EMCAL e-by-e reconstruction methods from Cvetan
[u/mrichter/AliRoot.git] / EMCAL / AliEMCALClusterizerv1.cxx
1 /**************************************************************************
2  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
3  *                                                                        *
4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
6  *                                                                        *
7  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
9  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
10  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
11  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
12  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
14  **************************************************************************/
15
16 /* $Id$ */
17
18 //-- Author: Yves Schutz (SUBATECH)  & Dmitri Peressounko (SUBATECH & Kurchatov Institute)
19 //  August 2002 Yves Schutz: clone PHOS as closely as possible and intoduction
20 //                           of new  IO (à la PHOS)
21 //  Mar 2007, Aleksei Pavlinov - new algoritmh of pseudo clusters
22 //////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
23 //  Clusterization class. Performs clusterization (collects neighbouring active cells) and 
24 //  unfolds the clusters having several local maxima.  
25 //  Results are stored in TreeR#, branches EMCALTowerRP (EMC recPoints),
26 //  EMCALPreShoRP (CPV RecPoints) and AliEMCALClusterizer (Clusterizer with all 
27 //  parameters including input digits branch title, thresholds etc.)
28 //  This TTask is normally called from Reconstructioner, but can as well be used in 
29 //  standalone mode.
30 // Use Case:
31 //  root [0] AliEMCALClusterizerv1 * cl = new AliEMCALClusterizerv1("galice.root")  
32 //  Warning in <TDatabasePDG::TDatabasePDG>: object already instantiated
33 //               //reads gAlice from header file "..."                      
34 //  root [1] cl->ExecuteTask()  
35 //               //finds RecPoints in all events stored in galice.root
36 //  root [2] cl->SetDigitsBranch("digits2") 
37 //               //sets another title for Digitis (input) branch
38 //  root [3] cl->SetRecPointsBranch("recp2")  
39 //               //sets another title four output branches
40 //  root [4] cl->SetTowerLocalMaxCut(0.03)  
41 //               //set clusterization parameters
42 //  root [5] cl->ExecuteTask("deb all time")  
43 //               //once more finds RecPoints options are 
44 //               // deb - print number of found rec points
45 //               // deb all - print number of found RecPoints and some their characteristics 
46 //               // time - print benchmarking results
47
48 // --- ROOT system ---
49 #include <cassert>
50
51 class TROOT;
52 #include <TH1.h>
53 #include <TFile.h> 
54 class TFolder;
55 #include <TMath.h> 
56 #include <TMinuit.h>
57 #include <TTree.h> 
58 class TSystem; 
59 #include <TBenchmark.h>
60 #include <TBrowser.h>
61 #include <TROOT.h>
62
63 // --- Standard library ---
64
65
66 // --- AliRoot header files ---
67 #include "AliRunLoader.h"
68 #include "AliRun.h"
69 #include "AliESD.h"
70 #include "AliEMCALClusterizerv1.h"
71 #include "AliEMCALRecPoint.h"
72 #include "AliEMCALDigit.h"
73 #include "AliEMCALDigitizer.h"
74 #include "AliEMCAL.h"
75 #include "AliEMCALGeometry.h"
76 #include "AliEMCALHistoUtilities.h"
77 #include "AliEMCALRecParam.h"
78 #include "AliEMCALReconstructor.h"
79 #include "AliCDBManager.h"
80
81 class AliCDBStorage;
82 #include "AliCDBEntry.h"
83
84 ClassImp(AliEMCALClusterizerv1)
85
86 //____________________________________________________________________________
87 AliEMCALClusterizerv1::AliEMCALClusterizerv1()
88   : AliEMCALClusterizer(),
89     fHists(0),fPointE(0),fPointL1(0),fPointL2(0),
90     fPointDis(0),fPointMult(0),fDigitAmp(0),fMaxE(0),
91     fMaxL1(0),fMaxL2(0),fMaxDis(0),fGeom(0),
92     fDefaultInit(kFALSE),
93     fToUnfold(kFALSE),
94     fNumberOfECAClusters(0),fNTowerInGroup(0),fCalibData(0),
95     fADCchannelECA(0.),fADCpedestalECA(0.),fECAClusteringThreshold(0.),fECALocMaxCut(0.),
96     fECAW0(0.),fTimeCut(0.),fMinECut(0.)
97 {
98   // ctor with the indication of the file where header Tree and digits Tree are stored
99   
100   InitParameters() ; 
101   Init() ;
102 }
103
104 //____________________________________________________________________________
105   AliEMCALClusterizerv1::~AliEMCALClusterizerv1()
106 {
107   // dtor
108 }
109
110 //____________________________________________________________________________
111 Float_t  AliEMCALClusterizerv1::Calibrate(Int_t amp, Int_t AbsId) 
112 {
113  
114   // Convert digitized amplitude into energy.
115   // Calibration parameters are taken from calibration data base for raw data,
116   // or from digitizer parameters for simulated data.
117
118   if(fCalibData){
119     
120     if (fGeom==0)
121       AliFatal("Did not get geometry from EMCALLoader") ;
122     
123     Int_t iSupMod = -1;
124     Int_t nModule  = -1;
125     Int_t nIphi   = -1;
126     Int_t nIeta   = -1;
127     Int_t iphi    = -1;
128     Int_t ieta    = -1;
129     
130     Bool_t bCell = fGeom->GetCellIndex(AbsId, iSupMod, nModule, nIphi, nIeta) ;
131     if(!bCell) {
132       fGeom->PrintGeometry();
133       Error("Calibrate()"," Wrong cell id number : %i", AbsId);
134       assert(0);
135     }
136
137     fGeom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(iSupMod,nModule,nIphi, nIeta,iphi,ieta);
138
139     fADCchannelECA  = fCalibData->GetADCchannel (iSupMod,ieta,iphi);
140     fADCpedestalECA = fCalibData->GetADCpedestal(iSupMod,ieta,iphi);
141   
142    return -fADCpedestalECA + amp * fADCchannelECA ;        
143  
144   }
145   else //Return energy with default parameters if calibration is not available
146     return -fADCpedestalECA + amp * fADCchannelECA ; 
147   
148 }
149
150 //____________________________________________________________________________
151 void AliEMCALClusterizerv1::Digits2Clusters(Option_t * option)
152 {
153   // Steering method to perform clusterization for the current event 
154   // in AliEMCALLoader
155
156   if(strstr(option,"tim"))
157     gBenchmark->Start("EMCALClusterizer"); 
158   
159   if(strstr(option,"print"))
160     Print("") ; 
161  
162   //Get calibration parameters from file or digitizer default values.
163   GetCalibrationParameters() ;
164
165
166   fNumberOfECAClusters = 0;
167
168   if(strstr(option,"pseudo"))
169     MakeClusters("pseudo") ;  //both types
170   else
171     MakeClusters("") ;  //only the real clusters
172
173   if(fToUnfold)
174     MakeUnfolding() ;
175
176   fTreeR->Fill();
177   
178   if(strstr(option,"deb") || strstr(option,"all"))  
179     PrintRecPoints(option) ;
180
181   AliDebug(1,Form("EMCAL Clusterizer found %d Rec Points",fRecPoints->GetEntriesFast()));
182
183   if(strstr(option,"tim")){
184     gBenchmark->Stop("EMCALClusterizer");
185     printf("Exec took %f seconds for Clusterizing", 
186            gBenchmark->GetCpuTime("EMCALClusterizer"));
187   }    
188 }
189
190 //____________________________________________________________________________
191 Bool_t AliEMCALClusterizerv1::FindFit(AliEMCALRecPoint * emcRP, AliEMCALDigit ** maxAt, Float_t * maxAtEnergy,
192                                     Int_t nPar, Float_t * fitparameters) const
193
194   // Calls TMinuit to fit the energy distribution of a cluster with several maxima 
195   // The initial values for fitting procedure are set equal to the positions of local maxima.
196   // Cluster will be fitted as a superposition of nPar/3 electromagnetic showers
197
198   gMinuit->mncler();                     // Reset Minuit's list of paramters
199   gMinuit->SetPrintLevel(-1) ;           // No Printout
200   gMinuit->SetFCN(AliEMCALClusterizerv1::UnfoldingChiSquare) ;  
201                                          // To set the address of the minimization function 
202   TList * toMinuit = new TList();
203   toMinuit->AddAt(emcRP,0) ;
204   toMinuit->AddAt(fDigitsArr,1) ;
205   
206   gMinuit->SetObjectFit(toMinuit) ;         // To tranfer pointer to UnfoldingChiSquare
207
208   // filling initial values for fit parameters
209   AliEMCALDigit * digit ;
210
211   Int_t ierflg  = 0; 
212   Int_t index   = 0 ;
213   Int_t nDigits = (Int_t) nPar / 3 ;
214
215   Int_t iDigit ;
216
217   for(iDigit = 0; iDigit < nDigits; iDigit++){
218     digit = maxAt[iDigit]; 
219
220     Float_t x = 0.;
221     Float_t z = 0.;
222     //   have to be tune for TRD1; May 31,06
223     //   Int_t relid[2] ;
224     //   fGeom->AbsToRelNumbering(digit->GetId(), relid) ; // obsolete method
225     //   fGeom->PosInAlice(relid, x, z) ;                  // obsolete method
226
227     Float_t energy = maxAtEnergy[iDigit] ;
228
229     gMinuit->mnparm(index, "x",  x, 0.1, 0, 0, ierflg) ;
230     index++ ;   
231     if(ierflg != 0){ 
232       Error("FindFit", "EMCAL Unfolding  Unable to set initial value for fit procedure : x = %f",  x ) ;
233       return kFALSE;
234     }
235     gMinuit->mnparm(index, "z",  z, 0.1, 0, 0, ierflg) ;
236     index++ ;   
237     if(ierflg != 0){
238        Error("FindFit", "EMCAL Unfolding  Unable to set initial value for fit procedure : z = %f", z) ;
239       return kFALSE;
240     }
241     gMinuit->mnparm(index, "Energy",  energy , 0.05*energy, 0., 4.*energy, ierflg) ;
242     index++ ;   
243     if(ierflg != 0){
244      Error("FindFit", "EMCAL Unfolding  Unable to set initial value for fit procedure : energy = %f", energy) ;      
245       return kFALSE;
246     }
247   }
248
249   Double_t p0 = 0.1 ; // "Tolerance" Evaluation stops when EDM = 0.0001*p0 ; The number of function call slightly
250                       //  depends on it. 
251   Double_t p1 = 1.0 ;
252   Double_t p2 = 0.0 ;
253
254   gMinuit->mnexcm("SET STR", &p2, 0, ierflg) ;   // force TMinuit to reduce function calls  
255   gMinuit->mnexcm("SET GRA", &p1, 1, ierflg) ;   // force TMinuit to use my gradient  
256   gMinuit->SetMaxIterations(5);
257   gMinuit->mnexcm("SET NOW", &p2 , 0, ierflg) ;  // No Warnings
258
259   gMinuit->mnexcm("MIGRAD", &p0, 0, ierflg) ;    // minimize 
260
261   if(ierflg == 4){  // Minimum not found   
262     Error("FindFit", "EMCAL Unfolding  Fit not converged, cluster abandoned " ) ;      
263     return kFALSE ;
264   }            
265   for(index = 0; index < nPar; index++){
266     Double_t err ;
267     Double_t val ;
268     gMinuit->GetParameter(index, val, err) ;    // Returns value and error of parameter index
269     fitparameters[index] = val ;
270    }
271
272   delete toMinuit ;
273   return kTRUE;
274
275 }
276
277 //____________________________________________________________________________
278 void AliEMCALClusterizerv1::GetCalibrationParameters() 
279 {
280   // Set calibration parameters:
281   // if calibration database exists, they are read from database,
282   // otherwise, they are taken from digitizer.
283   //
284   // It is a user responsilibity to open CDB before reconstruction, 
285   // for example: 
286   // AliCDBStorage* storage = AliCDBManager::Instance()->GetStorage("local://CalibDB");
287
288   //Check if calibration is stored in data base
289
290   if(!fCalibData && (AliCDBManager::Instance()->IsDefaultStorageSet()))
291     {
292       AliCDBEntry *entry = (AliCDBEntry*) 
293         AliCDBManager::Instance()->Get("EMCAL/Calib/Data");
294       if (entry) fCalibData =  (AliEMCALCalibData*) entry->GetObject();
295     }
296   
297   if(!fCalibData)
298     AliFatal("Calibration parameters not found in CDB!");
299  
300   //  Please fix it!! Or better just remove it...
301 //    if(!fCalibData)
302 //      {
303 //        //If calibration is not available use default parameters
304 //        //Loader
305 //        if ( !emcalLoader->Digitizer() ) 
306 //       emcalLoader->LoadDigitizer();
307 //        AliEMCALDigitizer * dig = dynamic_cast<AliEMCALDigitizer*>(emcalLoader->Digitizer());
308        
309 //        fADCchannelECA   = dig->GetECAchannel() ;
310 //        fADCpedestalECA  = dig->GetECApedestal();
311 //      }
312 }
313
314 //____________________________________________________________________________
315 void AliEMCALClusterizerv1::Init()
316 {
317   // Make all memory allocations which can not be done in default constructor.
318   // Attach the Clusterizer task to the list of EMCAL tasks
319   
320   AliRunLoader *rl = AliRunLoader::GetRunLoader();
321   if (rl->GetAliRun() && rl->GetAliRun()->GetDetector("EMCAL"))
322     fGeom = dynamic_cast<AliEMCAL*>(rl->GetAliRun()->GetDetector("EMCAL"))->GetGeometry();
323   else 
324     fGeom =  AliEMCALGeometry::GetInstance(AliEMCALGeometry::GetDefaulGeometryName());
325
326   fGeom->GetTransformationForSM(); // Global <-> Local
327   AliInfo(Form("geom 0x%x",fGeom));
328
329   if(!gMinuit) 
330     gMinuit = new TMinuit(100) ;
331
332   fHists = BookHists();
333 }
334
335 //____________________________________________________________________________
336 void AliEMCALClusterizerv1::InitParameters()
337
338   // Initializes the parameters for the Clusterizer
339   fNumberOfECAClusters = 0;
340
341   fNTowerInGroup = 36;  //Produces maximum of 80 pseudoclusters per event
342
343   fECALocMaxCut = 0.03; // ??
344
345   fTimeCut = 300e-9 ; // 300 ns time cut (to be tuned) 
346   fToUnfold = kFALSE ;
347
348   fCalibData               = 0 ;
349
350   const AliEMCALRecParam* recParam = AliEMCALReconstructor::GetRecParam();
351   if(!recParam) {
352     AliFatal("Reconstruction parameters for EMCAL not set!");
353   }
354   else {
355     fECAClusteringThreshold = recParam->GetClusteringThreshold();
356     fECAW0                  = recParam->GetW0();
357     fMinECut                = recParam->GetMinECut();
358     AliDebug(1,Form("Reconstruction parameters: fECAClusteringThreshold=%.3f, fECAW=%.3f, fMinECut=%.3f",
359                  fECAClusteringThreshold,fECAW0,fMinECut));
360   }
361
362 }
363
364 //____________________________________________________________________________
365 Int_t AliEMCALClusterizerv1::AreNeighbours(AliEMCALDigit * d1, AliEMCALDigit * d2) const
366 {
367   // Gives the neighbourness of two digits = 0 are not neighbour ; continue searching 
368   //                                       = 1 are neighbour
369   //                                       = 2 is in different SM; continue searching 
370   // neighbours are defined as digits having at least a common vertex 
371   // The order of d1 and d2 is important: first (d1) should be a digit already in a cluster 
372   //                                      which is compared to a digit (d2)  not yet in a cluster  
373
374   static Int_t rv; 
375   static Int_t nSupMod1=0, nModule1=0, nIphi1=0, nIeta1=0, iphi1=0, ieta1=0;
376   static Int_t nSupMod2=0, nModule2=0, nIphi2=0, nIeta2=0, iphi2=0, ieta2=0;
377   static Int_t rowdiff, coldiff;
378   rv = 0 ; 
379
380   fGeom->GetCellIndex(d1->GetId(), nSupMod1,nModule1,nIphi1,nIeta1);
381   fGeom->GetCellIndex(d2->GetId(), nSupMod2,nModule2,nIphi2,nIeta2);
382   if(nSupMod1 != nSupMod2) return 2; // different SM
383
384   fGeom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(nSupMod1,nModule1,nIphi1,nIeta1, iphi1,ieta1);
385   fGeom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(nSupMod2,nModule2,nIphi2,nIeta2, iphi2,ieta2);
386
387   rowdiff = TMath::Abs(iphi1 - iphi2);  
388   coldiff = TMath::Abs(ieta1 - ieta2) ;  
389   
390   // neighbours with at least commom side; May 11, 2007
391   if ((coldiff==0 && abs(rowdiff)==1) || (rowdiff==0 && abs(coldiff)==1)) rv = 1;  
392  
393   if (gDebug == 2 && rv==1) 
394   printf("AreNeighbours: neighbours=%d, id1=%d, relid1=%d,%d \n id2=%d, relid2=%d,%d \n", 
395          rv, d1->GetId(), iphi1,ieta1, d2->GetId(), iphi2,ieta2);   
396   
397   return rv ; 
398 }
399
400 //____________________________________________________________________________
401 Int_t AliEMCALClusterizerv1::AreInGroup(AliEMCALDigit * d1, AliEMCALDigit * d2) const
402 {
403   // Tells whether two digits fall within the same supermodule and
404   // tower grouping.  The number of towers in a group is controlled by
405   // the parameter nTowersInGroup
406   //    = 0 are not in same group but continue searching 
407   //    = 1 same group
408   //    = 2 is in different SM, quit from searching
409   //    = 3 different tower group, quit from searching
410   //
411   // The order of d1 and d2 is important: first (d1) should be a digit 
412   // already in a cluster which is compared to a digit (d2)  not yet in a cluster  
413
414   //JLK Question: does the quit from searching assume that the digits
415   //are ordered, so that once you are in a different SM, you'll not
416   //find another in the list that will match?  How about my TowerGroup search?
417
418   static Int_t rv;
419   static Int_t nSupMod1=0, nModule1=0, nIphi1=0, nIeta1=0, iphi1=0, ieta1=0;
420   static Int_t nSupMod2=0, nModule2=0, nIphi2=0, nIeta2=0, iphi2=0, ieta2=0;
421   static Int_t towerGroup1 = -1, towerGroup2 = -1;
422   rv = 0 ;
423
424   fGeom->GetCellIndex(d1->GetId(), nSupMod1,nModule1,nIphi1,nIeta1);
425   fGeom->GetCellIndex(d2->GetId(), nSupMod2,nModule2,nIphi2,nIeta2);
426   if(nSupMod1 != nSupMod2) return 2; // different SM
427
428   static Int_t nTowerInSM = fGeom->GetNCellsInSupMod()/fGeom->GetNCellsInModule();
429
430   //figure out which tower grouping each digit belongs to
431   for(int it = 0; it < nTowerInSM/fNTowerInGroup; it++) {
432     if(nModule1 <= nTowerInSM - it*fNTowerInGroup) towerGroup1 = it;
433     if(nModule2 <= nTowerInSM - it*fNTowerInGroup) towerGroup2 = it;
434   }
435   if(towerGroup1 != towerGroup2) return 3; //different Towergroup
436
437   //same SM, same towergroup, we're happy
438   if(towerGroup1 == towerGroup2 && towerGroup2 >= 0)
439     rv = 1;
440
441   if (gDebug == 2 && rv==1)
442   printf("AreInGroup: neighbours=%d, id1=%d, relid1=%d,%d \n id2=%d, relid2=%d,%d \n",
443          rv, d1->GetId(), iphi1,ieta1, d2->GetId(), iphi2,ieta2);
444
445   return rv ;
446 }
447  
448 //____________________________________________________________________________
449 void AliEMCALClusterizerv1::MakeClusters(char* option)
450 {
451   // Steering method to construct the clusters stored in a list of Reconstructed Points
452   // A cluster is defined as a list of neighbour digits
453   // Mar 03, 2007 by PAI
454
455   if (fGeom==0) AliFatal("Did not get geometry from EMCALLoader");
456
457   fRecPoints->Clear();
458
459   // Set up TObjArray with pointers to digits to work on 
460   TObjArray *digitsC = new TObjArray();
461   TIter nextdigit(fDigitsArr);
462   AliEMCALDigit *digit;
463   while ( (digit = dynamic_cast<AliEMCALDigit*>(nextdigit())) ) {
464     digitsC->AddLast(digit);
465   }
466
467   //Start with pseudoclusters, if option
468   if(strstr(option,"pseudo")) { 
469     //
470     // New algorithm : will be created one pseudo cluster per module  
471     //
472     AliDebug(1,Form("Pseudo clustering #digits : %i ",fDigitsArr->GetEntries()));
473
474     AliEMCALRecPoint *recPoints[12]; // max size is 12 : see fGeom->GetNumberOfSuperModules();
475     for(int i=0; i<12; i++) recPoints[i] = 0;
476     TIter nextdigitC(digitsC) ;
477
478     // PseudoClusterization starts  
479     int nSM = 0; // # of SM
480     while ( (digit = dynamic_cast<AliEMCALDigit *>(nextdigitC())) ) { // scan over the list of digitsC
481       if(fGeom->CheckAbsCellId(digit->GetId()) ) { //Is this an EMCAL digit? Just maing sure...
482         nSM = fGeom->GetSuperModuleNumber(digit->GetId());
483         if(recPoints[nSM] == 0) {
484           recPoints[nSM] = new AliEMCALRecPoint(Form("PC%2.2i", nSM));
485           recPoints[nSM]->SetClusterType(AliESDCaloCluster::kPseudoCluster);
486         }
487         recPoints[nSM]->AddDigit(*digit, Calibrate(digit->GetAmp(), digit->GetId()));
488       }
489     }
490     fNumberOfECAClusters = 0;
491     for(int i=0; i<fGeom->GetNumberOfSuperModules(); i++) { // put non empty rec.points to container
492       if(recPoints[i]) fRecPoints->AddAt(recPoints[i], fNumberOfECAClusters++);
493     }
494     AliDebug(1,Form(" Number of PC %d ", fNumberOfECAClusters));
495   }
496
497   //
498   // Now do real clusters
499   //
500
501   double e = 0.0, ehs = 0.0;
502   TIter nextdigitC(digitsC);
503
504   while ( (digit = dynamic_cast<AliEMCALDigit *>(nextdigitC())) ) { // clean up digits
505     e = Calibrate(digit->GetAmp(), digit->GetId());
506     AliEMCALHistoUtilities::FillH1(fHists, 10, digit->GetAmp());
507     AliEMCALHistoUtilities::FillH1(fHists, 11, e);
508     if ( e < fMinECut || digit->GetTimeR() > fTimeCut ) 
509       digitsC->Remove(digit);
510     else    
511       ehs += e;
512   } 
513   AliDebug(1,Form("MakeClusters: Number of digits %d  -> (e %f), ehs %d\n",
514                   fDigitsArr->GetEntries(),fMinECut,ehs));
515
516   nextdigitC.Reset();
517
518   while ( (digit = dynamic_cast<AliEMCALDigit *>(nextdigitC())) ) { // scan over the list of digitsC
519     TArrayI clusterECAdigitslist(fDigitsArr->GetEntries());
520
521     if(fGeom->CheckAbsCellId(digit->GetId()) && (Calibrate(digit->GetAmp(), digit->GetId()) > fECAClusteringThreshold  ) ){
522       // start a new Tower RecPoint
523       if(fNumberOfECAClusters >= fRecPoints->GetSize()) fRecPoints->Expand(2*fNumberOfECAClusters+1) ;
524       AliEMCALRecPoint *recPoint = new  AliEMCALRecPoint("") ; 
525       fRecPoints->AddAt(recPoint, fNumberOfECAClusters) ;
526       recPoint = dynamic_cast<AliEMCALRecPoint *>(fRecPoints->At(fNumberOfECAClusters)) ; 
527       fNumberOfECAClusters++ ; 
528
529       recPoint->SetClusterType(AliESDCaloCluster::kClusterv1);
530
531       recPoint->AddDigit(*digit, Calibrate(digit->GetAmp(), digit->GetId())) ; 
532       TObjArray clusterDigits;
533       clusterDigits.AddLast(digit);     
534       digitsC->Remove(digit) ; 
535
536       AliDebug(1,Form("MakeClusters: OK id = %d, ene = %f , cell.th. = %f \n", digit->GetId(),
537       Calibrate(digit->GetAmp(),digit->GetId()), fECAClusteringThreshold));  
538       
539       // Grow cluster by finding neighbours
540       TIter nextClusterDigit(&clusterDigits);
541       while ( (digit = dynamic_cast<AliEMCALDigit*>(nextClusterDigit())) ) { // scan over digits in cluster 
542         TIter nextdigitN(digitsC); 
543         AliEMCALDigit *digitN = 0; // digi neighbor
544         while ( (digitN = (AliEMCALDigit *)nextdigitN()) ) { // scan over all digits to look for neighbours
545           if (AreNeighbours(digit, digitN)==1) {      // call (digit,digitN) in THAT oder !!!!! 
546             recPoint->AddDigit(*digitN, Calibrate(digitN->GetAmp(),digitN->GetId()) ) ;
547             clusterDigits.AddLast(digitN) ; 
548             digitsC->Remove(digitN) ; 
549           } // if(ineb==1)
550         } // scan over digits
551       } // scan over digits already in cluster
552       if(recPoint)
553         AliDebug(2,Form("MakeClusters: %d digitd, energy %f \n", clusterDigits.GetEntries(), recPoint->GetEnergy())); 
554     } // If seed found
555   } // while digit 
556
557   delete digitsC ;
558
559   AliDebug(1,Form("total no of clusters %d from %d digits",fNumberOfECAClusters,fDigitsArr->GetEntriesFast())); 
560 }
561
562 void AliEMCALClusterizerv1::MakeUnfolding() const
563 {
564   Fatal("AliEMCALClusterizerv1::MakeUnfolding", "--> Unfolding not implemented") ;
565 }
566
567 //____________________________________________________________________________
568 Double_t  AliEMCALClusterizerv1::ShowerShape(Double_t r)
569
570   // Shape of the shower (see EMCAL TDR)
571   // If you change this function, change also the gradient evaluation in ChiSquare()
572
573   Double_t r4    = r*r*r*r ;
574   Double_t r295  = TMath::Power(r, 2.95) ;
575   Double_t shape = TMath::Exp( -r4 * (1. / (2.32 + 0.26 * r4) + 0.0316 / (1 + 0.0652 * r295) ) ) ;
576   return shape ;
577 }
578
579 //____________________________________________________________________________
580 void  AliEMCALClusterizerv1::UnfoldCluster(AliEMCALRecPoint * /*iniTower*/, 
581                                            Int_t /*nMax*/, 
582                                            AliEMCALDigit ** /*maxAt*/, 
583                                            Float_t * /*maxAtEnergy*/) const
584 {
585   // Performs the unfolding of a cluster with nMax overlapping showers 
586   
587   Fatal("UnfoldCluster", "--> Unfolding not implemented") ;
588
589 }
590
591 //_____________________________________________________________________________
592 void AliEMCALClusterizerv1::UnfoldingChiSquare(Int_t & /*nPar*/, Double_t * /*Grad*/,
593                                                Double_t & /*fret*/,
594                                                Double_t * /*x*/, Int_t /*iflag*/)
595 {
596   // Calculates the Chi square for the cluster unfolding minimization
597   // Number of parameters, Gradient, Chi squared, parameters, what to do
598   
599   ::Fatal("UnfoldingChiSquare","Unfolding not implemented") ;
600 }
601 //____________________________________________________________________________
602 void AliEMCALClusterizerv1::Print(Option_t * /*option*/)const
603 {
604   // Print clusterizer parameters
605
606   TString message("\n") ; 
607   
608   if( strcmp(GetName(), "") !=0 ){
609     
610     // Print parameters
611  
612     TString taskName(Version()) ;
613     
614     printf("--------------- "); 
615     printf(taskName.Data()) ; 
616     printf(" "); 
617     printf("Clusterizing digits: "); 
618     printf("\n                       ECA Local Maximum cut    = %f", fECALocMaxCut); 
619     printf("\n                       ECA Logarithmic weight   = %f", fECAW0); 
620     if(fToUnfold)
621       printf("\nUnfolding on\n");
622     else
623       printf("\nUnfolding off\n");
624     
625     printf("------------------------------------------------------------------"); 
626   }
627   else
628     printf("AliEMCALClusterizerv1 not initialized ") ;
629 }
630
631 //____________________________________________________________________________
632 void AliEMCALClusterizerv1::PrintRecPoints(Option_t * option)
633 {
634   // Prints list of RecPoints produced at the current pass of AliEMCALClusterizer
635   if(strstr(option,"deb")) {
636     printf("PrintRecPoints: Clusterization result:") ; 
637   
638     printf("           Found %d ECA Rec Points\n ", 
639          fRecPoints->GetEntriesFast()) ; 
640   }
641
642   if(strstr(option,"all")) {
643     if(strstr(option,"deb")) {
644       printf("\n-----------------------------------------------------------------------\n") ;
645       printf("Clusters in ECAL section\n") ;
646       printf("Index    Ene(GeV) Multi Module     GX    GY   GZ  lX    lY   lZ   Dispersion Lambda 1   Lambda 2  # of prim  Primaries list\n") ;
647     }
648    Int_t index =0;
649    Float_t maxE=0; 
650    Float_t maxL1=0; 
651    Float_t maxL2=0; 
652    Float_t maxDis=0; 
653
654     AliEMCALHistoUtilities::FillH1(fHists, 12, double(fRecPoints->GetEntries()));
655
656     for (index = 0 ; index < fRecPoints->GetEntries() ; index++) {
657       AliEMCALRecPoint * rp = dynamic_cast<AliEMCALRecPoint * >(fRecPoints->At(index)) ; 
658       TVector3  globalpos;  
659       //rp->GetGlobalPosition(globalpos);
660       TVector3  localpos;  
661       rp->GetLocalPosition(localpos);
662       Float_t lambda[2]; 
663       rp->GetElipsAxis(lambda);
664       Int_t * primaries; 
665       Int_t nprimaries;
666       primaries = rp->GetPrimaries(nprimaries);
667       if(strstr(option,"deb")) 
668       printf("\n%6d  %8.4f  %3d     %4.1f    %4.1f %4.1f  %4.1f %4.1f %4.1f    %4.1f   %4f  %4f    %2d     : ", 
669              rp->GetIndexInList(), rp->GetEnergy(), rp->GetMultiplicity(),
670              globalpos.X(), globalpos.Y(), globalpos.Z(), localpos.X(), localpos.Y(), localpos.Z(), 
671              rp->GetDispersion(), lambda[0], lambda[1], nprimaries) ; 
672   /////////////
673       if(rp->GetEnergy()>maxE){
674               maxE=rp->GetEnergy();
675               maxL1=lambda[0];
676               maxL2=lambda[1];
677               maxDis=rp->GetDispersion();
678       }
679       fPointE->Fill(rp->GetEnergy());
680       fPointL1->Fill(lambda[0]);
681       fPointL2->Fill(lambda[1]);
682       fPointDis->Fill(rp->GetDispersion());
683       fPointMult->Fill(rp->GetMultiplicity());
684       ///////////// 
685       if(strstr(option,"deb")){ 
686         for (Int_t iprimary=0; iprimary<nprimaries; iprimary++) {
687           printf("%d ", primaries[iprimary] ) ; 
688         }
689       }
690     }
691
692       fMaxE->Fill(maxE);
693       fMaxL1->Fill(maxL1);
694       fMaxL2->Fill(maxL2);
695       fMaxDis->Fill(maxDis);
696
697     if(strstr(option,"deb"))
698     printf("\n-----------------------------------------------------------------------\n");
699   }
700 }
701 TList* AliEMCALClusterizerv1::BookHists()
702 {
703   //set up histograms for monitoring clusterizer performance
704
705   gROOT->cd();
706
707         fPointE = new TH1F("00_pointE","point energy", 2000, 0.0, 150.);
708         fPointL1 = new TH1F("01_pointL1","point L1", 1000, 0.0, 3.);
709         fPointL2 = new TH1F("02_pointL2","point L2", 1000, 0.0, 3.);
710         fPointDis = new TH1F("03_pointDisp","point dispersion", 1000, 0.0, 10.);
711         fPointMult = new TH1F("04_pointMult","#cell in point(cluster)", 101, -0.5, 100.5);
712         fDigitAmp = new TH1F("05_digitAmp","Digit Amplitude", 2000, 0.0, 5000.);
713         fMaxE = new TH1F("06_maxE","Max point energy", 2000, 0.0, 150.);
714         fMaxL1 = new TH1F("07_maxL1","Largest (first) of eigenvalue of covariance matrix", 1000, 0.0, 3.);
715         fMaxL2 = new TH1F("08_maxL2","Smalest (second) of eigenvalue of covariace matrix", 1000, 0.0, 3.);
716         fMaxDis = new TH1F("09_maxDis","Point dispersion", 1000, 0.0, 10.); // 9
717         //
718         new TH1F("10_adcOfDigits","adc of digits(threshold control)", 1001, -0.5, 1000.5);   // 10
719         new TH1F("11_energyOfDigits","energy of digits(threshold control)", 1000, 0.0, 1.);  // 11
720         new TH1F("12_numberOfPoints","number of points(clusters)", 101, -0.5, 100.5);        // 12
721
722   return AliEMCALHistoUtilities::MoveHistsToList("EmcalClusterizerv1ControlHists", kFALSE);
723 }
724
725 void AliEMCALClusterizerv1::SaveHists(const char *fn)
726 {
727   AliEMCALHistoUtilities::SaveListOfHists(fHists, fn, kTRUE);
728 }
729
730 void  AliEMCALClusterizerv1::PrintRecoInfo()
731 {
732   printf(" AliEMCALClusterizerv1::PrintRecoInfo() : version %s \n", Version() );
733   TH1F *h = (TH1F*)fHists->At(12);
734   if(h) {
735     printf(" ## Multiplicity of RecPoints ## \n");
736     for(int i=1; i<=h->GetNbinsX(); i++) {
737       int nbin = int((*h)[i]);
738       int mult = int(h->GetBinCenter(i));
739       if(nbin > 0) printf(" %i : %5.5i %6.3f %% \n", mult, nbin, 100.*nbin/h->GetEntries()); 
740     }    
741   }
742 }
743
744 void AliEMCALClusterizerv1::DrawLambdasHists()
745 {
746   if(fMaxL1) {
747     fMaxL1->Draw();
748     if(fMaxL2) fMaxL2->Draw("same");
749     if(fMaxDis) {
750       fMaxDis->Draw("same");
751     }
752   }
753 }