change definition of TRU fitter, remove unneeded class dependencies
[u/mrichter/AliRoot.git] / EMCAL / AliEMCALDigitizer.cxx
1 /**************************************************************************
2  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
3  *                                                                        *
4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
6  *                                                                        *
7  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
9  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
10  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
11  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
12  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
14  **************************************************************************/
15
16 /* $Id$ */
17
18 //_________________________________________________________________________
19 // 
20 //////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
21 // Class performs digitization of Summable digits from simulated data
22 //  
23 // In addition it performs mixing/embedding of summable digits from different events.
24 //
25 // For each event 3 branches are created in TreeD:
26 //   "EMCAL" - list of digits
27 //   "EMCALTRG" - list of trigger digits
28 //   "AliEMCALDigitizer" - AliEMCALDigitizer with all parameters used in digitization
29 //
30 //
31 ////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
32 //
33 //*-- Author: Sahal Yacoob (LBL)
34 // based on : AliEMCALDigitizer
35 // Modif: 
36 //  August 2002 Yves Schutz: clone PHOS as closely as possible and intoduction
37 //                           of new IO (a la PHOS)
38 //  November 2003 Aleksei Pavlinov : adopted for Shish-Kebab geometry 
39 //  July 2011 GCB: Digitizer modified to accomodate embedding. 
40 //                 Time calibration added. Decalibration possibility of energy and time added
41 //_________________________________________________________________________________
42
43 // --- ROOT system ---
44 #include <TROOT.h>
45 #include <TTree.h>
46 #include <TSystem.h>
47 #include <TBenchmark.h>
48 #include <TBrowser.h>
49 #include <TObjectTable.h>
50 #include <TRandom.h>
51 #include <TF1.h>
52 #include <cassert>
53
54 // --- AliRoot header files ---
55 #include "AliLog.h"
56 #include "AliRun.h"
57 #include "AliDigitizationInput.h"
58 #include "AliRunLoader.h"
59 #include "AliCDBManager.h"
60 #include "AliCDBEntry.h"
61 #include "AliEMCALDigit.h"
62 #include "AliEMCAL.h"
63 #include "AliEMCALLoader.h"
64 #include "AliEMCALDigitizer.h"
65 #include "AliEMCALSDigitizer.h"
66 #include "AliEMCALGeometry.h"
67 #include "AliEMCALCalibData.h"
68 #include "AliEMCALSimParam.h"
69 #include "AliEMCALRawDigit.h"
70 #include "AliCaloCalibPedestal.h"
71
72   namespace
73   {
74     Double_t HeavisideTheta(Double_t x)
75     {
76       Double_t signal = 0.;
77       
78       if (x > 0.) signal = 1.;  
79       
80       return signal;  
81     }
82     
83     Double_t AnalogFastORFunction(Double_t *x, Double_t *par)
84     {
85       Double_t v0 = par[0];
86       Double_t t0 = par[1];
87       Double_t tr = par[2];
88       
89       Double_t R1 = 1000.;
90       Double_t C1 = 33e-12;
91       Double_t R2 = 1800;
92       Double_t C2 = 22e-12;
93       
94       Double_t t  =   x[0];
95       
96       return (((0.8*(-((TMath::Power(C1,2)*C2*TMath::Power(TMath::E(),(-t + t0)/(C1*R1))*
97                         TMath::Power(R1,2)*R2)/(C1*R1 - C2*R2)) + 
98                      C1*C2*R1*R2*(1 - (C2*TMath::Power(TMath::E(),(-t + t0)/(C2*R2))*R2)/(-(C1*R1) + C2*R2)))*v0*
99                 HeavisideTheta(t - t0))/tr 
100                - (0.8*(C1*C2*R1*R2 - 
101                        (TMath::Power(C1,2)*C2*TMath::Power(TMath::E(),(-1.*t + t0 + 1.25*tr)/(C1*R1))*
102                         TMath::Power(R1,2)*R2)/(C1*R1 - C2*R2) + 
103                        (C1*TMath::Power(C2,2)*TMath::Power(TMath::E(),(-1.*t + t0 + 1.25*tr)/(C2*R2))*
104                         R1*TMath::Power(R2,2))/(C1*R1 - C2*R2))*v0*
105                   HeavisideTheta(t - t0 - 1.25*tr))/tr)/(C2*R1));
106     }
107   }
108
109 ClassImp(AliEMCALDigitizer)
110   
111   
112 //____________________________________________________________________________ 
113 AliEMCALDigitizer::AliEMCALDigitizer()
114   : AliDigitizer("",""),
115     fDefaultInit(kTRUE),
116     fDigitsInRun(0),
117     fInit(0),
118     fInput(0),
119     fInputFileNames(0x0),
120     fEventNames(0x0),
121     fDigitThreshold(0),
122     fMeanPhotonElectron(0),
123     fGainFluctuations(0),
124     fPinNoise(0),
125     fTimeNoise(0),
126     fTimeDelay(0),
127     fTimeResolutionPar0(0),
128     fTimeResolutionPar1(0),
129     fADCchannelEC(0),
130     fADCpedestalEC(0),
131     fADCchannelECDecal(0),
132     fTimeChannel(0),
133     fTimeChannelDecal(0),
134     fNADCEC(0),
135     fEventFolderName(""),
136     fFirstEvent(0),
137     fLastEvent(0),
138     fCalibData(0x0),
139     fSDigitizer(0x0)
140 {
141   // ctor
142   InitParameters() ; 
143   fDigInput = 0 ;                     // We work in the standalone mode
144 }
145
146 //____________________________________________________________________________ 
147 AliEMCALDigitizer::AliEMCALDigitizer(TString alirunFileName, TString eventFolderName)
148   : AliDigitizer("EMCALDigitizer", alirunFileName),
149     fDefaultInit(kFALSE),
150     fDigitsInRun(0),
151     fInit(0),
152     fInput(0),
153     fInputFileNames(0), 
154     fEventNames(0), 
155     fDigitThreshold(0),
156     fMeanPhotonElectron(0),
157     fGainFluctuations(0),
158     fPinNoise(0),
159     fTimeNoise(0),
160     fTimeDelay(0),
161     fTimeResolutionPar0(0),
162     fTimeResolutionPar1(0),
163     fADCchannelEC(0),
164     fADCpedestalEC(0),
165     fADCchannelECDecal(0),
166     fTimeChannel(0),
167     fTimeChannelDecal(0),
168     fNADCEC(0),
169     fEventFolderName(eventFolderName),
170     fFirstEvent(0),
171     fLastEvent(0),
172     fCalibData(0x0),
173     fSDigitizer(0x0)
174 {
175   // ctor
176   InitParameters() ; 
177   Init() ;
178   fDigInput = 0 ;                     // We work in the standalone mode
179 }
180
181 //____________________________________________________________________________ 
182 AliEMCALDigitizer::AliEMCALDigitizer(const AliEMCALDigitizer & d) 
183   : AliDigitizer(d.GetName(),d.GetTitle()),
184     fDefaultInit(d.fDefaultInit),
185     fDigitsInRun(d.fDigitsInRun),
186     fInit(d.fInit),
187     fInput(d.fInput),
188     fInputFileNames(d.fInputFileNames),
189     fEventNames(d.fEventNames),
190     fDigitThreshold(d.fDigitThreshold),
191     fMeanPhotonElectron(d.fMeanPhotonElectron),
192     fGainFluctuations(d.fGainFluctuations),
193     fPinNoise(d.fPinNoise),
194     fTimeNoise(d.fTimeNoise),
195     fTimeDelay(d.fTimeDelay),
196     fTimeResolutionPar0(d.fTimeResolutionPar0),
197     fTimeResolutionPar1(d.fTimeResolutionPar1),
198     fADCchannelEC(d.fADCchannelEC),
199     fADCpedestalEC(d.fADCpedestalEC),
200     fADCchannelECDecal(d.fADCchannelECDecal),
201     fTimeChannel(d.fTimeChannel), fTimeChannelDecal(d.fTimeChannelDecal),
202     fNADCEC(d.fNADCEC),
203     fEventFolderName(d.fEventFolderName),
204     fFirstEvent(d.fFirstEvent),
205     fLastEvent(d.fLastEvent),
206     fCalibData(d.fCalibData),
207     fSDigitizer(d.fSDigitizer ? new AliEMCALSDigitizer(*d.fSDigitizer) : 0)
208 {
209   // copyy ctor 
210 }
211
212 //____________________________________________________________________________ 
213 AliEMCALDigitizer::AliEMCALDigitizer(AliDigitizationInput * rd)
214   : AliDigitizer(rd,"EMCALDigitizer"),
215     fDefaultInit(kFALSE),
216     fDigitsInRun(0),
217     fInit(0),
218     fInput(0),
219     fInputFileNames(0),
220     fEventNames(0),
221     fDigitThreshold(0),
222     fMeanPhotonElectron(0),
223     fGainFluctuations(0),
224     fPinNoise(0.),
225     fTimeNoise(0.),
226     fTimeDelay(0.),
227     fTimeResolutionPar0(0.),
228     fTimeResolutionPar1(0.),
229     fADCchannelEC(0),
230     fADCpedestalEC(0),
231     fADCchannelECDecal(0),
232     fTimeChannel(0),
233     fTimeChannelDecal(0),    
234     fNADCEC(0),
235     fEventFolderName(0),
236     fFirstEvent(0),
237     fLastEvent(0),
238     fCalibData(0x0),
239     fSDigitizer(0x0)
240 {
241   // ctor Init() is called by RunDigitizer
242   fDigInput = rd ; 
243   fEventFolderName = fDigInput->GetInputFolderName(0) ;
244   SetTitle(dynamic_cast<AliStream*>(fDigInput->GetInputStream(0))->GetFileName(0));
245   InitParameters() ; 
246 }
247
248 //____________________________________________________________________________ 
249   AliEMCALDigitizer::~AliEMCALDigitizer()
250 {
251   //dtor
252   delete [] fInputFileNames ; 
253   delete [] fEventNames ; 
254   if (fSDigitizer) delete fSDigitizer;
255 }
256
257 //____________________________________________________________________________
258 void AliEMCALDigitizer::Digitize(Int_t event)
259 {
260   // Makes the digitization of the collected summable digits
261   // for this it first creates the array of all EMCAL modules
262   // filled with noise and after that adds contributions from
263   // SDigits. This design helps to avoid scanning over the
264   // list of digits to add  contribution of any new SDigit.
265   //
266   // JLK 26-Jun-2008
267   // Note that SDigit energy info is stored as an amplitude, so we
268   // must call the Calibrate() method of the SDigitizer to convert it
269   // back to an energy in GeV before adding it to the Digit
270   //
271   
272   AliRunLoader *rl = AliRunLoader::Instance();
273   AliEMCALLoader *emcalLoader = dynamic_cast<AliEMCALLoader*>(rl->GetDetectorLoader("EMCAL"));
274   
275   if(!emcalLoader)
276   {
277     AliFatal("EMCALLoader is NULL!") ;
278     return; // not needed but in case coverity complains ...
279   }
280   
281   Int_t readEvent = event ;
282   if (fDigInput) // fDigInput is data member from AliDigitizer
283     readEvent = dynamic_cast<AliStream*>(fDigInput->GetInputStream(0))->GetCurrentEventNumber() ;
284   AliDebug(1,Form("Adding event %d from input stream 0 %s %s",
285                   readEvent, GetTitle(), fEventFolderName.Data())) ;
286   rl->GetEvent(readEvent);
287   
288   TClonesArray * digits = emcalLoader->Digits() ;
289   digits->Delete() ;  //correct way to clear array when memory is
290   //allocated by objects stored in array
291   
292   // Load Geometry
293   if (!rl->GetAliRun())
294   {
295     AliFatal("Could not get AliRun from runLoader");
296     return; // not needed but in case coverity complains ...
297   }
298   
299   AliEMCAL * emcal  = (AliEMCAL*)rl->GetAliRun()->GetDetector("EMCAL");
300   AliEMCALGeometry *geom = emcal->GetGeometry();
301   static int nEMC = geom->GetNCells();//max number of digits possible
302   AliDebug(1,Form("nEMC %i (number cells in EMCAL) | %s \n", nEMC, geom->GetName()));
303   
304   digits->Expand(nEMC) ;
305   
306   // RS create a digitizer on the fly
307   if (!fSDigitizer) fSDigitizer = new AliEMCALSDigitizer(rl->GetFileName().Data());
308   fSDigitizer->SetEventRange(0, -1) ;
309   
310   //-------------------------------------------------------
311   //take all the inputs to add together and load the SDigits
312   TObjArray * sdigArray = new TObjArray(fInput) ;
313   sdigArray->AddAt(emcalLoader->SDigits(), 0) ;
314   
315   Int_t i ;
316   Int_t embed = kFALSE;
317   for(i = 1 ; i < fInput ; i++)
318   {
319     TString tempo(fEventNames[i]) ;
320     tempo += i ;
321     
322     AliRunLoader *  rl2 = AliRunLoader::GetRunLoader(tempo) ;
323     
324     if (!rl2)
325       rl2 = AliRunLoader::Open(fInputFileNames[i], tempo) ;
326     
327     if(!rl2)
328     {
329       AliFatal("Run Loader of second event not available!");
330       return; // not needed but in case coverity complains ...
331     }
332     
333     if (fDigInput)
334       readEvent = dynamic_cast<AliStream*>(fDigInput->GetInputStream(i))->GetCurrentEventNumber() ;
335     
336     Info("Digitize", "Adding event %d from input stream %d %s %s", readEvent, i, fInputFileNames[i].Data(), tempo.Data()) ;
337     
338     rl2->LoadSDigits();
339     //     rl2->LoadDigits();
340     rl2->GetEvent(readEvent);
341     
342     if(!rl2->GetDetectorLoader("EMCAL"))
343     {
344       AliFatal("Loader of second input not found");
345       return; // not needed but in case coverity complains ...
346     }
347     
348     AliEMCALLoader *emcalLoader2 = dynamic_cast<AliEMCALLoader*>(rl2->GetDetectorLoader("EMCAL"));
349     
350     if(!emcalLoader2)
351     {
352       AliFatal("EMCAL Loader of second event not available!");
353       return; // not needed but in case coverity complains ...
354     }
355
356     //Merge 2 simulated sdigits
357     if(!emcalLoader2->SDigits()) continue;
358     
359     TClonesArray* sdigits2 = emcalLoader2->SDigits();
360     sdigArray->AddAt(sdigits2, i) ;
361     
362     // Check if first sdigit is of embedded type, if so, handle the sdigits differently:
363     // do not smear energy of embedded, do not add noise to any sdigits
364     if( sdigits2->GetEntriesFast() <= 0 ) continue;
365     
366     //printf("Merged digit type: %d\n",dynamic_cast<AliEMCALDigit*> (sdigits2->At(0))->GetType());
367     AliEMCALDigit * digit2 = dynamic_cast<AliEMCALDigit*> (sdigits2->At(0));
368     if( digit2 && digit2->GetType()==AliEMCALDigit::kEmbedded ) embed = kTRUE;
369     
370   }// input loop
371   
372   //--------------------------------
373   //Find the first tower with signal
374   Int_t nextSig = nEMC + 1 ;
375   TClonesArray * sdigits ;
376   for(i = 0 ; i < fInput ; i++)
377   {
378     if(i > 0 && embed) continue;
379     
380     sdigits = dynamic_cast<TClonesArray *>(sdigArray->At(i)) ;
381     if(!sdigits)
382     {
383       AliDebug(1,"Null sdigit pointer");
384       continue;
385     }
386     
387     if (sdigits->GetEntriesFast() <= 0 )
388     {
389       AliDebug(1, "No sdigits entries");
390       continue;
391     }
392     
393     AliEMCALDigit *sd = dynamic_cast<AliEMCALDigit *>(sdigits->At(0));
394     if(!sd)
395     {
396       AliDebug(1, "NULL sdigit pointer");
397       continue;
398     }
399     
400     Int_t curNext = sd->GetId() ;
401     if(curNext < nextSig)
402     nextSig = curNext ;
403     AliDebug(1,Form("input %i : #sdigits %i \n",i, sdigits->GetEntriesFast()));
404     
405   }// input loop
406   
407   AliDebug(1,Form("FIRST tower with signal %i \n", nextSig));
408   
409   TArrayI index(fInput) ;
410   index.Reset() ;  //Set all indexes to zero
411   
412   AliEMCALDigit * digit ;
413   AliEMCALDigit * curSDigit ;
414   
415   //---------------------------------------------
416   //Put Noise contribution, smear time and energy
417   Float_t timeResolution = 0;
418   Int_t absID = -1 ;
419   for(absID = 0; absID < nEMC; absID++)
420   { // Nov 30, 2006 by PAI; was from 1 to nEMC
421     
422     if (IsDead(absID)) continue; // Don't instantiate dead digits
423     
424     Float_t energy = 0 ;
425     
426     // amplitude set to zero, noise will be added later
427     Float_t noiseTime = 0.;
428     if(!embed) noiseTime = TimeOfNoise(); //No need for embedded events?
429     new((*digits)[absID]) AliEMCALDigit( -1, -1, absID, 0., noiseTime,kFALSE); // absID-1->absID
430     //look if we have to add signal?
431     digit = dynamic_cast<AliEMCALDigit *>(digits->At(absID)); // absID-1->absID
432     
433     if (!digit)
434     {
435       AliDebug(1,"Digit pointer is null");
436       continue;
437     }
438     
439     if(absID==nextSig)
440     {
441       // Calculate time as time of the largest digit
442       Float_t time = digit->GetTime() ;
443       Float_t aTime= digit->GetAmplitude() ;
444       
445       // loop over input
446       Int_t nInputs = fInput;
447       if(embed) nInputs = 1; // In case of embedding, merge later real digits, do not smear energy and time of data
448       for(i = 0; i< nInputs ; i++)
449       {
450         //loop over (possible) merge sources
451         TClonesArray* sdtclarr = dynamic_cast<TClonesArray *>(sdigArray->At(i));
452         if(sdtclarr)
453         {
454           Int_t sDigitEntries = sdtclarr->GetEntriesFast();
455           
456           if(sDigitEntries > index[i] ) curSDigit = dynamic_cast<AliEMCALDigit*>(sdtclarr->At(index[i])) ;
457           else                          curSDigit = 0 ;
458           
459           //May be several digits will contribute from the same input
460           while(curSDigit && (curSDigit->GetId() == absID))
461           {
462             //Shift primary to separate primaries belonging different inputs
463             Int_t primaryoffset = i ;
464             if(fDigInput) primaryoffset = fDigInput->GetMask(i) ;
465             curSDigit->ShiftPrimary(primaryoffset) ;
466             
467             if(curSDigit->GetAmplitude()>aTime)
468             {
469               aTime = curSDigit->GetAmplitude();
470               time  = curSDigit->GetTime();
471             }
472             
473             *digit = *digit + *curSDigit ;  //adds amplitudes of each digit
474             
475             index[i]++ ;
476             
477             if( sDigitEntries > index[i] ) curSDigit = dynamic_cast<AliEMCALDigit*>(sdtclarr->At(index[i])) ;
478             else                           curSDigit = 0 ;
479           }// while
480         }// source exists
481       }// loop over merging sources
482       
483       //Here we convert the summed amplitude to an energy in GeV only for simulation or mixing of simulations
484       energy = fSDigitizer->Calibrate(digit->GetAmplitude()) ; // GeV
485       
486       // add fluctuations for photo-electron creation
487       // corrected fluctuations after comparison with beam test, Paraskevi Ganoti (06/11/2011)
488       Float_t fluct = static_cast<Float_t>((energy*fMeanPhotonElectron)/fGainFluctuations);
489       energy       *= static_cast<Float_t>(gRandom->Poisson(fluct)) / fluct ;
490       
491       //calculate and set time
492       digit->SetTime(time) ;
493       
494       //Find next signal module
495       nextSig = nEMC + 1 ;
496       for(i = 0 ; i < nInputs ; i++)
497       {
498         sdigits = dynamic_cast<TClonesArray *>(sdigArray->At(i)) ;
499         
500         if(sdigits)
501         {
502           Int_t curNext = nextSig ;
503           if(sdigits->GetEntriesFast() > index[i])
504           {
505             AliEMCALDigit * tmpdigit = dynamic_cast<AliEMCALDigit *>(sdigits->At(index[i]));
506             if ( tmpdigit ) curNext = tmpdigit->GetId() ;
507           }
508           
509           if(curNext < nextSig) nextSig = curNext ;
510         }// sdigits exist
511       } // input loop
512       
513     }//absID==nextSig
514     
515     // add the noise now, no need for embedded events with real data
516     if(!embed)
517       energy += gRandom->Gaus(0., fPinNoise) ;
518     
519     // JLK 26-June-2008
520     //Now digitize the energy according to the fSDigitizer method,
521     //which merely converts the energy to an integer.  Later we will
522     //check that the stored value matches our allowed dynamic ranges
523     digit->SetAmplitude(fSDigitizer->Digitize(energy)) ;
524     
525     //Set time resolution with final energy
526     timeResolution = GetTimeResolution(energy);
527     digit->SetTime(gRandom->Gaus(digit->GetTime(),timeResolution) ) ;
528     AliDebug(10,Form(" absID %5i energy %f nextSig %5i\n",
529                      absID, energy, nextSig));
530     //Add delay to time
531     digit->SetTime(digit->GetTime()+fTimeDelay) ;
532     
533   } // for(absID = 0; absID < nEMC; absID++)
534   
535   //---------------------------------------------------------
536   //Embed simulated amplitude (and time?) to real data digits
537   if ( embed )
538   {
539     for(Int_t input = 1; input<fInput; input++)
540     {
541       TClonesArray *realDigits = dynamic_cast<TClonesArray*> (sdigArray->At(input));
542       if(!realDigits)
543       {
544         AliDebug(1,"No sdigits to merge\n");
545         continue;
546       }
547       
548       for(Int_t i2 = 0 ; i2 < realDigits->GetEntriesFast() ; i2++)
549       {
550         AliEMCALDigit * digit2 = dynamic_cast<AliEMCALDigit*>( realDigits->At(i2) ) ;
551         if ( !digit2 ) continue;
552       
553         digit = dynamic_cast<AliEMCALDigit*>( digits->At(digit2->GetId()) ) ;
554         if ( !digit ) continue;
555         
556         // Put the embedded cell energy in same units as simulated sdigits -> transform to energy units
557         // and multiply to get a big int.
558         Float_t time2 = digit2->GetTime();
559         Float_t e2    = digit2->GetAmplitude();
560         CalibrateADCTime(e2,time2,digit2->GetId());
561         Float_t amp2  = fSDigitizer->Digitize(e2);
562         
563         Float_t e0    = digit ->GetAmplitude();
564         if(e0>0.01)
565           AliDebug(1,Form("digit 1: Abs ID %d, amp %f, type %d, time %e; digit2: Abs ID %d, amp %f, type %d, time %e\n",
566                           digit ->GetId(),digit ->GetAmplitude(), digit ->GetType(), digit->GetTime(),
567                           digit2->GetId(),amp2,                   digit2->GetType(), time2           ));
568         
569         // Sum amplitudes, change digit amplitude
570         digit->SetAmplitude( digit->GetAmplitude() + amp2);
571         
572         // Rough assumption, assign time of the largest of the 2 digits,
573         // data or signal to the final digit.
574         if(amp2 > digit->GetAmplitude())  digit->SetTime(time2);
575         
576         //Mark the new digit as embedded
577         digit->SetType(AliEMCALDigit::kEmbedded);
578         
579         if(digit2->GetAmplitude()>0.01 && e0> 0.01 )
580           AliDebug(1,Form("Embedded digit: Abs ID %d, amp %f, type %d\n",
581                           digit->GetId(), digit->GetAmplitude(), digit->GetType()));
582       }//loop digit 2
583     }//input loop
584   }//embed
585   
586   //JLK is it better to call Clear() here?
587   delete sdigArray ; //We should not delete its contents
588   
589   //------------------------------
590   //remove digits below thresholds
591   // until 10-02-2010 remove digits with energy smaller than fDigitThreshold 3*fPinNoise
592   // now, remove digits with Digitized ADC smaller than fDigitThreshold = 3,
593   // before merge in the same loop real data digits if available
594   Float_t energy = 0;
595   Float_t time   = 0;
596   for(i = 0 ; i < nEMC ; i++)
597   {
598     digit = dynamic_cast<AliEMCALDigit*>( digits->At(i) ) ;
599     if ( !digit ) continue;
600     
601     //Then get the energy in GeV units.
602     energy = fSDigitizer->Calibrate(digit->GetAmplitude()) ;
603     
604     //Then digitize using the calibration constants of the ocdb
605     Float_t ampADC = energy;
606     DigitizeEnergyTime(ampADC, time, digit->GetId())  ;
607     
608     if(ampADC < fDigitThreshold)
609       digits->RemoveAt(i) ;
610     
611   } // digit loop
612   
613   digits->Compress() ;
614   
615   Int_t ndigits = digits->GetEntriesFast() ;
616   
617   //---------------------------------------------------------------
618   //JLK 26-June-2008
619   //After we have done the summing and digitizing to create the
620   //digits, now we want to calibrate the resulting amplitude to match
621   //the dynamic range of our real data.
622   for (i = 0 ; i < ndigits ; i++)
623   {
624     digit = dynamic_cast<AliEMCALDigit *>( digits->At(i) ) ;
625     if( !digit ) continue ;
626     
627     digit->SetIndexInList(i) ;
628     
629     time   = digit->GetTime();
630     digit->SetTime(time);
631
632     energy = fSDigitizer->Calibrate(digit->GetAmplitude()) ;
633
634     Float_t ampADC = energy;
635     DigitizeEnergyTime(ampADC, time, digit->GetId());
636     
637     digit->SetAmplitude(ampADC) ;
638     // printf("digit amplitude set at end: i %d, amp %f\n",i,digit->GetAmplitude());
639   }//Digit loop
640   
641 }
642
643 //_____________________________________________________________________
644 void AliEMCALDigitizer::DigitizeEnergyTime(Float_t & energy, Float_t & time, const Int_t absId)
645 {
646   // JLK 26-June-2008
647   // Returns digitized value of the energy in a cell absId
648   // using the calibration constants stored in the OCDB
649   // or default values if no CalibData object is found.
650   // This effectively converts everything to match the dynamic range
651   // of the real data we will collect
652   //
653   // Load Geometry
654   const AliEMCALGeometry * geom = AliEMCALGeometry::GetInstance();
655   
656   if (geom==0)
657   {
658     AliFatal("Did not get geometry from EMCALLoader");
659     return;
660   }
661   
662   Int_t iSupMod = -1;
663   Int_t nModule = -1;
664   Int_t nIphi   = -1;
665   Int_t nIeta   = -1;
666   Int_t iphi    = -1;
667   Int_t ieta    = -1;
668   Bool_t bCell = geom->GetCellIndex(absId, iSupMod, nModule, nIphi, nIeta) ;
669   if(!bCell)
670   Error("DigitizeEnergyTime","Wrong cell id number : absId %i ", absId) ;
671   geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(iSupMod,nModule,nIphi, nIeta,iphi,ieta);
672   
673   if(fCalibData)
674   {
675     fADCpedestalEC     = fCalibData->GetADCpedestal     (iSupMod,ieta,iphi);
676     fADCchannelEC      = fCalibData->GetADCchannel      (iSupMod,ieta,iphi);
677     fADCchannelECDecal = fCalibData->GetADCchannelDecal (iSupMod,ieta,iphi);
678     fTimeChannel       = fCalibData->GetTimeChannel     (iSupMod,ieta,iphi,0); // Assign bunch crossing number equal to 0 (has simulation different bunch crossings?)
679     fTimeChannelDecal  = fCalibData->GetTimeChannelDecal(iSupMod,ieta,iphi);
680   }
681   
682   //Apply calibration to get ADC counts and partial decalibration as especified in OCDB
683   energy = (energy + fADCpedestalEC)/fADCchannelEC/fADCchannelECDecal   ;
684   time  += fTimeChannel-fTimeChannelDecal;
685   
686   if ( energy > fNADCEC ) energy =  fNADCEC ;
687 }
688
689 //_____________________________________________________________________
690 void AliEMCALDigitizer::DecalibrateTrigger(AliEMCALDigit *digit)
691 {
692   // Decalibrate, used in Trigger digits
693   
694   if ( !fCalibData ) return ;
695   
696   // Load Geometry
697   const AliEMCALGeometry *geom = AliEMCALGeometry::GetInstance();
698         
699   if (!geom)
700   {
701     AliFatal("Did not get geometry from EMCALLoader");
702     return;
703   }
704         
705   // Recover the digit location in row-column-SM
706   Int_t absId   = digit->GetId();
707   Int_t iSupMod = -1;
708   Int_t nModule = -1;
709   Int_t nIphi   = -1;
710   Int_t nIeta   = -1;
711   Int_t iphi    = -1;
712   Int_t ieta    = -1;
713         
714   Bool_t bCell = geom->GetCellIndex(absId, iSupMod, nModule, nIphi, nIeta) ;
715   if (!bCell) Error("Decalibrate","Wrong cell id number : absId %i ", absId) ;
716   
717   geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(iSupMod,nModule,nIphi, nIeta,iphi,ieta);
718         
719   // Now decalibrate
720   Float_t adcChannel       = fCalibData->GetADCchannel      (iSupMod,ieta,iphi);
721   Float_t adcChannelOnline = fCalibData->GetADCchannelOnline(iSupMod,ieta,iphi);
722   //printf("calib param for (SM%d,col%d,row%d): %1.4f - online param: %1.4f \n",iSupMod,ieta,iphi,adcChannel,adcChannelOnline);
723   Float_t factor = 1./(adcChannel/adcChannelOnline);
724   
725   *digit = *digit * factor;
726   
727 }
728
729 //_____________________________________________________________________
730 void AliEMCALDigitizer::CalibrateADCTime(Float_t & adc, Float_t & time, const Int_t absId)
731 {
732   // Returns the energy in a cell absId with a given adc value
733   // using the calibration constants stored in the OCDB. Time also corrected from parameter in OCDB
734   // Used in case of embedding, transform ADC counts from real event into energy
735   // so that we can add the energy of the simulated sdigits which are in energy
736   // units.
737   // Same as in AliEMCALClusterizer::Calibrate() but here we do not reject channels being marked as hot
738   // or with time out of window
739   
740   // Load Geometry
741   const AliEMCALGeometry * geom = AliEMCALGeometry::GetInstance();
742   
743   if (!geom)
744   {
745     AliFatal("Did not get geometry from EMCALLoader");
746     return;
747   }
748   
749   Int_t iSupMod = -1;
750   Int_t nModule = -1;
751   Int_t nIphi   = -1;
752   Int_t nIeta   = -1;
753   Int_t iphi    = -1;
754   Int_t ieta    = -1;
755   Bool_t bCell = geom->GetCellIndex(absId, iSupMod, nModule, nIphi, nIeta) ;
756   if(!bCell) Error("CalibrateADCTime","Wrong cell id number : absId %i ", absId) ;
757   geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(iSupMod,nModule,nIphi, nIeta,iphi,ieta);
758   
759   if(fCalibData)
760   {
761     fADCpedestalEC = fCalibData->GetADCpedestal(iSupMod,ieta,iphi);
762     fADCchannelEC  = fCalibData->GetADCchannel (iSupMod,ieta,iphi);
763     fTimeChannel   = fCalibData->GetTimeChannel(iSupMod,ieta,iphi,0);// Assign bunch crossing number equal to 0 (has simulation different bunch crossings?)
764   }
765   
766   adc   = adc * fADCchannelEC - fADCpedestalEC;
767   time -= fTimeChannel;
768   
769 }
770
771
772 //____________________________________________________________________________
773 void AliEMCALDigitizer::Digitize(Option_t *option)
774 {
775   // Steering method to process digitization for events
776   // in the range from fFirstEvent to fLastEvent.
777   // This range is optionally set by SetEventRange().
778   // if fLastEvent=-1, then process events until the end.
779   // by default fLastEvent = fFirstEvent (process only one event)
780   
781   if (!fInit)
782   { // to prevent overwrite existing file
783     Error( "Digitize", "Give a version name different from %s", fEventFolderName.Data() ) ;
784     return ;
785   }
786   
787   if (strstr(option,"print"))
788   {
789     Print();
790     return ;
791   }
792   
793   if(strstr(option,"tim"))
794     gBenchmark->Start("EMCALDigitizer");
795   
796   AliRunLoader *rl = AliRunLoader::Instance();
797   
798   AliEMCALLoader *emcalLoader = dynamic_cast<AliEMCALLoader*>(rl->GetDetectorLoader("EMCAL"));
799   if(!emcalLoader)
800   {
801     AliFatal("Did not get the  Loader");
802     return; // coverity
803   }
804   
805   if (fLastEvent == -1)
806     fLastEvent = rl->GetNumberOfEvents() - 1 ;
807   else if (fDigInput)
808     fLastEvent = fFirstEvent ; // what is this ??
809   
810   Int_t nEvents = fLastEvent - fFirstEvent + 1;
811   Int_t ievent  = -1;
812   
813   AliEMCAL * emcal = dynamic_cast<AliEMCAL*>(rl->GetAliRun()->GetDetector("EMCAL"));
814   if(!emcal)
815   {
816     AliFatal("Did not get the AliEMCAL pointer");
817     return; // coverity
818   }
819   
820   AliEMCALGeometry *geom = emcal->GetGeometry();
821   if(!geom)
822   {
823     AliFatal("Geometry pointer null");
824     return; // fix for coverity
825   }
826   
827   const Int_t nTRU = geom->GetNTotalTRU();
828   TClonesArray* digitsTMP = new TClonesArray("AliEMCALDigit",    nTRU*96);
829   TClonesArray* digitsTRG = new TClonesArray("AliEMCALRawDigit", nTRU*96);
830   
831   rl->LoadSDigits("EMCAL");
832   for (ievent = fFirstEvent; ievent <= fLastEvent; ievent++)
833   {
834     rl->GetEvent(ievent);
835     
836     Digitize(ievent) ; //Add prepared SDigits to digits and add the noise
837     
838     WriteDigits() ;
839     
840     //Trigger Digits
841     //-------------------------------------
842     
843     Digits2FastOR(digitsTMP, digitsTRG);
844     
845     WriteDigits(digitsTRG);
846     
847     (emcalLoader->TreeD())->Fill();
848     
849     emcalLoader->WriteDigits(   "OVERWRITE");
850     
851     Unload();
852     
853     digitsTRG  ->Delete();
854     digitsTMP  ->Delete();
855     
856     //-------------------------------------
857     
858     if(strstr(option,"deb"))
859       PrintDigits(option);
860     if(strstr(option,"table")) gObjectTable->Print();
861     
862     //increment the total number of Digits per run
863     fDigitsInRun += emcalLoader->Digits()->GetEntriesFast() ;
864   }//loop
865   
866   if(strstr(option,"tim"))
867   {
868     gBenchmark->Stop("EMCALDigitizer");
869     Float_t cputime   = gBenchmark->GetCpuTime("EMCALDigitizer");
870     Float_t avcputime = cputime;
871     if(nEvents==0) avcputime = 0 ;
872     AliInfo(Form("Digitize: took %f seconds for Digitizing %f seconds per event", cputime, avcputime)) ;
873   }
874 }
875
876 //__________________________________________________________________
877 Float_t AliEMCALDigitizer::GetTimeResolution(Float_t energy) const
878 {  
879   // Assign a smeared time to the digit, from observed distribution in LED system (?).
880   // From F. Blanco
881   Float_t res = -1;
882   if (energy > 0)
883   {
884     res = TMath::Sqrt(fTimeResolutionPar0 + 
885                       fTimeResolutionPar1/(energy*energy) );
886   }
887   // parametrization above is for ns. Convert to seconds:
888   return res*1e-9;
889 }
890
891 //____________________________________________________________________________
892 void AliEMCALDigitizer::Digits2FastOR(TClonesArray* digitsTMP, TClonesArray* digitsTRG)
893 {
894   // FEE digits afterburner to produce TRG digits
895   // we are only interested in the FEE digit deposited energy
896   // to be converted later into a voltage value
897   
898   // push the FEE digit to its associated FastOR (numbered from 0:95)
899   // TRU is in charge of summing module digits
900   
901   AliRunLoader *runLoader = AliRunLoader::Instance();
902   
903   AliEMCALLoader *emcalLoader = dynamic_cast<AliEMCALLoader*>(runLoader->GetDetectorLoader("EMCAL"));
904   if (!emcalLoader) AliFatal("Did not get the  Loader");
905   
906   const  AliEMCALGeometry* geom = AliEMCALGeometry::GetInstance();
907   if(!geom)
908   {
909     AliFatal("Geometry pointer null");
910     return; // fix for coverity
911   }
912   
913   // build FOR from simulated digits
914   // and xfer to the corresponding TRU input (mapping)
915   
916   TClonesArray* sdigits = emcalLoader->SDigits();
917   
918   TClonesArray *digits = (TClonesArray*)sdigits->Clone();
919   
920   AliDebug(999,Form("=== %d SDigits to trigger digits ===",digits->GetEntriesFast()));
921   
922   TIter NextDigit(digits);
923   while (AliEMCALDigit* digit = (AliEMCALDigit*)NextDigit())
924   {
925     if (IsDead(digit)) continue;
926     
927     DecalibrateTrigger(digit);
928     
929     Int_t id = digit->GetId();
930     
931     Int_t trgid;
932     if (geom->GetFastORIndexFromCellIndex(id , trgid))
933     {
934       AliDebug(1,Form("trigger digit id: %d from cell id: %d\n",trgid,id));
935       
936       AliEMCALDigit* d = static_cast<AliEMCALDigit*>(digitsTMP->At(trgid));
937       
938       if (!d)
939       {
940         new((*digitsTMP)[trgid]) AliEMCALDigit(*digit);
941         d = (AliEMCALDigit*)digitsTMP->At(trgid);
942         d->SetId(trgid);
943       }
944       else
945       {
946         *d = *d + *digit;
947       }
948     }
949   }
950   
951   if (AliDebugLevel()) printf("Number of TRG digits: %d\n",digitsTMP->GetEntriesFast());
952   
953   Int_t     nSamples = geom->GetNTotalTRU();
954   Int_t *timeSamples = new Int_t[nSamples];
955   
956   NextDigit = TIter(digitsTMP);
957   while (AliEMCALDigit* digit = (AliEMCALDigit*)NextDigit())
958   {
959     if (digit)
960     {
961       Int_t     id = digit->GetId();
962       Float_t time = 50.e-9;
963       
964       Double_t depositedEnergy = 0.;
965       for (Int_t j = 1; j <= digit->GetNprimary(); j++) depositedEnergy += digit->GetDEPrimary(j);
966       
967       if (AliDebugLevel()) printf("Deposited Energy: %f\n", depositedEnergy);
968       
969       // FIXME: Check digit time!
970       if (depositedEnergy) {
971         depositedEnergy += gRandom->Gaus(0., .08);
972         DigitalFastOR(time, depositedEnergy, timeSamples, nSamples);
973         
974         for (Int_t j=0;j<nSamples;j++) {
975           if (AliDebugLevel()) printf("timeSamples[%d]: %d\n",j,timeSamples[j]);
976           timeSamples[j] = ((j << 16) | (timeSamples[j] & 0xFFFF));
977         }
978         
979         new((*digitsTRG)[digitsTRG->GetEntriesFast()]) AliEMCALRawDigit(id, timeSamples, nSamples);
980         
981         if (AliDebugLevel()) ((AliEMCALRawDigit*)digitsTRG->At(digitsTRG->GetEntriesFast() - 1))->Print("");
982       }
983     }
984   }
985   
986   delete [] timeSamples;
987   
988   if (digits && digits->GetEntriesFast()) digits->Delete();
989 }
990
991 //____________________________________________________________________________
992 void AliEMCALDigitizer::DigitalFastOR( Double_t time, Double_t dE, Int_t timeSamples[], Int_t nSamples )
993 {
994   // parameters:
995   // id: 0..95
996   const Int_t    reso = 12;      // 11-bit resolution ADC
997   const Double_t vFSR = 2.;      // Full scale input voltage range 2V (p-p)
998 //const Double_t dNe  = 125;     // signal of the APD per MeV of energy deposit in a tower: 125 photo-e-/MeV @ M=30
999   const Double_t dNe  = 125/1.3; // F-ALTRO max V. FEE: factor 4
1000   const Double_t vA   = .136e-6; // CSP output range: 0.136uV/e-
1001   const Double_t rise = 50e-9;   // rise time (10-90%) of the FastOR signal before shaping
1002         
1003   const Double_t kTimeBinWidth = 25E-9; // sampling frequency (40MHz)
1004         
1005   Double_t vV = 1000. * dE * dNe * vA; // GeV 2 MeV
1006   
1007   TF1 signalF("signal", AnalogFastORFunction, 0, nSamples * kTimeBinWidth, 3);
1008   signalF.SetParameter( 0,   vV );
1009   signalF.SetParameter( 1, time ); // FIXME: when does the signal arrive? Might account for cable lengths
1010   signalF.SetParameter( 2, rise );
1011         
1012   for (Int_t iTime=0; iTime<nSamples; iTime++)
1013   {
1014     // FIXME: add noise (probably not simply Gaussian) according to DA measurements
1015     // probably plan an access to OCDB
1016     Double_t sig = signalF.Eval(iTime * kTimeBinWidth);
1017     if (TMath::Abs(sig) > vFSR/2.) {
1018       AliError("Signal overflow!");
1019       timeSamples[iTime] = (1 << reso) - 1;
1020     } else {
1021       AliDebug(999,Form("iTime: %d sig: %f\n",iTime,sig));
1022       timeSamples[iTime] = ((1 << reso) / vFSR) * sig + 0.5;
1023     }
1024   }
1025 }
1026
1027 //____________________________________________________________________________ 
1028 Bool_t AliEMCALDigitizer::Init()
1029 {
1030   // Makes all memory allocations
1031   fInit = kTRUE ; 
1032   AliEMCALLoader *emcalLoader = dynamic_cast<AliEMCALLoader*>(AliRunLoader::Instance()->GetDetectorLoader("EMCAL"));
1033   
1034   if ( emcalLoader == 0 ) {
1035     Fatal("Init", "Could not obtain the AliEMCALLoader");  
1036     return kFALSE;
1037   } 
1038   
1039   fFirstEvent = 0 ; 
1040   fLastEvent = fFirstEvent ; 
1041   
1042   if(fDigInput)
1043     fInput = fDigInput->GetNinputs() ; 
1044   else 
1045     fInput           = 1 ;
1046
1047   fInputFileNames  = new TString[fInput] ; 
1048   fEventNames      = new TString[fInput] ; 
1049   fInputFileNames[0] = GetTitle() ; 
1050   fEventNames[0]     = fEventFolderName.Data() ; 
1051   Int_t index ; 
1052   for (index = 1 ; index < fInput ; index++) {
1053     fInputFileNames[index] = dynamic_cast<AliStream*>(fDigInput->GetInputStream(index))->GetFileName(0); 
1054     TString tempo = fDigInput->GetInputFolderName(index) ;
1055     fEventNames[index] = tempo.Remove(tempo.Length()-1) ; // strip of the stream number added bt fDigInput 
1056   }
1057     
1058   //Calibration instance
1059   fCalibData = emcalLoader->CalibData();
1060   return fInit ;    
1061 }
1062
1063 //____________________________________________________________________________ 
1064 void AliEMCALDigitizer::InitParameters()
1065
1066   // Parameter initialization for digitizer
1067   
1068   // Get the parameters from the OCDB via the loader
1069   AliRunLoader *rl = AliRunLoader::Instance();
1070   AliEMCALLoader *emcalLoader = dynamic_cast<AliEMCALLoader*>(rl->GetDetectorLoader("EMCAL"));
1071   AliEMCALSimParam * simParam = 0x0;
1072   if(emcalLoader) simParam = emcalLoader->SimulationParameters();
1073         
1074   if(!simParam){
1075     simParam = AliEMCALSimParam::GetInstance();
1076     AliWarning("Simulation Parameters not available in OCDB?");
1077   }
1078   
1079   fMeanPhotonElectron = simParam->GetMeanPhotonElectron() ; // 4400;  // electrons per GeV 
1080   fGainFluctuations   = simParam->GetGainFluctuations()   ; // 15.0; 
1081   
1082   fPinNoise           = simParam->GetPinNoise();//0.012; // pin noise in GeV from analysis test beam data 
1083   if (fPinNoise < 0.0001 ) 
1084     Warning("InitParameters", "No noise added\n") ; 
1085   fTimeNoise          = simParam->GetTimeNoise(); // 1.28E-5 s
1086   fDigitThreshold     = simParam->GetDigitThreshold(); //fPinNoise * 3; // 3 * sigma
1087   fTimeResolutionPar0 = simParam->GetTimeResolutionPar0(); 
1088   fTimeResolutionPar1 = simParam->GetTimeResolutionPar1(); 
1089   fTimeDelay          = simParam->GetTimeDelay(); //600e-9 ; // 600 ns
1090   
1091   // These defaults are normally not used. 
1092   // Values are read from calibration database instead
1093   fADCchannelEC       = 0.0162; // Nominal value set online for most of the channels, MIP peak sitting at ~266./16/1024
1094   fADCpedestalEC      = 0.0 ;   // GeV
1095   fADCchannelECDecal  = 1.0;    // No decalibration by default
1096   fTimeChannel        = 0.0;    // No time calibration by default
1097   fTimeChannelDecal   = 0.0;    // No time decalibration by default
1098
1099   fNADCEC             = simParam->GetNADCEC();//(Int_t) TMath::Power(2,16) ;  // number of channels in Tower ADC - 65536
1100   
1101   AliDebug(2,Form("Mean Photon Electron %d, Gain Fluct. %2.1f; Noise: APD %f, Time %f; Digit Threshold %d,Time Resolution Par0 %g Par1 %g,NADCEC %d",
1102                   fMeanPhotonElectron, fGainFluctuations, fPinNoise,fTimeNoise, fDigitThreshold,fTimeResolutionPar0,fTimeResolutionPar1,fNADCEC));
1103   
1104 }
1105
1106 //__________________________________________________________________
1107 void AliEMCALDigitizer::Print1(Option_t * option)
1108 { // 19-nov-04 - just for convenience
1109   Print(); 
1110   PrintDigits(option);
1111 }
1112
1113 //__________________________________________________________________
1114 void AliEMCALDigitizer::Print (Option_t * ) const
1115 {
1116   // Print Digitizer's parameters
1117   printf("Print: \n------------------- %s -------------", GetName() ) ; 
1118   if( strcmp(fEventFolderName.Data(), "") != 0 ){
1119     printf(" Writing Digits to branch with title  %s\n", fEventFolderName.Data()) ;
1120     
1121     Int_t nStreams ; 
1122     if (fDigInput) 
1123       nStreams =  GetNInputStreams() ;
1124     else 
1125       nStreams = fInput ; 
1126     
1127     AliRunLoader *rl=0;
1128     
1129     Int_t index = 0 ;  
1130     for (index = 0 ; index < nStreams ; index++) {  
1131       TString tempo(fEventNames[index]) ; 
1132       tempo += index ;
1133       if ((rl = AliRunLoader::GetRunLoader(tempo)) == 0)
1134         rl = AliRunLoader::Open(fInputFileNames[index], tempo) ; 
1135       AliEMCALLoader *emcalLoader = dynamic_cast<AliEMCALLoader*>(rl->GetDetectorLoader("EMCAL"));
1136       if(emcalLoader){
1137         TString fileName( emcalLoader->GetSDigitsFileName() ) ; 
1138         if ( fEventNames[index] != AliConfig::GetDefaultEventFolderName()) // only if not the default folder name 
1139           fileName = fileName.ReplaceAll(".root", "") + "_" + fEventNames[index]  + ".root" ;
1140         printf ("Adding SDigits from %s %s\n", fInputFileNames[index].Data(), fileName.Data()) ; 
1141       }//loader
1142     }
1143     
1144     AliEMCALLoader *emcalLoader = dynamic_cast<AliEMCALLoader*>(AliRunLoader::Instance()->GetDetectorLoader("EMCAL"));
1145     
1146     if(emcalLoader) printf("\nWriting digits to %s", emcalLoader->GetDigitsFileName().Data()) ;
1147     else printf("\nNULL LOADER");
1148     
1149     printf("\nWith following parameters:\n") ;
1150     printf("    Electronics noise in EMC, APD (fPinNoise) = %f, Time = %f \n", fPinNoise, fTimeNoise) ;
1151     printf("    Threshold  in Tower  (fDigitThreshold) = %d\n", fDigitThreshold)  ;
1152     printf("---------------------------------------------------\n")  ;
1153   }
1154   else
1155     printf("Print: AliEMCALDigitizer not initialized") ; 
1156 }
1157
1158 //__________________________________________________________________
1159 void AliEMCALDigitizer::PrintDigits(Option_t * option)
1160 {
1161   //utility method for printing digit information
1162   
1163   AliEMCALLoader *emcalLoader = dynamic_cast<AliEMCALLoader*>(AliRunLoader::Instance()->GetDetectorLoader("EMCAL"));
1164   if(emcalLoader){
1165     TClonesArray * digits  = emcalLoader->Digits() ;
1166     TClonesArray * sdigits = emcalLoader->SDigits() ;
1167     
1168     printf("\n #Digits: %d : sdigits %d ", digits->GetEntriesFast(), sdigits->GetEntriesFast()) ; 
1169     printf("\n event %d", emcalLoader->GetRunLoader()->GetEventNumber());
1170     
1171     if(strstr(option,"all")){  
1172       //loop over digits
1173       AliEMCALDigit * digit;
1174       printf("\nEMC digits (with primaries):\n")  ;
1175       printf("\n   Id  Amplitude    Time          Index Nprim: Primaries list \n") ;    
1176       Int_t index ;
1177       for (index = 0 ; index < digits->GetEntries() ; index++) {
1178         digit = dynamic_cast<AliEMCALDigit *>(digits->At(index)) ;
1179         if(digit){
1180           printf("\n%6d  %8f    %6.5e %4d      %2d : ",
1181                  digit->GetId(), digit->GetAmplitude(), digit->GetTime(), digit->GetIndexInList(), digit->GetNprimary()) ;  
1182           Int_t iprimary;
1183           for (iprimary=0; iprimary<digit->GetNprimary(); iprimary++) {
1184             printf("%d ",digit->GetPrimary(iprimary+1) ) ; 
1185           }
1186         }// digit exists
1187       }// loop
1188     }
1189     printf("\n");
1190   }// loader exists
1191   else printf("NULL LOADER, cannot print\n");
1192 }
1193
1194 //__________________________________________________________________
1195 Float_t AliEMCALDigitizer::TimeOfNoise(void)
1196 {  
1197   // Calculates the time signal generated by noise
1198   //printf("Time noise %e\n",fTimeNoise);
1199   return gRandom->Rndm() * fTimeNoise;
1200 }
1201
1202 //__________________________________________________________________
1203 void AliEMCALDigitizer::Unload() 
1204 {  
1205   // Unloads the SDigits and Digits
1206   AliRunLoader *rl=0;
1207     
1208   Int_t i ; 
1209   for(i = 1 ; i < fInput ; i++){
1210     TString tempo(fEventNames[i]) ; 
1211     tempo += i;
1212     if ((rl = AliRunLoader::GetRunLoader(tempo))) 
1213       rl->GetDetectorLoader("EMCAL")->UnloadSDigits() ; 
1214   }
1215   AliEMCALLoader *emcalLoader = dynamic_cast<AliEMCALLoader*>(AliRunLoader::Instance()->GetDetectorLoader("EMCAL"));
1216   if(emcalLoader)emcalLoader->UnloadDigits() ; 
1217   else AliFatal("Did not get the loader");
1218 }
1219
1220 //_________________________________________________________________________________________
1221 void AliEMCALDigitizer::WriteDigits()
1222 { // Makes TreeD in the output file. 
1223   // Check if branch already exists: 
1224   //   if yes, exit without writing: ROOT TTree does not support overwriting/updating of 
1225   //      already existing branches. 
1226   //   else creates branch with Digits, named "EMCAL", title "...",
1227   //      and branch "AliEMCALDigitizer", with the same title to keep all the parameters
1228   //      and names of files, from which digits are made.
1229   
1230   AliEMCALLoader *emcalLoader = dynamic_cast<AliEMCALLoader*>(AliRunLoader::Instance()->GetDetectorLoader("EMCAL"));
1231   
1232   if(emcalLoader){
1233     const TClonesArray * digits = emcalLoader->Digits() ; 
1234     TTree * treeD = emcalLoader->TreeD(); 
1235     if ( !treeD ) {
1236       emcalLoader->MakeDigitsContainer();
1237       treeD = emcalLoader->TreeD(); 
1238     }
1239     
1240     // -- create Digits branch
1241     Int_t bufferSize = 32000 ;    
1242     TBranch * digitsBranch = 0;
1243     if ((digitsBranch = treeD->GetBranch("EMCAL"))) {
1244       digitsBranch->SetAddress(&digits);
1245       AliWarning("Digits Branch already exists. Not all digits will be visible");
1246     }
1247     else
1248       treeD->Branch("EMCAL","TClonesArray",&digits,bufferSize);
1249     //digitsBranch->SetTitle(fEventFolderName);
1250     
1251     //  treeD->Fill() ;
1252     /*  
1253      emcalLoader->WriteDigits("OVERWRITE");
1254      emcalLoader->WriteDigitizer("OVERWRITE");
1255      
1256      Unload() ; 
1257      */
1258     
1259   }// loader exists
1260   else AliFatal("Loader not available");
1261 }
1262
1263 //__________________________________________________________________
1264 void AliEMCALDigitizer::WriteDigits(TClonesArray* digits, const char* branchName)
1265 {
1266   // overloaded method
1267   AliEMCALLoader *emcalLoader = dynamic_cast<AliEMCALLoader*>(AliRunLoader::Instance()->GetDetectorLoader("EMCAL"));
1268   if(emcalLoader){
1269     
1270     TTree* treeD = emcalLoader->TreeD(); 
1271     if (!treeD) 
1272       {
1273         emcalLoader->MakeDigitsContainer();
1274         treeD = emcalLoader->TreeD(); 
1275       }
1276     
1277     // -- create Digits branch
1278     Int_t bufferSize = 32000;
1279     
1280     if (TBranch* triggerBranch = treeD->GetBranch(branchName)) 
1281       {
1282         triggerBranch->SetAddress(&digits);
1283       }
1284     else
1285       {
1286         treeD->Branch(branchName,"TClonesArray",&digits,bufferSize);
1287       }
1288     
1289     //  treeD->Fill();
1290   }// loader exists
1291   else AliFatal("Loader not available");
1292 }
1293
1294 //__________________________________________________________________
1295 Bool_t AliEMCALDigitizer::IsDead(AliEMCALDigit *digit) 
1296 {
1297   // Check if cell is defined as dead, so that it is not included
1298   // input is digit
1299   Int_t absId   = digit->GetId();
1300
1301   return IsDead(absId);
1302   
1303 }
1304
1305
1306 //__________________________________________________________________
1307 Bool_t AliEMCALDigitizer::IsDead(Int_t absId)
1308 {
1309   // Check if cell absID is defined as dead, so that it is not included
1310
1311     AliRunLoader *runLoader = AliRunLoader::Instance();
1312     AliEMCALLoader *emcalLoader = dynamic_cast<AliEMCALLoader*>(runLoader->GetDetectorLoader("EMCAL"));
1313     if (!emcalLoader)
1314     {
1315       AliFatal("Did not get the  Loader");
1316       return kTRUE;
1317     }
1318   
1319     AliCaloCalibPedestal *caloPed = emcalLoader->PedestalData();
1320     if (!caloPed)
1321     {
1322         AliWarning("Could not access pedestal data! No dead channel removal applied");
1323         return kFALSE;
1324     }
1325     
1326         // Load Geometry
1327     const AliEMCALGeometry *geom = AliEMCALGeometry::GetInstance();
1328     if (!geom)
1329     {
1330       AliFatal("Did not get geometry from EMCALLoader");
1331       return kTRUE; //coverity
1332     }
1333   
1334     Int_t iSupMod = -1;
1335     Int_t nModule = -1;
1336     Int_t nIphi   = -1;
1337     Int_t nIeta   = -1;
1338     Int_t iphi    = -1;
1339     Int_t ieta    = -1;
1340         
1341     Bool_t bCell = geom->GetCellIndex(absId, iSupMod, nModule, nIphi, nIeta) ;
1342         
1343     if (!bCell) Error("IsDead","Wrong cell id number : absId %i ", absId) ;
1344     geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(iSupMod,nModule,nIphi, nIeta,iphi,ieta);
1345     
1346     Int_t channelStatus = (Int_t)(caloPed->GetDeadMap(iSupMod))->GetBinContent(ieta,iphi);
1347     
1348     if (channelStatus == AliCaloCalibPedestal::kDead)
1349         return kTRUE;
1350     else
1351         return kFALSE;
1352 }
1353