EMCAL/AliEMCALJetFinderAlgoOmni.cxx

   1
   2 //THIS Also includes summing ALL cells in the jetcone towards the jet energy NOT just those above threshold!!!!!
   3
   4
   5 /**************************************************************************
   6  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
   7  *                                                                        *
   8  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
   9  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
  10  *                                                                        *
  11  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
  12  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
  13  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
  14  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
  15  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
  16  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
  17  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
  18  **************************************************************************/
  19
  20 /*
  21
  22 $Log$
  23 Revision 1.13  2004/03/26 01:00:38  mhorner
  24 Implementing Marco's optimisations
  25
  26 Revision 1.12  2004/03/15 19:59:37  mhorner
  27 Pyhtia comparison extended
  28
  29 Revision 1.11  2004/03/09 17:06:38  mhorner
  30 Made more robust
  31
  32 Revision 1.10  2004/03/06 01:56:09  mhorner
  33 Pythai comp code
  34
  35 Revision 1.9  2004/02/23 20:37:32  mhorner
  36 changed geometry call
  37
  38 Revision 1.8  2004/01/29 23:28:44  mhorner
  39 Jet Finder - hard coded geom parameters removed
  40
  41 Revision 1.7  2004/01/21 22:27:47  mhorner
  42 Cleaning up coding conventions
  43
  44 Revision 1.6  2003/10/28 13:54:30  schutz
  45 Compilation warnings fixed
  46
  47 Revision 1.5  2003/09/23 13:31:41  mhorner
  48 Changed coordinate system
  49
  50 Revision 1.4  2003/09/19 13:16:20  mhorner
  51 Added additional jet energy info
  52
  53
  54 Revision 1.3  2003/09/04 12:49:56  mhorner
  55 Changed hadron correction and added saving EMCAL and track contributions
  56
  57 */
  58
  59
  60 //*--Author: Sarah Blyth (LBL)
  61 //*--Based on UA1 jet algorithm from LUND JETSET called from EMC-erj
  62
  63 #include "TTask.h"
  64 #include "AliEMCALJetFinderInput.h"
  65 #include "AliEMCALJetFinderOutput.h"
  66 #include "AliEMCALJetFinderAlgo.h"
  67 #include "AliEMCALJetFinderAlgoOmni.h"
  68 #include "AliEMCALJetFinderAlgoUA1Unit.h"
  69 #include "AliEMCALGetter.h"
  70 #include "AliEMCALGeometry.h"
  71 #include "AliEMCAL.h"
  72 #include "AliEMCALDigit.h"
  73 #include "TParticle.h"
  74 #include "AliRun.h"
  75 #include "AliEMCALJet.h"
  76 #include "TMath.h"
  77
  78
  79 ClassImp(AliEMCALJetFinderAlgoOmni)
  80
  81   AliEMCALJetFinderAlgoOmni::AliEMCALJetFinderAlgoOmni()
  82 {
  83   //Default constructor
  84 if (fDebug>0) Info("AliEMCALJetFinderAlgoOmni","Beginning Default Constructor");
  85
  86 // AliEMCALGetter * gime = AliEMCALGetter::Instance() ;
  87 //  AliEMCALGeometry * geom = gime->EMCALGeometry();
  88   AliEMCALGeometry * geom = AliEMCALGeometry::GetInstance("EMCAL_55_25","EMCAL");
  89   fNumIter           = 0;
  90   fNumUnits          = geom->GetNTowers();     //Number of towers in EMCAL
  91   fESeed             = 5.0;       //Default value
  92   fConeRad           = 0.3;       //Default value
  93   fJetEMin           = 10.0;      //Default value
  94   fEtMin             = 0.0;      //Default value
  95   fMinMove           = 0.05;      //From original UA1 JetFinder
  96   fMaxMove           = 0.15;      //From original UA1 JetFinder
  97   fBGMaxMove         = 0.035;     //From original UA1 JetFinder
  98   fPtCut             = 0;
  99   fHadCorr           = 0;
 100   fEBGTotal          = 1.0;       //Set to 1 so that no div by zero in first FindJets() loop
 101   fEBGTotalOld       = 0.0;
 102   fEBGAve            = 0.0;
 103   fEnergy            = 0.0;
 104   fJetEta            = 0.0;
 105   fJetPhi            = 0.0;
 106   fEtaInit           = 0.0;
 107   fPhiInit           = 0.0;
 108   fEtaB              = 0.0;
 109   fPhiB              = 0.0;
 110   fJetESum           = 0.0;
 111   fJetEtaSum         = 0.0;
 112   fJetPhiSum         = 0.0;
 113   fDEta              = 0.0;
 114   fDPhi              = 0.0;
 115   fDistP             = 0.0;
 116   fDistI             = 0.0;
 117   fTempE             = 0.0;
 118   fRad               = 2.0;      //Set to 2 to start
 119   fNumInCone         = 0;
 120   fNumJets           = 0;
 121   fArrayInitialised  = 0;        //Set to FALSE to start
 122   fBGType            = kRatio;   //Set Ratio method as default BG subtraction method
 123   fBGPar             = -1.0;      //Set to 1 to start
 124 }
 125
 126  AliEMCALJetFinderAlgoOmni::~AliEMCALJetFinderAlgoOmni()
 127    {
 128      //Destructor
 129      if (fDebug>0) Info("AliEMCALJetFinderAlgoOmni","Beginning Destructor");
 130      delete[] fUnit;
 131      delete[] fUnitNoCuts;
 132    }
 133
 134  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::SetJetFindingParameters
 135                                (Int_t numUnits, Float_t eSeed, Float_t coneRad, Float_t jetEMin, Float_t etMin,
 136                                Float_t minMove, Float_t maxMove, Float_t bgMaxMove)
 137    {
 138      //Sets parameters for the JetFinding algorithm
 139      if (fDebug>1) Info("SetJetFindingParameters","Setting parameters for JetFinding");
 140
 141      SetNumUnits(numUnits);
 142      SetJetESeed(eSeed);
 143      SetConeRad(coneRad);
 144      SetJetEMin(jetEMin);
 145      SetEtMin(etMin);
 146      SetMinMove(minMove);
 147      SetMaxMove(maxMove);
 148      SetBGMaxMove(bgMaxMove);
 149    }
 150
 151  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::SetJetFindingParameters
 152                                (Int_t numUnits, Float_t eSeed, Float_t coneRad, Float_t jetEMin, Float_t etMin)
 153    {
 154      //Sets fewer parameters for the JetFinding algorithm
 155      if (fDebug>1) Info("SetJetFindingParameters","Setting parameters for JetFinding");
 156
 157      SetNumUnits(numUnits);
 158      SetJetESeed(eSeed);
 159      SetConeRad(coneRad);
 160      SetJetEMin(jetEMin);
 161      SetEtMin(etMin);
 162      SetMinMove(fMinMove);
 163      SetMaxMove(fMaxMove);
 164      SetBGMaxMove(fBGMaxMove);
 165    }
 166
 167  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::InitUnitArray()
 168    {
 169      //Initialises unit arrays
 170      if(fArrayInitialised) delete [] fUnit;
 171      if(fArrayInitialised) delete [] fUnitNoCuts;
 172      fUnit = new AliEMCALJetFinderAlgoUA1Unit[fNumUnits];
 173      fUnitNoCuts = new AliEMCALJetFinderAlgoUA1Unit[fNumUnits];
 174      fArrayInitialised = 1;
 175    }
 176
 177  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::FillUnitArray(AliEMCALJetFinderAlgoUA1FillUnitFlagType_t flag)
 178    {
 179            // Fill the unit array
 180      if (fDebug>1) Info("FillUnitArray","Beginning FillUnitArray");
 181          //    AliEMCAL* pEMCAL = (AliEMCAL*) gAlice->GetModule("EMCAL");
 182          //   if (pEMCAL){
 183          //          AliEMCALGeometry* geom =  AliEMCALGeometry::GetInstance(pEMCAL->GetTitle(), "");
 184          //     }else
 185          //    {
 186
 187      AliEMCALGetter * gime = AliEMCALGetter::Instance() ;
 188      AliEMCALGeometry * geom;
 189      if (gime)
 190       geom = gime->EMCALGeometry();
 191      else
 192       geom = AliEMCALGeometry::GetInstance("EMCAL_55_25","EMCAL");
 193
 194         //    }
 195
 196      AliEMCALJetFinderAlgoUA1FillUnitFlagType_t option = flag;
 197      Int_t         numTracks, numDigits;
 198
 199      //Loops over all elements in the AliEMCALJetFinderAlgoUA1Unit array and
 200      //fills the objects with relevant values from the Data Input object
 201      if (fDebug>10) Info("FillUnitArray","Filling array with Unit objects");
 202      if (fDebug>15) Info("FillUnitArray","NTracks %i NDigits %i",fInputPointer->GetNTracks(),fInputPointer->GetNDigits());
 203          numTracks = fInputPointer->GetNTracks();
 204          numDigits = fInputPointer->GetNDigits();
 205          TParticle         *myPart;
 206          AliEMCALDigit     *myDigit;
 207      if (!fPythiaComparison)
 208      {
 209          //Fill units with Track info if appropriate
 210          if(option==kFillTracksOnly || option ==kFillAll)
 211            {
 212             for(Int_t j=0; j<numTracks; j++)
 213             {
 214              myPart = fInputPointer->GetTrack(j);
 215              Float_t eta = myPart->Eta();
 216              Float_t  phi = myPart->Phi();
 217              Int_t towerID = geom->TowerIndexFromEtaPhi(eta,180.0/TMath::Pi()*phi);
 218              Float_t  pT = myPart->Pt();
 219              Float_t unitEnergy = fUnit[towerID-1].GetUnitEnergy();
 220              Float_t unitEnergyNoCuts = fUnitNoCuts[towerID-1].GetUnitEnergy();
 221
 222
 223              //OLD WAY:   //Do Hadron Correction
 224               if(fHadCorr != 0)
 225                {
 226                  Double_t   fullP = myPart->P();
 227                  Double_t   hCEnergy = fHadCorr->GetEnergy(fullP, (Double_t)eta);
 228                  unitEnergy -= hCEnergy*TMath::Sin(myPart->Theta());
 229                  unitEnergyNoCuts -= hCEnergy*TMath::Sin(myPart->Theta());
 230                  fUnit[towerID-1].SetUnitEnergy(unitEnergy);
 231                  fUnitNoCuts[towerID-1].SetUnitEnergy(unitEnergyNoCuts);
 232                } //end Hadron Correction loop
 233
 234
 235              /*
 236               //Do Hadron Correction with propagate phi for the track
 237               if(fHadCorr != 0)
 238                 {
 239                   Bool_t curl = 1;
 240                   Float_t deltaPhi;
 241                   TParticlePDG *pdg = myPart->GetPDG();
 242                   if(pdg->Charge() < 0)
 243                     {
 244                       deltaPhi = PropagatePhi(myPart->Pt(), -1.0, curl);
 245                     }
 246                   else{
 247                     deltaPhi = PropagatePhi(myPart->Pt(), 1.0, curl);
 248                   }
 249                   phi += deltaPhi;
 250                   //Get new tower id for cell that track would curve into
 251                   Int_t towerID2;
 252                   if(phi>(TMath::Pi()/180.0)*geom->GetArm1PhiMax() || phi<(TMath::Pi()/180.0)*geom->GetArm1PhiMin())
 253                     {
 254                       towerID2 = -1;
 255                     }
 256                   else{
 257                       towerID2 = geom->TowerIndexFromEtaPhi(eta,180.0/TMath::Pi()*phi);
 258                     }
 259
 260                   if(towerID2 != -1)
 261                     {
 262                       //Find unit energy of new tower
 263                       Float_t unitEnergy2 = fUnit[towerID2-1].GetUnitEnergy();
 264                       Float_t unitEnergy2NoCuts = fUnitNoCuts[towerID2-1].GetUnitEnergy();
 265                       Double_t   fullP = myPart->P();
 266                       Double_t   hCEnergy = fHadCorr->GetEnergy(fullP, (Double_t)eta);
 267                       unitEnergy2 -= hCEnergy*TMath::Sin(myPart->Theta());
 268                       unitEnergy2NoCuts -= hCEnergy*TMath::Sin(myPart->Theta());
 269                       fUnit[towerID2-1].SetUnitEnergy(unitEnergy2);
 270                       fUnitNoCuts[towerID2-1].SetUnitEnergy(unitEnergy2NoCuts);
 271                     }//end if for towerID2
 272                 }//end Hadron Correction loop
 273              */
 274
 275               fUnitNoCuts[towerID-1].SetUnitEnergy(unitEnergyNoCuts + pT);
 276              //Do Pt cut on tracks
 277              if(fPtCut != 0 && pT < fPtCut) continue;
 278
 279              fUnit[towerID-1].SetUnitEnergy(unitEnergy+pT);
 280
 281              }//end tracks loop
 282            }//end Tracks condition
 283
 284
 285          //Fill units with Digit info if appropriate
 286          if(option ==kFillDigitsOnly || option ==kFillAll)
 287            {
 288             for(Int_t k=0; k<numDigits; k++)
 289             {
 290              myDigit = fInputPointer->GetDigit(k);
 291              if (fDebug>10) Info("FillUnitArray","getting digits %i %i numdigits",k,numDigits );
 292              Int_t towerID = myDigit->GetId();
 293              Int_t amplitude = myDigit->GetAmp();     //Gets the integer valued amplitude of the digit
 294              Float_t amp = (Float_t)amplitude;        //Need to typecast to Float_t before doing real energy conversion
 295              Float_t digitEnergy = amp/10000000.0;    //Factor of 10 million needed to convert!
 296              Float_t unitEnergy = fUnit[towerID-1].GetUnitEnergy() + digitEnergy;
 297              Float_t unitEnergyNoCuts = fUnitNoCuts[towerID-1].GetUnitEnergy() + digitEnergy;
 298              fUnit[towerID-1].SetUnitEnergy(unitEnergy);
 299              fUnitNoCuts[towerID-1].SetUnitEnergy(unitEnergyNoCuts);
 300             }//end digits loop
 301            }//end digits condition
 302
 303          //Set all unit flags, Eta, Phi
 304          for(Int_t i=0; i<fNumUnits; i++)
 305            {
 306              if (fDebug>10) Info("FillUnitArray","Setting all units outside jets");
 307              //Set all units to be outside a jet initially
 308              fUnit[i].SetUnitFlag(kOutJet);
 309              fUnit[i].SetUnitID(i+1);
 310              Float_t eta;
 311              Float_t phi;
 312              geom->EtaPhiFromIndex(fUnit[i].GetUnitID(), eta, phi);
 313              fUnit[i].SetUnitEta(eta);
 314              fUnit[i].SetUnitPhi(phi*TMath::Pi()/180.0);
 315              //Set all units to be outside a jet initially
 316              fUnitNoCuts[i].SetUnitFlag(kOutJet);
 317              fUnitNoCuts[i].SetUnitID(i+1);
 318              eta = 0.0;
 319              phi = 0.0;
 320              geom->EtaPhiFromIndex(fUnitNoCuts[i].GetUnitID(), eta, phi);
 321              fUnitNoCuts[i].SetUnitEta(eta);
 322              fUnitNoCuts[i].SetUnitPhi(phi*TMath::Pi()/180.0);
 323              //      if(i>13000) cout<<"!!!!!!!!!!!!!!!!!For unit0, eta="<<eta<<" and phi="<<phi*TMath::Pi()/180.0<<" and ID="<<fUnit[i].GetUnitID()<<endl;
 324              //  if(fUnit[i].GetUnitEnergy()>0) cout<<"Unit ID "<<fUnit[i].GetUnitID() <<"with eta="<<eta<<" and phi="<<phi*TMath::Pi()/180.0<<" has energy="<<fUnit[i].GetUnitEnergy()<<endl;
 325            }//end loop over all units in array (same as all towers in EMCAL)
 326
 327      }
 328      if (fPythiaComparison)
 329      {
 330              for(Int_t j=0; j<numTracks; j++)
 331              {
 332                      myPart = fInputPointer->GetTrack(j);
 333                      fUnit[j].SetUnitID(j);
 334                      fUnit[j].SetUnitFlag(kOutJet);
 335                      fUnit[j].SetUnitEta(myPart->Eta());
 336                      fUnit[j].SetUnitPhi(myPart->Phi());
 337                      if (myPart->Energy()*TMath::Sin(myPart->Theta()) > fPtCut)
 338                      {
 339                              fUnit[j].SetUnitEnergy(myPart->Energy()*TMath::Sin(myPart->Theta()));
 340                      }else
 341                      {
 342                              fUnit[j].SetUnitEnergy(0.00);
 343                      }
 344                      fUnitNoCuts[j].SetUnitID(j);
 345                      fUnitNoCuts[j].SetUnitFlag(kOutJet);
 346                      fUnitNoCuts[j].SetUnitEta(myPart->Eta());
 347                      fUnitNoCuts[j].SetUnitPhi(myPart->Phi());
 348                      fUnitNoCuts[j].SetUnitEnergy(myPart->Energy()*TMath::Sin(myPart->Theta()));
 349              }
 350              for(Int_t k=numTracks; k < fNumUnits; k++)
 351              {
 352                      fUnit[k].SetUnitID(k);
 353                      fUnit[k].SetUnitFlag(kBelowMinEt);
 354                      fUnit[k].SetUnitEta(0.0);
 355                      fUnit[k].SetUnitPhi(0.0);
 356                      fUnit[k].SetUnitEnergy(0.0);
 357                      fUnitNoCuts[k].SetUnitID(k);
 358                      fUnitNoCuts[k].SetUnitFlag(kBelowMinEt);
 359                      fUnitNoCuts[k].SetUnitEta(0.0);
 360                      fUnitNoCuts[k].SetUnitPhi(0.0);
 361                      fUnitNoCuts[k].SetUnitEnergy(0.0);
 362              }
 363      }
 364
 365
 366
 367    }
 368
 369
 370  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::Sort(AliEMCALJetFinderAlgoUA1Unit *unit, Int_t length)
 371  {
 372    //Calls the recursive quicksort method to sort unit objects in decending order of Energy
 373    if (fDebug>1) Info("Sort","Sorting Unit objects");
 374    QS(unit, 0, length-1);
 375  }
 376
 377
 378  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::QS(AliEMCALJetFinderAlgoUA1Unit *unit, Int_t left, Int_t right)
 379  {
 380   //Sorts the AliEMCALJetFinderAlgoUA1Unit objects in decending order of Energy
 381    if (fDebug>111) Info("QS","QuickSorting Unit objects");
 382
 383    Int_t    i;
 384    Int_t    j;
 385    AliEMCALJetFinderAlgoUA1Unit  unitFirst;
 386    AliEMCALJetFinderAlgoUA1Unit  unitSecond;
 387
 388    i = left;
 389    j = right;
 390    unitFirst = unit[(left+right)/2];
 391
 392  do
 393   {
 394     while( (unit[i].GetUnitEnergy() > unitFirst.GetUnitEnergy()) && (i < right)) i++;
 395     while( (unitFirst.GetUnitEnergy() > unit[j].GetUnitEnergy()) && (j > left)) j--;
 396
 397     if(i <= j)
 398       {
 399         unitSecond = unit[i];
 400         unit[i] = unit[j];
 401         unit[j] = unitSecond;
 402         i++;
 403         j--;
 404       }//end if
 405   }while(i <= j);
 406
 407  if(left < j) QS(unit, left, j);
 408  if(i < right) QS(unit, i, right);
 409  }
 410
 411
 412  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::FindBG()
 413  {
 414    if(fBGType == kRatio) RatioBG();
 415    else if(fBGType == kCone) ConeBG();
 416    else if(fBGType == kConstant) ConstantBG();
 417  }
 418
 419  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::RatioBG()
 420    {
 421      //Finds the background energy for the iteration
 422      //using the Ratio method
 423      if (fDebug>1) Info("FindBG","Finding Average Background");
 424      //Store BGEperCell from previous iteration!
 425      fEBGTotalOld = fEBGTotal;
 426      fEBGTotal          = 0.0;
 427      Int_t numCone      = 0;
 428
 429      //If user has not set fBGPar, set it to the default
 430      //for TPC = 90% efficiency, PtCut = 2GeV/c, timecut = 30ns
 431      if(fBGPar == -1) fBGPar = 0.4685;
 432
 433      //Loop over all unit objects in the Unit array and link to same
 434      //unit ID in NoCuts Unit array
 435      for(Int_t i=0; i<fNumUnits; i++)
 436        {
 437          if(fUnit[i].GetUnitFlag() != kInJet)
 438            {
 439              Int_t id = fUnit[i].GetUnitID();
 440              fEBGTotal += fUnitNoCuts[id-1].GetUnitEnergy();
 441            }
 442          else numCone++;
 443        }//end for
 444
 445      fEBGTotal *= fBGPar;
 446      fEBGAve = fEBGTotal / (fNumUnits - numCone);
 447      if (fDebug>5) Info("FindBG","Average BG is %f: ",fEBGAve);
 448
 449      for(Int_t count=0; count<fNumUnits;count++)
 450        {
 451          fUnit[count].SetUnitFlag(kOutJet);
 452        }//end for
 453    }
 454
 455  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::ConeBG()
 456    {
 457      //Finds the background energy for the iteration
 458      //using all energy not contained inside a jet
 459      if (fDebug>1) Info("FindBG","Finding Average Background");
 460      //Store old value of BGEperCell!
 461      fEBGTotalOld = fEBGTotal;
 462      fEBGTotal          = 0.0;
 463      Int_t numCone      = 0;
 464
 465      //Loop over all unit objects in the array and sum the energy of those not in a jet
 466      for(Int_t i=0; i<fNumUnits; i++)
 467        {
 468          if(fUnit[i].GetUnitFlag() != kInJet)
 469            fEBGTotal += fUnit[i].GetUnitEnergy();
 470          else numCone++;
 471        }//end for
 472
 473      fEBGAve = fEBGTotal / (fNumUnits - numCone);
 474      if (fDebug>5) Info("FindBG","Average BG is %f: ",fEBGAve);
 475
 476      for(Int_t count=0; count<fNumUnits;count++)
 477        {
 478          fUnit[count].SetUnitFlag(kOutJet);
 479        }//end for
 480    }
 481
 482  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::ConstantBG()
 483    {
 484      //Finds the background energy for the iteration
 485      //using all energy not contained inside a jet
 486      if (fDebug>1) Info("FindBG","Finding Average Background");
 487
 488      //If user has not set fBGPar, set it to the default
 489      //for TPC = 90% efficiency, PtCut = 2GeV/c, timecut = 30ns
 490      if(fBGPar == -1) fBGPar = 0.03378;
 491
 492      fEBGAve = fBGPar;
 493      if (fDebug>5) Info("FindBG","Average BG is %f: ",fEBGAve);
 494
 495      fEBGTotal          = 0.0;
 496      Int_t numCone      = 0;
 497      for(Int_t count=0; count<fNumUnits;count++)
 498        {
 499          if(fUnit[count].GetUnitFlag() == kInJet)
 500            {
 501              numCone++;
 502            }
 503          fUnit[count].SetUnitFlag(kOutJet);
 504        }//end for
 505      fEBGTotal = fEBGAve * (fNumUnits-numCone);
 506      fEBGTotalOld = fEBGTotal;
 507    }
 508
 509  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::FindJetEtaPhi(Int_t counter)
 510    {
 511      //Finds the eta and phi of the jet axis
 512      if (fDebug>10) Info("FindJetEtaPhi","Finding Jet Eta and Phi");
 513
 514      fDEta = fUnit[counter].GetUnitEta() - fEtaInit;
 515      fDPhi = fUnit[counter].GetUnitPhi() - fPhiInit;
 516
 517      fEnergy = fUnit[counter].GetUnitEnergy() - fEBGAve;
 518      fJetEtaSum += fEnergy * fDEta;
 519      fJetPhiSum += fEnergy * fDPhi;
 520      fJetESum += fEnergy;
 521      if (fJetESum >1.0e-7)
 522      {
 523              fJetEta = fEtaInit + (fJetEtaSum / fJetESum);
 524              fJetPhi = fPhiInit + (fJetPhiSum / fJetESum);
 525      }
 526    }
 527
 528
 529  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::FindJetEnergy()
 530    {
 531      //Finds the energy of the jet after the final axis has been found
 532      if (fDebug>1) Info("FindJetEnergy","Finding Jet Energy");
 533
 534      for(Int_t i=0; i<fNumUnits; i++)
 535        {
 536          //Loop over all unit objects in the array and find if within cone radius
 537          Float_t dEta = fUnit[i].GetUnitEta() - fJetEta;
 538          Float_t dPhi = fUnit[i].GetUnitPhi() - fJetPhi;
 539          Float_t rad;
 540          if ((dEta*dEta) + (dPhi*dPhi)>1.e-7)
 541          {
 542                  rad = TMath::Sqrt( (dEta*dEta) + (dPhi*dPhi) );
 543          }else
 544          {
 545                  rad=0.0;
 546          }
 547
 548          if(fUnit[i].GetUnitFlag()==kOutJet && rad<= fConeRad)
 549            {
 550              fUnit[i].SetUnitFlag(kInCurrentJet);
 551              Float_t energy = fUnit[i].GetUnitEnergy() - fEBGAve;
 552              fJetESum += energy;
 553              fJetEtaSum += energy * dEta;
 554              fJetPhiSum += energy * dPhi;
 555              fNumInCone++;                     //Increment the number of cells in the jet cone
 556            }//end if
 557        }//end for
 558    }
 559
 560
 561  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::StoreJetInfo()
 562    {
 563      //Stores the resulting jet information in appropriate storage structure (TO BE DECIDED!!!!)
 564      if (fDebug>1) Info("StoreJetInfo","Storing Jet Information");
 565      AliEMCALGetter * gime = AliEMCALGetter::Instance() ;
 566      AliEMCALGeometry * geom;
 567      if (gime)
 568       geom = gime->EMCALGeometry();
 569      else
 570       geom = AliEMCALGeometry::GetInstance("EMCAL_55_25","EMCAL");
 571      //Store:
 572      //fJetESum is the final jet energy (background has been subtracted)
 573      //fJetEta is the final jet Eta
 574      //fJetPhi is the final jet Phi
 575      //fNumInCone is the final number of cells included in the jet cone
 576      //fEtaInit is the eta of the initiator cell
 577      //fPhiInit is the phi of the initiator cell
 578
 579      AliEMCALJet jet(fJetESum,fJetPhi,fJetEta);
 580
 581       cout<<"For iteration "<<fNumIter <<" and Jet number " <<fNumJets <<endl;
 582       cout<<"The jet energy is: " <<fJetESum <<endl;
 583       cout<<"The jet eta is ---->" <<fJetEta <<endl;
 584       cout<<"The jet phi is ---->" <<fJetPhi <<endl;
 585
 586      Int_t             numberTracks = fInputPointer->GetNTracks();
 587      Int_t             numberDigits = fInputPointer->GetNDigits();
 588      AliEMCALDigit     *myD;
 589      TParticle         *myP;
 590      Int_t             numTracksInCone = 0;
 591      Float_t           trackEnergy = 0.0;
 592      Float_t           trackEnergyPtCut =0.0;
 593      Float_t           emcalEnergy = 0.0;
 594      Float_t           emcalEnergyBGSub = 0.0;
 595
 596      for(Int_t counter=0; counter<numberTracks; counter++)
 597        {
 598         myP = fInputPointer->GetTrack(counter);
 599         Float_t eta = myP->Eta();
 600         Float_t phi = myP->Phi();
 601         Float_t deta = fJetEta-eta;
 602         Float_t dphi = fJetPhi -phi;
 603         Float_t rad = TMath::Sqrt( (deta*deta) + (dphi*dphi));
 604         if(rad<=fConeRad) numTracksInCone++;
 605        }//end for
 606
 607      Float_t    *pTArray = new Float_t[numTracksInCone];
 608      Float_t    *etaArray = new Float_t[numTracksInCone];
 609      Float_t    *phiArray = new Float_t[numTracksInCone];
 610      Int_t      *pdgArray = new Int_t[numTracksInCone];
 611      Int_t             index = 0;
 612
 613      for(Int_t counter2=0; counter2<numberTracks; counter2++)
 614        {
 615          myP = fInputPointer->GetTrack(counter2);
 616          Float_t eta = myP->Eta();
 617          Float_t phi = myP->Phi();
 618          Float_t deta = fJetEta-eta;
 619          Float_t dphi = fJetPhi -phi;
 620          Float_t rad ;
 621          if ((deta*deta) + (dphi*dphi)>1.e-7)
 622          {
 623                  rad = TMath::Sqrt( (deta*deta) + (dphi*dphi) );
 624          }else
 625          {
 626                  rad=0.0;
 627          }
 628
 629          if(rad<=fConeRad)
 630            {
 631              pTArray[index] = myP->Pt();
 632              //Calculate track contribution within jetcone
 633              trackEnergy += myP->Pt();
 634              if(myP->Pt() >= fPtCut) trackEnergyPtCut += myP->Pt();
 635              etaArray[index] = eta;
 636              phiArray[index] = phi;
 637              pdgArray[index] = myP->GetPdgCode();
 638              index++;
 639              if(fHadCorr != 0)
 640              {
 641                      Double_t   fullP = myP->P();
 642                      Double_t   hCEnergy = fHadCorr->GetEnergy(fullP, (Double_t)eta);
 643                      emcalEnergy -= hCEnergy*TMath::Sin(myP->Theta());
 644                      emcalEnergyBGSub -= hCEnergy*TMath::Sin(myP->Theta());
 645              } //end Hadron Correction loop
 646
 647            }//end if
 648        }//end for
 649
 650      //Loop over digits to find EMCal contribution within jetcone
 651      for(Int_t counter3=0; counter3<numberDigits; counter3++)
 652        {
 653          myD = fInputPointer->GetDigit(counter3);
 654          //GET DIGIT ETA, PHI so that can check if inside R!
 655          Float_t eta = 0.0;
 656          Float_t phi = 0.0;
 657          Int_t iID = myD->GetId();
 658          geom->EtaPhiFromIndex(iID, eta, phi);
 659          Float_t deta = fJetEta-eta;
 660          Float_t dphi = fJetPhi -(TMath::Pi()/180.0)*phi;
 661          //Float_t rad = TMath::Sqrt( (deta*deta) + (dphi*dphi));
 662          Float_t rad ;
 663          if ((deta*deta) + (dphi*dphi)>1.e-7)
 664          {
 665                  rad = TMath::Sqrt( (deta*deta) + (dphi*dphi) );
 666          }else
 667          {
 668                  rad=0.0;
 669          }
 670
 671          if(rad<=fConeRad)
 672            {
 673          Int_t amplitude = myD->GetAmp();     //Gets the integer valued amplitude of the digit
 674          Float_t amp = (Float_t)amplitude;        //Need to typecast to Float_t before doing real energy conversion
 675          Float_t digitEnergy = amp/10000000.0;    //Factor of 10 million needed to convert!
 676          emcalEnergy += digitEnergy;
 677          emcalEnergyBGSub += (digitEnergy - fEBGAve);
 678            }//end if
 679        }//end count3 for
 680
 681      //Save in JET object
 682      jet.SetTrackList(numTracksInCone,pTArray, etaArray, phiArray, pdgArray);
 683      jet.SetEMCALEnergy(emcalEnergy);
 684      jet.SetEMCALEnergyBGSub(emcalEnergyBGSub);
 685      jet.SetTrackEnergy(trackEnergy);
 686      jet.SetTrackEnergyPtCut(trackEnergyPtCut);
 687      fOutputPointer->AddJet(&jet);
 688      delete[] pTArray;
 689      delete[] etaArray;
 690      delete[] phiArray;
 691      delete[] pdgArray;
 692    }
 693
 694
 695  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::FindJets()
 696    {
 697      //Runs the complete UA1 JetFinding algorithm to find jets!
 698      if (fDebug>1) Info("FindJets","Starting Jet Finding!!!");
 699
 700      //If the array of JetFinderUnit objects has not been initialised then initialise with default settings
 701      if(!fArrayInitialised)
 702       {
 703        InitUnitArray();
 704        FillUnitArray(kFillAll);
 705       }//end if
 706      if (fDebug>1) Info("FindJets","Unit array filled");
 707
 708      //Step 1. Sort the array in descending order of Energy
 709      Sort(fUnit,fNumUnits);
 710
 711      //Step 2. Set the number of iterations and Number of jets found to zero to start
 712      fNumIter = 0;
 713      fNumJets = 0;
 714
 715      //Step 3. Begin the iteration loop to find jets
 716      //Need to iterate the algorithm while number of iterations<2 OR number of iterations<10 AND
 717      //the value of the average background has changed more than specified amount
 718      //Min iterations = 2, Max iterations = 10
 719      //while(fNumIter<2 || (fNumIter <10 && ( (fEBGTotal-fEBGTotalOld)/fEBGTotal) > fBGMaxMove) )
 720
 721      while(fNumIter<2 || (fNumIter <10 && ( fEBGTotal-fEBGTotalOld) > fEBGTotal*fBGMaxMove) )
 722        {
 723         if (fDebug>1) Info("FindJets","Starting BIG iteration ---> %i",fNumIter);
 724
 725          //Step 4. Find the value of the average background energy
 726          FindBG();
 727          fOutputPointer->Reset(kResetJets); //Reset output object to store info for new iteration
 728          fNumJets=0;
 729
 730          //Loop over the array of unit objects and flag those with energy below MinCellEt
 731          Int_t numbelow = 0;
 732          for(Int_t j=0; j<fNumUnits; j++)
 733            {
 734              if( (fUnit[j].GetUnitEnergy()-fEBGAve) < fEtMin)
 735                 {
 736                   //          fUnit[j].SetUnitFlag(kBelowMinEt);    TAKING OUT kBelow flag
 737                   numbelow++;
 738                 }//end if
 739            }//end for
 740          //cout<<"THERE WERE "<<numbelow<<" units with E <EtMin!!!!!!!!!!!!!!!"<<endl;
 741
 742          //Do quick check if there are no jets upfront
 743          // if(fUnit[0].GetUnitFlag() == kBelowMinEt)
 744          if( (fUnit[0].GetUnitEnergy()-fEBGAve) < fEtMin)
 745            {
 746             cout <<"There are no jets for this event!" <<endl;
 747             break;
 748            }//end if
 749
 750          //Step 5. Begin with the first jet candidate cell (JET SEED LOOP)
 751          if (fDebug>5) Info("FindJets","Beginning JET SEED LOOP");
 752          for(Int_t count=0; count<fNumUnits; count++)
 753            {
 754
 755 //CHECK CONDITION HERE _ NOT SURE IF SHOULD MAYBE BE: GetUnitEnergy()-fEBGAve >fESeed?????????????????????????????
 756              if(fUnit[count].GetUnitEnergy()>=fESeed && fUnit[count].GetUnitFlag()==kOutJet)
 757                {
 758                  fEnergy = fUnit[count].GetUnitEnergy() - fEBGAve;
 759                  fJetEta = fUnit[count].GetUnitEta();
 760                  fJetPhi = fUnit[count].GetUnitPhi();
 761                  Int_t seedID = fUnit[count].GetUnitID();
 762                  if (fDebug>5) Info("FindJets","Inside first candidate jet seed loop for time : %i", count);
 763                  if (fDebug>5) Info("FindJets","Found candidate energy %f ",fEnergy);
 764                  if (fDebug>5) Info("FindJets","Found candidate eta %f ", fJetEta);
 765                  if (fDebug>5) Info("FindJets","Found candidate phi %f ", fJetPhi);
 766                  if (fDebug>5) Info("FindJets","Found candidate ID %i", seedID);
 767
 768                  fEtaInit = fJetEta;
 769                  fPhiInit = fJetPhi;
 770                  fEtaB = fJetEta;
 771                  fPhiB = fJetPhi;
 772                  Int_t testflag = 1;
 773                  do
 774                    {
 775                  fJetESum = 0.0;
 776                  fJetEtaSum = 0.0;
 777                  fJetPhiSum = 0.0;
 778
 779          //Step 6. Find Jet Eta and Phi
 780                  //Loop over all units in the array to find the ones in the jet cone and determine contrib to Jet eta, phi
 781                      for(Int_t count1=0; count1<fNumUnits; count1++)
 782                        {
 783                          if(fUnit[count1].GetUnitID() == seedID && testflag)
 784                          {
 785                                  testflag=0;
 786                                  continue;   //skip unit if the jetseed to avoid doublecounting
 787                          }
 788                          if(fUnit[count1].GetUnitFlag() == kOutJet)
 789                            {
 790                              fDEta = fUnit[count1].GetUnitEta() - fJetEta;
 791                              fDPhi = fUnit[count1].GetUnitPhi() - fJetPhi;
 792                              if ( (fDEta*fDEta) + (fDPhi*fDPhi) >1.e-7)
 793                              {
 794                                      fRad = TMath::Sqrt( (fDEta*fDEta) + (fDPhi*fDPhi) );
 795                              }else
 796                              {
 797                                      fRad=0.000;
 798                              }
 799                              if(fRad <= fConeRad)
 800                                {
 801                                  FindJetEtaPhi(count1);
 802                                }//end if
 803                            }//end if
 804                        }//end for (Jet Eta, Phi LOOP)
 805
 806                       //Find the distance cone centre moved from previous cone centre
 807                       if (fDebug>10) Info("FindJets","Checking if cone move small enough");
 808                       if (((fJetEta-fEtaB)*(fJetEta-fEtaB)) + ((fJetPhi-fPhiB)*(fJetPhi-fPhiB))  >1.e-7)
 809                       {
 810                               fDistP = TMath::Sqrt( ((fJetEta-fEtaB)*(fJetEta-fEtaB)) + ((fJetPhi-fPhiB)*(fJetPhi-fPhiB)) );
 811                       }else
 812                       {
 813                               fDistP = 0.00;
 814                       }
 815                       //     if(fDistP <= fMinMove) break;
 816
 817
 818                       //Find the distance cone centre is from initiator cell
 819                       if (fDebug>10) Info("FindJets","Checking if cone move too large");
 820                       if ( ((fJetEtaSum)*(fJetEtaSum))+((fJetPhiSum)*(fJetPhiSum)) >1.e-7)
 821                       {
 822                               fDistI = TMath::Sqrt( ((fJetEtaSum/fJetESum)*(fJetEtaSum/fJetESum)) + ((fJetPhiSum/fJetESum)*
 823                                                                                                     (fJetPhiSum/fJetESum)));
 824                       }else
 825                       {
 826                               fDistI = 0.00;
 827                       }
 828
 829                       if(fDistP>fMinMove && fDistI<fMaxMove)
 830                         {
 831                           fEtaB = fJetEta;
 832                           fPhiB = fJetPhi;
 833                         }//end if
 834
 835                    }while(fDistP>fMinMove && fDistI<fMaxMove);
 836
 837                  fJetEta = fEtaB;
 838                  fJetPhi = fPhiB;
 839
 840
 841        //Step 7. Find the Jet Energy
 842                  if (fDebug>1) Info("FindJets","Looking for Jet energy");
 843                  fJetESum = 0.0;
 844                  fJetEtaSum = 0.0;
 845                  fJetPhiSum = 0.0;
 846                  fNumInCone = 0;
 847                  FindJetEnergy();
 848
 849                  //cout<<"Number of cells in jet cone is: "<<fNumInCone<<endl;
 850
 851        //Step 8. Check if the jet is a valid jet
 852                  //Check if cluster energy is above Min allowed to be a jet
 853 //DID NOT DO THE COSH COMPARISON HERE -> NEED TO CHECK WHICH COMPARISON IS BEST!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!
 854                  if (fDebug>5) Info("FindJets","Checking cluster is valid jet");
 855                  if(fJetESum < fJetEMin)
 856                    {
 857                      for(Int_t count2=0; count2<fNumUnits; count2++)
 858                        {
 859                          if(fUnit[count2].GetUnitFlag()==kInCurrentJet || fUnit[count2].GetUnitFlag()==kOutJet)
 860                            fUnit[count2].SetUnitFlag(kOutJet);
 861                        }//end for
 862                    if (fDebug>10) Info("FindJets","NOT a valid jet cell");
 863                   }else
 864                     {
 865                      for(Int_t count2=0; count2<fNumUnits; count2++)
 866                        {
 867                          if(fUnit[count2].GetUnitFlag()==kInCurrentJet)
 868                            {
 869                              //      cout<<"Setting unit #"<<count2 <<" to be officially in a jet!"<<endl;
 870                            fUnit[count2].SetUnitFlag(kInJet);
 871                            }
 872                        }//end for
 873
 874  //NEED TO CHECK FINAL WEIRD ITERATION OF ETA AND PHI CHANGES!!!!!!!!!
 875                      //  fJetPhi += fJetPhiSum/fJetESum;        //CHECK!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!
 876                      //  fJetEta += fJetEtaSum/fJetESum;        //CHECK!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!
 877
 878                      fNumJets++;              //Incrementing number of jets found
 879                      StoreJetInfo();          //Storing jet info
 880
 881                  }//end if (check cluster above Min Jet Energy)
 882                }//end if (Jet Seed condition)
 883            }//end (JET SEED LOOP)
 884
 885 if (fDebug>5) Info("FindJets","End of BIG iteration number %i",fNumIter);
 886 // this->Dump();
 887          fNumIter++;
 888        }//end 10 iteration WHILE LOOP
 889  }
 890
 891
 892
 893
 894
 895
 896
 897
 898
 899
 900