Fixing check for empty intensity measurements.
[u/mrichter/AliRoot.git] / ANALYSIS / AliPhysicsSelection.cxx
1 /* $Id: AliPhysicsSelection.cxx 35782 2009-10-22 11:54:31Z jgrosseo $ */
2
3 /**************************************************************************
4  * Copyright(c) 1998-2009, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
5  *                                                                        *
6  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
7  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
8  *                                                                        *
9  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
10  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
11  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
12  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
13  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
14  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
15  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
16  **************************************************************************/
17
18 //-------------------------------------------------------------------------
19 //                      Implementation of   Class AliPhysicsSelection
20 // This class selects collision candidates from data runs, applying selection cuts on triggers 
21 // and background rejection based on the content of the ESD
22 //
23 // Usage:
24 //
25 // Create the object:
26 //   fPhysicsSelection = new AliPhysicsSelection;
27 //
28 // For MC data, call
29 //   fPhysicsSelection->SetAnalyzeMC()
30 //
31 // To check if an event is a collision candidate, use:
32 //   fPhysicsSelection->IsCollisionCandidate(fESD)
33 //
34 // After processing save the resulting histograms to a file with (a folder physics_selection 
35 //   will be created that contains the histograms):
36 //   fPhysicsSelection->SaveHistograms("physics_selection")
37 //
38 // To print statistics after processing use:
39 //   fPhysicsSelection->Print();
40 //
41 // The BX ids corresponding to real bunches crossings p2 are
42 // automatically selected. You cannot process runs with different
43 // filling schemes if this option is set. If you want to disable this,
44 // use: 
45 //   fPhysicsSelection->SetUseBXNumbers(0);
46 //
47 //
48 // If you are analizing muons and you want to keep the muon triggers
49 // besides the CINT1B you can set:
50 //   fPhysicsSelection->SetUseMuonTriggers();
51 //
52 //
53 // To compute the Background automatically using the control triggers
54 // use: 
55 //   fPhysicsSelection->SetComputeBG();
56 // this will show the value of the Beam Gas, accidentals and good
57 // events as additional rows in the statistic tables, but it will NOT
58 // subtract the background automatically.
59 // This option will only work for runs taken with the CINT1
60 // suite. This options enables automatically also the usage of BX
61 // numbers. You can only process one run at a time if you require this
62 // options, because it uses the bunch intensity estimated run by run.
63 // 
64 // The BG will usually be more important in the so-called "bin 0": the
65 // class can also compute the statistics table for events in this
66 // bin. Since the definition of bin 0 may in general change from
67 // analysis to analysis, the user needs to provide a callback
68 // implementing the definition of bin zero. The callback should be
69 // implemented as a method in the analysis task and should override
70 // the IsEventInBinZero method of AliAnalysisTaskSE, and should thus
71 // have the the following prototype:
72 //   Bool_t IsEventInBinZero(); 
73 // It should return true if the event is in the bin 0 and it is set by
74 // passing to the physics selection the NAME of the task where the
75 // callback is implemented: 
76 //   fPhysicsSelection->SetBin0Callback("MyTask").
77 //
78 //
79 // Usually the class selects the trigger scheme by itself depending on the run number.
80 // Nevertheless, you can do that manually by calling AddCollisionTriggerClass() and AddBGTriggerClass()
81 // Example:
82 // To define the class CINT1B-ABCE-NOPF-ALL as collision trigger (those will be accepted as  
83 // collision candidates when they pass the selection):
84 //   AddCollisionTriggerClass("+CINT1B-ABCE-NOPF-ALL #769 #3119");
85 // To select on bunch crossing IDs in addition, use:
86 //   AddCollisionTriggerClass("+CINT1B-ABCE-NOPF-ALL #769 #3119");
87 // To define the class CINT1A-ABCE-NOPF-ALL as a background trigger (those will only be counted
88 // for the control histograms):
89 //   AddBGTriggerClass("+CINT1A-ABCE-NOPF-ALL");
90 // You can also specify more than one trigger class in a string or you can require that some are *not*
91 // present. The following line would require CSMBA-ABCE-NOPF-ALL, but CSMBB-ABCE-NOPF-ALL is not allowed
92 // to be present:
93 //   AddBGTriggerClass("+CSMBA-ABCE-NOPF-ALL -CSMBB-ABCE-NOPF-ALL");
94 //
95 // The class also supports the triggers used in heavy ion runs
96 //
97 //   Origin: Jan Fiete Grosse-Oetringhaus, CERN 
98 //           Michele Floris, CERN
99 //-------------------------------------------------------------------------
100
101 #include <Riostream.h>
102 #include <TH1F.h>
103 #include <TH2F.h>
104 #include <TList.h>
105 #include <TIterator.h>
106 #include <TDirectory.h>
107 #include <TObjArray.h>
108
109 #include <AliPhysicsSelection.h>
110
111 #include <AliTriggerAnalysis.h>
112 #include <AliLog.h>
113
114 #include <AliESDEvent.h>
115 #include <AliAnalysisTaskSE.h>
116 #include "AliAnalysisManager.h"
117 #include "TPRegexp.h"
118
119 ClassImp(AliPhysicsSelection)
120
121 AliPhysicsSelection::AliPhysicsSelection() :
122   AliAnalysisCuts("AliPhysicsSelection", "AliPhysicsSelection"),
123   fCurrentRun(-1),
124   fMC(kFALSE),
125   fCollTrigClasses(),
126   fBGTrigClasses(),
127   fTriggerAnalysis(),
128   fBackgroundIdentification(0),
129   fHistBunchCrossing(0),
130   fHistTriggerPattern(0),
131   fSkipTriggerClassSelection(0),
132   fUsingCustomClasses(0),
133   fSkipV0(0),
134   fSkipZDCTime(0),
135   fBIFactorA(-1),
136   fBIFactorC(-1),
137   fBIFactorAC(-1), 
138   fComputeBG(0),
139   fBGStatOffset(0),
140   fUseBXNumbers(1),
141   fUseMuonTriggers(0),
142   fFillingScheme(""),
143   fBin0CallBack(""),
144   fBin0CallBackPointer(0),
145   fIsPP(kFALSE)
146 {
147   // constructor
148   
149   fCollTrigClasses.SetOwner(1);
150   fBGTrigClasses.SetOwner(1);
151   fTriggerAnalysis.SetOwner(1);
152   fHistStatistics[0] = 0;
153   fHistStatistics[1] = 0;
154   
155   AliLog::SetClassDebugLevel("AliPhysicsSelection", AliLog::kWarning);
156 }
157     
158 AliPhysicsSelection::~AliPhysicsSelection()
159 {
160   // destructor
161
162   fCollTrigClasses.Delete();
163   fBGTrigClasses.Delete();
164   fTriggerAnalysis.Delete();
165
166   if (fHistStatistics[0])
167   {
168     delete fHistStatistics[0];
169     fHistStatistics[0] = 0;
170   }
171   if (fHistStatistics[1])
172   {
173     delete fHistStatistics[1];
174     fHistStatistics[1] = 0;
175   }
176   
177   if (fHistBunchCrossing)
178   {
179     delete fHistBunchCrossing;
180     fHistBunchCrossing = 0;
181   }
182   if (fHistTriggerPattern)
183   {
184     delete fHistTriggerPattern;
185     fHistTriggerPattern = 0;
186   }
187   if (fBackgroundIdentification)
188   { 
189     delete fBackgroundIdentification;
190     fBackgroundIdentification = 0;
191   }  
192 }
193
194 UInt_t AliPhysicsSelection::CheckTriggerClass(const AliESDEvent* aEsd, const char* trigger, Int_t& triggerLogic) const
195 {
196   // checks if the given trigger class(es) are found for the current event
197   // format of trigger: +TRIGGER1,TRIGGER1b,TRIGGER1c -TRIGGER2 [#XXX] [&YY] [*ZZ]
198   //   requires one out of TRIGGER1,TRIGGER1b,TRIGGER1c and rejects TRIGGER2
199   //   in bunch crossing XXX
200   //   if successful, YY is returned (for association between entry in fCollTrigClasses and AliVEvent::EOfflineTriggerTypes)
201   //   triggerLogic is filled with ZZ, defaults to kCINT1
202   
203   Bool_t foundBCRequirement = kFALSE;
204   Bool_t foundCorrectBC = kFALSE;
205   
206   UInt_t returnCode = AliVEvent::kUserDefined;
207   triggerLogic = kCINT1;
208   
209   TString str(trigger);
210   TObjArray* tokens = str.Tokenize(" ");
211   
212   for (Int_t i=0; i < tokens->GetEntries(); i++)
213   {
214     TString str2(((TObjString*) tokens->At(i))->String());
215     
216     if (str2[0] == '+' || str2[0] == '-')
217     {
218       Bool_t flag = (str2[0] == '+');
219       
220       str2.Remove(0, 1);
221       
222       TObjArray* tokens2 = str2.Tokenize(",");
223       
224       Bool_t foundTriggerClass = kFALSE;
225       for (Int_t j=0; j < tokens2->GetEntries(); j++)
226       {
227         TString str3(((TObjString*) tokens2->At(j))->String());
228         
229         if (flag && aEsd->IsTriggerClassFired(str3))
230           foundTriggerClass = kTRUE;
231         if (!flag && aEsd->IsTriggerClassFired(str3))
232         {
233           AliDebug(AliLog::kDebug, Form("Rejecting event because trigger class %s is present", str3.Data()));
234           delete tokens2;
235           delete tokens;
236           return kFALSE;
237         }
238       }
239       
240       delete tokens2;
241       
242       if (!foundTriggerClass)
243       {
244         AliDebug(AliLog::kDebug, Form("Rejecting event because (none of the) trigger class(es) %s is present", str2.Data()));
245         delete tokens;
246         return kFALSE;
247       }
248     }
249     else if (str2[0] == '#')
250     {
251       foundBCRequirement = kTRUE;
252     
253       str2.Remove(0, 1);
254       
255       Int_t bcNumber = str2.Atoi();
256       AliDebug(AliLog::kDebug, Form("Checking for bunch crossing number %d", bcNumber));
257       
258       if (aEsd->GetBunchCrossNumber() == bcNumber)
259       {
260         foundCorrectBC = kTRUE;
261         AliDebug(AliLog::kDebug, Form("Found correct bunch crossing %d", bcNumber));
262       }
263     }
264     else if (str2[0] == '&' && !fUsingCustomClasses)
265     {
266       str2.Remove(0, 1);
267       
268       returnCode = str2.Atoll();
269     }
270     else if (str2[0] == '*')
271     {
272       str2.Remove(0, 1);
273       
274       triggerLogic = str2.Atoi();
275     }
276     else
277       AliFatal(Form("Invalid trigger syntax: %s", trigger));
278   }
279   
280   delete tokens;
281   
282   if (foundBCRequirement && !foundCorrectBC)
283     return kFALSE;
284   
285   return returnCode;
286 }
287
288 //______________________________________________________________________________
289 TObject *AliPhysicsSelection::GetStatistics(Option_t *option) const
290 {
291 // Get the statistics histograms ("ALL" and "BIN0")
292    TString opt(option);
293    opt.ToUpper();
294    Int_t ihist = 0;
295    if (opt == "ALL") ihist = kStatIdxAll;
296    if (opt == "BIN0") ihist = kStatIdxBin0;
297    return fHistStatistics[ihist];
298 }   
299
300 //______________________________________________________________________________
301 UInt_t AliPhysicsSelection::IsCollisionCandidate(const AliESDEvent* aEsd)
302 {
303   // checks if the given event is a collision candidate
304   //
305   // returns a bit word describing the fired offline triggers (see AliVEvent::EOfflineTriggerTypes)
306   AliAnalysisManager *mgr = AliAnalysisManager::GetAnalysisManager();
307   if (!mgr) {
308     AliError("Cannot get the analysis manager");
309     return 0;
310   } 
311   mgr->LoadBranch("AliESDHeader.");
312   mgr->LoadBranch("AliESDRun.");
313   mgr->LoadBranch("AliMultiplicity.");
314   mgr->LoadBranch("AliESDFMD.");
315   mgr->LoadBranch("AliESDVZERO.");
316   mgr->LoadBranch("AliESDZDC.");
317   mgr->LoadBranch("SPDVertex.");
318   mgr->LoadBranch("PrimaryVertex.");
319   if (fCurrentRun != aEsd->GetRunNumber()) {
320     if (!Initialize(aEsd))
321       AliFatal(Form("Could not initialize for run %d", aEsd->GetRunNumber()));
322     if(fComputeBG) SetBIFactors(aEsd); // is this safe here?
323   }
324   const AliESDHeader* esdHeader = aEsd->GetHeader();
325   if (!esdHeader)
326   {
327     AliError("ESD Header could not be retrieved");
328     return kFALSE;
329   }
330   
331   // check event type; should be PHYSICS = 7 for data and 0 for MC
332   if (!fMC)
333   {
334     if (esdHeader->GetEventType() != 7)
335       return kFALSE;
336   }
337   else
338   {
339     if (esdHeader->GetEventType() != 0)
340       AliFatal(Form("Invalid event type for MC: %d", esdHeader->GetEventType()));
341   }
342   
343   UInt_t accept = 0;
344     
345   Int_t count = fCollTrigClasses.GetEntries() + fBGTrigClasses.GetEntries();
346   for (Int_t i=0; i < count; i++)
347   {
348     const char* triggerClass = 0;
349     if (i < fCollTrigClasses.GetEntries())
350       triggerClass = ((TObjString*) fCollTrigClasses.At(i))->String();
351     else
352       triggerClass = ((TObjString*) fBGTrigClasses.At(i - fCollTrigClasses.GetEntries()))->String();
353   
354     AliDebug(AliLog::kDebug, Form("Processing trigger class %s", triggerClass));
355   
356     AliTriggerAnalysis* triggerAnalysis = static_cast<AliTriggerAnalysis*> (fTriggerAnalysis.At(i));
357   
358     triggerAnalysis->FillTriggerClasses(aEsd);
359     
360     Int_t triggerLogic = 0; 
361     UInt_t singleTriggerResult = CheckTriggerClass(aEsd, triggerClass, triggerLogic);
362     
363     if (singleTriggerResult)
364     {
365       triggerAnalysis->FillHistograms(aEsd);
366   
367       Bool_t isBin0 = kFALSE;
368       if (fBin0CallBack != "") {
369           isBin0 = ((AliAnalysisTaskSE*)mgr->GetTask(fBin0CallBack.Data()))->IsEventInBinZero();
370       } else if (fBin0CallBackPointer) {
371           isBin0 = (*fBin0CallBackPointer)(aEsd);
372       }
373       
374       // hardware trigger
375       Int_t fastORHW = triggerAnalysis->SPDFiredChips(aEsd, 1); // SPD number of chips from trigger bits (!)
376       Int_t fastORHWL1 = triggerAnalysis->SPDFiredChips(aEsd, 1, kFALSE, 2); // SPD number of chips from trigger bits in second layer (!)
377       Bool_t v0AHW     = fSkipV0 ? 0 :(triggerAnalysis->V0Trigger(aEsd, AliTriggerAnalysis::kASide, kTRUE) == AliTriggerAnalysis::kV0BB);// should replay hw trigger
378       Bool_t v0CHW     = fSkipV0 ? 0 :(triggerAnalysis->V0Trigger(aEsd, AliTriggerAnalysis::kCSide, kTRUE) == AliTriggerAnalysis::kV0BB);// should replay hw trigger
379       
380       // offline trigger
381       Int_t fastOROffline = triggerAnalysis->SPDFiredChips(aEsd, 0); // SPD number of chips from clusters (!)
382       Int_t fastOROfflineL1 = triggerAnalysis->SPDFiredChips(aEsd, 0, kFALSE, 2); // SPD number of chips from clusters in second layer (!)
383       Bool_t v0A       = fSkipV0 ? 0 :triggerAnalysis->IsOfflineTriggerFired(aEsd, AliTriggerAnalysis::kV0A);
384       Bool_t v0C       = fSkipV0 ? 0 :triggerAnalysis->IsOfflineTriggerFired(aEsd, AliTriggerAnalysis::kV0C);
385       Bool_t v0ABG = fSkipV0 ? 0 :triggerAnalysis->IsOfflineTriggerFired(aEsd, AliTriggerAnalysis::kV0ABG);
386       Bool_t v0CBG = fSkipV0 ? 0 :triggerAnalysis->IsOfflineTriggerFired(aEsd, AliTriggerAnalysis::kV0CBG);
387       Bool_t v0BG = v0ABG || v0CBG;
388
389       // fmd
390       Bool_t fmdA =  triggerAnalysis->IsOfflineTriggerFired(aEsd, AliTriggerAnalysis::kFMDA);
391       Bool_t fmdC =  triggerAnalysis->IsOfflineTriggerFired(aEsd, AliTriggerAnalysis::kFMDC);
392       Bool_t fmd  = fmdA || fmdC;
393     
394       // SSD
395       //Int_t ssdClusters = triggerAnalysis->SSDClusters(aEsd);
396       
397       // ZDC
398       // Bool_t zdcA = triggerAnalysis->IsOfflineTriggerFired(aEsd, AliTriggerAnalysis::kZDCA);
399       // Bool_t zdcC = triggerAnalysis->IsOfflineTriggerFired(aEsd, AliTriggerAnalysis::kZDCC);
400       Bool_t zdcA    = triggerAnalysis->ZDCTDCTrigger (aEsd, AliTriggerAnalysis::kASide);
401       Bool_t zdcC    = triggerAnalysis->ZDCTDCTrigger (aEsd, AliTriggerAnalysis::kCSide);
402       Bool_t zdcTime = triggerAnalysis->ZDCTimeTrigger(aEsd);
403
404       // Some "macros"
405       Bool_t mb1 = (fastOROffline > 0 || v0A || v0C) && (!v0BG);
406       Bool_t mb1prime = (fastOROffline > 1 || (fastOROffline > 0 && (v0A || v0C)) || (v0A && v0C) ) && (!v0BG);
407
408       // Background rejection
409       Bool_t bgID = kFALSE;
410       if (fBackgroundIdentification)
411         bgID = ! fBackgroundIdentification->IsSelected(const_cast<AliESDEvent*> (aEsd));
412       
413       /*Int_t ntrig = fastOROffline; // any 2 hits
414       if(v0A)              ntrig += 1;
415       if(v0C)              ntrig += 1; //v0C alone is enough
416       if(fmd)              ntrig += 1;
417       if(ssdClusters>1)    ntrig += 1;*/
418
419       // replay hardware trigger (should only remove events for MC)
420       
421       Bool_t hwTrig = kFALSE;
422       switch (triggerLogic)
423       {
424         case kCINT1:  hwTrig = fastORHW > 0 || v0AHW || v0CHW; break;
425         case kCMBS2A: hwTrig = fastORHWL1 > 1 && v0AHW; break;
426         case kCMBS2C: hwTrig = fastORHWL1 > 1 && v0CHW; break;
427         case kCMBAC:  hwTrig = v0AHW && v0CHW; break;
428         case kCMBACS2: hwTrig = fastORHWL1 > 1 && v0AHW && v0CHW; break;
429         case kHighMultL1: hwTrig = fastORHW >= 100; break;
430         default: AliFatal(Form("Undefined trigger logic %d", triggerLogic)); break;
431       }
432
433       // Fill trigger pattern histo
434       Int_t tpatt = 0;
435       if (fastORHW>0) tpatt+=1;
436       if (v0AHW)      tpatt+=2;
437       if (v0CHW)      tpatt+=4;
438       fHistTriggerPattern->Fill( tpatt );
439
440       // fill statistics and return decision
441       const Int_t nHistStat = 2;
442       for(Int_t iHistStat = 0; iHistStat < nHistStat; iHistStat++){
443         if (iHistStat == kStatIdxBin0 && !isBin0) continue; // skip the filling of bin0 stats if the event is not in the bin0
444       
445         fHistStatistics[iHistStat]->Fill(kStatTriggerClass, i);
446         if(iHistStat == kStatIdxAll) fHistBunchCrossing->Fill(aEsd->GetBunchCrossNumber(), i); // Fill only for all (avoid double counting)
447
448         // We fill the rest only if hw trigger is ok
449         if (!hwTrig)
450           {
451             AliDebug(AliLog::kDebug, "Rejecting event because hardware trigger is not fired");
452             continue;
453           } else {       
454           fHistStatistics[iHistStat]->Fill(kStatHWTrig, i);
455         }
456       
457
458         // v0 BG stats
459         if (v0ABG)
460           fHistStatistics[iHistStat]->Fill(kStatV0ABG, i);
461         if (v0CBG)
462           fHistStatistics[iHistStat]->Fill(kStatV0CBG, i);
463
464         // We fill the rest only if mb1 && ! v0BG
465         if (mb1)
466           fHistStatistics[iHistStat]->Fill(kStatMB1, i);
467         else continue;
468
469         if (mb1prime)
470           fHistStatistics[iHistStat]->Fill(kStatMB1Prime, i);
471
472         if (fmd)
473           fHistStatistics[iHistStat]->Fill(kStatFMD, i);
474
475         //if(ntrig >= 2 && !v0BG) 
476         //  fHistStatistics[iHistStat]->Fill(kStatAny2Hits, i);
477
478         if (fastOROffline > 0)
479           fHistStatistics[iHistStat]->Fill(kStatFO1, i);
480         if (fastOROffline > 1)
481           fHistStatistics[iHistStat]->Fill(kStatFO2, i);
482         if (fastOROfflineL1 > 1)
483           fHistStatistics[iHistStat]->Fill(kStatFO2L1, i);
484         
485         if (v0A)
486           fHistStatistics[iHistStat]->Fill(kStatV0A, i);
487         if (v0C)
488           fHistStatistics[iHistStat]->Fill(kStatV0C, i);
489           
490         if (zdcA)
491           fHistStatistics[iHistStat]->Fill(kStatZDCA, i);
492         if (zdcC)
493           fHistStatistics[iHistStat]->Fill(kStatZDCC, i);
494         if (zdcA && zdcC)
495           fHistStatistics[iHistStat]->Fill(kStatZDCAC, i);
496         // We reject the event if the ZDC timing cut is not respected
497         if (zdcTime)
498           fHistStatistics[iHistStat]->Fill(kStatZDCTime, i);
499         else if (!fIsPP && !fSkipZDCTime) 
500           continue;
501         //       if (fastOROffline > 1 && !v0BG)
502         //         fHistStatistics[iHistStat]->Fill(kStatFO2NoBG, i);
503             
504         //if (fastOROffline > 0 && (v0A || v0C) && !v0BG)
505         //  fHistStatistics[iHistStat]->Fill(kStatFO1AndV0, i);
506   
507         if (v0A && v0C && !v0BG && (!bgID && fIsPP))
508           fHistStatistics[iHistStat]->Fill(kStatV0, i);
509
510         Bool_t offlineAccepted = kFALSE;
511         
512         switch (triggerLogic)
513         {
514           case kCINT1:  offlineAccepted = mb1; break;
515           case kCMBS2A: offlineAccepted = fastOROfflineL1 > 1 && v0A; break;
516           case kCMBS2C: offlineAccepted = fastOROfflineL1 > 1 && v0C; break;
517           case kCMBAC:  offlineAccepted = v0A && v0C; break;
518           case kCMBACS2: offlineAccepted = fastOROfflineL1 > 1 && v0A && v0C; break;
519           case kHighMultL1: offlineAccepted = fastOROffline >= 100; break;
520           default: AliFatal(Form("Undefined trigger logic %d", triggerLogic)); break;
521         }
522
523         if ( offlineAccepted )
524           {
525             if (!v0BG || fSkipV0)
526               {
527                 if (!v0BG) fHistStatistics[iHistStat]->Fill(kStatOffline, i);
528       
529                 if (fBackgroundIdentification && bgID && fIsPP)
530                   {
531                     AliDebug(AliLog::kDebug, "Rejecting event because of background identification");
532                     fHistStatistics[iHistStat]->Fill(kStatBG, i);
533                   }
534                 else
535                   {
536                     AliDebug(AliLog::kDebug, Form("Accepted event for histograms with trigger logic %d", triggerLogic));
537             
538                     fHistStatistics[iHistStat]->Fill(kStatAccepted, i);
539                     // if(iHistStat == kStatIdxAll) fHistBunchCrossing->Fill(aEsd->GetBunchCrossNumber(), i); // Fill only for all (avoid double counting)
540                     if((i < fCollTrigClasses.GetEntries() || fSkipTriggerClassSelection) && (iHistStat==kStatIdxAll))
541                       accept |= singleTriggerResult; // only set for "all" (should not really matter)
542                   }
543               }
544             else
545               AliDebug(AliLog::kDebug, "Rejecting event because of V0 BG flag");
546           }
547         else
548           AliDebug(AliLog::kDebug, Form("Rejecting event because trigger logic %d is not fulfilled", triggerLogic));
549       }
550     }
551   }
552  
553   if (accept)
554     AliDebug(AliLog::kDebug, Form("Accepted event as collision candidate with bit mask %d", accept));
555   
556   return accept;
557 }
558
559 Int_t AliPhysicsSelection::GetTriggerScheme(UInt_t runNumber) const
560 {
561   // returns the current trigger scheme (classes that are accepted/rejected)
562   
563   if (fMC)
564     return 0;
565     
566   // TODO dependent on run number
567   
568   switch (runNumber)
569   {
570     // CSMBB triggers
571     case 104044:
572     case 105054:
573     case 105057:
574       return 2;
575   }
576   
577   if (runNumber >= 136849 && runNumber < 138125) // HI old scheme
578     return 2;
579
580   if (runNumber >= 139328 && runNumber <= 139517) // late HI run 2010 (no TRD wake up)
581     return 3;
582   
583   // defaults
584   return 1;
585 }  
586
587 const char * AliPhysicsSelection::GetFillingScheme(UInt_t runNumber)  {
588
589   if(fMC) return "MC";
590
591   if      (runNumber >= 104065 && runNumber <= 104160) {
592     return "4x4a";
593   } 
594   else if (runNumber >= 104315 && runNumber <= 104321) {
595     return "4x4a*";
596   }
597   else if (runNumber >= 104792 && runNumber <= 104803) {
598     return "4x4b";
599   }
600   else if (runNumber >= 104824 && runNumber <= 104892) {
601     return "4x4c";
602   }
603   else if (runNumber == 105143 || runNumber == 105160) {
604     return "16x16a";
605   }
606   else if (runNumber >= 105256 && runNumber <= 105268) {
607     return "4x4c";
608   } 
609   else if (runNumber >= 114786 && runNumber <= 116684) {
610     return "Single_2b_1_1_1";
611   }
612   else if (runNumber >= 117048 && runNumber <= 117120) {
613     return "Single_3b_2_2_2";
614   }
615   else if (runNumber >= 117220 && runNumber <= 119163) {
616     return "Single_2b_1_1_1";
617   }
618   else if (runNumber >= 119837 && runNumber <= 119862) {
619     return "Single_4b_2_2_2";
620   }
621   else if (runNumber >= 119902 && runNumber <= 120691) {
622     return "Single_6b_3_3_3";
623   }
624   else if (runNumber >= 120741 && runNumber <= 122375) {
625     return "Single_13b_8_8_8";
626   }
627   else if (runNumber >= 130148 && runNumber <= 130375) {
628     return "125n_48b_36_16_36";
629   } 
630   else if (runNumber >= 130601 && runNumber <= 130640) {
631     return "1000ns_50b_35_14_35";
632   }
633   else {
634     AliError(Form("Unknown filling scheme (run %d)", runNumber));
635   }
636
637   return "Unknown";
638 }
639
640 const char * AliPhysicsSelection::GetBXIDs(UInt_t runNumber, const char * trigger)  {
641
642   if (!fUseBXNumbers || fMC) return "";
643
644   if      (runNumber >= 104065 && runNumber <= 104160) {
645     if     (!strcmp("CINT1B-ABCE-NOPF-ALL",trigger)) return " #2128 #3019";
646     else if(!strcmp("CINT1A-ABCE-NOPF-ALL",trigger)) return " #346 #3465";
647     else if(!strcmp("CINT1C-ABCE-NOPF-ALL",trigger)) return " #1234 #1680";
648     else if(!strcmp("CINT1-E-NOPF-ALL",trigger))     return " #790";
649     //    else AliError(Form("Unknown trigger: %s", trigger));
650   } 
651   else if (runNumber >= 104315 && runNumber <= 104321) {
652     if     (!strcmp("CINT1B-ABCE-NOPF-ALL",trigger)) return " #2000 #2891";
653     else if(!strcmp("CINT1A-ABCE-NOPF-ALL",trigger)) return " #218 #3337";
654     else if(!strcmp("CINT1C-ABCE-NOPF-ALL",trigger)) return " #1106 #1552";
655     else if(!strcmp("CINT1-E-NOPF-ALL",trigger))     return " #790";
656     //    else AliError(Form("Unknown trigger: %s", trigger));
657   }
658   else if (runNumber >= 104792 && runNumber <= 104803) {
659     if     (!strcmp("CINT1B-ABCE-NOPF-ALL",trigger)) return " #2228 #3119";
660     else if(!strcmp("CINT1A-ABCE-NOPF-ALL",trigger)) return " #2554 #446";
661     else if(!strcmp("CINT1C-ABCE-NOPF-ALL",trigger)) return " #1334 #769";
662     else if(!strcmp("CINT1-E-NOPF-ALL",trigger))     return " #790";
663     //    else AliError(Form("Unknown trigger: %s", trigger));
664   }
665   else if (runNumber >= 104824 && runNumber <= 104892) {
666     if     (!strcmp("CINT1B-ABCE-NOPF-ALL",trigger)) return " #3119 #769";
667     else if(!strcmp("CINT1A-ABCE-NOPF-ALL",trigger)) return " #2554 #446";
668     else if(!strcmp("CINT1C-ABCE-NOPF-ALL",trigger)) return " #1334 #2228";
669     else if(!strcmp("CINT1-E-NOPF-ALL",trigger))     return " #790";
670     //    else AliError(Form("Unknown trigger: %s", trigger));
671   }
672   else if (runNumber == 105143 || runNumber == 105160) {
673     if     (!strcmp("CINT1B-ABCE-NOPF-ALL",trigger)) return " #1337 #1418 #2228 #2309 #3119 #3200 #446 #527";
674     else if(!strcmp("CINT1A-ABCE-NOPF-ALL",trigger)) return " #1580  #1742  #1904  #2066  #2630  #2792  #2954  #3362";
675     else if(!strcmp("CINT1C-ABCE-NOPF-ALL",trigger)) return "  #845  #1007  #1169   #1577 #3359 #3521 #119  #281 ";
676     else if(!strcmp("CINT1-E-NOPF-ALL",trigger))     return " #790";
677     //    else AliError(Form("Unknown trigger: %s", trigger));
678   }
679   else if (runNumber >= 105256 && runNumber <= 105268) {
680     if     (!strcmp("CINT1B-ABCE-NOPF-ALL",trigger)) return " #3019 #669";
681     else if(!strcmp("CINT1A-ABCE-NOPF-ALL",trigger)) return " #2454 #346";
682     else if(!strcmp("CINT1C-ABCE-NOPF-ALL",trigger)) return " #1234 #2128";
683     else if(!strcmp("CINT1-E-NOPF-ALL",trigger))     return " #790";
684     //    else AliError(Form("Unknown trigger: %s", trigger));
685   } else if (runNumber >= 114786 && runNumber <= 116684) { // 7 TeV 2010, assume always the same filling scheme
686     if     (!strcmp("CINT1B-ABCE-NOPF-ALL",trigger)) return " #346";
687     else if(!strcmp("CINT1A-ABCE-NOPF-ALL",trigger)) return " #2131";
688     else if(!strcmp("CINT1C-ABCE-NOPF-ALL",trigger)) return " #3019";
689     else if(!strcmp("CINT1-E-NOPF-ALL",trigger))     return " #1238";
690     //    else AliError(Form("Unknown trigger: %s", trigger));
691   }
692   else if (runNumber >= 117048 && runNumber <= 117120) {
693     //    return "Single_3b_2_2_2";
694    if      (!strcmp("CINT1B-ABCE-NOPF-ALL",trigger)) return "   #346  #1240 ";
695    else if (!strcmp("CINT1A-ABCE-NOPF-ALL",trigger)) return "   #2131 ";
696    else if (!strcmp("CINT1C-ABCE-NOPF-ALL",trigger)) return "   #3019 ";
697    else if (!strcmp("CINT1-E-NOPF-ALL",trigger)) return " #1238";
698    //   else AliError(Form("Unknown trigger: %s", trigger));
699
700   }
701   else if ((runNumber >= 117220 && runNumber <= 118555) || (runNumber >= 118784 && runNumber <= 119163)) 
702   {
703     //    return "Single_2b_1_1_1";
704     if      (!strcmp("CINT1B-ABCE-NOPF-ALL",trigger)) return "   #346 ";
705     else if (!strcmp("CINT1A-ABCE-NOPF-ALL",trigger)) return "   #2131 ";
706     else if (!strcmp("CINT1C-ABCE-NOPF-ALL",trigger)) return "   #3019 ";
707     else if (!strcmp("CINT1-E-NOPF-ALL",trigger)) return " #1238 ";
708     //    else AliError(Form("Unknown trigger: %s", trigger));                                              
709   }
710   else if (runNumber >= 118556 && runNumber <= 118783) {
711     //    return "Single_2b_1_1_1"; 
712     // same as previous but was misaligned by 1 BX in fill 1069
713     if      (!strcmp("CINT1B-ABCE-NOPF-ALL",trigger)) return "   #345 ";
714     else if (!strcmp("CINT1A-ABCE-NOPF-ALL",trigger)) return "   #2130 ";
715     else if (!strcmp("CINT1C-ABCE-NOPF-ALL",trigger)) return "   #3018 ";
716     else if (!strcmp("CINT1-E-NOPF-ALL",trigger)) return " #1238 ";
717     //    else AliError(Form("Unknown trigger: %s", trigger));                                              
718   }
719   else if (runNumber >= 119837 && runNumber <= 119862) {
720     //    return "Single_4b_2_2_2";
721     if      (!strcmp("CINT1B-ABCE-NOPF-ALL",trigger)) return "   #669  #3019 ";
722     else if (!strcmp("CINT1A-ABCE-NOPF-ALL",trigger)) return "   #346  #2454 ";
723     else if (!strcmp("CINT1C-ABCE-NOPF-ALL",trigger)) return "   #1234  #2128 ";
724     else if (!strcmp("CINT1-E-NOPF-ALL",trigger)) return " #1681 #3463";
725     //    else AliError(Form("Unknown trigger: %s", trigger));
726
727   }
728   else if (runNumber >= 119902 && runNumber <= 120691) {
729     //    return "Single_6b_3_3_3";
730     if      (!strcmp("CINT1B-ABCE-NOPF-ALL",trigger)) return "   #346  #546  #746 ";
731     else if (!strcmp("CINT1A-ABCE-NOPF-ALL",trigger)) return "   #2131  #2331  #2531 ";
732     else if (!strcmp("CINT1C-ABCE-NOPF-ALL",trigger)) return "   #3019  #3219  #3419 ";
733     else if (!strcmp("CINT1-E-NOPF-ALL",trigger)) return " #1296 #1670";
734     //    else AliError(Form("Unknown trigger: %s", trigger));
735   }
736   else if (runNumber >= 120741 && runNumber <= 122375) {
737     //    return "Single_13b_8_8_8";
738     if      (!strcmp("CINT1B-ABCE-NOPF-ALL",trigger)) return "   #346  #446  #546  #646  #1240  #1340  #1440  #1540 ";
739     else if (!strcmp("CINT1A-ABCE-NOPF-ALL",trigger)) return "   #946  #2131  #2231  #2331  #2431 ";
740     else if (!strcmp("CINT1C-ABCE-NOPF-ALL",trigger)) return "   #3019  #3119  #3219  #3319  #3519 ";
741     else if (!strcmp("CINT1-E-NOPF-ALL",trigger)) return " #1835 #2726";
742     //    else AliError(Form("Unknown trigger: %s", trigger));
743     
744   } 
745   else if (runNumber >= 130148 && runNumber <= 130375) {
746     TString triggerString = trigger;
747     static TString returnString = " ";
748     returnString = "";
749     if (triggerString.Contains("B")) returnString += "   #346  #396  #446  #496  #546  #596  #646  #696  #1240  #1290  #1340  #1390  #1440  #1490  #1540  #1590 ";
750     if (triggerString.Contains("A")) returnString += "   #755  #805  #855  #905  #955  #1005  #1799  #1849  #1899  #2131  #2181  #2231  #2281  #2331  #2381  #2431  #2481  #2531  #2581  #2631  #2846  #3016  #3066  #3116  #3166  #3216  #3266  #3316  #3366  #3425  #3475  #3525 ";
751     if (triggerString.Contains("C")) returnString += "   #3019  #3069  #3119  #3169  #3219  #3269  #3319  #3369  #14  #64  #114  #746  #796  #846  #908  #958  #1008  #1640  #1690  #1740  #2055  #2125  #2175  #2225  #2275  #2325  #2375  #2425  #2475  #2534  #2584  #2634 ";
752     // Printf("0x%x",returnString.Data());
753     // Printf("%s",returnString.Data());
754     return returnString.Data();
755   } 
756   else if (runNumber >= 130601 && runNumber <= 130640) {
757     TString triggerString = trigger;
758     static TString returnString = " ";
759     returnString = "";
760     if (triggerString.Contains("B")) returnString += "  #346  #386  #426  #466  #506  #546  #586  #1240  #1280  #1320  #1360  #1400  #1440  #1480 ";
761     if (triggerString.Contains("A")) returnString += "  #626  #666  #706  #746  #786  #826  #866  #1520  #1560  #1600  #1640  #1680  #1720  #1760  #2076  #2131  #2171  #2211  #2251  #2291  #2331  #2371  #2414  #2454  #2494  #2534  #2574  #2614  #2654  #2694  #2734  #2774  #2814 "; //#2854  #2894  #2934 not present in this run
762     if (triggerString.Contains("C")) returnString += "  #3019  #3059  #3099  #3139  #3179  #3219  #3259  #3299  #3339  #3379  #3419  #3459  #3499  #3539  #115  #629  #669  #709  #749  #789  #829  #869  #909  #949  #989  #1029  #1069  #1109  #1149  #1523  #1563  #1603  #1643 "; //#1683  #1723  #1763 not present in this run
763     return returnString.Data();
764   }
765
766   else {
767     AliWarning(Form("Unknown run %d, using all BXs!",runNumber));
768   }
769
770   return "";
771 }
772
773 Bool_t AliPhysicsSelection::Initialize(const AliESDEvent* aEsd)
774 {
775   // initializes the object for the given ESD
776   
777   AliInfo(Form("Initializing for beam type: %s", aEsd->GetESDRun()->GetBeamType()));
778   fIsPP = kTRUE;
779   if (strcmp(aEsd->GetESDRun()->GetBeamType(), "Pb-Pb") == 0)
780     fIsPP = kFALSE;
781
782   return Initialize(aEsd->GetRunNumber(), fIsPP);
783 }
784
785 Bool_t AliPhysicsSelection::Initialize(Int_t runNumber, Bool_t pp)
786 {
787   // initializes the object for the given run
788   // TODO having the run number here and parameters hardcoded is clearly temporary, a way needs to be found to have a CDB-like configuration also for analysis
789   
790   Bool_t oldStatus = TH1::AddDirectoryStatus();
791   TH1::AddDirectory(kFALSE);
792   
793   if(!fBin0CallBack) 
794     AliError("Bin0 Callback not set: will not fill the statistics for the bin 0");
795
796   if (fMC) {
797     // override BX and bg options in case of MC
798     fComputeBG    = kFALSE;
799     fUseBXNumbers = kFALSE;
800   }
801
802   Int_t triggerScheme = GetTriggerScheme(runNumber);
803   if (!fUsingCustomClasses && fCurrentRun != -1 && triggerScheme != GetTriggerScheme(fCurrentRun))
804     AliFatal("Processing several runs with different trigger schemes is not supported");
805   
806   if(fComputeBG && fCurrentRun != -1 && fCurrentRun != runNumber) 
807     AliFatal("Cannot process several runs because BG computation is requested");
808
809   if(fComputeBG && !fUseBXNumbers) 
810     AliFatal("Cannot compute BG if BX numbers are not used");
811   
812   if(fUseBXNumbers && fFillingScheme != "" && fFillingScheme != GetFillingScheme(runNumber))
813     AliFatal("Cannot process runs with different filling scheme if usage of BX numbers is requested");
814
815   fFillingScheme      = GetFillingScheme(runNumber);
816
817   AliInfo(Form("Initializing for run %d", runNumber));
818   
819   // initialize first time?
820   if (fCurrentRun == -1)
821   {
822     if (fUsingCustomClasses) {
823       AliInfo("Using user-provided trigger classes");
824     } else {
825       if (pp)
826       {
827         switch (triggerScheme)
828         {
829         case 0:
830           // MC Proton-Proton
831           
832           fCollTrigClasses.Add(new TObjString(Form("&%u *%d", (UInt_t) AliVEvent::kMB, (Int_t) kCINT1)));
833           break;
834           
835         case 1:
836           // Proton-Proton
837           
838           // trigger classes used before August 2010
839           fCollTrigClasses.Add(new TObjString(Form("%s%s &%u","+CINT1B-ABCE-NOPF-ALL",  GetBXIDs(runNumber,"CINT1B-ABCE-NOPF-ALL"), (UInt_t) AliVEvent::kMB)));
840           fBGTrigClasses.Add  (new TObjString(Form("%s%s &%u","+CINT1A-ABCE-NOPF-ALL",  GetBXIDs(runNumber,"CINT1A-ABCE-NOPF-ALL"), (UInt_t) AliVEvent::kMB)));
841           fBGTrigClasses.Add  (new TObjString(Form("%s%s &%u","+CINT1C-ABCE-NOPF-ALL",  GetBXIDs(runNumber,"CINT1C-ABCE-NOPF-ALL"), (UInt_t) AliVEvent::kMB)));
842           fBGTrigClasses.Add  (new TObjString(Form("%s%s &%u","+CINT1-E-NOPF-ALL",      GetBXIDs(runNumber,"CINT1-E-NOPF-ALL"), (UInt_t) AliVEvent::kMB)));
843   
844           // Muon trigger have the same BXIDs of the corresponding CINT triggers
845           fCollTrigClasses.Add(new TObjString(Form("%s%s &%u","+CMUS1B-ABCE-NOPF-MUON",  GetBXIDs(runNumber,"CINT1B-ABCE-NOPF-ALL"), (UInt_t) AliVEvent::kMUON)));
846           fBGTrigClasses.Add  (new TObjString(Form("%s%s &%u","+CMUS1A-ABCE-NOPF-MUON",  GetBXIDs(runNumber,"CINT1A-ABCE-NOPF-ALL"), (UInt_t) AliVEvent::kMUON)));
847           fBGTrigClasses.Add  (new TObjString(Form("%s%s &%u","+CMUS1C-ABCE-NOPF-MUON",  GetBXIDs(runNumber,"CINT1C-ABCE-NOPF-ALL"), (UInt_t) AliVEvent::kMUON)));
848           fBGTrigClasses.Add  (new TObjString(Form("%s%s &%u","+CMUS1-E-NOPF-MUON"    ,  GetBXIDs(runNumber,"CINT1-E-NOPF-ALL"), (UInt_t) AliVEvent::kMUON)));
849           
850           // triggers classes used from August 2010
851           // MB
852           fCollTrigClasses.Add(new TObjString(Form("%s%s &%u", "+CINT1-B-NOPF-ALLNOTRD" , GetBXIDs(runNumber, "B"),  (UInt_t) AliVEvent::kMB)));
853           fBGTrigClasses.Add  (new TObjString(Form("%s%s &%u", "+CINT1-AC-NOPF-ALLNOTRD", GetBXIDs(runNumber, "AC"), (UInt_t) AliVEvent::kMB)));
854           fBGTrigClasses.Add  (new TObjString(Form("%s%s &%u", "+CINT1-E-NOPF-ALLNOTRD" , GetBXIDs(runNumber, "E"),  (UInt_t) AliVEvent::kMB)));
855                                                                                         
856           // MUON                                                                             
857           fCollTrigClasses.Add(new TObjString(Form("%s%s &%u", "+CMUS1-B-NOPF-ALLNOTRD" , GetBXIDs(runNumber, "B"),  (UInt_t) AliVEvent::kMUON)));
858           fBGTrigClasses.Add  (new TObjString(Form("%s%s &%u", "+CMUS1-AC-NOPF-ALLNOTRD", GetBXIDs(runNumber, "AC"), (UInt_t) AliVEvent::kMUON)));
859           fBGTrigClasses.Add  (new TObjString(Form("%s%s &%u", "+CMUS1-E-NOPF-ALLNOTRD" , GetBXIDs(runNumber, "E"),  (UInt_t) AliVEvent::kMUON)));
860                                                                                       
861           // High Multiplicity                                                       
862           fCollTrigClasses.Add(new TObjString(Form("%s%s &%u", "+CSH1-B-NOPF-ALLNOTRD"  , GetBXIDs(runNumber, "B"),  (UInt_t) AliVEvent::kHighMult)));
863           fBGTrigClasses.Add  (new TObjString(Form("%s%s &%u", "+CSH1-AC-NOPF-ALLNOTRD" , GetBXIDs(runNumber, "AC"), (UInt_t) AliVEvent::kHighMult)));
864           fBGTrigClasses.Add  (new TObjString(Form("%s%s &%u", "+CSH1-E-NOPF-ALLNOTRD"  , GetBXIDs(runNumber, "E"),  (UInt_t) AliVEvent::kHighMult)));
865   
866           // WARNING: IF YOU ADD MORE TRIGGER CLASSES, PLEASE CHECK THAT THE REGULAR EXPRESSION IN GetStatRow IS STILL VALID
867   
868           break;
869           
870         case 2:
871           // Proton-Proton
872           
873           fCollTrigClasses.Add(new TObjString(Form("+CSMBB-ABCE-NOPF-ALL &%u", (UInt_t) AliVEvent::kMB)));
874           fBGTrigClasses.Add(new TObjString(Form("+CSMBA-ABCE-NOPF-ALL -CSMBB-ABCE-NOPF-ALL &%u", (UInt_t) AliVEvent::kMB)));
875           fBGTrigClasses.Add(new TObjString(Form("+CSMBC-ABCE-NOPF-ALL -CSMBB-ABCE-NOPF-ALL &%u", (UInt_t) AliVEvent::kMB)));
876           break;
877           
878         default:
879           AliFatal(Form("Unsupported trigger scheme %d", triggerScheme));
880         }
881       }
882       else
883       {
884         switch (triggerScheme)
885         {
886         case 0:
887           // MC Heavy-Ion
888           
889           fCollTrigClasses.Add(new TObjString(Form("&%u *%d", (UInt_t) AliVEvent::kMB, (Int_t) kCMBS2A)));
890           fCollTrigClasses.Add(new TObjString(Form("&%u *%d", (UInt_t) AliVEvent::kMB, (Int_t) kCMBS2C)));
891           fCollTrigClasses.Add(new TObjString(Form("&%u *%d", (UInt_t) AliVEvent::kMB, (Int_t) kCMBAC)));
892           break;
893           
894         case 1:
895           // Data Heavy-ion (three out of three)
896           
897           fCollTrigClasses.Add(new TObjString(Form("+CMBACS2-B-NOPF-ALL &%u *%d", (UInt_t) AliVEvent::kMB, (Int_t) kCMBACS2)));
898           fBGTrigClasses.Add  (new TObjString(Form("+CMBACS2-A-NOPF-ALL &%u *%d", (UInt_t) AliVEvent::kMB, (Int_t) kCMBACS2)));
899           fBGTrigClasses.Add  (new TObjString(Form("+CMBACS2-C-NOPF-ALL &%u *%d", (UInt_t) AliVEvent::kMB, (Int_t) kCMBACS2)));
900           fBGTrigClasses.Add  (new TObjString(Form("+CMBACS2-E-NOPF-ALL &%u *%d", (UInt_t) AliVEvent::kMB, (Int_t) kCMBACS2)));
901           
902           fCollTrigClasses.Add(new TObjString(Form("+C0SMH-B-NOPF-ALL &%u *%d",  (UInt_t) AliVEvent::kHighMult, (Int_t) kHighMultL1)));
903           fBGTrigClasses.Add  (new TObjString(Form("+C0SMH-A-NOPF-ALL &%u *%d",  (UInt_t) AliVEvent::kHighMult, (Int_t) kHighMultL1)));
904           fBGTrigClasses.Add  (new TObjString(Form("+C0SMH-C-NOPF-ALL &%u *%d",  (UInt_t) AliVEvent::kHighMult, (Int_t) kHighMultL1)));
905           fBGTrigClasses.Add  (new TObjString(Form("+C0SMH-E-NOPF-ALL &%u *%d",  (UInt_t) AliVEvent::kHighMult, (Int_t) kHighMultL1)));
906           
907           break;
908         
909         case 2:
910           // Data Heavy-ion (early scheme: two out of three)
911           
912           fCollTrigClasses.Add(new TObjString(Form("+CMBS2A-B-NOPF-ALL &%u *%d", (UInt_t) AliVEvent::kMB, (Int_t) kCMBS2A)));
913           fBGTrigClasses.Add  (new TObjString(Form("+CMBS2A-A-NOPF-ALL &%u *%d", (UInt_t) AliVEvent::kMB, (Int_t) kCMBS2A)));
914           fBGTrigClasses.Add  (new TObjString(Form("+CMBS2A-C-NOPF-ALL &%u *%d", (UInt_t) AliVEvent::kMB, (Int_t) kCMBS2A)));
915           fBGTrigClasses.Add  (new TObjString(Form("+CMBS2A-E-NOPF-ALL &%u *%d", (UInt_t) AliVEvent::kMB, (Int_t) kCMBS2A)));
916           
917           fCollTrigClasses.Add(new TObjString(Form("+CMBS2C-B-NOPF-ALL &%u *%d", (UInt_t) AliVEvent::kMB, (Int_t) kCMBS2C)));
918           fBGTrigClasses.Add  (new TObjString(Form("+CMBS2C-A-NOPF-ALL &%u *%d", (UInt_t) AliVEvent::kMB, (Int_t) kCMBS2C)));
919           fBGTrigClasses.Add  (new TObjString(Form("+CMBS2C-C-NOPF-ALL &%u *%d", (UInt_t) AliVEvent::kMB, (Int_t) kCMBS2C)));
920           fBGTrigClasses.Add  (new TObjString(Form("+CMBS2C-E-NOPF-ALL &%u *%d", (UInt_t) AliVEvent::kMB, (Int_t) kCMBS2C)));
921           
922           fCollTrigClasses.Add(new TObjString(Form("+CMBAC-B-NOPF-ALL &%u *%d",  (UInt_t) AliVEvent::kMB, (Int_t) kCMBAC)));
923           fBGTrigClasses.Add  (new TObjString(Form("+CMBAC-A-NOPF-ALL &%u *%d",  (UInt_t) AliVEvent::kMB, (Int_t) kCMBAC)));
924           fBGTrigClasses.Add  (new TObjString(Form("+CMBAC-C-NOPF-ALL &%u *%d",  (UInt_t) AliVEvent::kMB, (Int_t) kCMBAC)));
925           fBGTrigClasses.Add  (new TObjString(Form("+CMBAC-E-NOPF-ALL &%u *%d",  (UInt_t) AliVEvent::kMB, (Int_t) kCMBAC)));
926           
927           fCollTrigClasses.Add(new TObjString(Form("+C0SMH-B-NOPF-ALL &%u *%d",  (UInt_t) AliVEvent::kHighMult, (Int_t) kHighMultL1)));
928           fBGTrigClasses.Add  (new TObjString(Form("+C0SMH-A-NOPF-ALL &%u *%d",  (UInt_t) AliVEvent::kHighMult, (Int_t) kHighMultL1)));
929           fBGTrigClasses.Add  (new TObjString(Form("+C0SMH-C-NOPF-ALL &%u *%d",  (UInt_t) AliVEvent::kHighMult, (Int_t) kHighMultL1)));
930           fBGTrigClasses.Add  (new TObjString(Form("+C0SMH-E-NOPF-ALL &%u *%d",  (UInt_t) AliVEvent::kHighMult, (Int_t) kHighMultL1)));
931           
932           break;
933         
934         case 3:
935           // Data Heavy-ion, late 2010 run (three out of three NO TRD)
936           fCollTrigClasses.Add(new TObjString(Form("+CMBACS2-B-NOPF-ALLNOTRD &%u *%d", (UInt_t) AliVEvent::kMB, (Int_t) kCMBACS2)));
937           fBGTrigClasses.Add  (new TObjString(Form("+CMBACS2-A-NOPF-ALLNOTRD &%u *%d", (UInt_t) AliVEvent::kMB, (Int_t) kCMBACS2)));
938           fBGTrigClasses.Add  (new TObjString(Form("+CMBACS2-C-NOPF-ALLNOTRD &%u *%d", (UInt_t) AliVEvent::kMB, (Int_t) kCMBACS2)));
939           fBGTrigClasses.Add  (new TObjString(Form("+CMBACS2-E-NOPF-ALLNOTRD &%u *%d", (UInt_t) AliVEvent::kMB, (Int_t) kCMBACS2)));
940           
941           fCollTrigClasses.Add(new TObjString(Form("+C0SMH-B-NOPF-ALLNOTRD &%u *%d",  (UInt_t) AliVEvent::kHighMult, (Int_t) kHighMultL1)));
942           fBGTrigClasses.Add  (new TObjString(Form("+C0SMH-A-NOPF-ALLNOTRD &%u *%d",  (UInt_t) AliVEvent::kHighMult, (Int_t) kHighMultL1)));
943           fBGTrigClasses.Add  (new TObjString(Form("+C0SMH-C-NOPF-ALLNOTRD &%u *%d",  (UInt_t) AliVEvent::kHighMult, (Int_t) kHighMultL1)));
944           fBGTrigClasses.Add  (new TObjString(Form("+C0SMH-E-NOPF-ALLNOTRD &%u *%d",  (UInt_t) AliVEvent::kHighMult, (Int_t) kHighMultL1)));
945           
946           break;
947
948
949         default:
950           AliFatal(Form("Unsupported trigger scheme %d", triggerScheme));
951         }
952       }
953     }
954     
955     Int_t count = fCollTrigClasses.GetEntries() + fBGTrigClasses.GetEntries();
956     
957     for (Int_t i=0; i<count; i++)
958     {
959       AliTriggerAnalysis* triggerAnalysis = new AliTriggerAnalysis;
960       triggerAnalysis->SetAnalyzeMC(fMC);
961       triggerAnalysis->EnableHistograms();
962       triggerAnalysis->SetSPDGFOThreshhold(1);
963       triggerAnalysis->SetDoFMD(kFALSE);
964       fTriggerAnalysis.Add(triggerAnalysis);
965     }
966       
967     // TODO: shall I really delete this?
968     if (fHistStatistics[0])
969       delete fHistStatistics[0];
970     if (fHistStatistics[1])
971       delete fHistStatistics[1];
972   
973     fHistStatistics[kStatIdxBin0] = BookHistStatistics("_Bin0");
974     fHistStatistics[kStatIdxAll]  = BookHistStatistics("");
975     
976     if (fHistBunchCrossing)
977       delete fHistBunchCrossing;
978   
979     fHistBunchCrossing = new TH2F("fHistBunchCrossing", "fHistBunchCrossing;bunch crossing number;", 4000, -0.5, 3999.5,  count, -0.5, -0.5 + count);
980
981     if (fHistTriggerPattern)
982       delete fHistTriggerPattern;
983     
984     const int ntrig=3;
985     Int_t n = 1;
986     const Int_t nbinTrig = TMath::Nint(TMath::Power(2,ntrig));
987
988     fHistTriggerPattern = new TH1F("fHistTriggerPattern", "Trigger pattern: FO + 2*v0A + 4*v0C", 
989                                    nbinTrig, -0.5, nbinTrig-0.5);    
990     fHistTriggerPattern->GetXaxis()->SetBinLabel(1,"NO TRIG");
991     fHistTriggerPattern->GetXaxis()->SetBinLabel(2,"FO");
992     fHistTriggerPattern->GetXaxis()->SetBinLabel(3,"v0A");
993     fHistTriggerPattern->GetXaxis()->SetBinLabel(4,"FO & v0A");
994     fHistTriggerPattern->GetXaxis()->SetBinLabel(5,"v0C");
995     fHistTriggerPattern->GetXaxis()->SetBinLabel(6,"FO & v0C");
996     fHistTriggerPattern->GetXaxis()->SetBinLabel(7,"v0A & v0C");
997     fHistTriggerPattern->GetXaxis()->SetBinLabel(8,"FO & v0A & v0C");
998
999   
1000     n = 1;
1001     for (Int_t i=0; i < fCollTrigClasses.GetEntries(); i++)
1002     {
1003       fHistBunchCrossing->GetYaxis()->SetBinLabel(n, ((TObjString*) fCollTrigClasses.At(i))->String());
1004       n++;
1005     }
1006     for (Int_t i=0; i < fBGTrigClasses.GetEntries(); i++)
1007     {
1008       fHistBunchCrossing->GetYaxis()->SetBinLabel(n, ((TObjString*) fBGTrigClasses.At(i))->String());
1009       n++;
1010     }
1011
1012     
1013
1014   }
1015     
1016   Int_t count = fCollTrigClasses.GetEntries() + fBGTrigClasses.GetEntries();
1017   for (Int_t i=0; i<count; i++)
1018   {
1019     AliTriggerAnalysis* triggerAnalysis = static_cast<AliTriggerAnalysis*> (fTriggerAnalysis.At(i));
1020   
1021     switch (runNumber)
1022     {
1023       case 104315:
1024       case 104316:
1025       case 104320:
1026       case 104321:
1027       case 104439:
1028         triggerAnalysis->SetV0TimeOffset(7.5);
1029         break;
1030       default:
1031         triggerAnalysis->SetV0TimeOffset(0);
1032     }
1033   }
1034     
1035   fCurrentRun = runNumber;
1036   
1037   TH1::AddDirectory(oldStatus);
1038   
1039   return kTRUE;
1040 }
1041
1042 TH2F * AliPhysicsSelection::BookHistStatistics(const char * tag) {
1043   // add 6 rows to count for the estimate of good, accidentals and
1044   // BG and the ratio of BG and accidentals to total +ratio goot to
1045   // first col + 2 for error on good.
1046   // TODO: Remember the the indexes of rows for the BG selection. Add new member fBGRows[] and use kStat as indexes
1047
1048   Int_t count = fCollTrigClasses.GetEntries() + fBGTrigClasses.GetEntries();
1049 #ifdef VERBOSE_STAT
1050   Int_t extrarows = fComputeBG != 0 ? 11 : 0;
1051 #else
1052   Int_t extrarows = fComputeBG != 0 ? 6 : 0;
1053 #endif
1054   TH2F * h = new TH2F(Form("fHistStatistics%s",tag), Form("fHistStatistics - %s ;;",tag), kStatAccepted, 0.5, kStatAccepted+0.5, count+extrarows, -0.5, -0.5 + count+extrarows);
1055
1056   h->GetXaxis()->SetBinLabel(kStatTriggerClass,  "Trigger class");
1057   h->GetXaxis()->SetBinLabel(kStatHWTrig,        "Hardware trigger");
1058   h->GetXaxis()->SetBinLabel(kStatFO1,           "FO >= 1");
1059   h->GetXaxis()->SetBinLabel(kStatFO2,           "FO >= 2");
1060   h->GetXaxis()->SetBinLabel(kStatFO2L1,         "FO (L1) >= 2");
1061   h->GetXaxis()->SetBinLabel(kStatV0A,           "V0A");
1062   h->GetXaxis()->SetBinLabel(kStatV0C,           "V0C");
1063   h->GetXaxis()->SetBinLabel(kStatFMD,           "FMD");
1064   h->GetXaxis()->SetBinLabel(kStatV0ABG,         "V0A BG");
1065   h->GetXaxis()->SetBinLabel(kStatV0CBG,         "V0C BG");
1066   h->GetXaxis()->SetBinLabel(kStatZDCA,          "ZDCA");
1067   h->GetXaxis()->SetBinLabel(kStatZDCC,          "ZDCC");
1068   h->GetXaxis()->SetBinLabel(kStatZDCAC,         "ZDCA & ZDCC");
1069   h->GetXaxis()->SetBinLabel(kStatZDCTime,       "ZDC Time Cut");
1070   h->GetXaxis()->SetBinLabel(kStatMB1,           "(FO >= 1 | V0A | V0C) & !V0 BG");
1071   h->GetXaxis()->SetBinLabel(kStatMB1Prime,      "(FO >= 2 | (FO >= 1 & (V0A | V0C)) | (V0A &v0C) ) & !V0 BG");
1072   //h->GetXaxis()->SetBinLabel(kStatFO1AndV0,    "FO >= 1 & (V0A | V0C) & !V0 BG");
1073   h->GetXaxis()->SetBinLabel(kStatV0,            "V0A & V0C & !V0 BG & !BG ID");
1074   h->GetXaxis()->SetBinLabel(kStatOffline,       "Offline Trigger");
1075   //h->GetXaxis()->SetBinLabel(kStatAny2Hits,    "2 Hits & !V0 BG");
1076   h->GetXaxis()->SetBinLabel(kStatBG,            "Background identification");
1077   h->GetXaxis()->SetBinLabel(kStatAccepted,      "Accepted");
1078
1079   Int_t n = 1;
1080   for (Int_t i=0; i < fCollTrigClasses.GetEntries(); i++)
1081     {
1082       h->GetYaxis()->SetBinLabel(n, ((TObjString*) fCollTrigClasses.At(i))->String());
1083       n++;
1084     }
1085   for (Int_t i=0; i < fBGTrigClasses.GetEntries(); i++)
1086     {
1087       h->GetYaxis()->SetBinLabel(n, ((TObjString*) fBGTrigClasses.At(i))->String());
1088       n++;
1089     }
1090
1091   if(fComputeBG) {
1092     fBGStatOffset = n;
1093     h->GetYaxis()->SetBinLabel(n++, "All B");
1094     h->GetYaxis()->SetBinLabel(n++, "All A+C");
1095     h->GetYaxis()->SetBinLabel(n++, "All E");
1096     h->GetYaxis()->SetBinLabel(n++, Form("BG (A+C) (Mask [0x%x])", fComputeBG));
1097     h->GetYaxis()->SetBinLabel(n++, "ACC");
1098 #ifdef VERBOSE_STAT
1099     h->GetYaxis()->SetBinLabel(n++, "BG (A+C) %  (rel. to CINT1B)");
1100     h->GetYaxis()->SetBinLabel(n++, "ACC % (rel. to CINT1B)");
1101     h->GetYaxis()->SetBinLabel(n++, "ERR GOOD %");
1102     h->GetYaxis()->SetBinLabel(n++, "GOOD % (rel. to 1st col)");
1103     h->GetYaxis()->SetBinLabel(n++, "ERR GOOD");
1104 #endif
1105     h->GetYaxis()->SetBinLabel(n++, "GOOD");
1106   }
1107
1108   return h;
1109 }
1110
1111 void AliPhysicsSelection::Print(Option_t *option) const
1112 {
1113   // print the configuration
1114   TString msg;
1115   Printf("Configuration initialized for run %d (MC: %d):", fCurrentRun, fMC);
1116   msg += Form("Configuration initialized for run %d (MC: %d):\n", fCurrentRun, fMC);
1117   
1118   Printf("Collision trigger classes:");
1119   for (Int_t i=0; i < fCollTrigClasses.GetEntries(); i++)
1120     Printf("%s", ((TObjString*) fCollTrigClasses.At(i))->String().Data());
1121   
1122   Printf("Background trigger classes:");
1123   for (Int_t i=0; i < fBGTrigClasses.GetEntries(); i++)
1124     Printf("%s", ((TObjString*) fBGTrigClasses.At(i))->String().Data());
1125
1126   AliTriggerAnalysis* triggerAnalysis = dynamic_cast<AliTriggerAnalysis*> (fTriggerAnalysis.At(0));
1127   
1128   if (triggerAnalysis)
1129   {
1130     if (triggerAnalysis->GetV0TimeOffset() > 0)
1131       Printf("V0 time offset active: %.2f ns", triggerAnalysis->GetV0TimeOffset());
1132     
1133     Printf("\nTotal available events:");
1134     
1135     triggerAnalysis->PrintTriggerClasses();
1136   }
1137   
1138   if (fHistStatistics[kStatIdxAll])
1139   {
1140     for (Int_t i=0; i<fCollTrigClasses.GetEntries(); i++)
1141     {
1142       Printf("\nSelection statistics for collision trigger %s:", ((TObjString*) fCollTrigClasses.At(i))->String().Data());
1143       msg += Form("\nSelection statistics for collision trigger %s:\n", ((TObjString*) fCollTrigClasses.At(i))->String().Data());
1144       
1145       Printf("Total events with correct trigger class: %d", (Int_t) fHistStatistics[kStatIdxAll]->GetBinContent(1, i+1));
1146       msg += Form("Total events with correct trigger class: %d\n", (Int_t) fHistStatistics[kStatIdxAll]->GetBinContent(1, i+1));
1147       Printf("Selected collision candidates: %d", (Int_t) fHistStatistics[kStatIdxAll]->GetBinContent(fHistStatistics[kStatIdxAll]->GetXaxis()->FindBin("Accepted"), i+1));
1148       msg += Form("Selected collision candidates: %d\n", (Int_t) fHistStatistics[kStatIdxAll]->GetBinContent(fHistStatistics[kStatIdxAll]->GetXaxis()->FindBin("Accepted"), i+1));
1149     }
1150   }
1151   
1152   if (fHistBunchCrossing)
1153   {
1154     Printf("\nBunch crossing statistics:");
1155     msg += "\nBunch crossing statistics:\n";
1156     
1157     for (Int_t i=1; i<=fHistBunchCrossing->GetNbinsY(); i++)
1158     {
1159       TString str;
1160       str.Form("Trigger %s has events in the bunch crossings: ", fHistBunchCrossing->GetYaxis()->GetBinLabel(i));
1161       
1162       for (Int_t j=1; j<=fHistBunchCrossing->GetNbinsX(); j++)
1163         if (fHistBunchCrossing->GetBinContent(j, i) > 0)
1164           str += Form("%d, ", (Int_t) fHistBunchCrossing->GetXaxis()->GetBinCenter(j));
1165              
1166       Printf("%s", str.Data());
1167       msg += str;
1168       msg += "\n";
1169     }
1170     
1171     for (Int_t j=1; j<=fHistBunchCrossing->GetNbinsX(); j++)
1172     {
1173       Int_t countColl = 0;
1174       Int_t countBG = 0;
1175       for (Int_t i=1; i<=fHistBunchCrossing->GetNbinsY(); i++)
1176       {
1177         if (fHistBunchCrossing->GetBinContent(j, i) > 0)
1178         {
1179           if (fCollTrigClasses.FindObject(fHistBunchCrossing->GetYaxis()->GetBinLabel(i)))
1180             countColl++;
1181           if (fBGTrigClasses.FindObject(fHistBunchCrossing->GetYaxis()->GetBinLabel(i)))
1182             countBG++;
1183         }
1184       }
1185       if (countColl > 0 && countBG > 0)
1186         Printf("WARNING: Bunch crossing %d has collision and BG trigger classes active. Check BPTX functioning for this run!", (Int_t) fHistBunchCrossing->GetXaxis()->GetBinCenter(j));
1187     }
1188   }
1189
1190   if (fUsingCustomClasses)        
1191     Printf("WARNING: Using custom trigger classes!");
1192   if (fSkipTriggerClassSelection) 
1193     Printf("WARNING: Skipping trigger class selection!");
1194   if (fSkipV0) 
1195     Printf("WARNING: Ignoring V0 information in selection");
1196   if(!fBin0CallBack) 
1197     Printf("WARNING: Callback not set: will not fill the statistics for the bin 0");
1198   TString opt(option);
1199   opt.ToUpper();
1200   if (opt == "STAT") {
1201      AliAnalysisManager *mgr = AliAnalysisManager::GetAnalysisManager();
1202      if (mgr) mgr->AddStatisticsMsg(msg);
1203   }
1204 }
1205
1206 Long64_t AliPhysicsSelection::Merge(TCollection* list)
1207 {
1208   // Merge a list of AliMultiplicityCorrection objects with this (needed for
1209   // PROOF).
1210   // Returns the number of merged objects (including this).
1211
1212   if (!list)
1213     return 0;
1214
1215   if (list->IsEmpty())
1216     return 1;
1217
1218   TIterator* iter = list->MakeIterator();
1219   TObject* obj;
1220   
1221   // collections of all histograms
1222   const Int_t nHists = 9;
1223   TList collections[nHists];
1224
1225   Int_t count = 0;
1226   while ((obj = iter->Next())) {
1227
1228     AliPhysicsSelection* entry = dynamic_cast<AliPhysicsSelection*> (obj);
1229     if (entry == 0) 
1230       continue;
1231     // Update run number. If this one is not initialized (-1) take the one from 
1232     // the next physics selection to be merged with. In case of 2 different run
1233     // numbers issue a warning (should physics selections from different runs be 
1234     // merged together) A.G.
1235     Int_t currentRun = entry->GetCurrentRun();
1236     // Nothing to merge with since run number was not initialized.
1237     if (currentRun < 0) continue;
1238     if (fCurrentRun < 0) 
1239     {
1240       fCurrentRun = currentRun;
1241       fMC = entry->fMC;
1242       for (Int_t i=0; i<entry->fCollTrigClasses.GetEntries(); i++)
1243         fCollTrigClasses.Add(entry->fCollTrigClasses.At(i)->Clone());
1244       for (Int_t i=0; i<entry->fBGTrigClasses.GetEntries(); i++)
1245         fBGTrigClasses.Add(entry->fBGTrigClasses.At(i)->Clone());
1246     }
1247     if (fCurrentRun != currentRun)
1248        AliWarning(Form("Current run %d not matching the one to be merged with %d", fCurrentRun, currentRun));
1249     
1250     if (entry->fTriggerAnalysis.GetEntries() > 0)
1251       collections[0].Add(&(entry->fTriggerAnalysis));
1252     if (entry->fHistStatistics[0])
1253       collections[1].Add(entry->fHistStatistics[0]);
1254     if (entry->fHistStatistics[1])
1255       collections[2].Add(entry->fHistStatistics[1]);
1256     if (entry->fHistBunchCrossing)
1257       collections[3].Add(entry->fHistBunchCrossing);
1258     if (entry->fHistTriggerPattern)
1259       collections[4].Add(entry->fHistTriggerPattern);
1260     if (entry->fBackgroundIdentification)
1261       collections[5].Add(entry->fBackgroundIdentification);
1262
1263     count++;
1264   }
1265
1266   if (fTriggerAnalysis.GetEntries() == 0 && collections[0].GetEntries() > 0)
1267   {
1268     TList* firstList = (TList*) collections[0].First();
1269     for (Int_t i=0; i<firstList->GetEntries(); i++)
1270       fTriggerAnalysis.Add(firstList->At(i)->Clone());
1271     
1272     collections[0].RemoveAt(0);
1273   }
1274   fTriggerAnalysis.Merge(&collections[0]);
1275   
1276   // if this instance is empty (not initialized) nothing would be merged here --> copy first entry
1277   if (!fHistStatistics[0] && collections[1].GetEntries() > 0)
1278   {
1279     fHistStatistics[0] = (TH2F*) collections[1].First()->Clone();
1280     collections[1].RemoveAt(0);
1281   }
1282   if (fHistStatistics[0])
1283     fHistStatistics[0]->Merge(&collections[1]);
1284     
1285   if (!fHistStatistics[1] && collections[2].GetEntries() > 0)
1286   {
1287     fHistStatistics[1] = (TH2F*) collections[2].First()->Clone();
1288     collections[2].RemoveAt(0);
1289   }
1290   if (fHistStatistics[1])
1291     fHistStatistics[1]->Merge(&collections[2]);
1292     
1293   if (!fHistBunchCrossing && collections[3].GetEntries() > 0)
1294   {
1295     fHistBunchCrossing = (TH2F*) collections[3].First()->Clone();
1296     collections[3].RemoveAt(0);
1297   }
1298   if (fHistBunchCrossing)
1299     fHistBunchCrossing->Merge(&collections[3]);
1300   
1301   if (!fHistTriggerPattern && collections[4].GetEntries() > 0)
1302   {
1303     fHistTriggerPattern = (TH1F*) collections[4].First()->Clone();
1304     collections[4].RemoveAt(0);
1305   }
1306   if (fHistTriggerPattern)
1307     fHistTriggerPattern->Merge(&collections[4]);
1308   
1309   if (!fBackgroundIdentification && collections[5].GetEntries() > 0)
1310   {
1311     fBackgroundIdentification = (AliAnalysisCuts*) collections[5].First()->Clone();
1312     collections[5].RemoveAt(0);
1313   }
1314   if (fBackgroundIdentification)
1315     fBackgroundIdentification->Merge(&collections[5]);
1316   
1317   delete iter;
1318
1319   return count+1;
1320 }
1321
1322 void AliPhysicsSelection::SaveHistograms(const char* folder) 
1323 {
1324   // write histograms to current directory
1325   
1326   if (!fHistStatistics[0] || !fHistStatistics[1])
1327     return;
1328     
1329   if (folder)
1330   {
1331     gDirectory->mkdir(folder);
1332     gDirectory->cd(folder);
1333   }
1334   
1335
1336   // Fill the last rows of fHistStatistics before saving
1337   if (fComputeBG) {      
1338     AliInfo("BG estimate assumes that for a given run you only have A and C triggers separately or"
1339             " toghether as a AC class! Make sure this assumption holds in your case"); 
1340     
1341     // use an anum for the different trigger classes, to make loops easier to read
1342     enum {kClassB =0 , kClassA, kClassC, kClassAC, kClassE, kNClasses};
1343     const char * classFlags[] = {"B", "A", "C", "AC", "E"}; // labels
1344     
1345     UInt_t * rows[kNClasses] = {0}; // Array of matching rows
1346     Int_t nrows[kNClasses] = {0};
1347     // Get rows matching the requested trigger bits for all trigger classes
1348     for(Int_t iTrigClass = 0; iTrigClass < kNClasses; iTrigClass++){
1349       nrows[iTrigClass] = GetStatRow(classFlags[iTrigClass],fComputeBG,&rows[iTrigClass]);      
1350     }
1351     
1352     // 0. Determine the ratios of triggers E/B, A/B, C/B from the stat histogram
1353     // Those are used to rescale the different classes to the same number of bx ids
1354     // TODO: pass names of the rows for B, CA and E and look names of the rows. How do I handle the case in which both AC are in the same row?         
1355     Int_t nBXIds[kNClasses] = {0};
1356       //      cout <<"Computing BG:" << endl;
1357     
1358     for(Int_t iTrigClass = 0; iTrigClass < kNClasses; iTrigClass++){
1359       for(Int_t irow = 0; irow < nrows[iTrigClass]; irow++) {
1360         if(irow==0) cout << "- Class " << classFlags[iTrigClass] << endl;   
1361         for (Int_t j=1; j<=fHistBunchCrossing->GetNbinsX(); j++) {
1362           if (fHistBunchCrossing->GetBinContent(j, rows[iTrigClass][irow]) > 0) {
1363             nBXIds[iTrigClass]++;        
1364           }
1365         }
1366         if(nBXIds[iTrigClass]>0) cout << "   Using row " << rows[iTrigClass][irow] <<  ": " 
1367                                       << fHistBunchCrossing->GetYaxis()->GetBinLabel(rows[iTrigClass][irow]) 
1368                                       << " (nBXID "<< nBXIds[iTrigClass] << ")"<< endl;
1369
1370       }
1371
1372     }
1373
1374     Float_t ratioToB[kNClasses];
1375     ratioToB[kClassE]  = nBXIds[kClassE]  >0 ? Float_t(nBXIds[kClassB])/nBXIds[kClassE]   : 0;
1376     ratioToB[kClassA]  = nBXIds[kClassA]  >0 ? Float_t(nBXIds[kClassB])/nBXIds[kClassA]   : 0;
1377     ratioToB[kClassC]  = nBXIds[kClassC]  >0 ? Float_t(nBXIds[kClassB])/nBXIds[kClassC]   : 0;
1378     ratioToB[kClassAC] = nBXIds[kClassAC] >0 ? Float_t(nBXIds[kClassB])/nBXIds[kClassAC]  : 0;
1379     Printf("Ratio between the BX ids in the different trigger classes:");
1380     Printf("  B/E  = %d/%d = %f", nBXIds[kClassB],nBXIds[kClassE], ratioToB[kClassE] );
1381     Printf("  B/A  = %d/%d = %f", nBXIds[kClassB],nBXIds[kClassA], ratioToB[kClassA] );
1382     Printf("  B/C  = %d/%d = %f", nBXIds[kClassB],nBXIds[kClassC], ratioToB[kClassC] );
1383     Printf("  B/AC = %d/%d = %f", nBXIds[kClassB],nBXIds[kClassAC],ratioToB[kClassAC]);
1384     Int_t nHistStat = 2;
1385
1386     // 1. loop over all cols
1387     for(Int_t iHistStat = 0; iHistStat < nHistStat; iHistStat++){
1388       Int_t ncol = fHistStatistics[iHistStat]->GetNbinsX();
1389       Float_t good1 = 0;      
1390       for(Int_t icol = 1; icol <= ncol; icol++) {
1391         Int_t nEvents[kNClasses] = {0}; // number of events should be reset at every column
1392         // For all trigger classes, add up over row matching trigger mask (as selected before)
1393         for(Int_t iTrigClass = 0; iTrigClass < kNClasses; iTrigClass++){
1394           for(Int_t irow = 0; irow < nrows[iTrigClass]; irow++) {         
1395             nEvents[iTrigClass] += (Int_t) fHistStatistics[iHistStat]->GetBinContent(icol,rows[iTrigClass][irow]);      
1396           }
1397           //        cout << "Events " << classFlags[iTrigClass] << " ("<<icol<<") " << nEvents[iTrigClass] << endl;         
1398         }
1399         if (nEvents[kClassB]>0) {
1400           Float_t acc  = ratioToB[kClassE]*nEvents[kClassE]; 
1401           Double_t acc_err = TMath::Sqrt(ratioToB[kClassE]*ratioToB[kClassE]*nEvents[kClassE]);
1402           //      Int_t bg   = cint1A + cint1C - 2*acc;
1403             
1404           // If intensity measurements are available, they already
1405           // contain the scaling for BX ratios, so we reset the
1406           // ratioToB entries
1407           if(fBIFactorAC > 0 || fBIFactorA > 0 || fBIFactorC > 0) {
1408             if (fBIFactorAC <= 0 || fBIFactorA <= 0 || fBIFactorC <= 0) {
1409               AliError("Not all intensities set!, assuming equal intensities");
1410               fBIFactorA  = 1;
1411               fBIFactorC  = 1;
1412               fBIFactorAC = 1;
1413             } else {
1414               AliInfo("Using ratio of number of bunch crossing embedded in the intensity measurements");
1415               ratioToB[kClassA]  = ratioToB[kClassA]  >0 ? 1  : 0;
1416               ratioToB[kClassC]  = ratioToB[kClassC]  >0 ? 1  : 0;
1417               ratioToB[kClassAC] = ratioToB[kClassAC] >0 ? 1  : 0;
1418               AliInfo(Form(" - BI Factor A:  %f",  fBIFactorA ));
1419               AliInfo(Form(" - BI Factor C:  %f",  fBIFactorC ));
1420               AliInfo(Form(" - BI Factor AC: %f",  fBIFactorAC ));
1421               
1422             }
1423           } else {
1424             AliWarning("Intensities not set!, assuming equal intensities");
1425             fBIFactorA  = 1;
1426             fBIFactorC  = 1;
1427             fBIFactorAC = 1;
1428           }
1429
1430           // Assuming that for a given class the triggers are either recorded as A+C or AC
1431           Float_t bg  = nEvents[kClassAC] > 0 ?
1432             fBIFactorAC*(ratioToB[kClassAC]*nEvents[kClassAC] - 2*acc):
1433             fBIFactorA* (ratioToB[kClassA]*nEvents[kClassA]-acc) + 
1434             fBIFactorC* (ratioToB[kClassC]*nEvents[kClassC]-acc) ;
1435
1436           // cout << "-----------------------" << endl;
1437           // cout << "Factors: " << fBIFactorA << " " << fBIFactorC << " " << fBIFactorAC << endl;
1438           // cout << "Ratios: "  << ratioToB[kClassA] << " " << ratioToB[kClassC] << " " << ratioToB[kClassAC] << endl;
1439           // cout << "Evts:   "  << nEvents[kClassA] << " " << nEvents[kClassC] << " " << nEvents[kClassAC] << " " <<  nEvents[kClassB] << endl;
1440           // cout << "Acc: " << acc << endl;
1441           // cout << "BG: " << bg << endl;
1442           // cout  << "  " <<   fBIFactorA* (ratioToB[kClassA]*nEvents[kClassA]-acc) <<endl;
1443           // cout  << "  " <<   fBIFactorC* (ratioToB[kClassC]*nEvents[kClassC]-acc) <<endl;
1444           // cout  << "  " <<   fBIFactorAC*(ratioToB[kClassAC]*nEvents[kClassAC] - 2*acc) << endl;
1445           // cout << "-----------------------" << endl;
1446
1447           Float_t good = Float_t(nEvents[kClassB]) - bg - acc;
1448           if (icol ==1) good1 = good;
1449           //      Float_t errGood     = TMath::Sqrt(2*(nEvents[kClassA]+nEvents[kClassC]+nEvents[kClassE]));// Error on the number of goods assuming only bg fluctuates
1450           //      DeltaG^2 = B + FA^2 A + FC^2 C + Ratio^2 (FA+FC-1)^2 E.
1451           Float_t errGood     = nEvents[kClassAC] > 0 ? 
1452             TMath::Sqrt( nEvents[kClassB] +
1453                          fBIFactorAC*fBIFactorAC*ratioToB[kClassAC]*ratioToB[kClassAC]*nEvents[kClassAC] +
1454                          ratioToB[kClassE] * ratioToB[kClassE] * 
1455                          (fBIFactorAC - 1)*(fBIFactorAC - 1)*nEvents[kClassE]) :  
1456             TMath::Sqrt( nEvents[kClassB] + 
1457                          fBIFactorA*fBIFactorA*ratioToB[kClassA]*ratioToB[kClassA]*nEvents[kClassA] +
1458                          fBIFactorC*fBIFactorC*ratioToB[kClassC]*ratioToB[kClassC]*nEvents[kClassC] +
1459                          ratioToB[kClassE] * ratioToB[kClassE] * 
1460                          (fBIFactorA + fBIFactorC - 1)*(fBIFactorA + fBIFactorC - 1)*nEvents[kClassE]);
1461
1462           Float_t errBG = nEvents[kClassAC] > 0 ? 
1463             TMath::Sqrt(fBIFactorAC*fBIFactorAC*ratioToB[kClassAC]*ratioToB[kClassAC]*nEvents[kClassAC]+
1464                         4*ratioToB[kClassE]*ratioToB[kClassE]*(fBIFactorAC*fBIFactorAC)*nEvents[kClassE]) :
1465             TMath::Sqrt(fBIFactorA*fBIFactorA*ratioToB[kClassA]*ratioToB[kClassA]*nEvents[kClassA]+
1466                         fBIFactorC*fBIFactorC*ratioToB[kClassC]*ratioToB[kClassC]*nEvents[kClassC]+
1467                         ratioToB[kClassE]*ratioToB[kClassE]*(fBIFactorA+fBIFactorC)*(fBIFactorA+fBIFactorC)*nEvents[kClassE]);
1468         
1469         
1470           fHistStatistics[iHistStat]->SetBinContent(icol,fBGStatOffset+kStatRowAllB, nEvents[kClassB]); 
1471           fHistStatistics[iHistStat]->SetBinContent(icol,fBGStatOffset+kStatRowAllAC,nEvents[kClassA]+nEvents[kClassC]+nEvents[kClassAC]);      
1472           fHistStatistics[iHistStat]->SetBinContent(icol,fBGStatOffset+kStatRowAllE, nEvents[kClassE]); 
1473
1474           fHistStatistics[iHistStat]->SetBinContent(icol,fBGStatOffset+kStatRowBG,bg);  
1475           fHistStatistics[iHistStat]->SetBinError  (icol,fBGStatOffset+kStatRowBG,errBG);       
1476           fHistStatistics[iHistStat]->SetBinContent(icol,fBGStatOffset+kStatRowAcc,acc);        
1477           fHistStatistics[iHistStat]->SetBinError  (icol,fBGStatOffset+kStatRowAcc,acc_err);    
1478           fHistStatistics[iHistStat]->SetBinContent(icol,fBGStatOffset+kStatRowGood,good);    
1479           fHistStatistics[iHistStat]->SetBinError  (icol,fBGStatOffset+kStatRowGood,errGood);    
1480
1481 #ifdef VERBOSE_STAT
1482           //kStatRowBG=0,kStatRowAcc,kStatRowBGFrac,kStatRowAccFrac,kStatRowErrGoodFrac,kStatRowGoodFrac,kStatRowGood,kStatRowErrGood
1483           Float_t accFrac   = Float_t(acc) / nEvents[kClassB]  *100;
1484           Float_t errAccFrac= Float_t(acc_err) / nEvents[kClassB]  *100;
1485           Float_t bgFrac    = Float_t(bg)  / nEvents[kClassB]  *100;
1486           Float_t goodFrac  = Float_t(good)  / good1 *100;
1487           Float_t errGoodFrac = errGood/good1 * 100;
1488           Float_t errFracBG = bg > 0 ? TMath::Sqrt((errBG/bg)*(errBG/bg) + 1/nEvents[kClassB])*bgFrac : 0;
1489           fHistStatistics[iHistStat]->SetBinContent(icol,fBGStatOffset+kStatRowBGFrac,bgFrac);  
1490           fHistStatistics[iHistStat]->SetBinError  (icol,fBGStatOffset+kStatRowBGFrac,errFracBG);       
1491           fHistStatistics[iHistStat]->SetBinContent(icol,fBGStatOffset+kStatRowAccFrac,accFrac);    
1492           fHistStatistics[iHistStat]->SetBinError  (icol,fBGStatOffset+kStatRowAccFrac,errAccFrac);    
1493           fHistStatistics[iHistStat]->SetBinContent(icol,fBGStatOffset+kStatRowGoodFrac,goodFrac);    
1494           fHistStatistics[iHistStat]->SetBinContent(icol,fBGStatOffset+kStatRowErrGoodFrac,errGoodFrac);    
1495           fHistStatistics[iHistStat]->SetBinContent(icol,fBGStatOffset+kStatRowErrGood,errGood);    
1496 #endif
1497         }
1498       }
1499     }
1500     for (Int_t iTrigClass = 0; iTrigClass < kNClasses; iTrigClass++){
1501       delete [] rows[iTrigClass];
1502     }  
1503   }  
1504
1505   fHistStatistics[0]->Write();
1506   fHistStatistics[1]->Write();
1507   if(fHistBunchCrossing ) fHistBunchCrossing ->Write();
1508   if(fHistTriggerPattern) fHistTriggerPattern->Write();
1509   
1510   Int_t count = fCollTrigClasses.GetEntries() + fBGTrigClasses.GetEntries();
1511   for (Int_t i=0; i < count; i++)
1512     {
1513       TString triggerClass = "trigger_histograms_";
1514       if (i < fCollTrigClasses.GetEntries())
1515         triggerClass += ((TObjString*) fCollTrigClasses.At(i))->String();
1516       else
1517         triggerClass += ((TObjString*) fBGTrigClasses.At(i - fCollTrigClasses.GetEntries()))->String();
1518       
1519       gDirectory->mkdir(triggerClass);
1520       gDirectory->cd(triggerClass);
1521       
1522       static_cast<AliTriggerAnalysis*> (fTriggerAnalysis.At(i))->SaveHistograms();
1523       
1524       gDirectory->cd("..");
1525     }
1526   
1527   if (fBackgroundIdentification)
1528     {
1529       gDirectory->mkdir("background_identification");
1530       gDirectory->cd("background_identification");
1531       
1532       fBackgroundIdentification->GetOutput()->Write();
1533       
1534       gDirectory->cd("..");
1535     }
1536   
1537   if (folder)
1538     gDirectory->cd("..");
1539 }
1540
1541 Int_t AliPhysicsSelection::GetStatRow(const char * triggerBXClass, UInt_t offlineTriggerType, UInt_t ** rowIDs) const {
1542   // Puts inside the array rowIDs the row number for a given offline
1543   // trigger in a given bx class. Returns the total number of lines
1544   // matching the selection
1545   // triggerBXClass can be either "A", "AC", "B" or "E"
1546   // offlineTriggerType is one of the types defined in AliVEvent
1547   // User should delete rowIDs if no longer needed
1548
1549   if(!fHistStatistics[0]) {
1550     AliWarning("Not initialized, returning 0");
1551     return 0;
1552   }
1553   const Int_t nrows = fHistStatistics[0]->GetNbinsY();
1554
1555   // allocate memory for at maximum nrows
1556   Int_t nMatches = 0;
1557   (*rowIDs) = new UInt_t[nrows];
1558
1559   // Build regular expression. look for a +, followed by the beginning
1560   // of a word. Within the word, look for the class id after any
1561   // number of any char, but at most one dash ("[^-]*-?"), followed by
1562   // a - and then any char (".*") and at the class id ("\\&(\\d)")
1563   // The class id is stored.
1564   // WARNING: please check this if the trigger classes change
1565   // FIXME: change comment above
1566   TPRegexp re1(Form("\\+\\b[^-]*-?%s-.*\\&(\\d)",triggerBXClass));  // If the class is with BPTX coincidence 
1567   TPRegexp re2(Form("\\+\\b[^-]+-%s-.*\\&(\\d)",triggerBXClass));  // If the class is with BX filtering online 
1568   // Loop over rows and find matching ones:
1569   for(Int_t irow = 1; irow <= nrows; irow++){
1570     TString triggerClassCurrent = fHistStatistics[0]->GetYaxis()->GetBinLabel(irow);
1571     TObjArray * matches = 0;
1572     if (triggerClassCurrent.Contains ("ABCE")) matches = re1.MatchS(triggerClassCurrent);
1573     else                                       matches = re2.MatchS(triggerClassCurrent);
1574     if (matches->GetEntries() && (fIsPP || (!fIsPP&&triggerClassCurrent.Contains("CMBAC")))) {
1575       TString s = ((TObjString*)matches->At(1))->GetString();      
1576       if(UInt_t(s.Atoi()) & offlineTriggerType) { // bitwise comparison with the requested mask
1577         //      cout << "Marching " << s.Data() << " " << offlineTriggerType << " " << fHistStatistics[0]->GetYaxis()->GetBinLabel(irow) << endl;       
1578         (*rowIDs)[nMatches] = irow;
1579         nMatches++;     
1580       }
1581     }
1582     delete matches;
1583   }
1584   
1585   return nMatches;
1586 }
1587
1588 void AliPhysicsSelection::SetBIFactors(const AliESDEvent * aESD) {
1589   // Set factors for realtive bunch intesities
1590   if(!aESD) { 
1591     AliFatal("ESD not given");
1592   }
1593   Int_t run = aESD->GetRunNumber();
1594   if (run > 105268) {
1595     // intensities stored in the ESDs
1596     const AliESDRun* esdRun = aESD->GetESDRun();
1597     Double_t intAB = esdRun->GetMeanIntensityIntecting(0);
1598     Double_t intCB = esdRun->GetMeanIntensityIntecting(1);
1599     Double_t intAA = esdRun->GetMeanIntensityNonIntecting(0);
1600     Double_t intCC = esdRun->GetMeanIntensityNonIntecting(1);
1601
1602     // cout << "INT " <<intAB <<endl;
1603     // cout << "INT " <<intCB <<endl;
1604     // cout << "INT " <<intAA <<endl;
1605     // cout << "INT " <<intCC <<endl;
1606
1607     if (intAB > 0 && intAA > 0) {
1608       fBIFactorA = intAB/intAA;
1609     } else {
1610       AliWarning("Cannot set fBIFactorA");
1611     }
1612     
1613     if (intCB > 0 && intCC > 0) {
1614       fBIFactorC = intCB/intCC;
1615     } else {
1616       AliWarning("Cannot set fBIFactorC");
1617     }
1618       
1619     if (intAB > 0 && intAA > 0 &&
1620         intCB > 0 && intCC > 0) {
1621       fBIFactorAC = (intAB+intCB)/(intAA+intCC);
1622     } else {
1623       AliWarning("Cannot set fBIFactorAC");
1624     }
1625         
1626   }  
1627   else {
1628     // First runs. Intensities hardcoded
1629     switch(run) {
1630     case 104155:
1631       fBIFactorA = 0.961912722908;
1632       fBIFactorC = 1.04992336081;
1633       break;
1634     case 104157:
1635       fBIFactorA = 0.947312854998;
1636       fBIFactorC = 1.01599706417;
1637       break;
1638     case 104159:
1639       fBIFactorA = 0.93659320151;
1640       fBIFactorC = 0.98580804207;
1641       break;
1642     case 104160:
1643       fBIFactorA = 0.929664189926;
1644       fBIFactorC = 0.963467679851;
1645       break;
1646     case 104315:
1647       fBIFactorA = 1.08939104979;
1648       fBIFactorC = 0.931113921925;
1649       break;
1650     case 104316:
1651       fBIFactorA = 1.08351880974;
1652       fBIFactorC = 0.916068345845;
1653       break;
1654     case 104320:
1655       fBIFactorA = 1.07669281245;
1656       fBIFactorC = 0.876818744763;
1657       break;
1658     case 104321:
1659       fBIFactorA = 1.00971079602;
1660       fBIFactorC = 0.773781299076;
1661       break;
1662     case 104792:
1663       fBIFactorA = 0.787215863962;
1664       fBIFactorC = 0.778253173071;
1665       break;
1666     case 104793:
1667       fBIFactorA = 0.692211363661;
1668       fBIFactorC = 0.733152456667;
1669       break;
1670     case 104799:
1671       fBIFactorA = 1.04027825161;
1672       fBIFactorC = 1.00530825942;
1673       break;
1674     case 104800:
1675       fBIFactorA = 1.05309910671;
1676       fBIFactorC = 1.00376801855;
1677       break;
1678     case 104801:
1679       fBIFactorA = 1.0531231922;
1680       fBIFactorC = 0.992439666758;
1681       break;
1682     case 104802:
1683       fBIFactorA = 1.04191478134;
1684       fBIFactorC = 0.979368585208;
1685       break;
1686     case 104803:
1687       fBIFactorA = 1.03121314094;
1688       fBIFactorC = 0.973379962609;
1689       break;
1690     case 104824:
1691       fBIFactorA = 0.969945926722;
1692       fBIFactorC = 0.39549745806;
1693       break;
1694     case 104825:
1695       fBIFactorA = 0.968627213937;
1696       fBIFactorC = 0.310100412205;
1697       break;
1698     case 104841:
1699       fBIFactorA = 0.991601393212;
1700       fBIFactorC = 0.83762204722;
1701       break;
1702     case 104845:
1703       fBIFactorA = 0.98040863886;
1704       fBIFactorC = 0.694824205793;
1705       break;
1706     case 104867:
1707       fBIFactorA = 1.10646173412;
1708       fBIFactorC = 0.841407246916;
1709       break;
1710     case 104876:
1711       fBIFactorA = 1.12063452421;
1712       fBIFactorC = 0.78726542895;
1713       break;
1714     case 104890:
1715       fBIFactorA = 1.02346137453;
1716       fBIFactorC = 1.03355663595;
1717       break;
1718     case 104892:
1719       fBIFactorA = 1.05406025913;
1720       fBIFactorC = 1.00029166135;
1721       break;
1722     case 105143:
1723       fBIFactorA = 0.947343384349;
1724       fBIFactorC = 0.972637444408;
1725       break;
1726     case 105160:
1727       fBIFactorA = 0.908854622177;
1728       fBIFactorC = 0.958851103977;
1729       break; 
1730     case 105256:
1731       fBIFactorA = 0.810076150206;
1732       fBIFactorC = 0.884663561883;
1733       break;
1734     case 105257:
1735       fBIFactorA = 0.80974912303;
1736       fBIFactorC = 0.878859123479;
1737       break;
1738     case 105268:
1739       fBIFactorA = 0.809052110679;
1740       fBIFactorC = 0.87233890989;
1741       break;
1742     default:
1743       fBIFactorA = 1;
1744       fBIFactorC = 1;
1745     }
1746   }
1747
1748 }