EMCAL/AliEMCALJetFinderAlgoOmni.cxx

   1
   2 //THIS Also includes summing ALL cells in the jetcone towards the jet energy NOT just those above threshold!!!!!
   3
   4
   5 /**************************************************************************
   6  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
   7  *                                                                        *
   8  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
   9  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
  10  *                                                                        *
  11  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
  12  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
  13  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
  14  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
  15  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
  16  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
  17  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
  18  **************************************************************************/
  19
  20 /*
  21
  22 $Log$
  23
  24
  25
  26 */
  27
  28
  29 //*--Author: Sarah Blyth (LBL)
  30 //*--Based on UA1 jet algorithm from LUND JETSET called from EMC-erj
  31
  32 #include "TTask.h"
  33 #include "AliEMCALJetFinderInput.h"
  34 #include "AliEMCALJetFinderOutput.h"
  35 #include "AliEMCALJetFinderAlgo.h"
  36 #include "AliEMCALJetFinderAlgoOmni.h"
  37 #include "AliEMCALJetFinderAlgoUA1Unit.h"
  38 #include "AliEMCALGeometry.h"
  39 #include "AliEMCAL.h"
  40 #include "AliEMCALDigit.h"
  41 #include "TParticle.h"
  42 #include "AliRun.h"
  43 #include "AliEMCALJet.h"
  44 #include "TMath.h"
  45
  46
  47 ClassImp(AliEMCALJetFinderAlgoOmni)
  48
  49   AliEMCALJetFinderAlgoOmni::AliEMCALJetFinderAlgoOmni()
  50 {
  51   //Default constructor
  52 if (fDebug>0) Info("AliEMCALJetFinderAlgoOmni","Beginning Default Constructor");
  53
  54   fNumIter           = 0;
  55   fNumUnits          = 13824;     //Number of towers in EMCAL
  56   fESeed             = 5.0;       //Default value
  57   fConeRad           = 0.3;       //Default value
  58   fJetEMin           = 10.0;      //Default value
  59   fEtMin             = 0.0;      //Default value
  60   fMinMove           = 0.05;      //From original UA1 JetFinder
  61   fMaxMove           = 0.15;      //From original UA1 JetFinder
  62   fBGMaxMove         = 0.035;     //From original UA1 JetFinder
  63   fPtCut             = 0;
  64   fHadCorr           = 0;
  65   fEBGTotal          = 1.0;       //Set to 1 so that no div by zero in first FindJets() loop
  66   fEBGTotalOld       = 0.0;
  67   fEBGAve            = 0.0;
  68   fEnergy            = 0.0;
  69   fJetEta            = 0.0;
  70   fJetPhi            = 0.0;
  71   fEtaInit           = 0.0;
  72   fPhiInit           = 0.0;
  73   fEtaB              = 0.0;
  74   fPhiB              = 0.0;
  75   fJetESum           = 0.0;
  76   fJetEtaSum         = 0.0;
  77   fJetPhiSum         = 0.0;
  78   fDEta              = 0.0;
  79   fDPhi              = 0.0;
  80   fDistP             = 0.0;
  81   fDistI             = 0.0;
  82   fTempE             = 0.0;
  83   fRad               = 2.0;      //Set to 2 to start
  84   fNumInCone         = 0;
  85   fNumJets           = 0;
  86   fArrayInitialised  = 0;        //Set to FALSE to start
  87   fBGType            = kRatio;   //Set Ratio method as default BG subtraction method
  88   fBGPar             = -1.0;      //Set to 1 to start
  89 }
  90
  91  AliEMCALJetFinderAlgoOmni::~AliEMCALJetFinderAlgoOmni()
  92    {
  93      //Destructor
  94      if (fDebug>0) Info("AliEMCALJetFinderAlgoOmni","Beginning Destructor");
  95      delete[] fUnit;
  96      delete[] fUnitNoCuts;
  97    }
  98
  99  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::SetJetFindingParameters
 100                                (Int_t numUnits, Float_t eSeed, Float_t coneRad, Float_t jetEMin, Float_t etMin,
 101                                Float_t minMove, Float_t maxMove, Float_t bgMaxMove)
 102    {
 103      //Sets parameters for the JetFinding algorithm
 104      if (fDebug>1) Info("SetJetFindingParameters","Setting parameters for JetFinding");
 105
 106      SetNumUnits(numUnits);
 107      SetJetESeed(eSeed);
 108      SetConeRad(coneRad);
 109      SetJetEMin(jetEMin);
 110      SetEtMin(etMin);
 111      SetMinMove(minMove);
 112      SetMaxMove(maxMove);
 113      SetBGMaxMove(bgMaxMove);
 114    }
 115
 116  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::SetJetFindingParameters
 117                                (Int_t numUnits, Float_t eSeed, Float_t coneRad, Float_t jetEMin, Float_t etMin)
 118    {
 119      //Sets fewer parameters for the JetFinding algorithm
 120      if (fDebug>1) Info("SetJetFindingParameters","Setting parameters for JetFinding");
 121
 122      SetNumUnits(numUnits);
 123      SetJetESeed(eSeed);
 124      SetConeRad(coneRad);
 125      SetJetEMin(jetEMin);
 126      SetEtMin(etMin);
 127      SetMinMove(fMinMove);
 128      SetMaxMove(fMaxMove);
 129      SetBGMaxMove(fBGMaxMove);
 130    }
 131
 132  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::InitUnitArray()
 133    {
 134      //Initialises unit arrays
 135      if(fArrayInitialised) delete[] fUnit;
 136      fUnit = new AliEMCALJetFinderAlgoUA1Unit[fNumUnits];
 137      fUnitNoCuts = new AliEMCALJetFinderAlgoUA1Unit[fNumUnits];
 138      fArrayInitialised = 1;
 139    }
 140
 141  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::FillUnitArray(AliEMCALJetFinderAlgoUA1FillUnitFlagType_t flag)
 142    {
 143      if (fDebug>1) Info("FillUnitArray","Beginning FillUnitArray");
 144      AliEMCAL* pEMCAL = (AliEMCAL*) gAlice->GetModule("EMCAL");
 145
 146          //   if (pEMCAL){
 147          //          AliEMCALGeometry* geom =  AliEMCALGeometry::GetInstance(pEMCAL->GetTitle(), "");
 148          //     }else
 149          //    {
 150      AliEMCALGeometry* geom =  AliEMCALGeometry::GetInstance("EMCAL_5655_21", "");
 151         //    }
 152
 153      AliEMCALJetFinderAlgoUA1FillUnitFlagType_t option = flag;
 154      Int_t         numTracks, numDigits;
 155
 156      //Loops over all elements in the AliEMCALJetFinderAlgoUA1Unit array and
 157      //fills the objects with relevant values from the Data Input object
 158      if (fDebug>10) Info("FillUnitArray","Filling array with Unit objects");
 159      if (fDebug>15) Info("FillUnitArray","NTracks %i NDigits %i",fInputPointer->GetNTracks(),fInputPointer->GetNDigits());
 160          numTracks = fInputPointer->GetNTracks();
 161          numDigits = fInputPointer->GetNDigits();
 162          TParticle         *myPart;
 163          AliEMCALDigit     *myDigit;
 164
 165          //Fill units with Track info if appropriate
 166          if(option==kFillTracksOnly || option ==kFillAll)
 167            {
 168             for(Int_t j=0; j<numTracks; j++)
 169             {
 170              myPart = fInputPointer->GetTrack(j);
 171              Float_t eta = myPart->Eta();
 172              Float_t  phi = myPart->Phi();
 173              Int_t towerID = geom->TowerIndexFromEtaPhi(eta,180.0/TMath::Pi()*phi);
 174              Float_t  pT = myPart->Pt();
 175              Float_t unitEnergy = fUnit[towerID-1].GetUnitEnergy();
 176              Float_t unitEnergyNoCuts = fUnitNoCuts[towerID-1].GetUnitEnergy();
 177
 178
 179              //OLD WAY:   //Do Hadron Correction
 180               if(fHadCorr != 0)
 181                {
 182                  Double_t   fullP = myPart->P();
 183                  Double_t   hCEnergy = fHadCorr->GetEnergy(fullP, (Double_t)eta);
 184                  unitEnergy -= hCEnergy*TMath::Sin(myPart->Theta());
 185                  unitEnergyNoCuts -= hCEnergy*TMath::Sin(myPart->Theta());
 186                  fUnit[towerID-1].SetUnitEnergy(unitEnergy);
 187                  fUnitNoCuts[towerID-1].SetUnitEnergy(unitEnergyNoCuts);
 188                } //end Hadron Correction loop
 189
 190
 191              /*
 192               //Do Hadron Correction with propagate phi for the track
 193               if(fHadCorr != 0)
 194                 {
 195                   Bool_t curl = 1;
 196                   Float_t deltaPhi;
 197                   TParticlePDG *pdg = myPart->GetPDG();
 198                   if(pdg->Charge() < 0)
 199                     {
 200                       deltaPhi = PropagatePhi(myPart->Pt(), -1.0, curl);
 201                     }
 202                   else{
 203                     deltaPhi = PropagatePhi(myPart->Pt(), 1.0, curl);
 204                   }
 205                   phi += deltaPhi;
 206                   //Get new tower id for cell that track would curve into
 207                   Int_t towerID2;
 208                   if(phi<(1.0/3.0)*TMath::Pi() || phi>TMath::Pi())
 209                     {
 210                       towerID2 = -1;
 211                     }
 212                   else{
 213                       towerID2 = geom->TowerIndexFromEtaPhi(eta,180.0/TMath::Pi()*phi);
 214                     }
 215
 216                   if(towerID2 != -1)
 217                     {
 218                       //Find unit energy of new tower
 219                       Float_t unitEnergy2 = fUnit[towerID2-1].GetUnitEnergy();
 220                       Float_t unitEnergy2NoCuts = fUnitNoCuts[towerID2-1].GetUnitEnergy();
 221                       Double_t   fullP = myPart->P();
 222                       Double_t   hCEnergy = fHadCorr->GetEnergy(fullP, (Double_t)eta);
 223                       unitEnergy2 -= hCEnergy*TMath::Sin(myPart->Theta());
 224                       unitEnergy2NoCuts -= hCEnergy*TMath::Sin(myPart->Theta());
 225                       fUnit[towerID2-1].SetUnitEnergy(unitEnergy2);
 226                       fUnitNoCuts[towerID2-1].SetUnitEnergy(unitEnergy2NoCuts);
 227                     }//end if for towerID2
 228                 }//end Hadron Correction loop
 229              */
 230
 231               fUnitNoCuts[towerID-1].SetUnitEnergy(unitEnergyNoCuts + pT);
 232              //Do Pt cut on tracks
 233              if(fPtCut != 0 && pT < fPtCut) continue;
 234
 235              fUnit[towerID-1].SetUnitEnergy(unitEnergy+pT);
 236
 237              }//end tracks loop
 238            }//end Tracks condition
 239
 240
 241          //Fill units with Digit info if appropriate
 242          if(option ==kFillDigitsOnly || option ==kFillAll)
 243            {
 244             for(Int_t k=0; k<numDigits; k++)
 245             {
 246              myDigit = fInputPointer->GetDigit(k);
 247              if (fDebug>10) Info("FillUnitArray","getting digits %i %i numdigits",k,numDigits );
 248              Int_t towerID = myDigit->GetId();
 249              Int_t amplitude = myDigit->GetAmp();     //Gets the integer valued amplitude of the digit
 250              Float_t amp = (Float_t)amplitude;        //Need to typecast to Float_t before doing real energy conversion
 251              Float_t digitEnergy = amp/10000000.0;    //Factor of 10 million needed to convert!
 252              Float_t unitEnergy = fUnit[towerID-1].GetUnitEnergy() + digitEnergy;
 253              Float_t unitEnergyNoCuts = fUnitNoCuts[towerID-1].GetUnitEnergy() + digitEnergy;
 254              fUnit[towerID-1].SetUnitEnergy(unitEnergy);
 255              fUnitNoCuts[towerID-1].SetUnitEnergy(unitEnergyNoCuts);
 256             }//end digits loop
 257            }//end digits condition
 258
 259          //Set all unit flags, Eta, Phi
 260          for(Int_t i=0; i<fNumUnits; i++)
 261            {
 262              if (fDebug>10) Info("FillUnitArray","Setting all units outside jets");
 263              fUnit[i].SetUnitFlag(kOutJet);           //Set all units to be outside a jet initially
 264              fUnit[i].SetUnitID(i+1);
 265              Float_t eta;
 266              Float_t phi;
 267              geom->EtaPhiFromIndex(fUnit[i].GetUnitID(), eta, phi);
 268              fUnit[i].SetUnitEta(eta);
 269              fUnit[i].SetUnitPhi(phi*TMath::Pi()/180.0);
 270
 271              fUnitNoCuts[i].SetUnitFlag(kOutJet);           //Set all units to be outside a jet initially
 272              fUnitNoCuts[i].SetUnitID(i+1);
 273              eta = 0.0;
 274              phi = 0.0;
 275              geom->EtaPhiFromIndex(fUnitNoCuts[i].GetUnitID(), eta, phi);
 276              fUnitNoCuts[i].SetUnitEta(eta);
 277              fUnitNoCuts[i].SetUnitPhi(phi*TMath::Pi()/180.0);
 278              //      if(i>13000) cout<<"!!!!!!!!!!!!!!!!!For unit0, eta="<<eta<<" and phi="<<phi*TMath::Pi()/180.0<<" and ID="<<fUnit[i].GetUnitID()<<endl;
 279              //  if(fUnit[i].GetUnitEnergy()>0) cout<<"Unit ID "<<fUnit[i].GetUnitID() <<"with eta="<<eta<<" and phi="<<phi*TMath::Pi()/180.0<<" has energy="<<fUnit[i].GetUnitEnergy()<<endl;
 280            }//end loop over all units in array (same as all towers in EMCAL)
 281    }
 282
 283
 284  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::Sort(AliEMCALJetFinderAlgoUA1Unit *unit, Int_t length)
 285  {
 286    //Calls the recursive quicksort method to sort unit objects in decending order of Energy
 287    if (fDebug>1) Info("Sort","Sorting Unit objects");
 288    QS(unit, 0, length-1);
 289  }
 290
 291
 292  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::QS(AliEMCALJetFinderAlgoUA1Unit *unit, Int_t left, Int_t right)
 293  {
 294   //Sorts the AliEMCALJetFinderAlgoUA1Unit objects in decending order of Energy
 295    if (fDebug>111) Info("QS","QuickSorting Unit objects");
 296
 297    Int_t    i;
 298    Int_t    j;
 299    AliEMCALJetFinderAlgoUA1Unit  unitFirst;
 300    AliEMCALJetFinderAlgoUA1Unit  unitSecond;
 301
 302    i = left;
 303    j = right;
 304    unitFirst = unit[(left+right)/2];
 305
 306  do
 307   {
 308     while( (unit[i].GetUnitEnergy() > unitFirst.GetUnitEnergy()) && (i < right)) i++;
 309     while( (unitFirst.GetUnitEnergy() > unit[j].GetUnitEnergy()) && (j > left)) j--;
 310
 311     if(i <= j)
 312       {
 313         unitSecond = unit[i];
 314         unit[i] = unit[j];
 315         unit[j] = unitSecond;
 316         i++;
 317         j--;
 318       }//end if
 319   }while(i <= j);
 320
 321  if(left < j) QS(unit, left, j);
 322  if(i < right) QS(unit, i, right);
 323  }
 324
 325
 326  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::FindBG()
 327  {
 328    if(fBGType == kRatio) RatioBG();
 329    else if(fBGType == kCone) ConeBG();
 330    else if(fBGType == kConstant) ConstantBG();
 331  }
 332
 333  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::RatioBG()
 334    {
 335      //Finds the background energy for the iteration
 336      //using the Ratio method
 337      if (fDebug>1) Info("FindBG","Finding Average Background");
 338      //Store BGEperCell from previous iteration!
 339      fEBGTotalOld = fEBGTotal;
 340      fEBGTotal          = 0.0;
 341      Int_t numCone      = 0;
 342
 343      //If user has not set fBGPar, set it to the default
 344      //for TPC = 90% efficiency, PtCut = 2GeV/c, timecut = 30ns
 345      if(fBGPar == -1) fBGPar = 0.4685;
 346
 347      //Loop over all unit objects in the Unit array and link to same
 348      //unit ID in NoCuts Unit array
 349      for(Int_t i=0; i<fNumUnits; i++)
 350        {
 351          if(fUnit[i].GetUnitFlag() != kInJet)
 352            {
 353              Int_t id = fUnit[i].GetUnitID();
 354              fEBGTotal += fUnitNoCuts[id-1].GetUnitEnergy();
 355            }
 356          else numCone++;
 357        }//end for
 358
 359      fEBGTotal *= fBGPar;
 360      fEBGAve = fEBGTotal / (fNumUnits - numCone);
 361      if (fDebug>5) Info("FindBG","Average BG is %f: ",fEBGAve);
 362
 363      for(Int_t count=0; count<fNumUnits;count++)
 364        {
 365          fUnit[count].SetUnitFlag(kOutJet);
 366        }//end for
 367    }
 368
 369  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::ConeBG()
 370    {
 371      //Finds the background energy for the iteration
 372      //using all energy not contained inside a jet
 373      if (fDebug>1) Info("FindBG","Finding Average Background");
 374      //Store old value of BGEperCell!
 375      fEBGTotalOld = fEBGTotal;
 376      fEBGTotal          = 0.0;
 377      Int_t numCone      = 0;
 378
 379      //Loop over all unit objects in the array and sum the energy of those not in a jet
 380      for(Int_t i=0; i<fNumUnits; i++)
 381        {
 382          if(fUnit[i].GetUnitFlag() != kInJet)
 383            fEBGTotal += fUnit[i].GetUnitEnergy();
 384          else numCone++;
 385        }//end for
 386
 387      fEBGAve = fEBGTotal / (fNumUnits - numCone);
 388      if (fDebug>5) Info("FindBG","Average BG is %f: ",fEBGAve);
 389
 390      for(Int_t count=0; count<fNumUnits;count++)
 391        {
 392          fUnit[count].SetUnitFlag(kOutJet);
 393        }//end for
 394    }
 395
 396  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::ConstantBG()
 397    {
 398      //Finds the background energy for the iteration
 399      //using all energy not contained inside a jet
 400      if (fDebug>1) Info("FindBG","Finding Average Background");
 401
 402      //If user has not set fBGPar, set it to the default
 403      //for TPC = 90% efficiency, PtCut = 2GeV/c, timecut = 30ns
 404      if(fBGPar == -1) fBGPar = 0.03378;
 405
 406      fEBGAve = fBGPar;
 407      if (fDebug>5) Info("FindBG","Average BG is %f: ",fEBGAve);
 408
 409      fEBGTotal          = 0.0;
 410      Int_t numCone      = 0;
 411      for(Int_t count=0; count<fNumUnits;count++)
 412        {
 413          if(fUnit[count].GetUnitFlag() == kInJet)
 414            {
 415              numCone++;
 416            }
 417          fUnit[count].SetUnitFlag(kOutJet);
 418        }//end for
 419      fEBGTotal = fEBGAve * (fNumUnits-numCone);
 420      fEBGTotalOld = fEBGTotal;
 421    }
 422
 423  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::FindJetEtaPhi(Int_t counter)
 424    {
 425      //Finds the eta and phi of the jet axis
 426      if (fDebug>10) Info("FindJetEtaPhi","Finding Jet Eta and Phi");
 427
 428      fDEta = fUnit[counter].GetUnitEta() - fEtaInit;
 429      fDPhi = fUnit[counter].GetUnitPhi() - fPhiInit;
 430
 431      fEnergy = fUnit[counter].GetUnitEnergy() - fEBGAve;
 432      fJetEtaSum += fEnergy * fDEta;
 433      fJetPhiSum += fEnergy * fDPhi;
 434      fJetESum += fEnergy;
 435      fJetEta = fEtaInit + (fJetEtaSum / fJetESum);
 436      fJetPhi = fPhiInit + (fJetPhiSum / fJetESum);
 437    }
 438
 439
 440  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::FindJetEnergy()
 441    {
 442      //Finds the energy of the jet after the final axis has been found
 443      if (fDebug>1) Info("FindJetEnergy","Finding Jet Energy");
 444
 445      for(Int_t i=0; i<fNumUnits; i++)
 446        {
 447          //Loop over all unit objects in the array and find if within cone radius
 448          Float_t dEta = fUnit[i].GetUnitEta() - fJetEta;
 449          Float_t dPhi = fUnit[i].GetUnitPhi() - fJetPhi;
 450          Float_t rad = TMath::Sqrt( (dEta*dEta) + (dPhi*dPhi) );
 451
 452          if(fUnit[i].GetUnitFlag()==kOutJet && rad<= fConeRad)
 453            {
 454              fUnit[i].SetUnitFlag(kInCurrentJet);
 455              Float_t energy = fUnit[i].GetUnitEnergy() - fEBGAve;
 456              fJetESum += energy;
 457              fJetEtaSum += energy * dEta;
 458              fJetPhiSum += energy * dPhi;
 459              fNumInCone++;                     //Increment the number of cells in the jet cone
 460            }//end if
 461        }//end for
 462    }
 463
 464
 465  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::StoreJetInfo()
 466    {
 467      //Stores the resulting jet information in appropriate storage structure (TO BE DECIDED!!!!)
 468      if (fDebug>1) Info("StoreJetInfo","Storing Jet Information");
 469      AliEMCALGeometry* geom =  AliEMCALGeometry::GetInstance("EMCAL_5655_21", "");
 470      //Store:
 471      //fJetESum is the final jet energy (background has been subtracted)
 472      //fJetEta is the final jet Eta
 473      //fJetPhi is the final jet Phi
 474      //fNumInCone is the final number of cells included in the jet cone
 475      //fEtaInit is the eta of the initiator cell
 476      //fPhiInit is the phi of the initiator cell
 477      fJet.SetEnergy(fJetESum);
 478      fJet.SetEta(fJetEta);
 479      fJet.SetPhi(fJetPhi);
 480
 481       cout<<"For iteration "<<fNumIter <<" and Jet number " <<fNumJets <<endl;
 482       cout<<"The jet energy is: " <<fJetESum <<endl;
 483       cout<<"The jet eta is ---->" <<fJetEta <<endl;
 484       cout<<"The jet phi is ---->" <<fJetPhi <<endl;
 485
 486      Int_t             numberTracks = fInputPointer->GetNTracks();
 487      Int_t             numberDigits = fInputPointer->GetNDigits();
 488      AliEMCALDigit     *myD;
 489      TParticle         *myP;
 490      Int_t             numTracksInCone = 0;
 491      Float_t           trackEnergy = 0.0;
 492      Float_t           emcalEnergy = 0.0;
 493
 494      for(Int_t counter=0; counter<numberTracks; counter++)
 495        {
 496         myP = fInputPointer->GetTrack(counter);
 497         Float_t eta = myP->Eta();
 498         Float_t phi = myP->Phi();
 499         Float_t deta = fJetEta-eta;
 500         Float_t dphi = fJetPhi -phi;
 501         Float_t rad = TMath::Sqrt( (deta*deta) + (dphi*dphi));
 502         if(rad<=fConeRad) numTracksInCone++;
 503        }//end for
 504
 505      Float_t    *pTArray = new Float_t[numTracksInCone];
 506      Float_t    *etaArray = new Float_t[numTracksInCone];
 507      Float_t    *phiArray = new Float_t[numTracksInCone];
 508      Int_t      *pdgArray = new Int_t[numTracksInCone];
 509      Int_t             index = 0;
 510
 511      for(Int_t counter2=0; counter2<numberTracks; counter2++)
 512        {
 513          myP = fInputPointer->GetTrack(counter2);
 514          Float_t eta = myP->Eta();
 515          Float_t phi = myP->Phi();
 516          Float_t deta = fJetEta-eta;
 517          Float_t dphi = fJetPhi -phi;
 518          Float_t rad = TMath::Sqrt( (deta*deta) + (dphi*dphi));
 519          if(rad<=fConeRad)
 520            {
 521              pTArray[index] = myP->Pt();
 522              //Calculate track contribution within jetcone
 523              if(myP->Pt() >= fPtCut) trackEnergy += myP->Pt();
 524              etaArray[index] = eta;
 525              phiArray[index] = phi;
 526              pdgArray[index] = myP->GetPdgCode();
 527              index++;
 528            }//end if
 529        }//end for
 530
 531      //Loop over digits to find EMCal contribution within jetcone
 532      for(Int_t counter3=0; counter3<numberDigits; counter3++)
 533        {
 534          myD = fInputPointer->GetDigit(counter3);
 535          //GET DIGIT ETA, PHI so that can check if inside R!
 536          Float_t eta = 0.0;
 537          Float_t phi = 0.0;
 538          Int_t ID = myD->GetId();
 539          geom->EtaPhiFromIndex(ID, eta, phi);
 540          Float_t deta = fJetEta-eta;
 541          Float_t dphi = fJetPhi -phi;
 542          Float_t rad = TMath::Sqrt( (deta*deta) + (dphi*dphi));
 543          if(rad<=fConeRad)
 544            {
 545          Int_t amplitude = myD->GetAmp();     //Gets the integer valued amplitude of the digit
 546          Float_t amp = (Float_t)amplitude;        //Need to typecast to Float_t before doing real energy conversion
 547          Float_t digitEnergy = amp/10000000.0;    //Factor of 10 million needed to convert!
 548          emcalEnergy += digitEnergy;
 549            }//end if
 550        }//end count3 for
 551
 552      fJet.SetTrackList(numTracksInCone,pTArray, etaArray, phiArray, pdgArray);
 553      fJet.SetEMCALEnergy(emcalEnergy);
 554      fJet.SetTrackEnergy(trackEnergy);
 555      fOutputObject.AddJet(&fJet);
 556      delete[] pTArray;
 557      delete[] etaArray;
 558      delete[] phiArray;
 559      delete[] pdgArray;
 560    }
 561
 562
 563  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::FindJets()
 564    {
 565      //Runs the complete UA1 JetFinding algorithm to find jets!
 566      if (fDebug>1) Info("FindJets","Starting Jet Finding!!!");
 567
 568      //If the array of JetFinderUnit objects has not been initialised then initialise with default settings
 569      if(!fArrayInitialised)
 570       {
 571        InitUnitArray();
 572        FillUnitArray(kFillAll);
 573       }//end if
 574      if (fDebug>1) Info("FindJets","Unit array filled");
 575
 576      //Step 1. Sort the array in descending order of Energy
 577      Sort(fUnit,fNumUnits);
 578
 579      //Step 2. Set the number of iterations and Number of jets found to zero to start
 580      fNumIter = 0;
 581      fNumJets = 0;
 582
 583      //Step 3. Begin the iteration loop to find jets
 584      //Need to iterate the algorithm while number of iterations<2 OR number of iterations<10 AND
 585      //the value of the average background has changed more than specified amount
 586      //Min iterations = 2, Max iterations = 10
 587      //while(fNumIter<2 || (fNumIter <10 && ( (fEBGTotal-fEBGTotalOld)/fEBGTotal) > fBGMaxMove) )
 588
 589      while(fNumIter<2 || (fNumIter <10 && ( fEBGTotal-fEBGTotalOld) > fEBGTotal*fBGMaxMove) )
 590        {
 591         if (fDebug>1) Info("FindJets","Starting BIG iteration ---> %i",fNumIter);
 592
 593          //Step 4. Find the value of the average background energy
 594          FindBG();
 595          fOutputObject.Reset(kResetJets); //Reset output object to store info for new iteration
 596          fNumJets=0;
 597
 598          //Loop over the array of unit objects and flag those with energy below MinCellEt
 599          Int_t numbelow = 0;
 600          for(Int_t j=0; j<fNumUnits; j++)
 601            {
 602              if( (fUnit[j].GetUnitEnergy()-fEBGAve) < fEtMin)
 603                 {
 604                   //          fUnit[j].SetUnitFlag(kBelowMinEt);    TAKING OUT kBelow flag
 605                   numbelow++;
 606                 }//end if
 607            }//end for
 608          //cout<<"THERE WERE "<<numbelow<<" units with E <EtMin!!!!!!!!!!!!!!!"<<endl;
 609
 610          //Do quick check if there are no jets upfront
 611          // if(fUnit[0].GetUnitFlag() == kBelowMinEt)
 612          if( (fUnit[0].GetUnitEnergy()-fEBGAve) < fEtMin)
 613            {
 614             cout <<"There are no jets for this event!" <<endl;
 615             break;
 616            }//end if
 617
 618          //Step 5. Begin with the first jet candidate cell (JET SEED LOOP)
 619          if (fDebug>5) Info("FindJets","Beginning JET SEED LOOP");
 620          for(Int_t count=0; count<fNumUnits; count++)
 621            {
 622
 623 //CHECK CONDITION HERE _ NOT SURE IF SHOULD MAYBE BE: GetUnitEnergy()-fEBGAve >fESeed?????????????????????????????
 624              if(fUnit[count].GetUnitEnergy()>=fESeed && fUnit[count].GetUnitFlag()==kOutJet)
 625                {
 626                  fEnergy = fUnit[count].GetUnitEnergy() - fEBGAve;
 627                  fJetEta = fUnit[count].GetUnitEta();
 628                  fJetPhi = fUnit[count].GetUnitPhi();
 629                  Int_t seedID = fUnit[count].GetUnitID();
 630                  if (fDebug>5) Info("FindJets","Inside first candidate jet seed loop for time : %i", count);
 631                  if (fDebug>5) Info("FindJets","Found candidate energy %f ",fEnergy);
 632                  if (fDebug>5) Info("FindJets","Found candidate eta %f ", fJetEta);
 633                  if (fDebug>5) Info("FindJets","Found candidate phi %f ", fJetPhi);
 634                  if (fDebug>5) Info("FindJets","Found candidate ID %i", seedID);
 635
 636                  fEtaInit = fJetEta;
 637                  fPhiInit = fJetPhi;
 638                  fEtaB = fJetEta;
 639                  fPhiB = fJetPhi;
 640                  fJetESum = 0.0;
 641                  fJetEtaSum = 0.0;
 642                  fJetPhiSum = 0.0;
 643
 644          //Step 6. Find Jet Eta and Phi
 645                  //Loop over all units in the array to find the ones in the jet cone and determine contrib to Jet eta, phi
 646                  do
 647                    {
 648                      for(Int_t count1=0; count1<fNumUnits; count1++)
 649                        {
 650                          if(fUnit[count1].GetUnitID() == seedID) continue;   //skip unit if the jetseed to avoid doublecounting
 651                          if(fUnit[count1].GetUnitFlag() == kOutJet)
 652                            {
 653                              fDEta = fUnit[count1].GetUnitEta() - fJetEta;
 654                              fDPhi = fUnit[count1].GetUnitPhi() - fJetPhi;
 655                              fRad = TMath::Sqrt( (fDEta*fDEta) + (fDPhi*fDPhi) );
 656                              if(fRad <= fConeRad)
 657                                {
 658                                  FindJetEtaPhi(count1);
 659                                }//end if
 660                            }//end if
 661                        }//end for (Jet Eta, Phi LOOP)
 662
 663                       //Find the distance cone centre moved from previous cone centre
 664                       if (fDebug>10) Info("FindJets","Checking if cone move small enough");
 665                       fDistP = TMath::Sqrt( ((fJetEta-fEtaB)*(fJetEta-fEtaB)) + ((fJetPhi-fPhiB)*(fJetPhi-fPhiB)) );
 666                       //     if(fDistP <= fMinMove) break;
 667
 668
 669                       //Find the distance cone centre is from initiator cell
 670                       if (fDebug>10) Info("FindJets","Checking if cone move too large");
 671                       fDistI = TMath::Sqrt( ((fJetEtaSum/fJetESum)*(fJetEtaSum/fJetESum)) + ((fJetPhiSum/fJetESum)*
 672                                                                                                     (fJetPhiSum/fJetESum)));
 673
 674                       if(fDistP>fMinMove && fDistI<fMaxMove)
 675                         {
 676                           fEtaB = fJetEta;
 677                           fPhiB = fJetPhi;
 678                         }//end if
 679
 680                    }while(fDistP>fMinMove && fDistI<fMaxMove);
 681
 682                  fJetEta = fEtaB;
 683                  fJetPhi = fPhiB;
 684
 685
 686        //Step 7. Find the Jet Energy
 687                  if (fDebug>1) Info("FindJets","Looking for Jet energy");
 688                  fJetESum = 0.0;
 689                  fJetEtaSum = 0.0;
 690                  fJetPhiSum = 0.0;
 691                  fNumInCone = 0;
 692                  FindJetEnergy();
 693
 694                  //cout<<"Number of cells in jet cone is: "<<fNumInCone<<endl;
 695
 696        //Step 8. Check if the jet is a valid jet
 697                  //Check if cluster energy is above Min allowed to be a jet
 698 //DID NOT DO THE COSH COMPARISON HERE -> NEED TO CHECK WHICH COMPARISON IS BEST!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!
 699                  if (fDebug>5) Info("FindJets","Checking cluster is valid jet");
 700                  if(fJetESum < fJetEMin)
 701                    {
 702                      for(Int_t count2=0; count2<fNumUnits; count2++)
 703                        {
 704                          if(fUnit[count2].GetUnitFlag()==kInCurrentJet || fUnit[count2].GetUnitFlag()==kOutJet)
 705                            fUnit[count2].SetUnitFlag(kOutJet);
 706                        }//end for
 707                    if (fDebug>10) Info("FindJets","NOT a valid jet cell");
 708                   }else
 709                     {
 710                      for(Int_t count2=0; count2<fNumUnits; count2++)
 711                        {
 712                          if(fUnit[count2].GetUnitFlag()==kInCurrentJet)
 713                            {
 714                              //      cout<<"Setting unit #"<<count2 <<" to be officially in a jet!"<<endl;
 715                            fUnit[count2].SetUnitFlag(kInJet);
 716                            }
 717                        }//end for
 718
 719  //NEED TO CHECK FINAL WEIRD ITERATION OF ETA AND PHI CHANGES!!!!!!!!!
 720                      //  fJetPhi += fJetPhiSum/fJetESum;        //CHECK!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!
 721                      //  fJetEta += fJetEtaSum/fJetESum;        //CHECK!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!
 722
 723                      fNumJets++;              //Incrementing number of jets found
 724                      StoreJetInfo();          //Storing jet info
 725
 726                  }//end if (check cluster above Min Jet Energy)
 727                }//end if (Jet Seed condition)
 728            }//end (JET SEED LOOP)
 729
 730 if (fDebug>5) Info("FindJets","End of BIG iteration number %i",fNumIter);
 731 // this->Dump();
 732          fNumIter++;
 733        }//end 10 iteration WHILE LOOP
 734  }
 735
 736
 737
 738
 739
 740
 741
 742
 743
 744
 745