Add getters for exotic cell parameters, move E cross calculation to a separate method
[u/mrichter/AliRoot.git] / EMCAL / AliEMCALRecoUtils.cxx
1 /**************************************************************************
2  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
3  *                                                                        *
4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
6  *                                                                        *
7  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
9  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
10  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
11  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
12  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
14  **************************************************************************/
15
16 /* $Id: AliEMCALRecoUtils.cxx 33808 2009-07-15 09:48:08Z gconesab $ */
17
18 ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
19 //
20 // Class AliEMCALRecoUtils
21 // Some utilities to recalculate the cluster position or energy linearity
22 //
23 //
24 // Author:  Gustavo Conesa (LPSC- Grenoble) 
25 //          Track matching part: Rongrong Ma (Yale)
26
27 ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
28 // --- standard c ---
29
30 // standard C++ includes
31 //#include <Riostream.h>
32
33 // ROOT includes
34 #include <TGeoManager.h>
35 #include <TGeoMatrix.h>
36 #include <TGeoBBox.h>
37 #include <TH2F.h>
38 #include <TArrayI.h>
39 #include <TArrayF.h>
40 #include <TObjArray.h>
41
42 // STEER includes
43 #include "AliVCluster.h"
44 #include "AliVCaloCells.h"
45 #include "AliLog.h"
46 #include "AliPID.h"
47 #include "AliESDEvent.h"
48 #include "AliAODEvent.h"
49 #include "AliESDtrack.h"
50 #include "AliAODTrack.h"
51 #include "AliExternalTrackParam.h"
52 #include "AliESDfriendTrack.h"
53 #include "AliTrackerBase.h"
54
55 // EMCAL includes
56 #include "AliEMCALRecoUtils.h"
57 #include "AliEMCALGeometry.h"
58 #include "AliTrackerBase.h"
59 #include "AliEMCALPIDUtils.h"
60
61
62 ClassImp(AliEMCALRecoUtils)
63   
64 //_____________________________________
65 AliEMCALRecoUtils::AliEMCALRecoUtils():
66   fParticleType(0),                       fPosAlgo(0),                            fW0(0), 
67   fNonLinearityFunction(0),               fNonLinearThreshold(0),
68   fSmearClusterEnergy(kFALSE),            fRandom(),
69   fCellsRecalibrated(kFALSE),             fRecalibration(kFALSE),                 fEMCALRecalibrationFactors(),
70   fTimeRecalibration(kFALSE),             fEMCALTimeRecalibrationFactors(),       fUseRunCorrectionFactors(kFALSE),       
71   fRemoveBadChannels(kFALSE),             fRecalDistToBadChannels(kFALSE),        fEMCALBadChannelMap(),
72   fNCellsFromEMCALBorder(0),              fNoEMCALBorderAtEta0(kTRUE),
73   fRejectExoticCluster(kFALSE),           fRejectExoticCells(kFALSE), 
74   fExoticCellFraction(0),                 fExoticCellDiffTime(0),                 fExoticCellMinAmplitude(0),
75   fPIDUtils(),                            fAODFilterMask(0),
76   fMatchedTrackIndex(0x0),                fMatchedClusterIndex(0x0), 
77   fResidualEta(0x0), fResidualPhi(0x0),   fCutEtaPhiSum(kFALSE),                  fCutEtaPhiSeparate(kFALSE), 
78   fCutR(0),                               fCutEta(0),                             fCutPhi(0),
79   fClusterWindow(0),                      fMass(0),                           
80   fStepSurface(0),                        fStepCluster(0),
81   fTrackCutsType(0),                      fCutMinTrackPt(0),                      fCutMinNClusterTPC(0), 
82   fCutMinNClusterITS(0),                  fCutMaxChi2PerClusterTPC(0),            fCutMaxChi2PerClusterITS(0),
83   fCutRequireTPCRefit(kFALSE),            fCutRequireITSRefit(kFALSE),            fCutAcceptKinkDaughters(kFALSE),
84   fCutMaxDCAToVertexXY(0),                fCutMaxDCAToVertexZ(0),                 fCutDCAToVertex2D(kFALSE)
85 {
86 //
87   // Constructor.
88   // Initialize all constant values which have to be used
89   // during Reco algorithm execution
90   //
91   
92   // Init parameters
93   InitParameters();
94   
95   //Track matching
96   fMatchedTrackIndex     = new TArrayI();
97   fMatchedClusterIndex   = new TArrayI();
98   fResidualPhi           = new TArrayF();
99   fResidualEta           = new TArrayF();
100   fPIDUtils              = new AliEMCALPIDUtils();
101
102   InitTrackCuts();
103 }
104
105 //______________________________________________________________________
106 AliEMCALRecoUtils::AliEMCALRecoUtils(const AliEMCALRecoUtils & reco) 
107 : TNamed(reco), 
108   fParticleType(reco.fParticleType),                         fPosAlgo(reco.fPosAlgo),     fW0(reco.fW0),
109   fNonLinearityFunction(reco.fNonLinearityFunction),         fNonLinearThreshold(reco.fNonLinearThreshold),
110   fSmearClusterEnergy(reco.fSmearClusterEnergy),             fRandom(),
111   fCellsRecalibrated(reco.fCellsRecalibrated),
112   fRecalibration(reco.fRecalibration),                       fEMCALRecalibrationFactors(reco.fEMCALRecalibrationFactors),
113   fTimeRecalibration(reco.fTimeRecalibration),               fEMCALTimeRecalibrationFactors(reco.fEMCALTimeRecalibrationFactors),
114   fUseRunCorrectionFactors(reco.fUseRunCorrectionFactors),   
115   fRemoveBadChannels(reco.fRemoveBadChannels),               fRecalDistToBadChannels(reco.fRecalDistToBadChannels),
116   fEMCALBadChannelMap(reco.fEMCALBadChannelMap),
117   fNCellsFromEMCALBorder(reco.fNCellsFromEMCALBorder),       fNoEMCALBorderAtEta0(reco.fNoEMCALBorderAtEta0),
118   fRejectExoticCluster(reco.fRejectExoticCluster),           fRejectExoticCells(reco.fRejectExoticCells), 
119   fExoticCellFraction(reco.fExoticCellFraction),             fExoticCellDiffTime(reco.fExoticCellDiffTime),               
120   fExoticCellMinAmplitude(reco.fExoticCellMinAmplitude),
121   fPIDUtils(reco.fPIDUtils),                                 fAODFilterMask(reco.fAODFilterMask),
122   fMatchedTrackIndex(  reco.fMatchedTrackIndex?  new TArrayI(*reco.fMatchedTrackIndex):0x0),
123   fMatchedClusterIndex(reco.fMatchedClusterIndex?new TArrayI(*reco.fMatchedClusterIndex):0x0),
124   fResidualEta(        reco.fResidualEta?        new TArrayF(*reco.fResidualEta):0x0),
125   fResidualPhi(        reco.fResidualPhi?        new TArrayF(*reco.fResidualPhi):0x0),
126   fCutEtaPhiSum(reco.fCutEtaPhiSum),                         fCutEtaPhiSeparate(reco.fCutEtaPhiSeparate), 
127   fCutR(reco.fCutR),        fCutEta(reco.fCutEta),           fCutPhi(reco.fCutPhi),
128   fClusterWindow(reco.fClusterWindow),
129   fMass(reco.fMass),        fStepSurface(reco.fStepSurface), fStepCluster(reco.fStepCluster),
130   fTrackCutsType(reco.fTrackCutsType),                       fCutMinTrackPt(reco.fCutMinTrackPt), 
131   fCutMinNClusterTPC(reco.fCutMinNClusterTPC),               fCutMinNClusterITS(reco.fCutMinNClusterITS), 
132   fCutMaxChi2PerClusterTPC(reco.fCutMaxChi2PerClusterTPC),   fCutMaxChi2PerClusterITS(reco.fCutMaxChi2PerClusterITS),
133   fCutRequireTPCRefit(reco.fCutRequireTPCRefit),             fCutRequireITSRefit(reco.fCutRequireITSRefit),
134   fCutAcceptKinkDaughters(reco.fCutAcceptKinkDaughters),     fCutMaxDCAToVertexXY(reco.fCutMaxDCAToVertexXY),    
135   fCutMaxDCAToVertexZ(reco.fCutMaxDCAToVertexZ),             fCutDCAToVertex2D(reco.fCutDCAToVertex2D)
136 {
137   //Copy ctor
138   
139   for(Int_t i = 0; i < 15 ; i++) { fMisalRotShift[i]      = reco.fMisalRotShift[i]      ; 
140                                    fMisalTransShift[i]    = reco.fMisalTransShift[i]    ; } 
141   for(Int_t i = 0; i < 7  ; i++) { fNonLinearityParams[i] = reco.fNonLinearityParams[i] ; }
142   for(Int_t i = 0; i < 3  ; i++) { fSmearClusterParam[i]  = reco.fSmearClusterParam[i]  ; }
143
144 }
145
146
147 //______________________________________________________________________
148 AliEMCALRecoUtils & AliEMCALRecoUtils::operator = (const AliEMCALRecoUtils & reco) 
149 {
150   //Assignment operator
151   
152   if(this == &reco)return *this;
153   ((TNamed *)this)->operator=(reco);
154
155   for(Int_t i = 0; i < 15 ; i++) { fMisalTransShift[i]    = reco.fMisalTransShift[i]    ; 
156                                    fMisalRotShift[i]      = reco.fMisalRotShift[i]      ; }
157   for(Int_t i = 0; i < 7  ; i++) { fNonLinearityParams[i] = reco.fNonLinearityParams[i] ; }
158   for(Int_t i = 0; i < 3  ; i++) { fSmearClusterParam[i]  = reco.fSmearClusterParam[i]  ; }   
159   
160   fParticleType              = reco.fParticleType;
161   fPosAlgo                   = reco.fPosAlgo; 
162   fW0                        = reco.fW0;
163   
164   fNonLinearityFunction      = reco.fNonLinearityFunction;
165   fNonLinearThreshold        = reco.fNonLinearThreshold;
166   fSmearClusterEnergy        = reco.fSmearClusterEnergy;
167
168   fCellsRecalibrated         = reco.fCellsRecalibrated;
169   fRecalibration             = reco.fRecalibration;
170   fEMCALRecalibrationFactors = reco.fEMCALRecalibrationFactors;
171
172   fTimeRecalibration             = reco.fTimeRecalibration;
173   fEMCALTimeRecalibrationFactors = reco.fEMCALTimeRecalibrationFactors;
174
175   fUseRunCorrectionFactors   = reco.fUseRunCorrectionFactors;
176   
177   fRemoveBadChannels         = reco.fRemoveBadChannels;
178   fRecalDistToBadChannels    = reco.fRecalDistToBadChannels;
179   fEMCALBadChannelMap        = reco.fEMCALBadChannelMap;
180   
181   fNCellsFromEMCALBorder     = reco.fNCellsFromEMCALBorder;
182   fNoEMCALBorderAtEta0       = reco.fNoEMCALBorderAtEta0;
183   
184   fRejectExoticCluster       = reco.fRejectExoticCluster;           
185   fRejectExoticCells         = reco.fRejectExoticCells; 
186   fExoticCellFraction        = reco.fExoticCellFraction;
187   fExoticCellDiffTime        = reco.fExoticCellDiffTime;              
188   fExoticCellMinAmplitude    = reco.fExoticCellMinAmplitude;
189   
190   fPIDUtils                  = reco.fPIDUtils;
191
192   fAODFilterMask             = reco.fAODFilterMask;
193   
194   fCutEtaPhiSum              = reco.fCutEtaPhiSum;
195   fCutEtaPhiSeparate         = reco.fCutEtaPhiSeparate;
196   fCutR                      = reco.fCutR;
197   fCutEta                    = reco.fCutEta;
198   fCutPhi                    = reco.fCutPhi;
199   fClusterWindow             = reco.fClusterWindow;
200   fMass                      = reco.fMass;
201   fStepSurface               = reco.fStepSurface;
202   fStepCluster               = reco.fStepCluster;
203
204   fTrackCutsType             = reco.fTrackCutsType;
205   fCutMinTrackPt             = reco.fCutMinTrackPt;
206   fCutMinNClusterTPC         = reco.fCutMinNClusterTPC;
207   fCutMinNClusterITS         = reco.fCutMinNClusterITS; 
208   fCutMaxChi2PerClusterTPC   = reco.fCutMaxChi2PerClusterTPC;
209   fCutMaxChi2PerClusterITS   = reco.fCutMaxChi2PerClusterITS;
210   fCutRequireTPCRefit        = reco.fCutRequireTPCRefit;
211   fCutRequireITSRefit        = reco.fCutRequireITSRefit;
212   fCutAcceptKinkDaughters    = reco.fCutAcceptKinkDaughters;
213   fCutMaxDCAToVertexXY       = reco.fCutMaxDCAToVertexXY;
214   fCutMaxDCAToVertexZ        = reco.fCutMaxDCAToVertexZ;
215   fCutDCAToVertex2D          = reco.fCutDCAToVertex2D;
216   
217   if(reco.fResidualEta)
218   {
219     // assign or copy construct
220     if(fResidualEta)
221     { 
222       *fResidualEta = *reco.fResidualEta;
223     }
224     else 
225     {
226       fResidualEta = new TArrayF(*reco.fResidualEta);
227     }
228   }
229   else
230   {
231     if(fResidualEta)delete fResidualEta;
232     fResidualEta = 0;
233   }
234   
235   if(reco.fResidualPhi)
236   {
237     // assign or copy construct
238     if(fResidualPhi)
239     { 
240       *fResidualPhi = *reco.fResidualPhi;
241     }
242     else 
243     {
244       fResidualPhi = new TArrayF(*reco.fResidualPhi);
245     }
246   }
247   else
248   {
249     if(fResidualPhi)delete fResidualPhi;
250     fResidualPhi = 0;
251   }
252   
253   if(reco.fMatchedTrackIndex)
254   {
255     // assign or copy construct
256     if(fMatchedTrackIndex)
257     { 
258       *fMatchedTrackIndex = *reco.fMatchedTrackIndex;
259     }
260     else 
261     { 
262       fMatchedTrackIndex = new TArrayI(*reco.fMatchedTrackIndex);
263     }
264   }
265   else
266   {
267     if(fMatchedTrackIndex)delete fMatchedTrackIndex;
268     fMatchedTrackIndex = 0;
269   }  
270   
271   if(reco.fMatchedClusterIndex)
272   {
273     // assign or copy construct
274     if(fMatchedClusterIndex)
275     { 
276       *fMatchedClusterIndex = *reco.fMatchedClusterIndex;
277     }
278     else 
279     {
280       fMatchedClusterIndex = new TArrayI(*reco.fMatchedClusterIndex);
281     }
282   }
283   else
284   {
285     if(fMatchedClusterIndex)delete fMatchedClusterIndex;
286     fMatchedClusterIndex = 0;
287   }
288    
289   return *this;
290 }
291
292
293 //_____________________________________
294 AliEMCALRecoUtils::~AliEMCALRecoUtils()
295 {
296   //Destructor.
297   
298   if(fEMCALRecalibrationFactors) 
299   { 
300     fEMCALRecalibrationFactors->Clear();
301     delete fEMCALRecalibrationFactors;
302   }  
303   
304   if(fEMCALTimeRecalibrationFactors) 
305   { 
306     fEMCALTimeRecalibrationFactors->Clear();
307     delete fEMCALTimeRecalibrationFactors;
308   }  
309   
310   if(fEMCALBadChannelMap) 
311   { 
312     fEMCALBadChannelMap->Clear();
313     delete fEMCALBadChannelMap;
314   }
315  
316   delete fMatchedTrackIndex   ; 
317   delete fMatchedClusterIndex ; 
318   delete fResidualEta         ; 
319   delete fResidualPhi         ; 
320   delete fPIDUtils            ;
321
322   InitTrackCuts();
323 }
324
325 //_______________________________________________________________________________
326 Bool_t AliEMCALRecoUtils::AcceptCalibrateCell(const Int_t absID, const Int_t bc,
327                                               Float_t  & amp,    Double_t & time, 
328                                               AliVCaloCells* cells) 
329 {
330   // Reject cell if criteria not passed and calibrate it
331   
332   AliEMCALGeometry* geom = AliEMCALGeometry::GetInstance();
333   
334   if(absID < 0 || absID >= 24*48*geom->GetNumberOfSuperModules()) return kFALSE;
335   
336   Int_t imod = -1, iphi =-1, ieta=-1,iTower = -1, iIphi = -1, iIeta = -1; 
337   
338   if(!geom->GetCellIndex(absID,imod,iTower,iIphi,iIeta)) 
339   {
340     // cell absID does not exist
341     amp=0; time = 1.e9;
342     return kFALSE; 
343   }
344   
345   geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(imod,iTower,iIphi, iIeta,iphi,ieta);  
346
347   // Do not include bad channels found in analysis,
348   if( IsBadChannelsRemovalSwitchedOn() && GetEMCALChannelStatus(imod, ieta, iphi)) 
349   {
350     return kFALSE;
351   }
352   
353   //Recalibrate energy
354   amp  = cells->GetCellAmplitude(absID);
355   if(!fCellsRecalibrated && IsRecalibrationOn())
356     amp *= GetEMCALChannelRecalibrationFactor(imod,ieta,iphi);
357   
358   
359   // Recalibrate time
360   time = cells->GetCellTime(absID);
361   
362   RecalibrateCellTime(absID,bc,time);
363   
364   return kTRUE;
365 }
366
367 //_____________________________________________________________________________
368 Bool_t AliEMCALRecoUtils::CheckCellFiducialRegion(const AliEMCALGeometry* geom, 
369                                                   const AliVCluster* cluster, 
370                                                   AliVCaloCells* cells) 
371 {
372   // Given the list of AbsId of the cluster, get the maximum cell and 
373   // check if there are fNCellsFromBorder from the calorimeter border
374   
375   if(!cluster)
376   {
377     AliInfo("Cluster pointer null!");
378     return kFALSE;
379   }
380   
381   //If the distance to the border is 0 or negative just exit accept all clusters
382   if(cells->GetType()==AliVCaloCells::kEMCALCell && fNCellsFromEMCALBorder <= 0 ) return kTRUE;
383   
384   Int_t absIdMax  = -1, iSM =-1, ieta = -1, iphi = -1;
385   Bool_t shared = kFALSE;
386   GetMaxEnergyCell(geom, cells, cluster, absIdMax,  iSM, ieta, iphi, shared);
387   
388   AliDebug(2,Form("Cluster Max AbsId %d, Cell Energy %2.2f, Cluster Energy %2.2f, Ncells from border %d, EMCAL eta=0 %d\n", 
389                   absIdMax, cells->GetCellAmplitude(absIdMax), cluster->E(), fNCellsFromEMCALBorder, fNoEMCALBorderAtEta0));
390   
391   if(absIdMax==-1) return kFALSE;
392   
393   //Check if the cell is close to the borders:
394   Bool_t okrow = kFALSE;
395   Bool_t okcol = kFALSE;
396   
397   if(iSM < 0 || iphi < 0 || ieta < 0 ) 
398   {
399     AliFatal(Form("Negative value for super module: %d, or cell ieta: %d, or cell iphi: %d, check EMCAL geometry name\n",
400                   iSM,ieta,iphi));
401   }
402   
403   //Check rows/phi
404   if(iSM < 10)
405   {
406     if(iphi >= fNCellsFromEMCALBorder && iphi < 24-fNCellsFromEMCALBorder) okrow =kTRUE; 
407   }
408   else if (iSM >=10 && ( ( geom->GetEMCGeometry()->GetGeoName()).Contains("12SMV1"))) 
409   {
410     if(iphi >= fNCellsFromEMCALBorder && iphi < 8-fNCellsFromEMCALBorder) okrow =kTRUE; //1/3 sm case
411   }
412   else 
413   {
414     if(iphi >= fNCellsFromEMCALBorder && iphi < 12-fNCellsFromEMCALBorder) okrow =kTRUE; // half SM case
415   }
416   
417   //Check columns/eta
418   if(!fNoEMCALBorderAtEta0)
419   {
420     if(ieta  > fNCellsFromEMCALBorder && ieta < 48-fNCellsFromEMCALBorder) okcol =kTRUE; 
421   }
422   else
423   {
424     if(iSM%2==0)
425     {
426       if(ieta >= fNCellsFromEMCALBorder)     okcol = kTRUE;  
427     }
428     else 
429     {
430       if(ieta <  48-fNCellsFromEMCALBorder)  okcol = kTRUE;  
431     }
432   }//eta 0 not checked
433   
434   AliDebug(2,Form("EMCAL Cluster in %d cells fiducial volume: ieta %d, iphi %d, SM %d:  column? %d, row? %d\nq",
435                   fNCellsFromEMCALBorder, ieta, iphi, iSM, okcol, okrow));
436   
437   if (okcol && okrow) 
438   {
439     //printf("Accept\n");
440     return kTRUE;
441   }
442   else  
443   {
444     //printf("Reject\n");
445     AliDebug(2,Form("Reject cluster in border, max cell : ieta %d, iphi %d, SM %d\n",ieta, iphi, iSM));
446     return kFALSE;
447   }
448   
449 }  
450
451
452 //_______________________________________________________________________________
453 Bool_t AliEMCALRecoUtils::ClusterContainsBadChannel(const AliEMCALGeometry* geom, 
454                                                     const UShort_t* cellList, 
455                                                     const Int_t nCells)
456 {
457   // Check that in the cluster cells, there is no bad channel of those stored 
458   // in fEMCALBadChannelMap or fPHOSBadChannelMap
459   
460   if(!fRemoveBadChannels)  return kFALSE;
461   if(!fEMCALBadChannelMap) return kFALSE;
462   
463   Int_t icol = -1;
464   Int_t irow = -1;
465   Int_t imod = -1;
466   for(Int_t iCell = 0; iCell<nCells; iCell++)
467   {
468     //Get the column and row
469     Int_t iTower = -1, iIphi = -1, iIeta = -1; 
470     geom->GetCellIndex(cellList[iCell],imod,iTower,iIphi,iIeta); 
471     if(fEMCALBadChannelMap->GetEntries() <= imod) continue;
472     geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(imod,iTower,iIphi, iIeta,irow,icol);      
473     if(GetEMCALChannelStatus(imod, icol, irow))
474     {
475       AliDebug(2,Form("Cluster with bad channel: SM %d, col %d, row %d\n",imod, icol, irow));
476       return kTRUE;
477     }
478     
479   }// cell cluster loop
480   
481   return kFALSE;
482 }
483
484
485 //___________________________________________________________________________
486 Float_t AliEMCALRecoUtils::GetECross(const Int_t absID, const Double_t tcell,
487                                      AliVCaloCells* cells, const Int_t bc)
488 {
489   //Calculate the energy in the cross around the energy given cell
490   
491   AliEMCALGeometry * geom = AliEMCALGeometry::GetInstance();
492   
493   Int_t imod = -1, iphi =-1, ieta=-1,iTower = -1, iIphi = -1, iIeta = -1; 
494   geom->GetCellIndex(absID,imod,iTower,iIphi,iIeta); 
495   geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(imod,iTower,iIphi, iIeta,iphi,ieta);  
496   
497   //Get close cells index, energy and time, not in corners
498   
499   Int_t absID1 = -1;
500   Int_t absID2 = -1;
501   
502   if( iphi < AliEMCALGeoParams::fgkEMCALRows-1) absID1 = geom-> GetAbsCellIdFromCellIndexes(imod, iphi+1, ieta);
503   if( iphi > 0 )                                absID2 = geom-> GetAbsCellIdFromCellIndexes(imod, iphi-1, ieta);
504   
505   // In case of cell in eta = 0 border, depending on SM shift the cross cell index
506   
507   Int_t absID3 = -1;
508   Int_t absID4 = -1;
509   
510   if     ( ieta == AliEMCALGeoParams::fgkEMCALCols-1 && !(imod%2) )
511   {
512     absID3 = geom-> GetAbsCellIdFromCellIndexes(imod+1, iphi, 0);
513     absID4 = geom-> GetAbsCellIdFromCellIndexes(imod,   iphi, ieta-1); 
514   }
515   else if( ieta == 0 && imod%2 )
516   {
517     absID3 = geom-> GetAbsCellIdFromCellIndexes(imod,   iphi, ieta+1);
518     absID4 = geom-> GetAbsCellIdFromCellIndexes(imod-1, iphi, AliEMCALGeoParams::fgkEMCALCols-1); 
519   }
520   else
521   {
522     if( ieta < AliEMCALGeoParams::fgkEMCALCols-1 ) 
523       absID3 = geom-> GetAbsCellIdFromCellIndexes(imod, iphi, ieta+1);
524     if( ieta > 0 )                                 
525       absID4 = geom-> GetAbsCellIdFromCellIndexes(imod, iphi, ieta-1); 
526   }
527   
528   //printf("IMOD %d, AbsId %d, a %d, b %d, c %d e %d \n",imod,absID,absID1,absID2,absID3,absID4);
529   
530   Float_t  ecell1  = 0, ecell2  = 0, ecell3  = 0, ecell4  = 0;
531   Double_t tcell1  = 0, tcell2  = 0, tcell3  = 0, tcell4  = 0;
532   Bool_t   accept1 = 0, accept2 = 0, accept3 = 0, accept4 = 0;
533   
534   accept1 = AcceptCalibrateCell(absID1,bc, ecell1,tcell1,cells); 
535   accept2 = AcceptCalibrateCell(absID2,bc, ecell2,tcell2,cells); 
536   accept3 = AcceptCalibrateCell(absID3,bc, ecell3,tcell3,cells); 
537   accept4 = AcceptCalibrateCell(absID4,bc, ecell4,tcell4,cells); 
538   
539   /*
540    printf("Cell absID %d \n",absID);
541    printf("\t  accept1 %d, accept2 %d, accept3 %d, accept4 %d\n",
542    accept1,accept2,accept3,accept4);
543    printf("\t id %d: id1 %d, id2 %d, id3 %d, id4 %d\n",
544    absID,absID1,absID2,absID3,absID4);
545    printf("\t e %f: e1 %f, e2 %f, e3 %f, e4 %f\n",
546    ecell,ecell1,ecell2,ecell3,ecell4);
547    printf("\t t %f: t1 %f, t2 %f, t3 %f, t4 %f;\n dt1 %f, dt2 %f, dt3 %f, dt4 %f\n",
548    tcell*1.e9,tcell1*1.e9,tcell2*1.e9,tcell3*1.e9,tcell4*1.e9,
549    TMath::Abs(tcell-tcell1)*1.e9, TMath::Abs(tcell-tcell2)*1.e9, TMath::Abs(tcell-tcell3)*1.e9, TMath::Abs(tcell-tcell4)*1.e9);
550    */
551   
552   if(TMath::Abs(tcell-tcell1)*1.e9 > fExoticCellDiffTime) ecell1 = 0 ;
553   if(TMath::Abs(tcell-tcell2)*1.e9 > fExoticCellDiffTime) ecell2 = 0 ;
554   if(TMath::Abs(tcell-tcell3)*1.e9 > fExoticCellDiffTime) ecell3 = 0 ;
555   if(TMath::Abs(tcell-tcell4)*1.e9 > fExoticCellDiffTime) ecell4 = 0 ;
556   
557   return ecell1+ecell2+ecell3+ecell4;
558   
559 }
560
561 //_____________________________________________________________________________________________
562 Bool_t AliEMCALRecoUtils::IsExoticCell(const Int_t absID, AliVCaloCells* cells, const Int_t bc)
563 {
564   // Look to cell neighbourhood and reject if it seems exotic
565   // Do before recalibrating the cells
566
567   if(!fRejectExoticCells) return kFALSE;
568   
569   Float_t  ecell  = 0;
570   Double_t tcell  = 0;
571   Bool_t   accept = AcceptCalibrateCell(absID, bc, ecell ,tcell ,cells); 
572   
573   if(!accept) return kTRUE; // reject this cell
574   
575   if(ecell < fExoticCellMinAmplitude) return kFALSE; // do not reject low energy cells
576
577   Float_t eCross = GetECross(absID,tcell,cells,bc);
578   
579   if(1-eCross/ecell > fExoticCellFraction) 
580   {
581     AliDebug(2,Form("AliEMCALRecoUtils::IsExoticCell() - EXOTIC CELL id %d, eCell %f, eCross %f, 1-eCross/eCell %f\n",
582                     absID,ecell,eCross,1-eCross/ecell));
583     return kTRUE;
584   }
585
586   return kFALSE;
587 }
588
589 //___________________________________________________________________
590 Bool_t AliEMCALRecoUtils::IsExoticCluster(const AliVCluster *cluster, 
591                                           AliVCaloCells *cells, 
592                                           const Int_t bc) 
593 {
594   // Check if the cluster highest energy tower is exotic
595   
596   if(!cluster)
597   {
598     AliInfo("Cluster pointer null!");
599     return kFALSE;
600   }
601   
602   if(!fRejectExoticCluster) return kFALSE;
603   
604   // Get highest energy tower
605   AliEMCALGeometry* geom = AliEMCALGeometry::GetInstance();
606   Int_t iSupMod = -1, absId = -1, ieta = -1, iphi = -1;
607   Bool_t shared = kFALSE;
608   GetMaxEnergyCell(geom, cells, cluster, absId, iSupMod, ieta, iphi, shared);
609   
610   return IsExoticCell(absId,cells,bc);
611   
612 }
613
614 //_______________________________________________________________________
615 Float_t AliEMCALRecoUtils::SmearClusterEnergy(const AliVCluster* cluster) 
616 {
617   //In case of MC analysis, smear energy to match resolution/calibration in real data
618   
619   if(!cluster)
620   {
621     AliInfo("Cluster pointer null!");
622     return 0;
623   }
624   
625   Float_t energy    = cluster->E() ;
626   Float_t rdmEnergy = energy ;
627   if(fSmearClusterEnergy)
628   {
629     rdmEnergy = fRandom.Gaus(energy,fSmearClusterParam[0] * TMath::Sqrt(energy) +
630                                     fSmearClusterParam[1] * energy +
631                                     fSmearClusterParam[2] );
632     AliDebug(2, Form("Energy: original %f, smeared %f\n", energy, rdmEnergy));
633   }
634   
635   return rdmEnergy;
636 }
637
638 //____________________________________________________________________________
639 Float_t AliEMCALRecoUtils::CorrectClusterEnergyLinearity(AliVCluster* cluster)
640 {
641   // Correct cluster energy from non linearity functions
642   
643   if(!cluster)
644   {
645     AliInfo("Cluster pointer null!");
646     return 0;
647   }
648   
649   Float_t energy = cluster->E();
650
651   switch (fNonLinearityFunction) 
652   {
653       
654     case kPi0MC:
655     {
656       //Non-Linearity correction (from MC with function ([0]*exp(-[1]/E))+(([2]/([3]*2.*TMath::Pi())*exp(-(E-[4])^2/(2.*[3]^2)))))
657       //Double_t fNonLinearityParams[0] = 1.014;
658       //Double_t fNonLinearityParams[1] = -0.03329;
659       //Double_t fNonLinearityParams[2] = -0.3853;
660       //Double_t fNonLinearityParams[3] = 0.5423;
661       //Double_t fNonLinearityParams[4] = -0.4335;
662        energy *= (fNonLinearityParams[0]*exp(-fNonLinearityParams[1]/energy))+
663                   ((fNonLinearityParams[2]/(fNonLinearityParams[3]*2.*TMath::Pi())*
664                     exp(-(energy-fNonLinearityParams[4])*(energy-fNonLinearityParams[4])/(2.*fNonLinearityParams[3]*fNonLinearityParams[3]))));
665       break;
666     }
667      
668     case kPi0GammaGamma:
669     {
670       //Non-Linearity correction (from Olga Data with function p0+p1*exp(-p2*E))
671       //Double_t fNonLinearityParams[0] = 1.04;
672       //Double_t fNonLinearityParams[1] = -0.1445;
673       //Double_t fNonLinearityParams[2] = 1.046;
674       energy /= (fNonLinearityParams[0]+fNonLinearityParams[1]*exp(-fNonLinearityParams[2]*energy)); //Olga function
675       break;
676     }
677       
678     case kPi0GammaConversion:
679     {
680       //Non-Linearity correction (Nicolas from Dimitri Data with function C*[1-a*exp(-b*E)])
681       //fNonLinearityParams[0] = 0.139393/0.1349766;
682       //fNonLinearityParams[1] = 0.0566186;
683       //fNonLinearityParams[2] = 0.982133;
684       energy /= fNonLinearityParams[0]*(1-fNonLinearityParams[1]*exp(-fNonLinearityParams[2]*energy));
685       
686       break;
687     }
688       
689     case kBeamTest:
690     {
691       //From beam test, Alexei's results, for different ZS thresholds
692       //                        th=30 MeV; th = 45 MeV; th = 75 MeV
693       //fNonLinearityParams[0] = 1.007;      1.003;      1.002 
694       //fNonLinearityParams[1] = 0.894;      0.719;      0.797 
695       //fNonLinearityParams[2] = 0.246;      0.334;      0.358 
696       //Rescale the param[0] with 1.03
697       energy /= fNonLinearityParams[0]/(1+fNonLinearityParams[1]*exp(-energy/fNonLinearityParams[2]));
698       
699       break;
700     }
701       
702     case kBeamTestCorrected:
703     {
704       //From beam test, corrected for material between beam and EMCAL
705       //fNonLinearityParams[0] =  0.99078
706       //fNonLinearityParams[1] =  0.161499;
707       //fNonLinearityParams[2] =  0.655166; 
708       //fNonLinearityParams[3] =  0.134101;
709       //fNonLinearityParams[4] =  163.282;
710       //fNonLinearityParams[5] =  23.6904;
711       //fNonLinearityParams[6] =  0.978;
712         energy *= fNonLinearityParams[6]/(fNonLinearityParams[0]*(1./(1.+fNonLinearityParams[1]*exp(-energy/fNonLinearityParams[2]))*1./(1.+fNonLinearityParams[3]*exp((energy-fNonLinearityParams[4])/fNonLinearityParams[5]))));
713
714       break;
715     }
716       
717     case kNoCorrection:
718       AliDebug(2,"No correction on the energy\n");
719       break;
720       
721   }
722
723   return energy;
724 }
725
726 //__________________________________________________
727 void AliEMCALRecoUtils::InitNonLinearityParam()
728 {
729   //Initialising Non Linearity Parameters
730   
731   if(fNonLinearityFunction == kPi0MC) 
732   {
733     fNonLinearityParams[0] = 1.014;
734     fNonLinearityParams[1] = -0.03329;
735     fNonLinearityParams[2] = -0.3853;
736     fNonLinearityParams[3] = 0.5423;
737     fNonLinearityParams[4] = -0.4335;
738   }
739   
740   if(fNonLinearityFunction == kPi0GammaGamma) 
741   {
742     fNonLinearityParams[0] = 1.04;
743     fNonLinearityParams[1] = -0.1445;
744     fNonLinearityParams[2] = 1.046;
745   }  
746
747   if(fNonLinearityFunction == kPi0GammaConversion) 
748   {
749     fNonLinearityParams[0] = 0.139393;
750     fNonLinearityParams[1] = 0.0566186;
751     fNonLinearityParams[2] = 0.982133;
752   }  
753
754   if(fNonLinearityFunction == kBeamTest) 
755   {
756     if(fNonLinearThreshold == 30) 
757     {
758       fNonLinearityParams[0] = 1.007; 
759       fNonLinearityParams[1] = 0.894; 
760       fNonLinearityParams[2] = 0.246; 
761     }
762     if(fNonLinearThreshold == 45) 
763     {
764       fNonLinearityParams[0] = 1.003; 
765       fNonLinearityParams[1] = 0.719; 
766       fNonLinearityParams[2] = 0.334; 
767     }
768     if(fNonLinearThreshold == 75) 
769     {
770       fNonLinearityParams[0] = 1.002; 
771       fNonLinearityParams[1] = 0.797; 
772       fNonLinearityParams[2] = 0.358; 
773     }
774   }
775
776   if(fNonLinearityFunction == kBeamTestCorrected) 
777   {
778     fNonLinearityParams[0] =  0.99078;
779     fNonLinearityParams[1] =  0.161499;
780     fNonLinearityParams[2] =  0.655166; 
781     fNonLinearityParams[3] =  0.134101;
782     fNonLinearityParams[4] =  163.282;
783     fNonLinearityParams[5] =  23.6904;
784     fNonLinearityParams[6] =  0.978;
785   }
786 }
787
788 //_________________________________________________________
789 Float_t  AliEMCALRecoUtils::GetDepth(const Float_t energy, 
790                                      const Int_t iParticle, 
791                                      const Int_t iSM) const 
792 {
793   //Calculate shower depth for a given cluster energy and particle type
794
795   // parameters 
796   Float_t x0    = 1.31;
797   Float_t ecr   = 8;
798   Float_t depth = 0;
799   
800   switch ( iParticle )
801   {
802     case kPhoton:
803       depth = x0 * (TMath::Log(energy*1000/ ecr) + 0.5); //Multiply energy by 1000 to transform to MeV
804       break;
805       
806     case kElectron:
807       depth = x0 * (TMath::Log(energy*1000/ ecr) - 0.5); //Multiply energy by 1000 to transform to MeV
808       break;
809       
810     case kHadron:
811       // hadron 
812       // boxes anc. here
813       if(gGeoManager)
814       {
815         gGeoManager->cd("ALIC_1/XEN1_1");
816         TGeoNode        *geoXEn1    = gGeoManager->GetCurrentNode();
817         TGeoNodeMatrix  *geoSM      = dynamic_cast<TGeoNodeMatrix *>(geoXEn1->GetDaughter(iSM));
818         if(geoSM)
819         {
820           TGeoVolume      *geoSMVol   = geoSM->GetVolume(); 
821           TGeoShape       *geoSMShape = geoSMVol->GetShape();
822           TGeoBBox        *geoBox     = dynamic_cast<TGeoBBox *>(geoSMShape);
823           if(geoBox) depth = 0.5 * geoBox->GetDX()*2 ;
824           else AliFatal("Null GEANT box");
825         }
826         else AliFatal("NULL  GEANT node matrix");
827       }
828       else
829       {//electron
830         depth = x0 * (TMath::Log(energy*1000 / ecr)  - 0.5); //Multiply energy by 1000 to transform to MeV
831       }
832         
833       break;
834       
835     default://photon
836       depth = x0 * (TMath::Log(energy*1000 / ecr) + 0.5); //Multiply energy by 1000 to transform to MeV
837   }  
838   
839   return depth;
840 }
841
842 //____________________________________________________________________
843 void AliEMCALRecoUtils::GetMaxEnergyCell(const AliEMCALGeometry *geom, 
844                                          AliVCaloCells* cells, 
845                                          const AliVCluster* clu, 
846                                          Int_t  & absId,  
847                                          Int_t  & iSupMod, 
848                                          Int_t  & ieta, 
849                                          Int_t  & iphi, 
850                                          Bool_t & shared)
851 {
852   //For a given CaloCluster gets the absId of the cell 
853   //with maximum energy deposit.
854   
855   Double_t eMax        = -1.;
856   Double_t eCell       = -1.;
857   Float_t  fraction    = 1.;
858   Float_t  recalFactor = 1.;
859   Int_t    cellAbsId   = -1 ;
860
861   Int_t iTower  = -1;
862   Int_t iIphi   = -1;
863   Int_t iIeta   = -1;
864   Int_t iSupMod0= -1;
865
866   if(!clu)
867   {
868     AliInfo("Cluster pointer null!");
869     absId=-1; iSupMod0=-1, ieta = -1; iphi = -1; shared = -1;
870     return;
871   }
872   
873   for (Int_t iDig=0; iDig< clu->GetNCells(); iDig++) 
874   {
875     cellAbsId = clu->GetCellAbsId(iDig);
876     fraction  = clu->GetCellAmplitudeFraction(iDig);
877     //printf("a Cell %d, id, %d, amp %f, fraction %f\n",iDig,cellAbsId,cells->GetCellAmplitude(cellAbsId),fraction);
878     if(fraction < 1e-4) fraction = 1.; // in case unfolding is off
879     geom->GetCellIndex(cellAbsId,iSupMod,iTower,iIphi,iIeta); 
880     geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(iSupMod,iTower,iIphi, iIeta,iphi,ieta);
881     if     (iDig==0) 
882     {
883       iSupMod0=iSupMod;
884     }
885     else if(iSupMod0!=iSupMod) 
886     {
887       shared = kTRUE;
888       //printf("AliEMCALRecoUtils::GetMaxEnergyCell() - SHARED CLUSTER\n");
889     }
890     if(!fCellsRecalibrated && IsRecalibrationOn()) 
891     {
892       recalFactor = GetEMCALChannelRecalibrationFactor(iSupMod,ieta,iphi);
893     }
894     eCell  = cells->GetCellAmplitude(cellAbsId)*fraction*recalFactor;
895     //printf("b Cell %d, id, %d, amp %f, fraction %f\n",iDig,cellAbsId,eCell,fraction);
896     if(eCell > eMax)  
897     { 
898       eMax  = eCell; 
899       absId = cellAbsId;
900       //printf("\t new max: cell %d, e %f, ecell %f\n",maxId, eMax,eCell);
901     }
902   }// cell loop
903   
904   //Get from the absid the supermodule, tower and eta/phi numbers
905   geom->GetCellIndex(absId,iSupMod,iTower,iIphi,iIeta); 
906   //Gives SuperModule and Tower numbers
907   geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(iSupMod,iTower,
908                                          iIphi, iIeta,iphi,ieta); 
909   //printf("Max id %d, iSM %d, col %d, row %d\n",absId,iSupMod,ieta,iphi);
910   //printf("Max end---\n");
911 }
912
913 //______________________________________
914 void AliEMCALRecoUtils::InitParameters()
915 {
916   // Initialize data members with default values
917   
918   fParticleType = kPhoton;
919   fPosAlgo      = kUnchanged;
920   fW0           = 4.5;
921   
922   fNonLinearityFunction = kNoCorrection;
923   fNonLinearThreshold   = 30;
924   
925   fExoticCellFraction     = 0.97;
926   fExoticCellDiffTime     = 1e6;
927   fExoticCellMinAmplitude = 0.5;
928   
929   fAODFilterMask = 32;
930   
931   fCutEtaPhiSum      = kTRUE;
932   fCutEtaPhiSeparate = kFALSE;
933   
934   fCutR   = 0.05; 
935   fCutEta = 0.025; 
936   fCutPhi = 0.05;
937   
938   fClusterWindow = 100;
939   fMass          = 0.139;
940   
941   fStepSurface   = 20.;                      
942   fStepCluster   = 5.;
943   fTrackCutsType = kLooseCut;
944   
945   fCutMinTrackPt     = 0;
946   fCutMinNClusterTPC = -1;
947   fCutMinNClusterITS = -1;
948   
949   fCutMaxChi2PerClusterTPC  = 1e10;
950   fCutMaxChi2PerClusterITS  = 1e10;
951   
952   fCutRequireTPCRefit     = kFALSE;
953   fCutRequireITSRefit     = kFALSE;
954   fCutAcceptKinkDaughters = kFALSE;
955   
956   fCutMaxDCAToVertexXY = 1e10;             
957   fCutMaxDCAToVertexZ  = 1e10;              
958   fCutDCAToVertex2D    = kFALSE;
959   
960   
961   //Misalignment matrices
962   for(Int_t i = 0; i < 15 ; i++) 
963   {
964     fMisalTransShift[i] = 0.; 
965     fMisalRotShift[i]   = 0.; 
966   }
967   
968   //Non linearity
969   for(Int_t i = 0; i < 7  ; i++) fNonLinearityParams[i] = 0.; 
970   
971   //For kBeamTestCorrected case, but default is no correction
972   fNonLinearityParams[0] =  0.99078;
973   fNonLinearityParams[1] =  0.161499;
974   fNonLinearityParams[2] =  0.655166; 
975   fNonLinearityParams[3] =  0.134101;
976   fNonLinearityParams[4] =  163.282;
977   fNonLinearityParams[5] =  23.6904;
978   fNonLinearityParams[6] =  0.978;
979   
980   //For kPi0GammaGamma case
981   //fNonLinearityParams[0] = 0.1457/0.1349766/1.038;
982   //fNonLinearityParams[1] = -0.02024/0.1349766/1.038;
983   //fNonLinearityParams[2] = 1.046;
984   
985   //Cluster energy smearing
986   fSmearClusterEnergy   = kFALSE;
987   fSmearClusterParam[0] = 0.07; // * sqrt E term
988   fSmearClusterParam[1] = 0.00; // * E term
989   fSmearClusterParam[2] = 0.00; // constant
990 }
991
992 //_____________________________________________________
993 void AliEMCALRecoUtils::InitEMCALRecalibrationFactors()
994 {
995   //Init EMCAL recalibration factors
996   AliDebug(2,"AliCalorimeterUtils::InitEMCALRecalibrationFactors()");
997   //In order to avoid rewriting the same histograms
998   Bool_t oldStatus = TH1::AddDirectoryStatus();
999   TH1::AddDirectory(kFALSE);
1000   
1001   fEMCALRecalibrationFactors = new TObjArray(12);
1002   for (int i = 0; i < 12; i++) 
1003     fEMCALRecalibrationFactors->Add(new TH2F(Form("EMCALRecalFactors_SM%d",i),
1004                                              Form("EMCALRecalFactors_SM%d",i),  48, 0, 48, 24, 0, 24));
1005   //Init the histograms with 1
1006   for (Int_t sm = 0; sm < 12; sm++) 
1007   {
1008     for (Int_t i = 0; i < 48; i++) 
1009     {
1010       for (Int_t j = 0; j < 24; j++) 
1011       {
1012         SetEMCALChannelRecalibrationFactor(sm,i,j,1.);
1013       }
1014     }
1015   }
1016   
1017   fEMCALRecalibrationFactors->SetOwner(kTRUE);
1018   fEMCALRecalibrationFactors->Compress();
1019   
1020   //In order to avoid rewriting the same histograms
1021   TH1::AddDirectory(oldStatus);    
1022 }
1023
1024 //_________________________________________________________
1025 void AliEMCALRecoUtils::InitEMCALTimeRecalibrationFactors()
1026 {
1027   //Init EMCAL recalibration factors
1028   AliDebug(2,"AliCalorimeterUtils::InitEMCALRecalibrationFactors()");
1029   //In order to avoid rewriting the same histograms
1030   Bool_t oldStatus = TH1::AddDirectoryStatus();
1031   TH1::AddDirectory(kFALSE);
1032   
1033   fEMCALTimeRecalibrationFactors = new TObjArray(4);
1034   for (int i = 0; i < 4; i++) 
1035     fEMCALTimeRecalibrationFactors->Add(new TH1F(Form("hAllTimeAvBC%d",i),
1036                                                  Form("hAllTimeAvBC%d",i),  
1037                                                  48*24*12,0.,48*24*12)          );
1038   //Init the histograms with 1
1039   for (Int_t bc = 0; bc < 4; bc++) 
1040   {
1041     for (Int_t i = 0; i < 48*24*12; i++) 
1042       SetEMCALChannelTimeRecalibrationFactor(bc,i,0.);
1043   }
1044   
1045   fEMCALTimeRecalibrationFactors->SetOwner(kTRUE);
1046   fEMCALTimeRecalibrationFactors->Compress();
1047   
1048   //In order to avoid rewriting the same histograms
1049   TH1::AddDirectory(oldStatus);    
1050 }
1051
1052 //____________________________________________________
1053 void AliEMCALRecoUtils::InitEMCALBadChannelStatusMap()
1054 {
1055   //Init EMCAL bad channels map
1056   AliDebug(2,"AliEMCALRecoUtils::InitEMCALBadChannelStatusMap()");
1057   //In order to avoid rewriting the same histograms
1058   Bool_t oldStatus = TH1::AddDirectoryStatus();
1059   TH1::AddDirectory(kFALSE);
1060   
1061   fEMCALBadChannelMap = new TObjArray(12);
1062   //TH2F * hTemp = new  TH2I("EMCALBadChannelMap","EMCAL SuperModule bad channel map", 48, 0, 48, 24, 0, 24);
1063   for (int i = 0; i < 12; i++) 
1064   {
1065     fEMCALBadChannelMap->Add(new TH2I(Form("EMCALBadChannelMap_Mod%d",i),Form("EMCALBadChannelMap_Mod%d",i), 48, 0, 48, 24, 0, 24));
1066   }
1067   
1068   fEMCALBadChannelMap->SetOwner(kTRUE);
1069   fEMCALBadChannelMap->Compress();
1070   
1071   //In order to avoid rewriting the same histograms
1072   TH1::AddDirectory(oldStatus);    
1073 }
1074
1075 //____________________________________________________________________________
1076 void AliEMCALRecoUtils::RecalibrateClusterEnergy(const AliEMCALGeometry* geom, 
1077                                                  AliVCluster * cluster, 
1078                                                  AliVCaloCells * cells, 
1079                                                  const Int_t bc)
1080 {
1081   // Recalibrate the cluster energy and Time, considering the recalibration map 
1082   // and the energy of the cells and time that compose the cluster.
1083   // bc= bunch crossing number returned by esdevent->GetBunchCrossNumber();
1084   
1085   if(!cluster)
1086   {
1087     AliInfo("Cluster pointer null!");
1088     return;
1089   }  
1090   
1091   //Get the cluster number of cells and list of absId, check what kind of cluster do we have.
1092   UShort_t * index    = cluster->GetCellsAbsId() ;
1093   Double_t * fraction = cluster->GetCellsAmplitudeFraction() ;
1094   Int_t ncells = cluster->GetNCells();
1095   
1096   //Initialize some used variables
1097   Float_t energy = 0;
1098   Int_t   absId  =-1;
1099   Int_t   icol   =-1, irow =-1, imod=1;
1100   Float_t factor = 1, frac = 0;
1101   Int_t   absIdMax = -1;
1102   Float_t emax     = 0;
1103   
1104   //Loop on the cells, get the cell amplitude and recalibration factor, multiply and and to the new energy
1105   for(Int_t icell = 0; icell < ncells; icell++)
1106   {
1107     absId = index[icell];
1108     frac =  fraction[icell];
1109     if(frac < 1e-5) frac = 1; //in case of EMCAL, this is set as 0 since unfolding is off
1110     
1111     if(!fCellsRecalibrated && IsRecalibrationOn()) 
1112     {
1113       // Energy  
1114       Int_t iTower = -1, iIphi = -1, iIeta = -1; 
1115       geom->GetCellIndex(absId,imod,iTower,iIphi,iIeta); 
1116       if(fEMCALRecalibrationFactors->GetEntries() <= imod) continue;
1117       geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(imod,iTower,iIphi, iIeta,irow,icol);      
1118       factor = GetEMCALChannelRecalibrationFactor(imod,icol,irow);
1119       
1120       AliDebug(2,Form("AliEMCALRecoUtils::RecalibrateClusterEnergy - recalibrate cell: module %d, col %d, row %d, cell fraction %f,recalibration factor %f, cell energy %f\n",
1121                       imod,icol,irow,frac,factor,cells->GetCellAmplitude(absId)));
1122       
1123     } 
1124     
1125     energy += cells->GetCellAmplitude(absId)*factor*frac;
1126     
1127     if(emax < cells->GetCellAmplitude(absId)*factor*frac)
1128     {
1129       emax     = cells->GetCellAmplitude(absId)*factor*frac;
1130       absIdMax = absId;
1131     }
1132   }
1133   
1134   AliDebug(2,Form("AliEMCALRecoUtils::RecalibrateClusterEnergy - Energy before %f, after %f \n",cluster->E(),energy));
1135
1136   cluster->SetE(energy);
1137
1138   // Recalculate time of cluster   
1139   Double_t timeorg = cluster->GetTOF();
1140   if(!fCellsRecalibrated && IsTimeRecalibrationOn())
1141   {
1142     Double_t time = timeorg;
1143     RecalibrateCellTime(absIdMax,bc,time);
1144     cluster->SetTOF(time);
1145   } 
1146
1147   AliDebug(2,Form("AliEMCALRecoUtils::RecalibrateClusterEnergy - Time before %f, after %f \n",timeorg,cluster->GetTOF()));
1148
1149 }
1150
1151 //_____________________________________________________________
1152 void AliEMCALRecoUtils::RecalibrateCells(AliVCaloCells * cells,
1153                                          const Int_t bc)
1154 {
1155   // Recalibrate the cells time and energy, considering the recalibration map and the energy 
1156   // of the cells that compose the cluster.
1157   // bc= bunch crossing number returned by esdevent->GetBunchCrossNumber();
1158
1159   if(!IsRecalibrationOn() && !IsTimeRecalibrationOn()) return;
1160   
1161   if(!cells)
1162   {
1163     AliInfo("Cells pointer null!");
1164     return;
1165   }  
1166   
1167   Short_t  absId  =-1;
1168   Bool_t   accept = kFALSE;
1169   Float_t  ecell  = 0;
1170   Double_t tcell  = 0;
1171   Double_t ecellin = 0;
1172   Double_t tcellin = 0;
1173   Short_t  mclabel = -1;
1174   Double_t efrac = 0;
1175   
1176   Int_t nEMcell  = cells->GetNumberOfCells() ;  
1177   for (Int_t iCell = 0; iCell < nEMcell; iCell++) 
1178   { 
1179     cells->GetCell( iCell, absId, ecellin, tcellin, mclabel, efrac );
1180     
1181     accept = AcceptCalibrateCell(absId, bc, ecell ,tcell ,cells); 
1182     if(!accept) 
1183     {
1184       ecell = 0;
1185       tcell = -1;
1186     }
1187     
1188     //Set new values
1189     cells->SetCell(iCell,absId,ecell, tcell, mclabel, efrac);
1190   }
1191
1192   fCellsRecalibrated = kTRUE;
1193 }
1194
1195 //_______________________________________________________________________________________________________
1196 void AliEMCALRecoUtils::RecalibrateCellTime(const Int_t absId, const Int_t bc, Double_t & celltime) const
1197 {
1198   // Recalibrate time of cell with absID  considering the recalibration map 
1199   // bc= bunch crossing number returned by esdevent->GetBunchCrossNumber();
1200   
1201   if(!fCellsRecalibrated && IsTimeRecalibrationOn() && bc >= 0)
1202   {
1203     celltime -= GetEMCALChannelTimeRecalibrationFactor(bc%4,absId)*1.e-9;    ;  
1204   }
1205 }
1206   
1207 //______________________________________________________________________________
1208 void AliEMCALRecoUtils::RecalculateClusterPosition(const AliEMCALGeometry *geom, 
1209                                                    AliVCaloCells* cells, 
1210                                                    AliVCluster* clu)
1211 {
1212   //For a given CaloCluster recalculates the position for a given set of misalignment shifts and puts it again in the CaloCluster.
1213   
1214   if(!clu)
1215   {
1216     AliInfo("Cluster pointer null!");
1217     return;
1218   }
1219     
1220   if     (fPosAlgo==kPosTowerGlobal) RecalculateClusterPositionFromTowerGlobal( geom, cells, clu);
1221   else if(fPosAlgo==kPosTowerIndex)  RecalculateClusterPositionFromTowerIndex ( geom, cells, clu);
1222   else   AliDebug(2,"Algorithm to recalculate position not selected, do nothing.");
1223 }  
1224
1225 //_____________________________________________________________________________________________
1226 void AliEMCALRecoUtils::RecalculateClusterPositionFromTowerGlobal(const AliEMCALGeometry *geom, 
1227                                                                   AliVCaloCells* cells, 
1228                                                                   AliVCluster* clu)
1229 {
1230   // For a given CaloCluster recalculates the position for a given set of misalignment shifts and puts it again in the CaloCluster.
1231   // The algorithm is a copy of what is done in AliEMCALRecPoint
1232   
1233   Double_t eCell       = 0.;
1234   Float_t  fraction    = 1.;
1235   Float_t  recalFactor = 1.;
1236   
1237   Int_t    absId   = -1;
1238   Int_t    iTower  = -1, iIphi  = -1, iIeta  = -1;
1239   Int_t    iSupModMax = -1, iSM=-1, iphi   = -1, ieta   = -1;
1240   Float_t  weight = 0.,  totalWeight=0.;
1241   Float_t  newPos[3] = {0,0,0};
1242   Double_t pLocal[3], pGlobal[3];
1243   Bool_t shared = kFALSE;
1244
1245   Float_t  clEnergy = clu->E(); //Energy already recalibrated previously
1246   GetMaxEnergyCell(geom, cells, clu, absId,  iSupModMax, ieta, iphi,shared);
1247   Double_t depth = GetDepth(clEnergy,fParticleType,iSupModMax) ;
1248   
1249   //printf("** Cluster energy %f, ncells %d, depth %f\n",clEnergy,clu->GetNCells(),depth);
1250   
1251   for (Int_t iDig=0; iDig< clu->GetNCells(); iDig++) 
1252   {
1253     absId = clu->GetCellAbsId(iDig);
1254     fraction  = clu->GetCellAmplitudeFraction(iDig);
1255     if(fraction < 1e-4) fraction = 1.; // in case unfolding is off
1256     
1257     if (!fCellsRecalibrated)
1258     {
1259       geom->GetCellIndex(absId,iSM,iTower,iIphi,iIeta); 
1260       geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(iSM,iTower,iIphi, iIeta,iphi,ieta);      
1261       
1262       if(IsRecalibrationOn()) 
1263       {
1264         recalFactor = GetEMCALChannelRecalibrationFactor(iSM,ieta,iphi);
1265       }
1266     }
1267     
1268     eCell  = cells->GetCellAmplitude(absId)*fraction*recalFactor;
1269     
1270     weight = GetCellWeight(eCell,clEnergy);
1271     totalWeight += weight;
1272     
1273     geom->RelPosCellInSModule(absId,depth,pLocal[0],pLocal[1],pLocal[2]);
1274     //printf("pLocal (%f,%f,%f), SM %d, absId %d\n",pLocal[0],pLocal[1],pLocal[2],iSupModMax,absId);
1275     geom->GetGlobal(pLocal,pGlobal,iSupModMax);
1276     //printf("pLocal (%f,%f,%f)\n",pGlobal[0],pGlobal[1],pGlobal[2]);
1277
1278     for(int i=0; i<3; i++ ) newPos[i] += (weight*pGlobal[i]);
1279   }// cell loop
1280   
1281   if(totalWeight>0)
1282   {
1283     for(int i=0; i<3; i++ )    newPos[i] /= totalWeight;
1284   }
1285     
1286   //Float_t pos[]={0,0,0};
1287   //clu->GetPosition(pos);
1288   //printf("OldPos  : %2.3f,%2.3f,%2.3f\n",pos[0],pos[1],pos[2]);
1289   //printf("NewPos  : %2.3f,%2.3f,%2.3f\n",newPos[0],newPos[1],newPos[2]);
1290   
1291   if(iSupModMax > 1) //sector 1
1292   {
1293     newPos[0] +=fMisalTransShift[3];//-=3.093; 
1294     newPos[1] +=fMisalTransShift[4];//+=6.82;
1295     newPos[2] +=fMisalTransShift[5];//+=1.635;
1296     //printf("   +    : %2.3f,%2.3f,%2.3f\n",fMisalTransShift[3],fMisalTransShift[4],fMisalTransShift[5]);
1297   } else //sector 0
1298   {
1299     newPos[0] +=fMisalTransShift[0];//+=1.134;
1300     newPos[1] +=fMisalTransShift[1];//+=8.2;
1301     newPos[2] +=fMisalTransShift[2];//+=1.197;
1302     //printf("   +    : %2.3f,%2.3f,%2.3f\n",fMisalTransShift[0],fMisalTransShift[1],fMisalTransShift[2]);
1303   }
1304   //printf("NewPos : %2.3f,%2.3f,%2.3f\n",newPos[0],newPos[1],newPos[2]);
1305
1306   clu->SetPosition(newPos);
1307 }  
1308
1309 //____________________________________________________________________________________________
1310 void AliEMCALRecoUtils::RecalculateClusterPositionFromTowerIndex(const AliEMCALGeometry *geom, 
1311                                                                  AliVCaloCells* cells, 
1312                                                                  AliVCluster* clu)
1313 {
1314   // For a given CaloCluster recalculates the position for a given set of misalignment shifts and puts it again in the CaloCluster.
1315   // The algorithm works with the tower indeces, averages the indeces and from them it calculates the global position
1316   
1317   Double_t eCell       = 1.;
1318   Float_t  fraction    = 1.;
1319   Float_t  recalFactor = 1.;
1320   
1321   Int_t absId   = -1;
1322   Int_t iTower  = -1;
1323   Int_t iIphi   = -1, iIeta   = -1;
1324   Int_t iSupMod = -1, iSupModMax = -1;
1325   Int_t iphi = -1, ieta =-1;
1326   Bool_t shared = kFALSE;
1327
1328   Float_t clEnergy = clu->E(); //Energy already recalibrated previously.
1329   GetMaxEnergyCell(geom, cells, clu, absId,  iSupModMax, ieta, iphi,shared);
1330   Float_t  depth = GetDepth(clEnergy,fParticleType,iSupMod) ;
1331
1332   Float_t weight = 0., weightedCol = 0., weightedRow = 0., totalWeight=0.;
1333   Bool_t areInSameSM = kTRUE; //exclude clusters with cells in different SMs for now
1334   Int_t startingSM = -1;
1335   
1336   for (Int_t iDig=0; iDig< clu->GetNCells(); iDig++) 
1337   {
1338     absId = clu->GetCellAbsId(iDig);
1339     fraction  = clu->GetCellAmplitudeFraction(iDig);
1340     if(fraction < 1e-4) fraction = 1.; // in case unfolding is off
1341
1342     if     (iDig==0)  startingSM = iSupMod;
1343     else if(iSupMod != startingSM) areInSameSM = kFALSE;
1344
1345     eCell  = cells->GetCellAmplitude(absId);
1346     
1347     geom->GetCellIndex(absId,iSupMod,iTower,iIphi,iIeta); 
1348     geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(iSupMod,iTower,iIphi, iIeta,iphi,ieta);    
1349     
1350     if (!fCellsRecalibrated)
1351     {
1352       if(IsRecalibrationOn()) 
1353       {
1354         recalFactor = GetEMCALChannelRecalibrationFactor(iSupMod,ieta,iphi);
1355       }
1356     }
1357     
1358     eCell  = cells->GetCellAmplitude(absId)*fraction*recalFactor;
1359     
1360     weight = GetCellWeight(eCell,clEnergy);
1361     if(weight < 0) weight = 0;
1362     totalWeight += weight;
1363     weightedCol += ieta*weight;
1364     weightedRow += iphi*weight;
1365     
1366     //printf("Max cell? cell %d, amplitude org %f, fraction %f, recalibration %f, amplitude new %f \n",cellAbsId, cells->GetCellAmplitude(cellAbsId), fraction, recalFactor, eCell) ;
1367   }// cell loop
1368     
1369   Float_t xyzNew[]={0.,0.,0.};
1370   if(areInSameSM == kTRUE) 
1371   {
1372     //printf("In Same SM\n");
1373     weightedCol = weightedCol/totalWeight;
1374     weightedRow = weightedRow/totalWeight;
1375     geom->RecalculateTowerPosition(weightedRow, weightedCol, iSupModMax, depth, fMisalTransShift, fMisalRotShift, xyzNew); 
1376   } 
1377   else 
1378   {
1379     //printf("In Different SM\n");
1380     geom->RecalculateTowerPosition(iphi,        ieta,        iSupModMax, depth, fMisalTransShift, fMisalRotShift, xyzNew); 
1381   }
1382   
1383   clu->SetPosition(xyzNew);
1384 }
1385
1386 //___________________________________________________________________________________________
1387 void AliEMCALRecoUtils::RecalculateClusterDistanceToBadChannel(const AliEMCALGeometry * geom, 
1388                                                                AliVCaloCells* cells, 
1389                                                                AliVCluster * cluster)
1390 {           
1391   //re-evaluate distance to bad channel with updated bad map
1392   
1393   if(!fRecalDistToBadChannels) return;
1394   
1395   if(!cluster)
1396   {
1397     AliInfo("Cluster pointer null!");
1398     return;
1399   }  
1400   
1401   //Get channels map of the supermodule where the cluster is.
1402   Int_t absIdMax  = -1, iSupMod =-1, icolM = -1, irowM = -1;
1403   Bool_t shared = kFALSE;
1404   GetMaxEnergyCell(geom, cells, cluster, absIdMax,  iSupMod, icolM, irowM, shared);
1405   TH2D* hMap  = (TH2D*)fEMCALBadChannelMap->At(iSupMod);
1406
1407   Int_t dRrow, dRcol;  
1408   Float_t  minDist = 10000.;
1409   Float_t  dist    = 0.;
1410   
1411   //Loop on tower status map 
1412   for(Int_t irow = 0; irow < AliEMCALGeoParams::fgkEMCALRows; irow++)
1413   {
1414     for(Int_t icol = 0; icol < AliEMCALGeoParams::fgkEMCALCols; icol++)
1415     {
1416       //Check if tower is bad.
1417       if(hMap->GetBinContent(icol,irow)==0) continue;
1418       //printf("AliEMCALRecoUtils::RecalculateDistanceToBadChannels() - \n \t Bad channel in SM %d, col %d, row %d, \n \t Cluster max in col %d, row %d\n",
1419       //       iSupMod,icol, irow, icolM,irowM);
1420       
1421       dRrow=TMath::Abs(irowM-irow);
1422       dRcol=TMath::Abs(icolM-icol);
1423       dist=TMath::Sqrt(dRrow*dRrow+dRcol*dRcol);
1424       if(dist < minDist)
1425       {
1426         //printf("MIN DISTANCE TO BAD %2.2f\n",dist);
1427         minDist = dist;
1428       }
1429     }
1430   }
1431   
1432   //In case the cluster is shared by 2 SuperModules, need to check the map of the second Super Module
1433   if (shared) 
1434   {
1435     TH2D* hMap2 = 0;
1436     Int_t iSupMod2 = -1;
1437     
1438     //The only possible combinations are (0,1), (2,3) ... (8,9)
1439     if(iSupMod%2) iSupMod2 = iSupMod-1;
1440     else          iSupMod2 = iSupMod+1;
1441     hMap2  = (TH2D*)fEMCALBadChannelMap->At(iSupMod2);
1442     
1443     //Loop on tower status map of second super module
1444     for(Int_t irow = 0; irow < AliEMCALGeoParams::fgkEMCALRows; irow++)
1445     {
1446       for(Int_t icol = 0; icol < AliEMCALGeoParams::fgkEMCALCols; icol++)
1447       {
1448         //Check if tower is bad.
1449         if(hMap2->GetBinContent(icol,irow)==0) continue;
1450         //printf("AliEMCALRecoUtils::RecalculateDistanceToBadChannels(shared) - \n \t Bad channel in SM %d, col %d, row %d \n \t Cluster max in SM %d, col %d, row %d\n",
1451         //     iSupMod2,icol, irow,iSupMod,icolM,irowM);
1452         dRrow=TMath::Abs(irow-irowM);
1453         
1454         if(iSupMod%2) 
1455         {
1456           dRcol=TMath::Abs(icol-(AliEMCALGeoParams::fgkEMCALCols+icolM));
1457         } else 
1458         {
1459           dRcol=TMath::Abs(AliEMCALGeoParams::fgkEMCALCols+icol-icolM);
1460         }                    
1461         
1462         dist=TMath::Sqrt(dRrow*dRrow+dRcol*dRcol);
1463         if(dist < minDist) minDist = dist;        
1464       }
1465     }
1466   }// shared cluster in 2 SuperModules
1467   
1468   AliDebug(2,Form("Max cluster cell (SM,col,row)=(%d %d %d) - Distance to Bad Channel %2.2f",iSupMod, icolM, irowM, minDist));
1469   cluster->SetDistanceToBadChannel(minDist);
1470 }
1471
1472 //__________________________________________________________________
1473 void AliEMCALRecoUtils::RecalculateClusterPID(AliVCluster * cluster)
1474 {           
1475   //re-evaluate identification parameters with bayesian
1476   
1477   if(!cluster)
1478   {
1479     AliInfo("Cluster pointer null!");
1480     return;
1481   }
1482   
1483   if ( cluster->GetM02() != 0)
1484     fPIDUtils->ComputePID(cluster->E(),cluster->GetM02());
1485   
1486   Float_t pidlist[AliPID::kSPECIESN+1];
1487   for(Int_t i = 0; i < AliPID::kSPECIESN+1; i++) pidlist[i] = fPIDUtils->GetPIDFinal(i);
1488         
1489   cluster->SetPID(pidlist);
1490 }
1491
1492 //___________________________________________________________________________________________________________________
1493 void AliEMCALRecoUtils::RecalculateClusterShowerShapeParameters(const AliEMCALGeometry * geom, 
1494                                                                 AliVCaloCells* cells, 
1495                                                                 AliVCluster * cluster,
1496                                                                 Float_t & l0,   Float_t & l1,   
1497                                                                 Float_t & disp, Float_t & dEta, Float_t & dPhi,
1498                                                                 Float_t & sEta, Float_t & sPhi, Float_t & sEtaPhi)
1499 {
1500   // Calculates new center of gravity in the local EMCAL-module coordinates 
1501   // and tranfers into global ALICE coordinates
1502   // Calculates Dispersion and main axis
1503   
1504   if(!cluster)
1505   {
1506     AliInfo("Cluster pointer null!");
1507     return;
1508   }
1509     
1510   Double_t eCell       = 0.;
1511   Float_t  fraction    = 1.;
1512   Float_t  recalFactor = 1.;
1513
1514   Int_t    iSupMod = -1;
1515   Int_t    iTower  = -1;
1516   Int_t    iIphi   = -1;
1517   Int_t    iIeta   = -1;
1518   Int_t    iphi    = -1;
1519   Int_t    ieta    = -1;
1520   Double_t etai    = -1.;
1521   Double_t phii    = -1.;
1522   
1523   Int_t    nstat   = 0 ;
1524   Float_t  wtot    = 0.;
1525   Double_t w       = 0.;
1526   Double_t etaMean = 0.;
1527   Double_t phiMean = 0.;
1528     
1529   //Loop on cells
1530   for(Int_t iDigit=0; iDigit < cluster->GetNCells(); iDigit++) 
1531   {
1532     //Get from the absid the supermodule, tower and eta/phi numbers
1533     geom->GetCellIndex(cluster->GetCellAbsId(iDigit),iSupMod,iTower,iIphi,iIeta); 
1534     geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(iSupMod,iTower,iIphi,iIeta, iphi,ieta);        
1535     
1536     //Get the cell energy, if recalibration is on, apply factors
1537     fraction  = cluster->GetCellAmplitudeFraction(iDigit);
1538     if(fraction < 1e-4) fraction = 1.; // in case unfolding is off
1539     
1540     if (!fCellsRecalibrated)
1541     {
1542       if(IsRecalibrationOn()) 
1543       {
1544         recalFactor = GetEMCALChannelRecalibrationFactor(iSupMod,ieta,iphi);
1545       }
1546     }
1547     
1548     eCell  = cells->GetCellAmplitude(cluster->GetCellAbsId(iDigit))*fraction*recalFactor;
1549     
1550     if(cluster->E() > 0 && eCell > 0)
1551     {
1552       w  = GetCellWeight(eCell,cluster->E());
1553       
1554       etai=(Double_t)ieta;
1555       phii=(Double_t)iphi;  
1556       
1557       if(w > 0.0) 
1558       {
1559         wtot += w ;
1560         nstat++;            
1561         //Shower shape
1562         sEta     += w * etai * etai ;
1563         etaMean  += w * etai ;
1564         sPhi     += w * phii * phii ;
1565         phiMean  += w * phii ; 
1566         sEtaPhi  += w * etai * phii ; 
1567       }
1568     } 
1569     else
1570       AliError(Form("Wrong energy %f and/or amplitude %f\n", eCell, cluster->E()));
1571   }//cell loop
1572   
1573   //Normalize to the weight  
1574   if (wtot > 0) 
1575   {
1576     etaMean /= wtot ;
1577     phiMean /= wtot ;
1578   }
1579   else
1580     AliError(Form("Wrong weight %f\n", wtot));
1581   
1582   //Calculate dispersion  
1583   for(Int_t iDigit=0; iDigit < cluster->GetNCells(); iDigit++) 
1584   {
1585     //Get from the absid the supermodule, tower and eta/phi numbers
1586     geom->GetCellIndex(cluster->GetCellAbsId(iDigit),iSupMod,iTower,iIphi,iIeta); 
1587     geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(iSupMod,iTower,iIphi,iIeta, iphi,ieta);
1588     
1589     //Get the cell energy, if recalibration is on, apply factors
1590     fraction  = cluster->GetCellAmplitudeFraction(iDigit);
1591     if(fraction < 1e-4) fraction = 1.; // in case unfolding is off
1592     if (IsRecalibrationOn()) 
1593     {
1594       recalFactor = GetEMCALChannelRecalibrationFactor(iSupMod,ieta,iphi);
1595     }
1596     eCell  = cells->GetCellAmplitude(cluster->GetCellAbsId(iDigit))*fraction*recalFactor;
1597     
1598     if(cluster->E() > 0 && eCell > 0)
1599     {
1600       w  = GetCellWeight(eCell,cluster->E());
1601       
1602       etai=(Double_t)ieta;
1603       phii=(Double_t)iphi;    
1604       if(w > 0.0) 
1605       { 
1606         disp +=  w *((etai-etaMean)*(etai-etaMean)+(phii-phiMean)*(phii-phiMean)); 
1607         dEta +=  w * (etai-etaMean)*(etai-etaMean) ; 
1608         dPhi +=  w * (phii-phiMean)*(phii-phiMean) ; 
1609       }
1610     }
1611     else
1612       AliError(Form("Wrong energy %f and/or amplitude %f\n", eCell, cluster->E()));
1613   }// cell loop
1614   
1615   //Normalize to the weigth and set shower shape parameters
1616   if (wtot > 0 && nstat > 1) 
1617   {
1618     disp    /= wtot ;
1619     dEta    /= wtot ;
1620     dPhi    /= wtot ;
1621     sEta    /= wtot ;
1622     sPhi    /= wtot ;
1623     sEtaPhi /= wtot ;
1624     
1625     sEta    -= etaMean * etaMean ;
1626     sPhi    -= phiMean * phiMean ;
1627     sEtaPhi -= etaMean * phiMean ;
1628     
1629     l0 = (0.5 * (sEta + sPhi) + TMath::Sqrt( 0.25 * (sEta - sPhi) * (sEta - sPhi) + sEtaPhi * sEtaPhi ));
1630     l1 = (0.5 * (sEta + sPhi) - TMath::Sqrt( 0.25 * (sEta - sPhi) * (sEta - sPhi) + sEtaPhi * sEtaPhi ));
1631   }
1632   else
1633   {
1634     l0   = 0. ;
1635     l1   = 0. ;
1636     dEta = 0. ; dPhi = 0. ; disp    = 0. ;
1637     sEta = 0. ; sPhi = 0. ; sEtaPhi = 0. ;
1638   }  
1639   
1640 }
1641
1642 //____________________________________________________________________________________________
1643 void AliEMCALRecoUtils::RecalculateClusterShowerShapeParameters(const AliEMCALGeometry * geom, 
1644                                                                 AliVCaloCells* cells, 
1645                                                                 AliVCluster * cluster)
1646 {
1647   // Calculates new center of gravity in the local EMCAL-module coordinates 
1648   // and tranfers into global ALICE coordinates
1649   // Calculates Dispersion and main axis and puts them into the cluster
1650   
1651   Float_t l0   = 0., l1   = 0.;
1652   Float_t disp = 0., dEta = 0., dPhi    = 0.; 
1653   Float_t sEta = 0., sPhi = 0., sEtaPhi = 0.;
1654   
1655   AliEMCALRecoUtils::RecalculateClusterShowerShapeParameters(geom,cells,cluster,l0,l1,disp,
1656                                                              dEta, dPhi, sEta, sPhi, sEtaPhi);
1657   
1658   cluster->SetM02(l0);
1659   cluster->SetM20(l1);
1660   if(disp > 0. ) cluster->SetDispersion(TMath::Sqrt(disp)) ;
1661   
1662
1663
1664 //____________________________________________________________________________
1665 void AliEMCALRecoUtils::FindMatches(AliVEvent *event,
1666                                     TObjArray * clusterArr,  
1667                                     const AliEMCALGeometry *geom)
1668 {
1669   //This function should be called before the cluster loop
1670   //Before call this function, please recalculate the cluster positions
1671   //Given the input event, loop over all the tracks, select the closest cluster as matched with fCutR
1672   //Store matched cluster indexes and residuals
1673   
1674   fMatchedTrackIndex  ->Reset();
1675   fMatchedClusterIndex->Reset();
1676   fResidualPhi->Reset();
1677   fResidualEta->Reset();
1678   
1679   fMatchedTrackIndex  ->Set(1000);
1680   fMatchedClusterIndex->Set(1000);
1681   fResidualPhi->Set(1000);
1682   fResidualEta->Set(1000);
1683   
1684   AliESDEvent* esdevent = dynamic_cast<AliESDEvent*> (event);
1685   AliAODEvent* aodevent = dynamic_cast<AliAODEvent*> (event);
1686   
1687   // init the magnetic field if not already on
1688   if(!TGeoGlobalMagField::Instance()->GetField())
1689   {
1690     AliInfo("Init the magnetic field\n");
1691     if     (esdevent) 
1692     {
1693       esdevent->InitMagneticField();
1694     }
1695     else if(aodevent)
1696     {
1697       Double_t curSol = 30000*aodevent->GetMagneticField()/5.00668;
1698       Double_t curDip = 6000 *aodevent->GetMuonMagFieldScale();
1699       AliMagF *field  = AliMagF::CreateFieldMap(curSol,curDip);
1700       TGeoGlobalMagField::Instance()->SetField(field);
1701     }
1702     else
1703     {
1704       AliInfo("Mag Field not initialized, null esd/aod evetn pointers");
1705     }
1706     
1707   } // Init mag field
1708   
1709   TObjArray *clusterArray = 0x0;
1710   if(!clusterArr)
1711     {
1712       clusterArray = new TObjArray(event->GetNumberOfCaloClusters());
1713       for(Int_t icl=0; icl<event->GetNumberOfCaloClusters(); icl++)
1714   {
1715     AliVCluster *cluster = (AliVCluster*) event->GetCaloCluster(icl);
1716     if(geom && !IsGoodCluster(cluster,geom,(AliVCaloCells*)event->GetEMCALCells())) continue;
1717     clusterArray->AddAt(cluster,icl);
1718   }
1719     }
1720   
1721   Int_t    matched=0;
1722   Double_t cv[21];
1723   for (Int_t i=0; i<21;i++) cv[i]=0;
1724   for(Int_t itr=0; itr<event->GetNumberOfTracks(); itr++)
1725   {
1726     AliExternalTrackParam *trackParam = 0;
1727     
1728     //If the input event is ESD, the starting point for extrapolation is TPCOut, if available, or TPCInner 
1729     AliESDtrack *esdTrack = 0;
1730     AliAODTrack *aodTrack = 0;
1731     if(esdevent)
1732     {
1733       esdTrack = esdevent->GetTrack(itr);
1734       if(!esdTrack) continue;
1735       if(!IsAccepted(esdTrack)) continue;
1736       if(esdTrack->Pt()<fCutMinTrackPt) continue;
1737       Double_t phi = esdTrack->Phi()*TMath::RadToDeg();
1738       if(TMath::Abs(esdTrack->Eta())>0.8 || phi <= 20 || phi >= 240 ) continue;
1739       trackParam =  const_cast<AliExternalTrackParam*>(esdTrack->GetInnerParam());
1740     }
1741     
1742     //If the input event is AOD, the starting point for extrapolation is at vertex
1743     //AOD tracks are selected according to its filterbit.
1744     else if(aodevent)
1745     {
1746       aodTrack = aodevent->GetTrack(itr);
1747       if(!aodTrack) continue;
1748       if(!aodTrack->TestFilterMask(fAODFilterMask)) continue; //Select AOD tracks that fulfill GetStandardITSTPCTrackCuts2010()
1749       if(aodTrack->Pt()<fCutMinTrackPt) continue;
1750       Double_t phi = aodTrack->Phi()*TMath::RadToDeg();
1751       if(TMath::Abs(aodTrack->Eta())>0.8 || phi <= 20 || phi >= 240 ) continue;
1752       Double_t pos[3],mom[3];
1753       aodTrack->GetXYZ(pos);
1754       aodTrack->GetPxPyPz(mom);
1755       AliDebug(5,Form("aod track: i=%d | pos=(%5.4f,%5.4f,%5.4f) | mom=(%5.4f,%5.4f,%5.4f) | charge=%d\n",itr,pos[0],pos[1],pos[2],mom[0],mom[1],mom[2],aodTrack->Charge()));
1756       trackParam= new AliExternalTrackParam(pos,mom,cv,aodTrack->Charge());
1757     }
1758     
1759     //Return if the input data is not "AOD" or "ESD"
1760     else
1761     {
1762       printf("Wrong input data type! Should be \"AOD\" or \"ESD\"\n");
1763       if(clusterArray)
1764   {
1765     clusterArray->Clear();
1766     delete clusterArray;
1767   }
1768       return;
1769     }
1770     
1771     if(!trackParam) continue;
1772
1773     //Extrapolate the track to EMCal surface
1774     AliExternalTrackParam emcalParam(*trackParam);
1775     Float_t eta, phi;
1776     if(!ExtrapolateTrackToEMCalSurface(&emcalParam, 430., fMass, fStepSurface, eta, phi)) 
1777       {
1778   if(aodevent && trackParam) delete trackParam;
1779   continue;
1780       }
1781
1782 //    if(esdevent)
1783 //      {
1784 //  esdTrack->SetOuterParam(&emcalParam,AliExternalTrackParam::kMultSec);
1785 //      }
1786
1787     if(TMath::Abs(eta)>0.75 || (phi) < 70*TMath::DegToRad() || (phi) > 190*TMath::DegToRad())
1788       {
1789   if(aodevent && trackParam) delete trackParam;
1790   continue;
1791       }
1792
1793
1794     //Find matched clusters
1795     Int_t index = -1;
1796     Float_t dEta = -999, dPhi = -999;
1797     if(!clusterArr)
1798       {
1799   index = FindMatchedClusterInClusterArr(&emcalParam, &emcalParam, clusterArray, dEta, dPhi);  
1800       }
1801     else
1802       {
1803   index = FindMatchedClusterInClusterArr(&emcalParam, &emcalParam, clusterArr, dEta, dPhi);  
1804       }  
1805     
1806     if(index>-1)
1807     {
1808       fMatchedTrackIndex   ->AddAt(itr,matched);
1809       fMatchedClusterIndex ->AddAt(index,matched);
1810       fResidualEta         ->AddAt(dEta,matched);
1811       fResidualPhi         ->AddAt(dPhi,matched);
1812       matched++;
1813     }
1814     if(aodevent && trackParam) delete trackParam;
1815   }//track loop
1816
1817   if(clusterArray)
1818     {
1819       clusterArray->Clear();
1820       delete clusterArray;
1821     }
1822   
1823   AliDebug(2,Form("Number of matched pairs = %d !\n",matched));
1824   
1825   fMatchedTrackIndex   ->Set(matched);
1826   fMatchedClusterIndex ->Set(matched);
1827   fResidualPhi         ->Set(matched);
1828   fResidualEta         ->Set(matched);
1829 }
1830
1831 //________________________________________________________________________________
1832 Int_t AliEMCALRecoUtils::FindMatchedClusterInEvent(const AliESDtrack *track, 
1833                                                    const AliVEvent *event, 
1834                                                    const AliEMCALGeometry *geom, 
1835                                                    Float_t &dEta, Float_t &dPhi)
1836 {
1837   //
1838   // This function returns the index of matched cluster to input track
1839   // Returns -1 if no match is found
1840   Int_t index = -1;
1841   Double_t phiV = track->Phi()*TMath::RadToDeg();
1842   if(TMath::Abs(track->Eta())>0.8 || phiV <= 20 || phiV >= 240 ) return index;
1843   AliExternalTrackParam *trackParam = const_cast<AliExternalTrackParam*>(track->GetInnerParam());
1844   if(!trackParam) return index;
1845   AliExternalTrackParam emcalParam(*trackParam);
1846   Float_t eta, phi;
1847   if(!ExtrapolateTrackToEMCalSurface(&emcalParam, 430., fMass, fStepSurface, eta, phi)) return index;
1848   if(TMath::Abs(eta)>0.75 || (phi) < 70*TMath::DegToRad() || (phi) > 190*TMath::DegToRad()) return index;
1849
1850   TObjArray *clusterArr = new TObjArray(event->GetNumberOfCaloClusters());
1851
1852   for(Int_t icl=0; icl<event->GetNumberOfCaloClusters(); icl++)
1853   {
1854     AliVCluster *cluster = (AliVCluster*) event->GetCaloCluster(icl);
1855     if(geom && !IsGoodCluster(cluster,geom,(AliVCaloCells*)event->GetEMCALCells())) continue;
1856     clusterArr->AddAt(cluster,icl);
1857   }
1858
1859   index = FindMatchedClusterInClusterArr(&emcalParam, &emcalParam, clusterArr, dEta, dPhi);  
1860   clusterArr->Clear();
1861   delete clusterArr;
1862   
1863   return index;
1864 }
1865
1866 //_______________________________________________________________________________________________
1867 Int_t  AliEMCALRecoUtils::FindMatchedClusterInClusterArr(const AliExternalTrackParam *emcalParam, 
1868                                                          AliExternalTrackParam *trkParam, 
1869                                                          const TObjArray * clusterArr, 
1870                                                          Float_t &dEta, Float_t &dPhi)
1871 {
1872   // Find matched cluster in array
1873   
1874   dEta=-999, dPhi=-999;
1875   Float_t dRMax = fCutR, dEtaMax=fCutEta, dPhiMax=fCutPhi;
1876   Int_t index = -1;
1877   Float_t tmpEta=-999, tmpPhi=-999;
1878
1879   Double_t exPos[3] = {0.,0.,0.};
1880   if(!emcalParam->GetXYZ(exPos)) return index;
1881
1882   Float_t clsPos[3] = {0.,0.,0.};
1883   for(Int_t icl=0; icl<clusterArr->GetEntriesFast(); icl++)
1884     {
1885       AliVCluster *cluster = dynamic_cast<AliVCluster*> (clusterArr->At(icl)) ;
1886       if(!cluster || !cluster->IsEMCAL()) continue;
1887       cluster->GetPosition(clsPos);
1888       Double_t dR = TMath::Sqrt(TMath::Power(exPos[0]-clsPos[0],2)+TMath::Power(exPos[1]-clsPos[1],2)+TMath::Power(exPos[2]-clsPos[2],2));
1889       if(dR > fClusterWindow) continue;
1890
1891       AliExternalTrackParam trkPamTmp (*trkParam);//Retrieve the starting point every time before the extrapolation
1892       if(!ExtrapolateTrackToCluster(&trkPamTmp, cluster, fMass, fStepCluster, tmpEta, tmpPhi)) continue;
1893       if(fCutEtaPhiSum)
1894         {
1895           Float_t tmpR=TMath::Sqrt(tmpEta*tmpEta + tmpPhi*tmpPhi);
1896           if(tmpR<dRMax)
1897       {
1898         dRMax=tmpR;
1899         dEtaMax=tmpEta;
1900         dPhiMax=tmpPhi;
1901         index=icl;
1902       }
1903         }
1904       else if(fCutEtaPhiSeparate)
1905         {
1906           if(TMath::Abs(tmpEta)<TMath::Abs(dEtaMax) && TMath::Abs(tmpPhi)<TMath::Abs(dPhiMax))
1907       {
1908         dEtaMax = tmpEta;
1909         dPhiMax = tmpPhi;
1910         index=icl;
1911       }
1912         }
1913       else
1914         {
1915           printf("Error: please specify your cut criteria\n");
1916           printf("To cut on sqrt(dEta^2+dPhi^2), use: SwitchOnCutEtaPhiSum()\n");
1917           printf("To cut on dEta and dPhi separately, use: SwitchOnCutEtaPhiSeparate()\n");
1918           return index;
1919         }
1920     }
1921
1922   dEta=dEtaMax;
1923   dPhi=dPhiMax;
1924
1925   return index;
1926 }
1927
1928 //------------------------------------------------------------------------------------
1929 Bool_t AliEMCALRecoUtils::ExtrapolateTrackToEMCalSurface(AliExternalTrackParam *trkParam, 
1930                                                          const Double_t emcalR,
1931                                                          const Double_t mass, 
1932                                                          const Double_t step, 
1933                                                          Float_t &eta, 
1934                                                          Float_t &phi)
1935 {
1936   //Extrapolate track to EMCAL surface
1937   
1938   eta = -999, phi = -999;
1939   if(!trkParam) return kFALSE;
1940   if(!AliTrackerBase::PropagateTrackToBxByBz(trkParam, emcalR, mass, step, kTRUE, 0.8, -1)) return kFALSE;
1941   Double_t trkPos[3] = {0.,0.,0.};
1942   if(!trkParam->GetXYZ(trkPos)) return kFALSE;
1943   TVector3 trkPosVec(trkPos[0],trkPos[1],trkPos[2]);
1944   eta = trkPosVec.Eta();
1945   phi = trkPosVec.Phi();
1946   if(phi<0)
1947     phi += 2*TMath::Pi();
1948
1949   return kTRUE;
1950 }
1951
1952 //-----------------------------------------------------------------------------------
1953 Bool_t AliEMCALRecoUtils::ExtrapolateTrackToPosition(AliExternalTrackParam *trkParam, 
1954                                                      const Float_t *clsPos, 
1955                                                      Double_t mass, 
1956                                                      Double_t step, 
1957                                                      Float_t &tmpEta, 
1958                                                      Float_t &tmpPhi)
1959 {
1960   //
1961   //Return the residual by extrapolating a track param to a global position
1962   //
1963   tmpEta = -999;
1964   tmpPhi = -999;
1965   if(!trkParam) return kFALSE;
1966   Double_t trkPos[3] = {0.,0.,0.};
1967   TVector3 vec(clsPos[0],clsPos[1],clsPos[2]);
1968   Double_t alpha =  ((int)(vec.Phi()*TMath::RadToDeg()/20)+0.5)*20*TMath::DegToRad();
1969   vec.RotateZ(-alpha); //Rotate the cluster to the local extrapolation coordinate system
1970   if(!AliTrackerBase::PropagateTrackToBxByBz(trkParam, vec.X(), mass, step,kTRUE, 0.8, -1)) return kFALSE;
1971   if(!trkParam->GetXYZ(trkPos)) return kFALSE; //Get the extrapolated global position
1972
1973   TVector3 clsPosVec(clsPos[0],clsPos[1],clsPos[2]);
1974   TVector3 trkPosVec(trkPos[0],trkPos[1],trkPos[2]);
1975
1976   // track cluster matching
1977   tmpPhi = clsPosVec.DeltaPhi(trkPosVec);    // tmpPhi is between -pi and pi
1978   tmpEta = clsPosVec.Eta()-trkPosVec.Eta();
1979
1980   return kTRUE;
1981 }
1982
1983 //----------------------------------------------------------------------------------
1984 Bool_t AliEMCALRecoUtils::ExtrapolateTrackToCluster(AliExternalTrackParam *trkParam, 
1985                                                     const AliVCluster *cluster, 
1986                                                     const Double_t mass, 
1987                                                     const Double_t step, 
1988                                                     Float_t &tmpEta, 
1989                                                     Float_t &tmpPhi)
1990 {
1991   //
1992   //Return the residual by extrapolating a track param to a cluster
1993   //
1994   tmpEta = -999;
1995   tmpPhi = -999;
1996   if(!cluster || !trkParam) return kFALSE;
1997
1998   Float_t clsPos[3] = {0.,0.,0.};
1999   cluster->GetPosition(clsPos);
2000
2001   return ExtrapolateTrackToPosition(trkParam, clsPos, mass, step, tmpEta, tmpPhi);
2002 }
2003
2004 //---------------------------------------------------------------------------------
2005 Bool_t AliEMCALRecoUtils::ExtrapolateTrackToCluster(AliExternalTrackParam *trkParam, 
2006                                                     const AliVCluster *cluster, 
2007                                                     Float_t &tmpEta, 
2008                                                     Float_t &tmpPhi)
2009 {
2010   //
2011   //Return the residual by extrapolating a track param to a clusterfStepCluster
2012   //
2013
2014   return ExtrapolateTrackToCluster(trkParam, cluster, fMass, fStepCluster, tmpEta, tmpPhi);
2015 }
2016
2017 //_______________________________________________________________________
2018 void AliEMCALRecoUtils::GetMatchedResiduals(const Int_t clsIndex, 
2019                                             Float_t &dEta, Float_t &dPhi)
2020 {
2021   //Given a cluster index as in AliESDEvent::GetCaloCluster(clsIndex)
2022   //Get the residuals dEta and dPhi for this cluster to the closest track
2023   //Works with ESDs and AODs
2024
2025   if( FindMatchedPosForCluster(clsIndex) >= 999 )
2026   {
2027     AliDebug(2,"No matched tracks found!\n");
2028     dEta=999.;
2029     dPhi=999.;
2030     return;
2031   }
2032   dEta = fResidualEta->At(FindMatchedPosForCluster(clsIndex));
2033   dPhi = fResidualPhi->At(FindMatchedPosForCluster(clsIndex));
2034 }
2035
2036 //______________________________________________________________________________________________
2037 void AliEMCALRecoUtils::GetMatchedClusterResiduals(Int_t trkIndex, Float_t &dEta, Float_t &dPhi)
2038 {
2039   //Given a track index as in AliESDEvent::GetTrack(trkIndex)
2040   //Get the residuals dEta and dPhi for this track to the closest cluster
2041   //Works with ESDs and AODs
2042
2043   if( FindMatchedPosForTrack(trkIndex) >= 999 )
2044   {
2045     AliDebug(2,"No matched cluster found!\n");
2046     dEta=999.;
2047     dPhi=999.;
2048     return;
2049   }
2050   dEta = fResidualEta->At(FindMatchedPosForTrack(trkIndex));
2051   dPhi = fResidualPhi->At(FindMatchedPosForTrack(trkIndex));
2052 }
2053
2054 //__________________________________________________________
2055 Int_t AliEMCALRecoUtils::GetMatchedTrackIndex(Int_t clsIndex)
2056 {
2057   //Given a cluster index as in AliESDEvent::GetCaloCluster(clsIndex)
2058   //Get the index of matched track to this cluster
2059   //Works with ESDs and AODs
2060   
2061   if(IsClusterMatched(clsIndex))
2062     return fMatchedTrackIndex->At(FindMatchedPosForCluster(clsIndex));
2063   else 
2064     return -1; 
2065 }
2066
2067 //__________________________________________________________
2068 Int_t AliEMCALRecoUtils::GetMatchedClusterIndex(Int_t trkIndex)
2069 {
2070   //Given a track index as in AliESDEvent::GetTrack(trkIndex)
2071   //Get the index of matched cluster to this track
2072   //Works with ESDs and AODs
2073   
2074   if(IsTrackMatched(trkIndex))
2075     return fMatchedClusterIndex->At(FindMatchedPosForTrack(trkIndex));
2076   else 
2077     return -1; 
2078 }
2079
2080 //______________________________________________________________
2081 Bool_t AliEMCALRecoUtils::IsClusterMatched(Int_t clsIndex) const
2082 {
2083   //Given a cluster index as in AliESDEvent::GetCaloCluster(clsIndex)
2084   //Returns if the cluster has a match
2085   if(FindMatchedPosForCluster(clsIndex) < 999) 
2086     return kTRUE;
2087   else
2088     return kFALSE;
2089 }
2090
2091 //____________________________________________________________
2092 Bool_t AliEMCALRecoUtils::IsTrackMatched(Int_t trkIndex) const 
2093 {
2094   //Given a track index as in AliESDEvent::GetTrack(trkIndex)
2095   //Returns if the track has a match
2096   if(FindMatchedPosForTrack(trkIndex) < 999) 
2097     return kTRUE;
2098   else
2099     return kFALSE;
2100 }
2101
2102 //______________________________________________________________________
2103 UInt_t AliEMCALRecoUtils::FindMatchedPosForCluster(Int_t clsIndex) const
2104 {
2105   //Given a cluster index as in AliESDEvent::GetCaloCluster(clsIndex)
2106   //Returns the position of the match in the fMatchedClusterIndex array
2107   Float_t tmpR = fCutR;
2108   UInt_t pos = 999;
2109   
2110   for(Int_t i=0; i<fMatchedClusterIndex->GetSize(); i++) 
2111   {
2112     if(fMatchedClusterIndex->At(i)==clsIndex) 
2113     {
2114       Float_t r = TMath::Sqrt(fResidualEta->At(i)*fResidualEta->At(i) + fResidualPhi->At(i)*fResidualPhi->At(i));
2115       if(r<tmpR) 
2116       {
2117         pos=i;
2118         tmpR=r;
2119         AliDebug(3,Form("Matched cluster index: index: %d, dEta: %2.4f, dPhi: %2.4f.\n",
2120                         fMatchedClusterIndex->At(i),fResidualEta->At(i),fResidualPhi->At(i)));
2121       }
2122     }
2123   }
2124   return pos;
2125 }
2126
2127 //____________________________________________________________________
2128 UInt_t AliEMCALRecoUtils::FindMatchedPosForTrack(Int_t trkIndex) const
2129 {
2130   //Given a track index as in AliESDEvent::GetTrack(trkIndex)
2131   //Returns the position of the match in the fMatchedTrackIndex array
2132   Float_t tmpR = fCutR;
2133   UInt_t pos = 999;
2134   
2135   for(Int_t i=0; i<fMatchedTrackIndex->GetSize(); i++) 
2136   {
2137     if(fMatchedTrackIndex->At(i)==trkIndex) 
2138     {
2139       Float_t r = TMath::Sqrt(fResidualEta->At(i)*fResidualEta->At(i) + fResidualPhi->At(i)*fResidualPhi->At(i));
2140       if(r<tmpR) 
2141       {
2142         pos=i;
2143         tmpR=r;
2144         AliDebug(3,Form("Matched track index: index: %d, dEta: %2.4f, dPhi: %2.4f.\n",
2145                         fMatchedTrackIndex->At(i),fResidualEta->At(i),fResidualPhi->At(i)));
2146       }
2147     }
2148   }
2149   return pos;
2150 }
2151
2152 //__________________________________________________________________________
2153 Bool_t AliEMCALRecoUtils::IsGoodCluster(AliVCluster *cluster, 
2154                                         const AliEMCALGeometry *geom, 
2155                                         AliVCaloCells* cells,const Int_t bc)
2156 {
2157   // check if the cluster survives some quality cut
2158   //
2159   //
2160   Bool_t isGood=kTRUE;
2161
2162   if(!cluster || !cluster->IsEMCAL())              return kFALSE;
2163   
2164   if(ClusterContainsBadChannel(geom,cluster->GetCellsAbsId(),cluster->GetNCells())) return kFALSE;
2165   
2166   if(!CheckCellFiducialRegion(geom,cluster,cells)) return kFALSE;
2167   
2168   if(IsExoticCluster(cluster, cells,bc))           return kFALSE;
2169
2170   return isGood;
2171 }
2172
2173 //__________________________________________________________
2174 Bool_t AliEMCALRecoUtils::IsAccepted(AliESDtrack *esdTrack)
2175 {
2176   // Given a esd track, return whether the track survive all the cuts
2177
2178   // The different quality parameter are first
2179   // retrieved from the track. then it is found out what cuts the
2180   // track did not survive and finally the cuts are imposed.
2181
2182   UInt_t status = esdTrack->GetStatus();
2183
2184   Int_t nClustersITS = esdTrack->GetITSclusters(0);
2185   Int_t nClustersTPC = esdTrack->GetTPCclusters(0);
2186
2187   Float_t chi2PerClusterITS = -1;
2188   Float_t chi2PerClusterTPC = -1;
2189   if (nClustersITS!=0)
2190     chi2PerClusterITS = esdTrack->GetITSchi2()/Float_t(nClustersITS);
2191   if (nClustersTPC!=0) 
2192     chi2PerClusterTPC = esdTrack->GetTPCchi2()/Float_t(nClustersTPC);
2193
2194
2195   //DCA cuts
2196   if(fTrackCutsType==kGlobalCut)
2197     {
2198       Float_t maxDCAToVertexXYPtDep = 0.0182 + 0.0350/TMath::Power(esdTrack->Pt(),1.01); //This expression comes from AliESDtrackCuts::GetStandardITSTPCTrackCuts2010()
2199       //AliDebug(3,Form("Track pT = %f, DCAtoVertexXY = %f",esdTrack->Pt(),MaxDCAToVertexXYPtDep));
2200       SetMaxDCAToVertexXY(maxDCAToVertexXYPtDep); //Set pT dependent DCA cut to vertex in x-y plane
2201     }
2202
2203
2204   Float_t b[2];
2205   Float_t bCov[3];
2206   esdTrack->GetImpactParameters(b,bCov);
2207   if (bCov[0]<=0 || bCov[2]<=0) 
2208   {
2209     AliDebug(1, "Estimated b resolution lower or equal zero!");
2210     bCov[0]=0; bCov[2]=0;
2211   }
2212
2213   Float_t dcaToVertexXY = b[0];
2214   Float_t dcaToVertexZ = b[1];
2215   Float_t dcaToVertex = -1;
2216
2217   if (fCutDCAToVertex2D)
2218     dcaToVertex = TMath::Sqrt(dcaToVertexXY*dcaToVertexXY/fCutMaxDCAToVertexXY/fCutMaxDCAToVertexXY + dcaToVertexZ*dcaToVertexZ/fCutMaxDCAToVertexZ/fCutMaxDCAToVertexZ);
2219   else
2220     dcaToVertex = TMath::Sqrt(dcaToVertexXY*dcaToVertexXY + dcaToVertexZ*dcaToVertexZ);
2221     
2222   // cut the track?
2223   
2224   Bool_t cuts[kNCuts];
2225   for (Int_t i=0; i<kNCuts; i++) cuts[i]=kFALSE;
2226   
2227   // track quality cuts
2228   if (fCutRequireTPCRefit && (status&AliESDtrack::kTPCrefit)==0)
2229     cuts[0]=kTRUE;
2230   if (fCutRequireITSRefit && (status&AliESDtrack::kITSrefit)==0)
2231     cuts[1]=kTRUE;
2232   if (nClustersTPC<fCutMinNClusterTPC)
2233     cuts[2]=kTRUE;
2234   if (nClustersITS<fCutMinNClusterITS) 
2235     cuts[3]=kTRUE;
2236   if (chi2PerClusterTPC>fCutMaxChi2PerClusterTPC) 
2237     cuts[4]=kTRUE; 
2238   if (chi2PerClusterITS>fCutMaxChi2PerClusterITS) 
2239     cuts[5]=kTRUE;  
2240   if (!fCutAcceptKinkDaughters && esdTrack->GetKinkIndex(0)>0)
2241     cuts[6]=kTRUE;
2242   if (fCutDCAToVertex2D && dcaToVertex > 1)
2243     cuts[7] = kTRUE;
2244   if (!fCutDCAToVertex2D && TMath::Abs(dcaToVertexXY) > fCutMaxDCAToVertexXY)
2245     cuts[8] = kTRUE;
2246   if (!fCutDCAToVertex2D && TMath::Abs(dcaToVertexZ) > fCutMaxDCAToVertexZ)
2247     cuts[9] = kTRUE;
2248
2249   if(fTrackCutsType==kGlobalCut)
2250     {
2251       //Require at least one SPD point + anything else in ITS
2252       if( (esdTrack->HasPointOnITSLayer(0) || esdTrack->HasPointOnITSLayer(1)) == kFALSE)
2253   cuts[10] = kTRUE;
2254     }
2255
2256   Bool_t cut=kFALSE;
2257   for (Int_t i=0; i<kNCuts; i++)
2258     if (cuts[i]) { cut = kTRUE ; }
2259
2260     // cut the track
2261   if (cut) 
2262     return kFALSE;
2263   else 
2264     return kTRUE;
2265 }
2266
2267 //_____________________________________
2268 void AliEMCALRecoUtils::InitTrackCuts()
2269 {
2270   //Intilize the track cut criteria
2271   //By default these cuts are set according to AliESDtrackCuts::GetStandardTPCOnlyTrackCuts()
2272   //Also you can customize the cuts using the setters
2273   
2274   switch (fTrackCutsType)
2275   {
2276     case kTPCOnlyCut:
2277     {
2278       AliInfo(Form("Track cuts for matching: GetStandardTPCOnlyTrackCuts()"));
2279       //TPC
2280       SetMinNClustersTPC(70);
2281       SetMaxChi2PerClusterTPC(4);
2282       SetAcceptKinkDaughters(kFALSE);
2283       SetRequireTPCRefit(kFALSE);
2284       
2285       //ITS
2286       SetRequireITSRefit(kFALSE);
2287       SetMaxDCAToVertexZ(3.2);
2288       SetMaxDCAToVertexXY(2.4);
2289       SetDCAToVertex2D(kTRUE);
2290       
2291       break;
2292     }
2293       
2294     case kGlobalCut:
2295     {
2296       AliInfo(Form("Track cuts for matching: GetStandardITSTPCTrackCuts2010(kTURE)"));
2297       //TPC
2298       SetMinNClustersTPC(70);
2299       SetMaxChi2PerClusterTPC(4);
2300       SetAcceptKinkDaughters(kFALSE);
2301       SetRequireTPCRefit(kTRUE);
2302       
2303       //ITS
2304       SetRequireITSRefit(kTRUE);
2305       SetMaxDCAToVertexZ(2);
2306       SetMaxDCAToVertexXY();
2307       SetDCAToVertex2D(kFALSE);
2308       
2309       break;
2310     }
2311       
2312     case kLooseCut:
2313     {
2314       AliInfo(Form("Track cuts for matching: Loose cut w/o DCA cut"));
2315       SetMinNClustersTPC(50);
2316       SetAcceptKinkDaughters(kTRUE);
2317       
2318       break;
2319     }
2320   }
2321 }
2322
2323
2324 //________________________________________________________________________
2325 void AliEMCALRecoUtils::SetClusterMatchedToTrack(const AliVEvent *event)
2326 {
2327   // Checks if tracks are matched to EMC clusters and set the matched EMCAL cluster index to ESD track. 
2328
2329   Int_t nTracks = event->GetNumberOfTracks();
2330   for (Int_t iTrack = 0; iTrack < nTracks; ++iTrack) 
2331   {
2332     AliVTrack* track = dynamic_cast<AliVTrack*>(event->GetTrack(iTrack));
2333     if (!track) 
2334     {
2335       AliWarning(Form("Could not receive track %d", iTrack));
2336       continue;
2337     }
2338     
2339     Int_t matchClusIndex = GetMatchedClusterIndex(iTrack);       
2340     track->SetEMCALcluster(matchClusIndex); //sets -1 if track not matched within residual
2341     /*the following can be done better if AliVTrack::SetStatus will be there. Patch pending with Andreas/Peter*/
2342     AliESDtrack* esdtrack = dynamic_cast<AliESDtrack*>(track);
2343     if (esdtrack) { 
2344       if(matchClusIndex != -1) 
2345         esdtrack->SetStatus(AliESDtrack::kEMCALmatch);
2346       else
2347         esdtrack->ResetStatus(AliESDtrack::kEMCALmatch);
2348     } else {
2349       AliAODTrack* aodtrack = dynamic_cast<AliAODTrack*>(track);
2350       if(matchClusIndex != -1) 
2351         aodtrack->SetStatus(AliESDtrack::kEMCALmatch);
2352       else
2353         aodtrack->ResetStatus(AliESDtrack::kEMCALmatch);
2354     }
2355
2356   }
2357   AliDebug(2,"Track matched to closest cluster");  
2358 }
2359
2360 //_________________________________________________________________________
2361 void AliEMCALRecoUtils::SetTracksMatchedToCluster(const AliVEvent *event)
2362 {
2363   // Checks if EMC clusters are matched to ESD track.
2364   // Adds track indexes of all the tracks matched to a cluster withing residuals in ESDCalocluster.
2365   
2366   for (Int_t iClus=0; iClus < event->GetNumberOfCaloClusters(); ++iClus) 
2367   {
2368     AliVCluster *cluster = event->GetCaloCluster(iClus);
2369     if (!cluster->IsEMCAL()) 
2370       continue;
2371     
2372     Int_t nTracks = event->GetNumberOfTracks();
2373     TArrayI arrayTrackMatched(nTracks);
2374     
2375     // Get the closest track matched to the cluster
2376     Int_t nMatched = 0;
2377     Int_t matchTrackIndex = GetMatchedTrackIndex(iClus);
2378     if (matchTrackIndex != -1) 
2379     {
2380       arrayTrackMatched[nMatched] = matchTrackIndex;
2381       nMatched++;
2382     }
2383     
2384     // Get all other tracks matched to the cluster
2385     for(Int_t iTrk=0; iTrk<nTracks; ++iTrk) 
2386     {
2387       AliVTrack* track = dynamic_cast<AliVTrack*>(event->GetTrack(iTrk));
2388       if(iTrk == matchTrackIndex) continue;
2389       if(track->GetEMCALcluster() == iClus)
2390       {
2391         arrayTrackMatched[nMatched] = iTrk;
2392         ++nMatched;
2393       }
2394     }
2395     
2396     //printf("Tender::SetTracksMatchedToCluster - cluster E %f, N matches %d, first match %d\n",cluster->E(),nMatched,arrayTrackMatched[0]);
2397     
2398     arrayTrackMatched.Set(nMatched);
2399     AliESDCaloCluster *esdcluster = dynamic_cast<AliESDCaloCluster*>(cluster);
2400     if (esdcluster) 
2401       esdcluster->AddTracksMatched(arrayTrackMatched);
2402     else if (nMatched>0) {
2403       AliAODCaloCluster *aodcluster = dynamic_cast<AliAODCaloCluster*>(cluster);
2404       if (aodcluster)
2405         aodcluster->AddTrackMatched(event->GetTrack(arrayTrackMatched.At(0)));
2406     }
2407     
2408     Float_t eta= -999, phi = -999;
2409     if (matchTrackIndex != -1) 
2410       GetMatchedResiduals(iClus, eta, phi);
2411     cluster->SetTrackDistance(phi, eta);
2412   }
2413   
2414   AliDebug(2,"Cluster matched to tracks");  
2415 }
2416
2417 //___________________________________________________
2418 void AliEMCALRecoUtils::Print(const Option_t *) const 
2419 {
2420   // Print Parameters
2421   
2422   printf("AliEMCALRecoUtils Settings: \n");
2423   printf("Misalignment shifts\n");
2424   for(Int_t i=0; i<5; i++) printf("\t sector %d, traslation (x,y,z)=(%f,%f,%f), rotation (x,y,z)=(%f,%f,%f)\n",i, 
2425                                   fMisalTransShift[i*3],fMisalTransShift[i*3+1],fMisalTransShift[i*3+2],
2426                                   fMisalRotShift[i*3],  fMisalRotShift[i*3+1],  fMisalRotShift[i*3+2]   );
2427   printf("Non linearity function %d, parameters:\n", fNonLinearityFunction);
2428   for(Int_t i=0; i<6; i++) printf("param[%d]=%f\n",i, fNonLinearityParams[i]);
2429   
2430   printf("Position Recalculation option %d, Particle Type %d, fW0 %2.2f, Recalibrate Data %d \n",fPosAlgo,fParticleType,fW0, fRecalibration);
2431
2432   printf("Matching criteria: ");
2433   if(fCutEtaPhiSum)
2434     {
2435       printf("sqrt(dEta^2+dPhi^2)<%4.3f\n",fCutR);
2436     }
2437   else if(fCutEtaPhiSeparate)
2438     {
2439       printf("dEta<%4.3f, dPhi<%4.3f\n",fCutEta,fCutPhi);
2440     }
2441   else
2442     {
2443       printf("Error\n");
2444       printf("please specify your cut criteria\n");
2445       printf("To cut on sqrt(dEta^2+dPhi^2), use: SwitchOnCutEtaPhiSum()\n");
2446       printf("To cut on dEta and dPhi separately, use: SwitchOnCutEtaPhiSeparate()\n");
2447     }
2448
2449   printf("Mass hypothesis = %2.3f [GeV/c^2], extrapolation step to surface = %2.2f[cm], step to cluster = %2.2f[cm]\n",fMass,fStepSurface, fStepCluster);
2450   printf("Cluster selection window: dR < %2.0f\n",fClusterWindow);
2451
2452   printf("Track cuts: \n");
2453   printf("Minimum track pT: %1.2f\n",fCutMinTrackPt);
2454   printf("AOD track selection mask: %d\n",fAODFilterMask);
2455   printf("TPCRefit = %d, ITSRefit = %d\n",fCutRequireTPCRefit,fCutRequireITSRefit);
2456   printf("AcceptKinks = %d\n",fCutAcceptKinkDaughters);
2457   printf("MinNCulsterTPC = %d, MinNClusterITS = %d\n",fCutMinNClusterTPC,fCutMinNClusterITS);
2458   printf("MaxChi2TPC = %2.2f, MaxChi2ITS = %2.2f\n",fCutMaxChi2PerClusterTPC,fCutMaxChi2PerClusterITS);
2459   printf("DCSToVertex2D = %d, MaxDCAToVertexXY = %2.2f, MaxDCAToVertexZ = %2.2f\n",fCutDCAToVertex2D,fCutMaxDCAToVertexXY,fCutMaxDCAToVertexZ);
2460 }
2461