Changed hadron correction and added saving EMCAL and track contributions
[u/mrichter/AliRoot.git] / EMCAL / AliEMCALJetFinderAlgoOmni.cxx
1
2 //THIS Also includes summing ALL cells in the jetcone towards the jet energy NOT just those above threshold!!!!!
3
4
5 /**************************************************************************
6  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
7  *                                                                        *
8  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
9  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
10  *                                                                        *
11  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
12  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
13  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
14  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
15  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
16  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
17  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
18  **************************************************************************/
19
20 /*
21  
22 $Log$
23
24
25
26 */
27
28
29 //*--Author: Sarah Blyth (LBL)
30 //*--Based on UA1 jet algorithm from LUND JETSET called from EMC-erj
31
32 #include "TTask.h"
33 #include "AliEMCALJetFinderInput.h"
34 #include "AliEMCALJetFinderOutput.h"
35 #include "AliEMCALJetFinderAlgo.h"
36 #include "AliEMCALJetFinderAlgoOmni.h"
37 #include "AliEMCALJetFinderAlgoUA1Unit.h"
38 #include "AliEMCALGeometry.h"
39 #include "AliEMCAL.h"
40 #include "AliEMCALDigit.h"
41 #include "TParticle.h"
42 #include "AliRun.h"
43 #include "AliEMCALJet.h"
44 #include "TMath.h"
45
46
47 ClassImp(AliEMCALJetFinderAlgoOmni)
48
49   AliEMCALJetFinderAlgoOmni::AliEMCALJetFinderAlgoOmni()
50 {
51   //Default constructor
52 if (fDebug>0) Info("AliEMCALJetFinderAlgoOmni","Beginning Default Constructor");
53
54   fNumIter           = 0;
55   fNumUnits          = 13824;     //Number of towers in EMCAL
56   fESeed             = 5.0;       //Default value
57   fConeRad           = 0.3;       //Default value
58   fJetEMin           = 10.0;      //Default value
59   fEtMin             = 0.0;      //Default value
60   fMinMove           = 0.05;      //From original UA1 JetFinder
61   fMaxMove           = 0.15;      //From original UA1 JetFinder
62   fBGMaxMove         = 0.035;     //From original UA1 JetFinder
63   fPtCut             = 0;         
64   fHadCorr           = 0;       
65   fEBGTotal          = 1.0;       //Set to 1 so that no div by zero in first FindJets() loop
66   fEBGTotalOld       = 0.0;
67   fEBGAve            = 0.0;
68   fEnergy            = 0.0;
69   fJetEta            = 0.0;
70   fJetPhi            = 0.0;
71   fEtaInit           = 0.0;
72   fPhiInit           = 0.0;
73   fEtaB              = 0.0;
74   fPhiB              = 0.0;
75   fJetESum           = 0.0;
76   fJetEtaSum         = 0.0;
77   fJetPhiSum         = 0.0;
78   fDEta              = 0.0;
79   fDPhi              = 0.0;
80   fDistP             = 0.0;
81   fDistI             = 0.0;
82   fTempE             = 0.0;
83   fRad               = 2.0;      //Set to 2 to start 
84   fNumInCone         = 0;
85   fNumJets           = 0;
86   fArrayInitialised  = 0;        //Set to FALSE to start
87   fBGType            = kRatio;   //Set Ratio method as default BG subtraction method 
88   fBGPar             = -1.0;      //Set to 1 to start
89 }
90
91  AliEMCALJetFinderAlgoOmni::~AliEMCALJetFinderAlgoOmni()
92    {
93      //Destructor
94      if (fDebug>0) Info("AliEMCALJetFinderAlgoOmni","Beginning Destructor");
95      delete[] fUnit;
96      delete[] fUnitNoCuts;
97    }
98
99  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::SetJetFindingParameters
100                                (Int_t numUnits, Float_t eSeed, Float_t coneRad, Float_t jetEMin, Float_t etMin, 
101                                Float_t minMove, Float_t maxMove, Float_t bgMaxMove)
102    {
103      //Sets parameters for the JetFinding algorithm
104      if (fDebug>1) Info("SetJetFindingParameters","Setting parameters for JetFinding");
105
106      SetNumUnits(numUnits);
107      SetJetESeed(eSeed);
108      SetConeRad(coneRad);
109      SetJetEMin(jetEMin);
110      SetEtMin(etMin);
111      SetMinMove(minMove);
112      SetMaxMove(maxMove);
113      SetBGMaxMove(bgMaxMove);
114    }
115
116  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::SetJetFindingParameters
117                                (Int_t numUnits, Float_t eSeed, Float_t coneRad, Float_t jetEMin, Float_t etMin)
118    {
119      //Sets fewer parameters for the JetFinding algorithm
120      if (fDebug>1) Info("SetJetFindingParameters","Setting parameters for JetFinding");
121
122      SetNumUnits(numUnits);
123      SetJetESeed(eSeed);
124      SetConeRad(coneRad);
125      SetJetEMin(jetEMin);
126      SetEtMin(etMin);
127      SetMinMove(fMinMove);
128      SetMaxMove(fMaxMove);
129      SetBGMaxMove(fBGMaxMove);
130    }
131
132  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::InitUnitArray()
133    {
134      //Initialises unit arrays
135      if(fArrayInitialised) delete[] fUnit;
136      fUnit = new AliEMCALJetFinderAlgoUA1Unit[fNumUnits];
137      fUnitNoCuts = new AliEMCALJetFinderAlgoUA1Unit[fNumUnits];
138      fArrayInitialised = 1;
139    }
140
141  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::FillUnitArray(AliEMCALJetFinderAlgoUA1FillUnitFlagType_t flag)
142    {
143      if (fDebug>1) Info("FillUnitArray","Beginning FillUnitArray");
144      AliEMCAL* pEMCAL = (AliEMCAL*) gAlice->GetModule("EMCAL");
145
146          //   if (pEMCAL){ 
147          //          AliEMCALGeometry* geom =  AliEMCALGeometry::GetInstance(pEMCAL->GetTitle(), "");
148          //     }else
149          //    {
150      AliEMCALGeometry* geom =  AliEMCALGeometry::GetInstance("EMCAL_5655_21", "");
151         //    }
152          
153      AliEMCALJetFinderAlgoUA1FillUnitFlagType_t option = flag;
154      Int_t         numTracks, numDigits;
155     
156      //Loops over all elements in the AliEMCALJetFinderAlgoUA1Unit array and 
157      //fills the objects with relevant values from the Data Input object
158      if (fDebug>10) Info("FillUnitArray","Filling array with Unit objects");
159      if (fDebug>15) Info("FillUnitArray","NTracks %i NDigits %i",fInputPointer->GetNTracks(),fInputPointer->GetNDigits());
160          numTracks = fInputPointer->GetNTracks();
161          numDigits = fInputPointer->GetNDigits();
162          TParticle         *myPart;
163          AliEMCALDigit     *myDigit;
164
165          //Fill units with Track info if appropriate
166          if(option==kFillTracksOnly || option ==kFillAll) 
167            {          
168             for(Int_t j=0; j<numTracks; j++)
169             {
170              myPart = fInputPointer->GetTrack(j);
171              Float_t eta = myPart->Eta();
172              Float_t  phi = myPart->Phi();
173              Int_t towerID = geom->TowerIndexFromEtaPhi(eta,180.0/TMath::Pi()*phi);
174              Float_t  pT = myPart->Pt();
175              Float_t unitEnergy = fUnit[towerID-1].GetUnitEnergy(); 
176              Float_t unitEnergyNoCuts = fUnitNoCuts[towerID-1].GetUnitEnergy();
177
178              
179              //OLD WAY:   //Do Hadron Correction
180               if(fHadCorr != 0)
181                {
182                  Double_t   fullP = myPart->P();
183                  Double_t   hCEnergy = fHadCorr->GetEnergy(fullP, (Double_t)eta);
184                  unitEnergy -= hCEnergy*TMath::Sin(myPart->Theta());
185                  unitEnergyNoCuts -= hCEnergy*TMath::Sin(myPart->Theta());
186                  fUnit[towerID-1].SetUnitEnergy(unitEnergy);
187                  fUnitNoCuts[towerID-1].SetUnitEnergy(unitEnergyNoCuts);
188                } //end Hadron Correction loop 
189               
190     
191              /*
192               //Do Hadron Correction with propagate phi for the track
193               if(fHadCorr != 0)
194                 {
195                   Bool_t curl = 1;
196                   Float_t deltaPhi;
197                   TParticlePDG *pdg = myPart->GetPDG();
198                   if(pdg->Charge() < 0)
199                     {
200                       deltaPhi = PropagatePhi(myPart->Pt(), -1.0, curl);
201                     }
202                   else{
203                     deltaPhi = PropagatePhi(myPart->Pt(), 1.0, curl);
204                   }
205                   phi += deltaPhi;
206                   //Get new tower id for cell that track would curve into
207                   Int_t towerID2;
208                   if(phi<(1.0/3.0)*TMath::Pi() || phi>TMath::Pi())
209                     {
210                       towerID2 = -1;
211                     }
212                   else{
213                       towerID2 = geom->TowerIndexFromEtaPhi(eta,180.0/TMath::Pi()*phi);
214                     }
215                   
216                   if(towerID2 != -1)
217                     {
218                       //Find unit energy of new tower
219                       Float_t unitEnergy2 = fUnit[towerID2-1].GetUnitEnergy();
220                       Float_t unitEnergy2NoCuts = fUnitNoCuts[towerID2-1].GetUnitEnergy();
221                       Double_t   fullP = myPart->P();
222                       Double_t   hCEnergy = fHadCorr->GetEnergy(fullP, (Double_t)eta);
223                       unitEnergy2 -= hCEnergy*TMath::Sin(myPart->Theta());
224                       unitEnergy2NoCuts -= hCEnergy*TMath::Sin(myPart->Theta());
225                       fUnit[towerID2-1].SetUnitEnergy(unitEnergy2);
226                       fUnitNoCuts[towerID2-1].SetUnitEnergy(unitEnergy2NoCuts);
227                     }//end if for towerID2
228                 }//end Hadron Correction loop
229              */
230
231               fUnitNoCuts[towerID-1].SetUnitEnergy(unitEnergyNoCuts + pT);
232              //Do Pt cut on tracks
233              if(fPtCut != 0 && pT < fPtCut) continue;
234
235              fUnit[towerID-1].SetUnitEnergy(unitEnergy+pT);
236
237              }//end tracks loop
238            }//end Tracks condition
239
240
241          //Fill units with Digit info if appropriate
242          if(option ==kFillDigitsOnly || option ==kFillAll)
243            {
244             for(Int_t k=0; k<numDigits; k++)
245             {
246              myDigit = fInputPointer->GetDigit(k);
247              if (fDebug>10) Info("FillUnitArray","getting digits %i %i numdigits",k,numDigits );
248              Int_t towerID = myDigit->GetId();
249              Int_t amplitude = myDigit->GetAmp();     //Gets the integer valued amplitude of the digit
250              Float_t amp = (Float_t)amplitude;        //Need to typecast to Float_t before doing real energy conversion
251              Float_t digitEnergy = amp/10000000.0;    //Factor of 10 million needed to convert!
252              Float_t unitEnergy = fUnit[towerID-1].GetUnitEnergy() + digitEnergy;
253              Float_t unitEnergyNoCuts = fUnitNoCuts[towerID-1].GetUnitEnergy() + digitEnergy;
254              fUnit[towerID-1].SetUnitEnergy(unitEnergy);
255              fUnitNoCuts[towerID-1].SetUnitEnergy(unitEnergyNoCuts);
256             }//end digits loop
257            }//end digits condition
258
259          //Set all unit flags, Eta, Phi
260          for(Int_t i=0; i<fNumUnits; i++)
261            {
262              if (fDebug>10) Info("FillUnitArray","Setting all units outside jets");
263              fUnit[i].SetUnitFlag(kOutJet);           //Set all units to be outside a jet initially
264              fUnit[i].SetUnitID(i+1);
265              Float_t eta;
266              Float_t phi;
267              geom->EtaPhiFromIndex(fUnit[i].GetUnitID(), eta, phi);
268              fUnit[i].SetUnitEta(eta);
269              fUnit[i].SetUnitPhi(phi*TMath::Pi()/180.0);
270
271              fUnitNoCuts[i].SetUnitFlag(kOutJet);           //Set all units to be outside a jet initially
272              fUnitNoCuts[i].SetUnitID(i+1);
273              eta = 0.0;
274              phi = 0.0;
275              geom->EtaPhiFromIndex(fUnitNoCuts[i].GetUnitID(), eta, phi);
276              fUnitNoCuts[i].SetUnitEta(eta);
277              fUnitNoCuts[i].SetUnitPhi(phi*TMath::Pi()/180.0);
278              //      if(i>13000) cout<<"!!!!!!!!!!!!!!!!!For unit0, eta="<<eta<<" and phi="<<phi*TMath::Pi()/180.0<<" and ID="<<fUnit[i].GetUnitID()<<endl;
279              //  if(fUnit[i].GetUnitEnergy()>0) cout<<"Unit ID "<<fUnit[i].GetUnitID() <<"with eta="<<eta<<" and phi="<<phi*TMath::Pi()/180.0<<" has energy="<<fUnit[i].GetUnitEnergy()<<endl;
280            }//end loop over all units in array (same as all towers in EMCAL)
281    }
282
283
284  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::Sort(AliEMCALJetFinderAlgoUA1Unit *unit, Int_t length)
285  {
286    //Calls the recursive quicksort method to sort unit objects in decending order of Energy
287    if (fDebug>1) Info("Sort","Sorting Unit objects");
288    QS(unit, 0, length-1);
289  }
290   
291
292  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::QS(AliEMCALJetFinderAlgoUA1Unit *unit, Int_t left, Int_t right)
293  {
294   //Sorts the AliEMCALJetFinderAlgoUA1Unit objects in decending order of Energy
295    if (fDebug>111) Info("QS","QuickSorting Unit objects");   
296
297    Int_t    i;
298    Int_t    j;
299    AliEMCALJetFinderAlgoUA1Unit  unitFirst;
300    AliEMCALJetFinderAlgoUA1Unit  unitSecond;
301
302    i = left;
303    j = right;
304    unitFirst = unit[(left+right)/2];
305
306  do
307   {
308     while( (unit[i].GetUnitEnergy() > unitFirst.GetUnitEnergy()) && (i < right)) i++;
309     while( (unitFirst.GetUnitEnergy() > unit[j].GetUnitEnergy()) && (j > left)) j--;
310
311     if(i <= j)
312       {
313         unitSecond = unit[i];
314         unit[i] = unit[j];
315         unit[j] = unitSecond;
316         i++;
317         j--;
318       }//end if
319   }while(i <= j);
320
321  if(left < j) QS(unit, left, j);
322  if(i < right) QS(unit, i, right);
323  }
324
325
326  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::FindBG()
327  {
328    if(fBGType == kRatio) RatioBG();
329    else if(fBGType == kCone) ConeBG();
330    else if(fBGType == kConstant) ConstantBG();
331  }
332
333  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::RatioBG()
334    {
335      //Finds the background energy for the iteration
336      //using the Ratio method
337      if (fDebug>1) Info("FindBG","Finding Average Background"); 
338      //Store BGEperCell from previous iteration!
339      fEBGTotalOld = fEBGTotal;
340      fEBGTotal          = 0.0;
341      Int_t numCone      = 0;
342
343      //If user has not set fBGPar, set it to the default
344      //for TPC = 90% efficiency, PtCut = 2GeV/c, timecut = 30ns
345      if(fBGPar == -1) fBGPar = 0.4685;
346
347      //Loop over all unit objects in the Unit array and link to same
348      //unit ID in NoCuts Unit array
349      for(Int_t i=0; i<fNumUnits; i++)
350        {
351          if(fUnit[i].GetUnitFlag() != kInJet)
352            {
353              Int_t id = fUnit[i].GetUnitID();
354              fEBGTotal += fUnitNoCuts[id-1].GetUnitEnergy();  
355            }
356          else numCone++;
357        }//end for
358
359      fEBGTotal *= fBGPar;
360      fEBGAve = fEBGTotal / (fNumUnits - numCone);
361      if (fDebug>5) Info("FindBG","Average BG is %f: ",fEBGAve); 
362
363      for(Int_t count=0; count<fNumUnits;count++)
364        {
365          fUnit[count].SetUnitFlag(kOutJet);
366        }//end for
367    }
368
369  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::ConeBG()
370    {
371      //Finds the background energy for the iteration
372      //using all energy not contained inside a jet
373      if (fDebug>1) Info("FindBG","Finding Average Background"); 
374      //Store old value of BGEperCell!
375      fEBGTotalOld = fEBGTotal;
376      fEBGTotal          = 0.0;
377      Int_t numCone      = 0;
378
379      //Loop over all unit objects in the array and sum the energy of those not in a jet
380      for(Int_t i=0; i<fNumUnits; i++)
381        {
382          if(fUnit[i].GetUnitFlag() != kInJet)
383            fEBGTotal += fUnit[i].GetUnitEnergy();
384          else numCone++;
385        }//end for
386
387      fEBGAve = fEBGTotal / (fNumUnits - numCone);
388      if (fDebug>5) Info("FindBG","Average BG is %f: ",fEBGAve);      
389
390      for(Int_t count=0; count<fNumUnits;count++)
391        {
392          fUnit[count].SetUnitFlag(kOutJet);
393        }//end for
394    }
395
396  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::ConstantBG()
397    {     
398      //Finds the background energy for the iteration
399      //using all energy not contained inside a jet
400      if (fDebug>1) Info("FindBG","Finding Average Background"); 
401
402      //If user has not set fBGPar, set it to the default
403      //for TPC = 90% efficiency, PtCut = 2GeV/c, timecut = 30ns
404      if(fBGPar == -1) fBGPar = 0.03378;
405
406      fEBGAve = fBGPar;
407      if (fDebug>5) Info("FindBG","Average BG is %f: ",fEBGAve);      
408
409      fEBGTotal          = 0.0;
410      Int_t numCone      = 0;
411      for(Int_t count=0; count<fNumUnits;count++)
412        {
413          if(fUnit[count].GetUnitFlag() == kInJet)
414            {
415              numCone++;
416            }
417          fUnit[count].SetUnitFlag(kOutJet);
418        }//end for
419      fEBGTotal = fEBGAve * (fNumUnits-numCone);
420      fEBGTotalOld = fEBGTotal;
421    }
422
423  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::FindJetEtaPhi(Int_t counter)
424    {
425      //Finds the eta and phi of the jet axis
426      if (fDebug>10) Info("FindJetEtaPhi","Finding Jet Eta and Phi");
427
428      fDEta = fUnit[counter].GetUnitEta() - fEtaInit;
429      fDPhi = fUnit[counter].GetUnitPhi() - fPhiInit;
430
431      fEnergy = fUnit[counter].GetUnitEnergy() - fEBGAve;
432      fJetEtaSum += fEnergy * fDEta;
433      fJetPhiSum += fEnergy * fDPhi;
434      fJetESum += fEnergy;
435      fJetEta = fEtaInit + (fJetEtaSum / fJetESum);
436      fJetPhi = fPhiInit + (fJetPhiSum / fJetESum);
437    }
438
439
440  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::FindJetEnergy()
441    {
442      //Finds the energy of the jet after the final axis has been found
443      if (fDebug>1) Info("FindJetEnergy","Finding Jet Energy");
444
445      for(Int_t i=0; i<fNumUnits; i++)
446        {
447          //Loop over all unit objects in the array and find if within cone radius
448          Float_t dEta = fUnit[i].GetUnitEta() - fJetEta;
449          Float_t dPhi = fUnit[i].GetUnitPhi() - fJetPhi;
450          Float_t rad = TMath::Sqrt( (dEta*dEta) + (dPhi*dPhi) );
451
452          if(fUnit[i].GetUnitFlag()==kOutJet && rad<= fConeRad)
453            {
454              fUnit[i].SetUnitFlag(kInCurrentJet);
455              Float_t energy = fUnit[i].GetUnitEnergy() - fEBGAve;
456              fJetESum += energy;                             
457              fJetEtaSum += energy * dEta;
458              fJetPhiSum += energy * dPhi;
459              fNumInCone++;                     //Increment the number of cells in the jet cone
460            }//end if
461        }//end for
462    }
463
464
465  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::StoreJetInfo()
466    {
467      //Stores the resulting jet information in appropriate storage structure (TO BE DECIDED!!!!)
468      if (fDebug>1) Info("StoreJetInfo","Storing Jet Information");
469      AliEMCALGeometry* geom =  AliEMCALGeometry::GetInstance("EMCAL_5655_21", "");
470      //Store:
471      //fJetESum is the final jet energy (background has been subtracted)
472      //fJetEta is the final jet Eta
473      //fJetPhi is the final jet Phi
474      //fNumInCone is the final number of cells included in the jet cone
475      //fEtaInit is the eta of the initiator cell
476      //fPhiInit is the phi of the initiator cell
477      fJet.SetEnergy(fJetESum);
478      fJet.SetEta(fJetEta);
479      fJet.SetPhi(fJetPhi);
480
481       cout<<"For iteration "<<fNumIter <<" and Jet number " <<fNumJets <<endl;
482       cout<<"The jet energy is: " <<fJetESum <<endl;
483       cout<<"The jet eta is ---->" <<fJetEta <<endl;
484       cout<<"The jet phi is ---->" <<fJetPhi <<endl;
485
486      Int_t             numberTracks = fInputPointer->GetNTracks();
487      Int_t             numberDigits = fInputPointer->GetNDigits();
488      AliEMCALDigit     *myD;
489      TParticle         *myP;
490      Int_t             numTracksInCone = 0;
491      Float_t           trackEnergy = 0.0;
492      Float_t           emcalEnergy = 0.0;
493
494      for(Int_t counter=0; counter<numberTracks; counter++)
495        {
496         myP = fInputPointer->GetTrack(counter);
497         Float_t eta = myP->Eta();
498         Float_t phi = myP->Phi(); 
499         Float_t deta = fJetEta-eta;
500         Float_t dphi = fJetPhi -phi;
501         Float_t rad = TMath::Sqrt( (deta*deta) + (dphi*dphi));
502         if(rad<=fConeRad) numTracksInCone++;
503        }//end for
504
505      Float_t    *pTArray = new Float_t[numTracksInCone];
506      Float_t    *etaArray = new Float_t[numTracksInCone];
507      Float_t    *phiArray = new Float_t[numTracksInCone];
508      Int_t      *pdgArray = new Int_t[numTracksInCone];
509      Int_t             index = 0;
510
511      for(Int_t counter2=0; counter2<numberTracks; counter2++)
512        {
513          myP = fInputPointer->GetTrack(counter2);
514          Float_t eta = myP->Eta();
515          Float_t phi = myP->Phi(); 
516          Float_t deta = fJetEta-eta;
517          Float_t dphi = fJetPhi -phi;
518          Float_t rad = TMath::Sqrt( (deta*deta) + (dphi*dphi));
519          if(rad<=fConeRad)
520            {
521              pTArray[index] = myP->Pt();
522              //Calculate track contribution within jetcone
523              if(myP->Pt() >= fPtCut) trackEnergy += myP->Pt();
524              etaArray[index] = eta;
525              phiArray[index] = phi;
526              pdgArray[index] = myP->GetPdgCode();
527              index++;
528            }//end if
529        }//end for
530
531      //Loop over digits to find EMCal contribution within jetcone
532      for(Int_t counter3=0; counter3<numberDigits; counter3++)
533        {
534          myD = fInputPointer->GetDigit(counter3);
535          //GET DIGIT ETA, PHI so that can check if inside R!
536          Float_t eta = 0.0;
537          Float_t phi = 0.0;
538          Int_t ID = myD->GetId();
539          geom->EtaPhiFromIndex(ID, eta, phi);
540          Float_t deta = fJetEta-eta;
541          Float_t dphi = fJetPhi -phi;
542          Float_t rad = TMath::Sqrt( (deta*deta) + (dphi*dphi));
543          if(rad<=fConeRad)
544            {
545          Int_t amplitude = myD->GetAmp();     //Gets the integer valued amplitude of the digit
546          Float_t amp = (Float_t)amplitude;        //Need to typecast to Float_t before doing real energy conversion
547          Float_t digitEnergy = amp/10000000.0;    //Factor of 10 million needed to convert!
548          emcalEnergy += digitEnergy;
549            }//end if
550        }//end count3 for
551
552      fJet.SetTrackList(numTracksInCone,pTArray, etaArray, phiArray, pdgArray);
553      fJet.SetEMCALEnergy(emcalEnergy);
554      fJet.SetTrackEnergy(trackEnergy);
555      fOutputObject.AddJet(&fJet);
556      delete[] pTArray;
557      delete[] etaArray;
558      delete[] phiArray;
559      delete[] pdgArray;
560    }
561
562
563  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::FindJets()
564    {
565      //Runs the complete UA1 JetFinding algorithm to find jets!
566      if (fDebug>1) Info("FindJets","Starting Jet Finding!!!");
567
568      //If the array of JetFinderUnit objects has not been initialised then initialise with default settings
569      if(!fArrayInitialised) 
570       {
571        InitUnitArray();
572        FillUnitArray(kFillAll);
573       }//end if
574      if (fDebug>1) Info("FindJets","Unit array filled");
575
576      //Step 1. Sort the array in descending order of Energy
577      Sort(fUnit,fNumUnits);
578
579      //Step 2. Set the number of iterations and Number of jets found to zero to start
580      fNumIter = 0;
581      fNumJets = 0;
582
583      //Step 3. Begin the iteration loop to find jets
584      //Need to iterate the algorithm while number of iterations<2 OR number of iterations<10 AND 
585      //the value of the average background has changed more than specified amount
586      //Min iterations = 2, Max iterations = 10
587      //while(fNumIter<2 || (fNumIter <10 && ( (fEBGTotal-fEBGTotalOld)/fEBGTotal) > fBGMaxMove) )
588
589      while(fNumIter<2 || (fNumIter <10 && ( fEBGTotal-fEBGTotalOld) > fEBGTotal*fBGMaxMove) )
590        {
591         if (fDebug>1) Info("FindJets","Starting BIG iteration ---> %i",fNumIter);
592
593          //Step 4. Find the value of the average background energy
594          FindBG();
595          fOutputObject.Reset(kResetJets); //Reset output object to store info for new iteration
596          fNumJets=0;
597
598          //Loop over the array of unit objects and flag those with energy below MinCellEt
599          Int_t numbelow = 0;
600          for(Int_t j=0; j<fNumUnits; j++)
601            {
602              if( (fUnit[j].GetUnitEnergy()-fEBGAve) < fEtMin)
603                 {       
604                   //          fUnit[j].SetUnitFlag(kBelowMinEt);    TAKING OUT kBelow flag
605                   numbelow++;
606                 }//end if
607            }//end for
608          //cout<<"THERE WERE "<<numbelow<<" units with E <EtMin!!!!!!!!!!!!!!!"<<endl;
609
610          //Do quick check if there are no jets upfront
611          // if(fUnit[0].GetUnitFlag() == kBelowMinEt)
612          if( (fUnit[0].GetUnitEnergy()-fEBGAve) < fEtMin)
613            {
614             cout <<"There are no jets for this event!" <<endl;
615             break;
616            }//end if
617
618          //Step 5. Begin with the first jet candidate cell (JET SEED LOOP)
619          if (fDebug>5) Info("FindJets","Beginning JET SEED LOOP");
620          for(Int_t count=0; count<fNumUnits; count++)
621            {
622
623 //CHECK CONDITION HERE _ NOT SURE IF SHOULD MAYBE BE: GetUnitEnergy()-fEBGAve >fESeed?????????????????????????????
624              if(fUnit[count].GetUnitEnergy()>=fESeed && fUnit[count].GetUnitFlag()==kOutJet)
625                {
626                  fEnergy = fUnit[count].GetUnitEnergy() - fEBGAve;
627                  fJetEta = fUnit[count].GetUnitEta();
628                  fJetPhi = fUnit[count].GetUnitPhi();
629                  Int_t seedID = fUnit[count].GetUnitID();
630                  if (fDebug>5) Info("FindJets","Inside first candidate jet seed loop for time : %i", count);
631                  if (fDebug>5) Info("FindJets","Found candidate energy %f ",fEnergy);
632                  if (fDebug>5) Info("FindJets","Found candidate eta %f ", fJetEta);
633                  if (fDebug>5) Info("FindJets","Found candidate phi %f ", fJetPhi);
634                  if (fDebug>5) Info("FindJets","Found candidate ID %i", seedID);
635
636                  fEtaInit = fJetEta;
637                  fPhiInit = fJetPhi;
638                  fEtaB = fJetEta;
639                  fPhiB = fJetPhi;
640                  fJetESum = 0.0;
641                  fJetEtaSum = 0.0;
642                  fJetPhiSum = 0.0;
643        
644          //Step 6. Find Jet Eta and Phi
645                  //Loop over all units in the array to find the ones in the jet cone and determine contrib to Jet eta, phi
646                  do
647                    {
648                      for(Int_t count1=0; count1<fNumUnits; count1++)               
649                        {
650                          if(fUnit[count1].GetUnitID() == seedID) continue;   //skip unit if the jetseed to avoid doublecounting
651                          if(fUnit[count1].GetUnitFlag() == kOutJet)
652                            {
653                              fDEta = fUnit[count1].GetUnitEta() - fJetEta;
654                              fDPhi = fUnit[count1].GetUnitPhi() - fJetPhi;
655                              fRad = TMath::Sqrt( (fDEta*fDEta) + (fDPhi*fDPhi) );
656                              if(fRad <= fConeRad)
657                                {
658                                  FindJetEtaPhi(count1); 
659                                }//end if
660                            }//end if
661                        }//end for (Jet Eta, Phi LOOP)
662                              
663                       //Find the distance cone centre moved from previous cone centre
664                       if (fDebug>10) Info("FindJets","Checking if cone move small enough");
665                       fDistP = TMath::Sqrt( ((fJetEta-fEtaB)*(fJetEta-fEtaB)) + ((fJetPhi-fPhiB)*(fJetPhi-fPhiB)) );
666                       //     if(fDistP <= fMinMove) break;
667                              
668
669                       //Find the distance cone centre is from initiator cell
670                       if (fDebug>10) Info("FindJets","Checking if cone move too large");
671                       fDistI = TMath::Sqrt( ((fJetEtaSum/fJetESum)*(fJetEtaSum/fJetESum)) + ((fJetPhiSum/fJetESum)*
672                                                                                                     (fJetPhiSum/fJetESum)));
673
674                       if(fDistP>fMinMove && fDistI<fMaxMove)
675                         {
676                           fEtaB = fJetEta;
677                           fPhiB = fJetPhi;
678                         }//end if
679                  
680                    }while(fDistP>fMinMove && fDistI<fMaxMove);
681                           
682                  fJetEta = fEtaB;
683                  fJetPhi = fPhiB;
684
685
686        //Step 7. Find the Jet Energy
687                  if (fDebug>1) Info("FindJets","Looking for Jet energy");
688                  fJetESum = 0.0;
689                  fJetEtaSum = 0.0;
690                  fJetPhiSum = 0.0;
691                  fNumInCone = 0;
692                  FindJetEnergy();
693
694                  //cout<<"Number of cells in jet cone is: "<<fNumInCone<<endl;
695
696        //Step 8. Check if the jet is a valid jet
697                  //Check if cluster energy is above Min allowed to be a jet
698 //DID NOT DO THE COSH COMPARISON HERE -> NEED TO CHECK WHICH COMPARISON IS BEST!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!
699                  if (fDebug>5) Info("FindJets","Checking cluster is valid jet");
700                  if(fJetESum < fJetEMin)
701                    {
702                      for(Int_t count2=0; count2<fNumUnits; count2++)
703                        {
704                          if(fUnit[count2].GetUnitFlag()==kInCurrentJet || fUnit[count2].GetUnitFlag()==kOutJet)
705                            fUnit[count2].SetUnitFlag(kOutJet);
706                        }//end for
707                    if (fDebug>10) Info("FindJets","NOT a valid jet cell");
708                   }else
709                     {
710                      for(Int_t count2=0; count2<fNumUnits; count2++)
711                        {
712                          if(fUnit[count2].GetUnitFlag()==kInCurrentJet)
713                            {
714                              //      cout<<"Setting unit #"<<count2 <<" to be officially in a jet!"<<endl;
715                            fUnit[count2].SetUnitFlag(kInJet);
716                            }
717                        }//end for                       
718
719  //NEED TO CHECK FINAL WEIRD ITERATION OF ETA AND PHI CHANGES!!!!!!!!!
720                      //  fJetPhi += fJetPhiSum/fJetESum;        //CHECK!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!
721                      //  fJetEta += fJetEtaSum/fJetESum;        //CHECK!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!
722
723                      fNumJets++;              //Incrementing number of jets found
724                      StoreJetInfo();          //Storing jet info
725
726                  }//end if (check cluster above Min Jet Energy)
727                }//end if (Jet Seed condition)
728            }//end (JET SEED LOOP)
729
730 if (fDebug>5) Info("FindJets","End of BIG iteration number %i",fNumIter);
731 // this->Dump();
732          fNumIter++;
733        }//end 10 iteration WHILE LOOP
734  }
735
736
737
738
739
740
741
742
743
744
745