update of Jenn and Marco
[u/mrichter/AliRoot.git] / EMCAL / AliEMCALJetFinderAlgoOmni.cxx
1
2 //THIS Also includes summing ALL cells in the jetcone towards the jet energy NOT just those above threshold!!!!!
3
4
5 /**************************************************************************
6  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
7  *                                                                        *
8  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
9  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
10  *                                                                        *
11  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
12  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
13  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
14  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
15  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
16  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
17  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
18  **************************************************************************/
19
20 /*
21  
22 $Log$
23 Revision 1.15  2004/11/22 19:52:05  mhorner
24 Make sure pi0 get through
25
26 Revision 1.14  2004/04/02 17:11:33  mhorner
27 Marco's bug - fixes implemented
28
29 Revision 1.13  2004/03/26 01:00:38  mhorner
30 Implementing Marco's optimisations
31
32 Revision 1.12  2004/03/15 19:59:37  mhorner
33 Pyhtia comparison extended
34
35 Revision 1.11  2004/03/09 17:06:38  mhorner
36 Made more robust
37
38 Revision 1.10  2004/03/06 01:56:09  mhorner
39 Pythai comp code
40
41 Revision 1.9  2004/02/23 20:37:32  mhorner
42 changed geometry call
43
44 Revision 1.8  2004/01/29 23:28:44  mhorner
45 Jet Finder - hard coded geom parameters removed
46
47 Revision 1.7  2004/01/21 22:27:47  mhorner
48 Cleaning up coding conventions
49
50 Revision 1.6  2003/10/28 13:54:30  schutz
51 Compilation warnings fixed
52
53 Revision 1.5  2003/09/23 13:31:41  mhorner
54 Changed coordinate system
55
56 Revision 1.4  2003/09/19 13:16:20  mhorner
57 Added additional jet energy info
58
59
60 Revision 1.3  2003/09/04 12:49:56  mhorner
61 Changed hadron correction and added saving EMCAL and track contributions
62
63 */
64
65
66 //*--Author: Sarah Blyth (LBL)
67 //*--Based on UA1 jet algorithm from LUND JETSET called from EMC-erj
68
69 #include "TTask.h"
70 #include "TMath.h"
71 #include "TParticle.h"
72 #include "AliRun.h"
73 #include "AliRunLoader.h"
74 #include "AliEMCALJetFinderInput.h"
75 #include "AliEMCALJetFinderOutput.h"
76 #include "AliEMCALJetFinderAlgo.h"
77 #include "AliEMCALJetFinderAlgoOmni.h"
78 #include "AliEMCALJetFinderAlgoUA1Unit.h"
79 #include "AliEMCALGeometry.h"
80 #include "AliEMCALLoader.h"
81 #include "AliEMCAL.h"
82 #include "AliEMCALDigit.h"
83 #include "AliEMCALJet.h"
84
85
86 ClassImp(AliEMCALJetFinderAlgoOmni)
87
88   AliEMCALJetFinderAlgoOmni::AliEMCALJetFinderAlgoOmni()
89 {
90   //Default constructor
91 if (fDebug>0) Info("AliEMCALJetFinderAlgoOmni","Beginning Default Constructor");
92   AliEMCALGeometry * geom = AliEMCALGeometry::GetInstance("EMCAL_55_25","EMCAL");
93   fNumIter           = 0;
94   fNumUnits          = geom->GetNTowers();     //Number of towers in EMCAL
95   fESeed             = 5.0;       //Default value
96   fConeRad           = 0.3;       //Default value
97   fJetEMin           = 10.0;      //Default value
98   fEtMin             = 0.0;      //Default value
99   fMinMove           = 0.05;      //From original UA1 JetFinder
100   fMaxMove           = 0.15;      //From original UA1 JetFinder
101   fBGMaxMove         = 0.035;     //From original UA1 JetFinder
102   fPtCut             = 0;         
103   fHadCorr           = 0;       
104   fEBGTotal          = 1.0;       //Set to 1 so that no div by zero in first FindJets() loop
105   fEBGTotalOld       = 0.0;
106   fEBGAve            = 0.0;
107   fEnergy            = 0.0;
108   fJetEta            = 0.0;
109   fJetPhi            = 0.0;
110   fEtaInit           = 0.0;
111   fPhiInit           = 0.0;
112   fEtaB              = 0.0;
113   fPhiB              = 0.0;
114   fJetESum           = 0.0;
115   fJetEtaSum         = 0.0;
116   fJetPhiSum         = 0.0;
117   fDEta              = 0.0;
118   fDPhi              = 0.0;
119   fDistP             = 0.0;
120   fDistI             = 0.0;
121   fTempE             = 0.0;
122   fRad               = 2.0;      //Set to 2 to start 
123   fNumInCone         = 0;
124   fNumJets           = 0;
125   fArrayInitialised  = 0;        //Set to FALSE to start
126   fBGType            = kRatio;   //Set Ratio method as default BG subtraction method 
127   fBGPar             = -1.0;      //Set to 1 to start
128 }
129
130  AliEMCALJetFinderAlgoOmni::~AliEMCALJetFinderAlgoOmni()
131    {
132      //Destructor
133      if (fDebug>0) Info("AliEMCALJetFinderAlgoOmni","Beginning Destructor");
134      delete[] fUnit;
135      delete[] fUnitNoCuts;
136    }
137
138  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::SetJetFindingParameters
139                                (Int_t numUnits, Float_t eSeed, Float_t coneRad, Float_t jetEMin, Float_t etMin, 
140                                Float_t minMove, Float_t maxMove, Float_t bgMaxMove)
141    {
142      //Sets parameters for the JetFinding algorithm
143      if (fDebug>1) Info("SetJetFindingParameters","Setting parameters for JetFinding");
144
145      SetNumUnits(numUnits);
146      SetJetESeed(eSeed);
147      SetConeRad(coneRad);
148      SetJetEMin(jetEMin);
149      SetEtMin(etMin);
150      SetMinMove(minMove);
151      SetMaxMove(maxMove);
152      SetBGMaxMove(bgMaxMove);
153    }
154
155  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::SetJetFindingParameters
156                                (Int_t numUnits, Float_t eSeed, Float_t coneRad, Float_t jetEMin, Float_t etMin)
157    {
158      //Sets fewer parameters for the JetFinding algorithm
159      if (fDebug>1) Info("SetJetFindingParameters","Setting parameters for JetFinding");
160
161      SetNumUnits(numUnits);
162      SetJetESeed(eSeed);
163      SetConeRad(coneRad);
164      SetJetEMin(jetEMin);
165      SetEtMin(etMin);
166      SetMinMove(fMinMove);
167      SetMaxMove(fMaxMove);
168      SetBGMaxMove(fBGMaxMove);
169    }
170
171  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::InitUnitArray()
172    {
173      //Initialises unit arrays
174      if(fArrayInitialised) delete [] fUnit;
175      if(fArrayInitialised) delete [] fUnitNoCuts;
176      fUnit = new AliEMCALJetFinderAlgoUA1Unit[fNumUnits];
177      fUnitNoCuts = new AliEMCALJetFinderAlgoUA1Unit[fNumUnits];
178      fArrayInitialised = 1;
179    }
180
181  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::FillUnitArray(AliEMCALJetFinderAlgoUA1FillUnitFlagType_t flag)
182    {
183            // Fill the unit array 
184      if (fDebug>1) Info("FillUnitArray","Beginning FillUnitArray");
185          //    AliEMCAL* pEMCAL = (AliEMCAL*) gAlice->GetModule("EMCAL");
186          //   if (pEMCAL){ 
187          //          AliEMCALGeometry* geom =  AliEMCALGeometry::GetInstance(pEMCAL->GetTitle(), "");
188          //     }else
189          //    {
190
191      AliEMCALGeometry * geom = AliEMCALGeometry::GetInstance();
192      if (geom == 0)
193       geom = AliEMCALGeometry::GetInstance("EMCAL_55_25","EMCAL");
194
195         //    }
196          
197      AliEMCALJetFinderAlgoUA1FillUnitFlagType_t option = flag;
198      Int_t         numTracks, numDigits;
199     
200      //Loops over all elements in the AliEMCALJetFinderAlgoUA1Unit array and 
201      //fills the objects with relevant values from the Data Input object
202      if (fDebug>10) Info("FillUnitArray","Filling array with Unit objects");
203      if (fDebug>15) Info("FillUnitArray","NTracks %i NDigits %i",fInputPointer->GetNTracks(),fInputPointer->GetNDigits());
204          numTracks = fInputPointer->GetNTracks();
205          numDigits = fInputPointer->GetNDigits();
206          TParticle         *myPart;
207          AliEMCALDigit     *myDigit;
208      if (!fPythiaComparison)
209      {
210          //Fill units with Track info if appropriate
211          if(option==kFillTracksOnly || option ==kFillAll) 
212            {          
213             for(Int_t j=0; j<numTracks; j++)
214             {
215              myPart = fInputPointer->GetTrack(j);
216              Float_t eta = myPart->Eta();
217              Float_t  phi = myPart->Phi();
218              Int_t towerID = geom->TowerIndexFromEtaPhi(eta,180.0/TMath::Pi()*phi);
219              Float_t  pT = myPart->Pt();
220              Float_t unitEnergy = fUnit[towerID-1].GetUnitEnergy(); 
221              Float_t unitEnergyNoCuts = fUnitNoCuts[towerID-1].GetUnitEnergy();
222
223              
224              //OLD WAY:   //Do Hadron Correction
225               if(fHadCorr != 0)
226                {
227                  Double_t   fullP = myPart->P();
228                  Double_t   hCEnergy = fHadCorr->GetEnergy(fullP, (Double_t)eta);
229                  unitEnergy -= hCEnergy*TMath::Sin(myPart->Theta());
230                  unitEnergyNoCuts -= hCEnergy*TMath::Sin(myPart->Theta());
231                  fUnit[towerID-1].SetUnitEnergy(unitEnergy);
232                  fUnitNoCuts[towerID-1].SetUnitEnergy(unitEnergyNoCuts);
233                } //end Hadron Correction loop 
234               
235     
236              /*
237               //Do Hadron Correction with propagate phi for the track
238               if(fHadCorr != 0)
239                 {
240                   Bool_t curl = 1;
241                   Float_t deltaPhi;
242                   TParticlePDG *pdg = myPart->GetPDG();
243                   if(pdg->Charge() < 0)
244                     {
245                       deltaPhi = PropagatePhi(myPart->Pt(), -1.0, curl);
246                     }
247                   else{
248                     deltaPhi = PropagatePhi(myPart->Pt(), 1.0, curl);
249                   }
250                   phi += deltaPhi;
251                   //Get new tower id for cell that track would curve into
252                   Int_t towerID2;
253                   if(phi>(TMath::Pi()/180.0)*geom->GetArm1PhiMax() || phi<(TMath::Pi()/180.0)*geom->GetArm1PhiMin())
254                     {
255                       towerID2 = -1;
256                     }
257                   else{
258                       towerID2 = geom->TowerIndexFromEtaPhi(eta,180.0/TMath::Pi()*phi);
259                     }
260                   
261                   if(towerID2 != -1)
262                     {
263                       //Find unit energy of new tower
264                       Float_t unitEnergy2 = fUnit[towerID2-1].GetUnitEnergy();
265                       Float_t unitEnergy2NoCuts = fUnitNoCuts[towerID2-1].GetUnitEnergy();
266                       Double_t   fullP = myPart->P();
267                       Double_t   hCEnergy = fHadCorr->GetEnergy(fullP, (Double_t)eta);
268                       unitEnergy2 -= hCEnergy*TMath::Sin(myPart->Theta());
269                       unitEnergy2NoCuts -= hCEnergy*TMath::Sin(myPart->Theta());
270                       fUnit[towerID2-1].SetUnitEnergy(unitEnergy2);
271                       fUnitNoCuts[towerID2-1].SetUnitEnergy(unitEnergy2NoCuts);
272                     }//end if for towerID2
273                 }//end Hadron Correction loop
274              */
275
276               fUnitNoCuts[towerID-1].SetUnitEnergy(unitEnergyNoCuts + pT);
277              //Do Pt cut on tracks
278              if(fPtCut != 0 && pT < fPtCut) continue;
279
280              fUnit[towerID-1].SetUnitEnergy(unitEnergy+pT);
281
282              }//end tracks loop
283            }//end Tracks condition
284
285
286          //Fill units with Digit info if appropriate
287          if(option ==kFillDigitsOnly || option ==kFillAll)
288            {
289             for(Int_t k=0; k<numDigits; k++)
290             {
291              myDigit = fInputPointer->GetDigit(k);
292              if (fDebug>10) Info("FillUnitArray","getting digits %i %i numdigits",k,numDigits );
293              Int_t towerID = myDigit->GetId();
294              Int_t amplitude = myDigit->GetAmp();     //Gets the integer valued amplitude of the digit
295              Float_t amp = (Float_t)amplitude;        //Need to typecast to Float_t before doing real energy conversion
296              Float_t digitEnergy = amp/10000000.0;    //Factor of 10 million needed to convert!
297              Float_t unitEnergy = fUnit[towerID-1].GetUnitEnergy() + digitEnergy;
298              Float_t unitEnergyNoCuts = fUnitNoCuts[towerID-1].GetUnitEnergy() + digitEnergy;
299              fUnit[towerID-1].SetUnitEnergy(unitEnergy);
300              fUnitNoCuts[towerID-1].SetUnitEnergy(unitEnergyNoCuts);
301             }//end digits loop
302            }//end digits condition
303
304          //Set all unit flags, Eta, Phi
305          for(Int_t i=0; i<fNumUnits; i++)
306            {
307              if (fDebug>10) Info("FillUnitArray","Setting all units outside jets");
308              //Set all units to be outside a jet initially
309              fUnit[i].SetUnitFlag(kOutJet);           
310              fUnit[i].SetUnitID(i+1);
311              Float_t eta;
312              Float_t phi;
313              geom->EtaPhiFromIndex(fUnit[i].GetUnitID(), eta, phi);
314              fUnit[i].SetUnitEta(eta);
315              fUnit[i].SetUnitPhi(phi*TMath::Pi()/180.0);
316              //Set all units to be outside a jet initially
317              fUnitNoCuts[i].SetUnitFlag(kOutJet);          
318              fUnitNoCuts[i].SetUnitID(i+1);
319              eta = 0.0;
320              phi = 0.0;
321              geom->EtaPhiFromIndex(fUnitNoCuts[i].GetUnitID(), eta, phi);
322              fUnitNoCuts[i].SetUnitEta(eta);
323              fUnitNoCuts[i].SetUnitPhi(phi*TMath::Pi()/180.0);
324              //      if(i>13000) cout<<"!!!!!!!!!!!!!!!!!For unit0, eta="<<eta<<" and phi="<<phi*TMath::Pi()/180.0<<" and ID="<<fUnit[i].GetUnitID()<<endl;
325              //  if(fUnit[i].GetUnitEnergy()>0) cout<<"Unit ID "<<fUnit[i].GetUnitID() <<"with eta="<<eta<<" and phi="<<phi*TMath::Pi()/180.0<<" has energy="<<fUnit[i].GetUnitEnergy()<<endl;
326            }//end loop over all units in array (same as all towers in EMCAL)
327
328      }
329      if (fPythiaComparison)
330      {
331              for(Int_t j=0; j<numTracks; j++)                            
332              {
333                      myPart = fInputPointer->GetTrack(j);
334                      fUnit[j].SetUnitID(j);
335                      fUnit[j].SetUnitFlag(kOutJet);
336                      fUnit[j].SetUnitEta(myPart->Eta());
337                      fUnit[j].SetUnitPhi(myPart->Phi());
338                      if (myPart->Energy()*TMath::Sin(myPart->Theta()) > fPtCut || myPart->GetPDG()->Charge() == 0.0  )
339                      {
340                              fUnit[j].SetUnitEnergy(myPart->Energy()*TMath::Sin(myPart->Theta()));
341                      }else
342                      {
343                              fUnit[j].SetUnitEnergy(0.00);
344                      }
345                      fUnitNoCuts[j].SetUnitID(j);
346                      fUnitNoCuts[j].SetUnitFlag(kOutJet);
347                      fUnitNoCuts[j].SetUnitEta(myPart->Eta());
348                      fUnitNoCuts[j].SetUnitPhi(myPart->Phi());
349                      fUnitNoCuts[j].SetUnitEnergy(myPart->Energy()*TMath::Sin(myPart->Theta()));
350              }
351              for(Int_t k=numTracks; k < fNumUnits; k++)
352              {
353                      fUnit[k].SetUnitID(k);
354                      fUnit[k].SetUnitFlag(kBelowMinEt);
355                      fUnit[k].SetUnitEta(0.0);
356                      fUnit[k].SetUnitPhi(0.0);
357                      fUnit[k].SetUnitEnergy(0.0);                    
358                      fUnitNoCuts[k].SetUnitID(k);
359                      fUnitNoCuts[k].SetUnitFlag(kBelowMinEt);
360                      fUnitNoCuts[k].SetUnitEta(0.0);
361                      fUnitNoCuts[k].SetUnitPhi(0.0);
362                      fUnitNoCuts[k].SetUnitEnergy(0.0);                   
363              }
364      }
365
366
367
368    }
369
370
371  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::Sort(AliEMCALJetFinderAlgoUA1Unit *unit, Int_t length)
372  {
373    //Calls the recursive quicksort method to sort unit objects in decending order of Energy
374    if (fDebug>1) Info("Sort","Sorting Unit objects");
375    QS(unit, 0, length-1);
376  }
377   
378
379  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::QS(AliEMCALJetFinderAlgoUA1Unit *unit, Int_t left, Int_t right)
380  {
381   //Sorts the AliEMCALJetFinderAlgoUA1Unit objects in decending order of Energy
382    if (fDebug>111) Info("QS","QuickSorting Unit objects");   
383
384    Int_t    i;
385    Int_t    j;
386    AliEMCALJetFinderAlgoUA1Unit  unitFirst;
387    AliEMCALJetFinderAlgoUA1Unit  unitSecond;
388
389    i = left;
390    j = right;
391    unitFirst = unit[(left+right)/2];
392
393  do
394   {
395     while( (unit[i].GetUnitEnergy() > unitFirst.GetUnitEnergy()) && (i < right)) i++;
396     while( (unitFirst.GetUnitEnergy() > unit[j].GetUnitEnergy()) && (j > left)) j--;
397
398     if(i <= j)
399       {
400         unitSecond = unit[i];
401         unit[i] = unit[j];
402         unit[j] = unitSecond;
403         i++;
404         j--;
405       }//end if
406   }while(i <= j);
407
408  if(left < j) QS(unit, left, j);
409  if(i < right) QS(unit, i, right);
410  }
411
412
413  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::FindBG()
414  {
415    if(fBGType == kRatio) RatioBG();
416    else if(fBGType == kCone) ConeBG();
417    else if(fBGType == kConstant) ConstantBG();
418  }
419
420  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::RatioBG()
421    {
422      //Finds the background energy for the iteration
423      //using the Ratio method
424      if (fDebug>1) Info("FindBG","Finding Average Background"); 
425      //Store BGEperCell from previous iteration!
426      fEBGTotalOld = fEBGTotal;
427      fEBGTotal          = 0.0;
428      Int_t numCone      = 0;
429
430      //If user has not set fBGPar, set it to the default
431      //for TPC = 90% efficiency, PtCut = 2GeV/c, timecut = 30ns
432      if(fBGPar == -1) fBGPar = 0.4685;
433
434      //Loop over all unit objects in the Unit array and link to same
435      //unit ID in NoCuts Unit array
436      for(Int_t i=0; i<fNumUnits; i++)
437        {
438          if(fUnit[i].GetUnitFlag() != kInJet)
439            {
440              Int_t id = fUnit[i].GetUnitID();
441              fEBGTotal += fUnitNoCuts[id-1].GetUnitEnergy();  
442            }
443          else numCone++;
444        }//end for
445
446      fEBGTotal *= fBGPar;
447      fEBGAve = fEBGTotal / (fNumUnits - numCone);
448      if (fDebug>5) Info("FindBG","Average BG is %f: ",fEBGAve); 
449
450      for(Int_t count=0; count<fNumUnits;count++)
451        {
452          fUnit[count].SetUnitFlag(kOutJet);
453        }//end for
454    }
455
456  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::ConeBG()
457    {
458      //Finds the background energy for the iteration
459      //using all energy not contained inside a jet
460      if (fDebug>1) Info("FindBG","Finding Average Background"); 
461      //Store old value of BGEperCell!
462      fEBGTotalOld = fEBGTotal;
463      fEBGTotal          = 0.0;
464      Int_t numCone      = 0;
465
466      //Loop over all unit objects in the array and sum the energy of those not in a jet
467      for(Int_t i=0; i<fNumUnits; i++)
468        {
469          if(fUnit[i].GetUnitFlag() != kInJet)
470            fEBGTotal += fUnit[i].GetUnitEnergy();
471          else numCone++;
472        }//end for
473
474      fEBGAve = fEBGTotal / (fNumUnits - numCone);
475      if (fDebug>5) Info("FindBG","Average BG is %f: ",fEBGAve);      
476
477      for(Int_t count=0; count<fNumUnits;count++)
478        {
479          fUnit[count].SetUnitFlag(kOutJet);
480        }//end for
481    }
482
483  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::ConstantBG()
484    {     
485      //Finds the background energy for the iteration
486      //using all energy not contained inside a jet
487      if (fDebug>1) Info("FindBG","Finding Average Background"); 
488
489      //If user has not set fBGPar, set it to the default
490      //for TPC = 90% efficiency, PtCut = 2GeV/c, timecut = 30ns
491      if(fBGPar == -1) fBGPar = 0.03378;
492
493      fEBGAve = fBGPar;
494      if (fDebug>5) Info("FindBG","Average BG is %f: ",fEBGAve);      
495
496      fEBGTotal          = 0.0;
497      Int_t numCone      = 0;
498      for(Int_t count=0; count<fNumUnits;count++)
499        {
500          if(fUnit[count].GetUnitFlag() == kInJet)
501            {
502              numCone++;
503            }
504          fUnit[count].SetUnitFlag(kOutJet);
505        }//end for
506      fEBGTotal = fEBGAve * (fNumUnits-numCone);
507      fEBGTotalOld = fEBGTotal;
508    }
509
510  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::FindJetEtaPhi(Int_t counter)
511    {
512      //Finds the eta and phi of the jet axis
513      if (fDebug>10) Info("FindJetEtaPhi","Finding Jet Eta and Phi");
514
515      fDEta = fUnit[counter].GetUnitEta() - fEtaInit;
516      fDPhi = fUnit[counter].GetUnitPhi() - fPhiInit;
517
518      fEnergy = fUnit[counter].GetUnitEnergy() - fEBGAve;
519      fJetEtaSum += fEnergy * fDEta;
520      fJetPhiSum += fEnergy * fDPhi;
521      fJetESum += fEnergy;
522      if (fJetESum >1.0e-7)
523      {
524              fJetEta = fEtaInit + (fJetEtaSum / fJetESum);
525              fJetPhi = fPhiInit + (fJetPhiSum / fJetESum);
526      }
527    }
528
529
530  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::FindJetEnergy()
531    {
532      //Finds the energy of the jet after the final axis has been found
533      if (fDebug>1) Info("FindJetEnergy","Finding Jet Energy");
534
535      for(Int_t i=0; i<fNumUnits; i++)
536        {
537          //Loop over all unit objects in the array and find if within cone radius
538          Float_t dEta = fUnit[i].GetUnitEta() - fJetEta;
539          Float_t dPhi = fUnit[i].GetUnitPhi() - fJetPhi;
540          Float_t rad;
541          if ((dEta*dEta) + (dPhi*dPhi)>1.e-7)
542          {
543                  rad = TMath::Sqrt( (dEta*dEta) + (dPhi*dPhi) );
544          }else
545          {
546                  rad=0.0;
547          }
548
549          if(fUnit[i].GetUnitFlag()==kOutJet && rad<= fConeRad)
550            {
551              fUnit[i].SetUnitFlag(kInCurrentJet);
552              Float_t energy = fUnit[i].GetUnitEnergy() - fEBGAve;
553              fJetESum += energy;                             
554              fJetEtaSum += energy * dEta;
555              fJetPhiSum += energy * dPhi;
556              fNumInCone++;                     //Increment the number of cells in the jet cone
557            }//end if
558        }//end for
559    }
560
561
562  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::StoreJetInfo()
563    {
564      //Stores the resulting jet information in appropriate storage structure (TO BE DECIDED!!!!)
565      if (fDebug>1) Info("StoreJetInfo","Storing Jet Information");
566      AliEMCALGeometry * geom = AliEMCALGeometry::GetInstance();
567      if (geom == 0)
568        geom = AliEMCALGeometry::GetInstance("EMCAL_55_25","EMCAL");
569      //Store:
570      //fJetESum is the final jet energy (background has been subtracted)
571      //fJetEta is the final jet Eta
572      //fJetPhi is the final jet Phi
573      //fNumInCone is the final number of cells included in the jet cone
574      //fEtaInit is the eta of the initiator cell
575      //fPhiInit is the phi of the initiator cell
576
577      AliEMCALJet jet(fJetESum,fJetPhi,fJetEta);
578
579       cout<<"For iteration "<<fNumIter <<" and Jet number " <<fNumJets <<endl;
580       cout<<"The jet energy is: " <<fJetESum <<endl;
581       cout<<"The jet eta is ---->" <<fJetEta <<endl;
582       cout<<"The jet phi is ---->" <<fJetPhi <<endl;
583
584      Int_t             numberTracks = fInputPointer->GetNTracks();
585      Int_t             numberDigits = fInputPointer->GetNDigits();
586      AliEMCALDigit     *myD;
587      TParticle         *myP;
588      Int_t             numTracksInCone = 0;
589      Float_t           trackEnergy = 0.0;
590      Float_t           trackEnergyPtCut =0.0; 
591      Float_t           emcalEnergy = 0.0;
592      Float_t           emcalEnergyBGSub = 0.0;
593
594      for(Int_t counter=0; counter<numberTracks; counter++)
595        {
596         myP = fInputPointer->GetTrack(counter);
597         Float_t eta = myP->Eta();
598         Float_t phi = myP->Phi(); 
599         Float_t deta = fJetEta-eta;
600         Float_t dphi = fJetPhi -phi;
601         Float_t rad = TMath::Sqrt( (deta*deta) + (dphi*dphi));
602         if(rad<=fConeRad) numTracksInCone++;
603        }//end for
604
605      Float_t    *pTArray = new Float_t[numTracksInCone];
606      Float_t    *etaArray = new Float_t[numTracksInCone];
607      Float_t    *phiArray = new Float_t[numTracksInCone];
608      Int_t      *pdgArray = new Int_t[numTracksInCone];
609      Int_t             index = 0;
610
611      for(Int_t counter2=0; counter2<numberTracks; counter2++)
612        {
613          myP = fInputPointer->GetTrack(counter2);
614          Float_t eta = myP->Eta();
615          Float_t phi = myP->Phi(); 
616          Float_t deta = fJetEta-eta;
617          Float_t dphi = fJetPhi -phi;
618          Float_t rad ;
619          if ((deta*deta) + (dphi*dphi)>1.e-7)
620          {
621                  rad = TMath::Sqrt( (deta*deta) + (dphi*dphi) );
622          }else
623          {
624                  rad=0.0;
625          }
626
627          if(rad<=fConeRad)
628            {
629              pTArray[index] = myP->Pt();
630              //Calculate track contribution within jetcone
631              trackEnergy += myP->Pt();
632              if(myP->Pt() >= fPtCut) trackEnergyPtCut += myP->Pt();
633              etaArray[index] = eta;
634              phiArray[index] = phi;
635              pdgArray[index] = myP->GetPdgCode();
636              index++;
637              if(fHadCorr != 0)
638              {
639                      Double_t   fullP = myP->P();
640                      Double_t   hCEnergy = fHadCorr->GetEnergy(fullP, (Double_t)eta);
641                      emcalEnergy -= hCEnergy*TMath::Sin(myP->Theta());
642                      emcalEnergyBGSub -= hCEnergy*TMath::Sin(myP->Theta());
643              } //end Hadron Correction loop 
644                            
645            }//end if
646        }//end for
647
648      //Loop over digits to find EMCal contribution within jetcone
649      for(Int_t counter3=0; counter3<numberDigits; counter3++)
650        {
651          myD = fInputPointer->GetDigit(counter3);
652          //GET DIGIT ETA, PHI so that can check if inside R!
653          Float_t eta = 0.0;
654          Float_t phi = 0.0;
655          Int_t iID = myD->GetId();
656          geom->EtaPhiFromIndex(iID, eta, phi);
657          Float_t deta = fJetEta-eta;
658          Float_t dphi = fJetPhi -(TMath::Pi()/180.0)*phi;
659          //Float_t rad = TMath::Sqrt( (deta*deta) + (dphi*dphi));
660          Float_t rad ;
661          if ((deta*deta) + (dphi*dphi)>1.e-7)
662          {
663                  rad = TMath::Sqrt( (deta*deta) + (dphi*dphi) );
664          }else
665          {
666                  rad=0.0;
667          }
668
669          if(rad<=fConeRad)
670            {
671          Int_t amplitude = myD->GetAmp();     //Gets the integer valued amplitude of the digit
672          Float_t amp = (Float_t)amplitude;        //Need to typecast to Float_t before doing real energy conversion
673          Float_t digitEnergy = amp/10000000.0;    //Factor of 10 million needed to convert!
674          emcalEnergy += digitEnergy;
675          emcalEnergyBGSub += (digitEnergy - fEBGAve);
676            }//end if
677        }//end count3 for
678
679      //Save in JET object
680      jet.SetTrackList(numTracksInCone,pTArray, etaArray, phiArray, pdgArray);
681      jet.SetEMCALEnergy(emcalEnergy);
682      jet.SetEMCALEnergyBGSub(emcalEnergyBGSub);
683      jet.SetTrackEnergy(trackEnergy);
684      jet.SetTrackEnergyPtCut(trackEnergyPtCut);
685      fOutputPointer->AddJet(&jet);
686      delete[] pTArray;
687      delete[] etaArray;
688      delete[] phiArray;
689      delete[] pdgArray;
690    }
691
692
693  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::FindJets()
694    {
695      //Runs the complete UA1 JetFinding algorithm to find jets!
696      if (fDebug>1) Info("FindJets","Starting Jet Finding!!!");
697
698      //If the array of JetFinderUnit objects has not been initialised then initialise with default settings
699      if(!fArrayInitialised) 
700       {
701        InitUnitArray();
702        FillUnitArray(kFillAll);
703       }//end if
704      if (fDebug>1) Info("FindJets","Unit array filled");
705
706      //Step 1. Sort the array in descending order of Energy
707      Sort(fUnit,fNumUnits);
708
709      //Step 2. Set the number of iterations and Number of jets found to zero to start
710      fNumIter = 0;
711      fNumJets = 0;
712
713      //Step 3. Begin the iteration loop to find jets
714      //Need to iterate the algorithm while number of iterations<2 OR number of iterations<10 AND 
715      //the value of the average background has changed more than specified amount
716      //Min iterations = 2, Max iterations = 10
717      //while(fNumIter<2 || (fNumIter <10 && ( (fEBGTotal-fEBGTotalOld)/fEBGTotal) > fBGMaxMove) )
718
719      while(fNumIter<2 || (fNumIter <10 && ( fEBGTotal-fEBGTotalOld) > fEBGTotal*fBGMaxMove) )
720        {
721         if (fDebug>1) Info("FindJets","Starting BIG iteration ---> %i",fNumIter);
722
723          //Step 4. Find the value of the average background energy
724          FindBG();
725          fOutputPointer->Reset(kResetJets); //Reset output object to store info for new iteration
726          fNumJets=0;
727
728          //Loop over the array of unit objects and flag those with energy below MinCellEt
729          Int_t numbelow = 0;
730          for(Int_t j=0; j<fNumUnits; j++)
731            {
732              if( (fUnit[j].GetUnitEnergy()-fEBGAve) < fEtMin)
733                 {       
734                   //          fUnit[j].SetUnitFlag(kBelowMinEt);    TAKING OUT kBelow flag
735                   numbelow++;
736                 }//end if
737            }//end for
738          //cout<<"THERE WERE "<<numbelow<<" units with E <EtMin!!!!!!!!!!!!!!!"<<endl;
739
740          //Do quick check if there are no jets upfront
741          // if(fUnit[0].GetUnitFlag() == kBelowMinEt)
742          if( (fUnit[0].GetUnitEnergy()-fEBGAve) < fEtMin)
743            {
744             cout <<"There are no jets for this event!" <<endl;
745             break;
746            }//end if
747
748          //Step 5. Begin with the first jet candidate cell (JET SEED LOOP)
749          if (fDebug>5) Info("FindJets","Beginning JET SEED LOOP");
750          for(Int_t count=0; count<fNumUnits; count++)
751            {
752
753 //CHECK CONDITION HERE _ NOT SURE IF SHOULD MAYBE BE: GetUnitEnergy()-fEBGAve >fESeed?????????????????????????????
754              if(fUnit[count].GetUnitEnergy()>=fESeed && fUnit[count].GetUnitFlag()==kOutJet)
755                {
756                  fEnergy = fUnit[count].GetUnitEnergy() - fEBGAve;
757                  fJetEta = fUnit[count].GetUnitEta();
758                  fJetPhi = fUnit[count].GetUnitPhi();
759                  Int_t seedID = fUnit[count].GetUnitID();
760                  if (fDebug>5) Info("FindJets","Inside first candidate jet seed loop for time : %i", count);
761                  if (fDebug>5) Info("FindJets","Found candidate energy %f ",fEnergy);
762                  if (fDebug>5) Info("FindJets","Found candidate eta %f ", fJetEta);
763                  if (fDebug>5) Info("FindJets","Found candidate phi %f ", fJetPhi);
764                  if (fDebug>5) Info("FindJets","Found candidate ID %i", seedID);
765
766                  fEtaInit = fJetEta;
767                  fPhiInit = fJetPhi;
768                  fEtaB = fJetEta;
769                  fPhiB = fJetPhi;
770                  Int_t testflag = 1;
771                  do
772                    {
773                  fJetESum = 0.0;
774                  fJetEtaSum = 0.0;
775                  fJetPhiSum = 0.0;
776        
777          //Step 6. Find Jet Eta and Phi
778                  //Loop over all units in the array to find the ones in the jet cone and determine contrib to Jet eta, phi
779                      for(Int_t count1=0; count1<fNumUnits; count1++)               
780                        {
781                          if(fUnit[count1].GetUnitID() == seedID && testflag)
782                          {
783                                  testflag=0;
784                                  continue;   //skip unit if the jetseed to avoid doublecounting
785                          }
786                          if(fUnit[count1].GetUnitFlag() == kOutJet)
787                            {
788                              fDEta = fUnit[count1].GetUnitEta() - fJetEta;
789                              fDPhi = fUnit[count1].GetUnitPhi() - fJetPhi;
790                              if ( (fDEta*fDEta) + (fDPhi*fDPhi) >1.e-7)
791                              {
792                                      fRad = TMath::Sqrt( (fDEta*fDEta) + (fDPhi*fDPhi) );
793                              }else
794                              {
795                                      fRad=0.000;
796                              }
797                              if(fRad <= fConeRad)
798                                {
799                                  FindJetEtaPhi(count1); 
800                                }//end if
801                            }//end if
802                        }//end for (Jet Eta, Phi LOOP)
803                              
804                       //Find the distance cone centre moved from previous cone centre
805                       if (fDebug>10) Info("FindJets","Checking if cone move small enough");
806                       if (((fJetEta-fEtaB)*(fJetEta-fEtaB)) + ((fJetPhi-fPhiB)*(fJetPhi-fPhiB))  >1.e-7)
807                       {
808                               fDistP = TMath::Sqrt( ((fJetEta-fEtaB)*(fJetEta-fEtaB)) + ((fJetPhi-fPhiB)*(fJetPhi-fPhiB)) );
809                       }else
810                       {
811                               fDistP = 0.00;
812                       }
813                       //     if(fDistP <= fMinMove) break;
814                              
815
816                       //Find the distance cone centre is from initiator cell
817                       if (fDebug>10) Info("FindJets","Checking if cone move too large");
818                       if ( ((fJetEtaSum)*(fJetEtaSum))+((fJetPhiSum)*(fJetPhiSum)) >1.e-7)
819                       {
820                               fDistI = TMath::Sqrt( ((fJetEtaSum/fJetESum)*(fJetEtaSum/fJetESum)) + ((fJetPhiSum/fJetESum)*
821                                                                                                     (fJetPhiSum/fJetESum)));
822                       }else
823                       {
824                               fDistI = 0.00;
825                       }
826
827                       if(fDistP>fMinMove && fDistI<fMaxMove)
828                         {
829                           fEtaB = fJetEta;
830                           fPhiB = fJetPhi;
831                         }//end if
832                  
833                    }while(fDistP>fMinMove && fDistI<fMaxMove);
834                           
835                  fJetEta = fEtaB;
836                  fJetPhi = fPhiB;
837
838
839        //Step 7. Find the Jet Energy
840                  if (fDebug>1) Info("FindJets","Looking for Jet energy");
841                  fJetESum = 0.0;
842                  fJetEtaSum = 0.0;
843                  fJetPhiSum = 0.0;
844                  fNumInCone = 0;
845                  FindJetEnergy();
846
847                  //cout<<"Number of cells in jet cone is: "<<fNumInCone<<endl;
848
849        //Step 8. Check if the jet is a valid jet
850                  //Check if cluster energy is above Min allowed to be a jet
851 //DID NOT DO THE COSH COMPARISON HERE -> NEED TO CHECK WHICH COMPARISON IS BEST!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!
852                  if (fDebug>5) Info("FindJets","Checking cluster is valid jet");
853                  if(fJetESum < fJetEMin)
854                    {
855                      for(Int_t count2=0; count2<fNumUnits; count2++)
856                        {
857                          if(fUnit[count2].GetUnitFlag()==kInCurrentJet || fUnit[count2].GetUnitFlag()==kOutJet)
858                            fUnit[count2].SetUnitFlag(kOutJet);
859                        }//end for
860                    if (fDebug>10) Info("FindJets","NOT a valid jet cell");
861                   }else
862                     {
863                      for(Int_t count2=0; count2<fNumUnits; count2++)
864                        {
865                          if(fUnit[count2].GetUnitFlag()==kInCurrentJet)
866                            {
867                              //      cout<<"Setting unit #"<<count2 <<" to be officially in a jet!"<<endl;
868                            fUnit[count2].SetUnitFlag(kInJet);
869                            }
870                        }//end for                       
871
872  //NEED TO CHECK FINAL WEIRD ITERATION OF ETA AND PHI CHANGES!!!!!!!!!
873                      //  fJetPhi += fJetPhiSum/fJetESum;        //CHECK!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!
874                      //  fJetEta += fJetEtaSum/fJetESum;        //CHECK!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!
875
876                      fNumJets++;              //Incrementing number of jets found
877                      StoreJetInfo();          //Storing jet info
878
879                  }//end if (check cluster above Min Jet Energy)
880                }//end if (Jet Seed condition)
881            }//end (JET SEED LOOP)
882
883 if (fDebug>5) Info("FindJets","End of BIG iteration number %i",fNumIter);
884 // this->Dump();
885          fNumIter++;
886        }//end 10 iteration WHILE LOOP
887  }
888
889
890
891
892
893
894
895
896
897
898