EMCAL/AliEMCALJetFinderAlgoOmni.cxx

   1
   2 //THIS Also includes summing ALL cells in the jetcone towards the jet energy NOT just those above threshold!!!!!
   3
   4
   5 /**************************************************************************
   6  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
   7  *                                                                        *
   8  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
   9  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
  10  *                                                                        *
  11  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
  12  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
  13  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
  14  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
  15  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
  16  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
  17  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
  18  **************************************************************************/
  19
  20 /*
  21
  22 $Log$
  23 Revision 1.7  2004/01/21 22:27:47  mhorner
  24 Cleaning up coding conventions
  25
  26 Revision 1.6  2003/10/28 13:54:30  schutz
  27 Compilation warnings fixed
  28
  29 Revision 1.5  2003/09/23 13:31:41  mhorner
  30 Changed coordinate system
  31
  32 Revision 1.4  2003/09/19 13:16:20  mhorner
  33 Added additional jet energy info
  34
  35
  36 Revision 1.3  2003/09/04 12:49:56  mhorner
  37 Changed hadron correction and added saving EMCAL and track contributions
  38
  39 */
  40
  41
  42 //*--Author: Sarah Blyth (LBL)
  43 //*--Based on UA1 jet algorithm from LUND JETSET called from EMC-erj
  44
  45 #include "TTask.h"
  46 #include "AliEMCALJetFinderInput.h"
  47 #include "AliEMCALJetFinderOutput.h"
  48 #include "AliEMCALJetFinderAlgo.h"
  49 #include "AliEMCALJetFinderAlgoOmni.h"
  50 #include "AliEMCALJetFinderAlgoUA1Unit.h"
  51 #include "AliEMCALGetter.h"
  52 #include "AliEMCALGeometry.h"
  53 #include "AliEMCAL.h"
  54 #include "AliEMCALDigit.h"
  55 #include "TParticle.h"
  56 #include "AliRun.h"
  57 #include "AliEMCALJet.h"
  58 #include "TMath.h"
  59
  60
  61 ClassImp(AliEMCALJetFinderAlgoOmni)
  62
  63   AliEMCALJetFinderAlgoOmni::AliEMCALJetFinderAlgoOmni()
  64 {
  65   //Default constructor
  66 if (fDebug>0) Info("AliEMCALJetFinderAlgoOmni","Beginning Default Constructor");
  67
  68  AliEMCALGetter * gime = AliEMCALGetter::Instance() ;
  69  AliEMCALGeometry * geom = gime->EMCALGeometry();
  70   fNumIter           = 0;
  71   fNumUnits          = geom->GetNTowers();     //Number of towers in EMCAL
  72   fESeed             = 5.0;       //Default value
  73   fConeRad           = 0.3;       //Default value
  74   fJetEMin           = 10.0;      //Default value
  75   fEtMin             = 0.0;      //Default value
  76   fMinMove           = 0.05;      //From original UA1 JetFinder
  77   fMaxMove           = 0.15;      //From original UA1 JetFinder
  78   fBGMaxMove         = 0.035;     //From original UA1 JetFinder
  79   fPtCut             = 0;
  80   fHadCorr           = 0;
  81   fEBGTotal          = 1.0;       //Set to 1 so that no div by zero in first FindJets() loop
  82   fEBGTotalOld       = 0.0;
  83   fEBGAve            = 0.0;
  84   fEnergy            = 0.0;
  85   fJetEta            = 0.0;
  86   fJetPhi            = 0.0;
  87   fEtaInit           = 0.0;
  88   fPhiInit           = 0.0;
  89   fEtaB              = 0.0;
  90   fPhiB              = 0.0;
  91   fJetESum           = 0.0;
  92   fJetEtaSum         = 0.0;
  93   fJetPhiSum         = 0.0;
  94   fDEta              = 0.0;
  95   fDPhi              = 0.0;
  96   fDistP             = 0.0;
  97   fDistI             = 0.0;
  98   fTempE             = 0.0;
  99   fRad               = 2.0;      //Set to 2 to start
 100   fNumInCone         = 0;
 101   fNumJets           = 0;
 102   fArrayInitialised  = 0;        //Set to FALSE to start
 103   fBGType            = kRatio;   //Set Ratio method as default BG subtraction method
 104   fBGPar             = -1.0;      //Set to 1 to start
 105 }
 106
 107  AliEMCALJetFinderAlgoOmni::~AliEMCALJetFinderAlgoOmni()
 108    {
 109      //Destructor
 110      if (fDebug>0) Info("AliEMCALJetFinderAlgoOmni","Beginning Destructor");
 111      delete[] fUnit;
 112      delete[] fUnitNoCuts;
 113    }
 114
 115  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::SetJetFindingParameters
 116                                (Int_t numUnits, Float_t eSeed, Float_t coneRad, Float_t jetEMin, Float_t etMin,
 117                                Float_t minMove, Float_t maxMove, Float_t bgMaxMove)
 118    {
 119      //Sets parameters for the JetFinding algorithm
 120      if (fDebug>1) Info("SetJetFindingParameters","Setting parameters for JetFinding");
 121
 122      SetNumUnits(numUnits);
 123      SetJetESeed(eSeed);
 124      SetConeRad(coneRad);
 125      SetJetEMin(jetEMin);
 126      SetEtMin(etMin);
 127      SetMinMove(minMove);
 128      SetMaxMove(maxMove);
 129      SetBGMaxMove(bgMaxMove);
 130    }
 131
 132  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::SetJetFindingParameters
 133                                (Int_t numUnits, Float_t eSeed, Float_t coneRad, Float_t jetEMin, Float_t etMin)
 134    {
 135      //Sets fewer parameters for the JetFinding algorithm
 136      if (fDebug>1) Info("SetJetFindingParameters","Setting parameters for JetFinding");
 137
 138      SetNumUnits(numUnits);
 139      SetJetESeed(eSeed);
 140      SetConeRad(coneRad);
 141      SetJetEMin(jetEMin);
 142      SetEtMin(etMin);
 143      SetMinMove(fMinMove);
 144      SetMaxMove(fMaxMove);
 145      SetBGMaxMove(fBGMaxMove);
 146    }
 147
 148  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::InitUnitArray()
 149    {
 150      //Initialises unit arrays
 151      if(fArrayInitialised) delete[] fUnit;
 152      fUnit = new AliEMCALJetFinderAlgoUA1Unit[fNumUnits];
 153      fUnitNoCuts = new AliEMCALJetFinderAlgoUA1Unit[fNumUnits];
 154      fArrayInitialised = 1;
 155    }
 156
 157  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::FillUnitArray(AliEMCALJetFinderAlgoUA1FillUnitFlagType_t flag)
 158    {
 159            // Fill the unit array
 160      if (fDebug>1) Info("FillUnitArray","Beginning FillUnitArray");
 161          //    AliEMCAL* pEMCAL = (AliEMCAL*) gAlice->GetModule("EMCAL");
 162          //   if (pEMCAL){
 163          //          AliEMCALGeometry* geom =  AliEMCALGeometry::GetInstance(pEMCAL->GetTitle(), "");
 164          //     }else
 165          //    {
 166
 167      AliEMCALGetter * gime = AliEMCALGetter::Instance() ;
 168      AliEMCALGeometry * geom = gime->EMCALGeometry();
 169
 170         //    }
 171
 172      AliEMCALJetFinderAlgoUA1FillUnitFlagType_t option = flag;
 173      Int_t         numTracks, numDigits;
 174
 175      //Loops over all elements in the AliEMCALJetFinderAlgoUA1Unit array and
 176      //fills the objects with relevant values from the Data Input object
 177      if (fDebug>10) Info("FillUnitArray","Filling array with Unit objects");
 178      if (fDebug>15) Info("FillUnitArray","NTracks %i NDigits %i",fInputPointer->GetNTracks(),fInputPointer->GetNDigits());
 179          numTracks = fInputPointer->GetNTracks();
 180          numDigits = fInputPointer->GetNDigits();
 181          TParticle         *myPart;
 182          AliEMCALDigit     *myDigit;
 183
 184          //Fill units with Track info if appropriate
 185          if(option==kFillTracksOnly || option ==kFillAll)
 186            {
 187             for(Int_t j=0; j<numTracks; j++)
 188             {
 189              myPart = fInputPointer->GetTrack(j);
 190              Float_t eta = myPart->Eta();
 191              Float_t  phi = myPart->Phi();
 192              Int_t towerID = geom->TowerIndexFromEtaPhi(eta,180.0/TMath::Pi()*phi);
 193              Float_t  pT = myPart->Pt();
 194              Float_t unitEnergy = fUnit[towerID-1].GetUnitEnergy();
 195              Float_t unitEnergyNoCuts = fUnitNoCuts[towerID-1].GetUnitEnergy();
 196
 197
 198              //OLD WAY:   //Do Hadron Correction
 199               if(fHadCorr != 0)
 200                {
 201                  Double_t   fullP = myPart->P();
 202                  Double_t   hCEnergy = fHadCorr->GetEnergy(fullP, (Double_t)eta);
 203                  unitEnergy -= hCEnergy*TMath::Sin(myPart->Theta());
 204                  unitEnergyNoCuts -= hCEnergy*TMath::Sin(myPart->Theta());
 205                  fUnit[towerID-1].SetUnitEnergy(unitEnergy);
 206                  fUnitNoCuts[towerID-1].SetUnitEnergy(unitEnergyNoCuts);
 207                } //end Hadron Correction loop
 208
 209
 210              /*
 211               //Do Hadron Correction with propagate phi for the track
 212               if(fHadCorr != 0)
 213                 {
 214                   Bool_t curl = 1;
 215                   Float_t deltaPhi;
 216                   TParticlePDG *pdg = myPart->GetPDG();
 217                   if(pdg->Charge() < 0)
 218                     {
 219                       deltaPhi = PropagatePhi(myPart->Pt(), -1.0, curl);
 220                     }
 221                   else{
 222                     deltaPhi = PropagatePhi(myPart->Pt(), 1.0, curl);
 223                   }
 224                   phi += deltaPhi;
 225                   //Get new tower id for cell that track would curve into
 226                   Int_t towerID2;
 227                   if(phi>(TMath::Pi()/180.0)*geom->GetArm1PhiMax() || phi<(TMath::Pi()/180.0)*geom->GetArm1PhiMin())
 228                     {
 229                       towerID2 = -1;
 230                     }
 231                   else{
 232                       towerID2 = geom->TowerIndexFromEtaPhi(eta,180.0/TMath::Pi()*phi);
 233                     }
 234
 235                   if(towerID2 != -1)
 236                     {
 237                       //Find unit energy of new tower
 238                       Float_t unitEnergy2 = fUnit[towerID2-1].GetUnitEnergy();
 239                       Float_t unitEnergy2NoCuts = fUnitNoCuts[towerID2-1].GetUnitEnergy();
 240                       Double_t   fullP = myPart->P();
 241                       Double_t   hCEnergy = fHadCorr->GetEnergy(fullP, (Double_t)eta);
 242                       unitEnergy2 -= hCEnergy*TMath::Sin(myPart->Theta());
 243                       unitEnergy2NoCuts -= hCEnergy*TMath::Sin(myPart->Theta());
 244                       fUnit[towerID2-1].SetUnitEnergy(unitEnergy2);
 245                       fUnitNoCuts[towerID2-1].SetUnitEnergy(unitEnergy2NoCuts);
 246                     }//end if for towerID2
 247                 }//end Hadron Correction loop
 248              */
 249
 250               fUnitNoCuts[towerID-1].SetUnitEnergy(unitEnergyNoCuts + pT);
 251              //Do Pt cut on tracks
 252              if(fPtCut != 0 && pT < fPtCut) continue;
 253
 254              fUnit[towerID-1].SetUnitEnergy(unitEnergy+pT);
 255
 256              }//end tracks loop
 257            }//end Tracks condition
 258
 259
 260          //Fill units with Digit info if appropriate
 261          if(option ==kFillDigitsOnly || option ==kFillAll)
 262            {
 263             for(Int_t k=0; k<numDigits; k++)
 264             {
 265              myDigit = fInputPointer->GetDigit(k);
 266              if (fDebug>10) Info("FillUnitArray","getting digits %i %i numdigits",k,numDigits );
 267              Int_t towerID = myDigit->GetId();
 268              Int_t amplitude = myDigit->GetAmp();     //Gets the integer valued amplitude of the digit
 269              Float_t amp = (Float_t)amplitude;        //Need to typecast to Float_t before doing real energy conversion
 270              Float_t digitEnergy = amp/10000000.0;    //Factor of 10 million needed to convert!
 271              Float_t unitEnergy = fUnit[towerID-1].GetUnitEnergy() + digitEnergy;
 272              Float_t unitEnergyNoCuts = fUnitNoCuts[towerID-1].GetUnitEnergy() + digitEnergy;
 273              fUnit[towerID-1].SetUnitEnergy(unitEnergy);
 274              fUnitNoCuts[towerID-1].SetUnitEnergy(unitEnergyNoCuts);
 275             }//end digits loop
 276            }//end digits condition
 277
 278          //Set all unit flags, Eta, Phi
 279          for(Int_t i=0; i<fNumUnits; i++)
 280            {
 281              if (fDebug>10) Info("FillUnitArray","Setting all units outside jets");
 282              //Set all units to be outside a jet initially
 283              fUnit[i].SetUnitFlag(kOutJet);
 284              fUnit[i].SetUnitID(i+1);
 285              Float_t eta;
 286              Float_t phi;
 287              geom->EtaPhiFromIndex(fUnit[i].GetUnitID(), eta, phi);
 288              fUnit[i].SetUnitEta(eta);
 289              fUnit[i].SetUnitPhi(phi*TMath::Pi()/180.0);
 290              //Set all units to be outside a jet initially
 291              fUnitNoCuts[i].SetUnitFlag(kOutJet);
 292              fUnitNoCuts[i].SetUnitID(i+1);
 293              eta = 0.0;
 294              phi = 0.0;
 295              geom->EtaPhiFromIndex(fUnitNoCuts[i].GetUnitID(), eta, phi);
 296              fUnitNoCuts[i].SetUnitEta(eta);
 297              fUnitNoCuts[i].SetUnitPhi(phi*TMath::Pi()/180.0);
 298              //      if(i>13000) cout<<"!!!!!!!!!!!!!!!!!For unit0, eta="<<eta<<" and phi="<<phi*TMath::Pi()/180.0<<" and ID="<<fUnit[i].GetUnitID()<<endl;
 299              //  if(fUnit[i].GetUnitEnergy()>0) cout<<"Unit ID "<<fUnit[i].GetUnitID() <<"with eta="<<eta<<" and phi="<<phi*TMath::Pi()/180.0<<" has energy="<<fUnit[i].GetUnitEnergy()<<endl;
 300            }//end loop over all units in array (same as all towers in EMCAL)
 301    }
 302
 303
 304  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::Sort(AliEMCALJetFinderAlgoUA1Unit *unit, Int_t length)
 305  {
 306    //Calls the recursive quicksort method to sort unit objects in decending order of Energy
 307    if (fDebug>1) Info("Sort","Sorting Unit objects");
 308    QS(unit, 0, length-1);
 309  }
 310
 311
 312  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::QS(AliEMCALJetFinderAlgoUA1Unit *unit, Int_t left, Int_t right)
 313  {
 314   //Sorts the AliEMCALJetFinderAlgoUA1Unit objects in decending order of Energy
 315    if (fDebug>111) Info("QS","QuickSorting Unit objects");
 316
 317    Int_t    i;
 318    Int_t    j;
 319    AliEMCALJetFinderAlgoUA1Unit  unitFirst;
 320    AliEMCALJetFinderAlgoUA1Unit  unitSecond;
 321
 322    i = left;
 323    j = right;
 324    unitFirst = unit[(left+right)/2];
 325
 326  do
 327   {
 328     while( (unit[i].GetUnitEnergy() > unitFirst.GetUnitEnergy()) && (i < right)) i++;
 329     while( (unitFirst.GetUnitEnergy() > unit[j].GetUnitEnergy()) && (j > left)) j--;
 330
 331     if(i <= j)
 332       {
 333         unitSecond = unit[i];
 334         unit[i] = unit[j];
 335         unit[j] = unitSecond;
 336         i++;
 337         j--;
 338       }//end if
 339   }while(i <= j);
 340
 341  if(left < j) QS(unit, left, j);
 342  if(i < right) QS(unit, i, right);
 343  }
 344
 345
 346  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::FindBG()
 347  {
 348    if(fBGType == kRatio) RatioBG();
 349    else if(fBGType == kCone) ConeBG();
 350    else if(fBGType == kConstant) ConstantBG();
 351  }
 352
 353  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::RatioBG()
 354    {
 355      //Finds the background energy for the iteration
 356      //using the Ratio method
 357      if (fDebug>1) Info("FindBG","Finding Average Background");
 358      //Store BGEperCell from previous iteration!
 359      fEBGTotalOld = fEBGTotal;
 360      fEBGTotal          = 0.0;
 361      Int_t numCone      = 0;
 362
 363      //If user has not set fBGPar, set it to the default
 364      //for TPC = 90% efficiency, PtCut = 2GeV/c, timecut = 30ns
 365      if(fBGPar == -1) fBGPar = 0.4685;
 366
 367      //Loop over all unit objects in the Unit array and link to same
 368      //unit ID in NoCuts Unit array
 369      for(Int_t i=0; i<fNumUnits; i++)
 370        {
 371          if(fUnit[i].GetUnitFlag() != kInJet)
 372            {
 373              Int_t id = fUnit[i].GetUnitID();
 374              fEBGTotal += fUnitNoCuts[id-1].GetUnitEnergy();
 375            }
 376          else numCone++;
 377        }//end for
 378
 379      fEBGTotal *= fBGPar;
 380      fEBGAve = fEBGTotal / (fNumUnits - numCone);
 381      if (fDebug>5) Info("FindBG","Average BG is %f: ",fEBGAve);
 382
 383      for(Int_t count=0; count<fNumUnits;count++)
 384        {
 385          fUnit[count].SetUnitFlag(kOutJet);
 386        }//end for
 387    }
 388
 389  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::ConeBG()
 390    {
 391      //Finds the background energy for the iteration
 392      //using all energy not contained inside a jet
 393      if (fDebug>1) Info("FindBG","Finding Average Background");
 394      //Store old value of BGEperCell!
 395      fEBGTotalOld = fEBGTotal;
 396      fEBGTotal          = 0.0;
 397      Int_t numCone      = 0;
 398
 399      //Loop over all unit objects in the array and sum the energy of those not in a jet
 400      for(Int_t i=0; i<fNumUnits; i++)
 401        {
 402          if(fUnit[i].GetUnitFlag() != kInJet)
 403            fEBGTotal += fUnit[i].GetUnitEnergy();
 404          else numCone++;
 405        }//end for
 406
 407      fEBGAve = fEBGTotal / (fNumUnits - numCone);
 408      if (fDebug>5) Info("FindBG","Average BG is %f: ",fEBGAve);
 409
 410      for(Int_t count=0; count<fNumUnits;count++)
 411        {
 412          fUnit[count].SetUnitFlag(kOutJet);
 413        }//end for
 414    }
 415
 416  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::ConstantBG()
 417    {
 418      //Finds the background energy for the iteration
 419      //using all energy not contained inside a jet
 420      if (fDebug>1) Info("FindBG","Finding Average Background");
 421
 422      //If user has not set fBGPar, set it to the default
 423      //for TPC = 90% efficiency, PtCut = 2GeV/c, timecut = 30ns
 424      if(fBGPar == -1) fBGPar = 0.03378;
 425
 426      fEBGAve = fBGPar;
 427      if (fDebug>5) Info("FindBG","Average BG is %f: ",fEBGAve);
 428
 429      fEBGTotal          = 0.0;
 430      Int_t numCone      = 0;
 431      for(Int_t count=0; count<fNumUnits;count++)
 432        {
 433          if(fUnit[count].GetUnitFlag() == kInJet)
 434            {
 435              numCone++;
 436            }
 437          fUnit[count].SetUnitFlag(kOutJet);
 438        }//end for
 439      fEBGTotal = fEBGAve * (fNumUnits-numCone);
 440      fEBGTotalOld = fEBGTotal;
 441    }
 442
 443  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::FindJetEtaPhi(Int_t counter)
 444    {
 445      //Finds the eta and phi of the jet axis
 446      if (fDebug>10) Info("FindJetEtaPhi","Finding Jet Eta and Phi");
 447
 448      fDEta = fUnit[counter].GetUnitEta() - fEtaInit;
 449      fDPhi = fUnit[counter].GetUnitPhi() - fPhiInit;
 450
 451      fEnergy = fUnit[counter].GetUnitEnergy() - fEBGAve;
 452      fJetEtaSum += fEnergy * fDEta;
 453      fJetPhiSum += fEnergy * fDPhi;
 454      fJetESum += fEnergy;
 455      fJetEta = fEtaInit + (fJetEtaSum / fJetESum);
 456      fJetPhi = fPhiInit + (fJetPhiSum / fJetESum);
 457    }
 458
 459
 460  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::FindJetEnergy()
 461    {
 462      //Finds the energy of the jet after the final axis has been found
 463      if (fDebug>1) Info("FindJetEnergy","Finding Jet Energy");
 464
 465      for(Int_t i=0; i<fNumUnits; i++)
 466        {
 467          //Loop over all unit objects in the array and find if within cone radius
 468          Float_t dEta = fUnit[i].GetUnitEta() - fJetEta;
 469          Float_t dPhi = fUnit[i].GetUnitPhi() - fJetPhi;
 470          Float_t rad = TMath::Sqrt( (dEta*dEta) + (dPhi*dPhi) );
 471
 472          if(fUnit[i].GetUnitFlag()==kOutJet && rad<= fConeRad)
 473            {
 474              fUnit[i].SetUnitFlag(kInCurrentJet);
 475              Float_t energy = fUnit[i].GetUnitEnergy() - fEBGAve;
 476              fJetESum += energy;
 477              fJetEtaSum += energy * dEta;
 478              fJetPhiSum += energy * dPhi;
 479              fNumInCone++;                     //Increment the number of cells in the jet cone
 480            }//end if
 481        }//end for
 482    }
 483
 484
 485  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::StoreJetInfo()
 486    {
 487      //Stores the resulting jet information in appropriate storage structure (TO BE DECIDED!!!!)
 488      if (fDebug>1) Info("StoreJetInfo","Storing Jet Information");
 489      AliEMCALGetter * gime = AliEMCALGetter::Instance() ;
 490      AliEMCALGeometry * geom = gime->EMCALGeometry();
 491      //Store:
 492      //fJetESum is the final jet energy (background has been subtracted)
 493      //fJetEta is the final jet Eta
 494      //fJetPhi is the final jet Phi
 495      //fNumInCone is the final number of cells included in the jet cone
 496      //fEtaInit is the eta of the initiator cell
 497      //fPhiInit is the phi of the initiator cell
 498      fJet.SetEnergy(fJetESum);
 499      fJet.SetEta(fJetEta);
 500      fJet.SetPhi(fJetPhi);
 501
 502       cout<<"For iteration "<<fNumIter <<" and Jet number " <<fNumJets <<endl;
 503       cout<<"The jet energy is: " <<fJetESum <<endl;
 504       cout<<"The jet eta is ---->" <<fJetEta <<endl;
 505       cout<<"The jet phi is ---->" <<fJetPhi <<endl;
 506
 507      Int_t             numberTracks = fInputPointer->GetNTracks();
 508      Int_t             numberDigits = fInputPointer->GetNDigits();
 509      AliEMCALDigit     *myD;
 510      TParticle         *myP;
 511      Int_t             numTracksInCone = 0;
 512      Float_t           trackEnergy = 0.0;
 513      Float_t           trackEnergyPtCut =0.0;
 514      Float_t           emcalEnergy = 0.0;
 515      Float_t           emcalEnergyBGSub = 0.0;
 516
 517      for(Int_t counter=0; counter<numberTracks; counter++)
 518        {
 519         myP = fInputPointer->GetTrack(counter);
 520         Float_t eta = myP->Eta();
 521         Float_t phi = myP->Phi();
 522         Float_t deta = fJetEta-eta;
 523         Float_t dphi = fJetPhi -phi;
 524         Float_t rad = TMath::Sqrt( (deta*deta) + (dphi*dphi));
 525         if(rad<=fConeRad) numTracksInCone++;
 526        }//end for
 527
 528      Float_t    *pTArray = new Float_t[numTracksInCone];
 529      Float_t    *etaArray = new Float_t[numTracksInCone];
 530      Float_t    *phiArray = new Float_t[numTracksInCone];
 531      Int_t      *pdgArray = new Int_t[numTracksInCone];
 532      Int_t             index = 0;
 533
 534      for(Int_t counter2=0; counter2<numberTracks; counter2++)
 535        {
 536          myP = fInputPointer->GetTrack(counter2);
 537          Float_t eta = myP->Eta();
 538          Float_t phi = myP->Phi();
 539          Float_t deta = fJetEta-eta;
 540          Float_t dphi = fJetPhi -phi;
 541          Float_t rad = TMath::Sqrt( (deta*deta) + (dphi*dphi));
 542          if(rad<=fConeRad)
 543            {
 544              pTArray[index] = myP->Pt();
 545              //Calculate track contribution within jetcone
 546              trackEnergy += myP->Pt();
 547              if(myP->Pt() >= fPtCut) trackEnergyPtCut += myP->Pt();
 548              etaArray[index] = eta;
 549              phiArray[index] = phi;
 550              pdgArray[index] = myP->GetPdgCode();
 551              index++;
 552              if(fHadCorr != 0)
 553              {
 554                      Double_t   fullP = myP->P();
 555                      Double_t   hCEnergy = fHadCorr->GetEnergy(fullP, (Double_t)eta);
 556                      emcalEnergy -= hCEnergy*TMath::Sin(myP->Theta());
 557                      emcalEnergyBGSub -= hCEnergy*TMath::Sin(myP->Theta());
 558              } //end Hadron Correction loop
 559
 560            }//end if
 561        }//end for
 562
 563      //Loop over digits to find EMCal contribution within jetcone
 564      for(Int_t counter3=0; counter3<numberDigits; counter3++)
 565        {
 566          myD = fInputPointer->GetDigit(counter3);
 567          //GET DIGIT ETA, PHI so that can check if inside R!
 568          Float_t eta = 0.0;
 569          Float_t phi = 0.0;
 570          Int_t iID = myD->GetId();
 571          geom->EtaPhiFromIndex(iID, eta, phi);
 572          Float_t deta = fJetEta-eta;
 573          Float_t dphi = fJetPhi -(TMath::Pi()/180.0)*phi;
 574          Float_t rad = TMath::Sqrt( (deta*deta) + (dphi*dphi));
 575          if(rad<=fConeRad)
 576            {
 577          Int_t amplitude = myD->GetAmp();     //Gets the integer valued amplitude of the digit
 578          Float_t amp = (Float_t)amplitude;        //Need to typecast to Float_t before doing real energy conversion
 579          Float_t digitEnergy = amp/10000000.0;    //Factor of 10 million needed to convert!
 580          emcalEnergy += digitEnergy;
 581          emcalEnergyBGSub += (digitEnergy - fEBGAve);
 582            }//end if
 583        }//end count3 for
 584
 585      //Save in JET object
 586      fJet.SetTrackList(numTracksInCone,pTArray, etaArray, phiArray, pdgArray);
 587      fJet.SetEMCALEnergy(emcalEnergy);
 588      fJet.SetEMCALEnergyBGSub(emcalEnergyBGSub);
 589      fJet.SetTrackEnergy(trackEnergy);
 590      fJet.SetTrackEnergyPtCut(trackEnergyPtCut);
 591      fOutputObject.AddJet(&fJet);
 592      delete[] pTArray;
 593      delete[] etaArray;
 594      delete[] phiArray;
 595      delete[] pdgArray;
 596    }
 597
 598
 599  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::FindJets()
 600    {
 601      //Runs the complete UA1 JetFinding algorithm to find jets!
 602      if (fDebug>1) Info("FindJets","Starting Jet Finding!!!");
 603
 604      //If the array of JetFinderUnit objects has not been initialised then initialise with default settings
 605      if(!fArrayInitialised)
 606       {
 607        InitUnitArray();
 608        FillUnitArray(kFillAll);
 609       }//end if
 610      if (fDebug>1) Info("FindJets","Unit array filled");
 611
 612      //Step 1. Sort the array in descending order of Energy
 613      Sort(fUnit,fNumUnits);
 614
 615      //Step 2. Set the number of iterations and Number of jets found to zero to start
 616      fNumIter = 0;
 617      fNumJets = 0;
 618
 619      //Step 3. Begin the iteration loop to find jets
 620      //Need to iterate the algorithm while number of iterations<2 OR number of iterations<10 AND
 621      //the value of the average background has changed more than specified amount
 622      //Min iterations = 2, Max iterations = 10
 623      //while(fNumIter<2 || (fNumIter <10 && ( (fEBGTotal-fEBGTotalOld)/fEBGTotal) > fBGMaxMove) )
 624
 625      while(fNumIter<2 || (fNumIter <10 && ( fEBGTotal-fEBGTotalOld) > fEBGTotal*fBGMaxMove) )
 626        {
 627         if (fDebug>1) Info("FindJets","Starting BIG iteration ---> %i",fNumIter);
 628
 629          //Step 4. Find the value of the average background energy
 630          FindBG();
 631          fOutputObject.Reset(kResetJets); //Reset output object to store info for new iteration
 632          fNumJets=0;
 633
 634          //Loop over the array of unit objects and flag those with energy below MinCellEt
 635          Int_t numbelow = 0;
 636          for(Int_t j=0; j<fNumUnits; j++)
 637            {
 638              if( (fUnit[j].GetUnitEnergy()-fEBGAve) < fEtMin)
 639                 {
 640                   //          fUnit[j].SetUnitFlag(kBelowMinEt);    TAKING OUT kBelow flag
 641                   numbelow++;
 642                 }//end if
 643            }//end for
 644          //cout<<"THERE WERE "<<numbelow<<" units with E <EtMin!!!!!!!!!!!!!!!"<<endl;
 645
 646          //Do quick check if there are no jets upfront
 647          // if(fUnit[0].GetUnitFlag() == kBelowMinEt)
 648          if( (fUnit[0].GetUnitEnergy()-fEBGAve) < fEtMin)
 649            {
 650             cout <<"There are no jets for this event!" <<endl;
 651             break;
 652            }//end if
 653
 654          //Step 5. Begin with the first jet candidate cell (JET SEED LOOP)
 655          if (fDebug>5) Info("FindJets","Beginning JET SEED LOOP");
 656          for(Int_t count=0; count<fNumUnits; count++)
 657            {
 658
 659 //CHECK CONDITION HERE _ NOT SURE IF SHOULD MAYBE BE: GetUnitEnergy()-fEBGAve >fESeed?????????????????????????????
 660              if(fUnit[count].GetUnitEnergy()>=fESeed && fUnit[count].GetUnitFlag()==kOutJet)
 661                {
 662                  fEnergy = fUnit[count].GetUnitEnergy() - fEBGAve;
 663                  fJetEta = fUnit[count].GetUnitEta();
 664                  fJetPhi = fUnit[count].GetUnitPhi();
 665                  Int_t seedID = fUnit[count].GetUnitID();
 666                  if (fDebug>5) Info("FindJets","Inside first candidate jet seed loop for time : %i", count);
 667                  if (fDebug>5) Info("FindJets","Found candidate energy %f ",fEnergy);
 668                  if (fDebug>5) Info("FindJets","Found candidate eta %f ", fJetEta);
 669                  if (fDebug>5) Info("FindJets","Found candidate phi %f ", fJetPhi);
 670                  if (fDebug>5) Info("FindJets","Found candidate ID %i", seedID);
 671
 672                  fEtaInit = fJetEta;
 673                  fPhiInit = fJetPhi;
 674                  fEtaB = fJetEta;
 675                  fPhiB = fJetPhi;
 676                  fJetESum = 0.0;
 677                  fJetEtaSum = 0.0;
 678                  fJetPhiSum = 0.0;
 679
 680          //Step 6. Find Jet Eta and Phi
 681                  //Loop over all units in the array to find the ones in the jet cone and determine contrib to Jet eta, phi
 682                  do
 683                    {
 684                      for(Int_t count1=0; count1<fNumUnits; count1++)
 685                        {
 686                          if(fUnit[count1].GetUnitID() == seedID) continue;   //skip unit if the jetseed to avoid doublecounting
 687                          if(fUnit[count1].GetUnitFlag() == kOutJet)
 688                            {
 689                              fDEta = fUnit[count1].GetUnitEta() - fJetEta;
 690                              fDPhi = fUnit[count1].GetUnitPhi() - fJetPhi;
 691                              fRad = TMath::Sqrt( (fDEta*fDEta) + (fDPhi*fDPhi) );
 692                              if(fRad <= fConeRad)
 693                                {
 694                                  FindJetEtaPhi(count1);
 695                                }//end if
 696                            }//end if
 697                        }//end for (Jet Eta, Phi LOOP)
 698
 699                       //Find the distance cone centre moved from previous cone centre
 700                       if (fDebug>10) Info("FindJets","Checking if cone move small enough");
 701                       fDistP = TMath::Sqrt( ((fJetEta-fEtaB)*(fJetEta-fEtaB)) + ((fJetPhi-fPhiB)*(fJetPhi-fPhiB)) );
 702                       //     if(fDistP <= fMinMove) break;
 703
 704
 705                       //Find the distance cone centre is from initiator cell
 706                       if (fDebug>10) Info("FindJets","Checking if cone move too large");
 707                       fDistI = TMath::Sqrt( ((fJetEtaSum/fJetESum)*(fJetEtaSum/fJetESum)) + ((fJetPhiSum/fJetESum)*
 708                                                                                                     (fJetPhiSum/fJetESum)));
 709
 710                       if(fDistP>fMinMove && fDistI<fMaxMove)
 711                         {
 712                           fEtaB = fJetEta;
 713                           fPhiB = fJetPhi;
 714                         }//end if
 715
 716                    }while(fDistP>fMinMove && fDistI<fMaxMove);
 717
 718                  fJetEta = fEtaB;
 719                  fJetPhi = fPhiB;
 720
 721
 722        //Step 7. Find the Jet Energy
 723                  if (fDebug>1) Info("FindJets","Looking for Jet energy");
 724                  fJetESum = 0.0;
 725                  fJetEtaSum = 0.0;
 726                  fJetPhiSum = 0.0;
 727                  fNumInCone = 0;
 728                  FindJetEnergy();
 729
 730                  //cout<<"Number of cells in jet cone is: "<<fNumInCone<<endl;
 731
 732        //Step 8. Check if the jet is a valid jet
 733                  //Check if cluster energy is above Min allowed to be a jet
 734 //DID NOT DO THE COSH COMPARISON HERE -> NEED TO CHECK WHICH COMPARISON IS BEST!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!
 735                  if (fDebug>5) Info("FindJets","Checking cluster is valid jet");
 736                  if(fJetESum < fJetEMin)
 737                    {
 738                      for(Int_t count2=0; count2<fNumUnits; count2++)
 739                        {
 740                          if(fUnit[count2].GetUnitFlag()==kInCurrentJet || fUnit[count2].GetUnitFlag()==kOutJet)
 741                            fUnit[count2].SetUnitFlag(kOutJet);
 742                        }//end for
 743                    if (fDebug>10) Info("FindJets","NOT a valid jet cell");
 744                   }else
 745                     {
 746                      for(Int_t count2=0; count2<fNumUnits; count2++)
 747                        {
 748                          if(fUnit[count2].GetUnitFlag()==kInCurrentJet)
 749                            {
 750                              //      cout<<"Setting unit #"<<count2 <<" to be officially in a jet!"<<endl;
 751                            fUnit[count2].SetUnitFlag(kInJet);
 752                            }
 753                        }//end for
 754
 755  //NEED TO CHECK FINAL WEIRD ITERATION OF ETA AND PHI CHANGES!!!!!!!!!
 756                      //  fJetPhi += fJetPhiSum/fJetESum;        //CHECK!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!
 757                      //  fJetEta += fJetEtaSum/fJetESum;        //CHECK!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!
 758
 759                      fNumJets++;              //Incrementing number of jets found
 760                      StoreJetInfo();          //Storing jet info
 761
 762                  }//end if (check cluster above Min Jet Energy)
 763                }//end if (Jet Seed condition)
 764            }//end (JET SEED LOOP)
 765
 766 if (fDebug>5) Info("FindJets","End of BIG iteration number %i",fNumIter);
 767 // this->Dump();
 768          fNumIter++;
 769        }//end 10 iteration WHILE LOOP
 770  }
 771
 772
 773
 774
 775
 776
 777
 778
 779
 780
 781