Small changes
[u/mrichter/AliRoot.git] / EMCAL / AliEMCALJetFinderAlgoOmni.cxx
1
2 //THIS Also includes summing ALL cells in the jetcone towards the jet energy NOT just those above threshold!!!!!
3
4
5 /**************************************************************************
6  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
7  *                                                                        *
8  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
9  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
10  *                                                                        *
11  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
12  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
13  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
14  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
15  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
16  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
17  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
18  **************************************************************************/
19
20 /*
21  
22 $Log$
23 Revision 1.5  2003/09/23 13:31:41  mhorner
24 Changed coordinate system
25
26 Revision 1.4  2003/09/19 13:16:20  mhorner
27 Added additional jet energy info
28
29
30 Revision 1.3  2003/09/04 12:49:56  mhorner
31 Changed hadron correction and added saving EMCAL and track contributions
32
33 */
34
35
36 //*--Author: Sarah Blyth (LBL)
37 //*--Based on UA1 jet algorithm from LUND JETSET called from EMC-erj
38
39 #include "TTask.h"
40 #include "AliEMCALJetFinderInput.h"
41 #include "AliEMCALJetFinderOutput.h"
42 #include "AliEMCALJetFinderAlgo.h"
43 #include "AliEMCALJetFinderAlgoOmni.h"
44 #include "AliEMCALJetFinderAlgoUA1Unit.h"
45 #include "AliEMCALGeometry.h"
46 #include "AliEMCAL.h"
47 #include "AliEMCALDigit.h"
48 #include "TParticle.h"
49 #include "AliRun.h"
50 #include "AliEMCALJet.h"
51 #include "TMath.h"
52
53
54 ClassImp(AliEMCALJetFinderAlgoOmni)
55
56   AliEMCALJetFinderAlgoOmni::AliEMCALJetFinderAlgoOmni()
57 {
58   //Default constructor
59 if (fDebug>0) Info("AliEMCALJetFinderAlgoOmni","Beginning Default Constructor");
60
61   fNumIter           = 0;
62   fNumUnits          = 13824;     //Number of towers in EMCAL
63   fESeed             = 5.0;       //Default value
64   fConeRad           = 0.3;       //Default value
65   fJetEMin           = 10.0;      //Default value
66   fEtMin             = 0.0;      //Default value
67   fMinMove           = 0.05;      //From original UA1 JetFinder
68   fMaxMove           = 0.15;      //From original UA1 JetFinder
69   fBGMaxMove         = 0.035;     //From original UA1 JetFinder
70   fPtCut             = 0;         
71   fHadCorr           = 0;       
72   fEBGTotal          = 1.0;       //Set to 1 so that no div by zero in first FindJets() loop
73   fEBGTotalOld       = 0.0;
74   fEBGAve            = 0.0;
75   fEnergy            = 0.0;
76   fJetEta            = 0.0;
77   fJetPhi            = 0.0;
78   fEtaInit           = 0.0;
79   fPhiInit           = 0.0;
80   fEtaB              = 0.0;
81   fPhiB              = 0.0;
82   fJetESum           = 0.0;
83   fJetEtaSum         = 0.0;
84   fJetPhiSum         = 0.0;
85   fDEta              = 0.0;
86   fDPhi              = 0.0;
87   fDistP             = 0.0;
88   fDistI             = 0.0;
89   fTempE             = 0.0;
90   fRad               = 2.0;      //Set to 2 to start 
91   fNumInCone         = 0;
92   fNumJets           = 0;
93   fArrayInitialised  = 0;        //Set to FALSE to start
94   fBGType            = kRatio;   //Set Ratio method as default BG subtraction method 
95   fBGPar             = -1.0;      //Set to 1 to start
96 }
97
98  AliEMCALJetFinderAlgoOmni::~AliEMCALJetFinderAlgoOmni()
99    {
100      //Destructor
101      if (fDebug>0) Info("AliEMCALJetFinderAlgoOmni","Beginning Destructor");
102      delete[] fUnit;
103      delete[] fUnitNoCuts;
104    }
105
106  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::SetJetFindingParameters
107                                (Int_t numUnits, Float_t eSeed, Float_t coneRad, Float_t jetEMin, Float_t etMin, 
108                                Float_t minMove, Float_t maxMove, Float_t bgMaxMove)
109    {
110      //Sets parameters for the JetFinding algorithm
111      if (fDebug>1) Info("SetJetFindingParameters","Setting parameters for JetFinding");
112
113      SetNumUnits(numUnits);
114      SetJetESeed(eSeed);
115      SetConeRad(coneRad);
116      SetJetEMin(jetEMin);
117      SetEtMin(etMin);
118      SetMinMove(minMove);
119      SetMaxMove(maxMove);
120      SetBGMaxMove(bgMaxMove);
121    }
122
123  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::SetJetFindingParameters
124                                (Int_t numUnits, Float_t eSeed, Float_t coneRad, Float_t jetEMin, Float_t etMin)
125    {
126      //Sets fewer parameters for the JetFinding algorithm
127      if (fDebug>1) Info("SetJetFindingParameters","Setting parameters for JetFinding");
128
129      SetNumUnits(numUnits);
130      SetJetESeed(eSeed);
131      SetConeRad(coneRad);
132      SetJetEMin(jetEMin);
133      SetEtMin(etMin);
134      SetMinMove(fMinMove);
135      SetMaxMove(fMaxMove);
136      SetBGMaxMove(fBGMaxMove);
137    }
138
139  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::InitUnitArray()
140    {
141      //Initialises unit arrays
142      if(fArrayInitialised) delete[] fUnit;
143      fUnit = new AliEMCALJetFinderAlgoUA1Unit[fNumUnits];
144      fUnitNoCuts = new AliEMCALJetFinderAlgoUA1Unit[fNumUnits];
145      fArrayInitialised = 1;
146    }
147
148  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::FillUnitArray(AliEMCALJetFinderAlgoUA1FillUnitFlagType_t flag)
149    {
150      if (fDebug>1) Info("FillUnitArray","Beginning FillUnitArray");
151          //    AliEMCAL* pEMCAL = (AliEMCAL*) gAlice->GetModule("EMCAL");
152          //   if (pEMCAL){ 
153          //          AliEMCALGeometry* geom =  AliEMCALGeometry::GetInstance(pEMCAL->GetTitle(), "");
154          //     }else
155          //    {
156      AliEMCALGeometry* geom =  AliEMCALGeometry::GetInstance("EMCAL_5655_21", "");
157         //    }
158          
159      AliEMCALJetFinderAlgoUA1FillUnitFlagType_t option = flag;
160      Int_t         numTracks, numDigits;
161     
162      //Loops over all elements in the AliEMCALJetFinderAlgoUA1Unit array and 
163      //fills the objects with relevant values from the Data Input object
164      if (fDebug>10) Info("FillUnitArray","Filling array with Unit objects");
165      if (fDebug>15) Info("FillUnitArray","NTracks %i NDigits %i",fInputPointer->GetNTracks(),fInputPointer->GetNDigits());
166          numTracks = fInputPointer->GetNTracks();
167          numDigits = fInputPointer->GetNDigits();
168          TParticle         *myPart;
169          AliEMCALDigit     *myDigit;
170
171          //Fill units with Track info if appropriate
172          if(option==kFillTracksOnly || option ==kFillAll) 
173            {          
174             for(Int_t j=0; j<numTracks; j++)
175             {
176              myPart = fInputPointer->GetTrack(j);
177              Float_t eta = myPart->Eta();
178              Float_t  phi = myPart->Phi();
179              Int_t towerID = geom->TowerIndexFromEtaPhi(eta,180.0/TMath::Pi()*phi);
180              Float_t  pT = myPart->Pt();
181              Float_t unitEnergy = fUnit[towerID-1].GetUnitEnergy(); 
182              Float_t unitEnergyNoCuts = fUnitNoCuts[towerID-1].GetUnitEnergy();
183
184              
185              //OLD WAY:   //Do Hadron Correction
186               if(fHadCorr != 0)
187                {
188                  Double_t   fullP = myPart->P();
189                  Double_t   hCEnergy = fHadCorr->GetEnergy(fullP, (Double_t)eta);
190                  unitEnergy -= hCEnergy*TMath::Sin(myPart->Theta());
191                  unitEnergyNoCuts -= hCEnergy*TMath::Sin(myPart->Theta());
192                  fUnit[towerID-1].SetUnitEnergy(unitEnergy);
193                  fUnitNoCuts[towerID-1].SetUnitEnergy(unitEnergyNoCuts);
194                } //end Hadron Correction loop 
195               
196     
197              /*
198               //Do Hadron Correction with propagate phi for the track
199               if(fHadCorr != 0)
200                 {
201                   Bool_t curl = 1;
202                   Float_t deltaPhi;
203                   TParticlePDG *pdg = myPart->GetPDG();
204                   if(pdg->Charge() < 0)
205                     {
206                       deltaPhi = PropagatePhi(myPart->Pt(), -1.0, curl);
207                     }
208                   else{
209                     deltaPhi = PropagatePhi(myPart->Pt(), 1.0, curl);
210                   }
211                   phi += deltaPhi;
212                   //Get new tower id for cell that track would curve into
213                   Int_t towerID2;
214                   if(phi>(TMath::Pi()/180.0)*geom->GetArm1PhiMax() || phi<(TMath::Pi()/180.0)*geom->GetArm1PhiMin())
215                     {
216                       towerID2 = -1;
217                     }
218                   else{
219                       towerID2 = geom->TowerIndexFromEtaPhi(eta,180.0/TMath::Pi()*phi);
220                     }
221                   
222                   if(towerID2 != -1)
223                     {
224                       //Find unit energy of new tower
225                       Float_t unitEnergy2 = fUnit[towerID2-1].GetUnitEnergy();
226                       Float_t unitEnergy2NoCuts = fUnitNoCuts[towerID2-1].GetUnitEnergy();
227                       Double_t   fullP = myPart->P();
228                       Double_t   hCEnergy = fHadCorr->GetEnergy(fullP, (Double_t)eta);
229                       unitEnergy2 -= hCEnergy*TMath::Sin(myPart->Theta());
230                       unitEnergy2NoCuts -= hCEnergy*TMath::Sin(myPart->Theta());
231                       fUnit[towerID2-1].SetUnitEnergy(unitEnergy2);
232                       fUnitNoCuts[towerID2-1].SetUnitEnergy(unitEnergy2NoCuts);
233                     }//end if for towerID2
234                 }//end Hadron Correction loop
235              */
236
237               fUnitNoCuts[towerID-1].SetUnitEnergy(unitEnergyNoCuts + pT);
238              //Do Pt cut on tracks
239              if(fPtCut != 0 && pT < fPtCut) continue;
240
241              fUnit[towerID-1].SetUnitEnergy(unitEnergy+pT);
242
243              }//end tracks loop
244            }//end Tracks condition
245
246
247          //Fill units with Digit info if appropriate
248          if(option ==kFillDigitsOnly || option ==kFillAll)
249            {
250             for(Int_t k=0; k<numDigits; k++)
251             {
252              myDigit = fInputPointer->GetDigit(k);
253              if (fDebug>10) Info("FillUnitArray","getting digits %i %i numdigits",k,numDigits );
254              Int_t towerID = myDigit->GetId();
255              Int_t amplitude = myDigit->GetAmp();     //Gets the integer valued amplitude of the digit
256              Float_t amp = (Float_t)amplitude;        //Need to typecast to Float_t before doing real energy conversion
257              Float_t digitEnergy = amp/10000000.0;    //Factor of 10 million needed to convert!
258              Float_t unitEnergy = fUnit[towerID-1].GetUnitEnergy() + digitEnergy;
259              Float_t unitEnergyNoCuts = fUnitNoCuts[towerID-1].GetUnitEnergy() + digitEnergy;
260              fUnit[towerID-1].SetUnitEnergy(unitEnergy);
261              fUnitNoCuts[towerID-1].SetUnitEnergy(unitEnergyNoCuts);
262             }//end digits loop
263            }//end digits condition
264
265          //Set all unit flags, Eta, Phi
266          for(Int_t i=0; i<fNumUnits; i++)
267            {
268              if (fDebug>10) Info("FillUnitArray","Setting all units outside jets");
269              //Set all units to be outside a jet initially
270              fUnit[i].SetUnitFlag(kOutJet);           
271              fUnit[i].SetUnitID(i+1);
272              Float_t eta;
273              Float_t phi;
274              geom->EtaPhiFromIndex(fUnit[i].GetUnitID(), eta, phi);
275              fUnit[i].SetUnitEta(eta);
276              fUnit[i].SetUnitPhi(phi*TMath::Pi()/180.0);
277              //Set all units to be outside a jet initially
278              fUnitNoCuts[i].SetUnitFlag(kOutJet);          
279              fUnitNoCuts[i].SetUnitID(i+1);
280              eta = 0.0;
281              phi = 0.0;
282              geom->EtaPhiFromIndex(fUnitNoCuts[i].GetUnitID(), eta, phi);
283              fUnitNoCuts[i].SetUnitEta(eta);
284              fUnitNoCuts[i].SetUnitPhi(phi*TMath::Pi()/180.0);
285              //      if(i>13000) cout<<"!!!!!!!!!!!!!!!!!For unit0, eta="<<eta<<" and phi="<<phi*TMath::Pi()/180.0<<" and ID="<<fUnit[i].GetUnitID()<<endl;
286              //  if(fUnit[i].GetUnitEnergy()>0) cout<<"Unit ID "<<fUnit[i].GetUnitID() <<"with eta="<<eta<<" and phi="<<phi*TMath::Pi()/180.0<<" has energy="<<fUnit[i].GetUnitEnergy()<<endl;
287            }//end loop over all units in array (same as all towers in EMCAL)
288    }
289
290
291  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::Sort(AliEMCALJetFinderAlgoUA1Unit *unit, Int_t length)
292  {
293    //Calls the recursive quicksort method to sort unit objects in decending order of Energy
294    if (fDebug>1) Info("Sort","Sorting Unit objects");
295    QS(unit, 0, length-1);
296  }
297   
298
299  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::QS(AliEMCALJetFinderAlgoUA1Unit *unit, Int_t left, Int_t right)
300  {
301   //Sorts the AliEMCALJetFinderAlgoUA1Unit objects in decending order of Energy
302    if (fDebug>111) Info("QS","QuickSorting Unit objects");   
303
304    Int_t    i;
305    Int_t    j;
306    AliEMCALJetFinderAlgoUA1Unit  unitFirst;
307    AliEMCALJetFinderAlgoUA1Unit  unitSecond;
308
309    i = left;
310    j = right;
311    unitFirst = unit[(left+right)/2];
312
313  do
314   {
315     while( (unit[i].GetUnitEnergy() > unitFirst.GetUnitEnergy()) && (i < right)) i++;
316     while( (unitFirst.GetUnitEnergy() > unit[j].GetUnitEnergy()) && (j > left)) j--;
317
318     if(i <= j)
319       {
320         unitSecond = unit[i];
321         unit[i] = unit[j];
322         unit[j] = unitSecond;
323         i++;
324         j--;
325       }//end if
326   }while(i <= j);
327
328  if(left < j) QS(unit, left, j);
329  if(i < right) QS(unit, i, right);
330  }
331
332
333  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::FindBG()
334  {
335    if(fBGType == kRatio) RatioBG();
336    else if(fBGType == kCone) ConeBG();
337    else if(fBGType == kConstant) ConstantBG();
338  }
339
340  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::RatioBG()
341    {
342      //Finds the background energy for the iteration
343      //using the Ratio method
344      if (fDebug>1) Info("FindBG","Finding Average Background"); 
345      //Store BGEperCell from previous iteration!
346      fEBGTotalOld = fEBGTotal;
347      fEBGTotal          = 0.0;
348      Int_t numCone      = 0;
349
350      //If user has not set fBGPar, set it to the default
351      //for TPC = 90% efficiency, PtCut = 2GeV/c, timecut = 30ns
352      if(fBGPar == -1) fBGPar = 0.4685;
353
354      //Loop over all unit objects in the Unit array and link to same
355      //unit ID in NoCuts Unit array
356      for(Int_t i=0; i<fNumUnits; i++)
357        {
358          if(fUnit[i].GetUnitFlag() != kInJet)
359            {
360              Int_t id = fUnit[i].GetUnitID();
361              fEBGTotal += fUnitNoCuts[id-1].GetUnitEnergy();  
362            }
363          else numCone++;
364        }//end for
365
366      fEBGTotal *= fBGPar;
367      fEBGAve = fEBGTotal / (fNumUnits - numCone);
368      if (fDebug>5) Info("FindBG","Average BG is %f: ",fEBGAve); 
369
370      for(Int_t count=0; count<fNumUnits;count++)
371        {
372          fUnit[count].SetUnitFlag(kOutJet);
373        }//end for
374    }
375
376  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::ConeBG()
377    {
378      //Finds the background energy for the iteration
379      //using all energy not contained inside a jet
380      if (fDebug>1) Info("FindBG","Finding Average Background"); 
381      //Store old value of BGEperCell!
382      fEBGTotalOld = fEBGTotal;
383      fEBGTotal          = 0.0;
384      Int_t numCone      = 0;
385
386      //Loop over all unit objects in the array and sum the energy of those not in a jet
387      for(Int_t i=0; i<fNumUnits; i++)
388        {
389          if(fUnit[i].GetUnitFlag() != kInJet)
390            fEBGTotal += fUnit[i].GetUnitEnergy();
391          else numCone++;
392        }//end for
393
394      fEBGAve = fEBGTotal / (fNumUnits - numCone);
395      if (fDebug>5) Info("FindBG","Average BG is %f: ",fEBGAve);      
396
397      for(Int_t count=0; count<fNumUnits;count++)
398        {
399          fUnit[count].SetUnitFlag(kOutJet);
400        }//end for
401    }
402
403  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::ConstantBG()
404    {     
405      //Finds the background energy for the iteration
406      //using all energy not contained inside a jet
407      if (fDebug>1) Info("FindBG","Finding Average Background"); 
408
409      //If user has not set fBGPar, set it to the default
410      //for TPC = 90% efficiency, PtCut = 2GeV/c, timecut = 30ns
411      if(fBGPar == -1) fBGPar = 0.03378;
412
413      fEBGAve = fBGPar;
414      if (fDebug>5) Info("FindBG","Average BG is %f: ",fEBGAve);      
415
416      fEBGTotal          = 0.0;
417      Int_t numCone      = 0;
418      for(Int_t count=0; count<fNumUnits;count++)
419        {
420          if(fUnit[count].GetUnitFlag() == kInJet)
421            {
422              numCone++;
423            }
424          fUnit[count].SetUnitFlag(kOutJet);
425        }//end for
426      fEBGTotal = fEBGAve * (fNumUnits-numCone);
427      fEBGTotalOld = fEBGTotal;
428    }
429
430  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::FindJetEtaPhi(Int_t counter)
431    {
432      //Finds the eta and phi of the jet axis
433      if (fDebug>10) Info("FindJetEtaPhi","Finding Jet Eta and Phi");
434
435      fDEta = fUnit[counter].GetUnitEta() - fEtaInit;
436      fDPhi = fUnit[counter].GetUnitPhi() - fPhiInit;
437
438      fEnergy = fUnit[counter].GetUnitEnergy() - fEBGAve;
439      fJetEtaSum += fEnergy * fDEta;
440      fJetPhiSum += fEnergy * fDPhi;
441      fJetESum += fEnergy;
442      fJetEta = fEtaInit + (fJetEtaSum / fJetESum);
443      fJetPhi = fPhiInit + (fJetPhiSum / fJetESum);
444    }
445
446
447  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::FindJetEnergy()
448    {
449      //Finds the energy of the jet after the final axis has been found
450      if (fDebug>1) Info("FindJetEnergy","Finding Jet Energy");
451
452      for(Int_t i=0; i<fNumUnits; i++)
453        {
454          //Loop over all unit objects in the array and find if within cone radius
455          Float_t dEta = fUnit[i].GetUnitEta() - fJetEta;
456          Float_t dPhi = fUnit[i].GetUnitPhi() - fJetPhi;
457          Float_t rad = TMath::Sqrt( (dEta*dEta) + (dPhi*dPhi) );
458
459          if(fUnit[i].GetUnitFlag()==kOutJet && rad<= fConeRad)
460            {
461              fUnit[i].SetUnitFlag(kInCurrentJet);
462              Float_t energy = fUnit[i].GetUnitEnergy() - fEBGAve;
463              fJetESum += energy;                             
464              fJetEtaSum += energy * dEta;
465              fJetPhiSum += energy * dPhi;
466              fNumInCone++;                     //Increment the number of cells in the jet cone
467            }//end if
468        }//end for
469    }
470
471
472  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::StoreJetInfo()
473    {
474      //Stores the resulting jet information in appropriate storage structure (TO BE DECIDED!!!!)
475      if (fDebug>1) Info("StoreJetInfo","Storing Jet Information");
476      AliEMCALGeometry* geom =  AliEMCALGeometry::GetInstance("EMCAL_5655_21", "");
477      //Store:
478      //fJetESum is the final jet energy (background has been subtracted)
479      //fJetEta is the final jet Eta
480      //fJetPhi is the final jet Phi
481      //fNumInCone is the final number of cells included in the jet cone
482      //fEtaInit is the eta of the initiator cell
483      //fPhiInit is the phi of the initiator cell
484      fJet.SetEnergy(fJetESum);
485      fJet.SetEta(fJetEta);
486      fJet.SetPhi(fJetPhi);
487
488       cout<<"For iteration "<<fNumIter <<" and Jet number " <<fNumJets <<endl;
489       cout<<"The jet energy is: " <<fJetESum <<endl;
490       cout<<"The jet eta is ---->" <<fJetEta <<endl;
491       cout<<"The jet phi is ---->" <<fJetPhi <<endl;
492
493      Int_t             numberTracks = fInputPointer->GetNTracks();
494      Int_t             numberDigits = fInputPointer->GetNDigits();
495      AliEMCALDigit     *myD;
496      TParticle         *myP;
497      Int_t             numTracksInCone = 0;
498      Float_t           trackEnergy = 0.0;
499      Float_t           trackEnergyPtCut =0.0; 
500      Float_t           emcalEnergy = 0.0;
501      Float_t           emcalEnergyBGSub = 0.0;
502
503      for(Int_t counter=0; counter<numberTracks; counter++)
504        {
505         myP = fInputPointer->GetTrack(counter);
506         Float_t eta = myP->Eta();
507         Float_t phi = myP->Phi(); 
508         Float_t deta = fJetEta-eta;
509         Float_t dphi = fJetPhi -phi;
510         Float_t rad = TMath::Sqrt( (deta*deta) + (dphi*dphi));
511         if(rad<=fConeRad) numTracksInCone++;
512        }//end for
513
514      Float_t    *pTArray = new Float_t[numTracksInCone];
515      Float_t    *etaArray = new Float_t[numTracksInCone];
516      Float_t    *phiArray = new Float_t[numTracksInCone];
517      Int_t      *pdgArray = new Int_t[numTracksInCone];
518      Int_t             index = 0;
519
520      for(Int_t counter2=0; counter2<numberTracks; counter2++)
521        {
522          myP = fInputPointer->GetTrack(counter2);
523          Float_t eta = myP->Eta();
524          Float_t phi = myP->Phi(); 
525          Float_t deta = fJetEta-eta;
526          Float_t dphi = fJetPhi -phi;
527          Float_t rad = TMath::Sqrt( (deta*deta) + (dphi*dphi));
528          if(rad<=fConeRad)
529            {
530              pTArray[index] = myP->Pt();
531              //Calculate track contribution within jetcone
532              trackEnergy += myP->Pt();
533              if(myP->Pt() >= fPtCut) trackEnergyPtCut += myP->Pt();
534              etaArray[index] = eta;
535              phiArray[index] = phi;
536              pdgArray[index] = myP->GetPdgCode();
537              index++;
538              if(fHadCorr != 0)
539              {
540                      Double_t   fullP = myP->P();
541                      Double_t   hCEnergy = fHadCorr->GetEnergy(fullP, (Double_t)eta);
542                      emcalEnergy -= hCEnergy*TMath::Sin(myP->Theta());
543                      emcalEnergyBGSub -= hCEnergy*TMath::Sin(myP->Theta());
544              } //end Hadron Correction loop 
545                            
546            }//end if
547        }//end for
548
549      //Loop over digits to find EMCal contribution within jetcone
550      for(Int_t counter3=0; counter3<numberDigits; counter3++)
551        {
552          myD = fInputPointer->GetDigit(counter3);
553          //GET DIGIT ETA, PHI so that can check if inside R!
554          Float_t eta = 0.0;
555          Float_t phi = 0.0;
556          Int_t ID = myD->GetId();
557          geom->EtaPhiFromIndex(ID, eta, phi);
558          Float_t deta = fJetEta-eta;
559          Float_t dphi = fJetPhi -(TMath::Pi()/180.0)*phi;
560          Float_t rad = TMath::Sqrt( (deta*deta) + (dphi*dphi));
561          if(rad<=fConeRad)
562            {
563          Int_t amplitude = myD->GetAmp();     //Gets the integer valued amplitude of the digit
564          Float_t amp = (Float_t)amplitude;        //Need to typecast to Float_t before doing real energy conversion
565          Float_t digitEnergy = amp/10000000.0;    //Factor of 10 million needed to convert!
566          emcalEnergy += digitEnergy;
567          emcalEnergyBGSub += (digitEnergy - fEBGAve);
568            }//end if
569        }//end count3 for
570
571      //Save in JET object
572      fJet.SetTrackList(numTracksInCone,pTArray, etaArray, phiArray, pdgArray);
573      fJet.SetEMCALEnergy(emcalEnergy);
574      fJet.SetEMCALEnergyBGSub(emcalEnergyBGSub);
575      fJet.SetTrackEnergy(trackEnergy);
576      fJet.SetTrackEnergyPtCut(trackEnergyPtCut);
577      fOutputObject.AddJet(&fJet);
578      delete[] pTArray;
579      delete[] etaArray;
580      delete[] phiArray;
581      delete[] pdgArray;
582    }
583
584
585  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::FindJets()
586    {
587      //Runs the complete UA1 JetFinding algorithm to find jets!
588      if (fDebug>1) Info("FindJets","Starting Jet Finding!!!");
589
590      //If the array of JetFinderUnit objects has not been initialised then initialise with default settings
591      if(!fArrayInitialised) 
592       {
593        InitUnitArray();
594        FillUnitArray(kFillAll);
595       }//end if
596      if (fDebug>1) Info("FindJets","Unit array filled");
597
598      //Step 1. Sort the array in descending order of Energy
599      Sort(fUnit,fNumUnits);
600
601      //Step 2. Set the number of iterations and Number of jets found to zero to start
602      fNumIter = 0;
603      fNumJets = 0;
604
605      //Step 3. Begin the iteration loop to find jets
606      //Need to iterate the algorithm while number of iterations<2 OR number of iterations<10 AND 
607      //the value of the average background has changed more than specified amount
608      //Min iterations = 2, Max iterations = 10
609      //while(fNumIter<2 || (fNumIter <10 && ( (fEBGTotal-fEBGTotalOld)/fEBGTotal) > fBGMaxMove) )
610
611      while(fNumIter<2 || (fNumIter <10 && ( fEBGTotal-fEBGTotalOld) > fEBGTotal*fBGMaxMove) )
612        {
613         if (fDebug>1) Info("FindJets","Starting BIG iteration ---> %i",fNumIter);
614
615          //Step 4. Find the value of the average background energy
616          FindBG();
617          fOutputObject.Reset(kResetJets); //Reset output object to store info for new iteration
618          fNumJets=0;
619
620          //Loop over the array of unit objects and flag those with energy below MinCellEt
621          Int_t numbelow = 0;
622          for(Int_t j=0; j<fNumUnits; j++)
623            {
624              if( (fUnit[j].GetUnitEnergy()-fEBGAve) < fEtMin)
625                 {       
626                   //          fUnit[j].SetUnitFlag(kBelowMinEt);    TAKING OUT kBelow flag
627                   numbelow++;
628                 }//end if
629            }//end for
630          //cout<<"THERE WERE "<<numbelow<<" units with E <EtMin!!!!!!!!!!!!!!!"<<endl;
631
632          //Do quick check if there are no jets upfront
633          // if(fUnit[0].GetUnitFlag() == kBelowMinEt)
634          if( (fUnit[0].GetUnitEnergy()-fEBGAve) < fEtMin)
635            {
636             cout <<"There are no jets for this event!" <<endl;
637             break;
638            }//end if
639
640          //Step 5. Begin with the first jet candidate cell (JET SEED LOOP)
641          if (fDebug>5) Info("FindJets","Beginning JET SEED LOOP");
642          for(Int_t count=0; count<fNumUnits; count++)
643            {
644
645 //CHECK CONDITION HERE _ NOT SURE IF SHOULD MAYBE BE: GetUnitEnergy()-fEBGAve >fESeed?????????????????????????????
646              if(fUnit[count].GetUnitEnergy()>=fESeed && fUnit[count].GetUnitFlag()==kOutJet)
647                {
648                  fEnergy = fUnit[count].GetUnitEnergy() - fEBGAve;
649                  fJetEta = fUnit[count].GetUnitEta();
650                  fJetPhi = fUnit[count].GetUnitPhi();
651                  Int_t seedID = fUnit[count].GetUnitID();
652                  if (fDebug>5) Info("FindJets","Inside first candidate jet seed loop for time : %i", count);
653                  if (fDebug>5) Info("FindJets","Found candidate energy %f ",fEnergy);
654                  if (fDebug>5) Info("FindJets","Found candidate eta %f ", fJetEta);
655                  if (fDebug>5) Info("FindJets","Found candidate phi %f ", fJetPhi);
656                  if (fDebug>5) Info("FindJets","Found candidate ID %i", seedID);
657
658                  fEtaInit = fJetEta;
659                  fPhiInit = fJetPhi;
660                  fEtaB = fJetEta;
661                  fPhiB = fJetPhi;
662                  fJetESum = 0.0;
663                  fJetEtaSum = 0.0;
664                  fJetPhiSum = 0.0;
665        
666          //Step 6. Find Jet Eta and Phi
667                  //Loop over all units in the array to find the ones in the jet cone and determine contrib to Jet eta, phi
668                  do
669                    {
670                      for(Int_t count1=0; count1<fNumUnits; count1++)               
671                        {
672                          if(fUnit[count1].GetUnitID() == seedID) continue;   //skip unit if the jetseed to avoid doublecounting
673                          if(fUnit[count1].GetUnitFlag() == kOutJet)
674                            {
675                              fDEta = fUnit[count1].GetUnitEta() - fJetEta;
676                              fDPhi = fUnit[count1].GetUnitPhi() - fJetPhi;
677                              fRad = TMath::Sqrt( (fDEta*fDEta) + (fDPhi*fDPhi) );
678                              if(fRad <= fConeRad)
679                                {
680                                  FindJetEtaPhi(count1); 
681                                }//end if
682                            }//end if
683                        }//end for (Jet Eta, Phi LOOP)
684                              
685                       //Find the distance cone centre moved from previous cone centre
686                       if (fDebug>10) Info("FindJets","Checking if cone move small enough");
687                       fDistP = TMath::Sqrt( ((fJetEta-fEtaB)*(fJetEta-fEtaB)) + ((fJetPhi-fPhiB)*(fJetPhi-fPhiB)) );
688                       //     if(fDistP <= fMinMove) break;
689                              
690
691                       //Find the distance cone centre is from initiator cell
692                       if (fDebug>10) Info("FindJets","Checking if cone move too large");
693                       fDistI = TMath::Sqrt( ((fJetEtaSum/fJetESum)*(fJetEtaSum/fJetESum)) + ((fJetPhiSum/fJetESum)*
694                                                                                                     (fJetPhiSum/fJetESum)));
695
696                       if(fDistP>fMinMove && fDistI<fMaxMove)
697                         {
698                           fEtaB = fJetEta;
699                           fPhiB = fJetPhi;
700                         }//end if
701                  
702                    }while(fDistP>fMinMove && fDistI<fMaxMove);
703                           
704                  fJetEta = fEtaB;
705                  fJetPhi = fPhiB;
706
707
708        //Step 7. Find the Jet Energy
709                  if (fDebug>1) Info("FindJets","Looking for Jet energy");
710                  fJetESum = 0.0;
711                  fJetEtaSum = 0.0;
712                  fJetPhiSum = 0.0;
713                  fNumInCone = 0;
714                  FindJetEnergy();
715
716                  //cout<<"Number of cells in jet cone is: "<<fNumInCone<<endl;
717
718        //Step 8. Check if the jet is a valid jet
719                  //Check if cluster energy is above Min allowed to be a jet
720 //DID NOT DO THE COSH COMPARISON HERE -> NEED TO CHECK WHICH COMPARISON IS BEST!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!
721                  if (fDebug>5) Info("FindJets","Checking cluster is valid jet");
722                  if(fJetESum < fJetEMin)
723                    {
724                      for(Int_t count2=0; count2<fNumUnits; count2++)
725                        {
726                          if(fUnit[count2].GetUnitFlag()==kInCurrentJet || fUnit[count2].GetUnitFlag()==kOutJet)
727                            fUnit[count2].SetUnitFlag(kOutJet);
728                        }//end for
729                    if (fDebug>10) Info("FindJets","NOT a valid jet cell");
730                   }else
731                     {
732                      for(Int_t count2=0; count2<fNumUnits; count2++)
733                        {
734                          if(fUnit[count2].GetUnitFlag()==kInCurrentJet)
735                            {
736                              //      cout<<"Setting unit #"<<count2 <<" to be officially in a jet!"<<endl;
737                            fUnit[count2].SetUnitFlag(kInJet);
738                            }
739                        }//end for                       
740
741  //NEED TO CHECK FINAL WEIRD ITERATION OF ETA AND PHI CHANGES!!!!!!!!!
742                      //  fJetPhi += fJetPhiSum/fJetESum;        //CHECK!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!
743                      //  fJetEta += fJetEtaSum/fJetESum;        //CHECK!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!
744
745                      fNumJets++;              //Incrementing number of jets found
746                      StoreJetInfo();          //Storing jet info
747
748                  }//end if (check cluster above Min Jet Energy)
749                }//end if (Jet Seed condition)
750            }//end (JET SEED LOOP)
751
752 if (fDebug>5) Info("FindJets","End of BIG iteration number %i",fNumIter);
753 // this->Dump();
754          fNumIter++;
755        }//end 10 iteration WHILE LOOP
756  }
757
758
759
760
761
762
763
764
765
766
767