EMCAL/AliEMCALJetFinderAlgoOmni.cxx

   1
   2 //THIS Also includes summing ALL cells in the jetcone towards the jet energy NOT just those above threshold!!!!!
   3
   4
   5 /**************************************************************************
   6  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
   7  *                                                                        *
   8  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
   9  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
  10  *                                                                        *
  11  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
  12  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
  13  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
  14  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
  15  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
  16  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
  17  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
  18  **************************************************************************/
  19
  20 /*
  21
  22 $Log$
  23 Revision 1.4  2003/09/19 13:16:20  mhorner
  24 Added additional jet energy info
  25
  26
  27 Revision 1.3  2003/09/04 12:49:56  mhorner
  28 Changed hadron correction and added saving EMCAL and track contributions
  29
  30 */
  31
  32
  33 //*--Author: Sarah Blyth (LBL)
  34 //*--Based on UA1 jet algorithm from LUND JETSET called from EMC-erj
  35
  36 #include "TTask.h"
  37 #include "AliEMCALJetFinderInput.h"
  38 #include "AliEMCALJetFinderOutput.h"
  39 #include "AliEMCALJetFinderAlgo.h"
  40 #include "AliEMCALJetFinderAlgoOmni.h"
  41 #include "AliEMCALJetFinderAlgoUA1Unit.h"
  42 #include "AliEMCALGeometry.h"
  43 #include "AliEMCAL.h"
  44 #include "AliEMCALDigit.h"
  45 #include "TParticle.h"
  46 #include "AliRun.h"
  47 #include "AliEMCALJet.h"
  48 #include "TMath.h"
  49
  50
  51 ClassImp(AliEMCALJetFinderAlgoOmni)
  52
  53   AliEMCALJetFinderAlgoOmni::AliEMCALJetFinderAlgoOmni()
  54 {
  55   //Default constructor
  56 if (fDebug>0) Info("AliEMCALJetFinderAlgoOmni","Beginning Default Constructor");
  57
  58   fNumIter           = 0;
  59   fNumUnits          = 13824;     //Number of towers in EMCAL
  60   fESeed             = 5.0;       //Default value
  61   fConeRad           = 0.3;       //Default value
  62   fJetEMin           = 10.0;      //Default value
  63   fEtMin             = 0.0;      //Default value
  64   fMinMove           = 0.05;      //From original UA1 JetFinder
  65   fMaxMove           = 0.15;      //From original UA1 JetFinder
  66   fBGMaxMove         = 0.035;     //From original UA1 JetFinder
  67   fPtCut             = 0;
  68   fHadCorr           = 0;
  69   fEBGTotal          = 1.0;       //Set to 1 so that no div by zero in first FindJets() loop
  70   fEBGTotalOld       = 0.0;
  71   fEBGAve            = 0.0;
  72   fEnergy            = 0.0;
  73   fJetEta            = 0.0;
  74   fJetPhi            = 0.0;
  75   fEtaInit           = 0.0;
  76   fPhiInit           = 0.0;
  77   fEtaB              = 0.0;
  78   fPhiB              = 0.0;
  79   fJetESum           = 0.0;
  80   fJetEtaSum         = 0.0;
  81   fJetPhiSum         = 0.0;
  82   fDEta              = 0.0;
  83   fDPhi              = 0.0;
  84   fDistP             = 0.0;
  85   fDistI             = 0.0;
  86   fTempE             = 0.0;
  87   fRad               = 2.0;      //Set to 2 to start
  88   fNumInCone         = 0;
  89   fNumJets           = 0;
  90   fArrayInitialised  = 0;        //Set to FALSE to start
  91   fBGType            = kRatio;   //Set Ratio method as default BG subtraction method
  92   fBGPar             = -1.0;      //Set to 1 to start
  93 }
  94
  95  AliEMCALJetFinderAlgoOmni::~AliEMCALJetFinderAlgoOmni()
  96    {
  97      //Destructor
  98      if (fDebug>0) Info("AliEMCALJetFinderAlgoOmni","Beginning Destructor");
  99      delete[] fUnit;
 100      delete[] fUnitNoCuts;
 101    }
 102
 103  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::SetJetFindingParameters
 104                                (Int_t numUnits, Float_t eSeed, Float_t coneRad, Float_t jetEMin, Float_t etMin,
 105                                Float_t minMove, Float_t maxMove, Float_t bgMaxMove)
 106    {
 107      //Sets parameters for the JetFinding algorithm
 108      if (fDebug>1) Info("SetJetFindingParameters","Setting parameters for JetFinding");
 109
 110      SetNumUnits(numUnits);
 111      SetJetESeed(eSeed);
 112      SetConeRad(coneRad);
 113      SetJetEMin(jetEMin);
 114      SetEtMin(etMin);
 115      SetMinMove(minMove);
 116      SetMaxMove(maxMove);
 117      SetBGMaxMove(bgMaxMove);
 118    }
 119
 120  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::SetJetFindingParameters
 121                                (Int_t numUnits, Float_t eSeed, Float_t coneRad, Float_t jetEMin, Float_t etMin)
 122    {
 123      //Sets fewer parameters for the JetFinding algorithm
 124      if (fDebug>1) Info("SetJetFindingParameters","Setting parameters for JetFinding");
 125
 126      SetNumUnits(numUnits);
 127      SetJetESeed(eSeed);
 128      SetConeRad(coneRad);
 129      SetJetEMin(jetEMin);
 130      SetEtMin(etMin);
 131      SetMinMove(fMinMove);
 132      SetMaxMove(fMaxMove);
 133      SetBGMaxMove(fBGMaxMove);
 134    }
 135
 136  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::InitUnitArray()
 137    {
 138      //Initialises unit arrays
 139      if(fArrayInitialised) delete[] fUnit;
 140      fUnit = new AliEMCALJetFinderAlgoUA1Unit[fNumUnits];
 141      fUnitNoCuts = new AliEMCALJetFinderAlgoUA1Unit[fNumUnits];
 142      fArrayInitialised = 1;
 143    }
 144
 145  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::FillUnitArray(AliEMCALJetFinderAlgoUA1FillUnitFlagType_t flag)
 146    {
 147      if (fDebug>1) Info("FillUnitArray","Beginning FillUnitArray");
 148      AliEMCAL* pEMCAL = (AliEMCAL*) gAlice->GetModule("EMCAL");
 149
 150          //   if (pEMCAL){
 151          //          AliEMCALGeometry* geom =  AliEMCALGeometry::GetInstance(pEMCAL->GetTitle(), "");
 152          //     }else
 153          //    {
 154      AliEMCALGeometry* geom =  AliEMCALGeometry::GetInstance("EMCAL_5655_21", "");
 155         //    }
 156
 157      AliEMCALJetFinderAlgoUA1FillUnitFlagType_t option = flag;
 158      Int_t         numTracks, numDigits;
 159
 160      //Loops over all elements in the AliEMCALJetFinderAlgoUA1Unit array and
 161      //fills the objects with relevant values from the Data Input object
 162      if (fDebug>10) Info("FillUnitArray","Filling array with Unit objects");
 163      if (fDebug>15) Info("FillUnitArray","NTracks %i NDigits %i",fInputPointer->GetNTracks(),fInputPointer->GetNDigits());
 164          numTracks = fInputPointer->GetNTracks();
 165          numDigits = fInputPointer->GetNDigits();
 166          TParticle         *myPart;
 167          AliEMCALDigit     *myDigit;
 168
 169          //Fill units with Track info if appropriate
 170          if(option==kFillTracksOnly || option ==kFillAll)
 171            {
 172             for(Int_t j=0; j<numTracks; j++)
 173             {
 174              myPart = fInputPointer->GetTrack(j);
 175              Float_t eta = myPart->Eta();
 176              Float_t  phi = myPart->Phi();
 177              Int_t towerID = geom->TowerIndexFromEtaPhi(eta,180.0/TMath::Pi()*phi);
 178              Float_t  pT = myPart->Pt();
 179              Float_t unitEnergy = fUnit[towerID-1].GetUnitEnergy();
 180              Float_t unitEnergyNoCuts = fUnitNoCuts[towerID-1].GetUnitEnergy();
 181
 182
 183              //OLD WAY:   //Do Hadron Correction
 184               if(fHadCorr != 0)
 185                {
 186                  Double_t   fullP = myPart->P();
 187                  Double_t   hCEnergy = fHadCorr->GetEnergy(fullP, (Double_t)eta);
 188                  unitEnergy -= hCEnergy*TMath::Sin(myPart->Theta());
 189                  unitEnergyNoCuts -= hCEnergy*TMath::Sin(myPart->Theta());
 190                  fUnit[towerID-1].SetUnitEnergy(unitEnergy);
 191                  fUnitNoCuts[towerID-1].SetUnitEnergy(unitEnergyNoCuts);
 192                } //end Hadron Correction loop
 193
 194
 195              /*
 196               //Do Hadron Correction with propagate phi for the track
 197               if(fHadCorr != 0)
 198                 {
 199                   Bool_t curl = 1;
 200                   Float_t deltaPhi;
 201                   TParticlePDG *pdg = myPart->GetPDG();
 202                   if(pdg->Charge() < 0)
 203                     {
 204                       deltaPhi = PropagatePhi(myPart->Pt(), -1.0, curl);
 205                     }
 206                   else{
 207                     deltaPhi = PropagatePhi(myPart->Pt(), 1.0, curl);
 208                   }
 209                   phi += deltaPhi;
 210                   //Get new tower id for cell that track would curve into
 211                   Int_t towerID2;
 212                   if(phi>(TMath::Pi()/180.0)*geom->GetArm1PhiMax() || phi<(TMath::Pi()/180.0)*geom->GetArm1PhiMin())
 213                     {
 214                       towerID2 = -1;
 215                     }
 216                   else{
 217                       towerID2 = geom->TowerIndexFromEtaPhi(eta,180.0/TMath::Pi()*phi);
 218                     }
 219
 220                   if(towerID2 != -1)
 221                     {
 222                       //Find unit energy of new tower
 223                       Float_t unitEnergy2 = fUnit[towerID2-1].GetUnitEnergy();
 224                       Float_t unitEnergy2NoCuts = fUnitNoCuts[towerID2-1].GetUnitEnergy();
 225                       Double_t   fullP = myPart->P();
 226                       Double_t   hCEnergy = fHadCorr->GetEnergy(fullP, (Double_t)eta);
 227                       unitEnergy2 -= hCEnergy*TMath::Sin(myPart->Theta());
 228                       unitEnergy2NoCuts -= hCEnergy*TMath::Sin(myPart->Theta());
 229                       fUnit[towerID2-1].SetUnitEnergy(unitEnergy2);
 230                       fUnitNoCuts[towerID2-1].SetUnitEnergy(unitEnergy2NoCuts);
 231                     }//end if for towerID2
 232                 }//end Hadron Correction loop
 233              */
 234
 235               fUnitNoCuts[towerID-1].SetUnitEnergy(unitEnergyNoCuts + pT);
 236              //Do Pt cut on tracks
 237              if(fPtCut != 0 && pT < fPtCut) continue;
 238
 239              fUnit[towerID-1].SetUnitEnergy(unitEnergy+pT);
 240
 241              }//end tracks loop
 242            }//end Tracks condition
 243
 244
 245          //Fill units with Digit info if appropriate
 246          if(option ==kFillDigitsOnly || option ==kFillAll)
 247            {
 248             for(Int_t k=0; k<numDigits; k++)
 249             {
 250              myDigit = fInputPointer->GetDigit(k);
 251              if (fDebug>10) Info("FillUnitArray","getting digits %i %i numdigits",k,numDigits );
 252              Int_t towerID = myDigit->GetId();
 253              Int_t amplitude = myDigit->GetAmp();     //Gets the integer valued amplitude of the digit
 254              Float_t amp = (Float_t)amplitude;        //Need to typecast to Float_t before doing real energy conversion
 255              Float_t digitEnergy = amp/10000000.0;    //Factor of 10 million needed to convert!
 256              Float_t unitEnergy = fUnit[towerID-1].GetUnitEnergy() + digitEnergy;
 257              Float_t unitEnergyNoCuts = fUnitNoCuts[towerID-1].GetUnitEnergy() + digitEnergy;
 258              fUnit[towerID-1].SetUnitEnergy(unitEnergy);
 259              fUnitNoCuts[towerID-1].SetUnitEnergy(unitEnergyNoCuts);
 260             }//end digits loop
 261            }//end digits condition
 262
 263          //Set all unit flags, Eta, Phi
 264          for(Int_t i=0; i<fNumUnits; i++)
 265            {
 266              if (fDebug>10) Info("FillUnitArray","Setting all units outside jets");
 267              //Set all units to be outside a jet initially
 268              fUnit[i].SetUnitFlag(kOutJet);
 269              fUnit[i].SetUnitID(i+1);
 270              Float_t eta;
 271              Float_t phi;
 272              geom->EtaPhiFromIndex(fUnit[i].GetUnitID(), eta, phi);
 273              fUnit[i].SetUnitEta(eta);
 274              fUnit[i].SetUnitPhi(phi*TMath::Pi()/180.0);
 275              //Set all units to be outside a jet initially
 276              fUnitNoCuts[i].SetUnitFlag(kOutJet);
 277              fUnitNoCuts[i].SetUnitID(i+1);
 278              eta = 0.0;
 279              phi = 0.0;
 280              geom->EtaPhiFromIndex(fUnitNoCuts[i].GetUnitID(), eta, phi);
 281              fUnitNoCuts[i].SetUnitEta(eta);
 282              fUnitNoCuts[i].SetUnitPhi(phi*TMath::Pi()/180.0);
 283              //      if(i>13000) cout<<"!!!!!!!!!!!!!!!!!For unit0, eta="<<eta<<" and phi="<<phi*TMath::Pi()/180.0<<" and ID="<<fUnit[i].GetUnitID()<<endl;
 284              //  if(fUnit[i].GetUnitEnergy()>0) cout<<"Unit ID "<<fUnit[i].GetUnitID() <<"with eta="<<eta<<" and phi="<<phi*TMath::Pi()/180.0<<" has energy="<<fUnit[i].GetUnitEnergy()<<endl;
 285            }//end loop over all units in array (same as all towers in EMCAL)
 286    }
 287
 288
 289  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::Sort(AliEMCALJetFinderAlgoUA1Unit *unit, Int_t length)
 290  {
 291    //Calls the recursive quicksort method to sort unit objects in decending order of Energy
 292    if (fDebug>1) Info("Sort","Sorting Unit objects");
 293    QS(unit, 0, length-1);
 294  }
 295
 296
 297  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::QS(AliEMCALJetFinderAlgoUA1Unit *unit, Int_t left, Int_t right)
 298  {
 299   //Sorts the AliEMCALJetFinderAlgoUA1Unit objects in decending order of Energy
 300    if (fDebug>111) Info("QS","QuickSorting Unit objects");
 301
 302    Int_t    i;
 303    Int_t    j;
 304    AliEMCALJetFinderAlgoUA1Unit  unitFirst;
 305    AliEMCALJetFinderAlgoUA1Unit  unitSecond;
 306
 307    i = left;
 308    j = right;
 309    unitFirst = unit[(left+right)/2];
 310
 311  do
 312   {
 313     while( (unit[i].GetUnitEnergy() > unitFirst.GetUnitEnergy()) && (i < right)) i++;
 314     while( (unitFirst.GetUnitEnergy() > unit[j].GetUnitEnergy()) && (j > left)) j--;
 315
 316     if(i <= j)
 317       {
 318         unitSecond = unit[i];
 319         unit[i] = unit[j];
 320         unit[j] = unitSecond;
 321         i++;
 322         j--;
 323       }//end if
 324   }while(i <= j);
 325
 326  if(left < j) QS(unit, left, j);
 327  if(i < right) QS(unit, i, right);
 328  }
 329
 330
 331  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::FindBG()
 332  {
 333    if(fBGType == kRatio) RatioBG();
 334    else if(fBGType == kCone) ConeBG();
 335    else if(fBGType == kConstant) ConstantBG();
 336  }
 337
 338  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::RatioBG()
 339    {
 340      //Finds the background energy for the iteration
 341      //using the Ratio method
 342      if (fDebug>1) Info("FindBG","Finding Average Background");
 343      //Store BGEperCell from previous iteration!
 344      fEBGTotalOld = fEBGTotal;
 345      fEBGTotal          = 0.0;
 346      Int_t numCone      = 0;
 347
 348      //If user has not set fBGPar, set it to the default
 349      //for TPC = 90% efficiency, PtCut = 2GeV/c, timecut = 30ns
 350      if(fBGPar == -1) fBGPar = 0.4685;
 351
 352      //Loop over all unit objects in the Unit array and link to same
 353      //unit ID in NoCuts Unit array
 354      for(Int_t i=0; i<fNumUnits; i++)
 355        {
 356          if(fUnit[i].GetUnitFlag() != kInJet)
 357            {
 358              Int_t id = fUnit[i].GetUnitID();
 359              fEBGTotal += fUnitNoCuts[id-1].GetUnitEnergy();
 360            }
 361          else numCone++;
 362        }//end for
 363
 364      fEBGTotal *= fBGPar;
 365      fEBGAve = fEBGTotal / (fNumUnits - numCone);
 366      if (fDebug>5) Info("FindBG","Average BG is %f: ",fEBGAve);
 367
 368      for(Int_t count=0; count<fNumUnits;count++)
 369        {
 370          fUnit[count].SetUnitFlag(kOutJet);
 371        }//end for
 372    }
 373
 374  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::ConeBG()
 375    {
 376      //Finds the background energy for the iteration
 377      //using all energy not contained inside a jet
 378      if (fDebug>1) Info("FindBG","Finding Average Background");
 379      //Store old value of BGEperCell!
 380      fEBGTotalOld = fEBGTotal;
 381      fEBGTotal          = 0.0;
 382      Int_t numCone      = 0;
 383
 384      //Loop over all unit objects in the array and sum the energy of those not in a jet
 385      for(Int_t i=0; i<fNumUnits; i++)
 386        {
 387          if(fUnit[i].GetUnitFlag() != kInJet)
 388            fEBGTotal += fUnit[i].GetUnitEnergy();
 389          else numCone++;
 390        }//end for
 391
 392      fEBGAve = fEBGTotal / (fNumUnits - numCone);
 393      if (fDebug>5) Info("FindBG","Average BG is %f: ",fEBGAve);
 394
 395      for(Int_t count=0; count<fNumUnits;count++)
 396        {
 397          fUnit[count].SetUnitFlag(kOutJet);
 398        }//end for
 399    }
 400
 401  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::ConstantBG()
 402    {
 403      //Finds the background energy for the iteration
 404      //using all energy not contained inside a jet
 405      if (fDebug>1) Info("FindBG","Finding Average Background");
 406
 407      //If user has not set fBGPar, set it to the default
 408      //for TPC = 90% efficiency, PtCut = 2GeV/c, timecut = 30ns
 409      if(fBGPar == -1) fBGPar = 0.03378;
 410
 411      fEBGAve = fBGPar;
 412      if (fDebug>5) Info("FindBG","Average BG is %f: ",fEBGAve);
 413
 414      fEBGTotal          = 0.0;
 415      Int_t numCone      = 0;
 416      for(Int_t count=0; count<fNumUnits;count++)
 417        {
 418          if(fUnit[count].GetUnitFlag() == kInJet)
 419            {
 420              numCone++;
 421            }
 422          fUnit[count].SetUnitFlag(kOutJet);
 423        }//end for
 424      fEBGTotal = fEBGAve * (fNumUnits-numCone);
 425      fEBGTotalOld = fEBGTotal;
 426    }
 427
 428  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::FindJetEtaPhi(Int_t counter)
 429    {
 430      //Finds the eta and phi of the jet axis
 431      if (fDebug>10) Info("FindJetEtaPhi","Finding Jet Eta and Phi");
 432
 433      fDEta = fUnit[counter].GetUnitEta() - fEtaInit;
 434      fDPhi = fUnit[counter].GetUnitPhi() - fPhiInit;
 435
 436      fEnergy = fUnit[counter].GetUnitEnergy() - fEBGAve;
 437      fJetEtaSum += fEnergy * fDEta;
 438      fJetPhiSum += fEnergy * fDPhi;
 439      fJetESum += fEnergy;
 440      fJetEta = fEtaInit + (fJetEtaSum / fJetESum);
 441      fJetPhi = fPhiInit + (fJetPhiSum / fJetESum);
 442    }
 443
 444
 445  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::FindJetEnergy()
 446    {
 447      //Finds the energy of the jet after the final axis has been found
 448      if (fDebug>1) Info("FindJetEnergy","Finding Jet Energy");
 449
 450      for(Int_t i=0; i<fNumUnits; i++)
 451        {
 452          //Loop over all unit objects in the array and find if within cone radius
 453          Float_t dEta = fUnit[i].GetUnitEta() - fJetEta;
 454          Float_t dPhi = fUnit[i].GetUnitPhi() - fJetPhi;
 455          Float_t rad = TMath::Sqrt( (dEta*dEta) + (dPhi*dPhi) );
 456
 457          if(fUnit[i].GetUnitFlag()==kOutJet && rad<= fConeRad)
 458            {
 459              fUnit[i].SetUnitFlag(kInCurrentJet);
 460              Float_t energy = fUnit[i].GetUnitEnergy() - fEBGAve;
 461              fJetESum += energy;
 462              fJetEtaSum += energy * dEta;
 463              fJetPhiSum += energy * dPhi;
 464              fNumInCone++;                     //Increment the number of cells in the jet cone
 465            }//end if
 466        }//end for
 467    }
 468
 469
 470  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::StoreJetInfo()
 471    {
 472      //Stores the resulting jet information in appropriate storage structure (TO BE DECIDED!!!!)
 473      if (fDebug>1) Info("StoreJetInfo","Storing Jet Information");
 474      AliEMCALGeometry* geom =  AliEMCALGeometry::GetInstance("EMCAL_5655_21", "");
 475      //Store:
 476      //fJetESum is the final jet energy (background has been subtracted)
 477      //fJetEta is the final jet Eta
 478      //fJetPhi is the final jet Phi
 479      //fNumInCone is the final number of cells included in the jet cone
 480      //fEtaInit is the eta of the initiator cell
 481      //fPhiInit is the phi of the initiator cell
 482      fJet.SetEnergy(fJetESum);
 483      fJet.SetEta(fJetEta);
 484      fJet.SetPhi(fJetPhi);
 485
 486       cout<<"For iteration "<<fNumIter <<" and Jet number " <<fNumJets <<endl;
 487       cout<<"The jet energy is: " <<fJetESum <<endl;
 488       cout<<"The jet eta is ---->" <<fJetEta <<endl;
 489       cout<<"The jet phi is ---->" <<fJetPhi <<endl;
 490
 491      Int_t             numberTracks = fInputPointer->GetNTracks();
 492      Int_t             numberDigits = fInputPointer->GetNDigits();
 493      AliEMCALDigit     *myD;
 494      TParticle         *myP;
 495      Int_t             numTracksInCone = 0;
 496      Float_t           trackEnergy = 0.0;
 497      Float_t           trackEnergyPtCut =0.0;
 498      Float_t           emcalEnergy = 0.0;
 499      Float_t           emcalEnergyBGSub = 0.0;
 500
 501      for(Int_t counter=0; counter<numberTracks; counter++)
 502        {
 503         myP = fInputPointer->GetTrack(counter);
 504         Float_t eta = myP->Eta();
 505         Float_t phi = myP->Phi();
 506         Float_t deta = fJetEta-eta;
 507         Float_t dphi = fJetPhi -phi;
 508         Float_t rad = TMath::Sqrt( (deta*deta) + (dphi*dphi));
 509         if(rad<=fConeRad) numTracksInCone++;
 510        }//end for
 511
 512      Float_t    *pTArray = new Float_t[numTracksInCone];
 513      Float_t    *etaArray = new Float_t[numTracksInCone];
 514      Float_t    *phiArray = new Float_t[numTracksInCone];
 515      Int_t      *pdgArray = new Int_t[numTracksInCone];
 516      Int_t             index = 0;
 517
 518      for(Int_t counter2=0; counter2<numberTracks; counter2++)
 519        {
 520          myP = fInputPointer->GetTrack(counter2);
 521          Float_t eta = myP->Eta();
 522          Float_t phi = myP->Phi();
 523          Float_t deta = fJetEta-eta;
 524          Float_t dphi = fJetPhi -phi;
 525          Float_t rad = TMath::Sqrt( (deta*deta) + (dphi*dphi));
 526          if(rad<=fConeRad)
 527            {
 528              pTArray[index] = myP->Pt();
 529              //Calculate track contribution within jetcone
 530              trackEnergy += myP->Pt();
 531              if(myP->Pt() >= fPtCut) trackEnergyPtCut += myP->Pt();
 532              etaArray[index] = eta;
 533              phiArray[index] = phi;
 534              pdgArray[index] = myP->GetPdgCode();
 535              index++;
 536              if(fHadCorr != 0)
 537              {
 538                      Double_t   fullP = myP->P();
 539                      Double_t   hCEnergy = fHadCorr->GetEnergy(fullP, (Double_t)eta);
 540                      emcalEnergy -= hCEnergy*TMath::Sin(myP->Theta());
 541                      emcalEnergyBGSub -= hCEnergy*TMath::Sin(myP->Theta());
 542              } //end Hadron Correction loop
 543
 544            }//end if
 545        }//end for
 546
 547      //Loop over digits to find EMCal contribution within jetcone
 548      for(Int_t counter3=0; counter3<numberDigits; counter3++)
 549        {
 550          myD = fInputPointer->GetDigit(counter3);
 551          //GET DIGIT ETA, PHI so that can check if inside R!
 552          Float_t eta = 0.0;
 553          Float_t phi = 0.0;
 554          Int_t ID = myD->GetId();
 555          geom->EtaPhiFromIndex(ID, eta, phi);
 556          Float_t deta = fJetEta-eta;
 557          Float_t dphi = fJetPhi -(TMath::Pi()/180.0)*phi;
 558          Float_t rad = TMath::Sqrt( (deta*deta) + (dphi*dphi));
 559          if(rad<=fConeRad)
 560            {
 561          Int_t amplitude = myD->GetAmp();     //Gets the integer valued amplitude of the digit
 562          Float_t amp = (Float_t)amplitude;        //Need to typecast to Float_t before doing real energy conversion
 563          Float_t digitEnergy = amp/10000000.0;    //Factor of 10 million needed to convert!
 564          emcalEnergy += digitEnergy;
 565          emcalEnergyBGSub += (digitEnergy - fEBGAve);
 566            }//end if
 567        }//end count3 for
 568
 569      //Save in JET object
 570      fJet.SetTrackList(numTracksInCone,pTArray, etaArray, phiArray, pdgArray);
 571      fJet.SetEMCALEnergy(emcalEnergy);
 572      fJet.SetEMCALEnergyBGSub(emcalEnergyBGSub);
 573      fJet.SetTrackEnergy(trackEnergy);
 574      fJet.SetTrackEnergyPtCut(trackEnergyPtCut);
 575      fOutputObject.AddJet(&fJet);
 576      delete[] pTArray;
 577      delete[] etaArray;
 578      delete[] phiArray;
 579      delete[] pdgArray;
 580    }
 581
 582
 583  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::FindJets()
 584    {
 585      //Runs the complete UA1 JetFinding algorithm to find jets!
 586      if (fDebug>1) Info("FindJets","Starting Jet Finding!!!");
 587
 588      //If the array of JetFinderUnit objects has not been initialised then initialise with default settings
 589      if(!fArrayInitialised)
 590       {
 591        InitUnitArray();
 592        FillUnitArray(kFillAll);
 593       }//end if
 594      if (fDebug>1) Info("FindJets","Unit array filled");
 595
 596      //Step 1. Sort the array in descending order of Energy
 597      Sort(fUnit,fNumUnits);
 598
 599      //Step 2. Set the number of iterations and Number of jets found to zero to start
 600      fNumIter = 0;
 601      fNumJets = 0;
 602
 603      //Step 3. Begin the iteration loop to find jets
 604      //Need to iterate the algorithm while number of iterations<2 OR number of iterations<10 AND
 605      //the value of the average background has changed more than specified amount
 606      //Min iterations = 2, Max iterations = 10
 607      //while(fNumIter<2 || (fNumIter <10 && ( (fEBGTotal-fEBGTotalOld)/fEBGTotal) > fBGMaxMove) )
 608
 609      while(fNumIter<2 || (fNumIter <10 && ( fEBGTotal-fEBGTotalOld) > fEBGTotal*fBGMaxMove) )
 610        {
 611         if (fDebug>1) Info("FindJets","Starting BIG iteration ---> %i",fNumIter);
 612
 613          //Step 4. Find the value of the average background energy
 614          FindBG();
 615          fOutputObject.Reset(kResetJets); //Reset output object to store info for new iteration
 616          fNumJets=0;
 617
 618          //Loop over the array of unit objects and flag those with energy below MinCellEt
 619          Int_t numbelow = 0;
 620          for(Int_t j=0; j<fNumUnits; j++)
 621            {
 622              if( (fUnit[j].GetUnitEnergy()-fEBGAve) < fEtMin)
 623                 {
 624                   //          fUnit[j].SetUnitFlag(kBelowMinEt);    TAKING OUT kBelow flag
 625                   numbelow++;
 626                 }//end if
 627            }//end for
 628          //cout<<"THERE WERE "<<numbelow<<" units with E <EtMin!!!!!!!!!!!!!!!"<<endl;
 629
 630          //Do quick check if there are no jets upfront
 631          // if(fUnit[0].GetUnitFlag() == kBelowMinEt)
 632          if( (fUnit[0].GetUnitEnergy()-fEBGAve) < fEtMin)
 633            {
 634             cout <<"There are no jets for this event!" <<endl;
 635             break;
 636            }//end if
 637
 638          //Step 5. Begin with the first jet candidate cell (JET SEED LOOP)
 639          if (fDebug>5) Info("FindJets","Beginning JET SEED LOOP");
 640          for(Int_t count=0; count<fNumUnits; count++)
 641            {
 642
 643 //CHECK CONDITION HERE _ NOT SURE IF SHOULD MAYBE BE: GetUnitEnergy()-fEBGAve >fESeed?????????????????????????????
 644              if(fUnit[count].GetUnitEnergy()>=fESeed && fUnit[count].GetUnitFlag()==kOutJet)
 645                {
 646                  fEnergy = fUnit[count].GetUnitEnergy() - fEBGAve;
 647                  fJetEta = fUnit[count].GetUnitEta();
 648                  fJetPhi = fUnit[count].GetUnitPhi();
 649                  Int_t seedID = fUnit[count].GetUnitID();
 650                  if (fDebug>5) Info("FindJets","Inside first candidate jet seed loop for time : %i", count);
 651                  if (fDebug>5) Info("FindJets","Found candidate energy %f ",fEnergy);
 652                  if (fDebug>5) Info("FindJets","Found candidate eta %f ", fJetEta);
 653                  if (fDebug>5) Info("FindJets","Found candidate phi %f ", fJetPhi);
 654                  if (fDebug>5) Info("FindJets","Found candidate ID %i", seedID);
 655
 656                  fEtaInit = fJetEta;
 657                  fPhiInit = fJetPhi;
 658                  fEtaB = fJetEta;
 659                  fPhiB = fJetPhi;
 660                  fJetESum = 0.0;
 661                  fJetEtaSum = 0.0;
 662                  fJetPhiSum = 0.0;
 663
 664          //Step 6. Find Jet Eta and Phi
 665                  //Loop over all units in the array to find the ones in the jet cone and determine contrib to Jet eta, phi
 666                  do
 667                    {
 668                      for(Int_t count1=0; count1<fNumUnits; count1++)
 669                        {
 670                          if(fUnit[count1].GetUnitID() == seedID) continue;   //skip unit if the jetseed to avoid doublecounting
 671                          if(fUnit[count1].GetUnitFlag() == kOutJet)
 672                            {
 673                              fDEta = fUnit[count1].GetUnitEta() - fJetEta;
 674                              fDPhi = fUnit[count1].GetUnitPhi() - fJetPhi;
 675                              fRad = TMath::Sqrt( (fDEta*fDEta) + (fDPhi*fDPhi) );
 676                              if(fRad <= fConeRad)
 677                                {
 678                                  FindJetEtaPhi(count1);
 679                                }//end if
 680                            }//end if
 681                        }//end for (Jet Eta, Phi LOOP)
 682
 683                       //Find the distance cone centre moved from previous cone centre
 684                       if (fDebug>10) Info("FindJets","Checking if cone move small enough");
 685                       fDistP = TMath::Sqrt( ((fJetEta-fEtaB)*(fJetEta-fEtaB)) + ((fJetPhi-fPhiB)*(fJetPhi-fPhiB)) );
 686                       //     if(fDistP <= fMinMove) break;
 687
 688
 689                       //Find the distance cone centre is from initiator cell
 690                       if (fDebug>10) Info("FindJets","Checking if cone move too large");
 691                       fDistI = TMath::Sqrt( ((fJetEtaSum/fJetESum)*(fJetEtaSum/fJetESum)) + ((fJetPhiSum/fJetESum)*
 692                                                                                                     (fJetPhiSum/fJetESum)));
 693
 694                       if(fDistP>fMinMove && fDistI<fMaxMove)
 695                         {
 696                           fEtaB = fJetEta;
 697                           fPhiB = fJetPhi;
 698                         }//end if
 699
 700                    }while(fDistP>fMinMove && fDistI<fMaxMove);
 701
 702                  fJetEta = fEtaB;
 703                  fJetPhi = fPhiB;
 704
 705
 706        //Step 7. Find the Jet Energy
 707                  if (fDebug>1) Info("FindJets","Looking for Jet energy");
 708                  fJetESum = 0.0;
 709                  fJetEtaSum = 0.0;
 710                  fJetPhiSum = 0.0;
 711                  fNumInCone = 0;
 712                  FindJetEnergy();
 713
 714                  //cout<<"Number of cells in jet cone is: "<<fNumInCone<<endl;
 715
 716        //Step 8. Check if the jet is a valid jet
 717                  //Check if cluster energy is above Min allowed to be a jet
 718 //DID NOT DO THE COSH COMPARISON HERE -> NEED TO CHECK WHICH COMPARISON IS BEST!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!
 719                  if (fDebug>5) Info("FindJets","Checking cluster is valid jet");
 720                  if(fJetESum < fJetEMin)
 721                    {
 722                      for(Int_t count2=0; count2<fNumUnits; count2++)
 723                        {
 724                          if(fUnit[count2].GetUnitFlag()==kInCurrentJet || fUnit[count2].GetUnitFlag()==kOutJet)
 725                            fUnit[count2].SetUnitFlag(kOutJet);
 726                        }//end for
 727                    if (fDebug>10) Info("FindJets","NOT a valid jet cell");
 728                   }else
 729                     {
 730                      for(Int_t count2=0; count2<fNumUnits; count2++)
 731                        {
 732                          if(fUnit[count2].GetUnitFlag()==kInCurrentJet)
 733                            {
 734                              //      cout<<"Setting unit #"<<count2 <<" to be officially in a jet!"<<endl;
 735                            fUnit[count2].SetUnitFlag(kInJet);
 736                            }
 737                        }//end for
 738
 739  //NEED TO CHECK FINAL WEIRD ITERATION OF ETA AND PHI CHANGES!!!!!!!!!
 740                      //  fJetPhi += fJetPhiSum/fJetESum;        //CHECK!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!
 741                      //  fJetEta += fJetEtaSum/fJetESum;        //CHECK!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!
 742
 743                      fNumJets++;              //Incrementing number of jets found
 744                      StoreJetInfo();          //Storing jet info
 745
 746                  }//end if (check cluster above Min Jet Energy)
 747                }//end if (Jet Seed condition)
 748            }//end (JET SEED LOOP)
 749
 750 if (fDebug>5) Info("FindJets","End of BIG iteration number %i",fNumIter);
 751 // this->Dump();
 752          fNumIter++;
 753        }//end 10 iteration WHILE LOOP
 754  }
 755
 756
 757
 758
 759
 760
 761
 762
 763
 764
 765