ebff7d217d91e21f8b88399a9e06c4b2c07f7627
[u/mrichter/AliRoot.git] / ANALYSIS / macros / AnalysisTrainNew.C
1 //===================== ANALYSIS TRAIN =========================================
2 // To use: copy this macro to your work directory, modify the global part to match
3 // your needs, then run root.
4 //    root[0] .L AnalysisTrain.C
5 // Grid full mode as below (other modes: test, offline, submit, terminate)
6 //    root[1] AnalysisTrainNew("grid", "full")
7 // CAF mode (requires root v5-23-02 + aliroot v4-16-Rev08)
8 //    root[2] AnalysisTrainNew("proof")
9 // Local mode requires AliESds.root or AliAOD.root in ./data directory
10 //    root[3] AnalysisTrainNew("local")
11 // In proof and grid modes, a token is needed and sourcing the produced environment file.
12 //
13 // If 'saveTrain' flag is set, the train will generate a directory name and run
14 // in this directory. A configuration file 'ConfigTrain.C' will be generated. 
15 // One can replay at any time the train via:
16 //    root[1] AnalysisTrainNew(ana_mode, plugin_mode, "train_default_<date>/ConfigTrain.C")
17
18 //==================   TRAIN NAME   ============================================
19 TString     train_name         = "TR004_LHC09a1ESD"; // *CHANGE ME* (no blancs or special characters)
20 TString     job_tag            = "TR004: ESD+MC analysis -> AOD + delta AOD + histograms"; // *CHANGE ME*
21 //==============================================================================
22
23 // ### Settings that make sense in PROOF only
24 //==============================================================================
25 TString     proof_cluster      = "alicecaf.cern.ch";
26 Bool_t      useAFPAR           = kFALSE;  // use AF special par file
27 TString     AFversion          = "AF-v4-17";
28 // Change CAF dataset here
29 TString     proof_dataset      = "/COMMON/COMMON/LHC09a4_run8100X#/esdTree";
30 TString     proof_outdir       = "";
31
32 // ### Settings that make sense when using the Alien plugin
33 //==============================================================================
34 Bool_t      usePLUGIN          = kTRUE;   // do not change
35 Bool_t      useProductionMode  = kTRUE;   // use the plugin in production mode
36 // Usage of par files ONLY in grid mode and ONLY if the code is not available
37 // in the deployed AliRoot versions. Par file search path: local dir, if not there $ALICE_ROOT.
38 // To refresh par files, remove the ones in the workdir, then do "make <target.par>" in 
39 // AliRoot.
40 Bool_t      usePAR             = kFALSE;  // use par files for extra libs
41 Bool_t      useCPAR            = kFALSE;  // use par files for common libs
42 TString     root_version       = "v20091109";  // *CHANGE ME IF MORE RECENT IN GRID*
43 TString     aliroot_version    = "v4-18-09-AN";  // *CHANGE ME IF MORE RECENT IN GRID*                                          
44 // Change production base directory here
45 TString     alien_datadir      = "/alice/sim/PDC_09/LHC09a4";
46 // AliEn output directory. If blank will become output_<train_name>
47 TString     alien_outdir       = "/alice/sim/PDC_09/LHC09a4/analysis/ESD/TR004";
48 // TString     alien_outdir       = "";
49 // Number of files merged in a chunk
50 Int_t       maxMergeFiles      = 50;
51 // Files that should not be merged
52 TString     mergeExclude       = "AliAOD.root AliAOD.VertexingHF.root AliAOD.Jets.root";
53 // Make replicas on the storages below
54 TString     outputStorages      = "ALICE::NIHAM::File,ALICE::CNAF::SE,ALICE::FZK::SE,ALICE::GSI::SE,ALICE::Legnaro::SE";
55 // Number of runs per master job
56 Int_t       nRunsPerMaster     = 10;
57 // Maximum number of files per job (gives size of AOD)
58 Int_t       nFilesPerJob       = 100; // !
59 // Set the run range
60 //Int_t       run_range[2]       =  {70000, 70220};  // LHC09a4   *CHANGE ME*
61 Int_t       run_range[2]       =  {81007, 81007};
62 // ### Settings that make sense only for local analysis
63 //==============================================================================
64 // Change local xml dataset for local interactive analysis
65 TString     local_xmldataset   = "";
66
67 // ### Other flags to steer the analysis
68 //==============================================================================
69 Bool_t      useDATE            = kFALSE; // use date in train name
70 Bool_t      useDBG             = kTRUE; // activate debugging
71 Bool_t      useMC              = kTRUE;  // use MC info
72 Bool_t      useTAGS            = kTRUE; // use ESD tags for selection
73 Bool_t      useKFILTER         = kTRUE; // use Kinematics filter
74 Bool_t      useTR              = kTRUE;  // use track references
75 Bool_t      useCORRFW          = kFALSE; // do not change
76 Bool_t      useAODTAGS         = kFALSE;  // use AOD tags
77 Bool_t      saveTrain          = kTRUE;  // save train configuration as: 
78 Bool_t      saveProofToAlien   = kFALSE; // save proof outputs in AliEn
79                                          // train_[trainName]_ddMonthyyyy_time.C
80 // ### Analysis modules to be included. Some may not be yet fully implemented.
81 //==============================================================================
82 Int_t       iAODanalysis       = 0;      // Analysis on input AOD's
83 Int_t       iAODhandler        = 1;      // Analysis produces an AOD or dAOD's
84 Int_t       iESDfilter         = 1;      // ESD to AOD filter (barrel + muon tracks)
85 Int_t       iMUONcopyAOD       = 0;      // Task that copies only muon events in a separate AOD (PWG3)
86 Int_t       iJETAN             = 1;      // Jet analysis (PWG4) - needs ESD filter
87 Int_t       iPWG4partcorr      = 1;      // Gamma-hadron correlations task (PWG4)
88 Int_t       iPWG4gammaconv     = 1;      // Gamma conversion analysis (PWG4)  # NOT YET WORKING - WAITING FOR FEEDBACK #
89 Int_t       iPWG4omega3pi      = 1;      // Omega to 3 pi analysis (PWG4)
90 Int_t       iPWG3vertexing     = 1;      // Vertexing HF task (PWG2)
91 Int_t       iPWG3hfe           = 1;      // Electrons analysis (PWG3)
92 Int_t       iPWG3d2h           = 1;      // D0->2 hadrons (PWG3)
93 Int_t       iPWG2femto         = 1;      // Femtoscopy task (PWG2)
94 Int_t       iPWG2spectra       = 1;      // Spectra tasks (PWG2
95 Int_t        iPWG2protons      = 1;         // Proton-antiproton analysis
96 Int_t        iPWG2checkcascade = 1;         // Check cascades task
97 Int_t        iPWG2perfcascade  = 1;         // Check performance cascade
98 Int_t        iPWG2checkv0      = 1;         // Check V0 task
99 Int_t        iPWG2strange      = 1;         // Strangeness task
100 Int_t       iPWG2flow          = 1;      // Flow analysis tasks (PWG2)   = crashes in AliCFManager
101 Int_t       iPWG2res           = 1;      // Resonances task (PWG2)
102 Int_t        iPWG2rsneff       = 1;      // Resonances efficiency
103 Int_t       iPWG2kink          = 1;      // Kink analysis tasks (PWG2)
104 Int_t        iPWG2kinkESDMC    = 1;         // Kink ESD-MC comparison (PWG2)
105 Int_t        iPWG2kinkres      = 1;         // Kink resonances (PWG2)
106 Int_t        iPWG2kinklikesign = 1;         // Kink like-sign (PWG2)
107 Int_t       iPWG2evchar        = 1;      // Event characteristics (PWG2)
108 Int_t       iPWG2unicor        = 1;      // Unicor analysis (PWG2)
109 Int_t       iPWG2forward       = 1;      // FMD analysis (PWG2)
110
111 // ### Configuration macros used for each module
112 //==============================================================================
113 TString     configPWG2femto    = "$ALICE_ROOT/PWG2/FEMTOSCOPY/macros/Train/Train3/ConfigFemtoAnalysis.C";
114 TString     configPWG3d2h      = "$ALICE_ROOT/PWG3/vertexingHF/ConfigVertexingHF.C";
115 // Temporaries.
116 TString anaPars = "";
117 TString anaLibs = "";
118 // Function signatures
119 class AliAnalysisAlien;
120
121 //______________________________________________________________________________
122 void AnalysisTrainNew(const char *analysis_mode="grid", 
123                       const char *plugin_mode="full",
124                       const char *config_file="")
125 {
126 // Main analysis train macro. If a configuration file is provided, all parameters
127 // are taken from there but may be altered by CheckModuleFlags.
128    if (strlen(config_file) && !LoadConfig(config_file)) return;
129    TString smode(analysis_mode);
130    smode.ToUpper();
131    // Check compatibility of selected modules
132    CheckModuleFlags(smode);
133    if (saveTrain)              WriteConfig();
134
135    printf("==================================================================\n");
136    printf("===========    RUNNING ANALYSIS TRAIN %s IN %s MODE   ==========\n", train_name.Data(),smode.Data());
137    printf("==================================================================\n");
138    printf("=  Configuring analysis train for:                               =\n");
139    if (iAODanalysis) printf("=  AOD analysis                                                  =\n");
140    else              printf("=  ESD analysis                                                  =\n");
141    if (iESDfilter)   printf("=  ESD filter                                                    =\n");
142    if (iMUONcopyAOD) printf("=  MUON copy AOD                                                 =\n");
143    if (iJETAN)       printf("=  Jet analysis                                                  =\n");
144    if (iPWG2spectra) {
145       printf("=  PWG2 SPECTRA tasks :                                          =\n");
146       if (iPWG2protons)      printf("=     PWG2 proton-antiproton                                     =\n");
147       if (iPWG2checkcascade) printf("=     PWG2 check cascades                                        =\n");
148       if (iPWG2perfcascade)  printf("=     PWG2 performance cascades                                  =\n");
149       if (iPWG2checkv0)      printf("=     PWG2 check V0                                              =\n");
150       if (iPWG2strange)      printf("=     PWG2 strangeness                                           =\n");
151    }   
152    if (iPWG2femto) {
153       printf("=  PWG2 femtoscopy                                               =\n");
154       printf("   +++ configured by: %s\n", configPWG2femto.Data());
155    }   
156    if (iPWG2flow)    printf("=  PWG2 flow                                                     =\n");
157    if (iPWG2res)     printf("=  PWG2 resonances                                               =\n");
158       if (iPWG2rsneff)    printf("=     PWG2 resonances efficiency                                    =\n");
159    if (iPWG2kink) {
160       printf("=  PWG2 kink analysis tasks:                                     =\n");
161       if (iPWG2kinkESDMC)    printf("=     PWG2 ESD-MC kinks                                          =\n");
162       if (iPWG2kinkres)      printf("=     PWG2 kink resonances                                       =\n");
163       if (iPWG2kinklikesign) printf("=     PWG2 kink like-sign analysis                               =\n");
164    }   
165    if (iPWG2evchar)    printf("=  PWG2 event characteristics                                    =\n");
166    if (iPWG2unicor)    printf("=  PWG2 Unicor analysis                                          =\n");
167    if (iPWG2forward)   printf("=  PWG2 forward: sharing, density, bkg. correction, dNdEta       =\n");
168    if (iPWG3vertexing) printf("=  PWG3 vertexing                                                =\n");
169    if (iPWG3hfe)       printf("=  PWG3 electrons                                                =\n");
170    if (iPWG3d2h) {
171       printf("=  PWG3 D0->2 hadrons tasks                                      =\n");
172       printf("   +++ configured by: %s\n", configPWG3d2h.Data());
173    }         
174    if (iPWG4partcorr)  printf("=  PWG4 gamma-hadron, pi0 and gamma-jet correlations             =\n");
175    if (iPWG4gammaconv) printf("=  PWG4 gamma conversion                                         =\n");
176    if (iPWG4omega3pi)  printf("=  PWG4 omega to 3 pions                                         =\n");
177    printf("==================================================================\n");
178    printf(":: use MC truth      %d\n", (UInt_t)useMC);
179    printf(":: use KINE filter   %d\n", (UInt_t)useKFILTER);
180    printf(":: use track refs    %d\n", (UInt_t)useTR);
181    printf(":: use tags          %d\n", (UInt_t)useTAGS);
182    printf(":: use AOD tags      %d\n", (UInt_t)useAODTAGS);
183    printf(":: use debugging     %d\n", (UInt_t)useDBG);
184    printf(":: use PAR files     %d\n", (UInt_t)usePAR);
185    printf(":: use AliEn plugin  %d\n", (UInt_t)usePLUGIN);
186
187    //==========================================================================
188    // Connect to back-end system
189    if (!Connect(smode)) {
190       ::Error("AnalysisTrain", "Could not connect to %s back-end", analysis_mode);
191       return;
192    }   
193
194    // Load common libraries and set include path
195    if (!LoadCommonLibraries(smode)) {
196       ::Error("AnalysisTrain", "Could not load common libraries");
197       return;
198    }
199     
200    // Make the analysis manager and connect event handlers
201    AliAnalysisManager *mgr  = new AliAnalysisManager("Analysis Train", "Production train");
202    if (saveProofToAlien) mgr->SetSpecialOutputLocation(proof_outdir);
203    if (!strcmp(plugin_mode, "test")) mgr->SetNSysInfo(1);
204    // Load analysis specific libraries
205    if (!LoadAnalysisLibraries(smode)) {
206       ::Error("AnalysisTrain", "Could not load analysis libraries");
207       return;
208    }   
209
210    // Create input handler (input container created automatically)
211    if (iAODanalysis) {
212    // AOD input handler
213       AliAODInputHandler *aodH = new AliAODInputHandler();
214       if (iPWG3d2h) aodH->AddFriend("AliAOD.VertexingHF.root");
215       mgr->SetInputEventHandler(aodH);
216    } else {   
217    // ESD input handler
218       AliESDInputHandler *esdHandler = new AliESDInputHandler();
219       if (useTAGS) esdHandler->SetReadTags();
220       mgr->SetInputEventHandler(esdHandler);       
221    }
222    // Monte Carlo handler
223    if (useMC && !iAODanalysis) {
224       AliMCEventHandler* mcHandler = new AliMCEventHandler();
225       mgr->SetMCtruthEventHandler(mcHandler);
226       mcHandler->SetReadTR(useTR); 
227    }   
228    // AOD output container, created automatically when setting an AOD handler
229    if (iAODhandler) {
230       // AOD output handler
231       AliAODHandler* aodHandler   = new AliAODHandler();
232       aodHandler->SetOutputFileName("AliAOD.root");
233       mgr->SetOutputEventHandler(aodHandler);
234       if (iAODanalysis) {
235          aodHandler->SetFillAOD(kFALSE);
236          aodHandler->SetCreateNonStandardAOD();
237          if (iJETAN)         aodHandler->SetOutputFileName("AliAOD.Jets.root");
238 //         if (iPWG3vertexing) aodHandler->SetOutputFileName("AliAOD.VertexingHF.root");
239       } 
240    }
241    // Debugging if needed
242    if (useDBG) mgr->SetDebugLevel(3);
243
244    //==========================================================================
245    // Create the chain. In this example it is created only from ALIEN files but
246    // can be done to work in batch or grid mode as well.
247    TChain *chain = CreateChain(smode, plugin_mode);
248         
249    //==========================================================================
250    // Load the tasks configuration macros for all wagons. These files are supposed now to be
251    // in the current workdir, but in AliEn they will be in the file catalog, 
252    // mapped from AliRoot and pecified in the jdl input list.
253     
254    // For now connection to top input container and common AOD output container
255    // is done in this macro, but in future these containers will be connected
256    // from each task configuration macro.
257
258    if (iESDfilter && !iAODanalysis) {
259       //  ESD filter task configuration.
260       gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/ANALYSIS/macros/AddTaskESDFilter.C");
261       AliAnalysisTaskESDfilter *taskesdfilter = AddTaskESDFilter(useKFILTER);
262    }   
263
264    // AOD tags
265    if (useAODTAGS) {
266       AliAnalysisTaskTagCreator* tagTask = new AliAnalysisTaskTagCreator("AOD Tag Creator");
267       mgr->AddTask(tagTask);
268       AliAnalysisDataContainer *coutTags = mgr->CreateContainer("cTag",  TTree::Class(), 
269                                            AliAnalysisManager::kOutputContainer, "AOD.tag.root");
270       mgr->ConnectInput (tagTask, 0, mgr->GetCommonInputContainer());
271       mgr->ConnectOutput(tagTask, 1, coutTags);
272    }   
273     
274 // ********** PWG2 wagons ******************************************************
275    AliAnalysisManager::SetCommonFileName("PWG2histograms.root");
276
277    // Proton analysis
278    if (iPWG2spectra) {
279       // protons
280       if (iPWG2protons) {
281         gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG2/SPECTRA/macros/AddTaskProtons.C");
282         AliAnalysisTaskProtons *taskprotons = AddTaskProtons();
283         if (!taskprotons) ::Warning("AnalysisTrainNew", "AliAnalysisTaskProtons cannot run for this train conditions - EXCLUDED");
284       }  
285       // cascades
286       if (iPWG2checkcascade) {
287         gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG2/SPECTRA/macros/AddTaskCheckCascade.C");
288         AliAnalysisTaskCheckCascade *taskcheckcascade = AddTaskCheckCascade();      
289         if (!taskcheckcascade) ::Warning("AnalysisTrainNew", "AliAnalysisTaskCheckCascade cannot run for this train conditions - EXCLUDED");
290       }  
291       // v0's
292       if (iPWG2checkv0) {
293         gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG2/SPECTRA/macros/AddTaskCheckV0.C");
294         AliAnalysisTaskCheckV0 *taskcheckV0 = AddTaskCheckV0();
295         if (!taskcheckV0) ::Warning("AnalysisTrainNew", "AliAnalysisTaskCheckV0 cannot run for this train conditions - EXCLUDED");
296       }  
297       // strangeness
298       if (iPWG2strange) {
299         gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG2/SPECTRA/macros/AddTaskStrange.C");
300         AliAnalysisTaskStrange *taskstrange = AddTaskStrange();
301         if (!taskstrange) ::Warning("AnalysisTrainNew", "AliAnalysisTaskStrange cannot run for this train conditions - EXCLUDED");
302       }  
303       // performance cascades
304       if (iPWG2perfcascade) {
305         gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG2/SPECTRA/macros/AddTaskCheckPerformanceCascade.C");
306         AliAnalysisTaskCheckPerformanceCascade *taskperfcascade = AddTaskCheckPerformanceCascade();
307         if (!taskperfcascade) ::Warning("AnalysisTrainNew", "AliAnalysisTaskCheckPerformanceCascade cannot run for this train conditions - EXCLUDED");
308       }  
309    }   
310    
311    // Femtoscopy analysis modules
312    if (iPWG2femto) {
313       gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG2/FEMTOSCOPY/macros/AddTaskFemto.C");
314       AliAnalysisTaskFemto *taskfemto = AddTaskFemto(configPWG2femto);
315       if (!taskfemto) ::Warning("AnalysisTrainNew", "AliAnalysisTaskFemto cannot run for this train conditions - EXCLUDED");
316    }   
317
318    // Kink analysis
319    if (iPWG2kink) {
320       if (iPWG2kinkESDMC) {
321         gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG2/KINK/macros/AddTaskKink.C");
322         AliAnalysisKinkESDMC *taskkink = AddTaskKink();
323         if (!taskkink) ::Warning("AnalysisTrainNew", "AliAnalysisKinkESDMC cannot run for this train conditions - EXCLUDED");
324       }   
325       if (iPWG2kinkres) {
326         gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG2/KINK/macros/AddTaskKinkResonance.C");
327         AliAnalysisTaskKinkResonance *taskkinkres = AddTaskKinkResonance();
328         if (!taskkinkres) ::Warning("AnalysisTrainNew", "AliAnalysisTaskKinkResonance cannot run for this train conditions - EXCLUDED");
329       }  
330       if (iPWG2kinklikesign) {
331         gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG2/KINK/macros/AddTaskKinkResonanceLikeSign.C");
332         AliResonanceKinkLikeSign *taskkinklikesign = AddTaskKinkResonanceLikeSign();
333         if (!taskkinklikesign) ::Warning("AnalysisTrainNew", "AliResonanceKinkLikeSign cannot run for this train conditions - EXCLUDED");
334       }  
335    }   
336
337    // Event characterization
338    if (iPWG2evchar) {
339       gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG2/EVCHAR/macros/AddTaskSPDdNdEta.C");
340       AliAnalysisTaskSPDdNdEta *taskspddndeta = AddTaskSPDdNdEta();
341       if (!taskspddndeta) ::Warning("AnalysisTrainNew", "AliAnalysisTaskSPDdNdEta cannot run for this train conditions - EXCLUDED");
342       taskspddndeta->SetReadMC(useMC);
343    }   
344
345    // Unicor
346    if (iPWG2unicor) {
347       gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG2/UNICOR/AddTaskUnicor.C");
348       AliAnalysisTaskUnicor *taskunicor = AddTaskUnicor();
349       if (!taskunicor) ::Warning("AnalysisTrainNew", "AliAnalysisTaskUnicor cannot run for this train conditions - EXCLUDED");
350    }   
351
352    // FMD
353    if (iPWG2forward) {
354       gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG2/FORWARD/analysis/AddTaskFMD.C");
355       AliFMDAnalysisTaskSE *taskfmd = AddTaskFMD();
356       if (!taskfmd) ::Warning("AnalysisTrainNew", "AliFMDAnalysisTaskSE cannot run for this train conditions - EXCLUDED");
357    }   
358
359    // Flow analysis
360    if (iPWG2flow) {
361       gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG2/FLOW/macros/AddTaskFlow.C");
362       Bool_t SP       = kTRUE;
363       Bool_t LYZ1SUM  = kTRUE;
364       Bool_t LYZ1PROD = kTRUE;
365       Bool_t LYZ2SUM  = kFALSE; 
366       Bool_t LYZ2PROD = kFALSE;
367       Bool_t LYZEP    = kFALSE; 
368       Bool_t GFC      = kTRUE;
369       Bool_t QC       = kTRUE;
370       Bool_t FQD      = kFALSE;
371       Bool_t MCEP     = kFALSE; //does not work yet 24/12/08
372       Bool_t kineFromESD = kTRUE;
373       Bool_t METHODS[] = {SP,LYZ1SUM,LYZ1PROD,LYZ2SUM,LYZ2PROD,LYZEP,GFC,QC,FQD,MCEP};
374       // Analysis type can be ESD, AOD, MC, ESDMC0, ESDMC1
375       TString type = "AOD";
376       if (!iAODanalysis) type = "ESD";
377       if (useMC) {
378          type += "MC";
379          if (!kineFromESD) type += "1";
380          else type += "0";
381       }   
382       // Boolean to fill/not fill the QA histograms
383       Bool_t QA = kTRUE;   
384       // Boolean to use/not use weights for the Q vector
385       Bool_t WEIGHTS[] = {kFALSE,kFALSE,kFALSE}; //Phi, v'(pt), v'(eta)
386       AliAnalysisTaskFlowEvent* taskFE = AddTaskFlow(type,METHODS,QA,WEIGHTS);
387       if (!taskFE) ::Warning("AnalysisTrainNew", "AliAnalysisTaskFlowEvent cannot run for this train conditions - EXCLUDED");
388    }   
389
390    // PWG2 resonances
391    if (iPWG2res) {
392       gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG2/RESONANCES/macros/train/AddAnalysisTaskRsn.C");
393       gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG2/RESONANCES/macros/train/AddAnalysisTaskRsnEff.C");
394       TString path = gROOT->GetMacroPath();
395       path += ":$ALICE_ROOT/PWG2/RESONANCES/macros/train";
396       gROOT->SetMacroPath(path);
397       AddAnalysisTaskRsn(kTRUE);
398       AddAnalysisTaskRsnEff();
399    }   
400
401 // ********** PWG3 wagons ******************************************************
402    AliAnalysisManager::SetCommonFileName("PWG3histograms.root");
403            
404    // PWG3 vertexing
405    if (iPWG3vertexing) {
406       gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG3/vertexingHF/AddTaskVertexingHF.C");
407       AliAnalysisTaskSEVertexingHF *taskvertexingHF = AddTaskVertexingHF();
408       if (!taskvertexingHF) ::Warning("AnalysisTrainNew", "AliAnalysisTaskSEVertexingHF cannot run for this train conditions - EXCLUDED");
409    }   
410       
411    // PWG3 electrons
412    if (iPWG3hfe) {
413       gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG3/hfe/AddTaskHFE.C");
414       AliAnalysisTaskHFE *taskHFE = AddTaskHFE();
415       if (!taskHFE) ::Warning("AnalysisTrainNew", "AliAnalysisTaskHFE cannot run for this train conditions - EXCLUDED");
416    }   
417
418    // PWG3 D2h
419    if (iPWG3d2h) {
420       gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG3/vertexingHF/AddD2HTrain.C");
421       TFile::Cp(gSystem->ExpandPathName(configPWG3d2h.Data()), Form("%s/ConfigVertexingHF.C", train_name.Data()));
422       AddD2HTrain();
423    }   
424       
425 // ********** PWG4 wagons ******************************************************
426    AliAnalysisManager::SetCommonFileName("PWG4histograms.root");
427
428     // Jet analysis
429    if (iJETAN) {
430       gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG4/macros/AddTaskJets.C");
431       if (!iAODanalysis) {
432          // Default jet reconstructor running on ESD's
433          AliAnalysisTaskJets * taskjets = AddTaskJets();
434          if (!taskjets) ::Warning("AnalysisTrainNew", "AliAnalysisTaskJets cannot run for this train conditions - EXCLUDED");
435       } else {
436          // AOD-based analysis. Add all reconstructors to write into delta AOD's
437 //         AddTaskJetsDelta();
438          AliAnalysisTaskJets * taskjets = AddTaskJets();
439          taskjets->SetNonStdBranch("jetsAOD_UA1_04");
440       }      
441    }
442    // PWG4 hadron correlations
443    if (iPWG4partcorr) {
444       gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG4/macros/AddTaskPartCorr.C");
445       AliAnalysisTaskParticleCorrelation *taskpartcorrPHOS = AddTaskPartCorr("AOD", "PHOS");
446       if (!taskpartcorrPHOS) ::Warning("AnalysisTrainNew", "AliAnalysisTaskParticleCorrelation PHOS cannot run for this train conditions - EXCLUDED");
447       AliAnalysisTaskParticleCorrelation *taskpartcorrEMCAL = AddTaskPartCorr("AOD", "EMCAL");
448       if (!taskpartcorrEMCAL) ::Warning("AnalysisTrainNew", "AliAnalysisTaskParticleCorrelation EMCAL cannot run for this train conditions - EXCLUDED");
449    }   
450
451    // PWG4 gamma conversion analysis
452    if (iPWG4gammaconv) {
453       gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG4/macros/AddTaskGammaConversion.C");
454       TString cdir = gSystem->WorkingDirectory();
455       gSystem->ChangeDirectory(gSystem->ExpandPathName("$ALICE_ROOT/PWG4/macros/"));
456       TString gcArguments = "-run-on-train -run-jet -run-chic -run-neutralmeson";
457       AliAnalysisTaskGammaConversion * taskGammaConversion = AddTaskGammaConversion(gcArguments,mgr->GetCommonInputContainer());
458       gSystem->ChangeDirectory(cdir);
459       if (!taskGammaConversion) ::Warning("AnalysisTrainNew", "AliAnalysisTaskGammaConversion cannot run for these train conditions - EXCLUDED");
460    }   
461
462    // PWG4 omega to 3 pions analysis
463    if (iPWG4omega3pi) {
464       gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG4/macros/AddTaskomega3pi.C");
465       AliAnalysisTaskOmegaPi0PiPi *taskomega3pi = AddTaskomega3pi();
466       if (!taskomega3pi) ::Warning("AnalysisTrainNew", "AliAnalysisTaskomega3pi cannot run for these train conditions - EXCLUDED");
467    }   
468
469    //==========================================================================
470    // FOR THE REST OF THE TASKS THE MACRO AddTaskXXX() is not yet implemented/
471    // Run the analysis
472    //    
473    if (usePLUGIN) {
474       AliAnalysisGrid *alienHandler = CreateAlienHandler(plugin_mode);
475       AliAnalysisManager::GetAnalysisManager()->SetGridHandler(alienHandler);
476    }
477       
478    if (mgr->InitAnalysis()) {
479       mgr->PrintStatus();
480       if (saveTrain || strlen(config_file)) gSystem->ChangeDirectory(train_name);
481       StartAnalysis(smode, chain);
482       if (saveTrain && smode=="GRID") {
483          AliAnalysisAlien *gridhandler = (AliAnalysisAlien*)mgr->GetGridHandler();
484          TString alien_workdir = gGrid->GetHomeDirectory();
485          if (iAODanalysis) alien_workdir += "analysisAOD";
486          else              alien_workdir += "analysisESD";
487          alien_outdir = gridhandler->GetGridOutputDir();
488          printf("=== Registering ConfigTrain.C in the work directory <%s> ===\n",
489                 alien_workdir.Data());
490          if (AliAnalysisAlien::FileExists(Form("%s/%sConfig.C", alien_workdir.Data(), train_name.Data())))
491             gGrid->Rm(Form("%s/%sConfig.C", alien_workdir.Data(), train_name.Data()));
492          if (strcmp(plugin_mode, "test"))
493             TFile::Cp(Form("file:%sConfig.C",train_name.Data()), Form("alien://%s/%sConfig.C", alien_workdir.Data(), train_name.Data()));
494       }
495    }
496 }
497
498 //______________________________________________________________________________
499 void StartAnalysis(const char *mode, TChain *chain) {
500 // Start analysis.
501    Int_t imode = -1;
502    AliAnalysisManager *mgr = AliAnalysisManager::GetAnalysisManager();
503    if (!strcmp(mode, "LOCAL")) imode = 0;
504    if (!strcmp(mode, "PROOF")) imode = 1;
505    if (!strcmp(mode, "GRID"))  imode = 2;
506    switch (imode) {
507       case 0:
508          if (!chain) {
509             ::Error("AnalysisTrainNew.C::StartAnalysis", "Cannot create the chain");
510             return;
511          }   
512          mgr->StartAnalysis(mode, chain);
513          return;
514       case 1:
515          if (!proof_dataset.Length()) {
516             ::Error("AnalysisTrainNew.C::StartAnalysis", "proof_dataset is empty");
517             return;
518          }   
519          mgr->StartAnalysis(mode, proof_dataset, 1000);
520          return;
521       case 2:
522          if (usePLUGIN) {
523             if (!mgr->GetGridHandler()) {
524                ::Error("AnalysisTrainNew.C::StartAnalysis", "Grid plugin not initialized");
525                return;
526             }   
527             mgr->StartAnalysis("grid");
528          } else {
529             if (!chain) {
530                ::Error("AnalysisTrainNew.C::StartAnalysis", "Cannot create the chain");
531                return;
532             }   
533             mgr->StartAnalysis(mode, chain);
534          }   
535          return;
536    }      
537 }          
538     
539 //______________________________________________________________________________
540 void CheckModuleFlags(const char *mode) {
541 // Checks selected modules and insure compatibility
542    Int_t imode = -1;
543    if (!strcmp(mode, "LOCAL")) imode = 0;
544    if (!strcmp(mode, "PROOF")) imode = 1;
545    if (!strcmp(mode, "GRID"))  imode = 2;
546    if (imode==1) {
547       if (!usePAR) {
548          ::Info("AnalysisTrainNew.C::CheckModuleFlags", "PAR files enabled due to PROOF analysis");
549          usePAR = kTRUE;
550       }   
551    }  
552    if (imode != 2) {
553       ::Info("AnalysisTrainNew.C::CheckModuleFlags", "AliEn plugin disabled since not in GRID mode");
554       usePLUGIN = kFALSE; 
555    }   
556    if (iAODanalysis) {
557    // AOD analysis
558       if (useMC)
559          ::Info("AnalysisTrainNew.C::CheckModuleFlags", "MC usage disabled in analysis on AOD's");
560       if (useAODTAGS)
561          ::Info("AnalysisTrainNew.C::CheckModuleFlags", "AOD tags usage disabled in analysis on AOD's");
562       useMC = kFALSE;
563       useTR = kFALSE;
564       useAODTAGS = kFALSE;
565       if (iESDfilter)
566          ::Info("AnalysisTrainNew.C::CheckModuleFlags", "ESD filter disabled in analysis on AOD's");
567       iESDfilter   = 0;
568       if (!iAODhandler) {
569          if (iJETAN) 
570             ::Info("AnalysisTrainNew.C::CheckModuleFlags", "JETAN disabled in analysis on AOD's without AOD handler");
571          iJETAN = 0;
572       }
573       // Disable tasks that do not work yet on AOD data
574       if (iPWG4gammaconv)
575          ::Info("AnalysisTrainNew.C::CheckModuleFlags", "PWG4gammaconv disabled on AOD's without AOD handler");
576       iPWG4gammaconv = 0;   
577       if (iPWG2flow)
578          ::Info("AnalysisTrainNew.C::CheckModuleFlags", "PWG2flow disabled on AOD's");
579          iPWG2flow = 0;
580       if (iPWG2femto)
581          ::Info("AnalysisTrainNew.C::CheckModuleFlags", "PWG2femto disabled on AOD's");
582          iPWG2femto = 0;
583       if (iPWG2res)
584          ::Info("AnalysisTrainNew.C::CheckModuleFlags", "PWG2res disabled on AOD's");
585          iPWG2res = 0;
586        if (iPWG2rsneff)
587          ::Info("AnalysisTrainNew.C::CheckModuleFlags", "PWG2rsneff disabled on AOD's");
588          iPWG2rsneff = 0;
589      if (iPWG2kink)         
590          ::Info("AnalysisTrainNew.C::CheckModuleFlags", "PWG2kink disabled in analysis on AOD's");
591          iPWG2kink = 0;
592       if (iPWG2unicor)         
593          ::Info("AnalysisTrainNew.C::CheckModuleFlags", "PWG2unicor disabled in analysis on AOD's");
594          iPWG2unicor = 0;
595       if (iPWG2evchar)
596          ::Info("AnalysisTrainNew.C::CheckModuleFlags", "PWG4evchar disabled on AOD's");
597          iPWG2evchar = 0;
598       if (iPWG2forward)         
599          ::Info("AnalysisTrainNew.C::CheckModuleFlags", "PWG2forward disabled in analysis on AOD's");
600          iPWG2forward = 0;
601       if (iPWG3hfe)
602          ::Info("AnalysisTrainNew.C::CheckModuleFlags", "PWG3hfe disabled on AOD's");
603          iPWG3hfe = 0;
604       if (iPWG3vertexing)
605          ::Info("AnalysisTrainNew.C::CheckModuleFlags", "PWG3vertexing disabled on AOD's");
606 //         iPWG3vertexing = 0;
607       if (iPWG4omega3pi)
608          ::Info("AnalysisTrainNew.C::CheckModuleFlags", "PWG4omega3pi disabled on AOD's");
609          iPWG4omega3pi = 0;
610       if (iPWG4partcorr)
611          ::Info("AnalysisTrainNew.C::CheckModuleFlags", "PWG4partcorr disabled on AOD's");
612          iPWG4partcorr = 0;
613    } else {   
614    // ESD analysis
615       iMUONcopyAOD = 0;
616       if (!useMC) useTR = kFALSE;
617       if (!useTR) {
618          ::Info("AnalysisTrainNew.C::CheckModuleFlags", "iPWG2evchar disabled if not reading track references");
619          iPWG2evchar = 0;
620       }   
621    }
622    if (!useMC) {
623       if (iPWG2perfcascade)
624          ::Info("AnalysisTrainNew.C::CheckModuleFlags", "PWG2perfcascade disabled without MC info");
625       iPWG2perfcascade = 0;   
626    }   
627    if (iJETAN && !iAODanalysis) iESDfilter=1;
628    if (iESDfilter) {iAODhandler=1; useCORRFW = kTRUE;}
629    if (iPWG2spectra || iPWG2flow || iPWG3vertexing || iPWG3hfe || iPWG2res || iPWG2rsneff) useCORRFW = kTRUE;
630    if (useKFILTER && !useMC) useKFILTER = kFALSE;
631    if (useAODTAGS && !iAODhandler) useAODTAGS = kFALSE;
632 }
633
634 //______________________________________________________________________________
635 Bool_t Connect(const char *mode) {
636 // Connect <username> to the back-end system.
637    Int_t imode = -1;
638    if (!strcmp(mode, "LOCAL")) imode = 0;
639    if (!strcmp(mode, "PROOF")) imode = 1;
640    if (!strcmp(mode, "GRID"))  imode = 2;
641    TString username = gSystem->Getenv("alien_API_USER");
642    switch (imode) {
643       case 0:
644          break;
645       case 1:
646          if  (!username.Length()) {
647             ::Error(Form("AnalysisTrainNew.C::Connect <%s>", mode), "Make sure you:\n \
648                            1. Have called: alien-token-init <username>\n \
649                            2. Have called: >source /tmp/gclient_env_$UID");
650             return kFALSE;
651          }
652          ::Info("AnalysisTrainNew.C::Connect", "Connecting user <%s> to PROOF cluster <%s>", 
653                 username.Data(), proof_cluster.Data());
654          gEnv->SetValue("XSec.GSI.DelegProxy", "2");
655 //         TProof::Open(Form("%s@%s:31093", username.Data(), proof_cluster.Data()));       
656          TProof::Open(Form("%s@%s", username.Data(), proof_cluster.Data()));       
657          if (!gProof) {
658             if (strcmp(gSystem->Getenv("XrdSecGSISRVNAMES"), "lxfsrd0506.cern.ch"))
659                ::Error(Form("AnalysisTrainNew.C::Connect <%s>", mode), "Environment XrdSecGSISRVNAMES different from lxfsrd0506.cern.ch");
660             return kFALSE;
661          }
662          TGrid::Connect("alien://");
663          if (gGrid) {
664             TString homedir = gGrid->GetHomeDirectory();
665             TString workdir = homedir + train_name;
666             if (!gGrid->Cd(workdir)) {
667                gGrid->Cd(homedir);
668                if (gGrid->Mkdir(workdir)) {
669                   gGrid->Cd(train_name);
670                   ::Info("AnalysisTrainNew::Connect()", "Directory %s created", gGrid->Pwd());
671                }
672             }
673             gGrid->Mkdir("proof_output");
674             gGrid->Cd("proof_output");
675             proof_outdir = Form("alien://%s", gGrid->Pwd());
676          }   
677          break;
678       case 2:      
679          if  (!username.Length()) {
680             ::Error(Form("AnalysisTrainNew.C::Connect <%s>", mode), "Make sure you:\n \
681                            1. Have called: alien-token-init <username>\n \
682                            2. Have called: >source /tmp/gclient_env_$UID");
683             return kFALSE;
684          }
685          if (usePLUGIN && !gSystem->Getenv("alien_CLOSE_SE")) {
686             ::Error(Form("AnalysisTrainNew.C::Connect <%s>", mode), 
687                            "When using the AliEn plugin it is preferable to define the \
688                            variable alien_CLOSE_SE in your environment.");
689             return kFALSE;
690          }
691          ::Info("AnalysisTrainNew.C::Connect", "Connecting user <%s> to AliEn ...", 
692                 username.Data());
693          TGrid::Connect("alien://");
694          if (!gGrid || !gGrid->IsConnected()) return kFALSE;
695          break;
696       default:
697          ::Error("AnalysisTrainNew.C::Connect", "Unknown run mode: %s", mode);
698          return kFALSE;
699    }
700    ::Info("AnalysisTrainNew.C::Connect","Connected in %s mode", mode);
701    return kTRUE;
702 }
703
704 //______________________________________________________________________________
705 Bool_t LoadCommonLibraries(const char *mode)
706 {
707 // Load common analysis libraries.
708    Int_t imode = -1;
709    if (!strcmp(mode, "LOCAL")) imode = 0;
710    if (!strcmp(mode, "PROOF")) imode = 1;
711    if (!strcmp(mode, "GRID"))  imode = 2;
712    if (!gSystem->Getenv("ALICE_ROOT")) {
713       ::Error("AnalysisTrainNew.C::LoadCommonLibraries", "Analysis train requires that analysis libraries are compiled with a local AliRoot"); 
714       return kFALSE;
715    }   
716    Bool_t success = kTRUE;
717    // ROOT libraries
718    gSystem->Load("libTree.so");
719    gSystem->Load("libGeom.so");
720    gSystem->Load("libVMC.so");
721    gSystem->Load("libPhysics.so");
722    
723    // Load framework classes. Par option ignored here.
724    switch (imode) {
725       case 0:
726       case 2:
727          if (useCPAR) {
728             success &= LoadLibrary("STEERBase", mode, kTRUE);
729             success &= LoadLibrary("ESD", mode, kTRUE);
730             success &= LoadLibrary("AOD", mode, kTRUE);
731             success &= LoadLibrary("ANALYSIS", mode, kTRUE);
732             success &= LoadLibrary("ANALYSISalice", mode, kTRUE);
733             if (useCORRFW) success &= LoadLibrary("CORRFW", mode, kTRUE);
734          } else {   
735             success &= LoadLibrary("libSTEERBase.so", mode);
736             success &= LoadLibrary("libESD.so", mode);
737             success &= LoadLibrary("libAOD.so", mode);
738             success &= LoadLibrary("libANALYSIS.so", mode);
739             success &= LoadLibrary("libANALYSISalice.so", mode);
740             if (useCORRFW) success &= LoadLibrary("libCORRFW.so", mode);
741             gROOT->ProcessLine(".include $ALICE_ROOT/include");
742          }   
743          break;
744       case 1:
745          Int_t ires = -1;
746          if (useAFPAR && !gSystem->AccessPathName(AFversion)) ires = gProof->UploadPackage(AFversion);
747          if (ires < 0) {
748             success &= LoadLibrary("STEERBase", mode);
749             success &= LoadLibrary("ESD", mode);
750             success &= LoadLibrary("AOD", mode);
751             success &= LoadLibrary("ANALYSIS", mode);
752             success &= LoadLibrary("ANALYSISalice", mode);
753             if (useCORRFW) success &= LoadLibrary("CORRFW", mode);
754          } else { 
755             ires = gProof->EnablePackage(AFversion);
756             if (ires<0) success = kFALSE;
757             if (useCORRFW) success &= LoadLibrary("CORRFW", mode);
758          }
759          break;         
760       default:
761          ::Error("AnalysisTrainNew.C::LoadCommonLibraries", "Unknown run mode: %s", mode);
762          return kFALSE;
763    }
764    if (success) {
765       ::Info("AnalysisTrainNew.C::LoadCommodLibraries", "Load common libraries:    SUCCESS");
766       ::Info("AnalysisTrainNew.C::LoadCommodLibraries", "Include path for Aclic compilation:\n%s",
767               gSystem->GetIncludePath());
768    } else {           
769       ::Info("AnalysisTrainNew.C::LoadCommodLibraries", "Load common libraries:    FAILED");
770    }   
771       
772    return success;
773 }
774
775 //______________________________________________________________________________
776 Bool_t LoadAnalysisLibraries(const char *mode)
777 {
778 // Load common analysis libraries.
779    Bool_t success = kTRUE;
780    if (iESDfilter) {
781       if (!LoadLibrary("PWG3base", mode, kTRUE) ||
782           !LoadLibrary("PWG3muon", mode, kTRUE)) return kFALSE;
783    }   
784    // JETAN
785    if (iJETAN) {
786       if (!LoadLibrary("JETAN", mode, kTRUE)) return kFALSE;
787    }               
788    // PWG4 particle correlations
789    if (iPWG4partcorr) {   
790       if (!LoadLibrary("EMCALUtils", mode, kTRUE) ||
791           !LoadLibrary("PHOSUtils", mode, kTRUE) ||
792           !LoadLibrary("PWG4PartCorrBase", mode, kTRUE) ||
793           !LoadLibrary("PWG4PartCorrDep", mode, kTRUE)) return kFALSE;
794    }
795    // PWG4 gamma conversion
796    if (iPWG4gammaconv) {
797       if (!LoadLibrary("PWG4GammaConv", mode, kTRUE)) return kFALSE;
798    }      
799    // PWG4 omega to 3 pions
800    if (iPWG4omega3pi) {
801       if (!LoadLibrary("PWG4omega3pi", mode, kTRUE)) return kFALSE;
802    }      
803    // PWG2 task protons 
804    if (iPWG2spectra) {
805       if (!LoadLibrary("PWG2spectra", mode, kTRUE)) return kFALSE;
806    }
807    // PWG2 flow
808    if (iPWG2flow) {
809       if (!LoadLibrary("PWG2flowCommon", mode, kTRUE) ||
810           !LoadLibrary("PWG2flowTasks", mode, kTRUE)) return kFALSE;
811    }
812    // PWG2 resonances
813    if (iPWG2res || iPWG2rsneff) {
814       if (!LoadLibrary("PWG2resonances", mode, kTRUE)) return kFALSE;
815    }   
816    // PWG2 kink
817    if (iPWG2kink) {
818       if (!LoadLibrary("PWG2kink", mode, kTRUE)) return kFALSE;
819    }   
820    // PWG2 unicor
821    if (iPWG2unicor) {
822       if (!LoadLibrary("PWG2unicor", mode, kTRUE)) return kFALSE;
823    }   
824    // PWG2 evchar
825    if (iPWG2evchar) {
826       if (!LoadLibrary("PWG2evchar", mode, kTRUE)) return kFALSE;
827    }   
828    // PWG2 femtoscopy
829    if (iPWG2femto) {
830       if (!LoadLibrary("PWG2AOD", mode, kTRUE) ||
831           !LoadLibrary("PWG2femtoscopy", mode, kTRUE) ||
832           !LoadLibrary("PWG2femtoscopyUser", mode, kTRUE)) return kFALSE;
833 //      TFile::Cp(gSystem->ExpandPathName("$(ALICE_ROOT)/PWG2/FEMTOSCOPY/macros/ConfigFemtoAnalysis.C"), Form("%s/ConfigFemtoAnalysis.C", train_name.Data()));
834 //      anaLibs += "ConfigFemtoAnalysis.C ";
835    }   
836    // PWG2 FORWARD
837    if (iPWG2forward) {
838       if (!LoadLibrary("PWG2forward", mode, kTRUE)) return kFALSE;
839    }   
840    // PWG3 Vertexing HF
841    if (iPWG3vertexing || iPWG3d2h) {
842       if (!LoadLibrary("PWG3base", mode, kTRUE) ||
843           !LoadLibrary("PWG3vertexingHF", mode, kTRUE)) return kFALSE;
844    }   
845    // PWG3 hfe
846    if (iPWG3hfe) {
847       if (!LoadLibrary("PWG3hfe", mode, kTRUE)) return kFALSE;
848    }   
849    
850    ::Info("AnalysisTrainNew.C::LoadAnalysisLibraries", "Load other libraries:   SUCCESS");
851    return kTRUE;
852 }
853
854 //______________________________________________________________________________
855 Bool_t LoadLibrary(const char *module, const char *mode, Bool_t rec=kFALSE)
856 {
857 // Load a module library in a given mode. Reports success.
858    Int_t imode = -1;
859    Int_t result;
860    TString smodule(module);
861    if (!strcmp(mode, "LOCAL")) imode = 0;
862    if (!strcmp(mode, "PROOF")) imode = 1;
863    if (!strcmp(mode, "GRID"))  imode = 2;
864    TString mod(module);
865    if (!mod.Length()) {
866       ::Error("AnalysisTrainNew.C::LoadLibrary", "Empty module name");
867       return kFALSE;
868    }   
869    // If a library is specified, just load it
870    if (smodule.EndsWith(".so")) {
871       mod.Remove(mod.Index(".so"));
872       result = gSystem->Load(mod);
873       if (result < 0) {
874          ::Error("AnalysisTrainNew.C::LoadLibrary", "Could not load library %s", module);
875          return kFALSE;
876       }
877       if (rec) anaLibs += Form("%s.so ",mod.Data()); 
878       return kTRUE;
879    } 
880    // Check if the library is already loaded
881    if (strlen(gSystem->GetLibraries(Form("%s.so", module), "", kFALSE)) > 0)
882       return kTRUE;    
883    switch (imode) {
884       case 0:
885       case 2:
886          if (usePAR) {
887             result = SetupPar(module);
888             if (rec) anaPars += Form("%s.par ", module);
889          } else {
890             result = gSystem->Load(Form("lib%s.so", module));
891             if (rec) anaLibs += Form("lib%s.so ", module);
892          }   
893          break;
894       case 1:
895          result = gProof->UploadPackage(module);
896          if (result<0) {
897             result = gProof->UploadPackage(gSystem->ExpandPathName(Form("$ALICE_ROOT/%s.par", module)));
898             if (result<0) {
899                ::Error("AnalysisTrainNew.C::LoadLibrary", "Could not find module %s.par in current directory nor in $ALICE_ROOT", module);
900                return kFALSE;
901             }
902          }   
903          result = gProof->EnablePackage(module);
904          break;
905       default:
906          return kFALSE;
907    }         
908    if (result < 0) {
909       ::Error("AnalysisTrainNew.C::LoadLibrary", "Could not load module %s", module);
910       return kFALSE;
911    }
912    return kTRUE;
913 }           
914
915
916 //______________________________________________________________________________
917 TChain *CreateChain(const char *mode, const char *plugin_mode)
918 {
919 // Create the input chain
920    Int_t imode = -1;
921    if (!strcmp(mode, "LOCAL")) imode = 0;
922    if (!strcmp(mode, "PROOF")) imode = 1;
923    if (!strcmp(mode, "GRID"))  imode = 2;
924    TChain *chain = NULL;
925    // Local chain
926    switch (imode) {
927       case 0:
928          if (iAODanalysis) {
929             if (!local_xmldataset.Length()) {
930                // Local AOD
931                chain = new TChain("aodTree");
932                if (gSystem->AccessPathName("data/AliAOD.root")) 
933                   ::Error("AnalysisTrainNew.C::CreateChain", "File: AliAOD.root not in ./data dir");
934                else {
935                   if (!saveTrain) chain->Add("data/AliAOD.root");
936                   else            chain->Add("../data/AliAOD.root");
937                }   
938             } else {
939                // Interactive AOD
940                chain = CreateChainSingle(local_xmldataset, "aodTree");
941             }
942          } else {      
943             if (!local_xmldataset.Length()) {
944                // Local ESD
945                chain = new TChain("esdTree");
946                if (gSystem->AccessPathName("data/AliESDs.root")) 
947                   ::Error("AnalysisTrainNew.C::CreateChain", "File: AliESDs.root not in ./data dir");
948                else {
949                   if (!saveTrain) chain->Add("data/AliESDs.root");
950                   else            chain->Add("../data/AliESDs.root");
951                }   
952             } else {
953                // Interactive ESD
954                chain = CreateChainSingle(local_xmldataset, "esdTree");
955             }   
956          }
957          break;
958       case 1:
959          break;
960       case 2:
961          if (usePLUGIN) {
962 //            AliAnalysisGrid *alienHandler = CreateAlienHandler(plugin_mode);
963 //            AliAnalysisManager::GetAnalysisManager()->SetGridHandler(alienHandler);
964          } else {
965             TString           treeName = "esdTree";
966             if (iAODanalysis) treeName = "aodTree";
967             chain = CreateChainSingle("wn.xml", treeName);
968          }
969          break;      
970       default:   
971    }
972    if (chain && chain->GetNtrees()) return chain;
973    return NULL;
974 }   
975
976 //______________________________________________________________________________
977 TChain* CreateChainSingle(const char* xmlfile, const char *treeName)
978 {
979    printf("*******************************\n");
980    printf("*** Getting the ESD Chain   ***\n");
981    printf("*******************************\n");
982    TAlienCollection * myCollection  = TAlienCollection::Open(xmlfile);
983
984    if (!myCollection) {
985       ::Error("AnalysisTrainNew.C::CreateChainSingle", "Cannot create an AliEn collection from %s", xmlfile) ;
986       return NULL ;
987    }
988
989    TChain* chain = new TChain(treeName);
990    myCollection->Reset() ;
991    while ( myCollection->Next() ) chain->Add(myCollection->GetTURL("")) ;
992    chain->ls();
993    return chain;
994 }
995
996 //______________________________________________________________________________
997 Int_t SetupPar(char* pararchivename)
998 {
999    if (!pararchivename || !strlen(pararchivename)) return -1;
1000    char processline[1024];
1001    if (gSystem->AccessPathName(Form("%s.par", pararchivename))) {
1002       if (!gSystem->AccessPathName(Form("%s/%s.par", gSystem->Getenv("ALICE_ROOT"),pararchivename))) {
1003          ::Info("AnalysisTrainNew.C::SetupPar", "Getting %s.par from $ALICE_ROOT", pararchivename);
1004          TFile::Cp(gSystem->ExpandPathName(Form("$ALICE_ROOT/%s.par", pararchivename)), 
1005                    Form("%s.par",pararchivename));
1006       } else {
1007          ::Error("AnalysisTrainNew.C::SetupPar", "Cannot find %s.par", pararchivename);
1008          return -1;
1009       }   
1010    }
1011    if (usePLUGIN && saveTrain) gSystem->Exec(Form("ln -s ../%s.par %s",pararchivename, train_name.Data()));
1012    gSystem->Exec(Form("tar xvzf %s.par", pararchivename));
1013
1014    TString ocwd = gSystem->WorkingDirectory();
1015    if (!gSystem->ChangeDirectory(pararchivename)) return -1;
1016         
1017    // check for BUILD.sh and execute
1018    if (!gSystem->AccessPathName("PROOF-INF/BUILD.sh")) {
1019       printf("*******************************\n");
1020       printf("*** Building PAR archive    ***\n");
1021       printf("*******************************\n");          
1022       if (gSystem->Exec("PROOF-INF/BUILD.sh")) {
1023          Error("runProcess","Cannot Build the PAR Archive! - Abort!");
1024          return -1;
1025       }
1026    }
1027
1028         // check for SETUP.C and execute
1029         if (!gSystem->AccessPathName("PROOF-INF/SETUP.C")) {
1030             printf("*******************************\n");
1031             printf("*** Setup PAR archive       ***\n");
1032             printf("*******************************\n");
1033             gROOT->Macro("PROOF-INF/SETUP.C");
1034         }       
1035         if (!gSystem->ChangeDirectory(ocwd.Data())) return -1;
1036    return 0;
1037 }
1038
1039 //______________________________________________________________________________
1040 AliAnalysisAlien* CreateAlienHandler(const char *plugin_mode)
1041 {
1042 // Check if user has a valid token, otherwise make one. This has limitations.
1043 // One can always follow the standard procedure of calling alien-token-init then
1044 //   source /tmp/gclient_env_$UID in the current shell.
1045    if (!AliAnalysisGrid::CreateToken()) return NULL;
1046    AliAnalysisAlien *plugin = new AliAnalysisAlien();
1047 // Set the run mode (can be "full", "test", "offline", "submit" or "terminate")
1048    plugin->SetRunMode(plugin_mode);
1049    if (useProductionMode) plugin->SetProductionMode();
1050    plugin->SetJobTag(job_tag);
1051    plugin->SetNtestFiles(1);
1052 //   plugin->SetPreferedSE("ALICE::NIHAM::File");
1053 // Set versions of used packages
1054    plugin->SetAPIVersion("V2.4");
1055    plugin->SetROOTVersion(root_version);
1056    plugin->SetAliROOTVersion(aliroot_version);
1057 // Declare input data to be processed.
1058 // Method 1: Create automatically XML collections using alien 'find' command.
1059 // Define production directory LFN
1060    plugin->SetGridDataDir(alien_datadir);
1061 // Set data search pattern
1062    if (iAODanalysis) plugin->SetDataPattern("*AliAOD.root");
1063    else              plugin->SetDataPattern("*ESD.tag.root");
1064 // ...then add run numbers to be considered
1065    if (!iAODanalysis) plugin->SetRunRange(run_range[0], run_range[1]);
1066 //   for (Int_t i=0; i<10; i++) {
1067 //      if (run_numbers[i]==0) break;
1068 //      plugin->AddRunNumber(run_numbers[i]);
1069 //   }   
1070 // Method 2: Declare existing data files (raw collections, xml collections, root file)
1071 // If no path mentioned data is supposed to be in the work directory (see SetGridWorkingDir())
1072 // XML collections added via this method can be combined with the first method if
1073 // the content is compatible (using or not tags)
1074 //   plugin->AddDataFile("tag.xml");
1075 //   plugin->AddDataFile("/alice/data/2008/LHC08c/000057657/raw/Run57657.Merged.RAW.tag.root");
1076 // Define alien work directory where all files will be copied. Relative to alien $HOME.
1077    if (iAODanalysis) plugin->SetGridWorkingDir("analysisAOD");
1078    else              plugin->SetGridWorkingDir("analysisESD");
1079 // Declare alien output directory. Relative to working directory.
1080    if (!alien_outdir.Length()) alien_outdir = Form("output_%s",train_name.Data());
1081    plugin->SetGridOutputDir(alien_outdir);
1082
1083    TString ana_sources = "";
1084    TString ana_add = "";
1085    if (usePAR && anaPars.Length()) {
1086       printf("%s\n", anaPars.Data());
1087       TObjArray *arr;
1088       TObjString *objstr;
1089       arr = anaPars.Tokenize(" ");
1090       TIter next(arr);
1091       while ((objstr=(TObjString*)next())) plugin->EnablePackage(objstr->GetString());
1092       delete arr;
1093    } 
1094    
1095 // Declare the analysis source files names separated by blancs. To be compiled runtime
1096 // using ACLiC on the worker nodes.
1097    ana_sources = ana_sources.Strip();
1098 // Declare all libraries (other than the default ones for the framework. These will be
1099 // loaded by the generated analysis macro. Add all extra files (task .cxx/.h) here.
1100    anaLibs     = anaLibs.Strip();   
1101    if (ana_sources.Length()) plugin->SetAnalysisSource(ana_sources);
1102    if (anaLibs.Length())     plugin->SetAdditionalLibs(anaLibs);
1103      
1104 // Declare the output file names separated by blancs.
1105 // (can be like: file.root or file.root@ALICE::Niham::File)
1106    plugin->SetDefaultOutputs();
1107    plugin->SetMergeExcludes(mergeExclude);
1108    plugin->SetMaxMergeFiles(maxMergeFiles);
1109    plugin->SetNrunsPerMaster(nRunsPerMaster);
1110 // Optionally define the files to be archived.
1111 //   plugin->SetOutputArchive("log_archive.zip:stdout,stderr@ALICE::NIHAM::File root_archive.zip:AliAOD.root,AOD.tag.root@ALICE::NIHAM::File");
1112    
1113    
1114    // Put default output files to archive
1115    TString listhists = "";
1116    TString listaods  = "";
1117    AliAnalysisManager *mgr = AliAnalysisManager::GetAnalysisManager();
1118    TIter next(mgr->GetOutputs());
1119    AliAnalysisDataContainer *output;
1120    while ((output=(AliAnalysisDataContainer*)next())) {
1121       const char *filename = output->GetFileName();
1122       if (!(strcmp(filename, "default"))) {
1123          if (!mgr->GetOutputEventHandler()) continue;
1124          filename = mgr->GetOutputEventHandler()->GetOutputFileName();
1125          if (listaods.Length()) listaods += ",";
1126          listaods += filename;
1127       } else {
1128          if (listhists.Contains(filename)) continue;
1129          if (listhists.Length()) listhists += ",";
1130          listhists += filename;
1131       }
1132    }
1133    if (mgr->GetExtraFiles().Length()) {
1134       if (listaods.Length()) listaods += ",";
1135       listaods += mgr->GetExtraFiles();
1136       listaods.ReplaceAll(" ", ",");
1137    }
1138    if (listhists.Length()) listhists = Form("hist_archive.zip:%s@%s", listhists.Data(), outputStorages.Data());;
1139    if (listaods.Length())  listaods  = Form("aod_archive.zip:%s@%s", listaods.Data(), outputStorages.Data());;
1140    if (!listhists.Length() && !listaods.Length()) {
1141       ::Fatal("AnalysisTrainNew", "No task output !");
1142    }
1143    TString outputArchive = "log_archive.zip:stdout,stderr@ALICE::CERN::SE";
1144    if (listaods.Length()) {
1145       outputArchive += " ";
1146       outputArchive += listaods;
1147    }   
1148    if (listhists.Length()) {
1149       outputArchive += " ";
1150       outputArchive += listhists;
1151    }   
1152 // Set friends
1153 //   if (iAODanalysis && iPWG3d2h) 
1154 //      plugin->SetFriendChainName("AliAOD.VertexingHF.root");
1155    plugin->SetOutputArchive(outputArchive);
1156 // Optionally set a name for the generated analysis macro (default MyAnalysis.C)
1157    plugin->SetAnalysisMacro(Form("%s.C", train_name.Data()));
1158 // Optionally set maximum number of input files/subjob (default 100, put 0 to ignore)
1159    plugin->SetSplitMaxInputFileNumber(nFilesPerJob);
1160 // Optionally set number of failed jobs that will trigger killing waiting sub-jobs.
1161 //   plugin->SetMaxInitFailed(5);
1162 // Optionally resubmit threshold.
1163 //   plugin->SetMasterResubmitThreshold(90);
1164 // Optionally set time to live (default 30000 sec)
1165    plugin->SetTTL(100000);
1166 // Optionally set input format (default xml-single)
1167    plugin->SetInputFormat("xml-single");
1168 // Optionally modify the name of the generated JDL (default analysis.jdl)
1169    plugin->SetJDLName(Form("%s.jdl", train_name.Data()));
1170 // Optionally modify the executable name (default analysis.sh)
1171    plugin->SetExecutable(Form("%s.sh", train_name.Data()));
1172 // Optionally modify job price (default 1)
1173    plugin->SetPrice(1);      
1174 // Optionally modify split mode (default 'se')    
1175    plugin->SetSplitMode("se");
1176    return plugin;
1177 }
1178
1179 //______________________________________________________________________________
1180 void WriteConfig()
1181 {
1182 // Write train configuration in a file. The file name has the format:
1183 // train_[trainName]_ddMonthyyyy_time.C
1184    if (useDATE) {
1185       gSystem->Exec("date +%d%b%Y_%Hh%M > date.tmp");
1186       ifstream fdate("date.tmp");
1187       if (!fdate.is_open()) {
1188          ::Error("AnalysisTrainNew.C::Export","Could not generate file name");
1189          return;
1190       }
1191       const char date[64];
1192       fdate.getline(date,64);
1193       fdate.close();
1194       gSystem->Exec("rm date.tmp");
1195       train_name = Form("train_%s_%s", train_name.Data(), date);
1196    } else {
1197       train_name = Form("train_%s", train_name.Data());
1198    }   
1199    TString cdir = gSystem->WorkingDirectory();
1200    gSystem->MakeDirectory(train_name);
1201    gSystem->ChangeDirectory(train_name);
1202    ofstream out;
1203    out.open(Form("%sConfig.C",train_name.Data()), ios::out); 
1204    if (out.bad()) {
1205       ::Error("AnalysisTrainNew.C::Export", "Cannot open ConfigTrain.C for writing");
1206       return;
1207    }
1208    out << "{" << endl;
1209    out << "   train_name      = " << "\"" << train_name.Data() << "\";" << endl;
1210    out << "   proof_cluster   = " << "\"" << proof_cluster.Data() << "\";" << endl;
1211    out << "   useAFPAR        = " << useAFPAR << ";" << endl;
1212    if (useAFPAR) 
1213       out << "   AFversion       = " << AFversion.Data() << ";" << endl;
1214    out << "   proof_dataset   = " << "\"" << proof_dataset.Data() << "\";" << endl;
1215    out << "   usePLUGIN       = " << usePLUGIN << ";" << endl;
1216    out << "   usePAR          = " << usePAR << ";" << endl;
1217    out << "   useCPAR         = " << useCPAR << ";" << endl;
1218    out << "   root_version    = " << "\"" << root_version.Data() << "\";" << endl;
1219    out << "   aliroot_version = " << "\"" << aliroot_version.Data() << "\";" << endl;
1220    out << "   alien_datadir   = " << "\"" << alien_datadir.Data() << "\";" << endl;
1221    if (!alien_outdir.Length()) alien_outdir = Form("output_%s",train_name.Data());
1222    out << "   alien_outdir    = " << "\"" << alien_outdir.Data() << "\";" << endl;
1223    out << "   maxMergeFiles   = " << maxMergeFiles << ";" << endl;
1224    out << "   mergeExclude    = " << "\"" << mergeExclude.Data() << "\";" << endl;
1225    out << "   nRunsPerMaster  = " << nRunsPerMaster << ";" << endl;
1226    out << "   nFilesPerJob    = " << nFilesPerJob << ";" << endl;
1227 //   for (Int_t i=0; i<10; i++) {
1228 //      if (run_numbers[i]) 
1229 //         out << "   run_numbers[" << i << "]  = " << run_numbers[i] << ";" << endl;
1230 //   }
1231    out << "   run_range[0]    = " << run_range[0] << ";" << endl;
1232    out << "   run_range[1]    = " << run_range[1] << ";" << endl;
1233    out << "   useDBG          = " << useDBG << ";" << endl;
1234    out << "   useMC           = " << useMC << ";" << endl;
1235    out << "   useTAGS         = " << useTAGS << ";" << endl;
1236    out << "   useKFILTER      = " << useKFILTER << ";" << endl;
1237    out << "   useTR           = " << useTR << ";" << endl;
1238    out << "   useCORRFW       = " << useCORRFW << ";" << endl;
1239    out << "   useAODTAGS      = " << useAODTAGS << ";" << endl;
1240    out << "   saveTrain       = " << "kFALSE;" << endl << endl;
1241    out << "   // Analysis modules" << endl;
1242    out << "   iAODanalysis    = " << iAODanalysis << ";" << endl;
1243    out << "   iAODhandler     = " << iAODhandler << ";" << endl;
1244    out << "   iESDfilter      = " << iESDfilter << ";" << endl;
1245    out << "   iMUONcopyAOD    = " << iMUONcopyAOD << ";" << endl;
1246    out << "   iJETAN          = " << iJETAN << ";" << endl;
1247    out << "   iPWG4partcorr   = " << iPWG4partcorr << ";" << endl;
1248    out << "   iPWG4gammaconv  = " << iPWG4gammaconv << ";" << endl;
1249    out << "   iPWG4omega3pi   = " << iPWG4omega3pi << ";" << endl;
1250    out << "   iPWG3vertexing  = " << iPWG3vertexing << ";" << endl;   
1251    out << "   iPWG3hfe        = " << iPWG3hfe << ";" << endl;   
1252    out << "   iPWG3d2h        = " << iPWG3d2h << ";" << endl;   
1253    out << "   iPWG2femto      = " << iPWG2femto << ";" << endl;
1254    out << "   iPWG2spectra    = " << iPWG2spectra << ";" << endl;
1255    out << "     iPWG2protons      = " << iPWG2protons << ";" << endl;
1256    out << "     iPWG2checkcascade = " << iPWG2checkcascade << ";" << endl;
1257    out << "     iPWG2perfcascade  = " << iPWG2perfcascade << ";" << endl;
1258    out << "     iPWG2checkv0      = " << iPWG2checkv0 << ";" << endl;
1259    out << "     iPWG2strange      = " << iPWG2strange << ";" << endl;
1260    out << "   iPWG2flow       = " << iPWG2flow << ";" << endl;
1261    out << "   iPWG2res        = " << iPWG2res << ";" << endl;
1262    out << "     iPWG2rsneff   = " << iPWG2rsneff << ";" << endl;
1263    out << "   iPWG2kink       = " << iPWG2kink << ";" << endl;
1264    out << "     iPWG2kinkESDMC    = " << iPWG2kinkESDMC << ";" << endl;
1265    out << "     iPWG2kinkres      = " << iPWG2kinkres << ";" << endl;
1266    out << "     iPWG2kinklikesign = " << iPWG2kinklikesign << ";" << endl;
1267    out << "   iPWG2unicor     = " << iPWG2unicor << ";" << endl;
1268    out << "   iPWG2evchar     = " << iPWG2evchar << ";" << endl;
1269    out << "   iPWG2forward    = " << iPWG2forward << ";" << endl << endl;
1270    out << "// Configuration fot the wagons" << endl;
1271    out << "   configPWG2femto = \"" << configPWG2femto << "\";" << endl;
1272    out << "}" << endl;
1273    ::Info("AnalysisTrainNew.C::WriteConfig", "Train configuration wrote to file %s", Form("config_%s.C", train_name.Data()));
1274    gSystem->ChangeDirectory(cdir);
1275 }   
1276
1277 //______________________________________________________________________________
1278 Bool_t LoadConfig(const char *filename)
1279 {
1280 // Read train configuration from file
1281    if (gSystem->AccessPathName(filename)) {
1282       ::Error("AnalysisTrainNew.C::LoadConfig", "Config file name not found");
1283       return kFALSE;
1284    }   
1285    gROOT->ProcessLine(Form(".x %s", filename));
1286    ::Info("AnalysisTrainNew.C::LoadConfig", "Train configuration loaded from file %s", filename);
1287    return kTRUE;
1288 }