EMCAL/AliEMCALRecoUtils.cxx

   1 /**************************************************************************
   2  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
   3  *                                                                        *
   4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
   5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
   6  *                                                                        *
   7  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
   8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
   9  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
  10  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
  11  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
  12  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
  13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
  14  **************************************************************************/
  15
  16 /* $Id: AliEMCALRecoUtils.cxx 33808 2009-07-15 09:48:08Z gconesab $ */
  17
  18 ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
  19 //
  20 // Class AliEMCALRecoUtils
  21 // Some utilities to recalculate the cluster position or energy linearity
  22 //
  23 //
  24 // Author:  Gustavo Conesa (LPSC- Grenoble)
  25 //          Track matching part: Rongrong Ma (Yale)
  26
  27 ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
  28 // --- standard c ---
  29
  30 // standard C++ includes
  31 //#include <Riostream.h>
  32
  33 // ROOT includes
  34 #include <TGeoManager.h>
  35 #include <TGeoMatrix.h>
  36 #include <TGeoBBox.h>
  37 #include <TH2F.h>
  38 #include <TArrayI.h>
  39 #include <TArrayF.h>
  40 #include <TObjArray.h>
  41
  42 // STEER includes
  43 #include "AliVCluster.h"
  44 #include "AliVCaloCells.h"
  45 #include "AliLog.h"
  46 #include "AliPID.h"
  47 #include "AliESDEvent.h"
  48 #include "AliAODEvent.h"
  49 #include "AliESDtrack.h"
  50 #include "AliAODTrack.h"
  51 #include "AliExternalTrackParam.h"
  52 #include "AliESDfriendTrack.h"
  53 #include "AliTrackerBase.h"
  54
  55 // EMCAL includes
  56 #include "AliEMCALRecoUtils.h"
  57 #include "AliEMCALGeometry.h"
  58 #include "AliTrackerBase.h"
  59 #include "AliEMCALCalibTimeDepCorrection.h" // Run dependent
  60 #include "AliEMCALPIDUtils.h"
  61
  62
  63 ClassImp(AliEMCALRecoUtils)
  64
  65 //_____________________________________
  66 AliEMCALRecoUtils::AliEMCALRecoUtils():
  67   fParticleType(0),                       fPosAlgo(0),                            fW0(0),
  68   fNonLinearityFunction(0),               fNonLinearThreshold(0),
  69   fSmearClusterEnergy(kFALSE),            fRandom(),
  70   fCellsRecalibrated(kFALSE),             fRecalibration(kFALSE),                 fEMCALRecalibrationFactors(),
  71   fTimeRecalibration(kFALSE),             fEMCALTimeRecalibrationFactors(),
  72   fUseRunCorrectionFactors(kFALSE),       fRunCorrectionFactorsSet(kFALSE),
  73   fRemoveBadChannels(kFALSE),             fRecalDistToBadChannels(kFALSE),        fEMCALBadChannelMap(),
  74   fNCellsFromEMCALBorder(0),              fNoEMCALBorderAtEta0(kTRUE),
  75   fRejectExoticCluster(kFALSE),           fRejectExoticCells(kFALSE),
  76   fExoticCellFraction(0),                 fExoticCellDiffTime(0),                 fExoticCellMinAmplitude(0),
  77   fPIDUtils(),                            fAODFilterMask(0),
  78   fMatchedTrackIndex(0x0),                fMatchedClusterIndex(0x0),
  79   fResidualEta(0x0), fResidualPhi(0x0),   fCutEtaPhiSum(kFALSE),                  fCutEtaPhiSeparate(kFALSE),
  80   fCutR(0),                               fCutEta(0),                             fCutPhi(0),
  81   fClusterWindow(0),                      fMass(0),
  82   fStepSurface(0),                        fStepCluster(0),
  83   fTrackCutsType(0),                      fCutMinTrackPt(0),                      fCutMinNClusterTPC(0),
  84   fCutMinNClusterITS(0),                  fCutMaxChi2PerClusterTPC(0),            fCutMaxChi2PerClusterITS(0),
  85   fCutRequireTPCRefit(kFALSE),            fCutRequireITSRefit(kFALSE),            fCutAcceptKinkDaughters(kFALSE),
  86   fCutMaxDCAToVertexXY(0),                fCutMaxDCAToVertexZ(0),                 fCutDCAToVertex2D(kFALSE)
  87 {
  88 //
  89   // Constructor.
  90   // Initialize all constant values which have to be used
  91   // during Reco algorithm execution
  92   //
  93
  94   // Init parameters
  95   InitParameters();
  96
  97   //Track matching
  98   fMatchedTrackIndex     = new TArrayI();
  99   fMatchedClusterIndex   = new TArrayI();
 100   fResidualPhi           = new TArrayF();
 101   fResidualEta           = new TArrayF();
 102   fPIDUtils              = new AliEMCALPIDUtils();
 103
 104   InitTrackCuts();
 105 }
 106
 107 //______________________________________________________________________
 108 AliEMCALRecoUtils::AliEMCALRecoUtils(const AliEMCALRecoUtils & reco)
 109 : TNamed(reco),
 110   fParticleType(reco.fParticleType),                         fPosAlgo(reco.fPosAlgo),     fW0(reco.fW0),
 111   fNonLinearityFunction(reco.fNonLinearityFunction),         fNonLinearThreshold(reco.fNonLinearThreshold),
 112   fSmearClusterEnergy(reco.fSmearClusterEnergy),             fRandom(),
 113   fCellsRecalibrated(reco.fCellsRecalibrated),
 114   fRecalibration(reco.fRecalibration),                       fEMCALRecalibrationFactors(reco.fEMCALRecalibrationFactors),
 115   fTimeRecalibration(reco.fTimeRecalibration),               fEMCALTimeRecalibrationFactors(reco.fEMCALTimeRecalibrationFactors),
 116   fUseRunCorrectionFactors(reco.fUseRunCorrectionFactors),   fRunCorrectionFactorsSet(reco.fRunCorrectionFactorsSet),
 117   fRemoveBadChannels(reco.fRemoveBadChannels),               fRecalDistToBadChannels(reco.fRecalDistToBadChannels),
 118   fEMCALBadChannelMap(reco.fEMCALBadChannelMap),
 119   fNCellsFromEMCALBorder(reco.fNCellsFromEMCALBorder),       fNoEMCALBorderAtEta0(reco.fNoEMCALBorderAtEta0),
 120   fRejectExoticCluster(reco.fRejectExoticCluster),           fRejectExoticCells(reco.fRejectExoticCells),
 121   fExoticCellFraction(reco.fExoticCellFraction),             fExoticCellDiffTime(reco.fExoticCellDiffTime),
 122   fExoticCellMinAmplitude(reco.fExoticCellMinAmplitude),
 123   fPIDUtils(reco.fPIDUtils),                                 fAODFilterMask(reco.fAODFilterMask),
 124   fMatchedTrackIndex(  reco.fMatchedTrackIndex?  new TArrayI(*reco.fMatchedTrackIndex):0x0),
 125   fMatchedClusterIndex(reco.fMatchedClusterIndex?new TArrayI(*reco.fMatchedClusterIndex):0x0),
 126   fResidualEta(        reco.fResidualEta?        new TArrayF(*reco.fResidualEta):0x0),
 127   fResidualPhi(        reco.fResidualPhi?        new TArrayF(*reco.fResidualPhi):0x0),
 128   fCutEtaPhiSum(reco.fCutEtaPhiSum),                         fCutEtaPhiSeparate(reco.fCutEtaPhiSeparate),
 129   fCutR(reco.fCutR),        fCutEta(reco.fCutEta),           fCutPhi(reco.fCutPhi),
 130   fClusterWindow(reco.fClusterWindow),
 131   fMass(reco.fMass),        fStepSurface(reco.fStepSurface), fStepCluster(reco.fStepCluster),
 132   fTrackCutsType(reco.fTrackCutsType),                       fCutMinTrackPt(reco.fCutMinTrackPt),
 133   fCutMinNClusterTPC(reco.fCutMinNClusterTPC),               fCutMinNClusterITS(reco.fCutMinNClusterITS),
 134   fCutMaxChi2PerClusterTPC(reco.fCutMaxChi2PerClusterTPC),   fCutMaxChi2PerClusterITS(reco.fCutMaxChi2PerClusterITS),
 135   fCutRequireTPCRefit(reco.fCutRequireTPCRefit),             fCutRequireITSRefit(reco.fCutRequireITSRefit),
 136   fCutAcceptKinkDaughters(reco.fCutAcceptKinkDaughters),     fCutMaxDCAToVertexXY(reco.fCutMaxDCAToVertexXY),
 137   fCutMaxDCAToVertexZ(reco.fCutMaxDCAToVertexZ),             fCutDCAToVertex2D(reco.fCutDCAToVertex2D)
 138 {
 139   //Copy ctor
 140
 141   for(Int_t i = 0; i < 15 ; i++) { fMisalRotShift[i]      = reco.fMisalRotShift[i]      ;
 142                                    fMisalTransShift[i]    = reco.fMisalTransShift[i]    ; }
 143   for(Int_t i = 0; i < 7  ; i++) { fNonLinearityParams[i] = reco.fNonLinearityParams[i] ; }
 144   for(Int_t i = 0; i < 3  ; i++) { fSmearClusterParam[i]  = reco.fSmearClusterParam[i]  ; }
 145
 146 }
 147
 148
 149 //______________________________________________________________________
 150 AliEMCALRecoUtils & AliEMCALRecoUtils::operator = (const AliEMCALRecoUtils & reco)
 151 {
 152   //Assignment operator
 153
 154   if(this == &reco)return *this;
 155   ((TNamed *)this)->operator=(reco);
 156
 157   for(Int_t i = 0; i < 15 ; i++) { fMisalTransShift[i]    = reco.fMisalTransShift[i]    ;
 158                                    fMisalRotShift[i]      = reco.fMisalRotShift[i]      ; }
 159   for(Int_t i = 0; i < 7  ; i++) { fNonLinearityParams[i] = reco.fNonLinearityParams[i] ; }
 160   for(Int_t i = 0; i < 3  ; i++) { fSmearClusterParam[i]  = reco.fSmearClusterParam[i]  ; }
 161
 162   fParticleType              = reco.fParticleType;
 163   fPosAlgo                   = reco.fPosAlgo;
 164   fW0                        = reco.fW0;
 165
 166   fNonLinearityFunction      = reco.fNonLinearityFunction;
 167   fNonLinearThreshold        = reco.fNonLinearThreshold;
 168   fSmearClusterEnergy        = reco.fSmearClusterEnergy;
 169
 170   fCellsRecalibrated         = reco.fCellsRecalibrated;
 171   fRecalibration             = reco.fRecalibration;
 172   fEMCALRecalibrationFactors = reco.fEMCALRecalibrationFactors;
 173
 174   fTimeRecalibration             = reco.fTimeRecalibration;
 175   fEMCALTimeRecalibrationFactors = reco.fEMCALTimeRecalibrationFactors;
 176
 177   fUseRunCorrectionFactors   = reco.fUseRunCorrectionFactors;
 178   fRunCorrectionFactorsSet   = reco.fRunCorrectionFactorsSet;
 179
 180   fRemoveBadChannels         = reco.fRemoveBadChannels;
 181   fRecalDistToBadChannels    = reco.fRecalDistToBadChannels;
 182   fEMCALBadChannelMap        = reco.fEMCALBadChannelMap;
 183
 184   fNCellsFromEMCALBorder     = reco.fNCellsFromEMCALBorder;
 185   fNoEMCALBorderAtEta0       = reco.fNoEMCALBorderAtEta0;
 186
 187   fRejectExoticCluster       = reco.fRejectExoticCluster;
 188   fRejectExoticCells         = reco.fRejectExoticCells;
 189   fExoticCellFraction        = reco.fExoticCellFraction;
 190   fExoticCellDiffTime        = reco.fExoticCellDiffTime;
 191   fExoticCellMinAmplitude    = reco.fExoticCellMinAmplitude;
 192
 193   fPIDUtils                  = reco.fPIDUtils;
 194
 195   fAODFilterMask             = reco.fAODFilterMask;
 196
 197   fCutEtaPhiSum              = reco.fCutEtaPhiSum;
 198   fCutEtaPhiSeparate         = reco.fCutEtaPhiSeparate;
 199   fCutR                      = reco.fCutR;
 200   fCutEta                    = reco.fCutEta;
 201   fCutPhi                    = reco.fCutPhi;
 202   fClusterWindow             = reco.fClusterWindow;
 203   fMass                      = reco.fMass;
 204   fStepSurface               = reco.fStepSurface;
 205   fStepCluster               = reco.fStepCluster;
 206
 207   fTrackCutsType             = reco.fTrackCutsType;
 208   fCutMinTrackPt             = reco.fCutMinTrackPt;
 209   fCutMinNClusterTPC         = reco.fCutMinNClusterTPC;
 210   fCutMinNClusterITS         = reco.fCutMinNClusterITS;
 211   fCutMaxChi2PerClusterTPC   = reco.fCutMaxChi2PerClusterTPC;
 212   fCutMaxChi2PerClusterITS   = reco.fCutMaxChi2PerClusterITS;
 213   fCutRequireTPCRefit        = reco.fCutRequireTPCRefit;
 214   fCutRequireITSRefit        = reco.fCutRequireITSRefit;
 215   fCutAcceptKinkDaughters    = reco.fCutAcceptKinkDaughters;
 216   fCutMaxDCAToVertexXY       = reco.fCutMaxDCAToVertexXY;
 217   fCutMaxDCAToVertexZ        = reco.fCutMaxDCAToVertexZ;
 218   fCutDCAToVertex2D          = reco.fCutDCAToVertex2D;
 219
 220   if(reco.fResidualEta){
 221     // assign or copy construct
 222     if(fResidualEta){
 223       *fResidualEta = *reco.fResidualEta;
 224     }
 225     else fResidualEta = new TArrayF(*reco.fResidualEta);
 226   }
 227   else{
 228     if(fResidualEta)delete fResidualEta;
 229     fResidualEta = 0;
 230   }
 231
 232   if(reco.fResidualPhi){
 233     // assign or copy construct
 234     if(fResidualPhi){
 235       *fResidualPhi = *reco.fResidualPhi;
 236     }
 237     else fResidualPhi = new TArrayF(*reco.fResidualPhi);
 238   }
 239   else{
 240     if(fResidualPhi)delete fResidualPhi;
 241     fResidualPhi = 0;
 242   }
 243
 244   if(reco.fMatchedTrackIndex){
 245     // assign or copy construct
 246     if(fMatchedTrackIndex){
 247       *fMatchedTrackIndex = *reco.fMatchedTrackIndex;
 248     }
 249     else fMatchedTrackIndex = new TArrayI(*reco.fMatchedTrackIndex);
 250   }
 251   else{
 252     if(fMatchedTrackIndex)delete fMatchedTrackIndex;
 253     fMatchedTrackIndex = 0;
 254   }
 255
 256   if(reco.fMatchedClusterIndex){
 257     // assign or copy construct
 258     if(fMatchedClusterIndex){
 259       *fMatchedClusterIndex = *reco.fMatchedClusterIndex;
 260     }
 261     else fMatchedClusterIndex = new TArrayI(*reco.fMatchedClusterIndex);
 262   }
 263   else{
 264     if(fMatchedClusterIndex)delete fMatchedClusterIndex;
 265     fMatchedClusterIndex = 0;
 266   }
 267
 268   return *this;
 269 }
 270
 271
 272 //_____________________________________
 273 AliEMCALRecoUtils::~AliEMCALRecoUtils()
 274 {
 275   //Destructor.
 276
 277   if(fEMCALRecalibrationFactors) {
 278     fEMCALRecalibrationFactors->Clear();
 279     delete fEMCALRecalibrationFactors;
 280   }
 281
 282   if(fEMCALTimeRecalibrationFactors) {
 283     fEMCALTimeRecalibrationFactors->Clear();
 284     delete fEMCALTimeRecalibrationFactors;
 285   }
 286
 287   if(fEMCALBadChannelMap) {
 288     fEMCALBadChannelMap->Clear();
 289     delete fEMCALBadChannelMap;
 290   }
 291
 292   delete fMatchedTrackIndex   ;
 293   delete fMatchedClusterIndex ;
 294   delete fResidualEta         ;
 295   delete fResidualPhi         ;
 296   delete fPIDUtils            ;
 297
 298   InitTrackCuts();
 299 }
 300
 301 //_______________________________________________________________________________
 302 Bool_t AliEMCALRecoUtils::AcceptCalibrateCell(const Int_t absID, const Int_t bc,
 303                                               Float_t  & amp,    Double_t & time,
 304                                               AliVCaloCells* cells)
 305 {
 306   // Reject cell if criteria not passed and calibrate it
 307
 308   AliEMCALGeometry* geom = AliEMCALGeometry::GetInstance();
 309
 310   if(absID < 0 || absID >= 24*48*geom->GetNumberOfSuperModules()) return kFALSE;
 311
 312   Int_t imod = -1, iphi =-1, ieta=-1,iTower = -1, iIphi = -1, iIeta = -1;
 313
 314   if(!geom->GetCellIndex(absID,imod,iTower,iIphi,iIeta))
 315   {
 316     // cell absID does not exist
 317     amp=0; time = 1.e9;
 318     return kFALSE;
 319   }
 320
 321   geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(imod,iTower,iIphi, iIeta,iphi,ieta);
 322
 323   // Do not include bad channels found in analysis,
 324   if( IsBadChannelsRemovalSwitchedOn() && GetEMCALChannelStatus(imod, ieta, iphi))
 325   {
 326     return kFALSE;
 327   }
 328
 329   //Recalibrate energy
 330   amp  = cells->GetCellAmplitude(absID);
 331   if(!fCellsRecalibrated && IsRecalibrationOn())
 332     amp *= GetEMCALChannelRecalibrationFactor(imod,ieta,iphi);
 333
 334
 335   // Recalibrate time
 336   time = cells->GetCellTime(absID);
 337
 338   RecalibrateCellTime(absID,bc,time);
 339
 340   return kTRUE;
 341 }
 342
 343 //_____________________________________________________________________________
 344 Bool_t AliEMCALRecoUtils::CheckCellFiducialRegion(const AliEMCALGeometry* geom,
 345                                                   const AliVCluster* cluster,
 346                                                   AliVCaloCells* cells)
 347 {
 348         // Given the list of AbsId of the cluster, get the maximum cell and
 349         // check if there are fNCellsFromBorder from the calorimeter border
 350
 351   if(!cluster){
 352     AliInfo("Cluster pointer null!");
 353     return kFALSE;
 354   }
 355
 356   //If the distance to the border is 0 or negative just exit accept all clusters
 357         if(cells->GetType()==AliVCaloCells::kEMCALCell && fNCellsFromEMCALBorder <= 0 ) return kTRUE;
 358
 359   Int_t absIdMax        = -1, iSM =-1, ieta = -1, iphi = -1;
 360   Bool_t shared = kFALSE;
 361   GetMaxEnergyCell(geom, cells, cluster, absIdMax,  iSM, ieta, iphi, shared);
 362
 363   AliDebug(2,Form("Cluster Max AbsId %d, Cell Energy %2.2f, Cluster Energy %2.2f, Ncells from border %d, EMCAL eta=0 %d\n",
 364            absIdMax, cells->GetCellAmplitude(absIdMax), cluster->E(), fNCellsFromEMCALBorder, fNoEMCALBorderAtEta0));
 365
 366         if(absIdMax==-1) return kFALSE;
 367
 368         //Check if the cell is close to the borders:
 369         Bool_t okrow = kFALSE;
 370         Bool_t okcol = kFALSE;
 371
 372   if(iSM < 0 || iphi < 0 || ieta < 0 ) {
 373     AliFatal(Form("Negative value for super module: %d, or cell ieta: %d, or cell iphi: %d, check EMCAL geometry name\n",
 374                   iSM,ieta,iphi));
 375   }
 376
 377   //Check rows/phi
 378   if(iSM < 10){
 379     if(iphi >= fNCellsFromEMCALBorder && iphi < 24-fNCellsFromEMCALBorder) okrow =kTRUE;
 380   }
 381   else if (iSM >=10 && ( ( geom->GetEMCGeometry()->GetGeoName()).Contains("12SMV1"))) {
 382       if(iphi >= fNCellsFromEMCALBorder && iphi < 8-fNCellsFromEMCALBorder) okrow =kTRUE; //1/3 sm case
 383    }
 384    else {
 385       if(iphi >= fNCellsFromEMCALBorder && iphi < 12-fNCellsFromEMCALBorder) okrow =kTRUE; // half SM case
 386    }
 387
 388   //Check columns/eta
 389   if(!fNoEMCALBorderAtEta0){
 390     if(ieta  > fNCellsFromEMCALBorder && ieta < 48-fNCellsFromEMCALBorder) okcol =kTRUE;
 391   }
 392   else{
 393     if(iSM%2==0){
 394       if(ieta >= fNCellsFromEMCALBorder)     okcol = kTRUE;
 395     }
 396     else {
 397       if(ieta <  48-fNCellsFromEMCALBorder)  okcol = kTRUE;
 398     }
 399   }//eta 0 not checked
 400
 401   AliDebug(2,Form("EMCAL Cluster in %d cells fiducial volume: ieta %d, iphi %d, SM %d:  column? %d, row? %d\nq",
 402            fNCellsFromEMCALBorder, ieta, iphi, iSM, okcol, okrow));
 403
 404         if (okcol && okrow) {
 405     //printf("Accept\n");
 406     return kTRUE;
 407   }
 408         else  {
 409     //printf("Reject\n");
 410     AliDebug(2,Form("Reject cluster in border, max cell : ieta %d, iphi %d, SM %d\n",ieta, iphi, iSM));
 411     return kFALSE;
 412   }
 413
 414 }
 415
 416
 417 //_______________________________________________________________________________
 418 Bool_t AliEMCALRecoUtils::ClusterContainsBadChannel(const AliEMCALGeometry* geom,
 419                                                     const UShort_t* cellList,
 420                                                     const Int_t nCells)
 421 {
 422   // Check that in the cluster cells, there is no bad channel of those stored
 423   // in fEMCALBadChannelMap or fPHOSBadChannelMap
 424
 425   if(!fRemoveBadChannels)  return kFALSE;
 426   if(!fEMCALBadChannelMap) return kFALSE;
 427
 428   Int_t icol = -1;
 429   Int_t irow = -1;
 430   Int_t imod = -1;
 431   for(Int_t iCell = 0; iCell<nCells; iCell++){
 432
 433     //Get the column and row
 434     Int_t iTower = -1, iIphi = -1, iIeta = -1;
 435     geom->GetCellIndex(cellList[iCell],imod,iTower,iIphi,iIeta);
 436     if(fEMCALBadChannelMap->GetEntries() <= imod) continue;
 437     geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(imod,iTower,iIphi, iIeta,irow,icol);
 438     if(GetEMCALChannelStatus(imod, icol, irow)){
 439       AliDebug(2,Form("Cluster with bad channel: SM %d, col %d, row %d\n",imod, icol, irow));
 440       return kTRUE;
 441     }
 442
 443   }// cell cluster loop
 444
 445   return kFALSE;
 446 }
 447
 448 //_____________________________________________________________________________________________
 449 Bool_t AliEMCALRecoUtils::IsExoticCell(const Int_t absID, AliVCaloCells* cells, const Int_t bc)
 450 {
 451   // Look to cell neighbourhood and reject if it seems exotic
 452   // Do before recalibrating the cells
 453
 454   if(!fRejectExoticCells) return kFALSE;
 455
 456   AliEMCALGeometry * geom = AliEMCALGeometry::GetInstance();
 457
 458   Int_t imod = -1, iphi =-1, ieta=-1,iTower = -1, iIphi = -1, iIeta = -1;
 459   geom->GetCellIndex(absID,imod,iTower,iIphi,iIeta);
 460   geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(imod,iTower,iIphi, iIeta,iphi,ieta);
 461
 462   //Get close cells index, energy and time, not in corners
 463   Int_t absID1 = geom-> GetAbsCellIdFromCellIndexes(imod, iphi+1, ieta);
 464   Int_t absID2 = geom-> GetAbsCellIdFromCellIndexes(imod, iphi-1, ieta);
 465   Int_t absID3 = geom-> GetAbsCellIdFromCellIndexes(imod, iphi, ieta+1);
 466   Int_t absID4 = geom-> GetAbsCellIdFromCellIndexes(imod, iphi, ieta-1);
 467
 468   Float_t  ecell  = 0, ecell1  = 0, ecell2  = 0, ecell3  = 0, ecell4  = 0;
 469   Double_t tcell  = 0, tcell1  = 0, tcell2  = 0, tcell3  = 0, tcell4  = 0;
 470   Bool_t   accept = 0, accept1 = 0, accept2 = 0, accept3 = 0, accept4 = 0;
 471
 472   accept  = AcceptCalibrateCell(absID, bc, ecell ,tcell ,cells);
 473
 474   if(!accept) return kTRUE; // reject this cell
 475
 476   if(ecell < fExoticCellMinAmplitude) return kFALSE; // do not reject low energy cells
 477
 478   accept1 = AcceptCalibrateCell(absID1,bc, ecell1,tcell1,cells);
 479   accept2 = AcceptCalibrateCell(absID2,bc, ecell2,tcell2,cells);
 480   accept3 = AcceptCalibrateCell(absID3,bc, ecell3,tcell3,cells);
 481   accept4 = AcceptCalibrateCell(absID4,bc, ecell4,tcell4,cells);
 482
 483   /*
 484     printf("Cell absID %d \n",absID);
 485     printf("\t  accept1 %d, accept2 %d, accept3 %d, accept4 %d\n",
 486            accept1,accept2,accept3,accept4);
 487     printf("\t id %d: id1 %d, id2 %d, id3 %d, id4 %d\n",
 488            absID,absID1,absID2,absID3,absID4);
 489     printf("\t e %f: e1 %f, e2 %f, e3 %f, e4 %f\n",
 490            ecell,ecell1,ecell2,ecell3,ecell4);
 491     printf("\t t %f: t1 %f, t2 %f, t3 %f, t4 %f;\n dt1 %f, dt2 %f, dt3 %f, dt4 %f\n",
 492            tcell*1.e9,tcell1*1.e9,tcell2*1.e9,tcell3*1.e9,tcell4*1.e9,
 493            TMath::Abs(tcell-tcell1)*1.e9, TMath::Abs(tcell-tcell2)*1.e9, TMath::Abs(tcell-tcell3)*1.e9, TMath::Abs(tcell-tcell4)*1.e9);
 494   */
 495
 496   if(TMath::Abs(tcell-tcell1)*1.e9 > fExoticCellDiffTime) ecell1 = 0 ;
 497   if(TMath::Abs(tcell-tcell2)*1.e9 > fExoticCellDiffTime) ecell2 = 0 ;
 498   if(TMath::Abs(tcell-tcell3)*1.e9 > fExoticCellDiffTime) ecell3 = 0 ;
 499   if(TMath::Abs(tcell-tcell4)*1.e9 > fExoticCellDiffTime) ecell4 = 0 ;
 500
 501   Float_t eCross = ecell1+ecell2+ecell3+ecell4;
 502
 503   //printf("\t eCell %f, eCross %f, 1-eCross/eCell %f\n",ecell,eCross,1-eCross/ecell);
 504
 505   if(1-eCross/ecell > fExoticCellFraction) {
 506     AliDebug(2,Form("AliEMCALRecoUtils::IsExoticCell() - EXOTIC CELL id %d, eCell %f, eCross %f, 1-eCross/eCell %f\n",
 507                     absID,ecell,eCross,1-eCross/ecell));
 508     return kTRUE;
 509   }
 510
 511   return kFALSE;
 512 }
 513
 514 //___________________________________________________________________
 515 Bool_t AliEMCALRecoUtils::IsExoticCluster(const AliVCluster *cluster,
 516                                           AliVCaloCells *cells,
 517                                           const Int_t bc)
 518 {
 519   // Check if the cluster highest energy tower is exotic
 520
 521   if(!cluster){
 522     AliInfo("Cluster pointer null!");
 523     return kFALSE;
 524   }
 525
 526   if(!fRejectExoticCluster) return kFALSE;
 527
 528   // Get highest energy tower
 529   AliEMCALGeometry* geom = AliEMCALGeometry::GetInstance();
 530   Int_t iSupMod = -1, absId = -1, ieta = -1, iphi = -1;
 531   Bool_t shared = kFALSE;
 532   GetMaxEnergyCell(geom, cells, cluster, absId, iSupMod, ieta, iphi, shared);
 533
 534   return IsExoticCell(absId,cells,bc);
 535 }
 536
 537 //_______________________________________________________________________
 538 Float_t AliEMCALRecoUtils::SmearClusterEnergy(const AliVCluster* cluster)
 539 {
 540   //In case of MC analysis, smear energy to match resolution/calibration in real data
 541
 542   if(!cluster){
 543     AliInfo("Cluster pointer null!");
 544     return 0;
 545   }
 546
 547   Float_t energy    = cluster->E() ;
 548   Float_t rdmEnergy = energy ;
 549   if(fSmearClusterEnergy){
 550     rdmEnergy = fRandom.Gaus(energy,fSmearClusterParam[0] * TMath::Sqrt(energy) +
 551                                     fSmearClusterParam[1] * energy +
 552                                     fSmearClusterParam[2] );
 553     AliDebug(2, Form("Energy: original %f, smeared %f\n", energy, rdmEnergy));
 554   }
 555
 556   return rdmEnergy;
 557 }
 558
 559 //____________________________________________________________________________
 560 Float_t AliEMCALRecoUtils::CorrectClusterEnergyLinearity(AliVCluster* cluster)
 561 {
 562   // Correct cluster energy from non linearity functions
 563
 564   if(!cluster){
 565     AliInfo("Cluster pointer null!");
 566     return 0;
 567   }
 568
 569   Float_t energy = cluster->E();
 570
 571   switch (fNonLinearityFunction) {
 572
 573     case kPi0MC:
 574     {
 575       //Non-Linearity correction (from MC with function ([0]*exp(-[1]/E))+(([2]/([3]*2.*TMath::Pi())*exp(-(E-[4])^2/(2.*[3]^2)))))
 576       //Double_t fNonLinearityParams[0] = 1.014;
 577       //Double_t fNonLinearityParams[1] = -0.03329;
 578       //Double_t fNonLinearityParams[2] = -0.3853;
 579       //Double_t fNonLinearityParams[3] = 0.5423;
 580       //Double_t fNonLinearityParams[4] = -0.4335;
 581        energy *= (fNonLinearityParams[0]*exp(-fNonLinearityParams[1]/energy))+
 582                   ((fNonLinearityParams[2]/(fNonLinearityParams[3]*2.*TMath::Pi())*
 583                     exp(-(energy-fNonLinearityParams[4])*(energy-fNonLinearityParams[4])/(2.*fNonLinearityParams[3]*fNonLinearityParams[3]))));
 584       break;
 585     }
 586
 587     case kPi0GammaGamma:
 588     {
 589       //Non-Linearity correction (from Olga Data with function p0+p1*exp(-p2*E))
 590       //Double_t fNonLinearityParams[0] = 1.04;
 591       //Double_t fNonLinearityParams[1] = -0.1445;
 592       //Double_t fNonLinearityParams[2] = 1.046;
 593       energy /= (fNonLinearityParams[0]+fNonLinearityParams[1]*exp(-fNonLinearityParams[2]*energy)); //Olga function
 594       break;
 595     }
 596
 597     case kPi0GammaConversion:
 598     {
 599       //Non-Linearity correction (Nicolas from Dimitri Data with function C*[1-a*exp(-b*E)])
 600       //fNonLinearityParams[0] = 0.139393/0.1349766;
 601       //fNonLinearityParams[1] = 0.0566186;
 602       //fNonLinearityParams[2] = 0.982133;
 603       energy /= fNonLinearityParams[0]*(1-fNonLinearityParams[1]*exp(-fNonLinearityParams[2]*energy));
 604
 605       break;
 606     }
 607
 608     case kBeamTest:
 609     {
 610       //From beam test, Alexei's results, for different ZS thresholds
 611       //                        th=30 MeV; th = 45 MeV; th = 75 MeV
 612       //fNonLinearityParams[0] = 1.007;      1.003;      1.002
 613       //fNonLinearityParams[1] = 0.894;      0.719;      0.797
 614       //fNonLinearityParams[2] = 0.246;      0.334;      0.358
 615       //Rescale the param[0] with 1.03
 616       energy /= fNonLinearityParams[0]/(1+fNonLinearityParams[1]*exp(-energy/fNonLinearityParams[2]));
 617
 618       break;
 619     }
 620
 621     case kBeamTestCorrected:
 622     {
 623       //From beam test, corrected for material between beam and EMCAL
 624       //fNonLinearityParams[0] =  0.99078
 625       //fNonLinearityParams[1] =  0.161499;
 626       //fNonLinearityParams[2] =  0.655166;
 627       //fNonLinearityParams[3] =  0.134101;
 628       //fNonLinearityParams[4] =  163.282;
 629       //fNonLinearityParams[5] =  23.6904;
 630       //fNonLinearityParams[6] =  0.978;
 631         energy *= fNonLinearityParams[6]/(fNonLinearityParams[0]*(1./(1.+fNonLinearityParams[1]*exp(-energy/fNonLinearityParams[2]))*1./(1.+fNonLinearityParams[3]*exp((energy-fNonLinearityParams[4])/fNonLinearityParams[5]))));
 632
 633       break;
 634     }
 635
 636     case kNoCorrection:
 637       AliDebug(2,"No correction on the energy\n");
 638       break;
 639
 640   }
 641
 642   return energy;
 643 }
 644
 645 //__________________________________________________
 646 void AliEMCALRecoUtils::InitNonLinearityParam()
 647 {
 648   //Initialising Non Linearity Parameters
 649
 650   if(fNonLinearityFunction == kPi0MC) {
 651     fNonLinearityParams[0] = 1.014;
 652     fNonLinearityParams[1] = -0.03329;
 653     fNonLinearityParams[2] = -0.3853;
 654     fNonLinearityParams[3] = 0.5423;
 655     fNonLinearityParams[4] = -0.4335;
 656   }
 657
 658   if(fNonLinearityFunction == kPi0GammaGamma) {
 659     fNonLinearityParams[0] = 1.04;
 660     fNonLinearityParams[1] = -0.1445;
 661     fNonLinearityParams[2] = 1.046;
 662   }
 663
 664   if(fNonLinearityFunction == kPi0GammaConversion) {
 665     fNonLinearityParams[0] = 0.139393;
 666     fNonLinearityParams[1] = 0.0566186;
 667     fNonLinearityParams[2] = 0.982133;
 668   }
 669
 670   if(fNonLinearityFunction == kBeamTest) {
 671     if(fNonLinearThreshold == 30) {
 672       fNonLinearityParams[0] = 1.007;
 673       fNonLinearityParams[1] = 0.894;
 674       fNonLinearityParams[2] = 0.246;
 675     }
 676     if(fNonLinearThreshold == 45) {
 677       fNonLinearityParams[0] = 1.003;
 678       fNonLinearityParams[1] = 0.719;
 679       fNonLinearityParams[2] = 0.334;
 680     }
 681     if(fNonLinearThreshold == 75) {
 682       fNonLinearityParams[0] = 1.002;
 683       fNonLinearityParams[1] = 0.797;
 684       fNonLinearityParams[2] = 0.358;
 685     }
 686   }
 687
 688   if(fNonLinearityFunction == kBeamTestCorrected) {
 689     fNonLinearityParams[0] =  0.99078;
 690     fNonLinearityParams[1] =  0.161499;
 691     fNonLinearityParams[2] =  0.655166;
 692     fNonLinearityParams[3] =  0.134101;
 693     fNonLinearityParams[4] =  163.282;
 694     fNonLinearityParams[5] =  23.6904;
 695     fNonLinearityParams[6] =  0.978;
 696   }
 697 }
 698
 699 //_________________________________________________________
 700 Float_t  AliEMCALRecoUtils::GetDepth(const Float_t energy,
 701                                      const Int_t iParticle,
 702                                      const Int_t iSM) const
 703 {
 704   //Calculate shower depth for a given cluster energy and particle type
 705
 706   // parameters
 707   Float_t x0    = 1.31;
 708   Float_t ecr   = 8;
 709   Float_t depth = 0;
 710
 711   switch ( iParticle )
 712   {
 713     case kPhoton:
 714       depth = x0 * (TMath::Log(energy*1000/ ecr) + 0.5); //Multiply energy by 1000 to transform to MeV
 715       break;
 716
 717     case kElectron:
 718       depth = x0 * (TMath::Log(energy*1000/ ecr) - 0.5); //Multiply energy by 1000 to transform to MeV
 719       break;
 720
 721     case kHadron:
 722       // hadron
 723       // boxes anc. here
 724       if(gGeoManager){
 725         gGeoManager->cd("ALIC_1/XEN1_1");
 726         TGeoNode        *geoXEn1    = gGeoManager->GetCurrentNode();
 727         TGeoNodeMatrix  *geoSM      = dynamic_cast<TGeoNodeMatrix *>(geoXEn1->GetDaughter(iSM));
 728         if(geoSM){
 729           TGeoVolume      *geoSMVol   = geoSM->GetVolume();
 730           TGeoShape       *geoSMShape = geoSMVol->GetShape();
 731           TGeoBBox        *geoBox     = dynamic_cast<TGeoBBox *>(geoSMShape);
 732           if(geoBox) depth = 0.5 * geoBox->GetDX()*2 ;
 733           else AliFatal("Null GEANT box");
 734         }else AliFatal("NULL  GEANT node matrix");
 735       }
 736       else{//electron
 737         depth = x0 * (TMath::Log(energy*1000 / ecr)  - 0.5); //Multiply energy by 1000 to transform to MeV
 738       }
 739
 740       break;
 741
 742     default://photon
 743       depth = x0 * (TMath::Log(energy*1000 / ecr) + 0.5); //Multiply energy by 1000 to transform to MeV
 744   }
 745
 746   return depth;
 747 }
 748
 749 //____________________________________________________________________
 750 void AliEMCALRecoUtils::GetMaxEnergyCell(const AliEMCALGeometry *geom,
 751                                          AliVCaloCells* cells,
 752                                          const AliVCluster* clu,
 753                                          Int_t  & absId,
 754                                          Int_t  & iSupMod,
 755                                          Int_t  & ieta,
 756                                          Int_t  & iphi,
 757                                          Bool_t & shared)
 758 {
 759   //For a given CaloCluster gets the absId of the cell
 760   //with maximum energy deposit.
 761
 762   Double_t eMax        = -1.;
 763   Double_t eCell       = -1.;
 764   Float_t  fraction    = 1.;
 765   Float_t  recalFactor = 1.;
 766   Int_t    cellAbsId   = -1 ;
 767
 768   Int_t iTower  = -1;
 769   Int_t iIphi   = -1;
 770   Int_t iIeta   = -1;
 771   Int_t iSupMod0= -1;
 772
 773   if(!clu){
 774     AliInfo("Cluster pointer null!");
 775     absId=-1; iSupMod0=-1, ieta = -1; iphi = -1; shared = -1;
 776     return;
 777   }
 778
 779   for (Int_t iDig=0; iDig< clu->GetNCells(); iDig++) {
 780     cellAbsId = clu->GetCellAbsId(iDig);
 781     fraction  = clu->GetCellAmplitudeFraction(iDig);
 782     //printf("a Cell %d, id, %d, amp %f, fraction %f\n",iDig,cellAbsId,cells->GetCellAmplitude(cellAbsId),fraction);
 783     if(fraction < 1e-4) fraction = 1.; // in case unfolding is off
 784     geom->GetCellIndex(cellAbsId,iSupMod,iTower,iIphi,iIeta);
 785     geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(iSupMod,iTower,iIphi, iIeta,iphi,ieta);
 786     if(iDig==0) iSupMod0=iSupMod;
 787     else if(iSupMod0!=iSupMod) {
 788       shared = kTRUE;
 789       //printf("AliEMCALRecoUtils::GetMaxEnergyCell() - SHARED CLUSTER\n");
 790     }
 791     if(!fCellsRecalibrated && IsRecalibrationOn()) {
 792       recalFactor = GetEMCALChannelRecalibrationFactor(iSupMod,ieta,iphi);
 793     }
 794     eCell  = cells->GetCellAmplitude(cellAbsId)*fraction*recalFactor;
 795     //printf("b Cell %d, id, %d, amp %f, fraction %f\n",iDig,cellAbsId,eCell,fraction);
 796     if(eCell > eMax)  {
 797       eMax  = eCell;
 798       absId = cellAbsId;
 799       //printf("\t new max: cell %d, e %f, ecell %f\n",maxId, eMax,eCell);
 800     }
 801   }// cell loop
 802
 803   //Get from the absid the supermodule, tower and eta/phi numbers
 804   geom->GetCellIndex(absId,iSupMod,iTower,iIphi,iIeta);
 805   //Gives SuperModule and Tower numbers
 806   geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(iSupMod,iTower,
 807                                          iIphi, iIeta,iphi,ieta);
 808   //printf("Max id %d, iSM %d, col %d, row %d\n",absId,iSupMod,ieta,iphi);
 809   //printf("Max end---\n");
 810 }
 811
 812 //______________________________________
 813 void AliEMCALRecoUtils::InitParameters()
 814 {
 815   // Initialize data members with default values
 816
 817   fParticleType = kPhoton;
 818   fPosAlgo      = kUnchanged;
 819   fW0           = 4.5;
 820
 821   fNonLinearityFunction = kNoCorrection;
 822   fNonLinearThreshold   = 30;
 823
 824   fExoticCellFraction     = 0.97;
 825   fExoticCellDiffTime     = 1e6;
 826   fExoticCellMinAmplitude = 0.5;
 827
 828   fAODFilterMask = 32;
 829
 830   fCutEtaPhiSum      = kTRUE;
 831   fCutEtaPhiSeparate = kFALSE;
 832
 833   fCutR   = 0.05;
 834   fCutEta = 0.025;
 835   fCutPhi = 0.05;
 836
 837   fClusterWindow = 100;
 838   fMass          = 0.139;
 839
 840   fStepSurface   = 20.;
 841   fStepCluster   = 5.;
 842   fTrackCutsType = kLooseCut;
 843
 844   fCutMinTrackPt     = 0;
 845   fCutMinNClusterTPC = -1;
 846   fCutMinNClusterITS = -1;
 847
 848   fCutMaxChi2PerClusterTPC  = 1e10;
 849   fCutMaxChi2PerClusterITS  = 1e10;
 850
 851   fCutRequireTPCRefit     = kFALSE;
 852   fCutRequireITSRefit     = kFALSE;
 853   fCutAcceptKinkDaughters = kFALSE;
 854
 855   fCutMaxDCAToVertexXY = 1e10;
 856   fCutMaxDCAToVertexZ  = 1e10;
 857   fCutDCAToVertex2D    = kFALSE;
 858
 859
 860   //Misalignment matrices
 861   for(Int_t i = 0; i < 15 ; i++) {
 862     fMisalTransShift[i] = 0.;
 863     fMisalRotShift[i]   = 0.;
 864   }
 865
 866   //Non linearity
 867   for(Int_t i = 0; i < 7  ; i++) fNonLinearityParams[i] = 0.;
 868
 869   //For kBeamTestCorrected case, but default is no correction
 870   fNonLinearityParams[0] =  0.99078;
 871   fNonLinearityParams[1] =  0.161499;
 872   fNonLinearityParams[2] =  0.655166;
 873   fNonLinearityParams[3] =  0.134101;
 874   fNonLinearityParams[4] =  163.282;
 875   fNonLinearityParams[5] =  23.6904;
 876   fNonLinearityParams[6] =  0.978;
 877
 878   //For kPi0GammaGamma case
 879   //fNonLinearityParams[0] = 0.1457/0.1349766/1.038;
 880   //fNonLinearityParams[1] = -0.02024/0.1349766/1.038;
 881   //fNonLinearityParams[2] = 1.046;
 882
 883   //Cluster energy smearing
 884   fSmearClusterEnergy   = kFALSE;
 885   fSmearClusterParam[0] = 0.07; // * sqrt E term
 886   fSmearClusterParam[1] = 0.00; // * E term
 887   fSmearClusterParam[2] = 0.00; // constant
 888 }
 889
 890 //_____________________________________________________
 891 void AliEMCALRecoUtils::InitEMCALRecalibrationFactors()
 892 {
 893   //Init EMCAL recalibration factors
 894   AliDebug(2,"AliCalorimeterUtils::InitEMCALRecalibrationFactors()");
 895         //In order to avoid rewriting the same histograms
 896   Bool_t oldStatus = TH1::AddDirectoryStatus();
 897   TH1::AddDirectory(kFALSE);
 898
 899   fEMCALRecalibrationFactors = new TObjArray(12);
 900   for (int i = 0; i < 12; i++)
 901     fEMCALRecalibrationFactors->Add(new TH2F(Form("EMCALRecalFactors_SM%d",i),
 902                                              Form("EMCALRecalFactors_SM%d",i),  48, 0, 48, 24, 0, 24));
 903   //Init the histograms with 1
 904   for (Int_t sm = 0; sm < 12; sm++) {
 905     for (Int_t i = 0; i < 48; i++) {
 906       for (Int_t j = 0; j < 24; j++) {
 907         SetEMCALChannelRecalibrationFactor(sm,i,j,1.);
 908       }
 909     }
 910   }
 911   fEMCALRecalibrationFactors->SetOwner(kTRUE);
 912   fEMCALRecalibrationFactors->Compress();
 913
 914   //In order to avoid rewriting the same histograms
 915   TH1::AddDirectory(oldStatus);
 916 }
 917
 918 //_________________________________________________________
 919 void AliEMCALRecoUtils::InitEMCALTimeRecalibrationFactors()
 920 {
 921   //Init EMCAL recalibration factors
 922   AliDebug(2,"AliCalorimeterUtils::InitEMCALRecalibrationFactors()");
 923   //In order to avoid rewriting the same histograms
 924   Bool_t oldStatus = TH1::AddDirectoryStatus();
 925   TH1::AddDirectory(kFALSE);
 926
 927   fEMCALTimeRecalibrationFactors = new TObjArray(4);
 928   for (int i = 0; i < 4; i++)
 929     fEMCALTimeRecalibrationFactors->Add(new TH1F(Form("hAllTimeAvBC%d",i),
 930                                                  Form("hAllTimeAvBC%d",i),
 931                                                  48*24*12,0.,48*24*12)          );
 932   //Init the histograms with 1
 933   for (Int_t bc = 0; bc < 4; bc++) {
 934     for (Int_t i = 0; i < 48*24*12; i++)
 935       SetEMCALChannelTimeRecalibrationFactor(bc,i,0.);
 936   }
 937
 938   fEMCALTimeRecalibrationFactors->SetOwner(kTRUE);
 939   fEMCALTimeRecalibrationFactors->Compress();
 940
 941   //In order to avoid rewriting the same histograms
 942   TH1::AddDirectory(oldStatus);
 943 }
 944
 945 //____________________________________________________
 946 void AliEMCALRecoUtils::InitEMCALBadChannelStatusMap()
 947 {
 948   //Init EMCAL bad channels map
 949   AliDebug(2,"AliEMCALRecoUtils::InitEMCALBadChannelStatusMap()");
 950   //In order to avoid rewriting the same histograms
 951   Bool_t oldStatus = TH1::AddDirectoryStatus();
 952   TH1::AddDirectory(kFALSE);
 953
 954   fEMCALBadChannelMap = new TObjArray(12);
 955   //TH2F * hTemp = new  TH2I("EMCALBadChannelMap","EMCAL SuperModule bad channel map", 48, 0, 48, 24, 0, 24);
 956   for (int i = 0; i < 12; i++) {
 957     fEMCALBadChannelMap->Add(new TH2I(Form("EMCALBadChannelMap_Mod%d",i),Form("EMCALBadChannelMap_Mod%d",i), 48, 0, 48, 24, 0, 24));
 958   }
 959
 960   fEMCALBadChannelMap->SetOwner(kTRUE);
 961   fEMCALBadChannelMap->Compress();
 962
 963   //In order to avoid rewriting the same histograms
 964   TH1::AddDirectory(oldStatus);
 965 }
 966
 967 //____________________________________________________________________________
 968 void AliEMCALRecoUtils::RecalibrateClusterEnergy(const AliEMCALGeometry* geom,
 969                                                  AliVCluster * cluster,
 970                                                  AliVCaloCells * cells,
 971                                                  const Int_t bc)
 972 {
 973   // Recalibrate the cluster energy and Time, considering the recalibration map
 974   // and the energy of the cells and time that compose the cluster.
 975   // bc= bunch crossing number returned by esdevent->GetBunchCrossNumber();
 976
 977   if(!cluster){
 978     AliInfo("Cluster pointer null!");
 979     return;
 980   }
 981
 982   //Get the cluster number of cells and list of absId, check what kind of cluster do we have.
 983   UShort_t * index    = cluster->GetCellsAbsId() ;
 984   Double_t * fraction = cluster->GetCellsAmplitudeFraction() ;
 985   Int_t ncells = cluster->GetNCells();
 986
 987   //Initialize some used variables
 988   Float_t energy = 0;
 989   Int_t   absId  =-1;
 990   Int_t   icol   =-1, irow =-1, imod=1;
 991   Float_t factor = 1, frac = 0;
 992   Int_t   absIdMax = -1;
 993   Float_t emax     = 0;
 994
 995   //Loop on the cells, get the cell amplitude and recalibration factor, multiply and and to the new energy
 996   for(Int_t icell = 0; icell < ncells; icell++){
 997     absId = index[icell];
 998     frac =  fraction[icell];
 999     if(frac < 1e-5) frac = 1; //in case of EMCAL, this is set as 0 since unfolding is off
1000
1001     if(!fCellsRecalibrated && IsRecalibrationOn()) {
1002       // Energy
1003       Int_t iTower = -1, iIphi = -1, iIeta = -1;
1004       geom->GetCellIndex(absId,imod,iTower,iIphi,iIeta);
1005       if(fEMCALRecalibrationFactors->GetEntries() <= imod) continue;
1006       geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(imod,iTower,iIphi, iIeta,irow,icol);
1007       factor = GetEMCALChannelRecalibrationFactor(imod,icol,irow);
1008
1009       AliDebug(2,Form("AliEMCALRecoUtils::RecalibrateClusterEnergy - recalibrate cell: module %d, col %d, row %d, cell fraction %f,recalibration factor %f, cell energy %f\n",
1010                       imod,icol,irow,frac,factor,cells->GetCellAmplitude(absId)));
1011
1012     }
1013
1014     energy += cells->GetCellAmplitude(absId)*factor*frac;
1015
1016     if(emax < cells->GetCellAmplitude(absId)*factor*frac){
1017       emax     = cells->GetCellAmplitude(absId)*factor*frac;
1018       absIdMax = absId;
1019     }
1020   }
1021
1022   cluster->SetE(energy);
1023
1024   AliDebug(2,Form("AliEMCALRecoUtils::RecalibrateClusterEnergy - Energy before %f, after %f\n",cluster->E(),energy));
1025
1026   // Recalculate time of cluster only for ESDs
1027   if(!strcmp("AliESDCaloCluster",Form("%s",cluster->ClassName()))) {
1028
1029     // Time
1030     Double_t weightedTime = 0;
1031     Double_t weight       = 0;
1032     Double_t weightTot    = 0;
1033     Double_t maxcellTime  = 0;
1034     for(Int_t icell = 0; icell < ncells; icell++){
1035       absId = index[icell];
1036       frac =  fraction[icell];
1037       if(frac < 1e-5) frac = 1; //in case of EMCAL, this is set as 0 since unfolding is off
1038
1039       Double_t celltime = cells->GetCellTime(absId);
1040       RecalibrateCellTime(absId, bc, celltime);
1041       if(absId == absIdMax) maxcellTime = celltime;
1042
1043       if(!fCellsRecalibrated){
1044
1045         Int_t iTower = -1, iIphi = -1, iIeta = -1;
1046         geom->GetCellIndex(absId,imod,iTower,iIphi,iIeta);
1047         if(fEMCALRecalibrationFactors->GetEntries() <= imod) continue;
1048         geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(imod,iTower,iIphi, iIeta,irow,icol);
1049         factor = GetEMCALChannelRecalibrationFactor(imod,icol,irow);
1050
1051         AliDebug(2,Form("AliEMCALRecoUtils::RecalibrateClusterEnergy - recalibrate cell:"
1052                         " module %d, col %d, row %d, cell fraction %f,recalibration factor %f, cell energy %f\n",
1053                         imod,icol,irow,frac,factor,cells->GetCellTime(absId)));
1054
1055       }
1056
1057       weight        = GetCellWeight(cells->GetCellAmplitude(absId)*factor*frac , energy );
1058       weightTot    += weight;
1059       weightedTime += celltime * weight;
1060     }
1061
1062     if(weightTot > 0)
1063       cluster->SetTOF(weightedTime/weightTot);
1064     else
1065       cluster->SetTOF(maxcellTime);
1066   }
1067 }
1068
1069 //_____________________________________________________________
1070 void AliEMCALRecoUtils::RecalibrateCells(AliVCaloCells * cells,
1071                                          const Int_t bc)
1072 {
1073   // Recalibrate the cells time and energy, considering the recalibration map and the energy
1074   // of the cells that compose the cluster.
1075   // bc= bunch crossing number returned by esdevent->GetBunchCrossNumber();
1076
1077   if(!IsRecalibrationOn() && !IsTimeRecalibrationOn()) return;
1078
1079   if(!cells){
1080     AliInfo("Cells pointer null!");
1081     return;
1082   }
1083
1084   Int_t    absId  =-1;
1085   Bool_t   accept = kFALSE;
1086   Float_t  ecell  = 0;
1087   Double_t tcell  = 0;
1088
1089   Int_t nEMcell  = cells->GetNumberOfCells() ;
1090   for (Int_t iCell = 0; iCell < nEMcell; iCell++) {
1091
1092     absId  = cells->GetCellNumber(iCell);
1093
1094     accept = AcceptCalibrateCell(absId, bc, ecell ,tcell ,cells);
1095     if(!accept) {
1096       ecell = 0;
1097       tcell = 0;
1098     }
1099
1100     //Set new values
1101     cells->SetCell(iCell,absId,ecell, tcell);
1102   }
1103
1104   fCellsRecalibrated = kTRUE;
1105 }
1106
1107 //_______________________________________________________________________________________________________
1108 void AliEMCALRecoUtils::RecalibrateCellTime(const Int_t absId, const Int_t bc, Double_t & celltime) const
1109 {
1110   // Recalibrate time of cell with absID  considering the recalibration map
1111   // bc= bunch crossing number returned by esdevent->GetBunchCrossNumber();
1112
1113   if(!fCellsRecalibrated && IsTimeRecalibrationOn() && bc >= 0){
1114     celltime -= GetEMCALChannelTimeRecalibrationFactor(bc%4,absId)*1.e-9;    ;
1115   }
1116 }
1117
1118 //______________________________________________________________________________
1119 void AliEMCALRecoUtils::RecalculateClusterPosition(const AliEMCALGeometry *geom,
1120                                                    AliVCaloCells* cells,
1121                                                    AliVCluster* clu)
1122 {
1123   //For a given CaloCluster recalculates the position for a given set of misalignment shifts and puts it again in the CaloCluster.
1124
1125   if(!clu){
1126     AliInfo("Cluster pointer null!");
1127     return;
1128   }
1129
1130   if     (fPosAlgo==kPosTowerGlobal) RecalculateClusterPositionFromTowerGlobal( geom, cells, clu);
1131   else if(fPosAlgo==kPosTowerIndex)  RecalculateClusterPositionFromTowerIndex ( geom, cells, clu);
1132   else   AliDebug(2,"Algorithm to recalculate position not selected, do nothing.");
1133 }
1134
1135 //_____________________________________________________________________________________________
1136 void AliEMCALRecoUtils::RecalculateClusterPositionFromTowerGlobal(const AliEMCALGeometry *geom,
1137                                                                   AliVCaloCells* cells,
1138                                                                   AliVCluster* clu)
1139 {
1140   // For a given CaloCluster recalculates the position for a given set of misalignment shifts and puts it again in the CaloCluster.
1141   // The algorithm is a copy of what is done in AliEMCALRecPoint
1142
1143   Double_t eCell       = 0.;
1144   Float_t  fraction    = 1.;
1145   Float_t  recalFactor = 1.;
1146
1147   Int_t    absId   = -1;
1148   Int_t    iTower  = -1, iIphi  = -1, iIeta  = -1;
1149   Int_t    iSupModMax = -1, iSM=-1, iphi   = -1, ieta   = -1;
1150   Float_t  weight = 0.,  totalWeight=0.;
1151   Float_t  newPos[3] = {0,0,0};
1152   Double_t pLocal[3], pGlobal[3];
1153   Bool_t shared = kFALSE;
1154
1155   Float_t  clEnergy = clu->E(); //Energy already recalibrated previously
1156   GetMaxEnergyCell(geom, cells, clu, absId,  iSupModMax, ieta, iphi,shared);
1157   Double_t depth = GetDepth(clEnergy,fParticleType,iSupModMax) ;
1158
1159   //printf("** Cluster energy %f, ncells %d, depth %f\n",clEnergy,clu->GetNCells(),depth);
1160
1161   for (Int_t iDig=0; iDig< clu->GetNCells(); iDig++) {
1162
1163     absId = clu->GetCellAbsId(iDig);
1164     fraction  = clu->GetCellAmplitudeFraction(iDig);
1165     if(fraction < 1e-4) fraction = 1.; // in case unfolding is off
1166
1167     if (!fCellsRecalibrated){
1168       geom->GetCellIndex(absId,iSM,iTower,iIphi,iIeta);
1169       geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(iSM,iTower,iIphi, iIeta,iphi,ieta);
1170
1171       if(IsRecalibrationOn()) {
1172         recalFactor = GetEMCALChannelRecalibrationFactor(iSM,ieta,iphi);
1173       }
1174     }
1175
1176     eCell  = cells->GetCellAmplitude(absId)*fraction*recalFactor;
1177
1178     weight = GetCellWeight(eCell,clEnergy);
1179     totalWeight += weight;
1180
1181     geom->RelPosCellInSModule(absId,depth,pLocal[0],pLocal[1],pLocal[2]);
1182     //printf("pLocal (%f,%f,%f), SM %d, absId %d\n",pLocal[0],pLocal[1],pLocal[2],iSupModMax,absId);
1183     geom->GetGlobal(pLocal,pGlobal,iSupModMax);
1184     //printf("pLocal (%f,%f,%f)\n",pGlobal[0],pGlobal[1],pGlobal[2]);
1185
1186     for(int i=0; i<3; i++ ) newPos[i] += (weight*pGlobal[i]);
1187   }// cell loop
1188
1189   if(totalWeight>0){
1190     for(int i=0; i<3; i++ )    newPos[i] /= totalWeight;
1191   }
1192
1193   //Float_t pos[]={0,0,0};
1194   //clu->GetPosition(pos);
1195   //printf("OldPos  : %2.3f,%2.3f,%2.3f\n",pos[0],pos[1],pos[2]);
1196   //printf("NewPos  : %2.3f,%2.3f,%2.3f\n",newPos[0],newPos[1],newPos[2]);
1197
1198   if(iSupModMax > 1) {//sector 1
1199     newPos[0] +=fMisalTransShift[3];//-=3.093;
1200     newPos[1] +=fMisalTransShift[4];//+=6.82;
1201     newPos[2] +=fMisalTransShift[5];//+=1.635;
1202     //printf("   +    : %2.3f,%2.3f,%2.3f\n",fMisalTransShift[3],fMisalTransShift[4],fMisalTransShift[5]);
1203   } else {//sector 0
1204     newPos[0] +=fMisalTransShift[0];//+=1.134;
1205     newPos[1] +=fMisalTransShift[1];//+=8.2;
1206     newPos[2] +=fMisalTransShift[2];//+=1.197;
1207     //printf("   +    : %2.3f,%2.3f,%2.3f\n",fMisalTransShift[0],fMisalTransShift[1],fMisalTransShift[2]);
1208   }
1209   //printf("NewPos : %2.3f,%2.3f,%2.3f\n",newPos[0],newPos[1],newPos[2]);
1210
1211   clu->SetPosition(newPos);
1212 }
1213
1214 //____________________________________________________________________________________________
1215 void AliEMCALRecoUtils::RecalculateClusterPositionFromTowerIndex(const AliEMCALGeometry *geom,
1216                                                                  AliVCaloCells* cells,
1217                                                                  AliVCluster* clu)
1218 {
1219   // For a given CaloCluster recalculates the position for a given set of misalignment shifts and puts it again in the CaloCluster.
1220   // The algorithm works with the tower indeces, averages the indeces and from them it calculates the global position
1221
1222   Double_t eCell       = 1.;
1223   Float_t  fraction    = 1.;
1224   Float_t  recalFactor = 1.;
1225
1226   Int_t absId   = -1;
1227   Int_t iTower  = -1;
1228   Int_t iIphi   = -1, iIeta   = -1;
1229   Int_t iSupMod = -1, iSupModMax = -1;
1230   Int_t iphi = -1, ieta =-1;
1231   Bool_t shared = kFALSE;
1232
1233   Float_t clEnergy = clu->E(); //Energy already recalibrated previously.
1234   GetMaxEnergyCell(geom, cells, clu, absId,  iSupModMax, ieta, iphi,shared);
1235   Float_t  depth = GetDepth(clEnergy,fParticleType,iSupMod) ;
1236
1237   Float_t weight = 0., weightedCol = 0., weightedRow = 0., totalWeight=0.;
1238   Bool_t areInSameSM = kTRUE; //exclude clusters with cells in different SMs for now
1239   Int_t startingSM = -1;
1240
1241   for (Int_t iDig=0; iDig< clu->GetNCells(); iDig++) {
1242     absId = clu->GetCellAbsId(iDig);
1243     fraction  = clu->GetCellAmplitudeFraction(iDig);
1244     if(fraction < 1e-4) fraction = 1.; // in case unfolding is off
1245
1246     if     (iDig==0)  startingSM = iSupMod;
1247     else if(iSupMod != startingSM) areInSameSM = kFALSE;
1248
1249     eCell  = cells->GetCellAmplitude(absId);
1250
1251     geom->GetCellIndex(absId,iSupMod,iTower,iIphi,iIeta);
1252     geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(iSupMod,iTower,iIphi, iIeta,iphi,ieta);
1253
1254     if (!fCellsRecalibrated){
1255       if(IsRecalibrationOn()) {
1256         recalFactor = GetEMCALChannelRecalibrationFactor(iSupMod,ieta,iphi);
1257       }
1258     }
1259
1260     eCell  = cells->GetCellAmplitude(absId)*fraction*recalFactor;
1261
1262     weight = GetCellWeight(eCell,clEnergy);
1263     if(weight < 0) weight = 0;
1264     totalWeight += weight;
1265     weightedCol += ieta*weight;
1266     weightedRow += iphi*weight;
1267
1268     //printf("Max cell? cell %d, amplitude org %f, fraction %f, recalibration %f, amplitude new %f \n",cellAbsId, cells->GetCellAmplitude(cellAbsId), fraction, recalFactor, eCell) ;
1269   }// cell loop
1270
1271   Float_t xyzNew[]={0.,0.,0.};
1272   if(areInSameSM == kTRUE) {
1273     //printf("In Same SM\n");
1274     weightedCol = weightedCol/totalWeight;
1275     weightedRow = weightedRow/totalWeight;
1276     geom->RecalculateTowerPosition(weightedRow, weightedCol, iSupModMax, depth, fMisalTransShift, fMisalRotShift, xyzNew);
1277   } else {
1278     //printf("In Different SM\n");
1279     geom->RecalculateTowerPosition(iphi,        ieta,        iSupModMax, depth, fMisalTransShift, fMisalRotShift, xyzNew);
1280   }
1281
1282   clu->SetPosition(xyzNew);
1283 }
1284
1285 //___________________________________________________________________________________________
1286 void AliEMCALRecoUtils::RecalculateClusterDistanceToBadChannel(const AliEMCALGeometry * geom,
1287                                                                AliVCaloCells* cells,
1288                                                                AliVCluster * cluster)
1289 {
1290   //re-evaluate distance to bad channel with updated bad map
1291
1292   if(!fRecalDistToBadChannels) return;
1293
1294   if(!cluster){
1295     AliInfo("Cluster pointer null!");
1296     return;
1297   }
1298
1299   //Get channels map of the supermodule where the cluster is.
1300   Int_t absIdMax        = -1, iSupMod =-1, icolM = -1, irowM = -1;
1301   Bool_t shared = kFALSE;
1302   GetMaxEnergyCell(geom, cells, cluster, absIdMax,  iSupMod, icolM, irowM, shared);
1303   TH2D* hMap  = (TH2D*)fEMCALBadChannelMap->At(iSupMod);
1304
1305   Int_t dRrow, dRcol;
1306   Float_t  minDist = 10000.;
1307   Float_t  dist    = 0.;
1308
1309   //Loop on tower status map
1310   for(Int_t irow = 0; irow < AliEMCALGeoParams::fgkEMCALRows; irow++){
1311     for(Int_t icol = 0; icol < AliEMCALGeoParams::fgkEMCALCols; icol++){
1312       //Check if tower is bad.
1313       if(hMap->GetBinContent(icol,irow)==0) continue;
1314       //printf("AliEMCALRecoUtils::RecalculateDistanceToBadChannels() - \n \t Bad channel in SM %d, col %d, row %d, \n \t Cluster max in col %d, row %d\n",
1315       //       iSupMod,icol, irow, icolM,irowM);
1316
1317       dRrow=TMath::Abs(irowM-irow);
1318       dRcol=TMath::Abs(icolM-icol);
1319       dist=TMath::Sqrt(dRrow*dRrow+dRcol*dRcol);
1320       if(dist < minDist){
1321         //printf("MIN DISTANCE TO BAD %2.2f\n",dist);
1322         minDist = dist;
1323       }
1324     }
1325   }
1326
1327   //In case the cluster is shared by 2 SuperModules, need to check the map of the second Super Module
1328   if (shared) {
1329     TH2D* hMap2 = 0;
1330     Int_t iSupMod2 = -1;
1331
1332     //The only possible combinations are (0,1), (2,3) ... (8,9)
1333     if(iSupMod%2) iSupMod2 = iSupMod-1;
1334     else          iSupMod2 = iSupMod+1;
1335     hMap2  = (TH2D*)fEMCALBadChannelMap->At(iSupMod2);
1336
1337     //Loop on tower status map of second super module
1338     for(Int_t irow = 0; irow < AliEMCALGeoParams::fgkEMCALRows; irow++){
1339       for(Int_t icol = 0; icol < AliEMCALGeoParams::fgkEMCALCols; icol++){
1340         //Check if tower is bad.
1341         if(hMap2->GetBinContent(icol,irow)==0) continue;
1342         //printf("AliEMCALRecoUtils::RecalculateDistanceToBadChannels(shared) - \n \t Bad channel in SM %d, col %d, row %d \n \t Cluster max in SM %d, col %d, row %d\n",
1343         //     iSupMod2,icol, irow,iSupMod,icolM,irowM);
1344         dRrow=TMath::Abs(irow-irowM);
1345
1346         if(iSupMod%2) {
1347           dRcol=TMath::Abs(icol-(AliEMCALGeoParams::fgkEMCALCols+icolM));
1348         } else {
1349           dRcol=TMath::Abs(AliEMCALGeoParams::fgkEMCALCols+icol-icolM);
1350         }
1351
1352         dist=TMath::Sqrt(dRrow*dRrow+dRcol*dRcol);
1353         if(dist < minDist) minDist = dist;
1354       }
1355     }
1356   }// shared cluster in 2 SuperModules
1357
1358   AliDebug(2,Form("Max cluster cell (SM,col,row)=(%d %d %d) - Distance to Bad Channel %2.2f",iSupMod, icolM, irowM, minDist));
1359   cluster->SetDistanceToBadChannel(minDist);
1360 }
1361
1362 //__________________________________________________________________
1363 void AliEMCALRecoUtils::RecalculateClusterPID(AliVCluster * cluster)
1364 {
1365   //re-evaluate identification parameters with bayesian
1366
1367   if(!cluster){
1368     AliInfo("Cluster pointer null!");
1369     return;
1370   }
1371
1372   if ( cluster->GetM02() != 0)
1373     fPIDUtils->ComputePID(cluster->E(),cluster->GetM02());
1374
1375   Float_t pidlist[AliPID::kSPECIESN+1];
1376         for(Int_t i = 0; i < AliPID::kSPECIESN+1; i++) pidlist[i] = fPIDUtils->GetPIDFinal(i);
1377
1378   cluster->SetPID(pidlist);
1379 }
1380
1381 //____________________________________________________________________________________________
1382 void AliEMCALRecoUtils::RecalculateClusterShowerShapeParameters(const AliEMCALGeometry * geom,
1383                                                                 AliVCaloCells* cells,
1384                                                                 AliVCluster * cluster)
1385 {
1386   // Calculates new center of gravity in the local EMCAL-module coordinates
1387   // and tranfers into global ALICE coordinates
1388   // Calculates Dispersion and main axis
1389
1390   if(!cluster){
1391     AliInfo("Cluster pointer null!");
1392     return;
1393   }
1394
1395   Int_t nstat  = 0;
1396   Float_t wtot = 0. ;
1397   Double_t eCell       = 0.;
1398   Float_t  fraction    = 1.;
1399   Float_t  recalFactor = 1.;
1400
1401   Int_t iSupMod = -1;
1402   Int_t iTower  = -1;
1403   Int_t iIphi   = -1;
1404   Int_t iIeta   = -1;
1405   Int_t iphi    = -1;
1406   Int_t ieta    = -1;
1407   Double_t etai = -1.;
1408   Double_t phii = -1.;
1409
1410   Double_t w     = 0.;
1411   Double_t d     = 0.;
1412   Double_t dxx   = 0.;
1413   Double_t dzz   = 0.;
1414   Double_t dxz   = 0.;
1415   Double_t xmean = 0.;
1416   Double_t zmean = 0.;
1417
1418   //Loop on cells
1419   for(Int_t iDigit=0; iDigit < cluster->GetNCells(); iDigit++) {
1420
1421     //Get from the absid the supermodule, tower and eta/phi numbers
1422     geom->GetCellIndex(cluster->GetCellAbsId(iDigit),iSupMod,iTower,iIphi,iIeta);
1423     geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(iSupMod,iTower,iIphi,iIeta, iphi,ieta);
1424
1425     //Get the cell energy, if recalibration is on, apply factors
1426     fraction  = cluster->GetCellAmplitudeFraction(iDigit);
1427     if(fraction < 1e-4) fraction = 1.; // in case unfolding is off
1428
1429     if (!fCellsRecalibrated){
1430       if(IsRecalibrationOn()) {
1431         recalFactor = GetEMCALChannelRecalibrationFactor(iSupMod,ieta,iphi);
1432       }
1433     }
1434
1435     eCell  = cells->GetCellAmplitude(cluster->GetCellAbsId(iDigit))*fraction*recalFactor;
1436
1437     if(cluster->E() > 0 && eCell > 0){
1438
1439       w  = GetCellWeight(eCell,cluster->E());
1440
1441       etai=(Double_t)ieta;
1442       phii=(Double_t)iphi;
1443       if(w > 0.0) {
1444         wtot += w ;
1445         nstat++;
1446         //Shower shape
1447         dxx  += w * etai * etai ;
1448         xmean+= w * etai ;
1449         dzz  += w * phii * phii ;
1450         zmean+= w * phii ;
1451         dxz  += w * etai * phii ;
1452       }
1453     } else
1454       AliError(Form("Wrong energy %f and/or amplitude %f\n", eCell, cluster->E()));
1455   }//cell loop
1456
1457   //Normalize to the weight
1458   if (wtot > 0) {
1459     xmean /= wtot ;
1460     zmean /= wtot ;
1461   }
1462   else
1463     AliError(Form("Wrong weight %f\n", wtot));
1464
1465   //Calculate dispersion
1466   for(Int_t iDigit=0; iDigit < cluster->GetNCells(); iDigit++) {
1467
1468     //Get from the absid the supermodule, tower and eta/phi numbers
1469     geom->GetCellIndex(cluster->GetCellAbsId(iDigit),iSupMod,iTower,iIphi,iIeta);
1470     geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(iSupMod,iTower,iIphi,iIeta, iphi,ieta);
1471
1472     //Get the cell energy, if recalibration is on, apply factors
1473     fraction  = cluster->GetCellAmplitudeFraction(iDigit);
1474     if(fraction < 1e-4) fraction = 1.; // in case unfolding is off
1475     if (IsRecalibrationOn()) {
1476       recalFactor = GetEMCALChannelRecalibrationFactor(iSupMod,ieta,iphi);
1477     }
1478     eCell  = cells->GetCellAmplitude(cluster->GetCellAbsId(iDigit))*fraction*recalFactor;
1479
1480     if(cluster->E() > 0 && eCell > 0){
1481
1482       w  = GetCellWeight(eCell,cluster->E());
1483
1484       etai=(Double_t)ieta;
1485       phii=(Double_t)iphi;
1486       if(w > 0.0)  d +=  w*((etai-xmean)*(etai-xmean)+(phii-zmean)*(phii-zmean));
1487     }
1488     else
1489       AliError(Form("Wrong energy %f and/or amplitude %f\n", eCell, cluster->E()));
1490   }// cell loop
1491
1492   //Normalize to the weigth and set shower shape parameters
1493   if (wtot > 0 && nstat > 1) {
1494     d /= wtot ;
1495     dxx /= wtot ;
1496     dzz /= wtot ;
1497     dxz /= wtot ;
1498     dxx -= xmean * xmean ;
1499     dzz -= zmean * zmean ;
1500     dxz -= xmean * zmean ;
1501     cluster->SetM02(0.5 * (dxx + dzz) + TMath::Sqrt( 0.25 * (dxx - dzz) * (dxx - dzz) + dxz * dxz ));
1502     cluster->SetM20(0.5 * (dxx + dzz) - TMath::Sqrt( 0.25 * (dxx - dzz) * (dxx - dzz) + dxz * dxz ));
1503   }
1504   else{
1505     d=0. ;
1506     cluster->SetM20(0.) ;
1507     cluster->SetM02(0.) ;
1508   }
1509
1510   if (d>=0)
1511     cluster->SetDispersion(TMath::Sqrt(d)) ;
1512   else
1513     cluster->SetDispersion(0) ;
1514 }
1515
1516 //____________________________________________________________________________
1517 void AliEMCALRecoUtils::FindMatches(AliVEvent *event,
1518                                     TObjArray * clusterArr,
1519                                     const AliEMCALGeometry *geom)
1520 {
1521   //This function should be called before the cluster loop
1522   //Before call this function, please recalculate the cluster positions
1523   //Given the input event, loop over all the tracks, select the closest cluster as matched with fCutR
1524   //Store matched cluster indexes and residuals
1525
1526   fMatchedTrackIndex  ->Reset();
1527   fMatchedClusterIndex->Reset();
1528   fResidualPhi->Reset();
1529   fResidualEta->Reset();
1530
1531   fMatchedTrackIndex  ->Set(1000);
1532   fMatchedClusterIndex->Set(1000);
1533   fResidualPhi->Set(1000);
1534   fResidualEta->Set(1000);
1535
1536   AliESDEvent* esdevent = dynamic_cast<AliESDEvent*> (event);
1537   AliAODEvent* aodevent = dynamic_cast<AliAODEvent*> (event);
1538
1539   // init the magnetic field if not already on
1540   if(!TGeoGlobalMagField::Instance()->GetField()){
1541     AliInfo("Init the magnetic field\n");
1542     if     (esdevent)
1543     {
1544       esdevent->InitMagneticField();
1545     }
1546     else if(aodevent)
1547     {
1548       Double_t curSol = 30000*aodevent->GetMagneticField()/5.00668;
1549       Double_t curDip = 6000 *aodevent->GetMuonMagFieldScale();
1550       AliMagF *field  = AliMagF::CreateFieldMap(curSol,curDip);
1551       TGeoGlobalMagField::Instance()->SetField(field);
1552     }
1553     else
1554     {
1555       AliInfo("Mag Field not initialized, null esd/aod evetn pointers");
1556     }
1557
1558   } // Init mag field
1559
1560   TObjArray *clusterArray = 0x0;
1561   if(!clusterArr)
1562     {
1563       clusterArray = new TObjArray(event->GetNumberOfCaloClusters());
1564       for(Int_t icl=0; icl<event->GetNumberOfCaloClusters(); icl++)
1565         {
1566           AliVCluster *cluster = (AliVCluster*) event->GetCaloCluster(icl);
1567           if(geom && !IsGoodCluster(cluster,geom,(AliVCaloCells*)event->GetEMCALCells())) continue;
1568           clusterArray->AddAt(cluster,icl);
1569         }
1570     }
1571
1572   Int_t    matched=0;
1573   Double_t cv[21];
1574   for (Int_t i=0; i<21;i++) cv[i]=0;
1575   for(Int_t itr=0; itr<event->GetNumberOfTracks(); itr++)
1576   {
1577     AliExternalTrackParam *trackParam = 0;
1578
1579     //If the input event is ESD, the starting point for extrapolation is TPCOut, if available, or TPCInner
1580     AliESDtrack *esdTrack = 0;
1581     AliAODTrack *aodTrack = 0;
1582     if(esdevent)
1583     {
1584       esdTrack = esdevent->GetTrack(itr);
1585       if(!esdTrack) continue;
1586       if(!IsAccepted(esdTrack)) continue;
1587       if(esdTrack->Pt()<fCutMinTrackPt) continue;
1588       Double_t phi = esdTrack->Phi()*TMath::RadToDeg();
1589       if(TMath::Abs(esdTrack->Eta())>0.8 || phi <= 20 || phi >= 240 ) continue;
1590       trackParam =  const_cast<AliExternalTrackParam*>(esdTrack->GetInnerParam());
1591     }
1592
1593     //If the input event is AOD, the starting point for extrapolation is at vertex
1594     //AOD tracks are selected according to its filterbit.
1595     else if(aodevent)
1596     {
1597       aodTrack = aodevent->GetTrack(itr);
1598       if(!aodTrack) continue;
1599       if(!aodTrack->TestFilterMask(fAODFilterMask)) continue; //Select AOD tracks that fulfill GetStandardITSTPCTrackCuts2010()
1600       if(aodTrack->Pt()<fCutMinTrackPt) continue;
1601       Double_t phi = aodTrack->Phi()*TMath::RadToDeg();
1602       if(TMath::Abs(aodTrack->Eta())>0.8 || phi <= 20 || phi >= 240 ) continue;
1603       Double_t pos[3],mom[3];
1604       aodTrack->GetXYZ(pos);
1605       aodTrack->GetPxPyPz(mom);
1606       AliDebug(5,Form("aod track: i=%d | pos=(%5.4f,%5.4f,%5.4f) | mom=(%5.4f,%5.4f,%5.4f) | charge=%d\n",itr,pos[0],pos[1],pos[2],mom[0],mom[1],mom[2],aodTrack->Charge()));
1607       trackParam= new AliExternalTrackParam(pos,mom,cv,aodTrack->Charge());
1608     }
1609
1610     //Return if the input data is not "AOD" or "ESD"
1611     else
1612     {
1613       printf("Wrong input data type! Should be \"AOD\" or \"ESD\"\n");
1614       if(clusterArray)
1615         {
1616           clusterArray->Clear();
1617           delete clusterArray;
1618         }
1619       return;
1620     }
1621
1622     if(!trackParam) continue;
1623
1624     //Extrapolate the track to EMCal surface
1625     AliExternalTrackParam emcalParam(*trackParam);
1626     Float_t eta, phi;
1627     if(!ExtrapolateTrackToEMCalSurface(&emcalParam, 430., fMass, fStepSurface, eta, phi))
1628       {
1629         if(aodevent && trackParam) delete trackParam;
1630         continue;
1631       }
1632
1633 //    if(esdevent)
1634 //      {
1635 //      esdTrack->SetOuterParam(&emcalParam,AliExternalTrackParam::kMultSec);
1636 //      }
1637
1638     if(TMath::Abs(eta)>0.75 || (phi) < 70*TMath::DegToRad() || (phi) > 190*TMath::DegToRad())
1639       {
1640         if(aodevent && trackParam) delete trackParam;
1641         continue;
1642       }
1643
1644
1645     //Find matched clusters
1646     Int_t index = -1;
1647     Float_t dEta = -999, dPhi = -999;
1648     if(!clusterArr)
1649       {
1650         index = FindMatchedClusterInClusterArr(&emcalParam, &emcalParam, clusterArray, dEta, dPhi);
1651       }
1652     else
1653       {
1654         index = FindMatchedClusterInClusterArr(&emcalParam, &emcalParam, clusterArr, dEta, dPhi);
1655       }
1656
1657     if(index>-1)
1658     {
1659       fMatchedTrackIndex   ->AddAt(itr,matched);
1660       fMatchedClusterIndex ->AddAt(index,matched);
1661       fResidualEta         ->AddAt(dEta,matched);
1662       fResidualPhi         ->AddAt(dPhi,matched);
1663       matched++;
1664     }
1665     if(aodevent && trackParam) delete trackParam;
1666   }//track loop
1667
1668   if(clusterArray)
1669     {
1670       clusterArray->Clear();
1671       delete clusterArray;
1672     }
1673
1674   AliDebug(2,Form("Number of matched pairs = %d !\n",matched));
1675
1676   fMatchedTrackIndex   ->Set(matched);
1677   fMatchedClusterIndex ->Set(matched);
1678   fResidualPhi         ->Set(matched);
1679   fResidualEta         ->Set(matched);
1680 }
1681
1682 //________________________________________________________________________________
1683 Int_t AliEMCALRecoUtils::FindMatchedClusterInEvent(const AliESDtrack *track,
1684                                                    const AliVEvent *event,
1685                                                    const AliEMCALGeometry *geom,
1686                                                    Float_t &dEta, Float_t &dPhi)
1687 {
1688   //
1689   // This function returns the index of matched cluster to input track
1690   // Returns -1 if no match is found
1691   Int_t index = -1;
1692   Double_t phiV = track->Phi()*TMath::RadToDeg();
1693   if(TMath::Abs(track->Eta())>0.8 || phiV <= 20 || phiV >= 240 ) return index;
1694   AliExternalTrackParam *trackParam = const_cast<AliExternalTrackParam*>(track->GetInnerParam());
1695   if(!trackParam) return index;
1696   AliExternalTrackParam emcalParam(*trackParam);
1697   Float_t eta, phi;
1698   if(!ExtrapolateTrackToEMCalSurface(&emcalParam, 430., fMass, fStepSurface, eta, phi)) return index;
1699   if(TMath::Abs(eta)>0.75 || (phi) < 70*TMath::DegToRad() || (phi) > 190*TMath::DegToRad()) return index;
1700
1701   TObjArray *clusterArr = new TObjArray(event->GetNumberOfCaloClusters());
1702
1703   for(Int_t icl=0; icl<event->GetNumberOfCaloClusters(); icl++)
1704   {
1705     AliVCluster *cluster = (AliVCluster*) event->GetCaloCluster(icl);
1706     if(geom && !IsGoodCluster(cluster,geom,(AliVCaloCells*)event->GetEMCALCells())) continue;
1707     clusterArr->AddAt(cluster,icl);
1708   }
1709
1710   index = FindMatchedClusterInClusterArr(&emcalParam, &emcalParam, clusterArr, dEta, dPhi);
1711   clusterArr->Clear();
1712   delete clusterArr;
1713
1714   return index;
1715 }
1716
1717 //________________________________________________________________________________________
1718 Int_t  AliEMCALRecoUtils::FindMatchedClusterInClusterArr(AliExternalTrackParam *emcalParam,
1719                                                          AliExternalTrackParam *trkParam,
1720                                                          TObjArray * clusterArr,
1721                                                          Float_t &dEta, Float_t &dPhi)
1722 {
1723   dEta=-999, dPhi=-999;
1724   Float_t dRMax = fCutR, dEtaMax=fCutEta, dPhiMax=fCutPhi;
1725   Int_t index = -1;
1726   Float_t tmpEta=-999, tmpPhi=-999;
1727
1728   Double_t exPos[3] = {0.,0.,0.};
1729   if(!emcalParam->GetXYZ(exPos)) return index;
1730
1731   Float_t clsPos[3] = {0.,0.,0.};
1732   for(Int_t icl=0; icl<clusterArr->GetEntriesFast(); icl++)
1733     {
1734       AliVCluster *cluster = dynamic_cast<AliVCluster*> (clusterArr->At(icl)) ;
1735       if(!cluster || !cluster->IsEMCAL()) continue;
1736       cluster->GetPosition(clsPos);
1737       Double_t dR = TMath::Sqrt(TMath::Power(exPos[0]-clsPos[0],2)+TMath::Power(exPos[1]-clsPos[1],2)+TMath::Power(exPos[2]-clsPos[2],2));
1738       if(dR > fClusterWindow) continue;
1739
1740       AliExternalTrackParam trkPamTmp (*trkParam);//Retrieve the starting point every time before the extrapolation
1741       if(!ExtrapolateTrackToCluster(&trkPamTmp, cluster, fMass, fStepCluster, tmpEta, tmpPhi)) continue;
1742       if(fCutEtaPhiSum)
1743         {
1744           Float_t tmpR=TMath::Sqrt(tmpEta*tmpEta + tmpPhi*tmpPhi);
1745           if(tmpR<dRMax)
1746             {
1747               dRMax=tmpR;
1748               dEtaMax=tmpEta;
1749               dPhiMax=tmpPhi;
1750               index=icl;
1751             }
1752         }
1753       else if(fCutEtaPhiSeparate)
1754         {
1755           if(TMath::Abs(tmpEta)<TMath::Abs(dEtaMax) && TMath::Abs(tmpPhi)<TMath::Abs(dPhiMax))
1756             {
1757               dEtaMax = tmpEta;
1758               dPhiMax = tmpPhi;
1759               index=icl;
1760             }
1761         }
1762       else
1763         {
1764           printf("Error: please specify your cut criteria\n");
1765           printf("To cut on sqrt(dEta^2+dPhi^2), use: SwitchOnCutEtaPhiSum()\n");
1766           printf("To cut on dEta and dPhi separately, use: SwitchOnCutEtaPhiSeparate()\n");
1767           return index;
1768         }
1769     }
1770
1771   dEta=dEtaMax;
1772   dPhi=dPhiMax;
1773
1774   return index;
1775 }
1776
1777 //------------------------------------------------------------------------------------
1778 Bool_t AliEMCALRecoUtils::ExtrapolateTrackToEMCalSurface(AliExternalTrackParam *trkParam,
1779                                                          const Double_t emcalR,
1780                                                          const Double_t mass,
1781                                                          const Double_t step,
1782                                                          Float_t &eta,
1783                                                          Float_t &phi)
1784 {
1785   //Extrapolate track to EMCAL surface
1786
1787   eta = -999, phi = -999;
1788   if(!trkParam) return kFALSE;
1789   if(!AliTrackerBase::PropagateTrackToBxByBz(trkParam, emcalR, mass, step, kTRUE, 0.8, -1)) return kFALSE;
1790   Double_t trkPos[3] = {0.,0.,0.};
1791   if(!trkParam->GetXYZ(trkPos)) return kFALSE;
1792   TVector3 trkPosVec(trkPos[0],trkPos[1],trkPos[2]);
1793   eta = trkPosVec.Eta();
1794   phi = trkPosVec.Phi();
1795   if(phi<0)
1796     phi += 2*TMath::Pi();
1797
1798   return kTRUE;
1799 }
1800
1801 //-----------------------------------------------------------------------------------
1802 Bool_t AliEMCALRecoUtils::ExtrapolateTrackToPosition(AliExternalTrackParam *trkParam,
1803                                                      const Float_t *clsPos,
1804                                                      Double_t mass,
1805                                                      Double_t step,
1806                                                      Float_t &tmpEta,
1807                                                      Float_t &tmpPhi)
1808 {
1809   //
1810   //Return the residual by extrapolating a track param to a global position
1811   //
1812   tmpEta = -999;
1813   tmpPhi = -999;
1814   if(!trkParam) return kFALSE;
1815   Double_t trkPos[3] = {0.,0.,0.};
1816   TVector3 vec(clsPos[0],clsPos[1],clsPos[2]);
1817   Double_t alpha =  ((int)(vec.Phi()*TMath::RadToDeg()/20)+0.5)*20*TMath::DegToRad();
1818   vec.RotateZ(-alpha); //Rotate the cluster to the local extrapolation coordinate system
1819   if(!AliTrackerBase::PropagateTrackToBxByBz(trkParam, vec.X(), mass, step,kTRUE, 0.8, -1)) return kFALSE;
1820   if(!trkParam->GetXYZ(trkPos)) return kFALSE; //Get the extrapolated global position
1821
1822   TVector3 clsPosVec(clsPos[0],clsPos[1],clsPos[2]);
1823   TVector3 trkPosVec(trkPos[0],trkPos[1],trkPos[2]);
1824
1825   // track cluster matching
1826   tmpPhi = clsPosVec.DeltaPhi(trkPosVec);    // tmpPhi is between -pi and pi
1827   tmpEta = clsPosVec.Eta()-trkPosVec.Eta();
1828
1829   return kTRUE;
1830 }
1831
1832 //----------------------------------------------------------------------------------
1833 Bool_t AliEMCALRecoUtils::ExtrapolateTrackToCluster(AliExternalTrackParam *trkParam,
1834                                                     AliVCluster *cluster,
1835                                                     const Double_t mass,
1836                                                     const Double_t step,
1837                                                     Float_t &tmpEta,
1838                                                     Float_t &tmpPhi)
1839 {
1840   //
1841   //Return the residual by extrapolating a track param to a cluster
1842   //
1843   tmpEta = -999;
1844   tmpPhi = -999;
1845   if(!cluster || !trkParam) return kFALSE;
1846
1847   Float_t clsPos[3] = {0.,0.,0.};
1848   cluster->GetPosition(clsPos);
1849
1850   return ExtrapolateTrackToPosition(trkParam, clsPos, mass, step, tmpEta, tmpPhi);
1851 }
1852
1853 //---------------------------------------------------------------------------------
1854 Bool_t AliEMCALRecoUtils::ExtrapolateTrackToCluster(AliExternalTrackParam *trkParam,
1855                                                     AliVCluster *cluster,
1856                                                     Float_t &tmpEta,
1857                                                     Float_t &tmpPhi)
1858 {
1859   //
1860   //Return the residual by extrapolating a track param to a clusterfStepCluster
1861   //
1862
1863   return ExtrapolateTrackToCluster(trkParam, cluster, fMass, fStepCluster, tmpEta, tmpPhi);
1864 }
1865
1866 //_______________________________________________________________________
1867 void AliEMCALRecoUtils::GetMatchedResiduals(const Int_t clsIndex,
1868                                             Float_t &dEta, Float_t &dPhi)
1869 {
1870   //Given a cluster index as in AliESDEvent::GetCaloCluster(clsIndex)
1871   //Get the residuals dEta and dPhi for this cluster to the closest track
1872   //Works with ESDs and AODs
1873
1874   if( FindMatchedPosForCluster(clsIndex) >= 999 )
1875   {
1876     AliDebug(2,"No matched tracks found!\n");
1877     dEta=999.;
1878     dPhi=999.;
1879     return;
1880   }
1881   dEta = fResidualEta->At(FindMatchedPosForCluster(clsIndex));
1882   dPhi = fResidualPhi->At(FindMatchedPosForCluster(clsIndex));
1883 }
1884
1885 //______________________________________________________________________________________________
1886 void AliEMCALRecoUtils::GetMatchedClusterResiduals(Int_t trkIndex, Float_t &dEta, Float_t &dPhi)
1887 {
1888   //Given a track index as in AliESDEvent::GetTrack(trkIndex)
1889   //Get the residuals dEta and dPhi for this track to the closest cluster
1890   //Works with ESDs and AODs
1891
1892   if( FindMatchedPosForTrack(trkIndex) >= 999 )
1893   {
1894     AliDebug(2,"No matched cluster found!\n");
1895     dEta=999.;
1896     dPhi=999.;
1897     return;
1898   }
1899   dEta = fResidualEta->At(FindMatchedPosForTrack(trkIndex));
1900   dPhi = fResidualPhi->At(FindMatchedPosForTrack(trkIndex));
1901 }
1902
1903 //__________________________________________________________
1904 Int_t AliEMCALRecoUtils::GetMatchedTrackIndex(Int_t clsIndex)
1905 {
1906   //Given a cluster index as in AliESDEvent::GetCaloCluster(clsIndex)
1907   //Get the index of matched track to this cluster
1908   //Works with ESDs and AODs
1909
1910   if(IsClusterMatched(clsIndex))
1911     return fMatchedTrackIndex->At(FindMatchedPosForCluster(clsIndex));
1912   else
1913     return -1;
1914 }
1915
1916 //__________________________________________________________
1917 Int_t AliEMCALRecoUtils::GetMatchedClusterIndex(Int_t trkIndex)
1918 {
1919   //Given a track index as in AliESDEvent::GetTrack(trkIndex)
1920   //Get the index of matched cluster to this track
1921   //Works with ESDs and AODs
1922
1923   if(IsTrackMatched(trkIndex))
1924     return fMatchedClusterIndex->At(FindMatchedPosForTrack(trkIndex));
1925   else
1926     return -1;
1927 }
1928
1929 //__________________________________________________
1930 Bool_t AliEMCALRecoUtils::IsClusterMatched(Int_t clsIndex) const
1931 {
1932   //Given a cluster index as in AliESDEvent::GetCaloCluster(clsIndex)
1933   //Returns if the cluster has a match
1934   if(FindMatchedPosForCluster(clsIndex) < 999)
1935     return kTRUE;
1936   else
1937     return kFALSE;
1938 }
1939
1940 //__________________________________________________
1941 Bool_t AliEMCALRecoUtils::IsTrackMatched(Int_t trkIndex) const
1942 {
1943   //Given a track index as in AliESDEvent::GetTrack(trkIndex)
1944   //Returns if the track has a match
1945   if(FindMatchedPosForTrack(trkIndex) < 999)
1946     return kTRUE;
1947   else
1948     return kFALSE;
1949 }
1950
1951 //__________________________________________________________
1952 UInt_t AliEMCALRecoUtils::FindMatchedPosForCluster(Int_t clsIndex) const
1953 {
1954   //Given a cluster index as in AliESDEvent::GetCaloCluster(clsIndex)
1955   //Returns the position of the match in the fMatchedClusterIndex array
1956   Float_t tmpR = fCutR;
1957   UInt_t pos = 999;
1958
1959   for(Int_t i=0; i<fMatchedClusterIndex->GetSize(); i++) {
1960     if(fMatchedClusterIndex->At(i)==clsIndex) {
1961       Float_t r = TMath::Sqrt(fResidualEta->At(i)*fResidualEta->At(i) + fResidualPhi->At(i)*fResidualPhi->At(i));
1962       if(r<tmpR) {
1963         pos=i;
1964         tmpR=r;
1965         AliDebug(3,Form("Matched cluster index: index: %d, dEta: %2.4f, dPhi: %2.4f.\n",fMatchedClusterIndex->At(i),fResidualEta->At(i),fResidualPhi->At(i)));
1966       }
1967     }
1968   }
1969   return pos;
1970 }
1971
1972 //__________________________________________________________
1973 UInt_t AliEMCALRecoUtils::FindMatchedPosForTrack(Int_t trkIndex) const
1974 {
1975   //Given a track index as in AliESDEvent::GetTrack(trkIndex)
1976   //Returns the position of the match in the fMatchedTrackIndex array
1977   Float_t tmpR = fCutR;
1978   UInt_t pos = 999;
1979
1980   for(Int_t i=0; i<fMatchedTrackIndex->GetSize(); i++) {
1981     if(fMatchedTrackIndex->At(i)==trkIndex) {
1982       Float_t r = TMath::Sqrt(fResidualEta->At(i)*fResidualEta->At(i) + fResidualPhi->At(i)*fResidualPhi->At(i));
1983       if(r<tmpR) {
1984         pos=i;
1985         tmpR=r;
1986         AliDebug(3,Form("Matched track index: index: %d, dEta: %2.4f, dPhi: %2.4f.\n",fMatchedTrackIndex->At(i),fResidualEta->At(i),fResidualPhi->At(i)));
1987       }
1988     }
1989   }
1990   return pos;
1991 }
1992
1993 //__________________________________________________________________________
1994 Bool_t AliEMCALRecoUtils::IsGoodCluster(AliVCluster *cluster,
1995                                         const AliEMCALGeometry *geom,
1996                                         AliVCaloCells* cells,const Int_t bc)
1997 {
1998   // check if the cluster survives some quality cut
1999   //
2000   //
2001   Bool_t isGood=kTRUE;
2002
2003   if(!cluster || !cluster->IsEMCAL())              return kFALSE;
2004
2005   if(ClusterContainsBadChannel(geom,cluster->GetCellsAbsId(),cluster->GetNCells())) return kFALSE;
2006
2007   if(!CheckCellFiducialRegion(geom,cluster,cells)) return kFALSE;
2008
2009   if(IsExoticCluster(cluster, cells,bc))           return kFALSE;
2010
2011   return isGood;
2012 }
2013
2014 //__________________________________________________________
2015 Bool_t AliEMCALRecoUtils::IsAccepted(AliESDtrack *esdTrack)
2016 {
2017   // Given a esd track, return whether the track survive all the cuts
2018
2019   // The different quality parameter are first
2020   // retrieved from the track. then it is found out what cuts the
2021   // track did not survive and finally the cuts are imposed.
2022
2023   UInt_t status = esdTrack->GetStatus();
2024
2025   Int_t nClustersITS = esdTrack->GetITSclusters(0);
2026   Int_t nClustersTPC = esdTrack->GetTPCclusters(0);
2027
2028   Float_t chi2PerClusterITS = -1;
2029   Float_t chi2PerClusterTPC = -1;
2030   if (nClustersITS!=0)
2031     chi2PerClusterITS = esdTrack->GetITSchi2()/Float_t(nClustersITS);
2032   if (nClustersTPC!=0)
2033     chi2PerClusterTPC = esdTrack->GetTPCchi2()/Float_t(nClustersTPC);
2034
2035
2036   //DCA cuts
2037   if(fTrackCutsType==kGlobalCut)
2038     {
2039       Float_t maxDCAToVertexXYPtDep = 0.0182 + 0.0350/TMath::Power(esdTrack->Pt(),1.01); //This expression comes from AliESDtrackCuts::GetStandardITSTPCTrackCuts2010()
2040       //AliDebug(3,Form("Track pT = %f, DCAtoVertexXY = %f",esdTrack->Pt(),MaxDCAToVertexXYPtDep));
2041       SetMaxDCAToVertexXY(maxDCAToVertexXYPtDep); //Set pT dependent DCA cut to vertex in x-y plane
2042     }
2043
2044
2045   Float_t b[2];
2046   Float_t bCov[3];
2047   esdTrack->GetImpactParameters(b,bCov);
2048   if (bCov[0]<=0 || bCov[2]<=0) {
2049     AliDebug(1, "Estimated b resolution lower or equal zero!");
2050     bCov[0]=0; bCov[2]=0;
2051   }
2052
2053   Float_t dcaToVertexXY = b[0];
2054   Float_t dcaToVertexZ = b[1];
2055   Float_t dcaToVertex = -1;
2056
2057   if (fCutDCAToVertex2D)
2058     dcaToVertex = TMath::Sqrt(dcaToVertexXY*dcaToVertexXY/fCutMaxDCAToVertexXY/fCutMaxDCAToVertexXY + dcaToVertexZ*dcaToVertexZ/fCutMaxDCAToVertexZ/fCutMaxDCAToVertexZ);
2059   else
2060     dcaToVertex = TMath::Sqrt(dcaToVertexXY*dcaToVertexXY + dcaToVertexZ*dcaToVertexZ);
2061
2062   // cut the track?
2063
2064   Bool_t cuts[kNCuts];
2065   for (Int_t i=0; i<kNCuts; i++) cuts[i]=kFALSE;
2066
2067   // track quality cuts
2068   if (fCutRequireTPCRefit && (status&AliESDtrack::kTPCrefit)==0)
2069     cuts[0]=kTRUE;
2070   if (fCutRequireITSRefit && (status&AliESDtrack::kITSrefit)==0)
2071     cuts[1]=kTRUE;
2072   if (nClustersTPC<fCutMinNClusterTPC)
2073     cuts[2]=kTRUE;
2074   if (nClustersITS<fCutMinNClusterITS)
2075     cuts[3]=kTRUE;
2076   if (chi2PerClusterTPC>fCutMaxChi2PerClusterTPC)
2077     cuts[4]=kTRUE;
2078   if (chi2PerClusterITS>fCutMaxChi2PerClusterITS)
2079     cuts[5]=kTRUE;
2080   if (!fCutAcceptKinkDaughters && esdTrack->GetKinkIndex(0)>0)
2081     cuts[6]=kTRUE;
2082   if (fCutDCAToVertex2D && dcaToVertex > 1)
2083     cuts[7] = kTRUE;
2084   if (!fCutDCAToVertex2D && TMath::Abs(dcaToVertexXY) > fCutMaxDCAToVertexXY)
2085     cuts[8] = kTRUE;
2086   if (!fCutDCAToVertex2D && TMath::Abs(dcaToVertexZ) > fCutMaxDCAToVertexZ)
2087     cuts[9] = kTRUE;
2088
2089   if(fTrackCutsType==kGlobalCut)
2090     {
2091       //Require at least one SPD point + anything else in ITS
2092       if( (esdTrack->HasPointOnITSLayer(0) || esdTrack->HasPointOnITSLayer(1)) == kFALSE)
2093         cuts[10] = kTRUE;
2094     }
2095
2096   Bool_t cut=kFALSE;
2097   for (Int_t i=0; i<kNCuts; i++)
2098     if (cuts[i]) {cut = kTRUE;}
2099
2100     // cut the track
2101   if (cut)
2102     return kFALSE;
2103   else
2104     return kTRUE;
2105 }
2106
2107 //_____________________________________
2108 void AliEMCALRecoUtils::InitTrackCuts()
2109 {
2110   //Intilize the track cut criteria
2111   //By default these cuts are set according to AliESDtrackCuts::GetStandardTPCOnlyTrackCuts()
2112   //Also you can customize the cuts using the setters
2113
2114   switch (fTrackCutsType)
2115   {
2116     case kTPCOnlyCut:
2117     {
2118       AliInfo(Form("Track cuts for matching: GetStandardTPCOnlyTrackCuts()"));
2119       //TPC
2120       SetMinNClustersTPC(70);
2121       SetMaxChi2PerClusterTPC(4);
2122       SetAcceptKinkDaughters(kFALSE);
2123       SetRequireTPCRefit(kFALSE);
2124
2125       //ITS
2126       SetRequireITSRefit(kFALSE);
2127       SetMaxDCAToVertexZ(3.2);
2128       SetMaxDCAToVertexXY(2.4);
2129       SetDCAToVertex2D(kTRUE);
2130
2131       break;
2132     }
2133
2134     case kGlobalCut:
2135     {
2136       AliInfo(Form("Track cuts for matching: GetStandardITSTPCTrackCuts2010(kTURE)"));
2137       //TPC
2138       SetMinNClustersTPC(70);
2139       SetMaxChi2PerClusterTPC(4);
2140       SetAcceptKinkDaughters(kFALSE);
2141       SetRequireTPCRefit(kTRUE);
2142
2143       //ITS
2144       SetRequireITSRefit(kTRUE);
2145       SetMaxDCAToVertexZ(2);
2146       SetMaxDCAToVertexXY();
2147       SetDCAToVertex2D(kFALSE);
2148
2149       break;
2150     }
2151
2152     case kLooseCut:
2153     {
2154       AliInfo(Form("Track cuts for matching: Loose cut w/o DCA cut"));
2155       SetMinNClustersTPC(50);
2156       SetAcceptKinkDaughters(kTRUE);
2157
2158       break;
2159     }
2160   }
2161 }
2162
2163
2164 //________________________________________________________________________
2165 void AliEMCALRecoUtils::SetClusterMatchedToTrack(const AliESDEvent *event)
2166 {
2167   // Checks if tracks are matched to EMC clusters and set the matched EMCAL cluster index to ESD track.
2168
2169   Int_t nTracks = event->GetNumberOfTracks();
2170   for (Int_t iTrack = 0; iTrack < nTracks; ++iTrack) {
2171     AliESDtrack* track = event->GetTrack(iTrack);
2172     if (!track) {
2173       AliWarning(Form("Could not receive track %d", iTrack));
2174       continue;
2175     }
2176     Int_t matchClusIndex = GetMatchedClusterIndex(iTrack);
2177     track->SetEMCALcluster(matchClusIndex); //sets -1 if track not matched within residual
2178     if(matchClusIndex != -1)
2179       track->SetStatus(AliESDtrack::kEMCALmatch);
2180     else
2181       track->ResetStatus(AliESDtrack::kEMCALmatch);
2182   }
2183   AliDebug(2,"Track matched to closest cluster");
2184 }
2185
2186 //_________________________________________________________________________
2187 void AliEMCALRecoUtils::SetTracksMatchedToCluster(const AliESDEvent *event)
2188 {
2189   // Checks if EMC clusters are matched to ESD track.
2190   // Adds track indexes of all the tracks matched to a cluster withing residuals in ESDCalocluster.
2191
2192   for (Int_t iClus=0; iClus < event->GetNumberOfCaloClusters(); ++iClus) {
2193     AliESDCaloCluster *cluster = event->GetCaloCluster(iClus);
2194     if (!cluster->IsEMCAL())
2195       continue;
2196
2197     Int_t nTracks = event->GetNumberOfTracks();
2198     TArrayI arrayTrackMatched(nTracks);
2199
2200     // Get the closest track matched to the cluster
2201     Int_t nMatched = 0;
2202     Int_t matchTrackIndex = GetMatchedTrackIndex(iClus);
2203     if (matchTrackIndex != -1) {
2204       arrayTrackMatched[nMatched] = matchTrackIndex;
2205       nMatched++;
2206     }
2207
2208     // Get all other tracks matched to the cluster
2209     for(Int_t iTrk=0; iTrk<nTracks; ++iTrk) {
2210       AliESDtrack* track = event->GetTrack(iTrk);
2211       if(iTrk == matchTrackIndex) continue;
2212       if(track->GetEMCALcluster() == iClus){
2213         arrayTrackMatched[nMatched] = iTrk;
2214         ++nMatched;
2215       }
2216     }
2217
2218     //printf("Tender::SetTracksMatchedToCluster - cluster E %f, N matches %d, first match %d\n",cluster->E(),nMatched,arrayTrackMatched[0]);
2219
2220     arrayTrackMatched.Set(nMatched);
2221     cluster->AddTracksMatched(arrayTrackMatched);
2222
2223     Float_t eta= -999, phi = -999;
2224     if (matchTrackIndex != -1)
2225       GetMatchedResiduals(iClus, eta, phi);
2226     cluster->SetTrackDistance(phi, eta);
2227   }
2228
2229   AliDebug(2,"Cluster matched to tracks");
2230 }
2231
2232
2233 //___________________________________________________
2234 void AliEMCALRecoUtils::Print(const Option_t *) const
2235 {
2236   // Print Parameters
2237
2238   printf("AliEMCALRecoUtils Settings: \n");
2239   printf("Misalignment shifts\n");
2240   for(Int_t i=0; i<5; i++) printf("\t sector %d, traslation (x,y,z)=(%f,%f,%f), rotation (x,y,z)=(%f,%f,%f)\n",i,
2241                                   fMisalTransShift[i*3],fMisalTransShift[i*3+1],fMisalTransShift[i*3+2],
2242                                   fMisalRotShift[i*3],  fMisalRotShift[i*3+1],  fMisalRotShift[i*3+2]   );
2243   printf("Non linearity function %d, parameters:\n", fNonLinearityFunction);
2244   for(Int_t i=0; i<6; i++) printf("param[%d]=%f\n",i, fNonLinearityParams[i]);
2245
2246   printf("Position Recalculation option %d, Particle Type %d, fW0 %2.2f, Recalibrate Data %d \n",fPosAlgo,fParticleType,fW0, fRecalibration);
2247
2248   printf("Matching criteria: ");
2249   if(fCutEtaPhiSum)
2250     {
2251       printf("sqrt(dEta^2+dPhi^2)<%4.3f\n",fCutR);
2252     }
2253   else if(fCutEtaPhiSeparate)
2254     {
2255       printf("dEta<%4.3f, dPhi<%4.3f\n",fCutEta,fCutPhi);
2256     }
2257   else
2258     {
2259       printf("Error\n");
2260       printf("please specify your cut criteria\n");
2261       printf("To cut on sqrt(dEta^2+dPhi^2), use: SwitchOnCutEtaPhiSum()\n");
2262       printf("To cut on dEta and dPhi separately, use: SwitchOnCutEtaPhiSeparate()\n");
2263     }
2264
2265   printf("Mass hypothesis = %2.3f [GeV/c^2], extrapolation step to surface = %2.2f[cm], step to cluster = %2.2f[cm]\n",fMass,fStepSurface, fStepCluster);
2266   printf("Cluster selection window: dR < %2.0f\n",fClusterWindow);
2267
2268   printf("Track cuts: \n");
2269   printf("Minimum track pT: %1.2f\n",fCutMinTrackPt);
2270   printf("AOD track selection mask: %d\n",fAODFilterMask);
2271   printf("TPCRefit = %d, ITSRefit = %d\n",fCutRequireTPCRefit,fCutRequireITSRefit);
2272   printf("AcceptKinks = %d\n",fCutAcceptKinkDaughters);
2273   printf("MinNCulsterTPC = %d, MinNClusterITS = %d\n",fCutMinNClusterTPC,fCutMinNClusterITS);
2274   printf("MaxChi2TPC = %2.2f, MaxChi2ITS = %2.2f\n",fCutMaxChi2PerClusterTPC,fCutMaxChi2PerClusterITS);
2275   printf("DCSToVertex2D = %d, MaxDCAToVertexXY = %2.2f, MaxDCAToVertexZ = %2.2f\n",fCutDCAToVertex2D,fCutMaxDCAToVertexXY,fCutMaxDCAToVertexZ);
2276 }
2277
2278 //_____________________________________________________________________
2279 void AliEMCALRecoUtils::SetRunDependentCorrections(Int_t runnumber)
2280 {
2281   //Get EMCAL time dependent corrections from file and put them in the recalibration histograms
2282   //Do it only once and only if it is requested
2283
2284   if(!fUseRunCorrectionFactors) return;
2285   if(fRunCorrectionFactorsSet)  return;
2286
2287   AliInfo(Form("AliEMCALRecoUtils::GetRunDependentCorrections() - Get Correction Factors for Run number %d\n",runnumber));
2288
2289   AliEMCALCalibTimeDepCorrection  *corr =  new AliEMCALCalibTimeDepCorrection();
2290   corr->ReadRootInfo(Form("CorrectionFiles/Run%d_Correction.root",runnumber));
2291
2292   SwitchOnRecalibration();
2293   for(Int_t ism = 0; ism < 4; ism++){
2294     for(Int_t icol = 0; icol < 48; icol++){
2295       for(Int_t irow = 0; irow < 24; irow++){
2296         Float_t orgRecalFactor = GetEMCALChannelRecalibrationFactors(ism)->GetBinContent(icol,irow);
2297         Float_t newRecalFactor = orgRecalFactor*corr->GetCorrection(ism, icol,irow,0);
2298         GetEMCALChannelRecalibrationFactors(ism)->SetBinContent(icol,irow,newRecalFactor);
2299         //printf("ism %d, icol %d, irow %d, corrections : org %f, time dep %f, final %f (org*time %f)\n",ism, icol, irow,
2300         //        orgRecalFactor, corr->GetCorrection(ism, icol,irow,0),
2301         //       (GetEMCALChannelRecalibrationFactors(ism))->GetBinContent(icol,irow),newRecalFactor);
2302       }
2303     }
2304   }
2305   fRunCorrectionFactorsSet = kTRUE;
2306 }