Added the Jetfinder classes
[u/mrichter/AliRoot.git] / EMCAL / AliEMCALJetFinderAlgoOmni.cxx
1
2 //THIS Also includes summing ALL cells in the jetcone towards the jet energy NOT just those above threshold!!!!!
3
4
5 /**************************************************************************
6  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
7  *                                                                        *
8  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
9  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
10  *                                                                        *
11  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
12  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
13  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
14  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
15  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
16  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
17  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
18  **************************************************************************/
19
20 /*
21  
22 $Log$
23
24
25
26 */
27
28
29 //*--Author: Sarah Blyth (LBL)
30 //*--Based on UA1 jet algorithm from LUND JETSET called from EMC-erj
31
32 #include "TTask.h"
33 #include "AliEMCALJetFinderInput.h"
34 #include "AliEMCALJetFinderOutput.h"
35 #include "AliEMCALJetFinderAlgo.h"
36 #include "AliEMCALJetFinderAlgoOmni.h"
37 #include "AliEMCALJetFinderAlgoUA1Unit.h"
38 #include "AliEMCALGeometry.h"
39 #include "AliEMCAL.h"
40 #include "AliEMCALGetter.h"
41 #include "AliEMCALDigit.h"
42 #include "TParticle.h"
43 #include "AliRun.h"
44 #include "AliEMCALJet.h"
45 #include "TMath.h"
46
47
48 ClassImp(AliEMCALJetFinderAlgoOmni)
49
50   AliEMCALJetFinderAlgoOmni::AliEMCALJetFinderAlgoOmni()
51 {
52   //Default constructor
53 if (fDebug>0) Info("AliEMCALJetFinderAlgoOmni","Beginning Default Constructor");
54
55   fNumIter           = 0;
56   fNumUnits          = 13824;     //Number of towers in EMCAL
57   fESeed             = 5.0;       //Default value
58   fConeRad           = 0.3;       //Default value
59   fJetEMin           = 10.0;      //Default value
60   fEtMin             = 0.28;      //Default value
61   fMinMove           = 0.05;      //From original UA1 JetFinder
62   fMaxMove           = 0.15;      //From original UA1 JetFinder
63   fBGMaxMove         = 0.035;     //From original UA1 JetFinder
64   fPtCut             = 0;         
65   fHadCorr           = 0;       
66   fEBGTotal          = 1.0;       //Set to 1 so that no div by zero in first FindJets() loop
67   fEBGTotalOld       = 0.0;
68   fEBGAve            = 0.0;
69   fEnergy            = 0.0;
70   fJetEta            = 0.0;
71   fJetPhi            = 0.0;
72   fEtaInit           = 0.0;
73   fPhiInit           = 0.0;
74   fEtaB              = 0.0;
75   fPhiB              = 0.0;
76   fJetESum           = 0.0;
77   fJetEtaSum         = 0.0;
78   fJetPhiSum         = 0.0;
79   fDEta              = 0.0;
80   fDPhi              = 0.0;
81   fDistP             = 0.0;
82   fDistI             = 0.0;
83   fTempE             = 0.0;
84   fRad               = 2.0;      //Set to 2 to start 
85   fNumInCone         = 0;
86   fNumJets           = 0;
87   fArrayInitialised  = 0;        //Set to FALSE to start
88   fBGType            = kRatio;   //Set Ratio method as default BG subtraction method 
89   fBGPar             = -1.0;      //Set to 1 to start
90 }
91
92  AliEMCALJetFinderAlgoOmni::~AliEMCALJetFinderAlgoOmni()
93    {
94      //Destructor
95      if (fDebug>0) Info("AliEMCALJetFinderAlgoOmni","Beginning Destructor");
96      delete[] fUnit;
97      delete[] fUnitNoCuts;
98    }
99
100  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::SetJetFindingParameters
101                                (Int_t numUnits, Float_t eSeed, Float_t coneRad, Float_t jetEMin, Float_t etMin, 
102                                Float_t minMove, Float_t maxMove, Float_t bgMaxMove)
103    {
104      //Sets parameters for the JetFinding algorithm
105      if (fDebug>1) Info("SetJetFindingParameters","Setting parameters for JetFinding");
106
107      SetNumUnits(numUnits);
108      SetJetESeed(eSeed);
109      SetConeRad(coneRad);
110      SetJetEMin(jetEMin);
111      SetEtMin(etMin);
112      SetMinMove(minMove);
113      SetMaxMove(maxMove);
114      SetBGMaxMove(bgMaxMove);
115    }
116
117  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::SetJetFindingParameters
118                                (Int_t numUnits, Float_t eSeed, Float_t coneRad, Float_t jetEMin, Float_t etMin)
119    {
120      //Sets fewer parameters for the JetFinding algorithm
121      if (fDebug>1) Info("SetJetFindingParameters","Setting parameters for JetFinding");
122
123      SetNumUnits(numUnits);
124      SetJetESeed(eSeed);
125      SetConeRad(coneRad);
126      SetJetEMin(jetEMin);
127      SetEtMin(etMin);
128      SetMinMove(fMinMove);
129      SetMaxMove(fMaxMove);
130      SetBGMaxMove(fBGMaxMove);
131    }
132
133  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::InitUnitArray()
134    {
135      //Initialises unit arrays
136      if(fArrayInitialised) delete[] fUnit;
137      fUnit = new AliEMCALJetFinderAlgoUA1Unit[fNumUnits];
138      fUnitNoCuts = new AliEMCALJetFinderAlgoUA1Unit[fNumUnits];
139      fArrayInitialised = 1;
140    }
141
142  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::FillUnitArray(AliEMCALJetFinderAlgoUA1FillUnitFlagType_t flag)
143    {
144      if (fDebug>1) Info("FillUnitArray","Beginning FillUnitArray");
145      //     AliEMCAL* pEMCAL = (AliEMCAL*) gAlice->GetModule("EMCAL");
146
147          //   if (pEMCAL){ 
148          //          AliEMCALGeometry* geom =  AliEMCALGeometry::GetInstance(pEMCAL->GetTitle(), "");
149          //     }else
150          //    {
151      //AliEMCALGeometry* geom =  AliEMCALGeometry::GetInstance("EMCAL_5655_21", "");
152      AliEMCALGeometry* geom = AliEMCALGetter::Instance()->EMCALGeometry() ; 
153        //    }
154          
155      AliEMCALJetFinderAlgoUA1FillUnitFlagType_t option = flag;
156      Int_t         numTracks, numDigits;
157     
158      //Loops over all elements in the AliEMCALJetFinderAlgoUA1Unit array and 
159      //fills the objects with relevant values from the Data Input object
160      if (fDebug>10) Info("FillUnitArray","Filling array with Unit objects");
161      if (fDebug>15) Info("FillUnitArray","NTracks %i NDigits %i",fInputPointer->GetNTracks(),fInputPointer->GetNDigits());
162          numTracks = fInputPointer->GetNTracks();
163          numDigits = fInputPointer->GetNDigits();
164          TParticle         *myPart;
165          AliEMCALDigit     *myDigit;
166
167          //Fill units with Track info if appropriate
168          if(option==kFillTracksOnly || option ==kFillAll) 
169            {          
170             for(Int_t j=0; j<numTracks; j++)
171             {
172              myPart = fInputPointer->GetTrack(j);
173              Float_t eta = myPart->Eta();
174              Float_t  phi = myPart->Phi();
175              Int_t towerID = geom->TowerIndexFromEtaPhi(eta,180.0/TMath::Pi()*phi);
176              Float_t  pT = myPart->Pt();
177              Float_t unitEnergy = fUnit[towerID-1].GetUnitEnergy(); 
178              Float_t unitEnergyNoCuts = fUnitNoCuts[towerID-1].GetUnitEnergy();
179
180              /*
181              //OLD WAY:              //Do Hadron Correction
182               if(fHadCorr != 0)
183                {
184                  Double_t   fullP = myPart->P();
185                  Double_t   hCEnergy = fHadCorr->GetEnergy(fullP, (Double_t)eta);
186                  unitEnergy -= hCEnergy*TMath::Sin(myPart->Theta());
187                  fUnit[towerID-1].SetUnitEnergy(unitEnergy);
188                } //end Hadron Correction loop 
189              */      
190             
191               //Do Hadron Correction with propagate phi for the track
192               if(fHadCorr != 0)
193                 {
194                   Bool_t curl = 1;
195                   Float_t deltaPhi;
196                   TParticlePDG *pdg = myPart->GetPDG();
197                   if(pdg->Charge() < 0)
198                     {
199                       deltaPhi = PropagatePhi(myPart->Pt(), -1.0, curl);
200                     }
201                   else{
202                     deltaPhi = PropagatePhi(myPart->Pt(), 1.0, curl);
203                   }
204                   phi += deltaPhi;
205                   //Get new tower id for cell that track would curve into
206                   Int_t towerID2;
207                   if(phi<(1.0/3.0)*TMath::Pi() || phi>TMath::Pi())
208                     {
209                       towerID2 = -1;
210                     }
211                   else{
212                       towerID2 = geom->TowerIndexFromEtaPhi(eta,180.0/TMath::Pi()*phi);
213                     }
214                   
215                   if(towerID2 != -1)
216                     {
217                       //Find unit energy of new tower
218                       Float_t unitEnergy2 = fUnit[towerID2-1].GetUnitEnergy();
219                       Float_t unitEnergy2NoCuts = fUnitNoCuts[towerID2-1].GetUnitEnergy();
220                       Double_t   fullP = myPart->P();
221                       Double_t   hCEnergy = fHadCorr->GetEnergy(fullP, (Double_t)eta);
222                       unitEnergy2 -= hCEnergy*TMath::Sin(myPart->Theta());
223                       unitEnergy2NoCuts -= hCEnergy*TMath::Sin(myPart->Theta());
224                       fUnit[towerID2-1].SetUnitEnergy(unitEnergy2);
225                       fUnitNoCuts[towerID2-1].SetUnitEnergy(unitEnergy2NoCuts);
226                     }//end if for towerID2
227                 }//end Hadron Correction loop
228
229               fUnitNoCuts[towerID-1].SetUnitEnergy(unitEnergyNoCuts + pT);
230              //Do Pt cut on tracks
231              if(fPtCut != 0 && pT < fPtCut) continue;
232
233              fUnit[towerID-1].SetUnitEnergy(unitEnergy+pT);
234
235              }//end tracks loop
236            }//end Tracks condition
237
238
239          //Fill units with Digit info if appropriate
240          if(option ==kFillDigitsOnly || option ==kFillAll)
241            {
242             for(Int_t k=0; k<numDigits; k++)
243             {
244              myDigit = fInputPointer->GetDigit(k);
245              if (fDebug>10) Info("FillUnitArray","getting digits %i %i numdigits",k,numDigits );
246              Int_t towerID = myDigit->GetId();
247              Int_t amplitude = myDigit->GetAmp();     //Gets the integer valued amplitude of the digit
248              Float_t amp = (Float_t)amplitude;        //Need to typecast to Float_t before doing real energy conversion
249              Float_t digitEnergy = amp/10000000.0;    //Factor of 10 million needed to convert!
250              Float_t unitEnergy = fUnit[towerID-1].GetUnitEnergy() + digitEnergy;
251              Float_t unitEnergyNoCuts = fUnitNoCuts[towerID-1].GetUnitEnergy() + digitEnergy;
252              fUnit[towerID-1].SetUnitEnergy(unitEnergy);
253              fUnitNoCuts[towerID-1].SetUnitEnergy(unitEnergyNoCuts);
254             }//end digits loop
255            }//end digits condition
256
257          //Set all unit flags, Eta, Phi
258          for(Int_t i=0; i<fNumUnits; i++)
259            {
260              if (fDebug>10) Info("FillUnitArray","Setting all units outside jets");
261              fUnit[i].SetUnitFlag(kOutJet);           //Set all units to be outside a jet initially
262              fUnit[i].SetUnitID(i+1);
263              Float_t eta;
264              Float_t phi;
265              geom->EtaPhiFromIndex(fUnit[i].GetUnitID(), eta, phi);
266              fUnit[i].SetUnitEta(eta);
267              fUnit[i].SetUnitPhi(phi*TMath::Pi()/180.0);
268
269              fUnitNoCuts[i].SetUnitFlag(kOutJet);           //Set all units to be outside a jet initially
270              fUnitNoCuts[i].SetUnitID(i+1);
271              eta = 0.0;
272              phi = 0.0;
273              geom->EtaPhiFromIndex(fUnitNoCuts[i].GetUnitID(), eta, phi);
274              fUnitNoCuts[i].SetUnitEta(eta);
275              fUnitNoCuts[i].SetUnitPhi(phi*TMath::Pi()/180.0);
276              //      if(i>13000) cout<<"!!!!!!!!!!!!!!!!!For unit0, eta="<<eta<<" and phi="<<phi*TMath::Pi()/180.0<<" and ID="<<fUnit[i].GetUnitID()<<endl;
277              //  if(fUnit[i].GetUnitEnergy()>0) cout<<"Unit ID "<<fUnit[i].GetUnitID() <<"with eta="<<eta<<" and phi="<<phi*TMath::Pi()/180.0<<" has energy="<<fUnit[i].GetUnitEnergy()<<endl;
278            }//end loop over all units in array (same as all towers in EMCAL)
279    }
280
281
282  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::Sort(AliEMCALJetFinderAlgoUA1Unit *unit, Int_t length)
283  {
284    //Calls the recursive quicksort method to sort unit objects in decending order of Energy
285    if (fDebug>1) Info("Sort","Sorting Unit objects");
286    QS(unit, 0, length-1);
287  }
288   
289
290  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::QS(AliEMCALJetFinderAlgoUA1Unit *unit, Int_t left, Int_t right)
291  {
292   //Sorts the AliEMCALJetFinderAlgoUA1Unit objects in decending order of Energy
293    if (fDebug>111) Info("QS","QuickSorting Unit objects");   
294
295    Int_t    i;
296    Int_t    j;
297    AliEMCALJetFinderAlgoUA1Unit  unitFirst;
298    AliEMCALJetFinderAlgoUA1Unit  unitSecond;
299
300    i = left;
301    j = right;
302    unitFirst = unit[(left+right)/2];
303
304  do
305   {
306     while( (unit[i].GetUnitEnergy() > unitFirst.GetUnitEnergy()) && (i < right)) i++;
307     while( (unitFirst.GetUnitEnergy() > unit[j].GetUnitEnergy()) && (j > left)) j--;
308
309     if(i <= j)
310       {
311         unitSecond = unit[i];
312         unit[i] = unit[j];
313         unit[j] = unitSecond;
314         i++;
315         j--;
316       }//end if
317   }while(i <= j);
318
319  if(left < j) QS(unit, left, j);
320  if(i < right) QS(unit, i, right);
321  }
322
323
324  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::FindBG()
325  {
326    if(fBGType == kRatio) RatioBG();
327    else if(fBGType == kCone) ConeBG();
328    else if(fBGType == kConstant) ConstantBG();
329  }
330
331  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::RatioBG()
332    {
333      //Finds the background energy for the iteration
334      //using the Ratio method
335      if (fDebug>1) Info("FindBG","Finding Average Background"); 
336      //Store BGEperCell from previous iteration!
337      fEBGTotalOld = fEBGTotal;
338      fEBGTotal          = 0.0;
339      Int_t numCone      = 0;
340
341      //If user has not set fBGPar, set it to the default
342      //for TPC = 90% efficiency, PtCut = 2GeV/c, timecut = 30ns
343      if(fBGPar == -1) fBGPar = 0.4685;
344
345      //Loop over all unit objects in the Unit array and link to same
346      //unit ID in NoCuts Unit array
347      for(Int_t i=0; i<fNumUnits; i++)
348        {
349          if(fUnit[i].GetUnitFlag() != kInJet)
350            {
351              Int_t id = fUnit[i].GetUnitID();
352              fEBGTotal += fUnitNoCuts[id-1].GetUnitEnergy();  
353            }
354          else numCone++;
355        }//end for
356
357      fEBGTotal *= fBGPar;
358      fEBGAve = fEBGTotal / (fNumUnits - numCone);
359      if (fDebug>5) Info("FindBG","Average BG is %f: ",fEBGAve); 
360
361      for(Int_t count=0; count<fNumUnits;count++)
362        {
363          fUnit[count].SetUnitFlag(kOutJet);
364        }//end for
365    }
366
367  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::ConeBG()
368    {
369      //Finds the background energy for the iteration
370      //using all energy not contained inside a jet
371      if (fDebug>1) Info("FindBG","Finding Average Background"); 
372      //Store old value of BGEperCell!
373      fEBGTotalOld = fEBGTotal;
374      fEBGTotal          = 0.0;
375      Int_t numCone      = 0;
376
377      //Loop over all unit objects in the array and sum the energy of those not in a jet
378      for(Int_t i=0; i<fNumUnits; i++)
379        {
380          if(fUnit[i].GetUnitFlag() != kInJet)
381            fEBGTotal += fUnit[i].GetUnitEnergy();
382          else numCone++;
383        }//end for
384
385      fEBGAve = fEBGTotal / (fNumUnits - numCone);
386      if (fDebug>5) Info("FindBG","Average BG is %f: ",fEBGAve);      
387
388      for(Int_t count=0; count<fNumUnits;count++)
389        {
390          fUnit[count].SetUnitFlag(kOutJet);
391        }//end for
392    }
393
394  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::ConstantBG()
395    {     
396      //Finds the background energy for the iteration
397      //using all energy not contained inside a jet
398      if (fDebug>1) Info("FindBG","Finding Average Background"); 
399
400      //If user has not set fBGPar, set it to the default
401      //for TPC = 90% efficiency, PtCut = 2GeV/c, timecut = 30ns
402      if(fBGPar == -1) fBGPar = 0.03378;
403
404      fEBGAve = fBGPar;
405      if (fDebug>5) Info("FindBG","Average BG is %f: ",fEBGAve);      
406
407      fEBGTotal          = 0.0;
408      Int_t numCone      = 0;
409      for(Int_t count=0; count<fNumUnits;count++)
410        {
411          if(fUnit[count].GetUnitFlag() == kInJet)
412            {
413              numCone++;
414            }
415          fUnit[count].SetUnitFlag(kOutJet);
416        }//end for
417      fEBGTotal = fEBGAve * (fNumUnits-numCone);
418      fEBGTotalOld = fEBGTotal;
419    }
420
421  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::FindJetEtaPhi(Int_t counter)
422    {
423      //Finds the eta and phi of the jet axis
424      if (fDebug>10) Info("FindJetEtaPhi","Finding Jet Eta and Phi");
425
426      fDEta = fUnit[counter].GetUnitEta() - fEtaInit;
427      fDPhi = fUnit[counter].GetUnitPhi() - fPhiInit;
428
429      fEnergy = fUnit[counter].GetUnitEnergy() - fEBGAve;
430      fJetEtaSum += fEnergy * fDEta;
431      fJetPhiSum += fEnergy * fDPhi;
432      fJetESum += fEnergy;
433      fJetEta = fEtaInit + (fJetEtaSum / fJetESum);
434      fJetPhi = fPhiInit + (fJetPhiSum / fJetESum);
435    }
436
437
438  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::FindJetEnergy()
439    {
440      //Finds the energy of the jet after the final axis has been found
441      if (fDebug>1) Info("FindJetEnergy","Finding Jet Energy");
442
443      for(Int_t i=0; i<fNumUnits; i++)
444        {
445          //Loop over all unit objects in the array and find if within cone radius
446          Float_t dEta = fUnit[i].GetUnitEta() - fJetEta;
447          Float_t dPhi = fUnit[i].GetUnitPhi() - fJetPhi;
448          Float_t rad = TMath::Sqrt( (dEta*dEta) + (dPhi*dPhi) );
449
450          if(fUnit[i].GetUnitFlag()==kOutJet && rad<= fConeRad)
451            {
452              fUnit[i].SetUnitFlag(kInCurrentJet);
453              Float_t energy = fUnit[i].GetUnitEnergy() - fEBGAve;
454              fJetESum += energy;                             
455              fJetEtaSum += energy * dEta;
456              fJetPhiSum += energy * dPhi;
457              fNumInCone++;                     //Increment the number of cells in the jet cone
458            }//end if
459        }//end for
460    }
461
462
463  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::StoreJetInfo()
464    {
465      //Stores the resulting jet information in appropriate storage structure (TO BE DECIDED!!!!)
466      if (fDebug>1) Info("StoreJetInfo","Storing Jet Information");
467     
468      //Store:
469      //fJetESum is the final jet energy (background has been subtracted)
470      //fJetEta is the final jet Eta
471      //fJetPhi is the final jet Phi
472      //fNumInCone is the final number of cells included in the jet cone
473      //fEtaInit is the eta of the initiator cell
474      //fPhiInit is the phi of the initiator cell
475      fJet.SetEnergy(fJetESum);
476      fJet.SetEta(fJetEta);
477      fJet.SetPhi(fJetPhi);
478
479       cout<<"For iteration "<<fNumIter <<" and Jet number " <<fNumJets <<endl;
480       cout<<"The jet energy is: " <<fJetESum <<endl;
481       cout<<"The jet eta is ---->" <<fJetEta <<endl;
482       cout<<"The jet phi is ---->" <<fJetPhi <<endl;
483
484      Int_t             numberTracks = fInputPointer->GetNTracks();
485      TParticle         *myP;
486      Int_t             numTracksInCone = 0;
487
488      for(Int_t counter=0; counter<numberTracks; counter++)
489        {
490         myP = fInputPointer->GetTrack(counter);
491         Float_t eta = myP->Eta();
492         Float_t phi = myP->Phi(); 
493         Float_t deta = fJetEta-eta;
494         Float_t dphi = fJetPhi -phi;
495         Float_t rad = TMath::Sqrt( (deta*deta) + (dphi*dphi));
496         if(rad<=fConeRad) numTracksInCone++;
497        }//end for
498
499      Float_t    *pTArray = new Float_t[numTracksInCone];
500      Float_t    *etaArray = new Float_t[numTracksInCone];
501      Float_t    *phiArray = new Float_t[numTracksInCone];
502      Int_t      *pdgArray = new Int_t[numTracksInCone];
503      Int_t             index = 0;
504
505      for(Int_t counter2=0; counter2<numberTracks; counter2++)
506        {
507          myP = fInputPointer->GetTrack(counter2);
508          Float_t eta = myP->Eta();
509          Float_t phi = myP->Phi(); 
510          Float_t deta = fJetEta-eta;
511          Float_t dphi = fJetPhi -phi;
512          Float_t rad = TMath::Sqrt( (deta*deta) + (dphi*dphi));
513          if(rad<=fConeRad)
514            {
515              pTArray[index] = myP->Pt();
516              etaArray[index] = eta;
517              phiArray[index] = phi;
518              pdgArray[index] = myP->GetPdgCode();
519              index++;
520            }//end if
521        }//end for
522
523      fJet.SetTrackList(numTracksInCone,pTArray, etaArray, phiArray, pdgArray);
524      fOutputObject.AddJet(&fJet);
525      delete[] pTArray;
526      delete[] etaArray;
527      delete[] phiArray;
528      delete[] pdgArray;
529    }
530
531
532  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::FindJets()
533    {
534      //Runs the complete UA1 JetFinding algorithm to find jets!
535      if (fDebug>1) Info("FindJets","Starting Jet Finding!!!");
536
537      //If the array of JetFinderUnit objects has not been initialised then initialise with default settings
538      if(!fArrayInitialised) 
539       {
540        InitUnitArray();
541        FillUnitArray(kFillAll);
542       }//end if
543      if (fDebug>1) Info("FindJets","Unit array filled");
544
545      //Step 1. Sort the array in descending order of Energy
546      Sort(fUnit,fNumUnits);
547
548      //Step 2. Set the number of iterations and Number of jets found to zero to start
549      fNumIter = 0;
550      fNumJets = 0;
551
552      //Step 3. Begin the iteration loop to find jets
553      //Need to iterate the algorithm while number of iterations<2 OR number of iterations<10 AND 
554      //the value of the average background has changed more than specified amount
555      //Min iterations = 2, Max iterations = 10
556      //while(fNumIter<2 || (fNumIter <10 && ( (fEBGTotal-fEBGTotalOld)/fEBGTotal) > fBGMaxMove) )
557
558      while(fNumIter<2 || (fNumIter <10 && ( fEBGTotal-fEBGTotalOld) > fEBGTotal*fBGMaxMove) )
559        {
560         if (fDebug>1) Info("FindJets","Starting BIG iteration ---> %i",fNumIter);
561
562          //Step 4. Find the value of the average background energy
563          FindBG();
564          fOutputObject.Reset(kResetJets); //Reset output object to store info for new iteration
565          fNumJets=0;
566
567          //Loop over the array of unit objects and flag those with energy below MinCellEt
568          Int_t numbelow = 0;
569          for(Int_t j=0; j<fNumUnits; j++)
570            {
571              if( (fUnit[j].GetUnitEnergy()-fEBGAve) < fEtMin)
572                 {       
573                   //          fUnit[j].SetUnitFlag(kBelowMinEt);    TAKING OUT kBelow flag
574                   numbelow++;
575                 }//end if
576            }//end for
577          //cout<<"THERE WERE "<<numbelow<<" units with E <EtMin!!!!!!!!!!!!!!!"<<endl;
578
579          //Do quick check if there are no jets upfront
580          // if(fUnit[0].GetUnitFlag() == kBelowMinEt)
581          if( (fUnit[0].GetUnitEnergy()-fEBGAve) < fEtMin)
582            {
583             cout <<"There are no jets for this event!" <<endl;
584             break;
585            }//end if
586
587          //Step 5. Begin with the first jet candidate cell (JET SEED LOOP)
588          if (fDebug>5) Info("FindJets","Beginning JET SEED LOOP");
589          for(Int_t count=0; count<fNumUnits; count++)
590            {
591
592 //CHECK CONDITION HERE _ NOT SURE IF SHOULD MAYBE BE: GetUnitEnergy()-fEBGAve >fESeed?????????????????????????????
593              if(fUnit[count].GetUnitEnergy()>=fESeed && fUnit[count].GetUnitFlag()==kOutJet)
594                {
595                  fEnergy = fUnit[count].GetUnitEnergy() - fEBGAve;
596                  fJetEta = fUnit[count].GetUnitEta();
597                  fJetPhi = fUnit[count].GetUnitPhi();
598                  Int_t seedID = fUnit[count].GetUnitID();
599                  if (fDebug>5) Info("FindJets","Inside first candidate jet seed loop for time : %i", count);
600                  if (fDebug>5) Info("FindJets","Found candidate energy %f ",fEnergy);
601                  if (fDebug>5) Info("FindJets","Found candidate eta %f ", fJetEta);
602                  if (fDebug>5) Info("FindJets","Found candidate phi %f ", fJetPhi);
603                  if (fDebug>5) Info("FindJets","Found candidate ID %i", seedID);
604
605                  fEtaInit = fJetEta;
606                  fPhiInit = fJetPhi;
607                  fEtaB = fJetEta;
608                  fPhiB = fJetPhi;
609                  fJetESum = 0.0;
610                  fJetEtaSum = 0.0;
611                  fJetPhiSum = 0.0;
612        
613          //Step 6. Find Jet Eta and Phi
614                  //Loop over all units in the array to find the ones in the jet cone and determine contrib to Jet eta, phi
615                  do
616                    {
617                      for(Int_t count1=0; count1<fNumUnits; count1++)               
618                        {
619                          if(fUnit[count1].GetUnitID() == seedID) continue;   //skip unit if the jetseed to avoid doublecounting
620                          if(fUnit[count1].GetUnitFlag() == kOutJet)
621                            {
622                              fDEta = fUnit[count1].GetUnitEta() - fJetEta;
623                              fDPhi = fUnit[count1].GetUnitPhi() - fJetPhi;
624                              fRad = TMath::Sqrt( (fDEta*fDEta) + (fDPhi*fDPhi) );
625                              if(fRad <= fConeRad)
626                                {
627                                  FindJetEtaPhi(count1); 
628                                }//end if
629                            }//end if
630                        }//end for (Jet Eta, Phi LOOP)
631                              
632                       //Find the distance cone centre moved from previous cone centre
633                       if (fDebug>10) Info("FindJets","Checking if cone move small enough");
634                       fDistP = TMath::Sqrt( ((fJetEta-fEtaB)*(fJetEta-fEtaB)) + ((fJetPhi-fPhiB)*(fJetPhi-fPhiB)) );
635                       //     if(fDistP <= fMinMove) break;
636                              
637
638                       //Find the distance cone centre is from initiator cell
639                       if (fDebug>10) Info("FindJets","Checking if cone move too large");
640                       fDistI = TMath::Sqrt( ((fJetEtaSum/fJetESum)*(fJetEtaSum/fJetESum)) + ((fJetPhiSum/fJetESum)*
641                                                                                                     (fJetPhiSum/fJetESum)));
642
643                       if(fDistP>fMinMove && fDistI<fMaxMove)
644                         {
645                           fEtaB = fJetEta;
646                           fPhiB = fJetPhi;
647                         }//end if
648                  
649                    }while(fDistP>fMinMove && fDistI<fMaxMove);
650                           
651                  fJetEta = fEtaB;
652                  fJetPhi = fPhiB;
653
654
655        //Step 7. Find the Jet Energy
656                  if (fDebug>1) Info("FindJets","Looking for Jet energy");
657                  fJetESum = 0.0;
658                  fJetEtaSum = 0.0;
659                  fJetPhiSum = 0.0;
660                  fNumInCone = 0;
661                  FindJetEnergy();
662
663                  //cout<<"Number of cells in jet cone is: "<<fNumInCone<<endl;
664
665        //Step 8. Check if the jet is a valid jet
666                  //Check if cluster energy is above Min allowed to be a jet
667 //DID NOT DO THE COSH COMPARISON HERE -> NEED TO CHECK WHICH COMPARISON IS BEST!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!
668                  if (fDebug>5) Info("FindJets","Checking cluster is valid jet");
669                  if(fJetESum < fJetEMin)
670                    {
671                      for(Int_t count2=0; count2<fNumUnits; count2++)
672                        {
673                          if(fUnit[count2].GetUnitFlag()==kInCurrentJet || fUnit[count2].GetUnitFlag()==kOutJet)
674                            fUnit[count2].SetUnitFlag(kOutJet);
675                        }//end for
676                    if (fDebug>10) Info("FindJets","NOT a valid jet cell");
677                   }else
678                     {
679                      for(Int_t count2=0; count2<fNumUnits; count2++)
680                        {
681                          if(fUnit[count2].GetUnitFlag()==kInCurrentJet)
682                            {
683                              //      cout<<"Setting unit #"<<count2 <<" to be officially in a jet!"<<endl;
684                            fUnit[count2].SetUnitFlag(kInJet);
685                            }
686                        }//end for                       
687
688  //NEED TO CHECK FINAL WEIRD ITERATION OF ETA AND PHI CHANGES!!!!!!!!!
689                      //  fJetPhi += fJetPhiSum/fJetESum;        //CHECK!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!
690                      //  fJetEta += fJetEtaSum/fJetESum;        //CHECK!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!
691
692                      fNumJets++;              //Incrementing number of jets found
693                      StoreJetInfo();          //Storing jet info
694
695                  }//end if (check cluster above Min Jet Energy)
696                }//end if (Jet Seed condition)
697            }//end (JET SEED LOOP)
698
699 if (fDebug>5) Info("FindJets","End of BIG iteration number %i",fNumIter);
700 // this->Dump();
701          fNumIter++;
702        }//end 10 iteration WHILE LOOP
703  }
704
705
706
707
708
709
710
711
712
713
714