7130fb1776ac58993da769d292ca3b7472a4f82b
[u/mrichter/AliRoot.git] / EMCAL / AliEMCALRecoUtils.cxx
1 /**************************************************************************
2  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
3  *                                                                        *
4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
6  *                                                                        *
7  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
9  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
10  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
11  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
12  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
14  **************************************************************************/
15
16 /* $Id: AliEMCALRecoUtils.cxx 33808 2009-07-15 09:48:08Z gconesab $ */
17
18 ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
19 //
20 // Class AliEMCALRecoUtils
21 // Some utilities to recalculate the cluster position or energy linearity
22 //
23 //
24 // Author:  Gustavo Conesa (LPSC- Grenoble) 
25 //          Track matching part: Rongrong Ma (Yale)
26
27 ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
28 // --- standard c ---
29
30 // standard C++ includes
31 //#include <Riostream.h>
32
33 // ROOT includes
34 #include <TGeoManager.h>
35 #include <TGeoMatrix.h>
36 #include <TGeoBBox.h>
37 #include <TH2F.h>
38 #include <TArrayI.h>
39 #include <TArrayF.h>
40 #include <TObjArray.h>
41
42 // STEER includes
43 #include "AliVCluster.h"
44 #include "AliVCaloCells.h"
45 #include "AliLog.h"
46 #include "AliPID.h"
47 #include "AliESDEvent.h"
48 #include "AliAODEvent.h"
49 #include "AliESDtrack.h"
50 #include "AliAODTrack.h"
51 #include "AliExternalTrackParam.h"
52 #include "AliESDfriendTrack.h"
53 #include "AliTrackerBase.h"
54
55 // EMCAL includes
56 #include "AliEMCALRecoUtils.h"
57 #include "AliEMCALGeometry.h"
58 #include "AliTrackerBase.h"
59 #include "AliEMCALPIDUtils.h"
60
61
62 ClassImp(AliEMCALRecoUtils)
63   
64 //_____________________________________
65 AliEMCALRecoUtils::AliEMCALRecoUtils():
66   fParticleType(0),                       fPosAlgo(0),                            fW0(0), 
67   fNonLinearityFunction(0),               fNonLinearThreshold(0),
68   fSmearClusterEnergy(kFALSE),            fRandom(),
69   fCellsRecalibrated(kFALSE),             fRecalibration(kFALSE),                 fEMCALRecalibrationFactors(),
70   fTimeRecalibration(kFALSE),             fEMCALTimeRecalibrationFactors(),       fUseRunCorrectionFactors(kFALSE),       
71   fRemoveBadChannels(kFALSE),             fRecalDistToBadChannels(kFALSE),        fEMCALBadChannelMap(),
72   fNCellsFromEMCALBorder(0),              fNoEMCALBorderAtEta0(kTRUE),
73   fRejectExoticCluster(kFALSE),           fRejectExoticCells(kFALSE), 
74   fExoticCellFraction(0),                 fExoticCellDiffTime(0),                 fExoticCellMinAmplitude(0),
75   fPIDUtils(),                            fAODFilterMask(0),
76   fMatchedTrackIndex(0x0),                fMatchedClusterIndex(0x0), 
77   fResidualEta(0x0), fResidualPhi(0x0),   fCutEtaPhiSum(kFALSE),                  fCutEtaPhiSeparate(kFALSE), 
78   fCutR(0),                               fCutEta(0),                             fCutPhi(0),
79   fClusterWindow(0),                      fMass(0),                           
80   fStepSurface(0),                        fStepCluster(0),
81   fTrackCutsType(0),                      fCutMinTrackPt(0),                      fCutMinNClusterTPC(0), 
82   fCutMinNClusterITS(0),                  fCutMaxChi2PerClusterTPC(0),            fCutMaxChi2PerClusterITS(0),
83   fCutRequireTPCRefit(kFALSE),            fCutRequireITSRefit(kFALSE),            fCutAcceptKinkDaughters(kFALSE),
84   fCutMaxDCAToVertexXY(0),                fCutMaxDCAToVertexZ(0),                 fCutDCAToVertex2D(kFALSE)
85 {
86 //
87   // Constructor.
88   // Initialize all constant values which have to be used
89   // during Reco algorithm execution
90   //
91   
92   // Init parameters
93   InitParameters();
94   
95   //Track matching
96   fMatchedTrackIndex     = new TArrayI();
97   fMatchedClusterIndex   = new TArrayI();
98   fResidualPhi           = new TArrayF();
99   fResidualEta           = new TArrayF();
100   fPIDUtils              = new AliEMCALPIDUtils();
101
102   InitTrackCuts();
103 }
104
105 //______________________________________________________________________
106 AliEMCALRecoUtils::AliEMCALRecoUtils(const AliEMCALRecoUtils & reco) 
107 : TNamed(reco), 
108   fParticleType(reco.fParticleType),                         fPosAlgo(reco.fPosAlgo),     fW0(reco.fW0),
109   fNonLinearityFunction(reco.fNonLinearityFunction),         fNonLinearThreshold(reco.fNonLinearThreshold),
110   fSmearClusterEnergy(reco.fSmearClusterEnergy),             fRandom(),
111   fCellsRecalibrated(reco.fCellsRecalibrated),
112   fRecalibration(reco.fRecalibration),                       fEMCALRecalibrationFactors(reco.fEMCALRecalibrationFactors),
113   fTimeRecalibration(reco.fTimeRecalibration),               fEMCALTimeRecalibrationFactors(reco.fEMCALTimeRecalibrationFactors),
114   fUseRunCorrectionFactors(reco.fUseRunCorrectionFactors),   
115   fRemoveBadChannels(reco.fRemoveBadChannels),               fRecalDistToBadChannels(reco.fRecalDistToBadChannels),
116   fEMCALBadChannelMap(reco.fEMCALBadChannelMap),
117   fNCellsFromEMCALBorder(reco.fNCellsFromEMCALBorder),       fNoEMCALBorderAtEta0(reco.fNoEMCALBorderAtEta0),
118   fRejectExoticCluster(reco.fRejectExoticCluster),           fRejectExoticCells(reco.fRejectExoticCells), 
119   fExoticCellFraction(reco.fExoticCellFraction),             fExoticCellDiffTime(reco.fExoticCellDiffTime),               
120   fExoticCellMinAmplitude(reco.fExoticCellMinAmplitude),
121   fPIDUtils(reco.fPIDUtils),                                 fAODFilterMask(reco.fAODFilterMask),
122   fMatchedTrackIndex(  reco.fMatchedTrackIndex?  new TArrayI(*reco.fMatchedTrackIndex):0x0),
123   fMatchedClusterIndex(reco.fMatchedClusterIndex?new TArrayI(*reco.fMatchedClusterIndex):0x0),
124   fResidualEta(        reco.fResidualEta?        new TArrayF(*reco.fResidualEta):0x0),
125   fResidualPhi(        reco.fResidualPhi?        new TArrayF(*reco.fResidualPhi):0x0),
126   fCutEtaPhiSum(reco.fCutEtaPhiSum),                         fCutEtaPhiSeparate(reco.fCutEtaPhiSeparate), 
127   fCutR(reco.fCutR),        fCutEta(reco.fCutEta),           fCutPhi(reco.fCutPhi),
128   fClusterWindow(reco.fClusterWindow),
129   fMass(reco.fMass),        fStepSurface(reco.fStepSurface), fStepCluster(reco.fStepCluster),
130   fTrackCutsType(reco.fTrackCutsType),                       fCutMinTrackPt(reco.fCutMinTrackPt), 
131   fCutMinNClusterTPC(reco.fCutMinNClusterTPC),               fCutMinNClusterITS(reco.fCutMinNClusterITS), 
132   fCutMaxChi2PerClusterTPC(reco.fCutMaxChi2PerClusterTPC),   fCutMaxChi2PerClusterITS(reco.fCutMaxChi2PerClusterITS),
133   fCutRequireTPCRefit(reco.fCutRequireTPCRefit),             fCutRequireITSRefit(reco.fCutRequireITSRefit),
134   fCutAcceptKinkDaughters(reco.fCutAcceptKinkDaughters),     fCutMaxDCAToVertexXY(reco.fCutMaxDCAToVertexXY),    
135   fCutMaxDCAToVertexZ(reco.fCutMaxDCAToVertexZ),             fCutDCAToVertex2D(reco.fCutDCAToVertex2D)
136 {
137   //Copy ctor
138   
139   for(Int_t i = 0; i < 15 ; i++) { fMisalRotShift[i]      = reco.fMisalRotShift[i]      ; 
140                                    fMisalTransShift[i]    = reco.fMisalTransShift[i]    ; } 
141   for(Int_t i = 0; i < 7  ; i++) { fNonLinearityParams[i] = reco.fNonLinearityParams[i] ; }
142   for(Int_t i = 0; i < 3  ; i++) { fSmearClusterParam[i]  = reco.fSmearClusterParam[i]  ; }
143
144 }
145
146
147 //______________________________________________________________________
148 AliEMCALRecoUtils & AliEMCALRecoUtils::operator = (const AliEMCALRecoUtils & reco) 
149 {
150   //Assignment operator
151   
152   if(this == &reco)return *this;
153   ((TNamed *)this)->operator=(reco);
154
155   for(Int_t i = 0; i < 15 ; i++) { fMisalTransShift[i]    = reco.fMisalTransShift[i]    ; 
156                                    fMisalRotShift[i]      = reco.fMisalRotShift[i]      ; }
157   for(Int_t i = 0; i < 7  ; i++) { fNonLinearityParams[i] = reco.fNonLinearityParams[i] ; }
158   for(Int_t i = 0; i < 3  ; i++) { fSmearClusterParam[i]  = reco.fSmearClusterParam[i]  ; }   
159   
160   fParticleType              = reco.fParticleType;
161   fPosAlgo                   = reco.fPosAlgo; 
162   fW0                        = reco.fW0;
163   
164   fNonLinearityFunction      = reco.fNonLinearityFunction;
165   fNonLinearThreshold        = reco.fNonLinearThreshold;
166   fSmearClusterEnergy        = reco.fSmearClusterEnergy;
167
168   fCellsRecalibrated         = reco.fCellsRecalibrated;
169   fRecalibration             = reco.fRecalibration;
170   fEMCALRecalibrationFactors = reco.fEMCALRecalibrationFactors;
171
172   fTimeRecalibration             = reco.fTimeRecalibration;
173   fEMCALTimeRecalibrationFactors = reco.fEMCALTimeRecalibrationFactors;
174
175   fUseRunCorrectionFactors   = reco.fUseRunCorrectionFactors;
176   
177   fRemoveBadChannels         = reco.fRemoveBadChannels;
178   fRecalDistToBadChannels    = reco.fRecalDistToBadChannels;
179   fEMCALBadChannelMap        = reco.fEMCALBadChannelMap;
180   
181   fNCellsFromEMCALBorder     = reco.fNCellsFromEMCALBorder;
182   fNoEMCALBorderAtEta0       = reco.fNoEMCALBorderAtEta0;
183   
184   fRejectExoticCluster       = reco.fRejectExoticCluster;           
185   fRejectExoticCells         = reco.fRejectExoticCells; 
186   fExoticCellFraction        = reco.fExoticCellFraction;
187   fExoticCellDiffTime        = reco.fExoticCellDiffTime;              
188   fExoticCellMinAmplitude    = reco.fExoticCellMinAmplitude;
189   
190   fPIDUtils                  = reco.fPIDUtils;
191
192   fAODFilterMask             = reco.fAODFilterMask;
193   
194   fCutEtaPhiSum              = reco.fCutEtaPhiSum;
195   fCutEtaPhiSeparate         = reco.fCutEtaPhiSeparate;
196   fCutR                      = reco.fCutR;
197   fCutEta                    = reco.fCutEta;
198   fCutPhi                    = reco.fCutPhi;
199   fClusterWindow             = reco.fClusterWindow;
200   fMass                      = reco.fMass;
201   fStepSurface               = reco.fStepSurface;
202   fStepCluster               = reco.fStepCluster;
203
204   fTrackCutsType             = reco.fTrackCutsType;
205   fCutMinTrackPt             = reco.fCutMinTrackPt;
206   fCutMinNClusterTPC         = reco.fCutMinNClusterTPC;
207   fCutMinNClusterITS         = reco.fCutMinNClusterITS; 
208   fCutMaxChi2PerClusterTPC   = reco.fCutMaxChi2PerClusterTPC;
209   fCutMaxChi2PerClusterITS   = reco.fCutMaxChi2PerClusterITS;
210   fCutRequireTPCRefit        = reco.fCutRequireTPCRefit;
211   fCutRequireITSRefit        = reco.fCutRequireITSRefit;
212   fCutAcceptKinkDaughters    = reco.fCutAcceptKinkDaughters;
213   fCutMaxDCAToVertexXY       = reco.fCutMaxDCAToVertexXY;
214   fCutMaxDCAToVertexZ        = reco.fCutMaxDCAToVertexZ;
215   fCutDCAToVertex2D          = reco.fCutDCAToVertex2D;
216   
217   if(reco.fResidualEta)
218   {
219     // assign or copy construct
220     if(fResidualEta)
221     { 
222       *fResidualEta = *reco.fResidualEta;
223     }
224     else 
225     {
226       fResidualEta = new TArrayF(*reco.fResidualEta);
227     }
228   }
229   else
230   {
231     if(fResidualEta)delete fResidualEta;
232     fResidualEta = 0;
233   }
234   
235   if(reco.fResidualPhi)
236   {
237     // assign or copy construct
238     if(fResidualPhi)
239     { 
240       *fResidualPhi = *reco.fResidualPhi;
241     }
242     else 
243     {
244       fResidualPhi = new TArrayF(*reco.fResidualPhi);
245     }
246   }
247   else
248   {
249     if(fResidualPhi)delete fResidualPhi;
250     fResidualPhi = 0;
251   }
252   
253   if(reco.fMatchedTrackIndex)
254   {
255     // assign or copy construct
256     if(fMatchedTrackIndex)
257     { 
258       *fMatchedTrackIndex = *reco.fMatchedTrackIndex;
259     }
260     else 
261     { 
262       fMatchedTrackIndex = new TArrayI(*reco.fMatchedTrackIndex);
263     }
264   }
265   else
266   {
267     if(fMatchedTrackIndex)delete fMatchedTrackIndex;
268     fMatchedTrackIndex = 0;
269   }  
270   
271   if(reco.fMatchedClusterIndex)
272   {
273     // assign or copy construct
274     if(fMatchedClusterIndex)
275     { 
276       *fMatchedClusterIndex = *reco.fMatchedClusterIndex;
277     }
278     else 
279     {
280       fMatchedClusterIndex = new TArrayI(*reco.fMatchedClusterIndex);
281     }
282   }
283   else
284   {
285     if(fMatchedClusterIndex)delete fMatchedClusterIndex;
286     fMatchedClusterIndex = 0;
287   }
288    
289   return *this;
290 }
291
292
293 //_____________________________________
294 AliEMCALRecoUtils::~AliEMCALRecoUtils()
295 {
296   //Destructor.
297   
298   if(fEMCALRecalibrationFactors) 
299   { 
300     fEMCALRecalibrationFactors->Clear();
301     delete fEMCALRecalibrationFactors;
302   }  
303   
304   if(fEMCALTimeRecalibrationFactors) 
305   { 
306     fEMCALTimeRecalibrationFactors->Clear();
307     delete fEMCALTimeRecalibrationFactors;
308   }  
309   
310   if(fEMCALBadChannelMap) 
311   { 
312     fEMCALBadChannelMap->Clear();
313     delete fEMCALBadChannelMap;
314   }
315  
316   delete fMatchedTrackIndex   ; 
317   delete fMatchedClusterIndex ; 
318   delete fResidualEta         ; 
319   delete fResidualPhi         ; 
320   delete fPIDUtils            ;
321
322   InitTrackCuts();
323 }
324
325 //_______________________________________________________________________________
326 Bool_t AliEMCALRecoUtils::AcceptCalibrateCell(const Int_t absID, const Int_t bc,
327                                               Float_t  & amp,    Double_t & time, 
328                                               AliVCaloCells* cells) 
329 {
330   // Reject cell if criteria not passed and calibrate it
331   
332   AliEMCALGeometry* geom = AliEMCALGeometry::GetInstance();
333   
334   if(absID < 0 || absID >= 24*48*geom->GetNumberOfSuperModules()) return kFALSE;
335   
336   Int_t imod = -1, iphi =-1, ieta=-1,iTower = -1, iIphi = -1, iIeta = -1; 
337   
338   if(!geom->GetCellIndex(absID,imod,iTower,iIphi,iIeta)) 
339   {
340     // cell absID does not exist
341     amp=0; time = 1.e9;
342     return kFALSE; 
343   }
344   
345   geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(imod,iTower,iIphi, iIeta,iphi,ieta);  
346
347   // Do not include bad channels found in analysis,
348   if( IsBadChannelsRemovalSwitchedOn() && GetEMCALChannelStatus(imod, ieta, iphi)) 
349   {
350     return kFALSE;
351   }
352   
353   //Recalibrate energy
354   amp  = cells->GetCellAmplitude(absID);
355   if(!fCellsRecalibrated && IsRecalibrationOn())
356     amp *= GetEMCALChannelRecalibrationFactor(imod,ieta,iphi);
357   
358   
359   // Recalibrate time
360   time = cells->GetCellTime(absID);
361   
362   RecalibrateCellTime(absID,bc,time);
363   
364   return kTRUE;
365 }
366
367 //_____________________________________________________________________________
368 Bool_t AliEMCALRecoUtils::CheckCellFiducialRegion(const AliEMCALGeometry* geom, 
369                                                   const AliVCluster* cluster, 
370                                                   AliVCaloCells* cells) 
371 {
372   // Given the list of AbsId of the cluster, get the maximum cell and 
373   // check if there are fNCellsFromBorder from the calorimeter border
374   
375   if(!cluster)
376   {
377     AliInfo("Cluster pointer null!");
378     return kFALSE;
379   }
380   
381   //If the distance to the border is 0 or negative just exit accept all clusters
382   if(cells->GetType()==AliVCaloCells::kEMCALCell && fNCellsFromEMCALBorder <= 0 ) return kTRUE;
383   
384   Int_t absIdMax  = -1, iSM =-1, ieta = -1, iphi = -1;
385   Bool_t shared = kFALSE;
386   GetMaxEnergyCell(geom, cells, cluster, absIdMax,  iSM, ieta, iphi, shared);
387   
388   AliDebug(2,Form("Cluster Max AbsId %d, Cell Energy %2.2f, Cluster Energy %2.2f, Ncells from border %d, EMCAL eta=0 %d\n", 
389                   absIdMax, cells->GetCellAmplitude(absIdMax), cluster->E(), fNCellsFromEMCALBorder, fNoEMCALBorderAtEta0));
390   
391   if(absIdMax==-1) return kFALSE;
392   
393   //Check if the cell is close to the borders:
394   Bool_t okrow = kFALSE;
395   Bool_t okcol = kFALSE;
396   
397   if(iSM < 0 || iphi < 0 || ieta < 0 ) 
398   {
399     AliFatal(Form("Negative value for super module: %d, or cell ieta: %d, or cell iphi: %d, check EMCAL geometry name\n",
400                   iSM,ieta,iphi));
401   }
402   
403   //Check rows/phi
404   if(iSM < 10)
405   {
406     if(iphi >= fNCellsFromEMCALBorder && iphi < 24-fNCellsFromEMCALBorder) okrow =kTRUE; 
407   }
408   else if (iSM >=10 && ( ( geom->GetEMCGeometry()->GetGeoName()).Contains("12SMV1"))) 
409   {
410     if(iphi >= fNCellsFromEMCALBorder && iphi < 8-fNCellsFromEMCALBorder) okrow =kTRUE; //1/3 sm case
411   }
412   else 
413   {
414     if(iphi >= fNCellsFromEMCALBorder && iphi < 12-fNCellsFromEMCALBorder) okrow =kTRUE; // half SM case
415   }
416   
417   //Check columns/eta
418   if(!fNoEMCALBorderAtEta0)
419   {
420     if(ieta  > fNCellsFromEMCALBorder && ieta < 48-fNCellsFromEMCALBorder) okcol =kTRUE; 
421   }
422   else
423   {
424     if(iSM%2==0)
425     {
426       if(ieta >= fNCellsFromEMCALBorder)     okcol = kTRUE;  
427     }
428     else 
429     {
430       if(ieta <  48-fNCellsFromEMCALBorder)  okcol = kTRUE;  
431     }
432   }//eta 0 not checked
433   
434   AliDebug(2,Form("EMCAL Cluster in %d cells fiducial volume: ieta %d, iphi %d, SM %d:  column? %d, row? %d\nq",
435                   fNCellsFromEMCALBorder, ieta, iphi, iSM, okcol, okrow));
436   
437   if (okcol && okrow) 
438   {
439     //printf("Accept\n");
440     return kTRUE;
441   }
442   else  
443   {
444     //printf("Reject\n");
445     AliDebug(2,Form("Reject cluster in border, max cell : ieta %d, iphi %d, SM %d\n",ieta, iphi, iSM));
446     return kFALSE;
447   }
448   
449 }  
450
451
452 //_______________________________________________________________________________
453 Bool_t AliEMCALRecoUtils::ClusterContainsBadChannel(const AliEMCALGeometry* geom, 
454                                                     const UShort_t* cellList, 
455                                                     const Int_t nCells)
456 {
457   // Check that in the cluster cells, there is no bad channel of those stored 
458   // in fEMCALBadChannelMap or fPHOSBadChannelMap
459   
460   if(!fRemoveBadChannels)  return kFALSE;
461   if(!fEMCALBadChannelMap) return kFALSE;
462   
463   Int_t icol = -1;
464   Int_t irow = -1;
465   Int_t imod = -1;
466   for(Int_t iCell = 0; iCell<nCells; iCell++)
467   {
468     //Get the column and row
469     Int_t iTower = -1, iIphi = -1, iIeta = -1; 
470     geom->GetCellIndex(cellList[iCell],imod,iTower,iIphi,iIeta); 
471     if(fEMCALBadChannelMap->GetEntries() <= imod) continue;
472     geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(imod,iTower,iIphi, iIeta,irow,icol);      
473     if(GetEMCALChannelStatus(imod, icol, irow))
474     {
475       AliDebug(2,Form("Cluster with bad channel: SM %d, col %d, row %d\n",imod, icol, irow));
476       return kTRUE;
477     }
478     
479   }// cell cluster loop
480   
481   return kFALSE;
482 }
483
484 //_____________________________________________________________________________________________
485 Bool_t AliEMCALRecoUtils::IsExoticCell(const Int_t absID, AliVCaloCells* cells, const Int_t bc)
486 {
487   // Look to cell neighbourhood and reject if it seems exotic
488   // Do before recalibrating the cells
489
490   if(!fRejectExoticCells) return kFALSE;
491   
492   AliEMCALGeometry * geom = AliEMCALGeometry::GetInstance();
493   
494   Int_t imod = -1, iphi =-1, ieta=-1,iTower = -1, iIphi = -1, iIeta = -1; 
495   geom->GetCellIndex(absID,imod,iTower,iIphi,iIeta); 
496   geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(imod,iTower,iIphi, iIeta,iphi,ieta);  
497   
498   //Get close cells index, energy and time, not in corners
499
500   Int_t absID1 = -1;
501   Int_t absID2 = -1;
502   
503   if( iphi < AliEMCALGeoParams::fgkEMCALRows-1) absID1 = geom-> GetAbsCellIdFromCellIndexes(imod, iphi+1, ieta);
504   if( iphi > 0 )                                absID2 = geom-> GetAbsCellIdFromCellIndexes(imod, iphi-1, ieta);
505   
506   // In case of cell in eta = 0 border, depending on SM shift the cross cell index
507
508   Int_t absID3 = -1;
509   Int_t absID4 = -1;
510   
511   
512   if     ( ieta == AliEMCALGeoParams::fgkEMCALCols-1 && !(imod%2) )
513   {
514     absID3 = geom-> GetAbsCellIdFromCellIndexes(imod+1, iphi, 0);
515     absID4 = geom-> GetAbsCellIdFromCellIndexes(imod,   iphi, ieta-1); 
516   }
517   else if( ieta == 0 && imod%2 )
518   {
519     absID3 = geom-> GetAbsCellIdFromCellIndexes(imod,   iphi, ieta+1);
520     absID4 = geom-> GetAbsCellIdFromCellIndexes(imod-1, iphi, AliEMCALGeoParams::fgkEMCALCols-1); 
521   }
522   else
523   {
524     if( ieta < AliEMCALGeoParams::fgkEMCALCols-1 ) 
525       absID3 = geom-> GetAbsCellIdFromCellIndexes(imod, iphi, ieta+1);
526     if( ieta > 0 )                                 
527       absID4 = geom-> GetAbsCellIdFromCellIndexes(imod, iphi, ieta-1); 
528   }
529
530   //printf("IMOD %d, AbsId %d, a %d, b %d, c %d e %d \n",imod,absID,absID1,absID2,absID3,absID4);
531
532   
533   Float_t  ecell  = 0, ecell1  = 0, ecell2  = 0, ecell3  = 0, ecell4  = 0;
534   Double_t tcell  = 0, tcell1  = 0, tcell2  = 0, tcell3  = 0, tcell4  = 0;
535   Bool_t   accept = 0, accept1 = 0, accept2 = 0, accept3 = 0, accept4 = 0;
536   
537   accept  = AcceptCalibrateCell(absID, bc, ecell ,tcell ,cells); 
538     
539   if(!accept) return kTRUE; // reject this cell
540   
541   if(ecell < fExoticCellMinAmplitude) return kFALSE; // do not reject low energy cells
542   
543   accept1 = AcceptCalibrateCell(absID1,bc, ecell1,tcell1,cells); 
544   accept2 = AcceptCalibrateCell(absID2,bc, ecell2,tcell2,cells); 
545   accept3 = AcceptCalibrateCell(absID3,bc, ecell3,tcell3,cells); 
546   accept4 = AcceptCalibrateCell(absID4,bc, ecell4,tcell4,cells); 
547   
548   /*
549     printf("Cell absID %d \n",absID);
550     printf("\t  accept1 %d, accept2 %d, accept3 %d, accept4 %d\n",
551            accept1,accept2,accept3,accept4);
552     printf("\t id %d: id1 %d, id2 %d, id3 %d, id4 %d\n",
553            absID,absID1,absID2,absID3,absID4);
554     printf("\t e %f: e1 %f, e2 %f, e3 %f, e4 %f\n",
555            ecell,ecell1,ecell2,ecell3,ecell4);
556     printf("\t t %f: t1 %f, t2 %f, t3 %f, t4 %f;\n dt1 %f, dt2 %f, dt3 %f, dt4 %f\n",
557            tcell*1.e9,tcell1*1.e9,tcell2*1.e9,tcell3*1.e9,tcell4*1.e9,
558            TMath::Abs(tcell-tcell1)*1.e9, TMath::Abs(tcell-tcell2)*1.e9, TMath::Abs(tcell-tcell3)*1.e9, TMath::Abs(tcell-tcell4)*1.e9);
559   */
560   
561   if(TMath::Abs(tcell-tcell1)*1.e9 > fExoticCellDiffTime) ecell1 = 0 ;
562   if(TMath::Abs(tcell-tcell2)*1.e9 > fExoticCellDiffTime) ecell2 = 0 ;
563   if(TMath::Abs(tcell-tcell3)*1.e9 > fExoticCellDiffTime) ecell3 = 0 ;
564   if(TMath::Abs(tcell-tcell4)*1.e9 > fExoticCellDiffTime) ecell4 = 0 ;
565
566   Float_t eCross = ecell1+ecell2+ecell3+ecell4;
567
568   //printf("\t eCell %f, eCross %f, 1-eCross/eCell %f\n",ecell,eCross,1-eCross/ecell);
569   
570   if(1-eCross/ecell > fExoticCellFraction) 
571   {
572     AliDebug(2,Form("AliEMCALRecoUtils::IsExoticCell() - EXOTIC CELL id %d, eCell %f, eCross %f, 1-eCross/eCell %f\n",
573                     absID,ecell,eCross,1-eCross/ecell));
574     return kTRUE;
575   }
576
577   return kFALSE;
578 }
579
580 //___________________________________________________________________
581 Bool_t AliEMCALRecoUtils::IsExoticCluster(const AliVCluster *cluster, 
582                                           AliVCaloCells *cells, 
583                                           const Int_t bc) 
584 {
585   // Check if the cluster highest energy tower is exotic
586   
587   if(!cluster)
588   {
589     AliInfo("Cluster pointer null!");
590     return kFALSE;
591   }
592   
593   if(!fRejectExoticCluster) return kFALSE;
594   
595   // Get highest energy tower
596   AliEMCALGeometry* geom = AliEMCALGeometry::GetInstance();
597   Int_t iSupMod = -1, absId = -1, ieta = -1, iphi = -1;
598   Bool_t shared = kFALSE;
599   GetMaxEnergyCell(geom, cells, cluster, absId, iSupMod, ieta, iphi, shared);
600   
601   return IsExoticCell(absId,cells,bc);
602   
603 }
604
605 //_______________________________________________________________________
606 Float_t AliEMCALRecoUtils::SmearClusterEnergy(const AliVCluster* cluster) 
607 {
608   //In case of MC analysis, smear energy to match resolution/calibration in real data
609   
610   if(!cluster)
611   {
612     AliInfo("Cluster pointer null!");
613     return 0;
614   }
615   
616   Float_t energy    = cluster->E() ;
617   Float_t rdmEnergy = energy ;
618   if(fSmearClusterEnergy)
619   {
620     rdmEnergy = fRandom.Gaus(energy,fSmearClusterParam[0] * TMath::Sqrt(energy) +
621                                     fSmearClusterParam[1] * energy +
622                                     fSmearClusterParam[2] );
623     AliDebug(2, Form("Energy: original %f, smeared %f\n", energy, rdmEnergy));
624   }
625   
626   return rdmEnergy;
627 }
628
629 //____________________________________________________________________________
630 Float_t AliEMCALRecoUtils::CorrectClusterEnergyLinearity(AliVCluster* cluster)
631 {
632   // Correct cluster energy from non linearity functions
633   
634   if(!cluster)
635   {
636     AliInfo("Cluster pointer null!");
637     return 0;
638   }
639   
640   Float_t energy = cluster->E();
641
642   switch (fNonLinearityFunction) 
643   {
644       
645     case kPi0MC:
646     {
647       //Non-Linearity correction (from MC with function ([0]*exp(-[1]/E))+(([2]/([3]*2.*TMath::Pi())*exp(-(E-[4])^2/(2.*[3]^2)))))
648       //Double_t fNonLinearityParams[0] = 1.014;
649       //Double_t fNonLinearityParams[1] = -0.03329;
650       //Double_t fNonLinearityParams[2] = -0.3853;
651       //Double_t fNonLinearityParams[3] = 0.5423;
652       //Double_t fNonLinearityParams[4] = -0.4335;
653        energy *= (fNonLinearityParams[0]*exp(-fNonLinearityParams[1]/energy))+
654                   ((fNonLinearityParams[2]/(fNonLinearityParams[3]*2.*TMath::Pi())*
655                     exp(-(energy-fNonLinearityParams[4])*(energy-fNonLinearityParams[4])/(2.*fNonLinearityParams[3]*fNonLinearityParams[3]))));
656       break;
657     }
658      
659     case kPi0GammaGamma:
660     {
661       //Non-Linearity correction (from Olga Data with function p0+p1*exp(-p2*E))
662       //Double_t fNonLinearityParams[0] = 1.04;
663       //Double_t fNonLinearityParams[1] = -0.1445;
664       //Double_t fNonLinearityParams[2] = 1.046;
665       energy /= (fNonLinearityParams[0]+fNonLinearityParams[1]*exp(-fNonLinearityParams[2]*energy)); //Olga function
666       break;
667     }
668       
669     case kPi0GammaConversion:
670     {
671       //Non-Linearity correction (Nicolas from Dimitri Data with function C*[1-a*exp(-b*E)])
672       //fNonLinearityParams[0] = 0.139393/0.1349766;
673       //fNonLinearityParams[1] = 0.0566186;
674       //fNonLinearityParams[2] = 0.982133;
675       energy /= fNonLinearityParams[0]*(1-fNonLinearityParams[1]*exp(-fNonLinearityParams[2]*energy));
676       
677       break;
678     }
679       
680     case kBeamTest:
681     {
682       //From beam test, Alexei's results, for different ZS thresholds
683       //                        th=30 MeV; th = 45 MeV; th = 75 MeV
684       //fNonLinearityParams[0] = 1.007;      1.003;      1.002 
685       //fNonLinearityParams[1] = 0.894;      0.719;      0.797 
686       //fNonLinearityParams[2] = 0.246;      0.334;      0.358 
687       //Rescale the param[0] with 1.03
688       energy /= fNonLinearityParams[0]/(1+fNonLinearityParams[1]*exp(-energy/fNonLinearityParams[2]));
689       
690       break;
691     }
692       
693     case kBeamTestCorrected:
694     {
695       //From beam test, corrected for material between beam and EMCAL
696       //fNonLinearityParams[0] =  0.99078
697       //fNonLinearityParams[1] =  0.161499;
698       //fNonLinearityParams[2] =  0.655166; 
699       //fNonLinearityParams[3] =  0.134101;
700       //fNonLinearityParams[4] =  163.282;
701       //fNonLinearityParams[5] =  23.6904;
702       //fNonLinearityParams[6] =  0.978;
703         energy *= fNonLinearityParams[6]/(fNonLinearityParams[0]*(1./(1.+fNonLinearityParams[1]*exp(-energy/fNonLinearityParams[2]))*1./(1.+fNonLinearityParams[3]*exp((energy-fNonLinearityParams[4])/fNonLinearityParams[5]))));
704
705       break;
706     }
707       
708     case kNoCorrection:
709       AliDebug(2,"No correction on the energy\n");
710       break;
711       
712   }
713
714   return energy;
715 }
716
717 //__________________________________________________
718 void AliEMCALRecoUtils::InitNonLinearityParam()
719 {
720   //Initialising Non Linearity Parameters
721   
722   if(fNonLinearityFunction == kPi0MC) 
723   {
724     fNonLinearityParams[0] = 1.014;
725     fNonLinearityParams[1] = -0.03329;
726     fNonLinearityParams[2] = -0.3853;
727     fNonLinearityParams[3] = 0.5423;
728     fNonLinearityParams[4] = -0.4335;
729   }
730   
731   if(fNonLinearityFunction == kPi0GammaGamma) 
732   {
733     fNonLinearityParams[0] = 1.04;
734     fNonLinearityParams[1] = -0.1445;
735     fNonLinearityParams[2] = 1.046;
736   }  
737
738   if(fNonLinearityFunction == kPi0GammaConversion) 
739   {
740     fNonLinearityParams[0] = 0.139393;
741     fNonLinearityParams[1] = 0.0566186;
742     fNonLinearityParams[2] = 0.982133;
743   }  
744
745   if(fNonLinearityFunction == kBeamTest) 
746   {
747     if(fNonLinearThreshold == 30) 
748     {
749       fNonLinearityParams[0] = 1.007; 
750       fNonLinearityParams[1] = 0.894; 
751       fNonLinearityParams[2] = 0.246; 
752     }
753     if(fNonLinearThreshold == 45) 
754     {
755       fNonLinearityParams[0] = 1.003; 
756       fNonLinearityParams[1] = 0.719; 
757       fNonLinearityParams[2] = 0.334; 
758     }
759     if(fNonLinearThreshold == 75) 
760     {
761       fNonLinearityParams[0] = 1.002; 
762       fNonLinearityParams[1] = 0.797; 
763       fNonLinearityParams[2] = 0.358; 
764     }
765   }
766
767   if(fNonLinearityFunction == kBeamTestCorrected) 
768   {
769     fNonLinearityParams[0] =  0.99078;
770     fNonLinearityParams[1] =  0.161499;
771     fNonLinearityParams[2] =  0.655166; 
772     fNonLinearityParams[3] =  0.134101;
773     fNonLinearityParams[4] =  163.282;
774     fNonLinearityParams[5] =  23.6904;
775     fNonLinearityParams[6] =  0.978;
776   }
777 }
778
779 //_________________________________________________________
780 Float_t  AliEMCALRecoUtils::GetDepth(const Float_t energy, 
781                                      const Int_t iParticle, 
782                                      const Int_t iSM) const 
783 {
784   //Calculate shower depth for a given cluster energy and particle type
785
786   // parameters 
787   Float_t x0    = 1.31;
788   Float_t ecr   = 8;
789   Float_t depth = 0;
790   
791   switch ( iParticle )
792   {
793     case kPhoton:
794       depth = x0 * (TMath::Log(energy*1000/ ecr) + 0.5); //Multiply energy by 1000 to transform to MeV
795       break;
796       
797     case kElectron:
798       depth = x0 * (TMath::Log(energy*1000/ ecr) - 0.5); //Multiply energy by 1000 to transform to MeV
799       break;
800       
801     case kHadron:
802       // hadron 
803       // boxes anc. here
804       if(gGeoManager)
805       {
806         gGeoManager->cd("ALIC_1/XEN1_1");
807         TGeoNode        *geoXEn1    = gGeoManager->GetCurrentNode();
808         TGeoNodeMatrix  *geoSM      = dynamic_cast<TGeoNodeMatrix *>(geoXEn1->GetDaughter(iSM));
809         if(geoSM)
810         {
811           TGeoVolume      *geoSMVol   = geoSM->GetVolume(); 
812           TGeoShape       *geoSMShape = geoSMVol->GetShape();
813           TGeoBBox        *geoBox     = dynamic_cast<TGeoBBox *>(geoSMShape);
814           if(geoBox) depth = 0.5 * geoBox->GetDX()*2 ;
815           else AliFatal("Null GEANT box");
816         }
817         else AliFatal("NULL  GEANT node matrix");
818       }
819       else
820       {//electron
821         depth = x0 * (TMath::Log(energy*1000 / ecr)  - 0.5); //Multiply energy by 1000 to transform to MeV
822       }
823         
824       break;
825       
826     default://photon
827       depth = x0 * (TMath::Log(energy*1000 / ecr) + 0.5); //Multiply energy by 1000 to transform to MeV
828   }  
829   
830   return depth;
831 }
832
833 //____________________________________________________________________
834 void AliEMCALRecoUtils::GetMaxEnergyCell(const AliEMCALGeometry *geom, 
835                                          AliVCaloCells* cells, 
836                                          const AliVCluster* clu, 
837                                          Int_t  & absId,  
838                                          Int_t  & iSupMod, 
839                                          Int_t  & ieta, 
840                                          Int_t  & iphi, 
841                                          Bool_t & shared)
842 {
843   //For a given CaloCluster gets the absId of the cell 
844   //with maximum energy deposit.
845   
846   Double_t eMax        = -1.;
847   Double_t eCell       = -1.;
848   Float_t  fraction    = 1.;
849   Float_t  recalFactor = 1.;
850   Int_t    cellAbsId   = -1 ;
851
852   Int_t iTower  = -1;
853   Int_t iIphi   = -1;
854   Int_t iIeta   = -1;
855   Int_t iSupMod0= -1;
856
857   if(!clu)
858   {
859     AliInfo("Cluster pointer null!");
860     absId=-1; iSupMod0=-1, ieta = -1; iphi = -1; shared = -1;
861     return;
862   }
863   
864   for (Int_t iDig=0; iDig< clu->GetNCells(); iDig++) 
865   {
866     cellAbsId = clu->GetCellAbsId(iDig);
867     fraction  = clu->GetCellAmplitudeFraction(iDig);
868     //printf("a Cell %d, id, %d, amp %f, fraction %f\n",iDig,cellAbsId,cells->GetCellAmplitude(cellAbsId),fraction);
869     if(fraction < 1e-4) fraction = 1.; // in case unfolding is off
870     geom->GetCellIndex(cellAbsId,iSupMod,iTower,iIphi,iIeta); 
871     geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(iSupMod,iTower,iIphi, iIeta,iphi,ieta);
872     if     (iDig==0) 
873     {
874       iSupMod0=iSupMod;
875     }
876     else if(iSupMod0!=iSupMod) 
877     {
878       shared = kTRUE;
879       //printf("AliEMCALRecoUtils::GetMaxEnergyCell() - SHARED CLUSTER\n");
880     }
881     if(!fCellsRecalibrated && IsRecalibrationOn()) 
882     {
883       recalFactor = GetEMCALChannelRecalibrationFactor(iSupMod,ieta,iphi);
884     }
885     eCell  = cells->GetCellAmplitude(cellAbsId)*fraction*recalFactor;
886     //printf("b Cell %d, id, %d, amp %f, fraction %f\n",iDig,cellAbsId,eCell,fraction);
887     if(eCell > eMax)  
888     { 
889       eMax  = eCell; 
890       absId = cellAbsId;
891       //printf("\t new max: cell %d, e %f, ecell %f\n",maxId, eMax,eCell);
892     }
893   }// cell loop
894   
895   //Get from the absid the supermodule, tower and eta/phi numbers
896   geom->GetCellIndex(absId,iSupMod,iTower,iIphi,iIeta); 
897   //Gives SuperModule and Tower numbers
898   geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(iSupMod,iTower,
899                                          iIphi, iIeta,iphi,ieta); 
900   //printf("Max id %d, iSM %d, col %d, row %d\n",absId,iSupMod,ieta,iphi);
901   //printf("Max end---\n");
902 }
903
904 //______________________________________
905 void AliEMCALRecoUtils::InitParameters()
906 {
907   // Initialize data members with default values
908   
909   fParticleType = kPhoton;
910   fPosAlgo      = kUnchanged;
911   fW0           = 4.5;
912   
913   fNonLinearityFunction = kNoCorrection;
914   fNonLinearThreshold   = 30;
915   
916   fExoticCellFraction     = 0.97;
917   fExoticCellDiffTime     = 1e6;
918   fExoticCellMinAmplitude = 0.5;
919   
920   fAODFilterMask = 32;
921   
922   fCutEtaPhiSum      = kTRUE;
923   fCutEtaPhiSeparate = kFALSE;
924   
925   fCutR   = 0.05; 
926   fCutEta = 0.025; 
927   fCutPhi = 0.05;
928   
929   fClusterWindow = 100;
930   fMass          = 0.139;
931   
932   fStepSurface   = 20.;                      
933   fStepCluster   = 5.;
934   fTrackCutsType = kLooseCut;
935   
936   fCutMinTrackPt     = 0;
937   fCutMinNClusterTPC = -1;
938   fCutMinNClusterITS = -1;
939   
940   fCutMaxChi2PerClusterTPC  = 1e10;
941   fCutMaxChi2PerClusterITS  = 1e10;
942   
943   fCutRequireTPCRefit     = kFALSE;
944   fCutRequireITSRefit     = kFALSE;
945   fCutAcceptKinkDaughters = kFALSE;
946   
947   fCutMaxDCAToVertexXY = 1e10;             
948   fCutMaxDCAToVertexZ  = 1e10;              
949   fCutDCAToVertex2D    = kFALSE;
950   
951   
952   //Misalignment matrices
953   for(Int_t i = 0; i < 15 ; i++) 
954   {
955     fMisalTransShift[i] = 0.; 
956     fMisalRotShift[i]   = 0.; 
957   }
958   
959   //Non linearity
960   for(Int_t i = 0; i < 7  ; i++) fNonLinearityParams[i] = 0.; 
961   
962   //For kBeamTestCorrected case, but default is no correction
963   fNonLinearityParams[0] =  0.99078;
964   fNonLinearityParams[1] =  0.161499;
965   fNonLinearityParams[2] =  0.655166; 
966   fNonLinearityParams[3] =  0.134101;
967   fNonLinearityParams[4] =  163.282;
968   fNonLinearityParams[5] =  23.6904;
969   fNonLinearityParams[6] =  0.978;
970   
971   //For kPi0GammaGamma case
972   //fNonLinearityParams[0] = 0.1457/0.1349766/1.038;
973   //fNonLinearityParams[1] = -0.02024/0.1349766/1.038;
974   //fNonLinearityParams[2] = 1.046;
975   
976   //Cluster energy smearing
977   fSmearClusterEnergy   = kFALSE;
978   fSmearClusterParam[0] = 0.07; // * sqrt E term
979   fSmearClusterParam[1] = 0.00; // * E term
980   fSmearClusterParam[2] = 0.00; // constant
981 }
982
983 //_____________________________________________________
984 void AliEMCALRecoUtils::InitEMCALRecalibrationFactors()
985 {
986   //Init EMCAL recalibration factors
987   AliDebug(2,"AliCalorimeterUtils::InitEMCALRecalibrationFactors()");
988   //In order to avoid rewriting the same histograms
989   Bool_t oldStatus = TH1::AddDirectoryStatus();
990   TH1::AddDirectory(kFALSE);
991   
992   fEMCALRecalibrationFactors = new TObjArray(12);
993   for (int i = 0; i < 12; i++) 
994     fEMCALRecalibrationFactors->Add(new TH2F(Form("EMCALRecalFactors_SM%d",i),
995                                              Form("EMCALRecalFactors_SM%d",i),  48, 0, 48, 24, 0, 24));
996   //Init the histograms with 1
997   for (Int_t sm = 0; sm < 12; sm++) 
998   {
999     for (Int_t i = 0; i < 48; i++) 
1000     {
1001       for (Int_t j = 0; j < 24; j++) 
1002       {
1003         SetEMCALChannelRecalibrationFactor(sm,i,j,1.);
1004       }
1005     }
1006   }
1007   
1008   fEMCALRecalibrationFactors->SetOwner(kTRUE);
1009   fEMCALRecalibrationFactors->Compress();
1010   
1011   //In order to avoid rewriting the same histograms
1012   TH1::AddDirectory(oldStatus);    
1013 }
1014
1015 //_________________________________________________________
1016 void AliEMCALRecoUtils::InitEMCALTimeRecalibrationFactors()
1017 {
1018   //Init EMCAL recalibration factors
1019   AliDebug(2,"AliCalorimeterUtils::InitEMCALRecalibrationFactors()");
1020   //In order to avoid rewriting the same histograms
1021   Bool_t oldStatus = TH1::AddDirectoryStatus();
1022   TH1::AddDirectory(kFALSE);
1023   
1024   fEMCALTimeRecalibrationFactors = new TObjArray(4);
1025   for (int i = 0; i < 4; i++) 
1026     fEMCALTimeRecalibrationFactors->Add(new TH1F(Form("hAllTimeAvBC%d",i),
1027                                                  Form("hAllTimeAvBC%d",i),  
1028                                                  48*24*12,0.,48*24*12)          );
1029   //Init the histograms with 1
1030   for (Int_t bc = 0; bc < 4; bc++) 
1031   {
1032     for (Int_t i = 0; i < 48*24*12; i++) 
1033       SetEMCALChannelTimeRecalibrationFactor(bc,i,0.);
1034   }
1035   
1036   fEMCALTimeRecalibrationFactors->SetOwner(kTRUE);
1037   fEMCALTimeRecalibrationFactors->Compress();
1038   
1039   //In order to avoid rewriting the same histograms
1040   TH1::AddDirectory(oldStatus);    
1041 }
1042
1043 //____________________________________________________
1044 void AliEMCALRecoUtils::InitEMCALBadChannelStatusMap()
1045 {
1046   //Init EMCAL bad channels map
1047   AliDebug(2,"AliEMCALRecoUtils::InitEMCALBadChannelStatusMap()");
1048   //In order to avoid rewriting the same histograms
1049   Bool_t oldStatus = TH1::AddDirectoryStatus();
1050   TH1::AddDirectory(kFALSE);
1051   
1052   fEMCALBadChannelMap = new TObjArray(12);
1053   //TH2F * hTemp = new  TH2I("EMCALBadChannelMap","EMCAL SuperModule bad channel map", 48, 0, 48, 24, 0, 24);
1054   for (int i = 0; i < 12; i++) 
1055   {
1056     fEMCALBadChannelMap->Add(new TH2I(Form("EMCALBadChannelMap_Mod%d",i),Form("EMCALBadChannelMap_Mod%d",i), 48, 0, 48, 24, 0, 24));
1057   }
1058   
1059   fEMCALBadChannelMap->SetOwner(kTRUE);
1060   fEMCALBadChannelMap->Compress();
1061   
1062   //In order to avoid rewriting the same histograms
1063   TH1::AddDirectory(oldStatus);    
1064 }
1065
1066 //____________________________________________________________________________
1067 void AliEMCALRecoUtils::RecalibrateClusterEnergy(const AliEMCALGeometry* geom, 
1068                                                  AliVCluster * cluster, 
1069                                                  AliVCaloCells * cells, 
1070                                                  const Int_t bc)
1071 {
1072   // Recalibrate the cluster energy and Time, considering the recalibration map 
1073   // and the energy of the cells and time that compose the cluster.
1074   // bc= bunch crossing number returned by esdevent->GetBunchCrossNumber();
1075   
1076   if(!cluster)
1077   {
1078     AliInfo("Cluster pointer null!");
1079     return;
1080   }  
1081   
1082   //Get the cluster number of cells and list of absId, check what kind of cluster do we have.
1083   UShort_t * index    = cluster->GetCellsAbsId() ;
1084   Double_t * fraction = cluster->GetCellsAmplitudeFraction() ;
1085   Int_t ncells = cluster->GetNCells();
1086   
1087   //Initialize some used variables
1088   Float_t energy = 0;
1089   Int_t   absId  =-1;
1090   Int_t   icol   =-1, irow =-1, imod=1;
1091   Float_t factor = 1, frac = 0;
1092   Int_t   absIdMax = -1;
1093   Float_t emax     = 0;
1094   
1095   //Loop on the cells, get the cell amplitude and recalibration factor, multiply and and to the new energy
1096   for(Int_t icell = 0; icell < ncells; icell++)
1097   {
1098     absId = index[icell];
1099     frac =  fraction[icell];
1100     if(frac < 1e-5) frac = 1; //in case of EMCAL, this is set as 0 since unfolding is off
1101     
1102     if(!fCellsRecalibrated && IsRecalibrationOn()) 
1103     {
1104       // Energy  
1105       Int_t iTower = -1, iIphi = -1, iIeta = -1; 
1106       geom->GetCellIndex(absId,imod,iTower,iIphi,iIeta); 
1107       if(fEMCALRecalibrationFactors->GetEntries() <= imod) continue;
1108       geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(imod,iTower,iIphi, iIeta,irow,icol);      
1109       factor = GetEMCALChannelRecalibrationFactor(imod,icol,irow);
1110       
1111       AliDebug(2,Form("AliEMCALRecoUtils::RecalibrateClusterEnergy - recalibrate cell: module %d, col %d, row %d, cell fraction %f,recalibration factor %f, cell energy %f\n",
1112                       imod,icol,irow,frac,factor,cells->GetCellAmplitude(absId)));
1113       
1114     } 
1115     
1116     energy += cells->GetCellAmplitude(absId)*factor*frac;
1117     
1118     if(emax < cells->GetCellAmplitude(absId)*factor*frac)
1119     {
1120       emax     = cells->GetCellAmplitude(absId)*factor*frac;
1121       absIdMax = absId;
1122     }
1123   }
1124   
1125   AliDebug(2,Form("AliEMCALRecoUtils::RecalibrateClusterEnergy - Energy before %f, after %f \n",cluster->E(),energy));
1126
1127   cluster->SetE(energy);
1128
1129   // Recalculate time of cluster   
1130   Double_t timeorg = cluster->GetTOF();
1131   if(!fCellsRecalibrated && IsTimeRecalibrationOn())
1132   {
1133     Double_t time = timeorg;
1134     RecalibrateCellTime(absIdMax,bc,time);
1135     cluster->SetTOF(time);
1136   } 
1137
1138   AliDebug(2,Form("AliEMCALRecoUtils::RecalibrateClusterEnergy - Time before %f, after %f \n",timeorg,cluster->GetTOF()));
1139
1140 }
1141
1142 //_____________________________________________________________
1143 void AliEMCALRecoUtils::RecalibrateCells(AliVCaloCells * cells,
1144                                          const Int_t bc)
1145 {
1146   // Recalibrate the cells time and energy, considering the recalibration map and the energy 
1147   // of the cells that compose the cluster.
1148   // bc= bunch crossing number returned by esdevent->GetBunchCrossNumber();
1149
1150   if(!IsRecalibrationOn() && !IsTimeRecalibrationOn()) return;
1151   
1152   if(!cells)
1153   {
1154     AliInfo("Cells pointer null!");
1155     return;
1156   }  
1157   
1158   Short_t  absId  =-1;
1159   Bool_t   accept = kFALSE;
1160   Float_t  ecell  = 0;
1161   Double_t tcell  = 0;
1162   Double_t ecellin = 0;
1163   Double_t tcellin = 0;
1164   Short_t  mclabel = -1;
1165   Double_t efrac = 0;
1166   
1167   Int_t nEMcell  = cells->GetNumberOfCells() ;  
1168   for (Int_t iCell = 0; iCell < nEMcell; iCell++) 
1169   { 
1170     cells->GetCell( iCell, absId, ecellin, tcellin, mclabel, efrac );
1171     
1172     accept = AcceptCalibrateCell(absId, bc, ecell ,tcell ,cells); 
1173     if(!accept) 
1174     {
1175       ecell = 0;
1176       tcell = -1;
1177     }
1178     
1179     //Set new values
1180     cells->SetCell(iCell,absId,ecell, tcell, mclabel, efrac);
1181   }
1182
1183   fCellsRecalibrated = kTRUE;
1184 }
1185
1186 //_______________________________________________________________________________________________________
1187 void AliEMCALRecoUtils::RecalibrateCellTime(const Int_t absId, const Int_t bc, Double_t & celltime) const
1188 {
1189   // Recalibrate time of cell with absID  considering the recalibration map 
1190   // bc= bunch crossing number returned by esdevent->GetBunchCrossNumber();
1191   
1192   if(!fCellsRecalibrated && IsTimeRecalibrationOn() && bc >= 0)
1193   {
1194     celltime -= GetEMCALChannelTimeRecalibrationFactor(bc%4,absId)*1.e-9;    ;  
1195   }
1196 }
1197   
1198 //______________________________________________________________________________
1199 void AliEMCALRecoUtils::RecalculateClusterPosition(const AliEMCALGeometry *geom, 
1200                                                    AliVCaloCells* cells, 
1201                                                    AliVCluster* clu)
1202 {
1203   //For a given CaloCluster recalculates the position for a given set of misalignment shifts and puts it again in the CaloCluster.
1204   
1205   if(!clu)
1206   {
1207     AliInfo("Cluster pointer null!");
1208     return;
1209   }
1210     
1211   if     (fPosAlgo==kPosTowerGlobal) RecalculateClusterPositionFromTowerGlobal( geom, cells, clu);
1212   else if(fPosAlgo==kPosTowerIndex)  RecalculateClusterPositionFromTowerIndex ( geom, cells, clu);
1213   else   AliDebug(2,"Algorithm to recalculate position not selected, do nothing.");
1214 }  
1215
1216 //_____________________________________________________________________________________________
1217 void AliEMCALRecoUtils::RecalculateClusterPositionFromTowerGlobal(const AliEMCALGeometry *geom, 
1218                                                                   AliVCaloCells* cells, 
1219                                                                   AliVCluster* clu)
1220 {
1221   // For a given CaloCluster recalculates the position for a given set of misalignment shifts and puts it again in the CaloCluster.
1222   // The algorithm is a copy of what is done in AliEMCALRecPoint
1223   
1224   Double_t eCell       = 0.;
1225   Float_t  fraction    = 1.;
1226   Float_t  recalFactor = 1.;
1227   
1228   Int_t    absId   = -1;
1229   Int_t    iTower  = -1, iIphi  = -1, iIeta  = -1;
1230   Int_t    iSupModMax = -1, iSM=-1, iphi   = -1, ieta   = -1;
1231   Float_t  weight = 0.,  totalWeight=0.;
1232   Float_t  newPos[3] = {0,0,0};
1233   Double_t pLocal[3], pGlobal[3];
1234   Bool_t shared = kFALSE;
1235
1236   Float_t  clEnergy = clu->E(); //Energy already recalibrated previously
1237   GetMaxEnergyCell(geom, cells, clu, absId,  iSupModMax, ieta, iphi,shared);
1238   Double_t depth = GetDepth(clEnergy,fParticleType,iSupModMax) ;
1239   
1240   //printf("** Cluster energy %f, ncells %d, depth %f\n",clEnergy,clu->GetNCells(),depth);
1241   
1242   for (Int_t iDig=0; iDig< clu->GetNCells(); iDig++) 
1243   {
1244     absId = clu->GetCellAbsId(iDig);
1245     fraction  = clu->GetCellAmplitudeFraction(iDig);
1246     if(fraction < 1e-4) fraction = 1.; // in case unfolding is off
1247     
1248     if (!fCellsRecalibrated)
1249     {
1250       geom->GetCellIndex(absId,iSM,iTower,iIphi,iIeta); 
1251       geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(iSM,iTower,iIphi, iIeta,iphi,ieta);      
1252       
1253       if(IsRecalibrationOn()) 
1254       {
1255         recalFactor = GetEMCALChannelRecalibrationFactor(iSM,ieta,iphi);
1256       }
1257     }
1258     
1259     eCell  = cells->GetCellAmplitude(absId)*fraction*recalFactor;
1260     
1261     weight = GetCellWeight(eCell,clEnergy);
1262     totalWeight += weight;
1263     
1264     geom->RelPosCellInSModule(absId,depth,pLocal[0],pLocal[1],pLocal[2]);
1265     //printf("pLocal (%f,%f,%f), SM %d, absId %d\n",pLocal[0],pLocal[1],pLocal[2],iSupModMax,absId);
1266     geom->GetGlobal(pLocal,pGlobal,iSupModMax);
1267     //printf("pLocal (%f,%f,%f)\n",pGlobal[0],pGlobal[1],pGlobal[2]);
1268
1269     for(int i=0; i<3; i++ ) newPos[i] += (weight*pGlobal[i]);
1270   }// cell loop
1271   
1272   if(totalWeight>0)
1273   {
1274     for(int i=0; i<3; i++ )    newPos[i] /= totalWeight;
1275   }
1276     
1277   //Float_t pos[]={0,0,0};
1278   //clu->GetPosition(pos);
1279   //printf("OldPos  : %2.3f,%2.3f,%2.3f\n",pos[0],pos[1],pos[2]);
1280   //printf("NewPos  : %2.3f,%2.3f,%2.3f\n",newPos[0],newPos[1],newPos[2]);
1281   
1282   if(iSupModMax > 1) //sector 1
1283   {
1284     newPos[0] +=fMisalTransShift[3];//-=3.093; 
1285     newPos[1] +=fMisalTransShift[4];//+=6.82;
1286     newPos[2] +=fMisalTransShift[5];//+=1.635;
1287     //printf("   +    : %2.3f,%2.3f,%2.3f\n",fMisalTransShift[3],fMisalTransShift[4],fMisalTransShift[5]);
1288   } else //sector 0
1289   {
1290     newPos[0] +=fMisalTransShift[0];//+=1.134;
1291     newPos[1] +=fMisalTransShift[1];//+=8.2;
1292     newPos[2] +=fMisalTransShift[2];//+=1.197;
1293     //printf("   +    : %2.3f,%2.3f,%2.3f\n",fMisalTransShift[0],fMisalTransShift[1],fMisalTransShift[2]);
1294   }
1295   //printf("NewPos : %2.3f,%2.3f,%2.3f\n",newPos[0],newPos[1],newPos[2]);
1296
1297   clu->SetPosition(newPos);
1298 }  
1299
1300 //____________________________________________________________________________________________
1301 void AliEMCALRecoUtils::RecalculateClusterPositionFromTowerIndex(const AliEMCALGeometry *geom, 
1302                                                                  AliVCaloCells* cells, 
1303                                                                  AliVCluster* clu)
1304 {
1305   // For a given CaloCluster recalculates the position for a given set of misalignment shifts and puts it again in the CaloCluster.
1306   // The algorithm works with the tower indeces, averages the indeces and from them it calculates the global position
1307   
1308   Double_t eCell       = 1.;
1309   Float_t  fraction    = 1.;
1310   Float_t  recalFactor = 1.;
1311   
1312   Int_t absId   = -1;
1313   Int_t iTower  = -1;
1314   Int_t iIphi   = -1, iIeta   = -1;
1315   Int_t iSupMod = -1, iSupModMax = -1;
1316   Int_t iphi = -1, ieta =-1;
1317   Bool_t shared = kFALSE;
1318
1319   Float_t clEnergy = clu->E(); //Energy already recalibrated previously.
1320   GetMaxEnergyCell(geom, cells, clu, absId,  iSupModMax, ieta, iphi,shared);
1321   Float_t  depth = GetDepth(clEnergy,fParticleType,iSupMod) ;
1322
1323   Float_t weight = 0., weightedCol = 0., weightedRow = 0., totalWeight=0.;
1324   Bool_t areInSameSM = kTRUE; //exclude clusters with cells in different SMs for now
1325   Int_t startingSM = -1;
1326   
1327   for (Int_t iDig=0; iDig< clu->GetNCells(); iDig++) 
1328   {
1329     absId = clu->GetCellAbsId(iDig);
1330     fraction  = clu->GetCellAmplitudeFraction(iDig);
1331     if(fraction < 1e-4) fraction = 1.; // in case unfolding is off
1332
1333     if     (iDig==0)  startingSM = iSupMod;
1334     else if(iSupMod != startingSM) areInSameSM = kFALSE;
1335
1336     eCell  = cells->GetCellAmplitude(absId);
1337     
1338     geom->GetCellIndex(absId,iSupMod,iTower,iIphi,iIeta); 
1339     geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(iSupMod,iTower,iIphi, iIeta,iphi,ieta);    
1340     
1341     if (!fCellsRecalibrated)
1342     {
1343       if(IsRecalibrationOn()) 
1344       {
1345         recalFactor = GetEMCALChannelRecalibrationFactor(iSupMod,ieta,iphi);
1346       }
1347     }
1348     
1349     eCell  = cells->GetCellAmplitude(absId)*fraction*recalFactor;
1350     
1351     weight = GetCellWeight(eCell,clEnergy);
1352     if(weight < 0) weight = 0;
1353     totalWeight += weight;
1354     weightedCol += ieta*weight;
1355     weightedRow += iphi*weight;
1356     
1357     //printf("Max cell? cell %d, amplitude org %f, fraction %f, recalibration %f, amplitude new %f \n",cellAbsId, cells->GetCellAmplitude(cellAbsId), fraction, recalFactor, eCell) ;
1358   }// cell loop
1359     
1360   Float_t xyzNew[]={0.,0.,0.};
1361   if(areInSameSM == kTRUE) 
1362   {
1363     //printf("In Same SM\n");
1364     weightedCol = weightedCol/totalWeight;
1365     weightedRow = weightedRow/totalWeight;
1366     geom->RecalculateTowerPosition(weightedRow, weightedCol, iSupModMax, depth, fMisalTransShift, fMisalRotShift, xyzNew); 
1367   } 
1368   else 
1369   {
1370     //printf("In Different SM\n");
1371     geom->RecalculateTowerPosition(iphi,        ieta,        iSupModMax, depth, fMisalTransShift, fMisalRotShift, xyzNew); 
1372   }
1373   
1374   clu->SetPosition(xyzNew);
1375 }
1376
1377 //___________________________________________________________________________________________
1378 void AliEMCALRecoUtils::RecalculateClusterDistanceToBadChannel(const AliEMCALGeometry * geom, 
1379                                                                AliVCaloCells* cells, 
1380                                                                AliVCluster * cluster)
1381 {           
1382   //re-evaluate distance to bad channel with updated bad map
1383   
1384   if(!fRecalDistToBadChannels) return;
1385   
1386   if(!cluster)
1387   {
1388     AliInfo("Cluster pointer null!");
1389     return;
1390   }  
1391   
1392   //Get channels map of the supermodule where the cluster is.
1393   Int_t absIdMax  = -1, iSupMod =-1, icolM = -1, irowM = -1;
1394   Bool_t shared = kFALSE;
1395   GetMaxEnergyCell(geom, cells, cluster, absIdMax,  iSupMod, icolM, irowM, shared);
1396   TH2D* hMap  = (TH2D*)fEMCALBadChannelMap->At(iSupMod);
1397
1398   Int_t dRrow, dRcol;  
1399   Float_t  minDist = 10000.;
1400   Float_t  dist    = 0.;
1401   
1402   //Loop on tower status map 
1403   for(Int_t irow = 0; irow < AliEMCALGeoParams::fgkEMCALRows; irow++)
1404   {
1405     for(Int_t icol = 0; icol < AliEMCALGeoParams::fgkEMCALCols; icol++)
1406     {
1407       //Check if tower is bad.
1408       if(hMap->GetBinContent(icol,irow)==0) continue;
1409       //printf("AliEMCALRecoUtils::RecalculateDistanceToBadChannels() - \n \t Bad channel in SM %d, col %d, row %d, \n \t Cluster max in col %d, row %d\n",
1410       //       iSupMod,icol, irow, icolM,irowM);
1411       
1412       dRrow=TMath::Abs(irowM-irow);
1413       dRcol=TMath::Abs(icolM-icol);
1414       dist=TMath::Sqrt(dRrow*dRrow+dRcol*dRcol);
1415       if(dist < minDist)
1416       {
1417         //printf("MIN DISTANCE TO BAD %2.2f\n",dist);
1418         minDist = dist;
1419       }
1420     }
1421   }
1422   
1423   //In case the cluster is shared by 2 SuperModules, need to check the map of the second Super Module
1424   if (shared) 
1425   {
1426     TH2D* hMap2 = 0;
1427     Int_t iSupMod2 = -1;
1428     
1429     //The only possible combinations are (0,1), (2,3) ... (8,9)
1430     if(iSupMod%2) iSupMod2 = iSupMod-1;
1431     else          iSupMod2 = iSupMod+1;
1432     hMap2  = (TH2D*)fEMCALBadChannelMap->At(iSupMod2);
1433     
1434     //Loop on tower status map of second super module
1435     for(Int_t irow = 0; irow < AliEMCALGeoParams::fgkEMCALRows; irow++)
1436     {
1437       for(Int_t icol = 0; icol < AliEMCALGeoParams::fgkEMCALCols; icol++)
1438       {
1439         //Check if tower is bad.
1440         if(hMap2->GetBinContent(icol,irow)==0) continue;
1441         //printf("AliEMCALRecoUtils::RecalculateDistanceToBadChannels(shared) - \n \t Bad channel in SM %d, col %d, row %d \n \t Cluster max in SM %d, col %d, row %d\n",
1442         //     iSupMod2,icol, irow,iSupMod,icolM,irowM);
1443         dRrow=TMath::Abs(irow-irowM);
1444         
1445         if(iSupMod%2) 
1446         {
1447           dRcol=TMath::Abs(icol-(AliEMCALGeoParams::fgkEMCALCols+icolM));
1448         } else 
1449         {
1450           dRcol=TMath::Abs(AliEMCALGeoParams::fgkEMCALCols+icol-icolM);
1451         }                    
1452         
1453         dist=TMath::Sqrt(dRrow*dRrow+dRcol*dRcol);
1454         if(dist < minDist) minDist = dist;        
1455       }
1456     }
1457   }// shared cluster in 2 SuperModules
1458   
1459   AliDebug(2,Form("Max cluster cell (SM,col,row)=(%d %d %d) - Distance to Bad Channel %2.2f",iSupMod, icolM, irowM, minDist));
1460   cluster->SetDistanceToBadChannel(minDist);
1461 }
1462
1463 //__________________________________________________________________
1464 void AliEMCALRecoUtils::RecalculateClusterPID(AliVCluster * cluster)
1465 {           
1466   //re-evaluate identification parameters with bayesian
1467   
1468   if(!cluster)
1469   {
1470     AliInfo("Cluster pointer null!");
1471     return;
1472   }
1473   
1474   if ( cluster->GetM02() != 0)
1475     fPIDUtils->ComputePID(cluster->E(),cluster->GetM02());
1476   
1477   Float_t pidlist[AliPID::kSPECIESN+1];
1478   for(Int_t i = 0; i < AliPID::kSPECIESN+1; i++) pidlist[i] = fPIDUtils->GetPIDFinal(i);
1479         
1480   cluster->SetPID(pidlist);
1481 }
1482
1483 //___________________________________________________________________________________________________________________
1484 void AliEMCALRecoUtils::RecalculateClusterShowerShapeParameters(const AliEMCALGeometry * geom, 
1485                                                                 AliVCaloCells* cells, 
1486                                                                 AliVCluster * cluster,
1487                                                                 Float_t & l0,   Float_t & l1,   
1488                                                                 Float_t & disp, Float_t & dEta, Float_t & dPhi,
1489                                                                 Float_t & sEta, Float_t & sPhi, Float_t & sEtaPhi)
1490 {
1491   // Calculates new center of gravity in the local EMCAL-module coordinates 
1492   // and tranfers into global ALICE coordinates
1493   // Calculates Dispersion and main axis
1494   
1495   if(!cluster)
1496   {
1497     AliInfo("Cluster pointer null!");
1498     return;
1499   }
1500     
1501   Double_t eCell       = 0.;
1502   Float_t  fraction    = 1.;
1503   Float_t  recalFactor = 1.;
1504
1505   Int_t    iSupMod = -1;
1506   Int_t    iTower  = -1;
1507   Int_t    iIphi   = -1;
1508   Int_t    iIeta   = -1;
1509   Int_t    iphi    = -1;
1510   Int_t    ieta    = -1;
1511   Double_t etai    = -1.;
1512   Double_t phii    = -1.;
1513   
1514   Int_t    nstat   = 0 ;
1515   Float_t  wtot    = 0.;
1516   Double_t w       = 0.;
1517   Double_t etaMean = 0.;
1518   Double_t phiMean = 0.;
1519     
1520   //Loop on cells
1521   for(Int_t iDigit=0; iDigit < cluster->GetNCells(); iDigit++) 
1522   {
1523     //Get from the absid the supermodule, tower and eta/phi numbers
1524     geom->GetCellIndex(cluster->GetCellAbsId(iDigit),iSupMod,iTower,iIphi,iIeta); 
1525     geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(iSupMod,iTower,iIphi,iIeta, iphi,ieta);        
1526     
1527     //Get the cell energy, if recalibration is on, apply factors
1528     fraction  = cluster->GetCellAmplitudeFraction(iDigit);
1529     if(fraction < 1e-4) fraction = 1.; // in case unfolding is off
1530     
1531     if (!fCellsRecalibrated)
1532     {
1533       if(IsRecalibrationOn()) 
1534       {
1535         recalFactor = GetEMCALChannelRecalibrationFactor(iSupMod,ieta,iphi);
1536       }
1537     }
1538     
1539     eCell  = cells->GetCellAmplitude(cluster->GetCellAbsId(iDigit))*fraction*recalFactor;
1540     
1541     if(cluster->E() > 0 && eCell > 0)
1542     {
1543       w  = GetCellWeight(eCell,cluster->E());
1544       
1545       etai=(Double_t)ieta;
1546       phii=(Double_t)iphi;  
1547       
1548       if(w > 0.0) 
1549       {
1550         wtot += w ;
1551         nstat++;            
1552         //Shower shape
1553         sEta     += w * etai * etai ;
1554         etaMean  += w * etai ;
1555         sPhi     += w * phii * phii ;
1556         phiMean  += w * phii ; 
1557         sEtaPhi  += w * etai * phii ; 
1558       }
1559     } 
1560     else
1561       AliError(Form("Wrong energy %f and/or amplitude %f\n", eCell, cluster->E()));
1562   }//cell loop
1563   
1564   //Normalize to the weight  
1565   if (wtot > 0) 
1566   {
1567     etaMean /= wtot ;
1568     phiMean /= wtot ;
1569   }
1570   else
1571     AliError(Form("Wrong weight %f\n", wtot));
1572   
1573   //Calculate dispersion  
1574   for(Int_t iDigit=0; iDigit < cluster->GetNCells(); iDigit++) 
1575   {
1576     //Get from the absid the supermodule, tower and eta/phi numbers
1577     geom->GetCellIndex(cluster->GetCellAbsId(iDigit),iSupMod,iTower,iIphi,iIeta); 
1578     geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(iSupMod,iTower,iIphi,iIeta, iphi,ieta);
1579     
1580     //Get the cell energy, if recalibration is on, apply factors
1581     fraction  = cluster->GetCellAmplitudeFraction(iDigit);
1582     if(fraction < 1e-4) fraction = 1.; // in case unfolding is off
1583     if (IsRecalibrationOn()) 
1584     {
1585       recalFactor = GetEMCALChannelRecalibrationFactor(iSupMod,ieta,iphi);
1586     }
1587     eCell  = cells->GetCellAmplitude(cluster->GetCellAbsId(iDigit))*fraction*recalFactor;
1588     
1589     if(cluster->E() > 0 && eCell > 0)
1590     {
1591       w  = GetCellWeight(eCell,cluster->E());
1592       
1593       etai=(Double_t)ieta;
1594       phii=(Double_t)iphi;    
1595       if(w > 0.0) 
1596       { 
1597         disp +=  w *((etai-etaMean)*(etai-etaMean)+(phii-phiMean)*(phii-phiMean)); 
1598         dEta +=  w * (etai-etaMean)*(etai-etaMean) ; 
1599         dPhi +=  w * (phii-phiMean)*(phii-phiMean) ; 
1600       }
1601     }
1602     else
1603       AliError(Form("Wrong energy %f and/or amplitude %f\n", eCell, cluster->E()));
1604   }// cell loop
1605   
1606   //Normalize to the weigth and set shower shape parameters
1607   if (wtot > 0 && nstat > 1) 
1608   {
1609     disp    /= wtot ;
1610     dEta    /= wtot ;
1611     dPhi    /= wtot ;
1612     sEta    /= wtot ;
1613     sPhi    /= wtot ;
1614     sEtaPhi /= wtot ;
1615     
1616     sEta    -= etaMean * etaMean ;
1617     sPhi    -= phiMean * phiMean ;
1618     sEtaPhi -= etaMean * phiMean ;
1619     
1620     l0 = (0.5 * (sEta + sPhi) + TMath::Sqrt( 0.25 * (sEta - sPhi) * (sEta - sPhi) + sEtaPhi * sEtaPhi ));
1621     l1 = (0.5 * (sEta + sPhi) - TMath::Sqrt( 0.25 * (sEta - sPhi) * (sEta - sPhi) + sEtaPhi * sEtaPhi ));
1622   }
1623   else
1624   {
1625     l0   = 0. ;
1626     l1   = 0. ;
1627     dEta = 0. ; dPhi = 0. ; disp    = 0. ;
1628     sEta = 0. ; sPhi = 0. ; sEtaPhi = 0. ;
1629   }  
1630   
1631 }
1632
1633 //____________________________________________________________________________________________
1634 void AliEMCALRecoUtils::RecalculateClusterShowerShapeParameters(const AliEMCALGeometry * geom, 
1635                                                                 AliVCaloCells* cells, 
1636                                                                 AliVCluster * cluster)
1637 {
1638   // Calculates new center of gravity in the local EMCAL-module coordinates 
1639   // and tranfers into global ALICE coordinates
1640   // Calculates Dispersion and main axis and puts them into the cluster
1641   
1642   Float_t l0   = 0., l1   = 0.;
1643   Float_t disp = 0., dEta = 0., dPhi    = 0.; 
1644   Float_t sEta = 0., sPhi = 0., sEtaPhi = 0.;
1645   
1646   AliEMCALRecoUtils::RecalculateClusterShowerShapeParameters(geom,cells,cluster,l0,l1,disp,
1647                                                              dEta, dPhi, sEta, sPhi, sEtaPhi);
1648   
1649   cluster->SetM02(l0);
1650   cluster->SetM20(l1);
1651   if(disp > 0. ) cluster->SetDispersion(TMath::Sqrt(disp)) ;
1652   
1653
1654
1655 //____________________________________________________________________________
1656 void AliEMCALRecoUtils::FindMatches(AliVEvent *event,
1657                                     TObjArray * clusterArr,  
1658                                     const AliEMCALGeometry *geom)
1659 {
1660   //This function should be called before the cluster loop
1661   //Before call this function, please recalculate the cluster positions
1662   //Given the input event, loop over all the tracks, select the closest cluster as matched with fCutR
1663   //Store matched cluster indexes and residuals
1664   
1665   fMatchedTrackIndex  ->Reset();
1666   fMatchedClusterIndex->Reset();
1667   fResidualPhi->Reset();
1668   fResidualEta->Reset();
1669   
1670   fMatchedTrackIndex  ->Set(1000);
1671   fMatchedClusterIndex->Set(1000);
1672   fResidualPhi->Set(1000);
1673   fResidualEta->Set(1000);
1674   
1675   AliESDEvent* esdevent = dynamic_cast<AliESDEvent*> (event);
1676   AliAODEvent* aodevent = dynamic_cast<AliAODEvent*> (event);
1677   
1678   // init the magnetic field if not already on
1679   if(!TGeoGlobalMagField::Instance()->GetField())
1680   {
1681     AliInfo("Init the magnetic field\n");
1682     if     (esdevent) 
1683     {
1684       esdevent->InitMagneticField();
1685     }
1686     else if(aodevent)
1687     {
1688       Double_t curSol = 30000*aodevent->GetMagneticField()/5.00668;
1689       Double_t curDip = 6000 *aodevent->GetMuonMagFieldScale();
1690       AliMagF *field  = AliMagF::CreateFieldMap(curSol,curDip);
1691       TGeoGlobalMagField::Instance()->SetField(field);
1692     }
1693     else
1694     {
1695       AliInfo("Mag Field not initialized, null esd/aod evetn pointers");
1696     }
1697     
1698   } // Init mag field
1699   
1700   TObjArray *clusterArray = 0x0;
1701   if(!clusterArr)
1702     {
1703       clusterArray = new TObjArray(event->GetNumberOfCaloClusters());
1704       for(Int_t icl=0; icl<event->GetNumberOfCaloClusters(); icl++)
1705   {
1706     AliVCluster *cluster = (AliVCluster*) event->GetCaloCluster(icl);
1707     if(geom && !IsGoodCluster(cluster,geom,(AliVCaloCells*)event->GetEMCALCells())) continue;
1708     clusterArray->AddAt(cluster,icl);
1709   }
1710     }
1711   
1712   Int_t    matched=0;
1713   Double_t cv[21];
1714   for (Int_t i=0; i<21;i++) cv[i]=0;
1715   for(Int_t itr=0; itr<event->GetNumberOfTracks(); itr++)
1716   {
1717     AliExternalTrackParam *trackParam = 0;
1718     
1719     //If the input event is ESD, the starting point for extrapolation is TPCOut, if available, or TPCInner 
1720     AliESDtrack *esdTrack = 0;
1721     AliAODTrack *aodTrack = 0;
1722     if(esdevent)
1723     {
1724       esdTrack = esdevent->GetTrack(itr);
1725       if(!esdTrack) continue;
1726       if(!IsAccepted(esdTrack)) continue;
1727       if(esdTrack->Pt()<fCutMinTrackPt) continue;
1728       Double_t phi = esdTrack->Phi()*TMath::RadToDeg();
1729       if(TMath::Abs(esdTrack->Eta())>0.8 || phi <= 20 || phi >= 240 ) continue;
1730       trackParam =  const_cast<AliExternalTrackParam*>(esdTrack->GetInnerParam());
1731     }
1732     
1733     //If the input event is AOD, the starting point for extrapolation is at vertex
1734     //AOD tracks are selected according to its filterbit.
1735     else if(aodevent)
1736     {
1737       aodTrack = aodevent->GetTrack(itr);
1738       if(!aodTrack) continue;
1739       if(!aodTrack->TestFilterMask(fAODFilterMask)) continue; //Select AOD tracks that fulfill GetStandardITSTPCTrackCuts2010()
1740       if(aodTrack->Pt()<fCutMinTrackPt) continue;
1741       Double_t phi = aodTrack->Phi()*TMath::RadToDeg();
1742       if(TMath::Abs(aodTrack->Eta())>0.8 || phi <= 20 || phi >= 240 ) continue;
1743       Double_t pos[3],mom[3];
1744       aodTrack->GetXYZ(pos);
1745       aodTrack->GetPxPyPz(mom);
1746       AliDebug(5,Form("aod track: i=%d | pos=(%5.4f,%5.4f,%5.4f) | mom=(%5.4f,%5.4f,%5.4f) | charge=%d\n",itr,pos[0],pos[1],pos[2],mom[0],mom[1],mom[2],aodTrack->Charge()));
1747       trackParam= new AliExternalTrackParam(pos,mom,cv,aodTrack->Charge());
1748     }
1749     
1750     //Return if the input data is not "AOD" or "ESD"
1751     else
1752     {
1753       printf("Wrong input data type! Should be \"AOD\" or \"ESD\"\n");
1754       if(clusterArray)
1755   {
1756     clusterArray->Clear();
1757     delete clusterArray;
1758   }
1759       return;
1760     }
1761     
1762     if(!trackParam) continue;
1763
1764     //Extrapolate the track to EMCal surface
1765     AliExternalTrackParam emcalParam(*trackParam);
1766     Float_t eta, phi;
1767     if(!ExtrapolateTrackToEMCalSurface(&emcalParam, 430., fMass, fStepSurface, eta, phi)) 
1768       {
1769   if(aodevent && trackParam) delete trackParam;
1770   continue;
1771       }
1772
1773 //    if(esdevent)
1774 //      {
1775 //  esdTrack->SetOuterParam(&emcalParam,AliExternalTrackParam::kMultSec);
1776 //      }
1777
1778     if(TMath::Abs(eta)>0.75 || (phi) < 70*TMath::DegToRad() || (phi) > 190*TMath::DegToRad())
1779       {
1780   if(aodevent && trackParam) delete trackParam;
1781   continue;
1782       }
1783
1784
1785     //Find matched clusters
1786     Int_t index = -1;
1787     Float_t dEta = -999, dPhi = -999;
1788     if(!clusterArr)
1789       {
1790   index = FindMatchedClusterInClusterArr(&emcalParam, &emcalParam, clusterArray, dEta, dPhi);  
1791       }
1792     else
1793       {
1794   index = FindMatchedClusterInClusterArr(&emcalParam, &emcalParam, clusterArr, dEta, dPhi);  
1795       }  
1796     
1797     if(index>-1)
1798     {
1799       fMatchedTrackIndex   ->AddAt(itr,matched);
1800       fMatchedClusterIndex ->AddAt(index,matched);
1801       fResidualEta         ->AddAt(dEta,matched);
1802       fResidualPhi         ->AddAt(dPhi,matched);
1803       matched++;
1804     }
1805     if(aodevent && trackParam) delete trackParam;
1806   }//track loop
1807
1808   if(clusterArray)
1809     {
1810       clusterArray->Clear();
1811       delete clusterArray;
1812     }
1813   
1814   AliDebug(2,Form("Number of matched pairs = %d !\n",matched));
1815   
1816   fMatchedTrackIndex   ->Set(matched);
1817   fMatchedClusterIndex ->Set(matched);
1818   fResidualPhi         ->Set(matched);
1819   fResidualEta         ->Set(matched);
1820 }
1821
1822 //________________________________________________________________________________
1823 Int_t AliEMCALRecoUtils::FindMatchedClusterInEvent(const AliESDtrack *track, 
1824                                                    const AliVEvent *event, 
1825                                                    const AliEMCALGeometry *geom, 
1826                                                    Float_t &dEta, Float_t &dPhi)
1827 {
1828   //
1829   // This function returns the index of matched cluster to input track
1830   // Returns -1 if no match is found
1831   Int_t index = -1;
1832   Double_t phiV = track->Phi()*TMath::RadToDeg();
1833   if(TMath::Abs(track->Eta())>0.8 || phiV <= 20 || phiV >= 240 ) return index;
1834   AliExternalTrackParam *trackParam = const_cast<AliExternalTrackParam*>(track->GetInnerParam());
1835   if(!trackParam) return index;
1836   AliExternalTrackParam emcalParam(*trackParam);
1837   Float_t eta, phi;
1838   if(!ExtrapolateTrackToEMCalSurface(&emcalParam, 430., fMass, fStepSurface, eta, phi)) return index;
1839   if(TMath::Abs(eta)>0.75 || (phi) < 70*TMath::DegToRad() || (phi) > 190*TMath::DegToRad()) return index;
1840
1841   TObjArray *clusterArr = new TObjArray(event->GetNumberOfCaloClusters());
1842
1843   for(Int_t icl=0; icl<event->GetNumberOfCaloClusters(); icl++)
1844   {
1845     AliVCluster *cluster = (AliVCluster*) event->GetCaloCluster(icl);
1846     if(geom && !IsGoodCluster(cluster,geom,(AliVCaloCells*)event->GetEMCALCells())) continue;
1847     clusterArr->AddAt(cluster,icl);
1848   }
1849
1850   index = FindMatchedClusterInClusterArr(&emcalParam, &emcalParam, clusterArr, dEta, dPhi);  
1851   clusterArr->Clear();
1852   delete clusterArr;
1853   
1854   return index;
1855 }
1856
1857 //_______________________________________________________________________________________________
1858 Int_t  AliEMCALRecoUtils::FindMatchedClusterInClusterArr(const AliExternalTrackParam *emcalParam, 
1859                                                          AliExternalTrackParam *trkParam, 
1860                                                          const TObjArray * clusterArr, 
1861                                                          Float_t &dEta, Float_t &dPhi)
1862 {
1863   // Find matched cluster in array
1864   
1865   dEta=-999, dPhi=-999;
1866   Float_t dRMax = fCutR, dEtaMax=fCutEta, dPhiMax=fCutPhi;
1867   Int_t index = -1;
1868   Float_t tmpEta=-999, tmpPhi=-999;
1869
1870   Double_t exPos[3] = {0.,0.,0.};
1871   if(!emcalParam->GetXYZ(exPos)) return index;
1872
1873   Float_t clsPos[3] = {0.,0.,0.};
1874   for(Int_t icl=0; icl<clusterArr->GetEntriesFast(); icl++)
1875     {
1876       AliVCluster *cluster = dynamic_cast<AliVCluster*> (clusterArr->At(icl)) ;
1877       if(!cluster || !cluster->IsEMCAL()) continue;
1878       cluster->GetPosition(clsPos);
1879       Double_t dR = TMath::Sqrt(TMath::Power(exPos[0]-clsPos[0],2)+TMath::Power(exPos[1]-clsPos[1],2)+TMath::Power(exPos[2]-clsPos[2],2));
1880       if(dR > fClusterWindow) continue;
1881
1882       AliExternalTrackParam trkPamTmp (*trkParam);//Retrieve the starting point every time before the extrapolation
1883       if(!ExtrapolateTrackToCluster(&trkPamTmp, cluster, fMass, fStepCluster, tmpEta, tmpPhi)) continue;
1884       if(fCutEtaPhiSum)
1885         {
1886           Float_t tmpR=TMath::Sqrt(tmpEta*tmpEta + tmpPhi*tmpPhi);
1887           if(tmpR<dRMax)
1888       {
1889         dRMax=tmpR;
1890         dEtaMax=tmpEta;
1891         dPhiMax=tmpPhi;
1892         index=icl;
1893       }
1894         }
1895       else if(fCutEtaPhiSeparate)
1896         {
1897           if(TMath::Abs(tmpEta)<TMath::Abs(dEtaMax) && TMath::Abs(tmpPhi)<TMath::Abs(dPhiMax))
1898       {
1899         dEtaMax = tmpEta;
1900         dPhiMax = tmpPhi;
1901         index=icl;
1902       }
1903         }
1904       else
1905         {
1906           printf("Error: please specify your cut criteria\n");
1907           printf("To cut on sqrt(dEta^2+dPhi^2), use: SwitchOnCutEtaPhiSum()\n");
1908           printf("To cut on dEta and dPhi separately, use: SwitchOnCutEtaPhiSeparate()\n");
1909           return index;
1910         }
1911     }
1912
1913   dEta=dEtaMax;
1914   dPhi=dPhiMax;
1915
1916   return index;
1917 }
1918
1919 //------------------------------------------------------------------------------------
1920 Bool_t AliEMCALRecoUtils::ExtrapolateTrackToEMCalSurface(AliExternalTrackParam *trkParam, 
1921                                                          const Double_t emcalR,
1922                                                          const Double_t mass, 
1923                                                          const Double_t step, 
1924                                                          Float_t &eta, 
1925                                                          Float_t &phi)
1926 {
1927   //Extrapolate track to EMCAL surface
1928   
1929   eta = -999, phi = -999;
1930   if(!trkParam) return kFALSE;
1931   if(!AliTrackerBase::PropagateTrackToBxByBz(trkParam, emcalR, mass, step, kTRUE, 0.8, -1)) return kFALSE;
1932   Double_t trkPos[3] = {0.,0.,0.};
1933   if(!trkParam->GetXYZ(trkPos)) return kFALSE;
1934   TVector3 trkPosVec(trkPos[0],trkPos[1],trkPos[2]);
1935   eta = trkPosVec.Eta();
1936   phi = trkPosVec.Phi();
1937   if(phi<0)
1938     phi += 2*TMath::Pi();
1939
1940   return kTRUE;
1941 }
1942
1943 //-----------------------------------------------------------------------------------
1944 Bool_t AliEMCALRecoUtils::ExtrapolateTrackToPosition(AliExternalTrackParam *trkParam, 
1945                                                      const Float_t *clsPos, 
1946                                                      Double_t mass, 
1947                                                      Double_t step, 
1948                                                      Float_t &tmpEta, 
1949                                                      Float_t &tmpPhi)
1950 {
1951   //
1952   //Return the residual by extrapolating a track param to a global position
1953   //
1954   tmpEta = -999;
1955   tmpPhi = -999;
1956   if(!trkParam) return kFALSE;
1957   Double_t trkPos[3] = {0.,0.,0.};
1958   TVector3 vec(clsPos[0],clsPos[1],clsPos[2]);
1959   Double_t alpha =  ((int)(vec.Phi()*TMath::RadToDeg()/20)+0.5)*20*TMath::DegToRad();
1960   vec.RotateZ(-alpha); //Rotate the cluster to the local extrapolation coordinate system
1961   if(!AliTrackerBase::PropagateTrackToBxByBz(trkParam, vec.X(), mass, step,kTRUE, 0.8, -1)) return kFALSE;
1962   if(!trkParam->GetXYZ(trkPos)) return kFALSE; //Get the extrapolated global position
1963
1964   TVector3 clsPosVec(clsPos[0],clsPos[1],clsPos[2]);
1965   TVector3 trkPosVec(trkPos[0],trkPos[1],trkPos[2]);
1966
1967   // track cluster matching
1968   tmpPhi = clsPosVec.DeltaPhi(trkPosVec);    // tmpPhi is between -pi and pi
1969   tmpEta = clsPosVec.Eta()-trkPosVec.Eta();
1970
1971   return kTRUE;
1972 }
1973
1974 //----------------------------------------------------------------------------------
1975 Bool_t AliEMCALRecoUtils::ExtrapolateTrackToCluster(AliExternalTrackParam *trkParam, 
1976                                                     const AliVCluster *cluster, 
1977                                                     const Double_t mass, 
1978                                                     const Double_t step, 
1979                                                     Float_t &tmpEta, 
1980                                                     Float_t &tmpPhi)
1981 {
1982   //
1983   //Return the residual by extrapolating a track param to a cluster
1984   //
1985   tmpEta = -999;
1986   tmpPhi = -999;
1987   if(!cluster || !trkParam) return kFALSE;
1988
1989   Float_t clsPos[3] = {0.,0.,0.};
1990   cluster->GetPosition(clsPos);
1991
1992   return ExtrapolateTrackToPosition(trkParam, clsPos, mass, step, tmpEta, tmpPhi);
1993 }
1994
1995 //---------------------------------------------------------------------------------
1996 Bool_t AliEMCALRecoUtils::ExtrapolateTrackToCluster(AliExternalTrackParam *trkParam, 
1997                                                     const AliVCluster *cluster, 
1998                                                     Float_t &tmpEta, 
1999                                                     Float_t &tmpPhi)
2000 {
2001   //
2002   //Return the residual by extrapolating a track param to a clusterfStepCluster
2003   //
2004
2005   return ExtrapolateTrackToCluster(trkParam, cluster, fMass, fStepCluster, tmpEta, tmpPhi);
2006 }
2007
2008 //_______________________________________________________________________
2009 void AliEMCALRecoUtils::GetMatchedResiduals(const Int_t clsIndex, 
2010                                             Float_t &dEta, Float_t &dPhi)
2011 {
2012   //Given a cluster index as in AliESDEvent::GetCaloCluster(clsIndex)
2013   //Get the residuals dEta and dPhi for this cluster to the closest track
2014   //Works with ESDs and AODs
2015
2016   if( FindMatchedPosForCluster(clsIndex) >= 999 )
2017   {
2018     AliDebug(2,"No matched tracks found!\n");
2019     dEta=999.;
2020     dPhi=999.;
2021     return;
2022   }
2023   dEta = fResidualEta->At(FindMatchedPosForCluster(clsIndex));
2024   dPhi = fResidualPhi->At(FindMatchedPosForCluster(clsIndex));
2025 }
2026
2027 //______________________________________________________________________________________________
2028 void AliEMCALRecoUtils::GetMatchedClusterResiduals(Int_t trkIndex, Float_t &dEta, Float_t &dPhi)
2029 {
2030   //Given a track index as in AliESDEvent::GetTrack(trkIndex)
2031   //Get the residuals dEta and dPhi for this track to the closest cluster
2032   //Works with ESDs and AODs
2033
2034   if( FindMatchedPosForTrack(trkIndex) >= 999 )
2035   {
2036     AliDebug(2,"No matched cluster found!\n");
2037     dEta=999.;
2038     dPhi=999.;
2039     return;
2040   }
2041   dEta = fResidualEta->At(FindMatchedPosForTrack(trkIndex));
2042   dPhi = fResidualPhi->At(FindMatchedPosForTrack(trkIndex));
2043 }
2044
2045 //__________________________________________________________
2046 Int_t AliEMCALRecoUtils::GetMatchedTrackIndex(Int_t clsIndex)
2047 {
2048   //Given a cluster index as in AliESDEvent::GetCaloCluster(clsIndex)
2049   //Get the index of matched track to this cluster
2050   //Works with ESDs and AODs
2051   
2052   if(IsClusterMatched(clsIndex))
2053     return fMatchedTrackIndex->At(FindMatchedPosForCluster(clsIndex));
2054   else 
2055     return -1; 
2056 }
2057
2058 //__________________________________________________________
2059 Int_t AliEMCALRecoUtils::GetMatchedClusterIndex(Int_t trkIndex)
2060 {
2061   //Given a track index as in AliESDEvent::GetTrack(trkIndex)
2062   //Get the index of matched cluster to this track
2063   //Works with ESDs and AODs
2064   
2065   if(IsTrackMatched(trkIndex))
2066     return fMatchedClusterIndex->At(FindMatchedPosForTrack(trkIndex));
2067   else 
2068     return -1; 
2069 }
2070
2071 //______________________________________________________________
2072 Bool_t AliEMCALRecoUtils::IsClusterMatched(Int_t clsIndex) const
2073 {
2074   //Given a cluster index as in AliESDEvent::GetCaloCluster(clsIndex)
2075   //Returns if the cluster has a match
2076   if(FindMatchedPosForCluster(clsIndex) < 999) 
2077     return kTRUE;
2078   else
2079     return kFALSE;
2080 }
2081
2082 //____________________________________________________________
2083 Bool_t AliEMCALRecoUtils::IsTrackMatched(Int_t trkIndex) const 
2084 {
2085   //Given a track index as in AliESDEvent::GetTrack(trkIndex)
2086   //Returns if the track has a match
2087   if(FindMatchedPosForTrack(trkIndex) < 999) 
2088     return kTRUE;
2089   else
2090     return kFALSE;
2091 }
2092
2093 //______________________________________________________________________
2094 UInt_t AliEMCALRecoUtils::FindMatchedPosForCluster(Int_t clsIndex) const
2095 {
2096   //Given a cluster index as in AliESDEvent::GetCaloCluster(clsIndex)
2097   //Returns the position of the match in the fMatchedClusterIndex array
2098   Float_t tmpR = fCutR;
2099   UInt_t pos = 999;
2100   
2101   for(Int_t i=0; i<fMatchedClusterIndex->GetSize(); i++) 
2102   {
2103     if(fMatchedClusterIndex->At(i)==clsIndex) 
2104     {
2105       Float_t r = TMath::Sqrt(fResidualEta->At(i)*fResidualEta->At(i) + fResidualPhi->At(i)*fResidualPhi->At(i));
2106       if(r<tmpR) 
2107       {
2108         pos=i;
2109         tmpR=r;
2110         AliDebug(3,Form("Matched cluster index: index: %d, dEta: %2.4f, dPhi: %2.4f.\n",
2111                         fMatchedClusterIndex->At(i),fResidualEta->At(i),fResidualPhi->At(i)));
2112       }
2113     }
2114   }
2115   return pos;
2116 }
2117
2118 //____________________________________________________________________
2119 UInt_t AliEMCALRecoUtils::FindMatchedPosForTrack(Int_t trkIndex) const
2120 {
2121   //Given a track index as in AliESDEvent::GetTrack(trkIndex)
2122   //Returns the position of the match in the fMatchedTrackIndex array
2123   Float_t tmpR = fCutR;
2124   UInt_t pos = 999;
2125   
2126   for(Int_t i=0; i<fMatchedTrackIndex->GetSize(); i++) 
2127   {
2128     if(fMatchedTrackIndex->At(i)==trkIndex) 
2129     {
2130       Float_t r = TMath::Sqrt(fResidualEta->At(i)*fResidualEta->At(i) + fResidualPhi->At(i)*fResidualPhi->At(i));
2131       if(r<tmpR) 
2132       {
2133         pos=i;
2134         tmpR=r;
2135         AliDebug(3,Form("Matched track index: index: %d, dEta: %2.4f, dPhi: %2.4f.\n",
2136                         fMatchedTrackIndex->At(i),fResidualEta->At(i),fResidualPhi->At(i)));
2137       }
2138     }
2139   }
2140   return pos;
2141 }
2142
2143 //__________________________________________________________________________
2144 Bool_t AliEMCALRecoUtils::IsGoodCluster(AliVCluster *cluster, 
2145                                         const AliEMCALGeometry *geom, 
2146                                         AliVCaloCells* cells,const Int_t bc)
2147 {
2148   // check if the cluster survives some quality cut
2149   //
2150   //
2151   Bool_t isGood=kTRUE;
2152
2153   if(!cluster || !cluster->IsEMCAL())              return kFALSE;
2154   
2155   if(ClusterContainsBadChannel(geom,cluster->GetCellsAbsId(),cluster->GetNCells())) return kFALSE;
2156   
2157   if(!CheckCellFiducialRegion(geom,cluster,cells)) return kFALSE;
2158   
2159   if(IsExoticCluster(cluster, cells,bc))           return kFALSE;
2160
2161   return isGood;
2162 }
2163
2164 //__________________________________________________________
2165 Bool_t AliEMCALRecoUtils::IsAccepted(AliESDtrack *esdTrack)
2166 {
2167   // Given a esd track, return whether the track survive all the cuts
2168
2169   // The different quality parameter are first
2170   // retrieved from the track. then it is found out what cuts the
2171   // track did not survive and finally the cuts are imposed.
2172
2173   UInt_t status = esdTrack->GetStatus();
2174
2175   Int_t nClustersITS = esdTrack->GetITSclusters(0);
2176   Int_t nClustersTPC = esdTrack->GetTPCclusters(0);
2177
2178   Float_t chi2PerClusterITS = -1;
2179   Float_t chi2PerClusterTPC = -1;
2180   if (nClustersITS!=0)
2181     chi2PerClusterITS = esdTrack->GetITSchi2()/Float_t(nClustersITS);
2182   if (nClustersTPC!=0) 
2183     chi2PerClusterTPC = esdTrack->GetTPCchi2()/Float_t(nClustersTPC);
2184
2185
2186   //DCA cuts
2187   if(fTrackCutsType==kGlobalCut)
2188     {
2189       Float_t maxDCAToVertexXYPtDep = 0.0182 + 0.0350/TMath::Power(esdTrack->Pt(),1.01); //This expression comes from AliESDtrackCuts::GetStandardITSTPCTrackCuts2010()
2190       //AliDebug(3,Form("Track pT = %f, DCAtoVertexXY = %f",esdTrack->Pt(),MaxDCAToVertexXYPtDep));
2191       SetMaxDCAToVertexXY(maxDCAToVertexXYPtDep); //Set pT dependent DCA cut to vertex in x-y plane
2192     }
2193
2194
2195   Float_t b[2];
2196   Float_t bCov[3];
2197   esdTrack->GetImpactParameters(b,bCov);
2198   if (bCov[0]<=0 || bCov[2]<=0) 
2199   {
2200     AliDebug(1, "Estimated b resolution lower or equal zero!");
2201     bCov[0]=0; bCov[2]=0;
2202   }
2203
2204   Float_t dcaToVertexXY = b[0];
2205   Float_t dcaToVertexZ = b[1];
2206   Float_t dcaToVertex = -1;
2207
2208   if (fCutDCAToVertex2D)
2209     dcaToVertex = TMath::Sqrt(dcaToVertexXY*dcaToVertexXY/fCutMaxDCAToVertexXY/fCutMaxDCAToVertexXY + dcaToVertexZ*dcaToVertexZ/fCutMaxDCAToVertexZ/fCutMaxDCAToVertexZ);
2210   else
2211     dcaToVertex = TMath::Sqrt(dcaToVertexXY*dcaToVertexXY + dcaToVertexZ*dcaToVertexZ);
2212     
2213   // cut the track?
2214   
2215   Bool_t cuts[kNCuts];
2216   for (Int_t i=0; i<kNCuts; i++) cuts[i]=kFALSE;
2217   
2218   // track quality cuts
2219   if (fCutRequireTPCRefit && (status&AliESDtrack::kTPCrefit)==0)
2220     cuts[0]=kTRUE;
2221   if (fCutRequireITSRefit && (status&AliESDtrack::kITSrefit)==0)
2222     cuts[1]=kTRUE;
2223   if (nClustersTPC<fCutMinNClusterTPC)
2224     cuts[2]=kTRUE;
2225   if (nClustersITS<fCutMinNClusterITS) 
2226     cuts[3]=kTRUE;
2227   if (chi2PerClusterTPC>fCutMaxChi2PerClusterTPC) 
2228     cuts[4]=kTRUE; 
2229   if (chi2PerClusterITS>fCutMaxChi2PerClusterITS) 
2230     cuts[5]=kTRUE;  
2231   if (!fCutAcceptKinkDaughters && esdTrack->GetKinkIndex(0)>0)
2232     cuts[6]=kTRUE;
2233   if (fCutDCAToVertex2D && dcaToVertex > 1)
2234     cuts[7] = kTRUE;
2235   if (!fCutDCAToVertex2D && TMath::Abs(dcaToVertexXY) > fCutMaxDCAToVertexXY)
2236     cuts[8] = kTRUE;
2237   if (!fCutDCAToVertex2D && TMath::Abs(dcaToVertexZ) > fCutMaxDCAToVertexZ)
2238     cuts[9] = kTRUE;
2239
2240   if(fTrackCutsType==kGlobalCut)
2241     {
2242       //Require at least one SPD point + anything else in ITS
2243       if( (esdTrack->HasPointOnITSLayer(0) || esdTrack->HasPointOnITSLayer(1)) == kFALSE)
2244   cuts[10] = kTRUE;
2245     }
2246
2247   Bool_t cut=kFALSE;
2248   for (Int_t i=0; i<kNCuts; i++)
2249     if (cuts[i]) { cut = kTRUE ; }
2250
2251     // cut the track
2252   if (cut) 
2253     return kFALSE;
2254   else 
2255     return kTRUE;
2256 }
2257
2258 //_____________________________________
2259 void AliEMCALRecoUtils::InitTrackCuts()
2260 {
2261   //Intilize the track cut criteria
2262   //By default these cuts are set according to AliESDtrackCuts::GetStandardTPCOnlyTrackCuts()
2263   //Also you can customize the cuts using the setters
2264   
2265   switch (fTrackCutsType)
2266   {
2267     case kTPCOnlyCut:
2268     {
2269       AliInfo(Form("Track cuts for matching: GetStandardTPCOnlyTrackCuts()"));
2270       //TPC
2271       SetMinNClustersTPC(70);
2272       SetMaxChi2PerClusterTPC(4);
2273       SetAcceptKinkDaughters(kFALSE);
2274       SetRequireTPCRefit(kFALSE);
2275       
2276       //ITS
2277       SetRequireITSRefit(kFALSE);
2278       SetMaxDCAToVertexZ(3.2);
2279       SetMaxDCAToVertexXY(2.4);
2280       SetDCAToVertex2D(kTRUE);
2281       
2282       break;
2283     }
2284       
2285     case kGlobalCut:
2286     {
2287       AliInfo(Form("Track cuts for matching: GetStandardITSTPCTrackCuts2010(kTURE)"));
2288       //TPC
2289       SetMinNClustersTPC(70);
2290       SetMaxChi2PerClusterTPC(4);
2291       SetAcceptKinkDaughters(kFALSE);
2292       SetRequireTPCRefit(kTRUE);
2293       
2294       //ITS
2295       SetRequireITSRefit(kTRUE);
2296       SetMaxDCAToVertexZ(2);
2297       SetMaxDCAToVertexXY();
2298       SetDCAToVertex2D(kFALSE);
2299       
2300       break;
2301     }
2302       
2303     case kLooseCut:
2304     {
2305       AliInfo(Form("Track cuts for matching: Loose cut w/o DCA cut"));
2306       SetMinNClustersTPC(50);
2307       SetAcceptKinkDaughters(kTRUE);
2308       
2309       break;
2310     }
2311   }
2312 }
2313
2314
2315 //________________________________________________________________________
2316 void AliEMCALRecoUtils::SetClusterMatchedToTrack(const AliVEvent *event)
2317 {
2318   // Checks if tracks are matched to EMC clusters and set the matched EMCAL cluster index to ESD track. 
2319
2320   Int_t nTracks = event->GetNumberOfTracks();
2321   for (Int_t iTrack = 0; iTrack < nTracks; ++iTrack) 
2322   {
2323     AliVTrack* track = dynamic_cast<AliVTrack*>(event->GetTrack(iTrack));
2324     if (!track) 
2325     {
2326       AliWarning(Form("Could not receive track %d", iTrack));
2327       continue;
2328     }
2329     
2330     Int_t matchClusIndex = GetMatchedClusterIndex(iTrack);       
2331     track->SetEMCALcluster(matchClusIndex); //sets -1 if track not matched within residual
2332     /*the following can be done better if AliVTrack::SetStatus will be there. Patch pending with Andreas/Peter*/
2333     AliESDtrack* esdtrack = dynamic_cast<AliESDtrack*>(track);
2334     if (esdtrack) { 
2335       if(matchClusIndex != -1) 
2336         esdtrack->SetStatus(AliESDtrack::kEMCALmatch);
2337       else
2338         esdtrack->ResetStatus(AliESDtrack::kEMCALmatch);
2339     } else {
2340       AliAODTrack* aodtrack = dynamic_cast<AliAODTrack*>(track);
2341       if(matchClusIndex != -1) 
2342         aodtrack->SetStatus(AliESDtrack::kEMCALmatch);
2343       else
2344         aodtrack->ResetStatus(AliESDtrack::kEMCALmatch);
2345     }
2346
2347   }
2348   AliDebug(2,"Track matched to closest cluster");  
2349 }
2350
2351 //_________________________________________________________________________
2352 void AliEMCALRecoUtils::SetTracksMatchedToCluster(const AliVEvent *event)
2353 {
2354   // Checks if EMC clusters are matched to ESD track.
2355   // Adds track indexes of all the tracks matched to a cluster withing residuals in ESDCalocluster.
2356   
2357   for (Int_t iClus=0; iClus < event->GetNumberOfCaloClusters(); ++iClus) 
2358   {
2359     AliVCluster *cluster = event->GetCaloCluster(iClus);
2360     if (!cluster->IsEMCAL()) 
2361       continue;
2362     
2363     Int_t nTracks = event->GetNumberOfTracks();
2364     TArrayI arrayTrackMatched(nTracks);
2365     
2366     // Get the closest track matched to the cluster
2367     Int_t nMatched = 0;
2368     Int_t matchTrackIndex = GetMatchedTrackIndex(iClus);
2369     if (matchTrackIndex != -1) 
2370     {
2371       arrayTrackMatched[nMatched] = matchTrackIndex;
2372       nMatched++;
2373     }
2374     
2375     // Get all other tracks matched to the cluster
2376     for(Int_t iTrk=0; iTrk<nTracks; ++iTrk) 
2377     {
2378       AliVTrack* track = dynamic_cast<AliVTrack*>(event->GetTrack(iTrk));
2379       if(iTrk == matchTrackIndex) continue;
2380       if(track->GetEMCALcluster() == iClus)
2381       {
2382         arrayTrackMatched[nMatched] = iTrk;
2383         ++nMatched;
2384       }
2385     }
2386     
2387     //printf("Tender::SetTracksMatchedToCluster - cluster E %f, N matches %d, first match %d\n",cluster->E(),nMatched,arrayTrackMatched[0]);
2388     
2389     arrayTrackMatched.Set(nMatched);
2390     AliESDCaloCluster *esdcluster = dynamic_cast<AliESDCaloCluster*>(cluster);
2391     if (esdcluster) 
2392       esdcluster->AddTracksMatched(arrayTrackMatched);
2393     else if (nMatched>0) {
2394       AliAODCaloCluster *aodcluster = dynamic_cast<AliAODCaloCluster*>(cluster);
2395       if (aodcluster)
2396         aodcluster->AddTrackMatched(event->GetTrack(arrayTrackMatched.At(0)));
2397     }
2398     
2399     Float_t eta= -999, phi = -999;
2400     if (matchTrackIndex != -1) 
2401       GetMatchedResiduals(iClus, eta, phi);
2402     cluster->SetTrackDistance(phi, eta);
2403   }
2404   
2405   AliDebug(2,"Cluster matched to tracks");  
2406 }
2407
2408 //___________________________________________________
2409 void AliEMCALRecoUtils::Print(const Option_t *) const 
2410 {
2411   // Print Parameters
2412   
2413   printf("AliEMCALRecoUtils Settings: \n");
2414   printf("Misalignment shifts\n");
2415   for(Int_t i=0; i<5; i++) printf("\t sector %d, traslation (x,y,z)=(%f,%f,%f), rotation (x,y,z)=(%f,%f,%f)\n",i, 
2416                                   fMisalTransShift[i*3],fMisalTransShift[i*3+1],fMisalTransShift[i*3+2],
2417                                   fMisalRotShift[i*3],  fMisalRotShift[i*3+1],  fMisalRotShift[i*3+2]   );
2418   printf("Non linearity function %d, parameters:\n", fNonLinearityFunction);
2419   for(Int_t i=0; i<6; i++) printf("param[%d]=%f\n",i, fNonLinearityParams[i]);
2420   
2421   printf("Position Recalculation option %d, Particle Type %d, fW0 %2.2f, Recalibrate Data %d \n",fPosAlgo,fParticleType,fW0, fRecalibration);
2422
2423   printf("Matching criteria: ");
2424   if(fCutEtaPhiSum)
2425     {
2426       printf("sqrt(dEta^2+dPhi^2)<%4.3f\n",fCutR);
2427     }
2428   else if(fCutEtaPhiSeparate)
2429     {
2430       printf("dEta<%4.3f, dPhi<%4.3f\n",fCutEta,fCutPhi);
2431     }
2432   else
2433     {
2434       printf("Error\n");
2435       printf("please specify your cut criteria\n");
2436       printf("To cut on sqrt(dEta^2+dPhi^2), use: SwitchOnCutEtaPhiSum()\n");
2437       printf("To cut on dEta and dPhi separately, use: SwitchOnCutEtaPhiSeparate()\n");
2438     }
2439
2440   printf("Mass hypothesis = %2.3f [GeV/c^2], extrapolation step to surface = %2.2f[cm], step to cluster = %2.2f[cm]\n",fMass,fStepSurface, fStepCluster);
2441   printf("Cluster selection window: dR < %2.0f\n",fClusterWindow);
2442
2443   printf("Track cuts: \n");
2444   printf("Minimum track pT: %1.2f\n",fCutMinTrackPt);
2445   printf("AOD track selection mask: %d\n",fAODFilterMask);
2446   printf("TPCRefit = %d, ITSRefit = %d\n",fCutRequireTPCRefit,fCutRequireITSRefit);
2447   printf("AcceptKinks = %d\n",fCutAcceptKinkDaughters);
2448   printf("MinNCulsterTPC = %d, MinNClusterITS = %d\n",fCutMinNClusterTPC,fCutMinNClusterITS);
2449   printf("MaxChi2TPC = %2.2f, MaxChi2ITS = %2.2f\n",fCutMaxChi2PerClusterTPC,fCutMaxChi2PerClusterITS);
2450   printf("DCSToVertex2D = %d, MaxDCAToVertexXY = %2.2f, MaxDCAToVertexZ = %2.2f\n",fCutDCAToVertex2D,fCutMaxDCAToVertexXY,fCutMaxDCAToVertexZ);
2451 }
2452