EMCAL/AliEMCALRecPoint.cxx

   1 /**************************************************************************
   2  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
   3  *                                                                        *
   4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
   5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
   6  *                                                                        *
   7  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
   8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
   9  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
  10  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
  11  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
  12  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
  13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
  14  **************************************************************************/
  15 /* $Id$ */
  16 //_________________________________________________________________________
  17 //  Reconstructed Points for the EMCAL
  18 //  A RecPoint is a cluster of digits
  19 //
  20 //
  21 //*-- Author: Yves Schutz (SUBATECH)
  22 //*-- Author: Dmitri Peressounko (RRC KI & SUBATECH)
  23 //*-- Author: Heather Gray (LBL) merged AliEMCALRecPoint and AliEMCALTowerRecPoint 02/04
  24
  25 // --- ROOT system ---
  26 #include "TPad.h"
  27 #include "TGraph.h"
  28 #include "TPaveText.h"
  29 #include "TClonesArray.h"
  30 #include "TMath.h"
  31 #include "TGeoMatrix.h"
  32 #include "TGeoManager.h"
  33 #include "TGeoPhysicalNode.h"
  34 #include "TRandom.h"
  35
  36 // --- Standard library ---
  37 #include <Riostream.h>
  38
  39 // --- AliRoot header files ---
  40 //#include "AliGenerator.h"
  41 class AliGenerator;
  42 class AliEMCAL;
  43 #include "AliLog.h"
  44 #include "AliGeomManager.h"
  45 #include "AliEMCALGeometry.h"
  46 #include "AliEMCALHit.h"
  47 #include "AliEMCALDigit.h"
  48 #include "AliEMCALRecPoint.h"
  49 #include "AliCaloCalibPedestal.h"
  50 #include "AliEMCALGeoParams.h"
  51
  52 ClassImp(AliEMCALRecPoint)
  53
  54 //____________________________________________________________________________
  55 AliEMCALRecPoint::AliEMCALRecPoint()
  56   : AliCluster(), fGeomPtr(0),
  57     fAmp(0), fIndexInList(-1), //to be set when the point is already stored
  58     fGlobPos(0,0,0),fLocPos(0,0,0),
  59     fMaxDigit(100), fMulDigit(0), fMaxTrack(200),
  60     fMulTrack(0), fDigitsList(0), fTracksList(0),
  61     fClusterType(-1), fCoreEnergy(0), fDispersion(0),
  62     fEnergyList(0), fAbsIdList(0),
  63     fTime(0.), fNExMax(0), fCoreRadius(10),  //HG check this
  64     fDETracksList(0), fMulParent(0), fMaxParent(0),
  65     fParentsList(0), fDEParentsList(0), fSuperModuleNumber(0),
  66     fDigitIndMax(-1), fDistToBadTower(-1), fSharedCluster(kFALSE)
  67 {
  68   // ctor
  69   fGeomPtr = AliEMCALGeometry::GetInstance();
  70
  71   fLambda[0] = 0;
  72   fLambda[1] = 0;
  73
  74 }
  75
  76 //____________________________________________________________________________
  77 AliEMCALRecPoint::AliEMCALRecPoint(const char *)
  78   : AliCluster(), fGeomPtr(0),
  79     fAmp(0), fIndexInList(-1), //to be set when the point is already stored
  80     fGlobPos(0,0,0), fLocPos(0,0,0),
  81     fMaxDigit(100), fMulDigit(0), fMaxTrack(1000), fMulTrack(0),
  82     fDigitsList(new Int_t[fMaxDigit]), fTracksList(new Int_t[fMaxTrack]),
  83     fClusterType(-1), fCoreEnergy(0), fDispersion(0),
  84     fEnergyList(new Float_t[fMaxDigit]),
  85     fAbsIdList(new Int_t[fMaxDigit]), fTime(-1.), fNExMax(0), fCoreRadius(10),
  86     fDETracksList(new Float_t[fMaxTrack]), fMulParent(0), fMaxParent(1000),
  87     fParentsList(new Int_t[fMaxParent]), fDEParentsList(new Float_t[fMaxParent]),
  88     fSuperModuleNumber(0), fDigitIndMax(-1), fDistToBadTower(-1),fSharedCluster(kFALSE)
  89 {
  90   // ctor
  91   for (Int_t i = 0; i < fMaxTrack; i++)
  92     fDETracksList[i] = 0;
  93   for (Int_t i = 0; i < fMaxParent; i++) {
  94     fParentsList[i] = -1;
  95     fDEParentsList[i] = 0;
  96   }
  97
  98   fGeomPtr = AliEMCALGeometry::GetInstance();
  99   fLambda[0] = 0;
 100   fLambda[1] = 0;
 101 }
 102
 103 //____________________________________________________________________________
 104 AliEMCALRecPoint::AliEMCALRecPoint(const AliEMCALRecPoint & rp)
 105   : AliCluster(rp), fGeomPtr(rp.fGeomPtr),
 106     fAmp(rp.fAmp), fIndexInList(rp.fIndexInList),
 107     fGlobPos(rp.fGlobPos),fLocPos(rp.fLocPos),
 108     fMaxDigit(rp.fMaxDigit), fMulDigit(rp.fMulDigit),
 109     fMaxTrack(rp.fMaxTrack), fMulTrack(rp.fMaxTrack),
 110     fDigitsList(new Int_t[rp.fMaxDigit]), fTracksList(new Int_t[rp.fMaxTrack]),
 111     fClusterType(rp.fClusterType), fCoreEnergy(rp.fCoreEnergy),
 112     fDispersion(rp.fDispersion),
 113     fEnergyList(new Float_t[rp.fMaxDigit]),
 114     fAbsIdList(new Int_t[rp.fMaxDigit]), fTime(rp.fTime), fNExMax(rp.fNExMax),fCoreRadius(rp.fCoreRadius),
 115     fDETracksList(new Float_t[rp.fMaxTrack]), fMulParent(rp.fMulParent),
 116     fMaxParent(rp.fMaxParent), fParentsList(new Int_t[rp.fMaxParent]),
 117     fDEParentsList(new Float_t[rp.fMaxParent]),
 118     fSuperModuleNumber(rp.fSuperModuleNumber), fDigitIndMax(rp.fDigitIndMax),
 119     fDistToBadTower(rp.fDistToBadTower), fSharedCluster(rp.fSharedCluster)
 120 {
 121   //copy ctor
 122   fLambda[0] = rp.fLambda[0];
 123   fLambda[1] = rp.fLambda[1];
 124
 125   for(Int_t i = 0; i < rp.fMulDigit; i++) {
 126     fEnergyList[i] = rp.fEnergyList[i];
 127     fAbsIdList[i]  = rp.fAbsIdList[i];
 128   }
 129
 130   for(Int_t i = 0; i < rp.fMulTrack; i++) fDETracksList[i] = rp.fDETracksList[i];
 131
 132   for(Int_t i = 0; i < rp.fMulParent; i++) {
 133     fParentsList[i] = rp.fParentsList[i];
 134     fDEParentsList[i] = rp.fDEParentsList[i];
 135   }
 136
 137 }
 138 //____________________________________________________________________________
 139 AliEMCALRecPoint::~AliEMCALRecPoint()
 140 {
 141   // dtor
 142   if ( fEnergyList )
 143     delete[] fEnergyList ;
 144   if ( fAbsIdList )
 145     delete[] fAbsIdList ;
 146    if ( fDETracksList)
 147     delete[] fDETracksList;
 148    if ( fParentsList)
 149     delete[] fParentsList;
 150    if ( fDEParentsList)
 151     delete[] fDEParentsList;
 152
 153    delete [] fDigitsList ;
 154    delete [] fTracksList ;
 155 }
 156
 157 //____________________________________________________________________________
 158 AliEMCALRecPoint& AliEMCALRecPoint::operator= (const AliEMCALRecPoint &rp)
 159 {
 160   // assignment operator
 161
 162   if(&rp == this) return *this;
 163
 164   fGeomPtr     = rp.fGeomPtr;
 165   fAmp         = rp.fAmp;
 166   fIndexInList = rp.fIndexInList;
 167   fGlobPos     = rp.fGlobPos;
 168   fLocPos      = rp.fLocPos;
 169   fMaxDigit    = rp.fMaxDigit;
 170   fMulDigit    = rp.fMulDigit;
 171   fMaxTrack    = rp.fMaxTrack;
 172   fMulTrack    = rp.fMulTrack;
 173
 174   if(fDigitsList) delete [] fDigitsList;
 175   fDigitsList = new Int_t[rp.fMaxDigit];
 176   if(fTracksList) delete [] fTracksList;
 177   fTracksList = new Int_t[rp.fMaxTrack];
 178   for(Int_t i = 0; i<fMaxDigit; i++) fDigitsList[i] = rp.fDigitsList[i];
 179   for(Int_t i = 0; i<fMaxTrack; i++) fTracksList[i] = rp.fTracksList[i];
 180
 181   fClusterType = rp.fClusterType;
 182   fCoreEnergy  = rp.fCoreEnergy;
 183   fDispersion  = rp.fDispersion;
 184
 185
 186   if(fEnergyList) delete [] fEnergyList;
 187   fEnergyList = new Float_t[rp.fMaxDigit];
 188   if(fAbsIdList) delete [] fAbsIdList;
 189   fAbsIdList = new Int_t[rp.fMaxDigit];
 190   for(Int_t i = 0; i<fMaxDigit; i++) {
 191     fEnergyList[i] = rp.fEnergyList[i];
 192     fAbsIdList[i]  = rp.fAbsIdList[i];
 193   }
 194
 195   fTime       = rp.fTime;
 196   fNExMax     = rp.fNExMax;
 197   fCoreRadius = rp.fCoreRadius;
 198
 199   if(fDETracksList) delete [] fDETracksList;
 200   fDETracksList = new Float_t[rp.fMaxTrack];
 201   for(Int_t i = 0; i < fMaxTrack; i++) fDETracksList[i] = rp.fDETracksList[i];
 202
 203   fMulParent = rp.fMulParent;
 204   fMaxParent = rp.fMaxParent;
 205
 206   if(fParentsList) delete [] fParentsList;
 207   fParentsList = new Int_t[rp.fMaxParent];
 208   if(fDEParentsList) delete [] fDEParentsList;
 209   fDEParentsList = new Float_t[rp.fMaxParent];
 210   for(Int_t i = 0; i < fMaxParent; i++) {
 211     fParentsList[i]   = rp.fParentsList[i];
 212     fDEParentsList[i] = rp.fDEParentsList[i];
 213   }
 214
 215   fSuperModuleNumber = rp.fSuperModuleNumber;
 216   fDigitIndMax       = rp.fDigitIndMax;
 217
 218   fLambda[0] = rp.fLambda[0];
 219   fLambda[1] = rp.fLambda[1];
 220
 221   fDistToBadTower = rp.fDistToBadTower;
 222   fSharedCluster  = rp.fSharedCluster;
 223
 224   return *this;
 225
 226 }
 227
 228 //____________________________________________________________________________
 229 void AliEMCALRecPoint::AddDigit(AliEMCALDigit & digit, const Float_t energy, const Bool_t shared)
 230 {
 231   // Adds a digit to the RecPoint
 232   // and accumulates the total amplitude and the multiplicity
 233
 234   if(fEnergyList == 0)
 235     fEnergyList =  new Float_t[fMaxDigit];
 236
 237   if(fAbsIdList == 0) {
 238     fAbsIdList  =  new Int_t  [fMaxDigit];
 239   }
 240
 241   if ( fMulDigit >= fMaxDigit ) { // increase the size of the lists
 242     fMaxDigit*=2 ;
 243     Int_t   * tempo   = new Int_t  [fMaxDigit];
 244     Float_t * tempoE  = new Float_t[fMaxDigit];
 245     Int_t   * tempoId = new Int_t  [fMaxDigit];
 246
 247     Int_t index ;
 248     for ( index = 0 ; index < fMulDigit ; index++ ){
 249       tempo  [index] = fDigitsList[index] ;
 250       tempoE [index] = fEnergyList[index] ;
 251       tempoId[index] = fAbsIdList [index] ;
 252     }
 253
 254     delete [] fDigitsList ;
 255     delete [] fEnergyList ;
 256     delete [] fAbsIdList ;
 257
 258     fDigitsList = tempo;
 259     fEnergyList = tempoE;
 260     fAbsIdList  = tempoId;
 261   } // if
 262
 263   fDigitsList[fMulDigit]   = digit.GetIndexInList()  ;
 264   fEnergyList[fMulDigit]   = energy ;
 265   fAbsIdList [fMulDigit]   = digit.GetId();
 266   fMulDigit++ ;
 267   fAmp += energy ;
 268
 269   if(shared) fSharedCluster = kTRUE;
 270 }
 271 //____________________________________________________________________________
 272 Bool_t AliEMCALRecPoint::AreNeighbours(AliEMCALDigit * digit1, AliEMCALDigit * digit2 ) const
 273 {
 274   // Tells if (true) or not (false) two digits are neighbours
 275   // A neighbour is defined as being two digits which share a corner
 276   // ONLY USED IN CASE OF UNFOLDING
 277
 278   Bool_t areNeighbours = kFALSE ;
 279   Int_t nSupMod=0, nModule=0, nIphi=0, nIeta=0;
 280   Int_t nSupMod1=0, nModule1=0, nIphi1=0, nIeta1=0;
 281   Int_t relid1[2] , relid2[2] ; // ieta, iphi
 282   Int_t rowdiff=0, coldiff=0;
 283
 284   areNeighbours = kFALSE ;
 285
 286   fGeomPtr->GetCellIndex(digit1->GetId(), nSupMod,nModule,nIphi,nIeta);
 287   fGeomPtr->GetCellPhiEtaIndexInSModule(nSupMod,nModule,nIphi,nIeta, relid1[0],relid1[1]);
 288
 289   fGeomPtr->GetCellIndex(digit2->GetId(), nSupMod1,nModule1,nIphi1,nIeta1);
 290   fGeomPtr->GetCellPhiEtaIndexInSModule(nSupMod1,nModule1,nIphi1,nIeta1, relid2[0],relid2[1]);
 291
 292   // In case of a shared cluster, index of SM in C side, columns start at 48 and ends at 48*2-1
 293   // C Side impair SM, nSupMod%2=1; A side pair SM nSupMod%2=0
 294   if(fSharedCluster){
 295     //printf("Shared cluster in 2 SMs!\n");
 296
 297     //    if(nSupMod1%2) relid1[1]+=AliEMCALGeoParams::fgkEMCALCols;//bad
 298     //    else           relid2[1]+=AliEMCALGeoParams::fgkEMCALCols;//bad
 299     if(nSupMod1%2) relid2[1]+=AliEMCALGeoParams::fgkEMCALCols;
 300     else           relid1[1]+=AliEMCALGeoParams::fgkEMCALCols;
 301   }
 302
 303   rowdiff = TMath::Abs( relid1[0] - relid2[0] ) ;
 304   coldiff = TMath::Abs( relid1[1] - relid2[1] ) ;
 305
 306   //if (( coldiff <= 1 )  && ( rowdiff <= 1 ) && (coldiff + rowdiff > 0))
 307   if ((coldiff + rowdiff == 1 ))
 308     areNeighbours = kTRUE ;
 309
 310   return areNeighbours;
 311 }
 312
 313 //____________________________________________________________________________
 314 Int_t AliEMCALRecPoint::Compare(const TObject * obj) const
 315 {
 316   // Compares two RecPoints according to their position in the EMCAL modules
 317
 318   Float_t delta = 1 ; //Width of "Sorting row".
 319
 320   Int_t rv = 2 ;
 321
 322   AliEMCALRecPoint * clu = (AliEMCALRecPoint *)obj ;
 323
 324   TVector3 locpos1;
 325   GetLocalPosition(locpos1);
 326   TVector3 locpos2;
 327   clu->GetLocalPosition(locpos2);
 328
 329   Int_t rowdif = (Int_t)(TMath::Ceil(locpos1.X()/delta)-TMath::Ceil(locpos2.X()/delta)) ;
 330   if (rowdif> 0)
 331     rv = 1 ;
 332   else if(rowdif < 0)
 333     rv = -1 ;
 334   else if(locpos1.Y()>locpos2.Y())
 335     rv = -1 ;
 336   else
 337     rv = 1 ;
 338
 339   return rv ;
 340 }
 341
 342 //___________________________________________________________________________
 343  void AliEMCALRecPoint::Draw(Option_t *option)
 344  {
 345    // Draw this AliEMCALRecPoint with its current attributes
 346
 347    AppendPad(option);
 348  }
 349
 350 //____________________________________________________________________________
 351 void AliEMCALRecPoint::EvalAll(Float_t logWeight,TClonesArray * digits, const Bool_t justClusters)
 352 {
 353   // Evaluates cluster parameters
 354
 355   // First calculate the index of digit with maximum amplitude and get
 356   // the supermodule number where it sits.
 357
 358   fDigitIndMax       = GetMaximalEnergyIndex();
 359   fSuperModuleNumber = fGeomPtr->GetSuperModuleNumber(GetAbsIdMaxDigit());
 360
 361   //Evaluate global and local position
 362   EvalGlobalPosition(logWeight, digits) ;
 363   EvalLocalPosition(logWeight, digits) ;
 364
 365   //Evaluate shower parameters
 366   EvalElipsAxis(logWeight, digits) ;
 367   EvalDispersion(logWeight, digits) ;
 368
 369   //EvalCoreEnergy(logWeight, digits);
 370   EvalTime(digits) ;
 371   EvalPrimaries(digits) ;
 372   EvalParents(digits);
 373
 374   //Called last because it sets the global position of the cluster?
 375   //Do not call it when recalculating clusters out of standard reconstruction
 376   if(!justClusters){
 377     EvalLocal2TrackingCSTransform();
 378   }
 379
 380 }
 381
 382 //____________________________________________________________________________
 383 void  AliEMCALRecPoint::EvalDispersion(Float_t logWeight, TClonesArray * digits)
 384 {
 385   // Calculates the dispersion of the shower at the origin of the RecPoint
 386   // in cell units - Nov 16,2006
 387
 388   Double_t d = 0., wtot = 0., w = 0.;
 389   Int_t iDigit=0, nstat=0;
 390   AliEMCALDigit * digit=0;
 391
 392   // Calculates the dispersion in cell units
 393   Double_t etai, phii, etaMean=0.0, phiMean=0.0;
 394   int nSupMod=0, nModule=0, nIphi=0, nIeta=0;
 395   int iphi=0, ieta=0;
 396   // Calculate mean values
 397   for(iDigit=0; iDigit < fMulDigit; iDigit++) {
 398     digit = (AliEMCALDigit *) digits->At(fDigitsList[iDigit])  ;
 399
 400     if (fAmp>0 && fEnergyList[iDigit]>0) {
 401       fGeomPtr->GetCellIndex(digit->GetId(), nSupMod,nModule,nIphi,nIeta);
 402       fGeomPtr->GetCellPhiEtaIndexInSModule(nSupMod,nModule,nIphi,nIeta, iphi,ieta);
 403
 404       // In case of a shared cluster, index of SM in C side, columns start at 48 and ends at 48*2
 405       // C Side impair SM, nSupMod%2=1; A side pair SM nSupMod%2=0
 406       if(fSharedCluster && nSupMod%2) ieta+=AliEMCALGeoParams::fgkEMCALCols;
 407
 408       etai=(Double_t)ieta;
 409       phii=(Double_t)iphi;
 410       w = TMath::Max(0.,logWeight+TMath::Log(fEnergyList[iDigit]/fAmp ) ) ;
 411
 412       if(w>0.0) {
 413         phiMean += phii*w;
 414         etaMean += etai*w;
 415         wtot    += w;
 416       }
 417     }
 418   }
 419   if (wtot>0) {
 420     phiMean /= wtot ;
 421     etaMean /= wtot ;
 422   } else AliError(Form("Wrong weight %f\n", wtot));
 423
 424   // Calculate dispersion
 425   for(iDigit=0; iDigit < fMulDigit; iDigit++) {
 426     digit = (AliEMCALDigit *) digits->At(fDigitsList[iDigit])  ;
 427
 428     if (fAmp>0 && fEnergyList[iDigit]>0) {
 429       fGeomPtr->GetCellIndex(digit->GetId(), nSupMod,nModule,nIphi,nIeta);
 430       fGeomPtr->GetCellPhiEtaIndexInSModule(nSupMod,nModule,nIphi,nIeta, iphi,ieta);
 431
 432       // In case of a shared cluster, index of SM in C side, columns start at 48 and ends at 48*2
 433       // C Side impair SM, nSupMod%2=1; A side pair SM, nSupMod%2=0
 434       if(fSharedCluster && nSupMod%2) ieta+=AliEMCALGeoParams::fgkEMCALCols;
 435
 436       etai=(Double_t)ieta;
 437       phii=(Double_t)iphi;
 438       w = TMath::Max(0.,logWeight+TMath::Log(fEnergyList[iDigit]/fAmp ) ) ;
 439
 440       if(w>0.0) {
 441         nstat++;
 442         d += w*((etai-etaMean)*(etai-etaMean)+(phii-phiMean)*(phii-phiMean));
 443       }
 444     }
 445   }
 446
 447   if ( wtot > 0 && nstat>1) d /= wtot ;
 448   else                      d = 0. ;
 449
 450   fDispersion = TMath::Sqrt(d) ;
 451   //printf("AliEMCALRecPoint::EvalDispersion() : Dispersion %f \n",fDispersion);
 452 }
 453
 454 //____________________________________________________________________________
 455 void AliEMCALRecPoint::EvalDistanceToBadChannels(AliCaloCalibPedestal* caloped)
 456 {
 457   //For each EMC rec. point set the distance to the nearest bad channel.
 458   //AliInfo(Form("%d bad channel(s) found.\n", caloped->GetDeadTowerCount()));
 459   //It is done in cell units and not in global or local position as before (Sept 2010)
 460
 461   if(!caloped->GetDeadTowerCount()) return;
 462
 463   //Get channels map of the supermodule where the cluster is.
 464   TH2D* hMap  = caloped->GetDeadMap(fSuperModuleNumber);
 465
 466   Int_t dRrow, dReta;
 467   Float_t  minDist = 10000.;
 468   Float_t  dist    = 0.;
 469   Int_t nSupMod, nModule;
 470   Int_t nIphi, nIeta;
 471   Int_t iphi, ieta;
 472   fDigitIndMax  = GetMaximalEnergyIndex();
 473   fGeomPtr->GetCellIndex(fAbsIdList[fDigitIndMax], nSupMod,nModule,nIphi,nIeta);
 474   fGeomPtr->GetCellPhiEtaIndexInSModule(nSupMod,nModule,nIphi,nIeta, iphi,ieta);
 475
 476   //Loop on tower status map
 477   for(Int_t irow = 0; irow < AliEMCALGeoParams::fgkEMCALRows; irow++){
 478     for(Int_t icol = 0; icol < AliEMCALGeoParams::fgkEMCALCols; icol++){
 479       //Check if tower is bad.
 480       if(hMap->GetBinContent(icol,irow)==AliCaloCalibPedestal::kAlive) continue;
 481       //printf("AliEMCALRecPoint::EvalDistanceToBadChannels() - Bad channel in SM %d, col %d, row %d\n",iSM,icol, irow);
 482
 483       dRrow=TMath::Abs(irow-iphi);
 484       dReta=TMath::Abs(icol-ieta);
 485       dist=TMath::Sqrt(dRrow*dRrow+dReta*dReta);
 486       if(dist < minDist) minDist = dist;
 487
 488     }
 489   }
 490
 491   //In case the cluster is shared by 2 SuperModules, need to check the map of the second Super Module
 492   if (fSharedCluster) {
 493     TH2D* hMap2 = 0;
 494     Int_t nSupMod2 = -1;
 495
 496     //The only possible combinations are (0,1), (2,3) ... (10,11)
 497     if(fSuperModuleNumber%2) nSupMod2 = fSuperModuleNumber-1;
 498     else                     nSupMod2 = fSuperModuleNumber+1;
 499     hMap2  = caloped->GetDeadMap(nSupMod2);
 500
 501     //Loop on tower status map of second super module
 502     for(Int_t irow = 0; irow < AliEMCALGeoParams::fgkEMCALRows; irow++){
 503       for(Int_t icol = 0; icol < AliEMCALGeoParams::fgkEMCALCols; icol++){
 504         //Check if tower is bad.
 505         if(hMap2->GetBinContent(icol,irow)==AliCaloCalibPedestal::kAlive) continue;
 506         //printf("AliEMCALRecPoint::EvalDistanceToBadChannels() - Bad channel in SM %d, col %d, row %d\n",iSM,icol, irow);
 507         dRrow=TMath::Abs(irow-iphi);
 508
 509         if(fSuperModuleNumber%2) {
 510           dReta=TMath::Abs(icol-(AliEMCALGeoParams::fgkEMCALCols+ieta));
 511        }
 512        else {
 513          dReta=TMath::Abs(AliEMCALGeoParams::fgkEMCALCols+icol-ieta);
 514        }
 515
 516        dist=TMath::Sqrt(dRrow*dRrow+dReta*dReta);
 517         if(dist < minDist) minDist = dist;
 518
 519       }
 520     }
 521
 522   }// shared cluster in 2 SuperModules
 523
 524   fDistToBadTower = minDist;
 525   //printf("AliEMCALRecPoint::EvalDistanceToBadChannel() - Distance to Bad is %f cm, shared cluster? %d \n",fDistToBadTower,fSharedCluster);
 526 }
 527
 528
 529 //____________________________________________________________________________
 530 void AliEMCALRecPoint::EvalLocalPosition(Float_t logWeight, TClonesArray * digits)
 531 {
 532   // Calculates the center of gravity in the local EMCAL-module coordinates
 533   //  Info("Print", " logWeight %f : cluster energy %f ", logWeight, fAmp); // for testing
 534
 535   AliEMCALDigit * digit=0;
 536   Int_t i=0, nstat=0;
 537
 538   Double_t dist  = TmaxInCm(Double_t(fAmp));
 539   //Int_t       idMax = GetAbsIdMaxDigit();// idMax is not used at all in RelPosCellInSModule, why use it?
 540
 541   Double_t clXYZ[3]={0.,0.,0.}, clRmsXYZ[3]={0.,0.,0.}, xyzi[3], wtot=0., w=0.;
 542
 543   //printf(" dist : %f  e : %f \n", dist, fAmp);
 544   for(Int_t iDigit=0; iDigit<fMulDigit; iDigit++) {
 545     digit = dynamic_cast<AliEMCALDigit *>(digits->At(fDigitsList[iDigit])) ;
 546
 547     if(!digit) {
 548       AliError("No Digit!!");
 549       continue;
 550     }
 551
 552     fGeomPtr->RelPosCellInSModule(digit->GetId(), dist, xyzi[0], xyzi[1], xyzi[2]);
 553
 554     //Temporal patch, due to mapping problem, need to swap "y" in one of the 2 SM, although no effect in position calculation. GCB 05/2010
 555     if(fSharedCluster && fSuperModuleNumber != fGeomPtr->GetSuperModuleNumber(digit->GetId())) xyzi[1]*=-1;
 556
 557     //printf("EvalLocalPosition Cell:  Id %i, SM %i : dist %f Local x,y,z %f %f %f \n",
 558     //          digit->GetId(), fGeomPtr->GetSuperModuleNumber(digit->GetId()), dist, xyzi[0], xyzi[1], xyzi[2]);
 559
 560     if(logWeight > 0.0)  w = TMath::Max( 0., logWeight + TMath::Log( fEnergyList[iDigit] / fAmp ));
 561     else  w = fEnergyList[iDigit]; // just energy
 562
 563     if(w>0.0) {
 564       wtot += w ;
 565       nstat++;
 566       for(i=0; i<3; i++ ) {
 567         clXYZ[i]    += (w*xyzi[i]);
 568         clRmsXYZ[i] += (w*xyzi[i]*xyzi[i]);
 569       }
 570     }
 571   }
 572   //  cout << " wtot " << wtot << endl;
 573   if ( wtot > 0 ) {
 574     //    xRMS   = TMath::Sqrt(x2m - xMean*xMean);
 575     for(i=0; i<3; i++ ) {
 576       clXYZ[i] /= wtot;
 577       if(nstat>1) {
 578         clRmsXYZ[i] /= (wtot*wtot);
 579         clRmsXYZ[i]  =  clRmsXYZ[i] - clXYZ[i]*clXYZ[i];
 580         if(clRmsXYZ[i] > 0.0) {
 581           clRmsXYZ[i] =  TMath::Sqrt(clRmsXYZ[i]);
 582         } else      clRmsXYZ[i] = 0;
 583       } else        clRmsXYZ[i] = 0;
 584     }
 585   } else {
 586     for(i=0; i<3; i++ ) {
 587       clXYZ[i] = clRmsXYZ[i] = -1.;
 588     }
 589   }
 590
 591   //    // Cluster of one single digit, smear the position to avoid discrete position
 592   //    // smear x and z with +- 3 cm to uniform (avoid discrete effects). Tower size is approx 6 cm.
 593   //    // Rndm generates a number in ]0,1]
 594   //    if (fMulDigit==1) {
 595   //      clXYZ[0] += fGeomPtr->GetPhiTileSize()*(0.5 - gRandom->Rndm());
 596   //      clXYZ[2] += fGeomPtr->GetEtaTileSize()*(0.5 - gRandom->Rndm());
 597   //    }
 598
 599   //Set position in local vector
 600   fLocPos.SetX(clXYZ[0]);
 601   fLocPos.SetY(clXYZ[1]);
 602   fLocPos.SetZ(clXYZ[2]);
 603
 604   if (gDebug==2)
 605     printf("EvalLocalPosition Cluster: Local (x,y,z) = (%f,%f,%f) \n", fLocPos.X(), fLocPos.Y(), fLocPos.Z()) ;
 606
 607 }
 608
 609
 610 //____________________________________________________________________________
 611 void AliEMCALRecPoint::EvalGlobalPosition(Float_t logWeight, TClonesArray * digits)
 612 {
 613   // Calculates the center of gravity in the global ALICE coordinates
 614   //  Info("Print", " logWeight %f : cluster energy %f ", logWeight, fAmp); // for testing
 615
 616   AliEMCALDigit * digit=0;
 617   Int_t i=0, nstat=0;
 618
 619   Double_t dist  = TmaxInCm(Double_t(fAmp));
 620   //Int_t       idMax = GetAbsIdMaxDigit();// idMax is not used at all in RelPosCellInSModule, why use it?
 621
 622   Double_t clXYZ[3]={0.,0.,0.}, clRmsXYZ[3]={0.,0.,0.}, lxyzi[3], xyzi[3], wtot=0., w=0.;
 623
 624   //printf(" dist : %f  e : %f \n", dist, fAmp);
 625   for(Int_t iDigit=0; iDigit<fMulDigit; iDigit++) {
 626     digit = dynamic_cast<AliEMCALDigit *>(digits->At(fDigitsList[iDigit])) ;
 627
 628     if(!digit) {
 629       AliError("No Digit!!");
 630       continue;
 631     }
 632
 633     //Get the local coordinates of the cell
 634     fGeomPtr->RelPosCellInSModule(digit->GetId(), dist, lxyzi[0], lxyzi[1], lxyzi[2]);
 635
 636     //Now get the global coordinate
 637     fGeomPtr->GetGlobal(lxyzi,xyzi, fGeomPtr->GetSuperModuleNumber(digit->GetId()));
 638     //TVector3 pos(xyzi[0], xyzi[1], xyzi[2]);
 639     //printf("EvalGlobalPosition Cell:  Id %i, SM %i : dist %f Local (x,y,z) = (%f %f %f), eta %f, phi%f \n",
 640     //     digit->GetId(), fGeomPtr->GetSuperModuleNumber(digit->GetId()),dist, xyzi[0], xyzi[1], xyzi[2],pos.Eta(),pos.Phi()*TMath::RadToDeg());
 641
 642     if(logWeight > 0.0)  w = TMath::Max( 0., logWeight + TMath::Log( fEnergyList[iDigit] / fAmp ));
 643     else  w = fEnergyList[iDigit]; // just energy
 644
 645     if(w>0.0) {
 646       wtot += w ;
 647       nstat++;
 648       for(i=0; i<3; i++ ) {
 649         clXYZ[i]    += (w*xyzi[i]);
 650         clRmsXYZ[i] += (w*xyzi[i]*xyzi[i]);
 651       }
 652     }
 653   }
 654   //  cout << " wtot " << wtot << endl;
 655   if ( wtot > 0 ) {
 656     //    xRMS   = TMath::Sqrt(x2m - xMean*xMean);
 657     for(i=0; i<3; i++ ) {
 658       clXYZ[i] /= wtot;
 659       if(nstat>1) {
 660         clRmsXYZ[i] /= (wtot*wtot);
 661         clRmsXYZ[i]  =  clRmsXYZ[i] - clXYZ[i]*clXYZ[i];
 662         if(clRmsXYZ[i] > 0.0) {
 663           clRmsXYZ[i] =  TMath::Sqrt(clRmsXYZ[i]);
 664         } else      clRmsXYZ[i] = 0;
 665       } else        clRmsXYZ[i] = 0;
 666     }
 667   } else {
 668     for(i=0; i<3; i++ ) {
 669       clXYZ[i] = clRmsXYZ[i] = -1.;
 670     }
 671   }
 672
 673 //  // Cluster of one single digit, smear the position to avoid discrete position
 674 //  // smear x and z with +- 3 cm to uniform (avoid discrete effects). Tower size is approx 6 cm.
 675 //  // Rndm generates a number in ]0,1]
 676 //  if (fMulDigit==1) {
 677 //    clXYZ[0] += fGeomPtr->GetPhiTileSize()*(0.5 - gRandom->Rndm());
 678 //    clXYZ[2] += fGeomPtr->GetEtaTileSize()*(0.5 - gRandom->Rndm());
 679 //  }
 680
 681   //Set position in global vector
 682   fGlobPos.SetX(clXYZ[0]);
 683   fGlobPos.SetY(clXYZ[1]);
 684   fGlobPos.SetZ(clXYZ[2]);
 685
 686   if (gDebug==2)
 687         printf("EvalGlobalPosition Cluster: (x ,y ,z) = (%f,%f,%f), eta %f,phi %f\n",
 688                    fGlobPos.X(), fGlobPos.Y(), fGlobPos.Z(),fGlobPos.Eta(),fGlobPos.Phi()*TMath::RadToDeg()) ;
 689 }
 690
 691 //____________________________________________________________________________
 692 void AliEMCALRecPoint::EvalLocalPositionFit(Double_t deff, Double_t logWeight,
 693 Double_t phiSlope, TClonesArray * digits)
 694 {
 695   // Evaluates local position of clusters in SM
 696
 697   Double_t ycorr=0;
 698   AliEMCALDigit *digit=0;
 699   Int_t i=0, nstat=0;
 700   Double_t clXYZ[3]={0.,0.,0.}, clRmsXYZ[3]={0.,0.,0.}, xyzi[3], wtot=0., w=0.;
 701
 702   Double_t dist  = TmaxInCm(Double_t(fAmp));
 703   //Int_t       idMax = GetAbsIdMaxDigit();// idMax is not used at all in RelPosCellInSModule, why use it?
 704
 705   for(Int_t iDigit=0; iDigit<digits->GetEntries(); iDigit++) {
 706     digit = dynamic_cast<AliEMCALDigit *>(digits->At(fDigitsList[iDigit])) ;
 707     if(digit){
 708       dist = deff;
 709       //fGeomPtr->RelPosCellInSModule(digit->GetId(), idMax, dist, xyzi[0], xyzi[1], xyzi[2]);
 710       fGeomPtr->RelPosCellInSModule(digit->GetId(), dist, xyzi[0], xyzi[1], xyzi[2]);
 711
 712       if(logWeight > 0.0)  w = TMath::Max( 0., logWeight + TMath::Log( fEnergyList[iDigit] / fAmp ));
 713       else                 w = fEnergyList[iDigit]; // just energy
 714
 715       if(w>0.0) {
 716         wtot += w ;
 717         nstat++;
 718         for(i=0; i<3; i++ ) {
 719           clXYZ[i]    += (w*xyzi[i]);
 720           clRmsXYZ[i] += (w*xyzi[i]*xyzi[i]);
 721         }
 722       }
 723     }else AliError("Digit null");
 724   }//loop
 725   //  cout << " wtot " << wtot << endl;
 726   if ( wtot > 0 ) {
 727     //    xRMS   = TMath::Sqrt(x2m - xMean*xMean);
 728     for(i=0; i<3; i++ ) {
 729       clXYZ[i] /= wtot;
 730       if(nstat>1) {
 731         clRmsXYZ[i] /= (wtot*wtot);
 732         clRmsXYZ[i]  =  clRmsXYZ[i] - clXYZ[i]*clXYZ[i];
 733         if(clRmsXYZ[i] > 0.0) {
 734           clRmsXYZ[i] =  TMath::Sqrt(clRmsXYZ[i]);
 735         } else      clRmsXYZ[i] = 0;
 736       } else        clRmsXYZ[i] = 0;
 737     }
 738   } else {
 739     for(i=0; i<3; i++ ) {
 740       clXYZ[i] = clRmsXYZ[i] = -1.;
 741     }
 742   }
 743   // clRmsXYZ[i] ??
 744   if(phiSlope != 0.0 && logWeight > 0.0 && wtot) {
 745     // Correction in phi direction (y - coords here); Aug 16;
 746     // May be put to global level or seperate method
 747     ycorr = clXYZ[1] * (1. + phiSlope);
 748     //printf(" y %f : ycorr %f : slope %f \n", clXYZ[1], ycorr, phiSlope);
 749     clXYZ[1] = ycorr;
 750   }
 751
 752   fLocPos.SetX(clXYZ[0]);
 753   fLocPos.SetY(clXYZ[1]);
 754   fLocPos.SetZ(clXYZ[2]);
 755
 756 //  if (gDebug==2)
 757 //    printf("EvalLocalPosition: eta,phi,r = %f,%f,%f", fLocPos.X(), fLocPos.Y(), fLocPos.Z()) ;
 758 }
 759
 760 //_____________________________________________________________________________
 761 Bool_t AliEMCALRecPoint::EvalLocalPosition2(TClonesArray * digits, TArrayD &ed)
 762 {
 763   // Evaluated local position of rec.point using digits
 764   // and parametrisation of w0 and deff
 765   //printf(" <I> AliEMCALRecPoint::EvalLocalPosition2() \n");
 766   return AliEMCALRecPoint::EvalLocalPositionFromDigits(digits, ed, fLocPos);
 767 }
 768
 769 //_____________________________________________________________________________
 770 Bool_t AliEMCALRecPoint::EvalLocalPositionFromDigits(TClonesArray *digits, TArrayD &ed, TVector3 &locPos)
 771 {
 772   // Used when digits should be recalibrated
 773   Double_t deff=0, w0=0, esum=0;
 774   Int_t iDigit=0;
 775   //  AliEMCALDigit *digit;
 776
 777   if(ed.GetSize() && (digits->GetEntries()!=ed.GetSize())) return kFALSE;
 778
 779   // Calculate sum energy of digits
 780   esum = 0.0;
 781   for(iDigit=0; iDigit<ed.GetSize(); iDigit++) esum += ed[iDigit];
 782
 783   GetDeffW0(esum, deff, w0);
 784
 785   return EvalLocalPositionFromDigits(esum, deff, w0, digits, ed, locPos);
 786 }
 787
 788 //_____________________________________________________________________________
 789 Bool_t AliEMCALRecPoint::EvalLocalPositionFromDigits(const Double_t esum, const Double_t deff, const Double_t w0, TClonesArray *digits, TArrayD &ed, TVector3 &locPos)
 790 {
 791   //Evaluate position of digits in supermodule.
 792   AliEMCALDigit *digit=0;
 793
 794   Int_t i=0, nstat=0;
 795   Double_t clXYZ[3]={0.,0.,0.}, xyzi[3], wtot=0., w=0.;
 796   //Int_t       idMax = GetAbsIdMaxDigit();// idMax is not used at all in RelPosCellInSModule, why use it?
 797
 798   // Get pointer to EMCAL geometry
 799   // (can't use fGeomPtr in static method)
 800   AliEMCALGeometry* geo = AliEMCALGeometry::GetInstance();
 801
 802   for(Int_t iDigit=0; iDigit<digits->GetEntries(); iDigit++) {
 803     digit = dynamic_cast<AliEMCALDigit *>(digits->At(iDigit));
 804     if(digit){
 805       //geo->RelPosCellInSModule(digit->GetId(), idMax, deff, xyzi[0], xyzi[1], xyzi[2]);
 806       geo->RelPosCellInSModule(digit->GetId(), deff, xyzi[0], xyzi[1], xyzi[2]);
 807
 808       if(w0 > 0.0)  w = TMath::Max( 0., w0 + TMath::Log(ed[iDigit] / esum));
 809       else          w = ed[iDigit]; // just energy
 810
 811       if(w>0.0) {
 812         wtot += w ;
 813         nstat++;
 814         for(i=0; i<3; i++ ) {
 815           clXYZ[i] += (w*xyzi[i]);
 816         }
 817       }
 818     }else AliError("Digit null");
 819   }//loop
 820   //  cout << " wtot " << wtot << endl;
 821   if (wtot > 0) {
 822     for(i=0; i<3; i++ ) {
 823       clXYZ[i] /= wtot;
 824     }
 825     locPos.SetX(clXYZ[0]);
 826     locPos.SetY(clXYZ[1]);
 827     locPos.SetZ(clXYZ[2]);
 828     return kTRUE;
 829   } else {
 830     return kFALSE;
 831   }
 832
 833 }
 834
 835 //_____________________________________________________________________________
 836 void AliEMCALRecPoint::GetDeffW0(const Double_t esum , Double_t &deff,  Double_t &w0)
 837 {
 838   //
 839   // Aug 31, 2001
 840   // Applied for simulation data with threshold 3 adc
 841   // Calculate efective distance (deff) and weigh parameter (w0)
 842   // for coordinate calculation; 0.5 GeV < esum <100 GeV.
 843   // Look to:  http://rhic.physics.wayne.edu/~pavlinov/ALICE/SHISHKEBAB/RES/CALIB/GEOMCORR/deffandW0VaEgamma_2.gif
 844   //
 845   Double_t e=0.0;
 846   const  Double_t kdp0=9.25147, kdp1=1.16700; // Hard coded now
 847   const  Double_t kwp0=4.83713, kwp1=-2.77970e-01, kwp2 = 4.41116;
 848
 849   // No extrapolation here
 850   e = esum<0.5?0.5:esum;
 851   e = e>100.?100.:e;
 852
 853   deff = kdp0 + kdp1*TMath::Log(e);
 854   w0   = kwp0 / (1. + TMath::Exp(kwp1*(e+kwp2)));
 855   //printf("<I> AliEMCALRecPoint::GetDeffW0 esum %5.2f : deff %5.2f : w0 %5.2f \n", esum, deff, w0);
 856 }
 857
 858 //______________________________________________________________________________
 859 void AliEMCALRecPoint::EvalCoreEnergy(Float_t logWeight, TClonesArray * digits)
 860 {
 861   // This function calculates energy in the core,
 862   // i.e. within a radius rad = fCoreEnergy around the center. Beyond this radius
 863   // in accordance with shower profile the energy deposition
 864   // should be less than 2%
 865   // Unfinished - Nov 15,2006
 866   // Distance is calculate in (phi,eta) units
 867
 868   AliEMCALDigit * digit = 0 ;
 869
 870   Int_t iDigit=0;
 871
 872   if (!fLocPos.Mag()) {
 873     EvalLocalPosition(logWeight, digits);
 874   }
 875
 876   Double_t phiPoint = fLocPos.Phi(), etaPoint = fLocPos.Eta();
 877   Double_t eta, phi, distance;
 878   for(iDigit=0; iDigit < fMulDigit; iDigit++) {
 879     digit = (AliEMCALDigit *) ( digits->At(fDigitsList[iDigit]) ) ;
 880
 881     eta = phi = 0.0;
 882     fGeomPtr->EtaPhiFromIndex(digit->GetId(),eta, phi) ;
 883     phi = phi * TMath::DegToRad();
 884
 885     distance = TMath::Sqrt((eta-etaPoint)*(eta-etaPoint)+(phi-phiPoint)*(phi-phiPoint));
 886     if(distance < fCoreRadius)
 887       fCoreEnergy += fEnergyList[iDigit] ;
 888   }
 889
 890 }
 891 //____________________________________________________________________________
 892 void  AliEMCALRecPoint::EvalElipsAxis(Float_t logWeight,TClonesArray * digits)
 893 {
 894   // Calculates the axis of the shower ellipsoid in eta and phi
 895   // in cell units
 896
 897   TString gn(fGeomPtr->GetName());
 898
 899   Double_t wtot = 0.;
 900   Double_t x    = 0.;
 901   Double_t z    = 0.;
 902   Double_t dxx  = 0.;
 903   Double_t dzz  = 0.;
 904   Double_t dxz  = 0.;
 905
 906   AliEMCALDigit * digit = 0;
 907
 908   Double_t etai =0, phii=0, w=0;
 909   int nSupMod=0, nModule=0, nIphi=0, nIeta=0;
 910   int iphi=0, ieta=0;
 911   for(Int_t iDigit=0; iDigit<fMulDigit; iDigit++) {
 912     digit = (AliEMCALDigit *) digits->At(fDigitsList[iDigit])  ;
 913     etai = phii = 0.;
 914     // Nov 15,2006 - use cell numbers as coordinates
 915     // Copied for shish-kebab geometry, ieta,iphi is cast as double as eta,phi
 916     // We can use the eta,phi(or coordinates) of cell
 917     nSupMod = nModule = nIphi = nIeta = iphi = ieta = 0;
 918
 919     fGeomPtr->GetCellIndex(digit->GetId(), nSupMod,nModule,nIphi,nIeta);
 920     fGeomPtr->GetCellPhiEtaIndexInSModule(nSupMod,nModule,nIphi,nIeta, iphi,ieta);
 921
 922     // In case of a shared cluster, index of SM in C side, columns start at 48 and ends at 48*2
 923     // C Side impair SM, nSupMod%2=1; A side pair SM, nSupMod%2=0
 924     if(fSharedCluster && nSupMod%2) ieta+=AliEMCALGeoParams::fgkEMCALCols;
 925
 926     etai=(Double_t)ieta;
 927     phii=(Double_t)iphi;
 928
 929     w = TMath::Max(0.,logWeight+TMath::Log(fEnergyList[iDigit]/fAmp ) ) ;
 930     // fAmp summed amplitude of digits, i.e. energy of recpoint
 931     // Gives smaller value of lambda than log weight
 932     // w = fEnergyList[iDigit] / fAmp; // Nov 16, 2006 - try just energy
 933
 934     dxx  += w * etai * etai ;
 935     x    += w * etai ;
 936     dzz  += w * phii * phii ;
 937     z    += w * phii ;
 938
 939     dxz  += w * etai * phii ;
 940
 941     wtot += w ;
 942   }
 943
 944   if ( wtot > 0 ) {
 945     dxx /= wtot ;
 946     x   /= wtot ;
 947     dxx -= x * x ;
 948     dzz /= wtot ;
 949     z   /= wtot ;
 950     dzz -= z * z ;
 951     dxz /= wtot ;
 952     dxz -= x * z ;
 953
 954     fLambda[0] =  0.5 * (dxx + dzz) + TMath::Sqrt( 0.25 * (dxx - dzz) * (dxx - dzz) + dxz * dxz )  ;
 955     if(fLambda[0] > 0)
 956       fLambda[0] = TMath::Sqrt(fLambda[0]) ;
 957     else
 958       fLambda[0] = 0;
 959
 960     fLambda[1] =  0.5 * (dxx + dzz) - TMath::Sqrt( 0.25 * (dxx - dzz) * (dxx - dzz) + dxz * dxz )  ;
 961
 962     if(fLambda[1] > 0) //To avoid exception if numerical errors lead to negative lambda.
 963       fLambda[1] = TMath::Sqrt(fLambda[1]) ;
 964     else
 965       fLambda[1]= 0. ;
 966   } else {
 967     fLambda[0]= 0. ;
 968     fLambda[1]= 0. ;
 969   }
 970
 971   //printf("AliEMCALRecPoint::EvalElipsAxis() lambdas  = %f,%f \n", fLambda[0],fLambda[1]) ;
 972
 973 }
 974
 975 //______________________________________________________________________________
 976 void  AliEMCALRecPoint::EvalPrimaries(TClonesArray * digits)
 977 {
 978   // Constructs the list of primary particles (tracks) which
 979   // have contributed to this RecPoint and calculate deposited energy
 980   // for each track
 981
 982   AliEMCALDigit * digit =0;
 983   Int_t * primArray = new Int_t[fMaxTrack] ;
 984   memset(primArray,-1,sizeof(Int_t)*fMaxTrack);
 985   Float_t * dEPrimArray = new Float_t[fMaxTrack] ;
 986   memset(dEPrimArray,-1,sizeof(Int_t)*fMaxTrack);
 987
 988   Int_t index ;
 989   for ( index = 0 ; index < GetDigitsMultiplicity() ; index++ ) { // all digits
 990     digit = dynamic_cast<AliEMCALDigit *>(digits->At( fDigitsList[index] )) ;
 991     if(!digit) {
 992       AliError("No Digit!!");
 993       continue;
 994     }
 995
 996     Int_t nprimaries = digit->GetNprimary() ;
 997     if ( nprimaries == 0 ) continue ;
 998     Int_t jndex ;
 999     for ( jndex = 0 ; jndex < nprimaries ; jndex++ ) { // all primaries in digit
1000       if ( fMulTrack > fMaxTrack ) {
1001         fMulTrack = fMaxTrack ;
1002         Error("EvalPrimaries", "increase fMaxTrack ")  ;
1003         break ;
1004       }
1005       Int_t newPrimary = digit->GetPrimary(jndex+1);
1006       Float_t dEPrimary = digit->GetDEPrimary(jndex+1);
1007       Int_t kndex ;
1008       Bool_t already = kFALSE ;
1009       for ( kndex = 0 ; kndex < fMulTrack ; kndex++ ) { //check if not already stored
1010         if ( newPrimary == primArray[kndex] ){
1011           already = kTRUE ;
1012           dEPrimArray[kndex] += dEPrimary;
1013           break ;
1014         }
1015       } // end of check
1016       if ( !already && (fMulTrack < fMaxTrack)) { // store it
1017         primArray[fMulTrack] = newPrimary ;
1018         dEPrimArray[fMulTrack] = dEPrimary ;
1019         fMulTrack++ ;
1020       } // store it
1021     } // all primaries in digit
1022   } // all digits
1023
1024   Int_t *sortIdx = new Int_t[fMulTrack];
1025   TMath::Sort(fMulTrack,dEPrimArray,sortIdx);
1026   for(index = 0; index < fMulTrack; index++) {
1027     fTracksList[index] = primArray[sortIdx[index]] ;
1028     fDETracksList[index] = dEPrimArray[sortIdx[index]] ;
1029   }
1030   delete [] sortIdx;
1031   delete [] primArray ;
1032   delete [] dEPrimArray ;
1033
1034 }
1035
1036 //______________________________________________________________________________
1037 void  AliEMCALRecPoint::EvalParents(TClonesArray * digits)
1038 {
1039   // Constructs the list of parent particles (tracks) which have contributed to this RecPoint
1040
1041   AliEMCALDigit * digit=0 ;
1042   Int_t * parentArray = new Int_t[fMaxTrack] ;
1043   memset(parentArray,-1,sizeof(Int_t)*fMaxTrack);
1044   Float_t * dEParentArray = new Float_t[fMaxTrack] ;
1045   memset(dEParentArray,-1,sizeof(Int_t)*fMaxTrack);
1046
1047   Int_t index ;
1048   for ( index = 0 ; index < GetDigitsMultiplicity() ; index++ ) { // all digits
1049     if (fDigitsList[index] >= digits->GetEntries() || fDigitsList[index] < 0)
1050       AliError(Form("Trying to get invalid digit %d (idx in WriteRecPoint %d)",fDigitsList[index],index));
1051     digit = dynamic_cast<AliEMCALDigit *>(digits->At( fDigitsList[index] )) ;
1052     if(!digit) {
1053       AliError("No Digit!!");
1054       continue;
1055     }
1056
1057     Int_t nparents = digit->GetNiparent() ;
1058     if ( nparents == 0 ) continue ;
1059
1060     Int_t jndex ;
1061     for ( jndex = 0 ; jndex < nparents ; jndex++ ) { // all primaries in digit
1062       if ( fMulParent > fMaxParent ) {
1063         fMulTrack = - 1 ;
1064         Error("EvalParents", "increase fMaxParent")  ;
1065         break ;
1066       }
1067       Int_t newParent = digit->GetIparent(jndex+1) ;
1068       Float_t newdEParent = digit->GetDEParent(jndex+1) ;
1069       Int_t kndex ;
1070       Bool_t already = kFALSE ;
1071       for ( kndex = 0 ; kndex < fMulParent ; kndex++ ) { //check if not already stored
1072         if ( newParent == parentArray[kndex] ){
1073           dEParentArray[kndex] += newdEParent;
1074           already = kTRUE ;
1075           break ;
1076         }
1077       } // end of check
1078       if ( !already && (fMulParent < fMaxParent)) { // store it
1079         parentArray[fMulParent] = newParent ;
1080         dEParentArray[fMulParent] = newdEParent ;
1081         fMulParent++ ;
1082       } // store it
1083     } // all parents in digit
1084   } // all digits
1085
1086   if (fMulParent>0) {
1087     Int_t *sortIdx = new Int_t[fMulParent];
1088     TMath::Sort(fMulParent,dEParentArray,sortIdx);
1089     for(index = 0; index < fMulParent; index++) {
1090       fParentsList[index] = parentArray[sortIdx[index]] ;
1091       fDEParentsList[index] = dEParentArray[sortIdx[index]] ;
1092     }
1093     delete [] sortIdx;
1094   }
1095
1096   delete [] parentArray;
1097   delete [] dEParentArray;
1098 }
1099
1100 //____________________________________________________________________________
1101 void AliEMCALRecPoint::GetLocalPosition(TVector3 & lpos) const
1102 {
1103   // returns the position of the cluster in the local reference system
1104   // of the sub-detector
1105
1106   lpos = fLocPos;
1107 }
1108
1109 //____________________________________________________________________________
1110 void AliEMCALRecPoint::GetGlobalPosition(TVector3 & gpos) const
1111 {
1112   // returns the position of the cluster in the global reference system of ALICE
1113   // These are now the Cartesian X, Y and Z
1114   //  cout<<" geom "<<geom<<endl;
1115   // fGeomPtr->GetGlobal(fLocPos, gpos, fSuperModuleNumber);
1116   gpos = fGlobPos;
1117
1118 }
1119
1120 //____________________________________________________________________________
1121 //void AliEMCALRecPoint::GetGlobalPosition(TVector3 & gpos, TMatrixF & gmat) const
1122 //{
1123 //  // returns the position of the cluster in the global reference system of ALICE
1124 //  // These are now the Cartesian X, Y and Z
1125 //  //  cout<<" geom "<<geom<<endl;
1126 //
1127 //  //To be implemented
1128 //  fGeomPtr->GetGlobalEMCAL(this, gpos, gmat);
1129 //
1130 //}
1131
1132 //_____________________________________________________________________________
1133 void AliEMCALRecPoint::EvalLocal2TrackingCSTransform()
1134 {
1135   //Evaluates local to "tracking" c.s. transformation (B.P.).
1136   //All evaluations should be completed before calling for this
1137   //function.
1138   //See ALICE PPR Chapter 5 p.18 for "tracking" c.s. definition,
1139   //or just ask Jouri Belikov. :)
1140
1141   SetVolumeId(AliGeomManager::LayerToVolUID(AliGeomManager::kEMCAL,GetSuperModuleNumber()));
1142
1143   const TGeoHMatrix* tr2loc = GetTracking2LocalMatrix();
1144   if(!tr2loc) AliFatal(Form("No Tracking2LocalMatrix found."));
1145
1146   Double_t lxyz[3] = {fLocPos.X(),fLocPos.Y(),fLocPos.Z()};
1147   Double_t txyz[3] = {0,0,0};
1148
1149   tr2loc->MasterToLocal(lxyz,txyz);
1150   SetX(txyz[0]); SetY(txyz[1]); SetZ(txyz[2]);
1151
1152   if(AliLog::GetGlobalDebugLevel()>0) {
1153     TVector3 gpos; //TMatrixF gmat;
1154     //GetGlobalPosition(gpos,gmat); //Not doing anythin special, replace by next line.
1155     fGeomPtr->GetGlobal(fLocPos, gpos, GetSuperModuleNumber());
1156
1157     Float_t gxyz[3];
1158     GetGlobalXYZ(gxyz);
1159     AliInfo(Form("lCS-->(%.3f,%.3f,%.3f), tCS-->(%.3f,%.3f,%.3f), gCS-->(%.3f,%.3f,%.3f),  gCScalc-\
1160 ->(%.3f,%.3f,%.3f), supermodule %d",
1161                  fLocPos.X(),fLocPos.Y(),fLocPos.Z(),
1162                  GetX(),GetY(),GetZ(),
1163                  gpos.X(),gpos.Y(),gpos.Z(),
1164                  gxyz[0],gxyz[1],gxyz[2],GetSuperModuleNumber()));
1165   }
1166
1167 }
1168
1169 //____________________________________________________________________________
1170 Float_t AliEMCALRecPoint::GetMaximalEnergy(void) const
1171 {
1172   // Finds the maximum energy in the cluster
1173
1174   Float_t menergy = 0. ;
1175
1176   Int_t iDigit;
1177   for(iDigit=0; iDigit<fMulDigit; iDigit++) {
1178
1179     if(fEnergyList[iDigit] > menergy)
1180       menergy = fEnergyList[iDigit] ;
1181   }
1182   return menergy ;
1183 }
1184
1185 //____________________________________________________________________________
1186 Int_t AliEMCALRecPoint::GetMaximalEnergyIndex(void) const
1187 {
1188   // Finds the maximum energy in the cluster
1189
1190   Float_t menergy = 0. ;
1191   Int_t mid       = 0  ;
1192   Int_t iDigit;
1193
1194   for(iDigit=0; iDigit<fMulDigit; iDigit++) {
1195
1196     if(fEnergyList[iDigit] > menergy){
1197       menergy = fEnergyList[iDigit] ;
1198       mid     = iDigit ;
1199     }
1200   }//loop on cluster digits
1201
1202   return mid ;
1203 }
1204
1205
1206 //____________________________________________________________________________
1207 Int_t AliEMCALRecPoint::GetMultiplicityAtLevel(Float_t H) const
1208 {
1209   // Calculates the multiplicity of digits with energy larger than H*energy
1210
1211   Int_t multipl   = 0 ;
1212   Int_t iDigit ;
1213   for(iDigit=0; iDigit<fMulDigit; iDigit++) {
1214
1215     if(fEnergyList[iDigit] > H * fAmp)
1216       multipl++ ;
1217   }
1218   return multipl ;
1219 }
1220
1221 //____________________________________________________________________________
1222 Int_t  AliEMCALRecPoint::GetNumberOfLocalMax(AliEMCALDigit **  maxAt, Float_t * maxAtEnergy,
1223                                                Float_t locMaxCut,TClonesArray * digits) const
1224 {
1225   // Calculates the number of local maxima in the cluster using fLocalMaxCut as the minimum
1226   // energy difference between two local maxima
1227
1228   AliEMCALDigit * digit  = 0;
1229   AliEMCALDigit * digitN = 0;
1230
1231   Int_t iDigitN = 0 ;
1232   Int_t iDigit  = 0 ;
1233
1234   for(iDigit = 0; iDigit < fMulDigit; iDigit++)
1235     maxAt[iDigit] = (AliEMCALDigit*) digits->At(fDigitsList[iDigit])  ;
1236
1237   for(iDigit = 0 ; iDigit < fMulDigit; iDigit++) {
1238     if(maxAt[iDigit]) {
1239       digit = maxAt[iDigit] ;
1240
1241       for(iDigitN = 0; iDigitN < fMulDigit; iDigitN++) {
1242         if(iDigitN == iDigit) continue;//the same digit
1243         digitN = (AliEMCALDigit *) digits->At(fDigitsList[iDigitN]) ;
1244
1245         if ( AreNeighbours(digit, digitN) ) {
1246           if (fEnergyList[iDigit] > fEnergyList[iDigitN] ) {
1247             maxAt[iDigitN] = 0 ;
1248             // but may be digit too is not local max ?
1249             if(fEnergyList[iDigit] < fEnergyList[iDigitN] + locMaxCut)
1250               maxAt[iDigit] = 0 ;
1251           } else {
1252             maxAt[iDigit] = 0 ;
1253             // but may be digitN too is not local max ?
1254             if(fEnergyList[iDigit] > fEnergyList[iDigitN] - locMaxCut)
1255               maxAt[iDigitN] = 0 ;
1256           }
1257         } // if Areneighbours
1258       } // while digitN
1259     } // slot not empty
1260   } // while digit
1261
1262   iDigitN = 0 ;
1263   for(iDigit = 0; iDigit < fMulDigit; iDigit++) {
1264     if(maxAt[iDigit] ){
1265       maxAt[iDigitN] = maxAt[iDigit] ;
1266       maxAtEnergy[iDigitN] = fEnergyList[iDigit] ;
1267       iDigitN++ ;
1268     }
1269   }
1270
1271   return iDigitN ;
1272 }
1273
1274 //____________________________________________________________________________
1275 Int_t AliEMCALRecPoint::GetPrimaryIndex() const
1276 {
1277   // Get the primary track index in TreeK which deposits the most energy
1278   // in Digits which forms RecPoint.
1279
1280   if (fMulTrack)
1281     return fTracksList[0];
1282   return -12345;
1283 }
1284
1285 //____________________________________________________________________________
1286 void AliEMCALRecPoint::EvalTime(TClonesArray * digits){
1287   // time is set to the time of the digit with the maximum energy
1288
1289   Float_t maxE  = 0;
1290   Int_t   maxAt = 0;
1291   for(Int_t idig=0; idig < fMulDigit; idig++){
1292     if(fEnergyList[idig] > maxE){
1293       maxE  = fEnergyList[idig] ;
1294       maxAt = idig;
1295     }
1296   }
1297   fTime = ((AliEMCALDigit*) digits->At(fDigitsList[maxAt]))->GetTime() ;
1298
1299 }
1300
1301 //______________________________________________________________________________
1302 void AliEMCALRecPoint::Paint(Option_t *)
1303 {
1304   // Paint this ALiRecPoint as a TMarker  with its current attributes
1305
1306   TVector3 pos(0.,0.,0.)  ;
1307   GetLocalPosition(pos)   ;
1308   Coord_t x = pos.X()     ;
1309   Coord_t y = pos.Z()     ;
1310   Color_t markercolor = 1 ;
1311   Size_t  markersize  = 1.;
1312   Style_t markerstyle = 5 ;
1313
1314   if (!gPad->IsBatch()) {
1315     gVirtualX->SetMarkerColor(markercolor) ;
1316     gVirtualX->SetMarkerSize (markersize)  ;
1317     gVirtualX->SetMarkerStyle(markerstyle) ;
1318   }
1319   gPad->SetAttMarkerPS(markercolor,markerstyle,markersize) ;
1320   gPad->PaintPolyMarker(1,&x,&y,"") ;
1321 }
1322
1323 //_____________________________________________________________________
1324 Double_t AliEMCALRecPoint::TmaxInCm(const Double_t e , const Int_t key)
1325 {
1326   // e energy in GeV)
1327   // key  =  0(gamma, default)
1328   //     !=  0(electron)
1329   const Double_t ca   = 4.82;  // shower max parameter - first guess; ca=TMath::Log(1000./8.07)
1330   Double_t tmax = 0.;    // position of electromagnetic shower max in cm
1331
1332   Double_t x0   = 1.31;  // radiation lenght (cm)
1333   //If old geometry in use
1334   if(!((fGeomPtr->GetEMCGeometry()->GetGeoName()).Contains("V1"))) x0 = 1.28;
1335
1336   if(e>0.1) {
1337     tmax = TMath::Log(e) + ca;
1338     if      (key==0) tmax += 0.5;
1339     else             tmax -= 0.5;
1340     tmax *= x0; // convert to cm
1341   }
1342   return tmax;
1343 }
1344
1345 //______________________________________________________________________________
1346 Float_t AliEMCALRecPoint::EtaToTheta(Float_t arg) const
1347 {
1348   //Converts Theta (Radians) to Eta(Radians)
1349   return (2.*TMath::ATan(TMath::Exp(-arg)));
1350 }
1351
1352 //______________________________________________________________________________
1353 Float_t AliEMCALRecPoint::ThetaToEta(Float_t arg) const
1354 {
1355   //Converts Eta (Radians) to Theta(Radians)
1356   return (-1 * TMath::Log(TMath::Tan(0.5 * arg)));
1357 }
1358
1359 //____________________________________________________________________________
1360 void AliEMCALRecPoint::Print(Option_t *opt) const
1361 {
1362   // Print the list of digits belonging to the cluster
1363   if(strlen(opt)==0) return;
1364   TString message ;
1365   message  = "AliEMCALRecPoint:\n" ;
1366   message +=  " digits # = " ;
1367   AliInfo(message.Data()) ;
1368
1369   Int_t iDigit;
1370   for(iDigit=0; iDigit<fMulDigit; iDigit++)
1371     printf(" %d ", fDigitsList[iDigit] ) ;
1372   printf("\n");
1373
1374   AliInfo(" Energies = ") ;
1375   for(iDigit=0; iDigit<fMulDigit; iDigit++)
1376     printf(" %f ", fEnergyList[iDigit] ) ;
1377   printf("\n");
1378
1379   AliInfo("\n Abs Ids = ") ;
1380   for(iDigit=0; iDigit<fMulDigit; iDigit++)
1381     printf(" %i ", fAbsIdList[iDigit] ) ;
1382   printf("\n");
1383
1384   AliInfo(" Primaries  ") ;
1385   for(iDigit = 0;iDigit < fMulTrack; iDigit++)
1386     printf(" %d ", fTracksList[iDigit]) ;
1387
1388   printf("\n Local x %6.2f y %7.2f z %7.1f \n", fLocPos[0], fLocPos[1], fLocPos[2]);
1389
1390   message  = "       ClusterType     = %d" ;
1391   message += "       Multiplicity    = %d" ;
1392   message += "       Cluster Energy  = %f" ;
1393   message += "       Core energy     = %f" ;
1394   message += "       Core radius     = %f" ;
1395   message += "       Number of primaries %d" ;
1396   message += "       Stored at position %d" ;
1397   AliInfo(Form(message.Data(), fClusterType, fMulDigit, fAmp, fCoreEnergy, fCoreRadius, fMulTrack, GetIndexInList()) ) ;
1398 }
1399
1400 //___________________________________________________________
1401 Double_t  AliEMCALRecPoint::GetPointEnergy() const
1402 {
1403   //Returns energy ....
1404   Double_t e=0.0;
1405   for(int ic=0; ic<GetMultiplicity(); ic++) e += double(fEnergyList[ic]);
1406   return e;
1407 }