EMCAL/AliEMCALJetFinderAlgoOmni.cxx

   1
   2 //THIS Also includes summing ALL cells in the jetcone towards the jet energy NOT just those above threshold!!!!!
   3
   4
   5 /**************************************************************************
   6  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
   7  *                                                                        *
   8  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
   9  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
  10  *                                                                        *
  11  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
  12  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
  13  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
  14  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
  15  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
  16  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
  17  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
  18  **************************************************************************/
  19
  20 /*
  21
  22 $Log$
  23 Revision 1.8  2004/01/29 23:28:44  mhorner
  24 Jet Finder - hard coded geom parameters removed
  25
  26 Revision 1.7  2004/01/21 22:27:47  mhorner
  27 Cleaning up coding conventions
  28
  29 Revision 1.6  2003/10/28 13:54:30  schutz
  30 Compilation warnings fixed
  31
  32 Revision 1.5  2003/09/23 13:31:41  mhorner
  33 Changed coordinate system
  34
  35 Revision 1.4  2003/09/19 13:16:20  mhorner
  36 Added additional jet energy info
  37
  38
  39 Revision 1.3  2003/09/04 12:49:56  mhorner
  40 Changed hadron correction and added saving EMCAL and track contributions
  41
  42 */
  43
  44
  45 //*--Author: Sarah Blyth (LBL)
  46 //*--Based on UA1 jet algorithm from LUND JETSET called from EMC-erj
  47
  48 #include "TTask.h"
  49 #include "AliEMCALJetFinderInput.h"
  50 #include "AliEMCALJetFinderOutput.h"
  51 #include "AliEMCALJetFinderAlgo.h"
  52 #include "AliEMCALJetFinderAlgoOmni.h"
  53 #include "AliEMCALJetFinderAlgoUA1Unit.h"
  54 #include "AliEMCALGetter.h"
  55 #include "AliEMCALGeometry.h"
  56 #include "AliEMCAL.h"
  57 #include "AliEMCALDigit.h"
  58 #include "TParticle.h"
  59 #include "AliRun.h"
  60 #include "AliEMCALJet.h"
  61 #include "TMath.h"
  62
  63
  64 ClassImp(AliEMCALJetFinderAlgoOmni)
  65
  66   AliEMCALJetFinderAlgoOmni::AliEMCALJetFinderAlgoOmni()
  67 {
  68   //Default constructor
  69 if (fDebug>0) Info("AliEMCALJetFinderAlgoOmni","Beginning Default Constructor");
  70
  71 // AliEMCALGetter * gime = AliEMCALGetter::Instance() ;
  72 //  AliEMCALGeometry * geom = gime->EMCALGeometry();
  73   AliEMCALGeometry * geom = AliEMCALGeometry::GetInstance("EMCAL_55_25","EMCAL");
  74   fNumIter           = 0;
  75   fNumUnits          = geom->GetNTowers();     //Number of towers in EMCAL
  76   fESeed             = 5.0;       //Default value
  77   fConeRad           = 0.3;       //Default value
  78   fJetEMin           = 10.0;      //Default value
  79   fEtMin             = 0.0;      //Default value
  80   fMinMove           = 0.05;      //From original UA1 JetFinder
  81   fMaxMove           = 0.15;      //From original UA1 JetFinder
  82   fBGMaxMove         = 0.035;     //From original UA1 JetFinder
  83   fPtCut             = 0;
  84   fHadCorr           = 0;
  85   fEBGTotal          = 1.0;       //Set to 1 so that no div by zero in first FindJets() loop
  86   fEBGTotalOld       = 0.0;
  87   fEBGAve            = 0.0;
  88   fEnergy            = 0.0;
  89   fJetEta            = 0.0;
  90   fJetPhi            = 0.0;
  91   fEtaInit           = 0.0;
  92   fPhiInit           = 0.0;
  93   fEtaB              = 0.0;
  94   fPhiB              = 0.0;
  95   fJetESum           = 0.0;
  96   fJetEtaSum         = 0.0;
  97   fJetPhiSum         = 0.0;
  98   fDEta              = 0.0;
  99   fDPhi              = 0.0;
 100   fDistP             = 0.0;
 101   fDistI             = 0.0;
 102   fTempE             = 0.0;
 103   fRad               = 2.0;      //Set to 2 to start
 104   fNumInCone         = 0;
 105   fNumJets           = 0;
 106   fArrayInitialised  = 0;        //Set to FALSE to start
 107   fBGType            = kRatio;   //Set Ratio method as default BG subtraction method
 108   fBGPar             = -1.0;      //Set to 1 to start
 109 }
 110
 111  AliEMCALJetFinderAlgoOmni::~AliEMCALJetFinderAlgoOmni()
 112    {
 113      //Destructor
 114      if (fDebug>0) Info("AliEMCALJetFinderAlgoOmni","Beginning Destructor");
 115      delete[] fUnit;
 116      delete[] fUnitNoCuts;
 117    }
 118
 119  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::SetJetFindingParameters
 120                                (Int_t numUnits, Float_t eSeed, Float_t coneRad, Float_t jetEMin, Float_t etMin,
 121                                Float_t minMove, Float_t maxMove, Float_t bgMaxMove)
 122    {
 123      //Sets parameters for the JetFinding algorithm
 124      if (fDebug>1) Info("SetJetFindingParameters","Setting parameters for JetFinding");
 125
 126      SetNumUnits(numUnits);
 127      SetJetESeed(eSeed);
 128      SetConeRad(coneRad);
 129      SetJetEMin(jetEMin);
 130      SetEtMin(etMin);
 131      SetMinMove(minMove);
 132      SetMaxMove(maxMove);
 133      SetBGMaxMove(bgMaxMove);
 134    }
 135
 136  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::SetJetFindingParameters
 137                                (Int_t numUnits, Float_t eSeed, Float_t coneRad, Float_t jetEMin, Float_t etMin)
 138    {
 139      //Sets fewer parameters for the JetFinding algorithm
 140      if (fDebug>1) Info("SetJetFindingParameters","Setting parameters for JetFinding");
 141
 142      SetNumUnits(numUnits);
 143      SetJetESeed(eSeed);
 144      SetConeRad(coneRad);
 145      SetJetEMin(jetEMin);
 146      SetEtMin(etMin);
 147      SetMinMove(fMinMove);
 148      SetMaxMove(fMaxMove);
 149      SetBGMaxMove(fBGMaxMove);
 150    }
 151
 152  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::InitUnitArray()
 153    {
 154      //Initialises unit arrays
 155      if(fArrayInitialised) delete[] fUnit;
 156      fUnit = new AliEMCALJetFinderAlgoUA1Unit[fNumUnits];
 157      fUnitNoCuts = new AliEMCALJetFinderAlgoUA1Unit[fNumUnits];
 158      fArrayInitialised = 1;
 159    }
 160
 161  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::FillUnitArray(AliEMCALJetFinderAlgoUA1FillUnitFlagType_t flag)
 162    {
 163            // Fill the unit array
 164      if (fDebug>1) Info("FillUnitArray","Beginning FillUnitArray");
 165          //    AliEMCAL* pEMCAL = (AliEMCAL*) gAlice->GetModule("EMCAL");
 166          //   if (pEMCAL){
 167          //          AliEMCALGeometry* geom =  AliEMCALGeometry::GetInstance(pEMCAL->GetTitle(), "");
 168          //     }else
 169          //    {
 170
 171      AliEMCALGetter * gime = AliEMCALGetter::Instance() ;
 172      AliEMCALGeometry * geom = gime->EMCALGeometry();
 173
 174         //    }
 175
 176      AliEMCALJetFinderAlgoUA1FillUnitFlagType_t option = flag;
 177      Int_t         numTracks, numDigits;
 178
 179      //Loops over all elements in the AliEMCALJetFinderAlgoUA1Unit array and
 180      //fills the objects with relevant values from the Data Input object
 181      if (fDebug>10) Info("FillUnitArray","Filling array with Unit objects");
 182      if (fDebug>15) Info("FillUnitArray","NTracks %i NDigits %i",fInputPointer->GetNTracks(),fInputPointer->GetNDigits());
 183          numTracks = fInputPointer->GetNTracks();
 184          numDigits = fInputPointer->GetNDigits();
 185          TParticle         *myPart;
 186          AliEMCALDigit     *myDigit;
 187
 188          //Fill units with Track info if appropriate
 189          if(option==kFillTracksOnly || option ==kFillAll)
 190            {
 191             for(Int_t j=0; j<numTracks; j++)
 192             {
 193              myPart = fInputPointer->GetTrack(j);
 194              Float_t eta = myPart->Eta();
 195              Float_t  phi = myPart->Phi();
 196              Int_t towerID = geom->TowerIndexFromEtaPhi(eta,180.0/TMath::Pi()*phi);
 197              Float_t  pT = myPart->Pt();
 198              Float_t unitEnergy = fUnit[towerID-1].GetUnitEnergy();
 199              Float_t unitEnergyNoCuts = fUnitNoCuts[towerID-1].GetUnitEnergy();
 200
 201
 202              //OLD WAY:   //Do Hadron Correction
 203               if(fHadCorr != 0)
 204                {
 205                  Double_t   fullP = myPart->P();
 206                  Double_t   hCEnergy = fHadCorr->GetEnergy(fullP, (Double_t)eta);
 207                  unitEnergy -= hCEnergy*TMath::Sin(myPart->Theta());
 208                  unitEnergyNoCuts -= hCEnergy*TMath::Sin(myPart->Theta());
 209                  fUnit[towerID-1].SetUnitEnergy(unitEnergy);
 210                  fUnitNoCuts[towerID-1].SetUnitEnergy(unitEnergyNoCuts);
 211                } //end Hadron Correction loop
 212
 213
 214              /*
 215               //Do Hadron Correction with propagate phi for the track
 216               if(fHadCorr != 0)
 217                 {
 218                   Bool_t curl = 1;
 219                   Float_t deltaPhi;
 220                   TParticlePDG *pdg = myPart->GetPDG();
 221                   if(pdg->Charge() < 0)
 222                     {
 223                       deltaPhi = PropagatePhi(myPart->Pt(), -1.0, curl);
 224                     }
 225                   else{
 226                     deltaPhi = PropagatePhi(myPart->Pt(), 1.0, curl);
 227                   }
 228                   phi += deltaPhi;
 229                   //Get new tower id for cell that track would curve into
 230                   Int_t towerID2;
 231                   if(phi>(TMath::Pi()/180.0)*geom->GetArm1PhiMax() || phi<(TMath::Pi()/180.0)*geom->GetArm1PhiMin())
 232                     {
 233                       towerID2 = -1;
 234                     }
 235                   else{
 236                       towerID2 = geom->TowerIndexFromEtaPhi(eta,180.0/TMath::Pi()*phi);
 237                     }
 238
 239                   if(towerID2 != -1)
 240                     {
 241                       //Find unit energy of new tower
 242                       Float_t unitEnergy2 = fUnit[towerID2-1].GetUnitEnergy();
 243                       Float_t unitEnergy2NoCuts = fUnitNoCuts[towerID2-1].GetUnitEnergy();
 244                       Double_t   fullP = myPart->P();
 245                       Double_t   hCEnergy = fHadCorr->GetEnergy(fullP, (Double_t)eta);
 246                       unitEnergy2 -= hCEnergy*TMath::Sin(myPart->Theta());
 247                       unitEnergy2NoCuts -= hCEnergy*TMath::Sin(myPart->Theta());
 248                       fUnit[towerID2-1].SetUnitEnergy(unitEnergy2);
 249                       fUnitNoCuts[towerID2-1].SetUnitEnergy(unitEnergy2NoCuts);
 250                     }//end if for towerID2
 251                 }//end Hadron Correction loop
 252              */
 253
 254               fUnitNoCuts[towerID-1].SetUnitEnergy(unitEnergyNoCuts + pT);
 255              //Do Pt cut on tracks
 256              if(fPtCut != 0 && pT < fPtCut) continue;
 257
 258              fUnit[towerID-1].SetUnitEnergy(unitEnergy+pT);
 259
 260              }//end tracks loop
 261            }//end Tracks condition
 262
 263
 264          //Fill units with Digit info if appropriate
 265          if(option ==kFillDigitsOnly || option ==kFillAll)
 266            {
 267             for(Int_t k=0; k<numDigits; k++)
 268             {
 269              myDigit = fInputPointer->GetDigit(k);
 270              if (fDebug>10) Info("FillUnitArray","getting digits %i %i numdigits",k,numDigits );
 271              Int_t towerID = myDigit->GetId();
 272              Int_t amplitude = myDigit->GetAmp();     //Gets the integer valued amplitude of the digit
 273              Float_t amp = (Float_t)amplitude;        //Need to typecast to Float_t before doing real energy conversion
 274              Float_t digitEnergy = amp/10000000.0;    //Factor of 10 million needed to convert!
 275              Float_t unitEnergy = fUnit[towerID-1].GetUnitEnergy() + digitEnergy;
 276              Float_t unitEnergyNoCuts = fUnitNoCuts[towerID-1].GetUnitEnergy() + digitEnergy;
 277              fUnit[towerID-1].SetUnitEnergy(unitEnergy);
 278              fUnitNoCuts[towerID-1].SetUnitEnergy(unitEnergyNoCuts);
 279             }//end digits loop
 280            }//end digits condition
 281
 282          //Set all unit flags, Eta, Phi
 283          for(Int_t i=0; i<fNumUnits; i++)
 284            {
 285              if (fDebug>10) Info("FillUnitArray","Setting all units outside jets");
 286              //Set all units to be outside a jet initially
 287              fUnit[i].SetUnitFlag(kOutJet);
 288              fUnit[i].SetUnitID(i+1);
 289              Float_t eta;
 290              Float_t phi;
 291              geom->EtaPhiFromIndex(fUnit[i].GetUnitID(), eta, phi);
 292              fUnit[i].SetUnitEta(eta);
 293              fUnit[i].SetUnitPhi(phi*TMath::Pi()/180.0);
 294              //Set all units to be outside a jet initially
 295              fUnitNoCuts[i].SetUnitFlag(kOutJet);
 296              fUnitNoCuts[i].SetUnitID(i+1);
 297              eta = 0.0;
 298              phi = 0.0;
 299              geom->EtaPhiFromIndex(fUnitNoCuts[i].GetUnitID(), eta, phi);
 300              fUnitNoCuts[i].SetUnitEta(eta);
 301              fUnitNoCuts[i].SetUnitPhi(phi*TMath::Pi()/180.0);
 302              //      if(i>13000) cout<<"!!!!!!!!!!!!!!!!!For unit0, eta="<<eta<<" and phi="<<phi*TMath::Pi()/180.0<<" and ID="<<fUnit[i].GetUnitID()<<endl;
 303              //  if(fUnit[i].GetUnitEnergy()>0) cout<<"Unit ID "<<fUnit[i].GetUnitID() <<"with eta="<<eta<<" and phi="<<phi*TMath::Pi()/180.0<<" has energy="<<fUnit[i].GetUnitEnergy()<<endl;
 304            }//end loop over all units in array (same as all towers in EMCAL)
 305    }
 306
 307
 308  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::Sort(AliEMCALJetFinderAlgoUA1Unit *unit, Int_t length)
 309  {
 310    //Calls the recursive quicksort method to sort unit objects in decending order of Energy
 311    if (fDebug>1) Info("Sort","Sorting Unit objects");
 312    QS(unit, 0, length-1);
 313  }
 314
 315
 316  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::QS(AliEMCALJetFinderAlgoUA1Unit *unit, Int_t left, Int_t right)
 317  {
 318   //Sorts the AliEMCALJetFinderAlgoUA1Unit objects in decending order of Energy
 319    if (fDebug>111) Info("QS","QuickSorting Unit objects");
 320
 321    Int_t    i;
 322    Int_t    j;
 323    AliEMCALJetFinderAlgoUA1Unit  unitFirst;
 324    AliEMCALJetFinderAlgoUA1Unit  unitSecond;
 325
 326    i = left;
 327    j = right;
 328    unitFirst = unit[(left+right)/2];
 329
 330  do
 331   {
 332     while( (unit[i].GetUnitEnergy() > unitFirst.GetUnitEnergy()) && (i < right)) i++;
 333     while( (unitFirst.GetUnitEnergy() > unit[j].GetUnitEnergy()) && (j > left)) j--;
 334
 335     if(i <= j)
 336       {
 337         unitSecond = unit[i];
 338         unit[i] = unit[j];
 339         unit[j] = unitSecond;
 340         i++;
 341         j--;
 342       }//end if
 343   }while(i <= j);
 344
 345  if(left < j) QS(unit, left, j);
 346  if(i < right) QS(unit, i, right);
 347  }
 348
 349
 350  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::FindBG()
 351  {
 352    if(fBGType == kRatio) RatioBG();
 353    else if(fBGType == kCone) ConeBG();
 354    else if(fBGType == kConstant) ConstantBG();
 355  }
 356
 357  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::RatioBG()
 358    {
 359      //Finds the background energy for the iteration
 360      //using the Ratio method
 361      if (fDebug>1) Info("FindBG","Finding Average Background");
 362      //Store BGEperCell from previous iteration!
 363      fEBGTotalOld = fEBGTotal;
 364      fEBGTotal          = 0.0;
 365      Int_t numCone      = 0;
 366
 367      //If user has not set fBGPar, set it to the default
 368      //for TPC = 90% efficiency, PtCut = 2GeV/c, timecut = 30ns
 369      if(fBGPar == -1) fBGPar = 0.4685;
 370
 371      //Loop over all unit objects in the Unit array and link to same
 372      //unit ID in NoCuts Unit array
 373      for(Int_t i=0; i<fNumUnits; i++)
 374        {
 375          if(fUnit[i].GetUnitFlag() != kInJet)
 376            {
 377              Int_t id = fUnit[i].GetUnitID();
 378              fEBGTotal += fUnitNoCuts[id-1].GetUnitEnergy();
 379            }
 380          else numCone++;
 381        }//end for
 382
 383      fEBGTotal *= fBGPar;
 384      fEBGAve = fEBGTotal / (fNumUnits - numCone);
 385      if (fDebug>5) Info("FindBG","Average BG is %f: ",fEBGAve);
 386
 387      for(Int_t count=0; count<fNumUnits;count++)
 388        {
 389          fUnit[count].SetUnitFlag(kOutJet);
 390        }//end for
 391    }
 392
 393  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::ConeBG()
 394    {
 395      //Finds the background energy for the iteration
 396      //using all energy not contained inside a jet
 397      if (fDebug>1) Info("FindBG","Finding Average Background");
 398      //Store old value of BGEperCell!
 399      fEBGTotalOld = fEBGTotal;
 400      fEBGTotal          = 0.0;
 401      Int_t numCone      = 0;
 402
 403      //Loop over all unit objects in the array and sum the energy of those not in a jet
 404      for(Int_t i=0; i<fNumUnits; i++)
 405        {
 406          if(fUnit[i].GetUnitFlag() != kInJet)
 407            fEBGTotal += fUnit[i].GetUnitEnergy();
 408          else numCone++;
 409        }//end for
 410
 411      fEBGAve = fEBGTotal / (fNumUnits - numCone);
 412      if (fDebug>5) Info("FindBG","Average BG is %f: ",fEBGAve);
 413
 414      for(Int_t count=0; count<fNumUnits;count++)
 415        {
 416          fUnit[count].SetUnitFlag(kOutJet);
 417        }//end for
 418    }
 419
 420  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::ConstantBG()
 421    {
 422      //Finds the background energy for the iteration
 423      //using all energy not contained inside a jet
 424      if (fDebug>1) Info("FindBG","Finding Average Background");
 425
 426      //If user has not set fBGPar, set it to the default
 427      //for TPC = 90% efficiency, PtCut = 2GeV/c, timecut = 30ns
 428      if(fBGPar == -1) fBGPar = 0.03378;
 429
 430      fEBGAve = fBGPar;
 431      if (fDebug>5) Info("FindBG","Average BG is %f: ",fEBGAve);
 432
 433      fEBGTotal          = 0.0;
 434      Int_t numCone      = 0;
 435      for(Int_t count=0; count<fNumUnits;count++)
 436        {
 437          if(fUnit[count].GetUnitFlag() == kInJet)
 438            {
 439              numCone++;
 440            }
 441          fUnit[count].SetUnitFlag(kOutJet);
 442        }//end for
 443      fEBGTotal = fEBGAve * (fNumUnits-numCone);
 444      fEBGTotalOld = fEBGTotal;
 445    }
 446
 447  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::FindJetEtaPhi(Int_t counter)
 448    {
 449      //Finds the eta and phi of the jet axis
 450      if (fDebug>10) Info("FindJetEtaPhi","Finding Jet Eta and Phi");
 451
 452      fDEta = fUnit[counter].GetUnitEta() - fEtaInit;
 453      fDPhi = fUnit[counter].GetUnitPhi() - fPhiInit;
 454
 455      fEnergy = fUnit[counter].GetUnitEnergy() - fEBGAve;
 456      fJetEtaSum += fEnergy * fDEta;
 457      fJetPhiSum += fEnergy * fDPhi;
 458      fJetESum += fEnergy;
 459      fJetEta = fEtaInit + (fJetEtaSum / fJetESum);
 460      fJetPhi = fPhiInit + (fJetPhiSum / fJetESum);
 461    }
 462
 463
 464  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::FindJetEnergy()
 465    {
 466      //Finds the energy of the jet after the final axis has been found
 467      if (fDebug>1) Info("FindJetEnergy","Finding Jet Energy");
 468
 469      for(Int_t i=0; i<fNumUnits; i++)
 470        {
 471          //Loop over all unit objects in the array and find if within cone radius
 472          Float_t dEta = fUnit[i].GetUnitEta() - fJetEta;
 473          Float_t dPhi = fUnit[i].GetUnitPhi() - fJetPhi;
 474          Float_t rad = TMath::Sqrt( (dEta*dEta) + (dPhi*dPhi) );
 475
 476          if(fUnit[i].GetUnitFlag()==kOutJet && rad<= fConeRad)
 477            {
 478              fUnit[i].SetUnitFlag(kInCurrentJet);
 479              Float_t energy = fUnit[i].GetUnitEnergy() - fEBGAve;
 480              fJetESum += energy;
 481              fJetEtaSum += energy * dEta;
 482              fJetPhiSum += energy * dPhi;
 483              fNumInCone++;                     //Increment the number of cells in the jet cone
 484            }//end if
 485        }//end for
 486    }
 487
 488
 489  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::StoreJetInfo()
 490    {
 491      //Stores the resulting jet information in appropriate storage structure (TO BE DECIDED!!!!)
 492      if (fDebug>1) Info("StoreJetInfo","Storing Jet Information");
 493      AliEMCALGetter * gime = AliEMCALGetter::Instance() ;
 494      AliEMCALGeometry * geom = gime->EMCALGeometry();
 495      //Store:
 496      //fJetESum is the final jet energy (background has been subtracted)
 497      //fJetEta is the final jet Eta
 498      //fJetPhi is the final jet Phi
 499      //fNumInCone is the final number of cells included in the jet cone
 500      //fEtaInit is the eta of the initiator cell
 501      //fPhiInit is the phi of the initiator cell
 502      fJet.SetEnergy(fJetESum);
 503      fJet.SetEta(fJetEta);
 504      fJet.SetPhi(fJetPhi);
 505
 506       cout<<"For iteration "<<fNumIter <<" and Jet number " <<fNumJets <<endl;
 507       cout<<"The jet energy is: " <<fJetESum <<endl;
 508       cout<<"The jet eta is ---->" <<fJetEta <<endl;
 509       cout<<"The jet phi is ---->" <<fJetPhi <<endl;
 510
 511      Int_t             numberTracks = fInputPointer->GetNTracks();
 512      Int_t             numberDigits = fInputPointer->GetNDigits();
 513      AliEMCALDigit     *myD;
 514      TParticle         *myP;
 515      Int_t             numTracksInCone = 0;
 516      Float_t           trackEnergy = 0.0;
 517      Float_t           trackEnergyPtCut =0.0;
 518      Float_t           emcalEnergy = 0.0;
 519      Float_t           emcalEnergyBGSub = 0.0;
 520
 521      for(Int_t counter=0; counter<numberTracks; counter++)
 522        {
 523         myP = fInputPointer->GetTrack(counter);
 524         Float_t eta = myP->Eta();
 525         Float_t phi = myP->Phi();
 526         Float_t deta = fJetEta-eta;
 527         Float_t dphi = fJetPhi -phi;
 528         Float_t rad = TMath::Sqrt( (deta*deta) + (dphi*dphi));
 529         if(rad<=fConeRad) numTracksInCone++;
 530        }//end for
 531
 532      Float_t    *pTArray = new Float_t[numTracksInCone];
 533      Float_t    *etaArray = new Float_t[numTracksInCone];
 534      Float_t    *phiArray = new Float_t[numTracksInCone];
 535      Int_t      *pdgArray = new Int_t[numTracksInCone];
 536      Int_t             index = 0;
 537
 538      for(Int_t counter2=0; counter2<numberTracks; counter2++)
 539        {
 540          myP = fInputPointer->GetTrack(counter2);
 541          Float_t eta = myP->Eta();
 542          Float_t phi = myP->Phi();
 543          Float_t deta = fJetEta-eta;
 544          Float_t dphi = fJetPhi -phi;
 545          Float_t rad = TMath::Sqrt( (deta*deta) + (dphi*dphi));
 546          if(rad<=fConeRad)
 547            {
 548              pTArray[index] = myP->Pt();
 549              //Calculate track contribution within jetcone
 550              trackEnergy += myP->Pt();
 551              if(myP->Pt() >= fPtCut) trackEnergyPtCut += myP->Pt();
 552              etaArray[index] = eta;
 553              phiArray[index] = phi;
 554              pdgArray[index] = myP->GetPdgCode();
 555              index++;
 556              if(fHadCorr != 0)
 557              {
 558                      Double_t   fullP = myP->P();
 559                      Double_t   hCEnergy = fHadCorr->GetEnergy(fullP, (Double_t)eta);
 560                      emcalEnergy -= hCEnergy*TMath::Sin(myP->Theta());
 561                      emcalEnergyBGSub -= hCEnergy*TMath::Sin(myP->Theta());
 562              } //end Hadron Correction loop
 563
 564            }//end if
 565        }//end for
 566
 567      //Loop over digits to find EMCal contribution within jetcone
 568      for(Int_t counter3=0; counter3<numberDigits; counter3++)
 569        {
 570          myD = fInputPointer->GetDigit(counter3);
 571          //GET DIGIT ETA, PHI so that can check if inside R!
 572          Float_t eta = 0.0;
 573          Float_t phi = 0.0;
 574          Int_t iID = myD->GetId();
 575          geom->EtaPhiFromIndex(iID, eta, phi);
 576          Float_t deta = fJetEta-eta;
 577          Float_t dphi = fJetPhi -(TMath::Pi()/180.0)*phi;
 578          Float_t rad = TMath::Sqrt( (deta*deta) + (dphi*dphi));
 579          if(rad<=fConeRad)
 580            {
 581          Int_t amplitude = myD->GetAmp();     //Gets the integer valued amplitude of the digit
 582          Float_t amp = (Float_t)amplitude;        //Need to typecast to Float_t before doing real energy conversion
 583          Float_t digitEnergy = amp/10000000.0;    //Factor of 10 million needed to convert!
 584          emcalEnergy += digitEnergy;
 585          emcalEnergyBGSub += (digitEnergy - fEBGAve);
 586            }//end if
 587        }//end count3 for
 588
 589      //Save in JET object
 590      fJet.SetTrackList(numTracksInCone,pTArray, etaArray, phiArray, pdgArray);
 591      fJet.SetEMCALEnergy(emcalEnergy);
 592      fJet.SetEMCALEnergyBGSub(emcalEnergyBGSub);
 593      fJet.SetTrackEnergy(trackEnergy);
 594      fJet.SetTrackEnergyPtCut(trackEnergyPtCut);
 595      fOutputObject.AddJet(&fJet);
 596      delete[] pTArray;
 597      delete[] etaArray;
 598      delete[] phiArray;
 599      delete[] pdgArray;
 600    }
 601
 602
 603  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::FindJets()
 604    {
 605      //Runs the complete UA1 JetFinding algorithm to find jets!
 606      if (fDebug>1) Info("FindJets","Starting Jet Finding!!!");
 607
 608      //If the array of JetFinderUnit objects has not been initialised then initialise with default settings
 609      if(!fArrayInitialised)
 610       {
 611        InitUnitArray();
 612        FillUnitArray(kFillAll);
 613       }//end if
 614      if (fDebug>1) Info("FindJets","Unit array filled");
 615
 616      //Step 1. Sort the array in descending order of Energy
 617      Sort(fUnit,fNumUnits);
 618
 619      //Step 2. Set the number of iterations and Number of jets found to zero to start
 620      fNumIter = 0;
 621      fNumJets = 0;
 622
 623      //Step 3. Begin the iteration loop to find jets
 624      //Need to iterate the algorithm while number of iterations<2 OR number of iterations<10 AND
 625      //the value of the average background has changed more than specified amount
 626      //Min iterations = 2, Max iterations = 10
 627      //while(fNumIter<2 || (fNumIter <10 && ( (fEBGTotal-fEBGTotalOld)/fEBGTotal) > fBGMaxMove) )
 628
 629      while(fNumIter<2 || (fNumIter <10 && ( fEBGTotal-fEBGTotalOld) > fEBGTotal*fBGMaxMove) )
 630        {
 631         if (fDebug>1) Info("FindJets","Starting BIG iteration ---> %i",fNumIter);
 632
 633          //Step 4. Find the value of the average background energy
 634          FindBG();
 635          fOutputObject.Reset(kResetJets); //Reset output object to store info for new iteration
 636          fNumJets=0;
 637
 638          //Loop over the array of unit objects and flag those with energy below MinCellEt
 639          Int_t numbelow = 0;
 640          for(Int_t j=0; j<fNumUnits; j++)
 641            {
 642              if( (fUnit[j].GetUnitEnergy()-fEBGAve) < fEtMin)
 643                 {
 644                   //          fUnit[j].SetUnitFlag(kBelowMinEt);    TAKING OUT kBelow flag
 645                   numbelow++;
 646                 }//end if
 647            }//end for
 648          //cout<<"THERE WERE "<<numbelow<<" units with E <EtMin!!!!!!!!!!!!!!!"<<endl;
 649
 650          //Do quick check if there are no jets upfront
 651          // if(fUnit[0].GetUnitFlag() == kBelowMinEt)
 652          if( (fUnit[0].GetUnitEnergy()-fEBGAve) < fEtMin)
 653            {
 654             cout <<"There are no jets for this event!" <<endl;
 655             break;
 656            }//end if
 657
 658          //Step 5. Begin with the first jet candidate cell (JET SEED LOOP)
 659          if (fDebug>5) Info("FindJets","Beginning JET SEED LOOP");
 660          for(Int_t count=0; count<fNumUnits; count++)
 661            {
 662
 663 //CHECK CONDITION HERE _ NOT SURE IF SHOULD MAYBE BE: GetUnitEnergy()-fEBGAve >fESeed?????????????????????????????
 664              if(fUnit[count].GetUnitEnergy()>=fESeed && fUnit[count].GetUnitFlag()==kOutJet)
 665                {
 666                  fEnergy = fUnit[count].GetUnitEnergy() - fEBGAve;
 667                  fJetEta = fUnit[count].GetUnitEta();
 668                  fJetPhi = fUnit[count].GetUnitPhi();
 669                  Int_t seedID = fUnit[count].GetUnitID();
 670                  if (fDebug>5) Info("FindJets","Inside first candidate jet seed loop for time : %i", count);
 671                  if (fDebug>5) Info("FindJets","Found candidate energy %f ",fEnergy);
 672                  if (fDebug>5) Info("FindJets","Found candidate eta %f ", fJetEta);
 673                  if (fDebug>5) Info("FindJets","Found candidate phi %f ", fJetPhi);
 674                  if (fDebug>5) Info("FindJets","Found candidate ID %i", seedID);
 675
 676                  fEtaInit = fJetEta;
 677                  fPhiInit = fJetPhi;
 678                  fEtaB = fJetEta;
 679                  fPhiB = fJetPhi;
 680                  fJetESum = 0.0;
 681                  fJetEtaSum = 0.0;
 682                  fJetPhiSum = 0.0;
 683
 684          //Step 6. Find Jet Eta and Phi
 685                  //Loop over all units in the array to find the ones in the jet cone and determine contrib to Jet eta, phi
 686                  do
 687                    {
 688                      for(Int_t count1=0; count1<fNumUnits; count1++)
 689                        {
 690                          if(fUnit[count1].GetUnitID() == seedID) continue;   //skip unit if the jetseed to avoid doublecounting
 691                          if(fUnit[count1].GetUnitFlag() == kOutJet)
 692                            {
 693                              fDEta = fUnit[count1].GetUnitEta() - fJetEta;
 694                              fDPhi = fUnit[count1].GetUnitPhi() - fJetPhi;
 695                              fRad = TMath::Sqrt( (fDEta*fDEta) + (fDPhi*fDPhi) );
 696                              if(fRad <= fConeRad)
 697                                {
 698                                  FindJetEtaPhi(count1);
 699                                }//end if
 700                            }//end if
 701                        }//end for (Jet Eta, Phi LOOP)
 702
 703                       //Find the distance cone centre moved from previous cone centre
 704                       if (fDebug>10) Info("FindJets","Checking if cone move small enough");
 705                       fDistP = TMath::Sqrt( ((fJetEta-fEtaB)*(fJetEta-fEtaB)) + ((fJetPhi-fPhiB)*(fJetPhi-fPhiB)) );
 706                       //     if(fDistP <= fMinMove) break;
 707
 708
 709                       //Find the distance cone centre is from initiator cell
 710                       if (fDebug>10) Info("FindJets","Checking if cone move too large");
 711                       fDistI = TMath::Sqrt( ((fJetEtaSum/fJetESum)*(fJetEtaSum/fJetESum)) + ((fJetPhiSum/fJetESum)*
 712                                                                                                     (fJetPhiSum/fJetESum)));
 713
 714                       if(fDistP>fMinMove && fDistI<fMaxMove)
 715                         {
 716                           fEtaB = fJetEta;
 717                           fPhiB = fJetPhi;
 718                         }//end if
 719
 720                    }while(fDistP>fMinMove && fDistI<fMaxMove);
 721
 722                  fJetEta = fEtaB;
 723                  fJetPhi = fPhiB;
 724
 725
 726        //Step 7. Find the Jet Energy
 727                  if (fDebug>1) Info("FindJets","Looking for Jet energy");
 728                  fJetESum = 0.0;
 729                  fJetEtaSum = 0.0;
 730                  fJetPhiSum = 0.0;
 731                  fNumInCone = 0;
 732                  FindJetEnergy();
 733
 734                  //cout<<"Number of cells in jet cone is: "<<fNumInCone<<endl;
 735
 736        //Step 8. Check if the jet is a valid jet
 737                  //Check if cluster energy is above Min allowed to be a jet
 738 //DID NOT DO THE COSH COMPARISON HERE -> NEED TO CHECK WHICH COMPARISON IS BEST!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!
 739                  if (fDebug>5) Info("FindJets","Checking cluster is valid jet");
 740                  if(fJetESum < fJetEMin)
 741                    {
 742                      for(Int_t count2=0; count2<fNumUnits; count2++)
 743                        {
 744                          if(fUnit[count2].GetUnitFlag()==kInCurrentJet || fUnit[count2].GetUnitFlag()==kOutJet)
 745                            fUnit[count2].SetUnitFlag(kOutJet);
 746                        }//end for
 747                    if (fDebug>10) Info("FindJets","NOT a valid jet cell");
 748                   }else
 749                     {
 750                      for(Int_t count2=0; count2<fNumUnits; count2++)
 751                        {
 752                          if(fUnit[count2].GetUnitFlag()==kInCurrentJet)
 753                            {
 754                              //      cout<<"Setting unit #"<<count2 <<" to be officially in a jet!"<<endl;
 755                            fUnit[count2].SetUnitFlag(kInJet);
 756                            }
 757                        }//end for
 758
 759  //NEED TO CHECK FINAL WEIRD ITERATION OF ETA AND PHI CHANGES!!!!!!!!!
 760                      //  fJetPhi += fJetPhiSum/fJetESum;        //CHECK!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!
 761                      //  fJetEta += fJetEtaSum/fJetESum;        //CHECK!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!
 762
 763                      fNumJets++;              //Incrementing number of jets found
 764                      StoreJetInfo();          //Storing jet info
 765
 766                  }//end if (check cluster above Min Jet Energy)
 767                }//end if (Jet Seed condition)
 768            }//end (JET SEED LOOP)
 769
 770 if (fDebug>5) Info("FindJets","End of BIG iteration number %i",fNumIter);
 771 // this->Dump();
 772          fNumIter++;
 773        }//end 10 iteration WHILE LOOP
 774  }
 775
 776
 777
 778
 779
 780
 781
 782
 783
 784
 785