EMCAL/AliEMCALDigitizer.cxx

   1 /**************************************************************************
   2  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
   3  *                                                                        *
   4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
   5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
   6  *                                                                        *
   7  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
   8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
   9  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
  10  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
  11  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
  12  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
  13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
  14  **************************************************************************/
  15
  16 /* $Id$ */
  17
  18 //_________________________________________________________________________
  19 //
  20 //////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
  21 // Class performs digitization of Summable digits from simulated data
  22 //
  23 // In addition it performs mixing/embedding of summable digits from different events.
  24 //
  25 // For each event 3 branches are created in TreeD:
  26 //   "EMCAL" - list of digits
  27 //   "EMCALTRG" - list of trigger digits
  28 //   "AliEMCALDigitizer" - AliEMCALDigitizer with all parameters used in digitization
  29 //
  30 //
  31 ////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
  32 //
  33 //*-- Author: Sahal Yacoob (LBL)
  34 // based on : AliEMCALDigitizer
  35 // Modif:
  36 //  August 2002 Yves Schutz: clone PHOS as closely as possible and intoduction
  37 //                           of new IO (a la PHOS)
  38 //  November 2003 Aleksei Pavlinov : adopted for Shish-Kebab geometry
  39 //  July 2011 GCB: Digitizer modified to accomodate embedding.
  40 //                 Time calibration added. Decalibration possibility of energy and time added
  41 //_________________________________________________________________________________
  42
  43 // --- ROOT system ---
  44 #include <TROOT.h>
  45 #include <TTree.h>
  46 #include <TSystem.h>
  47 #include <TBenchmark.h>
  48 #include <TBrowser.h>
  49 #include <TObjectTable.h>
  50 #include <TRandom.h>
  51 #include <TF1.h>
  52 #include <cassert>
  53
  54 // --- AliRoot header files ---
  55 #include "AliLog.h"
  56 #include "AliRun.h"
  57 #include "AliDigitizationInput.h"
  58 #include "AliRunLoader.h"
  59 #include "AliCDBManager.h"
  60 #include "AliCDBEntry.h"
  61 #include "AliEMCALDigit.h"
  62 #include "AliEMCAL.h"
  63 #include "AliEMCALLoader.h"
  64 #include "AliEMCALDigitizer.h"
  65 #include "AliEMCALSDigitizer.h"
  66 #include "AliEMCALGeometry.h"
  67 #include "AliEMCALCalibData.h"
  68 #include "AliEMCALSimParam.h"
  69 #include "AliEMCALRawDigit.h"
  70 #include "AliCaloCalibPedestal.h"
  71
  72   namespace
  73   {
  74     Double_t HeavisideTheta(Double_t x)
  75     {
  76       Double_t signal = 0.;
  77
  78       if (x > 0.) signal = 1.;
  79
  80       return signal;
  81     }
  82
  83     Double_t AnalogFastORFunction(Double_t *x, Double_t *par)
  84     {
  85       Double_t v0 = par[0];
  86       Double_t t0 = par[1];
  87       Double_t tr = par[2];
  88
  89       Double_t R1 = 1000.;
  90       Double_t C1 = 33e-12;
  91       Double_t R2 = 1800;
  92       Double_t C2 = 22e-12;
  93
  94       Double_t t  =   x[0];
  95
  96       return (((0.8*(-((TMath::Power(C1,2)*C2*TMath::Power(TMath::E(),(-t + t0)/(C1*R1))*
  97                         TMath::Power(R1,2)*R2)/(C1*R1 - C2*R2)) +
  98                      C1*C2*R1*R2*(1 - (C2*TMath::Power(TMath::E(),(-t + t0)/(C2*R2))*R2)/(-(C1*R1) + C2*R2)))*v0*
  99                 HeavisideTheta(t - t0))/tr
 100                - (0.8*(C1*C2*R1*R2 -
 101                        (TMath::Power(C1,2)*C2*TMath::Power(TMath::E(),(-1.*t + t0 + 1.25*tr)/(C1*R1))*
 102                         TMath::Power(R1,2)*R2)/(C1*R1 - C2*R2) +
 103                        (C1*TMath::Power(C2,2)*TMath::Power(TMath::E(),(-1.*t + t0 + 1.25*tr)/(C2*R2))*
 104                         R1*TMath::Power(R2,2))/(C1*R1 - C2*R2))*v0*
 105                   HeavisideTheta(t - t0 - 1.25*tr))/tr)/(C2*R1));
 106     }
 107   }
 108
 109 ClassImp(AliEMCALDigitizer)
 110
 111
 112 //____________________________________________________________________________
 113 AliEMCALDigitizer::AliEMCALDigitizer()
 114   : AliDigitizer("",""),
 115     fDefaultInit(kTRUE),
 116     fDigitsInRun(0),
 117     fInit(0),
 118     fInput(0),
 119     fInputFileNames(0x0),
 120     fEventNames(0x0),
 121     fDigitThreshold(0),
 122     fMeanPhotonElectron(0),
 123     fGainFluctuations(0),
 124     fPinNoise(0),
 125     fTimeNoise(0),
 126     fTimeDelay(0),
 127     fTimeResolutionPar0(0),
 128     fTimeResolutionPar1(0),
 129     fADCchannelEC(0),
 130     fADCpedestalEC(0),
 131     fADCchannelECDecal(0),
 132     fTimeChannel(0),
 133     fTimeChannelDecal(0),
 134     fNADCEC(0),
 135     fEventFolderName(""),
 136     fFirstEvent(0),
 137     fLastEvent(0),
 138     fCalibData(0x0),
 139     fSDigitizer(0x0)
 140 {
 141   // ctor
 142   InitParameters() ;
 143   fDigInput = 0 ;                     // We work in the standalone mode
 144 }
 145
 146 //____________________________________________________________________________
 147 AliEMCALDigitizer::AliEMCALDigitizer(TString alirunFileName, TString eventFolderName)
 148   : AliDigitizer("EMCALDigitizer", alirunFileName),
 149     fDefaultInit(kFALSE),
 150     fDigitsInRun(0),
 151     fInit(0),
 152     fInput(0),
 153     fInputFileNames(0),
 154     fEventNames(0),
 155     fDigitThreshold(0),
 156     fMeanPhotonElectron(0),
 157     fGainFluctuations(0),
 158     fPinNoise(0),
 159     fTimeNoise(0),
 160     fTimeDelay(0),
 161     fTimeResolutionPar0(0),
 162     fTimeResolutionPar1(0),
 163     fADCchannelEC(0),
 164     fADCpedestalEC(0),
 165     fADCchannelECDecal(0),
 166     fTimeChannel(0),
 167     fTimeChannelDecal(0),
 168     fNADCEC(0),
 169     fEventFolderName(eventFolderName),
 170     fFirstEvent(0),
 171     fLastEvent(0),
 172     fCalibData(0x0),
 173     fSDigitizer(0x0)
 174 {
 175   // ctor
 176   InitParameters() ;
 177   Init() ;
 178   fDigInput = 0 ;                     // We work in the standalone mode
 179 }
 180
 181 //____________________________________________________________________________
 182 AliEMCALDigitizer::AliEMCALDigitizer(const AliEMCALDigitizer & d)
 183   : AliDigitizer(d.GetName(),d.GetTitle()),
 184     fDefaultInit(d.fDefaultInit),
 185     fDigitsInRun(d.fDigitsInRun),
 186     fInit(d.fInit),
 187     fInput(d.fInput),
 188     fInputFileNames(d.fInputFileNames),
 189     fEventNames(d.fEventNames),
 190     fDigitThreshold(d.fDigitThreshold),
 191     fMeanPhotonElectron(d.fMeanPhotonElectron),
 192     fGainFluctuations(d.fGainFluctuations),
 193     fPinNoise(d.fPinNoise),
 194     fTimeNoise(d.fTimeNoise),
 195     fTimeDelay(d.fTimeDelay),
 196     fTimeResolutionPar0(d.fTimeResolutionPar0),
 197     fTimeResolutionPar1(d.fTimeResolutionPar1),
 198     fADCchannelEC(d.fADCchannelEC),
 199     fADCpedestalEC(d.fADCpedestalEC),
 200     fADCchannelECDecal(d.fADCchannelECDecal),
 201     fTimeChannel(d.fTimeChannel), fTimeChannelDecal(d.fTimeChannelDecal),
 202     fNADCEC(d.fNADCEC),
 203     fEventFolderName(d.fEventFolderName),
 204     fFirstEvent(d.fFirstEvent),
 205     fLastEvent(d.fLastEvent),
 206     fCalibData(d.fCalibData),
 207     fSDigitizer(d.fSDigitizer ? new AliEMCALSDigitizer(*d.fSDigitizer) : 0)
 208 {
 209   // copyy ctor
 210 }
 211
 212 //____________________________________________________________________________
 213 AliEMCALDigitizer::AliEMCALDigitizer(AliDigitizationInput * rd)
 214   : AliDigitizer(rd,"EMCALDigitizer"),
 215     fDefaultInit(kFALSE),
 216     fDigitsInRun(0),
 217     fInit(0),
 218     fInput(0),
 219     fInputFileNames(0),
 220     fEventNames(0),
 221     fDigitThreshold(0),
 222     fMeanPhotonElectron(0),
 223     fGainFluctuations(0),
 224     fPinNoise(0.),
 225     fTimeNoise(0.),
 226     fTimeDelay(0.),
 227     fTimeResolutionPar0(0.),
 228     fTimeResolutionPar1(0.),
 229     fADCchannelEC(0),
 230     fADCpedestalEC(0),
 231     fADCchannelECDecal(0),
 232     fTimeChannel(0),
 233     fTimeChannelDecal(0),
 234     fNADCEC(0),
 235     fEventFolderName(0),
 236     fFirstEvent(0),
 237     fLastEvent(0),
 238     fCalibData(0x0),
 239     fSDigitizer(0x0)
 240 {
 241   // ctor Init() is called by RunDigitizer
 242   fDigInput = rd ;
 243   fEventFolderName = fDigInput->GetInputFolderName(0) ;
 244   SetTitle(dynamic_cast<AliStream*>(fDigInput->GetInputStream(0))->GetFileName(0));
 245   InitParameters() ;
 246 }
 247
 248 //____________________________________________________________________________
 249   AliEMCALDigitizer::~AliEMCALDigitizer()
 250 {
 251   //dtor
 252   delete [] fInputFileNames ;
 253   delete [] fEventNames ;
 254   if (fSDigitizer) delete fSDigitizer;
 255 }
 256
 257 //____________________________________________________________________________
 258 void AliEMCALDigitizer::Digitize(Int_t event)
 259 {
 260
 261   // Makes the digitization of the collected summable digits
 262   // for this it first creates the array of all EMCAL modules
 263   // filled with noise and after that adds contributions from
 264   // SDigits. This design helps to avoid scanning over the
 265   // list of digits to add  contribution of any new SDigit.
 266   //
 267   // JLK 26-Jun-2008
 268   // Note that SDigit energy info is stored as an amplitude, so we
 269   // must call the Calibrate() method of the SDigitizer to convert it
 270   // back to an energy in GeV before adding it to the Digit
 271   //
 272   static int nEMC=0; //max number of digits possible
 273   AliRunLoader *rl = AliRunLoader::Instance();
 274   AliEMCALLoader *emcalLoader = dynamic_cast<AliEMCALLoader*>(rl->GetDetectorLoader("EMCAL"));
 275
 276   if(emcalLoader){
 277     Int_t readEvent = event ;
 278     // fDigInput is data member from AliDigitizer
 279     if (fDigInput)
 280       readEvent = dynamic_cast<AliStream*>(fDigInput->GetInputStream(0))->GetCurrentEventNumber() ;
 281     AliDebug(1,Form("Adding event %d from input stream 0 %s %s",
 282                     readEvent, GetTitle(), fEventFolderName.Data())) ;
 283     rl->GetEvent(readEvent);
 284
 285     TClonesArray * digits = emcalLoader->Digits() ;
 286     digits->Delete() ;  //correct way to clear array when memory is
 287     //allocated by objects stored in array
 288
 289     // Load Geometry
 290     AliEMCALGeometry *geom = 0;
 291     if (!rl->GetAliRun()) {
 292       AliFatal("Could not get AliRun from runLoader");
 293     }
 294     else{
 295       AliEMCAL * emcal  = (AliEMCAL*)rl->GetAliRun()->GetDetector("EMCAL");
 296       geom = emcal->GetGeometry();
 297       nEMC = geom->GetNCells();
 298       AliDebug(1,Form("nEMC %i (number cells in EMCAL) | %s \n", nEMC, geom->GetName()));
 299     }
 300
 301     Int_t absID = -1 ;
 302
 303     digits->Expand(nEMC) ;
 304
 305     // RS create a digitizer on the fly
 306     if (!fSDigitizer) fSDigitizer = new AliEMCALSDigitizer(rl->GetFileName().Data());
 307     fSDigitizer->SetEventRange(0, -1) ;
 308     //
 309     //take all the inputs to add together and load the SDigits
 310     TObjArray * sdigArray = new TObjArray(fInput) ;
 311     sdigArray->AddAt(emcalLoader->SDigits(), 0) ;
 312     Int_t i ;
 313     Int_t embed = kFALSE;
 314     for(i = 1 ; i < fInput ; i++){
 315       TString tempo(fEventNames[i]) ;
 316       tempo += i ;
 317
 318       AliRunLoader *  rl2 = AliRunLoader::GetRunLoader(tempo) ;
 319
 320       if (rl2==0)
 321         rl2 = AliRunLoader::Open(fInputFileNames[i], tempo) ;
 322
 323       if (fDigInput)
 324         readEvent = dynamic_cast<AliStream*>(fDigInput->GetInputStream(i))->GetCurrentEventNumber() ;
 325       Info("Digitize", "Adding event %d from input stream %d %s %s", readEvent, i, fInputFileNames[i].Data(), tempo.Data()) ;
 326       rl2->LoadSDigits();
 327       //     rl2->LoadDigits();
 328       rl2->GetEvent(readEvent);
 329       if(rl2->GetDetectorLoader("EMCAL"))
 330         {
 331           AliEMCALLoader *emcalLoader2 = dynamic_cast<AliEMCALLoader*>(rl2->GetDetectorLoader("EMCAL"));
 332
 333           if(emcalLoader2) {
 334             //Merge 2 simulated sdigits
 335             if(emcalLoader2->SDigits()){
 336               TClonesArray* sdigits2 = emcalLoader2->SDigits();
 337               sdigArray->AddAt(sdigits2, i) ;
 338               // Check if first sdigit is of embedded type, if so, handle the sdigits differently:
 339               // do not smear energy of embedded, do not add noise to any sdigits
 340               if(sdigits2->GetEntriesFast()>0){
 341                 //printf("Merged digit type: %d\n",dynamic_cast<AliEMCALDigit*> (sdigits2->At(0))->GetType());
 342                 AliEMCALDigit * digit2 = dynamic_cast<AliEMCALDigit*> (sdigits2->At(0));
 343                 if(digit2 && digit2->GetType()==AliEMCALDigit::kEmbedded){
 344                   embed = kTRUE;
 345                 }
 346               }
 347             }
 348
 349           }//loader2
 350           else  AliFatal("EMCAL Loader of second event not available!");
 351
 352         }
 353       else Fatal("Digitize", "Loader of second input not found");
 354     }// input loop
 355
 356     //Find the first tower with signal
 357     Int_t nextSig = nEMC + 1 ;
 358     TClonesArray * sdigits ;
 359     for(i = 0 ; i < fInput ; i++){
 360       if(i > 0 && embed) continue;
 361       sdigits = dynamic_cast<TClonesArray *>(sdigArray->At(i)) ;
 362       if(sdigits){
 363         if (sdigits->GetEntriesFast() ){
 364           AliEMCALDigit *sd = dynamic_cast<AliEMCALDigit *>(sdigits->At(0));
 365           if(sd){
 366             Int_t curNext = sd->GetId() ;
 367             if(curNext < nextSig)
 368               nextSig = curNext ;
 369             AliDebug(1,Form("input %i : #sdigits %i \n",
 370                             i, sdigits->GetEntriesFast()));
 371
 372           }//First entry is not NULL
 373           else {
 374             Info("Digitize", "NULL sdigit pointer");
 375             continue;
 376           }
 377         }//There is at least one entry
 378         else {
 379           Info("Digitize", "NULL sdigits array");
 380           continue;
 381         }
 382       }// SDigits array exists
 383       else {
 384         Info("Digitizer","Null sdigit pointer");
 385         continue;
 386       }
 387     }// input loop
 388     AliDebug(1,Form("FIRST tower with signal %i \n", nextSig));
 389
 390     TArrayI index(fInput) ;
 391     index.Reset() ;  //Set all indexes to zero
 392
 393     AliEMCALDigit * digit ;
 394     AliEMCALDigit * curSDigit ;
 395
 396     //Put Noise contribution, smear time and energy
 397     Float_t timeResolution = 0;
 398     for(absID = 0; absID < nEMC; absID++){ // Nov 30, 2006 by PAI; was from 1 to nEMC
 399
 400       if (IsDead(absID)) continue; // Don't instantiate dead digits
 401
 402       Float_t energy = 0 ;
 403
 404       // amplitude set to zero, noise will be added later
 405       Float_t noiseTime = 0.;
 406       if(!embed) noiseTime = TimeOfNoise(); //No need for embedded events?
 407       new((*digits)[absID]) AliEMCALDigit( -1, -1, absID, 0., noiseTime,kFALSE); // absID-1->absID
 408       //look if we have to add signal?
 409       digit = dynamic_cast<AliEMCALDigit *>(digits->At(absID)); // absID-1->absID
 410
 411       if (digit) {
 412
 413         if(absID==nextSig){
 414
 415           // Calculate time as time of the largest digit
 416           Float_t time = digit->GetTime() ;
 417           Float_t aTime= digit->GetAmplitude() ;
 418
 419           // loop over input
 420           Int_t nInputs = fInput;
 421           if(embed) nInputs = 1; // In case of embedding, merge later real digits, do not smear energy and time of data
 422           for(i = 0; i< nInputs ; i++){  //loop over (possible) merge sources
 423             TClonesArray* sdtclarr = dynamic_cast<TClonesArray *>(sdigArray->At(i));
 424             if(sdtclarr) {
 425               Int_t sDigitEntries = sdtclarr->GetEntriesFast();
 426
 427               if(sDigitEntries > index[i] )
 428                 curSDigit = dynamic_cast<AliEMCALDigit*>(sdtclarr->At(index[i])) ;
 429               else
 430                 curSDigit = 0 ;
 431
 432               //May be several digits will contribute from the same input
 433               while(curSDigit && (curSDigit->GetId() == absID)){
 434                 //Shift primary to separate primaries belonging different inputs
 435                 Int_t primaryoffset ;
 436                 if(fDigInput)
 437                   primaryoffset = fDigInput->GetMask(i) ;
 438                 else
 439                   primaryoffset = i ;
 440                 curSDigit->ShiftPrimary(primaryoffset) ;
 441
 442                 if(curSDigit->GetAmplitude()>aTime) {
 443                   aTime = curSDigit->GetAmplitude();
 444                   time  = curSDigit->GetTime();
 445                 }
 446
 447                 *digit = *digit + *curSDigit ;  //adds amplitudes of each digit
 448
 449                 index[i]++ ;
 450
 451                 if( sDigitEntries > index[i] )
 452                   curSDigit = dynamic_cast<AliEMCALDigit*>(sdtclarr->At(index[i])) ;
 453                 else
 454                   curSDigit = 0 ;
 455               }// while
 456             }// source exists
 457           }// loop over merging sources
 458
 459
 460           //Here we convert the summed amplitude to an energy in GeV only for simulation or mixing of simulations
 461           energy = fSDigitizer->Calibrate(digit->GetAmplitude()) ; // GeV
 462
 463           // add fluctuations for photo-electron creation
 464     // corrected fluctuations after comparison with beam test, Paraskevi Ganoti (06/11/2011)
 465     Float_t fluct = static_cast<Float_t>((energy*fMeanPhotonElectron)/fGainFluctuations);
 466     energy       *= static_cast<Float_t>(gRandom->Poisson(fluct)) / fluct ;
 467
 468           //calculate and set time
 469           digit->SetTime(time) ;
 470
 471           //Find next signal module
 472           nextSig = nEMC + 1 ;
 473           for(i = 0 ; i < nInputs ; i++){
 474             sdigits = dynamic_cast<TClonesArray *>(sdigArray->At(i)) ;
 475
 476             if(sdigits){
 477               Int_t curNext = nextSig ;
 478               if(sdigits->GetEntriesFast() > index[i])
 479                 {
 480                   AliEMCALDigit * tmpdigit = dynamic_cast<AliEMCALDigit *>(sdigits->At(index[i]));
 481                   if(tmpdigit)
 482                     {
 483                       curNext = tmpdigit->GetId() ;
 484                     }
 485                 }
 486               if(curNext < nextSig) nextSig = curNext ;
 487             }// sdigits exist
 488           } // input loop
 489
 490         }//absID==nextSig
 491
 492         // add the noise now, no need for embedded events with real data
 493         if(!embed)
 494           energy += gRandom->Gaus(0., fPinNoise) ;
 495
 496
 497         // JLK 26-June-2008
 498         //Now digitize the energy according to the fSDigitizer method,
 499         //which merely converts the energy to an integer.  Later we will
 500         //check that the stored value matches our allowed dynamic ranges
 501         digit->SetAmplitude(fSDigitizer->Digitize(energy)) ;
 502
 503         //Set time resolution with final energy
 504         timeResolution = GetTimeResolution(energy);
 505         digit->SetTime(gRandom->Gaus(digit->GetTime(),timeResolution) ) ;
 506         AliDebug(10,Form(" absID %5i energy %f nextSig %5i\n",
 507                          absID, energy, nextSig));
 508         //Add delay to time
 509         digit->SetTime(digit->GetTime()+fTimeDelay) ;
 510
 511       }// Digit pointer exists
 512       else{
 513         Info("Digitizer","Digit pointer is null");
 514       }
 515     } // for(absID = 0; absID < nEMC; absID++)
 516
 517       //ticks->Delete() ;
 518       //delete ticks ;
 519
 520       //Embed simulated amplitude (and time?) to real data digits
 521     if(embed){
 522       for(Int_t input = 1; input<fInput; input++){
 523         TClonesArray *realDigits = dynamic_cast<TClonesArray*> (sdigArray->At(input));
 524         if(!realDigits){
 525           AliDebug(1,"No sdigits to merge\n");
 526           continue;
 527         }
 528         for(Int_t i2 = 0 ; i2 < realDigits->GetEntriesFast() ; i2++){
 529           AliEMCALDigit * digit2 = dynamic_cast<AliEMCALDigit*>( realDigits->At(i2) ) ;
 530           if(digit2){
 531             digit = dynamic_cast<AliEMCALDigit*>( digits->At(digit2->GetId()) ) ;
 532             if(digit){
 533
 534               // Put the embedded cell energy in same units as simulated sdigits -> transform to energy units
 535               // and multiply to get a big int.
 536               Float_t time2 = digit2->GetTime();
 537               Float_t e2    = digit2->GetAmplitude();
 538               CalibrateADCTime(e2,time2,digit2->GetId());
 539               Float_t amp2 = fSDigitizer->Digitize(e2);
 540
 541               Float_t e0    = digit ->GetAmplitude();
 542               if(e0>0.01)
 543                 AliDebug(1,Form("digit 1: Abs ID %d, amp %f, type %d, time %e; digit2: Abs ID %d, amp %f, type %d, time %e\n",
 544                                 digit ->GetId(),digit ->GetAmplitude(), digit ->GetType(), digit->GetTime(),
 545                                 digit2->GetId(),amp2,                   digit2->GetType(), time2           ));
 546
 547               // Sum amplitudes, change digit amplitude
 548               digit->SetAmplitude( digit->GetAmplitude() + amp2);
 549               // Rough assumption, assign time of the largest of the 2 digits,
 550               // data or signal to the final digit.
 551               if(amp2 > digit->GetAmplitude())  digit->SetTime(time2);
 552               //Mark the new digit as embedded
 553               digit->SetType(AliEMCALDigit::kEmbedded);
 554
 555               if(digit2->GetAmplitude()>0.01 && e0> 0.01 )
 556                 AliDebug(1,Form("Embedded digit: Abs ID %d, amp %f, type %d\n",
 557                                 digit->GetId(), digit->GetAmplitude(), digit->GetType()));
 558             }//digit2
 559           }//digit2
 560         }//loop digit 2
 561       }//input loop
 562     }//embed
 563
 564     //JLK is it better to call Clear() here?
 565     delete sdigArray ; //We should not delete its contents
 566
 567     //remove digits below thresholds
 568     // until 10-02-2010 remove digits with energy smaller than fDigitThreshold 3*fPinNoise
 569     // now, remove digits with Digitized ADC smaller than fDigitThreshold = 3,
 570     // before merge in the same loop real data digits if available
 571     Float_t energy = 0;
 572     Float_t time   = 0;
 573     for(i = 0 ; i < nEMC ; i++){
 574       digit = dynamic_cast<AliEMCALDigit*>( digits->At(i) ) ;
 575       if(digit){
 576
 577         //Then get the energy in GeV units.
 578         energy = fSDigitizer->Calibrate(digit->GetAmplitude()) ;
 579         //Then digitize using the calibration constants of the ocdb
 580         Float_t ampADC = energy;
 581         DigitizeEnergyTime(ampADC, time, digit->GetId())  ;
 582         if(ampADC < fDigitThreshold)
 583           digits->RemoveAt(i) ;
 584
 585       }// digit exists
 586     } // digit loop
 587
 588     digits->Compress() ;
 589
 590     Int_t ndigits = digits->GetEntriesFast() ;
 591
 592     //JLK 26-June-2008
 593     //After we have done the summing and digitizing to create the
 594     //digits, now we want to calibrate the resulting amplitude to match
 595     //the dynamic range of our real data.
 596     for (i = 0 ; i < ndigits ; i++) {
 597       digit = dynamic_cast<AliEMCALDigit *>( digits->At(i) ) ;
 598       if(digit){
 599         digit->SetIndexInList(i) ;
 600         energy = fSDigitizer->Calibrate(digit->GetAmplitude()) ;
 601         time   = digit->GetTime();
 602         Float_t ampADC = energy;
 603         DigitizeEnergyTime(ampADC, time, digit->GetId());
 604         digit->SetAmplitude(ampADC) ;
 605         digit->SetTime(time);
 606         // printf("digit amplitude set at end: i %d, amp %f\n",i,digit->GetAmplitude());
 607       }// digit exists
 608     }//Digit loop
 609
 610   }
 611   else AliFatal("EMCALLoader is NULL!") ;
 612
 613 }
 614
 615 //_____________________________________________________________________
 616 void AliEMCALDigitizer::DigitizeEnergyTime(Float_t & energy, Float_t & time, const Int_t absId)
 617 {
 618   // JLK 26-June-2008
 619   // Returns digitized value of the energy in a cell absId
 620   // using the calibration constants stored in the OCDB
 621   // or default values if no CalibData object is found.
 622   // This effectively converts everything to match the dynamic range
 623   // of the real data we will collect
 624   //
 625   // Load Geometry
 626   const AliEMCALGeometry * geom = AliEMCALGeometry::GetInstance();
 627
 628   if (geom==0){
 629     AliFatal("Did not get geometry from EMCALLoader");
 630     return;
 631   }
 632
 633   Int_t iSupMod = -1;
 634   Int_t nModule = -1;
 635   Int_t nIphi   = -1;
 636   Int_t nIeta   = -1;
 637   Int_t iphi    = -1;
 638   Int_t ieta    = -1;
 639   Bool_t bCell = geom->GetCellIndex(absId, iSupMod, nModule, nIphi, nIeta) ;
 640   if(!bCell)
 641     Error("DigitizeEnergyTime","Wrong cell id number : absId %i ", absId) ;
 642   geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(iSupMod,nModule,nIphi, nIeta,iphi,ieta);
 643
 644   if(fCalibData) {
 645     fADCpedestalEC     = fCalibData->GetADCpedestal     (iSupMod,ieta,iphi);
 646     fADCchannelEC      = fCalibData->GetADCchannel      (iSupMod,ieta,iphi);
 647     fADCchannelECDecal = fCalibData->GetADCchannelDecal (iSupMod,ieta,iphi);
 648     fTimeChannel       = fCalibData->GetTimeChannel     (iSupMod,ieta,iphi,0); // Assign bunch crossing number equal to 0 (has simulation different bunch crossings?)
 649     fTimeChannelDecal  = fCalibData->GetTimeChannelDecal(iSupMod,ieta,iphi);
 650   }
 651
 652   //Apply calibration to get ADC counts and partial decalibration as especified in OCDB
 653   energy = (energy + fADCpedestalEC)/fADCchannelEC/fADCchannelECDecal   ;
 654   time  += fTimeChannel-fTimeChannelDecal;
 655
 656   if(energy > fNADCEC )
 657     energy =  fNADCEC ;
 658 }
 659
 660 //_____________________________________________________________________
 661 void AliEMCALDigitizer::Decalibrate(AliEMCALDigit *digit)
 662 {
 663         // Load Geometry
 664         const AliEMCALGeometry *geom = AliEMCALGeometry::GetInstance();
 665
 666         if (!geom) {
 667                 AliFatal("Did not get geometry from EMCALLoader");
 668                 return;
 669         }
 670
 671         Int_t absId   = digit->GetId();
 672         Int_t iSupMod = -1;
 673         Int_t nModule = -1;
 674         Int_t nIphi   = -1;
 675         Int_t nIeta   = -1;
 676         Int_t iphi    = -1;
 677         Int_t ieta    = -1;
 678
 679         Bool_t bCell = geom->GetCellIndex(absId, iSupMod, nModule, nIphi, nIeta) ;
 680
 681         if (!bCell) Error("Decalibrate","Wrong cell id number : absId %i ", absId) ;
 682         geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(iSupMod,nModule,nIphi, nIeta,iphi,ieta);
 683
 684         if (fCalibData) {
 685                 fADCchannelEC = fCalibData->GetADCchannel(iSupMod,ieta,iphi);
 686                 float factor = 1./(fADCchannelEC/0.0162);
 687
 688                 *digit = *digit * factor;
 689         }
 690 }
 691
 692 //_____________________________________________________________________
 693 void AliEMCALDigitizer::CalibrateADCTime(Float_t & adc, Float_t & time, const Int_t absId)
 694 {
 695   // Returns the energy in a cell absId with a given adc value
 696   // using the calibration constants stored in the OCDB. Time also corrected from parameter in OCDB
 697   // Used in case of embedding, transform ADC counts from real event into energy
 698   // so that we can add the energy of the simulated sdigits which are in energy
 699   // units.
 700   // Same as in AliEMCALClusterizer::Calibrate() but here we do not reject channels being marked as hot
 701   // or with time out of window
 702
 703   // Load Geometry
 704   const AliEMCALGeometry * geom = AliEMCALGeometry::GetInstance();
 705
 706   if (!geom){
 707     AliFatal("Did not get geometry from EMCALLoader");
 708     return;
 709   }
 710
 711   Int_t iSupMod = -1;
 712   Int_t nModule = -1;
 713   Int_t nIphi   = -1;
 714   Int_t nIeta   = -1;
 715   Int_t iphi    = -1;
 716   Int_t ieta    = -1;
 717   Bool_t bCell = geom->GetCellIndex(absId, iSupMod, nModule, nIphi, nIeta) ;
 718   if(!bCell)
 719     Error("CalibrateADCTime","Wrong cell id number : absId %i ", absId) ;
 720   geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(iSupMod,nModule,nIphi, nIeta,iphi,ieta);
 721
 722   if(fCalibData) {
 723     fADCpedestalEC = fCalibData->GetADCpedestal(iSupMod,ieta,iphi);
 724     fADCchannelEC  = fCalibData->GetADCchannel (iSupMod,ieta,iphi);
 725     fTimeChannel   = fCalibData->GetTimeChannel(iSupMod,ieta,iphi,0);// Assign bunch crossing number equal to 0 (has simulation different bunch crossings?)
 726   }
 727
 728   adc   = adc * fADCchannelEC - fADCpedestalEC;
 729   time -= fTimeChannel;
 730
 731
 732 }
 733
 734
 735 //____________________________________________________________________________
 736 void AliEMCALDigitizer::Digitize(Option_t *option)
 737 {
 738   // Steering method to process digitization for events
 739   // in the range from fFirstEvent to fLastEvent.
 740   // This range is optionally set by SetEventRange().
 741   // if fLastEvent=-1, then process events until the end.
 742   // by default fLastEvent = fFirstEvent (process only one event)
 743
 744   if (!fInit) { // to prevent overwrite existing file
 745     Error( "Digitize", "Give a version name different from %s", fEventFolderName.Data() ) ;
 746     return ;
 747   }
 748
 749   if (strstr(option,"print")) {
 750
 751     Print();
 752     return ;
 753   }
 754
 755   if(strstr(option,"tim"))
 756     gBenchmark->Start("EMCALDigitizer");
 757
 758   AliRunLoader *rl = AliRunLoader::Instance();
 759   AliEMCALLoader *emcalLoader = dynamic_cast<AliEMCALLoader*>(rl->GetDetectorLoader("EMCAL"));
 760   Int_t nEvents = 0;
 761   if(!emcalLoader){
 762     AliFatal("Did not get the  Loader");
 763   }
 764   else{
 765
 766     if (fLastEvent == -1)  {
 767       fLastEvent = rl->GetNumberOfEvents() - 1 ;
 768     }
 769     else if (fDigInput)
 770       fLastEvent = fFirstEvent ; // what is this ??
 771
 772     nEvents = fLastEvent - fFirstEvent + 1;
 773     Int_t ievent  = -1;
 774
 775     TClonesArray* digitsTMP = new TClonesArray("AliEMCALDigit",    32*96);
 776     TClonesArray* digitsTRG = new TClonesArray("AliEMCALRawDigit", 32*96);
 777
 778     rl->LoadSDigits("EMCAL");
 779     for (ievent = fFirstEvent; ievent <= fLastEvent; ievent++) {
 780
 781       rl->GetEvent(ievent);
 782
 783       Digitize(ievent) ; //Add prepared SDigits to digits and add the noise
 784
 785       WriteDigits() ;
 786
 787       //Trigger Digits
 788       //-------------------------------------
 789
 790
 791       Digits2FastOR(digitsTMP, digitsTRG);
 792
 793       WriteDigits(digitsTRG);
 794
 795       (emcalLoader->TreeD())->Fill();
 796
 797       emcalLoader->WriteDigits(   "OVERWRITE");
 798
 799       Unload();
 800
 801       digitsTRG  ->Delete();
 802       digitsTMP  ->Delete();
 803
 804       //-------------------------------------
 805
 806       if(strstr(option,"deb"))
 807         PrintDigits(option);
 808       if(strstr(option,"table")) gObjectTable->Print();
 809
 810       //increment the total number of Digits per run
 811       fDigitsInRun += emcalLoader->Digits()->GetEntriesFast() ;
 812     }//loop
 813
 814   }//loader exists
 815
 816   if(strstr(option,"tim")){
 817     gBenchmark->Stop("EMCALDigitizer");
 818     Float_t cputime   = gBenchmark->GetCpuTime("EMCALDigitizer");
 819     Float_t avcputime = cputime;
 820     if(nEvents==0) avcputime = 0 ;
 821     AliInfo(Form("Digitize: took %f seconds for Digitizing %f seconds per event", cputime, avcputime)) ;
 822   }
 823 }
 824
 825 //__________________________________________________________________
 826 Float_t AliEMCALDigitizer::GetTimeResolution(Float_t energy) const
 827 {
 828   // From F. Blanco
 829   Float_t res = -1;
 830   if (energy > 0) {
 831     res = TMath::Sqrt(fTimeResolutionPar0 +
 832                       fTimeResolutionPar1/(energy*energy) );
 833   }
 834   // parametrization above is for ns. Convert to seconds:
 835   return res*1e-9;
 836 }
 837
 838 //____________________________________________________________________________
 839 void AliEMCALDigitizer::Digits2FastOR(TClonesArray* digitsTMP, TClonesArray* digitsTRG)
 840 {
 841   // FEE digits afterburner to produce TRG digits
 842   // we are only interested in the FEE digit deposited energy
 843   // to be converted later into a voltage value
 844
 845   // push the FEE digit to its associated FastOR (numbered from 0:95)
 846   // TRU is in charge of summing module digits
 847
 848   AliRunLoader *runLoader = AliRunLoader::Instance();
 849
 850   AliEMCALLoader *emcalLoader = dynamic_cast<AliEMCALLoader*>(runLoader->GetDetectorLoader("EMCAL"));
 851   if (!emcalLoader) AliFatal("Did not get the  Loader");
 852
 853     const  AliEMCALGeometry* geom = AliEMCALGeometry::GetInstance();
 854
 855       // build FOR from simulated digits
 856       // and xfer to the corresponding TRU input (mapping)
 857
 858           TClonesArray* sdigits = emcalLoader->SDigits();
 859
 860           TClonesArray *digits = (TClonesArray*)sdigits->Clone();
 861
 862           AliDebug(999,Form("=== %d SDigits to trigger digits ===",digits->GetEntriesFast()));
 863
 864       TIter NextDigit(digits);
 865       while (AliEMCALDigit* digit = (AliEMCALDigit*)NextDigit())
 866       {
 867         if (IsDead(digit)) continue;
 868
 869               Decalibrate(digit);
 870
 871         Int_t id = digit->GetId();
 872
 873         Int_t trgid;
 874         if (geom && geom->GetFastORIndexFromCellIndex(id , trgid))
 875         {
 876           AliDebug(1,Form("trigger digit id: %d from cell id: %d\n",trgid,id));
 877
 878           AliEMCALDigit* d = static_cast<AliEMCALDigit*>(digitsTMP->At(trgid));
 879
 880           if (!d)
 881           {
 882             new((*digitsTMP)[trgid]) AliEMCALDigit(*digit);
 883             d = (AliEMCALDigit*)digitsTMP->At(trgid);
 884             d->SetId(trgid);
 885           }
 886           else
 887           {
 888             *d = *d + *digit;
 889           }
 890         }
 891       }
 892
 893       if (AliDebugLevel()) printf("Number of TRG digits: %d\n",digitsTMP->GetEntriesFast());
 894
 895       Int_t    nSamples = 32;
 896       Int_t *timeSamples = new Int_t[nSamples];
 897
 898       NextDigit = TIter(digitsTMP);
 899       while (AliEMCALDigit* digit = (AliEMCALDigit*)NextDigit())
 900       {
 901         if (digit)
 902         {
 903           Int_t     id = digit->GetId();
 904           Float_t time = 50.e-9;
 905
 906           Double_t depositedEnergy = 0.;
 907           for (Int_t j = 1; j <= digit->GetNprimary(); j++) depositedEnergy += digit->GetDEPrimary(j);
 908
 909           if (AliDebugLevel()) printf("Deposited Energy: %f\n", depositedEnergy);
 910
 911           // FIXME: Check digit time!
 912           if (depositedEnergy)
 913           {
 914                         depositedEnergy += gRandom->Gaus(0., .08);
 915
 916             DigitalFastOR(time, depositedEnergy, timeSamples, nSamples);
 917
 918             for (Int_t j=0;j<nSamples;j++)
 919             {
 920               timeSamples[j] = ((j << 12) & 0xFF000) | (timeSamples[j] & 0xFFF);
 921             }
 922
 923             new((*digitsTRG)[digitsTRG->GetEntriesFast()]) AliEMCALRawDigit(id, timeSamples, nSamples);
 924
 925                         if (AliDebugLevel()) ((AliEMCALRawDigit*)digitsTRG->At(digitsTRG->GetEntriesFast() - 1))->Print("");
 926           }
 927         }
 928       }
 929
 930       delete [] timeSamples;
 931
 932           if (digits && digits->GetEntriesFast()) digits->Delete();
 933 }
 934
 935 //____________________________________________________________________________
 936 void AliEMCALDigitizer::DigitalFastOR( Double_t time, Double_t dE, Int_t timeSamples[], Int_t nSamples )
 937 {
 938         // parameters:
 939         // id: 0..95
 940         const Int_t    reso = 11;      // 11-bit resolution ADC
 941         const Double_t vFSR = 1;       // Full scale input voltage range
 942 //      const Double_t dNe  = 125;     // signal of the APD per MeV of energy deposit in a tower: 125 photo-e-/MeV @ M=30
 943         const Double_t dNe  = 125/1.3; // F-ALTRO max V. FEE: factor 4
 944         const Double_t vA   = .136e-6; // CSP output range: 0.136uV/e-
 945         const Double_t rise = 50e-9;   // rise time (10-90%) of the FastOR signal before shaping
 946
 947         const Double_t kTimeBinWidth = 25E-9; // sampling frequency (40MHz)
 948
 949         Double_t vV = 1000. * dE * dNe * vA; // GeV 2 MeV
 950
 951         TF1 signalF("signal", AnalogFastORFunction, 0, nSamples * kTimeBinWidth, 3);
 952         signalF.SetParameter( 0,   vV );
 953         signalF.SetParameter( 1, time ); // FIXME: when does the signal arrive? Might account for cable lengths
 954         signalF.SetParameter( 2, rise );
 955
 956         for (Int_t iTime=0; iTime<nSamples; iTime++)
 957         {
 958                 // FIXME: add noise (probably not simply Gaussian) according to DA measurements
 959                 // probably plan an access to OCDB
 960
 961                 timeSamples[iTime] = int((TMath::Power(2, reso) / vFSR) * signalF.Eval(iTime * kTimeBinWidth) + 0.5);
 962         }
 963 }
 964
 965 //____________________________________________________________________________
 966 Bool_t AliEMCALDigitizer::Init()
 967 {
 968   // Makes all memory allocations
 969   fInit = kTRUE ;
 970   AliEMCALLoader *emcalLoader = dynamic_cast<AliEMCALLoader*>(AliRunLoader::Instance()->GetDetectorLoader("EMCAL"));
 971
 972   if ( emcalLoader == 0 ) {
 973     Fatal("Init", "Could not obtain the AliEMCALLoader");
 974     return kFALSE;
 975   }
 976
 977   fFirstEvent = 0 ;
 978   fLastEvent = fFirstEvent ;
 979
 980   if(fDigInput)
 981     fInput = fDigInput->GetNinputs() ;
 982   else
 983     fInput           = 1 ;
 984
 985   fInputFileNames  = new TString[fInput] ;
 986   fEventNames      = new TString[fInput] ;
 987   fInputFileNames[0] = GetTitle() ;
 988   fEventNames[0]     = fEventFolderName.Data() ;
 989   Int_t index ;
 990   for (index = 1 ; index < fInput ; index++) {
 991     fInputFileNames[index] = dynamic_cast<AliStream*>(fDigInput->GetInputStream(index))->GetFileName(0);
 992     TString tempo = fDigInput->GetInputFolderName(index) ;
 993     fEventNames[index] = tempo.Remove(tempo.Length()-1) ; // strip of the stream number added bt fDigInput
 994   }
 995
 996   //Calibration instance
 997   fCalibData = emcalLoader->CalibData();
 998   return fInit ;
 999 }
1000
1001 //____________________________________________________________________________
1002 void AliEMCALDigitizer::InitParameters()
1003 {
1004   // Parameter initialization for digitizer
1005
1006   // Get the parameters from the OCDB via the loader
1007   AliRunLoader *rl = AliRunLoader::Instance();
1008   AliEMCALLoader *emcalLoader = dynamic_cast<AliEMCALLoader*>(rl->GetDetectorLoader("EMCAL"));
1009   AliEMCALSimParam * simParam = 0x0;
1010   if(emcalLoader) simParam = emcalLoader->SimulationParameters();
1011
1012   if(!simParam){
1013     simParam = AliEMCALSimParam::GetInstance();
1014     AliWarning("Simulation Parameters not available in OCDB?");
1015   }
1016
1017   fMeanPhotonElectron = simParam->GetMeanPhotonElectron() ; // 4400;  // electrons per GeV
1018   fGainFluctuations   = simParam->GetGainFluctuations()   ; // 15.0;
1019
1020   fPinNoise           = simParam->GetPinNoise();//0.012; // pin noise in GeV from analysis test beam data
1021   if (fPinNoise < 0.0001 )
1022     Warning("InitParameters", "No noise added\n") ;
1023   fTimeNoise          = simParam->GetTimeNoise(); // 1.28E-5 s
1024   fDigitThreshold     = simParam->GetDigitThreshold(); //fPinNoise * 3; // 3 * sigma
1025   fTimeResolutionPar0 = simParam->GetTimeResolutionPar0();
1026   fTimeResolutionPar1 = simParam->GetTimeResolutionPar1();
1027   fTimeDelay          = simParam->GetTimeDelay(); //600e-9 ; // 600 ns
1028
1029   // These defaults are normally not used.
1030   // Values are read from calibration database instead
1031   fADCchannelEC       = 0.0153; // Update 24 Apr 2007: 250./16/1024 - width of one ADC channel in GeV
1032   fADCpedestalEC      = 0.0 ;   // GeV
1033   fADCchannelECDecal  = 1.0;    // No decalibration by default
1034   fTimeChannel        = 0.0;    // No time calibration by default
1035   fTimeChannelDecal   = 0.0;    // No time decalibration by default
1036
1037   fNADCEC             = simParam->GetNADCEC();//(Int_t) TMath::Power(2,16) ;  // number of channels in Tower ADC - 65536
1038
1039   AliDebug(2,Form("Mean Photon Electron %d, Gain Fluct. %2.1f; Noise: APD %f, Time %f; Digit Threshold %d,Time Resolution Par0 %g Par1 %g,NADCEC %d",
1040                   fMeanPhotonElectron, fGainFluctuations, fPinNoise,fTimeNoise, fDigitThreshold,fTimeResolutionPar0,fTimeResolutionPar1,fNADCEC));
1041
1042 }
1043
1044 //__________________________________________________________________
1045 void AliEMCALDigitizer::Print1(Option_t * option)
1046 { // 19-nov-04 - just for convenience
1047   Print();
1048   PrintDigits(option);
1049 }
1050
1051 //__________________________________________________________________
1052 void AliEMCALDigitizer::Print (Option_t * ) const
1053 {
1054   // Print Digitizer's parameters
1055   printf("Print: \n------------------- %s -------------", GetName() ) ;
1056   if( strcmp(fEventFolderName.Data(), "") != 0 ){
1057     printf(" Writing Digits to branch with title  %s\n", fEventFolderName.Data()) ;
1058
1059     Int_t nStreams ;
1060     if (fDigInput)
1061       nStreams =  GetNInputStreams() ;
1062     else
1063       nStreams = fInput ;
1064
1065     AliRunLoader *rl=0;
1066
1067     Int_t index = 0 ;
1068     for (index = 0 ; index < nStreams ; index++) {
1069       TString tempo(fEventNames[index]) ;
1070       tempo += index ;
1071       if ((rl = AliRunLoader::GetRunLoader(tempo)) == 0)
1072         rl = AliRunLoader::Open(fInputFileNames[index], tempo) ;
1073       AliEMCALLoader *emcalLoader = dynamic_cast<AliEMCALLoader*>(rl->GetDetectorLoader("EMCAL"));
1074       if(emcalLoader){
1075         TString fileName( emcalLoader->GetSDigitsFileName() ) ;
1076         if ( fEventNames[index] != AliConfig::GetDefaultEventFolderName()) // only if not the default folder name
1077           fileName = fileName.ReplaceAll(".root", "") + "_" + fEventNames[index]  + ".root" ;
1078         printf ("Adding SDigits from %s %s\n", fInputFileNames[index].Data(), fileName.Data()) ;
1079       }//loader
1080     }
1081
1082     AliEMCALLoader *emcalLoader = dynamic_cast<AliEMCALLoader*>(AliRunLoader::Instance()->GetDetectorLoader("EMCAL"));
1083
1084     if(emcalLoader) printf("\nWriting digits to %s", emcalLoader->GetDigitsFileName().Data()) ;
1085     else printf("\nNULL LOADER");
1086
1087     printf("\nWith following parameters:\n") ;
1088     printf("    Electronics noise in EMC, APD (fPinNoise) = %f, Time = %f \n", fPinNoise, fTimeNoise) ;
1089     printf("    Threshold  in Tower  (fDigitThreshold) = %d\n", fDigitThreshold)  ;
1090     printf("---------------------------------------------------\n")  ;
1091   }
1092   else
1093     printf("Print: AliEMCALDigitizer not initialized") ;
1094 }
1095
1096 //__________________________________________________________________
1097 void AliEMCALDigitizer::PrintDigits(Option_t * option)
1098 {
1099   //utility method for printing digit information
1100
1101   AliEMCALLoader *emcalLoader = dynamic_cast<AliEMCALLoader*>(AliRunLoader::Instance()->GetDetectorLoader("EMCAL"));
1102   if(emcalLoader){
1103     TClonesArray * digits  = emcalLoader->Digits() ;
1104     TClonesArray * sdigits = emcalLoader->SDigits() ;
1105
1106     printf("\n #Digits: %d : sdigits %d ", digits->GetEntriesFast(), sdigits->GetEntriesFast()) ;
1107     printf("\n event %d", emcalLoader->GetRunLoader()->GetEventNumber());
1108
1109     if(strstr(option,"all")){
1110       //loop over digits
1111       AliEMCALDigit * digit;
1112       printf("\nEMC digits (with primaries):\n")  ;
1113       printf("\n   Id  Amplitude    Time          Index Nprim: Primaries list \n") ;
1114       Int_t index ;
1115       for (index = 0 ; index < digits->GetEntries() ; index++) {
1116         digit = dynamic_cast<AliEMCALDigit *>(digits->At(index)) ;
1117         if(digit){
1118           printf("\n%6d  %8f    %6.5e %4d      %2d : ",
1119                  digit->GetId(), digit->GetAmplitude(), digit->GetTime(), digit->GetIndexInList(), digit->GetNprimary()) ;
1120           Int_t iprimary;
1121           for (iprimary=0; iprimary<digit->GetNprimary(); iprimary++) {
1122             printf("%d ",digit->GetPrimary(iprimary+1) ) ;
1123           }
1124         }// digit exists
1125       }// loop
1126     }
1127     printf("\n");
1128   }// loader exists
1129   else printf("NULL LOADER, cannot print\n");
1130 }
1131
1132 //__________________________________________________________________
1133 Float_t AliEMCALDigitizer::TimeOfNoise(void)
1134 {
1135   // Calculates the time signal generated by noise
1136   //printf("Time noise %e\n",fTimeNoise);
1137   return gRandom->Rndm() * fTimeNoise;
1138 }
1139
1140 //__________________________________________________________________
1141 void AliEMCALDigitizer::Unload()
1142 {
1143   // Unloads the SDigits and Digits
1144   AliRunLoader *rl=0;
1145
1146   Int_t i ;
1147   for(i = 1 ; i < fInput ; i++){
1148     TString tempo(fEventNames[i]) ;
1149     tempo += i;
1150     if ((rl = AliRunLoader::GetRunLoader(tempo)))
1151       rl->GetDetectorLoader("EMCAL")->UnloadSDigits() ;
1152   }
1153   AliEMCALLoader *emcalLoader = dynamic_cast<AliEMCALLoader*>(AliRunLoader::Instance()->GetDetectorLoader("EMCAL"));
1154   if(emcalLoader)emcalLoader->UnloadDigits() ;
1155   else AliFatal("Did not get the loader");
1156 }
1157
1158 //_________________________________________________________________________________________
1159 void AliEMCALDigitizer::WriteDigits()
1160 { // Makes TreeD in the output file.
1161   // Check if branch already exists:
1162   //   if yes, exit without writing: ROOT TTree does not support overwriting/updating of
1163   //      already existing branches.
1164   //   else creates branch with Digits, named "EMCAL", title "...",
1165   //      and branch "AliEMCALDigitizer", with the same title to keep all the parameters
1166   //      and names of files, from which digits are made.
1167
1168   AliEMCALLoader *emcalLoader = dynamic_cast<AliEMCALLoader*>(AliRunLoader::Instance()->GetDetectorLoader("EMCAL"));
1169
1170   if(emcalLoader){
1171     const TClonesArray * digits = emcalLoader->Digits() ;
1172     TTree * treeD = emcalLoader->TreeD();
1173     if ( !treeD ) {
1174       emcalLoader->MakeDigitsContainer();
1175       treeD = emcalLoader->TreeD();
1176     }
1177
1178     // -- create Digits branch
1179     Int_t bufferSize = 32000 ;
1180     TBranch * digitsBranch = 0;
1181     if ((digitsBranch = treeD->GetBranch("EMCAL"))) {
1182       digitsBranch->SetAddress(&digits);
1183       AliWarning("Digits Branch already exists. Not all digits will be visible");
1184     }
1185     else
1186       treeD->Branch("EMCAL","TClonesArray",&digits,bufferSize);
1187     //digitsBranch->SetTitle(fEventFolderName);
1188
1189     //  treeD->Fill() ;
1190     /*
1191      emcalLoader->WriteDigits("OVERWRITE");
1192      emcalLoader->WriteDigitizer("OVERWRITE");
1193
1194      Unload() ;
1195      */
1196
1197   }// loader exists
1198   else AliFatal("Loader not available");
1199 }
1200
1201 //__________________________________________________________________
1202 void AliEMCALDigitizer::WriteDigits(TClonesArray* digits, const char* branchName)
1203 { // overloaded method
1204   AliEMCALLoader *emcalLoader = dynamic_cast<AliEMCALLoader*>(AliRunLoader::Instance()->GetDetectorLoader("EMCAL"));
1205   if(emcalLoader){
1206
1207     TTree* treeD = emcalLoader->TreeD();
1208     if (!treeD)
1209       {
1210         emcalLoader->MakeDigitsContainer();
1211         treeD = emcalLoader->TreeD();
1212       }
1213
1214     // -- create Digits branch
1215     Int_t bufferSize = 32000;
1216
1217     if (TBranch* triggerBranch = treeD->GetBranch(branchName))
1218       {
1219         triggerBranch->SetAddress(&digits);
1220       }
1221     else
1222       {
1223         treeD->Branch(branchName,"TClonesArray",&digits,bufferSize);
1224       }
1225
1226     //  treeD->Fill();
1227   }// loader exists
1228   else AliFatal("Loader not available");
1229 }
1230
1231 //__________________________________________________________________
1232 Bool_t AliEMCALDigitizer::IsDead(AliEMCALDigit *digit)
1233 {
1234   AliRunLoader *runLoader = AliRunLoader::Instance();
1235   AliEMCALLoader *emcalLoader = dynamic_cast<AliEMCALLoader*>(runLoader->GetDetectorLoader("EMCAL"));
1236   if (!emcalLoader) AliFatal("Did not get the  Loader");
1237
1238   AliCaloCalibPedestal *caloPed = emcalLoader->PedestalData();
1239   if (!caloPed) {
1240     AliWarning("Could not access pedestal data! No dead channel removal applied");
1241     return kFALSE;
1242   }
1243
1244         // Load Geometry
1245   const AliEMCALGeometry *geom = AliEMCALGeometry::GetInstance();
1246   if (!geom) AliFatal("Did not get geometry from EMCALLoader");
1247
1248   Int_t absId   = digit->GetId();
1249   Int_t iSupMod = -1;
1250   Int_t nModule = -1;
1251   Int_t nIphi   = -1;
1252   Int_t nIeta   = -1;
1253   Int_t iphi    = -1;
1254   Int_t ieta    = -1;
1255
1256   Bool_t bCell = geom->GetCellIndex(absId, iSupMod, nModule, nIphi, nIeta) ;
1257
1258   if (!bCell) Error("IsDead","Wrong cell id number : absId %i ", absId) ;
1259   geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(iSupMod,nModule,nIphi, nIeta,iphi,ieta);
1260
1261   Int_t channelStatus = (Int_t)(caloPed->GetDeadMap(iSupMod))->GetBinContent(ieta,iphi);
1262
1263   if (channelStatus == AliCaloCalibPedestal::kDead)
1264     return kTRUE;
1265   else
1266     return kFALSE;
1267 }
1268
1269
1270 //__________________________________________________________________
1271 Bool_t AliEMCALDigitizer::IsDead(Int_t absId)
1272 {
1273     AliRunLoader *runLoader = AliRunLoader::Instance();
1274     AliEMCALLoader *emcalLoader = dynamic_cast<AliEMCALLoader*>(runLoader->GetDetectorLoader("EMCAL"));
1275     if (!emcalLoader) AliFatal("Did not get the  Loader");
1276
1277     AliCaloCalibPedestal *caloPed = emcalLoader->PedestalData();
1278     if (!caloPed) {
1279         AliWarning("Could not access pedestal data! No dead channel removal applied");
1280         return kFALSE;
1281     }
1282
1283         // Load Geometry
1284     const AliEMCALGeometry *geom = AliEMCALGeometry::GetInstance();
1285     if (!geom) AliFatal("Did not get geometry from EMCALLoader");
1286
1287     Int_t iSupMod = -1;
1288     Int_t nModule = -1;
1289     Int_t nIphi   = -1;
1290     Int_t nIeta   = -1;
1291     Int_t iphi    = -1;
1292     Int_t ieta    = -1;
1293
1294     Bool_t bCell = geom->GetCellIndex(absId, iSupMod, nModule, nIphi, nIeta) ;
1295
1296     if (!bCell) Error("IsDead","Wrong cell id number : absId %i ", absId) ;
1297     geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(iSupMod,nModule,nIphi, nIeta,iphi,ieta);
1298
1299     Int_t channelStatus = (Int_t)(caloPed->GetDeadMap(iSupMod))->GetBinContent(ieta,iphi);
1300
1301     if (channelStatus == AliCaloCalibPedestal::kDead)
1302         return kTRUE;
1303     else
1304         return kFALSE;
1305 }
1306