ANALYSIS/macros/AnalysisTrainNewFilterAOD.C

   1 //===================== ANALYSIS TRAIN =========================================
   2 // To use: copy this macro to your work directory, modify the global part to match
   3 // your needs, then run root.
   4 //    root[0] .L AnalysisTrain.C
   5 // Grid full mode as below (other modes: test, offline, submit, terminate)
   6 //    root[1] AnalysisTrainNew("grid", "full")
   7 // CAF mode (requires root v5-23-02 + aliroot v4-16-Rev08)
   8 //    root[2] AnalysisTrainNew("proof")
   9 // Local mode requires AliESds.root or AliAOD.root in ./data directory
  10 //    root[3] AnalysisTrainNew("local")
  11 // In proof and grid modes, a token is needed and sourcing the produced environment file.
  12 //
  13 // If 'saveTrain' flag is set, the train will generate a directory name and run
  14 // in this directory. A configuration file 'ConfigTrain.C' will be generated.
  15 // One can replay at any time the train via:
  16 //    root[1] AnalysisTrainNew(ana_mode, plugin_mode, "train_default_<date>/ConfigTrain.C")
  17
  18 //==================   TRAIN NAME   ============================================
  19 TString     train_name         = "FILTERpass1"; // local folder name
  20 TString     train_tag          = "_PbPb";        // Train special tag appended to
  21                                             // visible name. ("data", "sim", "pp", "highmult", ...)
  22                // Name in train page (DON'T CHANGE)
  23 TString     visible_name       = Form("FILTER%s$2_$3", train_tag.Data()); //# FIXED #
  24                // Add train composition and other comments
  25 TString     job_comment        = "tenders w. TOF corrections, centrality, AODstd(+jets), vertexing_highmult";
  26 TString     job_tag            = Form("%s: %s", visible_name.Data(), job_comment.Data());
  27 //==============================================================================
  28
  29 // ### Settings that make sense in PROOF only
  30 //==============================================================================
  31 TString     proof_cluster      = "alice-caf.cern.ch";
  32 Bool_t      useAFPAR           = kFALSE;  // use AF special par file
  33 TString     AFversion          = "AF-v4-17";
  34 // Change CAF dataset here
  35 TString     proof_dataset      = "/COMMON/COMMON/LHC09a4_run8100X#/esdTree";
  36 TString     proof_outdir       = "";
  37
  38 // ### Settings that make sense when using the Alien plugin
  39 //==============================================================================
  40 Int_t       runOnData          = 1;       // Set to 1 if processing real data
  41 Int_t       iCollision         = 1;       // 0=pp, 1=Pb-Pb
  42 Bool_t      usePLUGIN          = kTRUE;   // do not change
  43 Bool_t      useProductionMode  = kTRUE;   // use the plugin in production mode
  44 // Usage of par files ONLY in grid mode and ONLY if the code is not available
  45 // in the deployed AliRoot versions. Par file search path: local dir, if not there $ALICE_ROOT.
  46 // To refresh par files, remove the ones in the workdir, then do "make <target.par>" in
  47 // AliRoot.
  48 Bool_t      usePAR             = kFALSE;  // use par files for extra libs
  49 Bool_t      useCPAR            = kFALSE;  // use par files for common libs
  50 TString     root_version       = "v5-27-06b";  // *CHANGE ME IF MORE RECENT IN GRID*
  51 TString     aliroot_version    = "v4-21-14-AN";  // *CHANGE ME IF MORE RECENT IN GRID*
  52 // Change production base directory here (test mode)
  53 TString     alien_datadir      = "/alice/data/2010/LHC10h";
  54                // Work directory in GRID (DON'T CHANGE)
  55 TString     grid_workdir       = "/alice/cern.ch/user/a/alidaq/AOD/AOD$2";
  56                // Data pattern - change as needed for test mode
  57 TString     data_pattern       = "*ESDs/pass1/*ESDs.root";
  58 // Set the run range
  59 Int_t run_numbers[10] = {137844}; // **********************!!!!!!!
  60 //Int_t       run_range[2]       =  {114786, 114949};  // LHC09a7   *CHANGE ME*
  61 // AliEn output directory. If blank will become output_<train_name>
  62                // Output directory (DON'T CHANGE)
  63 TString     alien_outdir       = "$1/AOD$2";
  64                // Input collection (production mode)
  65 TString     data_collection    = "$1/qa1.xml";
  66 // Output folder to write delta AOD's. Considered if not null.
  67 TString     outputSingleFolder = "";
  68 //TString     outputSingleFolder = "deltas";
  69 // Number of files merged in a chunk
  70 Int_t       maxMergeFiles      = 10;
  71 // Number of test files
  72 Int_t       nTestFiles         = 3;
  73 // Files that should not be merged
  74 TString     mergeExclude       = "AliAOD.root AliAOD.VertexingHF.root AliAOD.Jets.root deltaAODPartCorr.root AliAOD.Muons.root AliAOD.Dimuons.root AliAOD.Dielectron.root AliAODCentrality.root";
  75 // Make replicas on the storages below
  76 TString     outputStorages      = "disk=4";
  77 // Number of runs per master job
  78 Int_t       nRunsPerMaster     = 10;
  79 // Maximum number of files per job (gives size of AOD)
  80 Int_t       nFilesPerJob       = 20;
  81 // Int_t       nFilesPerJob       = 1; (AOD->delta AOD production case)
  82 // ### Settings that make sense only for local analysis
  83 //==============================================================================
  84 // Change local xml dataset for local interactive analysis
  85 TString     local_xmldataset   = "";
  86
  87 // ### Other flags to steer the analysis
  88 //==============================================================================
  89 Bool_t      usePhysicsSelection = kTRUE; // use physics selection
  90 Bool_t      useTender           = kTRUE; // use tender wagon
  91 Bool_t      useCentrality       = kTRUE; // centrality delta AOD
  92 Bool_t      useV0tender         = kFALSE;  // use V0 correction in tender
  93 Bool_t      useMergeViaJDL      = kTRUE;  // merge via JDL
  94 Bool_t      useFastReadOption   = kFALSE;  // use xrootd tweaks
  95 Bool_t      useOverwriteMode    = kTRUE;  // overwrite existing collections
  96 Bool_t      useDATE             = kFALSE; // use date in train name
  97 Bool_t      useDBG              = kTRUE;  // activate debugging
  98 Bool_t      useMC               = kFALSE;  // use MC info
  99 Bool_t      useTAGS             = kFALSE;  // use ESD tags for selection
 100 Bool_t      useKFILTER          = kFALSE;  // use Kinematics filter
 101 Bool_t      useTR               = kFALSE;  // use track references
 102 Bool_t      useCORRFW           = kFALSE; // do not change
 103 Bool_t      useAODTAGS          = kFALSE; // use AOD tags
 104 Bool_t      saveTrain           = kTRUE;  // save train configuration as:
 105 Bool_t      saveCanvases        = kFALSE;  // save canvases created in Terminate
 106 Bool_t      saveProofToAlien    = kFALSE; // save proof outputs in AliEn
 107
 108 // ### Analysis modules to be included. Some may not be yet fully implemented.
 109 //==============================================================================
 110 Int_t       iAODanalysis       = 0;      // Analysis on input AOD's
 111 Int_t       iAODhandler        = 1;      // Analysis produces an AOD or dAOD's
 112 Int_t       iESDfilter         = 1;      // ESD to AOD filter (barrel + muon tracks)
 113 Int_t       iMUONcopyAOD       = 1;      // Task that copies only muon events in a separate AOD (PWG3)
 114 Int_t       iMakeDimuonAOD     = 0;      // AliAOD.Dimuons.root
 115 Int_t       iJETAN             = 1;      // Jet analysis (PWG4)
 116 Int_t       iJETANdelta        = 0;      // Jet delta AODs
 117 Int_t       iPWG4partcorr      = 0;      // Gamma-hadron correlations task (PWG4)
 118 Int_t       iPWG4gammaconv     = 0;      // Gamma conversion analysis (PWG4)
 119 Int_t       iPWG4omega3pi      = 0;      // Omega to 3 pi analysis (PWG4)
 120 Int_t       iPWG3vertexing     = 0;//1      // Vertexing HF task (PWG3)
 121 Int_t       iPWG3hfe           = 0;      // Electrons analysis (PWG3)
 122 Int_t       iPWG3JPSIfilter    = 0;      // JPSI filtering (PWG3)
 123 Int_t       iPWG3JPSI          = 0;      // JPSI analysis (PWG3)
 124 Int_t       iPWG3d2h           = 0;      // D0->2 hadrons (PWG3)
 125 Int_t        iPWG3d0mass       = 1;      // D0 mass (PWG3D2H)
 126 Int_t        iPWG3d0massLS     = 1;      // D0 mass LS (PWG3D2H)
 127 Int_t        iPWG3dplus        = 1;      // D+ analysis (PWG3D2H)
 128 Int_t        iPWG3LSd0         = 1;      // LS D0 analysis (PWG3D2H)
 129 Int_t        iPWG3LSjpsi       = 1;      // LS J/Psi analysis (PWG3D2H)
 130 Int_t        iPWG3CFd0         = 1;      // CF D0 analysis (PWG3D2H)
 131 Int_t        iPWG3promptd0     = 1;      // prompt D0 analysis (PWG3D2H)
 132 Int_t       iPWG3MuonTrain     = 0;      // Muon analysis train
 133 Int_t       iPWG2femto         = 0;      // Femtoscopy task (PWG2)
 134 Int_t       iPWG2spectra       = 0;      // Spectra tasks (PWG2
 135 Int_t        iPWG2protons      = 1;         // Proton-antiproton analysis
 136 Int_t        iPWG2checkcascade = 1;         // Check cascades task
 137 Int_t        iPWG2perfcascade  = 1;         // Check performance cascade
 138 Int_t        iPWG2checkv0      = 1;         // Check V0 task
 139 Int_t        iPWG2strange      = 1;         // Strangeness task
 140 Int_t        iPWG2central      = 1;         // Anisothropy in central collisions
 141 Int_t       iPWG2flow          = 0;      // Flow analysis tasks (PWG2)
 142 Int_t       iPWG2res           = 0;      // Resonances task (PWG2)
 143 Int_t        iPWG2rsneff       = 0;      // Resonances efficiency
 144 Int_t       iPWG2kink          = 0;      // Kink analysis tasks (PWG2)
 145 Int_t        iPWG2kinkESDMC    = 1;         // Kink ESD-MC comparison (PWG2)
 146 Int_t        iPWG2kinkLSKstar  = 1;      // Kink like-sign K* (PWG2)
 147 Int_t        iPWG2kinkLSL1520  = 1;      // Kink like-sign L1520 (PWG2)
 148 Int_t        iPWG2kinkLSPhi    = 1;      // Kink like-sign Phi (PWG2)
 149 Int_t        iPWG2kinkKstarESD = 1;      // Kink Kstar ESD (PWG2)
 150 Int_t        iPWG2kinkKstarMC  = 1;      // Kink Kstar MC (PWG2)
 151 Int_t        iPWG2kinkL1520ESD = 1;      // Kink L1520 ESD (PWG2)
 152 Int_t        iPWG2kinkL1520MC  = 1;      // Kink L1520 MC (PWG2)
 153 Int_t        iPWG2kinkPhiESD   = 1;      // Kink resonances Phi ESD (PWG2)
 154 Int_t        iPWG2kinkPhiMC    = 1;      // Kink resonances Phi MC (PWG2)
 155 Int_t       iPWG2evchar        = 0;      // Event characteristics (PWG2)
 156 Int_t       iPWG2unicor        = 0;      // Unicor analysis (PWG2)
 157 Int_t       iPWG2forward       = 0;      // FMD analysis (PWG2)
 158
 159 // ### Configuration macros used for each module
 160 //==============================================================================
 161 TString     configPWG2femto    = "$ALICE_ROOT/PWG2/FEMTOSCOPY/macros/Train/Train3/ConfigFemtoAnalysis.C";
 162 TString     configPWG3d2h      = "$ALICE_ROOT/PWG3/vertexingHF/ConfigVertexingHF_highmult.C";
 163 //TString     configPWG3d2h      = "$ALICE_ROOT/PWG3/vertexingHF/ConfigVertexingHF.C";
 164 // Temporaries.
 165 TString anaPars = "";
 166 TString anaLibs = "";
 167 // Function signatures
 168 class AliAnalysisAlien;
 169
 170 //______________________________________________________________________________
 171 void AnalysisTrainNew(const char *analysis_mode="grid",
 172                       const char *plugin_mode="full",
 173                       const char *config_file="")
 174 {
 175 // Main analysis train macro. If a configuration file is provided, all parameters
 176 // are taken from there but may be altered by CheckModuleFlags.
 177    if (strlen(config_file) && !LoadConfig(config_file)) return;
 178    TString smode(analysis_mode);
 179    smode.ToUpper();
 180    TString spmode(plugin_mode);
 181    spmode.ToLower();
 182    if (spmode == "test") useProductionMode = kFALSE;
 183    // Check compatibility of selected modules
 184    CheckModuleFlags(smode);
 185    if (saveTrain)              WriteConfig();
 186
 187    printf("==================================================================\n");
 188    printf("===========    RUNNING ANALYSIS TRAIN %s IN %s MODE   ==========\n", train_name.Data(),smode.Data());
 189    printf("==================================================================\n");
 190    printf("=  Configuring analysis train for:                               =\n");
 191    if (iAODanalysis) printf("=  AOD analysis                                                  =\n");
 192    else              printf("=  ESD analysis                                                  =\n");
 193    if (usePhysicsSelection)   printf("=  Physics selection                                                =\n");
 194    if (useTender)    printf("=  TENDER                                                        =\n");
 195    if (iESDfilter)   printf("=  ESD filter                                                    =\n");
 196    if (iMUONcopyAOD) printf("=  MUON copy AOD                                                 =\n");
 197    if (iJETAN)       printf("=  Jet analysis                                                  =\n");
 198    if (iJETANdelta)  printf("=     Jet delta AODs                                             =\n");
 199    if (iPWG2spectra) {
 200       printf("=  PWG2 SPECTRA tasks :                                          =\n");
 201       if (iPWG2protons)      printf("=     PWG2 proton-antiproton                                     =\n");
 202       if (iPWG2checkcascade) printf("=     PWG2 check cascades                                        =\n");
 203       if (iPWG2perfcascade)  printf("=     PWG2 performance cascades                                  =\n");
 204       if (iPWG2checkv0)      printf("=     PWG2 check V0                                              =\n");
 205       if (iPWG2strange)      printf("=     PWG2 strangeness                                           =\n");
 206       if (iPWG2central)      printf("=     PWG2 central                                               =\n");
 207    }
 208    if (iPWG2femto) {
 209       printf("=  PWG2 femtoscopy                                               =\n");
 210       printf("   +++ configured by: %s\n", configPWG2femto.Data());
 211    }
 212    if (iPWG2flow)    printf("=  PWG2 flow                                                     =\n");
 213    if (iPWG2res)     printf("=  PWG2 resonances                                               =\n");
 214       if (iPWG2rsneff)    printf("=     PWG2 resonances efficiency                                    =\n");
 215    if (iPWG2kink) {
 216       printf("=  PWG2 kink analysis tasks:                                     =\n");
 217       if (iPWG2kinkESDMC)    printf("=     PWG2 ESD-MC kinks                                          =\n");
 218       if (iPWG2kinkLSKstar)  printf("=     PWG2 kink like-sign analysis K*                            =\n");
 219       if (iPWG2kinkLSL1520)  printf("=     PWG2 kink like-sign analysis L1520                         =\n");
 220       if (iPWG2kinkLSPhi)    printf("=     PWG2 kink like-sign analysis Phi                           =\n");
 221       if (iPWG2kinkKstarESD) printf("=     PWG2 kink Kstar ESD analysis                               =\n");
 222       if (iPWG2kinkKstarMC)  printf("=     PWG2 kink Kstar MC analysis                                =\n");
 223       if (iPWG2kinkL1520ESD) printf("=     PWG2 kink L1520 ESD analysis                               =\n");
 224       if (iPWG2kinkL1520MC)  printf("=     PWG2 kink L1520 MC analysis                                =\n");
 225       if (iPWG2kinkPhiESD) printf("=     PWG2 kink Phi ESD analysis                                 =\n");
 226       if (iPWG2kinkPhiMC)  printf("=     PWG2 kink Phi MC analysis                                  =\n");
 227   }
 228    if (iPWG2evchar)    printf("=  PWG2 event characteristics                                    =\n");
 229    if (iPWG2unicor)    printf("=  PWG2 Unicor analysis                                          =\n");
 230    if (iPWG2forward)   printf("=  PWG2 forward: sharing, density, bkg. correction, dNdEta       =\n");
 231    if (iPWG3vertexing) printf("=  PWG3 vertexing                                                =\n");
 232    if (iPWG3hfe)       printf("=  PWG3 electrons                                                =\n");
 233    if (iPWG3JPSIfilter) printf("=  PWG3 j/psi filter                                             =\n");
 234    if (iPWG3JPSI)      printf("=  PWG3 j/psi                                                    =\n");
 235    if (iPWG3d2h) {
 236       printf("=  PWG3 D0->2 hadrons tasks                                      =\n");
 237       printf("   +++ configured by: %s\n", configPWG3d2h.Data());
 238       if (iPWG3d0mass)       printf("=     PWG3 D0 mass                                               =\n");
 239       if (iPWG3d0massLS)     printf("=     PWG3 D0 mass LS                                            =\n");
 240       if (iPWG3dplus)        printf("=     PWG3 D+ analysis                                           =\n");
 241       if (iPWG3LSd0)         printf("=     PWG3 LS D0                                                 =\n");
 242       if (iPWG3LSjpsi)       printf("=     PWG3 LS J/Psi                                              =\n");
 243       if (iPWG3CFd0)         printf("=     PWG3 CF D0                                                 =\n");
 244       if (iPWG3promptd0)     printf("=     PWG3 prompt D0                                             =\n");
 245    }
 246    if (iPWG3MuonTrain) printf("=  PWG3 muon train                                               =\n");
 247    if (iPWG4partcorr)  printf("=  PWG4 gamma-hadron, pi0 and gamma-jet correlations             =\n");
 248    if (iPWG4gammaconv) printf("=  PWG4 gamma conversion                                         =\n");
 249    if (iPWG4omega3pi)  printf("=  PWG4 omega to 3 pions                                         =\n");
 250    printf("==================================================================\n");
 251    printf(":: use physics selection: %d\n", (UInt_t)usePhysicsSelection);
 252    printf(":: use centrality:        %d\n", (UInt_t)useCentrality);
 253    printf(":: use xrootd tweaks:     %d\n", (UInt_t)useFastReadOption);
 254    printf(":: use overwrite xml    : %d\n", (UInt_t)useOverwriteMode);
 255    printf(":: use merge via JDL:     %d\n", (UInt_t)useMergeViaJDL);
 256    printf(":: use MC truth:          %d\n", (UInt_t)useMC);
 257    printf(":: use KINE filter:       %d\n", (UInt_t)useKFILTER);
 258    printf(":: use track references:  %d\n", (UInt_t)useTR);
 259    printf(":: use tags:              %d\n", (UInt_t)useTAGS);
 260    printf(":: use AOD tags:          %d\n", (UInt_t)useAODTAGS);
 261    printf(":: use debugging:         %d\n", (UInt_t)useDBG);
 262    printf(":: use PAR files:         %d\n", (UInt_t)usePAR);
 263    printf(":: use AliEn plugin:      %d\n", (UInt_t)usePLUGIN);
 264
 265    //==========================================================================
 266    // Connect to back-end system
 267 //   if (!Connect(smode)) {
 268 //      ::Error("AnalysisTrain", "Could not connect to %s back-end", analysis_mode);
 269 //      return;
 270 //   }
 271
 272    // Load common libraries and set include path
 273    if (!LoadCommonLibraries(smode)) {
 274       ::Error("AnalysisTrain", "Could not load common libraries");
 275       return;
 276    }
 277
 278    // Make the analysis manager and connect event handlers
 279    AliAnalysisManager *mgr  = new AliAnalysisManager("Analysis Train", "Production train");
 280    if (saveProofToAlien) mgr->SetSpecialOutputLocation(proof_outdir);
 281    if (!strcmp(plugin_mode, "test")) mgr->SetNSysInfo(1);
 282    // Load analysis specific libraries
 283    if (!LoadAnalysisLibraries(smode)) {
 284       ::Error("AnalysisTrain", "Could not load analysis libraries");
 285       return;
 286    }
 287
 288    // Create input handler (input container created automatically)
 289    if (iAODanalysis) {
 290    // AOD input handler
 291       AliAODInputHandler *aodH = new AliAODInputHandler();
 292       if (iPWG3d2h) aodH->AddFriend("AliAOD.VertexingHF.root");
 293       mgr->SetInputEventHandler(aodH);
 294    } else {
 295    // ESD input handler
 296       AliESDInputHandler *esdHandler = new AliESDInputHandler();
 297       if (useTAGS) esdHandler->SetReadTags();
 298       mgr->SetInputEventHandler(esdHandler);
 299    }
 300    // Monte Carlo handler
 301    if (useMC && !iAODanalysis) {
 302       AliMCEventHandler* mcHandler = new AliMCEventHandler();
 303       mgr->SetMCtruthEventHandler(mcHandler);
 304       mcHandler->SetReadTR(useTR);
 305    }
 306    // AOD output container, created automatically when setting an AOD handler
 307    if (iAODhandler) {
 308       // AOD output handler
 309       AliAODHandler* aodHandler   = new AliAODHandler();
 310       aodHandler->SetOutputFileName("AliAOD.root");
 311       mgr->SetOutputEventHandler(aodHandler);
 312       if (iAODanalysis) {
 313          aodHandler->SetFillAOD(kFALSE);
 314          aodHandler->SetCreateNonStandardAOD();
 315          if (iJETAN)         aodHandler->SetOutputFileName("AliAOD.Jets.root");
 316 //         if (iPWG3vertexing) aodHandler->SetOutputFileName("AliAOD.VertexingHF.root");
 317       }
 318    }
 319    // Debugging if needed
 320    if (useDBG) mgr->SetDebugLevel(3);
 321    if (saveCanvases) mgr->SetSaveCanvases(kTRUE);
 322
 323    //==========================================================================
 324    // Create the chain. In this example it is created only from ALIEN files but
 325    // can be done to work in batch or grid mode as well.
 326    TChain *chain = CreateChain(smode, plugin_mode);
 327
 328    //==========================================================================
 329    // Load the tasks configuration macros for all wagons. These files are supposed now to be
 330    // in the current workdir, but in AliEn they will be in the file catalog,
 331    // mapped from AliRoot and pecified in the jdl input list.
 332
 333    // For now connection to top input container and common AOD output container
 334    // is done in this macro, but in future these containers will be connected
 335    // from each task configuration macro.
 336
 337    AddAnalysisTasks();
 338
 339    // Run the analysis
 340    //
 341    if (usePLUGIN) {
 342       AliAnalysisGrid *alienHandler = CreateAlienHandler(plugin_mode);
 343       AliAnalysisManager::GetAnalysisManager()->SetGridHandler(alienHandler);
 344    }
 345
 346    if (mgr->InitAnalysis()) {
 347       mgr->PrintStatus();
 348       if (saveTrain || strlen(config_file)) gSystem->ChangeDirectory(train_name);
 349       StartAnalysis(smode, chain);
 350    }
 351 }
 352
 353 //______________________________________________________________________________
 354 void AddAnalysisTasks()
 355 {
 356 // Add all analysis task wagons to the train
 357    AliAnalysisManager *mgr = AliAnalysisManager::GetAnalysisManager();
 358
 359   //
 360   // Tender and supplies. Needs to be called for every event.
 361   //
 362    if (useTender) {
 363       gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/ANALYSIS/TenderSupplies/AddTaskTender.C");
 364       // IF V0 tender needed, put kTRUE below
 365       AliAnalysisTaskSE *tender = AddTaskTender(useV0tender);
 366 //      tender->SetDebugLevel(2);
 367    }
 368
 369    if (usePhysicsSelection) {
 370    // Physics selection task
 371       gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/ANALYSIS/macros/AddTaskPhysicsSelection.C");
 372       mgr->RegisterExtraFile("event_stat.root");
 373       AliPhysicsSelectionTask *physSelTask = AddTaskPhysicsSelection(useMC);
 374       mgr->AddStatisticsTask();
 375    }
 376
 377    if (useCentrality) {
 378       gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/ANALYSIS/macros/AddTaskCentrality.C");
 379       AliCentralitySelectionTask *taskCentrality = AddTaskCentrality();
 380    }
 381
 382    if (iESDfilter && !iAODanalysis) {
 383       //  ESD filter task configuration.
 384       gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/ANALYSIS/macros/AddTaskESDFilter.C");
 385       if (iMUONcopyAOD) {
 386          printf("Registering delta AOD file\n");
 387          mgr->RegisterExtraFile("AliAOD.Muons.root");
 388         if ( iMakeDimuonAOD )
 389         {
 390           mgr->RegisterExtraFile("AliAOD.Dimuons.root");
 391         }
 392         AliAnalysisTaskESDfilter *taskesdfilter = AddTaskESDFilter(useKFILTER, kTRUE,(iMakeDimuonAOD==1), usePhysicsSelection, kFALSE, kTRUE);
 393       } else {
 394         AliAnalysisTaskESDfilter *taskesdfilter = AddTaskESDFilter(useKFILTER, kFALSE, kFALSE, usePhysicsSelection,kFALSE, kTRUE);
 395       }
 396    }
 397
 398    // AOD tags
 399    if (useAODTAGS) {
 400       AliAnalysisTaskTagCreator* tagTask = new AliAnalysisTaskTagCreator("AOD Tag Creator");
 401       mgr->AddTask(tagTask);
 402       AliAnalysisDataContainer *coutTags = mgr->CreateContainer("cTag",  TTree::Class(),
 403                                            AliAnalysisManager::kOutputContainer, "AOD.tag.root");
 404       mgr->ConnectInput (tagTask, 0, mgr->GetCommonInputContainer());
 405       mgr->ConnectOutput(tagTask, 1, coutTags);
 406    }
 407
 408 // ********** PWG2 wagons ******************************************************
 409    AliAnalysisManager::SetCommonFileName("PWG2histograms.root");
 410
 411    // Proton analysis
 412    if (iPWG2spectra) {
 413       // protons
 414       if (iPWG2protons) {
 415         gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG2/SPECTRA/macros/AddTaskProtons.C");
 416         AliAnalysisTaskProtons *taskprotons = AddTaskProtons();
 417         if (!taskprotons) ::Warning("AnalysisTrainNew", "AliAnalysisTaskProtons cannot run for this train conditions - EXCLUDED");
 418       }
 419       // cascades
 420       if (iPWG2checkcascade) {
 421         gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG2/SPECTRA/macros/AddTaskCheckCascade.C");
 422         AliAnalysisTaskCheckCascade *taskcheckcascade = AddTaskCheckCascade(iCollision,runOnData);
 423         if (!taskcheckcascade) ::Warning("AnalysisTrainNew", "AliAnalysisTaskCheckCascade cannot run for this train conditions - EXCLUDED");
 424       }
 425       // v0's
 426       if (iPWG2checkv0) {
 427         gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG2/SPECTRA/macros/AddTaskCheckV0.C");
 428         AliAnalysisTaskCheckV0 *taskcheckV0 = AddTaskCheckV0();
 429         if (!taskcheckV0) ::Warning("AnalysisTrainNew", "AliAnalysisTaskCheckV0 cannot run for this train conditions - EXCLUDED");
 430       }
 431       // strangeness
 432       if (iPWG2strange) {
 433         gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG2/SPECTRA/macros/AddTaskStrange.C");
 434         AliAnalysisTaskStrange *taskstrange = AddTaskStrange();
 435         if (!taskstrange) ::Warning("AnalysisTrainNew", "AliAnalysisTaskStrange cannot run for this train conditions - EXCLUDED");
 436       }
 437       // performance cascades
 438       if (iPWG2perfcascade) {
 439         gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG2/SPECTRA/macros/AddTaskCheckPerformanceCascade.C");
 440         AliAnalysisTaskCheckPerformanceCascade *taskperfcascade = AddTaskCheckPerformanceCascade();
 441         if (!taskperfcascade) ::Warning("AnalysisTrainNew", "AliAnalysisTaskCheckPerformanceCascade cannot run for this train conditions - EXCLUDED");
 442       }
 443        // central
 444       if (iPWG2central) {
 445         gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG2/SPECTRA/macros/AddTaskCentral.C");
 446         AliAnalysisTaskCentral *taskcentral = AddTaskCentral();
 447         if (!taskcentral) ::Warning("AnalysisTrainNew", "AliAnalysisTaskCentral cannot run for this train conditions - EXCLUDED");
 448       }
 449   }
 450
 451    // Femtoscopy analysis modules
 452    if (iPWG2femto) {
 453       gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG2/FEMTOSCOPY/macros/AddTaskFemto.C");
 454       AliAnalysisTaskFemto *taskfemto = AddTaskFemto(configPWG2femto);
 455       if (!taskfemto) ::Warning("AnalysisTrainNew", "AliAnalysisTaskFemto cannot run for this train conditions - EXCLUDED");
 456    }
 457
 458    // Kink analysis
 459    if (iPWG2kink) {
 460       if (iPWG2kinkESDMC) {
 461         gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG2/KINK/macros/AddTaskKink.C");
 462         AliAnalysisKinkESDMC *taskkink1 = AddTaskKink();
 463         if (!taskkink1) ::Warning("AnalysisTrainNew", "AliAnalysisKinkESDMC cannot run for this train conditions - EXCLUDED");
 464       }
 465       if (iPWG2kinkLSKstar) {
 466         gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG2/KINK/macros/AddTaskKinkResLikeSignKstar.C");
 467         AliResonanceKinkLikeSign *taskkink2 = AddTaskKinkResLikeSignKstar();
 468         if (!taskkink2) ::Warning("AnalysisTrainNew", "AliResonanceKinkLikeSign cannot run for this train conditions - EXCLUDED");
 469       }
 470       if (iPWG2kinkLSL1520) {
 471         gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG2/KINK/macros/AddTaskKinkResLikeSignL1520.C");
 472         AliResonanceKinkLikeSign *taskkink3 = AddTaskKinkResLikeSignL1520();
 473         if (!taskkink3) ::Warning("AnalysisTrainNew", "AliResonanceKinkLikeSign cannot run for this train conditions - EXCLUDED");
 474       }
 475       if (iPWG2kinkLSPhi) {
 476         gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG2/KINK/macros/AddTaskKinkResLikeSignPhi.C");
 477         AliResonanceKinkLikeSign *taskkink4 = AddTaskKinkResLikeSignPhi();
 478         if (!taskkink4) ::Warning("AnalysisTrainNew", "AliResonanceKinkLikeSign cannot run for this train conditions - EXCLUDED");
 479       }
 480       if (iPWG2kinkKstarESD) {
 481         gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG2/KINK/macros/AddTaskKinkResonanceKstarESD.C");
 482         AliAnalysisTaskKinkResonance *taskkink5 = AddTaskKinkResonanceKstarESD();
 483         if (!taskkink5) ::Warning("AnalysisTrainNew", "AliAnalysisKinkResonanceKstarESD cannot run for this train conditions - EXCLUDED");
 484       }
 485       if (iPWG2kinkKstarMC) {
 486         gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG2/KINK/macros/AddTaskKinkResonanceKstarMC.C");
 487         AliAnalysisTaskKinkResonance *taskkink6 = AddTaskKinkResonanceKstarMC();
 488         if (!taskkink6) ::Warning("AnalysisTrainNew", "AliAnalysisKinkResonanceKstarMC cannot run for this train conditions - EXCLUDED");
 489       }
 490       if (iPWG2kinkL1520ESD) {
 491         gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG2/KINK/macros/AddTaskKinkResonanceL1520ESD.C");
 492         AliAnalysisTaskKinkResonance *taskkink7 = AddTaskKinkResonanceL1520ESD();
 493         if (!taskkink7) ::Warning("AnalysisTrainNew", "AliAnalysisKinkResonanceL1520ESD cannot run for this train conditions - EXCLUDED");
 494       }
 495       if (iPWG2kinkL1520MC) {
 496         gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG2/KINK/macros/AddTaskKinkResonanceL1520MC.C");
 497         AliAnalysisTaskKinkResonance *taskkink8 = AddTaskKinkResonanceL1520MC();
 498         if (!taskkink8) ::Warning("AnalysisTrainNew", "AliAnalysisKinkResonanceL1520MC cannot run for this train conditions - EXCLUDED");
 499       }
 500       if (iPWG2kinkPhiESD) {
 501         gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG2/KINK/macros/AddTaskKinkResonancePhiESD.C");
 502         AliAnalysisTaskKinkResonance *taskkink9 = AddTaskKinkResonancePhiESD();
 503         if (!taskkink9) ::Warning("AnalysisTrainNew", "AliAnalysisKinkResonancePhiESD cannot run for this train conditions - EXCLUDED");
 504       }
 505       if (iPWG2kinkPhiMC) {
 506         gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG2/KINK/macros/AddTaskKinkResonancePhiMC.C");
 507         AliAnalysisTaskKinkResonance *taskkink10 = AddTaskKinkResonancePhiMC();
 508         if (!taskkink10) ::Warning("AnalysisTrainNew", "AliAnalysisKinkResonancePhiMC cannot run for this train conditions - EXCLUDED");
 509       }
 510    }
 511
 512    // Event characterization
 513    if (iPWG2evchar) {
 514       gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG2/EVCHAR/macros/AddTaskSPDdNdEta.C");
 515       AliAnalysisTaskSPDdNdEta *taskspddndeta = AddTaskSPDdNdEta();
 516       if (!taskspddndeta) ::Warning("AnalysisTrainNew", "AliAnalysisTaskSPDdNdEta cannot run for this train conditions - EXCLUDED");
 517       taskspddndeta->SetReadMC(useMC);
 518    }
 519
 520    // Unicor
 521    if (iPWG2unicor) {
 522       gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG2/UNICOR/AddTaskUnicor.C");
 523       AliAnalysisTaskUnicor *taskunicor = AddTaskUnicor();
 524       if (!taskunicor) ::Warning("AnalysisTrainNew", "AliAnalysisTaskUnicor cannot run for this train conditions - EXCLUDED");
 525    }
 526
 527    // FMD
 528    AliAnalysisManager::SetCommonFileName("forward.root");
 529    if (iPWG2forward) {
 530       gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG2/FORWARD/analysis/AddTaskFMD.C");
 531       AliFMDAnalysisTaskSE *taskfmd = AddTaskFMD();
 532       if (!taskfmd) ::Warning("AnalysisTrainNew", "AliFMDAnalysisTaskSE cannot run for this train conditions - EXCLUDED");
 533    }
 534    AliAnalysisManager::SetCommonFileName("PWG2histograms.root");
 535
 536    // Flow analysis
 537    if (iPWG2flow) {
 538       gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG2/FLOW/macros/AddTaskFlow.C");
 539       Bool_t SP       = kTRUE;
 540       Bool_t LYZ1SUM  = kTRUE;
 541       Bool_t LYZ1PROD = kTRUE;
 542       Bool_t LYZ2SUM  = kFALSE;
 543       Bool_t LYZ2PROD = kFALSE;
 544       Bool_t LYZEP    = kFALSE;
 545       Bool_t GFC      = kTRUE;
 546       Bool_t QC       = kTRUE;
 547       Bool_t FQD      = kFALSE;
 548       Bool_t MCEP     = kFALSE; //does not work yet 24/12/08
 549       Bool_t kineFromESD = kTRUE;
 550       Bool_t METHODS[] = {SP,LYZ1SUM,LYZ1PROD,LYZ2SUM,LYZ2PROD,LYZEP,GFC,QC,FQD,MCEP};
 551       // Analysis type can be ESD, AOD, MC, ESDMC0, ESDMC1
 552       TString type = "AOD";
 553       if (!iAODanalysis) type = "ESD";
 554       // Boolean to fill/not fill the QA histograms
 555       Bool_t QA = kTRUE;
 556       // Boolean to use/not use weights for the Q vector
 557       Bool_t WEIGHTS[] = {kFALSE,kFALSE,kFALSE}; //Phi, v'(pt), v'(eta)
 558       AliAnalysisTaskFlowEvent* taskFE = AddTaskFlow(type,METHODS,QA,WEIGHTS);
 559       if (!taskFE) ::Warning("AnalysisTrainNew", "AliAnalysisTaskFlowEvent cannot run for this train conditions - EXCLUDED");
 560    }
 561
 562    // PWG2 resonances
 563    AliAnalysisManager::SetCommonFileName("resonances.root");
 564    if (iPWG2res) {
 565       gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG2/RESONANCES/macros/train/AddAnalysisTaskRsnNew.C");
 566       gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG2/RESONANCES/macros/train/AddAnalysisTaskRsnEffNew.C");
 567       TString path = gROOT->GetMacroPath();
 568       path += ":$ALICE_ROOT/PWG2/RESONANCES/macros/train";
 569       gROOT->SetMacroPath(path);
 570       AddAnalysisTaskRsn(kTRUE);
 571       if (iPWG2rsneff) AddAnalysisTaskRsnEff();
 572    }
 573    AliAnalysisManager::SetCommonFileName("PWG2histograms.root");
 574
 575 // ********** PWG3 wagons ******************************************************
 576    AliAnalysisManager::SetCommonFileName("PWG3histograms.root");
 577
 578    // PWG3 vertexing
 579    if (iPWG3vertexing) {
 580       gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG3/vertexingHF/macros/AddTaskVertexingHF.C");
 581       if (!iPWG3d2h) TFile::Cp(gSystem->ExpandPathName(configPWG3d2h.Data()), Form("%s/ConfigVertexingHF.C", train_name.Data()));
 582       AliAnalysisTaskSEVertexingHF *taskvertexingHF = AddTaskVertexingHF();
 583       if (!taskvertexingHF) ::Warning("AnalysisTrainNew", "AliAnalysisTaskSEVertexingHF cannot run for this train conditions - EXCLUDED");
 584       else mgr->RegisterExtraFile("AliAOD.VertexingHF.root");
 585    }
 586
 587    // PWG3 electrons
 588    if (iPWG3hfe) {
 589       gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG3/hfe/AddTaskHFE.C");
 590       AliAnalysisTaskHFE *taskHFE = AddTaskHFE();
 591       if (!taskHFE) ::Warning("AnalysisTrainNew", "AliAnalysisTaskHFE cannot run for this train conditions - EXCLUDED");
 592    }
 593
 594    // PWG3 JPSI filtering
 595    if (iPWG3JPSIfilter) {
 596       gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG3/dielectron/macros/AddTaskJPSIFilter.C");
 597       AliAnalysisTask *taskJPSIfilter = AddTaskJPSIFilter();
 598       if (!taskJPSIfilter) ::Warning("AnalysisTrainNew", "AliAnalysisTaskDielectronFilter cannot run for this train conditions - EXCLUDED");
 599       else mgr->RegisterExtraFile("AliAOD.Dielectron.root");
 600    }
 601
 602    // PWG3 JPSI
 603    if (iPWG3JPSI) {
 604       gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG3/dielectron/macros/AddTaskJPSI.C");
 605       AliAnalysisTask *taskJPSI = AddTaskJPSI();
 606       if (!taskJPSI) ::Warning("AnalysisTrainNew", "AliAnalysisTaskMultiDielectron cannot run for this train conditions - EXCLUDED");
 607    }
 608
 609    // PWG3 D2h
 610    if (iPWG3d2h) {
 611       gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG3/vertexingHF/AddD2HTrain.C");
 612       TFile::Cp(gSystem->ExpandPathName(configPWG3d2h.Data()), Form("%s/ConfigVertexingHF.C", train_name.Data()));
 613       AddD2HTrain(iPWG3d0mass,iPWG3d0massLS,iPWG3dplus, iPWG3LSd0, iPWG3LSjpsi, iPWG3CFd0, iPWG3promptd0);
 614    }
 615
 616    // PWG3 muon
 617    if (iPWG3MuonTrain) {
 618       gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG3/muon/AddPWG3MuonTrain.C");
 619       // iESDAnalysis, iAODAnalysis -> flags to select if the train is AOD or ESD based
 620       // iMuonDistributions, iSingleMuonANAlysis -> flags to switch on/off analysis wagons
 621       Int_t isESDAnalysis = (iAODanalysis)?0:1;
 622       Int_t isAODAnalysis = (iAODanalysis)?1:0;
 623       Int_t addMuonDistributions = 1;
 624       Int_t addSingleMuonAnalysis = 1;
 625       Int_t addMuonHFAnalysis = 1;
 626       Int_t ntaskmuon = AddPWG3MuonTrain(isESDAnalysis,isAODAnalysis,addMuonDistributions,addSingleMuonAnalysis,addMuonHFAnalysis);
 627       printf("Added %d muon tasks\n", ntaskmuon);
 628    }
 629
 630 // ********** PWG4 wagons ******************************************************
 631    AliAnalysisManager::SetCommonFileName("PWG4histograms.root");
 632
 633     // Jet analysis
 634    if (iJETAN) {
 635       gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG4/macros/AddTaskJets.C");
 636       if (!iAODanalysis) {
 637          // Default jet reconstructor running on ESD's
 638          AliAnalysisTaskJets * taskjets = AddTaskJets();
 639          if (!taskjets) ::Warning("AnalysisTrainNew", "AliAnalysisTaskJets cannot run for this train conditions - EXCLUDED");
 640          if (iJETANdelta) {
 641             AddTaskJetsDelta("AliAOD.Jets.root");
 642             mgr->RegisterExtraFile("AliAOD.Jets.root");
 643          }
 644       } else {
 645          // AOD-based analysis. Add all reconstructors to write into delta AOD's
 646          if (iJETANdelta) {
 647             Int_t ntasksjets = AddTaskJetsDelta("AliAOD.Jets.root",0,kFALSE);
 648             if (ntasksjets) printf("Added %d jet reconstructors\n", ntasksjets);
 649          }
 650       }
 651    }
 652    // PWG4 hadron correlations
 653    if (iPWG4partcorr) {
 654       Bool_t isSimulation = (runOnData)?kFALSE:kTRUE;
 655       gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG4/macros/AddTaskPartCorr.C");
 656       AliAnalysisTaskParticleCorrelation *taskpartcorrPHOS = AddTaskPartCorr("AOD", "PHOS", kFALSE, isSimulation);
 657       if (!taskpartcorrPHOS) ::Warning("AnalysisTrainNew", "AliAnalysisTaskParticleCorrelation PHOS cannot run for this train conditions - EXCLUDED");
 658       AliAnalysisTaskParticleCorrelation *taskpartcorrEMCAL = AddTaskPartCorr("AOD", "EMCAL", kFALSE, isSimulation);
 659       if (!taskpartcorrEMCAL) ::Warning("AnalysisTrainNew", "AliAnalysisTaskParticleCorrelation EMCAL cannot run for this train conditions - EXCLUDED");
 660       mgr->RegisterExtraFile("deltaAODPartCorr.root");
 661    }
 662
 663    // PWG4 gamma conversion analysis
 664    if (iPWG4gammaconv) {
 665       gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG4/macros/AddTaskGammaConversion.C");
 666       TString cdir = gSystem->WorkingDirectory();
 667       gSystem->ChangeDirectory(gSystem->ExpandPathName("$ALICE_ROOT/PWG4/macros/"));
 668       TString gcArguments = "-run-on-train   -use-own-xyz  -run-jet  -run-neutralmeson -no-aod  -apply-chi2-cut -low-memory -use-v0-multiplicity -move-bg-vertex ";
 669       TString kGCAnalysisCutSelectionId="900110204010001";
 670 //      gcArguments.Append(Form(" -set-cut-selection %s",kGCAnalysisCutSelectionId.Data()));
 671       if(!useMC)gcArguments += " -mc-off";
 672       AliAnalysisTaskGammaConversion * taskGammaConversion = AddTaskGammaConversion(gcArguments,mgr->GetCommonInputContainer());
 673       gSystem->ChangeDirectory(cdir);
 674       taskGammaConversion->SelectCollisionCandidates();
 675       if (!taskGammaConversion) ::Warning("AnalysisTrainNew", "AliAnalysisTaskGammaConversion cannot run for these train conditions - EXCLUDED");
 676    }
 677
 678    // PWG4 omega to 3 pions analysis
 679    if (iPWG4omega3pi) {
 680       gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG4/macros/AddTaskomega3pi.C");
 681       AliAnalysisTaskOmegaPi0PiPi *taskomega3pi = AddTaskomega3pi();
 682       if (!taskomega3pi) ::Warning("AnalysisTrainNew", "AliAnalysisTaskomega3pi cannot run for these train conditions - EXCLUDED");
 683    }
 684 }
 685
 686 //______________________________________________________________________________
 687 void StartAnalysis(const char *mode, TChain *chain) {
 688 // Start analysis.
 689    Int_t imode = -1;
 690    AliAnalysisManager *mgr = AliAnalysisManager::GetAnalysisManager();
 691    if (!strcmp(mode, "LOCAL")) imode = 0;
 692    if (!strcmp(mode, "PROOF")) imode = 1;
 693    if (!strcmp(mode, "GRID"))  imode = 2;
 694    switch (imode) {
 695       case 0:
 696          if (!chain) {
 697             ::Error("AnalysisTrainNew.C::StartAnalysis", "Cannot create the chain");
 698             return;
 699          }
 700        mgr->SetNSysInfo(1);
 701        mgr->StartAnalysis(mode, chain);
 702        AliCodeTimer::Instance()->Print();
 703          return;
 704       case 1:
 705          if (!proof_dataset.Length()) {
 706             ::Error("AnalysisTrainNew.C::StartAnalysis", "proof_dataset is empty");
 707             return;
 708          }
 709          mgr->StartAnalysis(mode, proof_dataset, 1000);
 710          return;
 711       case 2:
 712          if (usePLUGIN) {
 713             if (!mgr->GetGridHandler()) {
 714                ::Error("AnalysisTrainNew.C::StartAnalysis", "Grid plugin not initialized");
 715                return;
 716             }
 717             mgr->StartAnalysis("grid");
 718          } else {
 719             if (!chain) {
 720                ::Error("AnalysisTrainNew.C::StartAnalysis", "Cannot create the chain");
 721                return;
 722             }
 723             mgr->StartAnalysis(mode, chain);
 724          }
 725          return;
 726    }
 727 }
 728
 729 //______________________________________________________________________________
 730 void CheckModuleFlags(const char *mode) {
 731 // Checks selected modules and insure compatibility
 732    Int_t imode = -1;
 733    if (!strcmp(mode, "LOCAL")) imode = 0;
 734    if (!strcmp(mode, "PROOF")) imode = 1;
 735    if (!strcmp(mode, "GRID"))  imode = 2;
 736    if (!iJETAN) iJETANdelta = 0;
 737    if (imode==1) {
 738       if (!usePAR) {
 739          ::Info("AnalysisTrainNew.C::CheckModuleFlags", "PAR files enabled due to PROOF analysis");
 740          usePAR = kTRUE;
 741       }
 742    }
 743    if (imode != 2) {
 744       ::Info("AnalysisTrainNew.C::CheckModuleFlags", "AliEn plugin disabled since not in GRID mode");
 745       usePLUGIN = kFALSE;
 746    }
 747    if (iAODanalysis) {
 748    // AOD analysis
 749       if (useMC)
 750          ::Info("AnalysisTrainNew.C::CheckModuleFlags", "MC usage disabled in analysis on AOD's");
 751       if (useAODTAGS)
 752          ::Info("AnalysisTrainNew.C::CheckModuleFlags", "AOD tags usage disabled in analysis on AOD's");
 753       useMC = kFALSE;
 754       useTR = kFALSE;
 755       useAODTAGS = kFALSE;
 756       if (iESDfilter)
 757          ::Info("AnalysisTrainNew.C::CheckModuleFlags", "ESD filter disabled in analysis on AOD's");
 758       iESDfilter   = 0;
 759       if (!iAODhandler) {
 760          if (iJETAN)
 761             ::Info("AnalysisTrainNew.C::CheckModuleFlags", "JETAN disabled in analysis on AOD's without AOD handler");
 762          iJETAN = 0;
 763          iJETANdelta = 0;
 764       }
 765       // Disable tasks that do not work yet on AOD data
 766       if (iPWG4gammaconv)
 767          ::Info("AnalysisTrainNew.C::CheckModuleFlags", "PWG4gammaconv disabled on AOD's without AOD handler");
 768       iPWG4gammaconv = 0;
 769       if (iPWG2central)
 770          ::Info("AnalysisTrainNew.C::CheckModuleFlags", "PWG2central disabled on AOD's");
 771          iPWG2central = 0;
 772       if (iPWG2flow)
 773          ::Info("AnalysisTrainNew.C::CheckModuleFlags", "PWG2flow disabled on AOD's");
 774          iPWG2flow = 0;
 775       if (iPWG2femto)
 776          ::Info("AnalysisTrainNew.C::CheckModuleFlags", "PWG2femto disabled on AOD's");
 777          iPWG2femto = 0;
 778       if (iPWG2res)
 779          ::Info("AnalysisTrainNew.C::CheckModuleFlags", "PWG2res disabled on AOD's");
 780          iPWG2res = 0;
 781        if (iPWG2rsneff)
 782          ::Info("AnalysisTrainNew.C::CheckModuleFlags", "PWG2rsneff disabled on AOD's");
 783          iPWG2rsneff = 0;
 784      if (iPWG2kink)
 785          ::Info("AnalysisTrainNew.C::CheckModuleFlags", "PWG2kink disabled in analysis on AOD's");
 786          iPWG2kink = 0;
 787       if (iPWG2unicor)
 788          ::Info("AnalysisTrainNew.C::CheckModuleFlags", "PWG2unicor disabled in analysis on AOD's");
 789          iPWG2unicor = 0;
 790       if (iPWG2evchar)
 791          ::Info("AnalysisTrainNew.C::CheckModuleFlags", "PWG4evchar disabled on AOD's");
 792          iPWG2evchar = 0;
 793       if (iPWG2forward)
 794          ::Info("AnalysisTrainNew.C::CheckModuleFlags", "PWG2forward disabled in analysis on AOD's");
 795          iPWG2forward = 0;
 796       if (iPWG3hfe)
 797          ::Info("AnalysisTrainNew.C::CheckModuleFlags", "PWG3hfe disabled on AOD's");
 798          iPWG3hfe = 0;
 799       if (iPWG4omega3pi)
 800          ::Info("AnalysisTrainNew.C::CheckModuleFlags", "PWG4omega3pi disabled on AOD's");
 801          iPWG4omega3pi = 0;
 802    } else {
 803    // ESD analysis
 804       if (!useMC) useTR = kFALSE;
 805       if (!useTR) {
 806          ::Info("AnalysisTrainNew.C::CheckModuleFlags", "iPWG2evchar disabled if not reading track references");
 807          iPWG2evchar = 0;
 808       }
 809    }
 810    if (!useMC) {
 811       if (iPWG2perfcascade)
 812          ::Info("AnalysisTrainNew.C::CheckModuleFlags", "PWG2perfcascade disabled without MC info");
 813       iPWG2perfcascade = 0;
 814       if (iPWG2central)
 815          ::Info("AnalysisTrainNew.C::CheckModuleFlags", "PWG2central disabled without MC info");
 816          iPWG2central = 0;
 817    }
 818    if (iJETAN && !iAODanalysis) iESDfilter=1;
 819    if (iESDfilter) {iAODhandler=1; useCORRFW = kTRUE;}
 820    if (iPWG2spectra || iPWG2flow || iPWG3vertexing || iPWG3hfe || iPWG2res || iPWG2rsneff) useCORRFW = kTRUE;
 821    if (useKFILTER && !useMC) useKFILTER = kFALSE;
 822    if (useAODTAGS && !iAODhandler) useAODTAGS = kFALSE;
 823 }
 824
 825 //______________________________________________________________________________
 826 Bool_t Connect(const char *mode) {
 827 // Connect <username> to the back-end system.
 828    Int_t imode = -1;
 829    if (!strcmp(mode, "LOCAL")) imode = 0;
 830    if (!strcmp(mode, "PROOF")) imode = 1;
 831    if (!strcmp(mode, "GRID"))  imode = 2;
 832    TString username = gSystem->Getenv("alien_API_USER");
 833    switch (imode) {
 834       case 0:
 835          break;
 836       case 1:
 837          if  (!username.Length()) {
 838             ::Error(Form("AnalysisTrainNew.C::Connect <%s>", mode), "Make sure you:\n \
 839                            1. Have called: alien-token-init <username>\n \
 840                            2. Have called: >source /tmp/gclient_env_$UID");
 841             return kFALSE;
 842          }
 843          ::Info("AnalysisTrainNew.C::Connect", "Connecting user <%s> to PROOF cluster <%s>",
 844                 username.Data(), proof_cluster.Data());
 845          gEnv->SetValue("XSec.GSI.DelegProxy", "2");
 846 //         TProof::Open(Form("%s@%s:31093", username.Data(), proof_cluster.Data()));
 847          TProof::Open(Form("%s@%s", username.Data(), proof_cluster.Data()));
 848          if (!gProof) {
 849             if (strcmp(gSystem->Getenv("XrdSecGSISRVNAMES"), "lxfsrd0506.cern.ch"))
 850                ::Error(Form("AnalysisTrainNew.C::Connect <%s>", mode), "Environment XrdSecGSISRVNAMES different from lxfsrd0506.cern.ch");
 851             return kFALSE;
 852          }
 853          TGrid::Connect("alien://");
 854          if (gGrid) {
 855             TString homedir = gGrid->GetHomeDirectory();
 856             TString workdir = homedir + train_name;
 857             if (!gGrid->Cd(workdir)) {
 858                gGrid->Cd(homedir);
 859                if (gGrid->Mkdir(workdir)) {
 860                   gGrid->Cd(train_name);
 861                   ::Info("AnalysisTrainNew::Connect()", "Directory %s created", gGrid->Pwd());
 862                }
 863             }
 864             gGrid->Mkdir("proof_output");
 865             gGrid->Cd("proof_output");
 866             proof_outdir = Form("alien://%s", gGrid->Pwd());
 867          }
 868          break;
 869       case 2:
 870          if (usePLUGIN && !gSystem->Getenv("alien_CLOSE_SE")) {
 871             ::Error(Form("AnalysisTrainNew.C::Connect <%s>", mode),
 872                            "When using the AliEn plugin it is preferable to define the \
 873                            variable alien_CLOSE_SE in your environment.");
 874             return kFALSE;
 875          }
 876          ::Info("AnalysisTrainNew.C::Connect", "Connecting user <%s> to AliEn ...",
 877                 username.Data());
 878          TGrid::Connect("alien://");
 879          if (!gGrid || !gGrid->IsConnected()) return kFALSE;
 880          break;
 881       default:
 882          ::Error("AnalysisTrainNew.C::Connect", "Unknown run mode: %s", mode);
 883          return kFALSE;
 884    }
 885    ::Info("AnalysisTrainNew.C::Connect","Connected in %s mode", mode);
 886    return kTRUE;
 887 }
 888
 889 //______________________________________________________________________________
 890 Bool_t LoadCommonLibraries(const char *mode)
 891 {
 892 // Load common analysis libraries.
 893    Int_t imode = -1;
 894    if (!strcmp(mode, "LOCAL")) imode = 0;
 895    if (!strcmp(mode, "PROOF")) imode = 1;
 896    if (!strcmp(mode, "GRID"))  imode = 2;
 897    if (!gSystem->Getenv("ALICE_ROOT")) {
 898       ::Error("AnalysisTrainNew.C::LoadCommonLibraries", "Analysis train requires that analysis libraries are compiled with a local AliRoot");
 899       return kFALSE;
 900    }
 901    Bool_t success = kTRUE;
 902    // ROOT libraries
 903    gSystem->Load("libTree");
 904    gSystem->Load("libGeom");
 905    gSystem->Load("libVMC");
 906    gSystem->Load("libPhysics");
 907    gSystem->Load("libMinuit");
 908
 909    // Load framework classes. Par option ignored here.
 910    switch (imode) {
 911       case 0:
 912       case 2:
 913          if (useCPAR) {
 914             success &= LoadLibrary("STEERBase", mode, kTRUE);
 915             success &= LoadLibrary("ESD", mode, kTRUE);
 916             success &= LoadLibrary("AOD", mode, kTRUE);
 917             success &= LoadLibrary("ANALYSIS", mode, kTRUE);
 918             success &= LoadLibrary("ANALYSISalice", mode, kTRUE);
 919             if (useCORRFW) success &= LoadLibrary("CORRFW", mode, kTRUE);
 920          } else {
 921             success &= LoadLibrary("libSTEERBase.so", mode);
 922             success &= LoadLibrary("libESD.so", mode);
 923             success &= LoadLibrary("libAOD.so", mode);
 924             success &= LoadLibrary("libANALYSIS.so", mode);
 925             success &= LoadLibrary("libANALYSISalice.so", mode);
 926             if (useCORRFW) success &= LoadLibrary("libCORRFW.so", mode);
 927             gROOT->ProcessLine(".include $ALICE_ROOT/include");
 928          }
 929          break;
 930       case 1:
 931          Int_t ires = -1;
 932          if (useAFPAR && !gSystem->AccessPathName(AFversion)) ires = gProof->UploadPackage(AFversion);
 933          if (ires < 0) {
 934             success &= LoadLibrary("STEERBase", mode);
 935             success &= LoadLibrary("ESD", mode);
 936             success &= LoadLibrary("AOD", mode);
 937             success &= LoadLibrary("ANALYSIS", mode);
 938             success &= LoadLibrary("ANALYSISalice", mode);
 939             if (useCORRFW) success &= LoadLibrary("CORRFW", mode);
 940          } else {
 941             ires = gProof->EnablePackage(AFversion);
 942             if (ires<0) success = kFALSE;
 943             if (useCORRFW) success &= LoadLibrary("CORRFW", mode);
 944          }
 945          break;
 946       default:
 947          ::Error("AnalysisTrainNew.C::LoadCommonLibraries", "Unknown run mode: %s", mode);
 948          return kFALSE;
 949    }
 950    if (success) {
 951       ::Info("AnalysisTrainNew.C::LoadCommodLibraries", "Load common libraries:    SUCCESS");
 952       ::Info("AnalysisTrainNew.C::LoadCommodLibraries", "Include path for Aclic compilation:\n%s",
 953               gSystem->GetIncludePath());
 954    } else {
 955       ::Info("AnalysisTrainNew.C::LoadCommodLibraries", "Load common libraries:    FAILED");
 956    }
 957
 958    return success;
 959 }
 960
 961 //______________________________________________________________________________
 962 Bool_t LoadAnalysisLibraries(const char *mode)
 963 {
 964 // Load common analysis libraries.
 965    Bool_t success = kTRUE;
 966    if (useTender) {
 967       if (!LoadLibrary("Tender", mode, kTRUE) ||
 968           !LoadLibrary("TenderSupplies", mode, kTRUE)) return kFALSE;
 969    }
 970    if (iESDfilter || iPWG3MuonTrain) {
 971       if (!LoadLibrary("PWG3base", mode, kTRUE) ||
 972           !LoadLibrary("PWG3muon", mode, kTRUE)) return kFALSE;
 973    }
 974    // JETAN
 975    if (iJETAN) {
 976       if (!LoadLibrary("JETAN", mode, kTRUE)) return kFALSE;
 977    }
 978    if (iJETANdelta) {
 979       if (!LoadLibrary("JETAN", mode, kTRUE) ||
 980           !LoadLibrary("CGAL", mode, kTRUE) ||
 981           !LoadLibrary("fastjet", mode, kTRUE) ||
 982           !LoadLibrary("siscone", mode, kTRUE) ||
 983           !LoadLibrary("SISConePlugin", mode, kTRUE) ||
 984           !LoadLibrary("FASTJETAN", mode, kTRUE)) return kFALSE;
 985    }
 986    // PWG4 particle correlations
 987    if (iPWG4partcorr) {
 988       if (!LoadLibrary("EMCALUtils", mode, kTRUE) ||
 989           !LoadLibrary("PHOSUtils", mode, kTRUE) ||
 990           !LoadLibrary("PWG4PartCorrBase", mode, kTRUE) ||
 991           !LoadLibrary("PWG4PartCorrDep", mode, kTRUE)) return kFALSE;
 992    }
 993    // PWG4 gamma conversion
 994    if (iPWG4gammaconv) {
 995       if (!LoadLibrary("PWG4GammaConv", mode, kTRUE)) return kFALSE;
 996    }
 997    // PWG4 omega to 3 pions
 998    if (iPWG4omega3pi) {
 999       if (!LoadLibrary("PWG4omega3pi", mode, kTRUE)) return kFALSE;
1000    }
1001    // PWG2 task protons
1002    if (iPWG2spectra) {
1003       if (!LoadLibrary("PWG2spectra", mode, kTRUE)) return kFALSE;
1004    }
1005    // PWG2 flow
1006    if (iPWG2flow) {
1007       if (!LoadLibrary("PWG2flowCommon", mode, kTRUE) ||
1008           !LoadLibrary("PWG2flowTasks", mode, kTRUE)) return kFALSE;
1009    }
1010    // PWG2 resonances
1011    if (iPWG2res || iPWG2rsneff) {
1012       if (!LoadLibrary("PWG2resonances", mode, kTRUE)) return kFALSE;
1013    }
1014    // PWG2 kink
1015    if (iPWG2kink) {
1016       if (!LoadLibrary("PWG2kink", mode, kTRUE)) return kFALSE;
1017    }
1018    // PWG2 unicor
1019    if (iPWG2unicor) {
1020       if (!LoadLibrary("PWG2unicor", mode, kTRUE)) return kFALSE;
1021    }
1022    // PWG2 evchar
1023    if (iPWG2evchar) {
1024       if (!LoadLibrary("PWG2evchar", mode, kTRUE)) return kFALSE;
1025    }
1026    // PWG2 femtoscopy
1027    if (iPWG2femto) {
1028       if (!LoadLibrary("PWG2AOD", mode, kTRUE) ||
1029           !LoadLibrary("PWG2femtoscopy", mode, kTRUE) ||
1030           !LoadLibrary("PWG2femtoscopyUser", mode, kTRUE)) return kFALSE;
1031 //      TFile::Cp(gSystem->ExpandPathName("$(ALICE_ROOT)/PWG2/FEMTOSCOPY/macros/ConfigFemtoAnalysis.C"), Form("%s/ConfigFemtoAnalysis.C", train_name.Data()));
1032 //      anaLibs += "ConfigFemtoAnalysis.C ";
1033    }
1034    // PWG2 FORWARD
1035    if (iPWG2forward) {
1036       if (!LoadLibrary("PWG2forward", mode, kTRUE)) return kFALSE;
1037    }
1038    // PWG3 Vertexing HF
1039    if (iPWG3vertexing || iPWG3d2h) {
1040       if (!LoadLibrary("PWG3base", mode, kTRUE) ||
1041           !LoadLibrary("PWG3vertexingHF", mode, kTRUE)) return kFALSE;
1042    }
1043    // PWG3 hfe
1044    if (iPWG3hfe) {
1045       if (!LoadLibrary("PWG3hfe", mode, kTRUE)) return kFALSE;
1046    }
1047    // PWG3 dielectron
1048    if (iPWG3JPSIfilter || iPWG3JPSI) {
1049       if (!LoadLibrary("PWG3dielectron", mode, kTRUE)) return kFALSE;
1050    }
1051
1052    ::Info("AnalysisTrainNew.C::LoadAnalysisLibraries", "Load other libraries:   SUCCESS");
1053    return kTRUE;
1054 }
1055
1056 //______________________________________________________________________________
1057 Bool_t LoadLibrary(const char *module, const char *mode, Bool_t rec=kFALSE)
1058 {
1059 // Load a module library in a given mode. Reports success.
1060    Int_t imode = -1;
1061    Int_t result;
1062    TString smodule(module);
1063    if (!strcmp(mode, "LOCAL")) imode = 0;
1064    if (!strcmp(mode, "PROOF")) imode = 1;
1065    if (!strcmp(mode, "GRID"))  imode = 2;
1066    TString mod(module);
1067    if (!mod.Length()) {
1068       ::Error("AnalysisTrainNew.C::LoadLibrary", "Empty module name");
1069       return kFALSE;
1070    }
1071    // If a library is specified, just load it
1072    if (smodule.EndsWith(".so")) {
1073       mod.Remove(mod.Index(".so"));
1074       result = gSystem->Load(mod);
1075       if (result < 0) {
1076          ::Error("AnalysisTrainNew.C::LoadLibrary", "Could not load library %s", module);
1077          return kFALSE;
1078       }
1079       if (rec) anaLibs += Form("%s.so ",mod.Data());
1080       return kTRUE;
1081    }
1082    // Check if the library is already loaded
1083    if (strlen(gSystem->GetLibraries(Form("%s.so", module), "", kFALSE)) > 0)
1084       return kTRUE;
1085    switch (imode) {
1086       case 0:
1087       case 2:
1088          if (usePAR) {
1089             result = SetupPar(module);
1090             if (rec) anaPars += Form("%s.par ", module);
1091          } else {
1092             result = gSystem->Load(Form("lib%s.so", module));
1093             if (rec) anaLibs += Form("lib%s.so ", module);
1094          }
1095          break;
1096       case 1:
1097          result = gProof->UploadPackage(module);
1098          if (result<0) {
1099             result = gProof->UploadPackage(gSystem->ExpandPathName(Form("$ALICE_ROOT/%s.par", module)));
1100             if (result<0) {
1101                ::Error("AnalysisTrainNew.C::LoadLibrary", "Could not find module %s.par in current directory nor in $ALICE_ROOT", module);
1102                return kFALSE;
1103             }
1104          }
1105          result = gProof->EnablePackage(module);
1106          break;
1107       default:
1108          return kFALSE;
1109    }
1110    if (result < 0) {
1111       ::Error("AnalysisTrainNew.C::LoadLibrary", "Could not load module %s", module);
1112       return kFALSE;
1113    }
1114    return kTRUE;
1115 }
1116
1117
1118 //______________________________________________________________________________
1119 TChain *CreateChain(const char *mode, const char *plugin_mode)
1120 {
1121 // Create the input chain
1122    Int_t imode = -1;
1123    if (!strcmp(mode, "LOCAL")) imode = 0;
1124    if (!strcmp(mode, "PROOF")) imode = 1;
1125    if (!strcmp(mode, "GRID"))  imode = 2;
1126    TChain *chain = NULL;
1127    // Local chain
1128    switch (imode) {
1129       case 0:
1130          if (iAODanalysis) {
1131             if (!local_xmldataset.Length()) {
1132                // Local AOD
1133                chain = new TChain("aodTree");
1134                if (gSystem->AccessPathName("data/AliAOD.root"))
1135                   ::Error("AnalysisTrainNew.C::CreateChain", "File: AliAOD.root not in ./data dir");
1136                else {
1137                   if (!saveTrain) chain->Add("data/AliAOD.root");
1138                   else            chain->Add("../data/AliAOD.root");
1139                }
1140             } else {
1141                // Interactive AOD
1142                chain = CreateChainSingle(local_xmldataset, "aodTree");
1143             }
1144          } else {
1145             if (!local_xmldataset.Length()) {
1146                // Local ESD
1147                chain = new TChain("esdTree");
1148                if (gSystem->AccessPathName("data/AliESDs.root"))
1149                   ::Error("AnalysisTrainNew.C::CreateChain", "File: AliESDs.root not in ./data dir");
1150                else {
1151                   if (!saveTrain) chain->Add("data/AliESDs.root");
1152                   else            chain->Add("../data/AliESDs.root");
1153                }
1154             } else {
1155                // Interactive ESD
1156                chain = CreateChainSingle(local_xmldataset, "esdTree");
1157             }
1158          }
1159          break;
1160       case 1:
1161          break;
1162       case 2:
1163          if (usePLUGIN) {
1164 //            AliAnalysisGrid *alienHandler = CreateAlienHandler(plugin_mode);
1165 //            AliAnalysisManager::GetAnalysisManager()->SetGridHandler(alienHandler);
1166          } else {
1167             TString           treeName = "esdTree";
1168             if (iAODanalysis) treeName = "aodTree";
1169             chain = CreateChainSingle("wn.xml", treeName);
1170          }
1171          break;
1172       default:
1173    }
1174    if (chain && chain->GetNtrees()) return chain;
1175    return NULL;
1176 }
1177
1178 //______________________________________________________________________________
1179 TChain* CreateChainSingle(const char* xmlfile, const char *treeName)
1180 {
1181    printf("*******************************\n");
1182    printf("*** Getting the ESD Chain   ***\n");
1183    printf("*******************************\n");
1184    TAlienCollection * myCollection  = TAlienCollection::Open(xmlfile);
1185
1186    if (!myCollection) {
1187       ::Error("AnalysisTrainNew.C::CreateChainSingle", "Cannot create an AliEn collection from %s", xmlfile) ;
1188       return NULL ;
1189    }
1190
1191    TChain* chain = new TChain(treeName);
1192    myCollection->Reset() ;
1193    while ( myCollection->Next() ) chain->Add(myCollection->GetTURL("")) ;
1194    chain->ls();
1195    return chain;
1196 }
1197
1198 //______________________________________________________________________________
1199 Int_t SetupPar(char* pararchivename)
1200 {
1201    if (!pararchivename || !strlen(pararchivename)) return -1;
1202    char processline[1024];
1203    if (gSystem->AccessPathName(Form("%s.par", pararchivename))) {
1204       if (!gSystem->AccessPathName(Form("%s/%s.par", gSystem->Getenv("ALICE_ROOT"),pararchivename))) {
1205          ::Info("AnalysisTrainNew.C::SetupPar", "Getting %s.par from $ALICE_ROOT", pararchivename);
1206          TFile::Cp(gSystem->ExpandPathName(Form("$ALICE_ROOT/%s.par", pararchivename)),
1207                    Form("%s.par",pararchivename));
1208       } else {
1209          ::Error("AnalysisTrainNew.C::SetupPar", "Cannot find %s.par", pararchivename);
1210          return -1;
1211       }
1212    }
1213    if (usePLUGIN && saveTrain) gSystem->Exec(Form("ln -s ../%s.par %s",pararchivename, train_name.Data()));
1214    gSystem->Exec(Form("tar xvzf %s.par", pararchivename));
1215
1216    TString ocwd = gSystem->WorkingDirectory();
1217    if (!gSystem->ChangeDirectory(pararchivename)) return -1;
1218
1219    // check for BUILD.sh and execute
1220    if (!gSystem->AccessPathName("PROOF-INF/BUILD.sh")) {
1221       printf("*******************************\n");
1222       printf("*** Building PAR archive    ***\n");
1223       printf("*******************************\n");
1224       if (gSystem->Exec("PROOF-INF/BUILD.sh")) {
1225          Error("runProcess","Cannot Build the PAR Archive! - Abort!");
1226          return -1;
1227       }
1228    }
1229
1230         // check for SETUP.C and execute
1231         if (!gSystem->AccessPathName("PROOF-INF/SETUP.C")) {
1232             printf("*******************************\n");
1233             printf("*** Setup PAR archive       ***\n");
1234             printf("*******************************\n");
1235             gROOT->Macro("PROOF-INF/SETUP.C");
1236         }
1237         if (!gSystem->ChangeDirectory(ocwd.Data())) return -1;
1238    return 0;
1239 }
1240
1241 //______________________________________________________________________________
1242 AliAnalysisAlien* CreateAlienHandler(const char *plugin_mode)
1243 {
1244 // Check if user has a valid token, otherwise make one. This has limitations.
1245 // One can always follow the standard procedure of calling alien-token-init then
1246    AliAnalysisAlien *plugin = new AliAnalysisAlien();
1247 // Set the run mode (can be "full", "test", "offline", "submit" or "terminate")
1248    plugin->SetRunMode(plugin_mode);
1249    if (useProductionMode) {
1250       plugin->SetProductionMode();
1251       plugin->AddDataFile(data_collection);
1252    }
1253
1254    if (!outputSingleFolder.IsNull()) {
1255       plugin->SetOutputSingleFolder(outputSingleFolder);
1256       plugin->SetOutputToRunNo();
1257    }
1258    plugin->SetJobTag(job_tag);
1259    plugin->SetNtestFiles(2);
1260    plugin->SetCheckCopy(kFALSE);
1261    plugin->SetOneStageMerging(kTRUE);
1262 // Set versions of used packages
1263    plugin->SetAPIVersion("V1.1x");
1264    plugin->SetROOTVersion(root_version);
1265    plugin->SetAliROOTVersion(aliroot_version);
1266 // Declare input data to be processed.
1267 // Method 1: Create automatically XML collections using alien 'find' command.
1268 // Define production directory LFN
1269    plugin->SetGridDataDir(alien_datadir);
1270 // Set data search pattern
1271    plugin->SetDataPattern(data_pattern);
1272    if (!useProductionMode) {
1273       if (runOnData) {
1274          plugin->SetRunPrefix("000");
1275       }
1276 //   if (!iAODanalysis) plugin->SetRunRange(run_range[0], run_range[1]);
1277       for (Int_t i=0; i<10; i++) {
1278          if (run_numbers[i]==0) break;
1279          plugin->AddRunNumber(run_numbers[i]);
1280       }
1281    }
1282 // Define alien work directory where all files will be copied. Relative to alien $HOME.
1283    plugin->SetGridWorkingDir(grid_workdir);
1284 // Declare alien output directory. Relative to working directory.
1285    if (alien_outdir.IsNull()) alien_outdir = Form("output_%s",train_name.Data());
1286    plugin->SetGridOutputDir(alien_outdir);
1287
1288    TString ana_sources = "";
1289    TString ana_add = "";
1290    if (usePAR && anaPars.Length()) {
1291       printf("%s\n", anaPars.Data());
1292       TObjArray *arr;
1293       TObjString *objstr;
1294       arr = anaPars.Tokenize(" ");
1295       TIter next(arr);
1296       while ((objstr=(TObjString*)next())) plugin->EnablePackage(objstr->GetString());
1297       delete arr;
1298    }
1299 // Add external packages
1300    if (iJETANdelta) {
1301       plugin->AddExternalPackage("boost::v1_38_0");
1302       plugin->AddExternalPackage("cgal::v3.3.1");
1303       plugin->AddExternalPackage("fastjet::v2.4.0");
1304    }
1305
1306 // Declare the analysis source files names separated by blancs. To be compiled runtime
1307 // using ACLiC on the worker nodes.
1308    ana_sources = ana_sources.Strip();
1309 // Declare all libraries (other than the default ones for the framework. These will be
1310 // loaded by the generated analysis macro. Add all extra files (task .cxx/.h) here.
1311    anaLibs     = anaLibs.Strip();
1312    if (ana_sources.Length()) plugin->SetAnalysisSource(ana_sources);
1313    if (anaLibs.Length())     plugin->SetAdditionalLibs(anaLibs);
1314
1315 // Declare the output file names separated by blancs.
1316 // (can be like: file.root or file.root@ALICE::Niham::File)
1317    plugin->SetDefaultOutputs();
1318    plugin->SetMergeExcludes(mergeExclude);
1319    plugin->SetMaxMergeFiles(maxMergeFiles);
1320    plugin->SetNrunsPerMaster(nRunsPerMaster);
1321 // Optionally define the files to be archived.
1322 //   plugin->SetOutputArchive("log_archive.zip:stdout,stderr@ALICE::NIHAM::File root_archive.zip:AliAOD.root,AOD.tag.root@ALICE::NIHAM::File");
1323
1324
1325    // Put default output files to archive
1326    TString listhists = "";
1327    TString listaods  = "";
1328    AliAnalysisManager *mgr = AliAnalysisManager::GetAnalysisManager();
1329    TIter next(mgr->GetOutputs());
1330    AliAnalysisDataContainer *output;
1331    while ((output=(AliAnalysisDataContainer*)next())) {
1332       const char *filename = output->GetFileName();
1333       if (!(strcmp(filename, "default"))) {
1334          if (!mgr->GetOutputEventHandler()) continue;
1335          filename = mgr->GetOutputEventHandler()->GetOutputFileName();
1336          if (listaods.Length()) listaods += ",";
1337          listaods += filename;
1338          listaods += ",";
1339          listaods += "pyxsec_hists.root";
1340       } else {
1341          if (!strcmp(filename, "pyxsec_hists.root")) continue;
1342          if (listhists.Contains(filename)) continue;
1343          if (listhists.Length()) listhists += ",";
1344          listhists += filename;
1345       }
1346    }
1347    if (mgr->GetExtraFiles().Length()) {
1348       if (listaods.Length()) listaods += ",";
1349       listaods += mgr->GetExtraFiles();
1350       listaods.ReplaceAll(" ", ",");
1351    }
1352    if (listhists.Length()) listhists = Form("hist_archive.zip:%s@%s", listhists.Data(), outputStorages.Data());
1353    if (listaods.Length())  listaods  = Form("aod_archive.zip:%s@%s", listaods.Data(), outputStorages.Data());
1354    if (!listhists.Length() && !listaods.Length()) {
1355       ::Fatal("AnalysisTrainNew", "No task output !");
1356    }
1357    TString outputArchive = Form("log_archive.zip:stderr@%s", outputStorages.Data());
1358    if (listaods.Length()) {
1359       outputArchive += " ";
1360       outputArchive += listaods;
1361    }
1362    if (listhists.Length()) {
1363       outputArchive += " ";
1364       outputArchive += listhists;
1365    }
1366 // Set friends
1367 //   if (iAODanalysis && iPWG3d2h)
1368 //      plugin->SetFriendChainName("AliAOD.VertexingHF.root");
1369 //   plugin->SetOutputArchive(outputArchive);
1370 // Optionally set a name for the generated analysis macro (default MyAnalysis.C)
1371    plugin->SetAnalysisMacro(Form("%s.C", train_name.Data()));
1372 // Optionally set a name for the generated validation script
1373    plugin->SetValidationScript("FILTERvalidation.sh");
1374 // Optionally set maximum number of input files/subjob (default 100, put 0 to ignore)
1375    plugin->SetSplitMaxInputFileNumber(nFilesPerJob);
1376 // Optionally set number of failed jobs that will trigger killing waiting sub-jobs.
1377 //   plugin->SetMaxInitFailed(5);
1378 // Optionally modify the number of replicas
1379    plugin->SetNumberOfReplicas(4);
1380 // Optionally resubmit threshold.
1381 //   plugin->SetMasterResubmitThreshold(90);
1382 // Optionally set time to live (default 30000 sec)
1383    plugin->SetTTL(70000);
1384 // Optionally set input format (default xml-single)
1385    plugin->SetInputFormat("xml-single");
1386 // Optionally modify the name of the generated JDL (default analysis.jdl)
1387    plugin->SetJDLName(Form("%s.jdl", train_name.Data()));
1388 // Optionally modify the executable name (default analysis.sh)
1389    plugin->SetExecutable(Form("%s.sh", train_name.Data()));
1390 // Optionally modify job price (default 1)
1391    plugin->SetPrice(1);
1392 // Merge via JDL
1393    plugin->SetMergeViaJDL(useMergeViaJDL);
1394 // Use fastread option
1395    plugin->SetFastReadOption(useFastReadOption);
1396 // UseOverwrite mode
1397    plugin->SetOverwriteMode(useOverwriteMode);
1398    plugin->SetExecutableCommand("aliroot -b -q");
1399 // Optionally modify split mode (default 'se')
1400    plugin->SetSplitMode("se");
1401    return plugin;
1402 }
1403
1404 //______________________________________________________________________________
1405 void WriteConfig()
1406 {
1407 // Write train configuration in a file. The file name has the format:
1408 // train_[trainName]_ddMonthyyyy_time.C
1409    if (useDATE) {
1410       gSystem->Exec("date +%d%b%Y_%Hh%M > date.tmp");
1411       ifstream fdate("date.tmp");
1412       if (!fdate.is_open()) {
1413          ::Error("AnalysisTrainNew.C::Export","Could not generate file name");
1414          return;
1415       }
1416       const char date[64];
1417       fdate.getline(date,64);
1418       fdate.close();
1419       gSystem->Exec("rm date.tmp");
1420       train_name = Form("%s_%s", train_name.Data(), date);
1421    }
1422    TString cdir = gSystem->WorkingDirectory();
1423    gSystem->MakeDirectory(train_name);
1424    gSystem->ChangeDirectory(train_name);
1425    ofstream out;
1426    out.open(Form("%sConfig.C",train_name.Data()), ios::out);
1427    if (out.bad()) {
1428       ::Error("AnalysisTrainNew.C::Export", "Cannot open ConfigTrain.C for writing");
1429       return;
1430    }
1431    out << "{" << endl;
1432    out << "   train_name      = " << "\"" << train_name.Data() << "\";" << endl;
1433    out << "   proof_cluster   = " << "\"" << proof_cluster.Data() << "\";" << endl;
1434    out << "   useAFPAR        = " << useAFPAR << ";" << endl;
1435    if (useAFPAR)
1436       out << "   AFversion       = " << AFversion.Data() << ";" << endl;
1437    out << "   proof_dataset   = " << "\"" << proof_dataset.Data() << "\";" << endl;
1438    out << "   usePLUGIN       = " << usePLUGIN << ";" << endl;
1439    out << "   usePAR          = " << usePAR << ";" << endl;
1440    out << "   useCPAR         = " << useCPAR << ";" << endl;
1441    out << "   root_version    = " << "\"" << root_version.Data() << "\";" << endl;
1442    out << "   aliroot_version = " << "\"" << aliroot_version.Data() << "\";" << endl;
1443    out << "   alien_datadir   = " << "\"" << alien_datadir.Data() << "\";" << endl;
1444    if (!alien_outdir.Length()) alien_outdir = Form("output_%s",train_name.Data());
1445    out << "   alien_outdir    = " << "\"" << alien_outdir.Data() << "\";" << endl;
1446    out << "   maxMergeFiles   = " << maxMergeFiles << ";" << endl;
1447    out << "   mergeExclude    = " << "\"" << mergeExclude.Data() << "\";" << endl;
1448    out << "   nRunsPerMaster  = " << nRunsPerMaster << ";" << endl;
1449    out << "   nFilesPerJob    = " << nFilesPerJob << ";" << endl;
1450 //   for (Int_t i=0; i<10; i++) {
1451 //      if (run_numbers[i])
1452 //         out << "   run_numbers[" << i << "]  = " << run_numbers[i] << ";" << endl;
1453 //   }
1454 //   out << "   run_range[0]    = " << run_range[0] << ";" << endl;
1455 //   out << "   run_range[1]    = " << run_range[1] << ";" << endl;
1456    out << "   usePhysicsSelection = " << usePhysicsSelection << ";" << endl;
1457    out << "   useTender       = " << useTender << ";" << endl;
1458    out << "   useMergeViaJDL  = " << useMergeViaJDL << ";" << endl;
1459    out << "   useOverwriteMode  = " << useOverwriteMode << ";" << endl;
1460    out << "   useFastReadOption = " << useFastReadOption << ";" << endl;
1461    out << "   useDBG          = " << useDBG << ";" << endl;
1462    out << "   useMC           = " << useMC << ";" << endl;
1463    out << "   useTAGS         = " << useTAGS << ";" << endl;
1464    out << "   useKFILTER      = " << useKFILTER << ";" << endl;
1465    out << "   useTR           = " << useTR << ";" << endl;
1466    out << "   useCORRFW       = " << useCORRFW << ";" << endl;
1467    out << "   useAODTAGS      = " << useAODTAGS << ";" << endl;
1468    out << "   saveTrain       = " << "kFALSE;" << endl << endl;
1469    out << "   // Analysis modules" << endl;
1470    out << "   iAODanalysis    = " << iAODanalysis << ";" << endl;
1471    out << "   iAODhandler     = " << iAODhandler << ";" << endl;
1472    out << "   iESDfilter      = " << iESDfilter << ";" << endl;
1473    out << "   iMUONcopyAOD    = " << iMUONcopyAOD << ";" << endl;
1474    out << "   iJETAN          = " << iJETAN << ";" << endl;
1475    out << "   iJETANdelta     = " << iJETANdelta << ";" << endl;
1476    out << "   iPWG4partcorr   = " << iPWG4partcorr << ";" << endl;
1477    out << "   iPWG4gammaconv  = " << iPWG4gammaconv << ";" << endl;
1478    out << "   iPWG4omega3pi   = " << iPWG4omega3pi << ";" << endl;
1479    out << "   iPWG3vertexing  = " << iPWG3vertexing << ";" << endl;
1480    out << "   iPWG3hfe        = " << iPWG3hfe << ";" << endl;
1481    out << "   iPWG3JPSIfilter = " << iPWG3JPSIfilter << ";" << endl;
1482    out << "   iPWG3JPSI       = " << iPWG3JPSI << ";" << endl;
1483    out << "   iPWG3d2h        = " << iPWG3d2h << ";" << endl;
1484    out << "     iPWG3d0mass       = " << iPWG3d0mass << ";" << endl;
1485    out << "     iPWG3d0massLS     = " << iPWG3d0massLS << ";" << endl;
1486    out << "     iPWG3dplus        = " << iPWG3dplus << ";" << endl;
1487    out << "     iPWG3LSd0         = " << iPWG3LSd0 << ";" << endl;
1488    out << "     iPWG3LSjpsi       = " << iPWG3LSjpsi << ";" << endl;
1489    out << "     iPWG3CFd0         = " << iPWG3CFd0 << ";" << endl;
1490    out << "     iPWG3promptd0     = " << iPWG3promptd0 << ";" << endl;
1491    out << "   iPWG3MuonTrain      = " << iPWG3MuonTrain << ";" << endl;
1492    out << "   iPWG2femto      = " << iPWG2femto << ";" << endl;
1493    out << "   iPWG2spectra    = " << iPWG2spectra << ";" << endl;
1494    out << "     iPWG2protons      = " << iPWG2protons << ";" << endl;
1495    out << "     iPWG2checkcascade = " << iPWG2checkcascade << ";" << endl;
1496    out << "     iPWG2perfcascade  = " << iPWG2perfcascade << ";" << endl;
1497    out << "     iPWG2checkv0      = " << iPWG2checkv0 << ";" << endl;
1498    out << "     iPWG2strange      = " << iPWG2strange << ";" << endl;
1499    out << "     iPWG2central      = " << iPWG2central << ";" << endl;
1500    out << "   iPWG2flow       = " << iPWG2flow << ";" << endl;
1501    out << "   iPWG2res        = " << iPWG2res << ";" << endl;
1502    out << "     iPWG2rsneff   = " << iPWG2rsneff << ";" << endl;
1503    out << "   iPWG2kink       = " << iPWG2kink << ";" << endl;
1504    out << "     iPWG2kinkESDMC    = " << iPWG2kinkESDMC << ";" << endl;
1505    out << "     iPWG2kinkLSKstar  = " << iPWG2kinkLSKstar << ";" << endl;
1506    out << "     iPWG2kinkLSL1520  = " << iPWG2kinkLSL1520 << ";" << endl;
1507    out << "     iPWG2kinkLSPhi    = " << iPWG2kinkLSPhi << ";" << endl;
1508    out << "     iPWG2kinkKstarESD = " << iPWG2kinkKstarESD << ";" << endl;
1509    out << "     iPWG2kinkKstarMC  = " << iPWG2kinkKstarMC << ";" << endl;
1510    out << "     iPWG2kinkL1520ESD = " << iPWG2kinkL1520ESD << ";" << endl;
1511    out << "     iPWG2kinkL1520MC  = " << iPWG2kinkL1520MC << ";" << endl;
1512    out << "     iPWG2kinkPhiESD   = " << iPWG2kinkPhiESD << ";" << endl;
1513    out << "     iPWG2kinkPhiMC    = " << iPWG2kinkPhiMC << ";" << endl;
1514    out << "   iPWG2unicor     = " << iPWG2unicor << ";" << endl;
1515    out << "   iPWG2evchar     = " << iPWG2evchar << ";" << endl;
1516    out << "   iPWG2forward    = " << iPWG2forward << ";" << endl << endl;
1517    out << "// Configuration fot the wagons" << endl;
1518    out << "   configPWG2femto = \"" << configPWG2femto << "\";" << endl;
1519    out << "   configPWG3d2h   = \"" << configPWG3d2h << "\";" << endl;
1520    out << "}" << endl;
1521    ::Info("AnalysisTrainNew.C::WriteConfig", "Train configuration wrote to file %s", Form("config_%s.C", train_name.Data()));
1522    gSystem->ChangeDirectory(cdir);
1523 }
1524
1525 //______________________________________________________________________________
1526 Bool_t LoadConfig(const char *filename)
1527 {
1528 // Read train configuration from file
1529    if (gSystem->AccessPathName(filename)) {
1530       ::Error("AnalysisTrainNew.C::LoadConfig", "Config file name not found");
1531       return kFALSE;
1532    }
1533    gROOT->ProcessLine(Form(".x %s", filename));
1534    ::Info("AnalysisTrainNew.C::LoadConfig", "Train configuration loaded from file %s", filename);
1535    return kTRUE;
1536 }