EMCAL/AliEMCALJetFinderAlgoOmni.cxx

   1
   2 //THIS Also includes summing ALL cells in the jetcone towards the jet energy NOT just those above threshold!!!!!
   3
   4
   5 /**************************************************************************
   6  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
   7  *                                                                        *
   8  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
   9  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
  10  *                                                                        *
  11  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
  12  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
  13  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
  14  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
  15  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
  16  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
  17  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
  18  **************************************************************************/
  19
  20 /*
  21
  22 $Log$
  23
  24 Revision 1.3  2003/09/04 12:49:56  mhorner
  25 Changed hadron correction and added saving EMCAL and track contributions
  26
  27 */
  28
  29
  30 //*--Author: Sarah Blyth (LBL)
  31 //*--Based on UA1 jet algorithm from LUND JETSET called from EMC-erj
  32
  33 #include "TTask.h"
  34 #include "AliEMCALJetFinderInput.h"
  35 #include "AliEMCALJetFinderOutput.h"
  36 #include "AliEMCALJetFinderAlgo.h"
  37 #include "AliEMCALJetFinderAlgoOmni.h"
  38 #include "AliEMCALJetFinderAlgoUA1Unit.h"
  39 #include "AliEMCALGeometry.h"
  40 #include "AliEMCAL.h"
  41 #include "AliEMCALDigit.h"
  42 #include "TParticle.h"
  43 #include "AliRun.h"
  44 #include "AliEMCALJet.h"
  45 #include "TMath.h"
  46
  47
  48 ClassImp(AliEMCALJetFinderAlgoOmni)
  49
  50   AliEMCALJetFinderAlgoOmni::AliEMCALJetFinderAlgoOmni()
  51 {
  52   //Default constructor
  53 if (fDebug>0) Info("AliEMCALJetFinderAlgoOmni","Beginning Default Constructor");
  54
  55   fNumIter           = 0;
  56   fNumUnits          = 13824;     //Number of towers in EMCAL
  57   fESeed             = 5.0;       //Default value
  58   fConeRad           = 0.3;       //Default value
  59   fJetEMin           = 10.0;      //Default value
  60   fEtMin             = 0.0;      //Default value
  61   fMinMove           = 0.05;      //From original UA1 JetFinder
  62   fMaxMove           = 0.15;      //From original UA1 JetFinder
  63   fBGMaxMove         = 0.035;     //From original UA1 JetFinder
  64   fPtCut             = 0;
  65   fHadCorr           = 0;
  66   fEBGTotal          = 1.0;       //Set to 1 so that no div by zero in first FindJets() loop
  67   fEBGTotalOld       = 0.0;
  68   fEBGAve            = 0.0;
  69   fEnergy            = 0.0;
  70   fJetEta            = 0.0;
  71   fJetPhi            = 0.0;
  72   fEtaInit           = 0.0;
  73   fPhiInit           = 0.0;
  74   fEtaB              = 0.0;
  75   fPhiB              = 0.0;
  76   fJetESum           = 0.0;
  77   fJetEtaSum         = 0.0;
  78   fJetPhiSum         = 0.0;
  79   fDEta              = 0.0;
  80   fDPhi              = 0.0;
  81   fDistP             = 0.0;
  82   fDistI             = 0.0;
  83   fTempE             = 0.0;
  84   fRad               = 2.0;      //Set to 2 to start
  85   fNumInCone         = 0;
  86   fNumJets           = 0;
  87   fArrayInitialised  = 0;        //Set to FALSE to start
  88   fBGType            = kRatio;   //Set Ratio method as default BG subtraction method
  89   fBGPar             = -1.0;      //Set to 1 to start
  90 }
  91
  92  AliEMCALJetFinderAlgoOmni::~AliEMCALJetFinderAlgoOmni()
  93    {
  94      //Destructor
  95      if (fDebug>0) Info("AliEMCALJetFinderAlgoOmni","Beginning Destructor");
  96      delete[] fUnit;
  97      delete[] fUnitNoCuts;
  98    }
  99
 100  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::SetJetFindingParameters
 101                                (Int_t numUnits, Float_t eSeed, Float_t coneRad, Float_t jetEMin, Float_t etMin,
 102                                Float_t minMove, Float_t maxMove, Float_t bgMaxMove)
 103    {
 104      //Sets parameters for the JetFinding algorithm
 105      if (fDebug>1) Info("SetJetFindingParameters","Setting parameters for JetFinding");
 106
 107      SetNumUnits(numUnits);
 108      SetJetESeed(eSeed);
 109      SetConeRad(coneRad);
 110      SetJetEMin(jetEMin);
 111      SetEtMin(etMin);
 112      SetMinMove(minMove);
 113      SetMaxMove(maxMove);
 114      SetBGMaxMove(bgMaxMove);
 115    }
 116
 117  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::SetJetFindingParameters
 118                                (Int_t numUnits, Float_t eSeed, Float_t coneRad, Float_t jetEMin, Float_t etMin)
 119    {
 120      //Sets fewer parameters for the JetFinding algorithm
 121      if (fDebug>1) Info("SetJetFindingParameters","Setting parameters for JetFinding");
 122
 123      SetNumUnits(numUnits);
 124      SetJetESeed(eSeed);
 125      SetConeRad(coneRad);
 126      SetJetEMin(jetEMin);
 127      SetEtMin(etMin);
 128      SetMinMove(fMinMove);
 129      SetMaxMove(fMaxMove);
 130      SetBGMaxMove(fBGMaxMove);
 131    }
 132
 133  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::InitUnitArray()
 134    {
 135      //Initialises unit arrays
 136      if(fArrayInitialised) delete[] fUnit;
 137      fUnit = new AliEMCALJetFinderAlgoUA1Unit[fNumUnits];
 138      fUnitNoCuts = new AliEMCALJetFinderAlgoUA1Unit[fNumUnits];
 139      fArrayInitialised = 1;
 140    }
 141
 142  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::FillUnitArray(AliEMCALJetFinderAlgoUA1FillUnitFlagType_t flag)
 143    {
 144      if (fDebug>1) Info("FillUnitArray","Beginning FillUnitArray");
 145      AliEMCAL* pEMCAL = (AliEMCAL*) gAlice->GetModule("EMCAL");
 146
 147          //   if (pEMCAL){
 148          //          AliEMCALGeometry* geom =  AliEMCALGeometry::GetInstance(pEMCAL->GetTitle(), "");
 149          //     }else
 150          //    {
 151      AliEMCALGeometry* geom =  AliEMCALGeometry::GetInstance("EMCAL_5655_21", "");
 152         //    }
 153
 154      AliEMCALJetFinderAlgoUA1FillUnitFlagType_t option = flag;
 155      Int_t         numTracks, numDigits;
 156
 157      //Loops over all elements in the AliEMCALJetFinderAlgoUA1Unit array and
 158      //fills the objects with relevant values from the Data Input object
 159      if (fDebug>10) Info("FillUnitArray","Filling array with Unit objects");
 160      if (fDebug>15) Info("FillUnitArray","NTracks %i NDigits %i",fInputPointer->GetNTracks(),fInputPointer->GetNDigits());
 161          numTracks = fInputPointer->GetNTracks();
 162          numDigits = fInputPointer->GetNDigits();
 163          TParticle         *myPart;
 164          AliEMCALDigit     *myDigit;
 165
 166          //Fill units with Track info if appropriate
 167          if(option==kFillTracksOnly || option ==kFillAll)
 168            {
 169             for(Int_t j=0; j<numTracks; j++)
 170             {
 171              myPart = fInputPointer->GetTrack(j);
 172              Float_t eta = myPart->Eta();
 173              Float_t  phi = myPart->Phi();
 174              Int_t towerID = geom->TowerIndexFromEtaPhi(eta,180.0/TMath::Pi()*phi);
 175              Float_t  pT = myPart->Pt();
 176              Float_t unitEnergy = fUnit[towerID-1].GetUnitEnergy();
 177              Float_t unitEnergyNoCuts = fUnitNoCuts[towerID-1].GetUnitEnergy();
 178
 179
 180              //OLD WAY:   //Do Hadron Correction
 181               if(fHadCorr != 0)
 182                {
 183                  Double_t   fullP = myPart->P();
 184                  Double_t   hCEnergy = fHadCorr->GetEnergy(fullP, (Double_t)eta);
 185                  unitEnergy -= hCEnergy*TMath::Sin(myPart->Theta());
 186                  unitEnergyNoCuts -= hCEnergy*TMath::Sin(myPart->Theta());
 187                  fUnit[towerID-1].SetUnitEnergy(unitEnergy);
 188                  fUnitNoCuts[towerID-1].SetUnitEnergy(unitEnergyNoCuts);
 189                } //end Hadron Correction loop
 190
 191
 192              /*
 193               //Do Hadron Correction with propagate phi for the track
 194               if(fHadCorr != 0)
 195                 {
 196                   Bool_t curl = 1;
 197                   Float_t deltaPhi;
 198                   TParticlePDG *pdg = myPart->GetPDG();
 199                   if(pdg->Charge() < 0)
 200                     {
 201                       deltaPhi = PropagatePhi(myPart->Pt(), -1.0, curl);
 202                     }
 203                   else{
 204                     deltaPhi = PropagatePhi(myPart->Pt(), 1.0, curl);
 205                   }
 206                   phi += deltaPhi;
 207                   //Get new tower id for cell that track would curve into
 208                   Int_t towerID2;
 209                   if(phi<(1.0/3.0)*TMath::Pi() || phi>TMath::Pi())
 210                     {
 211                       towerID2 = -1;
 212                     }
 213                   else{
 214                       towerID2 = geom->TowerIndexFromEtaPhi(eta,180.0/TMath::Pi()*phi);
 215                     }
 216
 217                   if(towerID2 != -1)
 218                     {
 219                       //Find unit energy of new tower
 220                       Float_t unitEnergy2 = fUnit[towerID2-1].GetUnitEnergy();
 221                       Float_t unitEnergy2NoCuts = fUnitNoCuts[towerID2-1].GetUnitEnergy();
 222                       Double_t   fullP = myPart->P();
 223                       Double_t   hCEnergy = fHadCorr->GetEnergy(fullP, (Double_t)eta);
 224                       unitEnergy2 -= hCEnergy*TMath::Sin(myPart->Theta());
 225                       unitEnergy2NoCuts -= hCEnergy*TMath::Sin(myPart->Theta());
 226                       fUnit[towerID2-1].SetUnitEnergy(unitEnergy2);
 227                       fUnitNoCuts[towerID2-1].SetUnitEnergy(unitEnergy2NoCuts);
 228                     }//end if for towerID2
 229                 }//end Hadron Correction loop
 230              */
 231
 232               fUnitNoCuts[towerID-1].SetUnitEnergy(unitEnergyNoCuts + pT);
 233              //Do Pt cut on tracks
 234              if(fPtCut != 0 && pT < fPtCut) continue;
 235
 236              fUnit[towerID-1].SetUnitEnergy(unitEnergy+pT);
 237
 238              }//end tracks loop
 239            }//end Tracks condition
 240
 241
 242          //Fill units with Digit info if appropriate
 243          if(option ==kFillDigitsOnly || option ==kFillAll)
 244            {
 245             for(Int_t k=0; k<numDigits; k++)
 246             {
 247              myDigit = fInputPointer->GetDigit(k);
 248              if (fDebug>10) Info("FillUnitArray","getting digits %i %i numdigits",k,numDigits );
 249              Int_t towerID = myDigit->GetId();
 250              Int_t amplitude = myDigit->GetAmp();     //Gets the integer valued amplitude of the digit
 251              Float_t amp = (Float_t)amplitude;        //Need to typecast to Float_t before doing real energy conversion
 252              Float_t digitEnergy = amp/10000000.0;    //Factor of 10 million needed to convert!
 253              Float_t unitEnergy = fUnit[towerID-1].GetUnitEnergy() + digitEnergy;
 254              Float_t unitEnergyNoCuts = fUnitNoCuts[towerID-1].GetUnitEnergy() + digitEnergy;
 255              fUnit[towerID-1].SetUnitEnergy(unitEnergy);
 256              fUnitNoCuts[towerID-1].SetUnitEnergy(unitEnergyNoCuts);
 257             }//end digits loop
 258            }//end digits condition
 259
 260          //Set all unit flags, Eta, Phi
 261          for(Int_t i=0; i<fNumUnits; i++)
 262            {
 263              if (fDebug>10) Info("FillUnitArray","Setting all units outside jets");
 264              //Set all units to be outside a jet initially
 265              fUnit[i].SetUnitFlag(kOutJet);
 266              fUnit[i].SetUnitID(i+1);
 267              Float_t eta;
 268              Float_t phi;
 269              geom->EtaPhiFromIndex(fUnit[i].GetUnitID(), eta, phi);
 270              fUnit[i].SetUnitEta(eta);
 271              fUnit[i].SetUnitPhi(phi*TMath::Pi()/180.0);
 272              //Set all units to be outside a jet initially
 273              fUnitNoCuts[i].SetUnitFlag(kOutJet);
 274              fUnitNoCuts[i].SetUnitID(i+1);
 275              eta = 0.0;
 276              phi = 0.0;
 277              geom->EtaPhiFromIndex(fUnitNoCuts[i].GetUnitID(), eta, phi);
 278              fUnitNoCuts[i].SetUnitEta(eta);
 279              fUnitNoCuts[i].SetUnitPhi(phi*TMath::Pi()/180.0);
 280              //      if(i>13000) cout<<"!!!!!!!!!!!!!!!!!For unit0, eta="<<eta<<" and phi="<<phi*TMath::Pi()/180.0<<" and ID="<<fUnit[i].GetUnitID()<<endl;
 281              //  if(fUnit[i].GetUnitEnergy()>0) cout<<"Unit ID "<<fUnit[i].GetUnitID() <<"with eta="<<eta<<" and phi="<<phi*TMath::Pi()/180.0<<" has energy="<<fUnit[i].GetUnitEnergy()<<endl;
 282            }//end loop over all units in array (same as all towers in EMCAL)
 283    }
 284
 285
 286  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::Sort(AliEMCALJetFinderAlgoUA1Unit *unit, Int_t length)
 287  {
 288    //Calls the recursive quicksort method to sort unit objects in decending order of Energy
 289    if (fDebug>1) Info("Sort","Sorting Unit objects");
 290    QS(unit, 0, length-1);
 291  }
 292
 293
 294  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::QS(AliEMCALJetFinderAlgoUA1Unit *unit, Int_t left, Int_t right)
 295  {
 296   //Sorts the AliEMCALJetFinderAlgoUA1Unit objects in decending order of Energy
 297    if (fDebug>111) Info("QS","QuickSorting Unit objects");
 298
 299    Int_t    i;
 300    Int_t    j;
 301    AliEMCALJetFinderAlgoUA1Unit  unitFirst;
 302    AliEMCALJetFinderAlgoUA1Unit  unitSecond;
 303
 304    i = left;
 305    j = right;
 306    unitFirst = unit[(left+right)/2];
 307
 308  do
 309   {
 310     while( (unit[i].GetUnitEnergy() > unitFirst.GetUnitEnergy()) && (i < right)) i++;
 311     while( (unitFirst.GetUnitEnergy() > unit[j].GetUnitEnergy()) && (j > left)) j--;
 312
 313     if(i <= j)
 314       {
 315         unitSecond = unit[i];
 316         unit[i] = unit[j];
 317         unit[j] = unitSecond;
 318         i++;
 319         j--;
 320       }//end if
 321   }while(i <= j);
 322
 323  if(left < j) QS(unit, left, j);
 324  if(i < right) QS(unit, i, right);
 325  }
 326
 327
 328  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::FindBG()
 329  {
 330    if(fBGType == kRatio) RatioBG();
 331    else if(fBGType == kCone) ConeBG();
 332    else if(fBGType == kConstant) ConstantBG();
 333  }
 334
 335  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::RatioBG()
 336    {
 337      //Finds the background energy for the iteration
 338      //using the Ratio method
 339      if (fDebug>1) Info("FindBG","Finding Average Background");
 340      //Store BGEperCell from previous iteration!
 341      fEBGTotalOld = fEBGTotal;
 342      fEBGTotal          = 0.0;
 343      Int_t numCone      = 0;
 344
 345      //If user has not set fBGPar, set it to the default
 346      //for TPC = 90% efficiency, PtCut = 2GeV/c, timecut = 30ns
 347      if(fBGPar == -1) fBGPar = 0.4685;
 348
 349      //Loop over all unit objects in the Unit array and link to same
 350      //unit ID in NoCuts Unit array
 351      for(Int_t i=0; i<fNumUnits; i++)
 352        {
 353          if(fUnit[i].GetUnitFlag() != kInJet)
 354            {
 355              Int_t id = fUnit[i].GetUnitID();
 356              fEBGTotal += fUnitNoCuts[id-1].GetUnitEnergy();
 357            }
 358          else numCone++;
 359        }//end for
 360
 361      fEBGTotal *= fBGPar;
 362      fEBGAve = fEBGTotal / (fNumUnits - numCone);
 363      if (fDebug>5) Info("FindBG","Average BG is %f: ",fEBGAve);
 364
 365      for(Int_t count=0; count<fNumUnits;count++)
 366        {
 367          fUnit[count].SetUnitFlag(kOutJet);
 368        }//end for
 369    }
 370
 371  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::ConeBG()
 372    {
 373      //Finds the background energy for the iteration
 374      //using all energy not contained inside a jet
 375      if (fDebug>1) Info("FindBG","Finding Average Background");
 376      //Store old value of BGEperCell!
 377      fEBGTotalOld = fEBGTotal;
 378      fEBGTotal          = 0.0;
 379      Int_t numCone      = 0;
 380
 381      //Loop over all unit objects in the array and sum the energy of those not in a jet
 382      for(Int_t i=0; i<fNumUnits; i++)
 383        {
 384          if(fUnit[i].GetUnitFlag() != kInJet)
 385            fEBGTotal += fUnit[i].GetUnitEnergy();
 386          else numCone++;
 387        }//end for
 388
 389      fEBGAve = fEBGTotal / (fNumUnits - numCone);
 390      if (fDebug>5) Info("FindBG","Average BG is %f: ",fEBGAve);
 391
 392      for(Int_t count=0; count<fNumUnits;count++)
 393        {
 394          fUnit[count].SetUnitFlag(kOutJet);
 395        }//end for
 396    }
 397
 398  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::ConstantBG()
 399    {
 400      //Finds the background energy for the iteration
 401      //using all energy not contained inside a jet
 402      if (fDebug>1) Info("FindBG","Finding Average Background");
 403
 404      //If user has not set fBGPar, set it to the default
 405      //for TPC = 90% efficiency, PtCut = 2GeV/c, timecut = 30ns
 406      if(fBGPar == -1) fBGPar = 0.03378;
 407
 408      fEBGAve = fBGPar;
 409      if (fDebug>5) Info("FindBG","Average BG is %f: ",fEBGAve);
 410
 411      fEBGTotal          = 0.0;
 412      Int_t numCone      = 0;
 413      for(Int_t count=0; count<fNumUnits;count++)
 414        {
 415          if(fUnit[count].GetUnitFlag() == kInJet)
 416            {
 417              numCone++;
 418            }
 419          fUnit[count].SetUnitFlag(kOutJet);
 420        }//end for
 421      fEBGTotal = fEBGAve * (fNumUnits-numCone);
 422      fEBGTotalOld = fEBGTotal;
 423    }
 424
 425  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::FindJetEtaPhi(Int_t counter)
 426    {
 427      //Finds the eta and phi of the jet axis
 428      if (fDebug>10) Info("FindJetEtaPhi","Finding Jet Eta and Phi");
 429
 430      fDEta = fUnit[counter].GetUnitEta() - fEtaInit;
 431      fDPhi = fUnit[counter].GetUnitPhi() - fPhiInit;
 432
 433      fEnergy = fUnit[counter].GetUnitEnergy() - fEBGAve;
 434      fJetEtaSum += fEnergy * fDEta;
 435      fJetPhiSum += fEnergy * fDPhi;
 436      fJetESum += fEnergy;
 437      fJetEta = fEtaInit + (fJetEtaSum / fJetESum);
 438      fJetPhi = fPhiInit + (fJetPhiSum / fJetESum);
 439    }
 440
 441
 442  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::FindJetEnergy()
 443    {
 444      //Finds the energy of the jet after the final axis has been found
 445      if (fDebug>1) Info("FindJetEnergy","Finding Jet Energy");
 446
 447      for(Int_t i=0; i<fNumUnits; i++)
 448        {
 449          //Loop over all unit objects in the array and find if within cone radius
 450          Float_t dEta = fUnit[i].GetUnitEta() - fJetEta;
 451          Float_t dPhi = fUnit[i].GetUnitPhi() - fJetPhi;
 452          Float_t rad = TMath::Sqrt( (dEta*dEta) + (dPhi*dPhi) );
 453
 454          if(fUnit[i].GetUnitFlag()==kOutJet && rad<= fConeRad)
 455            {
 456              fUnit[i].SetUnitFlag(kInCurrentJet);
 457              Float_t energy = fUnit[i].GetUnitEnergy() - fEBGAve;
 458              fJetESum += energy;
 459              fJetEtaSum += energy * dEta;
 460              fJetPhiSum += energy * dPhi;
 461              fNumInCone++;                     //Increment the number of cells in the jet cone
 462            }//end if
 463        }//end for
 464    }
 465
 466
 467  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::StoreJetInfo()
 468    {
 469      //Stores the resulting jet information in appropriate storage structure (TO BE DECIDED!!!!)
 470      if (fDebug>1) Info("StoreJetInfo","Storing Jet Information");
 471      AliEMCALGeometry* geom =  AliEMCALGeometry::GetInstance("EMCAL_5655_21", "");
 472      //Store:
 473      //fJetESum is the final jet energy (background has been subtracted)
 474      //fJetEta is the final jet Eta
 475      //fJetPhi is the final jet Phi
 476      //fNumInCone is the final number of cells included in the jet cone
 477      //fEtaInit is the eta of the initiator cell
 478      //fPhiInit is the phi of the initiator cell
 479      fJet.SetEnergy(fJetESum);
 480      fJet.SetEta(fJetEta);
 481      fJet.SetPhi(fJetPhi);
 482
 483       cout<<"For iteration "<<fNumIter <<" and Jet number " <<fNumJets <<endl;
 484       cout<<"The jet energy is: " <<fJetESum <<endl;
 485       cout<<"The jet eta is ---->" <<fJetEta <<endl;
 486       cout<<"The jet phi is ---->" <<fJetPhi <<endl;
 487
 488      Int_t             numberTracks = fInputPointer->GetNTracks();
 489      Int_t             numberDigits = fInputPointer->GetNDigits();
 490      AliEMCALDigit     *myD;
 491      TParticle         *myP;
 492      Int_t             numTracksInCone = 0;
 493      Float_t           trackEnergy = 0.0;
 494      Float_t           trackEnergyPtCut =0.0;
 495      Float_t           emcalEnergy = 0.0;
 496      Float_t           emcalEnergyBGSub = 0.0;
 497
 498      for(Int_t counter=0; counter<numberTracks; counter++)
 499        {
 500         myP = fInputPointer->GetTrack(counter);
 501         Float_t eta = myP->Eta();
 502         Float_t phi = myP->Phi();
 503         Float_t deta = fJetEta-eta;
 504         Float_t dphi = fJetPhi -phi;
 505         Float_t rad = TMath::Sqrt( (deta*deta) + (dphi*dphi));
 506         if(rad<=fConeRad) numTracksInCone++;
 507        }//end for
 508
 509      Float_t    *pTArray = new Float_t[numTracksInCone];
 510      Float_t    *etaArray = new Float_t[numTracksInCone];
 511      Float_t    *phiArray = new Float_t[numTracksInCone];
 512      Int_t      *pdgArray = new Int_t[numTracksInCone];
 513      Int_t             index = 0;
 514
 515      for(Int_t counter2=0; counter2<numberTracks; counter2++)
 516        {
 517          myP = fInputPointer->GetTrack(counter2);
 518          Float_t eta = myP->Eta();
 519          Float_t phi = myP->Phi();
 520          Float_t deta = fJetEta-eta;
 521          Float_t dphi = fJetPhi -phi;
 522          Float_t rad = TMath::Sqrt( (deta*deta) + (dphi*dphi));
 523          if(rad<=fConeRad)
 524            {
 525              pTArray[index] = myP->Pt();
 526              //Calculate track contribution within jetcone
 527              trackEnergy += myP->Pt();
 528              if(myP->Pt() >= fPtCut) trackEnergyPtCut += myP->Pt();
 529              etaArray[index] = eta;
 530              phiArray[index] = phi;
 531              pdgArray[index] = myP->GetPdgCode();
 532              index++;
 533              if(fHadCorr != 0)
 534              {
 535                      Double_t   fullP = myP->P();
 536                      Double_t   hCEnergy = fHadCorr->GetEnergy(fullP, (Double_t)eta);
 537                      emcalEnergy -= hCEnergy*TMath::Sin(myP->Theta());
 538                      emcalEnergyBGSub -= hCEnergy*TMath::Sin(myP->Theta());
 539              } //end Hadron Correction loop
 540
 541            }//end if
 542        }//end for
 543
 544      //Loop over digits to find EMCal contribution within jetcone
 545      for(Int_t counter3=0; counter3<numberDigits; counter3++)
 546        {
 547          myD = fInputPointer->GetDigit(counter3);
 548          //GET DIGIT ETA, PHI so that can check if inside R!
 549          Float_t eta = 0.0;
 550          Float_t phi = 0.0;
 551          Int_t ID = myD->GetId();
 552          geom->EtaPhiFromIndex(ID, eta, phi);
 553          Float_t deta = fJetEta-eta;
 554          Float_t dphi = fJetPhi -(TMath::Pi()/180.0)*phi;
 555          Float_t rad = TMath::Sqrt( (deta*deta) + (dphi*dphi));
 556          if(rad<=fConeRad)
 557            {
 558          Int_t amplitude = myD->GetAmp();     //Gets the integer valued amplitude of the digit
 559          Float_t amp = (Float_t)amplitude;        //Need to typecast to Float_t before doing real energy conversion
 560          Float_t digitEnergy = amp/10000000.0;    //Factor of 10 million needed to convert!
 561          emcalEnergy += digitEnergy;
 562          emcalEnergyBGSub += (digitEnergy - fEBGAve);
 563            }//end if
 564        }//end count3 for
 565
 566      //Save in JET object
 567      fJet.SetTrackList(numTracksInCone,pTArray, etaArray, phiArray, pdgArray);
 568      fJet.SetEMCALEnergy(emcalEnergy);
 569      fJet.SetEMCALEnergyBGSub(emcalEnergyBGSub);
 570      fJet.SetTrackEnergy(trackEnergy);
 571      fJet.SetTrackEnergyPtCut(trackEnergyPtCut);
 572      fOutputObject.AddJet(&fJet);
 573      delete[] pTArray;
 574      delete[] etaArray;
 575      delete[] phiArray;
 576      delete[] pdgArray;
 577    }
 578
 579
 580  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::FindJets()
 581    {
 582      //Runs the complete UA1 JetFinding algorithm to find jets!
 583      if (fDebug>1) Info("FindJets","Starting Jet Finding!!!");
 584
 585      //If the array of JetFinderUnit objects has not been initialised then initialise with default settings
 586      if(!fArrayInitialised)
 587       {
 588        InitUnitArray();
 589        FillUnitArray(kFillAll);
 590       }//end if
 591      if (fDebug>1) Info("FindJets","Unit array filled");
 592
 593      //Step 1. Sort the array in descending order of Energy
 594      Sort(fUnit,fNumUnits);
 595
 596      //Step 2. Set the number of iterations and Number of jets found to zero to start
 597      fNumIter = 0;
 598      fNumJets = 0;
 599
 600      //Step 3. Begin the iteration loop to find jets
 601      //Need to iterate the algorithm while number of iterations<2 OR number of iterations<10 AND
 602      //the value of the average background has changed more than specified amount
 603      //Min iterations = 2, Max iterations = 10
 604      //while(fNumIter<2 || (fNumIter <10 && ( (fEBGTotal-fEBGTotalOld)/fEBGTotal) > fBGMaxMove) )
 605
 606      while(fNumIter<2 || (fNumIter <10 && ( fEBGTotal-fEBGTotalOld) > fEBGTotal*fBGMaxMove) )
 607        {
 608         if (fDebug>1) Info("FindJets","Starting BIG iteration ---> %i",fNumIter);
 609
 610          //Step 4. Find the value of the average background energy
 611          FindBG();
 612          fOutputObject.Reset(kResetJets); //Reset output object to store info for new iteration
 613          fNumJets=0;
 614
 615          //Loop over the array of unit objects and flag those with energy below MinCellEt
 616          Int_t numbelow = 0;
 617          for(Int_t j=0; j<fNumUnits; j++)
 618            {
 619              if( (fUnit[j].GetUnitEnergy()-fEBGAve) < fEtMin)
 620                 {
 621                   //          fUnit[j].SetUnitFlag(kBelowMinEt);    TAKING OUT kBelow flag
 622                   numbelow++;
 623                 }//end if
 624            }//end for
 625          //cout<<"THERE WERE "<<numbelow<<" units with E <EtMin!!!!!!!!!!!!!!!"<<endl;
 626
 627          //Do quick check if there are no jets upfront
 628          // if(fUnit[0].GetUnitFlag() == kBelowMinEt)
 629          if( (fUnit[0].GetUnitEnergy()-fEBGAve) < fEtMin)
 630            {
 631             cout <<"There are no jets for this event!" <<endl;
 632             break;
 633            }//end if
 634
 635          //Step 5. Begin with the first jet candidate cell (JET SEED LOOP)
 636          if (fDebug>5) Info("FindJets","Beginning JET SEED LOOP");
 637          for(Int_t count=0; count<fNumUnits; count++)
 638            {
 639
 640 //CHECK CONDITION HERE _ NOT SURE IF SHOULD MAYBE BE: GetUnitEnergy()-fEBGAve >fESeed?????????????????????????????
 641              if(fUnit[count].GetUnitEnergy()>=fESeed && fUnit[count].GetUnitFlag()==kOutJet)
 642                {
 643                  fEnergy = fUnit[count].GetUnitEnergy() - fEBGAve;
 644                  fJetEta = fUnit[count].GetUnitEta();
 645                  fJetPhi = fUnit[count].GetUnitPhi();
 646                  Int_t seedID = fUnit[count].GetUnitID();
 647                  if (fDebug>5) Info("FindJets","Inside first candidate jet seed loop for time : %i", count);
 648                  if (fDebug>5) Info("FindJets","Found candidate energy %f ",fEnergy);
 649                  if (fDebug>5) Info("FindJets","Found candidate eta %f ", fJetEta);
 650                  if (fDebug>5) Info("FindJets","Found candidate phi %f ", fJetPhi);
 651                  if (fDebug>5) Info("FindJets","Found candidate ID %i", seedID);
 652
 653                  fEtaInit = fJetEta;
 654                  fPhiInit = fJetPhi;
 655                  fEtaB = fJetEta;
 656                  fPhiB = fJetPhi;
 657                  fJetESum = 0.0;
 658                  fJetEtaSum = 0.0;
 659                  fJetPhiSum = 0.0;
 660
 661          //Step 6. Find Jet Eta and Phi
 662                  //Loop over all units in the array to find the ones in the jet cone and determine contrib to Jet eta, phi
 663                  do
 664                    {
 665                      for(Int_t count1=0; count1<fNumUnits; count1++)
 666                        {
 667                          if(fUnit[count1].GetUnitID() == seedID) continue;   //skip unit if the jetseed to avoid doublecounting
 668                          if(fUnit[count1].GetUnitFlag() == kOutJet)
 669                            {
 670                              fDEta = fUnit[count1].GetUnitEta() - fJetEta;
 671                              fDPhi = fUnit[count1].GetUnitPhi() - fJetPhi;
 672                              fRad = TMath::Sqrt( (fDEta*fDEta) + (fDPhi*fDPhi) );
 673                              if(fRad <= fConeRad)
 674                                {
 675                                  FindJetEtaPhi(count1);
 676                                }//end if
 677                            }//end if
 678                        }//end for (Jet Eta, Phi LOOP)
 679
 680                       //Find the distance cone centre moved from previous cone centre
 681                       if (fDebug>10) Info("FindJets","Checking if cone move small enough");
 682                       fDistP = TMath::Sqrt( ((fJetEta-fEtaB)*(fJetEta-fEtaB)) + ((fJetPhi-fPhiB)*(fJetPhi-fPhiB)) );
 683                       //     if(fDistP <= fMinMove) break;
 684
 685
 686                       //Find the distance cone centre is from initiator cell
 687                       if (fDebug>10) Info("FindJets","Checking if cone move too large");
 688                       fDistI = TMath::Sqrt( ((fJetEtaSum/fJetESum)*(fJetEtaSum/fJetESum)) + ((fJetPhiSum/fJetESum)*
 689                                                                                                     (fJetPhiSum/fJetESum)));
 690
 691                       if(fDistP>fMinMove && fDistI<fMaxMove)
 692                         {
 693                           fEtaB = fJetEta;
 694                           fPhiB = fJetPhi;
 695                         }//end if
 696
 697                    }while(fDistP>fMinMove && fDistI<fMaxMove);
 698
 699                  fJetEta = fEtaB;
 700                  fJetPhi = fPhiB;
 701
 702
 703        //Step 7. Find the Jet Energy
 704                  if (fDebug>1) Info("FindJets","Looking for Jet energy");
 705                  fJetESum = 0.0;
 706                  fJetEtaSum = 0.0;
 707                  fJetPhiSum = 0.0;
 708                  fNumInCone = 0;
 709                  FindJetEnergy();
 710
 711                  //cout<<"Number of cells in jet cone is: "<<fNumInCone<<endl;
 712
 713        //Step 8. Check if the jet is a valid jet
 714                  //Check if cluster energy is above Min allowed to be a jet
 715 //DID NOT DO THE COSH COMPARISON HERE -> NEED TO CHECK WHICH COMPARISON IS BEST!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!
 716                  if (fDebug>5) Info("FindJets","Checking cluster is valid jet");
 717                  if(fJetESum < fJetEMin)
 718                    {
 719                      for(Int_t count2=0; count2<fNumUnits; count2++)
 720                        {
 721                          if(fUnit[count2].GetUnitFlag()==kInCurrentJet || fUnit[count2].GetUnitFlag()==kOutJet)
 722                            fUnit[count2].SetUnitFlag(kOutJet);
 723                        }//end for
 724                    if (fDebug>10) Info("FindJets","NOT a valid jet cell");
 725                   }else
 726                     {
 727                      for(Int_t count2=0; count2<fNumUnits; count2++)
 728                        {
 729                          if(fUnit[count2].GetUnitFlag()==kInCurrentJet)
 730                            {
 731                              //      cout<<"Setting unit #"<<count2 <<" to be officially in a jet!"<<endl;
 732                            fUnit[count2].SetUnitFlag(kInJet);
 733                            }
 734                        }//end for
 735
 736  //NEED TO CHECK FINAL WEIRD ITERATION OF ETA AND PHI CHANGES!!!!!!!!!
 737                      //  fJetPhi += fJetPhiSum/fJetESum;        //CHECK!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!
 738                      //  fJetEta += fJetEtaSum/fJetESum;        //CHECK!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!
 739
 740                      fNumJets++;              //Incrementing number of jets found
 741                      StoreJetInfo();          //Storing jet info
 742
 743                  }//end if (check cluster above Min Jet Energy)
 744                }//end if (Jet Seed condition)
 745            }//end (JET SEED LOOP)
 746
 747 if (fDebug>5) Info("FindJets","End of BIG iteration number %i",fNumIter);
 748 // this->Dump();
 749          fNumIter++;
 750        }//end 10 iteration WHILE LOOP
 751  }
 752
 753
 754
 755
 756
 757
 758
 759
 760
 761
 762