Added additional jet energy info
[u/mrichter/AliRoot.git] / EMCAL / AliEMCALJetFinderAlgoOmni.cxx
1
2 //THIS Also includes summing ALL cells in the jetcone towards the jet energy NOT just those above threshold!!!!!
3
4
5 /**************************************************************************
6  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
7  *                                                                        *
8  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
9  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
10  *                                                                        *
11  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
12  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
13  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
14  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
15  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
16  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
17  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
18  **************************************************************************/
19
20 /*
21  
22 $Log$
23
24 Revision 1.3  2003/09/04 12:49:56  mhorner
25 Changed hadron correction and added saving EMCAL and track contributions
26
27 */
28
29
30 //*--Author: Sarah Blyth (LBL)
31 //*--Based on UA1 jet algorithm from LUND JETSET called from EMC-erj
32
33 #include "TTask.h"
34 #include "AliEMCALJetFinderInput.h"
35 #include "AliEMCALJetFinderOutput.h"
36 #include "AliEMCALJetFinderAlgo.h"
37 #include "AliEMCALJetFinderAlgoOmni.h"
38 #include "AliEMCALJetFinderAlgoUA1Unit.h"
39 #include "AliEMCALGeometry.h"
40 #include "AliEMCAL.h"
41 #include "AliEMCALDigit.h"
42 #include "TParticle.h"
43 #include "AliRun.h"
44 #include "AliEMCALJet.h"
45 #include "TMath.h"
46
47
48 ClassImp(AliEMCALJetFinderAlgoOmni)
49
50   AliEMCALJetFinderAlgoOmni::AliEMCALJetFinderAlgoOmni()
51 {
52   //Default constructor
53 if (fDebug>0) Info("AliEMCALJetFinderAlgoOmni","Beginning Default Constructor");
54
55   fNumIter           = 0;
56   fNumUnits          = 13824;     //Number of towers in EMCAL
57   fESeed             = 5.0;       //Default value
58   fConeRad           = 0.3;       //Default value
59   fJetEMin           = 10.0;      //Default value
60   fEtMin             = 0.0;      //Default value
61   fMinMove           = 0.05;      //From original UA1 JetFinder
62   fMaxMove           = 0.15;      //From original UA1 JetFinder
63   fBGMaxMove         = 0.035;     //From original UA1 JetFinder
64   fPtCut             = 0;         
65   fHadCorr           = 0;       
66   fEBGTotal          = 1.0;       //Set to 1 so that no div by zero in first FindJets() loop
67   fEBGTotalOld       = 0.0;
68   fEBGAve            = 0.0;
69   fEnergy            = 0.0;
70   fJetEta            = 0.0;
71   fJetPhi            = 0.0;
72   fEtaInit           = 0.0;
73   fPhiInit           = 0.0;
74   fEtaB              = 0.0;
75   fPhiB              = 0.0;
76   fJetESum           = 0.0;
77   fJetEtaSum         = 0.0;
78   fJetPhiSum         = 0.0;
79   fDEta              = 0.0;
80   fDPhi              = 0.0;
81   fDistP             = 0.0;
82   fDistI             = 0.0;
83   fTempE             = 0.0;
84   fRad               = 2.0;      //Set to 2 to start 
85   fNumInCone         = 0;
86   fNumJets           = 0;
87   fArrayInitialised  = 0;        //Set to FALSE to start
88   fBGType            = kRatio;   //Set Ratio method as default BG subtraction method 
89   fBGPar             = -1.0;      //Set to 1 to start
90 }
91
92  AliEMCALJetFinderAlgoOmni::~AliEMCALJetFinderAlgoOmni()
93    {
94      //Destructor
95      if (fDebug>0) Info("AliEMCALJetFinderAlgoOmni","Beginning Destructor");
96      delete[] fUnit;
97      delete[] fUnitNoCuts;
98    }
99
100  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::SetJetFindingParameters
101                                (Int_t numUnits, Float_t eSeed, Float_t coneRad, Float_t jetEMin, Float_t etMin, 
102                                Float_t minMove, Float_t maxMove, Float_t bgMaxMove)
103    {
104      //Sets parameters for the JetFinding algorithm
105      if (fDebug>1) Info("SetJetFindingParameters","Setting parameters for JetFinding");
106
107      SetNumUnits(numUnits);
108      SetJetESeed(eSeed);
109      SetConeRad(coneRad);
110      SetJetEMin(jetEMin);
111      SetEtMin(etMin);
112      SetMinMove(minMove);
113      SetMaxMove(maxMove);
114      SetBGMaxMove(bgMaxMove);
115    }
116
117  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::SetJetFindingParameters
118                                (Int_t numUnits, Float_t eSeed, Float_t coneRad, Float_t jetEMin, Float_t etMin)
119    {
120      //Sets fewer parameters for the JetFinding algorithm
121      if (fDebug>1) Info("SetJetFindingParameters","Setting parameters for JetFinding");
122
123      SetNumUnits(numUnits);
124      SetJetESeed(eSeed);
125      SetConeRad(coneRad);
126      SetJetEMin(jetEMin);
127      SetEtMin(etMin);
128      SetMinMove(fMinMove);
129      SetMaxMove(fMaxMove);
130      SetBGMaxMove(fBGMaxMove);
131    }
132
133  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::InitUnitArray()
134    {
135      //Initialises unit arrays
136      if(fArrayInitialised) delete[] fUnit;
137      fUnit = new AliEMCALJetFinderAlgoUA1Unit[fNumUnits];
138      fUnitNoCuts = new AliEMCALJetFinderAlgoUA1Unit[fNumUnits];
139      fArrayInitialised = 1;
140    }
141
142  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::FillUnitArray(AliEMCALJetFinderAlgoUA1FillUnitFlagType_t flag)
143    {
144      if (fDebug>1) Info("FillUnitArray","Beginning FillUnitArray");
145      AliEMCAL* pEMCAL = (AliEMCAL*) gAlice->GetModule("EMCAL");
146
147          //   if (pEMCAL){ 
148          //          AliEMCALGeometry* geom =  AliEMCALGeometry::GetInstance(pEMCAL->GetTitle(), "");
149          //     }else
150          //    {
151      AliEMCALGeometry* geom =  AliEMCALGeometry::GetInstance("EMCAL_5655_21", "");
152         //    }
153          
154      AliEMCALJetFinderAlgoUA1FillUnitFlagType_t option = flag;
155      Int_t         numTracks, numDigits;
156     
157      //Loops over all elements in the AliEMCALJetFinderAlgoUA1Unit array and 
158      //fills the objects with relevant values from the Data Input object
159      if (fDebug>10) Info("FillUnitArray","Filling array with Unit objects");
160      if (fDebug>15) Info("FillUnitArray","NTracks %i NDigits %i",fInputPointer->GetNTracks(),fInputPointer->GetNDigits());
161          numTracks = fInputPointer->GetNTracks();
162          numDigits = fInputPointer->GetNDigits();
163          TParticle         *myPart;
164          AliEMCALDigit     *myDigit;
165
166          //Fill units with Track info if appropriate
167          if(option==kFillTracksOnly || option ==kFillAll) 
168            {          
169             for(Int_t j=0; j<numTracks; j++)
170             {
171              myPart = fInputPointer->GetTrack(j);
172              Float_t eta = myPart->Eta();
173              Float_t  phi = myPart->Phi();
174              Int_t towerID = geom->TowerIndexFromEtaPhi(eta,180.0/TMath::Pi()*phi);
175              Float_t  pT = myPart->Pt();
176              Float_t unitEnergy = fUnit[towerID-1].GetUnitEnergy(); 
177              Float_t unitEnergyNoCuts = fUnitNoCuts[towerID-1].GetUnitEnergy();
178
179              
180              //OLD WAY:   //Do Hadron Correction
181               if(fHadCorr != 0)
182                {
183                  Double_t   fullP = myPart->P();
184                  Double_t   hCEnergy = fHadCorr->GetEnergy(fullP, (Double_t)eta);
185                  unitEnergy -= hCEnergy*TMath::Sin(myPart->Theta());
186                  unitEnergyNoCuts -= hCEnergy*TMath::Sin(myPart->Theta());
187                  fUnit[towerID-1].SetUnitEnergy(unitEnergy);
188                  fUnitNoCuts[towerID-1].SetUnitEnergy(unitEnergyNoCuts);
189                } //end Hadron Correction loop 
190               
191     
192              /*
193               //Do Hadron Correction with propagate phi for the track
194               if(fHadCorr != 0)
195                 {
196                   Bool_t curl = 1;
197                   Float_t deltaPhi;
198                   TParticlePDG *pdg = myPart->GetPDG();
199                   if(pdg->Charge() < 0)
200                     {
201                       deltaPhi = PropagatePhi(myPart->Pt(), -1.0, curl);
202                     }
203                   else{
204                     deltaPhi = PropagatePhi(myPart->Pt(), 1.0, curl);
205                   }
206                   phi += deltaPhi;
207                   //Get new tower id for cell that track would curve into
208                   Int_t towerID2;
209                   if(phi<(1.0/3.0)*TMath::Pi() || phi>TMath::Pi())
210                     {
211                       towerID2 = -1;
212                     }
213                   else{
214                       towerID2 = geom->TowerIndexFromEtaPhi(eta,180.0/TMath::Pi()*phi);
215                     }
216                   
217                   if(towerID2 != -1)
218                     {
219                       //Find unit energy of new tower
220                       Float_t unitEnergy2 = fUnit[towerID2-1].GetUnitEnergy();
221                       Float_t unitEnergy2NoCuts = fUnitNoCuts[towerID2-1].GetUnitEnergy();
222                       Double_t   fullP = myPart->P();
223                       Double_t   hCEnergy = fHadCorr->GetEnergy(fullP, (Double_t)eta);
224                       unitEnergy2 -= hCEnergy*TMath::Sin(myPart->Theta());
225                       unitEnergy2NoCuts -= hCEnergy*TMath::Sin(myPart->Theta());
226                       fUnit[towerID2-1].SetUnitEnergy(unitEnergy2);
227                       fUnitNoCuts[towerID2-1].SetUnitEnergy(unitEnergy2NoCuts);
228                     }//end if for towerID2
229                 }//end Hadron Correction loop
230              */
231
232               fUnitNoCuts[towerID-1].SetUnitEnergy(unitEnergyNoCuts + pT);
233              //Do Pt cut on tracks
234              if(fPtCut != 0 && pT < fPtCut) continue;
235
236              fUnit[towerID-1].SetUnitEnergy(unitEnergy+pT);
237
238              }//end tracks loop
239            }//end Tracks condition
240
241
242          //Fill units with Digit info if appropriate
243          if(option ==kFillDigitsOnly || option ==kFillAll)
244            {
245             for(Int_t k=0; k<numDigits; k++)
246             {
247              myDigit = fInputPointer->GetDigit(k);
248              if (fDebug>10) Info("FillUnitArray","getting digits %i %i numdigits",k,numDigits );
249              Int_t towerID = myDigit->GetId();
250              Int_t amplitude = myDigit->GetAmp();     //Gets the integer valued amplitude of the digit
251              Float_t amp = (Float_t)amplitude;        //Need to typecast to Float_t before doing real energy conversion
252              Float_t digitEnergy = amp/10000000.0;    //Factor of 10 million needed to convert!
253              Float_t unitEnergy = fUnit[towerID-1].GetUnitEnergy() + digitEnergy;
254              Float_t unitEnergyNoCuts = fUnitNoCuts[towerID-1].GetUnitEnergy() + digitEnergy;
255              fUnit[towerID-1].SetUnitEnergy(unitEnergy);
256              fUnitNoCuts[towerID-1].SetUnitEnergy(unitEnergyNoCuts);
257             }//end digits loop
258            }//end digits condition
259
260          //Set all unit flags, Eta, Phi
261          for(Int_t i=0; i<fNumUnits; i++)
262            {
263              if (fDebug>10) Info("FillUnitArray","Setting all units outside jets");
264              //Set all units to be outside a jet initially
265              fUnit[i].SetUnitFlag(kOutJet);           
266              fUnit[i].SetUnitID(i+1);
267              Float_t eta;
268              Float_t phi;
269              geom->EtaPhiFromIndex(fUnit[i].GetUnitID(), eta, phi);
270              fUnit[i].SetUnitEta(eta);
271              fUnit[i].SetUnitPhi(phi*TMath::Pi()/180.0);
272              //Set all units to be outside a jet initially
273              fUnitNoCuts[i].SetUnitFlag(kOutJet);          
274              fUnitNoCuts[i].SetUnitID(i+1);
275              eta = 0.0;
276              phi = 0.0;
277              geom->EtaPhiFromIndex(fUnitNoCuts[i].GetUnitID(), eta, phi);
278              fUnitNoCuts[i].SetUnitEta(eta);
279              fUnitNoCuts[i].SetUnitPhi(phi*TMath::Pi()/180.0);
280              //      if(i>13000) cout<<"!!!!!!!!!!!!!!!!!For unit0, eta="<<eta<<" and phi="<<phi*TMath::Pi()/180.0<<" and ID="<<fUnit[i].GetUnitID()<<endl;
281              //  if(fUnit[i].GetUnitEnergy()>0) cout<<"Unit ID "<<fUnit[i].GetUnitID() <<"with eta="<<eta<<" and phi="<<phi*TMath::Pi()/180.0<<" has energy="<<fUnit[i].GetUnitEnergy()<<endl;
282            }//end loop over all units in array (same as all towers in EMCAL)
283    }
284
285
286  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::Sort(AliEMCALJetFinderAlgoUA1Unit *unit, Int_t length)
287  {
288    //Calls the recursive quicksort method to sort unit objects in decending order of Energy
289    if (fDebug>1) Info("Sort","Sorting Unit objects");
290    QS(unit, 0, length-1);
291  }
292   
293
294  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::QS(AliEMCALJetFinderAlgoUA1Unit *unit, Int_t left, Int_t right)
295  {
296   //Sorts the AliEMCALJetFinderAlgoUA1Unit objects in decending order of Energy
297    if (fDebug>111) Info("QS","QuickSorting Unit objects");   
298
299    Int_t    i;
300    Int_t    j;
301    AliEMCALJetFinderAlgoUA1Unit  unitFirst;
302    AliEMCALJetFinderAlgoUA1Unit  unitSecond;
303
304    i = left;
305    j = right;
306    unitFirst = unit[(left+right)/2];
307
308  do
309   {
310     while( (unit[i].GetUnitEnergy() > unitFirst.GetUnitEnergy()) && (i < right)) i++;
311     while( (unitFirst.GetUnitEnergy() > unit[j].GetUnitEnergy()) && (j > left)) j--;
312
313     if(i <= j)
314       {
315         unitSecond = unit[i];
316         unit[i] = unit[j];
317         unit[j] = unitSecond;
318         i++;
319         j--;
320       }//end if
321   }while(i <= j);
322
323  if(left < j) QS(unit, left, j);
324  if(i < right) QS(unit, i, right);
325  }
326
327
328  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::FindBG()
329  {
330    if(fBGType == kRatio) RatioBG();
331    else if(fBGType == kCone) ConeBG();
332    else if(fBGType == kConstant) ConstantBG();
333  }
334
335  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::RatioBG()
336    {
337      //Finds the background energy for the iteration
338      //using the Ratio method
339      if (fDebug>1) Info("FindBG","Finding Average Background"); 
340      //Store BGEperCell from previous iteration!
341      fEBGTotalOld = fEBGTotal;
342      fEBGTotal          = 0.0;
343      Int_t numCone      = 0;
344
345      //If user has not set fBGPar, set it to the default
346      //for TPC = 90% efficiency, PtCut = 2GeV/c, timecut = 30ns
347      if(fBGPar == -1) fBGPar = 0.4685;
348
349      //Loop over all unit objects in the Unit array and link to same
350      //unit ID in NoCuts Unit array
351      for(Int_t i=0; i<fNumUnits; i++)
352        {
353          if(fUnit[i].GetUnitFlag() != kInJet)
354            {
355              Int_t id = fUnit[i].GetUnitID();
356              fEBGTotal += fUnitNoCuts[id-1].GetUnitEnergy();  
357            }
358          else numCone++;
359        }//end for
360
361      fEBGTotal *= fBGPar;
362      fEBGAve = fEBGTotal / (fNumUnits - numCone);
363      if (fDebug>5) Info("FindBG","Average BG is %f: ",fEBGAve); 
364
365      for(Int_t count=0; count<fNumUnits;count++)
366        {
367          fUnit[count].SetUnitFlag(kOutJet);
368        }//end for
369    }
370
371  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::ConeBG()
372    {
373      //Finds the background energy for the iteration
374      //using all energy not contained inside a jet
375      if (fDebug>1) Info("FindBG","Finding Average Background"); 
376      //Store old value of BGEperCell!
377      fEBGTotalOld = fEBGTotal;
378      fEBGTotal          = 0.0;
379      Int_t numCone      = 0;
380
381      //Loop over all unit objects in the array and sum the energy of those not in a jet
382      for(Int_t i=0; i<fNumUnits; i++)
383        {
384          if(fUnit[i].GetUnitFlag() != kInJet)
385            fEBGTotal += fUnit[i].GetUnitEnergy();
386          else numCone++;
387        }//end for
388
389      fEBGAve = fEBGTotal / (fNumUnits - numCone);
390      if (fDebug>5) Info("FindBG","Average BG is %f: ",fEBGAve);      
391
392      for(Int_t count=0; count<fNumUnits;count++)
393        {
394          fUnit[count].SetUnitFlag(kOutJet);
395        }//end for
396    }
397
398  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::ConstantBG()
399    {     
400      //Finds the background energy for the iteration
401      //using all energy not contained inside a jet
402      if (fDebug>1) Info("FindBG","Finding Average Background"); 
403
404      //If user has not set fBGPar, set it to the default
405      //for TPC = 90% efficiency, PtCut = 2GeV/c, timecut = 30ns
406      if(fBGPar == -1) fBGPar = 0.03378;
407
408      fEBGAve = fBGPar;
409      if (fDebug>5) Info("FindBG","Average BG is %f: ",fEBGAve);      
410
411      fEBGTotal          = 0.0;
412      Int_t numCone      = 0;
413      for(Int_t count=0; count<fNumUnits;count++)
414        {
415          if(fUnit[count].GetUnitFlag() == kInJet)
416            {
417              numCone++;
418            }
419          fUnit[count].SetUnitFlag(kOutJet);
420        }//end for
421      fEBGTotal = fEBGAve * (fNumUnits-numCone);
422      fEBGTotalOld = fEBGTotal;
423    }
424
425  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::FindJetEtaPhi(Int_t counter)
426    {
427      //Finds the eta and phi of the jet axis
428      if (fDebug>10) Info("FindJetEtaPhi","Finding Jet Eta and Phi");
429
430      fDEta = fUnit[counter].GetUnitEta() - fEtaInit;
431      fDPhi = fUnit[counter].GetUnitPhi() - fPhiInit;
432
433      fEnergy = fUnit[counter].GetUnitEnergy() - fEBGAve;
434      fJetEtaSum += fEnergy * fDEta;
435      fJetPhiSum += fEnergy * fDPhi;
436      fJetESum += fEnergy;
437      fJetEta = fEtaInit + (fJetEtaSum / fJetESum);
438      fJetPhi = fPhiInit + (fJetPhiSum / fJetESum);
439    }
440
441
442  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::FindJetEnergy()
443    {
444      //Finds the energy of the jet after the final axis has been found
445      if (fDebug>1) Info("FindJetEnergy","Finding Jet Energy");
446
447      for(Int_t i=0; i<fNumUnits; i++)
448        {
449          //Loop over all unit objects in the array and find if within cone radius
450          Float_t dEta = fUnit[i].GetUnitEta() - fJetEta;
451          Float_t dPhi = fUnit[i].GetUnitPhi() - fJetPhi;
452          Float_t rad = TMath::Sqrt( (dEta*dEta) + (dPhi*dPhi) );
453
454          if(fUnit[i].GetUnitFlag()==kOutJet && rad<= fConeRad)
455            {
456              fUnit[i].SetUnitFlag(kInCurrentJet);
457              Float_t energy = fUnit[i].GetUnitEnergy() - fEBGAve;
458              fJetESum += energy;                             
459              fJetEtaSum += energy * dEta;
460              fJetPhiSum += energy * dPhi;
461              fNumInCone++;                     //Increment the number of cells in the jet cone
462            }//end if
463        }//end for
464    }
465
466
467  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::StoreJetInfo()
468    {
469      //Stores the resulting jet information in appropriate storage structure (TO BE DECIDED!!!!)
470      if (fDebug>1) Info("StoreJetInfo","Storing Jet Information");
471      AliEMCALGeometry* geom =  AliEMCALGeometry::GetInstance("EMCAL_5655_21", "");
472      //Store:
473      //fJetESum is the final jet energy (background has been subtracted)
474      //fJetEta is the final jet Eta
475      //fJetPhi is the final jet Phi
476      //fNumInCone is the final number of cells included in the jet cone
477      //fEtaInit is the eta of the initiator cell
478      //fPhiInit is the phi of the initiator cell
479      fJet.SetEnergy(fJetESum);
480      fJet.SetEta(fJetEta);
481      fJet.SetPhi(fJetPhi);
482
483       cout<<"For iteration "<<fNumIter <<" and Jet number " <<fNumJets <<endl;
484       cout<<"The jet energy is: " <<fJetESum <<endl;
485       cout<<"The jet eta is ---->" <<fJetEta <<endl;
486       cout<<"The jet phi is ---->" <<fJetPhi <<endl;
487
488      Int_t             numberTracks = fInputPointer->GetNTracks();
489      Int_t             numberDigits = fInputPointer->GetNDigits();
490      AliEMCALDigit     *myD;
491      TParticle         *myP;
492      Int_t             numTracksInCone = 0;
493      Float_t           trackEnergy = 0.0;
494      Float_t           trackEnergyPtCut =0.0; 
495      Float_t           emcalEnergy = 0.0;
496      Float_t           emcalEnergyBGSub = 0.0;
497
498      for(Int_t counter=0; counter<numberTracks; counter++)
499        {
500         myP = fInputPointer->GetTrack(counter);
501         Float_t eta = myP->Eta();
502         Float_t phi = myP->Phi(); 
503         Float_t deta = fJetEta-eta;
504         Float_t dphi = fJetPhi -phi;
505         Float_t rad = TMath::Sqrt( (deta*deta) + (dphi*dphi));
506         if(rad<=fConeRad) numTracksInCone++;
507        }//end for
508
509      Float_t    *pTArray = new Float_t[numTracksInCone];
510      Float_t    *etaArray = new Float_t[numTracksInCone];
511      Float_t    *phiArray = new Float_t[numTracksInCone];
512      Int_t      *pdgArray = new Int_t[numTracksInCone];
513      Int_t             index = 0;
514
515      for(Int_t counter2=0; counter2<numberTracks; counter2++)
516        {
517          myP = fInputPointer->GetTrack(counter2);
518          Float_t eta = myP->Eta();
519          Float_t phi = myP->Phi(); 
520          Float_t deta = fJetEta-eta;
521          Float_t dphi = fJetPhi -phi;
522          Float_t rad = TMath::Sqrt( (deta*deta) + (dphi*dphi));
523          if(rad<=fConeRad)
524            {
525              pTArray[index] = myP->Pt();
526              //Calculate track contribution within jetcone
527              trackEnergy += myP->Pt();
528              if(myP->Pt() >= fPtCut) trackEnergyPtCut += myP->Pt();
529              etaArray[index] = eta;
530              phiArray[index] = phi;
531              pdgArray[index] = myP->GetPdgCode();
532              index++;
533              if(fHadCorr != 0)
534              {
535                      Double_t   fullP = myP->P();
536                      Double_t   hCEnergy = fHadCorr->GetEnergy(fullP, (Double_t)eta);
537                      emcalEnergy -= hCEnergy*TMath::Sin(myP->Theta());
538                      emcalEnergyBGSub -= hCEnergy*TMath::Sin(myP->Theta());
539              } //end Hadron Correction loop 
540                            
541            }//end if
542        }//end for
543
544      //Loop over digits to find EMCal contribution within jetcone
545      for(Int_t counter3=0; counter3<numberDigits; counter3++)
546        {
547          myD = fInputPointer->GetDigit(counter3);
548          //GET DIGIT ETA, PHI so that can check if inside R!
549          Float_t eta = 0.0;
550          Float_t phi = 0.0;
551          Int_t ID = myD->GetId();
552          geom->EtaPhiFromIndex(ID, eta, phi);
553          Float_t deta = fJetEta-eta;
554          Float_t dphi = fJetPhi -(TMath::Pi()/180.0)*phi;
555          Float_t rad = TMath::Sqrt( (deta*deta) + (dphi*dphi));
556          if(rad<=fConeRad)
557            {
558          Int_t amplitude = myD->GetAmp();     //Gets the integer valued amplitude of the digit
559          Float_t amp = (Float_t)amplitude;        //Need to typecast to Float_t before doing real energy conversion
560          Float_t digitEnergy = amp/10000000.0;    //Factor of 10 million needed to convert!
561          emcalEnergy += digitEnergy;
562          emcalEnergyBGSub += (digitEnergy - fEBGAve);
563            }//end if
564        }//end count3 for
565
566      //Save in JET object
567      fJet.SetTrackList(numTracksInCone,pTArray, etaArray, phiArray, pdgArray);
568      fJet.SetEMCALEnergy(emcalEnergy);
569      fJet.SetEMCALEnergyBGSub(emcalEnergyBGSub);
570      fJet.SetTrackEnergy(trackEnergy);
571      fJet.SetTrackEnergyPtCut(trackEnergyPtCut);
572      fOutputObject.AddJet(&fJet);
573      delete[] pTArray;
574      delete[] etaArray;
575      delete[] phiArray;
576      delete[] pdgArray;
577    }
578
579
580  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::FindJets()
581    {
582      //Runs the complete UA1 JetFinding algorithm to find jets!
583      if (fDebug>1) Info("FindJets","Starting Jet Finding!!!");
584
585      //If the array of JetFinderUnit objects has not been initialised then initialise with default settings
586      if(!fArrayInitialised) 
587       {
588        InitUnitArray();
589        FillUnitArray(kFillAll);
590       }//end if
591      if (fDebug>1) Info("FindJets","Unit array filled");
592
593      //Step 1. Sort the array in descending order of Energy
594      Sort(fUnit,fNumUnits);
595
596      //Step 2. Set the number of iterations and Number of jets found to zero to start
597      fNumIter = 0;
598      fNumJets = 0;
599
600      //Step 3. Begin the iteration loop to find jets
601      //Need to iterate the algorithm while number of iterations<2 OR number of iterations<10 AND 
602      //the value of the average background has changed more than specified amount
603      //Min iterations = 2, Max iterations = 10
604      //while(fNumIter<2 || (fNumIter <10 && ( (fEBGTotal-fEBGTotalOld)/fEBGTotal) > fBGMaxMove) )
605
606      while(fNumIter<2 || (fNumIter <10 && ( fEBGTotal-fEBGTotalOld) > fEBGTotal*fBGMaxMove) )
607        {
608         if (fDebug>1) Info("FindJets","Starting BIG iteration ---> %i",fNumIter);
609
610          //Step 4. Find the value of the average background energy
611          FindBG();
612          fOutputObject.Reset(kResetJets); //Reset output object to store info for new iteration
613          fNumJets=0;
614
615          //Loop over the array of unit objects and flag those with energy below MinCellEt
616          Int_t numbelow = 0;
617          for(Int_t j=0; j<fNumUnits; j++)
618            {
619              if( (fUnit[j].GetUnitEnergy()-fEBGAve) < fEtMin)
620                 {       
621                   //          fUnit[j].SetUnitFlag(kBelowMinEt);    TAKING OUT kBelow flag
622                   numbelow++;
623                 }//end if
624            }//end for
625          //cout<<"THERE WERE "<<numbelow<<" units with E <EtMin!!!!!!!!!!!!!!!"<<endl;
626
627          //Do quick check if there are no jets upfront
628          // if(fUnit[0].GetUnitFlag() == kBelowMinEt)
629          if( (fUnit[0].GetUnitEnergy()-fEBGAve) < fEtMin)
630            {
631             cout <<"There are no jets for this event!" <<endl;
632             break;
633            }//end if
634
635          //Step 5. Begin with the first jet candidate cell (JET SEED LOOP)
636          if (fDebug>5) Info("FindJets","Beginning JET SEED LOOP");
637          for(Int_t count=0; count<fNumUnits; count++)
638            {
639
640 //CHECK CONDITION HERE _ NOT SURE IF SHOULD MAYBE BE: GetUnitEnergy()-fEBGAve >fESeed?????????????????????????????
641              if(fUnit[count].GetUnitEnergy()>=fESeed && fUnit[count].GetUnitFlag()==kOutJet)
642                {
643                  fEnergy = fUnit[count].GetUnitEnergy() - fEBGAve;
644                  fJetEta = fUnit[count].GetUnitEta();
645                  fJetPhi = fUnit[count].GetUnitPhi();
646                  Int_t seedID = fUnit[count].GetUnitID();
647                  if (fDebug>5) Info("FindJets","Inside first candidate jet seed loop for time : %i", count);
648                  if (fDebug>5) Info("FindJets","Found candidate energy %f ",fEnergy);
649                  if (fDebug>5) Info("FindJets","Found candidate eta %f ", fJetEta);
650                  if (fDebug>5) Info("FindJets","Found candidate phi %f ", fJetPhi);
651                  if (fDebug>5) Info("FindJets","Found candidate ID %i", seedID);
652
653                  fEtaInit = fJetEta;
654                  fPhiInit = fJetPhi;
655                  fEtaB = fJetEta;
656                  fPhiB = fJetPhi;
657                  fJetESum = 0.0;
658                  fJetEtaSum = 0.0;
659                  fJetPhiSum = 0.0;
660        
661          //Step 6. Find Jet Eta and Phi
662                  //Loop over all units in the array to find the ones in the jet cone and determine contrib to Jet eta, phi
663                  do
664                    {
665                      for(Int_t count1=0; count1<fNumUnits; count1++)               
666                        {
667                          if(fUnit[count1].GetUnitID() == seedID) continue;   //skip unit if the jetseed to avoid doublecounting
668                          if(fUnit[count1].GetUnitFlag() == kOutJet)
669                            {
670                              fDEta = fUnit[count1].GetUnitEta() - fJetEta;
671                              fDPhi = fUnit[count1].GetUnitPhi() - fJetPhi;
672                              fRad = TMath::Sqrt( (fDEta*fDEta) + (fDPhi*fDPhi) );
673                              if(fRad <= fConeRad)
674                                {
675                                  FindJetEtaPhi(count1); 
676                                }//end if
677                            }//end if
678                        }//end for (Jet Eta, Phi LOOP)
679                              
680                       //Find the distance cone centre moved from previous cone centre
681                       if (fDebug>10) Info("FindJets","Checking if cone move small enough");
682                       fDistP = TMath::Sqrt( ((fJetEta-fEtaB)*(fJetEta-fEtaB)) + ((fJetPhi-fPhiB)*(fJetPhi-fPhiB)) );
683                       //     if(fDistP <= fMinMove) break;
684                              
685
686                       //Find the distance cone centre is from initiator cell
687                       if (fDebug>10) Info("FindJets","Checking if cone move too large");
688                       fDistI = TMath::Sqrt( ((fJetEtaSum/fJetESum)*(fJetEtaSum/fJetESum)) + ((fJetPhiSum/fJetESum)*
689                                                                                                     (fJetPhiSum/fJetESum)));
690
691                       if(fDistP>fMinMove && fDistI<fMaxMove)
692                         {
693                           fEtaB = fJetEta;
694                           fPhiB = fJetPhi;
695                         }//end if
696                  
697                    }while(fDistP>fMinMove && fDistI<fMaxMove);
698                           
699                  fJetEta = fEtaB;
700                  fJetPhi = fPhiB;
701
702
703        //Step 7. Find the Jet Energy
704                  if (fDebug>1) Info("FindJets","Looking for Jet energy");
705                  fJetESum = 0.0;
706                  fJetEtaSum = 0.0;
707                  fJetPhiSum = 0.0;
708                  fNumInCone = 0;
709                  FindJetEnergy();
710
711                  //cout<<"Number of cells in jet cone is: "<<fNumInCone<<endl;
712
713        //Step 8. Check if the jet is a valid jet
714                  //Check if cluster energy is above Min allowed to be a jet
715 //DID NOT DO THE COSH COMPARISON HERE -> NEED TO CHECK WHICH COMPARISON IS BEST!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!
716                  if (fDebug>5) Info("FindJets","Checking cluster is valid jet");
717                  if(fJetESum < fJetEMin)
718                    {
719                      for(Int_t count2=0; count2<fNumUnits; count2++)
720                        {
721                          if(fUnit[count2].GetUnitFlag()==kInCurrentJet || fUnit[count2].GetUnitFlag()==kOutJet)
722                            fUnit[count2].SetUnitFlag(kOutJet);
723                        }//end for
724                    if (fDebug>10) Info("FindJets","NOT a valid jet cell");
725                   }else
726                     {
727                      for(Int_t count2=0; count2<fNumUnits; count2++)
728                        {
729                          if(fUnit[count2].GetUnitFlag()==kInCurrentJet)
730                            {
731                              //      cout<<"Setting unit #"<<count2 <<" to be officially in a jet!"<<endl;
732                            fUnit[count2].SetUnitFlag(kInJet);
733                            }
734                        }//end for                       
735
736  //NEED TO CHECK FINAL WEIRD ITERATION OF ETA AND PHI CHANGES!!!!!!!!!
737                      //  fJetPhi += fJetPhiSum/fJetESum;        //CHECK!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!
738                      //  fJetEta += fJetEtaSum/fJetESum;        //CHECK!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!
739
740                      fNumJets++;              //Incrementing number of jets found
741                      StoreJetInfo();          //Storing jet info
742
743                  }//end if (check cluster above Min Jet Energy)
744                }//end if (Jet Seed condition)
745            }//end (JET SEED LOOP)
746
747 if (fDebug>5) Info("FindJets","End of BIG iteration number %i",fNumIter);
748 // this->Dump();
749          fNumIter++;
750        }//end 10 iteration WHILE LOOP
751  }
752
753
754
755
756
757
758
759
760
761
762