96cc08165b69945efb70e6e4e3f33064554a140a
[u/mrichter/AliRoot.git] / EMCAL / AliEMCALRecPoint.cxx
1 /**************************************************************************
2  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
3  *                                                                        *
4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
6  *                                                                        *
7  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
9  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
10  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
11  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
12  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
14  **************************************************************************/
15 /* $Id$ */
16 //_________________________________________________________________________
17 //  Reconstructed Points for the EMCAL
18 //  A RecPoint is a cluster of digits
19 //  
20 //  
21 //*-- Author: Yves Schutz (SUBATECH)
22 //*-- Author: Dmitri Peressounko (RRC KI & SUBATECH)
23 //*-- Author: Heather Gray (LBL) merged AliEMCALRecPoint and AliEMCALTowerRecPoint 02/04
24
25 // --- ROOT system ---
26 #include "TPad.h"
27 #include "TGraph.h"
28 #include "TPaveText.h"
29 #include "TClonesArray.h"
30 #include "TMath.h"
31 #include "TGeoMatrix.h"
32 #include "TGeoManager.h"
33 #include "TGeoPhysicalNode.h"
34 #include "TRandom.h"
35
36 // --- Standard library ---
37 #include <Riostream.h>
38
39 // --- AliRoot header files ---
40 //#include "AliGenerator.h"
41 class AliGenerator;
42 class AliEMCAL;
43 #include "AliLog.h"
44 #include "AliGeomManager.h"
45 #include "AliEMCALGeometry.h"
46 #include "AliEMCALHit.h"
47 #include "AliEMCALDigit.h"
48 #include "AliEMCALRecPoint.h"
49 #include "AliCaloCalibPedestal.h"
50 #include "AliEMCALGeoParams.h"
51
52 ClassImp(AliEMCALRecPoint)
53
54 //____________________________________________________________________________
55 AliEMCALRecPoint::AliEMCALRecPoint()
56   : AliCluster(), fGeomPtr(0),
57     fAmp(0), fIndexInList(-1), //to be set when the point is already stored
58     fGlobPos(0,0,0),fLocPos(0,0,0), 
59     fMaxDigit(100), fMulDigit(0), fMaxTrack(200),
60     fMulTrack(0), fDigitsList(0), fTracksList(0),
61     fClusterType(-1), fCoreEnergy(0), fDispersion(0),
62     fEnergyList(0), fTimeList(0), fAbsIdList(0),
63     fTime(0.), fNExMax(0), fCoreRadius(10),  //HG check this 
64     fDETracksList(0), fMulParent(0), fMaxParent(0),
65     fParentsList(0), fDEParentsList(0), fSuperModuleNumber(0),
66     fDigitIndMax(-1), fDistToBadTower(-1), fSharedCluster(kFALSE)
67 {
68   // ctor
69   fGeomPtr = AliEMCALGeometry::GetInstance();
70   
71   fLambda[0] = 0;
72   fLambda[1] = 0;
73
74 }
75
76 //____________________________________________________________________________
77 AliEMCALRecPoint::AliEMCALRecPoint(const char *) 
78   : AliCluster(), fGeomPtr(0),
79     fAmp(0), fIndexInList(-1), //to be set when the point is already stored
80     fGlobPos(0,0,0), fLocPos(0,0,0),
81     fMaxDigit(100), fMulDigit(0), fMaxTrack(1000), fMulTrack(0),
82     fDigitsList(new Int_t[fMaxDigit]), fTracksList(new Int_t[fMaxTrack]),
83     fClusterType(-1), fCoreEnergy(0), fDispersion(0),
84     fEnergyList(new Float_t[fMaxDigit]), fTimeList(new Float_t[fMaxDigit]), 
85     fAbsIdList(new Int_t[fMaxDigit]), fTime(-1.), fNExMax(0), fCoreRadius(10),
86     fDETracksList(new Float_t[fMaxTrack]), fMulParent(0), fMaxParent(1000),
87     fParentsList(new Int_t[fMaxParent]), fDEParentsList(new Float_t[fMaxParent]),
88     fSuperModuleNumber(0), fDigitIndMax(-1), fDistToBadTower(-1),fSharedCluster(kFALSE)
89 {
90   // ctor
91   for (Int_t i = 0; i < fMaxTrack; i++)
92     fDETracksList[i] = 0;
93   for (Int_t i = 0; i < fMaxParent; i++) {
94     fParentsList[i] = -1;
95     fDEParentsList[i] = 0;
96   }
97
98   fGeomPtr = AliEMCALGeometry::GetInstance();
99   fLambda[0] = 0;
100   fLambda[1] = 0;
101 }
102
103 //____________________________________________________________________________
104 AliEMCALRecPoint::AliEMCALRecPoint(const AliEMCALRecPoint & rp) 
105   : AliCluster(rp), fGeomPtr(rp.fGeomPtr),
106     fAmp(rp.fAmp), fIndexInList(rp.fIndexInList),
107     fGlobPos(rp.fGlobPos),fLocPos(rp.fLocPos),
108     fMaxDigit(rp.fMaxDigit), fMulDigit(rp.fMulDigit),
109     fMaxTrack(rp.fMaxTrack), fMulTrack(rp.fMaxTrack),
110     fDigitsList(new Int_t[rp.fMaxDigit]), fTracksList(new Int_t[rp.fMaxTrack]),
111     fClusterType(rp.fClusterType), fCoreEnergy(rp.fCoreEnergy), 
112     fDispersion(rp.fDispersion),
113     fEnergyList(new Float_t[rp.fMaxDigit]), fTimeList(new Float_t[rp.fMaxDigit]), 
114     fAbsIdList(new Int_t[rp.fMaxDigit]), fTime(rp.fTime), fNExMax(rp.fNExMax),fCoreRadius(rp.fCoreRadius),
115     fDETracksList(new Float_t[rp.fMaxTrack]), fMulParent(rp.fMulParent), 
116     fMaxParent(rp.fMaxParent), fParentsList(new Int_t[rp.fMaxParent]), 
117     fDEParentsList(new Float_t[rp.fMaxParent]),
118     fSuperModuleNumber(rp.fSuperModuleNumber), fDigitIndMax(rp.fDigitIndMax), 
119     fDistToBadTower(rp.fDistToBadTower), fSharedCluster(rp.fSharedCluster)
120 {
121   //copy ctor
122   fLambda[0] = rp.fLambda[0];
123   fLambda[1] = rp.fLambda[1];
124
125   for(Int_t i = 0; i < rp.fMulDigit; i++) {
126     fEnergyList[i] = rp.fEnergyList[i];
127     fTimeList[i] = rp.fTimeList[i];
128     fAbsIdList[i] = rp.fAbsIdList[i];
129   }
130
131   for(Int_t i = 0; i < rp.fMulTrack; i++) fDETracksList[i] = rp.fDETracksList[i];
132
133   for(Int_t i = 0; i < rp.fMulParent; i++) {
134     fParentsList[i] = rp.fParentsList[i];
135     fDEParentsList[i] = rp.fDEParentsList[i];
136   }
137
138 }
139 //____________________________________________________________________________
140 AliEMCALRecPoint::~AliEMCALRecPoint()
141 {
142   // dtor
143   if ( fEnergyList )
144     delete[] fEnergyList ; 
145   if ( fTimeList )
146     delete[] fTimeList ; 
147   if ( fAbsIdList )
148     delete[] fAbsIdList ; 
149    if ( fDETracksList)
150     delete[] fDETracksList;
151    if ( fParentsList)
152     delete[] fParentsList;
153    if ( fDEParentsList)
154     delete[] fDEParentsList;
155         
156    delete [] fDigitsList ;
157    delete [] fTracksList ;
158 }
159
160 //____________________________________________________________________________
161 AliEMCALRecPoint& AliEMCALRecPoint::operator= (const AliEMCALRecPoint &rp)
162 {
163   // assignment operator
164
165   if(&rp == this) return *this;
166
167   fGeomPtr = rp.fGeomPtr;
168   fAmp = rp.fAmp;
169   fIndexInList = rp.fIndexInList;
170   fGlobPos = rp.fGlobPos;
171   fLocPos  = rp.fLocPos;
172   fMaxDigit = rp.fMaxDigit;
173   fMulDigit = rp.fMulDigit;
174   fMaxTrack = rp.fMaxTrack;
175   fMulTrack = rp.fMaxTrack;
176   for(Int_t i = 0; i<fMaxDigit; i++) fDigitsList[i] = rp.fDigitsList[i];
177   for(Int_t i = 0; i<fMaxTrack; i++) fTracksList[i] = rp.fTracksList[i];
178   fClusterType = rp.fClusterType;
179   fCoreEnergy  = rp.fCoreEnergy; 
180   fDispersion  = rp.fDispersion;
181   for(Int_t i = 0; i<fMaxDigit; i++) {
182     fEnergyList[i] = rp.fEnergyList[i];
183     fTimeList[i]   = rp.fTimeList[i]; 
184     fAbsIdList[i]  = rp.fAbsIdList[i];
185   }
186   fTime = rp.fTime;
187   fNExMax = rp.fNExMax;
188   fCoreRadius = rp.fCoreRadius;
189   for(Int_t i = 0; i < fMaxTrack; i++) fDETracksList[i] = rp.fDETracksList[i];
190   fMulParent = rp.fMulParent;
191   fMaxParent = rp.fMaxParent;
192   for(Int_t i = 0; i < fMaxParent; i++) {
193     fParentsList[i] = rp.fParentsList[i]; 
194     fDEParentsList[i] = rp.fDEParentsList[i];
195   }
196   fSuperModuleNumber = rp.fSuperModuleNumber;
197   fDigitIndMax = rp.fDigitIndMax;
198
199   fLambda[0] = rp.fLambda[0];
200   fLambda[1] = rp.fLambda[1];
201         
202   fDistToBadTower = rp.fDistToBadTower;
203   fSharedCluster  = rp.fSharedCluster;
204         
205   return *this;
206
207 }
208
209 //____________________________________________________________________________
210 void AliEMCALRecPoint::AddDigit(AliEMCALDigit & digit, Float_t energy, Bool_t shared)
211 {
212   // Adds a digit to the RecPoint
213   // and accumulates the total amplitude and the multiplicity 
214   
215   if(fEnergyList == 0)
216     fEnergyList =  new Float_t[fMaxDigit]; 
217   if(fTimeList == 0)
218     fTimeList =  new Float_t[fMaxDigit]; 
219   if(fAbsIdList == 0) {
220     fAbsIdList =  new Int_t[fMaxDigit];
221   }
222
223   if ( fMulDigit >= fMaxDigit ) { // increase the size of the lists 
224     fMaxDigit*=2 ; 
225     Int_t   * tempo   = new Int_t[fMaxDigit]; 
226     Float_t * tempoE  = new Float_t[fMaxDigit];
227     Float_t * tempoT  = new Float_t[fMaxDigit];
228     Int_t   * tempoId = new Int_t[fMaxDigit]; 
229
230     Int_t index ;     
231     for ( index = 0 ; index < fMulDigit ; index++ ){
232       tempo[index]   = fDigitsList[index] ;
233       tempoE[index]  = fEnergyList[index] ; 
234       tempoT[index]  = fTimeList[index] ; 
235       tempoId[index] = fAbsIdList[index] ; 
236     }
237     
238     delete [] fDigitsList ;
239     delete [] fEnergyList ;
240     delete [] fTimeList ;
241     delete [] fAbsIdList ;
242
243     fDigitsList = tempo;
244     fEnergyList = tempoE; 
245     fTimeList   = tempoT;
246     fAbsIdList  = tempoId;
247   } // if
248   
249   fDigitsList[fMulDigit]   = digit.GetIndexInList()  ; 
250   fEnergyList[fMulDigit]   = energy ;
251   fTimeList[fMulDigit]     = digit.GetTimeR() ;
252   fAbsIdList[fMulDigit]    = digit.GetId();
253   fMulDigit++ ; 
254   fAmp += energy ; 
255         
256   if(shared) fSharedCluster = kTRUE;
257         
258   //GCB, May-2010, setting moved to EvalAll method, set the super module number for the largest energy digit position. 
259   //JLK 10-Oct-2007 this hasn't been filled before because it was in
260   //the wrong place in previous versions.
261   //Now we evaluate it only if the supermodulenumber for this recpoint
262   //has not yet been set (or is the 0th one)
263   //if(fSuperModuleNumber == 0)
264     //fSuperModuleNumber = fGeomPtr->GetSuperModuleNumber(digit.GetId());
265
266 }
267 //____________________________________________________________________________
268 Bool_t AliEMCALRecPoint::AreNeighbours(AliEMCALDigit * digit1, AliEMCALDigit * digit2 ) const
269 {
270   // Tells if (true) or not (false) two digits are neighbours
271   // A neighbour is defined as being two digits which share a corner
272   // ONLY USED IN CASE OF UNFOLDING 
273         
274   Bool_t areNeighbours = kFALSE ;
275   Int_t nSupMod=0, nModule=0, nIphi=0, nIeta=0;
276   Int_t nSupMod1=0, nModule1=0, nIphi1=0, nIeta1=0;
277   Int_t relid1[2] , relid2[2] ; // ieta, iphi
278   Int_t rowdiff=0, coldiff=0;
279
280   areNeighbours = kFALSE ;
281
282   fGeomPtr->GetCellIndex(digit1->GetId(), nSupMod,nModule,nIphi,nIeta);
283   fGeomPtr->GetCellPhiEtaIndexInSModule(nSupMod,nModule,nIphi,nIeta, relid1[0],relid1[1]);
284
285   fGeomPtr->GetCellIndex(digit2->GetId(), nSupMod1,nModule1,nIphi1,nIeta1);
286   fGeomPtr->GetCellPhiEtaIndexInSModule(nSupMod1,nModule1,nIphi1,nIeta1, relid2[0],relid2[1]);
287   
288   // In case of a shared cluster, index of SM in C side, columns start at 48 and ends at 48*2-1
289   // C Side impair SM, nSupMod%2=1; A side pair SM nSupMod%2=0
290   if(fSharedCluster){
291     if(nSupMod1%2) relid1[1]+=AliEMCALGeoParams::fgkEMCALCols;
292     else           relid2[1]+=AliEMCALGeoParams::fgkEMCALCols;
293   }
294         
295   rowdiff = TMath::Abs( relid1[0] - relid2[0] ) ;  
296   coldiff = TMath::Abs( relid1[1] - relid2[1] ) ;  
297
298   if (( coldiff <= 1 )  && ( rowdiff <= 1 ) && (coldiff + rowdiff > 0)) 
299   areNeighbours = kTRUE ;
300   
301   return areNeighbours;
302 }
303
304 //____________________________________________________________________________
305 Int_t AliEMCALRecPoint::Compare(const TObject * obj) const
306 {
307   // Compares two RecPoints according to their position in the EMCAL modules
308
309   Float_t delta = 1 ; //Width of "Sorting row". 
310         
311   Int_t rv = 2 ; 
312
313   AliEMCALRecPoint * clu = (AliEMCALRecPoint *)obj ; 
314
315   TVector3 locpos1; 
316   GetLocalPosition(locpos1);
317   TVector3 locpos2;  
318   clu->GetLocalPosition(locpos2);  
319
320   Int_t rowdif = (Int_t)(TMath::Ceil(locpos1.X()/delta)-TMath::Ceil(locpos2.X()/delta)) ;
321   if (rowdif> 0) 
322     rv = 1 ;
323   else if(rowdif < 0) 
324     rv = -1 ;
325   else if(locpos1.Y()>locpos2.Y()) 
326     rv = -1 ;
327   else 
328     rv = 1 ; 
329
330   return rv ; 
331 }
332
333 // GCB, May-2010, Method not used, just comment it but remove?
334 //____________________________________________________________________________
335 //Int_t AliEMCALRecPoint::DistancetoPrimitive(Int_t px, Int_t py)
336 //{
337 //  // Compute distance from point px,py to  a AliEMCALRecPoint considered as a Tmarker
338 //  // Compute the closest distance of approach from point px,py to this marker.
339 //  // The distance is computed in pixels units.
340 //  // HG Still need to update -> Not sure what this should achieve
341 //
342 //  TVector3 pos(0.,0.,0.) ;
343 //  GetLocalPosition(pos) ;
344 //  Float_t x =  pos.X() ;
345 //  Float_t y =  pos.Y() ;
346 //  const Int_t kMaxDiff = 10;
347 //  Int_t pxm  = gPad->XtoAbsPixel(x);
348 //  Int_t pym  = gPad->YtoAbsPixel(y);
349 //  Int_t dist = (px-pxm)*(px-pxm) + (py-pym)*(py-pym);
350 //  
351 //  if (dist > kMaxDiff) return 9999;
352 //  return dist;
353 //}
354
355 //___________________________________________________________________________
356  void AliEMCALRecPoint::Draw(Option_t *option)
357  {
358    // Draw this AliEMCALRecPoint with its current attributes
359    
360    AppendPad(option);
361  }
362
363 // GCB, May-2010, Method not used, just comment it but remove?
364 //______________________________________________________________________________
365 //void AliEMCALRecPoint::ExecuteEvent(Int_t /*event*/, Int_t, Int_t)
366 //{
367 //  // Execute action corresponding to one event
368 //  // This member function is called when a AliEMCALRecPoint is clicked with the locator
369 //  //
370 //  // If Left button is clicked on AliEMCALRecPoint, the digits are switched on    
371 //  // and switched off when the mouse button is released.
372 //
373 //  //  static Int_t pxold, pyold;
374 //
375 //  /*  static TGraph *  digitgraph = 0 ;
376 //  static TPaveText* clustertext = 0 ;
377 //  
378 //  if (!gPad->IsEditable()) return;
379 //  
380 //  switch (event) {
381 //    
382 //    
383 //  case kButton1Down:{
384 //    AliEMCALDigit * digit ;
385 //
386 //    Int_t iDigit;
387 //    Int_t relid[2] ;
388 //  
389 //    const Int_t kMulDigit=AliEMCALRecPoint::GetDigitsMultiplicity() ;
390 //    Float_t * xi = new Float_t [kMulDigit] ; 
391 //    Float_t * zi = new Float_t [kMulDigit] ;
392 //    
393 //    for(iDigit = 0; iDigit < kMulDigit; iDigit++) {
394 //      Fatal("AliEMCALRecPoint::ExecuteEvent", " -> Something wrong with the code"); 
395 //      digit = 0 ; //dynamic_cast<AliEMCALDigit *>((fDigitsList)[iDigit]);
396 //      fGeomPtr->AbsToRelNumbering(digit->GetId(), relid) ;
397 //      fGeomPtr->PosInAlice(relid, xi[iDigit], zi[iDigit]) ;
398 //    }
399 //    
400 //    if (!digitgraph) {
401 //      digitgraph = new TGraph(fMulDigit,xi,zi);
402 //      digitgraph-> SetMarkerStyle(5) ; 
403 //      digitgraph-> SetMarkerSize(1.) ;
404 //      digitgraph-> SetMarkerColor(1) ;
405 //      digitgraph-> Draw("P") ;
406 //    }
407 //    if (!clustertext) {
408 //      
409 //      TVector3 pos(0.,0.,0.) ;
410 //      GetLocalPosition(pos) ;
411 //      clustertext = new TPaveText(pos.X()-10,pos.Z()+10,pos.X()+50,pos.Z()+35,"") ;
412 //      Text_t  line1[40] ;
413 //      Text_t  line2[40] ;
414 //      sprintf(line1,"Energy=%1.2f GeV",GetEnergy()) ;
415 //      sprintf(line2,"%d Digits",GetDigitsMultiplicity()) ;
416 //      clustertext ->AddText(line1) ;
417 //      clustertext ->AddText(line2) ;
418 //      clustertext ->Draw("");
419 //    }
420 //    gPad->Update() ; 
421 //    Print("") ;
422 //    delete[] xi ; 
423 //    delete[] zi ; 
424 //   }
425 //  
426 //break;
427 //  
428 //  case kButton1Up:
429 //    if (digitgraph) {
430 //      delete digitgraph  ;
431 //      digitgraph = 0 ;
432 //    }
433 //    if (clustertext) {
434 //      delete clustertext ;
435 //      clustertext = 0 ;
436 //    }
437 //    
438 //    break;
439 //    
440 //    }*/
441 //}
442
443 //____________________________________________________________________________
444 void AliEMCALRecPoint::EvalAll(Float_t logWeight,TClonesArray * digits) 
445 {
446   // Evaluates cluster parameters
447         
448   // First calculate the index of digit with maximum amplitude and get 
449   // the supermodule number where it sits.
450     
451   fDigitIndMax       = GetMaximalEnergyIndex();
452   fSuperModuleNumber = fGeomPtr->GetSuperModuleNumber(GetAbsIdMaxDigit());
453   
454   //Evaluate global and local position
455   EvalGlobalPosition(logWeight, digits) ;
456   EvalLocalPosition(logWeight, digits) ;
457         
458   //Evaluate shower parameters
459   EvalElipsAxis(logWeight, digits) ;
460   EvalDispersion(logWeight, digits) ;
461
462   //EvalCoreEnergy(logWeight, digits);
463   EvalTime(digits) ;
464   EvalPrimaries(digits) ;
465   EvalParents(digits);
466         
467   //Called last because it sets the global position of the cluster?
468   EvalLocal2TrackingCSTransform();
469
470 }
471
472 //____________________________________________________________________________
473 void  AliEMCALRecPoint::EvalDispersion(Float_t logWeight, TClonesArray * digits)
474 {
475   // Calculates the dispersion of the shower at the origin of the RecPoint
476   // in cell units - Nov 16,2006
477
478   Double_t d = 0., wtot = 0., w = 0.;
479   Int_t iDigit=0, nstat=0;
480   AliEMCALDigit * digit=0;
481         
482   // Calculates the dispersion in cell units 
483   Double_t etai, phii, etaMean=0.0, phiMean=0.0; 
484   int nSupMod=0, nModule=0, nIphi=0, nIeta=0;
485   int iphi=0, ieta=0;
486   // Calculate mean values
487   for(iDigit=0; iDigit < fMulDigit; iDigit++) {
488     digit = (AliEMCALDigit *) digits->At(fDigitsList[iDigit])  ;
489
490     if (fAmp>0 && fEnergyList[iDigit]>0) {
491       fGeomPtr->GetCellIndex(digit->GetId(), nSupMod,nModule,nIphi,nIeta);
492       fGeomPtr->GetCellPhiEtaIndexInSModule(nSupMod,nModule,nIphi,nIeta, iphi,ieta);
493         
494       // In case of a shared cluster, index of SM in C side, columns start at 48 and ends at 48*2
495       // C Side impair SM, nSupMod%2=1; A side pair SM nSupMod%2=0
496       if(fSharedCluster && nSupMod%2) ieta+=AliEMCALGeoParams::fgkEMCALCols;
497                 
498       etai=(Double_t)ieta;
499       phii=(Double_t)iphi;
500       w = TMath::Max(0.,logWeight+TMath::Log(fEnergyList[iDigit]/fAmp ) ) ;
501
502       if(w>0.0) {
503         phiMean += phii*w;
504         etaMean += etai*w;
505         wtot    += w;
506       }
507     }
508   }
509   if (wtot>0) {
510     phiMean /= wtot ;
511     etaMean /= wtot ;
512   } else AliError(Form("Wrong weight %f\n", wtot));
513
514   // Calculate dispersion
515   for(iDigit=0; iDigit < fMulDigit; iDigit++) {
516     digit = (AliEMCALDigit *) digits->At(fDigitsList[iDigit])  ;
517
518     if (fAmp>0 && fEnergyList[iDigit]>0) {
519       fGeomPtr->GetCellIndex(digit->GetId(), nSupMod,nModule,nIphi,nIeta);
520       fGeomPtr->GetCellPhiEtaIndexInSModule(nSupMod,nModule,nIphi,nIeta, iphi,ieta);
521                 
522       // In case of a shared cluster, index of SM in C side, columns start at 48 and ends at 48*2
523       // C Side impair SM, nSupMod%2=1; A side pair SM, nSupMod%2=0
524       if(fSharedCluster && nSupMod%2) ieta+=AliEMCALGeoParams::fgkEMCALCols;
525       
526       etai=(Double_t)ieta;
527       phii=(Double_t)iphi;
528       w = TMath::Max(0.,logWeight+TMath::Log(fEnergyList[iDigit]/fAmp ) ) ;
529
530       if(w>0.0) {
531         nstat++;
532         d += w*((etai-etaMean)*(etai-etaMean)+(phii-phiMean)*(phii-phiMean));
533       }
534     }
535   }
536   
537   if ( wtot > 0 && nstat>1) d /= wtot ;
538   else                      d = 0. ; 
539
540   fDispersion = TMath::Sqrt(d) ;
541   //printf("AliEMCALRecPoint::EvalDispersion() : Dispersion %f \n",fDispersion);
542 }
543
544 //____________________________________________________________________________
545 void AliEMCALRecPoint::EvalDistanceToBadChannels(AliCaloCalibPedestal* caloped)
546 {
547         //For each EMC rec. point set the distance to the nearest bad channel.
548         //AliInfo(Form("%d bad channel(s) found.\n", caloped->GetDeadTowerCount()));
549   //It is done in cell units and not in global or local position as before (Sept 2010)
550         
551         if(!caloped->GetDeadTowerCount()) return;
552                 
553         //Get channels map of the supermodule where the cluster is.
554         TH2D* hMap  = caloped->GetDeadMap(fSuperModuleNumber);
555         
556   Int_t dRrow, dReta;   
557         Float_t  minDist = 10000.;
558         Float_t  dist    = 0.;
559   Int_t nSupMod, nModule;
560   Int_t nIphi, nIeta;
561   Int_t iphi, ieta;
562   fDigitIndMax  = GetMaximalEnergyIndex();
563   fGeomPtr->GetCellIndex(fAbsIdList[fDigitIndMax], nSupMod,nModule,nIphi,nIeta);
564   fGeomPtr->GetCellPhiEtaIndexInSModule(nSupMod,nModule,nIphi,nIeta, iphi,ieta);
565
566   //    TVector3 dR;    
567   //    TVector3 cellpos;
568   //    Float_t  minDist = 100000;
569   //    Float_t  dist    = 0;
570   //    Int_t    absId   = -1;  
571   
572   //Loop on tower status map 
573         for(Int_t irow = 0; irow < AliEMCALGeoParams::fgkEMCALRows; irow++){
574                 for(Int_t icol = 0; icol < AliEMCALGeoParams::fgkEMCALCols; icol++){
575                         //Check if tower is bad.
576                         if(hMap->GetBinContent(icol,irow)==AliCaloCalibPedestal::kAlive) continue;
577       //printf("AliEMCALRecPoint::EvalDistanceToBadChannels() - Bad channel in SM %d, col %d, row %d\n",iSM,icol, irow);
578
579       dRrow=TMath::Abs(irow-iphi);
580       dReta=TMath::Abs(icol-ieta);
581       dist=TMath::Sqrt(dRrow*dRrow+dReta*dReta);
582                         if(dist < minDist) minDist = dist;
583       
584       //                        //Tower is bad, get the absId of the index.
585       //                        absId = fGeomPtr->GetAbsCellIdFromCellIndexes(fSuperModuleNumber, irow, icol); 
586       //                        
587       //                        //Get the position of this tower.
588       //                        
589       //                        //Calculate the distance in local coordinates
590       //                        //fGeomPtr->RelPosCellInSModule(absId,cellpos);
591       //                        //Calculate distance between this tower and cluster, set if is smaller than previous.
592       //                        //dR = cellpos-fLocPos;
593       //                        
594       //                        //Calculate the distance in global coordinates
595       //                        fGeomPtr->GetGlobal(absId,cellpos);
596       //                        //Calculate distance between this tower and cluster, set if it is smaller than previous.
597       //                        dR = cellpos-fGlobPos;
598       //                        
599       //                        dist = dR.Mag();
600       //                        if(dist < minDist) minDist = dist;
601       
602                 }
603         }
604   
605         //In case the cluster is shared by 2 SuperModules, need to check the map of the second Super Module
606         if (fSharedCluster) {
607                 TH2D* hMap2 = 0;
608                 Int_t nSupMod2 = -1;
609         
610                 //The only possible combinations are (0,1), (2,3) ... (10,11)
611                 if(fSuperModuleNumber%2) nSupMod2 = fSuperModuleNumber-1;
612                 else                     nSupMod2 = fSuperModuleNumber+1;
613                 hMap2  = caloped->GetDeadMap(nSupMod2);
614     
615                 //Loop on tower status map of second super module
616                 for(Int_t irow = 0; irow < AliEMCALGeoParams::fgkEMCALRows; irow++){
617                         for(Int_t icol = 0; icol < AliEMCALGeoParams::fgkEMCALCols; icol++){
618                                 //Check if tower is bad.
619                                 if(hMap2->GetBinContent(icol,irow)==AliCaloCalibPedestal::kAlive) continue;
620                                 //printf("AliEMCALRecPoint::EvalDistanceToBadChannels() - Bad channel in SM %d, col %d, row %d\n",iSM,icol, irow);
621         
622         dRrow=TMath::Abs(irow-iphi);
623
624         if(fSuperModuleNumber%2) {
625                                   dReta=TMath::Abs(icol-(AliEMCALGeoParams::fgkEMCALCols+ieta));
626                                 }
627         else {
628           dReta=TMath::Abs(AliEMCALGeoParams::fgkEMCALCols+icol-ieta);
629                                 }                    
630         
631                                 dist=TMath::Sqrt(dRrow*dRrow+dReta*dReta);
632         if(dist < minDist) minDist = dist;        
633         
634 //                              
635 //                              //Tower is bad, get the absId of the index.
636 //                              absId = fGeomPtr->GetAbsCellIdFromCellIndexes(nSupMod2, irow, icol); 
637 //                              
638 //                              //Get the position of this tower.
639 //                              
640 //                              //Calculate the distance in global coordinates
641 //                              fGeomPtr->GetGlobal(absId,cellpos);
642 //                              //Calculate distance between this tower and cluster, set if it is smaller than previous.
643 //                              dR = cellpos-fGlobPos;
644 //                              
645 //                              dist = dR.Mag();
646 //                              if(dist < minDist) minDist = dist;
647                         }
648                 }
649         
650         }// shared cluster in 2 SuperModules
651                 
652         fDistToBadTower = minDist;
653         //printf("AliEMCALRecPoint::EvalDistanceToBadChannel() - Distance to Bad is %f cm, shared cluster? %d \n",fDistToBadTower,fSharedCluster);
654 }
655
656
657 //____________________________________________________________________________
658 void AliEMCALRecPoint::EvalLocalPosition(Float_t logWeight, TClonesArray * digits)
659 {
660         // Calculates the center of gravity in the local EMCAL-module coordinates 
661         //  Info("Print", " logWeight %f : cluster energy %f ", logWeight, fAmp); // for testing
662                 
663         AliEMCALDigit * digit=0;
664         Int_t i=0, nstat=0;
665         
666         Double_t dist  = TmaxInCm(Double_t(fAmp));
667         //Int_t idMax = GetAbsIdMaxDigit();// idMax is not used at all in RelPosCellInSModule, why use it?
668         
669         Double_t clXYZ[3]={0.,0.,0.}, clRmsXYZ[3]={0.,0.,0.}, xyzi[3], wtot=0., w=0.;
670         
671         //printf(" dist : %f  e : %f \n", dist, fAmp);
672         for(Int_t iDigit=0; iDigit<fMulDigit; iDigit++) {
673                 digit = dynamic_cast<AliEMCALDigit *>(digits->At(fDigitsList[iDigit])) ;
674
675     if(!digit) {
676       AliError("No Digit!!");
677       continue;
678     }
679     
680                 //fGeomPtr->RelPosCellInSModule(digit->GetId(), idMax, dist, xyzi[0], xyzi[1], xyzi[2]);
681                 fGeomPtr->RelPosCellInSModule(digit->GetId(), dist, xyzi[0], xyzi[1], xyzi[2]);
682                 
683                 //Temporal patch, due to mapping problem, need to swap "y" in one of the 2 SM, although no effect in position calculation. GCB 05/2010
684                 if(fSharedCluster && fSuperModuleNumber != fGeomPtr->GetSuperModuleNumber(digit->GetId())) xyzi[1]*=-1;
685                 
686                 //printf("EvalLocalPosition Cell:  Id %i, SM %i : dist %f Local x,y,z %f %f %f \n", 
687                 //              digit->GetId(), fGeomPtr->GetSuperModuleNumber(digit->GetId()), dist, xyzi[0], xyzi[1], xyzi[2]);
688                 
689                 if(logWeight > 0.0)  w = TMath::Max( 0., logWeight + TMath::Log( fEnergyList[iDigit] / fAmp ));
690                 else  w = fEnergyList[iDigit]; // just energy
691                 
692                 if(w>0.0) {
693                         wtot += w ;
694                         nstat++;
695                         for(i=0; i<3; i++ ) {
696                                 clXYZ[i]    += (w*xyzi[i]);
697                                 clRmsXYZ[i] += (w*xyzi[i]*xyzi[i]);
698                         }
699                 }
700         }
701         //  cout << " wtot " << wtot << endl;
702         if ( wtot > 0 ) { 
703                 //    xRMS   = TMath::Sqrt(x2m - xMean*xMean);
704                 for(i=0; i<3; i++ ) {
705                         clXYZ[i] /= wtot;
706                         if(nstat>1) {
707                                 clRmsXYZ[i] /= (wtot*wtot);  
708                                 clRmsXYZ[i]  =  clRmsXYZ[i] - clXYZ[i]*clXYZ[i];
709                                 if(clRmsXYZ[i] > 0.0) {
710                                         clRmsXYZ[i] =  TMath::Sqrt(clRmsXYZ[i]);
711                                 } else      clRmsXYZ[i] = 0;
712                         } else        clRmsXYZ[i] = 0;
713                 }    
714         } else {
715                 for(i=0; i<3; i++ ) {
716                         clXYZ[i] = clRmsXYZ[i] = -1.;
717                 }
718         }
719         // clRmsXYZ[i] ??
720         
721 //      // Cluster of one single digit, smear the position to avoid discrete position
722 //      // smear x and z with +- 3 cm to uniform (avoid discrete effects). Tower size is approx 6 cm.
723 //      // Rndm generates a number in ]0,1]
724 //      if (fMulDigit==1) { 
725 //        clXYZ[0] += fGeomPtr->GetPhiTileSize()*(0.5 - gRandom->Rndm()); 
726 //        clXYZ[2] += fGeomPtr->GetEtaTileSize()*(0.5 - gRandom->Rndm()); 
727 //      }
728         
729         //Set position in local vector
730         fLocPos.SetX(clXYZ[0]);
731         fLocPos.SetY(clXYZ[1]);
732         fLocPos.SetZ(clXYZ[2]);
733                 
734         if (gDebug==2)
735                 printf("EvalLocalPosition Cluster: Local (x,y,z) = (%f,%f,%f) \n", fLocPos.X(), fLocPos.Y(), fLocPos.Z()) ; 
736
737 }
738
739
740 //____________________________________________________________________________
741 void AliEMCALRecPoint::EvalGlobalPosition(Float_t logWeight, TClonesArray * digits)
742 {
743   // Calculates the center of gravity in the global ALICE coordinates 
744   //  Info("Print", " logWeight %f : cluster energy %f ", logWeight, fAmp); // for testing
745   
746   AliEMCALDigit * digit=0;
747   Int_t i=0, nstat=0;
748         
749   Double_t dist  = TmaxInCm(Double_t(fAmp));
750   //Int_t       idMax = GetAbsIdMaxDigit();// idMax is not used at all in RelPosCellInSModule, why use it?
751         
752   Double_t clXYZ[3]={0.,0.,0.}, clRmsXYZ[3]={0.,0.,0.}, lxyzi[3], xyzi[3], wtot=0., w=0.;
753
754   //printf(" dist : %f  e : %f \n", dist, fAmp);
755   for(Int_t iDigit=0; iDigit<fMulDigit; iDigit++) {
756     digit = dynamic_cast<AliEMCALDigit *>(digits->At(fDigitsList[iDigit])) ;
757
758     if(!digit) {
759       AliError("No Digit!!");
760       continue;
761     }    
762     
763     //Get the local coordinates of the cell
764     //fGeomPtr->RelPosCellInSModule(digit->GetId(), idMax, dist, lxyzi[0], lxyzi[1], lxyzi[2]);
765     fGeomPtr->RelPosCellInSModule(digit->GetId(), dist, lxyzi[0], lxyzi[1], lxyzi[2]);
766     
767     //Now get the global coordinate
768     fGeomPtr->GetGlobal(lxyzi,xyzi, fGeomPtr->GetSuperModuleNumber(digit->GetId()));
769     //TVector3 pos(xyzi[0], xyzi[1], xyzi[2]);
770     //printf("EvalGlobalPosition Cell:  Id %i, SM %i : dist %f Local (x,y,z) = (%f %f %f), eta %f, phi%f \n", 
771     //     digit->GetId(), fGeomPtr->GetSuperModuleNumber(digit->GetId()),dist, xyzi[0], xyzi[1], xyzi[2],pos.Eta(),pos.Phi()*TMath::RadToDeg());
772           
773     if(logWeight > 0.0)  w = TMath::Max( 0., logWeight + TMath::Log( fEnergyList[iDigit] / fAmp ));
774     else  w = fEnergyList[iDigit]; // just energy
775
776     if(w>0.0) {
777       wtot += w ;
778       nstat++;
779       for(i=0; i<3; i++ ) {
780         clXYZ[i]    += (w*xyzi[i]);
781         clRmsXYZ[i] += (w*xyzi[i]*xyzi[i]);
782       }
783     }
784   }
785   //  cout << " wtot " << wtot << endl;
786   if ( wtot > 0 ) { 
787     //    xRMS   = TMath::Sqrt(x2m - xMean*xMean);
788     for(i=0; i<3; i++ ) {
789       clXYZ[i] /= wtot;
790       if(nstat>1) {
791         clRmsXYZ[i] /= (wtot*wtot);  
792         clRmsXYZ[i]  =  clRmsXYZ[i] - clXYZ[i]*clXYZ[i];
793         if(clRmsXYZ[i] > 0.0) {
794           clRmsXYZ[i] =  TMath::Sqrt(clRmsXYZ[i]);
795         } else      clRmsXYZ[i] = 0;
796       } else        clRmsXYZ[i] = 0;
797     }    
798   } else {
799     for(i=0; i<3; i++ ) {
800       clXYZ[i] = clRmsXYZ[i] = -1.;
801     }
802   }
803   // clRmsXYZ[i] ??
804
805 //  // Cluster of one single digit, smear the position to avoid discrete position
806 //  // smear x and z with +- 3 cm to uniform (avoid discrete effects). Tower size is approx 6 cm.
807 //  // Rndm generates a number in ]0,1]
808 //  if (fMulDigit==1) { 
809 //    clXYZ[0] += fGeomPtr->GetPhiTileSize()*(0.5 - gRandom->Rndm()); 
810 //    clXYZ[2] += fGeomPtr->GetEtaTileSize()*(0.5 - gRandom->Rndm());   
811 //  }
812         
813   //Set position in global vector
814   fGlobPos.SetX(clXYZ[0]);
815   fGlobPos.SetY(clXYZ[1]);
816   fGlobPos.SetZ(clXYZ[2]);
817                 
818   if (gDebug==2)
819         printf("EvalGlobalPosition Cluster: (x ,y ,z) = (%f,%f,%f), eta %f,phi %f\n", 
820                    fGlobPos.X(), fGlobPos.Y(), fGlobPos.Z(),fGlobPos.Eta(),fGlobPos.Phi()*TMath::RadToDeg()) ; 
821 }
822
823 //____________________________________________________________________________
824 void AliEMCALRecPoint::EvalLocalPositionFit(Double_t deff, Double_t logWeight, 
825 Double_t phiSlope, TClonesArray * digits)
826 {
827   // Evaluates local position of clusters in SM
828   
829   Double_t ycorr=0;
830   AliEMCALDigit *digit=0;
831   Int_t i=0, nstat=0;
832   Double_t clXYZ[3]={0.,0.,0.}, clRmsXYZ[3]={0.,0.,0.}, xyzi[3], wtot=0., w=0.; 
833
834   Double_t dist  = TmaxInCm(Double_t(fAmp));
835   //Int_t       idMax = GetAbsIdMaxDigit();// idMax is not used at all in RelPosCellInSModule, why use it?
836         
837   for(Int_t iDigit=0; iDigit<digits->GetEntries(); iDigit++) {
838     digit = dynamic_cast<AliEMCALDigit *>(digits->At(fDigitsList[iDigit])) ;
839     if(digit){
840       dist = deff;
841       //fGeomPtr->RelPosCellInSModule(digit->GetId(), idMax, dist, xyzi[0], xyzi[1], xyzi[2]);
842       fGeomPtr->RelPosCellInSModule(digit->GetId(), dist, xyzi[0], xyzi[1], xyzi[2]);
843       
844       if(logWeight > 0.0)  w = TMath::Max( 0., logWeight + TMath::Log( fEnergyList[iDigit] / fAmp ));
845       else                 w = fEnergyList[iDigit]; // just energy
846       
847       if(w>0.0) {
848         wtot += w ;
849         nstat++;
850         for(i=0; i<3; i++ ) {
851           clXYZ[i]    += (w*xyzi[i]);
852           clRmsXYZ[i] += (w*xyzi[i]*xyzi[i]);
853         }
854       }
855     }else AliError("Digit null");
856   }//loop
857   //  cout << " wtot " << wtot << endl;
858   if ( wtot > 0 ) { 
859     //    xRMS   = TMath::Sqrt(x2m - xMean*xMean);
860     for(i=0; i<3; i++ ) {
861       clXYZ[i] /= wtot;
862       if(nstat>1) {
863         clRmsXYZ[i] /= (wtot*wtot);  
864         clRmsXYZ[i]  =  clRmsXYZ[i] - clXYZ[i]*clXYZ[i];
865         if(clRmsXYZ[i] > 0.0) {
866           clRmsXYZ[i] =  TMath::Sqrt(clRmsXYZ[i]);
867         } else      clRmsXYZ[i] = 0;
868       } else        clRmsXYZ[i] = 0;
869     }    
870   } else {
871     for(i=0; i<3; i++ ) {
872       clXYZ[i] = clRmsXYZ[i] = -1.;
873     }
874   }
875   // clRmsXYZ[i] ??
876   if(phiSlope != 0.0 && logWeight > 0.0 && wtot) { 
877     // Correction in phi direction (y - coords here); Aug 16;
878     // May be put to global level or seperate method
879     ycorr = clXYZ[1] * (1. + phiSlope);
880     //printf(" y %f : ycorr %f : slope %f \n", clXYZ[1], ycorr, phiSlope); 
881     clXYZ[1] = ycorr;
882   }
883         
884   fLocPos.SetX(clXYZ[0]);
885   fLocPos.SetY(clXYZ[1]);
886   fLocPos.SetZ(clXYZ[2]);
887     
888 //  if (gDebug==2)
889 //    printf("EvalLocalPosition: eta,phi,r = %f,%f,%f", fLocPos.X(), fLocPos.Y(), fLocPos.Z()) ; 
890 }
891
892 //_____________________________________________________________________________
893 Bool_t AliEMCALRecPoint::EvalLocalPosition2(TClonesArray * digits, TArrayD &ed)
894 {
895   // Evaluated local position of rec.point using digits 
896   // and parametrisation of w0 and deff
897   //printf(" <I> AliEMCALRecPoint::EvalLocalPosition2() \n"); 
898   return AliEMCALRecPoint::EvalLocalPositionFromDigits(digits, ed, fLocPos);
899 }
900
901 //_____________________________________________________________________________
902 Bool_t AliEMCALRecPoint::EvalLocalPositionFromDigits(TClonesArray *digits, TArrayD &ed, TVector3 &locPos)
903 {
904   // Used when digits should be recalibrated
905   Double_t deff=0, w0=0, esum=0;
906   Int_t iDigit=0;
907   //  AliEMCALDigit *digit;
908
909   if(ed.GetSize() && (digits->GetEntries()!=ed.GetSize())) return kFALSE;
910
911   // Calculate sum energy of digits
912   esum = 0.0;
913   for(iDigit=0; iDigit<ed.GetSize(); iDigit++) esum += ed[iDigit];
914
915   GetDeffW0(esum, deff, w0);
916   
917   return EvalLocalPositionFromDigits(esum, deff, w0, digits, ed, locPos); 
918 }
919
920 //_____________________________________________________________________________
921 Bool_t AliEMCALRecPoint::EvalLocalPositionFromDigits(const Double_t esum, const Double_t deff, const Double_t w0, TClonesArray *digits, TArrayD &ed, TVector3 &locPos)
922 {
923   //Evaluate position of digits in supermodule.
924   AliEMCALDigit *digit=0;
925
926   Int_t i=0, nstat=0;
927   Double_t clXYZ[3]={0.,0.,0.}, xyzi[3], wtot=0., w=0.; 
928   //Int_t       idMax = GetAbsIdMaxDigit();// idMax is not used at all in RelPosCellInSModule, why use it?
929         
930   // Get pointer to EMCAL geometry
931   // (can't use fGeomPtr in static method)
932   AliEMCALGeometry* geo = AliEMCALGeometry::GetInstance(); 
933
934   for(Int_t iDigit=0; iDigit<digits->GetEntries(); iDigit++) {
935     digit = dynamic_cast<AliEMCALDigit *>(digits->At(iDigit));
936     if(digit){
937       //geo->RelPosCellInSModule(digit->GetId(), idMax, deff, xyzi[0], xyzi[1], xyzi[2]);
938       geo->RelPosCellInSModule(digit->GetId(), deff, xyzi[0], xyzi[1], xyzi[2]);
939       
940       if(w0 > 0.0)  w = TMath::Max( 0., w0 + TMath::Log(ed[iDigit] / esum));
941       else          w = ed[iDigit]; // just energy
942       
943       if(w>0.0) {
944         wtot += w ;
945         nstat++;
946         for(i=0; i<3; i++ ) {
947           clXYZ[i] += (w*xyzi[i]);
948         }
949       }
950     }else AliError("Digit null");
951   }//loop
952   //  cout << " wtot " << wtot << endl;
953   if (wtot > 0) { 
954     for(i=0; i<3; i++ ) {
955       clXYZ[i] /= wtot;
956     }
957     locPos.SetX(clXYZ[0]);
958     locPos.SetY(clXYZ[1]);
959     locPos.SetZ(clXYZ[2]);
960     return kTRUE;
961   } else {
962     return kFALSE;
963   }
964
965 }
966
967 //_____________________________________________________________________________
968 void AliEMCALRecPoint::GetDeffW0(const Double_t esum , Double_t &deff,  Double_t &w0)
969 {
970   //
971   // Aug 31, 2001 
972   // Applied for simulation data with threshold 3 adc
973   // Calculate efective distance (deff) and weigh parameter (w0) 
974   // for coordinate calculation; 0.5 GeV < esum <100 GeV.
975   // Look to:  http://rhic.physics.wayne.edu/~pavlinov/ALICE/SHISHKEBAB/RES/CALIB/GEOMCORR/deffandW0VaEgamma_2.gif
976   //
977   Double_t e=0.0;
978   const  Double_t kdp0=9.25147, kdp1=1.16700; // Hard coded now
979   const  Double_t kwp0=4.83713, kwp1=-2.77970e-01, kwp2 = 4.41116;
980
981   // No extrapolation here
982   e = esum<0.5?0.5:esum;
983   e = e>100.?100.:e;
984
985   deff = kdp0 + kdp1*TMath::Log(e);
986   w0   = kwp0 / (1. + TMath::Exp(kwp1*(e+kwp2)));
987   //printf("<I> AliEMCALRecPoint::GetDeffW0 esum %5.2f : deff %5.2f : w0 %5.2f \n", esum, deff, w0); 
988 }
989
990 //______________________________________________________________________________
991 void AliEMCALRecPoint::EvalCoreEnergy(Float_t logWeight, TClonesArray * digits)
992 {
993   // This function calculates energy in the core, 
994   // i.e. within a radius rad = fCoreEnergy around the center. Beyond this radius
995   // in accordance with shower profile the energy deposition 
996   // should be less than 2%
997   // Unfinished - Nov 15,2006
998   // Distance is calculate in (phi,eta) units
999
1000   AliEMCALDigit * digit = 0 ;
1001
1002   Int_t iDigit=0;
1003
1004   if (!fLocPos.Mag()) {
1005     EvalLocalPosition(logWeight, digits);
1006   }
1007   
1008   Double_t phiPoint = fLocPos.Phi(), etaPoint = fLocPos.Eta();
1009   Double_t eta, phi, distance;
1010   for(iDigit=0; iDigit < fMulDigit; iDigit++) {
1011     digit = (AliEMCALDigit *) ( digits->At(fDigitsList[iDigit]) ) ;
1012     
1013     eta = phi = 0.0;
1014     fGeomPtr->EtaPhiFromIndex(digit->GetId(),eta, phi) ;
1015     phi = phi * TMath::DegToRad();
1016   
1017     distance = TMath::Sqrt((eta-etaPoint)*(eta-etaPoint)+(phi-phiPoint)*(phi-phiPoint));
1018     if(distance < fCoreRadius)
1019       fCoreEnergy += fEnergyList[iDigit] ;
1020   }
1021   
1022 }
1023 //____________________________________________________________________________
1024 void  AliEMCALRecPoint::EvalElipsAxis(Float_t logWeight,TClonesArray * digits)
1025 {
1026   // Calculates the axis of the shower ellipsoid in eta and phi
1027   // in cell units
1028
1029   TString gn(fGeomPtr->GetName());
1030
1031   Double_t wtot = 0.;
1032   Double_t x    = 0.;
1033   Double_t z    = 0.;
1034   Double_t dxx  = 0.;
1035   Double_t dzz  = 0.;
1036   Double_t dxz  = 0.;
1037
1038   AliEMCALDigit * digit = 0;
1039         
1040   Double_t etai =0, phii=0, w=0; 
1041   int nSupMod=0, nModule=0, nIphi=0, nIeta=0;
1042   int iphi=0, ieta=0;
1043   for(Int_t iDigit=0; iDigit<fMulDigit; iDigit++) {
1044     digit = (AliEMCALDigit *) digits->At(fDigitsList[iDigit])  ;
1045     etai = phii = 0.; 
1046     // Nov 15,2006 - use cell numbers as coordinates
1047     // Copied for shish-kebab geometry, ieta,iphi is cast as double as eta,phi
1048     // We can use the eta,phi(or coordinates) of cell
1049     nSupMod = nModule = nIphi = nIeta = iphi = ieta = 0;
1050
1051     fGeomPtr->GetCellIndex(digit->GetId(), nSupMod,nModule,nIphi,nIeta);
1052     fGeomPtr->GetCellPhiEtaIndexInSModule(nSupMod,nModule,nIphi,nIeta, iphi,ieta);
1053           
1054     // In case of a shared cluster, index of SM in C side, columns start at 48 and ends at 48*2
1055     // C Side impair SM, nSupMod%2=1; A side pair SM, nSupMod%2=0
1056     if(fSharedCluster && nSupMod%2) ieta+=AliEMCALGeoParams::fgkEMCALCols;
1057     
1058     etai=(Double_t)ieta;
1059     phii=(Double_t)iphi;
1060           
1061     w = TMath::Max(0.,logWeight+TMath::Log(fEnergyList[iDigit]/fAmp ) ) ;
1062     // fAmp summed amplitude of digits, i.e. energy of recpoint 
1063     // Gives smaller value of lambda than log weight  
1064     // w = fEnergyList[iDigit] / fAmp; // Nov 16, 2006 - try just energy
1065
1066     dxx  += w * etai * etai ;
1067     x    += w * etai ;
1068     dzz  += w * phii * phii ;
1069     z    += w * phii ; 
1070
1071     dxz  += w * etai * phii ; 
1072
1073     wtot += w ;
1074   }
1075
1076   if ( wtot > 0 ) { 
1077     dxx /= wtot ;
1078     x   /= wtot ;
1079     dxx -= x * x ;
1080     dzz /= wtot ;
1081     z   /= wtot ;
1082     dzz -= z * z ;
1083     dxz /= wtot ;
1084     dxz -= x * z ;
1085
1086     fLambda[0] =  0.5 * (dxx + dzz) + TMath::Sqrt( 0.25 * (dxx - dzz) * (dxx - dzz) + dxz * dxz )  ;
1087     if(fLambda[0] > 0)
1088       fLambda[0] = TMath::Sqrt(fLambda[0]) ;
1089     else
1090       fLambda[0] = 0;
1091     
1092     fLambda[1] =  0.5 * (dxx + dzz) - TMath::Sqrt( 0.25 * (dxx - dzz) * (dxx - dzz) + dxz * dxz )  ;
1093
1094     if(fLambda[1] > 0) //To avoid exception if numerical errors lead to negative lambda.
1095       fLambda[1] = TMath::Sqrt(fLambda[1]) ;
1096     else
1097       fLambda[1]= 0. ;
1098   } else { 
1099     fLambda[0]= 0. ;
1100     fLambda[1]= 0. ;
1101   }
1102
1103   //printf("AliEMCALRecPoint::EvalElipsAxis() lambdas  = %f,%f \n", fLambda[0],fLambda[1]) ; 
1104
1105 }
1106
1107 //______________________________________________________________________________
1108 void  AliEMCALRecPoint::EvalPrimaries(TClonesArray * digits)
1109 {
1110   // Constructs the list of primary particles (tracks) which 
1111   // have contributed to this RecPoint and calculate deposited energy 
1112   // for each track
1113   
1114   AliEMCALDigit * digit =0;
1115   Int_t * primArray = new Int_t[fMaxTrack] ;
1116   memset(primArray,-1,sizeof(Int_t)*fMaxTrack);
1117   Float_t * dEPrimArray = new Float_t[fMaxTrack] ;
1118   memset(dEPrimArray,-1,sizeof(Int_t)*fMaxTrack);
1119   
1120   Int_t index ;  
1121   for ( index = 0 ; index < GetDigitsMultiplicity() ; index++ ) { // all digits
1122     digit = dynamic_cast<AliEMCALDigit *>(digits->At( fDigitsList[index] )) ; 
1123     if(!digit) {
1124       AliError("No Digit!!");
1125       continue;
1126     }
1127     
1128     Int_t nprimaries = digit->GetNprimary() ;
1129     if ( nprimaries == 0 ) continue ;
1130     Int_t jndex ;
1131     for ( jndex = 0 ; jndex < nprimaries ; jndex++ ) { // all primaries in digit
1132       if ( fMulTrack > fMaxTrack ) {
1133         fMulTrack = fMaxTrack ;
1134         Error("EvalPrimaries", "increase fMaxTrack ")  ;
1135         break ;
1136       }
1137       Int_t newPrimary = digit->GetPrimary(jndex+1);
1138       Float_t dEPrimary = digit->GetDEPrimary(jndex+1);
1139       Int_t kndex ;
1140       Bool_t already = kFALSE ;
1141       for ( kndex = 0 ; kndex < fMulTrack ; kndex++ ) { //check if not already stored
1142         if ( newPrimary == primArray[kndex] ){
1143           already = kTRUE ;
1144           dEPrimArray[kndex] += dEPrimary; 
1145           break ;
1146         }
1147       } // end of check
1148       if ( !already && (fMulTrack < fMaxTrack)) { // store it
1149         primArray[fMulTrack] = newPrimary ; 
1150         dEPrimArray[fMulTrack] = dEPrimary ; 
1151         fMulTrack++ ;
1152       } // store it
1153     } // all primaries in digit
1154   } // all digits
1155   
1156   Int_t *sortIdx = new Int_t[fMulTrack];
1157   TMath::Sort(fMulTrack,dEPrimArray,sortIdx); 
1158   for(index = 0; index < fMulTrack; index++) {
1159     fTracksList[index] = primArray[sortIdx[index]] ;    
1160     fDETracksList[index] = dEPrimArray[sortIdx[index]] ;
1161   }
1162   delete [] sortIdx;
1163   delete [] primArray ;
1164   delete [] dEPrimArray ;
1165   
1166 }
1167
1168 //______________________________________________________________________________
1169 void  AliEMCALRecPoint::EvalParents(TClonesArray * digits)
1170 {
1171   // Constructs the list of parent particles (tracks) which have contributed to this RecPoint
1172   
1173   AliEMCALDigit * digit=0 ;
1174   Int_t * parentArray = new Int_t[fMaxTrack] ;
1175   memset(parentArray,-1,sizeof(Int_t)*fMaxTrack);
1176   Float_t * dEParentArray = new Float_t[fMaxTrack] ;
1177   memset(dEParentArray,-1,sizeof(Int_t)*fMaxTrack);
1178   
1179   Int_t index ;  
1180   for ( index = 0 ; index < GetDigitsMultiplicity() ; index++ ) { // all digits
1181     if (fDigitsList[index] >= digits->GetEntries() || fDigitsList[index] < 0)
1182       AliError(Form("Trying to get invalid digit %d (idx in WriteRecPoint %d)",fDigitsList[index],index));
1183     digit = dynamic_cast<AliEMCALDigit *>(digits->At( fDigitsList[index] )) ; 
1184     if(!digit) {
1185       AliError("No Digit!!");
1186       continue;
1187     }
1188     
1189     Int_t nparents = digit->GetNiparent() ;
1190     if ( nparents == 0 ) continue ;
1191     
1192     Int_t jndex ;
1193     for ( jndex = 0 ; jndex < nparents ; jndex++ ) { // all primaries in digit
1194       if ( fMulParent > fMaxParent ) {
1195         fMulTrack = - 1 ;
1196         Error("EvalParents", "increase fMaxParent")  ;
1197         break ;
1198       }
1199       Int_t newParent = digit->GetIparent(jndex+1) ;
1200       Float_t newdEParent = digit->GetDEParent(jndex+1) ;
1201       Int_t kndex ;
1202       Bool_t already = kFALSE ;
1203       for ( kndex = 0 ; kndex < fMulParent ; kndex++ ) { //check if not already stored
1204         if ( newParent == parentArray[kndex] ){
1205           dEParentArray[kndex] += newdEParent;
1206           already = kTRUE ;
1207           break ;
1208         }
1209       } // end of check
1210       if ( !already && (fMulParent < fMaxParent)) { // store it
1211         parentArray[fMulParent] = newParent ; 
1212         dEParentArray[fMulParent] = newdEParent ; 
1213         fMulParent++ ;
1214       } // store it
1215     } // all parents in digit
1216   } // all digits
1217   
1218   if (fMulParent>0) {
1219     Int_t *sortIdx = new Int_t[fMulParent];
1220     TMath::Sort(fMulParent,dEParentArray,sortIdx); 
1221     for(index = 0; index < fMulParent; index++) {
1222       fParentsList[index] = parentArray[sortIdx[index]] ;      
1223       fDEParentsList[index] = dEParentArray[sortIdx[index]] ;
1224     }
1225     delete [] sortIdx;
1226   }
1227   
1228   delete [] parentArray;
1229   delete [] dEParentArray;
1230 }
1231
1232 //____________________________________________________________________________
1233 void AliEMCALRecPoint::GetLocalPosition(TVector3 & lpos) const
1234 {
1235   // returns the position of the cluster in the local reference system
1236   // of the sub-detector
1237   
1238   lpos = fLocPos;
1239 }
1240
1241 //____________________________________________________________________________
1242 void AliEMCALRecPoint::GetGlobalPosition(TVector3 & gpos) const
1243 {
1244   // returns the position of the cluster in the global reference system of ALICE
1245   // These are now the Cartesian X, Y and Z
1246   //  cout<<" geom "<<geom<<endl;
1247   // fGeomPtr->GetGlobal(fLocPos, gpos, fSuperModuleNumber);
1248   gpos = fGlobPos;
1249         
1250 }
1251
1252 //____________________________________________________________________________
1253 //void AliEMCALRecPoint::GetGlobalPosition(TVector3 & gpos, TMatrixF & gmat) const
1254 //{
1255 //  // returns the position of the cluster in the global reference system of ALICE
1256 //  // These are now the Cartesian X, Y and Z
1257 //  //  cout<<" geom "<<geom<<endl;
1258 //
1259 //  //To be implemented
1260 //  fGeomPtr->GetGlobalEMCAL(this, gpos, gmat);
1261 //
1262 //}
1263
1264 //_____________________________________________________________________________
1265 void AliEMCALRecPoint::EvalLocal2TrackingCSTransform()
1266 {
1267   //Evaluates local to "tracking" c.s. transformation (B.P.).
1268   //All evaluations should be completed before calling for this
1269   //function.                           
1270   //See ALICE PPR Chapter 5 p.18 for "tracking" c.s. definition,
1271   //or just ask Jouri Belikov. :) 
1272
1273   SetVolumeId(AliGeomManager::LayerToVolUID(AliGeomManager::kEMCAL,GetSuperModuleNumber()));
1274
1275   const TGeoHMatrix* tr2loc = GetTracking2LocalMatrix();
1276   if(!tr2loc) AliFatal(Form("No Tracking2LocalMatrix found."));
1277
1278   Double_t lxyz[3] = {fLocPos.X(),fLocPos.Y(),fLocPos.Z()};
1279   Double_t txyz[3] = {0,0,0};
1280
1281   tr2loc->MasterToLocal(lxyz,txyz);
1282   SetX(txyz[0]); SetY(txyz[1]); SetZ(txyz[2]);
1283
1284   if(AliLog::GetGlobalDebugLevel()>0) {
1285         TVector3 gpos; //TMatrixF gmat;
1286     //GetGlobalPosition(gpos,gmat); //Not doing anythin special, replace by next line.  
1287         fGeomPtr->GetGlobal(fLocPos, gpos, GetSuperModuleNumber());
1288           
1289     Float_t gxyz[3];
1290     GetGlobalXYZ(gxyz);
1291     AliInfo(Form("lCS-->(%.3f,%.3f,%.3f), tCS-->(%.3f,%.3f,%.3f), gCS-->(%.3f,%.3f,%.3f),  gCScalc-\
1292 ->(%.3f,%.3f,%.3f), supermodule %d",
1293                  fLocPos.X(),fLocPos.Y(),fLocPos.Z(),
1294                  GetX(),GetY(),GetZ(),
1295                  gpos.X(),gpos.Y(),gpos.Z(),
1296                  gxyz[0],gxyz[1],gxyz[2],GetSuperModuleNumber()));
1297   }
1298
1299 }
1300
1301 //____________________________________________________________________________
1302 Float_t AliEMCALRecPoint::GetMaximalEnergy(void) const
1303 {
1304   // Finds the maximum energy in the cluster
1305   
1306   Float_t menergy = 0. ;
1307
1308   Int_t iDigit;
1309   for(iDigit=0; iDigit<fMulDigit; iDigit++) {
1310  
1311     if(fEnergyList[iDigit] > menergy) 
1312       menergy = fEnergyList[iDigit] ;
1313   }
1314   return menergy ;
1315 }
1316
1317 //____________________________________________________________________________
1318 Int_t AliEMCALRecPoint::GetMaximalEnergyIndex(void) const
1319 {
1320   // Finds the maximum energy in the cluster
1321   
1322   Float_t menergy = 0. ;
1323   Int_t mid       = 0  ;
1324   Int_t iDigit;
1325   
1326   for(iDigit=0; iDigit<fMulDigit; iDigit++) {
1327     
1328     if(fEnergyList[iDigit] > menergy){ 
1329       menergy = fEnergyList[iDigit] ;
1330       mid     = iDigit ;
1331     }
1332   }//loop on cluster digits
1333   
1334   return mid ;
1335 }
1336
1337
1338 //____________________________________________________________________________
1339 Int_t AliEMCALRecPoint::GetMultiplicityAtLevel(Float_t H) const
1340 {
1341   // Calculates the multiplicity of digits with energy larger than H*energy 
1342   
1343   Int_t multipl   = 0 ;
1344   Int_t iDigit ;
1345   for(iDigit=0; iDigit<fMulDigit; iDigit++) {
1346
1347     if(fEnergyList[iDigit] > H * fAmp) 
1348       multipl++ ;
1349   }
1350   return multipl ;
1351 }
1352
1353 //____________________________________________________________________________
1354 Int_t  AliEMCALRecPoint::GetNumberOfLocalMax(AliEMCALDigit **  maxAt, Float_t * maxAtEnergy,
1355                                                Float_t locMaxCut,TClonesArray * digits) const
1356
1357   // Calculates the number of local maxima in the cluster using fLocalMaxCut as the minimum
1358   // energy difference between two local maxima
1359
1360   AliEMCALDigit * digit  = 0;
1361   AliEMCALDigit * digitN = 0;
1362   
1363   Int_t iDigitN = 0 ;
1364   Int_t iDigit  = 0 ;
1365
1366   for(iDigit = 0; iDigit < fMulDigit; iDigit++)
1367     maxAt[iDigit] = (AliEMCALDigit*) digits->At(fDigitsList[iDigit])  ;
1368   
1369   for(iDigit = 0 ; iDigit < fMulDigit; iDigit++) {   
1370     if(maxAt[iDigit]) {
1371       digit = maxAt[iDigit] ;
1372           
1373       for(iDigitN = 0; iDigitN < fMulDigit; iDigitN++) {        
1374         digitN = (AliEMCALDigit *) digits->At(fDigitsList[iDigitN]) ; 
1375         
1376         if ( AreNeighbours(digit, digitN) ) {
1377           if (fEnergyList[iDigit] > fEnergyList[iDigitN] ) {    
1378             maxAt[iDigitN] = 0 ;
1379             // but may be digit too is not local max ?
1380             if(fEnergyList[iDigit] < fEnergyList[iDigitN] + locMaxCut) 
1381               maxAt[iDigit] = 0 ;
1382           }
1383           else {
1384             maxAt[iDigit] = 0 ;
1385             // but may be digitN too is not local max ?
1386             if(fEnergyList[iDigit] > fEnergyList[iDigitN] - locMaxCut) 
1387               maxAt[iDigitN] = 0 ; 
1388           } 
1389         } // if Areneighbours
1390       } // while digitN
1391     } // slot not empty
1392   } // while digit
1393   
1394   iDigitN = 0 ;
1395   for(iDigit = 0; iDigit < fMulDigit; iDigit++) { 
1396     if(maxAt[iDigit] ){
1397       maxAt[iDigitN] = maxAt[iDigit] ;
1398       maxAtEnergy[iDigitN] = fEnergyList[iDigit] ;
1399       iDigitN++ ; 
1400     }
1401   }
1402   return iDigitN ;
1403 }
1404
1405 //____________________________________________________________________________
1406 Int_t AliEMCALRecPoint::GetPrimaryIndex() const  
1407 {
1408   // Get the primary track index in TreeK which deposits the most energy 
1409   // in Digits which forms RecPoint. 
1410
1411   if (fMulTrack)
1412     return fTracksList[0];
1413   return -12345;
1414 }
1415
1416 //____________________________________________________________________________
1417 void AliEMCALRecPoint::EvalTime(TClonesArray * digits){
1418   // time is set to the time of the digit with the maximum energy
1419
1420   Float_t maxE  = 0;
1421   Int_t   maxAt = 0;
1422   for(Int_t idig=0; idig < fMulDigit; idig++){
1423     if(fEnergyList[idig] > maxE){
1424       maxE  = fEnergyList[idig] ;
1425       maxAt = idig;
1426     }
1427   }
1428   fTime = ((AliEMCALDigit*) digits->At(fDigitsList[maxAt]))->GetTime() ;
1429   
1430 }
1431
1432 //______________________________________________________________________________
1433 void AliEMCALRecPoint::Paint(Option_t *)
1434 {
1435   // Paint this ALiRecPoint as a TMarker  with its current attributes
1436   
1437   TVector3 pos(0.,0.,0.)  ;
1438   GetLocalPosition(pos)   ;
1439   Coord_t x = pos.X()     ;
1440   Coord_t y = pos.Z()     ;
1441   Color_t markercolor = 1 ;
1442   Size_t  markersize  = 1.;
1443   Style_t markerstyle = 5 ;
1444   
1445   if (!gPad->IsBatch()) {
1446     gVirtualX->SetMarkerColor(markercolor) ;
1447     gVirtualX->SetMarkerSize (markersize)  ;
1448     gVirtualX->SetMarkerStyle(markerstyle) ;
1449   }
1450   gPad->SetAttMarkerPS(markercolor,markerstyle,markersize) ;
1451   gPad->PaintPolyMarker(1,&x,&y,"") ;
1452 }
1453
1454 //_____________________________________________________________________
1455 Double_t AliEMCALRecPoint::TmaxInCm(const Double_t e , const Int_t key)
1456
1457   // e energy in GeV)
1458   // key  =  0(gamma, default)
1459   //     !=  0(electron)
1460   const Double_t ca   = 4.82;  // shower max parameter - first guess; ca=TMath::Log(1000./8.07)
1461   Double_t tmax = 0.;    // position of electromagnetic shower max in cm
1462
1463   Double_t x0   = 1.31;  // radiation lenght (cm)
1464   //If old geometry in use
1465   if(!((fGeomPtr->GetEMCGeometry()->GetGeoName()).Contains("V1"))) x0 = 1.28;
1466
1467   if(e>0.1) {
1468     tmax = TMath::Log(e) + ca;
1469     if      (key==0) tmax += 0.5; 
1470     else             tmax -= 0.5;
1471     tmax *= x0; // convert to cm
1472   }
1473   return tmax;
1474 }
1475
1476 //______________________________________________________________________________
1477 Float_t AliEMCALRecPoint::EtaToTheta(Float_t arg) const
1478 {
1479   //Converts Theta (Radians) to Eta(Radians)
1480   return (2.*TMath::ATan(TMath::Exp(-arg)));
1481 }
1482
1483 //______________________________________________________________________________
1484 Float_t AliEMCALRecPoint::ThetaToEta(Float_t arg) const
1485 {
1486   //Converts Eta (Radians) to Theta(Radians)
1487   return (-1 * TMath::Log(TMath::Tan(0.5 * arg)));
1488 }
1489
1490 //____________________________________________________________________________
1491 void AliEMCALRecPoint::Print(Option_t *opt) const
1492 {
1493   // Print the list of digits belonging to the cluster
1494   if(strlen(opt)==0) return;
1495   TString message ; 
1496   message  = "AliEMCALRecPoint:\n" ;
1497   message +=  " digits # = " ; 
1498   AliInfo(message.Data()) ; 
1499
1500   Int_t iDigit;
1501   for(iDigit=0; iDigit<fMulDigit; iDigit++)
1502     printf(" %d ", fDigitsList[iDigit] ) ;  
1503   printf("\n");
1504
1505   AliInfo(" Energies = ") ;
1506   for(iDigit=0; iDigit<fMulDigit; iDigit++) 
1507     printf(" %f ", fEnergyList[iDigit] ) ;
1508   printf("\n");
1509
1510   AliInfo("\n Abs Ids = ") ;
1511   for(iDigit=0; iDigit<fMulDigit; iDigit++) 
1512     printf(" %i ", fAbsIdList[iDigit] ) ;
1513   printf("\n");
1514
1515   AliInfo(" Primaries  ") ;
1516   for(iDigit = 0;iDigit < fMulTrack; iDigit++)
1517     printf(" %d ", fTracksList[iDigit]) ;
1518
1519   printf("\n Local x %6.2f y %7.2f z %7.1f \n", fLocPos[0], fLocPos[1], fLocPos[2]);
1520
1521   message  = "       ClusterType     = %d" ;
1522   message += "       Multiplicity    = %d" ;
1523   message += "       Cluster Energy  = %f" ; 
1524   message += "       Core energy     = %f" ; 
1525   message += "       Core radius     = %f" ; 
1526   message += "       Number of primaries %d" ; 
1527   message += "       Stored at position %d" ; 
1528   AliInfo(Form(message.Data(), fClusterType, fMulDigit, fAmp, fCoreEnergy, fCoreRadius, fMulTrack, GetIndexInList()) ) ;  
1529 }
1530
1531 //___________________________________________________________
1532 Double_t  AliEMCALRecPoint::GetPointEnergy() const
1533 {
1534   //Returns energy ....
1535   Double_t e=0.0;
1536   for(int ic=0; ic<GetMultiplicity(); ic++) e += double(fEnergyList[ic]);
1537   return e;
1538 }