MUON + CheckCompiler
[u/mrichter/AliRoot.git] / EMCAL / AliEMCALRecoUtils.cxx
1 /**************************************************************************
2  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
3  *                                                                        *
4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
6  *                                                                        *
7  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
9  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
10  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
11  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
12  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
14  **************************************************************************/
15
16 /* $Id: AliEMCALRecoUtils.cxx | Sun Dec 8 06:56:48 2013 +0100 | Constantin Loizides  $ */
17
18 ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
19 //
20 // Class AliEMCALRecoUtils
21 // Some utilities to recalculate the cluster position or energy linearity
22 //
23 //
24 // Author:  Gustavo Conesa (LPSC- Grenoble) 
25 //          Track matching part: Rongrong Ma (Yale)
26
27 ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
28 // --- standard c ---
29
30 // standard C++ includes
31 //#include <Riostream.h>
32
33 // ROOT includes
34 #include <TGeoManager.h>
35 #include <TGeoMatrix.h>
36 #include <TGeoBBox.h>
37 #include <TH2F.h>
38 #include <TArrayI.h>
39 #include <TArrayF.h>
40 #include <TObjArray.h>
41
42 // STEER includes
43 #include "AliVCluster.h"
44 #include "AliVCaloCells.h"
45 #include "AliLog.h"
46 #include "AliPID.h"
47 #include "AliESDEvent.h"
48 #include "AliAODEvent.h"
49 #include "AliESDtrack.h"
50 #include "AliAODTrack.h"
51 #include "AliExternalTrackParam.h"
52 #include "AliESDfriendTrack.h"
53 #include "AliTrackerBase.h"
54
55 // EMCAL includes
56 #include "AliEMCALRecoUtils.h"
57 #include "AliEMCALGeometry.h"
58 #include "AliTrackerBase.h"
59 #include "AliEMCALPIDUtils.h"
60
61 ClassImp(AliEMCALRecoUtils)
62   
63 //_____________________________________
64 AliEMCALRecoUtils::AliEMCALRecoUtils():
65   fParticleType(0),                       fPosAlgo(0),                            fW0(0), 
66   fNonLinearityFunction(0),               fNonLinearThreshold(0),
67   fSmearClusterEnergy(kFALSE),            fRandom(),
68   fCellsRecalibrated(kFALSE),             fRecalibration(kFALSE),                 fEMCALRecalibrationFactors(),
69   fTimeRecalibration(kFALSE),             fEMCALTimeRecalibrationFactors(),       fUseRunCorrectionFactors(kFALSE),       
70   fRemoveBadChannels(kFALSE),             fRecalDistToBadChannels(kFALSE),        fEMCALBadChannelMap(),
71   fNCellsFromEMCALBorder(0),              fNoEMCALBorderAtEta0(kTRUE),
72   fRejectExoticCluster(kFALSE),           fRejectExoticCells(kFALSE), 
73   fExoticCellFraction(0),                 fExoticCellDiffTime(0),                 fExoticCellMinAmplitude(0),
74   fPIDUtils(),                            fAODFilterMask(0),
75   fAODHybridTracks(0),                    fAODTPCOnlyTracks(0),
76   fMatchedTrackIndex(0x0),                fMatchedClusterIndex(0x0), 
77   fResidualEta(0x0), fResidualPhi(0x0),   fCutEtaPhiSum(kFALSE),                  fCutEtaPhiSeparate(kFALSE), 
78   fCutR(0),                               fCutEta(0),                             fCutPhi(0),
79   fClusterWindow(0),                      fMass(0),                           
80   fStepSurface(0),                        fStepCluster(0),
81   fITSTrackSA(kFALSE),                    fEMCalSurfaceDistance(440.),
82   fTrackCutsType(0),                      fCutMinTrackPt(0),                      fCutMinNClusterTPC(0), 
83   fCutMinNClusterITS(0),                  fCutMaxChi2PerClusterTPC(0),            fCutMaxChi2PerClusterITS(0),
84   fCutRequireTPCRefit(kFALSE),            fCutRequireITSRefit(kFALSE),            fCutAcceptKinkDaughters(kFALSE),
85   fCutMaxDCAToVertexXY(0),                fCutMaxDCAToVertexZ(0),                 fCutDCAToVertex2D(kFALSE),
86   fCutRequireITSStandAlone(kFALSE),       fCutRequireITSpureSA(kFALSE)
87 {
88 //
89   // Constructor.
90   // Initialize all constant values which have to be used
91   // during Reco algorithm execution
92   //
93   
94   // Init parameters
95   InitParameters();
96   
97   //Track matching
98   fMatchedTrackIndex     = new TArrayI();
99   fMatchedClusterIndex   = new TArrayI();
100   fResidualPhi           = new TArrayF();
101   fResidualEta           = new TArrayF();
102   fPIDUtils              = new AliEMCALPIDUtils();
103
104 }
105
106 //______________________________________________________________________
107 AliEMCALRecoUtils::AliEMCALRecoUtils(const AliEMCALRecoUtils & reco) 
108 : TNamed(reco), 
109   fParticleType(reco.fParticleType),                         fPosAlgo(reco.fPosAlgo),     fW0(reco.fW0),
110   fNonLinearityFunction(reco.fNonLinearityFunction),         fNonLinearThreshold(reco.fNonLinearThreshold),
111   fSmearClusterEnergy(reco.fSmearClusterEnergy),             fRandom(),
112   fCellsRecalibrated(reco.fCellsRecalibrated),
113   fRecalibration(reco.fRecalibration),                       fEMCALRecalibrationFactors(reco.fEMCALRecalibrationFactors),
114   fTimeRecalibration(reco.fTimeRecalibration),               fEMCALTimeRecalibrationFactors(reco.fEMCALTimeRecalibrationFactors),
115   fUseRunCorrectionFactors(reco.fUseRunCorrectionFactors),   
116   fRemoveBadChannels(reco.fRemoveBadChannels),               fRecalDistToBadChannels(reco.fRecalDistToBadChannels),
117   fEMCALBadChannelMap(reco.fEMCALBadChannelMap),
118   fNCellsFromEMCALBorder(reco.fNCellsFromEMCALBorder),       fNoEMCALBorderAtEta0(reco.fNoEMCALBorderAtEta0),
119   fRejectExoticCluster(reco.fRejectExoticCluster),           fRejectExoticCells(reco.fRejectExoticCells), 
120   fExoticCellFraction(reco.fExoticCellFraction),             fExoticCellDiffTime(reco.fExoticCellDiffTime),               
121   fExoticCellMinAmplitude(reco.fExoticCellMinAmplitude),
122   fPIDUtils(reco.fPIDUtils),                                 fAODFilterMask(reco.fAODFilterMask),
123   fAODHybridTracks(reco.fAODHybridTracks),                   fAODTPCOnlyTracks(reco.fAODTPCOnlyTracks),
124   fMatchedTrackIndex(  reco.fMatchedTrackIndex?  new TArrayI(*reco.fMatchedTrackIndex):0x0),
125   fMatchedClusterIndex(reco.fMatchedClusterIndex?new TArrayI(*reco.fMatchedClusterIndex):0x0),
126   fResidualEta(        reco.fResidualEta?        new TArrayF(*reco.fResidualEta):0x0),
127   fResidualPhi(        reco.fResidualPhi?        new TArrayF(*reco.fResidualPhi):0x0),
128   fCutEtaPhiSum(reco.fCutEtaPhiSum),                         fCutEtaPhiSeparate(reco.fCutEtaPhiSeparate), 
129   fCutR(reco.fCutR),        fCutEta(reco.fCutEta),           fCutPhi(reco.fCutPhi),
130   fClusterWindow(reco.fClusterWindow),
131   fMass(reco.fMass),        fStepSurface(reco.fStepSurface), fStepCluster(reco.fStepCluster),
132   fITSTrackSA(reco.fITSTrackSA),                             fEMCalSurfaceDistance(440.),
133   fTrackCutsType(reco.fTrackCutsType),                       fCutMinTrackPt(reco.fCutMinTrackPt), 
134   fCutMinNClusterTPC(reco.fCutMinNClusterTPC),               fCutMinNClusterITS(reco.fCutMinNClusterITS), 
135   fCutMaxChi2PerClusterTPC(reco.fCutMaxChi2PerClusterTPC),   fCutMaxChi2PerClusterITS(reco.fCutMaxChi2PerClusterITS),
136   fCutRequireTPCRefit(reco.fCutRequireTPCRefit),             fCutRequireITSRefit(reco.fCutRequireITSRefit),
137   fCutAcceptKinkDaughters(reco.fCutAcceptKinkDaughters),     fCutMaxDCAToVertexXY(reco.fCutMaxDCAToVertexXY),    
138   fCutMaxDCAToVertexZ(reco.fCutMaxDCAToVertexZ),             fCutDCAToVertex2D(reco.fCutDCAToVertex2D),
139   fCutRequireITSStandAlone(reco.fCutRequireITSStandAlone),   fCutRequireITSpureSA(reco.fCutRequireITSpureSA)
140 {
141   //Copy ctor
142   
143   for (Int_t i = 0; i < 15 ; i++) { fMisalRotShift[i]      = reco.fMisalRotShift[i]      ; 
144                                    fMisalTransShift[i]    = reco.fMisalTransShift[i]    ; }
145   for (Int_t i = 0; i < 7  ; i++) { fNonLinearityParams[i] = reco.fNonLinearityParams[i] ; }
146   for (Int_t i = 0; i < 3  ; i++) { fSmearClusterParam[i]  = reco.fSmearClusterParam[i]  ; }
147
148 }
149
150
151 //______________________________________________________________________
152 AliEMCALRecoUtils & AliEMCALRecoUtils::operator = (const AliEMCALRecoUtils & reco) 
153 {
154   //Assignment operator
155   
156   if (this == &reco)return *this;
157   ((TNamed *)this)->operator=(reco);
158
159   for (Int_t i = 0; i < 15 ; i++) { fMisalTransShift[i]    = reco.fMisalTransShift[i]    ; 
160                                    fMisalRotShift[i]      = reco.fMisalRotShift[i]      ; }
161   for (Int_t i = 0; i < 7  ; i++) { fNonLinearityParams[i] = reco.fNonLinearityParams[i] ; }
162   for (Int_t i = 0; i < 3  ; i++) { fSmearClusterParam[i]  = reco.fSmearClusterParam[i]  ; }   
163   
164   fParticleType              = reco.fParticleType;
165   fPosAlgo                   = reco.fPosAlgo; 
166   fW0                        = reco.fW0;
167   
168   fNonLinearityFunction      = reco.fNonLinearityFunction;
169   fNonLinearThreshold        = reco.fNonLinearThreshold;
170   fSmearClusterEnergy        = reco.fSmearClusterEnergy;
171
172   fCellsRecalibrated         = reco.fCellsRecalibrated;
173   fRecalibration             = reco.fRecalibration;
174   fEMCALRecalibrationFactors = reco.fEMCALRecalibrationFactors;
175
176   fTimeRecalibration             = reco.fTimeRecalibration;
177   fEMCALTimeRecalibrationFactors = reco.fEMCALTimeRecalibrationFactors;
178
179   fUseRunCorrectionFactors   = reco.fUseRunCorrectionFactors;
180   
181   fRemoveBadChannels         = reco.fRemoveBadChannels;
182   fRecalDistToBadChannels    = reco.fRecalDistToBadChannels;
183   fEMCALBadChannelMap        = reco.fEMCALBadChannelMap;
184   
185   fNCellsFromEMCALBorder     = reco.fNCellsFromEMCALBorder;
186   fNoEMCALBorderAtEta0       = reco.fNoEMCALBorderAtEta0;
187   
188   fRejectExoticCluster       = reco.fRejectExoticCluster;           
189   fRejectExoticCells         = reco.fRejectExoticCells; 
190   fExoticCellFraction        = reco.fExoticCellFraction;
191   fExoticCellDiffTime        = reco.fExoticCellDiffTime;              
192   fExoticCellMinAmplitude    = reco.fExoticCellMinAmplitude;
193   
194   fPIDUtils                  = reco.fPIDUtils;
195
196   fAODFilterMask             = reco.fAODFilterMask;
197   fAODHybridTracks           = reco.fAODHybridTracks;
198   fAODTPCOnlyTracks          = reco.fAODTPCOnlyTracks;
199   
200   fCutEtaPhiSum              = reco.fCutEtaPhiSum;
201   fCutEtaPhiSeparate         = reco.fCutEtaPhiSeparate;
202   fCutR                      = reco.fCutR;
203   fCutEta                    = reco.fCutEta;
204   fCutPhi                    = reco.fCutPhi;
205   fClusterWindow             = reco.fClusterWindow;
206   fMass                      = reco.fMass;
207   fStepSurface               = reco.fStepSurface;
208   fStepCluster               = reco.fStepCluster;
209   fITSTrackSA                = reco.fITSTrackSA;
210   fEMCalSurfaceDistance      = reco.fEMCalSurfaceDistance;
211   
212   fTrackCutsType             = reco.fTrackCutsType;
213   fCutMinTrackPt             = reco.fCutMinTrackPt;
214   fCutMinNClusterTPC         = reco.fCutMinNClusterTPC;
215   fCutMinNClusterITS         = reco.fCutMinNClusterITS; 
216   fCutMaxChi2PerClusterTPC   = reco.fCutMaxChi2PerClusterTPC;
217   fCutMaxChi2PerClusterITS   = reco.fCutMaxChi2PerClusterITS;
218   fCutRequireTPCRefit        = reco.fCutRequireTPCRefit;
219   fCutRequireITSRefit        = reco.fCutRequireITSRefit;
220   fCutAcceptKinkDaughters    = reco.fCutAcceptKinkDaughters;
221   fCutMaxDCAToVertexXY       = reco.fCutMaxDCAToVertexXY;
222   fCutMaxDCAToVertexZ        = reco.fCutMaxDCAToVertexZ;
223   fCutDCAToVertex2D          = reco.fCutDCAToVertex2D;
224   fCutRequireITSStandAlone   = reco.fCutRequireITSStandAlone; 
225   fCutRequireITSpureSA       = reco.fCutRequireITSpureSA;
226
227   if (reco.fResidualEta) {
228     // assign or copy construct
229     if (fResidualEta) { 
230       *fResidualEta = *reco.fResidualEta;
231     } else {
232       fResidualEta = new TArrayF(*reco.fResidualEta);
233     }
234   } else {
235     if (fResidualEta) delete fResidualEta;
236     fResidualEta = 0;
237   }
238   
239   if (reco.fResidualPhi) {
240     // assign or copy construct
241     if (fResidualPhi) { 
242       *fResidualPhi = *reco.fResidualPhi;
243     } else {
244       fResidualPhi = new TArrayF(*reco.fResidualPhi);
245     }
246   } else {
247     if (fResidualPhi) delete fResidualPhi;
248     fResidualPhi = 0;
249   }
250   
251   if (reco.fMatchedTrackIndex) {
252     // assign or copy construct
253     if (fMatchedTrackIndex) { 
254       *fMatchedTrackIndex = *reco.fMatchedTrackIndex;
255     } else  { 
256       fMatchedTrackIndex = new TArrayI(*reco.fMatchedTrackIndex);
257     }
258   } else {
259     if (fMatchedTrackIndex) delete fMatchedTrackIndex;
260     fMatchedTrackIndex = 0;
261   }  
262   
263   if (reco.fMatchedClusterIndex) {
264     // assign or copy construct
265     if (fMatchedClusterIndex) { 
266       *fMatchedClusterIndex = *reco.fMatchedClusterIndex;
267     } else {
268       fMatchedClusterIndex = new TArrayI(*reco.fMatchedClusterIndex);
269     }
270   } else {
271     if (fMatchedClusterIndex) delete fMatchedClusterIndex;
272     fMatchedClusterIndex = 0;
273   }
274   
275   return *this;
276 }
277
278 //_____________________________________
279 AliEMCALRecoUtils::~AliEMCALRecoUtils()
280 {
281   //Destructor.
282   
283   if (fEMCALRecalibrationFactors) { 
284     fEMCALRecalibrationFactors->Clear();
285     delete fEMCALRecalibrationFactors;
286   }  
287   
288   if (fEMCALTimeRecalibrationFactors) { 
289     fEMCALTimeRecalibrationFactors->Clear();
290     delete fEMCALTimeRecalibrationFactors;
291   }  
292   
293   if (fEMCALBadChannelMap) { 
294     fEMCALBadChannelMap->Clear();
295     delete fEMCALBadChannelMap;
296   }
297  
298   delete fMatchedTrackIndex   ; 
299   delete fMatchedClusterIndex ; 
300   delete fResidualEta         ; 
301   delete fResidualPhi         ; 
302   delete fPIDUtils            ;
303
304   InitTrackCuts();
305 }
306
307 //_______________________________________________________________________________
308 Bool_t AliEMCALRecoUtils::AcceptCalibrateCell(Int_t absID, Int_t bc,
309                                               Float_t  & amp,    Double_t & time, 
310                                               AliVCaloCells* cells) 
311 {
312   // Reject cell if criteria not passed and calibrate it
313   
314   AliEMCALGeometry* geom = AliEMCALGeometry::GetInstance();
315   
316   if (absID < 0 || absID >= 24*48*geom->GetNumberOfSuperModules()) 
317     return kFALSE;
318   
319   Int_t imod = -1, iphi =-1, ieta=-1,iTower = -1, iIphi = -1, iIeta = -1; 
320   
321   if (!geom->GetCellIndex(absID,imod,iTower,iIphi,iIeta)) {
322     // cell absID does not exist
323     amp=0; time = 1.e9;
324     return kFALSE; 
325   }
326   
327   geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(imod,iTower,iIphi, iIeta,iphi,ieta);  
328
329   // Do not include bad channels found in analysis,
330   if (IsBadChannelsRemovalSwitchedOn() && GetEMCALChannelStatus(imod, ieta, iphi)) {
331     return kFALSE;
332   }
333   
334   //Recalibrate energy
335   amp  = cells->GetCellAmplitude(absID);
336   if (!fCellsRecalibrated && IsRecalibrationOn())
337     amp *= GetEMCALChannelRecalibrationFactor(imod,ieta,iphi);
338   
339   // Recalibrate time
340   time = cells->GetCellTime(absID);
341   
342   RecalibrateCellTime(absID,bc,time);
343   
344   return kTRUE;
345 }
346
347 //_____________________________________________________________________________
348 Bool_t AliEMCALRecoUtils::CheckCellFiducialRegion(const AliEMCALGeometry* geom, 
349                                                   const AliVCluster* cluster, 
350                                                   AliVCaloCells* cells) 
351 {
352   // Given the list of AbsId of the cluster, get the maximum cell and 
353   // check if there are fNCellsFromBorder from the calorimeter border
354   
355   if (!cluster)
356   {
357     AliInfo("Cluster pointer null!");
358     return kFALSE;
359   }
360   
361   //If the distance to the border is 0 or negative just exit accept all clusters
362   if (cells->GetType()==AliVCaloCells::kEMCALCell && fNCellsFromEMCALBorder <= 0 ) 
363     return kTRUE;
364   
365   Int_t absIdMax  = -1, iSM =-1, ieta = -1, iphi = -1;
366   Bool_t shared = kFALSE;
367   GetMaxEnergyCell(geom, cells, cluster, absIdMax,  iSM, ieta, iphi, shared);
368   
369   AliDebug(2,Form("Cluster Max AbsId %d, Cell Energy %2.2f, Cluster Energy %2.2f, Ncells from border %d, EMCAL eta=0 %d\n", 
370                   absIdMax, cells->GetCellAmplitude(absIdMax), cluster->E(), fNCellsFromEMCALBorder, fNoEMCALBorderAtEta0));
371   
372   if (absIdMax==-1) return kFALSE;
373   
374   //Check if the cell is close to the borders:
375   Bool_t okrow = kFALSE;
376   Bool_t okcol = kFALSE;
377   
378   if (iSM < 0 || iphi < 0 || ieta < 0 ) {
379     AliFatal(Form("Negative value for super module: %d, or cell ieta: %d, or cell iphi: %d, check EMCAL geometry name\n",
380                   iSM,ieta,iphi));
381     return kFALSE; // trick coverity
382   }
383   
384   //Check rows/phi
385   Int_t iPhiLast = 24;
386    if( geom->GetSMType(iSM) == AliEMCALGeometry::kEMCAL_Half ) iPhiLast /= 2;
387    else if (  geom->GetSMType(iSM) == AliEMCALGeometry::kEMCAL_3rd ) iPhiLast /= 3;// 1/3 sm case
388   
389   if(iphi >= fNCellsFromEMCALBorder && iphi < iPhiLast - fNCellsFromEMCALBorder) okrow = kTRUE; 
390
391   //Check columns/eta
392   Int_t iEtaLast = 48;
393   if(!fNoEMCALBorderAtEta0 || geom->IsDCALSM(iSM)) {// conside inner border
394      if(  geom->GetSMType(iSM) == AliEMCALGeometry::kDCAL_Standard )  iEtaLast = iEtaLast*2/3;        
395      if(ieta  > fNCellsFromEMCALBorder && ieta < iEtaLast-fNCellsFromEMCALBorder) okcol = kTRUE;  
396   } else {
397     if (iSM%2==0) {
398      if (ieta >= fNCellsFromEMCALBorder)     okcol = kTRUE;  
399     } else {
400      if(ieta <  iEtaLast-fNCellsFromEMCALBorder)  okcol = kTRUE; 
401     }
402   }//eta 0 not checked
403   
404   AliDebug(2,Form("EMCAL Cluster in %d cells fiducial volume: ieta %d, iphi %d, SM %d:  column? %d, row? %d\nq",
405                   fNCellsFromEMCALBorder, ieta, iphi, iSM, okcol, okrow));
406   
407   if (okcol && okrow) {
408     //printf("Accept\n");
409     return kTRUE;
410   } else  {
411     //printf("Reject\n");
412     AliDebug(2,Form("Reject cluster in border, max cell : ieta %d, iphi %d, SM %d\n",ieta, iphi, iSM));
413     return kFALSE;
414   }
415 }  
416
417 //_______________________________________________________________________________
418 Bool_t AliEMCALRecoUtils::ClusterContainsBadChannel(const AliEMCALGeometry* geom, 
419                                                     const UShort_t* cellList, 
420                                                     Int_t nCells)
421 {
422   // Check that in the cluster cells, there is no bad channel of those stored 
423   // in fEMCALBadChannelMap or fPHOSBadChannelMap
424   
425   if (!fRemoveBadChannels)  return kFALSE;
426   if (!fEMCALBadChannelMap) return kFALSE;
427   
428   Int_t icol = -1;
429   Int_t irow = -1;
430   Int_t imod = -1;
431   for (Int_t iCell = 0; iCell<nCells; iCell++) {
432     //Get the column and row
433     Int_t iTower = -1, iIphi = -1, iIeta = -1; 
434     geom->GetCellIndex(cellList[iCell],imod,iTower,iIphi,iIeta); 
435     if (fEMCALBadChannelMap->GetEntries() <= imod) continue;
436     geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(imod,iTower,iIphi, iIeta,irow,icol);      
437     if (GetEMCALChannelStatus(imod, icol, irow)) {
438       AliDebug(2,Form("Cluster with bad channel: SM %d, col %d, row %d\n",imod, icol, irow));
439       return kTRUE;
440     }
441   }// cell cluster loop
442
443   return kFALSE;
444 }
445
446
447 //___________________________________________________________________________
448 Float_t AliEMCALRecoUtils::GetECross(Int_t absID, Double_t tcell,
449                                      AliVCaloCells* cells, Int_t bc)
450 {
451   //Calculate the energy in the cross around the energy given cell
452   
453   AliEMCALGeometry * geom = AliEMCALGeometry::GetInstance();
454   
455   Int_t imod = -1, iphi =-1, ieta=-1,iTower = -1, iIphi = -1, iIeta = -1; 
456   geom->GetCellIndex(absID,imod,iTower,iIphi,iIeta); 
457   geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(imod,iTower,iIphi, iIeta,iphi,ieta);  
458   
459   //Get close cells index, energy and time, not in corners
460   
461   Int_t absID1 = -1;
462   Int_t absID2 = -1;
463   
464   if ( iphi < AliEMCALGeoParams::fgkEMCALRows-1) absID1 = geom-> GetAbsCellIdFromCellIndexes(imod, iphi+1, ieta);
465   if ( iphi > 0 )                                absID2 = geom-> GetAbsCellIdFromCellIndexes(imod, iphi-1, ieta);
466   
467   // In case of cell in eta = 0 border, depending on SM shift the cross cell index
468   
469   Int_t absID3 = -1;
470   Int_t absID4 = -1;
471   
472   if ( ieta == AliEMCALGeoParams::fgkEMCALCols-1 && !(imod%2) ) {
473     absID3 = geom-> GetAbsCellIdFromCellIndexes(imod+1, iphi, 0);
474     absID4 = geom-> GetAbsCellIdFromCellIndexes(imod,   iphi, ieta-1); 
475   } else if ( ieta == 0 && imod%2 ) {
476     absID3 = geom-> GetAbsCellIdFromCellIndexes(imod,   iphi, ieta+1);
477     absID4 = geom-> GetAbsCellIdFromCellIndexes(imod-1, iphi, AliEMCALGeoParams::fgkEMCALCols-1); 
478   } else {
479     if ( ieta < AliEMCALGeoParams::fgkEMCALCols-1 ) 
480       absID3 = geom-> GetAbsCellIdFromCellIndexes(imod, iphi, ieta+1);
481     if ( ieta > 0 )                                 
482       absID4 = geom-> GetAbsCellIdFromCellIndexes(imod, iphi, ieta-1); 
483   }
484   
485   //printf("IMOD %d, AbsId %d, a %d, b %d, c %d e %d \n",imod,absID,absID1,absID2,absID3,absID4);
486   
487   Float_t  ecell1  = 0, ecell2  = 0, ecell3  = 0, ecell4  = 0;
488   Double_t tcell1  = 0, tcell2  = 0, tcell3  = 0, tcell4  = 0;
489
490   AcceptCalibrateCell(absID1,bc, ecell1,tcell1,cells); 
491   AcceptCalibrateCell(absID2,bc, ecell2,tcell2,cells); 
492   AcceptCalibrateCell(absID3,bc, ecell3,tcell3,cells); 
493   AcceptCalibrateCell(absID4,bc, ecell4,tcell4,cells); 
494   
495   if (TMath::Abs(tcell-tcell1)*1.e9 > fExoticCellDiffTime) ecell1 = 0 ;
496   if (TMath::Abs(tcell-tcell2)*1.e9 > fExoticCellDiffTime) ecell2 = 0 ;
497   if (TMath::Abs(tcell-tcell3)*1.e9 > fExoticCellDiffTime) ecell3 = 0 ;
498   if (TMath::Abs(tcell-tcell4)*1.e9 > fExoticCellDiffTime) ecell4 = 0 ;
499   
500   return ecell1+ecell2+ecell3+ecell4;
501 }
502
503 //_____________________________________________________________________________________________
504 Bool_t AliEMCALRecoUtils::IsExoticCell(Int_t absID, AliVCaloCells* cells, Int_t bc)
505 {
506   // Look to cell neighbourhood and reject if it seems exotic
507   // Do before recalibrating the cells
508
509   if (!fRejectExoticCells) return kFALSE;
510   
511   Float_t  ecell  = 0;
512   Double_t tcell  = 0;
513   Bool_t   accept = AcceptCalibrateCell(absID, bc, ecell ,tcell ,cells); 
514   
515   if (!accept) return kTRUE; // reject this cell
516   
517   if (ecell < fExoticCellMinAmplitude) return kFALSE; // do not reject low energy cells
518
519   Float_t eCross = GetECross(absID,tcell,cells,bc);
520   
521   if (1-eCross/ecell > fExoticCellFraction) {
522     AliDebug(2,Form("AliEMCALRecoUtils::IsExoticCell() - EXOTIC CELL id %d, eCell %f, eCross %f, 1-eCross/eCell %f\n",
523                     absID,ecell,eCross,1-eCross/ecell));
524     return kTRUE;
525   }
526
527   return kFALSE;
528 }
529
530 //___________________________________________________________________
531 Bool_t AliEMCALRecoUtils::IsExoticCluster(const AliVCluster *cluster, 
532                                           AliVCaloCells *cells, 
533                                           Int_t bc) 
534 {
535   // Check if the cluster highest energy tower is exotic
536   
537   if (!cluster) {
538     AliInfo("Cluster pointer null!");
539     return kFALSE;
540   }
541   
542   if (!fRejectExoticCluster) return kFALSE;
543   
544   // Get highest energy tower
545   AliEMCALGeometry* geom = AliEMCALGeometry::GetInstance();
546   Int_t iSupMod = -1, absId = -1, ieta = -1, iphi = -1;
547   Bool_t shared = kFALSE;
548   GetMaxEnergyCell(geom, cells, cluster, absId, iSupMod, ieta, iphi, shared);
549   
550   return IsExoticCell(absId,cells,bc);
551 }
552
553 //_______________________________________________________________________
554 Float_t AliEMCALRecoUtils::SmearClusterEnergy(const AliVCluster* cluster) 
555 {
556   //In case of MC analysis, smear energy to match resolution/calibration in real data
557   
558   if (!cluster) {
559     AliInfo("Cluster pointer null!");
560     return 0;
561   }
562   
563   Float_t energy    = cluster->E() ;
564   Float_t rdmEnergy = energy ;
565   if (fSmearClusterEnergy) {
566     rdmEnergy = fRandom.Gaus(energy,fSmearClusterParam[0] * TMath::Sqrt(energy) +
567                                     fSmearClusterParam[1] * energy +
568                                     fSmearClusterParam[2] );
569     AliDebug(2, Form("Energy: original %f, smeared %f\n", energy, rdmEnergy));
570   }
571   
572   return rdmEnergy;
573 }
574
575 //____________________________________________________________________________
576 Float_t AliEMCALRecoUtils::CorrectClusterEnergyLinearity(AliVCluster* cluster)
577 {
578   // Correct cluster energy from non linearity functions
579   
580   if (!cluster) {
581     AliInfo("Cluster pointer null!");
582     return 0;
583   }
584   
585   Float_t energy = cluster->E();
586
587   if (energy < 0.05) {
588     // Clusters with less than 50 MeV or negative are not possible
589     AliInfo(Form("Too Low Cluster energy!, E = %f < 0.05 GeV",energy));
590     return 0;
591   }
592   
593   switch (fNonLinearityFunction) 
594   {
595     case kPi0MC:
596     {
597       //Non-Linearity correction (from MC with function ([0]*exp(-[1]/E))+(([2]/([3]*2.*TMath::Pi())*exp(-(E-[4])^2/(2.*[3]^2)))))
598       //fNonLinearityParams[0] = 1.014;
599       //fNonLinearityParams[1] =-0.03329;
600       //fNonLinearityParams[2] =-0.3853;
601       //fNonLinearityParams[3] = 0.5423;
602       //fNonLinearityParams[4] =-0.4335;
603        energy *= (fNonLinearityParams[0]*exp(-fNonLinearityParams[1]/energy))+
604                   ((fNonLinearityParams[2]/(fNonLinearityParams[3]*2.*TMath::Pi())*
605                     exp(-(energy-fNonLinearityParams[4])*(energy-fNonLinearityParams[4])/(2.*fNonLinearityParams[3]*fNonLinearityParams[3]))));
606       break;
607     }
608      
609     case kPi0MCv2:
610     {
611       //Non-Linearity correction (from MC with function [0]/((x+[1])^[2]))+1;
612       //fNonLinearityParams[0] = 3.11111e-02;
613       //fNonLinearityParams[1] =-5.71666e-02; 
614       //fNonLinearityParams[2] = 5.67995e-01;      
615       
616       energy *= fNonLinearityParams[0]/TMath::Power(energy+fNonLinearityParams[1],fNonLinearityParams[2])+1;
617       break;
618     }
619     
620     case kPi0MCv3:
621     {
622       //Same as beam test corrected, change parameters
623       //fNonLinearityParams[0] =  9.81039e-01
624       //fNonLinearityParams[1] =  1.13508e-01;
625       //fNonLinearityParams[2] =  1.00173e+00; 
626       //fNonLinearityParams[3] =  9.67998e-02;
627       //fNonLinearityParams[4] =  2.19381e+02;
628       //fNonLinearityParams[5] =  6.31604e+01;
629       //fNonLinearityParams[6] =  1;
630       energy *= fNonLinearityParams[6]/(fNonLinearityParams[0]*(1./(1.+fNonLinearityParams[1]*exp(-energy/fNonLinearityParams[2]))*1./(1.+fNonLinearityParams[3]*exp((energy-fNonLinearityParams[4])/fNonLinearityParams[5]))));
631       
632       break;
633     }
634       
635       
636     case kPi0GammaGamma:
637     {
638       //Non-Linearity correction (from Olga Data with function p0+p1*exp(-p2*E))
639       //fNonLinearityParams[0] = 1.04;
640       //fNonLinearityParams[1] = -0.1445;
641       //fNonLinearityParams[2] = 1.046;
642       energy /= (fNonLinearityParams[0]+fNonLinearityParams[1]*exp(-fNonLinearityParams[2]*energy)); //Olga function
643       break;
644     }
645       
646     case kPi0GammaConversion:
647     {
648       //Non-Linearity correction (Nicolas from Dimitri Data with function C*[1-a*exp(-b*E)])
649       //fNonLinearityParams[0] = 0.139393/0.1349766;
650       //fNonLinearityParams[1] = 0.0566186;
651       //fNonLinearityParams[2] = 0.982133;
652       energy /= fNonLinearityParams[0]*(1-fNonLinearityParams[1]*exp(-fNonLinearityParams[2]*energy));
653       
654       break;
655     }
656       
657     case kBeamTest:
658     {
659       //From beam test, Alexei's results, for different ZS thresholds
660       //                        th=30 MeV; th = 45 MeV; th = 75 MeV
661       //fNonLinearityParams[0] = 1.007;      1.003;      1.002 
662       //fNonLinearityParams[1] = 0.894;      0.719;      0.797 
663       //fNonLinearityParams[2] = 0.246;      0.334;      0.358 
664       //Rescale the param[0] with 1.03
665       energy /= fNonLinearityParams[0]/(1+fNonLinearityParams[1]*exp(-energy/fNonLinearityParams[2]));
666       
667       break;
668     }
669       
670     case kBeamTestCorrected:
671     {
672       //From beam test, corrected for material between beam and EMCAL
673       //fNonLinearityParams[0] =  0.99078
674       //fNonLinearityParams[1] =  0.161499;
675       //fNonLinearityParams[2] =  0.655166; 
676       //fNonLinearityParams[3] =  0.134101;
677       //fNonLinearityParams[4] =  163.282;
678       //fNonLinearityParams[5] =  23.6904;
679       //fNonLinearityParams[6] =  0.978;
680         energy *= fNonLinearityParams[6]/(fNonLinearityParams[0]*(1./(1.+fNonLinearityParams[1]*exp(-energy/fNonLinearityParams[2]))*1./(1.+fNonLinearityParams[3]*exp((energy-fNonLinearityParams[4])/fNonLinearityParams[5]))));
681
682       break;
683     }
684      
685     case kBeamTestCorrectedv2:
686     {
687       //From beam test, corrected for material between beam and EMCAL
688       //fNonLinearityParams[0] =  0.983504;
689       //fNonLinearityParams[1] =  0.210106;
690       //fNonLinearityParams[2] =  0.897274;
691       //fNonLinearityParams[3] =  0.0829064;
692       //fNonLinearityParams[4] =  152.299;
693       //fNonLinearityParams[5] =  31.5028;
694       //fNonLinearityParams[6] =  0.968;
695       energy *= fNonLinearityParams[6]/(fNonLinearityParams[0]*(1./(1.+fNonLinearityParams[1]*exp(-energy/fNonLinearityParams[2]))*1./(1.+fNonLinearityParams[3]*exp((energy-fNonLinearityParams[4])/fNonLinearityParams[5]))));
696       
697       break;
698     }
699       
700     case kSDMv5:
701     {
702       //Based on fit to the MC/data using kNoCorrection on the data - utilizes symmetric decay method and kPi0MCv5(MC) - 28 Oct 2013
703       //fNonLinearityParams[0] =  1.0;
704       //fNonLinearityParams[1] =  6.64778e-02;
705       //fNonLinearityParams[2] =  1.570;
706       //fNonLinearityParams[3] =  9.67998e-02;
707       //fNonLinearityParams[4] =  2.19381e+02;
708       //fNonLinearityParams[5] =  6.31604e+01;
709       //fNonLinearityParams[6] =  1.01286;
710       energy *= fNonLinearityParams[6]/(fNonLinearityParams[0]*(1./(1.+fNonLinearityParams[1]*exp(-energy/fNonLinearityParams[2]))*1./(1.+fNonLinearityParams[3]*exp((energy-fNonLinearityParams[4])/fNonLinearityParams[5])))) * (0.964 + exp(-3.132-0.435*energy*2.0));
711       
712       break;
713     }
714       
715     case kPi0MCv5:
716     {
717       //Based on comparing MC truth information to the reconstructed energy of clusters. 
718       //fNonLinearityParams[0] =  1.0;
719       //fNonLinearityParams[1] =  6.64778e-02;
720       //fNonLinearityParams[2] =  1.570;
721       //fNonLinearityParams[3] =  9.67998e-02;
722       //fNonLinearityParams[4] =  2.19381e+02;
723       //fNonLinearityParams[5] =  6.31604e+01;
724       //fNonLinearityParams[6] =  1.01286;
725       energy *= fNonLinearityParams[6]/(fNonLinearityParams[0]*(1./(1.+fNonLinearityParams[1]*exp(-energy/fNonLinearityParams[2]))*1./(1.+fNonLinearityParams[3]*exp((energy-fNonLinearityParams[4])/fNonLinearityParams[5]))));
726       
727       break;
728     }
729       
730     case kSDMv6:
731     {
732       //Based on fit to the MC/data using kNoCorrection on the data 
733       //  - utilizes symmetric decay method and kPi0MCv6(MC) - 09 Dec 2014
734       //  - parameters constrained by the test beam data as well
735       // described in the note: https://aliceinfo.cern.ch/Notes/node/211 - Sec 3.1.2 (Test Beam Constrained SDM).
736       //fNonLinearityParams[0] =  1.0;
737       //fNonLinearityParams[1] =  0.237767;
738       //fNonLinearityParams[2] =  0.651203;
739       //fNonLinearityParams[3] =  0.183741;
740       //fNonLinearityParams[4] =  155.427;
741       //fNonLinearityParams[5] =  17.0335;
742       //fNonLinearityParams[6] =  0.987054;
743       energy *= fNonLinearityParams[6]/(fNonLinearityParams[0]*(1./(1.+fNonLinearityParams[1]*exp(-energy/fNonLinearityParams[2]))*1./(1.+fNonLinearityParams[3]*exp((energy-fNonLinearityParams[4])/fNonLinearityParams[5]))));
744       
745       break;
746     }
747       
748     case kPi0MCv6:
749     {
750       //Based on comparing MC truth information to the reconstructed energy of clusters.
751       // described in the note: https://aliceinfo.cern.ch/Notes/node/211 - Sec 3.1.2 (Test Beam Constrained SDM).
752       //fNonLinearityParams[0] =  1.0;
753       //fNonLinearityParams[1] =  0.0797873;
754       //fNonLinearityParams[2] =  1.68322;
755       //fNonLinearityParams[3] =  0.0806098;
756       //fNonLinearityParams[4] =  244.586;
757       //fNonLinearityParams[5] =  116.938;
758       //fNonLinearityParams[6] =  1.00437;
759       energy *= fNonLinearityParams[6]/(fNonLinearityParams[0]*(1./(1.+fNonLinearityParams[1]*exp(-energy/fNonLinearityParams[2]))*1./(1.+fNonLinearityParams[3]*exp((energy-fNonLinearityParams[4])/fNonLinearityParams[5]))));
760       
761       break;
762     }
763       
764     case kNoCorrection:
765       AliDebug(2,"No correction on the energy\n");
766       break;
767       
768   }
769
770   return energy;
771 }
772
773 //__________________________________________________
774 void AliEMCALRecoUtils::InitNonLinearityParam()
775 {
776   //Initialising Non Linearity Parameters
777   
778   if (fNonLinearityFunction == kPi0MC) {
779     fNonLinearityParams[0] = 1.014;
780     fNonLinearityParams[1] = -0.03329;
781     fNonLinearityParams[2] = -0.3853;
782     fNonLinearityParams[3] = 0.5423;
783     fNonLinearityParams[4] = -0.4335;
784   }
785   
786   if (fNonLinearityFunction == kPi0MCv2) {
787     fNonLinearityParams[0] = 3.11111e-02;
788     fNonLinearityParams[1] =-5.71666e-02; 
789     fNonLinearityParams[2] = 5.67995e-01;      
790   }
791   
792   if (fNonLinearityFunction == kPi0MCv3) {
793     fNonLinearityParams[0] =  9.81039e-01;
794     fNonLinearityParams[1] =  1.13508e-01;
795     fNonLinearityParams[2] =  1.00173e+00; 
796     fNonLinearityParams[3] =  9.67998e-02;
797     fNonLinearityParams[4] =  2.19381e+02;
798     fNonLinearityParams[5] =  6.31604e+01;
799     fNonLinearityParams[6] =  1;
800   }
801   
802   if (fNonLinearityFunction == kPi0GammaGamma) {
803     fNonLinearityParams[0] = 1.04;
804     fNonLinearityParams[1] = -0.1445;
805     fNonLinearityParams[2] = 1.046;
806   }  
807
808   if (fNonLinearityFunction == kPi0GammaConversion) {
809     fNonLinearityParams[0] = 0.139393;
810     fNonLinearityParams[1] = 0.0566186;
811     fNonLinearityParams[2] = 0.982133;
812   }  
813
814   if (fNonLinearityFunction == kBeamTest) {
815     if (fNonLinearThreshold == 30) {
816       fNonLinearityParams[0] = 1.007; 
817       fNonLinearityParams[1] = 0.894; 
818       fNonLinearityParams[2] = 0.246; 
819     }
820     if (fNonLinearThreshold == 45) {
821       fNonLinearityParams[0] = 1.003; 
822       fNonLinearityParams[1] = 0.719; 
823       fNonLinearityParams[2] = 0.334; 
824     }
825     if (fNonLinearThreshold == 75) {
826       fNonLinearityParams[0] = 1.002; 
827       fNonLinearityParams[1] = 0.797; 
828       fNonLinearityParams[2] = 0.358; 
829     }
830   }
831
832   if (fNonLinearityFunction == kBeamTestCorrected) {
833     fNonLinearityParams[0] =  0.99078;
834     fNonLinearityParams[1] =  0.161499;
835     fNonLinearityParams[2] =  0.655166; 
836     fNonLinearityParams[3] =  0.134101;
837     fNonLinearityParams[4] =  163.282;
838     fNonLinearityParams[5] =  23.6904;
839     fNonLinearityParams[6] =  0.978;
840   }
841   
842   if (fNonLinearityFunction == kBeamTestCorrectedv2) {
843     fNonLinearityParams[0] =  0.983504;
844     fNonLinearityParams[1] =  0.210106;
845     fNonLinearityParams[2] =  0.897274;
846     fNonLinearityParams[3] =  0.0829064;
847     fNonLinearityParams[4] =  152.299;
848     fNonLinearityParams[5] =  31.5028;
849     fNonLinearityParams[6] =  0.968;
850   }
851
852   if (fNonLinearityFunction == kSDMv5) {
853     fNonLinearityParams[0] =  1.0;
854     fNonLinearityParams[1] =  6.64778e-02;
855     fNonLinearityParams[2] =  1.570;
856     fNonLinearityParams[3] =  9.67998e-02;
857     fNonLinearityParams[4] =  2.19381e+02;
858     fNonLinearityParams[5] =  6.31604e+01;
859     fNonLinearityParams[6] =  1.01286;
860   }
861
862   if (fNonLinearityFunction == kPi0MCv5) {
863     fNonLinearityParams[0] =  1.0;
864     fNonLinearityParams[1] =  6.64778e-02;
865     fNonLinearityParams[2] =  1.570;
866     fNonLinearityParams[3] =  9.67998e-02;
867     fNonLinearityParams[4] =  2.19381e+02;
868     fNonLinearityParams[5] =  6.31604e+01;
869     fNonLinearityParams[6] =  1.01286;
870   }
871
872   if (fNonLinearityFunction == kSDMv6) {
873     fNonLinearityParams[0] = 1.0;      
874     fNonLinearityParams[1] = 0.237767; 
875     fNonLinearityParams[2] = 0.651203; 
876     fNonLinearityParams[3] = 0.183741; 
877     fNonLinearityParams[4] = 155.427;  
878     fNonLinearityParams[5] = 17.0335;  
879     fNonLinearityParams[6] = 0.987054; 
880   }
881
882   if (fNonLinearityFunction == kPi0MCv6) {
883     fNonLinearityParams[0] = 1.0;       
884     fNonLinearityParams[1] = 0.0797873; 
885     fNonLinearityParams[2] = 1.68322;   
886     fNonLinearityParams[3] = 0.0806098; 
887     fNonLinearityParams[4] = 244.586;   
888     fNonLinearityParams[5] = 116.938;   
889     fNonLinearityParams[6] = 1.00437;   
890   }
891
892 }
893
894 //_________________________________________________________
895 Float_t  AliEMCALRecoUtils::GetDepth(Float_t energy, 
896                                      Int_t iParticle, 
897                                      Int_t iSM) const 
898 {
899   //Calculate shower depth for a given cluster energy and particle type
900
901   // parameters 
902   Float_t x0    = 1.31;
903   Float_t ecr   = 8;
904   Float_t depth = 0;
905   Float_t arg   = energy*1000/ ecr; //Multiply energy by 1000 to transform to MeV
906   
907   switch ( iParticle )
908   {
909     case kPhoton:
910       if (arg < 1) 
911         depth = 0;
912       else
913         depth = x0 * (TMath::Log(arg) + 0.5); 
914       break;
915       
916     case kElectron:
917       if (arg < 1) 
918         depth = 0;
919       else
920         depth = x0 * (TMath::Log(arg) - 0.5); 
921       break;
922       
923     case kHadron:
924       // hadron 
925       // boxes anc. here
926       if (gGeoManager) {
927         gGeoManager->cd("ALIC_1/XEN1_1");
928         TGeoNode        *geoXEn1    = gGeoManager->GetCurrentNode();
929         TGeoNodeMatrix  *geoSM      = dynamic_cast<TGeoNodeMatrix *>(geoXEn1->GetDaughter(iSM));
930         if (geoSM) {
931           TGeoVolume      *geoSMVol   = geoSM->GetVolume(); 
932           TGeoShape       *geoSMShape = geoSMVol->GetShape();
933           TGeoBBox        *geoBox     = dynamic_cast<TGeoBBox *>(geoSMShape);
934           if (geoBox) depth = 0.5 * geoBox->GetDX()*2 ;
935           else AliFatal("Null GEANT box");
936         }
937         else AliFatal("NULL  GEANT node matrix");
938       }
939       else
940       {//electron
941         if (arg < 1) 
942           depth = 0;
943         else
944           depth = x0 * (TMath::Log(arg) - 0.5); 
945       }
946         
947       break;
948       
949     default://photon
950       if (arg < 1) 
951         depth = 0;
952       else
953         depth = x0 * (TMath::Log(arg) + 0.5);
954   }  
955   
956   return depth;
957 }
958
959 //____________________________________________________________________
960 void AliEMCALRecoUtils::GetMaxEnergyCell(const AliEMCALGeometry *geom, 
961                                          AliVCaloCells* cells, 
962                                          const AliVCluster* clu, 
963                                          Int_t  & absId,  
964                                          Int_t  & iSupMod, 
965                                          Int_t  & ieta, 
966                                          Int_t  & iphi, 
967                                          Bool_t & shared)
968 {
969   //For a given CaloCluster gets the absId of the cell 
970   //with maximum energy deposit.
971   
972   Double_t eMax        = -1.;
973   Double_t eCell       = -1.;
974   Float_t  fraction    = 1.;
975   Float_t  recalFactor = 1.;
976   Int_t    cellAbsId   = -1 ;
977
978   Int_t iTower  = -1;
979   Int_t iIphi   = -1;
980   Int_t iIeta   = -1;
981   Int_t iSupMod0= -1;
982
983   if (!clu) {
984     AliInfo("Cluster pointer null!");
985     absId=-1; iSupMod0=-1, ieta = -1; iphi = -1; shared = -1;
986     return;
987   }
988   
989   for (Int_t iDig=0; iDig< clu->GetNCells(); iDig++) {
990     cellAbsId = clu->GetCellAbsId(iDig);
991     fraction  = clu->GetCellAmplitudeFraction(iDig);
992     //printf("a Cell %d, id, %d, amp %f, fraction %f\n",iDig,cellAbsId,cells->GetCellAmplitude(cellAbsId),fraction);
993     if (fraction < 1e-4) fraction = 1.; // in case unfolding is off
994     geom->GetCellIndex(cellAbsId,iSupMod,iTower,iIphi,iIeta); 
995     geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(iSupMod,iTower,iIphi, iIeta,iphi,ieta);
996     if (iDig==0) {
997       iSupMod0=iSupMod;
998     } else if (iSupMod0!=iSupMod)  {
999       shared = kTRUE;
1000       //printf("AliEMCALRecoUtils::GetMaxEnergyCell() - SHARED CLUSTER\n");
1001     }
1002     if (!fCellsRecalibrated && IsRecalibrationOn()) {
1003       recalFactor = GetEMCALChannelRecalibrationFactor(iSupMod,ieta,iphi);
1004     }
1005     eCell  = cells->GetCellAmplitude(cellAbsId)*fraction*recalFactor;
1006     //printf("b Cell %d, id, %d, amp %f, fraction %f\n",iDig,cellAbsId,eCell,fraction);
1007     if (eCell > eMax) { 
1008       eMax  = eCell; 
1009       absId = cellAbsId;
1010       //printf("\t new max: cell %d, e %f, ecell %f\n",maxId, eMax,eCell);
1011     }
1012   }// cell loop
1013   
1014   //Get from the absid the supermodule, tower and eta/phi numbers
1015   geom->GetCellIndex(absId,iSupMod,iTower,iIphi,iIeta); 
1016   //Gives SuperModule and Tower numbers
1017   geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(iSupMod,iTower,
1018                                          iIphi, iIeta,iphi,ieta); 
1019   //printf("Max id %d, iSM %d, col %d, row %d\n",absId,iSupMod,ieta,iphi);
1020   //printf("Max end---\n");
1021 }
1022
1023 //______________________________________
1024 void AliEMCALRecoUtils::InitParameters()
1025 {
1026   // Initialize data members with default values
1027   
1028   fParticleType = kPhoton;
1029   fPosAlgo      = kUnchanged;
1030   fW0           = 4.5;
1031   
1032   fNonLinearityFunction = kNoCorrection;
1033   fNonLinearThreshold   = 30;
1034   
1035   fExoticCellFraction     = 0.97;
1036   fExoticCellDiffTime     = 1e6;
1037   fExoticCellMinAmplitude = 4.0;
1038   
1039   fAODFilterMask    = 128;
1040   fAODHybridTracks  = kFALSE;
1041   fAODTPCOnlyTracks = kTRUE;
1042   
1043   fCutEtaPhiSum      = kTRUE;
1044   fCutEtaPhiSeparate = kFALSE;
1045   
1046   fCutR   = 0.05; 
1047   fCutEta = 0.025; 
1048   fCutPhi = 0.05;
1049   
1050   fClusterWindow = 100;
1051   fMass          = 0.139;
1052   
1053   fStepSurface   = 20.;                      
1054   fStepCluster   = 5.;
1055   fTrackCutsType = kLooseCut;
1056   
1057   fCutMinTrackPt     = 0;
1058   fCutMinNClusterTPC = -1;
1059   fCutMinNClusterITS = -1;
1060   
1061   fCutMaxChi2PerClusterTPC  = 1e10;
1062   fCutMaxChi2PerClusterITS  = 1e10;
1063   
1064   fCutRequireTPCRefit     = kFALSE;
1065   fCutRequireITSRefit     = kFALSE;
1066   fCutAcceptKinkDaughters = kFALSE;
1067   
1068   fCutMaxDCAToVertexXY = 1e10;             
1069   fCutMaxDCAToVertexZ  = 1e10;              
1070   fCutDCAToVertex2D    = kFALSE;
1071   
1072   fCutRequireITSStandAlone = kFALSE; //MARCEL
1073   fCutRequireITSpureSA     = kFALSE; //Marcel
1074   
1075   //Misalignment matrices
1076   for (Int_t i = 0; i < 15 ; i++) 
1077   {
1078     fMisalTransShift[i] = 0.; 
1079     fMisalRotShift[i]   = 0.; 
1080   }
1081   
1082   //Non linearity
1083   for (Int_t i = 0; i < 7  ; i++) fNonLinearityParams[i] = 0.; 
1084   
1085   //For kBeamTestCorrectedv2 case, but default is no correction
1086   fNonLinearityParams[0] =  0.983504;
1087   fNonLinearityParams[1] =  0.210106;
1088   fNonLinearityParams[2] =  0.897274;
1089   fNonLinearityParams[3] =  0.0829064;
1090   fNonLinearityParams[4] =  152.299;
1091   fNonLinearityParams[5] =  31.5028;
1092   fNonLinearityParams[6] =  0.968;
1093   
1094   //Cluster energy smearing
1095   fSmearClusterEnergy   = kFALSE;
1096   fSmearClusterParam[0] = 0.07; // * sqrt E term
1097   fSmearClusterParam[1] = 0.00; // * E term
1098   fSmearClusterParam[2] = 0.00; // constant
1099 }
1100
1101 //_____________________________________________________
1102 void AliEMCALRecoUtils::InitEMCALRecalibrationFactors()
1103 {
1104   //Init EMCAL recalibration factors
1105   AliDebug(2,"AliCalorimeterUtils::InitEMCALRecalibrationFactors()");
1106   //In order to avoid rewriting the same histograms
1107   Bool_t oldStatus = TH1::AddDirectoryStatus();
1108   TH1::AddDirectory(kFALSE);
1109   
1110   fEMCALRecalibrationFactors = new TObjArray(12);
1111   for (int i = 0; i < 12; i++) 
1112     fEMCALRecalibrationFactors->Add(new TH2F(Form("EMCALRecalFactors_SM%d",i),
1113                                              Form("EMCALRecalFactors_SM%d",i),  48, 0, 48, 24, 0, 24));
1114   //Init the histograms with 1
1115   for (Int_t sm = 0; sm < 12; sm++) 
1116   {
1117     for (Int_t i = 0; i < 48; i++) 
1118     {
1119       for (Int_t j = 0; j < 24; j++) 
1120       {
1121         SetEMCALChannelRecalibrationFactor(sm,i,j,1.);
1122       }
1123     }
1124   }
1125   
1126   fEMCALRecalibrationFactors->SetOwner(kTRUE);
1127   fEMCALRecalibrationFactors->Compress();
1128   
1129   //In order to avoid rewriting the same histograms
1130   TH1::AddDirectory(oldStatus);    
1131 }
1132
1133 //_________________________________________________________
1134 void AliEMCALRecoUtils::InitEMCALTimeRecalibrationFactors()
1135 {
1136   //Init EMCAL recalibration factors
1137   AliDebug(2,"AliCalorimeterUtils::InitEMCALRecalibrationFactors()");
1138   //In order to avoid rewriting the same histograms
1139   Bool_t oldStatus = TH1::AddDirectoryStatus();
1140   TH1::AddDirectory(kFALSE);
1141   
1142   fEMCALTimeRecalibrationFactors = new TObjArray(4);
1143   for (int i = 0; i < 4; i++) 
1144     fEMCALTimeRecalibrationFactors->Add(new TH1F(Form("hAllTimeAvBC%d",i),
1145                                                  Form("hAllTimeAvBC%d",i),  
1146                                                  48*24*12,0.,48*24*12)          );
1147   //Init the histograms with 1
1148   for (Int_t bc = 0; bc < 4; bc++) 
1149   {
1150     for (Int_t i = 0; i < 48*24*12; i++) 
1151       SetEMCALChannelTimeRecalibrationFactor(bc,i,0.);
1152   }
1153   
1154   fEMCALTimeRecalibrationFactors->SetOwner(kTRUE);
1155   fEMCALTimeRecalibrationFactors->Compress();
1156   
1157   //In order to avoid rewriting the same histograms
1158   TH1::AddDirectory(oldStatus);    
1159 }
1160
1161 //____________________________________________________
1162 void AliEMCALRecoUtils::InitEMCALBadChannelStatusMap()
1163 {
1164   //Init EMCAL bad channels map
1165   AliDebug(2,"AliEMCALRecoUtils::InitEMCALBadChannelStatusMap()");
1166   //In order to avoid rewriting the same histograms
1167   Bool_t oldStatus = TH1::AddDirectoryStatus();
1168   TH1::AddDirectory(kFALSE);
1169   
1170   fEMCALBadChannelMap = new TObjArray(12);
1171   //TH2F * hTemp = new  TH2I("EMCALBadChannelMap","EMCAL SuperModule bad channel map", 48, 0, 48, 24, 0, 24);
1172   for (int i = 0; i < 12; i++) 
1173   {
1174     fEMCALBadChannelMap->Add(new TH2I(Form("EMCALBadChannelMap_Mod%d",i),Form("EMCALBadChannelMap_Mod%d",i), 48, 0, 48, 24, 0, 24));
1175   }
1176   
1177   fEMCALBadChannelMap->SetOwner(kTRUE);
1178   fEMCALBadChannelMap->Compress();
1179   
1180   //In order to avoid rewriting the same histograms
1181   TH1::AddDirectory(oldStatus);    
1182 }
1183
1184 //____________________________________________________________________________
1185 void AliEMCALRecoUtils::RecalibrateClusterEnergy(const AliEMCALGeometry* geom, 
1186                                                  AliVCluster * cluster, 
1187                                                  AliVCaloCells * cells, 
1188                                                  Int_t bc)
1189 {
1190   // Recalibrate the cluster energy and Time, considering the recalibration map 
1191   // and the energy of the cells and time that compose the cluster.
1192   // bc= bunch crossing number returned by esdevent->GetBunchCrossNumber();
1193   
1194   if (!cluster) {
1195     AliInfo("Cluster pointer null!");
1196     return;
1197   }  
1198   
1199   //Get the cluster number of cells and list of absId, check what kind of cluster do we have.
1200   UShort_t * index    = cluster->GetCellsAbsId() ;
1201   Double_t * fraction = cluster->GetCellsAmplitudeFraction() ;
1202   Int_t ncells = cluster->GetNCells();
1203   
1204   //Initialize some used variables
1205   Float_t energy = 0;
1206   Int_t   absId  =-1;
1207   Int_t   icol   =-1, irow =-1, imod=1;
1208   Float_t factor = 1, frac = 0;
1209   Int_t   absIdMax = -1;
1210   Float_t emax     = 0;
1211   
1212   //Loop on the cells, get the cell amplitude and recalibration factor, multiply and and to the new energy
1213   for (Int_t icell = 0; icell < ncells; icell++)
1214   {
1215     absId = index[icell];
1216     frac =  fraction[icell];
1217     if (frac < 1e-5) frac = 1; //in case of EMCAL, this is set as 0 since unfolding is off
1218     
1219     if (!fCellsRecalibrated && IsRecalibrationOn()) {
1220       // Energy  
1221       Int_t iTower = -1, iIphi = -1, iIeta = -1; 
1222       geom->GetCellIndex(absId,imod,iTower,iIphi,iIeta); 
1223       if (fEMCALRecalibrationFactors->GetEntries() <= imod) 
1224         continue;
1225       geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(imod,iTower,iIphi, iIeta,irow,icol);      
1226       factor = GetEMCALChannelRecalibrationFactor(imod,icol,irow);
1227       
1228       AliDebug(2,Form("AliEMCALRecoUtils::RecalibrateClusterEnergy - recalibrate cell: module %d, col %d, row %d, cell fraction %f,recalibration factor %f, cell energy %f\n",
1229                       imod,icol,irow,frac,factor,cells->GetCellAmplitude(absId)));
1230       
1231     } 
1232     
1233     energy += cells->GetCellAmplitude(absId)*factor*frac;
1234     
1235     if (emax < cells->GetCellAmplitude(absId)*factor*frac) {
1236       emax     = cells->GetCellAmplitude(absId)*factor*frac;
1237       absIdMax = absId;
1238     }
1239   }
1240   
1241   AliDebug(2,Form("AliEMCALRecoUtils::RecalibrateClusterEnergy - Energy before %f, after %f \n",cluster->E(),energy));
1242
1243   cluster->SetE(energy);
1244
1245   // Recalculate time of cluster
1246   Double_t timeorg = cluster->GetTOF();
1247
1248   Double_t time = cells->GetCellTime(absIdMax);
1249   if (!fCellsRecalibrated && IsTimeRecalibrationOn())
1250     RecalibrateCellTime(absIdMax,bc,time);
1251
1252   cluster->SetTOF(time);
1253
1254   AliDebug(2,Form("AliEMCALRecoUtils::RecalibrateClusterEnergy - Time before %f, after %f \n",timeorg,cluster->GetTOF()));
1255 }
1256
1257 //_____________________________________________________________
1258 void AliEMCALRecoUtils::RecalibrateCells(AliVCaloCells * cells,
1259                                          Int_t bc)
1260 {
1261   // Recalibrate the cells time and energy, considering the recalibration map and the energy 
1262   // of the cells that compose the cluster.
1263   // bc= bunch crossing number returned by esdevent->GetBunchCrossNumber();
1264
1265   if (!IsRecalibrationOn() && !IsTimeRecalibrationOn() && !IsBadChannelsRemovalSwitchedOn()) 
1266     return;
1267   
1268   if (!cells) {
1269     AliInfo("Cells pointer null!");
1270     return;
1271   }  
1272   
1273   Short_t  absId  =-1;
1274   Bool_t   accept = kFALSE;
1275   Float_t  ecell  = 0;
1276   Double_t tcell  = 0;
1277   Double_t ecellin = 0;
1278   Double_t tcellin = 0;
1279   Int_t  mclabel = -1;
1280   Double_t efrac = 0;
1281   
1282   Int_t nEMcell  = cells->GetNumberOfCells() ;  
1283   for (Int_t iCell = 0; iCell < nEMcell; iCell++) 
1284   { 
1285     cells->GetCell( iCell, absId, ecellin, tcellin, mclabel, efrac );
1286     
1287     accept = AcceptCalibrateCell(absId, bc, ecell ,tcell ,cells); 
1288     if (!accept) {
1289       ecell = 0;
1290       tcell = -1;
1291     }
1292     
1293     //Set new values
1294     cells->SetCell(iCell,absId,ecell, tcell, mclabel, efrac);
1295   }
1296
1297   fCellsRecalibrated = kTRUE;
1298 }
1299
1300 //_______________________________________________________________________________________________________
1301 void AliEMCALRecoUtils::RecalibrateCellTime(Int_t absId, Int_t bc, Double_t & celltime) const
1302 {
1303   // Recalibrate time of cell with absID  considering the recalibration map 
1304   // bc= bunch crossing number returned by esdevent->GetBunchCrossNumber();
1305   
1306   if (!fCellsRecalibrated && IsTimeRecalibrationOn() && bc >= 0) {
1307     celltime -= GetEMCALChannelTimeRecalibrationFactor(bc%4,absId)*1.e-9;    ;  
1308   }
1309 }
1310   
1311 //______________________________________________________________________________
1312 void AliEMCALRecoUtils::RecalculateClusterPosition(const AliEMCALGeometry *geom, 
1313                                                    AliVCaloCells* cells, 
1314                                                    AliVCluster* clu)
1315 {
1316   //For a given CaloCluster recalculates the position for a given set of misalignment shifts and puts it again in the CaloCluster.
1317   
1318   if (!clu) {
1319     AliInfo("Cluster pointer null!");
1320     return;
1321   }
1322     
1323   if      (fPosAlgo==kPosTowerGlobal) RecalculateClusterPositionFromTowerGlobal( geom, cells, clu);
1324   else if (fPosAlgo==kPosTowerIndex)  RecalculateClusterPositionFromTowerIndex ( geom, cells, clu);
1325   else    AliDebug(2,"Algorithm to recalculate position not selected, do nothing.");
1326 }  
1327
1328 //_____________________________________________________________________________________________
1329 void AliEMCALRecoUtils::RecalculateClusterPositionFromTowerGlobal(const AliEMCALGeometry *geom, 
1330                                                                   AliVCaloCells* cells, 
1331                                                                   AliVCluster* clu)
1332 {
1333   // For a given CaloCluster recalculates the position for a given set of misalignment shifts and puts it again in the CaloCluster.
1334   // The algorithm is a copy of what is done in AliEMCALRecPoint
1335   
1336   Double_t eCell       = 0.;
1337   Float_t  fraction    = 1.;
1338   Float_t  recalFactor = 1.;
1339   
1340   Int_t    absId   = -1;
1341   Int_t    iTower  = -1, iIphi  = -1, iIeta  = -1;
1342   Int_t    iSupModMax = -1, iSM=-1, iphi   = -1, ieta   = -1;
1343   Float_t  weight = 0.,  totalWeight=0.;
1344   Float_t  newPos[3] = {0,0,0};
1345   Double_t pLocal[3], pGlobal[3];
1346   Bool_t shared = kFALSE;
1347
1348   Float_t  clEnergy = clu->E(); //Energy already recalibrated previously
1349   if (clEnergy <= 0)
1350     return;
1351   GetMaxEnergyCell(geom, cells, clu, absId,  iSupModMax, ieta, iphi,shared);
1352   Double_t depth = GetDepth(clEnergy,fParticleType,iSupModMax) ;
1353   
1354   //printf("** Cluster energy %f, ncells %d, depth %f\n",clEnergy,clu->GetNCells(),depth);
1355   
1356   for (Int_t iDig=0; iDig< clu->GetNCells(); iDig++) 
1357   {
1358     absId = clu->GetCellAbsId(iDig);
1359     fraction  = clu->GetCellAmplitudeFraction(iDig);
1360     if (fraction < 1e-4) fraction = 1.; // in case unfolding is off
1361     
1362     if (!fCellsRecalibrated) {
1363       geom->GetCellIndex(absId,iSM,iTower,iIphi,iIeta); 
1364       geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(iSM,iTower,iIphi, iIeta,iphi,ieta);      
1365       if (IsRecalibrationOn()) {
1366         recalFactor = GetEMCALChannelRecalibrationFactor(iSM,ieta,iphi);
1367       }
1368     }
1369     
1370     eCell  = cells->GetCellAmplitude(absId)*fraction*recalFactor;
1371     
1372     weight = GetCellWeight(eCell,clEnergy);
1373     totalWeight += weight;
1374     
1375     geom->RelPosCellInSModule(absId,depth,pLocal[0],pLocal[1],pLocal[2]);
1376     //printf("pLocal (%f,%f,%f), SM %d, absId %d\n",pLocal[0],pLocal[1],pLocal[2],iSupModMax,absId);
1377     geom->GetGlobal(pLocal,pGlobal,iSupModMax);
1378     //printf("pLocal (%f,%f,%f)\n",pGlobal[0],pGlobal[1],pGlobal[2]);
1379
1380     for (int i=0; i<3; i++ ) newPos[i] += (weight*pGlobal[i]);
1381   }// cell loop
1382   
1383   if (totalWeight>0) {
1384     for (int i=0; i<3; i++ )    newPos[i] /= totalWeight;
1385   }
1386     
1387   //Float_t pos[]={0,0,0};
1388   //clu->GetPosition(pos);
1389   //printf("OldPos  : %2.3f,%2.3f,%2.3f\n",pos[0],pos[1],pos[2]);
1390   //printf("NewPos  : %2.3f,%2.3f,%2.3f\n",newPos[0],newPos[1],newPos[2]);
1391   
1392   if (iSupModMax > 1) { //sector 1
1393     newPos[0] +=fMisalTransShift[3];//-=3.093; 
1394     newPos[1] +=fMisalTransShift[4];//+=6.82;
1395     newPos[2] +=fMisalTransShift[5];//+=1.635;
1396     //printf("   +    : %2.3f,%2.3f,%2.3f\n",fMisalTransShift[3],fMisalTransShift[4],fMisalTransShift[5]);
1397   } else { //sector 0
1398     newPos[0] +=fMisalTransShift[0];//+=1.134;
1399     newPos[1] +=fMisalTransShift[1];//+=8.2;
1400     newPos[2] +=fMisalTransShift[2];//+=1.197;
1401     //printf("   +    : %2.3f,%2.3f,%2.3f\n",fMisalTransShift[0],fMisalTransShift[1],fMisalTransShift[2]);
1402   }
1403   //printf("NewPos : %2.3f,%2.3f,%2.3f\n",newPos[0],newPos[1],newPos[2]);
1404
1405   clu->SetPosition(newPos);
1406 }  
1407
1408 //____________________________________________________________________________________________
1409 void AliEMCALRecoUtils::RecalculateClusterPositionFromTowerIndex(const AliEMCALGeometry *geom, 
1410                                                                  AliVCaloCells* cells, 
1411                                                                  AliVCluster* clu)
1412 {
1413   // For a given CaloCluster recalculates the position for a given set of misalignment shifts and puts it again in the CaloCluster.
1414   // The algorithm works with the tower indeces, averages the indeces and from them it calculates the global position
1415   
1416   Double_t eCell       = 1.;
1417   Float_t  fraction    = 1.;
1418   Float_t  recalFactor = 1.;
1419   
1420   Int_t absId   = -1;
1421   Int_t iTower  = -1;
1422   Int_t iIphi   = -1, iIeta   = -1;
1423   Int_t iSupMod = -1, iSupModMax = -1;
1424   Int_t iphi = -1, ieta =-1;
1425   Bool_t shared = kFALSE;
1426
1427   Float_t clEnergy = clu->E(); //Energy already recalibrated previously.
1428   
1429   if (clEnergy <= 0)
1430     return;
1431   GetMaxEnergyCell(geom, cells, clu, absId,  iSupModMax, ieta, iphi,shared);
1432   Float_t  depth = GetDepth(clEnergy,fParticleType,iSupMod) ;
1433
1434   Float_t weight = 0., weightedCol = 0., weightedRow = 0., totalWeight=0.;
1435   Bool_t areInSameSM = kTRUE; //exclude clusters with cells in different SMs for now
1436   Int_t startingSM = -1;
1437   
1438   for (Int_t iDig=0; iDig< clu->GetNCells(); iDig++) 
1439   {
1440     absId = clu->GetCellAbsId(iDig);
1441     fraction  = clu->GetCellAmplitudeFraction(iDig);
1442     if (fraction < 1e-4) fraction = 1.; // in case unfolding is off
1443
1444     if      (iDig==0)  startingSM = iSupMod;
1445     else if (iSupMod != startingSM) areInSameSM = kFALSE;
1446
1447     eCell  = cells->GetCellAmplitude(absId);
1448     
1449     geom->GetCellIndex(absId,iSupMod,iTower,iIphi,iIeta); 
1450     geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(iSupMod,iTower,iIphi, iIeta,iphi,ieta);    
1451     
1452     if (!fCellsRecalibrated)
1453     {
1454       if (IsRecalibrationOn()) {
1455         recalFactor = GetEMCALChannelRecalibrationFactor(iSupMod,ieta,iphi);
1456       }
1457     }
1458     
1459     eCell  = cells->GetCellAmplitude(absId)*fraction*recalFactor;
1460     
1461     weight = GetCellWeight(eCell,clEnergy);
1462     if (weight < 0) weight = 0;
1463     totalWeight += weight;
1464     weightedCol += ieta*weight;
1465     weightedRow += iphi*weight;
1466     
1467     //printf("Max cell? cell %d, amplitude org %f, fraction %f, recalibration %f, amplitude new %f \n",cellAbsId, cells->GetCellAmplitude(cellAbsId), fraction, recalFactor, eCell) ;
1468   }// cell loop
1469     
1470   Float_t xyzNew[]={0.,0.,0.};
1471   if (areInSameSM == kTRUE) {
1472     //printf("In Same SM\n");
1473     weightedCol = weightedCol/totalWeight;
1474     weightedRow = weightedRow/totalWeight;
1475     geom->RecalculateTowerPosition(weightedRow, weightedCol, iSupModMax, depth, fMisalTransShift, fMisalRotShift, xyzNew); 
1476   } 
1477   else 
1478   {
1479     //printf("In Different SM\n");
1480     geom->RecalculateTowerPosition(iphi,        ieta,        iSupModMax, depth, fMisalTransShift, fMisalRotShift, xyzNew); 
1481   }
1482   
1483   clu->SetPosition(xyzNew);
1484 }
1485
1486 //___________________________________________________________________________________________
1487 void AliEMCALRecoUtils::RecalculateClusterDistanceToBadChannel(const AliEMCALGeometry * geom, 
1488                                                                AliVCaloCells* cells, 
1489                                                                AliVCluster * cluster)
1490 {           
1491   //re-evaluate distance to bad channel with updated bad map
1492   
1493   if (!fRecalDistToBadChannels) return;
1494   
1495   if (!cluster)
1496   {
1497     AliInfo("Cluster pointer null!");
1498     return;
1499   }  
1500   
1501   //Get channels map of the supermodule where the cluster is.
1502   Int_t absIdMax  = -1, iSupMod =-1, icolM = -1, irowM = -1;
1503   Bool_t shared = kFALSE;
1504   GetMaxEnergyCell(geom, cells, cluster, absIdMax,  iSupMod, icolM, irowM, shared);
1505   TH2D* hMap  = (TH2D*)fEMCALBadChannelMap->At(iSupMod);
1506
1507   Int_t dRrow, dRcol;  
1508   Float_t  minDist = 10000.;
1509   Float_t  dist    = 0.;
1510   
1511   //Loop on tower status map 
1512   for (Int_t irow = 0; irow < AliEMCALGeoParams::fgkEMCALRows; irow++)
1513   {
1514     for (Int_t icol = 0; icol < AliEMCALGeoParams::fgkEMCALCols; icol++)
1515     {
1516       //Check if tower is bad.
1517       if (hMap->GetBinContent(icol,irow)==0) continue;
1518       //printf("AliEMCALRecoUtils::RecalculateDistanceToBadChannels() - \n \t Bad channel in SM %d, col %d, row %d, \n \t Cluster max in col %d, row %d\n",
1519       //       iSupMod,icol, irow, icolM,irowM);
1520       
1521       dRrow=TMath::Abs(irowM-irow);
1522       dRcol=TMath::Abs(icolM-icol);
1523       dist=TMath::Sqrt(dRrow*dRrow+dRcol*dRcol);
1524       if (dist < minDist)
1525       {
1526         //printf("MIN DISTANCE TO BAD %2.2f\n",dist);
1527         minDist = dist;
1528       }
1529     }
1530   }
1531   
1532   //In case the cluster is shared by 2 SuperModules, need to check the map of the second Super Module
1533   if (shared) 
1534   {
1535     TH2D* hMap2 = 0;
1536     Int_t iSupMod2 = -1;
1537     
1538     //The only possible combinations are (0,1), (2,3) ... (8,9)
1539     if (iSupMod%2) iSupMod2 = iSupMod-1;
1540     else           iSupMod2 = iSupMod+1;
1541     hMap2  = (TH2D*)fEMCALBadChannelMap->At(iSupMod2);
1542     
1543     //Loop on tower status map of second super module
1544     for (Int_t irow = 0; irow < AliEMCALGeoParams::fgkEMCALRows; irow++)
1545     {
1546       for (Int_t icol = 0; icol < AliEMCALGeoParams::fgkEMCALCols; icol++)
1547       {
1548         //Check if tower is bad.
1549         if (hMap2->GetBinContent(icol,irow)==0) 
1550           continue;
1551         //printf("AliEMCALRecoUtils::RecalculateDistanceToBadChannels(shared) - \n \t Bad channel in SM %d, col %d, row %d \n \t Cluster max in SM %d, col %d, row %d\n",
1552         //     iSupMod2,icol, irow,iSupMod,icolM,irowM);
1553         dRrow=TMath::Abs(irow-irowM);
1554         
1555         if (iSupMod%2) {
1556           dRcol=TMath::Abs(icol-(AliEMCALGeoParams::fgkEMCALCols+icolM));
1557         } else {
1558           dRcol=TMath::Abs(AliEMCALGeoParams::fgkEMCALCols+icol-icolM);
1559         }                    
1560         
1561         dist=TMath::Sqrt(dRrow*dRrow+dRcol*dRcol);
1562         if (dist < minDist) minDist = dist;        
1563       }
1564     }
1565   }// shared cluster in 2 SuperModules
1566   
1567   AliDebug(2,Form("Max cluster cell (SM,col,row)=(%d %d %d) - Distance to Bad Channel %2.2f",iSupMod, icolM, irowM, minDist));
1568   cluster->SetDistanceToBadChannel(minDist);
1569 }
1570
1571 //__________________________________________________________________
1572 void AliEMCALRecoUtils::RecalculateClusterPID(AliVCluster * cluster)
1573 {           
1574   //re-evaluate identification parameters with bayesian
1575   
1576   if (!cluster) {
1577     AliInfo("Cluster pointer null!");
1578     return;
1579   }
1580   
1581   if (cluster->GetM02() != 0)
1582     fPIDUtils->ComputePID(cluster->E(),cluster->GetM02());
1583   
1584   Float_t pidlist[AliPID::kSPECIESCN+1];
1585   for (Int_t i = 0; i < AliPID::kSPECIESCN+1; i++) pidlist[i] = fPIDUtils->GetPIDFinal(i);
1586         
1587   cluster->SetPID(pidlist);
1588 }
1589
1590 //___________________________________________________________________________________________________________________
1591 void AliEMCALRecoUtils::RecalculateClusterShowerShapeParameters(const AliEMCALGeometry * geom, 
1592                                                                 AliVCaloCells* cells, 
1593                                                                 AliVCluster * cluster,
1594                                                                 Float_t & l0,   Float_t & l1,   
1595                                                                 Float_t & disp, Float_t & dEta, Float_t & dPhi,
1596                                                                 Float_t & sEta, Float_t & sPhi, Float_t & sEtaPhi)
1597 {
1598   // Calculates new center of gravity in the local EMCAL-module coordinates 
1599   // and tranfers into global ALICE coordinates
1600   // Calculates Dispersion and main axis
1601   
1602   if (!cluster) {
1603     AliInfo("Cluster pointer null!");
1604     return;
1605   }
1606     
1607   Double_t eCell       = 0.;
1608   Float_t  fraction    = 1.;
1609   Float_t  recalFactor = 1.;
1610
1611   Int_t    iSupMod = -1;
1612   Int_t    iTower  = -1;
1613   Int_t    iIphi   = -1;
1614   Int_t    iIeta   = -1;
1615   Int_t    iphi    = -1;
1616   Int_t    ieta    = -1;
1617   Double_t etai    = -1.;
1618   Double_t phii    = -1.;
1619   
1620   Int_t    nstat   = 0 ;
1621   Float_t  wtot    = 0.;
1622   Double_t w       = 0.;
1623   Double_t etaMean = 0.;
1624   Double_t phiMean = 0.;
1625   
1626   //Loop on cells, calculate the cluster energy, in case a cut on cell energy is added
1627   // and to check if the cluster is between 2 SM in eta
1628   Int_t   iSM0   = -1;
1629   Bool_t  shared = kFALSE;
1630   Float_t energy = 0;
1631   
1632   for (Int_t iDigit=0; iDigit < cluster->GetNCells(); iDigit++)
1633   {
1634     //Get from the absid the supermodule, tower and eta/phi numbers
1635     geom->GetCellIndex(cluster->GetCellAbsId(iDigit),iSupMod,iTower,iIphi,iIeta);
1636     geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(iSupMod,iTower,iIphi,iIeta, iphi,ieta);
1637     
1638     //Check if there are cells of different SM
1639     if      (iDigit == 0   ) iSM0 = iSupMod;
1640     else if (iSupMod!= iSM0) shared = kTRUE;
1641     
1642     //Get the cell energy, if recalibration is on, apply factors
1643     fraction  = cluster->GetCellAmplitudeFraction(iDigit);
1644     if (fraction < 1e-4) fraction = 1.; // in case unfolding is off
1645     
1646     if (IsRecalibrationOn()) {
1647       recalFactor = GetEMCALChannelRecalibrationFactor(iSupMod,ieta,iphi);
1648     }
1649     
1650     eCell  = cells->GetCellAmplitude(cluster->GetCellAbsId(iDigit))*fraction*recalFactor;
1651     
1652     energy += eCell;
1653     
1654   }//cell loop
1655   
1656   //Loop on cells
1657   for (Int_t iDigit=0; iDigit < cluster->GetNCells(); iDigit++) 
1658   {
1659     //Get from the absid the supermodule, tower and eta/phi numbers
1660     geom->GetCellIndex(cluster->GetCellAbsId(iDigit),iSupMod,iTower,iIphi,iIeta); 
1661     geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(iSupMod,iTower,iIphi,iIeta, iphi,ieta);        
1662     
1663     //Get the cell energy, if recalibration is on, apply factors
1664     fraction  = cluster->GetCellAmplitudeFraction(iDigit);
1665     if (fraction < 1e-4) fraction = 1.; // in case unfolding is off
1666     
1667     if (!fCellsRecalibrated) {
1668       if (IsRecalibrationOn()) {
1669         recalFactor = GetEMCALChannelRecalibrationFactor(iSupMod,ieta,iphi);
1670       }
1671     }
1672     
1673     eCell  = cells->GetCellAmplitude(cluster->GetCellAbsId(iDigit))*fraction*recalFactor;
1674     
1675     // In case of a shared cluster, index of SM in C side, columns start at 48 and ends at 48*2
1676     // C Side impair SM, nSupMod%2=1; A side pair SM, nSupMod%2=0
1677     if (shared && iSupMod%2) ieta+=AliEMCALGeoParams::fgkEMCALCols;
1678     
1679     if (cluster->E() > 0 && eCell > 0) {
1680       w  = GetCellWeight(eCell,cluster->E());
1681       
1682       etai=(Double_t)ieta;
1683       phii=(Double_t)iphi;  
1684       
1685       if (w > 0.0) {
1686         wtot += w ;
1687         nstat++;            
1688         //Shower shape
1689         sEta     += w * etai * etai ;
1690         etaMean  += w * etai ;
1691         sPhi     += w * phii * phii ;
1692         phiMean  += w * phii ; 
1693         sEtaPhi  += w * etai * phii ; 
1694       }
1695     } else
1696       AliError(Form("Wrong energy %f and/or amplitude %f\n", eCell, cluster->E()));
1697   }//cell loop
1698   
1699   //Normalize to the weight  
1700   if (wtot > 0) {
1701     etaMean /= wtot ;
1702     phiMean /= wtot ;
1703   } else
1704     AliError(Form("Wrong weight %f\n", wtot));
1705   
1706   //Calculate dispersion  
1707   for (Int_t iDigit=0; iDigit < cluster->GetNCells(); iDigit++) 
1708   {
1709     //Get from the absid the supermodule, tower and eta/phi numbers
1710     geom->GetCellIndex(cluster->GetCellAbsId(iDigit),iSupMod,iTower,iIphi,iIeta); 
1711     geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(iSupMod,iTower,iIphi,iIeta, iphi,ieta);
1712     
1713     //Get the cell energy, if recalibration is on, apply factors
1714     fraction  = cluster->GetCellAmplitudeFraction(iDigit);
1715     if (fraction < 1e-4) fraction = 1.; // in case unfolding is off
1716     if (IsRecalibrationOn()) {
1717       recalFactor = GetEMCALChannelRecalibrationFactor(iSupMod,ieta,iphi);
1718     }
1719     eCell  = cells->GetCellAmplitude(cluster->GetCellAbsId(iDigit))*fraction*recalFactor;
1720     
1721     // In case of a shared cluster, index of SM in C side, columns start at 48 and ends at 48*2
1722     // C Side impair SM, nSupMod%2=1; A side pair SM, nSupMod%2=0
1723     if (shared && iSupMod%2) ieta+=AliEMCALGeoParams::fgkEMCALCols;
1724     
1725     if (cluster->E() > 0 && eCell > 0) {
1726       w  = GetCellWeight(eCell,cluster->E());
1727       
1728       etai=(Double_t)ieta;
1729       phii=(Double_t)iphi;    
1730       if (w > 0.0) { 
1731         disp +=  w *((etai-etaMean)*(etai-etaMean)+(phii-phiMean)*(phii-phiMean)); 
1732         dEta +=  w * (etai-etaMean)*(etai-etaMean) ; 
1733         dPhi +=  w * (phii-phiMean)*(phii-phiMean) ; 
1734       }
1735     } else
1736       AliError(Form("Wrong energy %f and/or amplitude %f\n", eCell, cluster->E()));
1737   }// cell loop
1738   
1739   //Normalize to the weigth and set shower shape parameters
1740   if (wtot > 0 && nstat > 1) {
1741     disp    /= wtot ;
1742     dEta    /= wtot ;
1743     dPhi    /= wtot ;
1744     sEta    /= wtot ;
1745     sPhi    /= wtot ;
1746     sEtaPhi /= wtot ;
1747     
1748     sEta    -= etaMean * etaMean ;
1749     sPhi    -= phiMean * phiMean ;
1750     sEtaPhi -= etaMean * phiMean ;
1751     
1752     l0 = (0.5 * (sEta + sPhi) + TMath::Sqrt( 0.25 * (sEta - sPhi) * (sEta - sPhi) + sEtaPhi * sEtaPhi ));
1753     l1 = (0.5 * (sEta + sPhi) - TMath::Sqrt( 0.25 * (sEta - sPhi) * (sEta - sPhi) + sEtaPhi * sEtaPhi ));
1754   } else {
1755     l0   = 0. ;
1756     l1   = 0. ;
1757     dEta = 0. ; dPhi = 0. ; disp    = 0. ;
1758     sEta = 0. ; sPhi = 0. ; sEtaPhi = 0. ;
1759   }  
1760 }
1761
1762 //____________________________________________________________________________________________
1763 void AliEMCALRecoUtils::RecalculateClusterShowerShapeParameters(const AliEMCALGeometry * geom, 
1764                                                                 AliVCaloCells* cells, 
1765                                                                 AliVCluster * cluster)
1766 {
1767   // Calculates new center of gravity in the local EMCAL-module coordinates 
1768   // and tranfers into global ALICE coordinates
1769   // Calculates Dispersion and main axis and puts them into the cluster
1770   
1771   Float_t l0   = 0., l1   = 0.;
1772   Float_t disp = 0., dEta = 0., dPhi    = 0.; 
1773   Float_t sEta = 0., sPhi = 0., sEtaPhi = 0.;
1774   
1775   AliEMCALRecoUtils::RecalculateClusterShowerShapeParameters(geom,cells,cluster,l0,l1,disp,
1776                                                              dEta, dPhi, sEta, sPhi, sEtaPhi);
1777   
1778   cluster->SetM02(l0);
1779   cluster->SetM20(l1);
1780   if (disp > 0. ) cluster->SetDispersion(TMath::Sqrt(disp)) ;
1781   
1782
1783
1784 //____________________________________________________________________________
1785 void AliEMCALRecoUtils::FindMatches(AliVEvent *event,
1786                                     TObjArray * clusterArr,  
1787                                     const AliEMCALGeometry *geom)
1788 {
1789   //This function should be called before the cluster loop
1790   //Before call this function, please recalculate the cluster positions
1791   //Given the input event, loop over all the tracks, select the closest cluster as matched with fCutR
1792   //Store matched cluster indexes and residuals
1793   
1794   fMatchedTrackIndex  ->Reset();
1795   fMatchedClusterIndex->Reset();
1796   fResidualPhi->Reset();
1797   fResidualEta->Reset();
1798   
1799   fMatchedTrackIndex  ->Set(1000);
1800   fMatchedClusterIndex->Set(1000);
1801   fResidualPhi->Set(1000);
1802   fResidualEta->Set(1000);
1803   
1804   AliESDEvent* esdevent = dynamic_cast<AliESDEvent*> (event);
1805   AliAODEvent* aodevent = dynamic_cast<AliAODEvent*> (event);
1806   
1807   // init the magnetic field if not already on
1808   if (!TGeoGlobalMagField::Instance()->GetField()) {
1809     if (!event->InitMagneticField())
1810     {
1811       AliInfo("Mag Field not initialized, null esd/aod evetn pointers");
1812     }
1813   } // Init mag field
1814   
1815   if (esdevent) {
1816     UInt_t mask1 = esdevent->GetESDRun()->GetDetectorsInDAQ();
1817     UInt_t mask2 = esdevent->GetESDRun()->GetDetectorsInReco();
1818     Bool_t desc1 = (mask1 >> 3) & 0x1;
1819     Bool_t desc2 = (mask2 >> 3) & 0x1;
1820     if (desc1==0 || desc2==0) { 
1821 //       AliError(Form("TPC not in DAQ/RECO: %u (%u)/%u (%u)", 
1822 //       mask1, esdevent->GetESDRun()->GetDetectorsInReco(),
1823 //       mask2, esdevent->GetESDRun()->GetDetectorsInDAQ()));
1824       fITSTrackSA=kTRUE;
1825     }
1826   }
1827
1828   TObjArray *clusterArray = 0x0;
1829   if (!clusterArr) {
1830     clusterArray = new TObjArray(event->GetNumberOfCaloClusters());
1831     for (Int_t icl=0; icl<event->GetNumberOfCaloClusters(); icl++) 
1832     {
1833       AliVCluster *cluster = (AliVCluster*) event->GetCaloCluster(icl);
1834       if (geom && !IsGoodCluster(cluster,geom,(AliVCaloCells*)event->GetEMCALCells())) 
1835         continue;
1836       clusterArray->AddAt(cluster,icl);
1837     }
1838   }
1839   
1840   Int_t    matched=0;
1841   Double_t cv[21];
1842   for (Int_t i=0; i<21;i++) cv[i]=0;
1843   for (Int_t itr=0; itr<event->GetNumberOfTracks(); itr++)
1844   {
1845     AliExternalTrackParam *trackParam = 0;
1846     
1847     //If the input event is ESD, the starting point for extrapolation is TPCOut, if available, or TPCInner 
1848     AliESDtrack *esdTrack = 0;
1849     AliAODTrack *aodTrack = 0;
1850     if (esdevent) {
1851       esdTrack = esdevent->GetTrack(itr);
1852       if (!esdTrack) continue;
1853       if (!IsAccepted(esdTrack)) continue;
1854       if (esdTrack->Pt()<fCutMinTrackPt) continue;
1855       Double_t phi = esdTrack->Phi()*TMath::RadToDeg();
1856       if (TMath::Abs(esdTrack->Eta())>0.9 || phi <= 10 || phi >= 250 ) continue;
1857       if (!fITSTrackSA)
1858         trackParam =  const_cast<AliExternalTrackParam*>(esdTrack->GetInnerParam());  // if TPC Available
1859       else
1860         trackParam =  new AliExternalTrackParam(*esdTrack); // If ITS Track Standing alone              
1861     }
1862     
1863     //If the input event is AOD, the starting point for extrapolation is at vertex
1864     //AOD tracks are selected according to its filterbit.
1865     else if (aodevent) {
1866       aodTrack = dynamic_cast<AliAODTrack*>(aodevent->GetTrack(itr));
1867       if(!aodTrack) AliFatal("Not a standard AOD");
1868       if (!aodTrack) continue;
1869             
1870       if (fAODTPCOnlyTracks) { // Match with TPC only tracks, default from May 2013, before filter bit 32
1871         //printf("Match with TPC only tracks, accept? %d, test bit 128 <%d> \n", aodTrack->IsTPCOnly(), aodTrack->TestFilterMask(128));
1872         if (!aodTrack->IsTPCConstrained()) continue ;
1873       } else if (fAODHybridTracks) { // Match with hybrid tracks
1874         //printf("Match with Hybrid tracks, accept? %d \n", aodTrack->IsHybridGlobalConstrainedGlobal());
1875         if (!aodTrack->IsHybridGlobalConstrainedGlobal()) continue ;
1876       } else { // Match with tracks on a mask
1877         //printf("Match with tracks having filter bit mask %d, accept? %d \n",fAODFilterMask,aodTrack->TestFilterMask(fAODFilterMask));
1878         if (!aodTrack->TestFilterMask(fAODFilterMask) ) continue; //Select AOD tracks
1879       }
1880       
1881       if (aodTrack->Pt()<fCutMinTrackPt) continue;
1882
1883       Double_t phi = aodTrack->Phi()*TMath::RadToDeg();
1884       if (TMath::Abs(aodTrack->Eta())>0.9 || phi <= 10 || phi >= 250 ) 
1885         continue;
1886       Double_t pos[3],mom[3];
1887       aodTrack->GetXYZ(pos);
1888       aodTrack->GetPxPyPz(mom);
1889       AliDebug(5,Form("aod track: i=%d | pos=(%5.4f,%5.4f,%5.4f) | mom=(%5.4f,%5.4f,%5.4f) | charge=%d\n",itr,pos[0],pos[1],pos[2],mom[0],mom[1],mom[2],aodTrack->Charge()));
1890
1891       trackParam= new AliExternalTrackParam(pos,mom,cv,aodTrack->Charge());
1892     }
1893     
1894     //Return if the input data is not "AOD" or "ESD"
1895     else {
1896       printf("Wrong input data type! Should be \"AOD\" or \"ESD\"\n");
1897       if (clusterArray) {
1898         clusterArray->Clear();
1899         delete clusterArray;
1900       }
1901       return;
1902     }
1903     
1904     if (!trackParam) continue;
1905
1906     //Extrapolate the track to EMCal surface
1907     AliExternalTrackParam emcalParam(*trackParam);
1908     Float_t eta, phi, pt;
1909     if (!ExtrapolateTrackToEMCalSurface(&emcalParam, fEMCalSurfaceDistance, fMass, fStepSurface, eta, phi, pt)) {
1910       if (aodevent && trackParam) delete trackParam;
1911       if (fITSTrackSA && trackParam) delete trackParam;
1912       continue;
1913     }
1914
1915     if (TMath::Abs(eta)>0.75 || (phi) < 70*TMath::DegToRad() || (phi) > 190*TMath::DegToRad()) {
1916       if (aodevent && trackParam) delete trackParam;
1917       if (fITSTrackSA && trackParam) delete trackParam;
1918       continue;
1919     }
1920
1921     //Find matched clusters
1922     Int_t index = -1;
1923     Float_t dEta = -999, dPhi = -999;
1924     if (!clusterArr) {
1925       index = FindMatchedClusterInClusterArr(&emcalParam, &emcalParam, clusterArray, dEta, dPhi);  
1926     } else {
1927       index = FindMatchedClusterInClusterArr(&emcalParam, &emcalParam, clusterArr, dEta, dPhi);  
1928     }  
1929     
1930     if (index>-1) {
1931       fMatchedTrackIndex   ->AddAt(itr,matched);
1932       fMatchedClusterIndex ->AddAt(index,matched);
1933       fResidualEta         ->AddAt(dEta,matched);
1934       fResidualPhi         ->AddAt(dPhi,matched);
1935       matched++;
1936     }
1937     if (aodevent && trackParam) delete trackParam;
1938     if (fITSTrackSA && trackParam) delete trackParam;
1939   }//track loop
1940
1941   if (clusterArray) {
1942     clusterArray->Clear();
1943     delete clusterArray;
1944   }
1945   
1946   AliDebug(2,Form("Number of matched pairs = %d !\n",matched));
1947   
1948   fMatchedTrackIndex   ->Set(matched);
1949   fMatchedClusterIndex ->Set(matched);
1950   fResidualPhi         ->Set(matched);
1951   fResidualEta         ->Set(matched);
1952 }
1953
1954 //________________________________________________________________________________
1955 Int_t AliEMCALRecoUtils::FindMatchedClusterInEvent(const AliESDtrack *track, 
1956                                                    const AliVEvent *event, 
1957                                                    const AliEMCALGeometry *geom, 
1958                                                    Float_t &dEta, Float_t &dPhi)
1959 {
1960   //
1961   // This function returns the index of matched cluster to input track
1962   // Returns -1 if no match is found
1963   Int_t index = -1;
1964   Double_t phiV = track->Phi()*TMath::RadToDeg();
1965   if (TMath::Abs(track->Eta())>0.9 || phiV <= 10 || phiV >= 250 ) return index;
1966   AliExternalTrackParam *trackParam = 0;
1967   if (!fITSTrackSA)
1968     trackParam = const_cast<AliExternalTrackParam*>(track->GetInnerParam());  // If TPC
1969   else
1970     trackParam = new AliExternalTrackParam(*track);
1971     
1972   if (!trackParam) return index;
1973   AliExternalTrackParam emcalParam(*trackParam);
1974   Float_t eta, phi, pt;
1975
1976   if (!ExtrapolateTrackToEMCalSurface(&emcalParam, fEMCalSurfaceDistance, fMass, fStepSurface, eta, phi, pt))   {
1977     if (fITSTrackSA) delete trackParam;
1978     return index;
1979   }
1980   if (TMath::Abs(eta)>0.75 || (phi) < 70*TMath::DegToRad() || (phi) > 190*TMath::DegToRad()) {
1981     if (fITSTrackSA) delete trackParam;
1982     return index;
1983   }
1984   
1985   TObjArray *clusterArr = new TObjArray(event->GetNumberOfCaloClusters());
1986
1987   for (Int_t icl=0; icl<event->GetNumberOfCaloClusters(); icl++)
1988   {
1989     AliVCluster *cluster = (AliVCluster*) event->GetCaloCluster(icl);
1990     if (geom && !IsGoodCluster(cluster,geom,(AliVCaloCells*)event->GetEMCALCells())) continue;
1991     clusterArr->AddAt(cluster,icl);
1992   }
1993
1994   index = FindMatchedClusterInClusterArr(&emcalParam, &emcalParam, clusterArr, dEta, dPhi);  
1995   clusterArr->Clear();
1996   delete clusterArr;
1997   if (fITSTrackSA) delete trackParam;
1998
1999   return index;
2000 }
2001
2002 //_______________________________________________________________________________________________
2003 Int_t  AliEMCALRecoUtils::FindMatchedClusterInClusterArr(const AliExternalTrackParam *emcalParam, 
2004                                                          AliExternalTrackParam *trkParam, 
2005                                                          const TObjArray * clusterArr, 
2006                                                          Float_t &dEta, Float_t &dPhi)
2007 {
2008   // Find matched cluster in array
2009   
2010   dEta=-999, dPhi=-999;
2011   Float_t dRMax = fCutR, dEtaMax=fCutEta, dPhiMax=fCutPhi;
2012   Int_t index = -1;
2013   Float_t tmpEta=-999, tmpPhi=-999;
2014
2015   Double_t exPos[3] = {0.,0.,0.};
2016   if (!emcalParam->GetXYZ(exPos)) return index;
2017
2018   Float_t clsPos[3] = {0.,0.,0.};
2019   for (Int_t icl=0; icl<clusterArr->GetEntriesFast(); icl++)
2020   {
2021     AliVCluster *cluster = dynamic_cast<AliVCluster*> (clusterArr->At(icl)) ;
2022     if (!cluster || !cluster->IsEMCAL()) continue;
2023     cluster->GetPosition(clsPos);
2024     Double_t dR = TMath::Sqrt(TMath::Power(exPos[0]-clsPos[0],2)+TMath::Power(exPos[1]-clsPos[1],2)+TMath::Power(exPos[2]-clsPos[2],2));
2025     if (dR > fClusterWindow) continue;
2026     
2027     AliExternalTrackParam trkPamTmp (*trkParam);//Retrieve the starting point every time before the extrapolation
2028     if (!ExtrapolateTrackToCluster(&trkPamTmp, cluster, fMass, fStepCluster, tmpEta, tmpPhi)) continue;
2029     if (fCutEtaPhiSum) {
2030       Float_t tmpR=TMath::Sqrt(tmpEta*tmpEta + tmpPhi*tmpPhi);
2031       if (tmpR<dRMax) {
2032         dRMax=tmpR;
2033         dEtaMax=tmpEta;
2034         dPhiMax=tmpPhi;
2035         index=icl;
2036       }
2037     } else if (fCutEtaPhiSeparate) {
2038       if (TMath::Abs(tmpEta)<TMath::Abs(dEtaMax) && TMath::Abs(tmpPhi)<TMath::Abs(dPhiMax)) {
2039         dEtaMax = tmpEta;
2040         dPhiMax = tmpPhi;
2041         index=icl;
2042       }
2043     } else {
2044       printf("Error: please specify your cut criteria\n");
2045       printf("To cut on sqrt(dEta^2+dPhi^2), use: SwitchOnCutEtaPhiSum()\n");
2046       printf("To cut on dEta and dPhi separately, use: SwitchOnCutEtaPhiSeparate()\n");
2047       return index;
2048     }
2049   }
2050
2051   dEta=dEtaMax;
2052   dPhi=dPhiMax;
2053
2054   return index;
2055 }
2056
2057 //------------------------------------------------------------------------------------
2058 Bool_t AliEMCALRecoUtils::ExtrapolateTrackToEMCalSurface(AliVTrack *track,
2059                                                          Double_t emcalR, Double_t mass,
2060                                                          Double_t step, Double_t minpt,
2061                                                          Bool_t useMassForTracking)
2062
2063   // Extrapolate track to EMCAL surface
2064
2065   track->SetTrackPhiEtaPtOnEMCal(-999, -999, -999);
2066
2067   if (track->Pt()<minpt)
2068     return kFALSE;
2069
2070   Double_t phi = track->Phi()*TMath::RadToDeg();
2071   if (TMath::Abs(track->Eta())>0.9 || phi <= 10 || phi >= 250) 
2072     return kFALSE;
2073
2074   AliESDtrack *esdt = dynamic_cast<AliESDtrack*>(track);
2075   AliAODTrack *aodt = 0;
2076   if (!esdt) {
2077     aodt = dynamic_cast<AliAODTrack*>(track);
2078     if (!aodt)
2079       return kFALSE;
2080   }
2081
2082   // Select the mass hypothesis
2083   if ( mass < 0 )
2084   {
2085     Bool_t onlyTPC = kFALSE;
2086     if ( mass == -99 ) onlyTPC=kTRUE;
2087     
2088     if (esdt)
2089     {
2090       if ( useMassForTracking ) mass = esdt->GetMassForTracking();
2091       else                      mass = esdt->GetMass(onlyTPC);
2092     }
2093     else
2094     {
2095       if ( useMassForTracking ) mass = aodt->GetMassForTracking();
2096       else                      mass = aodt->M();
2097     }
2098   }
2099
2100   AliExternalTrackParam *trackParam = 0;
2101   if (esdt) {
2102     const AliExternalTrackParam *in = esdt->GetInnerParam();
2103     if (!in)
2104       return kFALSE;
2105     trackParam = new AliExternalTrackParam(*in);
2106   } else {
2107     Double_t xyz[3] = {0}, pxpypz[3] = {0}, cv[21] = {0};
2108     aodt->PxPyPz(pxpypz);  
2109     aodt->XvYvZv(xyz);
2110     aodt->GetCovarianceXYZPxPyPz(cv);  
2111     trackParam = new AliExternalTrackParam(xyz,pxpypz,cv,aodt->Charge());
2112   }
2113   if (!trackParam)
2114     return kFALSE;
2115
2116   Float_t etaout=-999, phiout=-999, ptout=-999;
2117   Bool_t ret = ExtrapolateTrackToEMCalSurface(trackParam, 
2118                                               emcalR,
2119                                               mass,
2120                                               step,
2121                                               etaout, 
2122                                               phiout,
2123                                               ptout);
2124   delete trackParam;
2125   if (!ret)
2126     return kFALSE;
2127   if (TMath::Abs(etaout)>0.75 || (phiout<70*TMath::DegToRad()) || (phiout>190*TMath::DegToRad()))
2128     return kFALSE;
2129   track->SetTrackPhiEtaPtOnEMCal(phiout, etaout, ptout);
2130   return kTRUE;
2131 }
2132
2133
2134 //------------------------------------------------------------------------------------
2135 Bool_t AliEMCALRecoUtils::ExtrapolateTrackToEMCalSurface(AliExternalTrackParam *trkParam, 
2136                                                          Double_t emcalR,
2137                                                          Double_t mass, 
2138                                                          Double_t step, 
2139                                                          Float_t &eta, 
2140                                                          Float_t &phi,
2141                                                          Float_t &pt)
2142 {
2143   //Extrapolate track to EMCAL surface
2144   
2145   eta = -999, phi = -999, pt = -999;
2146   if (!trkParam) return kFALSE;
2147   if (!AliTrackerBase::PropagateTrackToBxByBz(trkParam, emcalR, mass, step, kTRUE, 0.8, -1)) return kFALSE;
2148   Double_t trkPos[3] = {0.,0.,0.};
2149   if (!trkParam->GetXYZ(trkPos)) return kFALSE;
2150   TVector3 trkPosVec(trkPos[0],trkPos[1],trkPos[2]);
2151   eta = trkPosVec.Eta();
2152   phi = trkPosVec.Phi();
2153   pt = trkParam->Pt();
2154   if (phi<0)
2155     phi += 2*TMath::Pi();
2156
2157   return kTRUE;
2158 }
2159
2160 //-----------------------------------------------------------------------------------
2161 Bool_t AliEMCALRecoUtils::ExtrapolateTrackToPosition(AliExternalTrackParam *trkParam, 
2162                                                      const Float_t *clsPos, 
2163                                                      Double_t mass, 
2164                                                      Double_t step, 
2165                                                      Float_t &tmpEta, 
2166                                                      Float_t &tmpPhi)
2167 {
2168   //
2169   //Return the residual by extrapolating a track param to a global position
2170   //
2171   tmpEta = -999;
2172   tmpPhi = -999;
2173   if (!trkParam) return kFALSE;
2174   Double_t trkPos[3] = {0.,0.,0.};
2175   TVector3 vec(clsPos[0],clsPos[1],clsPos[2]);
2176   Double_t alpha =  ((int)(vec.Phi()*TMath::RadToDeg()/20)+0.5)*20*TMath::DegToRad();
2177   vec.RotateZ(-alpha); //Rotate the cluster to the local extrapolation coordinate system
2178   if (!AliTrackerBase::PropagateTrackToBxByBz(trkParam, vec.X(), mass, step,kTRUE, 0.8, -1)) return kFALSE;
2179   if (!trkParam->GetXYZ(trkPos)) return kFALSE; //Get the extrapolated global position
2180
2181   TVector3 clsPosVec(clsPos[0],clsPos[1],clsPos[2]);
2182   TVector3 trkPosVec(trkPos[0],trkPos[1],trkPos[2]);
2183
2184   // track cluster matching
2185   tmpPhi = clsPosVec.DeltaPhi(trkPosVec);    // tmpPhi is between -pi and pi
2186   tmpEta = clsPosVec.Eta()-trkPosVec.Eta();
2187
2188   return kTRUE;
2189 }
2190
2191 //----------------------------------------------------------------------------------
2192 Bool_t AliEMCALRecoUtils::ExtrapolateTrackToCluster(AliExternalTrackParam *trkParam, 
2193                                                     const AliVCluster *cluster, 
2194                                                     Double_t mass, 
2195                                                     Double_t step, 
2196                                                     Float_t &tmpEta, 
2197                                                     Float_t &tmpPhi)
2198 {
2199   //
2200   //Return the residual by extrapolating a track param to a cluster
2201   //
2202   tmpEta = -999;
2203   tmpPhi = -999;
2204   if (!cluster || !trkParam) 
2205     return kFALSE;
2206
2207   Float_t clsPos[3] = {0.,0.,0.};
2208   cluster->GetPosition(clsPos);
2209
2210   return ExtrapolateTrackToPosition(trkParam, clsPos, mass, step, tmpEta, tmpPhi);
2211 }
2212
2213 //---------------------------------------------------------------------------------
2214 Bool_t AliEMCALRecoUtils::ExtrapolateTrackToCluster(AliExternalTrackParam *trkParam, 
2215                                                     const AliVCluster *cluster, 
2216                                                     Float_t &tmpEta, 
2217                                                     Float_t &tmpPhi)
2218 {
2219   //
2220   //Return the residual by extrapolating a track param to a clusterfStepCluster
2221   //
2222
2223   return ExtrapolateTrackToCluster(trkParam, cluster, fMass, fStepCluster, tmpEta, tmpPhi);
2224 }
2225
2226 //_______________________________________________________________________
2227 void AliEMCALRecoUtils::GetMatchedResiduals(Int_t clsIndex, 
2228                                             Float_t &dEta, Float_t &dPhi)
2229 {
2230   //Given a cluster index as in AliESDEvent::GetCaloCluster(clsIndex)
2231   //Get the residuals dEta and dPhi for this cluster to the closest track
2232   //Works with ESDs and AODs
2233
2234   if (FindMatchedPosForCluster(clsIndex) >= 999) {
2235     AliDebug(2,"No matched tracks found!\n");
2236     dEta=999.;
2237     dPhi=999.;
2238     return;
2239   }
2240   dEta = fResidualEta->At(FindMatchedPosForCluster(clsIndex));
2241   dPhi = fResidualPhi->At(FindMatchedPosForCluster(clsIndex));
2242 }
2243
2244 //______________________________________________________________________________________________
2245 void AliEMCALRecoUtils::GetMatchedClusterResiduals(Int_t trkIndex, Float_t &dEta, Float_t &dPhi)
2246 {
2247   //Given a track index as in AliESDEvent::GetTrack(trkIndex)
2248   //Get the residuals dEta and dPhi for this track to the closest cluster
2249   //Works with ESDs and AODs
2250
2251   if (FindMatchedPosForTrack(trkIndex) >= 999) {
2252     AliDebug(2,"No matched cluster found!\n");
2253     dEta=999.;
2254     dPhi=999.;
2255     return;
2256   }
2257   dEta = fResidualEta->At(FindMatchedPosForTrack(trkIndex));
2258   dPhi = fResidualPhi->At(FindMatchedPosForTrack(trkIndex));
2259 }
2260
2261 //__________________________________________________________
2262 Int_t AliEMCALRecoUtils::GetMatchedTrackIndex(Int_t clsIndex)
2263 {
2264   //Given a cluster index as in AliESDEvent::GetCaloCluster(clsIndex)
2265   //Get the index of matched track to this cluster
2266   //Works with ESDs and AODs
2267   
2268   if (IsClusterMatched(clsIndex))
2269     return fMatchedTrackIndex->At(FindMatchedPosForCluster(clsIndex));
2270   else 
2271     return -1; 
2272 }
2273
2274 //__________________________________________________________
2275 Int_t AliEMCALRecoUtils::GetMatchedClusterIndex(Int_t trkIndex)
2276 {
2277   //Given a track index as in AliESDEvent::GetTrack(trkIndex)
2278   //Get the index of matched cluster to this track
2279   //Works with ESDs and AODs
2280   
2281   if (IsTrackMatched(trkIndex))
2282     return fMatchedClusterIndex->At(FindMatchedPosForTrack(trkIndex));
2283   else 
2284     return -1; 
2285 }
2286
2287 //______________________________________________________________
2288 Bool_t AliEMCALRecoUtils::IsClusterMatched(Int_t clsIndex) const
2289 {
2290   //Given a cluster index as in AliESDEvent::GetCaloCluster(clsIndex)
2291   //Returns if the cluster has a match
2292   if (FindMatchedPosForCluster(clsIndex) < 999) 
2293     return kTRUE;
2294   else
2295     return kFALSE;
2296 }
2297
2298 //____________________________________________________________
2299 Bool_t AliEMCALRecoUtils::IsTrackMatched(Int_t trkIndex) const 
2300 {
2301   //Given a track index as in AliESDEvent::GetTrack(trkIndex)
2302   //Returns if the track has a match
2303   if (FindMatchedPosForTrack(trkIndex) < 999) 
2304     return kTRUE;
2305   else
2306     return kFALSE;
2307 }
2308
2309 //______________________________________________________________________
2310 UInt_t AliEMCALRecoUtils::FindMatchedPosForCluster(Int_t clsIndex) const
2311 {
2312   //Given a cluster index as in AliESDEvent::GetCaloCluster(clsIndex)
2313   //Returns the position of the match in the fMatchedClusterIndex array
2314   Float_t tmpR = fCutR;
2315   UInt_t pos = 999;
2316   
2317   for (Int_t i=0; i<fMatchedClusterIndex->GetSize(); i++) 
2318   {
2319     if (fMatchedClusterIndex->At(i)==clsIndex) {
2320       Float_t r = TMath::Sqrt(fResidualEta->At(i)*fResidualEta->At(i) + fResidualPhi->At(i)*fResidualPhi->At(i));
2321       if (r<tmpR) {
2322         pos=i;
2323         tmpR=r;
2324         AliDebug(3,Form("Matched cluster index: index: %d, dEta: %2.4f, dPhi: %2.4f.\n",
2325                         fMatchedClusterIndex->At(i),fResidualEta->At(i),fResidualPhi->At(i)));
2326       }
2327     }
2328   }
2329   return pos;
2330 }
2331
2332 //____________________________________________________________________
2333 UInt_t AliEMCALRecoUtils::FindMatchedPosForTrack(Int_t trkIndex) const
2334 {
2335   //Given a track index as in AliESDEvent::GetTrack(trkIndex)
2336   //Returns the position of the match in the fMatchedTrackIndex array
2337   Float_t tmpR = fCutR;
2338   UInt_t pos = 999;
2339   
2340   for (Int_t i=0; i<fMatchedTrackIndex->GetSize(); i++) 
2341   {
2342     if (fMatchedTrackIndex->At(i)==trkIndex) {
2343       Float_t r = TMath::Sqrt(fResidualEta->At(i)*fResidualEta->At(i) + fResidualPhi->At(i)*fResidualPhi->At(i));
2344       if (r<tmpR) {
2345         pos=i;
2346         tmpR=r;
2347         AliDebug(3,Form("Matched track index: index: %d, dEta: %2.4f, dPhi: %2.4f.\n",
2348                         fMatchedTrackIndex->At(i),fResidualEta->At(i),fResidualPhi->At(i)));
2349       }
2350     }
2351   }
2352   return pos;
2353 }
2354
2355 //__________________________________________________________________________
2356 Bool_t AliEMCALRecoUtils::IsGoodCluster(AliVCluster *cluster, 
2357                                         const AliEMCALGeometry *geom, 
2358                                         AliVCaloCells* cells, Int_t bc)
2359 {
2360   // check if the cluster survives some quality cut
2361   //
2362   //
2363   Bool_t isGood=kTRUE;
2364
2365   if (!cluster || !cluster->IsEMCAL())              return kFALSE;
2366   if (ClusterContainsBadChannel(geom,cluster->GetCellsAbsId(),cluster->GetNCells())) return kFALSE;
2367   if (!CheckCellFiducialRegion(geom,cluster,cells)) return kFALSE;
2368   if (IsExoticCluster(cluster, cells,bc))           return kFALSE;
2369
2370   return isGood;
2371 }
2372
2373 //__________________________________________________________
2374 Bool_t AliEMCALRecoUtils::IsAccepted(AliESDtrack *esdTrack)
2375 {
2376   // Given a esd track, return whether the track survive all the cuts
2377
2378   // The different quality parameter are first
2379   // retrieved from the track. then it is found out what cuts the
2380   // track did not survive and finally the cuts are imposed.
2381
2382   UInt_t status = esdTrack->GetStatus();
2383
2384   Int_t nClustersITS = esdTrack->GetITSclusters(0);
2385   Int_t nClustersTPC = esdTrack->GetTPCclusters(0);
2386
2387   Float_t chi2PerClusterITS = -1;
2388   Float_t chi2PerClusterTPC = -1;
2389   if (nClustersITS!=0)
2390     chi2PerClusterITS = esdTrack->GetITSchi2()/Float_t(nClustersITS);
2391   if (nClustersTPC!=0) 
2392     chi2PerClusterTPC = esdTrack->GetTPCchi2()/Float_t(nClustersTPC);
2393
2394
2395   //DCA cuts
2396   if (fTrackCutsType==kGlobalCut) {
2397     Float_t maxDCAToVertexXYPtDep = 0.0182 + 0.0350/TMath::Power(esdTrack->Pt(),1.01); //This expression comes from AliESDtrackCuts::GetStandardITSTPCTrackCuts2010()
2398     //AliDebug(3,Form("Track pT = %f, DCAtoVertexXY = %f",esdTrack->Pt(),MaxDCAToVertexXYPtDep));
2399     SetMaxDCAToVertexXY(maxDCAToVertexXYPtDep); //Set pT dependent DCA cut to vertex in x-y plane
2400   }
2401
2402   Float_t b[2];
2403   Float_t bCov[3];
2404   esdTrack->GetImpactParameters(b,bCov);
2405   if (bCov[0]<=0 || bCov[2]<=0) {
2406     AliDebug(1, "Estimated b resolution lower or equal zero!");
2407     bCov[0]=0; bCov[2]=0;
2408   }
2409
2410   Float_t dcaToVertexXY = b[0];
2411   Float_t dcaToVertexZ = b[1];
2412   Float_t dcaToVertex = -1;
2413
2414   if (fCutDCAToVertex2D)
2415     dcaToVertex = TMath::Sqrt(dcaToVertexXY*dcaToVertexXY/fCutMaxDCAToVertexXY/fCutMaxDCAToVertexXY + dcaToVertexZ*dcaToVertexZ/fCutMaxDCAToVertexZ/fCutMaxDCAToVertexZ);
2416   else
2417     dcaToVertex = TMath::Sqrt(dcaToVertexXY*dcaToVertexXY + dcaToVertexZ*dcaToVertexZ);
2418     
2419   // cut the track?
2420   
2421   Bool_t cuts[kNCuts];
2422   for (Int_t i=0; i<kNCuts; i++) cuts[i]=kFALSE;
2423   
2424   // track quality cuts
2425   if (fCutRequireTPCRefit && (status&AliESDtrack::kTPCrefit)==0)
2426     cuts[0]=kTRUE;
2427   if (fCutRequireITSRefit && (status&AliESDtrack::kITSrefit)==0)
2428     cuts[1]=kTRUE;
2429   if (nClustersTPC<fCutMinNClusterTPC)
2430     cuts[2]=kTRUE;
2431   if (nClustersITS<fCutMinNClusterITS) 
2432     cuts[3]=kTRUE;
2433   if (chi2PerClusterTPC>fCutMaxChi2PerClusterTPC) 
2434     cuts[4]=kTRUE; 
2435   if (chi2PerClusterITS>fCutMaxChi2PerClusterITS) 
2436     cuts[5]=kTRUE;  
2437   if (!fCutAcceptKinkDaughters && esdTrack->GetKinkIndex(0)>0)
2438     cuts[6]=kTRUE;
2439   if (fCutDCAToVertex2D && dcaToVertex > 1)
2440     cuts[7] = kTRUE;
2441   if (!fCutDCAToVertex2D && TMath::Abs(dcaToVertexXY) > fCutMaxDCAToVertexXY)
2442     cuts[8] = kTRUE;
2443   if (!fCutDCAToVertex2D && TMath::Abs(dcaToVertexZ) > fCutMaxDCAToVertexZ)
2444     cuts[9] = kTRUE;
2445
2446   if (fTrackCutsType==kGlobalCut) {
2447     //Require at least one SPD point + anything else in ITS
2448     if ( (esdTrack->HasPointOnITSLayer(0) || esdTrack->HasPointOnITSLayer(1)) == kFALSE)
2449       cuts[10] = kTRUE;
2450   }
2451
2452   // ITS
2453   if (fCutRequireITSStandAlone || fCutRequireITSpureSA) {
2454     if ((status & AliESDtrack::kITSin) == 0 || (status & AliESDtrack::kTPCin)) {
2455       // TPC tracks
2456       cuts[11] = kTRUE; 
2457     } else {
2458       // ITS standalone tracks
2459       if (fCutRequireITSStandAlone && !fCutRequireITSpureSA) {
2460         if (status & AliESDtrack::kITSpureSA) cuts[11] = kTRUE;
2461       } else if (fCutRequireITSpureSA) {
2462         if (!(status & AliESDtrack::kITSpureSA)) cuts[11] = kTRUE;
2463       }
2464     }
2465   }
2466   
2467   Bool_t cut=kFALSE;
2468   for (Int_t i=0; i<kNCuts; i++)
2469     if (cuts[i]) { cut = kTRUE ; }
2470
2471     // cut the track
2472   if (cut) 
2473     return kFALSE;
2474   else 
2475     return kTRUE;
2476 }
2477
2478 //_____________________________________
2479 void AliEMCALRecoUtils::InitTrackCuts()
2480 {
2481   //Intilize the track cut criteria
2482   //By default these cuts are set according to AliESDtrackCuts::GetStandardTPCOnlyTrackCuts()
2483   //Also you can customize the cuts using the setters
2484   
2485   switch (fTrackCutsType)
2486   {
2487     case kTPCOnlyCut:
2488     {
2489       AliInfo(Form("Track cuts for matching: GetStandardTPCOnlyTrackCuts()"));
2490       //TPC
2491       SetMinNClustersTPC(70);
2492       SetMaxChi2PerClusterTPC(4);
2493       SetAcceptKinkDaughters(kFALSE);
2494       SetRequireTPCRefit(kFALSE);
2495       
2496       //ITS
2497       SetRequireITSRefit(kFALSE);
2498       SetMaxDCAToVertexZ(3.2);
2499       SetMaxDCAToVertexXY(2.4);
2500       SetDCAToVertex2D(kTRUE);
2501       
2502       break;
2503     }
2504       
2505     case kGlobalCut:
2506     {
2507       AliInfo(Form("Track cuts for matching: GetStandardITSTPCTrackCuts2010(kTURE)"));
2508       //TPC
2509       SetMinNClustersTPC(70);
2510       SetMaxChi2PerClusterTPC(4);
2511       SetAcceptKinkDaughters(kFALSE);
2512       SetRequireTPCRefit(kTRUE);
2513       
2514       //ITS
2515       SetRequireITSRefit(kTRUE);
2516       SetMaxDCAToVertexZ(2);
2517       SetMaxDCAToVertexXY();
2518       SetDCAToVertex2D(kFALSE);
2519       
2520       break;
2521     }
2522       
2523     case kLooseCut:
2524     {
2525       AliInfo(Form("Track cuts for matching: Loose cut w/o DCA cut"));
2526       SetMinNClustersTPC(50);
2527       SetAcceptKinkDaughters(kTRUE);
2528       
2529       break;
2530     }
2531
2532     case kITSStandAlone:
2533     {
2534       AliInfo(Form("Track cuts for matching: ITS Stand Alone tracks cut w/o DCA cut"));
2535       SetRequireITSRefit(kTRUE);
2536       SetRequireITSStandAlone(kTRUE);
2537       SetITSTrackSA(kTRUE);
2538       break;
2539     }
2540     
2541   }
2542 }
2543
2544
2545 //________________________________________________________________________
2546 void AliEMCALRecoUtils::SetClusterMatchedToTrack(const AliVEvent *event)
2547 {
2548   // Checks if tracks are matched to EMC clusters and set the matched EMCAL cluster index to ESD track. 
2549
2550   Int_t nTracks = event->GetNumberOfTracks();
2551   for (Int_t iTrack = 0; iTrack < nTracks; ++iTrack) 
2552   {
2553     AliVTrack* track = dynamic_cast<AliVTrack*>(event->GetTrack(iTrack));
2554     if (!track) 
2555     {
2556       AliWarning(Form("Could not receive track %d", iTrack));
2557       continue;
2558     }
2559     
2560     Int_t matchClusIndex = GetMatchedClusterIndex(iTrack);       
2561     track->SetEMCALcluster(matchClusIndex); //sets -1 if track not matched within residual
2562     /*the following can be done better if AliVTrack::SetStatus will be there. Patch pending with Andreas/Peter*/
2563     AliESDtrack* esdtrack = dynamic_cast<AliESDtrack*>(track);
2564     if (esdtrack) { 
2565       if (matchClusIndex != -1) 
2566         esdtrack->SetStatus(AliESDtrack::kEMCALmatch);
2567       else
2568         esdtrack->ResetStatus(AliESDtrack::kEMCALmatch);
2569     } else {
2570       AliAODTrack* aodtrack = dynamic_cast<AliAODTrack*>(track);
2571       if (matchClusIndex != -1) 
2572         aodtrack->SetStatus(AliESDtrack::kEMCALmatch);
2573       else
2574         aodtrack->ResetStatus(AliESDtrack::kEMCALmatch);
2575     }
2576   }
2577   AliDebug(2,"Track matched to closest cluster");  
2578 }
2579
2580 //_________________________________________________________________________
2581 void AliEMCALRecoUtils::SetTracksMatchedToCluster(const AliVEvent *event)
2582 {
2583   // Checks if EMC clusters are matched to ESD track.
2584   // Adds track indexes of all the tracks matched to a cluster withing residuals in ESDCalocluster.
2585   
2586   for (Int_t iClus=0; iClus < event->GetNumberOfCaloClusters(); ++iClus) 
2587   {
2588     AliVCluster *cluster = event->GetCaloCluster(iClus);
2589     if (!cluster->IsEMCAL()) 
2590       continue;
2591     
2592     Int_t nTracks = event->GetNumberOfTracks();
2593     TArrayI arrayTrackMatched(nTracks);
2594     
2595     // Get the closest track matched to the cluster
2596     Int_t nMatched = 0;
2597     Int_t matchTrackIndex = GetMatchedTrackIndex(iClus);
2598     if (matchTrackIndex != -1) 
2599     {
2600       arrayTrackMatched[nMatched] = matchTrackIndex;
2601       nMatched++;
2602     }
2603     
2604     // Get all other tracks matched to the cluster
2605     for (Int_t iTrk=0; iTrk<nTracks; ++iTrk) 
2606     {
2607       AliVTrack* track = dynamic_cast<AliVTrack*>(event->GetTrack(iTrk));
2608       
2609       if( !track ) continue;
2610       
2611       if ( iTrk == matchTrackIndex ) continue;
2612       
2613       if ( track->GetEMCALcluster() == iClus )
2614       {
2615         arrayTrackMatched[nMatched] = iTrk;
2616         ++nMatched;
2617       }
2618     }
2619     
2620     //printf("Tender::SetTracksMatchedToCluster - cluster E %f, N matches %d, first match %d\n",cluster->E(),nMatched,arrayTrackMatched[0]);
2621     
2622     arrayTrackMatched.Set(nMatched);
2623     AliESDCaloCluster *esdcluster = dynamic_cast<AliESDCaloCluster*>(cluster);
2624     if (esdcluster) 
2625       esdcluster->AddTracksMatched(arrayTrackMatched);
2626     else if (nMatched>0) {
2627       AliAODCaloCluster *aodcluster = dynamic_cast<AliAODCaloCluster*>(cluster);
2628       if (aodcluster)
2629         aodcluster->AddTrackMatched(event->GetTrack(arrayTrackMatched.At(0)));
2630     }
2631     
2632     Float_t eta= -999, phi = -999;
2633     if (matchTrackIndex != -1) 
2634       GetMatchedResiduals(iClus, eta, phi);
2635     cluster->SetTrackDistance(phi, eta);
2636   }
2637   
2638   AliDebug(2,"Cluster matched to tracks");  
2639 }
2640
2641 //___________________________________________________
2642 void AliEMCALRecoUtils::Print(const Option_t *) const 
2643 {
2644   // Print Parameters
2645   
2646   printf("AliEMCALRecoUtils Settings: \n");
2647   printf("Misalignment shifts\n");
2648   for (Int_t i=0; i<5; i++) printf("\t sector %d, traslation (x,y,z)=(%f,%f,%f), rotation (x,y,z)=(%f,%f,%f)\n",i, 
2649                                   fMisalTransShift[i*3],fMisalTransShift[i*3+1],fMisalTransShift[i*3+2],
2650                                   fMisalRotShift[i*3],  fMisalRotShift[i*3+1],  fMisalRotShift[i*3+2]   );
2651   printf("Non linearity function %d, parameters:\n", fNonLinearityFunction);
2652   for (Int_t i=0; i<6; i++) printf("param[%d]=%f\n",i, fNonLinearityParams[i]);
2653   
2654   printf("Position Recalculation option %d, Particle Type %d, fW0 %2.2f, Recalibrate Data %d \n",fPosAlgo,fParticleType,fW0, fRecalibration);
2655
2656   printf("Matching criteria: ");
2657   if (fCutEtaPhiSum) {
2658     printf("sqrt(dEta^2+dPhi^2)<%4.3f\n",fCutR);
2659   } else if (fCutEtaPhiSeparate) {
2660     printf("dEta<%4.3f, dPhi<%4.3f\n",fCutEta,fCutPhi);
2661   } else {
2662     printf("Error\n");
2663     printf("please specify your cut criteria\n");
2664     printf("To cut on sqrt(dEta^2+dPhi^2), use: SwitchOnCutEtaPhiSum()\n");
2665     printf("To cut on dEta and dPhi separately, use: SwitchOnCutEtaPhiSeparate()\n");
2666   }
2667
2668   printf("Mass hypothesis = %2.3f [GeV/c^2], extrapolation step to surface = %2.2f[cm], step to cluster = %2.2f[cm]\n",fMass,fStepSurface, fStepCluster);
2669   printf("Cluster selection window: dR < %2.0f\n",fClusterWindow);
2670
2671   printf("Track cuts: \n");
2672   printf("Minimum track pT: %1.2f\n",fCutMinTrackPt);
2673   printf("AOD track selection: tpc only %d, or hybrid %d, or mask: %d\n",fAODTPCOnlyTracks,fAODHybridTracks, fAODFilterMask);
2674   printf("TPCRefit = %d, ITSRefit = %d\n",fCutRequireTPCRefit,fCutRequireITSRefit);
2675   printf("AcceptKinks = %d\n",fCutAcceptKinkDaughters);
2676   printf("MinNCulsterTPC = %d, MinNClusterITS = %d\n",fCutMinNClusterTPC,fCutMinNClusterITS);
2677   printf("MaxChi2TPC = %2.2f, MaxChi2ITS = %2.2f\n",fCutMaxChi2PerClusterTPC,fCutMaxChi2PerClusterITS);
2678   printf("DCSToVertex2D = %d, MaxDCAToVertexXY = %2.2f, MaxDCAToVertexZ = %2.2f\n",fCutDCAToVertex2D,fCutMaxDCAToVertexXY,fCutMaxDCAToVertexZ);
2679 }