Major update of the physics selection and trigger analysis class
[u/mrichter/AliRoot.git] / ANALYSIS / AliPhysicsSelection.cxx
1 /* $Id: AliPhysicsSelection.cxx 35782 2009-10-22 11:54:31Z jgrosseo $ */
2
3 /**************************************************************************
4  * Copyright(c) 1998-2009, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
5  *                                                                        *
6  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
7  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
8  *                                                                        *
9  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
10  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
11  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
12  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
13  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
14  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
15  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
16  **************************************************************************/
17
18 //-------------------------------------------------------------------------
19 //                      Implementation of   Class AliPhysicsSelection
20 // This class selects collision candidates from data runs, applying selection cuts on triggers 
21 // and background rejection based on the content of the ESD
22 //
23 // Usage:
24 //
25 // Create the object:
26 //   fPhysicsSelection = new AliPhysicsSelection;
27 //
28 // For MC data, call
29 //   fPhysicsSelection->SetAnalyzeMC()
30 //
31 // To check if an event is a collision candidate, use:
32 //   fPhysicsSelection->IsCollisionCandidate(fESD)
33 //
34 // After processing save the resulting histograms to a file with (a folder physics_selection 
35 //   will be created that contains the histograms):
36 //   fPhysicsSelection->SaveHistograms("physics_selection")
37 //
38 // To print statistics after processing use:
39 //   fPhysicsSelection->Print();
40 //
41 // The BX ids corresponding to real bunches crossings p2 are
42 // automatically selected. You cannot process runs with different
43 // filling schemes if this option is set. If you want to disable this,
44 // use: 
45 //   fPhysicsSelection->SetUseBXNumbers(0);
46 //
47 //
48 // If you are analizing muons and you want to keep the muon triggers
49 // besides the CINT1B you can set:
50 //   fPhysicsSelection->SetUseMuonTriggers();
51 //
52 //
53 // To compute the Background automatically using the control triggers
54 // use: 
55 //   fPhysicsSelection->SetComputeBG();
56 // this will show the value of the Beam Gas, accidentals and good
57 // events as additional rows in the statistic tables, but it will NOT
58 // subtract the background automatically.
59 // This option will only work for runs taken with the CINT1
60 // suite. This options enables automatically also the usage of BX
61 // numbers. You can only process one run at a time if you require this
62 // options, because it uses the bunch intensity estimated run by run.
63 // 
64 // The BG will usually be more important in the so-called "bin 0": the
65 // class can also compute the statistics table for events in this
66 // bin. Since the definition of bin 0 may in general change from
67 // analysis to analysis, the user needs to provide a callback
68 // implementing the definition of bin zero. The callback should be
69 // implemented as a method in the analysis task and should override
70 // the IsEventInBinZero method of AliAnalysisTaskSE, and should thus
71 // have the the following prototype:
72 //   Bool_t IsEventInBinZero(); 
73 // It should return true if the event is in the bin 0 and it is set by
74 // passing to the physics selection the NAME of the task where the
75 // callback is implemented: 
76 //   fPhysicsSelection->SetBin0Callback("MyTask").
77 //
78 //
79 // Usually the class selects the trigger scheme by itself depending on the run number.
80 // Nevertheless, you can do that manually by calling AddCollisionTriggerClass() and AddBGTriggerClass()
81 // Example:
82 // To define the class CINT1B-ABCE-NOPF-ALL as collision trigger (those will be accepted as  
83 // collision candidates when they pass the selection):
84 //   AddCollisionTriggerClass("+CINT1B-ABCE-NOPF-ALL #769 #3119");
85 // To select on bunch crossing IDs in addition, use:
86 //   AddCollisionTriggerClass("+CINT1B-ABCE-NOPF-ALL #769 #3119");
87 // To define the class CINT1A-ABCE-NOPF-ALL as a background trigger (those will only be counted
88 // for the control histograms):
89 //   AddBGTriggerClass("+CINT1A-ABCE-NOPF-ALL");
90 // You can also specify more than one trigger class in a string or you can require that some are *not*
91 // present. The following line would require CSMBA-ABCE-NOPF-ALL, but CSMBB-ABCE-NOPF-ALL is not allowed
92 // to be present:
93 //   AddBGTriggerClass("+CSMBA-ABCE-NOPF-ALL -CSMBB-ABCE-NOPF-ALL");
94 //
95 // The class also supports the triggers used in heavy ion runs
96 //
97 //   Origin: Jan Fiete Grosse-Oetringhaus, CERN 
98 //           Michele Floris, CERN
99 //-------------------------------------------------------------------------
100
101 #include <Riostream.h>
102 #include <TH1F.h>
103 #include <TH2F.h>
104 #include <TList.h>
105 #include <TIterator.h>
106 #include <TDirectory.h>
107 #include <TObjArray.h>
108 #include <TPRegexp.h>
109 #include <TFormula.h>
110 #include <TParameter.h>
111 #include <TInterpreter.h>
112
113 #include <AliPhysicsSelection.h>
114
115 #include <AliTriggerAnalysis.h>
116 #include <AliLog.h>
117
118 #include <AliESDEvent.h>
119 #include <AliAnalysisTaskSE.h>
120 #include "AliAnalysisManager.h"
121 #include "TPRegexp.h"
122 #include "TFile.h"
123 #include <AliOADBContainer.h>
124 #include "AliOADBPhysicsSelection.h"
125 #include "AliOADBFillingScheme.h"
126
127 ClassImp(AliPhysicsSelection)
128
129 AliPhysicsSelection::AliPhysicsSelection() :
130   AliAnalysisCuts("AliPhysicsSelection", "AliPhysicsSelection"),
131   fCurrentRun(-1),
132   fMC(kFALSE),
133   fCollTrigClasses(),
134   fBGTrigClasses(),
135   fTriggerAnalysis(),
136   fBackgroundIdentification(0),
137 //  fHistStatisticsTokens(0),
138   fHistBunchCrossing(0),
139   fHistTriggerPattern(0),
140   fSkipTriggerClassSelection(0),
141   fUsingCustomClasses(0),
142   fSkipV0(0),
143   fSkipZDCTime(0),
144   fBIFactorA(-1),
145   fBIFactorC(-1),
146   fBIFactorAC(-1), 
147   fComputeBG(0),
148   fBGStatOffset(-1),
149   fUseBXNumbers(1),
150   fUseMuonTriggers(0),
151   fFillingScheme(""),
152   fBin0CallBack(""),
153   fBin0CallBackPointer(0),
154   fIsPP(kFALSE),
155   fPSOADB(0),
156   fFillOADB(0),
157   fRegexp(0),
158   fCashedTokens(0)
159   
160 {
161   // constructor
162   
163   fCollTrigClasses.SetOwner(1);
164   fBGTrigClasses.SetOwner(1);
165   fTriggerAnalysis.SetOwner(1);
166   fHistStatistics[0] = 0;
167   fHistStatistics[1] = 0;
168   
169   fRegexp = new TPRegexp("([[:alpha:]]\\w*)");
170   fCashedTokens = new TList;
171   fCashedTokens->SetOwner();
172   
173   AliLog::SetClassDebugLevel("AliPhysicsSelection", AliLog::kWarning);
174 }
175     
176 AliPhysicsSelection::~AliPhysicsSelection()
177 {
178   // destructor
179
180   fCollTrigClasses.Delete();
181   fBGTrigClasses.Delete();
182   fTriggerAnalysis.Delete();
183
184   if (fHistStatistics[0])
185   {
186     delete fHistStatistics[0];
187     fHistStatistics[0] = 0;
188   }
189   if (fHistStatistics[1])
190   {
191     delete fHistStatistics[1];
192     fHistStatistics[1] = 0;
193   }
194   // if (fHistStatisticsTokens) {
195   //   delete fHistStatisticsTokens;
196   //   fHistStatisticsTokens = 0;
197   // }
198   if (fHistBunchCrossing)
199   {
200     delete fHistBunchCrossing;
201     fHistBunchCrossing = 0;
202   }
203   if (fHistTriggerPattern)
204   {
205     delete fHistTriggerPattern;
206     fHistTriggerPattern = 0;
207   }
208   if (fBackgroundIdentification)
209   { 
210     delete fBackgroundIdentification;
211     fBackgroundIdentification = 0;
212   }  
213
214   if (fPSOADB)
215   { 
216     delete fPSOADB;
217     fPSOADB = 0;
218     
219   }  
220   if (fFillOADB)
221   { 
222     delete fFillOADB;
223     fFillOADB = 0;
224   }  
225   
226   if (fRegexp)
227   {
228     delete fRegexp;
229     fRegexp = 0;
230   }
231     
232   if (fCashedTokens)
233   {
234     delete fCashedTokens;
235     fCashedTokens = 0;
236   }
237
238
239 }
240
241 UInt_t AliPhysicsSelection::CheckTriggerClass(const AliESDEvent* aEsd, const char* trigger, Int_t& triggerLogic) const
242 {
243   // checks if the given trigger class(es) are found for the current event
244   // format of trigger: +TRIGGER1,TRIGGER1b,TRIGGER1c -TRIGGER2 [#XXX] [&YY] [*ZZ]
245   //   requires one out of TRIGGER1,TRIGGER1b,TRIGGER1c and rejects TRIGGER2
246   //   in bunch crossing XXX
247   //   if successful, YY is returned (for association between entry in fCollTrigClasses and AliVEvent::EOfflineTriggerTypes)
248   //   triggerLogic is filled with ZZ, defaults to kCINT1
249   
250   Bool_t foundBCRequirement = kFALSE;
251   Bool_t foundCorrectBC = kFALSE;
252   
253   UInt_t returnCode = AliVEvent::kUserDefined;
254   triggerLogic = kCINT1;
255   
256   TString str(trigger);
257   TObjArray* tokens = str.Tokenize(" ");
258   
259   for (Int_t i=0; i < tokens->GetEntries(); i++)
260   {
261     TString str2(((TObjString*) tokens->At(i))->String());
262     
263     if (str2[0] == '+' || str2[0] == '-')
264     {
265       Bool_t flag = (str2[0] == '+');
266       
267       str2.Remove(0, 1);
268       
269       TObjArray* tokens2 = str2.Tokenize(",");
270       
271       Bool_t foundTriggerClass = kFALSE;
272       for (Int_t j=0; j < tokens2->GetEntries(); j++)
273       {
274         TString str3(((TObjString*) tokens2->At(j))->String());
275         
276         if (flag && aEsd->IsTriggerClassFired(str3))
277           foundTriggerClass = kTRUE;
278         if (!flag && aEsd->IsTriggerClassFired(str3))
279         {
280           AliDebug(AliLog::kDebug+1, Form("Rejecting event because trigger class %s is present", str3.Data()));
281           delete tokens2;
282           delete tokens;
283           return kFALSE;
284         }
285       }
286       
287       delete tokens2;
288       
289       if (!foundTriggerClass)
290       {
291         AliDebug(AliLog::kDebug+1, Form("Rejecting event because (none of the) trigger class(es) %s is present", str2.Data()));
292         delete tokens;
293         return kFALSE;
294       }
295     }
296     else if (str2[0] == '#')
297     {
298       foundBCRequirement = kTRUE;
299     
300       str2.Remove(0, 1);
301       
302       Int_t bcNumber = str2.Atoi();
303       AliDebug(AliLog::kDebug+1, Form("Checking for bunch crossing number %d", bcNumber));
304       
305       if (aEsd->GetBunchCrossNumber() == bcNumber)
306       {
307         foundCorrectBC = kTRUE;
308         AliDebug(AliLog::kDebug+1, Form("Found correct bunch crossing %d", bcNumber));
309       }
310     }
311     else if (str2[0] == '&')
312     {
313       str2.Remove(0, 1);
314       
315       returnCode = str2.Atoll();
316     }
317     else if (str2[0] == '*')
318     {
319       str2.Remove(0, 1);
320       
321       triggerLogic = str2.Atoi();
322     }
323     else
324       AliFatal(Form("Invalid trigger syntax: %s", trigger));
325   }
326   
327   delete tokens;
328   
329   if (foundBCRequirement && !foundCorrectBC)
330     return kFALSE;
331   
332   return returnCode;
333 }
334
335 //______________________________________________________________________________
336 TObject *AliPhysicsSelection::GetStatistics(const Option_t *option) const
337 {
338 // Get the statistics histograms ("ALL" and "BIN0" and "TOK")
339    TString opt(option);
340    opt.ToUpper();
341    Int_t ihist = 0;
342    if (opt == "ALL") ihist = kStatIdxAll;
343    if (opt == "BIN0") ihist = kStatIdxBin0;
344    //   if (opt == "TOK") return fHistStatisticsTokens;
345    return fHistStatistics[ihist];
346 }   
347
348 //______________________________________________________________________________
349 Bool_t AliPhysicsSelection::EvaluateTriggerLogic(const AliESDEvent* aEsd, AliTriggerAnalysis* triggerAnalysis, const char* triggerLogic, Bool_t offline)
350 {
351   // evaluates trigger logic. If called with no ESD pointer/triggerAnalysis pointer, it just caches the tokens
352   // Fills the statistics histogram, if booked at row i
353   TString trigger(triggerLogic);
354   
355   // add space after each token (to use ReplaceAll later)
356   fRegexp->Substitute(trigger, "$1 ", "g");
357   
358   while (1)
359   {
360     AliDebug(AliLog::kDebug, trigger.Data());
361     
362     TArrayI pos;
363     Int_t nMatches = fRegexp->Match(trigger, "", 0, 2, &pos);
364
365     if (nMatches <= 0)
366       break;
367       
368     TString token(trigger(pos[0], pos[1]-pos[0]+1));
369     
370     TParameter<Int_t>* param = (TParameter<Int_t>*) fCashedTokens->FindObject(token);
371     if (!param)
372     {
373       TInterpreter::EErrorCode error;
374       Int_t bit = gInterpreter->ProcessLine(Form("AliTriggerAnalysis::k%s;", token.Data()), &error);
375       
376       if (error > 0)
377         AliFatal(Form("Trigger token %s unknown", token.Data()));
378       
379       param = new TParameter<Int_t>(token, bit);
380       fCashedTokens->Add(param);
381       AliDebug(AliLog::kDebug, "Added token");
382     }
383     
384     Long64_t bit = param->GetVal();
385     
386     AliDebug(AliLog::kDebug, Form("Tok %d %d %s %lld", pos[0], pos[1], token.Data(), bit));
387     
388     if (offline) 
389       bit |= AliTriggerAnalysis::kOfflineFlag;
390     
391     if(aEsd && triggerAnalysis) {
392       trigger.ReplaceAll(token, Form("%d", triggerAnalysis->EvaluateTrigger(aEsd, (AliTriggerAnalysis::Trigger) bit)));
393       //      if(fHistStatisticsTokens)               
394     }
395   }
396   
397   TFormula formula("formula", trigger);
398   Bool_t result = formula.Eval(0);
399   
400   AliDebug(AliLog::kDebug, Form("%s --> %d", trigger.Data(), result));
401   
402   return result;
403 }
404
405 //______________________________________________________________________________
406 UInt_t AliPhysicsSelection::IsCollisionCandidate(const AliESDEvent* aEsd)
407 {
408   // checks if the given event is a collision candidate
409   //
410   // returns a bit word describing the fired offline triggers (see AliVEvent::EOfflineTriggerTypes)
411   AliAnalysisManager *mgr = AliAnalysisManager::GetAnalysisManager();
412   if (!mgr) {
413     AliError("Cannot get the analysis manager");
414     return 0;
415   } 
416   mgr->LoadBranch("AliESDHeader.");
417   mgr->LoadBranch("AliESDRun.");
418   mgr->LoadBranch("AliMultiplicity.");
419   mgr->LoadBranch("AliESDFMD.");
420   mgr->LoadBranch("AliESDVZERO.");
421   mgr->LoadBranch("AliESDZDC.");
422   mgr->LoadBranch("SPDVertex.");
423   mgr->LoadBranch("PrimaryVertex.");
424   if (fCurrentRun != aEsd->GetRunNumber()) {
425     if (!Initialize(aEsd))
426       AliFatal(Form("Could not initialize for run %d", aEsd->GetRunNumber()));
427     if(fComputeBG) SetBIFactors(aEsd); // is this safe here?
428   }
429   const AliESDHeader* esdHeader = aEsd->GetHeader();
430   if (!esdHeader)
431   {
432     AliError("ESD Header could not be retrieved");
433     return kFALSE;
434   }
435   
436   // check event type; should be PHYSICS = 7 for data and 0 for MC
437   if (!fMC)
438   {
439     if (esdHeader->GetEventType() != 7)
440       return kFALSE;
441   }
442   else
443   {
444     if (esdHeader->GetEventType() != 0)
445       AliFatal(Form("Invalid event type for MC: %d", esdHeader->GetEventType()));
446   }
447   
448   UInt_t accept = 0;
449     
450   Int_t count = fCollTrigClasses.GetEntries() + fBGTrigClasses.GetEntries();
451   for (Int_t i=0; i < count; i++)
452   {
453     const char* triggerClass = 0;
454     if (i < fCollTrigClasses.GetEntries())
455       triggerClass = ((TObjString*) fCollTrigClasses.At(i))->String();
456     else
457       triggerClass = ((TObjString*) fBGTrigClasses.At(i - fCollTrigClasses.GetEntries()))->String();
458   
459     AliDebug(AliLog::kDebug+1, Form("Processing trigger class %s", triggerClass));
460   
461     AliTriggerAnalysis* triggerAnalysis = static_cast<AliTriggerAnalysis*> (fTriggerAnalysis.At(i));
462   
463     triggerAnalysis->FillTriggerClasses(aEsd);
464     
465     Int_t triggerLogic = 0; 
466     UInt_t singleTriggerResult = CheckTriggerClass(aEsd, triggerClass, triggerLogic);
467     
468     if (singleTriggerResult)
469     {
470       triggerAnalysis->FillHistograms(aEsd);
471   
472       Bool_t isBin0 = kFALSE;
473       if (fBin0CallBack != "") {
474           isBin0 = ((AliAnalysisTaskSE*)mgr->GetTask(fBin0CallBack.Data()))->IsEventInBinZero();
475       } else if (fBin0CallBackPointer) {
476           isBin0 = (*fBin0CallBackPointer)(aEsd);
477       }
478       
479       // ---->
480       // FIXME: this stuff is still used to fill the stat
481       // tables. Decide wethere we are switching to a new stat table
482       // (with all AliTriggerAnalysis tokens? Only we the tokens
483       // actually used in the selection?) and clean up
484
485       // hardware trigger
486       Int_t fastORHW   = triggerAnalysis->EvaluateTrigger(aEsd, AliTriggerAnalysis::kSPDGFO); // SPD number of chips from trigger bits (!)
487       //      Int_t fastORHWL1 = triggerAnalysis->EvaluateTrigger(aEsd, AliTriggerAnalysis::kSPDGFOL1); // SPD number of chips from trigger bits in second layer (!)
488       Bool_t v0AHW     = fSkipV0 ? 0 : triggerAnalysis->EvaluateTrigger(aEsd, AliTriggerAnalysis::kV0A);// should replay hw trigger
489       Bool_t v0CHW     = fSkipV0 ? 0 : triggerAnalysis->EvaluateTrigger(aEsd, AliTriggerAnalysis::kV0C);// should replay hw trigger
490       
491       // offline trigger
492       Int_t fastOROffline   = triggerAnalysis->EvaluateTrigger(aEsd, (AliTriggerAnalysis::Trigger) (AliTriggerAnalysis::kOfflineFlag | AliTriggerAnalysis::kSPDGFO)); // SPD number of chips from clusters (!)
493       Int_t fastOROfflineL1 = triggerAnalysis->EvaluateTrigger(aEsd, (AliTriggerAnalysis::Trigger) (AliTriggerAnalysis::kOfflineFlag | AliTriggerAnalysis::kSPDGFOL1)); // SPD number of chips from clusters in second layer (!)
494       Bool_t v0A       = fSkipV0 ? 0 : triggerAnalysis->EvaluateTrigger(aEsd, (AliTriggerAnalysis::Trigger) (AliTriggerAnalysis::kOfflineFlag | AliTriggerAnalysis::kV0A));
495       Bool_t v0C       = fSkipV0 ? 0 : triggerAnalysis->EvaluateTrigger(aEsd, (AliTriggerAnalysis::Trigger) (AliTriggerAnalysis::kOfflineFlag | AliTriggerAnalysis::kV0C));
496       Bool_t v0ABG = fSkipV0 ? 0 : triggerAnalysis->EvaluateTrigger(aEsd, (AliTriggerAnalysis::Trigger) (AliTriggerAnalysis::kOfflineFlag | AliTriggerAnalysis::kV0ABG));
497       Bool_t v0CBG = fSkipV0 ? 0 : triggerAnalysis->EvaluateTrigger(aEsd, (AliTriggerAnalysis::Trigger) (AliTriggerAnalysis::kOfflineFlag | AliTriggerAnalysis::kV0CBG));
498       Bool_t v0BG = v0ABG || v0CBG;
499
500       // fmd
501       Bool_t fmdA = triggerAnalysis->EvaluateTrigger(aEsd, (AliTriggerAnalysis::Trigger) (AliTriggerAnalysis::kOfflineFlag | AliTriggerAnalysis::kFMDA));
502       Bool_t fmdC = triggerAnalysis->EvaluateTrigger(aEsd, (AliTriggerAnalysis::Trigger) (AliTriggerAnalysis::kOfflineFlag | AliTriggerAnalysis::kFMDC));
503       Bool_t fmd  = fmdA || fmdC;
504     
505       // SSD
506       //Int_t ssdClusters = triggerAnalysis->SSDClusters(aEsd);
507       
508       // ZDC
509       // Bool_t zdcA = triggerAnalysis->IsOfflineTriggerFired(aEsd, AliTriggerAnalysis::kZDCA);
510       // Bool_t zdcC = triggerAnalysis->IsOfflineTriggerFired(aEsd, AliTriggerAnalysis::kZDCC);
511       Bool_t zdcA    = triggerAnalysis->EvaluateTrigger(aEsd, (AliTriggerAnalysis::Trigger) (AliTriggerAnalysis::kOfflineFlag | AliTriggerAnalysis::kZDCTDCA));
512       Bool_t zdcC    = triggerAnalysis->EvaluateTrigger(aEsd, (AliTriggerAnalysis::Trigger) (AliTriggerAnalysis::kOfflineFlag | AliTriggerAnalysis::kZDCTDCC));
513       Bool_t zdcTime = triggerAnalysis->EvaluateTrigger(aEsd, (AliTriggerAnalysis::Trigger) (AliTriggerAnalysis::kOfflineFlag | AliTriggerAnalysis::kZDCTime));
514
515       // Some "macros"
516       Bool_t mb1 = (fastOROffline > 0 || v0A || v0C) && (!v0BG);
517       Bool_t mb1prime = (fastOROffline > 1 || (fastOROffline > 0 && (v0A || v0C)) || (v0A && v0C) ) && (!v0BG);
518
519       // Background rejection
520       Bool_t bgID = kFALSE;
521       if (fBackgroundIdentification)
522         bgID = ! fBackgroundIdentification->IsSelected(const_cast<AliESDEvent*> (aEsd));
523         
524       
525       /*Int_t ntrig = fastOROffline; // any 2 hits
526       if(v0A)              ntrig += 1;
527       if(v0C)              ntrig += 1; //v0C alone is enough
528       if(fmd)              ntrig += 1;
529       if(ssdClusters>1)    ntrig += 1;*/
530
531       
532       // <---
533
534       TString triggerLogicOnline  = fPSOADB->GetHardwareTrigger(triggerLogic);
535       TString triggerLogicOffline = fPSOADB->GetOfflineTrigger(triggerLogic);
536
537       AliDebug(AliLog::kDebug, Form("Triggers from OADB [0x%x][%d][%s][%s]",singleTriggerResult,AliTriggerAnalysis::GetActiveBit(singleTriggerResult),triggerLogicOffline.Data(),triggerLogicOnline.Data()));
538
539       // replay hardware trigger (should only remove events for MC)
540       Bool_t onlineTrigger  = EvaluateTriggerLogic(aEsd, triggerAnalysis, triggerLogicOnline, kFALSE);
541       // offline selection
542       Bool_t offlineTrigger = EvaluateTriggerLogic(aEsd, triggerAnalysis, triggerLogicOffline, kTRUE);
543       
544       // Printf("%s %s", triggerLogicOnline.Data(), triggerLogicOffline.Data());
545       // Printf("%d %d", onlineTrigger, offlineTrigger);
546            
547
548       // Fill trigger pattern histo
549       Int_t tpatt = 0;
550       if (fastORHW>0) tpatt+=1;
551       if (v0AHW)      tpatt+=2;
552       if (v0CHW)      tpatt+=4;
553       fHistTriggerPattern->Fill( tpatt );
554
555       // fill statistics and return decision
556       const Int_t nHistStat = 2;
557       for(Int_t iHistStat = 0; iHistStat < nHistStat; iHistStat++){
558         if (iHistStat == kStatIdxBin0 && !isBin0) continue; // skip the filling of bin0 stats if the event is not in the bin0
559       
560         fHistStatistics[iHistStat]->Fill(kStatTriggerClass, i);
561         if(iHistStat == kStatIdxAll) fHistBunchCrossing->Fill(aEsd->GetBunchCrossNumber(), i); // Fill only for all (avoid double counting)
562
563         // We fill the rest only if hw trigger is ok
564         if (!onlineTrigger)
565           {
566             AliDebug(AliLog::kDebug, "Rejecting event because hardware trigger is not fired");
567             continue;
568           } else {       
569           fHistStatistics[iHistStat]->Fill(kStatHWTrig, i);
570         }
571       
572
573         // v0 BG stats
574         if (v0ABG)
575           fHistStatistics[iHistStat]->Fill(kStatV0ABG, i);
576         if (v0CBG)
577           fHistStatistics[iHistStat]->Fill(kStatV0CBG, i);
578
579         // mb 1
580         if (mb1)
581           fHistStatistics[iHistStat]->Fill(kStatMB1, i);
582
583         if (mb1prime)
584           fHistStatistics[iHistStat]->Fill(kStatMB1Prime, i);
585
586         if (fmd)
587           fHistStatistics[iHistStat]->Fill(kStatFMD, i);
588
589         //if(ntrig >= 2 && !v0BG) 
590         //  fHistStatistics[iHistStat]->Fill(kStatAny2Hits, i);
591
592         if (fastOROffline > 0)
593           fHistStatistics[iHistStat]->Fill(kStatFO1, i);
594         if (fastOROffline > 1)
595           fHistStatistics[iHistStat]->Fill(kStatFO2, i);
596         if (fastOROfflineL1 > 1)
597           fHistStatistics[iHistStat]->Fill(kStatFO2L1, i);
598         
599         if (v0A)
600           fHistStatistics[iHistStat]->Fill(kStatV0A, i);
601         if (v0C)
602           fHistStatistics[iHistStat]->Fill(kStatV0C, i);
603           
604         if (zdcA)
605           fHistStatistics[iHistStat]->Fill(kStatZDCA, i);
606         if (zdcC)
607           fHistStatistics[iHistStat]->Fill(kStatZDCC, i);
608         if (zdcA && zdcC)
609           fHistStatistics[iHistStat]->Fill(kStatZDCAC, i);
610
611         if (zdcTime)
612           fHistStatistics[iHistStat]->Fill(kStatZDCTime, i);
613   
614         if (v0A && v0C && !v0BG && (!bgID && fIsPP))
615           fHistStatistics[iHistStat]->Fill(kStatV0, i);
616
617
618
619         // FIXME: check lines below
620         if ( offlineTrigger )
621           {
622             if (!v0BG || fSkipV0)
623               {
624                 if (!v0BG) fHistStatistics[iHistStat]->Fill(kStatOffline, i);
625       
626                 if (fBackgroundIdentification && bgID && fIsPP)
627                   {
628                     AliDebug(AliLog::kDebug, "Rejecting event because of background identification");
629                     fHistStatistics[iHistStat]->Fill(kStatBG, i);
630                   }
631                 else
632                   {
633                     AliDebug(AliLog::kDebug, Form("Accepted event for histograms with trigger logic %d", triggerLogic));
634             
635                     fHistStatistics[iHistStat]->Fill(kStatAccepted, i);
636                     // if(iHistStat == kStatIdxAll) fHistBunchCrossing->Fill(aEsd->GetBunchCrossNumber(), i); // Fill only for all (avoid double counting)
637                     if((i < fCollTrigClasses.GetEntries() || fSkipTriggerClassSelection) && (iHistStat==kStatIdxAll))
638                       accept |= singleTriggerResult; // only set for "all" (should not really matter)
639                   }
640               }
641             else
642               AliDebug(AliLog::kDebug, "Rejecting event because of V0 BG flag");
643           }
644         else
645           AliDebug(AliLog::kDebug, Form("Rejecting event because trigger logic %d is not fulfilled", triggerLogic));
646       }
647     }
648   }
649  
650   if (accept)
651     AliDebug(AliLog::kDebug, Form("Accepted event as collision candidate with bit mask %d", accept));
652   
653   return accept;
654 }
655
656
657 // const char * AliPhysicsSelection::GetFillingScheme(UInt_t runNumber)  {
658
659 //   if(fMC) return "MC";
660
661 //   if      (runNumber >= 104065 && runNumber <= 104160) {
662 //     return "4x4a";
663 //   } 
664 //   else if (runNumber >= 104315 && runNumber <= 104321) {
665 //     return "4x4a*";
666 //   }
667 //   else if (runNumber >= 104792 && runNumber <= 104803) {
668 //     return "4x4b";
669 //   }
670 //   else if (runNumber >= 104824 && runNumber <= 104892) {
671 //     return "4x4c";
672 //   }
673 //   else if (runNumber == 105143 || runNumber == 105160) {
674 //     return "16x16a";
675 //   }
676 //   else if (runNumber >= 105256 && runNumber <= 105268) {
677 //     return "4x4c";
678 //   } 
679 //   else if (runNumber >= 114786 && runNumber <= 116684) {
680 //     return "Single_2b_1_1_1";
681 //   }
682 //   else if (runNumber >= 117048 && runNumber <= 117120) {
683 //     return "Single_3b_2_2_2";
684 //   }
685 //   else if (runNumber >= 117220 && runNumber <= 119163) {
686 //     return "Single_2b_1_1_1";
687 //   }
688 //   else if (runNumber >= 119837 && runNumber <= 119862) {
689 //     return "Single_4b_2_2_2";
690 //   }
691 //   else if (runNumber >= 119902 && runNumber <= 120691) {
692 //     return "Single_6b_3_3_3";
693 //   }
694 //   else if (runNumber >= 120741 && runNumber <= 122375) {
695 //     return "Single_13b_8_8_8";
696 //   }
697 //   else if (runNumber >= 130148 && runNumber <= 130375) {
698 //     return "125n_48b_36_16_36";
699 //   } 
700 //   else if (runNumber >= 130601 && runNumber <= 130640) {
701 //     return "1000ns_50b_35_14_35";
702 //   }
703 //   else {
704 //     AliError(Form("Unknown filling scheme (run %d)", runNumber));
705 //   }
706
707 //   return "Unknown";
708 // }
709
710 // const char * AliPhysicsSelection::GetBXIDs(UInt_t runNumber, const char * trigger)  {
711
712 //   if (!fUseBXNumbers || fMC) return "";
713
714 //   if      (runNumber >= 104065 && runNumber <= 104160) {
715 //     if     (!strcmp("CINT1B-ABCE-NOPF-ALL",trigger)) return " #2128 #3019";
716 //     else if(!strcmp("CINT1A-ABCE-NOPF-ALL",trigger)) return " #346 #3465";
717 //     else if(!strcmp("CINT1C-ABCE-NOPF-ALL",trigger)) return " #1234 #1680";
718 //     else if(!strcmp("CINT1-E-NOPF-ALL",trigger))     return " #790";
719 //     //    else AliError(Form("Unknown trigger: %s", trigger));
720 //   } 
721 //   else if (runNumber >= 104315 && runNumber <= 104321) {
722 //     if     (!strcmp("CINT1B-ABCE-NOPF-ALL",trigger)) return " #2000 #2891";
723 //     else if(!strcmp("CINT1A-ABCE-NOPF-ALL",trigger)) return " #218 #3337";
724 //     else if(!strcmp("CINT1C-ABCE-NOPF-ALL",trigger)) return " #1106 #1552";
725 //     else if(!strcmp("CINT1-E-NOPF-ALL",trigger))     return " #790";
726 //     //    else AliError(Form("Unknown trigger: %s", trigger));
727 //   }
728 //   else if (runNumber >= 104792 && runNumber <= 104803) {
729 //     if     (!strcmp("CINT1B-ABCE-NOPF-ALL",trigger)) return " #2228 #3119";
730 //     else if(!strcmp("CINT1A-ABCE-NOPF-ALL",trigger)) return " #2554 #446";
731 //     else if(!strcmp("CINT1C-ABCE-NOPF-ALL",trigger)) return " #1334 #769";
732 //     else if(!strcmp("CINT1-E-NOPF-ALL",trigger))     return " #790";
733 //     //    else AliError(Form("Unknown trigger: %s", trigger));
734 //   }
735 //   else if (runNumber >= 104824 && runNumber <= 104892) {
736 //     if     (!strcmp("CINT1B-ABCE-NOPF-ALL",trigger)) return " #3119 #769";
737 //     else if(!strcmp("CINT1A-ABCE-NOPF-ALL",trigger)) return " #2554 #446";
738 //     else if(!strcmp("CINT1C-ABCE-NOPF-ALL",trigger)) return " #1334 #2228";
739 //     else if(!strcmp("CINT1-E-NOPF-ALL",trigger))     return " #790";
740 //     //    else AliError(Form("Unknown trigger: %s", trigger));
741 //   }
742 //   else if (runNumber == 105143 || runNumber == 105160) {
743 //     if     (!strcmp("CINT1B-ABCE-NOPF-ALL",trigger)) return " #1337 #1418 #2228 #2309 #3119 #3200 #446 #527";
744 //     else if(!strcmp("CINT1A-ABCE-NOPF-ALL",trigger)) return " #1580  #1742  #1904  #2066  #2630  #2792  #2954  #3362";
745 //     else if(!strcmp("CINT1C-ABCE-NOPF-ALL",trigger)) return "  #845  #1007  #1169   #1577 #3359 #3521 #119  #281 ";
746 //     else if(!strcmp("CINT1-E-NOPF-ALL",trigger))     return " #790";
747 //     //    else AliError(Form("Unknown trigger: %s", trigger));
748 //   }
749 //   else if (runNumber >= 105256 && runNumber <= 105268) {
750 //     if     (!strcmp("CINT1B-ABCE-NOPF-ALL",trigger)) return " #3019 #669";
751 //     else if(!strcmp("CINT1A-ABCE-NOPF-ALL",trigger)) return " #2454 #346";
752 //     else if(!strcmp("CINT1C-ABCE-NOPF-ALL",trigger)) return " #1234 #2128";
753 //     else if(!strcmp("CINT1-E-NOPF-ALL",trigger))     return " #790";
754 //     //    else AliError(Form("Unknown trigger: %s", trigger));
755 //   } else if (runNumber >= 114786 && runNumber <= 116684) { // 7 TeV 2010, assume always the same filling scheme
756 //     if     (!strcmp("CINT1B-ABCE-NOPF-ALL",trigger)) return " #346";
757 //     else if(!strcmp("CINT1A-ABCE-NOPF-ALL",trigger)) return " #2131";
758 //     else if(!strcmp("CINT1C-ABCE-NOPF-ALL",trigger)) return " #3019";
759 //     else if(!strcmp("CINT1-E-NOPF-ALL",trigger))     return " #1238";
760 //     //    else AliError(Form("Unknown trigger: %s", trigger));
761 //   }
762 //   else if (runNumber >= 117048 && runNumber <= 117120) {
763 //     //    return "Single_3b_2_2_2";
764 //    if      (!strcmp("CINT1B-ABCE-NOPF-ALL",trigger)) return "   #346  #1240 ";
765 //    else if (!strcmp("CINT1A-ABCE-NOPF-ALL",trigger)) return "   #2131 ";
766 //    else if (!strcmp("CINT1C-ABCE-NOPF-ALL",trigger)) return "   #3019 ";
767 //    else if (!strcmp("CINT1-E-NOPF-ALL",trigger)) return " #1238";
768 //    //   else AliError(Form("Unknown trigger: %s", trigger));
769
770 //   }
771 //   else if ((runNumber >= 117220 && runNumber <= 118555) || (runNumber >= 118784 && runNumber <= 119163)) 
772 //   {
773 //     //    return "Single_2b_1_1_1";
774 //     if      (!strcmp("CINT1B-ABCE-NOPF-ALL",trigger)) return "   #346 ";
775 //     else if (!strcmp("CINT1A-ABCE-NOPF-ALL",trigger)) return "   #2131 ";
776 //     else if (!strcmp("CINT1C-ABCE-NOPF-ALL",trigger)) return "   #3019 ";
777 //     else if (!strcmp("CINT1-E-NOPF-ALL",trigger)) return " #1238 ";
778 //     //    else AliError(Form("Unknown trigger: %s", trigger));                                                   
779 //   }
780 //   else if (runNumber >= 118556 && runNumber <= 118783) {
781 //     //    return "Single_2b_1_1_1"; 
782 //     // same as previous but was misaligned by 1 BX in fill 1069
783 //     if      (!strcmp("CINT1B-ABCE-NOPF-ALL",trigger)) return "   #345 ";
784 //     else if (!strcmp("CINT1A-ABCE-NOPF-ALL",trigger)) return "   #2130 ";
785 //     else if (!strcmp("CINT1C-ABCE-NOPF-ALL",trigger)) return "   #3018 ";
786 //     else if (!strcmp("CINT1-E-NOPF-ALL",trigger)) return " #1238 ";
787 //     //    else AliError(Form("Unknown trigger: %s", trigger));                                                   
788 //   }
789 //   else if (runNumber >= 119837 && runNumber <= 119862) {
790 //     //    return "Single_4b_2_2_2";
791 //     if      (!strcmp("CINT1B-ABCE-NOPF-ALL",trigger)) return "   #669  #3019 ";
792 //     else if (!strcmp("CINT1A-ABCE-NOPF-ALL",trigger)) return "   #346  #2454 ";
793 //     else if (!strcmp("CINT1C-ABCE-NOPF-ALL",trigger)) return "   #1234  #2128 ";
794 //     else if (!strcmp("CINT1-E-NOPF-ALL",trigger)) return " #1681 #3463";
795 //     //    else AliError(Form("Unknown trigger: %s", trigger));
796
797 //   }
798 //   else if (runNumber >= 119902 && runNumber <= 120691) {
799 //     //    return "Single_6b_3_3_3";
800 //     if      (!strcmp("CINT1B-ABCE-NOPF-ALL",trigger)) return "   #346  #546  #746 ";
801 //     else if (!strcmp("CINT1A-ABCE-NOPF-ALL",trigger)) return "   #2131  #2331  #2531 ";
802 //     else if (!strcmp("CINT1C-ABCE-NOPF-ALL",trigger)) return "   #3019  #3219  #3419 ";
803 //     else if (!strcmp("CINT1-E-NOPF-ALL",trigger)) return " #1296 #1670";
804 //     //    else AliError(Form("Unknown trigger: %s", trigger));
805 //   }
806 //   else if (runNumber >= 120741 && runNumber <= 122375) {
807 //     //    return "Single_13b_8_8_8";
808 //     if      (!strcmp("CINT1B-ABCE-NOPF-ALL",trigger)) return "   #346  #446  #546  #646  #1240  #1340  #1440  #1540 ";
809 //     else if (!strcmp("CINT1A-ABCE-NOPF-ALL",trigger)) return "   #946  #2131  #2231  #2331  #2431 ";
810 //     else if (!strcmp("CINT1C-ABCE-NOPF-ALL",trigger)) return "   #3019  #3119  #3219  #3319  #3519 ";
811 //     else if (!strcmp("CINT1-E-NOPF-ALL",trigger)) return " #1835 #2726";
812 //     //    else AliError(Form("Unknown trigger: %s", trigger));
813     
814 //   } 
815 //   else if (runNumber >= 130148 && runNumber <= 130375) {
816 //     TString triggerString = trigger;
817 //     static TString returnString = " ";
818 //     returnString = "";
819 //     if (triggerString.Contains("B")) returnString += "   #346  #396  #446  #496  #546  #596  #646  #696  #1240  #1290  #1340  #1390  #1440  #1490  #1540  #1590 ";
820 //     if (triggerString.Contains("A")) returnString += "   #755  #805  #855  #905  #955  #1005  #1799  #1849  #1899  #2131  #2181  #2231  #2281  #2331  #2381  #2431  #2481  #2531  #2581  #2631  #2846  #3016  #3066  #3116  #3166  #3216  #3266  #3316  #3366  #3425  #3475  #3525 ";
821 //     if (triggerString.Contains("C")) returnString += "   #3019  #3069  #3119  #3169  #3219  #3269  #3319  #3369  #14  #64  #114  #746  #796  #846  #908  #958  #1008  #1640  #1690  #1740  #2055  #2125  #2175  #2225  #2275  #2325  #2375  #2425  #2475  #2534  #2584  #2634 ";
822 //     // Printf("0x%x",returnString.Data());
823 //     // Printf("%s",returnString.Data());
824 //     return returnString.Data();
825 //   } 
826 //   else if (runNumber >= 130601 && runNumber <= 130640) {
827 //     TString triggerString = trigger;
828 //     static TString returnString = " ";
829 //     returnString = "";
830 //     if (triggerString.Contains("B")) returnString += "  #346  #386  #426  #466  #506  #546  #586  #1240  #1280  #1320  #1360  #1400  #1440  #1480 ";
831 //     if (triggerString.Contains("A")) returnString += "  #626  #666  #706  #746  #786  #826  #866  #1520  #1560  #1600  #1640  #1680  #1720  #1760  #2076  #2131  #2171  #2211  #2251  #2291  #2331  #2371  #2414  #2454  #2494  #2534  #2574  #2614  #2654  #2694  #2734  #2774  #2814 "; //#2854  #2894  #2934 not present in this run
832 //     if (triggerString.Contains("C")) returnString += "  #3019  #3059  #3099  #3139  #3179  #3219  #3259  #3299  #3339  #3379  #3419  #3459  #3499  #3539  #115  #629  #669  #709  #749  #789  #829  #869  #909  #949  #989  #1029  #1069  #1109  #1149  #1523  #1563  #1603  #1643 "; //#1683  #1723  #1763 not present in this run
833 //     return returnString.Data();
834 //   }
835
836 //   else {
837 //     AliWarning(Form("Unknown run %d, using all BXs!",runNumber));
838 //   }
839
840 //   return "";
841 // }
842
843 Bool_t AliPhysicsSelection::Initialize(const AliESDEvent* aEsd)
844 {
845   // initializes the object for the given ESD
846   
847   AliInfo(Form("Initializing for beam type: %s", aEsd->GetESDRun()->GetBeamType()));
848   fIsPP = kTRUE;
849   if (strcmp(aEsd->GetESDRun()->GetBeamType(), "Pb-Pb") == 0)
850     fIsPP = kFALSE;
851
852   return Initialize(aEsd->GetRunNumber());
853 }
854
855 Bool_t AliPhysicsSelection::Initialize(Int_t runNumber)
856 {
857   // initializes the object for the given run  
858
859
860   Bool_t oldStatus = TH1::AddDirectoryStatus();
861   TH1::AddDirectory(kFALSE);
862
863   /// Open OADB file and fetch OADB objects
864   TString oadbfilename = AliPhysicsSelection::GetOADBFileName();
865
866   TFile * foadb = new TFile (oadbfilename); 
867   if(!foadb->IsOpen()) AliFatal(Form("Cannot open OADB file %s", oadbfilename.Data()));
868
869
870   if(!fPSOADB || !fUsingCustomClasses) { // if it's already set and custom class is required, we use the one provided by the user
871     AliInfo("Using Standard OADB");
872     AliOADBContainer * psContainer = (AliOADBContainer*) foadb->Get("physSel");
873     if (!psContainer) AliFatal("Cannot fetche OADB container for Physics selection");
874     fPSOADB = (AliOADBPhysicsSelection*) psContainer->GetObject(runNumber, fIsPP ? "DefaultPP" : "DefaultPbPb");
875     if (!fPSOADB) AliFatal(Form("Cannot find physics selection object for run %d", runNumber));
876   } else {
877     AliInfo("Using Custom OADB");
878   }
879   if(!fFillOADB || !fUsingCustomClasses) { // if it's already set and custom class is required, we use the one provided by the user
880     AliOADBContainer * fillContainer = (AliOADBContainer*) foadb->Get("fillScheme");
881     if (!fillContainer) AliFatal("Cannot fetche OADB container for filling scheme");
882     fFillOADB = (AliOADBFillingScheme*) fillContainer->GetObject(runNumber, "Default");
883     if (!fFillOADB) AliFatal(Form("Cannot find  filling scheme object for run %d", runNumber));
884   }
885
886   
887   if(!fBin0CallBack) 
888     AliError("Bin0 Callback not set: will not fill the statistics for the bin 0");
889
890   if (fMC) {
891     // override BX and bg options in case of MC
892     fComputeBG    = kFALSE;
893     fUseBXNumbers = kFALSE;
894   }
895
896   // FIXME: think how to implement this check with the OADB, trigger scheme is not a int number here 
897   // Int_t triggerScheme = GetTriggerScheme(runNumber);
898   // if (!fUsingCustomClasses && fCurrentRun != -1 && triggerScheme != GetTriggerScheme(fCurrentRun))
899   //   AliFatal("Processing several runs with different trigger schemes is not supported");
900   
901   if(fComputeBG && fCurrentRun != -1 && fCurrentRun != runNumber) 
902     AliFatal("Cannot process several runs because BG computation is requested");
903
904   if(fComputeBG && !fUseBXNumbers) 
905     AliFatal("Cannot compute BG if BX numbers are not used");
906   
907   if(fUseBXNumbers && fFillingScheme != "" && fFillingScheme != fFillOADB->GetFillingSchemeName())
908     AliFatal("Cannot process runs with different filling scheme if usage of BX numbers is requested");
909
910   fFillingScheme      = fFillOADB->GetFillingSchemeName();
911
912   AliInfo(Form("Initializing for run %d", runNumber));
913   
914   // initialize first time?
915   if (fCurrentRun == -1)
916   {
917     const UInt_t ntriggerBits = fPSOADB->GetNTriggerBits(); // FIXME!
918     for(UInt_t ibit = 0; ibit < ntriggerBits; ibit++){
919       
920       TIterator * collIter = fPSOADB->GetCollTrigClass(ibit)->MakeIterator();
921       TIterator * bgIter   = fPSOADB->GetBGTrigClass(ibit)->MakeIterator();
922       TObjString * obj = 0;
923       while((obj = (TObjString*) collIter->Next())){
924         if (obj->String() != "") {
925           fCollTrigClasses.Add(new TObjString(GetTriggerString(obj)));
926         }
927       }
928       // BG classes only make sense for real data
929       if(!fMC) {
930         obj = 0 ;
931         while((obj = (TObjString*) bgIter->Next())){
932           if (obj->String() != "") {
933             fBGTrigClasses.Add(new TObjString(GetTriggerString(obj)));
934           }
935         }
936       }
937
938     }
939     // not sure how to handle this in the case of > x cuts
940     // // Book the token histo with the tokens actually used here!
941     // // 1. Cache the tokens
942     // for(UInt_t ibit = 0; ibit < ntriggerBits; ibit++){
943     //  EvaluateTriggerLogic(0,0, fPSOADB->GetHardwareTrigger(ibit), 0);
944     //  EvaluateTriggerLogic(0,0, fPSOADB->GetOfflineTrigger(ibit),  1);
945     // }
946     // // 2. Book the histogram
947     // if (!fHistStatisticsTokens) {
948     //  Int_t ntokens = fCashedTokens->GetEntries();
949     //  Int_t count = fCollTrigClasses->GetEntries() + fBGTrigClasses->GetEntries();
950     //  fHistStatisticsTokens = new TH2F("fHistStatisticsTokens", "fHistStatisticsTokens", ntokens + 2, 0.5, ntokens+2+0.5, count, -0.5, -0.5 + count);
951         
952     //  Int_t nrow = 0;
953     //  fHistStatisticsTokens->GetXaxis()->SetBinLabel(nrow++,  "Trigger class");
954     //  for(Int_t itoken = 0; itoken < ntoken; itoken++){
955     //    TParameter<Int_t> * param = fCashedTokens->At(itoken);
956     //    fHistStatisticsTokens->GetXaxis()->SetBinLabel(nrow++,  param->GetName());      
957     //  }
958         
959     //  fHistStatisticsTokens->GetXaxis()->SetBinLabel(nrow++,      "Accepted");
960
961     // }
962
963     
964     
965     // TODO: 
966     // Add a new statistics histo containing only the tokens actually used in the selection
967
968     Int_t count = fCollTrigClasses.GetEntries() + fBGTrigClasses.GetEntries();
969     
970     for (Int_t i=0; i<count; i++)
971     {
972       
973       AliTriggerAnalysis* triggerAnalysis = new AliTriggerAnalysis;
974       triggerAnalysis->SetAnalyzeMC(fMC);
975       triggerAnalysis->EnableHistograms();
976       triggerAnalysis->SetSPDGFOThreshhold(1);
977       triggerAnalysis->SetDoFMD(kFALSE);
978       fTriggerAnalysis.Add(triggerAnalysis);
979     }
980
981     
982     // TODO: shall I really delete this?
983     if (fHistStatistics[0])
984       delete fHistStatistics[0];
985     if (fHistStatistics[1])
986       delete fHistStatistics[1];
987   
988     fHistStatistics[kStatIdxBin0] = BookHistStatistics("_Bin0");
989     fHistStatistics[kStatIdxAll]  = BookHistStatistics("");
990     
991
992     if (fHistBunchCrossing)
993       delete fHistBunchCrossing;
994   
995     fHistBunchCrossing = new TH2F("fHistBunchCrossing", "fHistBunchCrossing;bunch crossing number;", 4000, -0.5, 3999.5,  count, -0.5, -0.5 + count);
996
997     // TODO: remove fHistTriggerPattern
998     if (fHistTriggerPattern)
999       delete fHistTriggerPattern;
1000     
1001     const int ntrig=3;
1002     Int_t n = 1;
1003     const Int_t nbinTrig = TMath::Nint(TMath::Power(2,ntrig));
1004
1005     fHistTriggerPattern = new TH1F("fHistTriggerPattern", "Trigger pattern: FO + 2*v0A + 4*v0C", 
1006                                    nbinTrig, -0.5, nbinTrig-0.5);    
1007     fHistTriggerPattern->GetXaxis()->SetBinLabel(1,"NO TRIG");
1008     fHistTriggerPattern->GetXaxis()->SetBinLabel(2,"FO");
1009     fHistTriggerPattern->GetXaxis()->SetBinLabel(3,"v0A");
1010     fHistTriggerPattern->GetXaxis()->SetBinLabel(4,"FO & v0A");
1011     fHistTriggerPattern->GetXaxis()->SetBinLabel(5,"v0C");
1012     fHistTriggerPattern->GetXaxis()->SetBinLabel(6,"FO & v0C");
1013     fHistTriggerPattern->GetXaxis()->SetBinLabel(7,"v0A & v0C");
1014     fHistTriggerPattern->GetXaxis()->SetBinLabel(8,"FO & v0A & v0C");
1015
1016   
1017     n = 1;
1018     for (Int_t i=0; i < fCollTrigClasses.GetEntries(); i++)
1019     {
1020       
1021       fHistBunchCrossing->GetYaxis()->SetBinLabel(n, ((TObjString*) fCollTrigClasses.At(i))->String());
1022       n++;
1023     }
1024     for (Int_t i=0; i < fBGTrigClasses.GetEntries(); i++)
1025     {
1026       
1027       fHistBunchCrossing->GetYaxis()->SetBinLabel(n, ((TObjString*) fBGTrigClasses.At(i))->String());
1028       n++;
1029     }
1030
1031     
1032
1033   }
1034     
1035   Int_t count = fCollTrigClasses.GetEntries() + fBGTrigClasses.GetEntries();
1036   for (Int_t i=0; i<count; i++)
1037   {
1038     
1039     AliTriggerAnalysis* triggerAnalysis = static_cast<AliTriggerAnalysis*> (fTriggerAnalysis.At(i));
1040   
1041     switch (runNumber)
1042     {
1043       case 104315:
1044       case 104316:
1045       case 104320:
1046       case 104321:
1047       case 104439:
1048         triggerAnalysis->SetV0TimeOffset(7.5);
1049         break;
1050       default:
1051         triggerAnalysis->SetV0TimeOffset(0);
1052     }
1053   }
1054     
1055   fCurrentRun = runNumber;
1056   
1057   TH1::AddDirectory(oldStatus);
1058   
1059   
1060   return kTRUE;
1061 }
1062
1063 TH2F * AliPhysicsSelection::BookHistStatistics(const char * tag) {
1064   // add 6 rows to count for the estimate of good, accidentals and
1065   // BG and the ratio of BG and accidentals to total +ratio goot to
1066   // first col + 2 for error on good.
1067   // TODO: Remember the the indexes of rows for the BG selection. Add new member fBGRows[] and use kStat as indexes
1068
1069   Int_t count = fCollTrigClasses.GetEntries() + fBGTrigClasses.GetEntries();
1070 #ifdef VERBOSE_STAT
1071   Int_t extrarows = fComputeBG != 0 ? 11 : 0;
1072 #else
1073   Int_t extrarows = fComputeBG != 0 ? 6 : 0;
1074 #endif
1075   TH2F * h = new TH2F(Form("fHistStatistics%s",tag), Form("fHistStatistics - %s ;;",tag), kStatAccepted, 0.5, kStatAccepted+0.5, count+extrarows, -0.5, -0.5 + count+extrarows);
1076
1077   h->GetXaxis()->SetBinLabel(kStatTriggerClass,  "Trigger class");
1078   h->GetXaxis()->SetBinLabel(kStatHWTrig,        "Hardware trigger");
1079   h->GetXaxis()->SetBinLabel(kStatFO1,           "FO >= 1");
1080   h->GetXaxis()->SetBinLabel(kStatFO2,           "FO >= 2");
1081   h->GetXaxis()->SetBinLabel(kStatFO2L1,         "FO (L1) >= 2");
1082   h->GetXaxis()->SetBinLabel(kStatV0A,           "V0A");
1083   h->GetXaxis()->SetBinLabel(kStatV0C,           "V0C");
1084   h->GetXaxis()->SetBinLabel(kStatFMD,           "FMD");
1085   h->GetXaxis()->SetBinLabel(kStatV0ABG,         "V0A BG");
1086   h->GetXaxis()->SetBinLabel(kStatV0CBG,         "V0C BG");
1087   h->GetXaxis()->SetBinLabel(kStatZDCA,          "ZDCA");
1088   h->GetXaxis()->SetBinLabel(kStatZDCC,          "ZDCC");
1089   h->GetXaxis()->SetBinLabel(kStatZDCAC,         "ZDCA & ZDCC");
1090   h->GetXaxis()->SetBinLabel(kStatZDCTime,       "ZDC Time Cut");
1091   h->GetXaxis()->SetBinLabel(kStatMB1,           "(FO >= 1 | V0A | V0C) & !V0 BG");
1092   h->GetXaxis()->SetBinLabel(kStatMB1Prime,      "(FO >= 2 | (FO >= 1 & (V0A | V0C)) | (V0A &v0C) ) & !V0 BG");
1093   //h->GetXaxis()->SetBinLabel(kStatFO1AndV0,    "FO >= 1 & (V0A | V0C) & !V0 BG");
1094   h->GetXaxis()->SetBinLabel(kStatV0,            "V0A & V0C & !V0 BG & !BG ID");
1095   h->GetXaxis()->SetBinLabel(kStatOffline,       "Offline Trigger");
1096   //h->GetXaxis()->SetBinLabel(kStatAny2Hits,    "2 Hits & !V0 BG");
1097   h->GetXaxis()->SetBinLabel(kStatBG,            "Background identification");
1098   h->GetXaxis()->SetBinLabel(kStatAccepted,      "Accepted");
1099
1100   Int_t n = 1;
1101   for (Int_t i=0; i < fCollTrigClasses.GetEntries(); i++)
1102     {
1103       h->GetYaxis()->SetBinLabel(n, ((TObjString*) fCollTrigClasses.At(i))->String());
1104       n++;
1105     }
1106   for (Int_t i=0; i < fBGTrigClasses.GetEntries(); i++)
1107     {
1108       h->GetYaxis()->SetBinLabel(n, ((TObjString*) fBGTrigClasses.At(i))->String());
1109       n++;
1110     }
1111
1112   if(fComputeBG) {
1113     fBGStatOffset = n;
1114     h->GetYaxis()->SetBinLabel(n++, "All B");
1115     h->GetYaxis()->SetBinLabel(n++, "All A+C");
1116     h->GetYaxis()->SetBinLabel(n++, "All E");
1117     h->GetYaxis()->SetBinLabel(n++, Form("BG (A+C) (Mask [0x%x])", fComputeBG));
1118     h->GetYaxis()->SetBinLabel(n++, "ACC");
1119 #ifdef VERBOSE_STAT
1120     h->GetYaxis()->SetBinLabel(n++, "BG (A+C) %  (rel. to CINT1B)");
1121     h->GetYaxis()->SetBinLabel(n++, "ACC % (rel. to CINT1B)");
1122     h->GetYaxis()->SetBinLabel(n++, "ERR GOOD %");
1123     h->GetYaxis()->SetBinLabel(n++, "GOOD % (rel. to 1st col)");
1124     h->GetYaxis()->SetBinLabel(n++, "ERR GOOD");
1125 #endif
1126     h->GetYaxis()->SetBinLabel(n++, "GOOD");
1127   }
1128
1129   return h;
1130 }
1131
1132 void AliPhysicsSelection::Print(const Option_t *option) const
1133 {
1134   // print the configuration
1135   TString msg;
1136   Printf("Configuration initialized for run %d (MC: %d):", fCurrentRun, fMC);
1137   msg += Form("Configuration initialized for run %d (MC: %d):\n", fCurrentRun, fMC);
1138   
1139   Printf("Collision trigger classes:");
1140   for (Int_t i=0; i < fCollTrigClasses.GetEntries(); i++)
1141     Printf("%s", ((TObjString*) fCollTrigClasses.At(i))->String().Data());
1142   
1143   Printf("Background trigger classes:");
1144   for (Int_t i=0; i < fBGTrigClasses.GetEntries(); i++)
1145     Printf("%s", ((TObjString*) fBGTrigClasses.At(i))->String().Data());
1146
1147   AliTriggerAnalysis* triggerAnalysis = dynamic_cast<AliTriggerAnalysis*> (fTriggerAnalysis.At(0));
1148   
1149   if (triggerAnalysis)
1150   {
1151     if (triggerAnalysis->GetV0TimeOffset() > 0)
1152       Printf("V0 time offset active: %.2f ns", triggerAnalysis->GetV0TimeOffset());
1153     
1154     Printf("\nTotal available events:");
1155     
1156     triggerAnalysis->PrintTriggerClasses();
1157   }
1158   
1159   if (fHistStatistics[kStatIdxAll])
1160   {
1161     for (Int_t i=0; i<fCollTrigClasses.GetEntries(); i++)
1162     {
1163       Printf("\nSelection statistics for collision trigger %s:", ((TObjString*) fCollTrigClasses.At(i))->String().Data());
1164       msg += Form("\nSelection statistics for collision trigger %s:\n", ((TObjString*) fCollTrigClasses.At(i))->String().Data());
1165       
1166       Printf("Total events with correct trigger class: %d", (Int_t) fHistStatistics[kStatIdxAll]->GetBinContent(1, i+1));
1167       msg += Form("Total events with correct trigger class: %d\n", (Int_t) fHistStatistics[kStatIdxAll]->GetBinContent(1, i+1));
1168       Printf("Selected collision candidates: %d", (Int_t) fHistStatistics[kStatIdxAll]->GetBinContent(fHistStatistics[kStatIdxAll]->GetXaxis()->FindBin("Accepted"), i+1));
1169       msg += Form("Selected collision candidates: %d\n", (Int_t) fHistStatistics[kStatIdxAll]->GetBinContent(fHistStatistics[kStatIdxAll]->GetXaxis()->FindBin("Accepted"), i+1));
1170     }
1171   }
1172   
1173   if (fHistBunchCrossing)
1174   {
1175     Printf("\nBunch crossing statistics:");
1176     msg += "\nBunch crossing statistics:\n";
1177     
1178     for (Int_t i=1; i<=fHistBunchCrossing->GetNbinsY(); i++)
1179     {
1180       TString str;
1181       str.Form("Trigger %s has events in the bunch crossings: ", fHistBunchCrossing->GetYaxis()->GetBinLabel(i));
1182       
1183       for (Int_t j=1; j<=fHistBunchCrossing->GetNbinsX(); j++)
1184         if (fHistBunchCrossing->GetBinContent(j, i) > 0)
1185           str += Form("%d, ", (Int_t) fHistBunchCrossing->GetXaxis()->GetBinCenter(j));
1186              
1187       Printf("%s", str.Data());
1188       msg += str;
1189       msg += "\n";
1190     }
1191     
1192     for (Int_t j=1; j<=fHistBunchCrossing->GetNbinsX(); j++)
1193     {
1194       Int_t countColl = 0;
1195       Int_t countBG = 0;
1196       for (Int_t i=1; i<=fHistBunchCrossing->GetNbinsY(); i++)
1197       {
1198         if (fHistBunchCrossing->GetBinContent(j, i) > 0)
1199         {
1200           if (fCollTrigClasses.FindObject(fHistBunchCrossing->GetYaxis()->GetBinLabel(i)))
1201             countColl++;
1202           if (fBGTrigClasses.FindObject(fHistBunchCrossing->GetYaxis()->GetBinLabel(i)))
1203             countBG++;
1204         }
1205       }
1206       if (countColl > 0 && countBG > 0)
1207         Printf("WARNING: Bunch crossing %d has collision and BG trigger classes active. Check BPTX functioning for this run!", (Int_t) fHistBunchCrossing->GetXaxis()->GetBinCenter(j));
1208     }
1209   }
1210
1211   if (fUsingCustomClasses)        
1212     Printf("WARNING: Using custom trigger classes!");
1213   if (fSkipTriggerClassSelection) 
1214     Printf("WARNING: Skipping trigger class selection!");
1215   if (fSkipV0) 
1216     Printf("WARNING: Ignoring V0 information in selection");
1217   if(!fBin0CallBack) 
1218     Printf("WARNING: Callback not set: will not fill the statistics for the bin 0");
1219   TString opt(option);
1220   opt.ToUpper();
1221   if (opt == "STAT") {
1222      AliAnalysisManager *mgr = AliAnalysisManager::GetAnalysisManager();
1223      if (mgr) mgr->AddStatisticsMsg(msg);
1224   }
1225 }
1226
1227 Long64_t AliPhysicsSelection::Merge(TCollection* list)
1228 {
1229   // Merge a list of AliMultiplicityCorrection objects with this (needed for
1230   // PROOF).
1231   // Returns the number of merged objects (including this).
1232
1233   if (!list)
1234     return 0;
1235
1236   if (list->IsEmpty())
1237     return 1;
1238
1239   TIterator* iter = list->MakeIterator();
1240   TObject* obj;
1241   
1242   // collections of all histograms
1243   const Int_t nHists = 9;
1244   TList collections[nHists];
1245
1246   Int_t count = 0;
1247   while ((obj = iter->Next())) {
1248
1249     AliPhysicsSelection* entry = dynamic_cast<AliPhysicsSelection*> (obj);
1250     if (entry == 0) 
1251       continue;
1252     // Update run number. If this one is not initialized (-1) take the one from 
1253     // the next physics selection to be merged with. In case of 2 different run
1254     // numbers issue a warning (should physics selections from different runs be 
1255     // merged together) A.G.
1256     Int_t currentRun = entry->GetCurrentRun();
1257     // Nothing to merge with since run number was not initialized.
1258     if (currentRun < 0) continue;
1259     if (fCurrentRun < 0) 
1260     {
1261       fCurrentRun = currentRun;
1262       fMC = entry->fMC;
1263       for (Int_t i=0; i<entry->fCollTrigClasses.GetEntries(); i++)
1264         fCollTrigClasses.Add(entry->fCollTrigClasses.At(i)->Clone());
1265       for (Int_t i=0; i<entry->fBGTrigClasses.GetEntries(); i++)
1266         fBGTrigClasses.Add(entry->fBGTrigClasses.At(i)->Clone());
1267     }
1268     if (fCurrentRun != currentRun)
1269        AliWarning(Form("Current run %d not matching the one to be merged with %d", fCurrentRun, currentRun));
1270
1271     // With the same strategy update fBGStatOffset
1272     Int_t bgstatoffset = entry->GetBGStatOffset();
1273     
1274     // Nothing to merge with since run number was not initialized.
1275     if (bgstatoffset < 0) continue;
1276     if (fBGStatOffset < 0) 
1277     {
1278       fBGStatOffset = bgstatoffset;
1279     }
1280     if (fBGStatOffset != bgstatoffset)
1281        AliWarning(Form("Current run %d not matching the one to be merged with %d", fBGStatOffset, bgstatoffset));
1282     
1283
1284     
1285     // Merge the OADBs (Take just the first instance you find
1286     if (!fPSOADB) {
1287       fPSOADB = (AliOADBPhysicsSelection*) entry->GetOADBPhysicsSelection()->Clone();
1288     }
1289     if (!fFillOADB){
1290       fFillOADB = (AliOADBFillingScheme*) entry->GetOADBFillingScheme()->Clone();
1291     }
1292
1293     if (entry->fTriggerAnalysis.GetEntries() > 0)
1294       collections[0].Add(&(entry->fTriggerAnalysis));
1295     if (entry->fHistStatistics[0])
1296       collections[1].Add(entry->fHistStatistics[0]);
1297     if (entry->fHistStatistics[1])
1298       collections[2].Add(entry->fHistStatistics[1]);
1299     // if (entry->fHistStatisticsTokens)
1300     //   collections[3].Add(entry->fHistStatisticsTokens);
1301     if (entry->fHistBunchCrossing)
1302       collections[3].Add(entry->fHistBunchCrossing);
1303     if (entry->fHistTriggerPattern)
1304       collections[4].Add(entry->fHistTriggerPattern);
1305     if (entry->fBackgroundIdentification)
1306       collections[5].Add(entry->fBackgroundIdentification);
1307
1308     count++;
1309   }
1310
1311   if (fTriggerAnalysis.GetEntries() == 0 && collections[0].GetEntries() > 0)
1312   {
1313     TList* firstList = (TList*) collections[0].First();
1314     for (Int_t i=0; i<firstList->GetEntries(); i++)
1315       fTriggerAnalysis.Add(firstList->At(i)->Clone());
1316     
1317     collections[0].RemoveAt(0);
1318   }
1319   fTriggerAnalysis.Merge(&collections[0]);
1320   
1321   // if this instance is empty (not initialized) nothing would be merged here --> copy first entry
1322   if (!fHistStatistics[0] && collections[1].GetEntries() > 0)
1323   {
1324     fHistStatistics[0] = (TH2F*) collections[1].First()->Clone();
1325     collections[1].RemoveAt(0);
1326   }
1327   if (fHistStatistics[0])
1328     fHistStatistics[0]->Merge(&collections[1]);
1329     
1330   if (!fHistStatistics[1] && collections[2].GetEntries() > 0)
1331   {
1332     fHistStatistics[1] = (TH2F*) collections[2].First()->Clone();
1333     collections[2].RemoveAt(0);
1334   }
1335   if (fHistStatistics[1])
1336     fHistStatistics[1]->Merge(&collections[2]);
1337     
1338   if (!fHistBunchCrossing && collections[3].GetEntries() > 0)
1339   {
1340     fHistBunchCrossing = (TH2F*) collections[3].First()->Clone();
1341     collections[3].RemoveAt(0);
1342   }
1343   if (fHistBunchCrossing)
1344     fHistBunchCrossing->Merge(&collections[3]);
1345   
1346   if (!fHistTriggerPattern && collections[4].GetEntries() > 0)
1347   {
1348     fHistTriggerPattern = (TH1F*) collections[4].First()->Clone();
1349     collections[4].RemoveAt(0);
1350   }
1351   if (fHistTriggerPattern)
1352     fHistTriggerPattern->Merge(&collections[4]);
1353   
1354   if (!fBackgroundIdentification && collections[5].GetEntries() > 0)
1355   {
1356     fBackgroundIdentification = (AliAnalysisCuts*) collections[5].First()->Clone();
1357     collections[5].RemoveAt(0);
1358   }
1359   if (fBackgroundIdentification)
1360     fBackgroundIdentification->Merge(&collections[5]);
1361   
1362   delete iter;
1363
1364   return count+1;
1365 }
1366
1367 void AliPhysicsSelection::SaveHistograms(const char* folder) 
1368 {
1369   // write histograms to current directory
1370   
1371   if (!fHistStatistics[0] || !fHistStatistics[1])
1372     return;
1373     
1374   if (folder)
1375   {
1376     gDirectory->mkdir(folder);
1377     gDirectory->cd(folder);
1378   }
1379   
1380
1381   // Fill the last rows of fHistStatistics before saving
1382   if (fComputeBG) {      
1383     AliInfo("BG estimate assumes that for a given run you only have A and C triggers separately or"
1384             " toghether as a AC class! Make sure this assumption holds in your case"); 
1385     
1386     // use an anum for the different trigger classes, to make loops easier to read
1387     enum {kClassB =0 , kClassA, kClassC, kClassAC, kClassE, kNClasses};
1388     const char * classFlags[] = {"B", "A", "C", "AC", "E"}; // labels
1389     
1390     UInt_t * rows[kNClasses] = {0}; // Array of matching rows
1391     Int_t nrows[kNClasses] = {0};
1392     // Get rows matching the requested trigger bits for all trigger classes
1393     for(Int_t iTrigClass = 0; iTrigClass < kNClasses; iTrigClass++){
1394       nrows[iTrigClass] = GetStatRow(classFlags[iTrigClass],fComputeBG,&rows[iTrigClass]);      
1395     }
1396     
1397     // 0. Determine the ratios of triggers E/B, A/B, C/B from the stat histogram
1398     // Those are used to rescale the different classes to the same number of bx ids
1399     // TODO: pass names of the rows for B, CA and E and look names of the rows. How do I handle the case in which both AC are in the same row?         
1400     Int_t nBXIds[kNClasses] = {0};
1401       //      cout <<"Computing BG:" << endl;
1402     
1403     for(Int_t iTrigClass = 0; iTrigClass < kNClasses; iTrigClass++){
1404       for(Int_t irow = 0; irow < nrows[iTrigClass]; irow++) {
1405         if(irow==0) cout << "- Class " << classFlags[iTrigClass] << endl;   
1406         for (Int_t j=1; j<=fHistBunchCrossing->GetNbinsX(); j++) {
1407           if (fHistBunchCrossing->GetBinContent(j, rows[iTrigClass][irow]) > 0) {
1408             nBXIds[iTrigClass]++;        
1409           }
1410         }
1411         if(nBXIds[iTrigClass]>0) cout << "   Using row " << rows[iTrigClass][irow] <<  ": " 
1412                                       << fHistBunchCrossing->GetYaxis()->GetBinLabel(rows[iTrigClass][irow]) 
1413                                       << " (nBXID "<< nBXIds[iTrigClass] << ")"<< endl;
1414
1415       }
1416
1417     }
1418
1419     Float_t ratioToB[kNClasses];
1420     ratioToB[kClassE]  = nBXIds[kClassE]  >0 ? Float_t(nBXIds[kClassB])/nBXIds[kClassE]   : 0;
1421     ratioToB[kClassA]  = nBXIds[kClassA]  >0 ? Float_t(nBXIds[kClassB])/nBXIds[kClassA]   : 0;
1422     ratioToB[kClassC]  = nBXIds[kClassC]  >0 ? Float_t(nBXIds[kClassB])/nBXIds[kClassC]   : 0;
1423     ratioToB[kClassAC] = nBXIds[kClassAC] >0 ? Float_t(nBXIds[kClassB])/nBXIds[kClassAC]  : 0;
1424     Printf("Ratio between the BX ids in the different trigger classes:");
1425     Printf("  B/E  = %d/%d = %f", nBXIds[kClassB],nBXIds[kClassE], ratioToB[kClassE] );
1426     Printf("  B/A  = %d/%d = %f", nBXIds[kClassB],nBXIds[kClassA], ratioToB[kClassA] );
1427     Printf("  B/C  = %d/%d = %f", nBXIds[kClassB],nBXIds[kClassC], ratioToB[kClassC] );
1428     Printf("  B/AC = %d/%d = %f", nBXIds[kClassB],nBXIds[kClassAC],ratioToB[kClassAC]);
1429     Int_t nHistStat = 2;
1430
1431     // 1. loop over all cols
1432     for(Int_t iHistStat = 0; iHistStat < nHistStat; iHistStat++){
1433       Int_t ncol = fHistStatistics[iHistStat]->GetNbinsX();
1434       Float_t good1 = 0;      
1435       for(Int_t icol = 1; icol <= ncol; icol++) {
1436         Int_t nEvents[kNClasses] = {0}; // number of events should be reset at every column
1437         // For all trigger classes, add up over row matching trigger mask (as selected before)
1438         for(Int_t iTrigClass = 0; iTrigClass < kNClasses; iTrigClass++){
1439           for(Int_t irow = 0; irow < nrows[iTrigClass]; irow++) {         
1440             nEvents[iTrigClass] += (Int_t) fHistStatistics[iHistStat]->GetBinContent(icol,rows[iTrigClass][irow]);      
1441           }
1442           //        cout << "Events " << classFlags[iTrigClass] << " ("<<icol<<") " << nEvents[iTrigClass] << endl;         
1443         }
1444         if (nEvents[kClassB]>0) {
1445           Float_t acc  = ratioToB[kClassE]*nEvents[kClassE]; 
1446           Double_t accErr = TMath::Sqrt(ratioToB[kClassE]*ratioToB[kClassE]*nEvents[kClassE]);
1447           //      Int_t bg   = cint1A + cint1C - 2*acc;
1448             
1449           // If intensity measurements are available, they already
1450           // contain the scaling for BX ratios, so we reset the
1451           // ratioToB entries
1452           if(icol == 1) {
1453             if(fBIFactorAC > 0 || fBIFactorA > 0 || fBIFactorC > 0) {
1454               if (fBIFactorAC <= 0 && (fBIFactorA <= 0 || fBIFactorC <= 0)) {
1455                 AliError("Not all intensities set!, assuming equal intensities");
1456                 fBIFactorA  = 1;
1457                 fBIFactorC  = 1;
1458                 fBIFactorAC = 1;
1459               } else {
1460                 AliInfo("Using ratio of number of bunch crossing embedded in the intensity measurements");
1461                 ratioToB[kClassA]  = ratioToB[kClassA]  >0 ? 1  : 0;
1462                 ratioToB[kClassC]  = ratioToB[kClassC]  >0 ? 1  : 0;
1463                 ratioToB[kClassAC] = ratioToB[kClassAC] >0 ? 1  : 0;
1464                 AliInfo(Form(" - BI Factor A:  %f",  fBIFactorA ));
1465                 AliInfo(Form(" - BI Factor C:  %f",  fBIFactorC ));
1466                 AliInfo(Form(" - BI Factor AC: %f",  fBIFactorAC ));
1467                 
1468               }
1469             } else {
1470               AliWarning("Intensities not set!, assuming equal intensities");
1471               fBIFactorA  = 1;
1472               fBIFactorC  = 1;
1473               fBIFactorAC = 1;
1474             }
1475           }
1476           // Assuming that for a given class the triggers are either recorded as A+C or AC
1477           Float_t bg  = nEvents[kClassAC] > 0 ?
1478             fBIFactorAC*(ratioToB[kClassAC]*nEvents[kClassAC] - 2*acc):
1479             fBIFactorA* (ratioToB[kClassA]*nEvents[kClassA]-acc) + 
1480             fBIFactorC* (ratioToB[kClassC]*nEvents[kClassC]-acc) ;
1481
1482           // cout << "-----------------------" << endl;
1483           // cout << "Factors: " << fBIFactorA << " " << fBIFactorC << " " << fBIFactorAC << endl;
1484           // cout << "Ratios: "  << ratioToB[kClassA] << " " << ratioToB[kClassC] << " " << ratioToB[kClassAC] << endl;
1485           // cout << "Evts:   "  << nEvents[kClassA] << " " << nEvents[kClassC] << " " << nEvents[kClassAC] << " " <<  nEvents[kClassB] << endl;
1486           // cout << "Acc: " << acc << endl;
1487           // cout << "BG: " << bg << endl;
1488           // cout  << "  " <<   fBIFactorA* (ratioToB[kClassA]*nEvents[kClassA]-acc) <<endl;
1489           // cout  << "  " <<   fBIFactorC* (ratioToB[kClassC]*nEvents[kClassC]-acc) <<endl;
1490           // cout  << "  " <<   fBIFactorAC*(ratioToB[kClassAC]*nEvents[kClassAC] - 2*acc) << endl;
1491           // cout << "-----------------------" << endl;
1492
1493           Float_t good = Float_t(nEvents[kClassB]) - bg - acc;
1494           if (icol ==1) good1 = good;
1495           //      Float_t errGood     = TMath::Sqrt(2*(nEvents[kClassA]+nEvents[kClassC]+nEvents[kClassE]));// Error on the number of goods assuming only bg fluctuates
1496           //      DeltaG^2 = B + FA^2 A + FC^2 C + Ratio^2 (FA+FC-1)^2 E.
1497           Float_t errGood     = nEvents[kClassAC] > 0 ? 
1498             TMath::Sqrt( nEvents[kClassB] +
1499                          fBIFactorAC*fBIFactorAC*ratioToB[kClassAC]*ratioToB[kClassAC]*nEvents[kClassAC] +
1500                          ratioToB[kClassE] * ratioToB[kClassE] * 
1501                          (fBIFactorAC - 1)*(fBIFactorAC - 1)*nEvents[kClassE]) :  
1502             TMath::Sqrt( nEvents[kClassB] + 
1503                          fBIFactorA*fBIFactorA*ratioToB[kClassA]*ratioToB[kClassA]*nEvents[kClassA] +
1504                          fBIFactorC*fBIFactorC*ratioToB[kClassC]*ratioToB[kClassC]*nEvents[kClassC] +
1505                          ratioToB[kClassE] * ratioToB[kClassE] * 
1506                          (fBIFactorA + fBIFactorC - 1)*(fBIFactorA + fBIFactorC - 1)*nEvents[kClassE]);
1507
1508           Float_t errBG = nEvents[kClassAC] > 0 ? 
1509             TMath::Sqrt(fBIFactorAC*fBIFactorAC*ratioToB[kClassAC]*ratioToB[kClassAC]*nEvents[kClassAC]+
1510                         4*ratioToB[kClassE]*ratioToB[kClassE]*(fBIFactorAC*fBIFactorAC)*nEvents[kClassE]) :
1511             TMath::Sqrt(fBIFactorA*fBIFactorA*ratioToB[kClassA]*ratioToB[kClassA]*nEvents[kClassA]+
1512                         fBIFactorC*fBIFactorC*ratioToB[kClassC]*ratioToB[kClassC]*nEvents[kClassC]+
1513                         ratioToB[kClassE]*ratioToB[kClassE]*(fBIFactorA+fBIFactorC)*(fBIFactorA+fBIFactorC)*nEvents[kClassE]);
1514         
1515         
1516           fHistStatistics[iHistStat]->SetBinContent(icol,fBGStatOffset+kStatRowAllB, nEvents[kClassB]); 
1517           fHistStatistics[iHistStat]->SetBinContent(icol,fBGStatOffset+kStatRowAllAC,nEvents[kClassA]+nEvents[kClassC]+nEvents[kClassAC]);      
1518           fHistStatistics[iHistStat]->SetBinContent(icol,fBGStatOffset+kStatRowAllE, nEvents[kClassE]); 
1519
1520           fHistStatistics[iHistStat]->SetBinContent(icol,fBGStatOffset+kStatRowBG,bg);  
1521           fHistStatistics[iHistStat]->SetBinError  (icol,fBGStatOffset+kStatRowBG,errBG);       
1522           fHistStatistics[iHistStat]->SetBinContent(icol,fBGStatOffset+kStatRowAcc,acc);        
1523           fHistStatistics[iHistStat]->SetBinError  (icol,fBGStatOffset+kStatRowAcc,accErr);     
1524           fHistStatistics[iHistStat]->SetBinContent(icol,fBGStatOffset+kStatRowGood,good);    
1525           fHistStatistics[iHistStat]->SetBinError  (icol,fBGStatOffset+kStatRowGood,errGood);    
1526
1527 #ifdef VERBOSE_STAT
1528           //kStatRowBG=0,kStatRowAcc,kStatRowBGFrac,kStatRowAccFrac,kStatRowErrGoodFrac,kStatRowGoodFrac,kStatRowGood,kStatRowErrGood
1529           Float_t accFrac   = Float_t(acc) / nEvents[kClassB]  *100;
1530           Float_t errAccFrac= Float_t(accErr) / nEvents[kClassB]  *100;
1531           Float_t bgFrac    = Float_t(bg)  / nEvents[kClassB]  *100;
1532           Float_t goodFrac  = Float_t(good)  / good1 *100;
1533           Float_t errGoodFrac = errGood/good1 * 100;
1534           Float_t errFracBG = bg > 0 ? TMath::Sqrt((errBG/bg)*(errBG/bg) + 1/nEvents[kClassB])*bgFrac : 0;
1535           fHistStatistics[iHistStat]->SetBinContent(icol,fBGStatOffset+kStatRowBGFrac,bgFrac);  
1536           fHistStatistics[iHistStat]->SetBinError  (icol,fBGStatOffset+kStatRowBGFrac,errFracBG);       
1537           fHistStatistics[iHistStat]->SetBinContent(icol,fBGStatOffset+kStatRowAccFrac,accFrac);    
1538           fHistStatistics[iHistStat]->SetBinError  (icol,fBGStatOffset+kStatRowAccFrac,errAccFrac);    
1539           fHistStatistics[iHistStat]->SetBinContent(icol,fBGStatOffset+kStatRowGoodFrac,goodFrac);    
1540           fHistStatistics[iHistStat]->SetBinContent(icol,fBGStatOffset+kStatRowErrGoodFrac,errGoodFrac);    
1541           fHistStatistics[iHistStat]->SetBinContent(icol,fBGStatOffset+kStatRowErrGood,errGood);    
1542 #endif
1543         }
1544       }
1545     }
1546     for (Int_t iTrigClass = 0; iTrigClass < kNClasses; iTrigClass++){
1547       delete [] rows[iTrigClass];
1548     }  
1549   }  
1550
1551   fHistStatistics[0]->Write();
1552   fHistStatistics[1]->Write();
1553   if(fHistBunchCrossing ) fHistBunchCrossing ->Write();
1554   if(fHistTriggerPattern) fHistTriggerPattern->Write();
1555   
1556   Int_t count = fCollTrigClasses.GetEntries() + fBGTrigClasses.GetEntries();
1557   for (Int_t i=0; i < count; i++)
1558     {
1559       TString triggerClass = "trigger_histograms_";
1560       if (i < fCollTrigClasses.GetEntries())
1561         triggerClass += ((TObjString*) fCollTrigClasses.At(i))->String();
1562       else
1563         triggerClass += ((TObjString*) fBGTrigClasses.At(i - fCollTrigClasses.GetEntries()))->String();
1564       
1565       gDirectory->mkdir(triggerClass);
1566       gDirectory->cd(triggerClass);
1567       
1568       static_cast<AliTriggerAnalysis*> (fTriggerAnalysis.At(i))->SaveHistograms();
1569       
1570       gDirectory->cd("..");
1571     }
1572   
1573   if (fBackgroundIdentification)
1574     {
1575       gDirectory->mkdir("background_identification");
1576       gDirectory->cd("background_identification");
1577       
1578       fBackgroundIdentification->GetOutput()->Write();
1579       
1580       gDirectory->cd("..");
1581     }
1582   
1583   if (folder)
1584     gDirectory->cd("..");
1585   
1586 }
1587
1588 Int_t AliPhysicsSelection::GetStatRow(const char * triggerBXClass, UInt_t offlineTriggerType, UInt_t ** rowIDs) const {
1589   // Puts inside the array rowIDs the row number for a given offline
1590   // trigger in a given bx class. Returns the total number of lines
1591   // matching the selection
1592   // triggerBXClass can be either "A", "AC", "B" or "E"
1593   // offlineTriggerType is one of the types defined in AliVEvent
1594   // User should delete rowIDs if no longer needed
1595
1596   if(!fHistStatistics[0]) {
1597     AliWarning("Not initialized, returning 0");
1598     return 0;
1599   }
1600   const Int_t nrows = fHistStatistics[0]->GetNbinsY();
1601
1602   // allocate memory for at maximum nrows
1603   Int_t nMatches = 0;
1604   (*rowIDs) = new UInt_t[nrows];
1605
1606
1607   // Loop over rows and find matching ones, using the PS OADB
1608   // FIXME: check BG estimates
1609   for(Int_t irow = 1; irow <= nrows; irow++){
1610     TString triggerClassCurrent = fHistStatistics[0]->GetYaxis()->GetBinLabel(irow);
1611     TPRegexp trigType (".*\\&(\\d+).*");
1612     TObjArray * arr = trigType.MatchS(triggerClassCurrent.Data());
1613     if(arr->GetEntries() > 1){
1614       UInt_t tType = ((TObjString*)arr->At(1))->GetString().Atoi();
1615       
1616       if (tType == offlineTriggerType && fPSOADB->GetBeamSide(triggerClassCurrent.Data()) == triggerBXClass) {
1617         (*rowIDs)[nMatches] = irow;
1618         nMatches++;
1619       }
1620
1621     }
1622     delete arr;
1623
1624   }
1625   
1626   return nMatches;
1627 }
1628
1629 void AliPhysicsSelection::SetBIFactors(const AliESDEvent * aESD) {
1630   // Set factors for realtive bunch intesities
1631   if(!aESD) { 
1632     AliFatal("ESD not given");
1633   }
1634   Int_t run = aESD->GetRunNumber();
1635   if (run > 105268) {
1636     // intensities stored in the ESDs
1637     const AliESDRun* esdRun = aESD->GetESDRun();
1638     Double_t intAB = esdRun->GetMeanIntensityIntecting(0);
1639     Double_t intCB = esdRun->GetMeanIntensityIntecting(1);
1640     Double_t intAA = esdRun->GetMeanIntensityNonIntecting(0);
1641     Double_t intCC = esdRun->GetMeanIntensityNonIntecting(1);
1642
1643     // cout << "INT " <<intAB <<endl;
1644     // cout << "INT " <<intCB <<endl;
1645     // cout << "INT " <<intAA <<endl;
1646     // cout << "INT " <<intCC <<endl;
1647
1648     if (intAB > 0 && intAA > 0) {
1649       fBIFactorA = intAB/intAA;
1650     } else {
1651       AliWarning("Cannot set fBIFactorA");
1652     }
1653     
1654     if (intCB > 0 && intCC > 0) {
1655       fBIFactorC = intCB/intCC;
1656     } else {
1657       AliWarning("Cannot set fBIFactorC");
1658     }
1659       
1660     if (intAB > 0 && intAA > 0 &&
1661         intCB > 0 && intCC > 0) {
1662       fBIFactorAC = (intAB+intCB)/(intAA+intCC);
1663     } else {
1664       AliWarning("Cannot set fBIFactorAC");
1665     }
1666         
1667   }  
1668   else {
1669     // First runs. Intensities hardcoded
1670     switch(run) {
1671     case 104155:
1672       fBIFactorA = 0.961912722908;
1673       fBIFactorC = 1.04992336081;
1674       break;
1675     case 104157:
1676       fBIFactorA = 0.947312854998;
1677       fBIFactorC = 1.01599706417;
1678       break;
1679     case 104159:
1680       fBIFactorA = 0.93659320151;
1681       fBIFactorC = 0.98580804207;
1682       break;
1683     case 104160:
1684       fBIFactorA = 0.929664189926;
1685       fBIFactorC = 0.963467679851;
1686       break;
1687     case 104315:
1688       fBIFactorA = 1.08939104979;
1689       fBIFactorC = 0.931113921925;
1690       break;
1691     case 104316:
1692       fBIFactorA = 1.08351880974;
1693       fBIFactorC = 0.916068345845;
1694       break;
1695     case 104320:
1696       fBIFactorA = 1.07669281245;
1697       fBIFactorC = 0.876818744763;
1698       break;
1699     case 104321:
1700       fBIFactorA = 1.00971079602;
1701       fBIFactorC = 0.773781299076;
1702       break;
1703     case 104792:
1704       fBIFactorA = 0.787215863962;
1705       fBIFactorC = 0.778253173071;
1706       break;
1707     case 104793:
1708       fBIFactorA = 0.692211363661;
1709       fBIFactorC = 0.733152456667;
1710       break;
1711     case 104799:
1712       fBIFactorA = 1.04027825161;
1713       fBIFactorC = 1.00530825942;
1714       break;
1715     case 104800:
1716       fBIFactorA = 1.05309910671;
1717       fBIFactorC = 1.00376801855;
1718       break;
1719     case 104801:
1720       fBIFactorA = 1.0531231922;
1721       fBIFactorC = 0.992439666758;
1722       break;
1723     case 104802:
1724       fBIFactorA = 1.04191478134;
1725       fBIFactorC = 0.979368585208;
1726       break;
1727     case 104803:
1728       fBIFactorA = 1.03121314094;
1729       fBIFactorC = 0.973379962609;
1730       break;
1731     case 104824:
1732       fBIFactorA = 0.969945926722;
1733       fBIFactorC = 0.39549745806;
1734       break;
1735     case 104825:
1736       fBIFactorA = 0.968627213937;
1737       fBIFactorC = 0.310100412205;
1738       break;
1739     case 104841:
1740       fBIFactorA = 0.991601393212;
1741       fBIFactorC = 0.83762204722;
1742       break;
1743     case 104845:
1744       fBIFactorA = 0.98040863886;
1745       fBIFactorC = 0.694824205793;
1746       break;
1747     case 104867:
1748       fBIFactorA = 1.10646173412;
1749       fBIFactorC = 0.841407246916;
1750       break;
1751     case 104876:
1752       fBIFactorA = 1.12063452421;
1753       fBIFactorC = 0.78726542895;
1754       break;
1755     case 104890:
1756       fBIFactorA = 1.02346137453;
1757       fBIFactorC = 1.03355663595;
1758       break;
1759     case 104892:
1760       fBIFactorA = 1.05406025913;
1761       fBIFactorC = 1.00029166135;
1762       break;
1763     case 105143:
1764       fBIFactorA = 0.947343384349;
1765       fBIFactorC = 0.972637444408;
1766       break;
1767     case 105160:
1768       fBIFactorA = 0.908854622177;
1769       fBIFactorC = 0.958851103977;
1770       break; 
1771     case 105256:
1772       fBIFactorA = 0.810076150206;
1773       fBIFactorC = 0.884663561883;
1774       break;
1775     case 105257:
1776       fBIFactorA = 0.80974912303;
1777       fBIFactorC = 0.878859123479;
1778       break;
1779     case 105268:
1780       fBIFactorA = 0.809052110679;
1781       fBIFactorC = 0.87233890989;
1782       break;
1783     default:
1784       fBIFactorA = 1;
1785       fBIFactorC = 1;
1786     }
1787   }
1788
1789 }
1790
1791 const char * AliPhysicsSelection::GetTriggerString(TObjString * obj) { 
1792   // Returns a formed objstring
1793   static TString retString;
1794   
1795   retString.Form("%s%s", 
1796                  obj->String().Data(), 
1797                  fUseBXNumbers ? fFillOADB->GetBXIDs(fPSOADB->GetBeamSide(obj->String().Data())) : ""  
1798                  );
1799
1800   if (fMC) {
1801     TPRegexp stripClasses("\\+\\S* ");
1802     stripClasses.Substitute(retString,"","g");
1803     stripClasses=TPRegexp("\\-\\S* ");
1804     stripClasses.Substitute(retString,"","g");
1805   }
1806
1807   return retString.Data();
1808 }
1809
1810 void AliPhysicsSelection::AddCollisionTriggerClass(const char* className){
1811   AliError("This method is deprecated! Will be removed soon! Please use SetCustomOADBObjects() instead!");
1812   if(!fPSOADB) {
1813     fPSOADB = new AliOADBPhysicsSelection("CustomPS");   
1814     fPSOADB->SetHardwareTrigger         ( 0,"SPDGFO >= 1 || V0A || V0C");
1815     fPSOADB->SetOfflineTrigger          ( 0,"(SPDGFO >= 1 || V0A || V0C) && !V0ABG && !V0CBG");
1816   }
1817
1818   // Strip all which is not needed, if BX ids are provided, they are still used here
1819   // offline trigger and logics are appended automagically, so we strip-em out if they are provided
1820   TString classNameStripped = className;
1821   if(classNameStripped.Index("*")>0)
1822     classNameStripped.Remove(classNameStripped.Index("*")); // keep only the class name (no bx, offline trigger...)   
1823   if(classNameStripped.Index("&")>0)
1824     classNameStripped.Remove(classNameStripped.Index("&")); // keep only the class name (no bx, offline trigger...)   
1825
1826   fPSOADB->AddCollisionTriggerClass   ( AliVEvent::kUserDefined,classNameStripped.Data(),"B",0);
1827   
1828   fUsingCustomClasses = kTRUE;
1829
1830
1831 }
1832
1833 void AliPhysicsSelection::AddBGTriggerClass(const char* className){
1834   // Add custom BG trigger class
1835  
1836   AliError("This method is deprecated! Will be removed soon! Please use SetCustomOADBObjects() instead!");
1837   if(!fPSOADB) {
1838     fPSOADB = new AliOADBPhysicsSelection("CustomPS");   
1839     fPSOADB->SetHardwareTrigger         ( 0,"SPDGFO >= 1 || V0A || V0C");
1840     fPSOADB->SetOfflineTrigger          ( 0,"(SPDGFO >= 1 || V0A || V0C) && !V0ABG && !V0CBG");
1841   }
1842
1843   // Strip all which is not needed, if BX ids are provided, they are still used here
1844   // offline trigger and logics are appended automagically, so we strip-em out if they are provided
1845   TString classNameStripped = className;
1846   if(classNameStripped.Index("*")>0)
1847     classNameStripped.Remove(classNameStripped.Index("*")); // keep only the class name (no bx, offline trigger...)   
1848   if(classNameStripped.Index("&")>0)
1849     classNameStripped.Remove(classNameStripped.Index("&")); // keep only the class name (no bx, offline trigger...)   
1850
1851   fPSOADB->AddBGTriggerClass   ( AliVEvent::kUserDefined,classNameStripped.Data(),"AC",0);
1852
1853   fUsingCustomClasses = kTRUE;
1854
1855 }