EMCAL/AliCaloCalibSignal.cxx

   1 /**************************************************************************
   2  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
   3  *                                                                        *
   4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
   5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
   6  *                                                                        *
   7  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
   8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
   9  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
  10  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
  11  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
  12  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
  13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
  14  **************************************************************************/
  15 /* $Id: AliCaloCalibSignal.cxx $ */
  16
  17 //________________________________________________________________________
  18 //
  19 // A help class for monitoring and calibration tools: MOOD, AMORE etc.,
  20 // It can be created and used a la (ctor):
  21 /*
  22   //Create the object for making the histograms
  23   fSignals = new AliCaloCalibSignal( fDetType );
  24   // AliCaloCalibSignal knows how many modules we have for PHOS or EMCAL
  25   fNumModules = fSignals->GetModules();
  26 */
  27 // fed an event:
  28 //  fSignals->ProcessEvent(fCaloRawStream,fRawEventHeaderBase);
  29 // get some info:
  30 //  fSignals->GetXXX..()
  31 // etc.
  32 //________________________________________________________________________
  33 #include <string>
  34 #include <sstream>
  35 #include <fstream>
  36
  37 #include "TProfile.h"
  38 #include "TFile.h"
  39
  40 #include "AliRawReader.h"
  41 #include "AliCaloRawStreamV3.h"
  42
  43 //The include file
  44 #include "AliCaloCalibSignal.h"
  45
  46 ClassImp(AliCaloCalibSignal)
  47
  48 using namespace std;
  49
  50 // variables for TTree filling; not sure if they should be static or not
  51 static int fChannelNum = 0; // for regular towers
  52 static int fRefNum = 0; // for LED
  53 static double fAmp = 0;
  54 static double fAvgAmp = 0;
  55 static double fRMS = 0;
  56
  57 // ctor; initialize everything in order to avoid compiler warnings
  58 // put some reasonable defaults
  59 AliCaloCalibSignal::AliCaloCalibSignal(kDetType detectorType) :
  60   TObject(),
  61   fDetType(kNone),
  62   fColumns(0),
  63   fRows(0),
  64   fLEDRefs(0),
  65   fModules(0),
  66   fCaloString(),
  67   fMapping(NULL),
  68   fRunNumber(-1),
  69   fStartTime(0),
  70   fAmpCut(40), // min. 40 ADC counts as default
  71   fReqFractionAboveAmpCutVal(0.6), // 60% in a strip, per default
  72   fReqFractionAboveAmp(kTRUE),
  73   fAmpCutLEDRef(100), // min. 100 ADC counts as default
  74   fReqLEDRefAboveAmpCutVal(kTRUE),
  75   fHour(0),
  76   fLatestHour(0),
  77   fUseAverage(kTRUE),
  78   fSecInAverage(1800),
  79   fNEvents(0),
  80   fNAcceptedEvents(0),
  81   fTreeAmpVsTime(NULL),
  82   fTreeAvgAmpVsTime(NULL),
  83   fTreeLEDAmpVsTime(NULL),
  84   fTreeLEDAvgAmpVsTime(NULL)
  85 {
  86   //Default constructor. First we set the detector-type related constants.
  87   if (detectorType == kPhos) {
  88     fColumns = fgkPhosCols;
  89     fRows = fgkPhosRows;
  90     fLEDRefs = fgkPhosLEDRefs;
  91     fModules = fgkPhosModules;
  92     fCaloString = "PHOS";
  93   }
  94   else {
  95     //We'll just trust the enum to keep everything in line, so that if detectorType
  96     //isn't kPhos then it is kEmCal. Note, however, that this is not necessarily the
  97     //case, if someone intentionally gives another number
  98     fColumns = AliEMCALGeoParams::fgkEMCALCols;
  99     fRows = AliEMCALGeoParams::fgkEMCALRows;
 100     fLEDRefs = AliEMCALGeoParams::fgkEMCALLEDRefs;
 101     fModules = AliEMCALGeoParams::fgkEMCALModules;
 102     fCaloString = "EMCAL";
 103   }
 104
 105   fDetType = detectorType;
 106
 107   ResetInfo(); // trees and counters
 108 }
 109
 110 // dtor
 111 //_____________________________________________________________________
 112 AliCaloCalibSignal::~AliCaloCalibSignal()
 113 {
 114   DeleteTrees();
 115 }
 116
 117 //_____________________________________________________________________
 118 void AliCaloCalibSignal::DeleteTrees()
 119 {
 120   // delete what was created in the ctor (TTrees)
 121   if (fTreeAmpVsTime) delete fTreeAmpVsTime;
 122   if (fTreeAvgAmpVsTime) delete fTreeAvgAmpVsTime;
 123   if (fTreeLEDAmpVsTime) delete fTreeLEDAmpVsTime;
 124   if (fTreeLEDAvgAmpVsTime) delete fTreeLEDAvgAmpVsTime;
 125   // and reset pointers
 126   fTreeAmpVsTime = NULL;
 127   fTreeAvgAmpVsTime = NULL;
 128   fTreeLEDAmpVsTime = NULL;
 129   fTreeLEDAvgAmpVsTime = NULL;
 130
 131   return;
 132 }
 133
 134 // copy ctor
 135 //_____________________________________________________________________
 136 //AliCaloCalibSignal::AliCaloCalibSignal(const AliCaloCalibSignal &sig) :
 137 //  TObject(sig),
 138 //  fDetType(sig.GetDetectorType()),
 139 //  fColumns(sig.GetColumns()),
 140 //  fRows(sig.GetRows()),
 141 //  fLEDRefs(sig.GetLEDRefs()),
 142 //  fModules(sig.GetModules()),
 143 //  fCaloString(sig.GetCaloString()),
 144 //  fMapping(), //! note that we are not copying the map info
 145 //  fRunNumber(sig.GetRunNumber()),
 146 //  fStartTime(sig.GetStartTime()),
 147 //  fAmpCut(sig.GetAmpCut()),
 148 //  fReqFractionAboveAmpCutVal(sig.GetReqFractionAboveAmpCutVal()),
 149 //  fReqFractionAboveAmp(sig.GetReqFractionAboveAmp()),
 150 //  fAmpCutLEDRef(sig.GetAmpCutLEDRef()),
 151 //  fReqLEDRefAboveAmpCutVal(sig.GetReqLEDRefAboveAmpCutVal()),
 152 //  fHour(sig.GetHour()),
 153 //  fLatestHour(sig.GetLatestHour()),
 154 //  fUseAverage(sig.GetUseAverage()),
 155 //  fSecInAverage(sig.GetSecInAverage()),
 156 //  fNEvents(sig.GetNEvents()),
 157 //  fNAcceptedEvents(sig.GetNAcceptedEvents()),
 158 //  fTreeAmpVsTime(),
 159 //  fTreeAvgAmpVsTime(),
 160 //  fTreeLEDAmpVsTime(),
 161 //  fTreeLEDAvgAmpVsTime()
 162 //{
 163 //  // also the TTree contents
 164 //  AddInfo(&sig);
 165 //  for (Int_t i = 0; i<fgkMaxTowers; i++) {
 166 //      fNHighGain[i] = sig.fNHighGain[i];
 167 //      fNLowGain[i]  = sig.fNLowGain[i];
 168 //  }
 169 //  for (Int_t i = 0; i<(2*fgkMaxRefs); i++) {
 170 //    fNRef[i] = sig.fNRef[i];
 171 //  }
 172 //
 173 //
 174 //}
 175 //
 176 // assignment operator; use copy ctor to make life easy..
 177 //_____________________________________________________________________
 178 //AliCaloCalibSignal& AliCaloCalibSignal::operator = (const AliCaloCalibSignal &source)
 179 //{
 180 //  // assignment operator; use copy ctor
 181 //  if (&source == this) return *this;
 182 //
 183 //  new (this) AliCaloCalibSignal(source);
 184 //  return *this;
 185 //}
 186
 187 //_____________________________________________________________________
 188 void AliCaloCalibSignal::CreateTrees()
 189 {
 190   // initialize trees
 191   // first, regular version
 192   fTreeAmpVsTime = new TTree("fTreeAmpVsTime","Amplitude vs. Time Tree Variables");
 193
 194   fTreeAmpVsTime->Branch("fChannelNum", &fChannelNum, "fChannelNum/I");
 195   fTreeAmpVsTime->Branch("fHour", &fHour, "fHour/D");
 196   fTreeAmpVsTime->Branch("fAmp", &fAmp, "fAmp/D");
 197
 198   // then, average version
 199   fTreeAvgAmpVsTime = new TTree("fTreeAvgAmpVsTime","Average Amplitude vs. Time Tree Variables");
 200
 201   fTreeAvgAmpVsTime->Branch("fChannelNum", &fChannelNum, "fChannelNum/I");
 202   fTreeAvgAmpVsTime->Branch("fHour", &fHour, "fHour/D");
 203   fTreeAvgAmpVsTime->Branch("fAvgAmp", &fAvgAmp, "fAvgAmp/D");
 204   fTreeAvgAmpVsTime->Branch("fRMS", &fRMS, "fRMS/D");
 205
 206   // then same for LED..
 207   fTreeLEDAmpVsTime = new TTree("fTreeLEDAmpVsTime","LED Amplitude vs. Time Tree Variables");
 208   fTreeLEDAmpVsTime->Branch("fRefNum", &fRefNum, "fRefNum/I");
 209   fTreeLEDAmpVsTime->Branch("fHour", &fHour, "fHour/D");
 210   fTreeLEDAmpVsTime->Branch("fAmp", &fAmp, "fAmp/D");
 211
 212   fTreeLEDAvgAmpVsTime = new TTree("fTreeLEDAvgAmpVsTime","Average LED Amplitude vs. Time Tree Variables");
 213   fTreeLEDAvgAmpVsTime->Branch("fRefNum", &fRefNum, "fRefNum/I");
 214   fTreeLEDAvgAmpVsTime->Branch("fHour", &fHour, "fHour/D");
 215   fTreeLEDAvgAmpVsTime->Branch("fAvgAmp", &fAvgAmp, "fAvgAmp/D");
 216   fTreeLEDAvgAmpVsTime->Branch("fRMS", &fRMS, "fRMS/D");
 217
 218   return;
 219 }
 220
 221 //_____________________________________________________________________
 222 void AliCaloCalibSignal::ResetInfo()
 223 { // reset trees and counters
 224   Zero(); // set all counters to 0
 225   DeleteTrees(); // delete previous stuff
 226   CreateTrees(); // and create some new ones
 227   return;
 228 }
 229
 230 //_____________________________________________________________________
 231 void AliCaloCalibSignal::Zero()
 232 {
 233   // set all counters to 0; not cuts etc. though
 234   fHour = 0;
 235   fLatestHour = 0;
 236   fNEvents = 0;
 237   fNAcceptedEvents = 0;
 238
 239   // Set the number of points for each tower: Amp vs. Time
 240   memset(fNHighGain, 0, sizeof(fNHighGain));
 241   memset(fNLowGain, 0, sizeof(fNLowGain));
 242   // and LED reference
 243   memset(fNRef, 0, sizeof(fNRef));
 244
 245   return;
 246 }
 247
 248 //_____________________________________________________________________
 249 Bool_t AliCaloCalibSignal::CheckFractionAboveAmp(const int *iAmpVal,
 250                                                  int resultArray[]) const
 251 { // check fraction of towers, per column, that are above amplitude cut
 252   Bool_t returnCode = false;
 253
 254   int iTowerNum = 0;
 255   double fraction = 0;
 256   for (int i = 0; i<fModules; i++) {
 257     for (int j = 0; j<fColumns; j++) {
 258       int nAbove = 0;
 259       for (int k = 0; k<fRows; k++) {
 260         iTowerNum = GetTowerNum(i,j,k);
 261         if (iAmpVal[iTowerNum] > fAmpCut) {
 262           nAbove++;
 263         }
 264       }
 265       resultArray[i*fColumns +j] = 0; // init. to denied
 266       if (nAbove > 0) {
 267         fraction = (1.0*nAbove) / fRows;
 268         /*
 269         printf("DS mod %d col %d nAbove %d fraction %3.2f\n",
 270                i, j, nAbove, fraction);
 271         */
 272         if (fraction > fReqFractionAboveAmpCutVal) {
 273           resultArray[i*fColumns + j] = nAbove;
 274           returnCode = true;
 275         }
 276       }
 277     }
 278   } // modules loop
 279
 280   return returnCode;
 281 }
 282
 283
 284 //_____________________________________________________________________
 285 Bool_t AliCaloCalibSignal::CheckLEDRefAboveAmp(const int *iAmpVal,
 286                                                int resultArray[]) const
 287 { // check which LEDRef/Mon strips are above amplitude cut
 288   Bool_t returnCode = false;
 289
 290   int iRefNum = 0;
 291   int gain = 1; // look at high gain; this should be rather saturated usually..
 292   for (int i = 0; i<fModules; i++) {
 293     for (int j = 0; j<fLEDRefs; j++) {
 294       iRefNum = GetRefNum(i, j, gain);
 295       if (iAmpVal[iRefNum] > fAmpCutLEDRef) {
 296         resultArray[i*fLEDRefs +j] = 1; // enough signal
 297         returnCode = true;
 298       }
 299       else {
 300         resultArray[i*fLEDRefs +j] = 0; // not enough signal
 301       }
 302
 303       /*
 304       printf("DS mod %d LEDRef %d ampVal %d\n",
 305              i, j, iAmpVal[iRefNum]);
 306       */
 307     } // LEDRefs
 308   } // modules loop
 309
 310   return returnCode;
 311 }
 312
 313 // Parameter/cut handling
 314 //_____________________________________________________________________
 315 void AliCaloCalibSignal::SetParametersFromFile(const char *parameterFile)
 316 { // set parameters from file
 317   static const string delimitor("::");
 318
 319   // open, check input file
 320   ifstream in( parameterFile );
 321   if( !in ) {
 322     printf("in AliCaloCalibSignal::SetParametersFromFile - Using default/run_time parameters.\n");
 323     return;
 324   }
 325
 326   // Note: this method is a bit more complicated than it really has to be
 327   // - allowing for multiple entries per line, arbitrary order of the
 328   // different variables etc. But I wanted to try and do this in as
 329   // correct a C++ way as I could (as an exercise).
 330
 331   // read in
 332   char readline[1024];
 333   while ((in.rdstate() & ios::failbit) == 0 ) {
 334
 335     // Read into the raw char array and then construct a string
 336     // to do the searching
 337     in.getline(readline, 1024);
 338     istringstream s(readline);
 339
 340     while ( ( s.rdstate() & ios::failbit ) == 0 ) {
 341
 342       string keyValue;
 343       s >> keyValue;
 344
 345       // check stream status
 346       if( ( s.rdstate() & ios::failbit ) == ios::failbit ) break;
 347
 348       // skip rest of line if comments found
 349       if( keyValue.substr( 0, 2 ) == "//" ) break;
 350
 351       // look for "::" in keyValue pair
 352       size_t position = keyValue.find( delimitor );
 353       if( position == string::npos ) {
 354         printf("wrong format for key::value pair: %s\n", keyValue.c_str());
 355       }
 356
 357       // split keyValue pair
 358       string key( keyValue.substr( 0, position ) );
 359       string value( keyValue.substr( position+delimitor.size(),
 360                                       keyValue.size()-delimitor.size() ) );
 361
 362       // check value does not contain a new delimitor
 363       if( value.find( delimitor ) != string::npos ) {
 364         printf("wrong format for key::value pair: %s\n", keyValue.c_str());
 365       }
 366
 367       // debug: check key value pair
 368       // printf("AliCaloCalibSignal::SetParametersFromFile - key %s value %s\n", key.c_str(), value.c_str());
 369
 370       // if the key matches with something we expect, we assign the new value
 371       if ( (key == "fAmpCut") || (key == "fReqFractionAboveAmpCutVal") ||
 372            (key == "fAmpCutLEDRef") || (key == "fSecInAverage") ) {
 373         istringstream iss(value);
 374         printf("AliCaloCalibSignal::SetParametersFromFile - key %s value %s\n", key.c_str(), value.c_str());
 375
 376         if (key == "fAmpCut") {
 377           iss >> fAmpCut;
 378         }
 379         else if (key == "fReqFractionAboveAmpCutVal") {
 380           iss >> fReqFractionAboveAmpCutVal;
 381         }
 382         else if (key == "fAmpCutLEDRef") {
 383           iss >> fAmpCutLEDRef;
 384         }
 385         else if (key == "fSecInAverage") {
 386           iss >> fSecInAverage;
 387         }
 388       } // some match found/expected
 389
 390     }
 391   }
 392
 393   in.close();
 394   return;
 395 }
 396
 397 //_____________________________________________________________________
 398 void AliCaloCalibSignal::WriteParametersToFile(const char *parameterFile)
 399 { // write parameters to file
 400   static const string delimitor("::");
 401   ofstream out( parameterFile );
 402   out << "// " << parameterFile << endl;
 403   out << "fAmpCut" << "::" << fAmpCut << endl;
 404   out << "fReqFractionAboveAmpCutVal" << "::" << fReqFractionAboveAmpCutVal << endl;
 405   out << "fAmpCutLEDRef" << "::" << fAmpCutLEDRef << endl;
 406   out << "fSecInAverage" << "::" << fSecInAverage << endl;
 407
 408   out.close();
 409   return;
 410 }
 411
 412 //_____________________________________________________________________
 413 Bool_t AliCaloCalibSignal::AddInfo(const AliCaloCalibSignal *sig)
 414 {
 415   // note/FIXME: we are not yet adding correctly the info for fN{HighGain,LowGain,Ref} here - but consider this a feature for now (20080905): we'll do Analyze() unless entries were found for a tower in this original object.
 416
 417   // add info from sig's TTrees to ours..
 418   TTree *sigAmp = sig->GetTreeAmpVsTime();
 419   TTree *sigAvgAmp = sig->GetTreeAvgAmpVsTime();
 420
 421   // we could try some merging via TList or what also as a more elegant approach
 422   // but I wanted with the stupid/simple and hopefully safe approach of looping
 423   // over what we want to add..
 424
 425   // associate variables for sigAmp and sigAvgAmp:
 426   sigAmp->SetBranchAddress("fChannelNum",&fChannelNum);
 427   sigAmp->SetBranchAddress("fHour",&fHour);
 428   sigAmp->SetBranchAddress("fAmp",&fAmp);
 429
 430   // loop over the trees.. note that since we use the same variables we should not need
 431   // to do any assignments between the getting and filling
 432   for (int i=0; i<sigAmp->GetEntries(); i++) {
 433     sigAmp->GetEntry(i);
 434     fTreeAmpVsTime->Fill();
 435   }
 436
 437   sigAvgAmp->SetBranchAddress("fChannelNum",&fChannelNum);
 438   sigAvgAmp->SetBranchAddress("fHour",&fHour);
 439   sigAvgAmp->SetBranchAddress("fAvgAmp",&fAvgAmp);
 440   sigAvgAmp->SetBranchAddress("fRMS",&fRMS);
 441
 442   for (int i=0; i<sigAvgAmp->GetEntries(); i++) {
 443     sigAvgAmp->GetEntry(i);
 444     fTreeAvgAmpVsTime->Fill();
 445   }
 446
 447   // also LED..
 448   TTree *sigLEDAmp = sig->GetTreeLEDAmpVsTime();
 449   TTree *sigLEDAvgAmp = sig->GetTreeLEDAvgAmpVsTime();
 450
 451   // associate variables for sigAmp and sigAvgAmp:
 452   sigLEDAmp->SetBranchAddress("fRefNum",&fRefNum);
 453   sigLEDAmp->SetBranchAddress("fHour",&fHour);
 454   sigLEDAmp->SetBranchAddress("fAmp",&fAmp);
 455
 456   // loop over the trees.. note that since we use the same variables we should not need
 457   // to do any assignments between the getting and filling
 458   for (int i=0; i<sigLEDAmp->GetEntries(); i++) {
 459     sigLEDAmp->GetEntry(i);
 460     fTreeLEDAmpVsTime->Fill();
 461   }
 462
 463   sigLEDAvgAmp->SetBranchAddress("fRefNum",&fRefNum);
 464   sigLEDAvgAmp->SetBranchAddress("fHour",&fHour);
 465   sigLEDAvgAmp->SetBranchAddress("fAvgAmp",&fAvgAmp);
 466   sigLEDAvgAmp->SetBranchAddress("fRMS",&fRMS);
 467
 468   for (int i=0; i<sigLEDAvgAmp->GetEntries(); i++) {
 469     sigLEDAvgAmp->GetEntry(i);
 470     fTreeLEDAvgAmpVsTime->Fill();
 471   }
 472
 473   // We should also copy other pieces of info: counters and parameters
 474   // (not number of columns and rows etc which should be the same)
 475   // note that I just assign them here rather than Add them, but we
 476   // normally just Add (e.g. in Preprocessor) one object so this should be fine.
 477   fRunNumber = sig->GetRunNumber();
 478   fStartTime = sig->GetStartTime();
 479   fAmpCut = sig->GetAmpCut();
 480   fReqFractionAboveAmpCutVal = sig->GetReqFractionAboveAmpCutVal();
 481   fReqFractionAboveAmp = sig->GetReqFractionAboveAmp();
 482   fAmpCutLEDRef = sig->GetAmpCutLEDRef();
 483   fReqLEDRefAboveAmpCutVal = sig->GetReqLEDRefAboveAmpCutVal();
 484   fHour = sig->GetHour();
 485   fLatestHour = sig->GetLatestHour();
 486   fUseAverage = sig->GetUseAverage();
 487   fSecInAverage = sig->GetSecInAverage();
 488   fNEvents = sig->GetNEvents();
 489   fNAcceptedEvents = sig->GetNAcceptedEvents();
 490
 491   return kTRUE;//We hopefully succesfully added info from the supplied object
 492 }
 493
 494 //_____________________________________________________________________
 495 Bool_t AliCaloCalibSignal::ProcessEvent(AliRawReader *rawReader)
 496 {
 497   // if fMapping is NULL the rawstream will crate its own mapping
 498   AliCaloRawStreamV3 rawStream(rawReader, fCaloString, (AliAltroMapping**)fMapping);
 499   if (fDetType == kEmCal) {
 500     rawReader->Select("EMCAL", 0, AliEMCALGeoParams::fgkLastAltroDDL) ; //select EMCAL DDL range
 501   }
 502   return ProcessEvent( &rawStream, rawReader->GetTimestamp() );
 503 }
 504
 505 //_____________________________________________________________________
 506 Bool_t AliCaloCalibSignal::ProcessEvent(AliCaloRawStreamV3 *in, UInt_t Timestamp)
 507 {
 508   // Method to process=analyze one event in the data stream
 509   if (!in) return kFALSE; //Return right away if there's a null pointer
 510
 511   fNEvents++; // one more event
 512
 513   // use maximum numbers to set array sizes
 514   int iAmpValHighGain[fgkMaxTowers];
 515   int iAmpValLowGain[fgkMaxTowers];
 516   memset(iAmpValHighGain, 0, sizeof(iAmpValHighGain));
 517   memset(iAmpValLowGain, 0, sizeof(iAmpValLowGain));
 518
 519   // also for LED reference
 520   int iLEDAmpVal[fgkMaxRefs * 2]; // factor 2 is for the two gain values
 521   memset(iLEDAmpVal, 0, sizeof(iLEDAmpVal));
 522
 523   int sample = 0; // temporary value
 524   int gain = 0; // high or low gain
 525
 526   // Number of Low and High gain, and LED Ref, channels for this event:
 527   int nLowChan = 0;
 528   int nHighChan = 0;
 529   int nLEDRefChan = 0;
 530
 531   int iTowerNum = 0; // array index for regular towers
 532   int iRefNum = 0; // array index for LED references
 533
 534   // loop first to get the fraction of channels with amplitudes above cut
 535
 536   while (in->NextDDL()) {
 537     while (in->NextChannel()) {
 538
 539       // counters
 540       int max = AliEMCALGeoParams::fgkSampleMin, min = AliEMCALGeoParams::fgkSampleMax; // min and max sample values
 541       int nsamples = 0;
 542
 543       while (in->NextBunch()) {
 544         const UShort_t *sig = in->GetSignals();
 545         nsamples += in->GetBunchLength();
 546         for (Int_t i = 0; i < in->GetBunchLength(); i++) {
 547           sample = sig[i];
 548
 549           // check if it's a min or max value
 550           if (sample < min) min = sample;
 551           if (sample > max) max = sample;
 552
 553         } // loop over samples in bunch
 554       } // loop over bunches
 555
 556       if (nsamples > 0) { // this check is needed for when we have zero-supp. on, but not sparse readout
 557
 558       gain = -1; // init to not valid value
 559       //If we're here then we're done with this tower
 560       if ( in->IsLowGain() ) {
 561         gain = 0;
 562       }
 563       else if ( in->IsHighGain() ) {
 564         gain = 1;
 565       }
 566       else if ( in->IsLEDMonData() ) {
 567         gain = in->GetRow(); // gain coded in (in RCU/Altro mapping) as Row info for LED refs..
 568       }
 569
 570       // it should be enough to check the SuperModule info for each DDL really, but let's keep it here for now
 571       int arrayPos = in->GetModule(); //The modules are numbered starting from 0
 572       //Debug
 573       if (arrayPos < 0 || arrayPos >= fModules) {
 574         printf("AliCaloCalibSignal::ProcessEvent = Oh no: arrayPos = %i.\n", arrayPos);
 575         return kFALSE;
 576       }
 577
 578       if ( in->IsHighGain() || in->IsLowGain() ) { // regular tower
 579         // get tower number for AmpVal array
 580         iTowerNum = GetTowerNum(arrayPos, in->GetColumn(), in->GetRow());
 581
 582         if (gain == 0) {
 583           // fill amplitude into the array
 584           iAmpValLowGain[iTowerNum] = max - min;
 585           nLowChan++;
 586         }
 587         else if (gain==1) {//fill the high gain ones
 588           // fill amplitude into the array
 589           iAmpValHighGain[iTowerNum] = max - min;
 590           nHighChan++;
 591         }//end if gain
 592       } // regular tower
 593       else if ( in->IsLEDMonData() ) { // LED ref.;
 594         // strip # is coded is 'column' in the channel maps
 595         iRefNum = GetRefNum(arrayPos, in->GetColumn(), gain);
 596         iLEDAmpVal[iRefNum] = max - min;
 597         nLEDRefChan++;
 598       } // end of LED ref
 599
 600       } // nsamples>0 check, some data found for this channel; not only trailer/header
 601     } // end while over channel
 602
 603   }//end while over DDL's, of input stream
 604
 605   in->Reset(); // just in case the next customer forgets to check if the stream was reset..
 606
 607   // now check if it was an LED event, using the LED Reference info per strip
 608
 609   // by default all columns are accepted (init check to > 0)
 610   int checkResultArray[AliEMCALGeoParams::fgkEMCALModules * AliEMCALGeoParams::fgkEMCALCols];
 611   for (int ia=0; ia<(AliEMCALGeoParams::fgkEMCALModules * AliEMCALGeoParams::fgkEMCALCols); ia++) {
 612     checkResultArray[ia] = 1;
 613   }
 614   if (fReqFractionAboveAmp) {
 615     bool ok = false;
 616     if (nHighChan > 0) {
 617       ok = CheckFractionAboveAmp(iAmpValHighGain, checkResultArray);
 618     }
 619     if (!ok) return false; // skip event
 620   }
 621
 622   // by default all columns are accepted (init check to > 0)
 623   int checkResultArrayLEDRef[AliEMCALGeoParams::fgkEMCALModules * AliEMCALGeoParams::fgkEMCALLEDRefs];
 624   for (int ia=0; ia<(AliEMCALGeoParams::fgkEMCALModules * AliEMCALGeoParams::fgkEMCALLEDRefs); ia++) {
 625     checkResultArrayLEDRef[ia] = 1;
 626   }
 627   if (fReqLEDRefAboveAmpCutVal) {
 628     bool ok = false;
 629     if (nLEDRefChan > 0) {
 630       ok = CheckLEDRefAboveAmp(iLEDAmpVal, checkResultArrayLEDRef);
 631     }
 632     if (!ok) return false; // skip event
 633   }
 634
 635   fNAcceptedEvents++; // one more event accepted
 636
 637   if (fStartTime == 0) { // if start-timestamp wasn't set,we'll pick it up from the first event we encounter
 638     fStartTime = Timestamp;
 639   }
 640
 641   fHour = (Timestamp - fStartTime)/(double)fgkNumSecInHr;
 642   if (fLatestHour < fHour) {
 643     fLatestHour = fHour;
 644   }
 645
 646   // it is a led event, now fill TTree
 647   // We also do the activity check for LEDRefs/Strips, but need to translate between column
 648   // and strip indices for that; based on these relations:
 649   // iStrip = AliEMCALGeoParams::GetStripModule(iSM, iCol);
 650   // iStrip = (iSM%2==0) ? iCol/2 : AliEMCALGeoParams::fgkEMCALLEDRefs - 1 - iCol/2;
 651   // which leads to
 652   // iColFirst = (iSM%2==0) ? iStrip*2 : (AliEMCALGeoParams::fgkEMCALLEDRefs - 1 - iStrip)*2;
 653
 654   for(int i=0; i<fModules; i++){
 655     for(int j=0; j<fColumns; j++) {
 656       int iStrip = (i%2==0) ? j/2 : AliEMCALGeoParams::fgkEMCALLEDRefs - 1 - j/2;
 657       if (checkResultArray[i*fColumns + j]>0  && checkResultArrayLEDRef[i*fLEDRefs + iStrip]>0) { // column passed check
 658       for(int k=0; k<fRows; k++){
 659
 660         iTowerNum = GetTowerNum(i, j, k);
 661
 662         if(iAmpValHighGain[iTowerNum]) {
 663           fAmp = iAmpValHighGain[iTowerNum];
 664           fChannelNum = GetChannelNum(i,j,k,1);
 665           fTreeAmpVsTime->Fill();//fChannelNum,fHour,AmpValHighGain[iTowerNum]);
 666           fNHighGain[iTowerNum]++;
 667         }
 668         if(iAmpValLowGain[iTowerNum]) {
 669           fAmp = iAmpValLowGain[iTowerNum];
 670           fChannelNum = GetChannelNum(i,j,k,0);
 671           fTreeAmpVsTime->Fill();//fChannelNum,fHour,AmpValLowGain[iTowerNum]);
 672           fNLowGain[iTowerNum]++;
 673         }
 674       } // rows
 675       } // column passed check, and LED Ref for strip passed check (if any)
 676     } // columns
 677
 678     // also LED refs
 679     for(int j=0; j<fLEDRefs; j++){
 680       int iColFirst = (i%2==0) ? j*2 : (AliEMCALGeoParams::fgkEMCALLEDRefs - 1 - j)*2; //CHECKME!!!
 681       if ( ((checkResultArray[i*fColumns + iColFirst]>0) || (checkResultArray[i*fColumns + iColFirst + 1]>0)) && // at least one column in strip passed check
 682            (checkResultArrayLEDRef[i*fLEDRefs + j]>0) ) { // and LED Ref passed checks
 683         for (gain=0; gain<2; gain++) {
 684           fRefNum = GetRefNum(i, j, gain);
 685           if (iLEDAmpVal[fRefNum]) {
 686             fAmp = iLEDAmpVal[fRefNum];
 687             fTreeLEDAmpVsTime->Fill();//fRefNum,fHour,fAmp);
 688             fNRef[fRefNum]++;
 689           }
 690         } // gain
 691       } // at least one column in strip passed check, and LED Ref passed check (if any)
 692     }
 693
 694   } // modules
 695
 696   return kTRUE;
 697 }
 698
 699 //_____________________________________________________________________
 700 Bool_t AliCaloCalibSignal::Save(TString fileName)
 701 {
 702   //Saves all the TTrees to the designated file
 703
 704   TFile destFile(fileName, "recreate");
 705
 706   if (destFile.IsZombie()) {
 707     return kFALSE;
 708   }
 709
 710   destFile.cd();
 711
 712   // save the trees
 713   fTreeAmpVsTime->Write();
 714   fTreeLEDAmpVsTime->Write();
 715   if (fUseAverage) {
 716     Analyze(); // get the latest and greatest averages
 717     fTreeAvgAmpVsTime->Write();
 718     fTreeLEDAvgAmpVsTime->Write();
 719   }
 720
 721   destFile.Close();
 722
 723   return kTRUE;
 724 }
 725
 726 //_____________________________________________________________________
 727 Bool_t AliCaloCalibSignal::Analyze()
 728 {
 729   // Fill the tree holding the average values
 730   if (!fUseAverage) { return kFALSE; }
 731
 732   // Reset the average TTree if Analyze has already been called earlier,
 733   // meaning that the TTree could have been partially filled
 734   if (fTreeAvgAmpVsTime->GetEntries() > 0) {
 735     fTreeAvgAmpVsTime->Reset();
 736   }
 737
 738   //0: setup variables for the TProfile plots that we'll use to do the averages
 739   int numProfBins = 0;
 740   double timeMin = 0;
 741   double timeMax = 0;
 742   if (fSecInAverage > 0) {
 743     numProfBins = (int)( (fLatestHour*fgkNumSecInHr)/fSecInAverage + 1 ); // round-off
 744   }
 745   numProfBins += 2; // add extra buffer : first and last
 746   double binSize = 1.0*fSecInAverage / fgkNumSecInHr;
 747   timeMin = - binSize;
 748   timeMax = timeMin + numProfBins*binSize;
 749
 750   //1: set up TProfiles for the towers that had data
 751   TProfile * profile[fgkMaxTowers*2]; // *2 is since we include both high and low gains
 752   memset(profile, 0, sizeof(profile));
 753   const Int_t buffersize = 200;
 754   char name[buffersize]; // for profile id and title
 755   int iTowerNum = 0;
 756
 757   for (int i = 0; i<fModules; i++) {
 758     for (int ic=0; ic<fColumns; ic++){
 759       for (int ir=0; ir<fRows; ir++) {
 760
 761         iTowerNum = GetTowerNum(i, ic, ir);
 762         // high gain
 763         if (fNHighGain[iTowerNum] > 0) {
 764           fChannelNum = GetChannelNum(i, ic, ir, 1);
 765           snprintf(name,buffersize,"profileChan%d", fChannelNum);
 766           profile[fChannelNum] = new TProfile(name, name, numProfBins, timeMin, timeMax, "s");
 767         }
 768
 769         // same for low gain
 770         if (fNLowGain[iTowerNum] > 0) {
 771           fChannelNum = GetChannelNum(i, ic, ir, 0);
 772           snprintf(name,buffersize,"profileChan%d", fChannelNum);
 773           profile[fChannelNum] = new TProfile(name, name, numProfBins, timeMin, timeMax, "s");
 774         }
 775
 776       } // rows
 777     } // columns
 778   } // modules
 779
 780   //2: fill profiles by looping over tree
 781   // Set addresses for tree-readback also
 782   fTreeAmpVsTime->SetBranchAddress("fChannelNum", &fChannelNum);
 783   fTreeAmpVsTime->SetBranchAddress("fHour", &fHour);
 784   fTreeAmpVsTime->SetBranchAddress("fAmp", &fAmp);
 785
 786   for (int ient=0; ient<fTreeAmpVsTime->GetEntries(); ient++) {
 787     fTreeAmpVsTime->GetEntry(ient);
 788     if (profile[fChannelNum]) {
 789       // profile should always have been created above, for active channels
 790       profile[fChannelNum]->Fill(fHour, fAmp);
 791     }
 792   }
 793
 794   // re-associating the branch addresses here seems to be needed for OK 'average' storage
 795   fTreeAvgAmpVsTime->SetBranchAddress("fChannelNum", &fChannelNum);
 796   fTreeAvgAmpVsTime->SetBranchAddress("fHour", &fHour);
 797   fTreeAvgAmpVsTime->SetBranchAddress("fAvgAmp", &fAvgAmp);
 798   fTreeAvgAmpVsTime->SetBranchAddress("fRMS", &fRMS);
 799
 800   //3: fill avg tree by looping over the profiles
 801   for (fChannelNum = 0; fChannelNum<(fgkMaxTowers*2); fChannelNum++) {
 802     if (profile[fChannelNum]) { // profile was created
 803       if (profile[fChannelNum]->GetEntries() > 0) { // profile had some entries
 804         for(int it=0; it<numProfBins; it++) {
 805           if (profile[fChannelNum]->GetBinEntries(it+1) > 0) {
 806             fAvgAmp = profile[fChannelNum]->GetBinContent(it+1);
 807             fHour = profile[fChannelNum]->GetBinCenter(it+1);
 808             fRMS = profile[fChannelNum]->GetBinError(it+1);
 809             fTreeAvgAmpVsTime->Fill();
 810           } // some entries for this bin
 811         } // loop over bins
 812       } // some entries for this profile
 813     } // profile exists
 814   } // loop over all possible channels
 815
 816
 817   // and finally, go through same exercise for LED also..
 818
 819   //1: set up TProfiles for the towers that had data
 820   TProfile * profileLED[fgkMaxRefs*2]; // *2 is since we include both high and low gains
 821   memset(profileLED, 0, sizeof(profileLED));
 822
 823   for (int i = 0; i<fModules; i++) {
 824     for(int j=0; j<fLEDRefs; j++){
 825       for (int gain=0; gain<2; gain++) {
 826         fRefNum = GetRefNum(i, j, gain);
 827         if (fNRef[fRefNum] > 0) {
 828           snprintf(name, buffersize, "profileLEDRef%d", fRefNum);
 829           profileLED[fRefNum] = new TProfile(name, name, numProfBins, timeMin, timeMax, "s");
 830         }
 831       }// gain
 832     }
 833   } // modules
 834
 835   //2: fill profiles by looping over tree
 836   // Set addresses for tree-readback also
 837   fTreeLEDAmpVsTime->SetBranchAddress("fRefNum", &fRefNum);
 838   fTreeLEDAmpVsTime->SetBranchAddress("fHour", &fHour);
 839   fTreeLEDAmpVsTime->SetBranchAddress("fAmp", &fAmp);
 840
 841   for (int ient=0; ient<fTreeLEDAmpVsTime->GetEntries(); ient++) {
 842     fTreeLEDAmpVsTime->GetEntry(ient);
 843     if (profileLED[fRefNum]) {
 844       // profile should always have been created above, for active channels
 845       profileLED[fRefNum]->Fill(fHour, fAmp);
 846     }
 847   }
 848
 849   // re-associating the branch addresses here seems to be needed for OK 'average' storage
 850   fTreeLEDAvgAmpVsTime->SetBranchAddress("fRefNum", &fRefNum);
 851   fTreeLEDAvgAmpVsTime->SetBranchAddress("fHour", &fHour);
 852   fTreeLEDAvgAmpVsTime->SetBranchAddress("fAvgAmp", &fAvgAmp);
 853   fTreeLEDAvgAmpVsTime->SetBranchAddress("fRMS", &fRMS);
 854
 855   //3: fill avg tree by looping over the profiles
 856   for (fRefNum = 0; fRefNum<(fgkMaxRefs*2); fRefNum++) {
 857     if (profileLED[fRefNum]) { // profile was created
 858       if (profileLED[fRefNum]->GetEntries() > 0) { // profile had some entries
 859         for(int it=0; it<numProfBins; it++) {
 860           if (profileLED[fRefNum]->GetBinEntries(it+1) > 0) {
 861             fAvgAmp = profileLED[fRefNum]->GetBinContent(it+1);
 862             fHour = profileLED[fRefNum]->GetBinCenter(it+1);
 863             fRMS = profileLED[fRefNum]->GetBinError(it+1);
 864             fTreeLEDAvgAmpVsTime->Fill();
 865           } // some entries for this bin
 866         } // loop over bins
 867       } // some entries for this profile
 868     } // profile exists
 869   } // loop over all possible channels
 870
 871   // OK, we're done..
 872
 873   return kTRUE;
 874 }
 875
 876 //_____________________________________________________________________
 877 Bool_t AliCaloCalibSignal::DecodeChannelNum(const int chanId,
 878                                             int *imod, int *icol, int *irow, int *igain) const
 879 { // return the module, column, row, and gain for a given channel number
 880   *igain = chanId/(fModules*fColumns*fRows);
 881   *imod = (chanId/(fColumns*fRows)) % fModules;
 882   *icol = (chanId/fRows) % fColumns;
 883   *irow = chanId % fRows;
 884   return kTRUE;
 885 }
 886
 887 //_____________________________________________________________________
 888 Bool_t AliCaloCalibSignal::DecodeRefNum(const int refId,
 889                                         int *imod, int *istripMod, int *igain) const
 890 { // return the module, stripModule, and gain for a given reference number
 891   *igain = refId/(fModules*fLEDRefs);
 892   *imod = (refId/(fLEDRefs)) % fModules;
 893   *istripMod = refId % fLEDRefs;
 894   return kTRUE;
 895 }