remove unsused classes
[u/mrichter/AliRoot.git] / EMCAL / AliEMCALRecPoint.cxx
1 /**************************************************************************
2  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
3  *                                                                        *
4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
6  *                                                                        *
7  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
9  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
10  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
11  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
12  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
14  **************************************************************************/
15 /* $Id$ */
16 //_________________________________________________________________________
17 //  Reconstructed Points for the EMCAL
18 //  A RecPoint is a cluster of digits
19 //  
20 //  
21 //*-- Author: Yves Schutz (SUBATECH)
22 //*-- Author: Dmitri Peressounko (RRC KI & SUBATECH)
23 //*-- Author: Heather Gray (LBL) merged AliEMCALRecPoint and AliEMCALTowerRecPoint 02/04
24
25 // --- ROOT system ---
26 #include "TPad.h"
27 #include "TGraph.h"
28 #include "TPaveText.h"
29 #include "TClonesArray.h"
30 #include "TMath.h"
31 #include "TGeoMatrix.h"
32 #include "TGeoManager.h"
33 #include "TGeoPhysicalNode.h"
34 #include "TRandom.h"
35
36 // --- Standard library ---
37 #include <Riostream.h>
38
39 // --- AliRoot header files ---
40 //#include "AliGenerator.h"
41 class AliGenerator;
42 class AliEMCAL;
43 #include "AliLog.h"
44 #include "AliGeomManager.h"
45 #include "AliEMCALGeometry.h"
46 #include "AliEMCALHit.h"
47 #include "AliEMCALDigit.h"
48 #include "AliEMCALRecPoint.h"
49 #include "AliCaloCalibPedestal.h"
50 #include "AliEMCALGeoParams.h"
51
52 ClassImp(AliEMCALRecPoint)
53
54 //____________________________________________________________________________
55 AliEMCALRecPoint::AliEMCALRecPoint()
56   : AliCluster(), fGeomPtr(0),
57     fAmp(0), fIndexInList(-1), //to be set when the point is already stored
58     fGlobPos(0,0,0),fLocPos(0,0,0), 
59     fMaxDigit(100), fMulDigit(0), fMaxTrack(200),
60     fMulTrack(0), fDigitsList(0), fTracksList(0),
61     fClusterType(-1), fCoreEnergy(0), fDispersion(0),
62     fEnergyList(0), fTimeList(0), fAbsIdList(0),
63     fTime(0.), fNExMax(0), fCoreRadius(10),  //HG check this 
64     fDETracksList(0), fMulParent(0), fMaxParent(0),
65     fParentsList(0), fDEParentsList(0), fSuperModuleNumber(0),
66     fDigitIndMax(-1), fDistToBadTower(-1), fSharedCluster(kFALSE)
67 {
68   // ctor
69   fGeomPtr = AliEMCALGeometry::GetInstance();
70   
71   fLambda[0] = 0;
72   fLambda[1] = 0;
73
74 }
75
76 //____________________________________________________________________________
77 AliEMCALRecPoint::AliEMCALRecPoint(const char *) 
78   : AliCluster(), fGeomPtr(0),
79     fAmp(0), fIndexInList(-1), //to be set when the point is already stored
80     fGlobPos(0,0,0), fLocPos(0,0,0),
81     fMaxDigit(100), fMulDigit(0), fMaxTrack(1000), fMulTrack(0),
82     fDigitsList(new Int_t[fMaxDigit]), fTracksList(new Int_t[fMaxTrack]),
83     fClusterType(-1), fCoreEnergy(0), fDispersion(0),
84     fEnergyList(new Float_t[fMaxDigit]), fTimeList(new Float_t[fMaxDigit]), 
85     fAbsIdList(new Int_t[fMaxDigit]), fTime(-1.), fNExMax(0), fCoreRadius(10),
86     fDETracksList(new Float_t[fMaxTrack]), fMulParent(0), fMaxParent(1000),
87     fParentsList(new Int_t[fMaxParent]), fDEParentsList(new Float_t[fMaxParent]),
88     fSuperModuleNumber(0), fDigitIndMax(-1), fDistToBadTower(-1),fSharedCluster(kFALSE)
89 {
90   // ctor
91   for (Int_t i = 0; i < fMaxTrack; i++)
92     fDETracksList[i] = 0;
93   for (Int_t i = 0; i < fMaxParent; i++) {
94     fParentsList[i] = -1;
95     fDEParentsList[i] = 0;
96   }
97
98   fGeomPtr = AliEMCALGeometry::GetInstance();
99   fLambda[0] = 0;
100   fLambda[1] = 0;
101 }
102
103 //____________________________________________________________________________
104 AliEMCALRecPoint::AliEMCALRecPoint(const AliEMCALRecPoint & rp) 
105   : AliCluster(rp), fGeomPtr(rp.fGeomPtr),
106     fAmp(rp.fAmp), fIndexInList(rp.fIndexInList),
107     fGlobPos(rp.fGlobPos),fLocPos(rp.fLocPos),
108     fMaxDigit(rp.fMaxDigit), fMulDigit(rp.fMulDigit),
109     fMaxTrack(rp.fMaxTrack), fMulTrack(rp.fMaxTrack),
110     fDigitsList(new Int_t[rp.fMaxDigit]), fTracksList(new Int_t[rp.fMaxTrack]),
111     fClusterType(rp.fClusterType), fCoreEnergy(rp.fCoreEnergy), 
112     fDispersion(rp.fDispersion),
113     fEnergyList(new Float_t[rp.fMaxDigit]), fTimeList(new Float_t[rp.fMaxDigit]), 
114     fAbsIdList(new Int_t[rp.fMaxDigit]), fTime(rp.fTime), fNExMax(rp.fNExMax),fCoreRadius(rp.fCoreRadius),
115     fDETracksList(new Float_t[rp.fMaxTrack]), fMulParent(rp.fMulParent), 
116     fMaxParent(rp.fMaxParent), fParentsList(new Int_t[rp.fMaxParent]), 
117     fDEParentsList(new Float_t[rp.fMaxParent]),
118     fSuperModuleNumber(rp.fSuperModuleNumber), fDigitIndMax(rp.fDigitIndMax), 
119     fDistToBadTower(rp.fDistToBadTower), fSharedCluster(rp.fSharedCluster)
120 {
121   //copy ctor
122   fLambda[0] = rp.fLambda[0];
123   fLambda[1] = rp.fLambda[1];
124
125   for(Int_t i = 0; i < rp.fMulDigit; i++) {
126     fEnergyList[i] = rp.fEnergyList[i];
127     fTimeList[i] = rp.fTimeList[i];
128     fAbsIdList[i] = rp.fAbsIdList[i];
129   }
130
131   for(Int_t i = 0; i < rp.fMulTrack; i++) fDETracksList[i] = rp.fDETracksList[i];
132
133   for(Int_t i = 0; i < rp.fMulParent; i++) {
134     fParentsList[i] = rp.fParentsList[i];
135     fDEParentsList[i] = rp.fDEParentsList[i];
136   }
137
138 }
139 //____________________________________________________________________________
140 AliEMCALRecPoint::~AliEMCALRecPoint()
141 {
142   // dtor
143   if ( fEnergyList )
144     delete[] fEnergyList ; 
145   if ( fTimeList )
146     delete[] fTimeList ; 
147   if ( fAbsIdList )
148     delete[] fAbsIdList ; 
149    if ( fDETracksList)
150     delete[] fDETracksList;
151    if ( fParentsList)
152     delete[] fParentsList;
153    if ( fDEParentsList)
154     delete[] fDEParentsList;
155         
156    delete [] fDigitsList ;
157    delete [] fTracksList ;
158 }
159
160 //____________________________________________________________________________
161 AliEMCALRecPoint& AliEMCALRecPoint::operator= (const AliEMCALRecPoint &rp)
162 {
163   // assignment operator
164
165   if(&rp == this) return *this;
166
167   fGeomPtr = rp.fGeomPtr;
168   fAmp = rp.fAmp;
169   fIndexInList = rp.fIndexInList;
170   fGlobPos = rp.fGlobPos;
171   fLocPos  = rp.fLocPos;
172   fMaxDigit = rp.fMaxDigit;
173   fMulDigit = rp.fMulDigit;
174   fMaxTrack = rp.fMaxTrack;
175   fMulTrack = rp.fMaxTrack;
176   for(Int_t i = 0; i<fMaxDigit; i++) fDigitsList[i] = rp.fDigitsList[i];
177   for(Int_t i = 0; i<fMaxTrack; i++) fTracksList[i] = rp.fTracksList[i];
178   fClusterType = rp.fClusterType;
179   fCoreEnergy = rp.fCoreEnergy; 
180   fDispersion = rp.fDispersion;
181   for(Int_t i = 0; i<fMaxDigit; i++) {
182     fEnergyList[i] = rp.fEnergyList[i];
183     fTimeList[i] = rp.fTimeList[i]; 
184     fAbsIdList[i] = rp.fAbsIdList[i];
185   }
186   fTime = rp.fTime;
187   fNExMax = rp.fNExMax;
188   fCoreRadius = rp.fCoreRadius;
189   for(Int_t i = 0; i < fMaxTrack; i++) fDETracksList[i] = rp.fDETracksList[i];
190   fMulParent = rp.fMulParent;
191   fMaxParent = rp.fMaxParent;
192   for(Int_t i = 0; i < fMaxParent; i++) {
193     fParentsList[i] = rp.fParentsList[i]; 
194     fDEParentsList[i] = rp.fDEParentsList[i];
195   }
196   fSuperModuleNumber = rp.fSuperModuleNumber;
197   fDigitIndMax = rp.fDigitIndMax;
198
199   fLambda[0] = rp.fLambda[0];
200   fLambda[1] = rp.fLambda[1];
201         
202   fDistToBadTower = rp.fDistToBadTower;
203   fSharedCluster  = rp.fSharedCluster;
204         
205   return *this;
206
207 }
208
209 //____________________________________________________________________________
210 void AliEMCALRecPoint::AddDigit(AliEMCALDigit & digit, Float_t Energy, Bool_t shared)
211 {
212   // Adds a digit to the RecPoint
213   // and accumulates the total amplitude and the multiplicity 
214   
215   if(fEnergyList == 0)
216     fEnergyList =  new Float_t[fMaxDigit]; 
217   if(fTimeList == 0)
218     fTimeList =  new Float_t[fMaxDigit]; 
219   if(fAbsIdList == 0) {
220     fAbsIdList =  new Int_t[fMaxDigit];
221   }
222
223   if ( fMulDigit >= fMaxDigit ) { // increase the size of the lists 
224     fMaxDigit*=2 ; 
225     Int_t * tempo = new Int_t[fMaxDigit]; 
226     Float_t * tempoE =  new Float_t[fMaxDigit];
227     Float_t * tempoT =  new Float_t[fMaxDigit];
228     Int_t * tempoId = new Int_t[fMaxDigit]; 
229
230     Int_t index ;     
231     for ( index = 0 ; index < fMulDigit ; index++ ){
232       tempo[index]   = fDigitsList[index] ;
233       tempoE[index]  = fEnergyList[index] ; 
234       tempoT[index]  = fTimeList[index] ; 
235       tempoId[index] = fAbsIdList[index] ; 
236     }
237     
238     delete [] fDigitsList ;
239     delete [] fEnergyList ;
240     delete [] fTimeList ;
241     delete [] fAbsIdList ;
242
243     fDigitsList = tempo;
244     fEnergyList = tempoE; 
245     fTimeList = tempoT;
246     fAbsIdList = tempoId;
247   } // if
248   
249   fDigitsList[fMulDigit]   = digit.GetIndexInList()  ; 
250   fEnergyList[fMulDigit]   = Energy ;
251   fTimeList[fMulDigit]     = digit.GetTimeR() ;
252   fAbsIdList[fMulDigit]    = digit.GetId();
253   fMulDigit++ ; 
254   fAmp += Energy ; 
255         
256   if(shared) fSharedCluster = kTRUE;
257         
258   //GCB, May-2010, setting moved to EvalAll method, set the super module number for the largest energy digit position. 
259   //JLK 10-Oct-2007 this hasn't been filled before because it was in
260   //the wrong place in previous versions.
261   //Now we evaluate it only if the supermodulenumber for this recpoint
262   //has not yet been set (or is the 0th one)
263   //if(fSuperModuleNumber == 0)
264     //fSuperModuleNumber = fGeomPtr->GetSuperModuleNumber(digit.GetId());
265
266 }
267 //____________________________________________________________________________
268 Bool_t AliEMCALRecPoint::AreNeighbours(AliEMCALDigit * digit1, AliEMCALDigit * digit2 ) const
269 {
270   // Tells if (true) or not (false) two digits are neighbours
271   // A neighbour is defined as being two digits which share a corner
272   // ONLY USED IN CASE OF UNFOLDING 
273         
274   static Bool_t areNeighbours = kFALSE ;
275   static Int_t nSupMod=0, nModule=0, nIphi=0, nIeta=0;
276   static int nSupMod1=0, nModule1=0, nIphi1=0, nIeta1=0;
277   static Int_t relid1[2] , relid2[2] ; // ieta, iphi
278   static Int_t rowdiff=0, coldiff=0;
279
280   areNeighbours = kFALSE ;
281
282   fGeomPtr->GetCellIndex(digit1->GetId(), nSupMod,nModule,nIphi,nIeta);
283   fGeomPtr->GetCellPhiEtaIndexInSModule(nSupMod,nModule,nIphi,nIeta, relid1[0],relid1[1]);
284
285   fGeomPtr->GetCellIndex(digit2->GetId(), nSupMod1,nModule1,nIphi1,nIeta1);
286   fGeomPtr->GetCellPhiEtaIndexInSModule(nSupMod1,nModule1,nIphi1,nIeta1, relid2[0],relid2[1]);
287   
288   // In case of a shared cluster, index of SM in C side, columns start at 48 and ends at 48*2-1
289   // C Side impair SM, nSupMod%2=1; A side pair SM nSupMod%2=0
290   if(fSharedCluster){
291     if(nSupMod1%2) relid1[1]+=AliEMCALGeoParams::fgkEMCALCols;
292     else           relid2[1]+=AliEMCALGeoParams::fgkEMCALCols;
293   }
294         
295   rowdiff = TMath::Abs( relid1[0] - relid2[0] ) ;  
296   coldiff = TMath::Abs( relid1[1] - relid2[1] ) ;  
297
298   if (( coldiff <= 1 )  && ( rowdiff <= 1 ) && (coldiff + rowdiff > 0)) 
299   areNeighbours = kTRUE ;
300   
301   return areNeighbours;
302 }
303
304 //____________________________________________________________________________
305 Int_t AliEMCALRecPoint::Compare(const TObject * obj) const
306 {
307   // Compares two RecPoints according to their position in the EMCAL modules
308
309   Float_t delta = 1 ; //Width of "Sorting row". 
310         
311   Int_t rv = 2 ; 
312
313   AliEMCALRecPoint * clu = (AliEMCALRecPoint *)obj ; 
314
315   TVector3 locpos1; 
316   GetLocalPosition(locpos1);
317   TVector3 locpos2;  
318   clu->GetLocalPosition(locpos2);  
319
320   Int_t rowdif = (Int_t)(TMath::Ceil(locpos1.X()/delta)-TMath::Ceil(locpos2.X()/delta)) ;
321   if (rowdif> 0) 
322     rv = 1 ;
323   else if(rowdif < 0) 
324     rv = -1 ;
325   else if(locpos1.Y()>locpos2.Y()) 
326     rv = -1 ;
327   else 
328     rv = 1 ; 
329
330   return rv ; 
331 }
332
333 // GCB, May-2010, Method not used, just comment it but remove?
334 //____________________________________________________________________________
335 //Int_t AliEMCALRecPoint::DistancetoPrimitive(Int_t px, Int_t py)
336 //{
337 //  // Compute distance from point px,py to  a AliEMCALRecPoint considered as a Tmarker
338 //  // Compute the closest distance of approach from point px,py to this marker.
339 //  // The distance is computed in pixels units.
340 //  // HG Still need to update -> Not sure what this should achieve
341 //
342 //  TVector3 pos(0.,0.,0.) ;
343 //  GetLocalPosition(pos) ;
344 //  Float_t x =  pos.X() ;
345 //  Float_t y =  pos.Y() ;
346 //  const Int_t kMaxDiff = 10;
347 //  Int_t pxm  = gPad->XtoAbsPixel(x);
348 //  Int_t pym  = gPad->YtoAbsPixel(y);
349 //  Int_t dist = (px-pxm)*(px-pxm) + (py-pym)*(py-pym);
350 //  
351 //  if (dist > kMaxDiff) return 9999;
352 //  return dist;
353 //}
354
355 //___________________________________________________________________________
356  void AliEMCALRecPoint::Draw(Option_t *option)
357  {
358    // Draw this AliEMCALRecPoint with its current attributes
359    
360    AppendPad(option);
361  }
362
363 // GCB, May-2010, Method not used, just comment it but remove?
364 //______________________________________________________________________________
365 //void AliEMCALRecPoint::ExecuteEvent(Int_t /*event*/, Int_t, Int_t)
366 //{
367 //  // Execute action corresponding to one event
368 //  // This member function is called when a AliEMCALRecPoint is clicked with the locator
369 //  //
370 //  // If Left button is clicked on AliEMCALRecPoint, the digits are switched on    
371 //  // and switched off when the mouse button is released.
372 //
373 //  //  static Int_t pxold, pyold;
374 //
375 //  /*  static TGraph *  digitgraph = 0 ;
376 //  static TPaveText* clustertext = 0 ;
377 //  
378 //  if (!gPad->IsEditable()) return;
379 //  
380 //  switch (event) {
381 //    
382 //    
383 //  case kButton1Down:{
384 //    AliEMCALDigit * digit ;
385 //
386 //    Int_t iDigit;
387 //    Int_t relid[2] ;
388 //  
389 //    const Int_t kMulDigit=AliEMCALRecPoint::GetDigitsMultiplicity() ;
390 //    Float_t * xi = new Float_t [kMulDigit] ; 
391 //    Float_t * zi = new Float_t [kMulDigit] ;
392 //    
393 //    for(iDigit = 0; iDigit < kMulDigit; iDigit++) {
394 //      Fatal("AliEMCALRecPoint::ExecuteEvent", " -> Something wrong with the code"); 
395 //      digit = 0 ; //dynamic_cast<AliEMCALDigit *>((fDigitsList)[iDigit]);
396 //      fGeomPtr->AbsToRelNumbering(digit->GetId(), relid) ;
397 //      fGeomPtr->PosInAlice(relid, xi[iDigit], zi[iDigit]) ;
398 //    }
399 //    
400 //    if (!digitgraph) {
401 //      digitgraph = new TGraph(fMulDigit,xi,zi);
402 //      digitgraph-> SetMarkerStyle(5) ; 
403 //      digitgraph-> SetMarkerSize(1.) ;
404 //      digitgraph-> SetMarkerColor(1) ;
405 //      digitgraph-> Draw("P") ;
406 //    }
407 //    if (!clustertext) {
408 //      
409 //      TVector3 pos(0.,0.,0.) ;
410 //      GetLocalPosition(pos) ;
411 //      clustertext = new TPaveText(pos.X()-10,pos.Z()+10,pos.X()+50,pos.Z()+35,"") ;
412 //      Text_t  line1[40] ;
413 //      Text_t  line2[40] ;
414 //      sprintf(line1,"Energy=%1.2f GeV",GetEnergy()) ;
415 //      sprintf(line2,"%d Digits",GetDigitsMultiplicity()) ;
416 //      clustertext ->AddText(line1) ;
417 //      clustertext ->AddText(line2) ;
418 //      clustertext ->Draw("");
419 //    }
420 //    gPad->Update() ; 
421 //    Print("") ;
422 //    delete[] xi ; 
423 //    delete[] zi ; 
424 //   }
425 //  
426 //break;
427 //  
428 //  case kButton1Up:
429 //    if (digitgraph) {
430 //      delete digitgraph  ;
431 //      digitgraph = 0 ;
432 //    }
433 //    if (clustertext) {
434 //      delete clustertext ;
435 //      clustertext = 0 ;
436 //    }
437 //    
438 //    break;
439 //    
440 //    }*/
441 //}
442
443 //____________________________________________________________________________
444 void AliEMCALRecPoint::EvalAll(Float_t logWeight,TClonesArray * digits) 
445 {
446   // Evaluates cluster parameters
447         
448   // First calculate the index of digit with maximum amplitude and get 
449   // the supermodule number where it sits.
450   fDigitIndMax       = GetMaximalEnergyIndex();
451   fSuperModuleNumber = fGeomPtr->GetSuperModuleNumber(GetAbsIdMaxDigit());
452   
453   //Evaluate global and local position
454   EvalGlobalPosition(logWeight, digits) ;
455   EvalLocalPosition(logWeight, digits) ;
456         
457   //Evaluate shower parameters
458   EvalElipsAxis(logWeight, digits) ;
459   EvalDispersion(logWeight, digits) ;
460
461   //EvalCoreEnergy(logWeight, digits);
462   EvalTime(digits) ;
463   EvalPrimaries(digits) ;
464   EvalParents(digits);
465         
466   //Called last because it sets the global position of the cluster?
467   EvalLocal2TrackingCSTransform();
468
469 }
470
471 //____________________________________________________________________________
472 void  AliEMCALRecPoint::EvalDispersion(Float_t logWeight, TClonesArray * digits)
473 {
474   // Calculates the dispersion of the shower at the origin of the RecPoint
475   // in cell units - Nov 16,2006
476
477   Double_t d = 0., wtot = 0., w = 0.;
478   Int_t iDigit=0, nstat=0;
479   AliEMCALDigit * digit=0;
480         
481   // Calculates the dispersion in cell units 
482   Double_t etai, phii, etaMean=0.0, phiMean=0.0; 
483   int nSupMod=0, nModule=0, nIphi=0, nIeta=0;
484   int iphi=0, ieta=0;
485   // Calculate mean values
486   for(iDigit=0; iDigit < fMulDigit; iDigit++) {
487     digit = (AliEMCALDigit *) digits->At(fDigitsList[iDigit])  ;
488
489     if (fAmp>0 && fEnergyList[iDigit]>0) {
490       fGeomPtr->GetCellIndex(digit->GetId(), nSupMod,nModule,nIphi,nIeta);
491       fGeomPtr->GetCellPhiEtaIndexInSModule(nSupMod,nModule,nIphi,nIeta, iphi,ieta);
492         
493       // In case of a shared cluster, index of SM in C side, columns start at 48 and ends at 48*2
494       // C Side impair SM, nSupMod%2=1; A side pair SM nSupMod%2=0
495       if(fSharedCluster && nSupMod%2) ieta+=AliEMCALGeoParams::fgkEMCALCols;
496                 
497       etai=(Double_t)ieta;
498       phii=(Double_t)iphi;
499       w = TMath::Max(0.,logWeight+TMath::Log(fEnergyList[iDigit]/fAmp ) ) ;
500
501       if(w>0.0) {
502         phiMean += phii*w;
503         etaMean += etai*w;
504         wtot    += w;
505       }
506     }
507   }
508   if (wtot>0) {
509     phiMean /= wtot ;
510     etaMean /= wtot ;
511   } else AliError(Form("Wrong weight %f\n", wtot));
512
513   // Calculate dispersion
514   for(iDigit=0; iDigit < fMulDigit; iDigit++) {
515     digit = (AliEMCALDigit *) digits->At(fDigitsList[iDigit])  ;
516
517     if (fAmp>0 && fEnergyList[iDigit]>0) {
518       fGeomPtr->GetCellIndex(digit->GetId(), nSupMod,nModule,nIphi,nIeta);
519       fGeomPtr->GetCellPhiEtaIndexInSModule(nSupMod,nModule,nIphi,nIeta, iphi,ieta);
520                 
521       // In case of a shared cluster, index of SM in C side, columns start at 48 and ends at 48*2
522       // C Side impair SM, nSupMod%2=1; A side pair SM, nSupMod%2=0
523       if(fSharedCluster && nSupMod%2) ieta+=AliEMCALGeoParams::fgkEMCALCols;
524       
525       etai=(Double_t)ieta;
526       phii=(Double_t)iphi;
527       w = TMath::Max(0.,logWeight+TMath::Log(fEnergyList[iDigit]/fAmp ) ) ;
528
529       if(w>0.0) {
530         nstat++;
531         d += w*((etai-etaMean)*(etai-etaMean)+(phii-phiMean)*(phii-phiMean));
532       }
533     }
534   }
535   
536   if ( wtot > 0 && nstat>1) d /= wtot ;
537   else                      d = 0. ; 
538
539   fDispersion = TMath::Sqrt(d) ;
540   //printf("AliEMCALRecPoint::EvalDispersion() : Dispersion %f \n",fDispersion);
541 }
542
543 //____________________________________________________________________________
544 void AliEMCALRecPoint::EvalDistanceToBadChannels(AliCaloCalibPedestal* caloped)
545 {
546         //For each EMC rec. point set the distance to the nearest bad channel.
547         //AliInfo(Form("%d bad channel(s) found.\n", caloped->GetDeadTowerCount()));
548     //Needs to be carefully checked!!! Gustavo 10-11-2009
549         
550         if(!caloped->GetDeadTowerCount()) return;
551                 
552         //Get channels map of the supermodule where the cluster is.
553         TH2D* hMap  = caloped->GetDeadMap(fSuperModuleNumber);
554         
555   Int_t dRrow, dReta;   
556         Float_t  minDist = 10000.;
557         Float_t  dist    = 0.;
558   Int_t nSupMod, nModule;
559   Int_t nIphi, nIeta;
560   Int_t iphi, ieta;
561   fDigitIndMax  = GetMaximalEnergyIndex();
562   fGeomPtr->GetCellIndex(fAbsIdList[fDigitIndMax], nSupMod,nModule,nIphi,nIeta);
563   fGeomPtr->GetCellPhiEtaIndexInSModule(nSupMod,nModule,nIphi,nIeta, iphi,ieta);
564
565   //    TVector3 dR;    
566   //    TVector3 cellpos;
567   //    Float_t  minDist = 100000;
568   //    Float_t  dist    = 0;
569   //    Int_t    absId   = -1;  
570   
571   //Loop on tower status map 
572         for(Int_t irow = 0; irow < AliEMCALGeoParams::fgkEMCALRows; irow++){
573                 for(Int_t icol = 0; icol < AliEMCALGeoParams::fgkEMCALCols; icol++){
574                         //Check if tower is bad.
575                         if(hMap->GetBinContent(icol,irow)==AliCaloCalibPedestal::kAlive) continue;
576       //printf("AliEMCALRecPoint::EvalDistanceToBadChannels() - Bad channel in SM %d, col %d, row %d\n",iSM,icol, irow);
577
578       dRrow=TMath::Abs(irow-iphi);
579       dReta=TMath::Abs(icol-ieta);
580       dist=TMath::Sqrt(dRrow*dRrow+dReta*dReta);
581                         if(dist < minDist) minDist = dist;
582       
583       
584       //                        //Tower is bad, get the absId of the index.
585       //                        absId = fGeomPtr->GetAbsCellIdFromCellIndexes(fSuperModuleNumber, irow, icol); 
586       //                        
587       //                        //Get the position of this tower.
588       //                        
589       //                        //Calculate the distance in local coordinates
590       //                        //fGeomPtr->RelPosCellInSModule(absId,cellpos);
591       //                        //Calculate distance between this tower and cluster, set if is smaller than previous.
592       //                        //dR = cellpos-fLocPos;
593       //                        
594       //                        //Calculate the distance in global coordinates
595       //                        fGeomPtr->GetGlobal(absId,cellpos);
596       //                        //Calculate distance between this tower and cluster, set if it is smaller than previous.
597       //                        dR = cellpos-fGlobPos;
598       //                        
599       //                        dist = dR.Mag();
600       //                        if(dist < minDist) minDist = dist;
601       
602       
603                 }
604         
605         //In case the cluster is shared by 2 SuperModules, need to check the map of the second Super Module
606         if (fSharedCluster) {
607                 TH2D* hMap2 = 0;
608                 Int_t nSupMod2 = -1;
609         
610                 //The only possible combinations are (0,1), (2,3) ... (10,11)
611                 if(fSuperModuleNumber%2) nSupMod2 = fSuperModuleNumber-1;
612                 else                     nSupMod2 = fSuperModuleNumber+1;
613                 hMap2  = caloped->GetDeadMap(nSupMod2);
614     
615                 //Loop on tower status map of second super module
616                 for(Int_t irow = 0; irow < AliEMCALGeoParams::fgkEMCALRows; irow++){
617                         for(Int_t icol = 0; icol < AliEMCALGeoParams::fgkEMCALCols; icol++){
618                                 //Check if tower is bad.
619                                 if(hMap2->GetBinContent(icol,irow)==AliCaloCalibPedestal::kAlive) continue;
620                                 //printf("AliEMCALRecPoint::EvalDistanceToBadChannels() - Bad channel in SM %d, col %d, row %d\n",iSM,icol, irow);
621         
622         dRrow=TMath::Abs(irow-iphi);
623
624         if(fSuperModuleNumber%2) {
625                                   dReta=TMath::Abs(icol-(AliEMCALGeoParams::fgkEMCALCols+ieta));
626                                 }
627         else {
628           dReta=TMath::Abs(AliEMCALGeoParams::fgkEMCALCols+icol-ieta);
629                                 }                    
630         
631                                 dist=TMath::Sqrt(dRrow*dRrow+dReta*dReta);
632         if(dist < minDist) minDist = dist;        
633         
634 //                              
635 //                              //Tower is bad, get the absId of the index.
636 //                              absId = fGeomPtr->GetAbsCellIdFromCellIndexes(nSupMod2, irow, icol); 
637 //                              
638 //                              //Get the position of this tower.
639 //                              
640 //                              //Calculate the distance in global coordinates
641 //                              fGeomPtr->GetGlobal(absId,cellpos);
642 //                              //Calculate distance between this tower and cluster, set if it is smaller than previous.
643 //                              dR = cellpos-fGlobPos;
644 //                              
645 //                              dist = dR.Mag();
646 //                              if(dist < minDist) minDist = dist;
647                         }
648                 }
649         
650         }// shared cluster in 2 SuperModules
651                 
652         fDistToBadTower = minDist;
653         //printf("AliEMCALRecPoint::EvalDistanceToBadChannel() - Distance to Bad is %f cm, shared cluster? %d \n",fDistToBadTower,fSharedCluster);
654 }
655
656
657 //____________________________________________________________________________
658 void AliEMCALRecPoint::EvalLocalPosition(Float_t logWeight, TClonesArray * digits)
659 {
660         // Calculates the center of gravity in the local EMCAL-module coordinates 
661         //  Info("Print", " logWeight %f : cluster energy %f ", logWeight, fAmp); // for testing
662                 
663         AliEMCALDigit * digit=0;
664         Int_t i=0, nstat=0;
665         
666         static Double_t dist  = TmaxInCm(Double_t(fAmp));
667         //Int_t idMax = GetAbsIdMaxDigit();// idMax is not used at all in RelPosCellInSModule, why use it?
668         
669         Double_t clXYZ[3]={0.,0.,0.}, clRmsXYZ[3]={0.,0.,0.}, xyzi[3], wtot=0., w=0.;
670         
671         //printf(" dist : %f  e : %f \n", dist, fAmp);
672         for(Int_t iDigit=0; iDigit<fMulDigit; iDigit++) {
673                 digit = dynamic_cast<AliEMCALDigit *>(digits->At(fDigitsList[iDigit])) ;
674
675                 //fGeomPtr->RelPosCellInSModule(digit->GetId(), idMax, dist, xyzi[0], xyzi[1], xyzi[2]);
676                 fGeomPtr->RelPosCellInSModule(digit->GetId(), dist, xyzi[0], xyzi[1], xyzi[2]);
677                 
678                 //Temporal patch, due to mapping problem, need to swap "y" in one of the 2 SM, although no effect in position calculation. GCB 05/2010
679                 if(fSharedCluster && fSuperModuleNumber != fGeomPtr->GetSuperModuleNumber(digit->GetId())) xyzi[1]*=-1;
680                 
681                 //printf("EvalLocalPosition Cell:  Id %i, SM %i : dist %f Local x,y,z %f %f %f \n", 
682                 //              digit->GetId(), fGeomPtr->GetSuperModuleNumber(digit->GetId()), dist, xyzi[0], xyzi[1], xyzi[2]);
683                 
684                 if(logWeight > 0.0)  w = TMath::Max( 0., logWeight + TMath::Log( fEnergyList[iDigit] / fAmp ));
685                 else  w = fEnergyList[iDigit]; // just energy
686                 
687                 if(w>0.0) {
688                         wtot += w ;
689                         nstat++;
690                         for(i=0; i<3; i++ ) {
691                                 clXYZ[i]    += (w*xyzi[i]);
692                                 clRmsXYZ[i] += (w*xyzi[i]*xyzi[i]);
693                         }
694                 }
695         }
696         //  cout << " wtot " << wtot << endl;
697         if ( wtot > 0 ) { 
698                 //    xRMS   = TMath::Sqrt(x2m - xMean*xMean);
699                 for(i=0; i<3; i++ ) {
700                         clXYZ[i] /= wtot;
701                         if(nstat>1) {
702                                 clRmsXYZ[i] /= (wtot*wtot);  
703                                 clRmsXYZ[i]  =  clRmsXYZ[i] - clXYZ[i]*clXYZ[i];
704                                 if(clRmsXYZ[i] > 0.0) {
705                                         clRmsXYZ[i] =  TMath::Sqrt(clRmsXYZ[i]);
706                                 } else      clRmsXYZ[i] = 0;
707                         } else        clRmsXYZ[i] = 0;
708                 }    
709         } else {
710                 for(i=0; i<3; i++ ) {
711                         clXYZ[i] = clRmsXYZ[i] = -1.;
712                 }
713         }
714         // clRmsXYZ[i] ??
715         
716 //      // Cluster of one single digit, smear the position to avoid discrete position
717 //      // smear x and z with +- 3 cm to uniform (avoid discrete effects). Tower size is approx 6 cm.
718 //      // Rndm generates a number in ]0,1]
719 //      if (fMulDigit==1) { 
720 //        clXYZ[0] += fGeomPtr->GetPhiTileSize()*(0.5 - gRandom->Rndm()); 
721 //        clXYZ[2] += fGeomPtr->GetEtaTileSize()*(0.5 - gRandom->Rndm()); 
722 //      }
723         
724         //Set position in local vector
725         fLocPos.SetX(clXYZ[0]);
726         fLocPos.SetY(clXYZ[1]);
727         fLocPos.SetZ(clXYZ[2]);
728                 
729         if (gDebug==2)
730                 printf("EvalLocalPosition Cluster: Local (x,y,z) = (%f,%f,%f) \n", fLocPos.X(), fLocPos.Y(), fLocPos.Z()) ; 
731
732 }
733
734
735 //____________________________________________________________________________
736 void AliEMCALRecPoint::EvalGlobalPosition(Float_t logWeight, TClonesArray * digits)
737 {
738   // Calculates the center of gravity in the global ALICE coordinates 
739   //  Info("Print", " logWeight %f : cluster energy %f ", logWeight, fAmp); // for testing
740   
741   AliEMCALDigit * digit=0;
742   Int_t i=0, nstat=0;
743         
744   static Double_t dist  = TmaxInCm(Double_t(fAmp));
745   //Int_t       idMax = GetAbsIdMaxDigit();// idMax is not used at all in RelPosCellInSModule, why use it?
746         
747   Double_t clXYZ[3]={0.,0.,0.}, clRmsXYZ[3]={0.,0.,0.}, lxyzi[3], xyzi[3], wtot=0., w=0.;
748
749   //printf(" dist : %f  e : %f \n", dist, fAmp);
750   for(Int_t iDigit=0; iDigit<fMulDigit; iDigit++) {
751     digit = dynamic_cast<AliEMCALDigit *>(digits->At(fDigitsList[iDigit])) ;
752
753     //Get the local coordinates of the cell
754     //fGeomPtr->RelPosCellInSModule(digit->GetId(), idMax, dist, lxyzi[0], lxyzi[1], lxyzi[2]);
755     fGeomPtr->RelPosCellInSModule(digit->GetId(), dist, lxyzi[0], lxyzi[1], lxyzi[2]);
756     
757     //Now get the global coordinate
758     fGeomPtr->GetGlobal(lxyzi,xyzi, fGeomPtr->GetSuperModuleNumber(digit->GetId()));
759     //TVector3 pos(xyzi[0], xyzi[1], xyzi[2]);
760     //printf("EvalGlobalPosition Cell:  Id %i, SM %i : dist %f Local (x,y,z) = (%f %f %f), eta %f, phi%f \n", 
761     //     digit->GetId(), fGeomPtr->GetSuperModuleNumber(digit->GetId()),dist, xyzi[0], xyzi[1], xyzi[2],pos.Eta(),pos.Phi()*TMath::RadToDeg());
762           
763     if(logWeight > 0.0)  w = TMath::Max( 0., logWeight + TMath::Log( fEnergyList[iDigit] / fAmp ));
764     else  w = fEnergyList[iDigit]; // just energy
765
766     if(w>0.0) {
767       wtot += w ;
768       nstat++;
769       for(i=0; i<3; i++ ) {
770         clXYZ[i]    += (w*xyzi[i]);
771         clRmsXYZ[i] += (w*xyzi[i]*xyzi[i]);
772       }
773     }
774   }
775   //  cout << " wtot " << wtot << endl;
776   if ( wtot > 0 ) { 
777     //    xRMS   = TMath::Sqrt(x2m - xMean*xMean);
778     for(i=0; i<3; i++ ) {
779       clXYZ[i] /= wtot;
780       if(nstat>1) {
781         clRmsXYZ[i] /= (wtot*wtot);  
782         clRmsXYZ[i]  =  clRmsXYZ[i] - clXYZ[i]*clXYZ[i];
783         if(clRmsXYZ[i] > 0.0) {
784           clRmsXYZ[i] =  TMath::Sqrt(clRmsXYZ[i]);
785         } else      clRmsXYZ[i] = 0;
786       } else        clRmsXYZ[i] = 0;
787     }    
788   } else {
789     for(i=0; i<3; i++ ) {
790       clXYZ[i] = clRmsXYZ[i] = -1.;
791     }
792   }
793   // clRmsXYZ[i] ??
794
795 //  // Cluster of one single digit, smear the position to avoid discrete position
796 //  // smear x and z with +- 3 cm to uniform (avoid discrete effects). Tower size is approx 6 cm.
797 //  // Rndm generates a number in ]0,1]
798 //  if (fMulDigit==1) { 
799 //    clXYZ[0] += fGeomPtr->GetPhiTileSize()*(0.5 - gRandom->Rndm()); 
800 //    clXYZ[2] += fGeomPtr->GetEtaTileSize()*(0.5 - gRandom->Rndm());   
801 //  }
802         
803   //Set position in global vector
804   fGlobPos.SetX(clXYZ[0]);
805   fGlobPos.SetY(clXYZ[1]);
806   fGlobPos.SetZ(clXYZ[2]);
807                 
808   if (gDebug==2)
809         printf("EvalGlobalPosition Cluster: (x ,y ,z) = (%f,%f,%f), eta %f,phi %f\n", 
810                    fGlobPos.X(), fGlobPos.Y(), fGlobPos.Z(),fGlobPos.Eta(),fGlobPos.Phi()*TMath::RadToDeg()) ; 
811 }
812
813 //____________________________________________________________________________
814 void AliEMCALRecPoint::EvalLocalPositionFit(Double_t deff, Double_t logWeight, 
815 Double_t phiSlope, TClonesArray * digits)
816 {
817   // Aug 14-16, 2007 - for fit 
818   // Aug 31 - should be static ??
819   static Double_t ycorr=0;
820   static AliEMCALDigit *digit=0;
821   Int_t i=0, nstat=0;
822   Double_t clXYZ[3]={0.,0.,0.}, clRmsXYZ[3]={0.,0.,0.}, xyzi[3], wtot=0., w=0.; 
823
824   static Double_t dist  = TmaxInCm(Double_t(fAmp));
825   //Int_t       idMax = GetAbsIdMaxDigit();// idMax is not used at all in RelPosCellInSModule, why use it?
826         
827   for(Int_t iDigit=0; iDigit<digits->GetEntries(); iDigit++) {
828     digit = dynamic_cast<AliEMCALDigit *>(digits->At(fDigitsList[iDigit])) ;
829  
830     dist = deff;
831     //fGeomPtr->RelPosCellInSModule(digit->GetId(), idMax, dist, xyzi[0], xyzi[1], xyzi[2]);
832     fGeomPtr->RelPosCellInSModule(digit->GetId(), dist, xyzi[0], xyzi[1], xyzi[2]);
833     
834     if(logWeight > 0.0)  w = TMath::Max( 0., logWeight + TMath::Log( fEnergyList[iDigit] / fAmp ));
835     else                 w = fEnergyList[iDigit]; // just energy
836     
837     if(w>0.0) {
838       wtot += w ;
839       nstat++;
840       for(i=0; i<3; i++ ) {
841         clXYZ[i]    += (w*xyzi[i]);
842         clRmsXYZ[i] += (w*xyzi[i]*xyzi[i]);
843       }
844     }
845   }
846   //  cout << " wtot " << wtot << endl;
847   if ( wtot > 0 ) { 
848     //    xRMS   = TMath::Sqrt(x2m - xMean*xMean);
849     for(i=0; i<3; i++ ) {
850       clXYZ[i] /= wtot;
851       if(nstat>1) {
852         clRmsXYZ[i] /= (wtot*wtot);  
853         clRmsXYZ[i]  =  clRmsXYZ[i] - clXYZ[i]*clXYZ[i];
854         if(clRmsXYZ[i] > 0.0) {
855           clRmsXYZ[i] =  TMath::Sqrt(clRmsXYZ[i]);
856         } else      clRmsXYZ[i] = 0;
857       } else        clRmsXYZ[i] = 0;
858     }    
859   } else {
860     for(i=0; i<3; i++ ) {
861       clXYZ[i] = clRmsXYZ[i] = -1.;
862     }
863   }
864   // clRmsXYZ[i] ??
865   if(phiSlope != 0.0 && logWeight > 0.0 && wtot) { 
866     // Correction in phi direction (y - coords here); Aug 16;
867     // May be put to global level or seperate method
868     ycorr = clXYZ[1] * (1. + phiSlope);
869     //printf(" y %f : ycorr %f : slope %f \n", clXYZ[1], ycorr, phiSlope); 
870     clXYZ[1] = ycorr;
871   }
872         
873   fLocPos.SetX(clXYZ[0]);
874   fLocPos.SetY(clXYZ[1]);
875   fLocPos.SetZ(clXYZ[2]);
876     
877 //  if (gDebug==2)
878 //    printf("EvalLocalPosition: eta,phi,r = %f,%f,%f", fLocPos.X(), fLocPos.Y(), fLocPos.Z()) ; 
879 }
880
881 //_____________________________________________________________________________
882 Bool_t AliEMCALRecPoint::EvalLocalPosition2(TClonesArray * digits, TArrayD &ed)
883 {
884   // Evaluated local position of rec.point using digits 
885   // and parametrisation of w0 and deff
886   //printf(" <I> AliEMCALRecPoint::EvalLocalPosition2() \n"); 
887   return AliEMCALRecPoint::EvalLocalPositionFromDigits(digits, ed, fLocPos);
888 }
889
890 //_____________________________________________________________________________
891 Bool_t AliEMCALRecPoint::EvalLocalPositionFromDigits(TClonesArray *digits, TArrayD &ed, TVector3 &locPos)
892 {
893   // Used when digits should be recalibrated
894   static Double_t deff=0, w0=0, esum=0;
895   static Int_t iDigit=0;
896   //  static AliEMCALDigit *digit;
897
898   if(ed.GetSize() && (digits->GetEntries()!=ed.GetSize())) return kFALSE;
899
900   // Calculate sum energy of digits
901   esum = 0.0;
902   for(iDigit=0; iDigit<ed.GetSize(); iDigit++) esum += ed[iDigit];
903
904   GetDeffW0(esum, deff, w0);
905   
906   return EvalLocalPositionFromDigits(esum, deff, w0, digits, ed, locPos); 
907 }
908
909 //_____________________________________________________________________________
910 Bool_t AliEMCALRecPoint::EvalLocalPositionFromDigits(const Double_t esum, const Double_t deff, const Double_t w0, TClonesArray *digits, TArrayD &ed, TVector3 &locPos)
911 {
912   //Evaluate position of digits in supermodule.
913   static AliEMCALDigit *digit=0;
914
915   Int_t i=0, nstat=0;
916   Double_t clXYZ[3]={0.,0.,0.}, xyzi[3], wtot=0., w=0.; 
917   //Int_t       idMax = GetAbsIdMaxDigit();// idMax is not used at all in RelPosCellInSModule, why use it?
918         
919   // Get pointer to EMCAL geometry
920   // (can't use fGeomPtr in static method)
921   AliEMCALGeometry* geo = AliEMCALGeometry::GetInstance(); 
922
923   for(Int_t iDigit=0; iDigit<digits->GetEntries(); iDigit++) {
924     digit = dynamic_cast<AliEMCALDigit *>(digits->At(iDigit));
925
926     //geo->RelPosCellInSModule(digit->GetId(), idMax, deff, xyzi[0], xyzi[1], xyzi[2]);
927     geo->RelPosCellInSModule(digit->GetId(), deff, xyzi[0], xyzi[1], xyzi[2]);
928
929     if(w0 > 0.0)  w = TMath::Max( 0., w0 + TMath::Log(ed[iDigit] / esum));
930     else          w = ed[iDigit]; // just energy
931
932     if(w>0.0) {
933       wtot += w ;
934       nstat++;
935       for(i=0; i<3; i++ ) {
936         clXYZ[i] += (w*xyzi[i]);
937       }
938     }
939   }
940   //  cout << " wtot " << wtot << endl;
941   if (wtot > 0) { 
942     for(i=0; i<3; i++ ) {
943       clXYZ[i] /= wtot;
944     }
945     locPos.SetX(clXYZ[0]);
946     locPos.SetY(clXYZ[1]);
947     locPos.SetZ(clXYZ[2]);
948     return kTRUE;
949   } else {
950     return kFALSE;
951   }
952
953 }
954
955 //_____________________________________________________________________________
956 void AliEMCALRecPoint::GetDeffW0(const Double_t esum , Double_t &deff,  Double_t &w0)
957 {
958   //
959   // Aug 31, 2001 
960   // Applied for simulation data with threshold 3 adc
961   // Calculate efective distance (deff) and weigh parameter (w0) 
962   // for coordinate calculation; 0.5 GeV < esum <100 GeV.
963   // Look to:  http://rhic.physics.wayne.edu/~pavlinov/ALICE/SHISHKEBAB/RES/CALIB/GEOMCORR/deffandW0VaEgamma_2.gif
964   //
965   static Double_t e=0.0;
966   const  Double_t kdp0=9.25147, kdp1=1.16700; // Hard coded now
967   const  Double_t kwp0=4.83713, kwp1=-2.77970e-01, kwp2 = 4.41116;
968
969   // No extrapolation here
970   e = esum<0.5?0.5:esum;
971   e = e>100.?100.:e;
972
973   deff = kdp0 + kdp1*TMath::Log(e);
974   w0   = kwp0 / (1. + TMath::Exp(kwp1*(e+kwp2)));
975   //printf("<I> AliEMCALRecPoint::GetDeffW0 esum %5.2f : deff %5.2f : w0 %5.2f \n", esum, deff, w0); 
976 }
977
978 //______________________________________________________________________________
979 void AliEMCALRecPoint::EvalCoreEnergy(Float_t logWeight, TClonesArray * digits)
980 {
981   // This function calculates energy in the core, 
982   // i.e. within a radius rad = fCoreEnergy around the center. Beyond this radius
983   // in accordance with shower profile the energy deposition 
984   // should be less than 2%
985   // Unfinished - Nov 15,2006
986   // Distance is calculate in (phi,eta) units
987
988   AliEMCALDigit * digit = 0 ;
989
990   Int_t iDigit=0;
991
992   if (!fLocPos.Mag()) {
993     EvalLocalPosition(logWeight, digits);
994   }
995   
996   Double_t phiPoint = fLocPos.Phi(), etaPoint = fLocPos.Eta();
997   Double_t eta, phi, distance;
998   for(iDigit=0; iDigit < fMulDigit; iDigit++) {
999     digit = (AliEMCALDigit *) ( digits->At(fDigitsList[iDigit]) ) ;
1000     
1001     eta = phi = 0.0;
1002     fGeomPtr->EtaPhiFromIndex(digit->GetId(),eta, phi) ;
1003     phi = phi * TMath::DegToRad();
1004   
1005     distance = TMath::Sqrt((eta-etaPoint)*(eta-etaPoint)+(phi-phiPoint)*(phi-phiPoint));
1006     if(distance < fCoreRadius)
1007       fCoreEnergy += fEnergyList[iDigit] ;
1008   }
1009   
1010 }
1011 //____________________________________________________________________________
1012 void  AliEMCALRecPoint::EvalElipsAxis(Float_t logWeight,TClonesArray * digits)
1013 {
1014   // Calculates the axis of the shower ellipsoid in eta and phi
1015   // in cell units
1016
1017   static TString gn(fGeomPtr->GetName());
1018
1019   Double_t wtot = 0.;
1020   Double_t x    = 0.;
1021   Double_t z    = 0.;
1022   Double_t dxx  = 0.;
1023   Double_t dzz  = 0.;
1024   Double_t dxz  = 0.;
1025
1026   AliEMCALDigit * digit = 0;
1027         
1028   Double_t etai =0, phii=0, w=0; 
1029   int nSupMod=0, nModule=0, nIphi=0, nIeta=0;
1030   int iphi=0, ieta=0;
1031   for(Int_t iDigit=0; iDigit<fMulDigit; iDigit++) {
1032     digit = (AliEMCALDigit *) digits->At(fDigitsList[iDigit])  ;
1033     etai = phii = 0.; 
1034     // Nov 15,2006 - use cell numbers as coordinates
1035     // Copied for shish-kebab geometry, ieta,iphi is cast as double as eta,phi
1036     // We can use the eta,phi(or coordinates) of cell
1037     nSupMod = nModule = nIphi = nIeta = iphi = ieta = 0;
1038
1039     fGeomPtr->GetCellIndex(digit->GetId(), nSupMod,nModule,nIphi,nIeta);
1040     fGeomPtr->GetCellPhiEtaIndexInSModule(nSupMod,nModule,nIphi,nIeta, iphi,ieta);
1041           
1042     // In case of a shared cluster, index of SM in C side, columns start at 48 and ends at 48*2
1043     // C Side impair SM, nSupMod%2=1; A side pair SM, nSupMod%2=0
1044     if(fSharedCluster && nSupMod%2) ieta+=AliEMCALGeoParams::fgkEMCALCols;
1045     
1046     etai=(Double_t)ieta;
1047     phii=(Double_t)iphi;
1048           
1049     w = TMath::Max(0.,logWeight+TMath::Log(fEnergyList[iDigit]/fAmp ) ) ;
1050     // fAmp summed amplitude of digits, i.e. energy of recpoint 
1051     // Gives smaller value of lambda than log weight  
1052     // w = fEnergyList[iDigit] / fAmp; // Nov 16, 2006 - try just energy
1053
1054     dxx  += w * etai * etai ;
1055     x    += w * etai ;
1056     dzz  += w * phii * phii ;
1057     z    += w * phii ; 
1058
1059     dxz  += w * etai * phii ; 
1060
1061     wtot += w ;
1062   }
1063
1064   if ( wtot > 0 ) { 
1065     dxx /= wtot ;
1066     x   /= wtot ;
1067     dxx -= x * x ;
1068     dzz /= wtot ;
1069     z   /= wtot ;
1070     dzz -= z * z ;
1071     dxz /= wtot ;
1072     dxz -= x * z ;
1073
1074     fLambda[0] =  0.5 * (dxx + dzz) + TMath::Sqrt( 0.25 * (dxx - dzz) * (dxx - dzz) + dxz * dxz )  ;
1075     if(fLambda[0] > 0)
1076       fLambda[0] = TMath::Sqrt(fLambda[0]) ;
1077     else
1078       fLambda[0] = 0;
1079     
1080     fLambda[1] =  0.5 * (dxx + dzz) - TMath::Sqrt( 0.25 * (dxx - dzz) * (dxx - dzz) + dxz * dxz )  ;
1081
1082     if(fLambda[1] > 0) //To avoid exception if numerical errors lead to negative lambda.
1083       fLambda[1] = TMath::Sqrt(fLambda[1]) ;
1084     else
1085       fLambda[1]= 0. ;
1086   } else { 
1087     fLambda[0]= 0. ;
1088     fLambda[1]= 0. ;
1089   }
1090
1091   //printf("AliEMCALRecPoint::EvalElipsAxis() lambdas  = %f,%f \n", fLambda[0],fLambda[1]) ; 
1092
1093 }
1094
1095 //______________________________________________________________________________
1096 void  AliEMCALRecPoint::EvalPrimaries(TClonesArray * digits)
1097 {
1098   // Constructs the list of primary particles (tracks) which 
1099   // have contributed to this RecPoint and calculate deposited energy 
1100   // for each track
1101   
1102   AliEMCALDigit * digit =0;
1103   Int_t * primArray = new Int_t[fMaxTrack] ;
1104   Float_t * dEPrimArray = new Float_t[fMaxTrack] ;
1105
1106   Int_t index ;  
1107   for ( index = 0 ; index < GetDigitsMultiplicity() ; index++ ) { // all digits
1108     digit = dynamic_cast<AliEMCALDigit *>(digits->At( fDigitsList[index] )) ; 
1109     Int_t nprimaries = digit->GetNprimary() ;
1110     if ( nprimaries == 0 ) continue ;
1111     Int_t jndex ;
1112     for ( jndex = 0 ; jndex < nprimaries ; jndex++ ) { // all primaries in digit
1113       if ( fMulTrack > fMaxTrack ) {
1114         fMulTrack = fMaxTrack ;
1115         Error("EvalPrimaries", "increase fMaxTrack ")  ;
1116         break ;
1117       }
1118       Int_t newPrimary = digit->GetPrimary(jndex+1);
1119       Float_t dEPrimary = digit->GetDEPrimary(jndex+1);
1120       Int_t kndex ;
1121       Bool_t already = kFALSE ;
1122       for ( kndex = 0 ; kndex < fMulTrack ; kndex++ ) { //check if not already stored
1123         if ( newPrimary == primArray[kndex] ){
1124           already = kTRUE ;
1125           dEPrimArray[kndex] += dEPrimary; 
1126           break ;
1127         }
1128       } // end of check
1129       if ( !already && (fMulTrack < fMaxTrack)) { // store it
1130         primArray[fMulTrack] = newPrimary ; 
1131         dEPrimArray[fMulTrack] = dEPrimary ; 
1132         fMulTrack++ ;
1133       } // store it
1134     } // all primaries in digit
1135   } // all digits
1136
1137   Int_t *sortIdx = new Int_t[fMulTrack];
1138   TMath::Sort(fMulTrack,dEPrimArray,sortIdx); 
1139   for(index = 0; index < fMulTrack; index++) {
1140     fTracksList[index] = primArray[sortIdx[index]] ;    
1141     fDETracksList[index] = dEPrimArray[sortIdx[index]] ;
1142   }
1143   delete [] sortIdx;
1144   delete [] primArray ;
1145   delete [] dEPrimArray ;
1146
1147 }
1148
1149 //______________________________________________________________________________
1150 void  AliEMCALRecPoint::EvalParents(TClonesArray * digits)
1151 {
1152   // Constructs the list of parent particles (tracks) which have contributed to this RecPoint
1153  
1154   AliEMCALDigit * digit=0 ;
1155   Int_t * parentArray = new Int_t[fMaxTrack] ;
1156   Float_t * dEParentArray = new Float_t[fMaxTrack] ;
1157
1158   Int_t index ;  
1159   for ( index = 0 ; index < GetDigitsMultiplicity() ; index++ ) { // all digits
1160     if (fDigitsList[index] >= digits->GetEntries() || fDigitsList[index] < 0)
1161        AliError(Form("Trying to get invalid digit %d (idx in WriteRecPoint %d)",fDigitsList[index],index));
1162     digit = dynamic_cast<AliEMCALDigit *>(digits->At( fDigitsList[index] )) ; 
1163     Int_t nparents = digit->GetNiparent() ;
1164     if ( nparents == 0 ) continue ;
1165
1166     Int_t jndex ;
1167     for ( jndex = 0 ; jndex < nparents ; jndex++ ) { // all primaries in digit
1168       if ( fMulParent > fMaxParent ) {
1169         fMulTrack = - 1 ;
1170         Error("EvalParents", "increase fMaxParent")  ;
1171         break ;
1172       }
1173       Int_t newParent = digit->GetIparent(jndex+1) ;
1174       Float_t newdEParent = digit->GetDEParent(jndex+1) ;
1175       Int_t kndex ;
1176       Bool_t already = kFALSE ;
1177       for ( kndex = 0 ; kndex < fMulParent ; kndex++ ) { //check if not already stored
1178         if ( newParent == parentArray[kndex] ){
1179           dEParentArray[kndex] += newdEParent;
1180           already = kTRUE ;
1181           break ;
1182         }
1183       } // end of check
1184       if ( !already && (fMulParent < fMaxParent)) { // store it
1185         parentArray[fMulParent] = newParent ; 
1186         dEParentArray[fMulParent] = newdEParent ; 
1187         fMulParent++ ;
1188       } // store it
1189     } // all parents in digit
1190   } // all digits
1191
1192   if (fMulParent>0) {
1193     Int_t *sortIdx = new Int_t[fMulParent];
1194     TMath::Sort(fMulParent,dEParentArray,sortIdx); 
1195     for(index = 0; index < fMulParent; index++) {
1196       fParentsList[index] = parentArray[sortIdx[index]] ;      
1197       fDEParentsList[index] = dEParentArray[sortIdx[index]] ;
1198     }
1199     delete [] sortIdx;
1200   }
1201  
1202   delete [] parentArray;
1203   delete [] dEParentArray;
1204 }
1205
1206 //____________________________________________________________________________
1207 void AliEMCALRecPoint::GetLocalPosition(TVector3 & lpos) const
1208 {
1209   // returns the position of the cluster in the local reference system
1210   // of the sub-detector
1211   
1212   lpos = fLocPos;
1213 }
1214
1215 //____________________________________________________________________________
1216 void AliEMCALRecPoint::GetGlobalPosition(TVector3 & gpos) const
1217 {
1218   // returns the position of the cluster in the global reference system of ALICE
1219   // These are now the Cartesian X, Y and Z
1220   //  cout<<" geom "<<geom<<endl;
1221   // fGeomPtr->GetGlobal(fLocPos, gpos, fSuperModuleNumber);
1222   gpos = fGlobPos;
1223         
1224 }
1225
1226 //____________________________________________________________________________
1227 //void AliEMCALRecPoint::GetGlobalPosition(TVector3 & gpos, TMatrixF & gmat) const
1228 //{
1229 //  // returns the position of the cluster in the global reference system of ALICE
1230 //  // These are now the Cartesian X, Y and Z
1231 //  //  cout<<" geom "<<geom<<endl;
1232 //
1233 //  //To be implemented
1234 //  fGeomPtr->GetGlobalEMCAL(this, gpos, gmat);
1235 //
1236 //}
1237
1238 //_____________________________________________________________________________
1239 void AliEMCALRecPoint::EvalLocal2TrackingCSTransform()
1240 {
1241   //Evaluates local to "tracking" c.s. transformation (B.P.).
1242   //All evaluations should be completed before calling for this
1243   //function.                           
1244   //See ALICE PPR Chapter 5 p.18 for "tracking" c.s. definition,
1245   //or just ask Jouri Belikov. :) 
1246
1247   SetVolumeId(AliGeomManager::LayerToVolUID(AliGeomManager::kEMCAL,GetSuperModuleNumber()));
1248
1249   const TGeoHMatrix* tr2loc = GetTracking2LocalMatrix();
1250   if(!tr2loc) AliFatal(Form("No Tracking2LocalMatrix found."));
1251
1252   Double_t lxyz[3] = {fLocPos.X(),fLocPos.Y(),fLocPos.Z()};
1253   Double_t txyz[3] = {0,0,0};
1254
1255   tr2loc->MasterToLocal(lxyz,txyz);
1256   SetX(txyz[0]); SetY(txyz[1]); SetZ(txyz[2]);
1257
1258   if(AliLog::GetGlobalDebugLevel()>0) {
1259         TVector3 gpos; //TMatrixF gmat;
1260     //GetGlobalPosition(gpos,gmat); //Not doing anythin special, replace by next line.  
1261         fGeomPtr->GetGlobal(fLocPos, gpos, GetSuperModuleNumber());
1262           
1263     Float_t gxyz[3];
1264     GetGlobalXYZ(gxyz);
1265     AliInfo(Form("lCS-->(%.3f,%.3f,%.3f), tCS-->(%.3f,%.3f,%.3f), gCS-->(%.3f,%.3f,%.3f),  gCScalc-\
1266 ->(%.3f,%.3f,%.3f), supermodule %d",
1267                  fLocPos.X(),fLocPos.Y(),fLocPos.Z(),
1268                  GetX(),GetY(),GetZ(),
1269                  gpos.X(),gpos.Y(),gpos.Z(),
1270                  gxyz[0],gxyz[1],gxyz[2],GetSuperModuleNumber()));
1271   }
1272
1273 }
1274
1275 //____________________________________________________________________________
1276 Float_t AliEMCALRecPoint::GetMaximalEnergy(void) const
1277 {
1278   // Finds the maximum energy in the cluster
1279   
1280   Float_t menergy = 0. ;
1281
1282   Int_t iDigit;
1283   for(iDigit=0; iDigit<fMulDigit; iDigit++) {
1284  
1285     if(fEnergyList[iDigit] > menergy) 
1286       menergy = fEnergyList[iDigit] ;
1287   }
1288   return menergy ;
1289 }
1290
1291 //____________________________________________________________________________
1292 Int_t AliEMCALRecPoint::GetMaximalEnergyIndex(void) const
1293 {
1294   // Finds the maximum energy in the cluster
1295   
1296   Float_t menergy = 0. ;
1297   Int_t mid       = 0  ;
1298   Int_t iDigit;
1299   
1300   for(iDigit=0; iDigit<fMulDigit; iDigit++) {
1301     
1302     if(fEnergyList[iDigit] > menergy){ 
1303       menergy = fEnergyList[iDigit] ;
1304       mid     = iDigit ;
1305     }
1306   }//loop on cluster digits
1307   
1308   return mid ;
1309 }
1310
1311
1312 //____________________________________________________________________________
1313 Int_t AliEMCALRecPoint::GetMultiplicityAtLevel(Float_t H) const
1314 {
1315   // Calculates the multiplicity of digits with energy larger than H*energy 
1316   
1317   Int_t multipl   = 0 ;
1318   Int_t iDigit ;
1319   for(iDigit=0; iDigit<fMulDigit; iDigit++) {
1320
1321     if(fEnergyList[iDigit] > H * fAmp) 
1322       multipl++ ;
1323   }
1324   return multipl ;
1325 }
1326
1327 //____________________________________________________________________________
1328 Int_t  AliEMCALRecPoint::GetNumberOfLocalMax(AliEMCALDigit **  maxAt, Float_t * maxAtEnergy,
1329                                                Float_t locMaxCut,TClonesArray * digits) const
1330
1331   // Calculates the number of local maxima in the cluster using fLocalMaxCut as the minimum
1332   // energy difference between two local maxima
1333
1334   AliEMCALDigit * digit  = 0;
1335   AliEMCALDigit * digitN = 0;
1336   
1337   Int_t iDigitN = 0 ;
1338   Int_t iDigit  = 0 ;
1339
1340   for(iDigit = 0; iDigit < fMulDigit; iDigit++)
1341     maxAt[iDigit] = (AliEMCALDigit*) digits->At(fDigitsList[iDigit])  ;
1342   
1343   for(iDigit = 0 ; iDigit < fMulDigit; iDigit++) {   
1344     if(maxAt[iDigit]) {
1345       digit = maxAt[iDigit] ;
1346           
1347       for(iDigitN = 0; iDigitN < fMulDigit; iDigitN++) {        
1348         digitN = (AliEMCALDigit *) digits->At(fDigitsList[iDigitN]) ; 
1349         
1350         if ( AreNeighbours(digit, digitN) ) {
1351           if (fEnergyList[iDigit] > fEnergyList[iDigitN] ) {    
1352             maxAt[iDigitN] = 0 ;
1353             // but may be digit too is not local max ?
1354             if(fEnergyList[iDigit] < fEnergyList[iDigitN] + locMaxCut) 
1355               maxAt[iDigit] = 0 ;
1356           }
1357           else {
1358             maxAt[iDigit] = 0 ;
1359             // but may be digitN too is not local max ?
1360             if(fEnergyList[iDigit] > fEnergyList[iDigitN] - locMaxCut) 
1361               maxAt[iDigitN] = 0 ; 
1362           } 
1363         } // if Areneighbours
1364       } // while digitN
1365     } // slot not empty
1366   } // while digit
1367   
1368   iDigitN = 0 ;
1369   for(iDigit = 0; iDigit < fMulDigit; iDigit++) { 
1370     if(maxAt[iDigit] ){
1371       maxAt[iDigitN] = maxAt[iDigit] ;
1372       maxAtEnergy[iDigitN] = fEnergyList[iDigit] ;
1373       iDigitN++ ; 
1374     }
1375   }
1376   return iDigitN ;
1377 }
1378
1379 //____________________________________________________________________________
1380 Int_t AliEMCALRecPoint::GetPrimaryIndex() const  
1381 {
1382   // Get the primary track index in TreeK which deposits the most energy 
1383   // in Digits which forms RecPoint. 
1384
1385   if (fMulTrack)
1386     return fTracksList[0];
1387   return -12345;
1388 }
1389
1390 //____________________________________________________________________________
1391 void AliEMCALRecPoint::EvalTime(TClonesArray * digits){
1392   // time is set to the time of the digit with the maximum energy
1393
1394   Float_t maxE  = 0;
1395   Int_t   maxAt = 0;
1396   for(Int_t idig=0; idig < fMulDigit; idig++){
1397     if(fEnergyList[idig] > maxE){
1398       maxE  = fEnergyList[idig] ;
1399       maxAt = idig;
1400     }
1401   }
1402   fTime = ((AliEMCALDigit*) digits->At(fDigitsList[maxAt]))->GetTime() ;
1403   
1404 }
1405
1406 //______________________________________________________________________________
1407 void AliEMCALRecPoint::Paint(Option_t *)
1408 {
1409   // Paint this ALiRecPoint as a TMarker  with its current attributes
1410   
1411   TVector3 pos(0.,0.,0.)  ;
1412   GetLocalPosition(pos)   ;
1413   Coord_t x = pos.X()     ;
1414   Coord_t y = pos.Z()     ;
1415   Color_t markercolor = 1 ;
1416   Size_t  markersize  = 1.;
1417   Style_t markerstyle = 5 ;
1418   
1419   if (!gPad->IsBatch()) {
1420     gVirtualX->SetMarkerColor(markercolor) ;
1421     gVirtualX->SetMarkerSize (markersize)  ;
1422     gVirtualX->SetMarkerStyle(markerstyle) ;
1423   }
1424   gPad->SetAttMarkerPS(markercolor,markerstyle,markersize) ;
1425   gPad->PaintPolyMarker(1,&x,&y,"") ;
1426 }
1427
1428 //_____________________________________________________________________
1429 Double_t AliEMCALRecPoint::TmaxInCm(const Double_t e , const Int_t key)
1430
1431   // e energy in GeV)
1432   // key  =  0(gamma, default)
1433   //     !=  0(electron)
1434   static Double_t ca   = 4.82;  // shower max parameter - first guess; ca=TMath::Log(1000./8.07)
1435   static Double_t x0   = 1.23;  // radiation lenght (cm)
1436   static Double_t tmax = 0.;    // position of electromagnetic shower max in cm
1437
1438   if(e>0.1) {
1439     tmax = TMath::Log(e) + ca;
1440     if      (key==0) tmax += 0.5; 
1441     else             tmax -= 0.5;
1442     tmax *= x0; // convert to cm
1443   }
1444   return tmax;
1445 }
1446
1447 //______________________________________________________________________________
1448 Float_t AliEMCALRecPoint::EtaToTheta(Float_t arg) const
1449 {
1450   //Converts Theta (Radians) to Eta(Radians)
1451   return (2.*TMath::ATan(TMath::Exp(-arg)));
1452 }
1453
1454 //______________________________________________________________________________
1455 Float_t AliEMCALRecPoint::ThetaToEta(Float_t arg) const
1456 {
1457   //Converts Eta (Radians) to Theta(Radians)
1458   return (-1 * TMath::Log(TMath::Tan(0.5 * arg)));
1459 }
1460
1461 //____________________________________________________________________________
1462 void AliEMCALRecPoint::Print(Option_t *opt) const
1463 {
1464   // Print the list of digits belonging to the cluster
1465   if(strlen(opt)==0) return;
1466   TString message ; 
1467   message  = "AliEMCALRecPoint:\n" ;
1468   message +=  " digits # = " ; 
1469   Info("Print", message.Data()) ; 
1470
1471   Int_t iDigit;
1472   for(iDigit=0; iDigit<fMulDigit; iDigit++)
1473     printf(" %d ", fDigitsList[iDigit] ) ;  
1474   printf("\n");
1475
1476   Info("Print", " Energies = ") ;
1477   for(iDigit=0; iDigit<fMulDigit; iDigit++) 
1478     printf(" %f ", fEnergyList[iDigit] ) ;
1479   printf("\n");
1480
1481   Info("Print", "\n Abs Ids = ") ;
1482   for(iDigit=0; iDigit<fMulDigit; iDigit++) 
1483     printf(" %i ", fAbsIdList[iDigit] ) ;
1484   printf("\n");
1485
1486   Info("Print", " Primaries  ") ;
1487   for(iDigit = 0;iDigit < fMulTrack; iDigit++)
1488     printf(" %d ", fTracksList[iDigit]) ;
1489
1490   printf("\n Local x %6.2f y %7.2f z %7.1f \n", fLocPos[0], fLocPos[1], fLocPos[2]);
1491
1492   message  = "       ClusterType     = %d" ;
1493   message += "       Multiplicity    = %d" ;
1494   message += "       Cluster Energy  = %f" ; 
1495   message += "       Core energy     = %f" ; 
1496   message += "       Core radius     = %f" ; 
1497   message += "       Number of primaries %d" ; 
1498   message += "       Stored at position %d" ; 
1499   Info("Print", message.Data(), fClusterType, fMulDigit, fAmp, fCoreEnergy, fCoreRadius, fMulTrack, GetIndexInList() ) ;  
1500 }
1501
1502 //___________________________________________________________
1503 Double_t  AliEMCALRecPoint::GetPointEnergy() const
1504 {
1505   //Returns energy ....
1506   static double e=0.0;
1507   for(int ic=0; ic<GetMultiplicity(); ic++) e += double(fEnergyList[ic]);
1508   return e;
1509 }