Coding conventions (J.Klay)
[u/mrichter/AliRoot.git] / EMCAL / AliEMCALClusterizerv1.cxx
1 /**************************************************************************
2  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
3  *                                                                        *
4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
6  *                                                                        *
7  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
9  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
10  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
11  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
12  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
14  **************************************************************************/
15
16 /* $Id$ */
17
18 //*-- Author: Yves Schutz (SUBATECH)  & Dmitri Peressounko (SUBATECH & Kurchatov Institute)
19 //  August 2002 Yves Schutz: clone PHOS as closely as possible and intoduction
20 //                           of new  IO (à la PHOS)
21 //////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
22 //  Clusterization class. Performs clusterization (collects neighbouring active cells) and 
23 //  unfolds the clusters having several local maxima.  
24 //  Results are stored in TreeR#, branches EMCALTowerRP (EMC recPoints),
25 //  EMCALPreShoRP (CPV RecPoints) and AliEMCALClusterizer (Clusterizer with all 
26 //  parameters including input digits branch title, thresholds etc.)
27 //  This TTask is normally called from Reconstructioner, but can as well be used in 
28 //  standalone mode.
29 // Use Case:
30 //  root [0] AliEMCALClusterizerv1 * cl = new AliEMCALClusterizerv1("galice.root")  
31 //  Warning in <TDatabasePDG::TDatabasePDG>: object already instantiated
32 //               //reads gAlice from header file "..."                      
33 //  root [1] cl->ExecuteTask()  
34 //               //finds RecPoints in all events stored in galice.root
35 //  root [2] cl->SetDigitsBranch("digits2") 
36 //               //sets another title for Digitis (input) branch
37 //  root [3] cl->SetRecPointsBranch("recp2")  
38 //               //sets another title four output branches
39 //  root [4] cl->SetTowerLocalMaxCut(0.03)  
40 //               //set clusterization parameters
41 //  root [5] cl->ExecuteTask("deb all time")  
42 //               //once more finds RecPoints options are 
43 //               // deb - print number of found rec points
44 //               // deb all - print number of found RecPoints and some their characteristics 
45 //               // time - print benchmarking results
46
47 // --- ROOT system ---
48
49 #include <TROOT.h>
50 #include <TH1.h>
51 #include <TFile.h> 
52 #include <TFolder.h> 
53 #include <TMath.h> 
54 #include <TMinuit.h>
55 #include <TTree.h> 
56 #include <TSystem.h> 
57 #include <TBenchmark.h>
58 #include <TBrowser.h>
59 // --- Standard library ---
60
61
62 // --- AliRoot header files ---
63 #include "AliRunLoader.h"
64 #include "AliRun.h"
65 #include "AliEMCALLoader.h"
66 #include "AliEMCALClusterizerv1.h"
67 #include "AliEMCALRecPoint.h"
68 #include "AliEMCALDigit.h"
69 #include "AliEMCALDigitizer.h"
70 #include "AliEMCAL.h"
71 #include "AliEMCALGeometry.h"
72 #include "AliEMCALHistoUtilities.h"
73 #include "AliCDBManager.h"
74 #include "AliCDBStorage.h"
75 #include "AliCDBEntry.h"
76
77 ClassImp(AliEMCALClusterizerv1)
78
79 //____________________________________________________________________________
80   AliEMCALClusterizerv1::AliEMCALClusterizerv1() : AliEMCALClusterizer()
81 {
82   // default ctor (to be used mainly by Streamer)
83   
84   InitParameters() ; 
85   fDefaultInit = kTRUE ;
86   fGeom = AliEMCALGeometry::GetInstance();
87   fGeom->GetTransformationForSM(); // Global <-> Local
88 }
89
90 //____________________________________________________________________________
91 AliEMCALClusterizerv1::AliEMCALClusterizerv1(const TString alirunFileName, const TString eventFolderName)
92 :AliEMCALClusterizer(alirunFileName, eventFolderName)
93 {
94   // ctor with the indication of the file where header Tree and digits Tree are stored
95   
96   InitParameters() ; 
97   Init() ;
98   fDefaultInit = kFALSE ; 
99 }
100
101 //____________________________________________________________________________
102   AliEMCALClusterizerv1::~AliEMCALClusterizerv1()
103 {
104   // dtor
105 }
106
107 //____________________________________________________________________________
108 const TString AliEMCALClusterizerv1::BranchName() const 
109
110    return GetName();
111 }
112
113 //____________________________________________________________________________
114 Float_t  AliEMCALClusterizerv1::Calibrate(Int_t amp, Int_t AbsId) 
115 {
116  
117   // Convert digitized amplitude into energy.
118   // Calibration parameters are taken from calibration data base for raw data,
119   // or from digitizer parameters for simulated data.
120
121   if(fCalibData){
122
123     //JLK 13-Mar-2006
124     //We now get geometry at a higher level
125     //
126     // Loader
127     //    AliRunLoader *rl = AliRunLoader::GetRunLoader();
128     
129     // Load EMCAL Geomtry
130     //    rl->LoadgAlice(); 
131     //AliRun   * gAlice = rl->GetAliRun(); 
132     //AliEMCAL * emcal  = (AliEMCAL*)gAlice->GetDetector("EMCAL");
133     //AliEMCALGeometry * geom = emcal->GetGeometry();
134     
135     if (fGeom==0)
136       AliFatal("Did not get geometry from EMCALLoader") ;
137     
138     Int_t iSupMod = -1;
139     Int_t nTower  = -1;
140     Int_t nIphi   = -1;
141     Int_t nIeta   = -1;
142     Int_t iphi    = -1;
143     Int_t ieta    = -1;
144     
145     Bool_t bCell = fGeom->GetCellIndex(AbsId, iSupMod, nTower, nIphi, nIeta) ;
146     if(!bCell)
147       Error("DigitizeEnergy","Wrong cell id number") ;
148     fGeom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(iSupMod,nTower,nIphi, nIeta,iphi,ieta);
149
150     fADCchannelECA  = fCalibData->GetADCchannel (iSupMod,ieta,iphi);
151     fADCpedestalECA = fCalibData->GetADCpedestal(iSupMod,ieta,iphi);
152     return -fADCpedestalECA + amp * fADCchannelECA ;        
153  
154   }
155   else //Return energy with default parameters if calibration is not available
156     return -fADCpedestalECA + amp * fADCchannelECA ; 
157   
158 }
159
160 //____________________________________________________________________________
161 void AliEMCALClusterizerv1::Exec(Option_t * option)
162 {
163   // Steering method to perform clusterization for events
164   // in the range from fFirstEvent to fLastEvent.
165   // This range is optionally set by SetEventRange().
166   // if fLastEvent=-1 (by default), then process events until the end.
167
168   if(strstr(option,"tim"))
169     gBenchmark->Start("EMCALClusterizer"); 
170   
171   if(strstr(option,"print"))
172     Print("") ; 
173
174   AliRunLoader *rl = AliRunLoader::GetRunLoader();
175   AliEMCALLoader *emcalLoader = dynamic_cast<AliEMCALLoader*>(rl->GetDetectorLoader("EMCAL"));
176
177   //Get calibration parameters from file or digitizer default values.
178   GetCalibrationParameters() ;
179
180   if (fLastEvent == -1) 
181     fLastEvent = rl->GetNumberOfEvents() - 1;
182   Int_t nEvents   = fLastEvent - fFirstEvent + 1;
183
184   Int_t ievent ;
185   rl->LoadDigits("EMCAL");
186   for (ievent = fFirstEvent; ievent <= fLastEvent; ievent++) {
187     rl->GetEvent(ievent);
188
189     fNumberOfECAClusters = 0;
190
191     if(strstr(option,"pseudo"))
192       MakeClusters("pseudo") ;  //both types
193     else
194       MakeClusters("") ;  //only the real clusters
195
196     if(fToUnfold)
197       MakeUnfolding() ;
198
199     WriteRecPoints() ;
200
201     if(strstr(option,"deb"))  
202       PrintRecPoints(option) ;
203
204     //increment the total number of recpoints per run   
205     fRecPointsInRun += emcalLoader->RecPoints()->GetEntriesFast() ;  
206   }
207   
208   Unload();
209
210   if(strstr(option,"tim")){
211     gBenchmark->Stop("EMCALClusterizer");
212     printf("Exec took %f seconds for Clusterizing %f seconds per event", 
213          gBenchmark->GetCpuTime("EMCALClusterizer"), gBenchmark->GetCpuTime("EMCALClusterizer")/nEvents );
214   }
215
216 }
217
218 //____________________________________________________________________________
219 Bool_t AliEMCALClusterizerv1::FindFit(AliEMCALRecPoint * emcRP, AliEMCALDigit ** maxAt, Float_t * maxAtEnergy,
220                                     Int_t nPar, Float_t * fitparameters) const
221
222   // Calls TMinuit to fit the energy distribution of a cluster with several maxima 
223   // The initial values for fitting procedure are set equal to the positions of local maxima.
224   // Cluster will be fitted as a superposition of nPar/3 electromagnetic showers
225
226   AliEMCALLoader *emcalLoader = dynamic_cast<AliEMCALLoader*>(AliRunLoader::GetRunLoader()->GetDetectorLoader("EMCAL"));
227   TClonesArray *digits = emcalLoader->Digits();
228
229   gMinuit->mncler();                     // Reset Minuit's list of paramters
230   gMinuit->SetPrintLevel(-1) ;           // No Printout
231   gMinuit->SetFCN(AliEMCALClusterizerv1::UnfoldingChiSquare) ;  
232                                          // To set the address of the minimization function 
233   TList * toMinuit = new TList();
234   toMinuit->AddAt(emcRP,0) ;
235   toMinuit->AddAt(digits,1) ;
236   
237   gMinuit->SetObjectFit(toMinuit) ;         // To tranfer pointer to UnfoldingChiSquare
238
239   // filling initial values for fit parameters
240   AliEMCALDigit * digit ;
241
242   Int_t ierflg  = 0; 
243   Int_t index   = 0 ;
244   Int_t nDigits = (Int_t) nPar / 3 ;
245
246   Int_t iDigit ;
247
248   for(iDigit = 0; iDigit < nDigits; iDigit++){
249     digit = maxAt[iDigit]; 
250
251     Int_t relid[2] ;
252     Float_t x = 0.;
253     Float_t z = 0.;
254     fGeom->AbsToRelNumbering(digit->GetId(), relid) ;
255     fGeom->PosInAlice(relid, x, z) ;
256
257     Float_t energy = maxAtEnergy[iDigit] ;
258
259     gMinuit->mnparm(index, "x",  x, 0.1, 0, 0, ierflg) ;
260     index++ ;   
261     if(ierflg != 0){ 
262       Error("FindFit", "EMCAL Unfolding  Unable to set initial value for fit procedure : x = %f",  x ) ;
263       return kFALSE;
264     }
265     gMinuit->mnparm(index, "z",  z, 0.1, 0, 0, ierflg) ;
266     index++ ;   
267     if(ierflg != 0){
268        Error("FindFit", "EMCAL Unfolding  Unable to set initial value for fit procedure : z = %f", z) ;
269       return kFALSE;
270     }
271     gMinuit->mnparm(index, "Energy",  energy , 0.05*energy, 0., 4.*energy, ierflg) ;
272     index++ ;   
273     if(ierflg != 0){
274      Error("FindFit", "EMCAL Unfolding  Unable to set initial value for fit procedure : energy = %f", energy) ;      
275       return kFALSE;
276     }
277   }
278
279   Double_t p0 = 0.1 ; // "Tolerance" Evaluation stops when EDM = 0.0001*p0 ; The number of function call slightly
280                       //  depends on it. 
281   Double_t p1 = 1.0 ;
282   Double_t p2 = 0.0 ;
283
284   gMinuit->mnexcm("SET STR", &p2, 0, ierflg) ;   // force TMinuit to reduce function calls  
285   gMinuit->mnexcm("SET GRA", &p1, 1, ierflg) ;   // force TMinuit to use my gradient  
286   gMinuit->SetMaxIterations(5);
287   gMinuit->mnexcm("SET NOW", &p2 , 0, ierflg) ;  // No Warnings
288
289   gMinuit->mnexcm("MIGRAD", &p0, 0, ierflg) ;    // minimize 
290
291   if(ierflg == 4){  // Minimum not found   
292     Error("FindFit", "EMCAL Unfolding  Fit not converged, cluster abandoned " ) ;      
293     return kFALSE ;
294   }            
295   for(index = 0; index < nPar; index++){
296     Double_t err ;
297     Double_t val ;
298     gMinuit->GetParameter(index, val, err) ;    // Returns value and error of parameter index
299     fitparameters[index] = val ;
300    }
301
302   delete toMinuit ;
303   return kTRUE;
304
305 }
306
307 //____________________________________________________________________________
308 void AliEMCALClusterizerv1::GetCalibrationParameters() 
309 {
310   // Set calibration parameters:
311   // if calibration database exists, they are read from database,
312   // otherwise, they are taken from digitizer.
313   //
314   // It is a user responsilibity to open CDB before reconstruction, 
315   // for example: 
316   // AliCDBStorage* storage = AliCDBManager::Instance()->GetStorage("local://CalibDB");
317
318   //Check if calibration is stored in data base
319    if(AliCDBManager::Instance()->IsDefaultStorageSet()){
320      AliCDBEntry *entry = (AliCDBEntry*) 
321      AliCDBManager::Instance()->Get("EMCAL/Calib/Data");
322      if (entry) fCalibData = (AliEMCALCalibData*) entry->GetObject();
323    }
324    if(!fCalibData)
325      {
326        //If calibration is not available use default parameters
327        //Loader
328        AliEMCALLoader *emcalLoader = 
329          dynamic_cast<AliEMCALLoader*>(AliRunLoader::GetRunLoader()->GetDetectorLoader("EMCAL"));
330        if ( !emcalLoader->Digitizer() ) 
331          emcalLoader->LoadDigitizer();
332        AliEMCALDigitizer * dig = dynamic_cast<AliEMCALDigitizer*>(emcalLoader->Digitizer());
333        
334        fADCchannelECA   = dig->GetECAchannel() ;
335        fADCpedestalECA  = dig->GetECApedestal();
336      }
337 }
338
339 //____________________________________________________________________________
340 void AliEMCALClusterizerv1::Init()
341 {
342   // Make all memory allocations which can not be done in default constructor.
343   // Attach the Clusterizer task to the list of EMCAL tasks
344   
345   AliRunLoader *rl = AliRunLoader::GetRunLoader();
346   fGeom = dynamic_cast<AliEMCAL*>(rl->GetAliRun()->GetDetector("EMCAL"))->GetGeometry();
347   fGeom->GetTransformationForSM(); // Global <-> Local
348   AliInfo(Form("geom 0x%x",fGeom));
349
350   if(!gMinuit) 
351     gMinuit = new TMinuit(100) ;
352
353   fHists = BookHists();
354 }
355
356 //____________________________________________________________________________
357 void AliEMCALClusterizerv1::InitParameters()
358
359   // Initializes the parameters for the Clusterizer
360   fNumberOfECAClusters = 0;
361
362   fNTowerInGroup = 36;  //Produces maximum of 80 pseudoclusters per event
363
364   fECAClusteringThreshold   = 0.5;  // value obtained from Alexei
365   fECALocMaxCut = 0.03; // ??
366
367   fECAW0     = 4.5 ;
368   fTimeGate = 1.e-8 ; 
369   fToUnfold = kFALSE ;
370   fRecPointsInRun  = 0 ;
371   fMinECut = 0.01; // have to be tune
372
373   fCalibData               = 0 ;
374 }
375
376 //____________________________________________________________________________
377 Int_t AliEMCALClusterizerv1::AreNeighbours(AliEMCALDigit * d1, AliEMCALDigit * d2) const
378 {
379   // Gives the neighbourness of two digits = 0 are not neighbour but continue searching 
380   //                                       = 1 are neighbour
381   //                                       = 2 is in different SM, quit from searching
382   // neighbours are defined as digits having at least a common vertex 
383   // The order of d1 and d2 is important: first (d1) should be a digit already in a cluster 
384   //                                      which is compared to a digit (d2)  not yet in a cluster  
385
386   static Int_t rv; 
387   static Int_t nSupMod1=0, nTower1=0, nIphi1=0, nIeta1=0, iphi1=0, ieta1=0;
388   static Int_t nSupMod2=0, nTower2=0, nIphi2=0, nIeta2=0, iphi2=0, ieta2=0;
389   static Int_t rowdiff, coldiff;
390   rv = 0 ; 
391
392   fGeom->GetCellIndex(d1->GetId(), nSupMod1,nTower1,nIphi1,nIeta1);
393   fGeom->GetCellIndex(d2->GetId(), nSupMod2,nTower2,nIphi2,nIeta2);
394   if(nSupMod1 != nSupMod2) return 2; // different SM
395
396   fGeom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(nSupMod1,nTower1,nIphi1,nIeta1, iphi1,ieta1);
397   fGeom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(nSupMod2,nTower2,nIphi2,nIeta2, iphi2,ieta2);
398
399   rowdiff = TMath::Abs(iphi1 - iphi2);  
400   coldiff = TMath::Abs(ieta1 - ieta2) ;  
401   
402   if (( coldiff <= 1 )  && ( rowdiff <= 1 )) rv = 1;  // neighbours with at least commom vertex
403  
404   if (gDebug == 2 && rv==1) 
405   printf("AreNeighbours: neighbours=%d, id1=%d, relid1=%d,%d \n id2=%d, relid2=%d,%d \n", 
406          rv, d1->GetId(), iphi1,ieta1, d2->GetId(), iphi2,ieta2);   
407   
408   return rv ; 
409 }
410
411 //____________________________________________________________________________
412 Int_t AliEMCALClusterizerv1::AreInGroup(AliEMCALDigit * d1, AliEMCALDigit * d2) const
413 {
414   // Tells whether two digits fall within the same supermodule and
415   // tower grouping.  The number of towers in a group is controlled by
416   // the parameter nTowersInGroup
417   //    = 0 are not in same group but continue searching 
418   //    = 1 same group
419   //    = 2 is in different SM, quit from searching
420   //    = 3 different tower group, quit from searching
421   //
422   // The order of d1 and d2 is important: first (d1) should be a digit 
423   // already in a cluster which is compared to a digit (d2)  not yet in a cluster  
424
425   //JLK Question: does the quit from searching assume that the digits
426   //are ordered, so that once you are in a different SM, you'll not
427   //find another in the list that will match?  How about my TowerGroup search?
428
429   static Int_t rv;
430   static Int_t nSupMod1=0, nTower1=0, nIphi1=0, nIeta1=0, iphi1=0, ieta1=0;
431   static Int_t nSupMod2=0, nTower2=0, nIphi2=0, nIeta2=0, iphi2=0, ieta2=0;
432   static Int_t towerGroup1 = -1, towerGroup2 = -1;
433   rv = 0 ;
434
435   fGeom->GetCellIndex(d1->GetId(), nSupMod1,nTower1,nIphi1,nIeta1);
436   fGeom->GetCellIndex(d2->GetId(), nSupMod2,nTower2,nIphi2,nIeta2);
437   if(nSupMod1 != nSupMod2) return 2; // different SM
438
439   static Int_t nTowerInSM = fGeom->GetNCellsInSupMod()/fGeom->GetNCellsInTower();
440
441   //figure out which tower grouping each digit belongs to
442   for(int it = 0; it < nTowerInSM/fNTowerInGroup; it++) {
443     if(nTower1 <= nTowerInSM - it*fNTowerInGroup) towerGroup1 = it;
444     if(nTower2 <= nTowerInSM - it*fNTowerInGroup) towerGroup2 = it;
445   }
446   if(towerGroup1 != towerGroup2) return 3; //different Towergroup
447
448   //same SM, same towergroup, we're happy
449   if(towerGroup1 == towerGroup2 && towerGroup2 >= 0)
450     rv = 1;
451
452   if (gDebug == 2 && rv==1)
453   printf("AreInGroup: neighbours=%d, id1=%d, relid1=%d,%d \n id2=%d, relid2=%d,%d \n",
454          rv, d1->GetId(), iphi1,ieta1, d2->GetId(), iphi2,ieta2);
455
456   return rv ;
457 }
458
459 //____________________________________________________________________________
460 void AliEMCALClusterizerv1::Unload() 
461 {
462   // Unloads the Digits and RecPoints
463   AliEMCALLoader *emcalLoader = dynamic_cast<AliEMCALLoader*>(AliRunLoader::GetRunLoader()->GetDetectorLoader("EMCAL"));
464     
465   emcalLoader->UnloadDigits() ; 
466   emcalLoader->UnloadRecPoints() ; 
467 }
468  
469 //____________________________________________________________________________
470 void AliEMCALClusterizerv1::WriteRecPoints()
471 {
472
473   // Creates new branches with given title
474   // fills and writes into TreeR.
475
476   AliEMCALLoader *emcalLoader = dynamic_cast<AliEMCALLoader*>(AliRunLoader::GetRunLoader()->GetDetectorLoader("EMCAL"));
477
478   TObjArray * aECARecPoints = emcalLoader->RecPoints() ; 
479
480   TClonesArray * digits = emcalLoader->Digits() ; 
481   TTree * treeR = emcalLoader->TreeR();  
482   if ( treeR==0 ) {
483     emcalLoader->MakeRecPointsContainer();
484     treeR = emcalLoader->TreeR();  
485   }
486   Int_t index ;
487
488   //Evaluate position, dispersion and other RecPoint properties for EC section
489   for(index = 0; index < aECARecPoints->GetEntries(); index++)
490     (dynamic_cast<AliEMCALRecPoint *>(aECARecPoints->At(index)))->EvalAll(fECAW0,digits) ;
491   
492   aECARecPoints->Sort() ;
493
494   for(index = 0; index < aECARecPoints->GetEntries(); index++) {
495     (dynamic_cast<AliEMCALRecPoint *>(aECARecPoints->At(index)))->SetIndexInList(index) ;
496     (dynamic_cast<AliEMCALRecPoint *>(aECARecPoints->At(index)))->Print();
497   }
498
499   Int_t bufferSize = 32000 ;    
500   Int_t splitlevel = 0 ; 
501
502   //EC section branch
503   
504   TBranch * branchECA = 0;
505   if ((branchECA = treeR->GetBranch("EMCALECARP")))
506     branchECA->SetAddress(&aECARecPoints);
507   else
508     treeR->Branch("EMCALECARP","TObjArray",&aECARecPoints,bufferSize,splitlevel);
509   treeR->Fill() ;
510
511   emcalLoader->WriteRecPoints("OVERWRITE");
512
513 }
514
515 //____________________________________________________________________________
516 void AliEMCALClusterizerv1::MakeClusters(char* option)
517 {
518   // Steering method to construct the clusters stored in a list of Reconstructed Points
519   // A cluster is defined as a list of neighbour digits
520
521   AliEMCALLoader *emcalLoader = dynamic_cast<AliEMCALLoader*>(AliRunLoader::GetRunLoader()->GetDetectorLoader("EMCAL"));
522
523   TObjArray * aECARecPoints = emcalLoader->RecPoints() ; 
524     
525   if (fGeom==0) 
526      AliFatal("Did not get geometry from EMCALLoader");
527
528   aECARecPoints->Clear();
529
530   //Start with pseudoclusters, if option
531   if(strstr(option,"pseudo")) {
532     TClonesArray * digits  = emcalLoader->Digits() ; 
533     TClonesArray * digitsC =  dynamic_cast<TClonesArray*>(digits->Clone());
534
535     TIter nextdigit(digitsC) ;
536     AliEMCALDigit * digit;
537
538     AliEMCALRecPoint * recPoint = 0 ; 
539     int ineb=0;
540     nextdigit.Reset();
541
542     // PseudoClusterization starts    
543     while ( (digit = dynamic_cast<AliEMCALDigit *>(nextdigit())) ) { // scan over the list of digitsC
544       recPoint = 0 ; 
545       TArrayI clusterECAdigitslist(1000); // what is this   
546
547       if(fGeom->CheckAbsCellId(digit->GetId()) ) { //Is this an EMCAL digit? Just maing sure...
548         Int_t iDigitInECACluster = 0; // start a new Tower RecPoint
549         if(fNumberOfECAClusters >= aECARecPoints->GetSize()) aECARecPoints->Expand(2*fNumberOfECAClusters+1) ;
550         AliEMCALRecPoint * rp = new  AliEMCALRecPoint("") ; 
551         aECARecPoints->AddAt(rp, fNumberOfECAClusters) ;
552         recPoint = dynamic_cast<AliEMCALRecPoint *>(aECARecPoints->At(fNumberOfECAClusters)) ; 
553         fNumberOfECAClusters++ ; 
554
555         recPoint->SetClusterType(AliEMCALRecPoint::kPseudoCluster);
556
557         recPoint->AddDigit(*digit, digit->GetAmp()) ; 
558         clusterECAdigitslist[iDigitInECACluster] = digit->GetIndexInList() ;    
559         iDigitInECACluster++ ; 
560         digitsC->Remove(digit) ; 
561         AliDebug(1,Form("MakePseudoClusters: OK id = %d, adc = %f \n", digit->GetId(), digit->GetAmp()));
562         nextdigit.Reset(); // will start from beggining
563       
564         AliEMCALDigit * digitN = 0; // digi neighbor
565         Int_t index = 0 ;
566
567         // Find the neighbours
568         while (index < iDigitInECACluster){ // scan over digits already in cluster 
569           digit =  (AliEMCALDigit*)digits->At(clusterECAdigitslist[index]);
570           index++ ; 
571           while ( (digitN = (AliEMCALDigit *)nextdigit())) { // scan over the reduced list of digits 
572             ineb = AreInGroup(digit, digitN);       // call (digit,digitN) in THAT oder !!!!! 
573             switch (ineb ) {
574               case 0 :   // not a neighbour
575                break ;
576               case 1 :   // are neighbours 
577                recPoint->AddDigit(*digitN, digitN->GetAmp() ) ;
578                clusterECAdigitslist[iDigitInECACluster] = digitN->GetIndexInList() ; 
579                iDigitInECACluster++ ; 
580                digitsC->Remove(digitN) ;
581                break ;
582               case 2 :   // different SM
583                break ;
584               case 3 :   // different Tower group
585                break ;
586             } // switch
587           } // scan over the reduced list of digits
588         } // scan over digits already in cluster
589         nextdigit.Reset() ;  // will start from beggining
590       }
591     }
592     if(recPoint) cout << "cl.e " << recPoint->GetEnergy() << endl; 
593     delete digitsC ;
594   }
595
596   //Now do real clusters
597   TClonesArray * digits  = emcalLoader->Digits() ; 
598   TClonesArray * digitsC =  dynamic_cast<TClonesArray*>(digits->Clone());
599
600   TIter nextdigit(digitsC) ;
601   AliEMCALDigit * digit;
602
603   AliEMCALRecPoint * recPoint = 0 ; 
604   int ineb=0;
605   nextdigit.Reset();
606
607   double e=0.0, ehs = 0.0;
608   while ( (digit = dynamic_cast<AliEMCALDigit *>(nextdigit())) ) { // clean up digits
609     e = Calibrate(digit->GetAmp(), digit->GetId());
610     AliEMCALHistoUtilities::FillH1(fHists, 10, digit->GetAmp());
611     AliEMCALHistoUtilities::FillH1(fHists, 11, e);
612     if(e < fMinECut ) digitsC->Remove(digit);
613     else              ehs += e;
614   }  
615   cout << " Number of digits " << digits->GetEntries() << " -> (e>" <<fMinECut <<")";
616   cout << digitsC->GetEntries()<< " ehs "<<ehs<<endl; 
617
618   // Clusterization starts    
619   //  cout << "Outer Loop" << endl;
620   ineb=0;
621   nextdigit.Reset();
622   recPoint = 0 ; 
623   while ( (digit = dynamic_cast<AliEMCALDigit *>(nextdigit())) ) { // scan over the list of digitsC
624     recPoint = 0 ; 
625     TArrayI clusterECAdigitslist(1000); // what is this   
626
627     if(fGeom->CheckAbsCellId(digit->GetId()) && (Calibrate(digit->GetAmp(), digit->GetId()) > fECAClusteringThreshold  ) ){
628       Int_t iDigitInECACluster = 0; // start a new Tower RecPoint
629       if(fNumberOfECAClusters >= aECARecPoints->GetSize()) aECARecPoints->Expand(2*fNumberOfECAClusters+1) ;
630       AliEMCALRecPoint * rp = new  AliEMCALRecPoint("") ; 
631       aECARecPoints->AddAt(rp, fNumberOfECAClusters) ;
632       recPoint = dynamic_cast<AliEMCALRecPoint *>(aECARecPoints->At(fNumberOfECAClusters)) ; 
633       fNumberOfECAClusters++ ; 
634
635       recPoint->SetClusterType(AliEMCALRecPoint::kClusterv1);
636
637       recPoint->AddDigit(*digit, Calibrate(digit->GetAmp(), digit->GetId())) ; 
638       clusterECAdigitslist[iDigitInECACluster] = digit->GetIndexInList() ;      
639       iDigitInECACluster++ ; 
640       digitsC->Remove(digit) ; 
641       AliDebug(1,Form("MakeClusters: OK id = %d, ene = %f , thre = %f \n", digit->GetId(),
642       Calibrate(digit->GetAmp(),digit->GetId()), fECAClusteringThreshold));  
643       nextdigit.Reset(); // will start from beggining
644       
645       AliEMCALDigit * digitN = 0; // digi neighbor
646       Int_t index = 0 ;
647
648       // Find the neighbours
649       while (index < iDigitInECACluster){ // scan over digits already in cluster 
650         digit =  (AliEMCALDigit*)digits->At(clusterECAdigitslist[index]);
651         index++ ; 
652         while ( (digitN = (AliEMCALDigit *)nextdigit())) { // scan over the reduced list of digits 
653           ineb = AreNeighbours(digit, digitN);       // call (digit,digitN) in THAT oder !!!!! 
654           switch (ineb ) {
655             case 0 :   // not a neighbour
656               break ;
657             case 1 :   // are neighbours 
658               recPoint->AddDigit(*digitN, Calibrate(digitN->GetAmp(),digitN->GetId()) ) ;
659               clusterECAdigitslist[iDigitInECACluster] = digitN->GetIndexInList() ; 
660               iDigitInECACluster++ ; 
661               digitsC->Remove(digitN) ;
662                break ;
663              case 2 :   // different SM
664                break ;
665           } // switch
666         } // scan over the reduced list of digits
667       } // scan over digits already in cluster
668       nextdigit.Reset() ;  // will start from beggining
669     }
670   } // while digit  
671   if(recPoint) cout << "cl.e " << recPoint->GetEnergy() << endl; 
672   delete digitsC ;
673
674   AliDebug(1,Form("total no of clusters %d from %d digits",fNumberOfECAClusters,digits->GetEntriesFast())); 
675 }
676
677 //____________________________________________________________________________
678 void AliEMCALClusterizerv1::MakeUnfolding() const
679 {
680   Fatal("AliEMCALClusterizerv1::MakeUnfolding", "--> Unfolding not implemented") ;
681  
682 }
683
684 //____________________________________________________________________________
685 Double_t  AliEMCALClusterizerv1::ShowerShape(Double_t r)
686
687   // Shape of the shower (see EMCAL TDR)
688   // If you change this function, change also the gradient evaluation in ChiSquare()
689
690   Double_t r4    = r*r*r*r ;
691   Double_t r295  = TMath::Power(r, 2.95) ;
692   Double_t shape = TMath::Exp( -r4 * (1. / (2.32 + 0.26 * r4) + 0.0316 / (1 + 0.0652 * r295) ) ) ;
693   return shape ;
694 }
695
696 //____________________________________________________________________________
697 void  AliEMCALClusterizerv1::UnfoldCluster(AliEMCALRecPoint * /*iniTower*/, 
698                                            Int_t /*nMax*/, 
699                                            AliEMCALDigit ** /*maxAt*/, 
700                                            Float_t * /*maxAtEnergy*/) const
701 {
702   // Performs the unfolding of a cluster with nMax overlapping showers 
703   
704   Fatal("UnfoldCluster", "--> Unfolding not implemented") ;
705
706 }
707
708 //_____________________________________________________________________________
709 void AliEMCALClusterizerv1::UnfoldingChiSquare(Int_t & /*nPar*/, Double_t * /*Grad*/,
710                                                Double_t & /*fret*/,
711                                                Double_t * /*x*/, Int_t /*iflag*/)
712 {
713   // Calculates the Chi square for the cluster unfolding minimization
714   // Number of parameters, Gradient, Chi squared, parameters, what to do
715   
716   ::Fatal("UnfoldingChiSquare","Unfolding not implemented") ;
717 }
718 //____________________________________________________________________________
719 void AliEMCALClusterizerv1::Print(Option_t * /*option*/)const
720 {
721   // Print clusterizer parameters
722
723   TString message("\n") ; 
724   
725   if( strcmp(GetName(), "") !=0 ){
726     
727     // Print parameters
728  
729     TString taskName(GetName()) ;
730     taskName.ReplaceAll(Version(), "") ;
731     
732     printf("--------------- "); 
733     printf(taskName.Data()) ; 
734     printf(" "); 
735     printf(GetTitle()) ; 
736     printf("-----------\n");  
737     printf("Clusterizing digits from the file: "); 
738     printf(taskName.Data());  
739     printf("\n                           Branch: "); 
740     printf(GetName()); 
741     printf("\n                       ECA Local Maximum cut    = %f", fECALocMaxCut); 
742     printf("\n                       ECA Logarithmic weight   = %f", fECAW0); 
743     if(fToUnfold)
744       printf("\nUnfolding on\n");
745     else
746       printf("\nUnfolding off\n");
747     
748     printf("------------------------------------------------------------------"); 
749   }
750   else
751     printf("AliEMCALClusterizerv1 not initialized ") ;
752 }
753
754 //____________________________________________________________________________
755 void AliEMCALClusterizerv1::PrintRecPoints(Option_t * option)
756 {
757   // Prints list of RecPoints produced at the current pass of AliEMCALClusterizer
758   AliEMCALLoader *emcalLoader = dynamic_cast<AliEMCALLoader*>(AliRunLoader::GetRunLoader()->GetDetectorLoader("EMCAL"));
759   TObjArray * aECARecPoints = emcalLoader->RecPoints() ; 
760     
761   printf("PrintRecPoints: Clusterization result:") ; 
762   
763   printf("event # %d\n", emcalLoader->GetRunLoader()->GetEventNumber() ) ;
764   printf("           Found %d ECA Rec Points\n ", 
765          aECARecPoints->GetEntriesFast()) ; 
766
767   fRecPointsInRun +=  aECARecPoints->GetEntriesFast() ; 
768   
769   if(strstr(option,"all")) {
770     Int_t index =0;
771     printf("\n-----------------------------------------------------------------------\n") ;
772     printf("Clusters in ECAL section\n") ;
773     printf("Index    Ene(GeV) Multi Module     phi     r   theta    X    Y      Z   Dispersion Lambda 1   Lambda 2  # of prim  Primaries list\n") ;      
774    Float_t maxE=0; 
775    Float_t maxL1=0; 
776    Float_t maxL2=0; 
777    Float_t maxDis=0; 
778
779     for (index = 0 ; index < aECARecPoints->GetEntries() ; index++) {
780       AliEMCALRecPoint * rp = dynamic_cast<AliEMCALRecPoint * >(aECARecPoints->At(index)) ; 
781       TVector3  globalpos;  
782       //rp->GetGlobalPosition(globalpos);
783       TVector3  localpos;  
784       rp->GetLocalPosition(localpos);
785       Float_t lambda[2]; 
786       rp->GetElipsAxis(lambda);
787       Int_t * primaries; 
788       Int_t nprimaries;
789       primaries = rp->GetPrimaries(nprimaries);
790       printf("\n%6d  %8.4f  %3d     %4.1f    %4.1f %4.1f  %4.1f %4.1f %4.1f    %4.1f   %4f  %4f    %2d     : ", 
791              rp->GetIndexInList(), rp->GetEnergy(), rp->GetMultiplicity(),
792              globalpos.X(), globalpos.Y(), globalpos.Z(), localpos.X(), localpos.Y(), localpos.Z(), 
793              rp->GetDispersion(), lambda[0], lambda[1], nprimaries) ; 
794   /////////////
795       if(rp->GetEnergy()>maxE){
796               maxE=rp->GetEnergy();
797               maxL1=lambda[0];
798               maxL2=lambda[1];
799               maxDis=rp->GetDispersion();
800       }
801       fPointE->Fill(rp->GetEnergy());
802       fPointL1->Fill(lambda[0]);
803       fPointL2->Fill(lambda[1]);
804       fPointDis->Fill(rp->GetDispersion());
805       fPointMult->Fill(rp->GetMultiplicity());
806       ///////////// 
807       for (Int_t iprimary=0; iprimary<nprimaries; iprimary++) {
808         printf("%d ", primaries[iprimary] ) ; 
809       } 
810     }
811
812       fMaxE->Fill(maxE);
813       fMaxL1->Fill(maxL1);
814       fMaxL2->Fill(maxL2);
815       fMaxDis->Fill(maxDis);
816
817
818     printf("\n-----------------------------------------------------------------------\n");
819   }
820 }
821 TList* AliEMCALClusterizerv1::BookHists()
822 {
823   //set up histograms for monitoring clusterizer performance
824
825   gROOT->cd();
826
827         fPointE = new TH1F("pointE","point energy", 2000, 0.0, 150.);
828         fPointL1 = new TH1F("pointL1","point L1", 1000, 0.0, 3.);
829         fPointL2 = new TH1F("pointL2","point L2", 1000, 0.0, 3.);
830         fPointDis = new TH1F("pointDis","point Dis", 1000, 0.0, 3.);
831         fPointMult = new TH1F("pointMult","point Mult", 100, 0.0, 100.);
832         fDigitAmp = new TH1F("digitAmp","Digit Amplitude", 2000, 0.0, 5000.);
833         fMaxE = new TH1F("maxE","Max point energy", 2000, 0.0, 150.);
834         fMaxL1 = new TH1F("maxL1","Max point L1", 1000, 0.0, 3.);
835         fMaxL2 = new TH1F("maxL2","Max point L2", 1000, 0.0, 3.);
836         fMaxDis = new TH1F("maxDis","Max point Dis", 1000, 0.0, 3.); // 9
837         //
838         new TH1F("adcOfDigits","adc of digits(threshold control)", 1001, -0.5, 1000.5);   // 10
839         new TH1F("energyOfDigits","energy of digits(threshold control)", 1000, 0.0, 1.);  // 11
840
841   return AliEMCALHistoUtilities::MoveHistsToList("EmcalClusterizerv1ControlHists", kFALSE);
842 }
843
844 void AliEMCALClusterizerv1::SaveHists(const char *fn)
845 {
846   AliEMCALHistoUtilities::SaveListOfHists(fHists, fn, kTRUE);
847 }
848
849 void AliEMCALClusterizerv1::Browse(TBrowser* b)
850 {
851   if(fHists) b->Add(fHists);
852   TTask::Browse(b);
853 }