Correct warning appearing in some platforms related to float assigned as int and...
[u/mrichter/AliRoot.git] / EMCAL / AliEMCALClusterizerv1.cxx
1 /**************************************************************************
2  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
3  *                                                                        *
4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
6  *                                                                        *
7  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
9  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
10  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
11  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
12  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
14  **************************************************************************/
15
16 /* $Id$ */
17
18 //-- Author: Yves Schutz (SUBATECH)  & Dmitri Peressounko (SUBATECH & Kurchatov Institute)
19 //  August 2002 Yves Schutz: clone PHOS as closely as possible and intoduction
20 //                           of new  IO (à la PHOS)
21 //  Mar 2007, Aleksei Pavlinov - new algoritmh of pseudo clusters
22 //////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
23 //  Clusterization class. Performs clusterization (collects neighbouring active cells) and 
24 //  unfolds the clusters having several local maxima.  
25 //  Results are stored in TreeR#, branches EMCALTowerRP (EMC recPoints),
26 //  EMCALPreShoRP (CPV RecPoints) and AliEMCALClusterizer (Clusterizer with all 
27 //  parameters including input digits branch title, thresholds etc.)
28 //  This TTask is normally called from Reconstructioner, but can as well be used in 
29 //  standalone mode.
30 // Use Case:
31 //  root [0] AliEMCALClusterizerv1 * cl = new AliEMCALClusterizerv1("galice.root")  
32 //  Warning in <TDatabasePDG::TDatabasePDG>: object already instantiated
33 //               //reads gAlice from header file "..."                      
34 //  root [1] cl->ExecuteTask()  
35 //               //finds RecPoints in all events stored in galice.root
36 //  root [2] cl->SetDigitsBranch("digits2") 
37 //               //sets another title for Digitis (input) branch
38 //  root [3] cl->SetRecPointsBranch("recp2")  
39 //               //sets another title four output branches
40 //  root [4] cl->SetTowerLocalMaxCut(0.03)  
41 //               //set clusterization parameters
42 //  root [5] cl->ExecuteTask("deb all time")  
43 //               //once more finds RecPoints options are 
44 //               // deb - print number of found rec points
45 //               // deb all - print number of found RecPoints and some their characteristics 
46 //               // time - print benchmarking results
47
48 // --- ROOT system ---
49 #include <cassert>
50
51 class TROOT;
52 #include <TH1.h>
53 #include <TFile.h> 
54 class TFolder;
55 #include <TMath.h> 
56 #include <TMinuit.h>
57 #include <TTree.h> 
58 class TSystem; 
59 #include <TBenchmark.h>
60 #include <TBrowser.h>
61 #include <TROOT.h>
62
63 // --- Standard library ---
64
65
66 // --- AliRoot header files ---
67 #include "AliRunLoader.h"
68 #include "AliRun.h"
69 #include "AliESD.h"
70 #include "AliEMCALClusterizerv1.h"
71 #include "AliEMCALRecPoint.h"
72 #include "AliEMCALDigit.h"
73 #include "AliEMCALDigitizer.h"
74 #include "AliEMCAL.h"
75 #include "AliEMCALGeometry.h"
76 #include "AliEMCALRecParam.h"
77 #include "AliEMCALReconstructor.h"
78 #include "AliCDBManager.h"
79 #include "AliCaloCalibPedestal.h"
80 #include "AliEMCALCalibData.h"
81 class AliCDBStorage;
82 #include "AliCDBEntry.h"
83
84 ClassImp(AliEMCALClusterizerv1)
85
86 //____________________________________________________________________________
87 AliEMCALClusterizerv1::AliEMCALClusterizerv1()
88   : AliEMCALClusterizer(),
89     fGeom(0),
90     fDefaultInit(kFALSE),
91     fToUnfold(kFALSE),
92     fNumberOfECAClusters(0),fCalibData(0),fCaloPed(0),
93     fADCchannelECA(0.),fADCpedestalECA(0.),fECAClusteringThreshold(0.),fECALocMaxCut(0.),
94     fECAW0(0.),fTimeCut(1.),fMinECut(0.)
95 {
96   // ctor with the indication of the file where header Tree and digits Tree are stored
97   
98   Init() ;
99 }
100
101 //____________________________________________________________________________
102 AliEMCALClusterizerv1::AliEMCALClusterizerv1(AliEMCALGeometry* geometry)
103   : AliEMCALClusterizer(),
104     fGeom(geometry),
105     fDefaultInit(kFALSE),
106     fToUnfold(kFALSE),
107     fNumberOfECAClusters(0),fCalibData(0), fCaloPed(0),
108     fADCchannelECA(0.),fADCpedestalECA(0.),fECAClusteringThreshold(0.),fECALocMaxCut(0.),
109     fECAW0(0.),fTimeCut(1.),fMinECut(0.)
110 {
111   // ctor with the indication of the file where header Tree and digits Tree are stored
112   // use this contructor to avoid usage of Init() which uses runloader
113   // change needed by HLT - MP
114
115   // Note for the future: the use on runloader should be avoided or optional at least
116   // another way is to make Init virtual and protected at least such that the deriving classes can overload
117   // Init() ;
118   //
119
120   if (!fGeom)
121     {
122       AliFatal("Geometry not initialized.");
123     }
124
125   if(!gMinuit)
126     gMinuit = new TMinuit(100) ;
127
128 }
129
130 //____________________________________________________________________________
131 AliEMCALClusterizerv1::AliEMCALClusterizerv1(AliEMCALGeometry* geometry, AliEMCALCalibData * calib, AliCaloCalibPedestal * caloped)
132 : AliEMCALClusterizer(),
133 fGeom(geometry),
134 fDefaultInit(kFALSE),
135 fToUnfold(kFALSE),
136 fNumberOfECAClusters(0),fCalibData(calib), fCaloPed(caloped),
137 fADCchannelECA(0.),fADCpedestalECA(0.),fECAClusteringThreshold(0.),fECALocMaxCut(0.),
138 fECAW0(0.),fTimeCut(1.),fMinECut(0.)
139 {
140         // ctor, geometry and calibration are initialized elsewhere.
141         
142         if (!fGeom)
143                 AliFatal("Geometry not initialized.");
144                 
145         if(!gMinuit)
146                 gMinuit = new TMinuit(100) ;
147         
148 }
149
150
151 //____________________________________________________________________________
152   AliEMCALClusterizerv1::~AliEMCALClusterizerv1()
153 {
154   // dtor
155 }
156
157 //____________________________________________________________________________
158 Float_t  AliEMCALClusterizerv1::Calibrate(Int_t amp, Int_t absId) 
159 {
160  
161   // Convert digitized amplitude into energy.
162   // Calibration parameters are taken from calibration data base for raw data,
163   // or from digitizer parameters for simulated data.
164
165   if(fCalibData){
166     
167     if (fGeom==0)
168       AliFatal("Did not get geometry from EMCALLoader") ;
169     
170     Int_t iSupMod = -1;
171     Int_t nModule  = -1;
172     Int_t nIphi   = -1;
173     Int_t nIeta   = -1;
174     Int_t iphi    = -1;
175     Int_t ieta    = -1;
176     
177     Bool_t bCell = fGeom->GetCellIndex(absId, iSupMod, nModule, nIphi, nIeta) ;
178     if(!bCell) {
179       fGeom->PrintGeometry();
180       Error("Calibrate()"," Wrong cell id number : %i", absId);
181       assert(0);
182     }
183
184     fGeom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(iSupMod,nModule,nIphi, nIeta,iphi,ieta);
185           
186         // Check if channel is bad (dead or hot), in this case return 0.        
187         // Gustavo: 15-12-09 In case of RAW data this selection is already done, but not in simulation.
188         // for the moment keep it here but remember to do the selection at the sdigitizer level 
189         // and remove it from here
190         Int_t channelStatus = (Int_t)(fCaloPed->GetDeadMap(iSupMod))->GetBinContent(ieta,iphi);
191         if(channelStatus == AliCaloCalibPedestal::kHot || channelStatus == AliCaloCalibPedestal::kDead) {
192                   AliDebug(2,Form("Tower from SM %d, ieta %d, iphi %d is BAD : status %d !!!",iSupMod,ieta,iphi, channelStatus));
193                   return 0;
194         }
195           
196     fADCchannelECA  = fCalibData->GetADCchannel (iSupMod,ieta,iphi);
197     fADCpedestalECA = fCalibData->GetADCpedestal(iSupMod,ieta,iphi);
198   
199    return -fADCpedestalECA + amp * fADCchannelECA ;        
200  
201   }
202   else //Return energy with default parameters if calibration is not available
203     return -fADCpedestalECA + amp * fADCchannelECA ; 
204   
205 }
206
207 //____________________________________________________________________________
208 void AliEMCALClusterizerv1::Digits2Clusters(Option_t * option)
209 {
210   // Steering method to perform clusterization for the current event 
211   // in AliEMCALLoader
212
213   if(strstr(option,"tim"))
214     gBenchmark->Start("EMCALClusterizer"); 
215   
216   if(strstr(option,"print"))
217     Print("") ; 
218  
219   //Get calibration parameters from file or digitizer default values.
220   GetCalibrationParameters() ;
221
222   //Get dead channel map from file or digitizer default values.
223   GetCaloCalibPedestal() ;
224         
225   fNumberOfECAClusters = 0;
226
227   MakeClusters() ;  //only the real clusters
228
229   if(fToUnfold)
230     MakeUnfolding() ;
231
232   Int_t index ;
233
234   //Evaluate position, dispersion and other RecPoint properties for EC section                      
235   for(index = 0; index < fRecPoints->GetEntries(); index++) {
236       dynamic_cast<AliEMCALRecPoint *>(fRecPoints->At(index))->EvalAll(fECAW0,fDigitsArr) ;
237           //For each rec.point set the distance to the nearest bad crystal
238           dynamic_cast<AliEMCALRecPoint *>(fRecPoints->At(index))->EvalDistanceToBadChannels(fCaloPed);
239   }
240
241   fRecPoints->Sort() ;
242
243   for(index = 0; index < fRecPoints->GetEntries(); index++) {
244     (dynamic_cast<AliEMCALRecPoint *>(fRecPoints->At(index)))->SetIndexInList(index) ;
245     (dynamic_cast<AliEMCALRecPoint *>(fRecPoints->At(index)))->Print();
246   }
247
248   fTreeR->Fill();
249   
250   if(strstr(option,"deb") || strstr(option,"all"))  
251     PrintRecPoints(option) ;
252
253   AliDebug(1,Form("EMCAL Clusterizer found %d Rec Points",fRecPoints->GetEntriesFast()));
254
255   fRecPoints->Delete();
256
257   if(strstr(option,"tim")){
258     gBenchmark->Stop("EMCALClusterizer");
259     printf("Exec took %f seconds for Clusterizing", 
260            gBenchmark->GetCpuTime("EMCALClusterizer"));
261   }    
262 }
263
264 //____________________________________________________________________________
265 Bool_t AliEMCALClusterizerv1::FindFit(AliEMCALRecPoint * recPoint, AliEMCALDigit ** maxAt, 
266                                       const Float_t* maxAtEnergy,
267                                       Int_t nPar, Float_t * fitparameters) const
268 {
269   // Calls TMinuit to fit the energy distribution of a cluster with several maxima
270   // The initial values for fitting procedure are set equal to the
271   // positions of local maxima.       
272   // Cluster will be fitted as a superposition of nPar/3
273   // electromagnetic showers
274
275   if (fGeom==0) AliFatal("Did not get geometry from EMCALLoader");
276
277   gMinuit->mncler();                     // Reset Minuit's list of paramters
278   gMinuit->SetPrintLevel(-1) ;           // No Printout
279   gMinuit->SetFCN(AliEMCALClusterizerv1::UnfoldingChiSquare) ;
280   // To set the address of the minimization function
281   TList * toMinuit = new TList();
282   toMinuit->AddAt(recPoint,0) ;
283   toMinuit->AddAt(fDigitsArr,1) ;
284   toMinuit->AddAt(fGeom,2) ;
285
286   gMinuit->SetObjectFit(toMinuit) ;         // To tranfer pointer to UnfoldingChiSquare
287
288   // filling initial values for fit parameters
289   AliEMCALDigit * digit ;
290
291   Int_t ierflg  = 0;
292   Int_t index   = 0 ;
293   Int_t nDigits = (Int_t) nPar / 3 ;
294
295   Int_t iDigit ;
296
297   for(iDigit = 0; iDigit < nDigits; iDigit++){
298     digit = maxAt[iDigit];
299     Double_t x = 0.;
300     Double_t y = 0.;
301     Double_t z = 0.;
302
303     fGeom->RelPosCellInSModule(digit->GetId(), y, x, z);
304
305     Float_t energy = maxAtEnergy[iDigit] ;
306
307     gMinuit->mnparm(index, "x",  x, 0.1, 0, 0, ierflg) ;
308     index++ ;
309     if(ierflg != 0){
310       Error("FindFit", "EMCAL Unfolding  Unable to set initial value for fit procedure : x = %f", x ) ;
311       return kFALSE;
312     }
313     gMinuit->mnparm(index, "z",  z, 0.1, 0, 0, ierflg) ;
314     index++ ;
315     if(ierflg != 0){
316       Error("FindFit", "EMCAL Unfolding  Unable to set initial value for fit procedure : z = %f", z) ;
317       return kFALSE;
318     }
319     gMinuit->mnparm(index, "Energy",  energy , 0.05*energy, 0., 4.*energy, ierflg) ;
320     index++ ;
321     if(ierflg != 0){
322       Error("FindFit", "EMCAL Unfolding  Unable to set initial value for fit procedure : energy = %f", energy) ;
323       return kFALSE;
324     }
325   }
326
327   Double_t p0 = 0.1 ; // "Tolerance" Evaluation stops when EDM = 0.0001*p0 ; 
328                       // The number of function call slightly depends on it.
329   //Double_t p1 = 1.0 ;
330   Double_t p2 = 0.0 ;
331
332   gMinuit->mnexcm("SET STR", &p2, 0, ierflg) ;   // force TMinuit to reduce function calls
333   //  gMinuit->mnexcm("SET GRA", &p1, 1, ierflg) ;   // force TMinuit to use my gradient
334   gMinuit->SetMaxIterations(5);
335   gMinuit->mnexcm("SET NOW", &p2 , 0, ierflg) ;  // No Warnings
336   gMinuit->mnexcm("MIGRAD", &p0, 0, ierflg) ;    // minimize
337
338   if(ierflg == 4){  // Minimum not found
339     Error("FindFit", "EMCAL Unfolding  Fit not converged, cluster abandoned " ) ;
340     return kFALSE ;
341   }
342   for(index = 0; index < nPar; index++){
343     Double_t err ;
344     Double_t val ;
345     gMinuit->GetParameter(index, val, err) ;    // Returns value and error of parameter index
346     fitparameters[index] = val ;
347   }
348
349   delete toMinuit ;
350   return kTRUE;
351
352 }
353
354 //____________________________________________________________________________
355 void AliEMCALClusterizerv1::GetCalibrationParameters() 
356 {
357   // Set calibration parameters:
358   // if calibration database exists, they are read from database,
359   // otherwise, they are taken from digitizer.
360   //
361   // It is a user responsilibity to open CDB before reconstruction, 
362   // for example: 
363   // AliCDBStorage* storage = AliCDBManager::Instance()->GetStorage("local://CalibDB");
364
365   //Check if calibration is stored in data base
366
367   if(!fCalibData)
368     {
369       AliCDBEntry *entry = (AliCDBEntry*) 
370         AliCDBManager::Instance()->Get("EMCAL/Calib/Data");
371       if (entry) fCalibData =  (AliEMCALCalibData*) entry->GetObject();
372     }
373   
374   if(!fCalibData)
375     AliFatal("Calibration parameters not found in CDB!");
376  
377 }
378
379 //____________________________________________________________________________
380 void AliEMCALClusterizerv1::GetCaloCalibPedestal() 
381 {
382         // Set calibration parameters:
383         // if calibration database exists, they are read from database,
384         // otherwise, they are taken from digitizer.
385         //
386         // It is a user responsilibity to open CDB before reconstruction, 
387         // for example: 
388         // AliCDBStorage* storage = AliCDBManager::Instance()->GetStorage("local://CalibDB");
389         
390         //Check if calibration is stored in data base
391         
392         if(!fCaloPed)
393     {
394                 AliCDBEntry *entry = (AliCDBEntry*) 
395                 AliCDBManager::Instance()->Get("EMCAL/Calib/Pedestals");
396                 if (entry) fCaloPed =  (AliCaloCalibPedestal*) entry->GetObject();
397     }
398         
399         if(!fCaloPed)
400                 AliFatal("Pedestal info not found in CDB!");
401         
402 }
403
404
405 //____________________________________________________________________________
406 void AliEMCALClusterizerv1::Init()
407 {
408   // Make all memory allocations which can not be done in default constructor.
409   // Attach the Clusterizer task to the list of EMCAL tasks
410   
411   AliRunLoader *rl = AliRunLoader::Instance();
412   if (rl->GetAliRun() && rl->GetAliRun()->GetDetector("EMCAL"))
413     fGeom = dynamic_cast<AliEMCAL*>(rl->GetAliRun()->GetDetector("EMCAL"))->GetGeometry();
414   else 
415     fGeom =  AliEMCALGeometry::GetInstance(AliEMCALGeometry::GetDefaultGeometryName());
416
417   AliDebug(1,Form("geom 0x%x",fGeom));
418
419   if(!gMinuit) 
420     gMinuit = new TMinuit(100) ;
421
422 }
423
424 //____________________________________________________________________________
425 void AliEMCALClusterizerv1::InitParameters()
426
427   // Initializes the parameters for the Clusterizer
428   fNumberOfECAClusters = 0;
429
430   fCalibData               = 0 ;
431   fCaloPed                 = 0 ;
432         
433   const AliEMCALRecParam* recParam = AliEMCALReconstructor::GetRecParam();
434   if(!recParam) {
435     AliFatal("Reconstruction parameters for EMCAL not set!");
436   } else {
437     fECAClusteringThreshold = recParam->GetClusteringThreshold();
438     fECAW0                  = recParam->GetW0();
439     fMinECut                = recParam->GetMinECut();    
440     fToUnfold               = recParam->GetUnfold();
441     if(fToUnfold) AliWarning("Cluster Unfolding ON. Implementing only for eta=0 case!!!"); 
442     fECALocMaxCut           = recParam->GetLocMaxCut();
443         fTimeCut                = recParam->GetTimeCut();// Originally 300 ns time cut, in data time found to be between 350 ns and 1500 ns, relax the cut for the moment, 1s.
444
445     AliDebug(1,Form("Reconstruction parameters: fECAClusteringThreshold=%.3f, fECAW=%.3f, fMinECut=%.3f, fToUnfold=%d, fECALocMaxCut=%.3f, fTimeCut=%f",
446                     fECAClusteringThreshold,fECAW0,fMinECut,fToUnfold,fECALocMaxCut,fTimeCut));
447   }
448
449 }
450
451 //____________________________________________________________________________
452 Int_t AliEMCALClusterizerv1::AreNeighbours(AliEMCALDigit * d1, AliEMCALDigit * d2) const
453 {
454   // Gives the neighbourness of two digits = 0 are not neighbour ; continue searching 
455   //                                       = 1 are neighbour
456   //                                       = 2 is in different SM; continue searching 
457   // neighbours are defined as digits having at least a common vertex 
458   // The order of d1 and d2 is important: first (d1) should be a digit already in a cluster 
459   //                                      which is compared to a digit (d2)  not yet in a cluster  
460
461   static Int_t rv; 
462   static Int_t nSupMod1=0, nModule1=0, nIphi1=0, nIeta1=0, iphi1=0, ieta1=0;
463   static Int_t nSupMod2=0, nModule2=0, nIphi2=0, nIeta2=0, iphi2=0, ieta2=0;
464   static Int_t rowdiff, coldiff;
465   rv = 0 ; 
466
467   fGeom->GetCellIndex(d1->GetId(), nSupMod1,nModule1,nIphi1,nIeta1);
468   fGeom->GetCellIndex(d2->GetId(), nSupMod2,nModule2,nIphi2,nIeta2);
469   if(nSupMod1 != nSupMod2) return 2; // different SM
470
471   fGeom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(nSupMod1,nModule1,nIphi1,nIeta1, iphi1,ieta1);
472   fGeom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(nSupMod2,nModule2,nIphi2,nIeta2, iphi2,ieta2);
473
474   rowdiff = TMath::Abs(iphi1 - iphi2);  
475   coldiff = TMath::Abs(ieta1 - ieta2) ;  
476   
477   // neighbours with at least commom side; May 11, 2007
478   if ((coldiff==0 && abs(rowdiff)==1) || (rowdiff==0 && abs(coldiff)==1)) rv = 1;  
479  
480   if (gDebug == 2 && rv==1) 
481   printf("AreNeighbours: neighbours=%d, id1=%d, relid1=%d,%d \n id2=%d, relid2=%d,%d \n", 
482          rv, d1->GetId(), iphi1,ieta1, d2->GetId(), iphi2,ieta2);   
483   
484   return rv ; 
485 }
486
487 //____________________________________________________________________________
488 void AliEMCALClusterizerv1::MakeClusters()
489 {
490   // Steering method to construct the clusters stored in a list of Reconstructed Points
491   // A cluster is defined as a list of neighbour digits
492   // Mar 03, 2007 by PAI
493
494   if (fGeom==0) AliFatal("Did not get geometry from EMCALLoader");
495
496   fRecPoints->Clear();
497
498   // Set up TObjArray with pointers to digits to work on 
499   TObjArray *digitsC = new TObjArray();
500   TIter nextdigit(fDigitsArr);
501   AliEMCALDigit *digit;
502   while ( (digit = dynamic_cast<AliEMCALDigit*>(nextdigit())) ) {
503     digitsC->AddLast(digit);
504   }
505
506   double e = 0.0, ehs = 0.0;
507   TIter nextdigitC(digitsC);
508   while ( (digit = dynamic_cast<AliEMCALDigit *>(nextdigitC())) ) { // clean up digits
509     e = Calibrate(digit->GetAmp(), digit->GetId());
510     if ( e < fMinECut || digit->GetTimeR() > fTimeCut ) 
511       digitsC->Remove(digit);
512     else    
513       ehs += e;
514   } 
515   AliDebug(1,Form("MakeClusters: Number of digits %d  -> (e %f), ehs %d\n",
516                   fDigitsArr->GetEntries(),fMinECut,ehs));
517
518   nextdigitC.Reset();
519
520   while ( (digit = dynamic_cast<AliEMCALDigit *>(nextdigitC())) ) { // scan over the list of digitsC
521     TArrayI clusterECAdigitslist(fDigitsArr->GetEntries());
522
523     if(fGeom->CheckAbsCellId(digit->GetId()) && (Calibrate(digit->GetAmp(), digit->GetId()) > fECAClusteringThreshold  ) ){
524       // start a new Tower RecPoint
525       if(fNumberOfECAClusters >= fRecPoints->GetSize()) fRecPoints->Expand(2*fNumberOfECAClusters+1) ;
526
527       AliEMCALRecPoint *recPoint = new  AliEMCALRecPoint("") ; 
528       fRecPoints->AddAt(recPoint, fNumberOfECAClusters) ;
529       recPoint = dynamic_cast<AliEMCALRecPoint *>(fRecPoints->At(fNumberOfECAClusters)) ; 
530       fNumberOfECAClusters++ ; 
531
532       recPoint->SetClusterType(AliESDCaloCluster::kEMCALClusterv1);
533
534       recPoint->AddDigit(*digit, Calibrate(digit->GetAmp(), digit->GetId())) ; 
535       TObjArray clusterDigits;
536       clusterDigits.AddLast(digit);     
537       digitsC->Remove(digit) ; 
538
539       AliDebug(1,Form("MakeClusters: OK id = %d, ene = %f , cell.th. = %f \n", digit->GetId(),
540       Calibrate(digit->GetAmp(),digit->GetId()), fECAClusteringThreshold));  
541       
542       // Grow cluster by finding neighbours
543       TIter nextClusterDigit(&clusterDigits);
544       while ( (digit = dynamic_cast<AliEMCALDigit*>(nextClusterDigit())) ) { // scan over digits in cluster 
545         TIter nextdigitN(digitsC); 
546         AliEMCALDigit *digitN = 0; // digi neighbor
547         while ( (digitN = (AliEMCALDigit *)nextdigitN()) ) { // scan over all digits to look for neighbours
548           if (AreNeighbours(digit, digitN)==1) {      // call (digit,digitN) in THAT oder !!!!! 
549             recPoint->AddDigit(*digitN, Calibrate(digitN->GetAmp(),digitN->GetId()) ) ;
550             clusterDigits.AddLast(digitN) ; 
551             digitsC->Remove(digitN) ; 
552           } // if(ineb==1)
553         } // scan over digits
554       } // scan over digits already in cluster
555       if(recPoint)
556         AliDebug(2,Form("MakeClusters: %d digitd, energy %f \n", clusterDigits.GetEntries(), recPoint->GetEnergy())); 
557     } // If seed found
558   } // while digit 
559
560   delete digitsC ;
561   
562   AliDebug(1,Form("total no of clusters %d from %d digits",fNumberOfECAClusters,fDigitsArr->GetEntriesFast())); 
563 }
564
565 //____________________________________________________________________________
566 void AliEMCALClusterizerv1::MakeUnfolding()
567 {
568   // Unfolds clusters using the shape of an ElectroMagnetic shower
569   // Performs unfolding of all clusters
570
571   if(fNumberOfECAClusters > 0){
572     if (fGeom==0)
573       AliFatal("Did not get geometry from EMCALLoader") ;
574     Int_t nModulesToUnfold = fGeom->GetNCells();
575
576     Int_t numberofNotUnfolded = fNumberOfECAClusters ;
577     Int_t index ;
578     for(index = 0 ; index < numberofNotUnfolded ; index++){
579
580       AliEMCALRecPoint * recPoint = dynamic_cast<AliEMCALRecPoint *>( fRecPoints->At(index) ) ;
581
582       TVector3 gpos;
583       Int_t absId;
584       recPoint->GetGlobalPosition(gpos);
585       fGeom->GetAbsCellIdFromEtaPhi(gpos.Eta(),gpos.Phi(),absId);
586       if(absId > nModulesToUnfold)
587         break ;
588
589       Int_t nMultipl = recPoint->GetMultiplicity() ;
590       AliEMCALDigit ** maxAt = new AliEMCALDigit*[nMultipl] ;
591       Float_t * maxAtEnergy = new Float_t[nMultipl] ;
592       Int_t nMax = recPoint->GetNumberOfLocalMax(maxAt, maxAtEnergy,fECALocMaxCut,fDigitsArr) ;
593
594       if( nMax > 1 ) {     // if cluster is very flat (no pronounced maximum) then nMax = 0
595         UnfoldCluster(recPoint, nMax, maxAt, maxAtEnergy) ;
596         fRecPoints->Remove(recPoint);
597         fRecPoints->Compress() ;
598         index-- ;
599         fNumberOfECAClusters-- ;
600         numberofNotUnfolded-- ;
601       }
602       else{
603         recPoint->SetNExMax(1) ; //Only one local maximum
604       }
605
606       delete[] maxAt ;
607       delete[] maxAtEnergy ;
608     }
609   }
610   // End of Unfolding of clusters
611 }
612
613 //____________________________________________________________________________
614 Double_t  AliEMCALClusterizerv1::ShowerShape(Double_t x, Double_t y)
615
616   // Shape of the shower
617   // If you change this function, change also the gradient evaluation in ChiSquare()
618
619   Double_t r = sqrt(x*x+y*y);
620   Double_t r133  = TMath::Power(r, 1.33) ;
621   Double_t r669  = TMath::Power(r, 6.69) ;
622   Double_t shape = TMath::Exp( -r133 * (1. / (1.57 + 0.0860 * r133) - 0.55 / (1 + 0.000563 * r669) ) ) ;
623   return shape ;
624 }
625
626 //____________________________________________________________________________
627 void  AliEMCALClusterizerv1::UnfoldCluster(AliEMCALRecPoint * iniTower, 
628                                            Int_t nMax, 
629                                            AliEMCALDigit ** maxAt, 
630                                            Float_t * maxAtEnergy)
631 {
632   // Performs the unfolding of a cluster with nMax overlapping showers 
633   Int_t nPar = 3 * nMax ;
634   Float_t * fitparameters = new Float_t[nPar] ;
635
636   if (fGeom==0)
637     AliFatal("Did not get geometry from EMCALLoader") ;
638
639   Bool_t rv = FindFit(iniTower, maxAt, maxAtEnergy, nPar, fitparameters) ;
640   if( !rv ) {
641     // Fit failed, return and remove cluster
642     iniTower->SetNExMax(-1) ;
643     delete[] fitparameters ;
644     return ;
645   }
646
647   // create unfolded rec points and fill them with new energy lists
648   // First calculate energy deposited in each sell in accordance with
649   // fit (without fluctuations): efit[]
650   // and later correct this number in acordance with actual energy
651   // deposition
652
653   Int_t nDigits = iniTower->GetMultiplicity() ;
654   Float_t * efit = new Float_t[nDigits] ;
655   Double_t xDigit=0.,yDigit=0.,zDigit=0. ;
656   Float_t xpar=0.,zpar=0.,epar=0.  ;
657
658   AliEMCALDigit * digit = 0 ;
659   Int_t * digitsList = iniTower->GetDigitsList() ;
660
661   Int_t iparam ;
662   Int_t iDigit ;
663   for(iDigit = 0 ; iDigit < nDigits ; iDigit ++){
664     digit = dynamic_cast<AliEMCALDigit*>( fDigitsArr->At(digitsList[iDigit] ) ) ;
665     fGeom->RelPosCellInSModule(digit->GetId(), yDigit, xDigit, zDigit);
666     efit[iDigit] = 0;
667
668     iparam = 0 ;
669     while(iparam < nPar ){
670       xpar = fitparameters[iparam] ;
671       zpar = fitparameters[iparam+1] ;
672       epar = fitparameters[iparam+2] ;
673       iparam += 3 ;
674       efit[iDigit] += epar * ShowerShape(xDigit - xpar,zDigit - zpar) ;
675     }
676   }
677
678
679   // Now create new RecPoints and fill energy lists with efit corrected to fluctuations
680   // so that energy deposited in each cell is distributed between new clusters proportionally
681   // to its contribution to efit
682
683   Float_t * energiesList = iniTower->GetEnergiesList() ;
684   Float_t ratio ;
685
686   iparam = 0 ;
687   while(iparam < nPar ){
688     xpar = fitparameters[iparam] ;
689     zpar = fitparameters[iparam+1] ;
690     epar = fitparameters[iparam+2] ;
691     iparam += 3 ;
692
693     AliEMCALRecPoint * recPoint = 0 ;
694
695     if(fNumberOfECAClusters >= fRecPoints->GetSize())
696       fRecPoints->Expand(2*fNumberOfECAClusters) ;
697
698     (*fRecPoints)[fNumberOfECAClusters] = new AliEMCALRecPoint("") ;
699     recPoint = dynamic_cast<AliEMCALRecPoint *>( fRecPoints->At(fNumberOfECAClusters) ) ;
700     fNumberOfECAClusters++ ;
701     recPoint->SetNExMax((Int_t)nPar/3) ;
702
703     Float_t eDigit ;
704     for(iDigit = 0 ; iDigit < nDigits ; iDigit ++){
705       digit = dynamic_cast<AliEMCALDigit*>( fDigitsArr->At( digitsList[iDigit] ) ) ;
706       fGeom->RelPosCellInSModule(digit->GetId(), yDigit, xDigit, zDigit);
707
708       ratio = epar * ShowerShape(xDigit - xpar,zDigit - zpar) / efit[iDigit] ;
709       eDigit = energiesList[iDigit] * ratio ;
710       recPoint->AddDigit( *digit, eDigit ) ;
711     }
712   }
713
714   delete[] fitparameters ;
715   delete[] efit ;
716
717 }
718
719 //_____________________________________________________________________________
720 void AliEMCALClusterizerv1::UnfoldingChiSquare(Int_t & nPar, Double_t * Grad,
721                                                Double_t & fret,
722                                                Double_t * x, Int_t iflag)
723 {
724   // Calculates the Chi square for the cluster unfolding minimization
725   // Number of parameters, Gradient, Chi squared, parameters, what to do
726
727   TList * toMinuit = dynamic_cast<TList*>( gMinuit->GetObjectFit() ) ;
728
729   AliEMCALRecPoint * recPoint = dynamic_cast<AliEMCALRecPoint*>( toMinuit->At(0) )  ;
730   TClonesArray * digits = dynamic_cast<TClonesArray*>( toMinuit->At(1) )  ;
731   // A bit buggy way to get an access to the geometry
732   // To be revised!
733   AliEMCALGeometry *geom = dynamic_cast<AliEMCALGeometry *>(toMinuit->At(2));
734
735   Int_t * digitsList     = recPoint->GetDigitsList() ;
736
737   Int_t nOdigits = recPoint->GetDigitsMultiplicity() ;
738
739   Float_t * energiesList = recPoint->GetEnergiesList() ;
740
741   fret = 0. ;
742   Int_t iparam ;
743
744   if(iflag == 2)
745     for(iparam = 0 ; iparam < nPar ; iparam++)
746       Grad[iparam] = 0 ; // Will evaluate gradient
747
748   Double_t efit ;
749
750   AliEMCALDigit * digit ;
751   Int_t iDigit ;
752
753   for( iDigit = 0 ; iDigit < nOdigits ; iDigit++) {
754
755     digit = dynamic_cast<AliEMCALDigit*>( digits->At( digitsList[iDigit] ) );
756
757     Double_t xDigit=0 ;
758     Double_t zDigit=0 ;
759     Double_t yDigit=0 ;//not used yet, assumed to be 0
760
761     geom->RelPosCellInSModule(digit->GetId(), yDigit, xDigit, zDigit);
762
763     if(iflag == 2){  // calculate gradient
764       Int_t iParam = 0 ;
765       efit = 0 ;
766       while(iParam < nPar ){
767         Double_t dx = (xDigit - x[iParam]) ;
768         iParam++ ;
769         Double_t dz = (zDigit - x[iParam]) ;
770         iParam++ ;
771         efit += x[iParam] * ShowerShape(dx,dz) ;
772         iParam++ ;
773       }
774       Double_t sum = 2. * (efit - energiesList[iDigit]) / energiesList[iDigit] ; // Here we assume, that sigma = sqrt(E)
775       iParam = 0 ;
776       while(iParam < nPar ){
777         Double_t xpar = x[iParam] ;
778         Double_t zpar = x[iParam+1] ;
779         Double_t epar = x[iParam+2] ;
780         Double_t dr = TMath::Sqrt( (xDigit - xpar) * (xDigit - xpar) + (zDigit - zpar) * (zDigit - zpar) );
781         Double_t shape = sum * ShowerShape(xDigit - xpar,zDigit - zpar) ;
782         Double_t r133 =  TMath::Power(dr, 1.33);
783         Double_t r669 = TMath::Power(dr,6.69);
784         Double_t deriv =-1.33 * TMath::Power(dr,0.33)*dr * ( 1.57 / ( (1.57 + 0.0860 * r133) * (1.57 + 0.0860 * r133) )
785                                                              - 0.55 / (1 + 0.000563 * r669) / ( (1 + 0.000563 * r669) * (1 + 0.000563 * r669) ) ) ;
786
787         Grad[iParam] += epar * shape * deriv * (xpar - xDigit) ;  // Derivative over x
788         iParam++ ;
789         Grad[iParam] += epar * shape * deriv * (zpar - zDigit) ;  // Derivative over z
790         iParam++ ;
791         Grad[iParam] += shape ;                                  // Derivative over energy
792         iParam++ ;
793       }
794     }
795     efit = 0;
796     iparam = 0 ;
797
798
799     while(iparam < nPar ){
800       Double_t xpar = x[iparam] ;
801       Double_t zpar = x[iparam+1] ;
802       Double_t epar = x[iparam+2] ;
803       iparam += 3 ;
804       efit += epar * ShowerShape(xDigit - xpar,zDigit - zpar) ;
805     }
806
807     fret += (efit-energiesList[iDigit])*(efit-energiesList[iDigit])/energiesList[iDigit] ;
808     // Here we assume, that sigma = sqrt(E) 
809   }
810 }
811 //____________________________________________________________________________
812 void AliEMCALClusterizerv1::Print(Option_t * /*option*/)const
813 {
814   // Print clusterizer parameters
815
816   TString message("\n") ; 
817   
818   if( strcmp(GetName(), "") !=0 ){
819     
820     // Print parameters
821  
822     TString taskName(Version()) ;
823     
824     printf("--------------- "); 
825     printf("%s",taskName.Data()) ; 
826     printf(" "); 
827     printf("Clusterizing digits: "); 
828     printf("\n                       ECA Local Maximum cut    = %f", fECALocMaxCut); 
829     printf("\n                       ECA Logarithmic weight   = %f", fECAW0); 
830     if(fToUnfold)
831       printf("\nUnfolding on\n");
832     else
833       printf("\nUnfolding off\n");
834     
835     printf("------------------------------------------------------------------"); 
836   }
837   else
838     printf("AliEMCALClusterizerv1 not initialized ") ;
839 }
840
841 //____________________________________________________________________________
842 void AliEMCALClusterizerv1::PrintRecPoints(Option_t * option)
843 {
844   // Prints list of RecPoints produced at the current pass of AliEMCALClusterizer
845   if(strstr(option,"deb")) {
846     printf("PrintRecPoints: Clusterization result:") ; 
847   
848     printf("           Found %d ECA Rec Points\n ", 
849          fRecPoints->GetEntriesFast()) ; 
850   }
851
852   if(strstr(option,"all")) {
853     if(strstr(option,"deb")) {
854       printf("\n-----------------------------------------------------------------------\n") ;
855       printf("Clusters in ECAL section\n") ;
856       printf("Index    Ene(GeV) Multi Module     GX    GY   GZ  lX    lY   lZ   Dispersion Lambda 1   Lambda 2  # of prim  Primaries list\n") ;
857     }
858    Int_t index =0;
859
860     for (index = 0 ; index < fRecPoints->GetEntries() ; index++) {
861       AliEMCALRecPoint * rp = dynamic_cast<AliEMCALRecPoint * >(fRecPoints->At(index)) ; 
862       TVector3  globalpos;  
863       //rp->GetGlobalPosition(globalpos);
864       TVector3  localpos;  
865       rp->GetLocalPosition(localpos);
866       Float_t lambda[2]; 
867       rp->GetElipsAxis(lambda);
868       Int_t * primaries; 
869       Int_t nprimaries;
870       primaries = rp->GetPrimaries(nprimaries);
871       if(strstr(option,"deb")) 
872       printf("\n%6d  %8.4f  %3d     %4.1f    %4.1f %4.1f  %4.1f %4.1f %4.1f    %4.1f   %4f  %4f    %2d     : ", 
873              rp->GetIndexInList(), rp->GetEnergy(), rp->GetMultiplicity(),
874              globalpos.X(), globalpos.Y(), globalpos.Z(), localpos.X(), localpos.Y(), localpos.Z(), 
875              rp->GetDispersion(), lambda[0], lambda[1], nprimaries) ; 
876       if(strstr(option,"deb")){ 
877         for (Int_t iprimary=0; iprimary<nprimaries; iprimary++) {
878           printf("%d ", primaries[iprimary] ) ; 
879         }
880       }
881     }
882
883     if(strstr(option,"deb"))
884     printf("\n-----------------------------------------------------------------------\n");
885   }
886 }
887
888 //___________________________________________________________________
889 void  AliEMCALClusterizerv1::PrintRecoInfo()
890 {
891   printf(" AliEMCALClusterizerv1::PrintRecoInfo() : version %s \n", Version() );
892
893 }