EMCAL/AliEMCALJetFinderAlgoOmni.cxx

   1
   2 //THIS Also includes summing ALL cells in the jetcone towards the jet energy NOT just those above threshold!!!!!
   3
   4
   5 /**************************************************************************
   6  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
   7  *                                                                        *
   8  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
   9  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
  10  *                                                                        *
  11  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
  12  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
  13  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
  14  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
  15  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
  16  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
  17  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
  18  **************************************************************************/
  19
  20 /* $Id$ */
  21
  22 //*--Author: Sarah Blyth (LBL)
  23 //*--Based on UA1 jet algorithm from LUND JETSET called from EMC-erj
  24
  25 #include "TTask.h"
  26 #include "AliEMCALJetFinderInput.h"
  27 #include "AliEMCALJetFinderOutput.h"
  28 #include "AliEMCALJetFinderAlgo.h"
  29 #include "AliEMCALJetFinderAlgoOmni.h"
  30 #include "AliEMCALJetFinderAlgoUA1Unit.h"
  31 #include "AliEMCALGeometry.h"
  32 #include "AliEMCAL.h"
  33 #include "AliEMCALGetter.h"
  34 #include "AliEMCALDigit.h"
  35 #include "TParticle.h"
  36 #include "AliRun.h"
  37 #include "AliEMCALJet.h"
  38 #include "TMath.h"
  39
  40
  41 ClassImp(AliEMCALJetFinderAlgoOmni)
  42
  43   AliEMCALJetFinderAlgoOmni::AliEMCALJetFinderAlgoOmni()
  44 {
  45   //Default constructor
  46 if (fDebug>0) Info("AliEMCALJetFinderAlgoOmni","Beginning Default Constructor");
  47
  48   fNumIter           = 0;
  49   fNumUnits          = 13824;     //Number of towers in EMCAL
  50   fESeed             = 5.0;       //Default value
  51   fConeRad           = 0.3;       //Default value
  52   fJetEMin           = 10.0;      //Default value
  53   fEtMin             = 0.28;      //Default value
  54   fMinMove           = 0.05;      //From original UA1 JetFinder
  55   fMaxMove           = 0.15;      //From original UA1 JetFinder
  56   fBGMaxMove         = 0.035;     //From original UA1 JetFinder
  57   fPtCut             = 0;
  58   fHadCorr           = 0;
  59   fEBGTotal          = 1.0;       //Set to 1 so that no div by zero in first FindJets() loop
  60   fEBGTotalOld       = 0.0;
  61   fEBGAve            = 0.0;
  62   fEnergy            = 0.0;
  63   fJetEta            = 0.0;
  64   fJetPhi            = 0.0;
  65   fEtaInit           = 0.0;
  66   fPhiInit           = 0.0;
  67   fEtaB              = 0.0;
  68   fPhiB              = 0.0;
  69   fJetESum           = 0.0;
  70   fJetEtaSum         = 0.0;
  71   fJetPhiSum         = 0.0;
  72   fDEta              = 0.0;
  73   fDPhi              = 0.0;
  74   fDistP             = 0.0;
  75   fDistI             = 0.0;
  76   fTempE             = 0.0;
  77   fRad               = 2.0;      //Set to 2 to start
  78   fNumInCone         = 0;
  79   fNumJets           = 0;
  80   fArrayInitialised  = 0;        //Set to FALSE to start
  81   fBGType            = kRatio;   //Set Ratio method as default BG subtraction method
  82   fBGPar             = -1.0;      //Set to 1 to start
  83 }
  84
  85  AliEMCALJetFinderAlgoOmni::~AliEMCALJetFinderAlgoOmni()
  86    {
  87      //Destructor
  88      if (fDebug>0) Info("AliEMCALJetFinderAlgoOmni","Beginning Destructor");
  89      delete[] fUnit;
  90      delete[] fUnitNoCuts;
  91    }
  92
  93  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::SetJetFindingParameters
  94                                (Int_t numUnits, Float_t eSeed, Float_t coneRad, Float_t jetEMin, Float_t etMin,
  95                                Float_t minMove, Float_t maxMove, Float_t bgMaxMove)
  96    {
  97      //Sets parameters for the JetFinding algorithm
  98      if (fDebug>1) Info("SetJetFindingParameters","Setting parameters for JetFinding");
  99
 100      SetNumUnits(numUnits);
 101      SetJetESeed(eSeed);
 102      SetConeRad(coneRad);
 103      SetJetEMin(jetEMin);
 104      SetEtMin(etMin);
 105      SetMinMove(minMove);
 106      SetMaxMove(maxMove);
 107      SetBGMaxMove(bgMaxMove);
 108    }
 109
 110  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::SetJetFindingParameters
 111                                (Int_t numUnits, Float_t eSeed, Float_t coneRad, Float_t jetEMin, Float_t etMin)
 112    {
 113      //Sets fewer parameters for the JetFinding algorithm
 114      if (fDebug>1) Info("SetJetFindingParameters","Setting parameters for JetFinding");
 115
 116      SetNumUnits(numUnits);
 117      SetJetESeed(eSeed);
 118      SetConeRad(coneRad);
 119      SetJetEMin(jetEMin);
 120      SetEtMin(etMin);
 121      SetMinMove(fMinMove);
 122      SetMaxMove(fMaxMove);
 123      SetBGMaxMove(fBGMaxMove);
 124    }
 125
 126  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::InitUnitArray()
 127    {
 128      //Initialises unit arrays
 129      if(fArrayInitialised) delete[] fUnit;
 130      fUnit = new AliEMCALJetFinderAlgoUA1Unit[fNumUnits];
 131      fUnitNoCuts = new AliEMCALJetFinderAlgoUA1Unit[fNumUnits];
 132      fArrayInitialised = 1;
 133    }
 134
 135  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::FillUnitArray(AliEMCALJetFinderAlgoUA1FillUnitFlagType_t flag)
 136    {
 137      if (fDebug>1) Info("FillUnitArray","Beginning FillUnitArray");
 138      //     AliEMCAL* pEMCAL = (AliEMCAL*) gAlice->GetModule("EMCAL");
 139
 140          //   if (pEMCAL){
 141          //          AliEMCALGeometry* geom =  AliEMCALGeometry::GetInstance(pEMCAL->GetTitle(), "");
 142          //     }else
 143          //    {
 144      //AliEMCALGeometry* geom =  AliEMCALGeometry::GetInstance("EMCAL_5655_21", "");
 145      AliEMCALGeometry* geom = AliEMCALGetter::Instance()->EMCALGeometry() ;
 146        //    }
 147
 148      AliEMCALJetFinderAlgoUA1FillUnitFlagType_t option = flag;
 149      Int_t         numTracks, numDigits;
 150
 151      //Loops over all elements in the AliEMCALJetFinderAlgoUA1Unit array and
 152      //fills the objects with relevant values from the Data Input object
 153      if (fDebug>10) Info("FillUnitArray","Filling array with Unit objects");
 154      if (fDebug>15) Info("FillUnitArray","NTracks %i NDigits %i",fInputPointer->GetNTracks(),fInputPointer->GetNDigits());
 155          numTracks = fInputPointer->GetNTracks();
 156          numDigits = fInputPointer->GetNDigits();
 157          TParticle         *myPart;
 158          AliEMCALDigit     *myDigit;
 159
 160          //Fill units with Track info if appropriate
 161          if(option==kFillTracksOnly || option ==kFillAll)
 162            {
 163             for(Int_t j=0; j<numTracks; j++)
 164             {
 165              myPart = fInputPointer->GetTrack(j);
 166              Float_t eta = myPart->Eta();
 167              Float_t  phi = myPart->Phi();
 168              Int_t towerID = geom->TowerIndexFromEtaPhi(eta,180.0/TMath::Pi()*phi);
 169              Float_t  pT = myPart->Pt();
 170              Float_t unitEnergy = fUnit[towerID-1].GetUnitEnergy();
 171              Float_t unitEnergyNoCuts = fUnitNoCuts[towerID-1].GetUnitEnergy();
 172
 173              /*
 174              //OLD WAY:              //Do Hadron Correction
 175               if(fHadCorr != 0)
 176                {
 177                  Double_t   fullP = myPart->P();
 178                  Double_t   hCEnergy = fHadCorr->GetEnergy(fullP, (Double_t)eta);
 179                  unitEnergy -= hCEnergy*TMath::Sin(myPart->Theta());
 180                  fUnit[towerID-1].SetUnitEnergy(unitEnergy);
 181                } //end Hadron Correction loop
 182              */
 183
 184               //Do Hadron Correction with propagate phi for the track
 185               if(fHadCorr != 0)
 186                 {
 187                   Bool_t curl = 1;
 188                   Float_t deltaPhi;
 189                   TParticlePDG *pdg = myPart->GetPDG();
 190                   if(pdg->Charge() < 0)
 191                     {
 192                       deltaPhi = PropagatePhi(myPart->Pt(), -1.0, curl);
 193                     }
 194                   else{
 195                     deltaPhi = PropagatePhi(myPart->Pt(), 1.0, curl);
 196                   }
 197                   phi += deltaPhi;
 198                   //Get new tower id for cell that track would curve into
 199                   Int_t towerID2;
 200                   if(phi<(1.0/3.0)*TMath::Pi() || phi>TMath::Pi())
 201                     {
 202                       towerID2 = -1;
 203                     }
 204                   else{
 205                       towerID2 = geom->TowerIndexFromEtaPhi(eta,180.0/TMath::Pi()*phi);
 206                     }
 207
 208                   if(towerID2 != -1)
 209                     {
 210                       //Find unit energy of new tower
 211                       Float_t unitEnergy2 = fUnit[towerID2-1].GetUnitEnergy();
 212                       Float_t unitEnergy2NoCuts = fUnitNoCuts[towerID2-1].GetUnitEnergy();
 213                       Double_t   fullP = myPart->P();
 214                       Double_t   hCEnergy = fHadCorr->GetEnergy(fullP, (Double_t)eta);
 215                       unitEnergy2 -= hCEnergy*TMath::Sin(myPart->Theta());
 216                       unitEnergy2NoCuts -= hCEnergy*TMath::Sin(myPart->Theta());
 217                       fUnit[towerID2-1].SetUnitEnergy(unitEnergy2);
 218                       fUnitNoCuts[towerID2-1].SetUnitEnergy(unitEnergy2NoCuts);
 219                     }//end if for towerID2
 220                 }//end Hadron Correction loop
 221
 222               fUnitNoCuts[towerID-1].SetUnitEnergy(unitEnergyNoCuts + pT);
 223              //Do Pt cut on tracks
 224              if(fPtCut != 0 && pT < fPtCut) continue;
 225
 226              fUnit[towerID-1].SetUnitEnergy(unitEnergy+pT);
 227
 228              }//end tracks loop
 229            }//end Tracks condition
 230
 231
 232          //Fill units with Digit info if appropriate
 233          if(option ==kFillDigitsOnly || option ==kFillAll)
 234            {
 235             for(Int_t k=0; k<numDigits; k++)
 236             {
 237              myDigit = fInputPointer->GetDigit(k);
 238              if (fDebug>10) Info("FillUnitArray","getting digits %i %i numdigits",k,numDigits );
 239              Int_t towerID = myDigit->GetId();
 240              Int_t amplitude = myDigit->GetAmp();     //Gets the integer valued amplitude of the digit
 241              Float_t amp = (Float_t)amplitude;        //Need to typecast to Float_t before doing real energy conversion
 242              Float_t digitEnergy = amp/10000000.0;    //Factor of 10 million needed to convert!
 243              Float_t unitEnergy = fUnit[towerID-1].GetUnitEnergy() + digitEnergy;
 244              Float_t unitEnergyNoCuts = fUnitNoCuts[towerID-1].GetUnitEnergy() + digitEnergy;
 245              fUnit[towerID-1].SetUnitEnergy(unitEnergy);
 246              fUnitNoCuts[towerID-1].SetUnitEnergy(unitEnergyNoCuts);
 247             }//end digits loop
 248            }//end digits condition
 249
 250          //Set all unit flags, Eta, Phi
 251          for(Int_t i=0; i<fNumUnits; i++)
 252            {
 253              if (fDebug>10) Info("FillUnitArray","Setting all units outside jets");
 254              fUnit[i].SetUnitFlag(kOutJet);           //Set all units to be outside a jet initially
 255              fUnit[i].SetUnitID(i+1);
 256              Float_t eta;
 257              Float_t phi;
 258              geom->EtaPhiFromIndex(fUnit[i].GetUnitID(), eta, phi);
 259              fUnit[i].SetUnitEta(eta);
 260              fUnit[i].SetUnitPhi(phi*TMath::Pi()/180.0);
 261
 262              fUnitNoCuts[i].SetUnitFlag(kOutJet);           //Set all units to be outside a jet initially
 263              fUnitNoCuts[i].SetUnitID(i+1);
 264              eta = 0.0;
 265              phi = 0.0;
 266              geom->EtaPhiFromIndex(fUnitNoCuts[i].GetUnitID(), eta, phi);
 267              fUnitNoCuts[i].SetUnitEta(eta);
 268              fUnitNoCuts[i].SetUnitPhi(phi*TMath::Pi()/180.0);
 269              //      if(i>13000) cout<<"!!!!!!!!!!!!!!!!!For unit0, eta="<<eta<<" and phi="<<phi*TMath::Pi()/180.0<<" and ID="<<fUnit[i].GetUnitID()<<endl;
 270              //  if(fUnit[i].GetUnitEnergy()>0) cout<<"Unit ID "<<fUnit[i].GetUnitID() <<"with eta="<<eta<<" and phi="<<phi*TMath::Pi()/180.0<<" has energy="<<fUnit[i].GetUnitEnergy()<<endl;
 271            }//end loop over all units in array (same as all towers in EMCAL)
 272    }
 273
 274
 275  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::Sort(AliEMCALJetFinderAlgoUA1Unit *unit, Int_t length)
 276  {
 277    //Calls the recursive quicksort method to sort unit objects in decending order of Energy
 278    if (fDebug>1) Info("Sort","Sorting Unit objects");
 279    QS(unit, 0, length-1);
 280  }
 281
 282
 283  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::QS(AliEMCALJetFinderAlgoUA1Unit *unit, Int_t left, Int_t right)
 284  {
 285   //Sorts the AliEMCALJetFinderAlgoUA1Unit objects in decending order of Energy
 286    if (fDebug>111) Info("QS","QuickSorting Unit objects");
 287
 288    Int_t    i;
 289    Int_t    j;
 290    AliEMCALJetFinderAlgoUA1Unit  unitFirst;
 291    AliEMCALJetFinderAlgoUA1Unit  unitSecond;
 292
 293    i = left;
 294    j = right;
 295    unitFirst = unit[(left+right)/2];
 296
 297  do
 298   {
 299     while( (unit[i].GetUnitEnergy() > unitFirst.GetUnitEnergy()) && (i < right)) i++;
 300     while( (unitFirst.GetUnitEnergy() > unit[j].GetUnitEnergy()) && (j > left)) j--;
 301
 302     if(i <= j)
 303       {
 304         unitSecond = unit[i];
 305         unit[i] = unit[j];
 306         unit[j] = unitSecond;
 307         i++;
 308         j--;
 309       }//end if
 310   }while(i <= j);
 311
 312  if(left < j) QS(unit, left, j);
 313  if(i < right) QS(unit, i, right);
 314  }
 315
 316
 317  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::FindBG()
 318  {
 319    if(fBGType == kRatio) RatioBG();
 320    else if(fBGType == kCone) ConeBG();
 321    else if(fBGType == kConstant) ConstantBG();
 322  }
 323
 324  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::RatioBG()
 325    {
 326      //Finds the background energy for the iteration
 327      //using the Ratio method
 328      if (fDebug>1) Info("FindBG","Finding Average Background");
 329      //Store BGEperCell from previous iteration!
 330      fEBGTotalOld = fEBGTotal;
 331      fEBGTotal          = 0.0;
 332      Int_t numCone      = 0;
 333
 334      //If user has not set fBGPar, set it to the default
 335      //for TPC = 90% efficiency, PtCut = 2GeV/c, timecut = 30ns
 336      if(fBGPar == -1) fBGPar = 0.4685;
 337
 338      //Loop over all unit objects in the Unit array and link to same
 339      //unit ID in NoCuts Unit array
 340      for(Int_t i=0; i<fNumUnits; i++)
 341        {
 342          if(fUnit[i].GetUnitFlag() != kInJet)
 343            {
 344              Int_t id = fUnit[i].GetUnitID();
 345              fEBGTotal += fUnitNoCuts[id-1].GetUnitEnergy();
 346            }
 347          else numCone++;
 348        }//end for
 349
 350      fEBGTotal *= fBGPar;
 351      fEBGAve = fEBGTotal / (fNumUnits - numCone);
 352      if (fDebug>5) Info("FindBG","Average BG is %f: ",fEBGAve);
 353
 354      for(Int_t count=0; count<fNumUnits;count++)
 355        {
 356          fUnit[count].SetUnitFlag(kOutJet);
 357        }//end for
 358    }
 359
 360  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::ConeBG()
 361    {
 362      //Finds the background energy for the iteration
 363      //using all energy not contained inside a jet
 364      if (fDebug>1) Info("FindBG","Finding Average Background");
 365      //Store old value of BGEperCell!
 366      fEBGTotalOld = fEBGTotal;
 367      fEBGTotal          = 0.0;
 368      Int_t numCone      = 0;
 369
 370      //Loop over all unit objects in the array and sum the energy of those not in a jet
 371      for(Int_t i=0; i<fNumUnits; i++)
 372        {
 373          if(fUnit[i].GetUnitFlag() != kInJet)
 374            fEBGTotal += fUnit[i].GetUnitEnergy();
 375          else numCone++;
 376        }//end for
 377
 378      fEBGAve = fEBGTotal / (fNumUnits - numCone);
 379      if (fDebug>5) Info("FindBG","Average BG is %f: ",fEBGAve);
 380
 381      for(Int_t count=0; count<fNumUnits;count++)
 382        {
 383          fUnit[count].SetUnitFlag(kOutJet);
 384        }//end for
 385    }
 386
 387  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::ConstantBG()
 388    {
 389      //Finds the background energy for the iteration
 390      //using all energy not contained inside a jet
 391      if (fDebug>1) Info("FindBG","Finding Average Background");
 392
 393      //If user has not set fBGPar, set it to the default
 394      //for TPC = 90% efficiency, PtCut = 2GeV/c, timecut = 30ns
 395      if(fBGPar == -1) fBGPar = 0.03378;
 396
 397      fEBGAve = fBGPar;
 398      if (fDebug>5) Info("FindBG","Average BG is %f: ",fEBGAve);
 399
 400      fEBGTotal          = 0.0;
 401      Int_t numCone      = 0;
 402      for(Int_t count=0; count<fNumUnits;count++)
 403        {
 404          if(fUnit[count].GetUnitFlag() == kInJet)
 405            {
 406              numCone++;
 407            }
 408          fUnit[count].SetUnitFlag(kOutJet);
 409        }//end for
 410      fEBGTotal = fEBGAve * (fNumUnits-numCone);
 411      fEBGTotalOld = fEBGTotal;
 412    }
 413
 414  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::FindJetEtaPhi(Int_t counter)
 415    {
 416      //Finds the eta and phi of the jet axis
 417      if (fDebug>10) Info("FindJetEtaPhi","Finding Jet Eta and Phi");
 418
 419      fDEta = fUnit[counter].GetUnitEta() - fEtaInit;
 420      fDPhi = fUnit[counter].GetUnitPhi() - fPhiInit;
 421
 422      fEnergy = fUnit[counter].GetUnitEnergy() - fEBGAve;
 423      fJetEtaSum += fEnergy * fDEta;
 424      fJetPhiSum += fEnergy * fDPhi;
 425      fJetESum += fEnergy;
 426      fJetEta = fEtaInit + (fJetEtaSum / fJetESum);
 427      fJetPhi = fPhiInit + (fJetPhiSum / fJetESum);
 428    }
 429
 430
 431  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::FindJetEnergy()
 432    {
 433      //Finds the energy of the jet after the final axis has been found
 434      if (fDebug>1) Info("FindJetEnergy","Finding Jet Energy");
 435
 436      for(Int_t i=0; i<fNumUnits; i++)
 437        {
 438          //Loop over all unit objects in the array and find if within cone radius
 439          Float_t dEta = fUnit[i].GetUnitEta() - fJetEta;
 440          Float_t dPhi = fUnit[i].GetUnitPhi() - fJetPhi;
 441          Float_t rad = TMath::Sqrt( (dEta*dEta) + (dPhi*dPhi) );
 442
 443          if(fUnit[i].GetUnitFlag()==kOutJet && rad<= fConeRad)
 444            {
 445              fUnit[i].SetUnitFlag(kInCurrentJet);
 446              Float_t energy = fUnit[i].GetUnitEnergy() - fEBGAve;
 447              fJetESum += energy;
 448              fJetEtaSum += energy * dEta;
 449              fJetPhiSum += energy * dPhi;
 450              fNumInCone++;                     //Increment the number of cells in the jet cone
 451            }//end if
 452        }//end for
 453    }
 454
 455
 456  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::StoreJetInfo()
 457    {
 458      //Stores the resulting jet information in appropriate storage structure (TO BE DECIDED!!!!)
 459      if (fDebug>1) Info("StoreJetInfo","Storing Jet Information");
 460
 461      //Store:
 462      //fJetESum is the final jet energy (background has been subtracted)
 463      //fJetEta is the final jet Eta
 464      //fJetPhi is the final jet Phi
 465      //fNumInCone is the final number of cells included in the jet cone
 466      //fEtaInit is the eta of the initiator cell
 467      //fPhiInit is the phi of the initiator cell
 468      fJet.SetEnergy(fJetESum);
 469      fJet.SetEta(fJetEta);
 470      fJet.SetPhi(fJetPhi);
 471
 472       cout<<"For iteration "<<fNumIter <<" and Jet number " <<fNumJets <<endl;
 473       cout<<"The jet energy is: " <<fJetESum <<endl;
 474       cout<<"The jet eta is ---->" <<fJetEta <<endl;
 475       cout<<"The jet phi is ---->" <<fJetPhi <<endl;
 476
 477      Int_t             numberTracks = fInputPointer->GetNTracks();
 478      TParticle         *myP;
 479      Int_t             numTracksInCone = 0;
 480
 481      for(Int_t counter=0; counter<numberTracks; counter++)
 482        {
 483         myP = fInputPointer->GetTrack(counter);
 484         Float_t eta = myP->Eta();
 485         Float_t phi = myP->Phi();
 486         Float_t deta = fJetEta-eta;
 487         Float_t dphi = fJetPhi -phi;
 488         Float_t rad = TMath::Sqrt( (deta*deta) + (dphi*dphi));
 489         if(rad<=fConeRad) numTracksInCone++;
 490        }//end for
 491
 492      Float_t    *pTArray = new Float_t[numTracksInCone];
 493      Float_t    *etaArray = new Float_t[numTracksInCone];
 494      Float_t    *phiArray = new Float_t[numTracksInCone];
 495      Int_t      *pdgArray = new Int_t[numTracksInCone];
 496      Int_t             index = 0;
 497
 498      for(Int_t counter2=0; counter2<numberTracks; counter2++)
 499        {
 500          myP = fInputPointer->GetTrack(counter2);
 501          Float_t eta = myP->Eta();
 502          Float_t phi = myP->Phi();
 503          Float_t deta = fJetEta-eta;
 504          Float_t dphi = fJetPhi -phi;
 505          Float_t rad = TMath::Sqrt( (deta*deta) + (dphi*dphi));
 506          if(rad<=fConeRad)
 507            {
 508              pTArray[index] = myP->Pt();
 509              etaArray[index] = eta;
 510              phiArray[index] = phi;
 511              pdgArray[index] = myP->GetPdgCode();
 512              index++;
 513            }//end if
 514        }//end for
 515
 516      fJet.SetTrackList(numTracksInCone,pTArray, etaArray, phiArray, pdgArray);
 517      fOutputObject.AddJet(&fJet);
 518      delete[] pTArray;
 519      delete[] etaArray;
 520      delete[] phiArray;
 521      delete[] pdgArray;
 522    }
 523
 524
 525  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::FindJets()
 526    {
 527      //Runs the complete UA1 JetFinding algorithm to find jets!
 528      if (fDebug>1) Info("FindJets","Starting Jet Finding!!!");
 529
 530      //If the array of JetFinderUnit objects has not been initialised then initialise with default settings
 531      if(!fArrayInitialised)
 532       {
 533        InitUnitArray();
 534        FillUnitArray(kFillAll);
 535       }//end if
 536      if (fDebug>1) Info("FindJets","Unit array filled");
 537
 538      //Step 1. Sort the array in descending order of Energy
 539      Sort(fUnit,fNumUnits);
 540
 541      //Step 2. Set the number of iterations and Number of jets found to zero to start
 542      fNumIter = 0;
 543      fNumJets = 0;
 544
 545      //Step 3. Begin the iteration loop to find jets
 546      //Need to iterate the algorithm while number of iterations<2 OR number of iterations<10 AND
 547      //the value of the average background has changed more than specified amount
 548      //Min iterations = 2, Max iterations = 10
 549      //while(fNumIter<2 || (fNumIter <10 && ( (fEBGTotal-fEBGTotalOld)/fEBGTotal) > fBGMaxMove) )
 550
 551      while(fNumIter<2 || (fNumIter <10 && ( fEBGTotal-fEBGTotalOld) > fEBGTotal*fBGMaxMove) )
 552        {
 553         if (fDebug>1) Info("FindJets","Starting BIG iteration ---> %i",fNumIter);
 554
 555          //Step 4. Find the value of the average background energy
 556          FindBG();
 557          fOutputObject.Reset(kResetJets); //Reset output object to store info for new iteration
 558          fNumJets=0;
 559
 560          //Loop over the array of unit objects and flag those with energy below MinCellEt
 561          Int_t numbelow = 0;
 562          for(Int_t j=0; j<fNumUnits; j++)
 563            {
 564              if( (fUnit[j].GetUnitEnergy()-fEBGAve) < fEtMin)
 565                 {
 566                   //          fUnit[j].SetUnitFlag(kBelowMinEt);    TAKING OUT kBelow flag
 567                   numbelow++;
 568                 }//end if
 569            }//end for
 570          //cout<<"THERE WERE "<<numbelow<<" units with E <EtMin!!!!!!!!!!!!!!!"<<endl;
 571
 572          //Do quick check if there are no jets upfront
 573          // if(fUnit[0].GetUnitFlag() == kBelowMinEt)
 574          if( (fUnit[0].GetUnitEnergy()-fEBGAve) < fEtMin)
 575            {
 576             cout <<"There are no jets for this event!" <<endl;
 577             break;
 578            }//end if
 579
 580          //Step 5. Begin with the first jet candidate cell (JET SEED LOOP)
 581          if (fDebug>5) Info("FindJets","Beginning JET SEED LOOP");
 582          for(Int_t count=0; count<fNumUnits; count++)
 583            {
 584
 585 //CHECK CONDITION HERE _ NOT SURE IF SHOULD MAYBE BE: GetUnitEnergy()-fEBGAve >fESeed?????????????????????????????
 586              if(fUnit[count].GetUnitEnergy()>=fESeed && fUnit[count].GetUnitFlag()==kOutJet)
 587                {
 588                  fEnergy = fUnit[count].GetUnitEnergy() - fEBGAve;
 589                  fJetEta = fUnit[count].GetUnitEta();
 590                  fJetPhi = fUnit[count].GetUnitPhi();
 591                  Int_t seedID = fUnit[count].GetUnitID();
 592                  if (fDebug>5) Info("FindJets","Inside first candidate jet seed loop for time : %i", count);
 593                  if (fDebug>5) Info("FindJets","Found candidate energy %f ",fEnergy);
 594                  if (fDebug>5) Info("FindJets","Found candidate eta %f ", fJetEta);
 595                  if (fDebug>5) Info("FindJets","Found candidate phi %f ", fJetPhi);
 596                  if (fDebug>5) Info("FindJets","Found candidate ID %i", seedID);
 597
 598                  fEtaInit = fJetEta;
 599                  fPhiInit = fJetPhi;
 600                  fEtaB = fJetEta;
 601                  fPhiB = fJetPhi;
 602                  fJetESum = 0.0;
 603                  fJetEtaSum = 0.0;
 604                  fJetPhiSum = 0.0;
 605
 606          //Step 6. Find Jet Eta and Phi
 607                  //Loop over all units in the array to find the ones in the jet cone and determine contrib to Jet eta, phi
 608                  do
 609                    {
 610                      for(Int_t count1=0; count1<fNumUnits; count1++)
 611                        {
 612                          if(fUnit[count1].GetUnitID() == seedID) continue;   //skip unit if the jetseed to avoid doublecounting
 613                          if(fUnit[count1].GetUnitFlag() == kOutJet)
 614                            {
 615                              fDEta = fUnit[count1].GetUnitEta() - fJetEta;
 616                              fDPhi = fUnit[count1].GetUnitPhi() - fJetPhi;
 617                              fRad = TMath::Sqrt( (fDEta*fDEta) + (fDPhi*fDPhi) );
 618                              if(fRad <= fConeRad)
 619                                {
 620                                  FindJetEtaPhi(count1);
 621                                }//end if
 622                            }//end if
 623                        }//end for (Jet Eta, Phi LOOP)
 624
 625                       //Find the distance cone centre moved from previous cone centre
 626                       if (fDebug>10) Info("FindJets","Checking if cone move small enough");
 627                       fDistP = TMath::Sqrt( ((fJetEta-fEtaB)*(fJetEta-fEtaB)) + ((fJetPhi-fPhiB)*(fJetPhi-fPhiB)) );
 628                       //     if(fDistP <= fMinMove) break;
 629
 630
 631                       //Find the distance cone centre is from initiator cell
 632                       if (fDebug>10) Info("FindJets","Checking if cone move too large");
 633                       fDistI = TMath::Sqrt( ((fJetEtaSum/fJetESum)*(fJetEtaSum/fJetESum)) + ((fJetPhiSum/fJetESum)*
 634                                                                                                     (fJetPhiSum/fJetESum)));
 635
 636                       if(fDistP>fMinMove && fDistI<fMaxMove)
 637                         {
 638                           fEtaB = fJetEta;
 639                           fPhiB = fJetPhi;
 640                         }//end if
 641
 642                    }while(fDistP>fMinMove && fDistI<fMaxMove);
 643
 644                  fJetEta = fEtaB;
 645                  fJetPhi = fPhiB;
 646
 647
 648        //Step 7. Find the Jet Energy
 649                  if (fDebug>1) Info("FindJets","Looking for Jet energy");
 650                  fJetESum = 0.0;
 651                  fJetEtaSum = 0.0;
 652                  fJetPhiSum = 0.0;
 653                  fNumInCone = 0;
 654                  FindJetEnergy();
 655
 656                  //cout<<"Number of cells in jet cone is: "<<fNumInCone<<endl;
 657
 658        //Step 8. Check if the jet is a valid jet
 659                  //Check if cluster energy is above Min allowed to be a jet
 660 //DID NOT DO THE COSH COMPARISON HERE -> NEED TO CHECK WHICH COMPARISON IS BEST!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!
 661                  if (fDebug>5) Info("FindJets","Checking cluster is valid jet");
 662                  if(fJetESum < fJetEMin)
 663                    {
 664                      for(Int_t count2=0; count2<fNumUnits; count2++)
 665                        {
 666                          if(fUnit[count2].GetUnitFlag()==kInCurrentJet || fUnit[count2].GetUnitFlag()==kOutJet)
 667                            fUnit[count2].SetUnitFlag(kOutJet);
 668                        }//end for
 669                    if (fDebug>10) Info("FindJets","NOT a valid jet cell");
 670                   }else
 671                     {
 672                      for(Int_t count2=0; count2<fNumUnits; count2++)
 673                        {
 674                          if(fUnit[count2].GetUnitFlag()==kInCurrentJet)
 675                            {
 676                              //      cout<<"Setting unit #"<<count2 <<" to be officially in a jet!"<<endl;
 677                            fUnit[count2].SetUnitFlag(kInJet);
 678                            }
 679                        }//end for
 680
 681  //NEED TO CHECK FINAL WEIRD ITERATION OF ETA AND PHI CHANGES!!!!!!!!!
 682                      //  fJetPhi += fJetPhiSum/fJetESum;        //CHECK!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!
 683                      //  fJetEta += fJetEtaSum/fJetESum;        //CHECK!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!
 684
 685                      fNumJets++;              //Incrementing number of jets found
 686                      StoreJetInfo();          //Storing jet info
 687
 688                  }//end if (check cluster above Min Jet Energy)
 689                }//end if (Jet Seed condition)
 690            }//end (JET SEED LOOP)
 691
 692 if (fDebug>5) Info("FindJets","End of BIG iteration number %i",fNumIter);
 693 // this->Dump();
 694          fNumIter++;
 695        }//end 10 iteration WHILE LOOP
 696  }
 697
 698
 699
 700
 701
 702
 703
 704
 705
 706
 707