6c473c66988650891586f72d3f9b7f10d5db57cf
[u/mrichter/AliRoot.git] / EMCAL / AliEMCALJetFinderAlgoOmni.cxx
1
2 //THIS Also includes summing ALL cells in the jetcone towards the jet energy NOT just those above threshold!!!!!
3
4
5 /**************************************************************************
6  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
7  *                                                                        *
8  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
9  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
10  *                                                                        *
11  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
12  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
13  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
14  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
15  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
16  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
17  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
18  **************************************************************************/
19
20 /*
21  
22 $Log$
23 Revision 1.9  2004/02/23 20:37:32  mhorner
24 changed geometry call
25
26 Revision 1.8  2004/01/29 23:28:44  mhorner
27 Jet Finder - hard coded geom parameters removed
28
29 Revision 1.7  2004/01/21 22:27:47  mhorner
30 Cleaning up coding conventions
31
32 Revision 1.6  2003/10/28 13:54:30  schutz
33 Compilation warnings fixed
34
35 Revision 1.5  2003/09/23 13:31:41  mhorner
36 Changed coordinate system
37
38 Revision 1.4  2003/09/19 13:16:20  mhorner
39 Added additional jet energy info
40
41
42 Revision 1.3  2003/09/04 12:49:56  mhorner
43 Changed hadron correction and added saving EMCAL and track contributions
44
45 */
46
47
48 //*--Author: Sarah Blyth (LBL)
49 //*--Based on UA1 jet algorithm from LUND JETSET called from EMC-erj
50
51 #include "TTask.h"
52 #include "AliEMCALJetFinderInput.h"
53 #include "AliEMCALJetFinderOutput.h"
54 #include "AliEMCALJetFinderAlgo.h"
55 #include "AliEMCALJetFinderAlgoOmni.h"
56 #include "AliEMCALJetFinderAlgoUA1Unit.h"
57 #include "AliEMCALGetter.h"
58 #include "AliEMCALGeometry.h"
59 #include "AliEMCAL.h"
60 #include "AliEMCALDigit.h"
61 #include "TParticle.h"
62 #include "AliRun.h"
63 #include "AliEMCALJet.h"
64 #include "TMath.h"
65
66
67 ClassImp(AliEMCALJetFinderAlgoOmni)
68
69   AliEMCALJetFinderAlgoOmni::AliEMCALJetFinderAlgoOmni()
70 {
71   //Default constructor
72 if (fDebug>0) Info("AliEMCALJetFinderAlgoOmni","Beginning Default Constructor");
73
74 // AliEMCALGetter * gime = AliEMCALGetter::Instance() ;
75 //  AliEMCALGeometry * geom = gime->EMCALGeometry();
76   AliEMCALGeometry * geom = AliEMCALGeometry::GetInstance("EMCAL_55_25","EMCAL");
77   fNumIter           = 0;
78   fNumUnits          = geom->GetNTowers();     //Number of towers in EMCAL
79   fESeed             = 5.0;       //Default value
80   fConeRad           = 0.3;       //Default value
81   fJetEMin           = 10.0;      //Default value
82   fEtMin             = 0.0;      //Default value
83   fMinMove           = 0.05;      //From original UA1 JetFinder
84   fMaxMove           = 0.15;      //From original UA1 JetFinder
85   fBGMaxMove         = 0.035;     //From original UA1 JetFinder
86   fPtCut             = 0;         
87   fHadCorr           = 0;       
88   fEBGTotal          = 1.0;       //Set to 1 so that no div by zero in first FindJets() loop
89   fEBGTotalOld       = 0.0;
90   fEBGAve            = 0.0;
91   fEnergy            = 0.0;
92   fJetEta            = 0.0;
93   fJetPhi            = 0.0;
94   fEtaInit           = 0.0;
95   fPhiInit           = 0.0;
96   fEtaB              = 0.0;
97   fPhiB              = 0.0;
98   fJetESum           = 0.0;
99   fJetEtaSum         = 0.0;
100   fJetPhiSum         = 0.0;
101   fDEta              = 0.0;
102   fDPhi              = 0.0;
103   fDistP             = 0.0;
104   fDistI             = 0.0;
105   fTempE             = 0.0;
106   fRad               = 2.0;      //Set to 2 to start 
107   fNumInCone         = 0;
108   fNumJets           = 0;
109   fArrayInitialised  = 0;        //Set to FALSE to start
110   fBGType            = kRatio;   //Set Ratio method as default BG subtraction method 
111   fBGPar             = -1.0;      //Set to 1 to start
112 }
113
114  AliEMCALJetFinderAlgoOmni::~AliEMCALJetFinderAlgoOmni()
115    {
116      //Destructor
117      if (fDebug>0) Info("AliEMCALJetFinderAlgoOmni","Beginning Destructor");
118      delete[] fUnit;
119      delete[] fUnitNoCuts;
120    }
121
122  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::SetJetFindingParameters
123                                (Int_t numUnits, Float_t eSeed, Float_t coneRad, Float_t jetEMin, Float_t etMin, 
124                                Float_t minMove, Float_t maxMove, Float_t bgMaxMove)
125    {
126      //Sets parameters for the JetFinding algorithm
127      if (fDebug>1) Info("SetJetFindingParameters","Setting parameters for JetFinding");
128
129      SetNumUnits(numUnits);
130      SetJetESeed(eSeed);
131      SetConeRad(coneRad);
132      SetJetEMin(jetEMin);
133      SetEtMin(etMin);
134      SetMinMove(minMove);
135      SetMaxMove(maxMove);
136      SetBGMaxMove(bgMaxMove);
137    }
138
139  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::SetJetFindingParameters
140                                (Int_t numUnits, Float_t eSeed, Float_t coneRad, Float_t jetEMin, Float_t etMin)
141    {
142      //Sets fewer parameters for the JetFinding algorithm
143      if (fDebug>1) Info("SetJetFindingParameters","Setting parameters for JetFinding");
144
145      SetNumUnits(numUnits);
146      SetJetESeed(eSeed);
147      SetConeRad(coneRad);
148      SetJetEMin(jetEMin);
149      SetEtMin(etMin);
150      SetMinMove(fMinMove);
151      SetMaxMove(fMaxMove);
152      SetBGMaxMove(fBGMaxMove);
153    }
154
155  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::InitUnitArray()
156    {
157      //Initialises unit arrays
158      if(fArrayInitialised) delete[] fUnit;
159      fUnit = new AliEMCALJetFinderAlgoUA1Unit[fNumUnits];
160      fUnitNoCuts = new AliEMCALJetFinderAlgoUA1Unit[fNumUnits];
161      fArrayInitialised = 1;
162    }
163
164  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::FillUnitArray(AliEMCALJetFinderAlgoUA1FillUnitFlagType_t flag)
165    {
166            // Fill the unit array 
167      if (fDebug>1) Info("FillUnitArray","Beginning FillUnitArray");
168          //    AliEMCAL* pEMCAL = (AliEMCAL*) gAlice->GetModule("EMCAL");
169          //   if (pEMCAL){ 
170          //          AliEMCALGeometry* geom =  AliEMCALGeometry::GetInstance(pEMCAL->GetTitle(), "");
171          //     }else
172          //    {
173
174      AliEMCALGetter * gime = AliEMCALGetter::Instance() ;
175      AliEMCALGeometry * geom = gime->EMCALGeometry();
176
177         //    }
178          
179      AliEMCALJetFinderAlgoUA1FillUnitFlagType_t option = flag;
180      Int_t         numTracks, numDigits;
181     
182      //Loops over all elements in the AliEMCALJetFinderAlgoUA1Unit array and 
183      //fills the objects with relevant values from the Data Input object
184      if (fDebug>10) Info("FillUnitArray","Filling array with Unit objects");
185      if (fDebug>15) Info("FillUnitArray","NTracks %i NDigits %i",fInputPointer->GetNTracks(),fInputPointer->GetNDigits());
186          numTracks = fInputPointer->GetNTracks();
187          numDigits = fInputPointer->GetNDigits();
188          TParticle         *myPart;
189          AliEMCALDigit     *myDigit;
190      if (!fPythiaComparison)
191      {
192          //Fill units with Track info if appropriate
193          if(option==kFillTracksOnly || option ==kFillAll) 
194            {          
195             for(Int_t j=0; j<numTracks; j++)
196             {
197              myPart = fInputPointer->GetTrack(j);
198              Float_t eta = myPart->Eta();
199              Float_t  phi = myPart->Phi();
200              Int_t towerID = geom->TowerIndexFromEtaPhi(eta,180.0/TMath::Pi()*phi);
201              Float_t  pT = myPart->Pt();
202              Float_t unitEnergy = fUnit[towerID-1].GetUnitEnergy(); 
203              Float_t unitEnergyNoCuts = fUnitNoCuts[towerID-1].GetUnitEnergy();
204
205              
206              //OLD WAY:   //Do Hadron Correction
207               if(fHadCorr != 0)
208                {
209                  Double_t   fullP = myPart->P();
210                  Double_t   hCEnergy = fHadCorr->GetEnergy(fullP, (Double_t)eta);
211                  unitEnergy -= hCEnergy*TMath::Sin(myPart->Theta());
212                  unitEnergyNoCuts -= hCEnergy*TMath::Sin(myPart->Theta());
213                  fUnit[towerID-1].SetUnitEnergy(unitEnergy);
214                  fUnitNoCuts[towerID-1].SetUnitEnergy(unitEnergyNoCuts);
215                } //end Hadron Correction loop 
216               
217     
218              /*
219               //Do Hadron Correction with propagate phi for the track
220               if(fHadCorr != 0)
221                 {
222                   Bool_t curl = 1;
223                   Float_t deltaPhi;
224                   TParticlePDG *pdg = myPart->GetPDG();
225                   if(pdg->Charge() < 0)
226                     {
227                       deltaPhi = PropagatePhi(myPart->Pt(), -1.0, curl);
228                     }
229                   else{
230                     deltaPhi = PropagatePhi(myPart->Pt(), 1.0, curl);
231                   }
232                   phi += deltaPhi;
233                   //Get new tower id for cell that track would curve into
234                   Int_t towerID2;
235                   if(phi>(TMath::Pi()/180.0)*geom->GetArm1PhiMax() || phi<(TMath::Pi()/180.0)*geom->GetArm1PhiMin())
236                     {
237                       towerID2 = -1;
238                     }
239                   else{
240                       towerID2 = geom->TowerIndexFromEtaPhi(eta,180.0/TMath::Pi()*phi);
241                     }
242                   
243                   if(towerID2 != -1)
244                     {
245                       //Find unit energy of new tower
246                       Float_t unitEnergy2 = fUnit[towerID2-1].GetUnitEnergy();
247                       Float_t unitEnergy2NoCuts = fUnitNoCuts[towerID2-1].GetUnitEnergy();
248                       Double_t   fullP = myPart->P();
249                       Double_t   hCEnergy = fHadCorr->GetEnergy(fullP, (Double_t)eta);
250                       unitEnergy2 -= hCEnergy*TMath::Sin(myPart->Theta());
251                       unitEnergy2NoCuts -= hCEnergy*TMath::Sin(myPart->Theta());
252                       fUnit[towerID2-1].SetUnitEnergy(unitEnergy2);
253                       fUnitNoCuts[towerID2-1].SetUnitEnergy(unitEnergy2NoCuts);
254                     }//end if for towerID2
255                 }//end Hadron Correction loop
256              */
257
258               fUnitNoCuts[towerID-1].SetUnitEnergy(unitEnergyNoCuts + pT);
259              //Do Pt cut on tracks
260              if(fPtCut != 0 && pT < fPtCut) continue;
261
262              fUnit[towerID-1].SetUnitEnergy(unitEnergy+pT);
263
264              }//end tracks loop
265            }//end Tracks condition
266
267
268          //Fill units with Digit info if appropriate
269          if(option ==kFillDigitsOnly || option ==kFillAll)
270            {
271             for(Int_t k=0; k<numDigits; k++)
272             {
273              myDigit = fInputPointer->GetDigit(k);
274              if (fDebug>10) Info("FillUnitArray","getting digits %i %i numdigits",k,numDigits );
275              Int_t towerID = myDigit->GetId();
276              Int_t amplitude = myDigit->GetAmp();     //Gets the integer valued amplitude of the digit
277              Float_t amp = (Float_t)amplitude;        //Need to typecast to Float_t before doing real energy conversion
278              Float_t digitEnergy = amp/10000000.0;    //Factor of 10 million needed to convert!
279              Float_t unitEnergy = fUnit[towerID-1].GetUnitEnergy() + digitEnergy;
280              Float_t unitEnergyNoCuts = fUnitNoCuts[towerID-1].GetUnitEnergy() + digitEnergy;
281              fUnit[towerID-1].SetUnitEnergy(unitEnergy);
282              fUnitNoCuts[towerID-1].SetUnitEnergy(unitEnergyNoCuts);
283             }//end digits loop
284            }//end digits condition
285
286          //Set all unit flags, Eta, Phi
287          for(Int_t i=0; i<fNumUnits; i++)
288            {
289              if (fDebug>10) Info("FillUnitArray","Setting all units outside jets");
290              //Set all units to be outside a jet initially
291              fUnit[i].SetUnitFlag(kOutJet);           
292              fUnit[i].SetUnitID(i+1);
293              Float_t eta;
294              Float_t phi;
295              geom->EtaPhiFromIndex(fUnit[i].GetUnitID(), eta, phi);
296              fUnit[i].SetUnitEta(eta);
297              fUnit[i].SetUnitPhi(phi*TMath::Pi()/180.0);
298              //Set all units to be outside a jet initially
299              fUnitNoCuts[i].SetUnitFlag(kOutJet);          
300              fUnitNoCuts[i].SetUnitID(i+1);
301              eta = 0.0;
302              phi = 0.0;
303              geom->EtaPhiFromIndex(fUnitNoCuts[i].GetUnitID(), eta, phi);
304              fUnitNoCuts[i].SetUnitEta(eta);
305              fUnitNoCuts[i].SetUnitPhi(phi*TMath::Pi()/180.0);
306              //      if(i>13000) cout<<"!!!!!!!!!!!!!!!!!For unit0, eta="<<eta<<" and phi="<<phi*TMath::Pi()/180.0<<" and ID="<<fUnit[i].GetUnitID()<<endl;
307              //  if(fUnit[i].GetUnitEnergy()>0) cout<<"Unit ID "<<fUnit[i].GetUnitID() <<"with eta="<<eta<<" and phi="<<phi*TMath::Pi()/180.0<<" has energy="<<fUnit[i].GetUnitEnergy()<<endl;
308            }//end loop over all units in array (same as all towers in EMCAL)
309
310      }
311      if (fPythiaComparison)
312      {
313              for(Int_t j=0; j<numTracks; j++)                            
314              {
315                      myPart = fInputPointer->GetTrack(j);
316                      fUnit[j].SetUnitID(j);
317                      fUnit[j].SetUnitFlag(kOutJet);
318                      fUnit[j].SetUnitEta(myPart->Eta());
319                      fUnit[j].SetUnitPhi(myPart->Phi());
320                      fUnit[j].SetUnitEnergy(myPart->Energy()*TMath::Sin(myPart->Theta()));
321                      fUnitNoCuts[j].SetUnitID(j);
322                      fUnitNoCuts[j].SetUnitFlag(kOutJet);
323                      fUnitNoCuts[j].SetUnitEta(myPart->Eta());
324                      fUnitNoCuts[j].SetUnitPhi(myPart->Phi());
325                      fUnitNoCuts[j].SetUnitEnergy(myPart->Energy()*TMath::Sin(myPart->Theta()));
326              }
327              for(Int_t k=numTracks; k < fNumUnits; k++)
328              {
329                      fUnit[k].SetUnitID(k);
330                      fUnit[k].SetUnitFlag(kOutJet);
331                      fUnit[k].SetUnitEta(0.0);
332                      fUnit[k].SetUnitPhi(0.0);
333                      fUnit[k].SetUnitEnergy(0.0);                    
334                      fUnitNoCuts[k].SetUnitID(k);
335                      fUnitNoCuts[k].SetUnitFlag(kOutJet);
336                      fUnitNoCuts[k].SetUnitEta(0.0);
337                      fUnitNoCuts[k].SetUnitPhi(0.0);
338                      fUnitNoCuts[k].SetUnitEnergy(0.0);                   
339              }
340      }
341
342
343
344    }
345
346
347  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::Sort(AliEMCALJetFinderAlgoUA1Unit *unit, Int_t length)
348  {
349    //Calls the recursive quicksort method to sort unit objects in decending order of Energy
350    if (fDebug>1) Info("Sort","Sorting Unit objects");
351    QS(unit, 0, length-1);
352  }
353   
354
355  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::QS(AliEMCALJetFinderAlgoUA1Unit *unit, Int_t left, Int_t right)
356  {
357   //Sorts the AliEMCALJetFinderAlgoUA1Unit objects in decending order of Energy
358    if (fDebug>111) Info("QS","QuickSorting Unit objects");   
359
360    Int_t    i;
361    Int_t    j;
362    AliEMCALJetFinderAlgoUA1Unit  unitFirst;
363    AliEMCALJetFinderAlgoUA1Unit  unitSecond;
364
365    i = left;
366    j = right;
367    unitFirst = unit[(left+right)/2];
368
369  do
370   {
371     while( (unit[i].GetUnitEnergy() > unitFirst.GetUnitEnergy()) && (i < right)) i++;
372     while( (unitFirst.GetUnitEnergy() > unit[j].GetUnitEnergy()) && (j > left)) j--;
373
374     if(i <= j)
375       {
376         unitSecond = unit[i];
377         unit[i] = unit[j];
378         unit[j] = unitSecond;
379         i++;
380         j--;
381       }//end if
382   }while(i <= j);
383
384  if(left < j) QS(unit, left, j);
385  if(i < right) QS(unit, i, right);
386  }
387
388
389  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::FindBG()
390  {
391    if(fBGType == kRatio) RatioBG();
392    else if(fBGType == kCone) ConeBG();
393    else if(fBGType == kConstant) ConstantBG();
394  }
395
396  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::RatioBG()
397    {
398      //Finds the background energy for the iteration
399      //using the Ratio method
400      if (fDebug>1) Info("FindBG","Finding Average Background"); 
401      //Store BGEperCell from previous iteration!
402      fEBGTotalOld = fEBGTotal;
403      fEBGTotal          = 0.0;
404      Int_t numCone      = 0;
405
406      //If user has not set fBGPar, set it to the default
407      //for TPC = 90% efficiency, PtCut = 2GeV/c, timecut = 30ns
408      if(fBGPar == -1) fBGPar = 0.4685;
409
410      //Loop over all unit objects in the Unit array and link to same
411      //unit ID in NoCuts Unit array
412      for(Int_t i=0; i<fNumUnits; i++)
413        {
414          if(fUnit[i].GetUnitFlag() != kInJet)
415            {
416              Int_t id = fUnit[i].GetUnitID();
417              fEBGTotal += fUnitNoCuts[id-1].GetUnitEnergy();  
418            }
419          else numCone++;
420        }//end for
421
422      fEBGTotal *= fBGPar;
423      fEBGAve = fEBGTotal / (fNumUnits - numCone);
424      if (fDebug>5) Info("FindBG","Average BG is %f: ",fEBGAve); 
425
426      for(Int_t count=0; count<fNumUnits;count++)
427        {
428          fUnit[count].SetUnitFlag(kOutJet);
429        }//end for
430    }
431
432  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::ConeBG()
433    {
434      //Finds the background energy for the iteration
435      //using all energy not contained inside a jet
436      if (fDebug>1) Info("FindBG","Finding Average Background"); 
437      //Store old value of BGEperCell!
438      fEBGTotalOld = fEBGTotal;
439      fEBGTotal          = 0.0;
440      Int_t numCone      = 0;
441
442      //Loop over all unit objects in the array and sum the energy of those not in a jet
443      for(Int_t i=0; i<fNumUnits; i++)
444        {
445          if(fUnit[i].GetUnitFlag() != kInJet)
446            fEBGTotal += fUnit[i].GetUnitEnergy();
447          else numCone++;
448        }//end for
449
450      fEBGAve = fEBGTotal / (fNumUnits - numCone);
451      if (fDebug>5) Info("FindBG","Average BG is %f: ",fEBGAve);      
452
453      for(Int_t count=0; count<fNumUnits;count++)
454        {
455          fUnit[count].SetUnitFlag(kOutJet);
456        }//end for
457    }
458
459  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::ConstantBG()
460    {     
461      //Finds the background energy for the iteration
462      //using all energy not contained inside a jet
463      if (fDebug>1) Info("FindBG","Finding Average Background"); 
464
465      //If user has not set fBGPar, set it to the default
466      //for TPC = 90% efficiency, PtCut = 2GeV/c, timecut = 30ns
467      if(fBGPar == -1) fBGPar = 0.03378;
468
469      fEBGAve = fBGPar;
470      if (fDebug>5) Info("FindBG","Average BG is %f: ",fEBGAve);      
471
472      fEBGTotal          = 0.0;
473      Int_t numCone      = 0;
474      for(Int_t count=0; count<fNumUnits;count++)
475        {
476          if(fUnit[count].GetUnitFlag() == kInJet)
477            {
478              numCone++;
479            }
480          fUnit[count].SetUnitFlag(kOutJet);
481        }//end for
482      fEBGTotal = fEBGAve * (fNumUnits-numCone);
483      fEBGTotalOld = fEBGTotal;
484    }
485
486  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::FindJetEtaPhi(Int_t counter)
487    {
488      //Finds the eta and phi of the jet axis
489      if (fDebug>10) Info("FindJetEtaPhi","Finding Jet Eta and Phi");
490
491      fDEta = fUnit[counter].GetUnitEta() - fEtaInit;
492      fDPhi = fUnit[counter].GetUnitPhi() - fPhiInit;
493
494      fEnergy = fUnit[counter].GetUnitEnergy() - fEBGAve;
495      fJetEtaSum += fEnergy * fDEta;
496      fJetPhiSum += fEnergy * fDPhi;
497      fJetESum += fEnergy;
498      fJetEta = fEtaInit + (fJetEtaSum / fJetESum);
499      fJetPhi = fPhiInit + (fJetPhiSum / fJetESum);
500    }
501
502
503  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::FindJetEnergy()
504    {
505      //Finds the energy of the jet after the final axis has been found
506      if (fDebug>1) Info("FindJetEnergy","Finding Jet Energy");
507
508      for(Int_t i=0; i<fNumUnits; i++)
509        {
510          //Loop over all unit objects in the array and find if within cone radius
511          Float_t dEta = fUnit[i].GetUnitEta() - fJetEta;
512          Float_t dPhi = fUnit[i].GetUnitPhi() - fJetPhi;
513          Float_t rad;
514          if ((dEta*dEta) + (dPhi*dPhi)>1.e-7)
515          {
516                  rad = TMath::Sqrt( (dEta*dEta) + (dPhi*dPhi) );
517          }else
518          {
519                  rad=0.0;
520          }
521
522          if(fUnit[i].GetUnitFlag()==kOutJet && rad<= fConeRad)
523            {
524              fUnit[i].SetUnitFlag(kInCurrentJet);
525              Float_t energy = fUnit[i].GetUnitEnergy() - fEBGAve;
526              fJetESum += energy;                             
527              fJetEtaSum += energy * dEta;
528              fJetPhiSum += energy * dPhi;
529              fNumInCone++;                     //Increment the number of cells in the jet cone
530            }//end if
531        }//end for
532    }
533
534
535  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::StoreJetInfo()
536    {
537      //Stores the resulting jet information in appropriate storage structure (TO BE DECIDED!!!!)
538      if (fDebug>1) Info("StoreJetInfo","Storing Jet Information");
539      AliEMCALGetter * gime = AliEMCALGetter::Instance() ;
540      AliEMCALGeometry * geom = gime->EMCALGeometry();
541      //Store:
542      //fJetESum is the final jet energy (background has been subtracted)
543      //fJetEta is the final jet Eta
544      //fJetPhi is the final jet Phi
545      //fNumInCone is the final number of cells included in the jet cone
546      //fEtaInit is the eta of the initiator cell
547      //fPhiInit is the phi of the initiator cell
548      fJet.SetEnergy(fJetESum);
549      fJet.SetEta(fJetEta);
550      fJet.SetPhi(fJetPhi);
551
552       cout<<"For iteration "<<fNumIter <<" and Jet number " <<fNumJets <<endl;
553       cout<<"The jet energy is: " <<fJetESum <<endl;
554       cout<<"The jet eta is ---->" <<fJetEta <<endl;
555       cout<<"The jet phi is ---->" <<fJetPhi <<endl;
556
557      Int_t             numberTracks = fInputPointer->GetNTracks();
558      Int_t             numberDigits = fInputPointer->GetNDigits();
559      AliEMCALDigit     *myD;
560      TParticle         *myP;
561      Int_t             numTracksInCone = 0;
562      Float_t           trackEnergy = 0.0;
563      Float_t           trackEnergyPtCut =0.0; 
564      Float_t           emcalEnergy = 0.0;
565      Float_t           emcalEnergyBGSub = 0.0;
566
567      for(Int_t counter=0; counter<numberTracks; counter++)
568        {
569         myP = fInputPointer->GetTrack(counter);
570         Float_t eta = myP->Eta();
571         Float_t phi = myP->Phi(); 
572         Float_t deta = fJetEta-eta;
573         Float_t dphi = fJetPhi -phi;
574         Float_t rad = TMath::Sqrt( (deta*deta) + (dphi*dphi));
575         if(rad<=fConeRad) numTracksInCone++;
576        }//end for
577
578      Float_t    *pTArray = new Float_t[numTracksInCone];
579      Float_t    *etaArray = new Float_t[numTracksInCone];
580      Float_t    *phiArray = new Float_t[numTracksInCone];
581      Int_t      *pdgArray = new Int_t[numTracksInCone];
582      Int_t             index = 0;
583
584      for(Int_t counter2=0; counter2<numberTracks; counter2++)
585        {
586          myP = fInputPointer->GetTrack(counter2);
587          Float_t eta = myP->Eta();
588          Float_t phi = myP->Phi(); 
589          Float_t deta = fJetEta-eta;
590          Float_t dphi = fJetPhi -phi;
591          Float_t rad ;
592          if ((deta*deta) + (dphi*dphi)>1.e-7)
593          {
594                  rad = TMath::Sqrt( (deta*deta) + (dphi*dphi) );
595          }else
596          {
597                  rad=0.0;
598          }
599
600          if(rad<=fConeRad)
601            {
602              pTArray[index] = myP->Pt();
603              //Calculate track contribution within jetcone
604              trackEnergy += myP->Pt();
605              if(myP->Pt() >= fPtCut) trackEnergyPtCut += myP->Pt();
606              etaArray[index] = eta;
607              phiArray[index] = phi;
608              pdgArray[index] = myP->GetPdgCode();
609              index++;
610              if(fHadCorr != 0)
611              {
612                      Double_t   fullP = myP->P();
613                      Double_t   hCEnergy = fHadCorr->GetEnergy(fullP, (Double_t)eta);
614                      emcalEnergy -= hCEnergy*TMath::Sin(myP->Theta());
615                      emcalEnergyBGSub -= hCEnergy*TMath::Sin(myP->Theta());
616              } //end Hadron Correction loop 
617                            
618            }//end if
619        }//end for
620
621      //Loop over digits to find EMCal contribution within jetcone
622      for(Int_t counter3=0; counter3<numberDigits; counter3++)
623        {
624          myD = fInputPointer->GetDigit(counter3);
625          //GET DIGIT ETA, PHI so that can check if inside R!
626          Float_t eta = 0.0;
627          Float_t phi = 0.0;
628          Int_t iID = myD->GetId();
629          geom->EtaPhiFromIndex(iID, eta, phi);
630          Float_t deta = fJetEta-eta;
631          Float_t dphi = fJetPhi -(TMath::Pi()/180.0)*phi;
632          //Float_t rad = TMath::Sqrt( (deta*deta) + (dphi*dphi));
633          Float_t rad ;
634          if ((deta*deta) + (dphi*dphi)>1.e-7)
635          {
636                  rad = TMath::Sqrt( (deta*deta) + (dphi*dphi) );
637          }else
638          {
639                  rad=0.0;
640          }
641
642          if(rad<=fConeRad)
643            {
644          Int_t amplitude = myD->GetAmp();     //Gets the integer valued amplitude of the digit
645          Float_t amp = (Float_t)amplitude;        //Need to typecast to Float_t before doing real energy conversion
646          Float_t digitEnergy = amp/10000000.0;    //Factor of 10 million needed to convert!
647          emcalEnergy += digitEnergy;
648          emcalEnergyBGSub += (digitEnergy - fEBGAve);
649            }//end if
650        }//end count3 for
651
652      //Save in JET object
653      fJet.SetTrackList(numTracksInCone,pTArray, etaArray, phiArray, pdgArray);
654      fJet.SetEMCALEnergy(emcalEnergy);
655      fJet.SetEMCALEnergyBGSub(emcalEnergyBGSub);
656      fJet.SetTrackEnergy(trackEnergy);
657      fJet.SetTrackEnergyPtCut(trackEnergyPtCut);
658      fOutputObject.AddJet(&fJet);
659      delete[] pTArray;
660      delete[] etaArray;
661      delete[] phiArray;
662      delete[] pdgArray;
663    }
664
665
666  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::FindJets()
667    {
668      //Runs the complete UA1 JetFinding algorithm to find jets!
669      if (fDebug>1) Info("FindJets","Starting Jet Finding!!!");
670
671      //If the array of JetFinderUnit objects has not been initialised then initialise with default settings
672      if(!fArrayInitialised) 
673       {
674        InitUnitArray();
675        FillUnitArray(kFillAll);
676       }//end if
677      if (fDebug>1) Info("FindJets","Unit array filled");
678
679      //Step 1. Sort the array in descending order of Energy
680      Sort(fUnit,fNumUnits);
681
682      //Step 2. Set the number of iterations and Number of jets found to zero to start
683      fNumIter = 0;
684      fNumJets = 0;
685
686      //Step 3. Begin the iteration loop to find jets
687      //Need to iterate the algorithm while number of iterations<2 OR number of iterations<10 AND 
688      //the value of the average background has changed more than specified amount
689      //Min iterations = 2, Max iterations = 10
690      //while(fNumIter<2 || (fNumIter <10 && ( (fEBGTotal-fEBGTotalOld)/fEBGTotal) > fBGMaxMove) )
691
692      while(fNumIter<2 || (fNumIter <10 && ( fEBGTotal-fEBGTotalOld) > fEBGTotal*fBGMaxMove) )
693        {
694         if (fDebug>1) Info("FindJets","Starting BIG iteration ---> %i",fNumIter);
695
696          //Step 4. Find the value of the average background energy
697          FindBG();
698          fOutputObject.Reset(kResetJets); //Reset output object to store info for new iteration
699          fNumJets=0;
700
701          //Loop over the array of unit objects and flag those with energy below MinCellEt
702          Int_t numbelow = 0;
703          for(Int_t j=0; j<fNumUnits; j++)
704            {
705              if( (fUnit[j].GetUnitEnergy()-fEBGAve) < fEtMin)
706                 {       
707                   //          fUnit[j].SetUnitFlag(kBelowMinEt);    TAKING OUT kBelow flag
708                   numbelow++;
709                 }//end if
710            }//end for
711          //cout<<"THERE WERE "<<numbelow<<" units with E <EtMin!!!!!!!!!!!!!!!"<<endl;
712
713          //Do quick check if there are no jets upfront
714          // if(fUnit[0].GetUnitFlag() == kBelowMinEt)
715          if( (fUnit[0].GetUnitEnergy()-fEBGAve) < fEtMin)
716            {
717             cout <<"There are no jets for this event!" <<endl;
718             break;
719            }//end if
720
721          //Step 5. Begin with the first jet candidate cell (JET SEED LOOP)
722          if (fDebug>5) Info("FindJets","Beginning JET SEED LOOP");
723          for(Int_t count=0; count<fNumUnits; count++)
724            {
725
726 //CHECK CONDITION HERE _ NOT SURE IF SHOULD MAYBE BE: GetUnitEnergy()-fEBGAve >fESeed?????????????????????????????
727              if(fUnit[count].GetUnitEnergy()>=fESeed && fUnit[count].GetUnitFlag()==kOutJet)
728                {
729                  fEnergy = fUnit[count].GetUnitEnergy() - fEBGAve;
730                  fJetEta = fUnit[count].GetUnitEta();
731                  fJetPhi = fUnit[count].GetUnitPhi();
732                  Int_t seedID = fUnit[count].GetUnitID();
733                  if (fDebug>5) Info("FindJets","Inside first candidate jet seed loop for time : %i", count);
734                  if (fDebug>5) Info("FindJets","Found candidate energy %f ",fEnergy);
735                  if (fDebug>5) Info("FindJets","Found candidate eta %f ", fJetEta);
736                  if (fDebug>5) Info("FindJets","Found candidate phi %f ", fJetPhi);
737                  if (fDebug>5) Info("FindJets","Found candidate ID %i", seedID);
738
739                  fEtaInit = fJetEta;
740                  fPhiInit = fJetPhi;
741                  fEtaB = fJetEta;
742                  fPhiB = fJetPhi;
743                  fJetESum = 0.0;
744                  fJetEtaSum = 0.0;
745                  fJetPhiSum = 0.0;
746        
747          //Step 6. Find Jet Eta and Phi
748                  //Loop over all units in the array to find the ones in the jet cone and determine contrib to Jet eta, phi
749                  do
750                    {
751                      for(Int_t count1=0; count1<fNumUnits; count1++)               
752                        {
753                          if(fUnit[count1].GetUnitID() == seedID) continue;   //skip unit if the jetseed to avoid doublecounting
754                          if(fUnit[count1].GetUnitFlag() == kOutJet)
755                            {
756                              fDEta = fUnit[count1].GetUnitEta() - fJetEta;
757                              fDPhi = fUnit[count1].GetUnitPhi() - fJetPhi;
758                              if ( (fDEta*fDEta) + (fDPhi*fDPhi) >1.e-7)
759                              {
760                                      fRad = TMath::Sqrt( (fDEta*fDEta) + (fDPhi*fDPhi) );
761                              }else
762                              {
763                                      fRad=0.000;
764                              }
765                              if(fRad <= fConeRad)
766                                {
767                                  FindJetEtaPhi(count1); 
768                                }//end if
769                            }//end if
770                        }//end for (Jet Eta, Phi LOOP)
771                              
772                       //Find the distance cone centre moved from previous cone centre
773                       if (fDebug>10) Info("FindJets","Checking if cone move small enough");
774                       if (((fJetEta-fEtaB)*(fJetEta-fEtaB)) + ((fJetPhi-fPhiB)*(fJetPhi-fPhiB))  >1.e-7)
775                       {
776                               fDistP = TMath::Sqrt( ((fJetEta-fEtaB)*(fJetEta-fEtaB)) + ((fJetPhi-fPhiB)*(fJetPhi-fPhiB)) );
777                       }else
778                       {
779                               fDistP = 0.00;
780                       }
781                       //     if(fDistP <= fMinMove) break;
782                              
783
784                       //Find the distance cone centre is from initiator cell
785                       if (fDebug>10) Info("FindJets","Checking if cone move too large");
786                       if ( ((fJetEtaSum)*(fJetEtaSum))+((fJetPhiSum)*(fJetPhiSum)) >1.e-4)
787                       {
788                               fDistI = TMath::Sqrt( ((fJetEtaSum/fJetESum)*(fJetEtaSum/fJetESum)) + ((fJetPhiSum/fJetESum)*
789                                                                                                     (fJetPhiSum/fJetESum)));
790                       }else
791                       {
792                               fDistI = 0.00;
793                       }
794
795                       if(fDistP>fMinMove && fDistI<fMaxMove)
796                         {
797                           fEtaB = fJetEta;
798                           fPhiB = fJetPhi;
799                         }//end if
800                  
801                    }while(fDistP>fMinMove && fDistI<fMaxMove);
802                           
803                  fJetEta = fEtaB;
804                  fJetPhi = fPhiB;
805
806
807        //Step 7. Find the Jet Energy
808                  if (fDebug>1) Info("FindJets","Looking for Jet energy");
809                  fJetESum = 0.0;
810                  fJetEtaSum = 0.0;
811                  fJetPhiSum = 0.0;
812                  fNumInCone = 0;
813                  FindJetEnergy();
814
815                  //cout<<"Number of cells in jet cone is: "<<fNumInCone<<endl;
816
817        //Step 8. Check if the jet is a valid jet
818                  //Check if cluster energy is above Min allowed to be a jet
819 //DID NOT DO THE COSH COMPARISON HERE -> NEED TO CHECK WHICH COMPARISON IS BEST!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!
820                  if (fDebug>5) Info("FindJets","Checking cluster is valid jet");
821                  if(fJetESum < fJetEMin)
822                    {
823                      for(Int_t count2=0; count2<fNumUnits; count2++)
824                        {
825                          if(fUnit[count2].GetUnitFlag()==kInCurrentJet || fUnit[count2].GetUnitFlag()==kOutJet)
826                            fUnit[count2].SetUnitFlag(kOutJet);
827                        }//end for
828                    if (fDebug>10) Info("FindJets","NOT a valid jet cell");
829                   }else
830                     {
831                      for(Int_t count2=0; count2<fNumUnits; count2++)
832                        {
833                          if(fUnit[count2].GetUnitFlag()==kInCurrentJet)
834                            {
835                              //      cout<<"Setting unit #"<<count2 <<" to be officially in a jet!"<<endl;
836                            fUnit[count2].SetUnitFlag(kInJet);
837                            }
838                        }//end for                       
839
840  //NEED TO CHECK FINAL WEIRD ITERATION OF ETA AND PHI CHANGES!!!!!!!!!
841                      //  fJetPhi += fJetPhiSum/fJetESum;        //CHECK!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!
842                      //  fJetEta += fJetEtaSum/fJetESum;        //CHECK!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!
843
844                      fNumJets++;              //Incrementing number of jets found
845                      StoreJetInfo();          //Storing jet info
846
847                  }//end if (check cluster above Min Jet Energy)
848                }//end if (Jet Seed condition)
849            }//end (JET SEED LOOP)
850
851 if (fDebug>5) Info("FindJets","End of BIG iteration number %i",fNumIter);
852 // this->Dump();
853          fNumIter++;
854        }//end 10 iteration WHILE LOOP
855  }
856
857
858
859
860
861
862
863
864
865
866