL",trigger)) return "   #346  #546  #746 ";
 803 //     else if (!strcmp("CINT1A-ABCE-NOPF-ALL",trigger)) return "   #2131  #2331  #2531 ";
 804 //     else if (!strcmp("CINT1C-ABCE-NOPF-ALL",trigger)) return "   #3019  #3219  #3419 ";
 805 //     else if (!strcmp("CINT1-E-NOPF-ALL",trigger)) return " #1296 #1670";
 806 //     //    else AliError(Form("Unknown trigger: %s", trigger));
 807 //   }
 808 //   else if (runNumber >= 120741 && runNumber <= 122375) {
 809 //     //    return "Single_13b_8_8_8";
 810 //     if      (!strcmp("CINT1B-ABCE-NOPF-ALL",trigger)) return "   #346  #446  #546  #646  #1240  #1340  #1440  #1540 ";
 811 //     else if (!strcmp("CINT1A-ABCE-NOPF-ALL",trigger)) return "   #946  #2131  #2231  #2331  #2431 ";
 812 //     else if (!strcmp("CINT1C-ABCE-NOPF-ALL",trigger)) return "   #3019  #3119  #3219  #3319  #3519 ";
 813 //     else if (!strcmp("CINT1-E-NOPF-ALL",trigger)) return " #1835 #2726";
 814 //     //    else AliError(Form("Unknown trigger: %s", trigger));
 815
 816 //   }
 817 //   else if (runNumber >= 130148 && runNumber <= 130375) {
 818 //     TString triggerString = trigger;
 819 //     static TString returnString = " ";
 820 //     returnString = "";
 821 //     if (triggerString.Contains("B")) returnString += "   #346  #396  #446  #496  #546  #596  #646  #696  #1240  #1290  #1340  #1390  #1440  #1490  #1540  #1590 ";
 822 //     if (triggerString.Contains("A")) returnString += "   #755  #805  #855  #905  #955  #1005  #1799  #1849  #1899  #2131  #2181  #2231  #2281  #2331  #2381  #2431  #2481  #2531  #2581  #2631  #2846  #3016  #3066  #3116  #3166  #3216  #3266  #3316  #3366  #3425  #3475  #3525 ";
 823 //     if (triggerString.Contains("C")) returnString += "   #3019  #3069  #3119  #3169  #3219  #3269  #3319  #3369  #14  #64  #114  #746  #796  #846  #908  #958  #1008  #1640  #1690  #1740  #2055  #2125  #2175  #2225  #2275  #2325  #2375  #2425  #2475  #2534  #2584  #2634 ";
 824 //     // Printf("0x%x",returnString.Data());
 825 //     // Printf("%s",returnString.Data());
 826 //     return returnString.Data();
 827 //   }
 828 //   else if (runNumber >= 130601 && runNumber <= 130640) {
 829 //     TString triggerString = trigger;
 830 //     static TString returnString = " ";
 831 //     returnString = "";
 832 //     if (triggerString.Contains("B")) returnString += "  #346  #386  #426  #466  #506  #546  #586  #1240  #1280  #1320  #1360  #1400  #1440  #1480 ";
 833 //     if (triggerString.Contains("A")) returnString += "  #626  #666  #706  #746  #786  #826  #866  #1520  #1560  #1600  #1640  #1680  #1720  #1760  #2076  #2131  #2171  #2211  #2251  #2291  #2331  #2371  #2414  #2454  #2494  #2534  #2574  #2614  #2654  #2694  #2734  #2774  #2814 "; //#2854  #2894  #2934 not present in this run
 834 //     if (triggerString.Contains("C")) returnString += "  #3019  #3059  #3099  #3139  #3179  #3219  #3259  #3299  #3339  #3379  #3419  #3459  #3499  #3539  #115  #629  #669  #709  #749  #789  #829  #869  #909  #949  #989  #1029  #1069  #1109  #1149  #1523  #1563  #1603  #1643 "; //#1683  #1723  #1763 not present in this run
 835 //     return returnString.Data();
 836 //   }
 837
 838 //   else {
 839 //     AliWarning(Form("Unknown run %d, using all BXs!",runNumber));
 840 //   }
 841
 842 //   return "";
 843 // }
 844
 845 Bool_t AliPhysicsSelection::Initialize(const AliESDEvent* aEsd)
 846 {
 847   // initializes the object for the given ESD
 848
 849   AliInfo(Form("Initializing for beam type: %s", aEsd->GetESDRun()->GetBeamType()));
 850   fIsPP = kTRUE;
 851   if (strcmp(aEsd->GetESDRun()->GetBeamType(), "Pb-Pb") == 0)
 852     fIsPP = kFALSE;
 853
 854   return Initialize(aEsd->GetRunNumber());
 855 }
 856
 857 Bool_t AliPhysicsSelection::Initialize(Int_t runNumber)
 858 {
 859   // initializes the object for the given run
 860
 861
 862   Bool_t oldStatus = TH1::AddDirectoryStatus();
 863   TH1::AddDirectory(kFALSE);
 864
 865   /// Open OADB file and fetch OADB objects
 866   TString oadbfilename = AliPhysicsSelection::GetOADBFileName();
 867
 868   TFile * foadb = new TFile (oadbfilename);
 869   if(!foadb->IsOpen()) AliFatal(Form("Cannot open OADB file %s", oadbfilename.Data()));
 870
 871
 872   if(!fPSOADB || !fUsingCustomClasses) { // if it's already set and custom class is required, we use the one provided by the user
 873     AliInfo("Using Standard OADB");
 874     AliOADBContainer * psContainer = (AliOADBContainer*) foadb->Get("physSel");
 875     if (!psContainer) AliFatal("Cannot fetch OADB container for Physics selection");
 876     fPSOADB = (AliOADBPhysicsSelection*) psContainer->GetObject(runNumber, fIsPP ? "oadbDefaultPP" : "oadbDefaultPbPb");
 877     if (!fPSOADB) AliFatal(Form("Cannot find physics selection object for run %d", runNumber));
 878   } else {
 879     AliInfo("Using Custom OADB");
 880   }
 881   if(!fFillOADB || !fUsingCustomClasses) { // if it's already set and custom class is required, we use the one provided by the user
 882     AliOADBContainer * fillContainer = (AliOADBContainer*) foadb->Get("fillScheme");
 883     if (!fillContainer) AliFatal("Cannot fetch OADB container for filling scheme");
 884     fFillOADB = (AliOADBFillingScheme*) fillContainer->GetObject(runNumber, "Default");
 885     if (!fFillOADB) AliFatal(Form("Cannot find  filling scheme object for run %d", runNumber));
 886   }
 887
 888
 889   if(!fBin0CallBack)
 890     AliError("Bin0 Callback not set: will not fill the statistics for the bin 0");
 891
 892   if (fMC) {
 893     // override BX and bg options in case of MC
 894     fComputeBG    = kFALSE;
 895     fUseBXNumbers = kFALSE;
 896   }
 897
 898   // FIXME: think how to implement this check with the OADB, trigger scheme is not a int number here
 899   // Int_t triggerScheme = GetTriggerScheme(runNumber);
 900   // if (!fUsingCustomClasses && fCurrentRun != -1 && triggerScheme != GetTriggerScheme(fCurrentRun))
 901   //   AliFatal("Processing several runs with different trigger schemes is not supported");
 902
 903   if(fComputeBG && fCurrentRun != -1 && fCurrentRun != runNumber)
 904     AliFatal("Cannot process several runs because BG computation is requested");
 905
 906   if(fComputeBG && !fUseBXNumbers)
 907     AliFatal("Cannot compute BG if BX numbers are not used");
 908
 909   if(fUseBXNumbers && fFillingScheme != "" && fFillingScheme != fFillOADB->GetFillingSchemeName())
 910     AliFatal("Cannot process runs with different filling scheme if usage of BX numbers is requested");
 911
 912   fFillingScheme      = fFillOADB->GetFillingSchemeName();
 913
 914   AliInfo(Form("Initializing for run %d", runNumber));
 915
 916   // initialize first time?
 917   if (fCurrentRun == -1)
 918   {
 919     const UInt_t ntriggerBits = fPSOADB->GetNTriggerBits(); // FIXME!
 920     for(UInt_t ibit = 0; ibit < ntriggerBits; ibit++){
 921
 922       TIterator * collIter = fPSOADB->GetCollTrigClass(ibit)->MakeIterator();
 923       TIterator * bgIter   = fPSOADB->GetBGTrigClass(ibit)->MakeIterator();
 924       TObjString * obj = 0;
 925       while((obj = (TObjString*) collIter->Next())){
 926         if (obj->String() != "") {
 927           fCollTrigClasses.Add(new TObjString(GetTriggerString(obj)));
 928         }
 929       }
 930       // BG classes only make sense for real data
 931       if(!fMC) {
 932         obj = 0 ;
 933         while((obj = (TObjString*) bgIter->Next())){
 934           if (obj->String() != "") {
 935             fBGTrigClasses.Add(new TObjString(GetTriggerString(obj)));
 936           }
 937         }
 938       }
 939
 940     }
 941     // not sure how to handle this in the case of > x cuts
 942     // // Book the token histo with the tokens actually used here!
 943     // // 1. Cache the tokens
 944     // for(UInt_t ibit = 0; ibit < ntriggerBits; ibit++){
 945     //  EvaluateTriggerLogic(0,0, fPSOADB->GetHardwareTrigger(ibit), 0);
 946     //  EvaluateTriggerLogic(0,0, fPSOADB->GetOfflineTrigger(ibit),  1);
 947     // }
 948     // // 2. Book the histogram
 949     // if (!fHistStatisticsTokens) {
 950     //  Int_t ntokens = fCashedTokens->GetEntries();
 951     //  Int_t count = fCollTrigClasses->GetEntries() + fBGTrigClasses->GetEntries();
 952     //  fHistStatisticsTokens = new TH2F("fHistStatisticsTokens", "fHistStatisticsTokens", ntokens + 2, 0.5, ntokens+2+0.5, count, -0.5, -0.5 + count);
 953
 954     //  Int_t nrow = 0;
 955     //  fHistStatisticsTokens->GetXaxis()->SetBinLabel(nrow++,  "Trigger class");
 956     //  for(Int_t itoken = 0; itoken < ntoken; itoken++){
 957     //    TParameter<Int_t> * param = fCashedTokens->At(itoken);
 958     //    fHistStatisticsTokens->GetXaxis()->SetBinLabel(nrow++,  param->GetName());
 959     //  }
 960
 961     //  fHistStatisticsTokens->GetXaxis()->SetBinLabel(nrow++,      "Accepted");
 962
 963     // }
 964
 965
 966
 967     // TODO:
 968     // Add a new statistics histo containing only the tokens actually used in the selection
 969
 970     Int_t count = fCollTrigClasses.GetEntries() + fBGTrigClasses.GetEntries();
 971
 972     for (Int_t i=0; i<count; i++)
 973     {
 974
 975       AliTriggerAnalysis* triggerAnalysis = new AliTriggerAnalysis;
 976       triggerAnalysis->SetAnalyzeMC(fMC);
 977       triggerAnalysis->EnableHistograms();
 978       triggerAnalysis->SetSPDGFOThreshhold(1);
 979       triggerAnalysis->SetDoFMD(kFALSE);
 980       fTriggerAnalysis.Add(triggerAnalysis);
 981     }
 982
 983
 984     // TODO: shall I really delete this?
 985     if (fHistStatistics[0])
 986       delete fHistStatistics[0];
 987     if (fHistStatistics[1])
 988       delete fHistStatistics[1];
 989
 990     fHistStatistics[kStatIdxBin0] = BookHistStatistics("_Bin0");
 991     fHistStatistics[kStatIdxAll]  = BookHistStatistics("");
 992
 993
 994     if (fHistBunchCrossing)
 995       delete fHistBunchCrossing;
 996
 997     fHistBunchCrossing = new TH2F("fHistBunchCrossing", "fHistBunchCrossing;bunch crossing number;", 4000, -0.5, 3999.5,  count, -0.5, -0.5 + count);
 998
 999     // TODO: remove fHistTriggerPattern
1000     if (fHistTriggerPattern)
1001       delete fHistTriggerPattern;
1002
1003     const int ntrig=3;
1004     Int_t n = 1;
1005     const Int_t nbinTrig = TMath::Nint(TMath::Power(2,ntrig));
1006
1007     fHistTriggerPattern = new TH1F("fHistTriggerPattern", "Trigger pattern: FO + 2*v0A + 4*v0C",
1008                                    nbinTrig, -0.5, nbinTrig-0.5);
1009     fHistTriggerPattern->GetXaxis()->SetBinLabel(1,"NO TRIG");
1010     fHistTriggerPattern->GetXaxis()->SetBinLabel(2,"FO");
1011     fHistTriggerPattern->GetXaxis()->SetBinLabel(3,"v0A");
1012     fHistTriggerPattern->GetXaxis()->SetBinLabel(4,"FO & v0A");
1013     fHistTriggerPattern->GetXaxis()->SetBinLabel(5,"v0C");
1014     fHistTriggerPattern->GetXaxis()->SetBinLabel(6,"FO & v0C");
1015     fHistTriggerPattern->GetXaxis()->SetBinLabel(7,"v0A & v0C");
1016     fHistTriggerPattern->GetXaxis()->SetBinLabel(8,"FO & v0A & v0C");
1017
1018
1019     n = 1;
1020     for (Int_t i=0; i < fCollTrigClasses.GetEntries(); i++)
1021     {
1022
1023       fHistBunchCrossing->GetYaxis()->SetBinLabel(n, ((TObjString*) fCollTrigClasses.At(i))->String());
1024       n++;
1025     }
1026     for (Int_t i=0; i < fBGTrigClasses.GetEntries(); i++)
1027     {
1028
1029       fHistBunchCrossing->GetYaxis()->SetBinLabel(n, ((TObjString*) fBGTrigClasses.At(i))->String());
1030       n++;
1031     }
1032
1033
1034
1035   }
1036
1037   Int_t count = fCollTrigClasses.GetEntries() + fBGTrigClasses.GetEntries();
1038   for (Int_t i=0; i<count; i++)
1039   {
1040
1041     AliTriggerAnalysis* triggerAnalysis = static_cast<AliTriggerAnalysis*> (fTriggerAnalysis.At(i));
1042
1043     switch (runNumber)
1044     {
1045       case 104315:
1046       case 104316:
1047       case 104320:
1048       case 104321:
1049       case 104439:
1050         triggerAnalysis->SetV0TimeOffset(7.5);
1051         break;
1052       default:
1053         triggerAnalysis->SetV0TimeOffset(0);
1054     }
1055   }
1056
1057   fCurrentRun = runNumber;
1058
1059   TH1::AddDirectory(oldStatus);
1060
1061
1062   return kTRUE;
1063 }
1064
1065 TH2F * AliPhysicsSelection::BookHistStatistics(const char * tag) {
1066   // add 6 rows to count for the estimate of good, accidentals and
1067   // BG and the ratio of BG and accidentals to total +ratio goot to
1068   // first col + 2 for error on good.
1069   // TODO: Remember the the indexes of rows for the BG selection. Add new member fBGRows[] and use kStat as indexes
1070
1071   Int_t count = fCollTrigClasses.GetEntries() + fBGTrigClasses.GetEntries();
1072 #ifdef VERBOSE_STAT
1073   Int_t extrarows = fComputeBG != 0 ? 11 : 0;
1074 #else
1075   Int_t extrarows = fComputeBG != 0 ? 6 : 0;
1076 #endif
1077   TH2F * h = new TH2F(Form("fHistStatistics%s",tag), Form("fHistStatistics - %s ;;",tag), kStatAccepted, 0.5, kStatAccepted+0.5, count+extrarows, -0.5, -0.5 + count+extrarows);
1078
1079   h->GetXaxis()->SetBinLabel(kStatTriggerClass,  "Trigger class");
1080   h->GetXaxis()->SetBinLabel(kStatHWTrig,        "Hardware trigger");
1081   h->GetXaxis()->SetBinLabel(kStatFO1,           "FO >= 1");
1082   h->GetXaxis()->SetBinLabel(kStatFO2,           "FO >= 2");
1083   h->GetXaxis()->SetBinLabel(kStatFO2L1,         "FO (L1) >= 2");
1084   h->GetXaxis()->SetBinLabel(kStatV0A,           "V0A");
1085   h->GetXaxis()->SetBinLabel(kStatV0C,           "V0C");
1086   h->GetXaxis()->SetBinLabel(kStatFMD,           "FMD");
1087   h->GetXaxis()->SetBinLabel(kStatV0ABG,         "V0A BG");
1088   h->GetXaxis()->SetBinLabel(kStatV0CBG,         "V0C BG");
1089   h->GetXaxis()->SetBinLabel(kStatZDCA,          "ZDCA");
1090   h->GetXaxis()->SetBinLabel(kStatZDCC,          "ZDCC");
1091   h->GetXaxis()->SetBinLabel(kStatZDCAC,         "ZDCA & ZDCC");
1092   h->GetXaxis()->SetBinLabel(kStatZDCTime,       "ZDC Time Cut");
1093   h->GetXaxis()->SetBinLabel(kStatMB1,           "(FO >= 1 | V0A | V0C) & !V0 BG");
1094   h->GetXaxis()->SetBinLabel(kStatMB1Prime,      "(FO >= 2 | (FO >= 1 & (V0A | V0C)) | (V0A &v0C) ) & !V0 BG");
1095   //h->GetXaxis()->SetBinLabel(kStatFO1AndV0,    "FO >= 1 & (V0A | V0C) & !V0 BG");
1096   h->GetXaxis()->SetBinLabel(kStatV0,            "V0A & V0C & !V0 BG & !BG ID");
1097   h->GetXaxis()->SetBinLabel(kStatOffline,       "Offline Trigger");
1098   //h->GetXaxis()->SetBinLabel(kStatAny2Hits,    "2 Hits & !V0 BG");
1099   h->GetXaxis()->SetBinLabel(kStatBG,            "Background identification");
1100   h->GetXaxis()->SetBinLabel(kStatAccepted,      "Accepted");
1101
1102   Int_t n = 1;
1103   for (Int_t i=0; i < fCollTrigClasses.GetEntries(); i++)
1104     {
1105       h->GetYaxis()->SetBinLabel(n, ((TObjString*) fCollTrigClasses.At(i))->String());
1106       n++;
1107     }
1108   for (Int_t i=0; i < fBGTrigClasses.GetEntries(); i++)
1109     {
1110       h->GetYaxis()->SetBinLabel(n, ((TObjString*) fBGTrigClasses.At(i))->String());
1111       n++;
1112     }
1113
1114   if(fComputeBG) {
1115     fBGStatOffset = n;
1116     h->GetYaxis()->SetBinLabel(n++, "All B");
1117     h->GetYaxis()->SetBinLabel(n++, "All A+C");
1118     h->GetYaxis()->SetBinLabel(n++, "All E");
1119     h->GetYaxis()->SetBinLabel(n++, Form("BG (A+C) (Mask [0x%x])", fComputeBG));
1120     h->GetYaxis()->SetBinLabel(n++, "ACC");
1121 #ifdef VERBOSE_STAT
1122     h->GetYaxis()->SetBinLabel(n++, "BG (A+C) %  (rel. to CINT1B)");
1123     h->GetYaxis()->SetBinLabel(n++, "ACC % (rel. to CINT1B)");
1124     h->GetYaxis()->SetBinLabel(n++, "ERR GOOD %");
1125     h->GetYaxis()->SetBinLabel(n++, "GOOD % (rel. to 1st col)");
1126     h->GetYaxis()->SetBinLabel(n++, "ERR GOOD");
1127 #endif
1128     h->GetYaxis()->SetBinLabel(n++, "GOOD");
1129   }
1130
1131   return h;
1132 }
1133
1134 void AliPhysicsSelection::Print(const Option_t *option) const
1135 {
1136   // print the configuration
1137   TString msg;
1138   Printf("Configuration initialized for run %d (MC: %d):", fCurrentRun, fMC);
1139   msg += Form("Configuration initialized for run %d (MC: %d):\n", fCurrentRun, fMC);
1140
1141   Printf("Collision trigger classes:");
1142   for (Int_t i=0; i < fCollTrigClasses.GetEntries(); i++)
1143     Printf("%s", ((TObjString*) fCollTrigClasses.At(i))->String().Data());
1144
1145   Printf("Background trigger classes:");
1146   for (Int_t i=0; i < fBGTrigClasses.GetEntries(); i++)
1147     Printf("%s", ((TObjString*) fBGTrigClasses.At(i))->String().Data());
1148
1149   AliTriggerAnalysis* triggerAnalysis = dynamic_cast<AliTriggerAnalysis*> (fTriggerAnalysis.At(0));
1150
1151   if (triggerAnalysis)
1152   {
1153     if (triggerAnalysis->GetV0TimeOffset() > 0)
1154       Printf("V0 time offset active: %.2f ns", triggerAnalysis->GetV0TimeOffset());
1155
1156     Printf("\nTotal available events:");
1157
1158     triggerAnalysis->PrintTriggerClasses();
1159   }
1160
1161   if (fHistStatistics[kStatIdxAll])
1162   {
1163     for (Int_t i=0; i<fCollTrigClasses.GetEntries(); i++)
1164     {
1165       Printf("\nSelection statistics for collision trigger %s:", ((TObjString*) fCollTrigClasses.At(i))->String().Data());
1166       msg += Form("\nSelection statistics for collision trigger %s:\n", ((TObjString*) fCollTrigClasses.At(i))->String().Data());
1167
1168       Printf("Total events with correct trigger class: %d", (Int_t) fHistStatistics[kStatIdxAll]->GetBinContent(1, i+1));
1169       msg += Form("Total events with correct trigger class: %d\n", (Int_t) fHistStatistics[kStatIdxAll]->GetBinContent(1, i+1));
1170       Printf("Selected collision candidates: %d", (Int_t) fHistStatistics[kStatIdxAll]->GetBinContent(fHistStatistics[kStatIdxAll]->GetXaxis()->FindBin("Accepted"), i+1));
1171       msg += Form("Selected collision candidates: %d\n", (Int_t) fHistStatistics[kStatIdxAll]->GetBinContent(fHistStatistics[kStatIdxAll]->GetXaxis()->FindBin("Accepted"), i+1));
1172     }
1173   }
1174
1175   if (fHistBunchCrossing)
1176   {
1177     Printf("\nBunch crossing statistics:");
1178     msg += "\nBunch crossing statistics:\n";
1179
1180     for (Int_t i=1; i<=fHistBunchCrossing->GetNbinsY(); i++)
1181     {
1182       TString str;
1183       str.Form("Trigger %s has events in the bunch crossings: ", fHistBunchCrossing->GetYaxis()->GetBinLabel(i));
1184
1185       for (Int_t j=1; j<=fHistBunchCrossing->GetNbinsX(); j++)
1186         if (fHistBunchCrossing->GetBinContent(j, i) > 0)
1187           str += Form("%d, ", (Int_t) fHistBunchCrossing->GetXaxis()->GetBinCenter(j));
1188
1189       Printf("%s", str.Data());
1190       msg += str;
1191       msg += "\n";
1192     }
1193
1194     for (Int_t j=1; j<=fHistBunchCrossing->GetNbinsX(); j++)
1195     {
1196       Int_t countColl = 0;
1197       Int_t countBG = 0;
1198       for (Int_t i=1; i<=fHistBunchCrossing->GetNbinsY(); i++)
1199       {
1200         if (fHistBunchCrossing->GetBinContent(j, i) > 0)
1201         {
1202           if (fCollTrigClasses.FindObject(fHistBunchCrossing->GetYaxis()->GetBinLabel(i)))
1203             countColl++;
1204           if (fBGTrigClasses.FindObject(fHistBunchCrossing->GetYaxis()->GetBinLabel(i)))
1205             countBG++;
1206         }
1207       }
1208       if (countColl > 0 && countBG > 0)
1209         Printf("WARNING: Bunch crossing %d has collision and BG trigger classes active. Check BPTX functioning for this run!", (Int_t) fHistBunchCrossing->GetXaxis()->GetBinCenter(j));
1210     }
1211   }
1212
1213   if (fUsingCustomClasses)
1214     Printf("WARNING: Using custom trigger classes!");
1215   if (fSkipTriggerClassSelection)
1216     Printf("WARNING: Skipping trigger class selection!");
1217   if (fSkipV0)
1218     Printf("WARNING: Ignoring V0 information in selection");
1219   if(!fBin0CallBack)
1220     Printf("WARNING: Callback not set: will not fill the statistics for the bin 0");
1221   TString opt(option);
1222   opt.ToUpper();
1223   if (opt == "STAT") {
1224      AliAnalysisManager *mgr = AliAnalysisManager::GetAnalysisManager();
1225      if (mgr) mgr->AddStatisticsMsg(msg);
1226   }
1227 }
1228
1229 Long64_t AliPhysicsSelection::Merge(TCollection* list)
1230 {
1231   // Merge a list of AliMultiplicityCorrection objects with this (needed for
1232   // PROOF).
1233   // Returns the number of merged objects (including this).
1234
1235   if (!list)
1236     return 0;
1237
1238   if (list->IsEmpty())
1239     return 1;
1240
1241   TIterator* iter = list->MakeIterator();
1242   TObject* obj;
1243
1244   // collections of all histograms
1245   const Int_t nHists = 9;
1246   TList collections[nHists];
1247
1248   Int_t count = 0;
1249   while ((obj = iter->Next())) {
1250
1251     AliPhysicsSelection* entry = dynamic_cast<AliPhysicsSelection*> (obj);
1252     if (entry == 0)
1253       continue;
1254     // Update run number. If this one is not initialized (-1) take the one from
1255     // the next physics selection to be merged with. In case of 2 different run
1256     // numbers issue a warning (should physics selections from different runs be
1257     // merged together) A.G.
1258     Int_t currentRun = entry->GetCurrentRun();
1259     // Nothing to merge with since run number was not initialized.
1260     if (currentRun < 0) continue;
1261     if (fCurrentRun < 0)
1262     {
1263       fCurrentRun = currentRun;
1264       fMC = entry->fMC;
1265       for (Int_t i=0; i<entry->fCollTrigClasses.GetEntries(); i++)
1266         fCollTrigClasses.Add(entry->fCollTrigClasses.At(i)->Clone());
1267       for (Int_t i=0; i<entry->fBGTrigClasses.GetEntries(); i++)
1268         fBGTrigClasses.Add(entry->fBGTrigClasses.At(i)->Clone());
1269     }
1270     if (fCurrentRun != currentRun)
1271        AliWarning(Form("Current run %d not matching the one to be merged with %d", fCurrentRun, currentRun));
1272
1273     // With the same strategy update fBGStatOffset
1274     Int_t bgstatoffset = entry->GetBGStatOffset();
1275
1276     // Nothing to merge with since run number was not initialized.
1277     if (bgstatoffset < 0) continue;
1278     if (fBGStatOffset < 0)
1279     {
1280       fBGStatOffset = bgstatoffset;
1281     }
1282     if (fBGStatOffset != bgstatoffset)
1283        AliWarning(Form("Current run %d not matching the one to be merged with %d", fBGStatOffset, bgstatoffset));
1284
1285
1286
1287     // Merge the OADBs (Take just the first instance you find
1288     if (!fPSOADB) {
1289       fPSOADB = (AliOADBPhysicsSelection*) entry->GetOADBPhysicsSelection()->Clone();
1290     }
1291     if (!fFillOADB){
1292       fFillOADB = (AliOADBFillingScheme*) entry->GetOADBFillingScheme()->Clone();
1293     }
1294
1295     if (entry->fTriggerAnalysis.GetEntries() > 0)
1296       collections[0].Add(&(entry->fTriggerAnalysis));
1297     if (entry->fHistStatistics[0])
1298       collections[1].Add(entry->fHistStatistics[0]);
1299     if (entry->fHistStatistics[1])
1300       collections[2].Add(entry->fHistStatistics[1]);
1301     // if (entry->fHistStatisticsTokens)
1302     //   collections[3].Add(entry->fHistStatisticsTokens);
1303     if (entry->fHistBunchCrossing)
1304       collections[3].Add(entry->fHistBunchCrossing);
1305     if (entry->fHistTriggerPattern)
1306       collections[4].Add(entry->fHistTriggerPattern);
1307     if (entry->fBackgroundIdentification)
1308       collections[5].Add(entry->fBackgroundIdentification);
1309
1310     count++;
1311   }
1312
1313   if (fTriggerAnalysis.GetEntries() == 0 && collections[0].GetEntries() > 0)
1314   {
1315     TList* firstList = (TList*) collections[0].First();
1316     for (Int_t i=0; i<firstList->GetEntries(); i++)
1317       fTriggerAnalysis.Add(firstList->At(i)->Clone());
1318
1319     collections[0].RemoveAt(0);
1320   }
1321   fTriggerAnalysis.Merge(&collections[0]);
1322
1323   // if this instance is empty (not initialized) nothing would be merged here --> copy first entry
1324   if (!fHistStatistics[0] && collections[1].GetEntries() > 0)
1325   {
1326     fHistStatistics[0] = (TH2F*) collections[1].First()->Clone();
1327     collections[1].RemoveAt(0);
1328   }
1329   if (fHistStatistics[0])
1330     fHistStatistics[0]->Merge(&collections[1]);
1331
1332   if (!fHistStatistics[1] && collections[2].GetEntries() > 0)
1333   {
1334     fHistStatistics[1] = (TH2F*) collections[2].First()->Clone();
1335     collections[2].RemoveAt(0);
1336   }
1337   if (fHistStatistics[1])
1338     fHistStatistics[1]->Merge(&collections[2]);
1339
1340   if (!fHistBunchCrossing && collections[3].GetEntries() > 0)
1341   {
1342     fHistBunchCrossing = (TH2F*) collections[3].First()->Clone();
1343     collections[3].RemoveAt(0);
1344   }
1345   if (fHistBunchCrossing)
1346     fHistBunchCrossing->Merge(&collections[3]);
1347
1348   if (!fHistTriggerPattern && collections[4].GetEntries() > 0)
1349   {
1350     fHistTriggerPattern = (TH1F*) collections[4].First()->Clone();
1351     collections[4].RemoveAt(0);
1352   }
1353   if (fHistTriggerPattern)
1354     fHistTriggerPattern->Merge(&collections[4]);
1355
1356   if (!fBackgroundIdentification && collections[5].GetEntries() > 0)
1357   {
1358     fBackgroundIdentification = (AliAnalysisCuts*) collections[5].First()->Clone();
1359     collections[5].RemoveAt(0);
1360   }
1361   if (fBackgroundIdentification)
1362     fBackgroundIdentification->Merge(&collections[5]);
1363
1364   delete iter;
1365
1366   return count+1;
1367 }
1368
1369 void AliPhysicsSelection::SaveHistograms(const char* folder)
1370 {
1371   // write histograms to current directory
1372
1373   if (!fHistStatistics[0] || !fHistStatistics[1])
1374     return;
1375
1376   if (folder)
1377   {
1378     gDirectory->mkdir(folder);
1379     gDirectory->cd(folder);
1380   }
1381
1382
1383   // Fill the last rows of fHistStatistics before saving
1384   if (fComputeBG) {
1385     AliInfo("BG estimate assumes that for a given run you only have A and C triggers separately or"
1386             " toghether as a AC class! Make sure this assumption holds in your case");
1387
1388     // use an anum for the different trigger classes, to make loops easier to read
1389     enum {kClassB =0 , kClassA, kClassC, kClassAC, kClassE, kNClasses};
1390     const char * classFlags[] = {"B", "A", "C", "AC", "E"}; // labels
1391
1392     UInt_t * rows[kNClasses] = {0}; // Array of matching rows
1393     Int_t nrows[kNClasses] = {0};
1394     // Get rows matching the requested trigger bits for all trigger classes
1395     for(Int_t iTrigClass = 0; iTrigClass < kNClasses; iTrigClass++){
1396       nrows[iTrigClass] = GetStatRow(classFlags[iTrigClass],fComputeBG,&rows[iTrigClass]);
1397     }
1398
1399     // 0. Determine the ratios of triggers E/B, A/B, C/B from the stat histogram
1400     // Those are used to rescale the different classes to the same number of bx ids
1401     // TODO: pass names of the rows for B, CA and E and look names of the rows. How do I handle the case in which both AC are in the same row?
1402     Int_t nBXIds[kNClasses] = {0};
1403       //      cout <<"Computing BG:" << endl;
1404
1405     for(Int_t iTrigClass = 0; iTrigClass < kNClasses; iTrigClass++){
1406       for(Int_t irow = 0; irow < nrows[iTrigClass]; irow++) {
1407         if(irow==0) cout << "- Class " << classFlags[iTrigClass] << endl;
1408         for (Int_t j=1; j<=fHistBunchCrossing->GetNbinsX(); j++) {
1409           if (fHistBunchCrossing->GetBinContent(j, rows[iTrigClass][irow]) > 0) {
1410             nBXIds[iTrigClass]++;
1411           }
1412         }
1413         if(nBXIds[iTrigClass]>0) cout << "   Using row " << rows[iTrigClass][irow] <<  ": "
1414                                       << fHistBunchCrossing->GetYaxis()->GetBinLabel(rows[iTrigClass][irow])
1415                                       << " (nBXID "<< nBXIds[iTrigClass] << ")"<< endl;
1416
1417       }
1418
1419     }
1420
1421     Float_t ratioToB[kNClasses];
1422     ratioToB[kClassE]  = nBXIds[kClassE]  >0 ? Float_t(nBXIds[kClassB])/nBXIds[kClassE]   : 0;
1423     ratioToB[kClassA]  = nBXIds[kClassA]  >0 ? Float_t(nBXIds[kClassB])/nBXIds[kClassA]   : 0;
1424     ratioToB[kClassC]  = nBXIds[kClassC]  >0 ? Float_t(nBXIds[kClassB])/nBXIds[kClassC]   : 0;
1425     ratioToB[kClassAC] = nBXIds[kClassAC] >0 ? Float_t(nBXIds[kClassB])/nBXIds[kClassAC]  : 0;
1426     Printf("Ratio between the BX ids in the different trigger classes:");
1427     Printf("  B/E  = %d/%d = %f", nBXIds[kClassB],nBXIds[kClassE], ratioToB[kClassE] );
1428     Printf("  B/A  = %d/%d = %f", nBXIds[kClassB],nBXIds[kClassA], ratioToB[kClassA] );
1429     Printf("  B/C  = %d/%d = %f", nBXIds[kClassB],nBXIds[kClassC], ratioToB[kClassC] );
1430     Printf("  B/AC = %d/%d = %f", nBXIds[kClassB],nBXIds[kClassAC],ratioToB[kClassAC]);
1431     Int_t nHistStat = 2;
1432
1433     // 1. loop over all cols
1434     for(Int_t iHistStat = 0; iHistStat < nHistStat; iHistStat++){
1435       Int_t ncol = fHistStatistics[iHistStat]->GetNbinsX();
1436       Float_t good1 = 0;
1437       for(Int_t icol = 1; icol <= ncol; icol++) {
1438         Int_t nEvents[kNClasses] = {0}; // number of events should be reset at every column
1439         // For all trigger classes, add up over row matching trigger mask (as selected before)
1440         for(Int_t iTrigClass = 0; iTrigClass < kNClasses; iTrigClass++){
1441           for(Int_t irow = 0; irow < nrows[iTrigClass]; irow++) {
1442             nEvents[iTrigClass] += (Int_t) fHistStatistics[iHistStat]->GetBinContent(icol,rows[iTrigClass][irow]);
1443           }
1444           //        cout << "Events " << classFlags[iTrigClass] << " ("<<icol<<") " << nEvents[iTrigClass] << endl;
1445         }
1446         if (nEvents[kClassB]>0) {
1447           Float_t acc  = ratioToB[kClassE]*nEvents[kClassE];
1448           Double_t accErr = TMath::Sqrt(ratioToB[kClassE]*ratioToB[kClassE]*nEvents[kClassE]);
1449           //      Int_t bg   = cint1A + cint1C - 2*acc;
1450
1451           // If intensity measurements are available, they already
1452           // contain the scaling for BX ratios, so we reset the
1453           // ratioToB entries
1454           if(icol == 1) {
1455             if(fBIFactorAC > 0 || fBIFactorA > 0 || fBIFactorC > 0) {
1456               if (fBIFactorAC <= 0 && (fBIFactorA <= 0 || fBIFactorC <= 0)) {
1457                 AliError("Not all intensities set!, assuming equal intensities");
1458                 fBIFactorA  = 1;
1459                 fBIFactorC  = 1;
1460                 fBIFactorAC = 1;
1461               } else {
1462                 AliInfo("Using ratio of number of bunch crossing embedded in the intensity measurements");
1463                 ratioToB[kClassA]  = ratioToB[kClassA]  >0 ? 1  : 0;
1464                 ratioToB[kClassC]  = ratioToB[kClassC]  >0 ? 1  : 0;
1465                 ratioToB[kClassAC] = ratioToB[kClassAC] >0 ? 1  : 0;
1466                 AliInfo(Form(" - BI Factor A:  %f",  fBIFactorA ));
1467                 AliInfo(Form(" - BI Factor C:  %f",  fBIFactorC ));
1468                 AliInfo(Form(" - BI Factor AC: %f",  fBIFactorAC ));
1469
1470               }
1471             } else {
1472               AliWarning("Intensities not set!, assuming equal intensities");
1473               fBIFactorA  = 1;
1474               fBIFactorC  = 1;
1475               fBIFactorAC = 1;
1476             }
1477           }
1478           // Assuming that for a given class the triggers are either recorded as A+C or AC
1479           Float_t bg  = nEvents[kClassAC] > 0 ?
1480             fBIFactorAC*(ratioToB[kClassAC]*nEvents[kClassAC] - 2*acc):
1481             fBIFactorA* (ratioToB[kClassA]*nEvents[kClassA]-acc) +
1482             fBIFactorC* (ratioToB[kClassC]*nEvents[kClassC]-acc) ;
1483
1484           // cout << "-----------------------" << endl;
1485           // cout << "Factors: " << fBIFactorA << " " << fBIFactorC << " " << fBIFactorAC << endl;
1486           // cout << "Ratios: "  << ratioToB[kClassA] << " " << ratioToB[kClassC] << " " << ratioToB[kClassAC] << endl;
1487           // cout << "Evts:   "  << nEvents[kClassA] << " " << nEvents[kClassC] << " " << nEvents[kClassAC] << " " <<  nEvents[kClassB] << endl;
1488           // cout << "Acc: " << acc << endl;
1489           // cout << "BG: " << bg << endl;
1490           // cout  << "  " <<   fBIFactorA* (ratioToB[kClassA]*nEvents[kClassA]-acc) <<endl;
1491           // cout  << "  " <<   fBIFactorC* (ratioToB[kClassC]*nEvents[kClassC]-acc) <<endl;
1492           // cout  << "  " <<   fBIFactorAC*(ratioToB[kClassAC]*nEvents[kClassAC] - 2*acc) << endl;
1493           // cout << "-----------------------" << endl;
1494
1495           Float_t good = Float_t(nEvents[kClassB]) - bg - acc;
1496           if (icol ==1) good1 = good;
1497           //      Float_t errGood     = TMath::Sqrt(2*(nEvents[kClassA]+nEvents[kClassC]+nEvents[kClassE]));// Error on the number of goods assuming only bg fluctuates
1498           //      DeltaG^2 = B + FA^2 A + FC^2 C + Ratio^2 (FA+FC-1)^2 E.
1499           Float_t errGood     = nEvents[kClassAC] > 0 ?
1500             TMath::Sqrt( nEvents[kClassB] +
1501                          fBIFactorAC*fBIFactorAC*ratioToB[kClassAC]*ratioToB[kClassAC]*nEvents[kClassAC] +
1502                          ratioToB[kClassE] * ratioToB[kClassE] *
1503                          (fBIFactorAC - 1)*(fBIFactorAC - 1)*nEvents[kClassE]) :
1504             TMath::Sqrt( nEvents[kClassB] +
1505                          fBIFactorA*fBIFactorA*ratioToB[kClassA]*ratioToB[kClassA]*nEvents[kClassA] +
1506                          fBIFactorC*fBIFactorC*ratioToB[kClassC]*ratioToB[kClassC]*nEvents[kClassC] +
1507                          ratioToB[kClassE] * ratioToB[kClassE] *
1508                          (fBIFactorA + fBIFactorC - 1)*(fBIFactorA + fBIFactorC - 1)*nEvents[kClassE]);
1509
1510           Float_t errBG = nEvents[kClassAC] > 0 ?
1511             TMath::Sqrt(fBIFactorAC*fBIFactorAC*ratioToB[kClassAC]*ratioToB[kClassAC]*nEvents[kClassAC]+
1512                         4*ratioToB[kClassE]*ratioToB[kClassE]*(fBIFactorAC*fBIFactorAC)*nEvents[kClassE]) :
1513             TMath::Sqrt(fBIFactorA*fBIFactorA*ratioToB[kClassA]*ratioToB[kClassA]*nEvents[kClassA]+
1514                         fBIFactorC*fBIFactorC*ratioToB[kClassC]*ratioToB[kClassC]*nEvents[kClassC]+
1515                         ratioToB[kClassE]*ratioToB[kClassE]*(fBIFactorA+fBIFactorC)*(fBIFactorA+fBIFactorC)*nEvents[kClassE]);
1516
1517
1518           fHistStatistics[iHistStat]->SetBinContent(icol,fBGStatOffset+kStatRowAllB, nEvents[kClassB]);
1519           fHistStatistics[iHistStat]->SetBinContent(icol,fBGStatOffset+kStatRowAllAC,nEvents[kClassA]+nEvents[kClassC]+nEvents[kClassAC]);
1520           fHistStatistics[iHistStat]->SetBinContent(icol,fBGStatOffset+kStatRowAllE, nEvents[kClassE]);
1521
1522           fHistStatistics[iHistStat]->SetBinContent(icol,fBGStatOffset+kStatRowBG,bg);
1523           fHistStatistics[iHistStat]->SetBinError  (icol,fBGStatOffset+kStatRowBG,errBG);
1524           fHistStatistics[iHistStat]->SetBinContent(icol,fBGStatOffset+kStatRowAcc,acc);
1525           fHistStatistics[iHistStat]->SetBinError  (icol,fBGStatOffset+kStatRowAcc,accErr);
1526           fHistStatistics[iHistStat]->SetBinContent(icol,fBGStatOffset+kStatRowGood,good);
1527           fHistStatistics[iHistStat]->SetBinError  (icol,fBGStatOffset+kStatRowGood,errGood);
1528
1529 #ifdef VERBOSE_STAT
1530           //kStatRowBG=0,kStatRowAcc,kStatRowBGFrac,kStatRowAccFrac,kStatRowErrGoodFrac,kStatRowGoodFrac,kStatRowGood,kStatRowErrGood
1531           Float_t accFrac   = Float_t(acc) / nEvents[kClassB]  *100;
1532           Float_t errAccFrac= Float_t(accErr) / nEvents[kClassB]  *100;
1533           Float_t bgFrac    = Float_t(bg)  / nEvents[kClassB]  *100;
1534           Float_t goodFrac  = Float_t(good)  / good1 *100;
1535           Float_t errGoodFrac = errGood/good1 * 100;
1536           Float_t errFracBG = bg > 0 ? TMath::Sqrt((errBG/bg)*(errBG/bg) + 1/nEvents[kClassB])*bgFrac : 0;
1537           fHistStatistics[iHistStat]->SetBinContent(icol,fBGStatOffset+kStatRowBGFrac,bgFrac);
1538           fHistStatistics[iHistStat]->SetBinError  (icol,fBGStatOffset+kStatRowBGFrac,errFracBG);
1539           fHistStatistics[iHistStat]->SetBinContent(icol,fBGStatOffset+kStatRowAccFrac,accFrac);
1540           fHistStatistics[iHistStat]->SetBinError  (icol,fBGStatOffset+kStatRowAccFrac,errAccFrac);
1541           fHistStatistics[iHistStat]->SetBinContent(icol,fBGStatOffset+kStatRowGoodFrac,goodFrac);
1542           fHistStatistics[iHistStat]->SetBinContent(icol,fBGStatOffset+kStatRowErrGoodFrac,errGoodFrac);
1543           fHistStatistics[iHistStat]->SetBinContent(icol,fBGStatOffset+kStatRowErrGood,errGood);
1544 #endif
1545         }
1546       }
1547     }
1548     for (Int_t iTrigClass = 0; iTrigClass < kNClasses; iTrigClass++){
1549       delete [] rows[iTrigClass];
1550     }
1551   }
1552
1553   fHistStatistics[0]->Write();
1554   fHistStatistics[1]->Write();
1555   if(fHistBunchCrossing ) fHistBunchCrossing ->Write();
1556   if(fHistTriggerPattern) fHistTriggerPattern->Write();
1557
1558   Int_t count = fCollTrigClasses.GetEntries() + fBGTrigClasses.GetEntries();
1559   for (Int_t i=0; i < count; i++)
1560     {
1561       TString triggerClass = "trigger_histograms_";
1562       if (i < fCollTrigClasses.GetEntries())
1563         triggerClass += ((TObjString*) fCollTrigClasses.At(i))->String();
1564       else
1565         triggerClass += ((TObjString*) fBGTrigClasses.At(i - fCollTrigClasses.GetEntries()))->String();
1566
1567       gDirectory->mkdir(triggerClass);
1568       gDirectory->cd(triggerClass);
1569
1570       static_cast<AliTriggerAnalysis*> (fTriggerAnalysis.At(i))->SaveHistograms();
1571
1572       gDirectory->cd("..");
1573     }
1574
1575   if (fBackgroundIdentification)
1576     {
1577       gDirectory->mkdir("background_identification");
1578       gDirectory->cd("background_identification");
1579
1580       fBackgroundIdentification->GetOutput()->Write();
1581
1582       gDirectory->cd("..");
1583     }
1584
1585   if (folder)
1586     gDirectory->cd("..");
1587
1588 }
1589
1590 Int_t AliPhysicsSelection::GetStatRow(const char * triggerBXClass, UInt_t offlineTriggerType, UInt_t ** rowIDs) const {
1591   // Puts inside the array rowIDs the row number for a given offline
1592   // trigger in a given bx class. Returns the total number of lines
1593   // matching the selection
1594   // triggerBXClass can be either "A", "AC", "B" or "E"
1595   // offlineTriggerType is one of the types defined in AliVEvent
1596   // User should delete rowIDs if no longer needed
1597
1598   if(!fHistStatistics[0]) {
1599     AliWarning("Not initialized, returning 0");
1600     return 0;
1601   }
1602   const Int_t nrows = fHistStatistics[0]->GetNbinsY();
1603
1604   // allocate memory for at maximum nrows
1605   Int_t nMatches = 0;
1606   (*rowIDs) = new UInt_t[nrows];
1607
1608
1609   // Loop over rows and find matching ones, using the PS OADB
1610   // FIXME: check BG estimates
1611   for(Int_t irow = 1; irow <= nrows; irow++){
1612     TString triggerClassCurrent = fHistStatistics[0]->GetYaxis()->GetBinLabel(irow);
1613     TPRegexp trigType (".*\\&(\\d+).*");
1614     TObjArray * arr = trigType.MatchS(triggerClassCurrent.Data());
1615     if(arr->GetEntries() > 1){
1616       UInt_t tType = ((TObjString*)arr->At(1))->GetString().Atoi();
1617
1618       if (tType == offlineTriggerType && fPSOADB->GetBeamSide(triggerClassCurrent.Data()) == triggerBXClass) {
1619         (*rowIDs)[nMatches] = irow;
1620         nMatches++;
1621       }
1622
1623     }
1624     delete arr;
1625
1626   }
1627
1628   return nMatches;
1629 }
1630
1631 void AliPhysicsSelection::SetBIFactors(const AliESDEvent * aESD) {
1632   // Set factors for realtive bunch intesities
1633   if(!aESD) {
1634     AliFatal("ESD not given");
1635   }
1636   Int_t run = aESD->GetRunNumber();
1637   if (run > 105268) {
1638     // intensities stored in the ESDs
1639     const AliESDRun* esdRun = aESD->GetESDRun();
1640     Double_t intAB = esdRun->GetMeanIntensityIntecting(0);
1641     Double_t intCB = esdRun->GetMeanIntensityIntecting(1);
1642     Double_t intAA = esdRun->GetMeanIntensityNonIntecting(0);
1643     Double_t intCC = esdRun->GetMeanIntensityNonIntecting(1);
1644
1645     // cout << "INT " <<intAB <<endl;
1646     // cout << "INT " <<intCB <<endl;
1647     // cout << "INT " <<intAA <<endl;
1648     // cout << "INT " <<intCC <<endl;
1649
1650     if (intAB > 0 && intAA > 0) {
1651       fBIFactorA = intAB/intAA;
1652     } else {
1653       AliWarning("Cannot set fBIFactorA");
1654     }
1655
1656     if (intCB > 0 && intCC > 0) {
1657       fBIFactorC = intCB/intCC;
1658     } else {
1659       AliWarning("Cannot set fBIFactorC");
1660     }
1661
1662     if (intAB > 0 && intAA > 0 &&
1663         intCB > 0 && intCC > 0) {
1664       fBIFactorAC = (intAB+intCB)/(intAA+intCC);
1665     } else {
1666       AliWarning("Cannot set fBIFactorAC");
1667     }
1668
1669   }
1670   else {
1671     // First runs. Intensities hardcoded
1672     switch(run) {
1673     case 104155:
1674       fBIFactorA = 0.961912722908;
1675       fBIFactorC = 1.04992336081;
1676       break;
1677     case 104157:
1678       fBIFactorA = 0.947312854998;
1679       fBIFactorC = 1.01599706417;
1680       break;
1681     case 104159:
1682       fBIFactorA = 0.93659320151;
1683       fBIFactorC = 0.98580804207;
1684       break;
1685     case 104160:
1686       fBIFactorA = 0.929664189926;
1687       fBIFactorC = 0.963467679851;
1688       break;
1689     case 104315:
1690       fBIFactorA = 1.08939104979;
1691       fBIFactorC = 0.931113921925;
1692       break;
1693     case 104316:
1694       fBIFactorA = 1.08351880974;
1695       fBIFactorC = 0.916068345845;
1696       break;
1697     case 104320:
1698       fBIFactorA = 1.07669281245;
1699       fBIFactorC = 0.876818744763;
1700       break;
1701     case 104321:
1702       fBIFactorA = 1.00971079602;
1703       fBIFactorC = 0.773781299076;
1704       break;
1705     case 104792:
1706       fBIFactorA = 0.787215863962;
1707       fBIFactorC = 0.778253173071;
1708       break;
1709     case 104793:
1710       fBIFactorA = 0.692211363661;
1711       fBIFactorC = 0.733152456667;
1712       break;
1713     case 104799:
1714       fBIFactorA = 1.04027825161;
1715       fBIFactorC = 1.00530825942;
1716       break;
1717     case 104800:
1718       fBIFactorA = 1.05309910671;
1719       fBIFactorC = 1.00376801855;
1720       break;
1721     case 104801:
1722       fBIFactorA = 1.0531231922;
1723       fBIFactorC = 0.992439666758;
1724       break;
1725     case 104802:
1726       fBIFactorA = 1.04191478134;
1727       fBIFactorC = 0.979368585208;
1728       break;
1729     case 104803:
1730       fBIFactorA = 1.03121314094;
1731       fBIFactorC = 0.973379962609;
1732       break;
1733     case 104824:
1734       fBIFactorA = 0.969945926722;
1735       fBIFactorC = 0.39549745806;
1736       break;
1737     case 104825:
1738       fBIFactorA = 0.968627213937;
1739       fBIFactorC = 0.310100412205;
1740       break;
1741     case 104841:
1742       fBIFactorA = 0.991601393212;
1743       fBIFactorC = 0.83762204722;
1744       break;
1745     case 104845:
1746       fBIFactorA = 0.98040863886;
1747       fBIFactorC = 0.694824205793;
1748       break;
1749     case 104867:
1750       fBIFactorA = 1.10646173412;
1751       fBIFactorC = 0.841407246916;
1752       break;
1753     case 104876:
1754       fBIFactorA = 1.12063452421;
1755       fBIFactorC = 0.78726542895;
1756       break;
1757     case 104890:
1758       fBIFactorA = 1.02346137453;
1759       fBIFactorC = 1.03355663595;
1760       break;
1761     case 104892:
1762       fBIFactorA = 1.05406025913;
1763       fBIFactorC = 1.00029166135;
1764       break;
1765     case 105143:
1766       fBIFactorA = 0.947343384349;
1767       fBIFactorC = 0.972637444408;
1768       break;
1769     case 105160:
1770       fBIFactorA = 0.908854622177;
1771       fBIFactorC = 0.958851103977;
1772       break;
1773     case 105256:
1774       fBIFactorA = 0.810076150206;
1775       fBIFactorC = 0.884663561883;
1776       break;
1777     case 105257:
1778       fBIFactorA = 0.80974912303;
1779       fBIFactorC = 0.878859123479;
1780       break;
1781     case 105268:
1782       fBIFactorA = 0.809052110679;
1783       fBIFactorC = 0.87233890989;
1784       break;
1785     default:
1786       fBIFactorA = 1;
1787       fBIFactorC = 1;
1788     }
1789   }
1790
1791 }
1792
1793 const char * AliPhysicsSelection::GetTriggerString(TObjString * obj) {
1794   // Returns a formed objstring
1795   static TString retString;
1796
1797   retString.Form("%s%s",
1798                  obj->String().Data(),
1799                  fUseBXNumbers ? fFillOADB->GetBXIDs(fPSOADB->GetBeamSide(obj->String().Data())) : ""
1800                  );
1801
1802   if (fMC) {
1803     TPRegexp stripClasses("\\+\\S* ");
1804     stripClasses.Substitute(retString,"","g");
1805     stripClasses=TPRegexp("\\-\\S* ");
1806     stripClasses.Substitute(retString,"","g");
1807   }
1808
1809   return retString.Data();
1810 }
1811
1812 void AliPhysicsSelection::AddCollisionTriggerClass(const char* className){
1813   AliError("This method is deprecated! Will be removed soon! Please use SetCustomOADBObjects() instead!");
1814   if(!fPSOADB) {
1815     fPSOADB = new AliOADBPhysicsSelection("CustomPS");
1816     fPSOADB->SetHardwareTrigger         ( 0,"SPDGFO >= 1 || V0A || V0C");
1817     fPSOADB->SetOfflineTrigger          ( 0,"(SPDGFO >= 1 || V0A || V0C) && !V0ABG && !V0CBG");
1818   }
1819
1820   // Strip all which is not needed, if BX ids are provided, they are still used here
1821   // offline trigger and logics are appended automagically, so we strip-em out if they are provided
1822   TString classNameStripped = className;
1823   if(classNameStripped.Index("*")>0)
1824     classNameStripped.Remove(classNameStripped.Index("*")); // keep only the class name (no bx, offline trigger...)
1825   if(classNameStripped.Index("&")>0)
1826     classNameStripped.Remove(classNameStripped.Index("&")); // keep only the class name (no bx, offline trigger...)
1827
1828   fPSOADB->AddCollisionTriggerClass   ( AliVEvent::kUserDefined,classNameStripped.Data(),"B",0);
1829
1830   fUsingCustomClasses = kTRUE;
1831
1832
1833 }
1834
1835 void AliPhysicsSelection::AddBGTriggerClass(const char* className){
1836   // Add custom BG trigger class
1837
1838   AliError("This method is deprecated! Will be removed soon! Please use SetCustomOADBObjects() instead!");
1839   if(!fPSOADB) {
1840     fPSOADB = new AliOADBPhysicsSelection("CustomPS");
1841     fPSOADB->SetHardwareTrigger         ( 0,"SPDGFO >= 1 || V0A || V0C");
1842     fPSOADB->SetOfflineTrigger          ( 0,"(SPDGFO >= 1 || V0A || V0C) && !V0ABG && !V0CBG");
1843   }
1844
1845   // Strip all which is not needed, if BX ids are provided, they are still used here
1846   // offline trigger and logics are appended automagically, so we strip-em out if they are provided
1847   TString classNameStripped = className;
1848   if(classNameStripped.Index("*")>0)
1849     classNameStripped.Remove(classNameStripped.Index("*")); // keep only the class name (no bx, offline trigger...)
1850   if(classNameStripped.Index("&")>0)
1851     classNameStripped.Remove(classNameStripped.Index("&")); // keep only the class name (no bx, offline trigger...)
1852
1853   fPSOADB->AddBGTriggerClass   ( AliVEvent::kUserDefined,classNameStripped.Data(),"AC",0);
1854
1855   fUsingCustomClasses = kTRUE;
1856
1857 }