EMCAL/AliCaloCalibSignal.cxx

   1 /**************************************************************************
   2  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
   3  *                                                                        *
   4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
   5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
   6  *                                                                        *
   7  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
   8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
   9  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
  10  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
  11  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
  12  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
  13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
  14  **************************************************************************/
  15 /* $Id: AliCaloCalibSignal.cxx $ */
  16
  17 //________________________________________________________________________
  18 //
  19 // A help class for monitoring and calibration tools: MOOD, AMORE etc.,
  20 // It can be created and used a la (ctor):
  21 /*
  22   //Create the object for making the histograms
  23   fSignals = new AliCaloCalibSignal( fDetType );
  24   // AliCaloCalibSignal knows how many modules we have for PHOS or EMCAL
  25   fNumModules = fSignals->GetModules();
  26 */
  27 // fed an event:
  28 //  fSignals->ProcessEvent(fCaloRawStream,fRawEventHeaderBase);
  29 // get some info:
  30 //  fSignals->GetXXX..()
  31 // etc.
  32 //________________________________________________________________________
  33 #include <string>
  34 #include <sstream>
  35 #include <fstream>
  36
  37 #include "TProfile.h"
  38 #include "TFile.h"
  39
  40 #include "AliRawReader.h"
  41 #include "AliCaloRawStreamV3.h"
  42
  43 //The include file
  44 #include "AliCaloCalibSignal.h"
  45
  46 ClassImp(AliCaloCalibSignal)
  47
  48 using namespace std;
  49
  50 // variables for TTree filling; not sure if they should be static or not
  51 static int fChannelNum; // for regular towers
  52 static int fRefNum; // for LED
  53 static double fAmp;
  54 static double fAvgAmp;
  55 static double fRMS;
  56
  57 // ctor; initialize everything in order to avoid compiler warnings
  58 // put some reasonable defaults
  59 AliCaloCalibSignal::AliCaloCalibSignal(kDetType detectorType) :
  60   TObject(),
  61   fDetType(kNone),
  62   fColumns(0),
  63   fRows(0),
  64   fLEDRefs(0),
  65   fModules(0),
  66   fCaloString(),
  67   fMapping(NULL),
  68   fRunNumber(-1),
  69   fStartTime(0),
  70   fAmpCut(40), // min. 40 ADC counts as default
  71   fReqFractionAboveAmpCutVal(0.6), // 60% in a strip, per default
  72   fReqFractionAboveAmp(kTRUE),
  73   fAmpCutLEDRef(100), // min. 100 ADC counts as default
  74   fReqLEDRefAboveAmpCutVal(kTRUE),
  75   fHour(0),
  76   fLatestHour(0),
  77   fUseAverage(kTRUE),
  78   fSecInAverage(1800),
  79   fNEvents(0),
  80   fNAcceptedEvents(0),
  81   fTreeAmpVsTime(NULL),
  82   fTreeAvgAmpVsTime(NULL),
  83   fTreeLEDAmpVsTime(NULL),
  84   fTreeLEDAvgAmpVsTime(NULL)
  85 {
  86   //Default constructor. First we set the detector-type related constants.
  87   if (detectorType == kPhos) {
  88     fColumns = fgkPhosCols;
  89     fRows = fgkPhosRows;
  90     fLEDRefs = fgkPhosLEDRefs;
  91     fModules = fgkPhosModules;
  92     fCaloString = "PHOS";
  93   }
  94   else {
  95     //We'll just trust the enum to keep everything in line, so that if detectorType
  96     //isn't kPhos then it is kEmCal. Note, however, that this is not necessarily the
  97     //case, if someone intentionally gives another number
  98     fColumns = AliEMCALGeoParams::fgkEMCALCols;
  99     fRows = AliEMCALGeoParams::fgkEMCALRows;
 100     fLEDRefs = AliEMCALGeoParams::fgkEMCALLEDRefs;
 101     fModules = AliEMCALGeoParams::fgkEMCALModules;
 102     fCaloString = "EMCAL";
 103   }
 104
 105   fDetType = detectorType;
 106
 107   ResetInfo(); // trees and counters
 108 }
 109
 110 // dtor
 111 //_____________________________________________________________________
 112 AliCaloCalibSignal::~AliCaloCalibSignal()
 113 {
 114   DeleteTrees();
 115 }
 116
 117 //_____________________________________________________________________
 118 void AliCaloCalibSignal::DeleteTrees()
 119 {
 120   // delete what was created in the ctor (TTrees)
 121   if (fTreeAmpVsTime) delete fTreeAmpVsTime;
 122   if (fTreeAvgAmpVsTime) delete fTreeAvgAmpVsTime;
 123   if (fTreeLEDAmpVsTime) delete fTreeLEDAmpVsTime;
 124   if (fTreeLEDAvgAmpVsTime) delete fTreeLEDAvgAmpVsTime;
 125   // and reset pointers
 126   fTreeAmpVsTime = NULL;
 127   fTreeAvgAmpVsTime = NULL;
 128   fTreeLEDAmpVsTime = NULL;
 129   fTreeLEDAvgAmpVsTime = NULL;
 130
 131   return;
 132 }
 133
 134 // copy ctor
 135 //_____________________________________________________________________
 136 AliCaloCalibSignal::AliCaloCalibSignal(const AliCaloCalibSignal &sig) :
 137   TObject(sig),
 138   fDetType(sig.GetDetectorType()),
 139   fColumns(sig.GetColumns()),
 140   fRows(sig.GetRows()),
 141   fLEDRefs(sig.GetLEDRefs()),
 142   fModules(sig.GetModules()),
 143   fCaloString(sig.GetCaloString()),
 144   fMapping(NULL), //! note that we are not copying the map info
 145   fRunNumber(sig.GetRunNumber()),
 146   fStartTime(sig.GetStartTime()),
 147   fAmpCut(sig.GetAmpCut()),
 148   fReqFractionAboveAmpCutVal(sig.GetReqFractionAboveAmpCutVal()),
 149   fReqFractionAboveAmp(sig.GetReqFractionAboveAmp()),
 150   fAmpCutLEDRef(sig.GetAmpCutLEDRef()),
 151   fReqLEDRefAboveAmpCutVal(sig.GetReqLEDRefAboveAmpCutVal()),
 152   fHour(sig.GetHour()),
 153   fLatestHour(sig.GetLatestHour()),
 154   fUseAverage(sig.GetUseAverage()),
 155   fSecInAverage(sig.GetSecInAverage()),
 156   fNEvents(sig.GetNEvents()),
 157   fNAcceptedEvents(sig.GetNAcceptedEvents()),
 158   fTreeAmpVsTime(NULL),
 159   fTreeAvgAmpVsTime(NULL),
 160   fTreeLEDAmpVsTime(NULL),
 161   fTreeLEDAvgAmpVsTime(NULL)
 162 {
 163   // also the TTree contents
 164   AddInfo(&sig);
 165 }
 166
 167 // assignment operator; use copy ctor to make life easy..
 168 //_____________________________________________________________________
 169 AliCaloCalibSignal& AliCaloCalibSignal::operator = (const AliCaloCalibSignal &source)
 170 {
 171   // assignment operator; use copy ctor
 172   if (&source == this) return *this;
 173
 174   new (this) AliCaloCalibSignal(source);
 175   return *this;
 176 }
 177
 178 //_____________________________________________________________________
 179 void AliCaloCalibSignal::CreateTrees()
 180 {
 181   // initialize trees
 182   // first, regular version
 183   fTreeAmpVsTime = new TTree("fTreeAmpVsTime","Amplitude vs. Time Tree Variables");
 184
 185   fTreeAmpVsTime->Branch("fChannelNum", &fChannelNum, "fChannelNum/I");
 186   fTreeAmpVsTime->Branch("fHour", &fHour, "fHour/D");
 187   fTreeAmpVsTime->Branch("fAmp", &fAmp, "fAmp/D");
 188
 189   // then, average version
 190   fTreeAvgAmpVsTime = new TTree("fTreeAvgAmpVsTime","Average Amplitude vs. Time Tree Variables");
 191
 192   fTreeAvgAmpVsTime->Branch("fChannelNum", &fChannelNum, "fChannelNum/I");
 193   fTreeAvgAmpVsTime->Branch("fHour", &fHour, "fHour/D");
 194   fTreeAvgAmpVsTime->Branch("fAvgAmp", &fAvgAmp, "fAvgAmp/D");
 195   fTreeAvgAmpVsTime->Branch("fRMS", &fRMS, "fRMS/D");
 196
 197   // then same for LED..
 198   fTreeLEDAmpVsTime = new TTree("fTreeLEDAmpVsTime","LED Amplitude vs. Time Tree Variables");
 199   fTreeLEDAmpVsTime->Branch("fRefNum", &fRefNum, "fRefNum/I");
 200   fTreeLEDAmpVsTime->Branch("fHour", &fHour, "fHour/D");
 201   fTreeLEDAmpVsTime->Branch("fAmp", &fAmp, "fAmp/D");
 202
 203   fTreeLEDAvgAmpVsTime = new TTree("fTreeLEDAvgAmpVsTime","Average LED Amplitude vs. Time Tree Variables");
 204   fTreeLEDAvgAmpVsTime->Branch("fRefNum", &fRefNum, "fRefNum/I");
 205   fTreeLEDAvgAmpVsTime->Branch("fHour", &fHour, "fHour/D");
 206   fTreeLEDAvgAmpVsTime->Branch("fAvgAmp", &fAvgAmp, "fAvgAmp/D");
 207   fTreeLEDAvgAmpVsTime->Branch("fRMS", &fRMS, "fRMS/D");
 208
 209   return;
 210 }
 211
 212 //_____________________________________________________________________
 213 void AliCaloCalibSignal::ResetInfo()
 214 { // reset trees and counters
 215   Zero(); // set all counters to 0
 216   DeleteTrees(); // delete previous stuff
 217   CreateTrees(); // and create some new ones
 218   return;
 219 }
 220
 221 //_____________________________________________________________________
 222 void AliCaloCalibSignal::Zero()
 223 {
 224   // set all counters to 0; not cuts etc. though
 225   fHour = 0;
 226   fLatestHour = 0;
 227   fNEvents = 0;
 228   fNAcceptedEvents = 0;
 229
 230   // Set the number of points for each tower: Amp vs. Time
 231   memset(fNHighGain, 0, sizeof(fNHighGain));
 232   memset(fNLowGain, 0, sizeof(fNLowGain));
 233   // and LED reference
 234   memset(fNRef, 0, sizeof(fNRef));
 235
 236   return;
 237 }
 238
 239 //_____________________________________________________________________
 240 Bool_t AliCaloCalibSignal::CheckFractionAboveAmp(const int *iAmpVal,
 241                                                  int resultArray[])
 242 { // check fraction of towers, per column, that are above amplitude cut
 243   Bool_t returnCode = false;
 244
 245   int iTowerNum = 0;
 246   double fraction = 0;
 247   for (int i = 0; i<fModules; i++) {
 248     for (int j = 0; j<fColumns; j++) {
 249       int nAbove = 0;
 250       for (int k = 0; k<fRows; k++) {
 251         iTowerNum = GetTowerNum(i,j,k);
 252         if (iAmpVal[iTowerNum] > fAmpCut) {
 253           nAbove++;
 254         }
 255       }
 256       resultArray[i*fColumns +j] = 0; // init. to denied
 257       if (nAbove > 0) {
 258         fraction = (1.0*nAbove) / fRows;
 259         /*
 260         printf("DS mod %d col %d nAbove %d fraction %3.2f\n",
 261                i, j, nAbove, fraction);
 262         */
 263         if (fraction > fReqFractionAboveAmpCutVal) {
 264           resultArray[i*fColumns + j] = nAbove;
 265           returnCode = true;
 266         }
 267       }
 268     }
 269   } // modules loop
 270
 271   return returnCode;
 272 }
 273
 274
 275 //_____________________________________________________________________
 276 Bool_t AliCaloCalibSignal::CheckLEDRefAboveAmp(const int *iAmpVal,
 277                                                int resultArray[])
 278 { // check which LEDRef/Mon strips are above amplitude cut
 279   Bool_t returnCode = false;
 280
 281   int iRefNum = 0;
 282   int gain = 1; // look at high gain; this should be rather saturated usually..
 283   for (int i = 0; i<fModules; i++) {
 284     for (int j = 0; j<fLEDRefs; j++) {
 285       iRefNum = GetRefNum(i, j, gain);
 286       if (iAmpVal[iRefNum] > fAmpCutLEDRef) {
 287         resultArray[i*fLEDRefs +j] = 1; // enough signal
 288         returnCode = true;
 289       }
 290       else {
 291         resultArray[i*fLEDRefs +j] = 0; // not enough signal
 292       }
 293
 294       /*
 295       printf("DS mod %d LEDRef %d ampVal %d\n",
 296              i, j, iAmpVal[iRefNum]);
 297       */
 298     } // LEDRefs
 299   } // modules loop
 300
 301   return returnCode;
 302 }
 303
 304 // Parameter/cut handling
 305 //_____________________________________________________________________
 306 void AliCaloCalibSignal::SetParametersFromFile(const char *parameterFile)
 307 { // set parameters from file
 308   static const string delimitor("::");
 309
 310   // open, check input file
 311   ifstream in( parameterFile );
 312   if( !in ) {
 313     printf("in AliCaloCalibSignal::SetParametersFromFile - Using default/run_time parameters.\n");
 314     return;
 315   }
 316
 317   // Note: this method is a bit more complicated than it really has to be
 318   // - allowing for multiple entries per line, arbitrary order of the
 319   // different variables etc. But I wanted to try and do this in as
 320   // correct a C++ way as I could (as an exercise).
 321
 322   // read in
 323   char readline[1024];
 324   while ((in.rdstate() & ios::failbit) == 0 ) {
 325
 326     // Read into the raw char array and then construct a string
 327     // to do the searching
 328     in.getline(readline, 1024);
 329     istringstream s(readline);
 330
 331     while ( ( s.rdstate() & ios::failbit ) == 0 ) {
 332
 333       string keyValue;
 334       s >> keyValue;
 335
 336       // check stream status
 337       if( s.rdstate() & ios::failbit ) break;
 338
 339       // skip rest of line if comments found
 340       if( keyValue.substr( 0, 2 ) == "//" ) break;
 341
 342       // look for "::" in keyValue pair
 343       size_t position = keyValue.find( delimitor );
 344       if( position == string::npos ) {
 345         printf("wrong format for key::value pair: %s\n", keyValue.c_str());
 346       }
 347
 348       // split keyValue pair
 349       string key( keyValue.substr( 0, position ) );
 350       string value( keyValue.substr( position+delimitor.size(),
 351                                       keyValue.size()-delimitor.size() ) );
 352
 353       // check value does not contain a new delimitor
 354       if( value.find( delimitor ) != string::npos ) {
 355         printf("wrong format for key::value pair: %s\n", keyValue.c_str());
 356       }
 357
 358       // debug: check key value pair
 359       // printf("AliCaloCalibSignal::SetParametersFromFile - key %s value %s\n", key.c_str(), value.c_str());
 360
 361       // if the key matches with something we expect, we assign the new value
 362       if ( (key == "fAmpCut") || (key == "fReqFractionAboveAmpCutVal") ||
 363            (key == "fAmpCutLEDRef") || (key == "fSecInAverage") ) {
 364         istringstream iss(value);
 365         printf("AliCaloCalibSignal::SetParametersFromFile - key %s value %s\n", key.c_str(), value.c_str());
 366
 367         if (key == "fAmpCut") {
 368           iss >> fAmpCut;
 369         }
 370         else if (key == "fReqFractionAboveAmpCutVal") {
 371           iss >> fReqFractionAboveAmpCutVal;
 372         }
 373         else if (key == "fAmpCutLEDRef") {
 374           iss >> fAmpCutLEDRef;
 375         }
 376         else if (key == "fSecInAverage") {
 377           iss >> fSecInAverage;
 378         }
 379       } // some match found/expected
 380
 381     }
 382   }
 383
 384   in.close();
 385   return;
 386 }
 387
 388 //_____________________________________________________________________
 389 void AliCaloCalibSignal::WriteParametersToFile(const char *parameterFile)
 390 { // write parameters to file
 391   static const string delimitor("::");
 392   ofstream out( parameterFile );
 393   out << "// " << parameterFile << endl;
 394   out << "fAmpCut" << "::" << fAmpCut << endl;
 395   out << "fReqFractionAboveAmpCutVal" << "::" << fReqFractionAboveAmpCutVal << endl;
 396   out << "fAmpCutLEDRef" << "::" << fAmpCutLEDRef << endl;
 397   out << "fSecInAverage" << "::" << fSecInAverage << endl;
 398
 399   out.close();
 400   return;
 401 }
 402
 403 //_____________________________________________________________________
 404 Bool_t AliCaloCalibSignal::AddInfo(const AliCaloCalibSignal *sig)
 405 {
 406   // note/FIXME: we are not yet adding correctly the info for fN{HighGain,LowGain,Ref} here - but consider this a feature for now (20080905): we'll do Analyze() unless entries were found for a tower in this original object.
 407
 408   // add info from sig's TTrees to ours..
 409   TTree *sigAmp = sig->GetTreeAmpVsTime();
 410   TTree *sigAvgAmp = sig->GetTreeAvgAmpVsTime();
 411
 412   // we could try some merging via TList or what also as a more elegant approach
 413   // but I wanted with the stupid/simple and hopefully safe approach of looping
 414   // over what we want to add..
 415
 416   // associate variables for sigAmp and sigAvgAmp:
 417   sigAmp->SetBranchAddress("fChannelNum",&fChannelNum);
 418   sigAmp->SetBranchAddress("fHour",&fHour);
 419   sigAmp->SetBranchAddress("fAmp",&fAmp);
 420
 421   // loop over the trees.. note that since we use the same variables we should not need
 422   // to do any assignments between the getting and filling
 423   for (int i=0; i<sigAmp->GetEntries(); i++) {
 424     sigAmp->GetEntry(i);
 425     fTreeAmpVsTime->Fill();
 426   }
 427
 428   sigAvgAmp->SetBranchAddress("fChannelNum",&fChannelNum);
 429   sigAvgAmp->SetBranchAddress("fHour",&fHour);
 430   sigAvgAmp->SetBranchAddress("fAvgAmp",&fAvgAmp);
 431   sigAvgAmp->SetBranchAddress("fRMS",&fRMS);
 432
 433   for (int i=0; i<sigAvgAmp->GetEntries(); i++) {
 434     sigAvgAmp->GetEntry(i);
 435     fTreeAvgAmpVsTime->Fill();
 436   }
 437
 438   // also LED..
 439   TTree *sigLEDAmp = sig->GetTreeLEDAmpVsTime();
 440   TTree *sigLEDAvgAmp = sig->GetTreeLEDAvgAmpVsTime();
 441
 442   // associate variables for sigAmp and sigAvgAmp:
 443   sigLEDAmp->SetBranchAddress("fRefNum",&fRefNum);
 444   sigLEDAmp->SetBranchAddress("fHour",&fHour);
 445   sigLEDAmp->SetBranchAddress("fAmp",&fAmp);
 446
 447   // loop over the trees.. note that since we use the same variables we should not need
 448   // to do any assignments between the getting and filling
 449   for (int i=0; i<sigLEDAmp->GetEntries(); i++) {
 450     sigLEDAmp->GetEntry(i);
 451     fTreeLEDAmpVsTime->Fill();
 452   }
 453
 454   sigLEDAvgAmp->SetBranchAddress("fRefNum",&fRefNum);
 455   sigLEDAvgAmp->SetBranchAddress("fHour",&fHour);
 456   sigLEDAvgAmp->SetBranchAddress("fAvgAmp",&fAvgAmp);
 457   sigLEDAvgAmp->SetBranchAddress("fRMS",&fRMS);
 458
 459   for (int i=0; i<sigLEDAvgAmp->GetEntries(); i++) {
 460     sigLEDAvgAmp->GetEntry(i);
 461     fTreeLEDAvgAmpVsTime->Fill();
 462   }
 463
 464
 465   return kTRUE;//We hopefully succesfully added info from the supplied object
 466 }
 467
 468 //_____________________________________________________________________
 469 Bool_t AliCaloCalibSignal::ProcessEvent(AliRawReader *rawReader)
 470 {
 471   // if fMapping is NULL the rawstream will crate its own mapping
 472   AliCaloRawStreamV3 rawStream(rawReader, fCaloString, (AliAltroMapping**)fMapping);
 473   if (fDetType == kEmCal) {
 474     rawReader->Select("EMCAL", 0, AliEMCALGeoParams::fgkLastAltroDDL) ; //select EMCAL DDL range
 475   }
 476   return ProcessEvent( &rawStream, rawReader->GetTimestamp() );
 477 }
 478
 479 //_____________________________________________________________________
 480 Bool_t AliCaloCalibSignal::ProcessEvent(AliCaloRawStreamV3 *in, UInt_t Timestamp)
 481 {
 482   // Method to process=analyze one event in the data stream
 483   if (!in) return kFALSE; //Return right away if there's a null pointer
 484
 485   fNEvents++; // one more event
 486
 487   // use maximum numbers to set array sizes
 488   int iAmpValHighGain[fgkMaxTowers];
 489   int iAmpValLowGain[fgkMaxTowers];
 490   memset(iAmpValHighGain, 0, sizeof(iAmpValHighGain));
 491   memset(iAmpValLowGain, 0, sizeof(iAmpValLowGain));
 492
 493   // also for LED reference
 494   int iLEDAmpVal[fgkMaxRefs * 2]; // factor 2 is for the two gain values
 495   memset(iLEDAmpVal, 0, sizeof(iLEDAmpVal));
 496
 497   int sample; // temporary value
 498   int gain = 0; // high or low gain
 499
 500   // Number of Low and High gain, and LED Ref, channels for this event:
 501   int nLowChan = 0;
 502   int nHighChan = 0;
 503   int nLEDRefChan = 0;
 504
 505   int iTowerNum = 0; // array index for regular towers
 506   int iRefNum = 0; // array index for LED references
 507
 508   // loop first to get the fraction of channels with amplitudes above cut
 509
 510   while (in->NextDDL()) {
 511     while (in->NextChannel()) {
 512
 513       // counters
 514       int max = AliEMCALGeoParams::fgkSampleMin, min = AliEMCALGeoParams::fgkSampleMax; // min and max sample values
 515       int nsamples = 0;
 516
 517       while (in->NextBunch()) {
 518         const UShort_t *sig = in->GetSignals();
 519         nsamples += in->GetBunchLength();
 520         for (Int_t i = 0; i < in->GetBunchLength(); i++) {
 521           sample = sig[i];
 522
 523           // check if it's a min or max value
 524           if (sample < min) min = sample;
 525           if (sample > max) max = sample;
 526
 527         } // loop over samples in bunch
 528       } // loop over bunches
 529
 530       if (nsamples > 0) { // this check is needed for when we have zero-supp. on, but not sparse readout
 531
 532       gain = -1; // init to not valid value
 533       //If we're here then we're done with this tower
 534       if ( in->IsLowGain() ) {
 535         gain = 0;
 536       }
 537       else if ( in->IsHighGain() ) {
 538         gain = 1;
 539       }
 540       else if ( in->IsLEDMonData() ) {
 541         gain = in->GetRow(); // gain coded in (in RCU/Altro mapping) as Row info for LED refs..
 542       }
 543
 544       // it should be enough to check the SuperModule info for each DDL really, but let's keep it here for now
 545       int arrayPos = in->GetModule(); //The modules are numbered starting from 0
 546       //Debug
 547       if (arrayPos < 0 || arrayPos >= fModules) {
 548         printf("AliCaloCalibSignal::ProcessEvent = Oh no: arrayPos = %i.\n", arrayPos);
 549         return kFALSE;
 550       }
 551
 552       if ( in->IsHighGain() || in->IsLowGain() ) { // regular tower
 553         // get tower number for AmpVal array
 554         iTowerNum = GetTowerNum(arrayPos, in->GetColumn(), in->GetRow());
 555
 556         if (gain == 0) {
 557           // fill amplitude into the array
 558           iAmpValLowGain[iTowerNum] = max - min;
 559           nLowChan++;
 560         }
 561         else if (gain==1) {//fill the high gain ones
 562           // fill amplitude into the array
 563           iAmpValHighGain[iTowerNum] = max - min;
 564           nHighChan++;
 565         }//end if gain
 566       } // regular tower
 567       else if ( in->IsLEDMonData() ) { // LED ref.;
 568         // strip # is coded is 'column' in the channel maps
 569         iRefNum = GetRefNum(arrayPos, in->GetColumn(), gain);
 570         iLEDAmpVal[iRefNum] = max - min;
 571         nLEDRefChan++;
 572       } // end of LED ref
 573
 574       } // nsamples>0 check, some data found for this channel; not only trailer/header
 575     } // end while over channel
 576
 577   }//end while over DDL's, of input stream
 578
 579   in->Reset(); // just in case the next customer forgets to check if the stream was reset..
 580
 581   // now check if it was an LED event, using the LED Reference info per strip
 582
 583   // by default all columns are accepted (init check to > 0)
 584   int checkResultArray[AliEMCALGeoParams::fgkEMCALModules * AliEMCALGeoParams::fgkEMCALCols];
 585   for (int ia=0; ia<(AliEMCALGeoParams::fgkEMCALModules * AliEMCALGeoParams::fgkEMCALCols); ia++) {
 586     checkResultArray[ia] = 1;
 587   }
 588   if (fReqFractionAboveAmp) {
 589     bool ok = false;
 590     if (nHighChan > 0) {
 591       ok = CheckFractionAboveAmp(iAmpValHighGain, checkResultArray);
 592     }
 593     if (!ok) return false; // skip event
 594   }
 595
 596   // by default all columns are accepted (init check to > 0)
 597   int checkResultArrayLEDRef[AliEMCALGeoParams::fgkEMCALModules * AliEMCALGeoParams::fgkEMCALLEDRefs];
 598   for (int ia=0; ia<(AliEMCALGeoParams::fgkEMCALModules * AliEMCALGeoParams::fgkEMCALLEDRefs); ia++) {
 599     checkResultArrayLEDRef[ia] = 1;
 600   }
 601   if (fReqLEDRefAboveAmpCutVal) {
 602     bool ok = false;
 603     if (nLEDRefChan > 0) {
 604       ok = CheckLEDRefAboveAmp(iLEDAmpVal, checkResultArrayLEDRef);
 605     }
 606     if (!ok) return false; // skip event
 607   }
 608
 609   fNAcceptedEvents++; // one more event accepted
 610
 611   if (fStartTime == 0) { // if start-timestamp wasn't set,we'll pick it up from the first event we encounter
 612     fStartTime = Timestamp;
 613   }
 614
 615   fHour = (Timestamp - fStartTime)/(double)fgkNumSecInHr;
 616   if (fLatestHour < fHour) {
 617     fLatestHour = fHour;
 618   }
 619
 620   // it is a led event, now fill TTree
 621   // We also do the activity check for LEDRefs/Strips, but need to translate between column
 622   // and strip indices for that; based on these relations:
 623   // iStrip = AliEMCALGeoParams::GetStripModule(iSM, iCol);
 624   // iStrip = (iSM%2==0) ? iCol/2 : AliEMCALGeoParams::fgkEMCALLEDRefs - 1 - iCol/2;
 625   // which leads to
 626   // iColFirst = (iSM%2==0) ? iStrip*2 : (AliEMCALGeoParams::fgkEMCALLEDRefs - 1 - iStrip)*2;
 627
 628   for(int i=0; i<fModules; i++){
 629     for(int j=0; j<fColumns; j++) {
 630       int iStrip = (i%2==0) ? j/2 : AliEMCALGeoParams::fgkEMCALLEDRefs - 1 - j/2;
 631       if (checkResultArray[i*fColumns + j]>0  && checkResultArrayLEDRef[i*fLEDRefs + iStrip]>0) { // column passed check
 632       for(int k=0; k<fRows; k++){
 633
 634         iTowerNum = GetTowerNum(i, j, k);
 635
 636         if(iAmpValHighGain[iTowerNum]) {
 637           fAmp = iAmpValHighGain[iTowerNum];
 638           fChannelNum = GetChannelNum(i,j,k,1);
 639           fTreeAmpVsTime->Fill();//fChannelNum,fHour,AmpValHighGain[iTowerNum]);
 640           fNHighGain[iTowerNum]++;
 641         }
 642         if(iAmpValLowGain[iTowerNum]) {
 643           fAmp = iAmpValLowGain[iTowerNum];
 644           fChannelNum = GetChannelNum(i,j,k,0);
 645           fTreeAmpVsTime->Fill();//fChannelNum,fHour,AmpValLowGain[iTowerNum]);
 646           fNLowGain[iTowerNum]++;
 647         }
 648       } // rows
 649       } // column passed check, and LED Ref for strip passed check (if any)
 650     } // columns
 651
 652     // also LED refs
 653     for(int j=0; j<fLEDRefs; j++){
 654       int iColFirst = (i%2==0) ? j*2 : (AliEMCALGeoParams::fgkEMCALLEDRefs - 1 - j)*2; //CHECKME!!!
 655       if ( ((checkResultArray[i*fColumns + iColFirst]>0) || (checkResultArray[i*fColumns + iColFirst + 1]>0)) && // at least one column in strip passed check
 656            (checkResultArrayLEDRef[i*fLEDRefs + j]>0) ) { // and LED Ref passed checks
 657         for (gain=0; gain<2; gain++) {
 658           fRefNum = GetRefNum(i, j, gain);
 659           if (iLEDAmpVal[fRefNum]) {
 660             fAmp = iLEDAmpVal[fRefNum];
 661             fTreeLEDAmpVsTime->Fill();//fRefNum,fHour,fAmp);
 662             fNRef[fRefNum]++;
 663           }
 664         } // gain
 665       } // at least one column in strip passed check, and LED Ref passed check (if any)
 666     }
 667
 668   } // modules
 669
 670   return kTRUE;
 671 }
 672
 673 //_____________________________________________________________________
 674 Bool_t AliCaloCalibSignal::Save(TString fileName)
 675 {
 676   //Saves all the TTrees to the designated file
 677
 678   TFile destFile(fileName, "recreate");
 679
 680   if (destFile.IsZombie()) {
 681     return kFALSE;
 682   }
 683
 684   destFile.cd();
 685
 686   // save the trees
 687   fTreeAmpVsTime->Write();
 688   fTreeLEDAmpVsTime->Write();
 689   if (fUseAverage) {
 690     Analyze(); // get the latest and greatest averages
 691     fTreeAvgAmpVsTime->Write();
 692     fTreeLEDAvgAmpVsTime->Write();
 693   }
 694
 695   destFile.Close();
 696
 697   return kTRUE;
 698 }
 699
 700 //_____________________________________________________________________
 701 Bool_t AliCaloCalibSignal::Analyze()
 702 {
 703   // Fill the tree holding the average values
 704   if (!fUseAverage) { return kFALSE; }
 705
 706   // Reset the average TTree if Analyze has already been called earlier,
 707   // meaning that the TTree could have been partially filled
 708   if (fTreeAvgAmpVsTime->GetEntries() > 0) {
 709     fTreeAvgAmpVsTime->Reset();
 710   }
 711
 712   //0: setup variables for the TProfile plots that we'll use to do the averages
 713   int numProfBins = 0;
 714   double timeMin = 0;
 715   double timeMax = 0;
 716   if (fSecInAverage > 0) {
 717     numProfBins = (int)( (fLatestHour*fgkNumSecInHr)/fSecInAverage + 1 ); // round-off
 718   }
 719   numProfBins += 2; // add extra buffer : first and last
 720   double binSize = 1.0*fSecInAverage / fgkNumSecInHr;
 721   timeMin = - binSize;
 722   timeMax = timeMin + numProfBins*binSize;
 723
 724   //1: set up TProfiles for the towers that had data
 725   TProfile * profile[fgkMaxTowers*2]; // *2 is since we include both high and low gains
 726   memset(profile, 0, sizeof(profile));
 727
 728   char name[200]; // for profile id and title
 729   int iTowerNum = 0;
 730
 731   for (int i = 0; i<fModules; i++) {
 732     for (int ic=0; ic<fColumns; ic++){
 733       for (int ir=0; ir<fRows; ir++) {
 734
 735         iTowerNum = GetTowerNum(i, ic, ir);
 736         // high gain
 737         if (fNHighGain[iTowerNum] > 0) {
 738           fChannelNum = GetChannelNum(i, ic, ir, 1);
 739           sprintf(name, "profileChan%d", fChannelNum);
 740           profile[fChannelNum] = new TProfile(name, name, numProfBins, timeMin, timeMax, "s");
 741         }
 742
 743         // same for low gain
 744         if (fNLowGain[iTowerNum] > 0) {
 745           fChannelNum = GetChannelNum(i, ic, ir, 0);
 746           sprintf(name, "profileChan%d", fChannelNum);
 747           profile[fChannelNum] = new TProfile(name, name, numProfBins, timeMin, timeMax, "s");
 748         }
 749
 750       } // rows
 751     } // columns
 752   } // modules
 753
 754   //2: fill profiles by looping over tree
 755   // Set addresses for tree-readback also
 756   fTreeAmpVsTime->SetBranchAddress("fChannelNum", &fChannelNum);
 757   fTreeAmpVsTime->SetBranchAddress("fHour", &fHour);
 758   fTreeAmpVsTime->SetBranchAddress("fAmp", &fAmp);
 759
 760   for (int ient=0; ient<fTreeAmpVsTime->GetEntries(); ient++) {
 761     fTreeAmpVsTime->GetEntry(ient);
 762     if (profile[fChannelNum]) {
 763       // profile should always have been created above, for active channels
 764       profile[fChannelNum]->Fill(fHour, fAmp);
 765     }
 766   }
 767
 768   // re-associating the branch addresses here seems to be needed for OK 'average' storage
 769   fTreeAvgAmpVsTime->SetBranchAddress("fChannelNum", &fChannelNum);
 770   fTreeAvgAmpVsTime->SetBranchAddress("fHour", &fHour);
 771   fTreeAvgAmpVsTime->SetBranchAddress("fAvgAmp", &fAvgAmp);
 772   fTreeAvgAmpVsTime->SetBranchAddress("fRMS", &fRMS);
 773
 774   //3: fill avg tree by looping over the profiles
 775   for (fChannelNum = 0; fChannelNum<(fgkMaxTowers*2); fChannelNum++) {
 776     if (profile[fChannelNum]) { // profile was created
 777       if (profile[fChannelNum]->GetEntries() > 0) { // profile had some entries
 778         for(int it=0; it<numProfBins; it++) {
 779           if (profile[fChannelNum]->GetBinEntries(it+1) > 0) {
 780             fAvgAmp = profile[fChannelNum]->GetBinContent(it+1);
 781             fHour = profile[fChannelNum]->GetBinCenter(it+1);
 782             fRMS = profile[fChannelNum]->GetBinError(it+1);
 783             fTreeAvgAmpVsTime->Fill();
 784           } // some entries for this bin
 785         } // loop over bins
 786       } // some entries for this profile
 787     } // profile exists
 788   } // loop over all possible channels
 789
 790
 791   // and finally, go through same exercise for LED also..
 792
 793   //1: set up TProfiles for the towers that had data
 794   TProfile * profileLED[fgkMaxRefs*2]; // *2 is since we include both high and low gains
 795   memset(profileLED, 0, sizeof(profileLED));
 796
 797   for (int i = 0; i<fModules; i++) {
 798     for(int j=0; j<fLEDRefs; j++){
 799       for (int gain=0; gain<2; gain++) {
 800         fRefNum = GetRefNum(i, j, gain);
 801         if (fNRef[fRefNum] > 0) {
 802           sprintf(name, "profileLEDRef%d", fRefNum);
 803           profileLED[fRefNum] = new TProfile(name, name, numProfBins, timeMin, timeMax, "s");
 804         }
 805       }// gain
 806     }
 807   } // modules
 808
 809   //2: fill profiles by looping over tree
 810   // Set addresses for tree-readback also
 811   fTreeLEDAmpVsTime->SetBranchAddress("fRefNum", &fRefNum);
 812   fTreeLEDAmpVsTime->SetBranchAddress("fHour", &fHour);
 813   fTreeLEDAmpVsTime->SetBranchAddress("fAmp", &fAmp);
 814
 815   for (int ient=0; ient<fTreeLEDAmpVsTime->GetEntries(); ient++) {
 816     fTreeLEDAmpVsTime->GetEntry(ient);
 817     if (profileLED[fRefNum]) {
 818       // profile should always have been created above, for active channels
 819       profileLED[fRefNum]->Fill(fHour, fAmp);
 820     }
 821   }
 822
 823   // re-associating the branch addresses here seems to be needed for OK 'average' storage
 824   fTreeLEDAvgAmpVsTime->SetBranchAddress("fRefNum", &fRefNum);
 825   fTreeLEDAvgAmpVsTime->SetBranchAddress("fHour", &fHour);
 826   fTreeLEDAvgAmpVsTime->SetBranchAddress("fAvgAmp", &fAvgAmp);
 827   fTreeLEDAvgAmpVsTime->SetBranchAddress("fRMS", &fRMS);
 828
 829   //3: fill avg tree by looping over the profiles
 830   for (fRefNum = 0; fRefNum<(fgkMaxRefs*2); fRefNum++) {
 831     if (profileLED[fRefNum]) { // profile was created
 832       if (profileLED[fRefNum]->GetEntries() > 0) { // profile had some entries
 833         for(int it=0; it<numProfBins; it++) {
 834           if (profileLED[fRefNum]->GetBinEntries(it+1) > 0) {
 835             fAvgAmp = profileLED[fRefNum]->GetBinContent(it+1);
 836             fHour = profileLED[fRefNum]->GetBinCenter(it+1);
 837             fRMS = profileLED[fRefNum]->GetBinError(it+1);
 838             fTreeLEDAvgAmpVsTime->Fill();
 839           } // some entries for this bin
 840         } // loop over bins
 841       } // some entries for this profile
 842     } // profile exists
 843   } // loop over all possible channels
 844
 845   // OK, we're done..
 846
 847   return kTRUE;
 848 }
 849
 850 //_____________________________________________________________________
 851 Bool_t AliCaloCalibSignal::DecodeChannelNum(const int chanId,
 852                                             int *imod, int *icol, int *irow, int *igain) const
 853 { // return the module, column, row, and gain for a given channel number
 854   *igain = chanId/(fModules*fColumns*fRows);
 855   *imod = (chanId/(fColumns*fRows)) % fModules;
 856   *icol = (chanId/fRows) % fColumns;
 857   *irow = chanId % fRows;
 858   return kTRUE;
 859 }
 860
 861 //_____________________________________________________________________
 862 Bool_t AliCaloCalibSignal::DecodeRefNum(const int refId,
 863                                         int *imod, int *istripMod, int *igain) const
 864 { // return the module, stripModule, and gain for a given reference number
 865   *igain = refId/(fModules*fLEDRefs);
 866   *imod = (refId/(fLEDRefs)) % fModules;
 867   *istripMod = refId % fLEDRefs;
 868   return kTRUE;
 869 }