EMCAL/AliEMCALRecoUtils.cxx

   1 /**************************************************************************
   2  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
   3  *                                                                        *
   4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
   5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
   6  *                                                                        *
   7  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
   8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
   9  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
  10  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
  11  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
  12  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
  13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
  14  **************************************************************************/
  15
  16 /* $Id: AliEMCALRecoUtils.cxx | Sun Dec 8 06:56:48 2013 +0100 | Constantin Loizides  $ */
  17
  18 ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
  19 //
  20 // Class AliEMCALRecoUtils
  21 // Some utilities to recalculate the cluster position or energy linearity
  22 //
  23 //
  24 // Author:  Gustavo Conesa (LPSC- Grenoble)
  25 //          Track matching part: Rongrong Ma (Yale)
  26
  27 ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
  28 // --- standard c ---
  29
  30 // standard C++ includes
  31 //#include <Riostream.h>
  32
  33 // ROOT includes
  34 #include <TGeoManager.h>
  35 #include <TGeoMatrix.h>
  36 #include <TGeoBBox.h>
  37 #include <TH2F.h>
  38 #include <TArrayI.h>
  39 #include <TArrayF.h>
  40 #include <TObjArray.h>
  41
  42 // STEER includes
  43 #include "AliVCluster.h"
  44 #include "AliVCaloCells.h"
  45 #include "AliLog.h"
  46 #include "AliPID.h"
  47 #include "AliESDEvent.h"
  48 #include "AliAODEvent.h"
  49 #include "AliESDtrack.h"
  50 #include "AliAODTrack.h"
  51 #include "AliExternalTrackParam.h"
  52 #include "AliESDfriendTrack.h"
  53 #include "AliTrackerBase.h"
  54
  55 // EMCAL includes
  56 #include "AliEMCALRecoUtils.h"
  57 #include "AliEMCALGeometry.h"
  58 #include "AliTrackerBase.h"
  59 #include "AliEMCALPIDUtils.h"
  60
  61 ClassImp(AliEMCALRecoUtils)
  62
  63 //_____________________________________
  64 AliEMCALRecoUtils::AliEMCALRecoUtils():
  65   fParticleType(0),                       fPosAlgo(0),                            fW0(0),
  66   fNonLinearityFunction(0),               fNonLinearThreshold(0),
  67   fSmearClusterEnergy(kFALSE),            fRandom(),
  68   fCellsRecalibrated(kFALSE),             fRecalibration(kFALSE),                 fEMCALRecalibrationFactors(),
  69   fTimeRecalibration(kFALSE),             fEMCALTimeRecalibrationFactors(),       fUseRunCorrectionFactors(kFALSE),
  70   fRemoveBadChannels(kFALSE),             fRecalDistToBadChannels(kFALSE),        fEMCALBadChannelMap(),
  71   fNCellsFromEMCALBorder(0),              fNoEMCALBorderAtEta0(kTRUE),
  72   fRejectExoticCluster(kFALSE),           fRejectExoticCells(kFALSE),
  73   fExoticCellFraction(0),                 fExoticCellDiffTime(0),                 fExoticCellMinAmplitude(0),
  74   fPIDUtils(),                            fAODFilterMask(0),
  75   fAODHybridTracks(0),                    fAODTPCOnlyTracks(0),
  76   fMatchedTrackIndex(0x0),                fMatchedClusterIndex(0x0),
  77   fResidualEta(0x0), fResidualPhi(0x0),   fCutEtaPhiSum(kFALSE),                  fCutEtaPhiSeparate(kFALSE),
  78   fCutR(0),                               fCutEta(0),                             fCutPhi(0),
  79   fClusterWindow(0),                      fMass(0),
  80   fStepSurface(0),                        fStepCluster(0),
  81   fITSTrackSA(kFALSE),                    fEMCalSurfaceDistance(430.),
  82   fTrackCutsType(0),                      fCutMinTrackPt(0),                      fCutMinNClusterTPC(0),
  83   fCutMinNClusterITS(0),                  fCutMaxChi2PerClusterTPC(0),            fCutMaxChi2PerClusterITS(0),
  84   fCutRequireTPCRefit(kFALSE),            fCutRequireITSRefit(kFALSE),            fCutAcceptKinkDaughters(kFALSE),
  85   fCutMaxDCAToVertexXY(0),                fCutMaxDCAToVertexZ(0),                 fCutDCAToVertex2D(kFALSE),
  86   fCutRequireITSStandAlone(kFALSE),       fCutRequireITSpureSA(kFALSE)
  87 {
  88 //
  89   // Constructor.
  90   // Initialize all constant values which have to be used
  91   // during Reco algorithm execution
  92   //
  93
  94   // Init parameters
  95   InitParameters();
  96
  97   //Track matching
  98   fMatchedTrackIndex     = new TArrayI();
  99   fMatchedClusterIndex   = new TArrayI();
 100   fResidualPhi           = new TArrayF();
 101   fResidualEta           = new TArrayF();
 102   fPIDUtils              = new AliEMCALPIDUtils();
 103
 104 }
 105
 106 //______________________________________________________________________
 107 AliEMCALRecoUtils::AliEMCALRecoUtils(const AliEMCALRecoUtils & reco)
 108 : TNamed(reco),
 109   fParticleType(reco.fParticleType),                         fPosAlgo(reco.fPosAlgo),     fW0(reco.fW0),
 110   fNonLinearityFunction(reco.fNonLinearityFunction),         fNonLinearThreshold(reco.fNonLinearThreshold),
 111   fSmearClusterEnergy(reco.fSmearClusterEnergy),             fRandom(),
 112   fCellsRecalibrated(reco.fCellsRecalibrated),
 113   fRecalibration(reco.fRecalibration),                       fEMCALRecalibrationFactors(reco.fEMCALRecalibrationFactors),
 114   fTimeRecalibration(reco.fTimeRecalibration),               fEMCALTimeRecalibrationFactors(reco.fEMCALTimeRecalibrationFactors),
 115   fUseRunCorrectionFactors(reco.fUseRunCorrectionFactors),
 116   fRemoveBadChannels(reco.fRemoveBadChannels),               fRecalDistToBadChannels(reco.fRecalDistToBadChannels),
 117   fEMCALBadChannelMap(reco.fEMCALBadChannelMap),
 118   fNCellsFromEMCALBorder(reco.fNCellsFromEMCALBorder),       fNoEMCALBorderAtEta0(reco.fNoEMCALBorderAtEta0),
 119   fRejectExoticCluster(reco.fRejectExoticCluster),           fRejectExoticCells(reco.fRejectExoticCells),
 120   fExoticCellFraction(reco.fExoticCellFraction),             fExoticCellDiffTime(reco.fExoticCellDiffTime),
 121   fExoticCellMinAmplitude(reco.fExoticCellMinAmplitude),
 122   fPIDUtils(reco.fPIDUtils),                                 fAODFilterMask(reco.fAODFilterMask),
 123   fAODHybridTracks(reco.fAODHybridTracks),                   fAODTPCOnlyTracks(reco.fAODTPCOnlyTracks),
 124   fMatchedTrackIndex(  reco.fMatchedTrackIndex?  new TArrayI(*reco.fMatchedTrackIndex):0x0),
 125   fMatchedClusterIndex(reco.fMatchedClusterIndex?new TArrayI(*reco.fMatchedClusterIndex):0x0),
 126   fResidualEta(        reco.fResidualEta?        new TArrayF(*reco.fResidualEta):0x0),
 127   fResidualPhi(        reco.fResidualPhi?        new TArrayF(*reco.fResidualPhi):0x0),
 128   fCutEtaPhiSum(reco.fCutEtaPhiSum),                         fCutEtaPhiSeparate(reco.fCutEtaPhiSeparate),
 129   fCutR(reco.fCutR),        fCutEta(reco.fCutEta),           fCutPhi(reco.fCutPhi),
 130   fClusterWindow(reco.fClusterWindow),
 131   fMass(reco.fMass),        fStepSurface(reco.fStepSurface), fStepCluster(reco.fStepCluster),
 132   fITSTrackSA(reco.fITSTrackSA),                             fEMCalSurfaceDistance(430.),
 133   fTrackCutsType(reco.fTrackCutsType),                       fCutMinTrackPt(reco.fCutMinTrackPt),
 134   fCutMinNClusterTPC(reco.fCutMinNClusterTPC),               fCutMinNClusterITS(reco.fCutMinNClusterITS),
 135   fCutMaxChi2PerClusterTPC(reco.fCutMaxChi2PerClusterTPC),   fCutMaxChi2PerClusterITS(reco.fCutMaxChi2PerClusterITS),
 136   fCutRequireTPCRefit(reco.fCutRequireTPCRefit),             fCutRequireITSRefit(reco.fCutRequireITSRefit),
 137   fCutAcceptKinkDaughters(reco.fCutAcceptKinkDaughters),     fCutMaxDCAToVertexXY(reco.fCutMaxDCAToVertexXY),
 138   fCutMaxDCAToVertexZ(reco.fCutMaxDCAToVertexZ),             fCutDCAToVertex2D(reco.fCutDCAToVertex2D),
 139   fCutRequireITSStandAlone(reco.fCutRequireITSStandAlone),   fCutRequireITSpureSA(reco.fCutRequireITSpureSA)
 140 {
 141   //Copy ctor
 142
 143   for(Int_t i = 0; i < 15 ; i++) { fMisalRotShift[i]      = reco.fMisalRotShift[i]      ;
 144                                    fMisalTransShift[i]    = reco.fMisalTransShift[i]    ; }
 145   for(Int_t i = 0; i < 7  ; i++) { fNonLinearityParams[i] = reco.fNonLinearityParams[i] ; }
 146   for(Int_t i = 0; i < 3  ; i++) { fSmearClusterParam[i]  = reco.fSmearClusterParam[i]  ; }
 147
 148 }
 149
 150
 151 //______________________________________________________________________
 152 AliEMCALRecoUtils & AliEMCALRecoUtils::operator = (const AliEMCALRecoUtils & reco)
 153 {
 154   //Assignment operator
 155
 156   if(this == &reco)return *this;
 157   ((TNamed *)this)->operator=(reco);
 158
 159   for(Int_t i = 0; i < 15 ; i++) { fMisalTransShift[i]    = reco.fMisalTransShift[i]    ;
 160                                    fMisalRotShift[i]      = reco.fMisalRotShift[i]      ; }
 161   for(Int_t i = 0; i < 7  ; i++) { fNonLinearityParams[i] = reco.fNonLinearityParams[i] ; }
 162   for(Int_t i = 0; i < 3  ; i++) { fSmearClusterParam[i]  = reco.fSmearClusterParam[i]  ; }
 163
 164   fParticleType              = reco.fParticleType;
 165   fPosAlgo                   = reco.fPosAlgo;
 166   fW0                        = reco.fW0;
 167
 168   fNonLinearityFunction      = reco.fNonLinearityFunction;
 169   fNonLinearThreshold        = reco.fNonLinearThreshold;
 170   fSmearClusterEnergy        = reco.fSmearClusterEnergy;
 171
 172   fCellsRecalibrated         = reco.fCellsRecalibrated;
 173   fRecalibration             = reco.fRecalibration;
 174   fEMCALRecalibrationFactors = reco.fEMCALRecalibrationFactors;
 175
 176   fTimeRecalibration             = reco.fTimeRecalibration;
 177   fEMCALTimeRecalibrationFactors = reco.fEMCALTimeRecalibrationFactors;
 178
 179   fUseRunCorrectionFactors   = reco.fUseRunCorrectionFactors;
 180
 181   fRemoveBadChannels         = reco.fRemoveBadChannels;
 182   fRecalDistToBadChannels    = reco.fRecalDistToBadChannels;
 183   fEMCALBadChannelMap        = reco.fEMCALBadChannelMap;
 184
 185   fNCellsFromEMCALBorder     = reco.fNCellsFromEMCALBorder;
 186   fNoEMCALBorderAtEta0       = reco.fNoEMCALBorderAtEta0;
 187
 188   fRejectExoticCluster       = reco.fRejectExoticCluster;
 189   fRejectExoticCells         = reco.fRejectExoticCells;
 190   fExoticCellFraction        = reco.fExoticCellFraction;
 191   fExoticCellDiffTime        = reco.fExoticCellDiffTime;
 192   fExoticCellMinAmplitude    = reco.fExoticCellMinAmplitude;
 193
 194   fPIDUtils                  = reco.fPIDUtils;
 195
 196   fAODFilterMask             = reco.fAODFilterMask;
 197   fAODHybridTracks           = reco.fAODHybridTracks;
 198   fAODTPCOnlyTracks          = reco.fAODTPCOnlyTracks;
 199
 200   fCutEtaPhiSum              = reco.fCutEtaPhiSum;
 201   fCutEtaPhiSeparate         = reco.fCutEtaPhiSeparate;
 202   fCutR                      = reco.fCutR;
 203   fCutEta                    = reco.fCutEta;
 204   fCutPhi                    = reco.fCutPhi;
 205   fClusterWindow             = reco.fClusterWindow;
 206   fMass                      = reco.fMass;
 207   fStepSurface               = reco.fStepSurface;
 208   fStepCluster               = reco.fStepCluster;
 209   fITSTrackSA                = reco.fITSTrackSA;
 210   fEMCalSurfaceDistance      = reco.fEMCalSurfaceDistance;
 211
 212   fTrackCutsType             = reco.fTrackCutsType;
 213   fCutMinTrackPt             = reco.fCutMinTrackPt;
 214   fCutMinNClusterTPC         = reco.fCutMinNClusterTPC;
 215   fCutMinNClusterITS         = reco.fCutMinNClusterITS;
 216   fCutMaxChi2PerClusterTPC   = reco.fCutMaxChi2PerClusterTPC;
 217   fCutMaxChi2PerClusterITS   = reco.fCutMaxChi2PerClusterITS;
 218   fCutRequireTPCRefit        = reco.fCutRequireTPCRefit;
 219   fCutRequireITSRefit        = reco.fCutRequireITSRefit;
 220   fCutAcceptKinkDaughters    = reco.fCutAcceptKinkDaughters;
 221   fCutMaxDCAToVertexXY       = reco.fCutMaxDCAToVertexXY;
 222   fCutMaxDCAToVertexZ        = reco.fCutMaxDCAToVertexZ;
 223   fCutDCAToVertex2D          = reco.fCutDCAToVertex2D;
 224   fCutRequireITSStandAlone   = reco.fCutRequireITSStandAlone;
 225   fCutRequireITSpureSA       = reco.fCutRequireITSpureSA;
 226   if(reco.fResidualEta)
 227   {
 228     // assign or copy construct
 229     if(fResidualEta)
 230     {
 231       *fResidualEta = *reco.fResidualEta;
 232     }
 233     else
 234     {
 235       fResidualEta = new TArrayF(*reco.fResidualEta);
 236     }
 237   }
 238   else
 239   {
 240     if(fResidualEta)delete fResidualEta;
 241     fResidualEta = 0;
 242   }
 243
 244   if(reco.fResidualPhi)
 245   {
 246     // assign or copy construct
 247     if(fResidualPhi)
 248     {
 249       *fResidualPhi = *reco.fResidualPhi;
 250     }
 251     else
 252     {
 253       fResidualPhi = new TArrayF(*reco.fResidualPhi);
 254     }
 255   }
 256   else
 257   {
 258     if(fResidualPhi)delete fResidualPhi;
 259     fResidualPhi = 0;
 260   }
 261
 262   if(reco.fMatchedTrackIndex)
 263   {
 264     // assign or copy construct
 265     if(fMatchedTrackIndex)
 266     {
 267       *fMatchedTrackIndex = *reco.fMatchedTrackIndex;
 268     }
 269     else
 270     {
 271       fMatchedTrackIndex = new TArrayI(*reco.fMatchedTrackIndex);
 272     }
 273   }
 274   else
 275   {
 276     if(fMatchedTrackIndex)delete fMatchedTrackIndex;
 277     fMatchedTrackIndex = 0;
 278   }
 279
 280   if(reco.fMatchedClusterIndex)
 281   {
 282     // assign or copy construct
 283     if(fMatchedClusterIndex)
 284     {
 285       *fMatchedClusterIndex = *reco.fMatchedClusterIndex;
 286     }
 287     else
 288     {
 289       fMatchedClusterIndex = new TArrayI(*reco.fMatchedClusterIndex);
 290     }
 291   }
 292   else
 293   {
 294     if(fMatchedClusterIndex)delete fMatchedClusterIndex;
 295     fMatchedClusterIndex = 0;
 296   }
 297
 298   return *this;
 299 }
 300
 301
 302 //_____________________________________
 303 AliEMCALRecoUtils::~AliEMCALRecoUtils()
 304 {
 305   //Destructor.
 306
 307   if(fEMCALRecalibrationFactors)
 308   {
 309     fEMCALRecalibrationFactors->Clear();
 310     delete fEMCALRecalibrationFactors;
 311   }
 312
 313   if(fEMCALTimeRecalibrationFactors)
 314   {
 315     fEMCALTimeRecalibrationFactors->Clear();
 316     delete fEMCALTimeRecalibrationFactors;
 317   }
 318
 319   if(fEMCALBadChannelMap)
 320   {
 321     fEMCALBadChannelMap->Clear();
 322     delete fEMCALBadChannelMap;
 323   }
 324
 325   delete fMatchedTrackIndex   ;
 326   delete fMatchedClusterIndex ;
 327   delete fResidualEta         ;
 328   delete fResidualPhi         ;
 329   delete fPIDUtils            ;
 330
 331   InitTrackCuts();
 332 }
 333
 334 //_______________________________________________________________________________
 335 Bool_t AliEMCALRecoUtils::AcceptCalibrateCell(const Int_t absID, const Int_t bc,
 336                                               Float_t  & amp,    Double_t & time,
 337                                               AliVCaloCells* cells)
 338 {
 339   // Reject cell if criteria not passed and calibrate it
 340
 341   AliEMCALGeometry* geom = AliEMCALGeometry::GetInstance();
 342
 343   if(absID < 0 || absID >= 24*48*geom->GetNumberOfSuperModules()) return kFALSE;
 344
 345   Int_t imod = -1, iphi =-1, ieta=-1,iTower = -1, iIphi = -1, iIeta = -1;
 346
 347   if(!geom->GetCellIndex(absID,imod,iTower,iIphi,iIeta))
 348   {
 349     // cell absID does not exist
 350     amp=0; time = 1.e9;
 351     return kFALSE;
 352   }
 353
 354   geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(imod,iTower,iIphi, iIeta,iphi,ieta);
 355
 356   // Do not include bad channels found in analysis,
 357   if( IsBadChannelsRemovalSwitchedOn() && GetEMCALChannelStatus(imod, ieta, iphi))
 358   {
 359     return kFALSE;
 360   }
 361
 362   //Recalibrate energy
 363   amp  = cells->GetCellAmplitude(absID);
 364   if(!fCellsRecalibrated && IsRecalibrationOn())
 365     amp *= GetEMCALChannelRecalibrationFactor(imod,ieta,iphi);
 366
 367
 368   // Recalibrate time
 369   time = cells->GetCellTime(absID);
 370
 371   RecalibrateCellTime(absID,bc,time);
 372
 373   return kTRUE;
 374 }
 375
 376 //_____________________________________________________________________________
 377 Bool_t AliEMCALRecoUtils::CheckCellFiducialRegion(const AliEMCALGeometry* geom,
 378                                                   const AliVCluster* cluster,
 379                                                   AliVCaloCells* cells)
 380 {
 381   // Given the list of AbsId of the cluster, get the maximum cell and
 382   // check if there are fNCellsFromBorder from the calorimeter border
 383
 384   if(!cluster)
 385   {
 386     AliInfo("Cluster pointer null!");
 387     return kFALSE;
 388   }
 389
 390   //If the distance to the border is 0 or negative just exit accept all clusters
 391   if(cells->GetType()==AliVCaloCells::kEMCALCell && fNCellsFromEMCALBorder <= 0 ) return kTRUE;
 392
 393   Int_t absIdMax  = -1, iSM =-1, ieta = -1, iphi = -1;
 394   Bool_t shared = kFALSE;
 395   GetMaxEnergyCell(geom, cells, cluster, absIdMax,  iSM, ieta, iphi, shared);
 396
 397   AliDebug(2,Form("Cluster Max AbsId %d, Cell Energy %2.2f, Cluster Energy %2.2f, Ncells from border %d, EMCAL eta=0 %d\n",
 398                   absIdMax, cells->GetCellAmplitude(absIdMax), cluster->E(), fNCellsFromEMCALBorder, fNoEMCALBorderAtEta0));
 399
 400   if(absIdMax==-1) return kFALSE;
 401
 402   //Check if the cell is close to the borders:
 403   Bool_t okrow = kFALSE;
 404   Bool_t okcol = kFALSE;
 405
 406   if(iSM < 0 || iphi < 0 || ieta < 0 )
 407   {
 408     AliFatal(Form("Negative value for super module: %d, or cell ieta: %d, or cell iphi: %d, check EMCAL geometry name\n",
 409                   iSM,ieta,iphi));
 410   }
 411
 412   //Check rows/phi
 413   if(iSM < 10)
 414   {
 415     if(iphi >= fNCellsFromEMCALBorder && iphi < 24-fNCellsFromEMCALBorder) okrow =kTRUE;
 416   }
 417   else if (iSM >=10 && ( ( geom->GetEMCGeometry()->GetGeoName()).Contains("12SMV1")))
 418   {
 419     if(iphi >= fNCellsFromEMCALBorder && iphi < 8-fNCellsFromEMCALBorder) okrow =kTRUE; //1/3 sm case
 420   }
 421   else
 422   {
 423     if(iphi >= fNCellsFromEMCALBorder && iphi < 12-fNCellsFromEMCALBorder) okrow =kTRUE; // half SM case
 424   }
 425
 426   //Check columns/eta
 427   if(!fNoEMCALBorderAtEta0)
 428   {
 429     if(ieta  > fNCellsFromEMCALBorder && ieta < 48-fNCellsFromEMCALBorder) okcol =kTRUE;
 430   }
 431   else
 432   {
 433     if(iSM%2==0)
 434     {
 435       if(ieta >= fNCellsFromEMCALBorder)     okcol = kTRUE;
 436     }
 437     else
 438     {
 439       if(ieta <  48-fNCellsFromEMCALBorder)  okcol = kTRUE;
 440     }
 441   }//eta 0 not checked
 442
 443   AliDebug(2,Form("EMCAL Cluster in %d cells fiducial volume: ieta %d, iphi %d, SM %d:  column? %d, row? %d\nq",
 444                   fNCellsFromEMCALBorder, ieta, iphi, iSM, okcol, okrow));
 445
 446   if (okcol && okrow)
 447   {
 448     //printf("Accept\n");
 449     return kTRUE;
 450   }
 451   else
 452   {
 453     //printf("Reject\n");
 454     AliDebug(2,Form("Reject cluster in border, max cell : ieta %d, iphi %d, SM %d\n",ieta, iphi, iSM));
 455     return kFALSE;
 456   }
 457
 458 }
 459
 460
 461 //_______________________________________________________________________________
 462 Bool_t AliEMCALRecoUtils::ClusterContainsBadChannel(const AliEMCALGeometry* geom,
 463                                                     const UShort_t* cellList,
 464                                                     const Int_t nCells)
 465 {
 466   // Check that in the cluster cells, there is no bad channel of those stored
 467   // in fEMCALBadChannelMap or fPHOSBadChannelMap
 468
 469   if(!fRemoveBadChannels)  return kFALSE;
 470   if(!fEMCALBadChannelMap) return kFALSE;
 471
 472   Int_t icol = -1;
 473   Int_t irow = -1;
 474   Int_t imod = -1;
 475   for(Int_t iCell = 0; iCell<nCells; iCell++)
 476   {
 477     //Get the column and row
 478     Int_t iTower = -1, iIphi = -1, iIeta = -1;
 479     geom->GetCellIndex(cellList[iCell],imod,iTower,iIphi,iIeta);
 480     if(fEMCALBadChannelMap->GetEntries() <= imod) continue;
 481     geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(imod,iTower,iIphi, iIeta,irow,icol);
 482     if(GetEMCALChannelStatus(imod, icol, irow))
 483     {
 484       AliDebug(2,Form("Cluster with bad channel: SM %d, col %d, row %d\n",imod, icol, irow));
 485       return kTRUE;
 486     }
 487
 488   }// cell cluster loop
 489
 490   return kFALSE;
 491 }
 492
 493
 494 //___________________________________________________________________________
 495 Float_t AliEMCALRecoUtils::GetECross(const Int_t absID, const Double_t tcell,
 496                                      AliVCaloCells* cells, const Int_t bc)
 497 {
 498   //Calculate the energy in the cross around the energy given cell
 499
 500   AliEMCALGeometry * geom = AliEMCALGeometry::GetInstance();
 501
 502   Int_t imod = -1, iphi =-1, ieta=-1,iTower = -1, iIphi = -1, iIeta = -1;
 503   geom->GetCellIndex(absID,imod,iTower,iIphi,iIeta);
 504   geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(imod,iTower,iIphi, iIeta,iphi,ieta);
 505
 506   //Get close cells index, energy and time, not in corners
 507
 508   Int_t absID1 = -1;
 509   Int_t absID2 = -1;
 510
 511   if( iphi < AliEMCALGeoParams::fgkEMCALRows-1) absID1 = geom-> GetAbsCellIdFromCellIndexes(imod, iphi+1, ieta);
 512   if( iphi > 0 )                                absID2 = geom-> GetAbsCellIdFromCellIndexes(imod, iphi-1, ieta);
 513
 514   // In case of cell in eta = 0 border, depending on SM shift the cross cell index
 515
 516   Int_t absID3 = -1;
 517   Int_t absID4 = -1;
 518
 519   if     ( ieta == AliEMCALGeoParams::fgkEMCALCols-1 && !(imod%2) )
 520   {
 521     absID3 = geom-> GetAbsCellIdFromCellIndexes(imod+1, iphi, 0);
 522     absID4 = geom-> GetAbsCellIdFromCellIndexes(imod,   iphi, ieta-1);
 523   }
 524   else if( ieta == 0 && imod%2 )
 525   {
 526     absID3 = geom-> GetAbsCellIdFromCellIndexes(imod,   iphi, ieta+1);
 527     absID4 = geom-> GetAbsCellIdFromCellIndexes(imod-1, iphi, AliEMCALGeoParams::fgkEMCALCols-1);
 528   }
 529   else
 530   {
 531     if( ieta < AliEMCALGeoParams::fgkEMCALCols-1 )
 532       absID3 = geom-> GetAbsCellIdFromCellIndexes(imod, iphi, ieta+1);
 533     if( ieta > 0 )
 534       absID4 = geom-> GetAbsCellIdFromCellIndexes(imod, iphi, ieta-1);
 535   }
 536
 537   //printf("IMOD %d, AbsId %d, a %d, b %d, c %d e %d \n",imod,absID,absID1,absID2,absID3,absID4);
 538
 539   Float_t  ecell1  = 0, ecell2  = 0, ecell3  = 0, ecell4  = 0;
 540   Double_t tcell1  = 0, tcell2  = 0, tcell3  = 0, tcell4  = 0;
 541   Bool_t   accept1 = 0, accept2 = 0, accept3 = 0, accept4 = 0;
 542
 543   accept1 = AcceptCalibrateCell(absID1,bc, ecell1,tcell1,cells);
 544   accept2 = AcceptCalibrateCell(absID2,bc, ecell2,tcell2,cells);
 545   accept3 = AcceptCalibrateCell(absID3,bc, ecell3,tcell3,cells);
 546   accept4 = AcceptCalibrateCell(absID4,bc, ecell4,tcell4,cells);
 547
 548   /*
 549    printf("Cell absID %d \n",absID);
 550    printf("\t  accept1 %d, accept2 %d, accept3 %d, accept4 %d\n",
 551    accept1,accept2,accept3,accept4);
 552    printf("\t id %d: id1 %d, id2 %d, id3 %d, id4 %d\n",
 553    absID,absID1,absID2,absID3,absID4);
 554    printf("\t e %f: e1 %f, e2 %f, e3 %f, e4 %f\n",
 555    ecell,ecell1,ecell2,ecell3,ecell4);
 556    printf("\t t %f: t1 %f, t2 %f, t3 %f, t4 %f;\n dt1 %f, dt2 %f, dt3 %f, dt4 %f\n",
 557    tcell*1.e9,tcell1*1.e9,tcell2*1.e9,tcell3*1.e9,tcell4*1.e9,
 558    TMath::Abs(tcell-tcell1)*1.e9, TMath::Abs(tcell-tcell2)*1.e9, TMath::Abs(tcell-tcell3)*1.e9, TMath::Abs(tcell-tcell4)*1.e9);
 559    */
 560
 561   if(TMath::Abs(tcell-tcell1)*1.e9 > fExoticCellDiffTime) ecell1 = 0 ;
 562   if(TMath::Abs(tcell-tcell2)*1.e9 > fExoticCellDiffTime) ecell2 = 0 ;
 563   if(TMath::Abs(tcell-tcell3)*1.e9 > fExoticCellDiffTime) ecell3 = 0 ;
 564   if(TMath::Abs(tcell-tcell4)*1.e9 > fExoticCellDiffTime) ecell4 = 0 ;
 565
 566   return ecell1+ecell2+ecell3+ecell4;
 567
 568 }
 569
 570 //_____________________________________________________________________________________________
 571 Bool_t AliEMCALRecoUtils::IsExoticCell(const Int_t absID, AliVCaloCells* cells, const Int_t bc)
 572 {
 573   // Look to cell neighbourhood and reject if it seems exotic
 574   // Do before recalibrating the cells
 575
 576   if(!fRejectExoticCells) return kFALSE;
 577
 578   Float_t  ecell  = 0;
 579   Double_t tcell  = 0;
 580   Bool_t   accept = AcceptCalibrateCell(absID, bc, ecell ,tcell ,cells);
 581
 582   if(!accept) return kTRUE; // reject this cell
 583
 584   if(ecell < fExoticCellMinAmplitude) return kFALSE; // do not reject low energy cells
 585
 586   Float_t eCross = GetECross(absID,tcell,cells,bc);
 587
 588   if(1-eCross/ecell > fExoticCellFraction)
 589   {
 590     AliDebug(2,Form("AliEMCALRecoUtils::IsExoticCell() - EXOTIC CELL id %d, eCell %f, eCross %f, 1-eCross/eCell %f\n",
 591                     absID,ecell,eCross,1-eCross/ecell));
 592     return kTRUE;
 593   }
 594
 595   return kFALSE;
 596 }
 597
 598 //___________________________________________________________________
 599 Bool_t AliEMCALRecoUtils::IsExoticCluster(const AliVCluster *cluster,
 600                                           AliVCaloCells *cells,
 601                                           const Int_t bc)
 602 {
 603   // Check if the cluster highest energy tower is exotic
 604
 605   if(!cluster)
 606   {
 607     AliInfo("Cluster pointer null!");
 608     return kFALSE;
 609   }
 610
 611   if(!fRejectExoticCluster) return kFALSE;
 612
 613   // Get highest energy tower
 614   AliEMCALGeometry* geom = AliEMCALGeometry::GetInstance();
 615   Int_t iSupMod = -1, absId = -1, ieta = -1, iphi = -1;
 616   Bool_t shared = kFALSE;
 617   GetMaxEnergyCell(geom, cells, cluster, absId, iSupMod, ieta, iphi, shared);
 618
 619   return IsExoticCell(absId,cells,bc);
 620
 621 }
 622
 623 //_______________________________________________________________________
 624 Float_t AliEMCALRecoUtils::SmearClusterEnergy(const AliVCluster* cluster)
 625 {
 626   //In case of MC analysis, smear energy to match resolution/calibration in real data
 627
 628   if(!cluster)
 629   {
 630     AliInfo("Cluster pointer null!");
 631     return 0;
 632   }
 633
 634   Float_t energy    = cluster->E() ;
 635   Float_t rdmEnergy = energy ;
 636   if(fSmearClusterEnergy)
 637   {
 638     rdmEnergy = fRandom.Gaus(energy,fSmearClusterParam[0] * TMath::Sqrt(energy) +
 639                                     fSmearClusterParam[1] * energy +
 640                                     fSmearClusterParam[2] );
 641     AliDebug(2, Form("Energy: original %f, smeared %f\n", energy, rdmEnergy));
 642   }
 643
 644   return rdmEnergy;
 645 }
 646
 647 //____________________________________________________________________________
 648 Float_t AliEMCALRecoUtils::CorrectClusterEnergyLinearity(AliVCluster* cluster)
 649 {
 650   // Correct cluster energy from non linearity functions
 651
 652   if(!cluster)
 653   {
 654     AliInfo("Cluster pointer null!");
 655     return 0;
 656   }
 657
 658   Float_t energy = cluster->E();
 659
 660   if(energy < 0.05)
 661   {
 662     // Clusters with less than 50 MeV or negative are not possible
 663     AliInfo(Form("Too Low Cluster energy!, E = %f < 0.05 GeV",energy));
 664     return 0;
 665   }
 666
 667   switch (fNonLinearityFunction)
 668   {
 669
 670     case kPi0MC:
 671     {
 672       //Non-Linearity correction (from MC with function ([0]*exp(-[1]/E))+(([2]/([3]*2.*TMath::Pi())*exp(-(E-[4])^2/(2.*[3]^2)))))
 673       //fNonLinearityParams[0] = 1.014;
 674       //fNonLinearityParams[1] =-0.03329;
 675       //fNonLinearityParams[2] =-0.3853;
 676       //fNonLinearityParams[3] = 0.5423;
 677       //fNonLinearityParams[4] =-0.4335;
 678        energy *= (fNonLinearityParams[0]*exp(-fNonLinearityParams[1]/energy))+
 679                   ((fNonLinearityParams[2]/(fNonLinearityParams[3]*2.*TMath::Pi())*
 680                     exp(-(energy-fNonLinearityParams[4])*(energy-fNonLinearityParams[4])/(2.*fNonLinearityParams[3]*fNonLinearityParams[3]))));
 681       break;
 682     }
 683
 684     case kPi0MCv2:
 685     {
 686       //Non-Linearity correction (from MC with function [0]/((x+[1])^[2]))+1;
 687       //fNonLinearityParams[0] = 3.11111e-02;
 688       //fNonLinearityParams[1] =-5.71666e-02;
 689       //fNonLinearityParams[2] = 5.67995e-01;
 690
 691       energy *= fNonLinearityParams[0]/TMath::Power(energy+fNonLinearityParams[1],fNonLinearityParams[2])+1;
 692       break;
 693     }
 694
 695     case kPi0MCv3:
 696     {
 697       //Same as beam test corrected, change parameters
 698       //fNonLinearityParams[0] =  9.81039e-01
 699       //fNonLinearityParams[1] =  1.13508e-01;
 700       //fNonLinearityParams[2] =  1.00173e+00;
 701       //fNonLinearityParams[3] =  9.67998e-02;
 702       //fNonLinearityParams[4] =  2.19381e+02;
 703       //fNonLinearityParams[5] =  6.31604e+01;
 704       //fNonLinearityParams[6] =  1;
 705       energy *= fNonLinearityParams[6]/(fNonLinearityParams[0]*(1./(1.+fNonLinearityParams[1]*exp(-energy/fNonLinearityParams[2]))*1./(1.+fNonLinearityParams[3]*exp((energy-fNonLinearityParams[4])/fNonLinearityParams[5]))));
 706
 707       break;
 708     }
 709
 710
 711     case kPi0GammaGamma:
 712     {
 713       //Non-Linearity correction (from Olga Data with function p0+p1*exp(-p2*E))
 714       //fNonLinearityParams[0] = 1.04;
 715       //fNonLinearityParams[1] = -0.1445;
 716       //fNonLinearityParams[2] = 1.046;
 717       energy /= (fNonLinearityParams[0]+fNonLinearityParams[1]*exp(-fNonLinearityParams[2]*energy)); //Olga function
 718       break;
 719     }
 720
 721     case kPi0GammaConversion:
 722     {
 723       //Non-Linearity correction (Nicolas from Dimitri Data with function C*[1-a*exp(-b*E)])
 724       //fNonLinearityParams[0] = 0.139393/0.1349766;
 725       //fNonLinearityParams[1] = 0.0566186;
 726       //fNonLinearityParams[2] = 0.982133;
 727       energy /= fNonLinearityParams[0]*(1-fNonLinearityParams[1]*exp(-fNonLinearityParams[2]*energy));
 728
 729       break;
 730     }
 731
 732     case kBeamTest:
 733     {
 734       //From beam test, Alexei's results, for different ZS thresholds
 735       //                        th=30 MeV; th = 45 MeV; th = 75 MeV
 736       //fNonLinearityParams[0] = 1.007;      1.003;      1.002
 737       //fNonLinearityParams[1] = 0.894;      0.719;      0.797
 738       //fNonLinearityParams[2] = 0.246;      0.334;      0.358
 739       //Rescale the param[0] with 1.03
 740       energy /= fNonLinearityParams[0]/(1+fNonLinearityParams[1]*exp(-energy/fNonLinearityParams[2]));
 741
 742       break;
 743     }
 744
 745     case kBeamTestCorrected:
 746     {
 747       //From beam test, corrected for material between beam and EMCAL
 748       //fNonLinearityParams[0] =  0.99078
 749       //fNonLinearityParams[1] =  0.161499;
 750       //fNonLinearityParams[2] =  0.655166;
 751       //fNonLinearityParams[3] =  0.134101;
 752       //fNonLinearityParams[4] =  163.282;
 753       //fNonLinearityParams[5] =  23.6904;
 754       //fNonLinearityParams[6] =  0.978;
 755         energy *= fNonLinearityParams[6]/(fNonLinearityParams[0]*(1./(1.+fNonLinearityParams[1]*exp(-energy/fNonLinearityParams[2]))*1./(1.+fNonLinearityParams[3]*exp((energy-fNonLinearityParams[4])/fNonLinearityParams[5]))));
 756
 757       break;
 758     }
 759
 760     case kBeamTestCorrectedv2:
 761     {
 762       //From beam test, corrected for material between beam and EMCAL
 763       //fNonLinearityParams[0] =  0.983504;
 764       //fNonLinearityParams[1] =  0.210106;
 765       //fNonLinearityParams[2] =  0.897274;
 766       //fNonLinearityParams[3] =  0.0829064;
 767       //fNonLinearityParams[4] =  152.299;
 768       //fNonLinearityParams[5] =  31.5028;
 769       //fNonLinearityParams[6] =  0.968;
 770       energy *= fNonLinearityParams[6]/(fNonLinearityParams[0]*(1./(1.+fNonLinearityParams[1]*exp(-energy/fNonLinearityParams[2]))*1./(1.+fNonLinearityParams[3]*exp((energy-fNonLinearityParams[4])/fNonLinearityParams[5]))));
 771
 772       break;
 773     }
 774
 775     case kNoCorrection:
 776       AliDebug(2,"No correction on the energy\n");
 777       break;
 778
 779   }
 780
 781   return energy;
 782 }
 783
 784 //__________________________________________________
 785 void AliEMCALRecoUtils::InitNonLinearityParam()
 786 {
 787   //Initialising Non Linearity Parameters
 788
 789   if(fNonLinearityFunction == kPi0MC)
 790   {
 791     fNonLinearityParams[0] = 1.014;
 792     fNonLinearityParams[1] = -0.03329;
 793     fNonLinearityParams[2] = -0.3853;
 794     fNonLinearityParams[3] = 0.5423;
 795     fNonLinearityParams[4] = -0.4335;
 796   }
 797
 798   if(fNonLinearityFunction == kPi0MCv2)
 799   {
 800     fNonLinearityParams[0] = 3.11111e-02;
 801     fNonLinearityParams[1] =-5.71666e-02;
 802     fNonLinearityParams[2] = 5.67995e-01;
 803   }
 804
 805   if(fNonLinearityFunction == kPi0MCv3)
 806   {
 807     fNonLinearityParams[0] =  9.81039e-01;
 808     fNonLinearityParams[1] =  1.13508e-01;
 809     fNonLinearityParams[2] =  1.00173e+00;
 810     fNonLinearityParams[3] =  9.67998e-02;
 811     fNonLinearityParams[4] =  2.19381e+02;
 812     fNonLinearityParams[5] =  6.31604e+01;
 813     fNonLinearityParams[6] =  1;
 814   }
 815
 816   if(fNonLinearityFunction == kPi0GammaGamma)
 817   {
 818     fNonLinearityParams[0] = 1.04;
 819     fNonLinearityParams[1] = -0.1445;
 820     fNonLinearityParams[2] = 1.046;
 821   }
 822
 823   if(fNonLinearityFunction == kPi0GammaConversion)
 824   {
 825     fNonLinearityParams[0] = 0.139393;
 826     fNonLinearityParams[1] = 0.0566186;
 827     fNonLinearityParams[2] = 0.982133;
 828   }
 829
 830   if(fNonLinearityFunction == kBeamTest)
 831   {
 832     if(fNonLinearThreshold == 30)
 833     {
 834       fNonLinearityParams[0] = 1.007;
 835       fNonLinearityParams[1] = 0.894;
 836       fNonLinearityParams[2] = 0.246;
 837     }
 838     if(fNonLinearThreshold == 45)
 839     {
 840       fNonLinearityParams[0] = 1.003;
 841       fNonLinearityParams[1] = 0.719;
 842       fNonLinearityParams[2] = 0.334;
 843     }
 844     if(fNonLinearThreshold == 75)
 845     {
 846       fNonLinearityParams[0] = 1.002;
 847       fNonLinearityParams[1] = 0.797;
 848       fNonLinearityParams[2] = 0.358;
 849     }
 850   }
 851
 852   if(fNonLinearityFunction == kBeamTestCorrected)
 853   {
 854     fNonLinearityParams[0] =  0.99078;
 855     fNonLinearityParams[1] =  0.161499;
 856     fNonLinearityParams[2] =  0.655166;
 857     fNonLinearityParams[3] =  0.134101;
 858     fNonLinearityParams[4] =  163.282;
 859     fNonLinearityParams[5] =  23.6904;
 860     fNonLinearityParams[6] =  0.978;
 861   }
 862
 863   if(fNonLinearityFunction == kBeamTestCorrectedv2)
 864   {
 865     fNonLinearityParams[0] =  0.983504;
 866     fNonLinearityParams[1] =  0.210106;
 867     fNonLinearityParams[2] =  0.897274;
 868     fNonLinearityParams[3] =  0.0829064;
 869     fNonLinearityParams[4] =  152.299;
 870     fNonLinearityParams[5] =  31.5028;
 871     fNonLinearityParams[6] =  0.968;
 872   }
 873 }
 874
 875 //_________________________________________________________
 876 Float_t  AliEMCALRecoUtils::GetDepth(const Float_t energy,
 877                                      const Int_t iParticle,
 878                                      const Int_t iSM) const
 879 {
 880   //Calculate shower depth for a given cluster energy and particle type
 881
 882   // parameters
 883   Float_t x0    = 1.31;
 884   Float_t ecr   = 8;
 885   Float_t depth = 0;
 886   Float_t arg   = energy*1000/ ecr; //Multiply energy by 1000 to transform to MeV
 887
 888   switch ( iParticle )
 889   {
 890     case kPhoton:
 891       if (arg < 1)
 892         depth = 0;
 893       else
 894         depth = x0 * (TMath::Log(arg) + 0.5);
 895       break;
 896
 897     case kElectron:
 898       if (arg < 1)
 899         depth = 0;
 900       else
 901         depth = x0 * (TMath::Log(arg) - 0.5);
 902       break;
 903
 904     case kHadron:
 905       // hadron
 906       // boxes anc. here
 907       if(gGeoManager)
 908       {
 909         gGeoManager->cd("ALIC_1/XEN1_1");
 910         TGeoNode        *geoXEn1    = gGeoManager->GetCurrentNode();
 911         TGeoNodeMatrix  *geoSM      = dynamic_cast<TGeoNodeMatrix *>(geoXEn1->GetDaughter(iSM));
 912         if(geoSM)
 913         {
 914           TGeoVolume      *geoSMVol   = geoSM->GetVolume();
 915           TGeoShape       *geoSMShape = geoSMVol->GetShape();
 916           TGeoBBox        *geoBox     = dynamic_cast<TGeoBBox *>(geoSMShape);
 917           if(geoBox) depth = 0.5 * geoBox->GetDX()*2 ;
 918           else AliFatal("Null GEANT box");
 919         }
 920         else AliFatal("NULL  GEANT node matrix");
 921       }
 922       else
 923       {//electron
 924         if (arg < 1)
 925           depth = 0;
 926         else
 927           depth = x0 * (TMath::Log(arg) - 0.5);
 928       }
 929
 930       break;
 931
 932     default://photon
 933       if (arg < 1)
 934         depth = 0;
 935       else
 936         depth = x0 * (TMath::Log(arg) + 0.5);
 937   }
 938
 939   return depth;
 940 }
 941
 942 //____________________________________________________________________
 943 void AliEMCALRecoUtils::GetMaxEnergyCell(const AliEMCALGeometry *geom,
 944                                          AliVCaloCells* cells,
 945                                          const AliVCluster* clu,
 946                                          Int_t  & absId,
 947                                          Int_t  & iSupMod,
 948                                          Int_t  & ieta,
 949                                          Int_t  & iphi,
 950                                          Bool_t & shared)
 951 {
 952   //For a given CaloCluster gets the absId of the cell
 953   //with maximum energy deposit.
 954
 955   Double_t eMax        = -1.;
 956   Double_t eCell       = -1.;
 957   Float_t  fraction    = 1.;
 958   Float_t  recalFactor = 1.;
 959   Int_t    cellAbsId   = -1 ;
 960
 961   Int_t iTower  = -1;
 962   Int_t iIphi   = -1;
 963   Int_t iIeta   = -1;
 964   Int_t iSupMod0= -1;
 965
 966   if(!clu)
 967   {
 968     AliInfo("Cluster pointer null!");
 969     absId=-1; iSupMod0=-1, ieta = -1; iphi = -1; shared = -1;
 970     return;
 971   }
 972
 973   for (Int_t iDig=0; iDig< clu->GetNCells(); iDig++)
 974   {
 975     cellAbsId = clu->GetCellAbsId(iDig);
 976     fraction  = clu->GetCellAmplitudeFraction(iDig);
 977     //printf("a Cell %d, id, %d, amp %f, fraction %f\n",iDig,cellAbsId,cells->GetCellAmplitude(cellAbsId),fraction);
 978     if(fraction < 1e-4) fraction = 1.; // in case unfolding is off
 979     geom->GetCellIndex(cellAbsId,iSupMod,iTower,iIphi,iIeta);
 980     geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(iSupMod,iTower,iIphi, iIeta,iphi,ieta);
 981     if     (iDig==0)
 982     {
 983       iSupMod0=iSupMod;
 984     }
 985     else if(iSupMod0!=iSupMod)
 986     {
 987       shared = kTRUE;
 988       //printf("AliEMCALRecoUtils::GetMaxEnergyCell() - SHARED CLUSTER\n");
 989     }
 990     if(!fCellsRecalibrated && IsRecalibrationOn())
 991     {
 992       recalFactor = GetEMCALChannelRecalibrationFactor(iSupMod,ieta,iphi);
 993     }
 994     eCell  = cells->GetCellAmplitude(cellAbsId)*fraction*recalFactor;
 995     //printf("b Cell %d, id, %d, amp %f, fraction %f\n",iDig,cellAbsId,eCell,fraction);
 996     if(eCell > eMax)
 997     {
 998       eMax  = eCell;
 999       absId = cellAbsId;
1000       //printf("\t new max: cell %d, e %f, ecell %f\n",maxId, eMax,eCell);
1001     }
1002   }// cell loop
1003
1004   //Get from the absid the supermodule, tower and eta/phi numbers
1005   geom->GetCellIndex(absId,iSupMod,iTower,iIphi,iIeta);
1006   //Gives SuperModule and Tower numbers
1007   geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(iSupMod,iTower,
1008                                          iIphi, iIeta,iphi,ieta);
1009   //printf("Max id %d, iSM %d, col %d, row %d\n",absId,iSupMod,ieta,iphi);
1010   //printf("Max end---\n");
1011 }
1012
1013 //______________________________________
1014 void AliEMCALRecoUtils::InitParameters()
1015 {
1016   // Initialize data members with default values
1017
1018   fParticleType = kPhoton;
1019   fPosAlgo      = kUnchanged;
1020   fW0           = 4.5;
1021
1022   fNonLinearityFunction = kNoCorrection;
1023   fNonLinearThreshold   = 30;
1024
1025   fExoticCellFraction     = 0.97;
1026   fExoticCellDiffTime     = 1e6;
1027   fExoticCellMinAmplitude = 0.5;
1028
1029   fAODFilterMask    = 128;
1030   fAODHybridTracks  = kFALSE;
1031   fAODTPCOnlyTracks = kTRUE;
1032
1033   fCutEtaPhiSum      = kTRUE;
1034   fCutEtaPhiSeparate = kFALSE;
1035
1036   fCutR   = 0.05;
1037   fCutEta = 0.025;
1038   fCutPhi = 0.05;
1039
1040   fClusterWindow = 100;
1041   fMass          = 0.139;
1042
1043   fStepSurface   = 20.;
1044   fStepCluster   = 5.;
1045   fTrackCutsType = kLooseCut;
1046
1047   fCutMinTrackPt     = 0;
1048   fCutMinNClusterTPC = -1;
1049   fCutMinNClusterITS = -1;
1050
1051   fCutMaxChi2PerClusterTPC  = 1e10;
1052   fCutMaxChi2PerClusterITS  = 1e10;
1053
1054   fCutRequireTPCRefit     = kFALSE;
1055   fCutRequireITSRefit     = kFALSE;
1056   fCutAcceptKinkDaughters = kFALSE;
1057
1058   fCutMaxDCAToVertexXY = 1e10;
1059   fCutMaxDCAToVertexZ  = 1e10;
1060   fCutDCAToVertex2D    = kFALSE;
1061
1062   fCutRequireITSStandAlone = kFALSE; //MARCEL
1063   fCutRequireITSpureSA     = kFALSE; //Marcel
1064
1065   //Misalignment matrices
1066   for(Int_t i = 0; i < 15 ; i++)
1067   {
1068     fMisalTransShift[i] = 0.;
1069     fMisalRotShift[i]   = 0.;
1070   }
1071
1072   //Non linearity
1073   for(Int_t i = 0; i < 7  ; i++) fNonLinearityParams[i] = 0.;
1074
1075   //For kBeamTestCorrectedv2 case, but default is no correction
1076   fNonLinearityParams[0] =  0.983504;
1077   fNonLinearityParams[1] =  0.210106;
1078   fNonLinearityParams[2] =  0.897274;
1079   fNonLinearityParams[3] =  0.0829064;
1080   fNonLinearityParams[4] =  152.299;
1081   fNonLinearityParams[5] =  31.5028;
1082   fNonLinearityParams[6] =  0.968;
1083
1084   //Cluster energy smearing
1085   fSmearClusterEnergy   = kFALSE;
1086   fSmearClusterParam[0] = 0.07; // * sqrt E term
1087   fSmearClusterParam[1] = 0.00; // * E term
1088   fSmearClusterParam[2] = 0.00; // constant
1089 }
1090
1091 //_____________________________________________________
1092 void AliEMCALRecoUtils::InitEMCALRecalibrationFactors()
1093 {
1094   //Init EMCAL recalibration factors
1095   AliDebug(2,"AliCalorimeterUtils::InitEMCALRecalibrationFactors()");
1096   //In order to avoid rewriting the same histograms
1097   Bool_t oldStatus = TH1::AddDirectoryStatus();
1098   TH1::AddDirectory(kFALSE);
1099
1100   fEMCALRecalibrationFactors = new TObjArray(12);
1101   for (int i = 0; i < 12; i++)
1102     fEMCALRecalibrationFactors->Add(new TH2F(Form("EMCALRecalFactors_SM%d",i),
1103                                              Form("EMCALRecalFactors_SM%d",i),  48, 0, 48, 24, 0, 24));
1104   //Init the histograms with 1
1105   for (Int_t sm = 0; sm < 12; sm++)
1106   {
1107     for (Int_t i = 0; i < 48; i++)
1108     {
1109       for (Int_t j = 0; j < 24; j++)
1110       {
1111         SetEMCALChannelRecalibrationFactor(sm,i,j,1.);
1112       }
1113     }
1114   }
1115
1116   fEMCALRecalibrationFactors->SetOwner(kTRUE);
1117   fEMCALRecalibrationFactors->Compress();
1118
1119   //In order to avoid rewriting the same histograms
1120   TH1::AddDirectory(oldStatus);
1121 }
1122
1123 //_________________________________________________________
1124 void AliEMCALRecoUtils::InitEMCALTimeRecalibrationFactors()
1125 {
1126   //Init EMCAL recalibration factors
1127   AliDebug(2,"AliCalorimeterUtils::InitEMCALRecalibrationFactors()");
1128   //In order to avoid rewriting the same histograms
1129   Bool_t oldStatus = TH1::AddDirectoryStatus();
1130   TH1::AddDirectory(kFALSE);
1131
1132   fEMCALTimeRecalibrationFactors = new TObjArray(4);
1133   for (int i = 0; i < 4; i++)
1134     fEMCALTimeRecalibrationFactors->Add(new TH1F(Form("hAllTimeAvBC%d",i),
1135                                                  Form("hAllTimeAvBC%d",i),
1136                                                  48*24*12,0.,48*24*12)          );
1137   //Init the histograms with 1
1138   for (Int_t bc = 0; bc < 4; bc++)
1139   {
1140     for (Int_t i = 0; i < 48*24*12; i++)
1141       SetEMCALChannelTimeRecalibrationFactor(bc,i,0.);
1142   }
1143
1144   fEMCALTimeRecalibrationFactors->SetOwner(kTRUE);
1145   fEMCALTimeRecalibrationFactors->Compress();
1146
1147   //In order to avoid rewriting the same histograms
1148   TH1::AddDirectory(oldStatus);
1149 }
1150
1151 //____________________________________________________
1152 void AliEMCALRecoUtils::InitEMCALBadChannelStatusMap()
1153 {
1154   //Init EMCAL bad channels map
1155   AliDebug(2,"AliEMCALRecoUtils::InitEMCALBadChannelStatusMap()");
1156   //In order to avoid rewriting the same histograms
1157   Bool_t oldStatus = TH1::AddDirectoryStatus();
1158   TH1::AddDirectory(kFALSE);
1159
1160   fEMCALBadChannelMap = new TObjArray(12);
1161   //TH2F * hTemp = new  TH2I("EMCALBadChannelMap","EMCAL SuperModule bad channel map", 48, 0, 48, 24, 0, 24);
1162   for (int i = 0; i < 12; i++)
1163   {
1164     fEMCALBadChannelMap->Add(new TH2I(Form("EMCALBadChannelMap_Mod%d",i),Form("EMCALBadChannelMap_Mod%d",i), 48, 0, 48, 24, 0, 24));
1165   }
1166
1167   fEMCALBadChannelMap->SetOwner(kTRUE);
1168   fEMCALBadChannelMap->Compress();
1169
1170   //In order to avoid rewriting the same histograms
1171   TH1::AddDirectory(oldStatus);
1172 }
1173
1174 //____________________________________________________________________________
1175 void AliEMCALRecoUtils::RecalibrateClusterEnergy(const AliEMCALGeometry* geom,
1176                                                  AliVCluster * cluster,
1177                                                  AliVCaloCells * cells,
1178                                                  const Int_t bc)
1179 {
1180   // Recalibrate the cluster energy and Time, considering the recalibration map
1181   // and the energy of the cells and time that compose the cluster.
1182   // bc= bunch crossing number returned by esdevent->GetBunchCrossNumber();
1183
1184   if(!cluster)
1185   {
1186     AliInfo("Cluster pointer null!");
1187     return;
1188   }
1189
1190   //Get the cluster number of cells and list of absId, check what kind of cluster do we have.
1191   UShort_t * index    = cluster->GetCellsAbsId() ;
1192   Double_t * fraction = cluster->GetCellsAmplitudeFraction() ;
1193   Int_t ncells = cluster->GetNCells();
1194
1195   //Initialize some used variables
1196   Float_t energy = 0;
1197   Int_t   absId  =-1;
1198   Int_t   icol   =-1, irow =-1, imod=1;
1199   Float_t factor = 1, frac = 0;
1200   Int_t   absIdMax = -1;
1201   Float_t emax     = 0;
1202
1203   //Loop on the cells, get the cell amplitude and recalibration factor, multiply and and to the new energy
1204   for(Int_t icell = 0; icell < ncells; icell++)
1205   {
1206     absId = index[icell];
1207     frac =  fraction[icell];
1208     if(frac < 1e-5) frac = 1; //in case of EMCAL, this is set as 0 since unfolding is off
1209
1210     if(!fCellsRecalibrated && IsRecalibrationOn())
1211     {
1212       // Energy
1213       Int_t iTower = -1, iIphi = -1, iIeta = -1;
1214       geom->GetCellIndex(absId,imod,iTower,iIphi,iIeta);
1215       if(fEMCALRecalibrationFactors->GetEntries() <= imod) continue;
1216       geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(imod,iTower,iIphi, iIeta,irow,icol);
1217       factor = GetEMCALChannelRecalibrationFactor(imod,icol,irow);
1218
1219       AliDebug(2,Form("AliEMCALRecoUtils::RecalibrateClusterEnergy - recalibrate cell: module %d, col %d, row %d, cell fraction %f,recalibration factor %f, cell energy %f\n",
1220                       imod,icol,irow,frac,factor,cells->GetCellAmplitude(absId)));
1221
1222     }
1223
1224     energy += cells->GetCellAmplitude(absId)*factor*frac;
1225
1226     if(emax < cells->GetCellAmplitude(absId)*factor*frac)
1227     {
1228       emax     = cells->GetCellAmplitude(absId)*factor*frac;
1229       absIdMax = absId;
1230     }
1231   }
1232
1233   AliDebug(2,Form("AliEMCALRecoUtils::RecalibrateClusterEnergy - Energy before %f, after %f \n",cluster->E(),energy));
1234
1235   cluster->SetE(energy);
1236
1237   // Recalculate time of cluster
1238   Double_t timeorg = cluster->GetTOF();
1239
1240   Double_t time = cells->GetCellTime(absIdMax);
1241   if(!fCellsRecalibrated && IsTimeRecalibrationOn())
1242     RecalibrateCellTime(absIdMax,bc,time);
1243
1244   cluster->SetTOF(time);
1245
1246   AliDebug(2,Form("AliEMCALRecoUtils::RecalibrateClusterEnergy - Time before %f, after %f \n",timeorg,cluster->GetTOF()));
1247 }
1248
1249 //_____________________________________________________________
1250 void AliEMCALRecoUtils::RecalibrateCells(AliVCaloCells * cells,
1251                                          const Int_t bc)
1252 {
1253   // Recalibrate the cells time and energy, considering the recalibration map and the energy
1254   // of the cells that compose the cluster.
1255   // bc= bunch crossing number returned by esdevent->GetBunchCrossNumber();
1256
1257   if(!IsRecalibrationOn() && !IsTimeRecalibrationOn() && !IsBadChannelsRemovalSwitchedOn()) return;
1258
1259   if(!cells)
1260   {
1261     AliInfo("Cells pointer null!");
1262     return;
1263   }
1264
1265   Short_t  absId  =-1;
1266   Bool_t   accept = kFALSE;
1267   Float_t  ecell  = 0;
1268   Double_t tcell  = 0;
1269   Double_t ecellin = 0;
1270   Double_t tcellin = 0;
1271   Int_t  mclabel = -1;
1272   Double_t efrac = 0;
1273
1274   Int_t nEMcell  = cells->GetNumberOfCells() ;
1275   for (Int_t iCell = 0; iCell < nEMcell; iCell++)
1276   {
1277     cells->GetCell( iCell, absId, ecellin, tcellin, mclabel, efrac );
1278
1279     accept = AcceptCalibrateCell(absId, bc, ecell ,tcell ,cells);
1280     if(!accept)
1281     {
1282       ecell = 0;
1283       tcell = -1;
1284     }
1285
1286     //Set new values
1287     cells->SetCell(iCell,absId,ecell, tcell, mclabel, efrac);
1288   }
1289
1290   fCellsRecalibrated = kTRUE;
1291 }
1292
1293 //_______________________________________________________________________________________________________
1294 void AliEMCALRecoUtils::RecalibrateCellTime(const Int_t absId, const Int_t bc, Double_t & celltime) const
1295 {
1296   // Recalibrate time of cell with absID  considering the recalibration map
1297   // bc= bunch crossing number returned by esdevent->GetBunchCrossNumber();
1298
1299   if(!fCellsRecalibrated && IsTimeRecalibrationOn() && bc >= 0)
1300   {
1301     celltime -= GetEMCALChannelTimeRecalibrationFactor(bc%4,absId)*1.e-9;    ;
1302   }
1303 }
1304
1305 //______________________________________________________________________________
1306 void AliEMCALRecoUtils::RecalculateClusterPosition(const AliEMCALGeometry *geom,
1307                                                    AliVCaloCells* cells,
1308                                                    AliVCluster* clu)
1309 {
1310   //For a given CaloCluster recalculates the position for a given set of misalignment shifts and puts it again in the CaloCluster.
1311
1312   if(!clu)
1313   {
1314     AliInfo("Cluster pointer null!");
1315     return;
1316   }
1317
1318   if     (fPosAlgo==kPosTowerGlobal) RecalculateClusterPositionFromTowerGlobal( geom, cells, clu);
1319   else if(fPosAlgo==kPosTowerIndex)  RecalculateClusterPositionFromTowerIndex ( geom, cells, clu);
1320   else   AliDebug(2,"Algorithm to recalculate position not selected, do nothing.");
1321 }
1322
1323 //_____________________________________________________________________________________________
1324 void AliEMCALRecoUtils::RecalculateClusterPositionFromTowerGlobal(const AliEMCALGeometry *geom,
1325                                                                   AliVCaloCells* cells,
1326                                                                   AliVCluster* clu)
1327 {
1328   // For a given CaloCluster recalculates the position for a given set of misalignment shifts and puts it again in the CaloCluster.
1329   // The algorithm is a copy of what is done in AliEMCALRecPoint
1330
1331   Double_t eCell       = 0.;
1332   Float_t  fraction    = 1.;
1333   Float_t  recalFactor = 1.;
1334
1335   Int_t    absId   = -1;
1336   Int_t    iTower  = -1, iIphi  = -1, iIeta  = -1;
1337   Int_t    iSupModMax = -1, iSM=-1, iphi   = -1, ieta   = -1;
1338   Float_t  weight = 0.,  totalWeight=0.;
1339   Float_t  newPos[3] = {0,0,0};
1340   Double_t pLocal[3], pGlobal[3];
1341   Bool_t shared = kFALSE;
1342
1343   Float_t  clEnergy = clu->E(); //Energy already recalibrated previously
1344   if (clEnergy <= 0)
1345     return;
1346   GetMaxEnergyCell(geom, cells, clu, absId,  iSupModMax, ieta, iphi,shared);
1347   Double_t depth = GetDepth(clEnergy,fParticleType,iSupModMax) ;
1348
1349   //printf("** Cluster energy %f, ncells %d, depth %f\n",clEnergy,clu->GetNCells(),depth);
1350
1351   for (Int_t iDig=0; iDig< clu->GetNCells(); iDig++)
1352   {
1353     absId = clu->GetCellAbsId(iDig);
1354     fraction  = clu->GetCellAmplitudeFraction(iDig);
1355     if(fraction < 1e-4) fraction = 1.; // in case unfolding is off
1356
1357     if (!fCellsRecalibrated)
1358     {
1359       geom->GetCellIndex(absId,iSM,iTower,iIphi,iIeta);
1360       geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(iSM,iTower,iIphi, iIeta,iphi,ieta);
1361
1362       if(IsRecalibrationOn())
1363       {
1364         recalFactor = GetEMCALChannelRecalibrationFactor(iSM,ieta,iphi);
1365       }
1366     }
1367
1368     eCell  = cells->GetCellAmplitude(absId)*fraction*recalFactor;
1369
1370     weight = GetCellWeight(eCell,clEnergy);
1371     totalWeight += weight;
1372
1373     geom->RelPosCellInSModule(absId,depth,pLocal[0],pLocal[1],pLocal[2]);
1374     //printf("pLocal (%f,%f,%f), SM %d, absId %d\n",pLocal[0],pLocal[1],pLocal[2],iSupModMax,absId);
1375     geom->GetGlobal(pLocal,pGlobal,iSupModMax);
1376     //printf("pLocal (%f,%f,%f)\n",pGlobal[0],pGlobal[1],pGlobal[2]);
1377
1378     for(int i=0; i<3; i++ ) newPos[i] += (weight*pGlobal[i]);
1379   }// cell loop
1380
1381   if(totalWeight>0)
1382   {
1383     for(int i=0; i<3; i++ )    newPos[i] /= totalWeight;
1384   }
1385
1386   //Float_t pos[]={0,0,0};
1387   //clu->GetPosition(pos);
1388   //printf("OldPos  : %2.3f,%2.3f,%2.3f\n",pos[0],pos[1],pos[2]);
1389   //printf("NewPos  : %2.3f,%2.3f,%2.3f\n",newPos[0],newPos[1],newPos[2]);
1390
1391   if(iSupModMax > 1) //sector 1
1392   {
1393     newPos[0] +=fMisalTransShift[3];//-=3.093;
1394     newPos[1] +=fMisalTransShift[4];//+=6.82;
1395     newPos[2] +=fMisalTransShift[5];//+=1.635;
1396     //printf("   +    : %2.3f,%2.3f,%2.3f\n",fMisalTransShift[3],fMisalTransShift[4],fMisalTransShift[5]);
1397   } else //sector 0
1398   {
1399     newPos[0] +=fMisalTransShift[0];//+=1.134;
1400     newPos[1] +=fMisalTransShift[1];//+=8.2;
1401     newPos[2] +=fMisalTransShift[2];//+=1.197;
1402     //printf("   +    : %2.3f,%2.3f,%2.3f\n",fMisalTransShift[0],fMisalTransShift[1],fMisalTransShift[2]);
1403   }
1404   //printf("NewPos : %2.3f,%2.3f,%2.3f\n",newPos[0],newPos[1],newPos[2]);
1405
1406   clu->SetPosition(newPos);
1407 }
1408
1409 //____________________________________________________________________________________________
1410 void AliEMCALRecoUtils::RecalculateClusterPositionFromTowerIndex(const AliEMCALGeometry *geom,
1411                                                                  AliVCaloCells* cells,
1412                                                                  AliVCluster* clu)
1413 {
1414   // For a given CaloCluster recalculates the position for a given set of misalignment shifts and puts it again in the CaloCluster.
1415   // The algorithm works with the tower indeces, averages the indeces and from them it calculates the global position
1416
1417   Double_t eCell       = 1.;
1418   Float_t  fraction    = 1.;
1419   Float_t  recalFactor = 1.;
1420
1421   Int_t absId   = -1;
1422   Int_t iTower  = -1;
1423   Int_t iIphi   = -1, iIeta   = -1;
1424   Int_t iSupMod = -1, iSupModMax = -1;
1425   Int_t iphi = -1, ieta =-1;
1426   Bool_t shared = kFALSE;
1427
1428   Float_t clEnergy = clu->E(); //Energy already recalibrated previously.
1429
1430   if (clEnergy <= 0)
1431     return;
1432   GetMaxEnergyCell(geom, cells, clu, absId,  iSupModMax, ieta, iphi,shared);
1433   Float_t  depth = GetDepth(clEnergy,fParticleType,iSupMod) ;
1434
1435   Float_t weight = 0., weightedCol = 0., weightedRow = 0., totalWeight=0.;
1436   Bool_t areInSameSM = kTRUE; //exclude clusters with cells in different SMs for now
1437   Int_t startingSM = -1;
1438
1439   for (Int_t iDig=0; iDig< clu->GetNCells(); iDig++)
1440   {
1441     absId = clu->GetCellAbsId(iDig);
1442     fraction  = clu->GetCellAmplitudeFraction(iDig);
1443     if(fraction < 1e-4) fraction = 1.; // in case unfolding is off
1444
1445     if     (iDig==0)  startingSM = iSupMod;
1446     else if(iSupMod != startingSM) areInSameSM = kFALSE;
1447
1448     eCell  = cells->GetCellAmplitude(absId);
1449
1450     geom->GetCellIndex(absId,iSupMod,iTower,iIphi,iIeta);
1451     geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(iSupMod,iTower,iIphi, iIeta,iphi,ieta);
1452
1453     if (!fCellsRecalibrated)
1454     {
1455       if(IsRecalibrationOn())
1456       {
1457         recalFactor = GetEMCALChannelRecalibrationFactor(iSupMod,ieta,iphi);
1458       }
1459     }
1460
1461     eCell  = cells->GetCellAmplitude(absId)*fraction*recalFactor;
1462
1463     weight = GetCellWeight(eCell,clEnergy);
1464     if(weight < 0) weight = 0;
1465     totalWeight += weight;
1466     weightedCol += ieta*weight;
1467     weightedRow += iphi*weight;
1468
1469     //printf("Max cell? cell %d, amplitude org %f, fraction %f, recalibration %f, amplitude new %f \n",cellAbsId, cells->GetCellAmplitude(cellAbsId), fraction, recalFactor, eCell) ;
1470   }// cell loop
1471
1472   Float_t xyzNew[]={0.,0.,0.};
1473   if(areInSameSM == kTRUE)
1474   {
1475     //printf("In Same SM\n");
1476     weightedCol = weightedCol/totalWeight;
1477     weightedRow = weightedRow/totalWeight;
1478     geom->RecalculateTowerPosition(weightedRow, weightedCol, iSupModMax, depth, fMisalTransShift, fMisalRotShift, xyzNew);
1479   }
1480   else
1481   {
1482     //printf("In Different SM\n");
1483     geom->RecalculateTowerPosition(iphi,        ieta,        iSupModMax, depth, fMisalTransShift, fMisalRotShift, xyzNew);
1484   }
1485
1486   clu->SetPosition(xyzNew);
1487 }
1488
1489 //___________________________________________________________________________________________
1490 void AliEMCALRecoUtils::RecalculateClusterDistanceToBadChannel(const AliEMCALGeometry * geom,
1491                                                                AliVCaloCells* cells,
1492                                                                AliVCluster * cluster)
1493 {
1494   //re-evaluate distance to bad channel with updated bad map
1495
1496   if(!fRecalDistToBadChannels) return;
1497
1498   if(!cluster)
1499   {
1500     AliInfo("Cluster pointer null!");
1501     return;
1502   }
1503
1504   //Get channels map of the supermodule where the cluster is.
1505   Int_t absIdMax  = -1, iSupMod =-1, icolM = -1, irowM = -1;
1506   Bool_t shared = kFALSE;
1507   GetMaxEnergyCell(geom, cells, cluster, absIdMax,  iSupMod, icolM, irowM, shared);
1508   TH2D* hMap  = (TH2D*)fEMCALBadChannelMap->At(iSupMod);
1509
1510   Int_t dRrow, dRcol;
1511   Float_t  minDist = 10000.;
1512   Float_t  dist    = 0.;
1513
1514   //Loop on tower status map
1515   for(Int_t irow = 0; irow < AliEMCALGeoParams::fgkEMCALRows; irow++)
1516   {
1517     for(Int_t icol = 0; icol < AliEMCALGeoParams::fgkEMCALCols; icol++)
1518     {
1519       //Check if tower is bad.
1520       if(hMap->GetBinContent(icol,irow)==0) continue;
1521       //printf("AliEMCALRecoUtils::RecalculateDistanceToBadChannels() - \n \t Bad channel in SM %d, col %d, row %d, \n \t Cluster max in col %d, row %d\n",
1522       //       iSupMod,icol, irow, icolM,irowM);
1523
1524       dRrow=TMath::Abs(irowM-irow);
1525       dRcol=TMath::Abs(icolM-icol);
1526       dist=TMath::Sqrt(dRrow*dRrow+dRcol*dRcol);
1527       if(dist < minDist)
1528       {
1529         //printf("MIN DISTANCE TO BAD %2.2f\n",dist);
1530         minDist = dist;
1531       }
1532     }
1533   }
1534
1535   //In case the cluster is shared by 2 SuperModules, need to check the map of the second Super Module
1536   if (shared)
1537   {
1538     TH2D* hMap2 = 0;
1539     Int_t iSupMod2 = -1;
1540
1541     //The only possible combinations are (0,1), (2,3) ... (8,9)
1542     if(iSupMod%2) iSupMod2 = iSupMod-1;
1543     else          iSupMod2 = iSupMod+1;
1544     hMap2  = (TH2D*)fEMCALBadChannelMap->At(iSupMod2);
1545
1546     //Loop on tower status map of second super module
1547     for(Int_t irow = 0; irow < AliEMCALGeoParams::fgkEMCALRows; irow++)
1548     {
1549       for(Int_t icol = 0; icol < AliEMCALGeoParams::fgkEMCALCols; icol++)
1550       {
1551         //Check if tower is bad.
1552         if(hMap2->GetBinContent(icol,irow)==0) continue;
1553         //printf("AliEMCALRecoUtils::RecalculateDistanceToBadChannels(shared) - \n \t Bad channel in SM %d, col %d, row %d \n \t Cluster max in SM %d, col %d, row %d\n",
1554         //     iSupMod2,icol, irow,iSupMod,icolM,irowM);
1555         dRrow=TMath::Abs(irow-irowM);
1556
1557         if(iSupMod%2)
1558         {
1559           dRcol=TMath::Abs(icol-(AliEMCALGeoParams::fgkEMCALCols+icolM));
1560         } else
1561         {
1562           dRcol=TMath::Abs(AliEMCALGeoParams::fgkEMCALCols+icol-icolM);
1563         }
1564
1565         dist=TMath::Sqrt(dRrow*dRrow+dRcol*dRcol);
1566         if(dist < minDist) minDist = dist;
1567       }
1568     }
1569   }// shared cluster in 2 SuperModules
1570
1571   AliDebug(2,Form("Max cluster cell (SM,col,row)=(%d %d %d) - Distance to Bad Channel %2.2f",iSupMod, icolM, irowM, minDist));
1572   cluster->SetDistanceToBadChannel(minDist);
1573 }
1574
1575 //__________________________________________________________________
1576 void AliEMCALRecoUtils::RecalculateClusterPID(AliVCluster * cluster)
1577 {
1578   //re-evaluate identification parameters with bayesian
1579
1580   if(!cluster)
1581   {
1582     AliInfo("Cluster pointer null!");
1583     return;
1584   }
1585
1586   if ( cluster->GetM02() != 0)
1587     fPIDUtils->ComputePID(cluster->E(),cluster->GetM02());
1588
1589   Float_t pidlist[AliPID::kSPECIESCN+1];
1590   for(Int_t i = 0; i < AliPID::kSPECIESCN+1; i++) pidlist[i] = fPIDUtils->GetPIDFinal(i);
1591
1592   cluster->SetPID(pidlist);
1593 }
1594
1595 //___________________________________________________________________________________________________________________
1596 void AliEMCALRecoUtils::RecalculateClusterShowerShapeParameters(const AliEMCALGeometry * geom,
1597                                                                 AliVCaloCells* cells,
1598                                                                 AliVCluster * cluster,
1599                                                                 Float_t & l0,   Float_t & l1,
1600                                                                 Float_t & disp, Float_t & dEta, Float_t & dPhi,
1601                                                                 Float_t & sEta, Float_t & sPhi, Float_t & sEtaPhi)
1602 {
1603   // Calculates new center of gravity in the local EMCAL-module coordinates
1604   // and tranfers into global ALICE coordinates
1605   // Calculates Dispersion and main axis
1606
1607   if(!cluster)
1608   {
1609     AliInfo("Cluster pointer null!");
1610     return;
1611   }
1612
1613   Double_t eCell       = 0.;
1614   Float_t  fraction    = 1.;
1615   Float_t  recalFactor = 1.;
1616
1617   Int_t    iSupMod = -1;
1618   Int_t    iTower  = -1;
1619   Int_t    iIphi   = -1;
1620   Int_t    iIeta   = -1;
1621   Int_t    iphi    = -1;
1622   Int_t    ieta    = -1;
1623   Double_t etai    = -1.;
1624   Double_t phii    = -1.;
1625
1626   Int_t    nstat   = 0 ;
1627   Float_t  wtot    = 0.;
1628   Double_t w       = 0.;
1629   Double_t etaMean = 0.;
1630   Double_t phiMean = 0.;
1631
1632   //Loop on cells, calculate the cluster energy, in case a cut on cell energy is added
1633   // and to check if the cluster is between 2 SM in eta
1634   Int_t   iSM0   = -1;
1635   Bool_t  shared = kFALSE;
1636   Float_t energy = 0;
1637
1638   for(Int_t iDigit=0; iDigit < cluster->GetNCells(); iDigit++)
1639   {
1640     //Get from the absid the supermodule, tower and eta/phi numbers
1641     geom->GetCellIndex(cluster->GetCellAbsId(iDigit),iSupMod,iTower,iIphi,iIeta);
1642     geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(iSupMod,iTower,iIphi,iIeta, iphi,ieta);
1643
1644     //Check if there are cells of different SM
1645     if     (iDigit == 0   ) iSM0 = iSupMod;
1646     else if(iSupMod!= iSM0) shared = kTRUE;
1647
1648     //Get the cell energy, if recalibration is on, apply factors
1649     fraction  = cluster->GetCellAmplitudeFraction(iDigit);
1650     if(fraction < 1e-4) fraction = 1.; // in case unfolding is off
1651
1652     if(IsRecalibrationOn())
1653     {
1654       recalFactor = GetEMCALChannelRecalibrationFactor(iSupMod,ieta,iphi);
1655     }
1656
1657     eCell  = cells->GetCellAmplitude(cluster->GetCellAbsId(iDigit))*fraction*recalFactor;
1658
1659     energy += eCell;
1660
1661   }//cell loop
1662
1663   //Loop on cells
1664   for(Int_t iDigit=0; iDigit < cluster->GetNCells(); iDigit++)
1665   {
1666     //Get from the absid the supermodule, tower and eta/phi numbers
1667     geom->GetCellIndex(cluster->GetCellAbsId(iDigit),iSupMod,iTower,iIphi,iIeta);
1668     geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(iSupMod,iTower,iIphi,iIeta, iphi,ieta);
1669
1670     //Get the cell energy, if recalibration is on, apply factors
1671     fraction  = cluster->GetCellAmplitudeFraction(iDigit);
1672     if(fraction < 1e-4) fraction = 1.; // in case unfolding is off
1673
1674     if (!fCellsRecalibrated)
1675     {
1676       if(IsRecalibrationOn())
1677       {
1678         recalFactor = GetEMCALChannelRecalibrationFactor(iSupMod,ieta,iphi);
1679       }
1680     }
1681
1682     eCell  = cells->GetCellAmplitude(cluster->GetCellAbsId(iDigit))*fraction*recalFactor;
1683
1684     // In case of a shared cluster, index of SM in C side, columns start at 48 and ends at 48*2
1685     // C Side impair SM, nSupMod%2=1; A side pair SM, nSupMod%2=0
1686     if(shared && iSupMod%2) ieta+=AliEMCALGeoParams::fgkEMCALCols;
1687
1688     if(cluster->E() > 0 && eCell > 0)
1689     {
1690       w  = GetCellWeight(eCell,cluster->E());
1691
1692       etai=(Double_t)ieta;
1693       phii=(Double_t)iphi;
1694
1695       if(w > 0.0)
1696       {
1697         wtot += w ;
1698         nstat++;
1699         //Shower shape
1700         sEta     += w * etai * etai ;
1701         etaMean  += w * etai ;
1702         sPhi     += w * phii * phii ;
1703         phiMean  += w * phii ;
1704         sEtaPhi  += w * etai * phii ;
1705       }
1706     }
1707     else
1708       AliError(Form("Wrong energy %f and/or amplitude %f\n", eCell, cluster->E()));
1709   }//cell loop
1710
1711   //Normalize to the weight
1712   if (wtot > 0)
1713   {
1714     etaMean /= wtot ;
1715     phiMean /= wtot ;
1716   }
1717   else
1718     AliError(Form("Wrong weight %f\n", wtot));
1719
1720   //Calculate dispersion
1721   for(Int_t iDigit=0; iDigit < cluster->GetNCells(); iDigit++)
1722   {
1723     //Get from the absid the supermodule, tower and eta/phi numbers
1724     geom->GetCellIndex(cluster->GetCellAbsId(iDigit),iSupMod,iTower,iIphi,iIeta);
1725     geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(iSupMod,iTower,iIphi,iIeta, iphi,ieta);
1726
1727     //Get the cell energy, if recalibration is on, apply factors
1728     fraction  = cluster->GetCellAmplitudeFraction(iDigit);
1729     if(fraction < 1e-4) fraction = 1.; // in case unfolding is off
1730     if (IsRecalibrationOn())
1731     {
1732       recalFactor = GetEMCALChannelRecalibrationFactor(iSupMod,ieta,iphi);
1733     }
1734     eCell  = cells->GetCellAmplitude(cluster->GetCellAbsId(iDigit))*fraction*recalFactor;
1735
1736     // In case of a shared cluster, index of SM in C side, columns start at 48 and ends at 48*2
1737     // C Side impair SM, nSupMod%2=1; A side pair SM, nSupMod%2=0
1738     if(shared && iSupMod%2) ieta+=AliEMCALGeoParams::fgkEMCALCols;
1739
1740     if(cluster->E() > 0 && eCell > 0)
1741     {
1742       w  = GetCellWeight(eCell,cluster->E());
1743
1744       etai=(Double_t)ieta;
1745       phii=(Double_t)iphi;
1746       if(w > 0.0)
1747       {
1748         disp +=  w *((etai-etaMean)*(etai-etaMean)+(phii-phiMean)*(phii-phiMean));
1749         dEta +=  w * (etai-etaMean)*(etai-etaMean) ;
1750         dPhi +=  w * (phii-phiMean)*(phii-phiMean) ;
1751       }
1752     }
1753     else
1754       AliError(Form("Wrong energy %f and/or amplitude %f\n", eCell, cluster->E()));
1755   }// cell loop
1756
1757   //Normalize to the weigth and set shower shape parameters
1758   if (wtot > 0 && nstat > 1)
1759   {
1760     disp    /= wtot ;
1761     dEta    /= wtot ;
1762     dPhi    /= wtot ;
1763     sEta    /= wtot ;
1764     sPhi    /= wtot ;
1765     sEtaPhi /= wtot ;
1766
1767     sEta    -= etaMean * etaMean ;
1768     sPhi    -= phiMean * phiMean ;
1769     sEtaPhi -= etaMean * phiMean ;
1770
1771     l0 = (0.5 * (sEta + sPhi) + TMath::Sqrt( 0.25 * (sEta - sPhi) * (sEta - sPhi) + sEtaPhi * sEtaPhi ));
1772     l1 = (0.5 * (sEta + sPhi) - TMath::Sqrt( 0.25 * (sEta - sPhi) * (sEta - sPhi) + sEtaPhi * sEtaPhi ));
1773   }
1774   else
1775   {
1776     l0   = 0. ;
1777     l1   = 0. ;
1778     dEta = 0. ; dPhi = 0. ; disp    = 0. ;
1779     sEta = 0. ; sPhi = 0. ; sEtaPhi = 0. ;
1780   }
1781
1782 }
1783
1784 //____________________________________________________________________________________________
1785 void AliEMCALRecoUtils::RecalculateClusterShowerShapeParameters(const AliEMCALGeometry * geom,
1786                                                                 AliVCaloCells* cells,
1787                                                                 AliVCluster * cluster)
1788 {
1789   // Calculates new center of gravity in the local EMCAL-module coordinates
1790   // and tranfers into global ALICE coordinates
1791   // Calculates Dispersion and main axis and puts them into the cluster
1792
1793   Float_t l0   = 0., l1   = 0.;
1794   Float_t disp = 0., dEta = 0., dPhi    = 0.;
1795   Float_t sEta = 0., sPhi = 0., sEtaPhi = 0.;
1796
1797   AliEMCALRecoUtils::RecalculateClusterShowerShapeParameters(geom,cells,cluster,l0,l1,disp,
1798                                                              dEta, dPhi, sEta, sPhi, sEtaPhi);
1799
1800   cluster->SetM02(l0);
1801   cluster->SetM20(l1);
1802   if(disp > 0. ) cluster->SetDispersion(TMath::Sqrt(disp)) ;
1803
1804 }
1805
1806 //____________________________________________________________________________
1807 void AliEMCALRecoUtils::FindMatches(AliVEvent *event,
1808                                     TObjArray * clusterArr,
1809                                     const AliEMCALGeometry *geom)
1810 {
1811   //This function should be called before the cluster loop
1812   //Before call this function, please recalculate the cluster positions
1813   //Given the input event, loop over all the tracks, select the closest cluster as matched with fCutR
1814   //Store matched cluster indexes and residuals
1815
1816   fMatchedTrackIndex  ->Reset();
1817   fMatchedClusterIndex->Reset();
1818   fResidualPhi->Reset();
1819   fResidualEta->Reset();
1820
1821   fMatchedTrackIndex  ->Set(1000);
1822   fMatchedClusterIndex->Set(1000);
1823   fResidualPhi->Set(1000);
1824   fResidualEta->Set(1000);
1825
1826   AliESDEvent* esdevent = dynamic_cast<AliESDEvent*> (event);
1827   AliAODEvent* aodevent = dynamic_cast<AliAODEvent*> (event);
1828
1829   // init the magnetic field if not already on
1830   if(!TGeoGlobalMagField::Instance()->GetField())
1831   {
1832     if (!event->InitMagneticField())
1833     {
1834       AliInfo("Mag Field not initialized, null esd/aod evetn pointers");
1835     }
1836
1837   } // Init mag field
1838
1839   if (esdevent) {
1840     UInt_t mask1 = esdevent->GetESDRun()->GetDetectorsInDAQ();
1841     UInt_t mask2 = esdevent->GetESDRun()->GetDetectorsInReco();
1842     Bool_t desc1 = (mask1 >> 3) & 0x1;
1843     Bool_t desc2 = (mask2 >> 3) & 0x1;
1844     if (desc1==0 || desc2==0) {
1845 //       AliError(Form("TPC not in DAQ/RECO: %u (%u)/%u (%u)",
1846 //       mask1, esdevent->GetESDRun()->GetDetectorsInReco(),
1847 //       mask2, esdevent->GetESDRun()->GetDetectorsInDAQ()));
1848       fITSTrackSA=kTRUE;
1849     }
1850   }
1851
1852   TObjArray *clusterArray = 0x0;
1853   if(!clusterArr)
1854   {
1855     clusterArray = new TObjArray(event->GetNumberOfCaloClusters());
1856     for(Int_t icl=0; icl<event->GetNumberOfCaloClusters(); icl++)
1857     {
1858       AliVCluster *cluster = (AliVCluster*) event->GetCaloCluster(icl);
1859       if(geom && !IsGoodCluster(cluster,geom,(AliVCaloCells*)event->GetEMCALCells())) continue;
1860       clusterArray->AddAt(cluster,icl);
1861     }
1862   }
1863
1864   Int_t    matched=0;
1865   Double_t cv[21];
1866   for (Int_t i=0; i<21;i++) cv[i]=0;
1867   for(Int_t itr=0; itr<event->GetNumberOfTracks(); itr++)
1868   {
1869     AliExternalTrackParam *trackParam = 0;
1870
1871     //If the input event is ESD, the starting point for extrapolation is TPCOut, if available, or TPCInner
1872     AliESDtrack *esdTrack = 0;
1873     AliAODTrack *aodTrack = 0;
1874     if(esdevent)
1875     {
1876       esdTrack = esdevent->GetTrack(itr);
1877       if(!esdTrack) continue;
1878       if(!IsAccepted(esdTrack)) continue;
1879       if(esdTrack->Pt()<fCutMinTrackPt) continue;
1880       Double_t phi = esdTrack->Phi()*TMath::RadToDeg();
1881       if(TMath::Abs(esdTrack->Eta())>0.8 || phi <= 20 || phi >= 240 ) continue;
1882       if(!fITSTrackSA)
1883         trackParam =  const_cast<AliExternalTrackParam*>(esdTrack->GetInnerParam());  // if TPC Available
1884       else
1885         trackParam =  new AliExternalTrackParam(*esdTrack); // If ITS Track Standing alone
1886     }
1887
1888     //If the input event is AOD, the starting point for extrapolation is at vertex
1889     //AOD tracks are selected according to its filterbit.
1890     else if(aodevent)
1891     {
1892       aodTrack = aodevent->GetTrack(itr);
1893       if(!aodTrack) continue;
1894
1895       if(fAODTPCOnlyTracks) // Match with TPC only tracks, default from May 2013, before filter bit 32
1896       {
1897         //printf("Match with TPC only tracks, accept? %d, test bit 128 <%d> \n", aodTrack->IsTPCOnly(), aodTrack->TestFilterMask(128));
1898         if(!aodTrack->IsTPCOnly()) continue ;
1899       }
1900       else if(fAODHybridTracks) // Match with hybrid tracks
1901       {
1902         //printf("Match with Hybrid tracks, accept? %d \n", aodTrack->IsHybridGlobalConstrainedGlobal());
1903         if(!aodTrack->IsHybridGlobalConstrainedGlobal()) continue ;
1904       }
1905       else // Match with tracks on a mask
1906       {
1907         //printf("Match with tracks having filter bit mask %d, accept? %d \n",fAODFilterMask,aodTrack->TestFilterMask(fAODFilterMask));
1908         if(!aodTrack->TestFilterMask(fAODFilterMask) ) continue; //Select AOD tracks
1909       }
1910
1911       if(aodTrack->Pt()<fCutMinTrackPt) continue;
1912
1913       Double_t phi = aodTrack->Phi()*TMath::RadToDeg();
1914       if(TMath::Abs(aodTrack->Eta())>0.8 || phi <= 20 || phi >= 240 ) continue;
1915       Double_t pos[3],mom[3];
1916       aodTrack->GetXYZ(pos);
1917       aodTrack->GetPxPyPz(mom);
1918       AliDebug(5,Form("aod track: i=%d | pos=(%5.4f,%5.4f,%5.4f) | mom=(%5.4f,%5.4f,%5.4f) | charge=%d\n",itr,pos[0],pos[1],pos[2],mom[0],mom[1],mom[2],aodTrack->Charge()));
1919
1920       trackParam= new AliExternalTrackParam(pos,mom,cv,aodTrack->Charge());
1921     }
1922
1923     //Return if the input data is not "AOD" or "ESD"
1924     else
1925     {
1926       printf("Wrong input data type! Should be \"AOD\" or \"ESD\"\n");
1927       if(clusterArray)
1928       {
1929         clusterArray->Clear();
1930         delete clusterArray;
1931       }
1932       return;
1933     }
1934
1935     if(!trackParam) continue;
1936
1937     //Extrapolate the track to EMCal surface
1938     AliExternalTrackParam emcalParam(*trackParam);
1939     Float_t eta, phi, pt;
1940     if(!ExtrapolateTrackToEMCalSurface(&emcalParam, fEMCalSurfaceDistance, fMass, fStepSurface, eta, phi, pt))
1941     {
1942       if(aodevent && trackParam) delete trackParam;
1943       if(fITSTrackSA && trackParam) delete trackParam;
1944       continue;
1945     }
1946
1947     if(TMath::Abs(eta)>0.75 || (phi) < 70*TMath::DegToRad() || (phi) > 190*TMath::DegToRad())
1948     {
1949       if(aodevent && trackParam) delete trackParam;
1950       if(fITSTrackSA && trackParam) delete trackParam;
1951       continue;
1952     }
1953
1954     //Find matched clusters
1955     Int_t index = -1;
1956     Float_t dEta = -999, dPhi = -999;
1957     if(!clusterArr)
1958     {
1959       index = FindMatchedClusterInClusterArr(&emcalParam, &emcalParam, clusterArray, dEta, dPhi);
1960     }
1961     else
1962     {
1963       index = FindMatchedClusterInClusterArr(&emcalParam, &emcalParam, clusterArr, dEta, dPhi);
1964     }
1965
1966     if(index>-1)
1967     {
1968       fMatchedTrackIndex   ->AddAt(itr,matched);
1969       fMatchedClusterIndex ->AddAt(index,matched);
1970       fResidualEta         ->AddAt(dEta,matched);
1971       fResidualPhi         ->AddAt(dPhi,matched);
1972       matched++;
1973     }
1974     if(aodevent && trackParam) delete trackParam;
1975     if(fITSTrackSA && trackParam) delete trackParam;
1976   }//track loop
1977
1978   if(clusterArray)
1979   {
1980     clusterArray->Clear();
1981     delete clusterArray;
1982   }
1983
1984   AliDebug(2,Form("Number of matched pairs = %d !\n",matched));
1985
1986   fMatchedTrackIndex   ->Set(matched);
1987   fMatchedClusterIndex ->Set(matched);
1988   fResidualPhi         ->Set(matched);
1989   fResidualEta         ->Set(matched);
1990 }
1991
1992 //________________________________________________________________________________
1993 Int_t AliEMCALRecoUtils::FindMatchedClusterInEvent(const AliESDtrack *track,
1994                                                    const AliVEvent *event,
1995                                                    const AliEMCALGeometry *geom,
1996                                                    Float_t &dEta, Float_t &dPhi)
1997 {
1998   //
1999   // This function returns the index of matched cluster to input track
2000   // Returns -1 if no match is found
2001   Int_t index = -1;
2002   Double_t phiV = track->Phi()*TMath::RadToDeg();
2003   if(TMath::Abs(track->Eta())>0.8 || phiV <= 20 || phiV >= 240 ) return index;
2004   AliExternalTrackParam *trackParam = 0;
2005   if(!fITSTrackSA)
2006     trackParam = const_cast<AliExternalTrackParam*>(track->GetInnerParam());  // If TPC
2007   else
2008     trackParam = new AliExternalTrackParam(*track);
2009
2010   if(!trackParam) return index;
2011   AliExternalTrackParam emcalParam(*trackParam);
2012   Float_t eta, phi, pt;
2013
2014   if(!ExtrapolateTrackToEMCalSurface(&emcalParam, fEMCalSurfaceDistance, fMass, fStepSurface, eta, phi, pt))    {
2015         if(fITSTrackSA) delete trackParam;
2016         return index;
2017   }
2018   if(TMath::Abs(eta)>0.75 || (phi) < 70*TMath::DegToRad() || (phi) > 190*TMath::DegToRad()){
2019         if(fITSTrackSA) delete trackParam;
2020         return index;
2021   }
2022
2023   TObjArray *clusterArr = new TObjArray(event->GetNumberOfCaloClusters());
2024
2025   for(Int_t icl=0; icl<event->GetNumberOfCaloClusters(); icl++)
2026   {
2027     AliVCluster *cluster = (AliVCluster*) event->GetCaloCluster(icl);
2028     if(geom && !IsGoodCluster(cluster,geom,(AliVCaloCells*)event->GetEMCALCells())) continue;
2029     clusterArr->AddAt(cluster,icl);
2030   }
2031
2032   index = FindMatchedClusterInClusterArr(&emcalParam, &emcalParam, clusterArr, dEta, dPhi);
2033   clusterArr->Clear();
2034   delete clusterArr;
2035   if(fITSTrackSA) delete trackParam;
2036
2037   return index;
2038 }
2039
2040 //_______________________________________________________________________________________________
2041 Int_t  AliEMCALRecoUtils::FindMatchedClusterInClusterArr(const AliExternalTrackParam *emcalParam,
2042                                                          AliExternalTrackParam *trkParam,
2043                                                          const TObjArray * clusterArr,
2044                                                          Float_t &dEta, Float_t &dPhi)
2045 {
2046   // Find matched cluster in array
2047
2048   dEta=-999, dPhi=-999;
2049   Float_t dRMax = fCutR, dEtaMax=fCutEta, dPhiMax=fCutPhi;
2050   Int_t index = -1;
2051   Float_t tmpEta=-999, tmpPhi=-999;
2052
2053   Double_t exPos[3] = {0.,0.,0.};
2054   if(!emcalParam->GetXYZ(exPos)) return index;
2055
2056   Float_t clsPos[3] = {0.,0.,0.};
2057   for(Int_t icl=0; icl<clusterArr->GetEntriesFast(); icl++)
2058   {
2059     AliVCluster *cluster = dynamic_cast<AliVCluster*> (clusterArr->At(icl)) ;
2060     if(!cluster || !cluster->IsEMCAL()) continue;
2061     cluster->GetPosition(clsPos);
2062     Double_t dR = TMath::Sqrt(TMath::Power(exPos[0]-clsPos[0],2)+TMath::Power(exPos[1]-clsPos[1],2)+TMath::Power(exPos[2]-clsPos[2],2));
2063     if(dR > fClusterWindow) continue;
2064
2065     AliExternalTrackParam trkPamTmp (*trkParam);//Retrieve the starting point every time before the extrapolation
2066     if(!ExtrapolateTrackToCluster(&trkPamTmp, cluster, fMass, fStepCluster, tmpEta, tmpPhi)) continue;
2067     if(fCutEtaPhiSum)
2068     {
2069       Float_t tmpR=TMath::Sqrt(tmpEta*tmpEta + tmpPhi*tmpPhi);
2070       if(tmpR<dRMax)
2071       {
2072         dRMax=tmpR;
2073         dEtaMax=tmpEta;
2074         dPhiMax=tmpPhi;
2075         index=icl;
2076       }
2077     }
2078     else if(fCutEtaPhiSeparate)
2079     {
2080       if(TMath::Abs(tmpEta)<TMath::Abs(dEtaMax) && TMath::Abs(tmpPhi)<TMath::Abs(dPhiMax))
2081       {
2082         dEtaMax = tmpEta;
2083         dPhiMax = tmpPhi;
2084         index=icl;
2085       }
2086     }
2087     else
2088     {
2089       printf("Error: please specify your cut criteria\n");
2090       printf("To cut on sqrt(dEta^2+dPhi^2), use: SwitchOnCutEtaPhiSum()\n");
2091       printf("To cut on dEta and dPhi separately, use: SwitchOnCutEtaPhiSeparate()\n");
2092       return index;
2093     }
2094   }
2095
2096   dEta=dEtaMax;
2097   dPhi=dPhiMax;
2098
2099   return index;
2100 }
2101
2102 //------------------------------------------------------------------------------------
2103 Bool_t AliEMCALRecoUtils::ExtrapolateTrackToEMCalSurface(AliVTrack *track,
2104                                                          Double_t emcalR, Double_t mass, Double_t step)
2105 {
2106   // Extrpolate track to EMCAL surface
2107
2108   track->SetTrackPhiEtaPtOnEMCal(-999, -999, -999);
2109
2110   if (track->Pt()<0.350)
2111     return kFALSE;
2112
2113   Double_t phi = track->Phi()*TMath::RadToDeg();
2114   if (TMath::Abs(track->Eta())>0.9 || phi <= 10 || phi >= 250)
2115     return kFALSE;
2116
2117   AliESDtrack *esdt = dynamic_cast<AliESDtrack*>(track);
2118   AliAODTrack *aodt = 0;
2119   if (!esdt) {
2120     aodt = dynamic_cast<AliAODTrack*>(track);
2121     if (!aodt)
2122       return kFALSE;
2123   }
2124
2125   if (mass<0) {
2126     Bool_t onlyTPC = kFALSE;
2127     if (mass==-99)
2128       onlyTPC=kTRUE;
2129     if (esdt)
2130       mass = esdt->GetMass(onlyTPC);
2131     else
2132       mass = aodt->M();
2133   }
2134
2135   AliExternalTrackParam *trackParam = 0;
2136   if (esdt) {
2137     trackParam = new AliExternalTrackParam(*esdt->GetInnerParam());
2138   } else {
2139     Double_t xyz[3] = {0}, pxpypz[3] = {0}, cv[21] = {0};
2140     aodt->PxPyPz(pxpypz);
2141     aodt->XvYvZv(xyz);
2142     aodt->GetCovarianceXYZPxPyPz(cv);
2143     trackParam = new AliExternalTrackParam(xyz,pxpypz,cv,aodt->Charge());
2144   }
2145   if (!trackParam)
2146     return kFALSE;
2147
2148   Float_t etaout=-999, phiout=-999, ptout=-999;
2149   Bool_t ret = ExtrapolateTrackToEMCalSurface(trackParam,
2150                                               emcalR,
2151                                               mass,
2152                                               step,
2153                                               etaout,
2154                                               phiout,
2155                                               ptout);
2156   delete trackParam;
2157   if (!ret)
2158     return kFALSE;
2159   if (TMath::Abs(etaout)>0.75 || (phiout<70*TMath::DegToRad()) || (phiout>190*TMath::DegToRad()))
2160     return kFALSE;
2161   track->SetTrackPhiEtaPtOnEMCal(phiout, etaout, ptout);
2162   return kTRUE;
2163 }
2164
2165
2166 //------------------------------------------------------------------------------------
2167 Bool_t AliEMCALRecoUtils::ExtrapolateTrackToEMCalSurface(AliExternalTrackParam *trkParam,
2168                                                          const Double_t emcalR,
2169                                                          const Double_t mass,
2170                                                          const Double_t step,
2171                                                          Float_t &eta,
2172                                                          Float_t &phi,
2173                                                          Float_t &pt)
2174 {
2175   //Extrapolate track to EMCAL surface
2176
2177   eta = -999, phi = -999, pt = -999;
2178   if(!trkParam) return kFALSE;
2179   if(!AliTrackerBase::PropagateTrackToBxByBz(trkParam, emcalR, mass, step, kTRUE, 0.8, -1)) return kFALSE;
2180   Double_t trkPos[3] = {0.,0.,0.};
2181   if(!trkParam->GetXYZ(trkPos)) return kFALSE;
2182   TVector3 trkPosVec(trkPos[0],trkPos[1],trkPos[2]);
2183   eta = trkPosVec.Eta();
2184   phi = trkPosVec.Phi();
2185   pt = trkParam->Pt();
2186   if(phi<0)
2187     phi += 2*TMath::Pi();
2188
2189   return kTRUE;
2190 }
2191
2192 //-----------------------------------------------------------------------------------
2193 Bool_t AliEMCALRecoUtils::ExtrapolateTrackToPosition(AliExternalTrackParam *trkParam,
2194                                                      const Float_t *clsPos,
2195                                                      Double_t mass,
2196                                                      Double_t step,
2197                                                      Float_t &tmpEta,
2198                                                      Float_t &tmpPhi)
2199 {
2200   //
2201   //Return the residual by extrapolating a track param to a global position
2202   //
2203   tmpEta = -999;
2204   tmpPhi = -999;
2205   if(!trkParam) return kFALSE;
2206   Double_t trkPos[3] = {0.,0.,0.};
2207   TVector3 vec(clsPos[0],clsPos[1],clsPos[2]);
2208   Double_t alpha =  ((int)(vec.Phi()*TMath::RadToDeg()/20)+0.5)*20*TMath::DegToRad();
2209   vec.RotateZ(-alpha); //Rotate the cluster to the local extrapolation coordinate system
2210   if(!AliTrackerBase::PropagateTrackToBxByBz(trkParam, vec.X(), mass, step,kTRUE, 0.8, -1)) return kFALSE;
2211   if(!trkParam->GetXYZ(trkPos)) return kFALSE; //Get the extrapolated global position
2212
2213   TVector3 clsPosVec(clsPos[0],clsPos[1],clsPos[2]);
2214   TVector3 trkPosVec(trkPos[0],trkPos[1],trkPos[2]);
2215
2216   // track cluster matching
2217   tmpPhi = clsPosVec.DeltaPhi(trkPosVec);    // tmpPhi is between -pi and pi
2218   tmpEta = clsPosVec.Eta()-trkPosVec.Eta();
2219
2220   return kTRUE;
2221 }
2222
2223 //----------------------------------------------------------------------------------
2224 Bool_t AliEMCALRecoUtils::ExtrapolateTrackToCluster(AliExternalTrackParam *trkParam,
2225                                                     const AliVCluster *cluster,
2226                                                     const Double_t mass,
2227                                                     const Double_t step,
2228                                                     Float_t &tmpEta,
2229                                                     Float_t &tmpPhi)
2230 {
2231   //
2232   //Return the residual by extrapolating a track param to a cluster
2233   //
2234   tmpEta = -999;
2235   tmpPhi = -999;
2236   if(!cluster || !trkParam) return kFALSE;
2237
2238   Float_t clsPos[3] = {0.,0.,0.};
2239   cluster->GetPosition(clsPos);
2240
2241   return ExtrapolateTrackToPosition(trkParam, clsPos, mass, step, tmpEta, tmpPhi);
2242 }
2243
2244 //---------------------------------------------------------------------------------
2245 Bool_t AliEMCALRecoUtils::ExtrapolateTrackToCluster(AliExternalTrackParam *trkParam,
2246                                                     const AliVCluster *cluster,
2247                                                     Float_t &tmpEta,
2248                                                     Float_t &tmpPhi)
2249 {
2250   //
2251   //Return the residual by extrapolating a track param to a clusterfStepCluster
2252   //
2253
2254   return ExtrapolateTrackToCluster(trkParam, cluster, fMass, fStepCluster, tmpEta, tmpPhi);
2255 }
2256
2257 //_______________________________________________________________________
2258 void AliEMCALRecoUtils::GetMatchedResiduals(const Int_t clsIndex,
2259                                             Float_t &dEta, Float_t &dPhi)
2260 {
2261   //Given a cluster index as in AliESDEvent::GetCaloCluster(clsIndex)
2262   //Get the residuals dEta and dPhi for this cluster to the closest track
2263   //Works with ESDs and AODs
2264
2265   if( FindMatchedPosForCluster(clsIndex) >= 999 )
2266   {
2267     AliDebug(2,"No matched tracks found!\n");
2268     dEta=999.;
2269     dPhi=999.;
2270     return;
2271   }
2272   dEta = fResidualEta->At(FindMatchedPosForCluster(clsIndex));
2273   dPhi = fResidualPhi->At(FindMatchedPosForCluster(clsIndex));
2274 }
2275
2276 //______________________________________________________________________________________________
2277 void AliEMCALRecoUtils::GetMatchedClusterResiduals(Int_t trkIndex, Float_t &dEta, Float_t &dPhi)
2278 {
2279   //Given a track index as in AliESDEvent::GetTrack(trkIndex)
2280   //Get the residuals dEta and dPhi for this track to the closest cluster
2281   //Works with ESDs and AODs
2282
2283   if( FindMatchedPosForTrack(trkIndex) >= 999 )
2284   {
2285     AliDebug(2,"No matched cluster found!\n");
2286     dEta=999.;
2287     dPhi=999.;
2288     return;
2289   }
2290   dEta = fResidualEta->At(FindMatchedPosForTrack(trkIndex));
2291   dPhi = fResidualPhi->At(FindMatchedPosForTrack(trkIndex));
2292 }
2293
2294 //__________________________________________________________
2295 Int_t AliEMCALRecoUtils::GetMatchedTrackIndex(Int_t clsIndex)
2296 {
2297   //Given a cluster index as in AliESDEvent::GetCaloCluster(clsIndex)
2298   //Get the index of matched track to this cluster
2299   //Works with ESDs and AODs
2300
2301   if(IsClusterMatched(clsIndex))
2302     return fMatchedTrackIndex->At(FindMatchedPosForCluster(clsIndex));
2303   else
2304     return -1;
2305 }
2306
2307 //__________________________________________________________
2308 Int_t AliEMCALRecoUtils::GetMatchedClusterIndex(Int_t trkIndex)
2309 {
2310   //Given a track index as in AliESDEvent::GetTrack(trkIndex)
2311   //Get the index of matched cluster to this track
2312   //Works with ESDs and AODs
2313
2314   if(IsTrackMatched(trkIndex))
2315     return fMatchedClusterIndex->At(FindMatchedPosForTrack(trkIndex));
2316   else
2317     return -1;
2318 }
2319
2320 //______________________________________________________________
2321 Bool_t AliEMCALRecoUtils::IsClusterMatched(Int_t clsIndex) const
2322 {
2323   //Given a cluster index as in AliESDEvent::GetCaloCluster(clsIndex)
2324   //Returns if the cluster has a match
2325   if(FindMatchedPosForCluster(clsIndex) < 999)
2326     return kTRUE;
2327   else
2328     return kFALSE;
2329 }
2330
2331 //____________________________________________________________
2332 Bool_t AliEMCALRecoUtils::IsTrackMatched(Int_t trkIndex) const
2333 {
2334   //Given a track index as in AliESDEvent::GetTrack(trkIndex)
2335   //Returns if the track has a match
2336   if(FindMatchedPosForTrack(trkIndex) < 999)
2337     return kTRUE;
2338   else
2339     return kFALSE;
2340 }
2341
2342 //______________________________________________________________________
2343 UInt_t AliEMCALRecoUtils::FindMatchedPosForCluster(Int_t clsIndex) const
2344 {
2345   //Given a cluster index as in AliESDEvent::GetCaloCluster(clsIndex)
2346   //Returns the position of the match in the fMatchedClusterIndex array
2347   Float_t tmpR = fCutR;
2348   UInt_t pos = 999;
2349
2350   for(Int_t i=0; i<fMatchedClusterIndex->GetSize(); i++)
2351   {
2352     if(fMatchedClusterIndex->At(i)==clsIndex)
2353     {
2354       Float_t r = TMath::Sqrt(fResidualEta->At(i)*fResidualEta->At(i) + fResidualPhi->At(i)*fResidualPhi->At(i));
2355       if(r<tmpR)
2356       {
2357         pos=i;
2358         tmpR=r;
2359         AliDebug(3,Form("Matched cluster index: index: %d, dEta: %2.4f, dPhi: %2.4f.\n",
2360                         fMatchedClusterIndex->At(i),fResidualEta->At(i),fResidualPhi->At(i)));
2361       }
2362     }
2363   }
2364   return pos;
2365 }
2366
2367 //____________________________________________________________________
2368 UInt_t AliEMCALRecoUtils::FindMatchedPosForTrack(Int_t trkIndex) const
2369 {
2370   //Given a track index as in AliESDEvent::GetTrack(trkIndex)
2371   //Returns the position of the match in the fMatchedTrackIndex array
2372   Float_t tmpR = fCutR;
2373   UInt_t pos = 999;
2374
2375   for(Int_t i=0; i<fMatchedTrackIndex->GetSize(); i++)
2376   {
2377     if(fMatchedTrackIndex->At(i)==trkIndex)
2378     {
2379       Float_t r = TMath::Sqrt(fResidualEta->At(i)*fResidualEta->At(i) + fResidualPhi->At(i)*fResidualPhi->At(i));
2380       if(r<tmpR)
2381       {
2382         pos=i;
2383         tmpR=r;
2384         AliDebug(3,Form("Matched track index: index: %d, dEta: %2.4f, dPhi: %2.4f.\n",
2385                         fMatchedTrackIndex->At(i),fResidualEta->At(i),fResidualPhi->At(i)));
2386       }
2387     }
2388   }
2389   return pos;
2390 }
2391
2392 //__________________________________________________________________________
2393 Bool_t AliEMCALRecoUtils::IsGoodCluster(AliVCluster *cluster,
2394                                         const AliEMCALGeometry *geom,
2395                                         AliVCaloCells* cells,const Int_t bc)
2396 {
2397   // check if the cluster survives some quality cut
2398   //
2399   //
2400   Bool_t isGood=kTRUE;
2401
2402   if(!cluster || !cluster->IsEMCAL())              return kFALSE;
2403
2404   if(ClusterContainsBadChannel(geom,cluster->GetCellsAbsId(),cluster->GetNCells())) return kFALSE;
2405
2406   if(!CheckCellFiducialRegion(geom,cluster,cells)) return kFALSE;
2407
2408   if(IsExoticCluster(cluster, cells,bc))           return kFALSE;
2409
2410   return isGood;
2411 }
2412
2413 //__________________________________________________________
2414 Bool_t AliEMCALRecoUtils::IsAccepted(AliESDtrack *esdTrack)
2415 {
2416   // Given a esd track, return whether the track survive all the cuts
2417
2418   // The different quality parameter are first
2419   // retrieved from the track. then it is found out what cuts the
2420   // track did not survive and finally the cuts are imposed.
2421
2422   UInt_t status = esdTrack->GetStatus();
2423
2424   Int_t nClustersITS = esdTrack->GetITSclusters(0);
2425   Int_t nClustersTPC = esdTrack->GetTPCclusters(0);
2426
2427   Float_t chi2PerClusterITS = -1;
2428   Float_t chi2PerClusterTPC = -1;
2429   if (nClustersITS!=0)
2430     chi2PerClusterITS = esdTrack->GetITSchi2()/Float_t(nClustersITS);
2431   if (nClustersTPC!=0)
2432     chi2PerClusterTPC = esdTrack->GetTPCchi2()/Float_t(nClustersTPC);
2433
2434
2435   //DCA cuts
2436   if(fTrackCutsType==kGlobalCut)
2437     {
2438       Float_t maxDCAToVertexXYPtDep = 0.0182 + 0.0350/TMath::Power(esdTrack->Pt(),1.01); //This expression comes from AliESDtrackCuts::GetStandardITSTPCTrackCuts2010()
2439       //AliDebug(3,Form("Track pT = %f, DCAtoVertexXY = %f",esdTrack->Pt(),MaxDCAToVertexXYPtDep));
2440       SetMaxDCAToVertexXY(maxDCAToVertexXYPtDep); //Set pT dependent DCA cut to vertex in x-y plane
2441     }
2442
2443
2444   Float_t b[2];
2445   Float_t bCov[3];
2446   esdTrack->GetImpactParameters(b,bCov);
2447   if (bCov[0]<=0 || bCov[2]<=0)
2448   {
2449     AliDebug(1, "Estimated b resolution lower or equal zero!");
2450     bCov[0]=0; bCov[2]=0;
2451   }
2452
2453   Float_t dcaToVertexXY = b[0];
2454   Float_t dcaToVertexZ = b[1];
2455   Float_t dcaToVertex = -1;
2456
2457   if (fCutDCAToVertex2D)
2458     dcaToVertex = TMath::Sqrt(dcaToVertexXY*dcaToVertexXY/fCutMaxDCAToVertexXY/fCutMaxDCAToVertexXY + dcaToVertexZ*dcaToVertexZ/fCutMaxDCAToVertexZ/fCutMaxDCAToVertexZ);
2459   else
2460     dcaToVertex = TMath::Sqrt(dcaToVertexXY*dcaToVertexXY + dcaToVertexZ*dcaToVertexZ);
2461
2462   // cut the track?
2463
2464   Bool_t cuts[kNCuts];
2465   for (Int_t i=0; i<kNCuts; i++) cuts[i]=kFALSE;
2466
2467   // track quality cuts
2468   if (fCutRequireTPCRefit && (status&AliESDtrack::kTPCrefit)==0)
2469     cuts[0]=kTRUE;
2470   if (fCutRequireITSRefit && (status&AliESDtrack::kITSrefit)==0)
2471     cuts[1]=kTRUE;
2472   if (nClustersTPC<fCutMinNClusterTPC)
2473     cuts[2]=kTRUE;
2474   if (nClustersITS<fCutMinNClusterITS)
2475     cuts[3]=kTRUE;
2476   if (chi2PerClusterTPC>fCutMaxChi2PerClusterTPC)
2477     cuts[4]=kTRUE;
2478   if (chi2PerClusterITS>fCutMaxChi2PerClusterITS)
2479     cuts[5]=kTRUE;
2480   if (!fCutAcceptKinkDaughters && esdTrack->GetKinkIndex(0)>0)
2481     cuts[6]=kTRUE;
2482   if (fCutDCAToVertex2D && dcaToVertex > 1)
2483     cuts[7] = kTRUE;
2484   if (!fCutDCAToVertex2D && TMath::Abs(dcaToVertexXY) > fCutMaxDCAToVertexXY)
2485     cuts[8] = kTRUE;
2486   if (!fCutDCAToVertex2D && TMath::Abs(dcaToVertexZ) > fCutMaxDCAToVertexZ)
2487     cuts[9] = kTRUE;
2488
2489   if(fTrackCutsType==kGlobalCut)
2490     {
2491       //Require at least one SPD point + anything else in ITS
2492       if( (esdTrack->HasPointOnITSLayer(0) || esdTrack->HasPointOnITSLayer(1)) == kFALSE)
2493   cuts[10] = kTRUE;
2494     }
2495
2496       // ITS
2497   if(fCutRequireITSStandAlone || fCutRequireITSpureSA){
2498     if ((status & AliESDtrack::kITSin) == 0 || (status & AliESDtrack::kTPCin)){
2499       // TPC tracks
2500       cuts[11] = kTRUE;
2501     }else{
2502       // ITS standalone tracks
2503       if(fCutRequireITSStandAlone && !fCutRequireITSpureSA){
2504         if(status & AliESDtrack::kITSpureSA) cuts[11] = kTRUE;
2505       }else if(fCutRequireITSpureSA){
2506         if(!(status & AliESDtrack::kITSpureSA)) cuts[11] = kTRUE;
2507       }
2508     }
2509   }
2510
2511   Bool_t cut=kFALSE;
2512   for (Int_t i=0; i<kNCuts; i++)
2513     if (cuts[i]) { cut = kTRUE ; }
2514
2515     // cut the track
2516   if (cut)
2517     return kFALSE;
2518   else
2519     return kTRUE;
2520 }
2521
2522 //_____________________________________
2523 void AliEMCALRecoUtils::InitTrackCuts()
2524 {
2525   //Intilize the track cut criteria
2526   //By default these cuts are set according to AliESDtrackCuts::GetStandardTPCOnlyTrackCuts()
2527   //Also you can customize the cuts using the setters
2528
2529   switch (fTrackCutsType)
2530   {
2531     case kTPCOnlyCut:
2532     {
2533       AliInfo(Form("Track cuts for matching: GetStandardTPCOnlyTrackCuts()"));
2534       //TPC
2535       SetMinNClustersTPC(70);
2536       SetMaxChi2PerClusterTPC(4);
2537       SetAcceptKinkDaughters(kFALSE);
2538       SetRequireTPCRefit(kFALSE);
2539
2540       //ITS
2541       SetRequireITSRefit(kFALSE);
2542       SetMaxDCAToVertexZ(3.2);
2543       SetMaxDCAToVertexXY(2.4);
2544       SetDCAToVertex2D(kTRUE);
2545
2546       break;
2547     }
2548
2549     case kGlobalCut:
2550     {
2551       AliInfo(Form("Track cuts for matching: GetStandardITSTPCTrackCuts2010(kTURE)"));
2552       //TPC
2553       SetMinNClustersTPC(70);
2554       SetMaxChi2PerClusterTPC(4);
2555       SetAcceptKinkDaughters(kFALSE);
2556       SetRequireTPCRefit(kTRUE);
2557
2558       //ITS
2559       SetRequireITSRefit(kTRUE);
2560       SetMaxDCAToVertexZ(2);
2561       SetMaxDCAToVertexXY();
2562       SetDCAToVertex2D(kFALSE);
2563
2564       break;
2565     }
2566
2567     case kLooseCut:
2568     {
2569       AliInfo(Form("Track cuts for matching: Loose cut w/o DCA cut"));
2570       SetMinNClustersTPC(50);
2571       SetAcceptKinkDaughters(kTRUE);
2572
2573       break;
2574     }
2575
2576     case kITSStandAlone:
2577     {
2578       AliInfo(Form("Track cuts for matching: ITS Stand Alone tracks cut w/o DCA cut"));
2579       SetRequireITSRefit(kTRUE);
2580       SetRequireITSStandAlone(kTRUE);
2581       SetITSTrackSA(kTRUE);
2582       break;
2583     }
2584
2585   }
2586 }
2587
2588
2589 //________________________________________________________________________
2590 void AliEMCALRecoUtils::SetClusterMatchedToTrack(const AliVEvent *event)
2591 {
2592   // Checks if tracks are matched to EMC clusters and set the matched EMCAL cluster index to ESD track.
2593
2594   Int_t nTracks = event->GetNumberOfTracks();
2595   for (Int_t iTrack = 0; iTrack < nTracks; ++iTrack)
2596   {
2597     AliVTrack* track = dynamic_cast<AliVTrack*>(event->GetTrack(iTrack));
2598     if (!track)
2599     {
2600       AliWarning(Form("Could not receive track %d", iTrack));
2601       continue;
2602     }
2603
2604     Int_t matchClusIndex = GetMatchedClusterIndex(iTrack);
2605     track->SetEMCALcluster(matchClusIndex); //sets -1 if track not matched within residual
2606     /*the following can be done better if AliVTrack::SetStatus will be there. Patch pending with Andreas/Peter*/
2607     AliESDtrack* esdtrack = dynamic_cast<AliESDtrack*>(track);
2608     if (esdtrack) {
2609       if(matchClusIndex != -1)
2610         esdtrack->SetStatus(AliESDtrack::kEMCALmatch);
2611       else
2612         esdtrack->ResetStatus(AliESDtrack::kEMCALmatch);
2613     } else {
2614       AliAODTrack* aodtrack = dynamic_cast<AliAODTrack*>(track);
2615       if(matchClusIndex != -1)
2616         aodtrack->SetStatus(AliESDtrack::kEMCALmatch);
2617       else
2618         aodtrack->ResetStatus(AliESDtrack::kEMCALmatch);
2619     }
2620
2621   }
2622   AliDebug(2,"Track matched to closest cluster");
2623 }
2624
2625 //_________________________________________________________________________
2626 void AliEMCALRecoUtils::SetTracksMatchedToCluster(const AliVEvent *event)
2627 {
2628   // Checks if EMC clusters are matched to ESD track.
2629   // Adds track indexes of all the tracks matched to a cluster withing residuals in ESDCalocluster.
2630
2631   for (Int_t iClus=0; iClus < event->GetNumberOfCaloClusters(); ++iClus)
2632   {
2633     AliVCluster *cluster = event->GetCaloCluster(iClus);
2634     if (!cluster->IsEMCAL())
2635       continue;
2636
2637     Int_t nTracks = event->GetNumberOfTracks();
2638     TArrayI arrayTrackMatched(nTracks);
2639
2640     // Get the closest track matched to the cluster
2641     Int_t nMatched = 0;
2642     Int_t matchTrackIndex = GetMatchedTrackIndex(iClus);
2643     if (matchTrackIndex != -1)
2644     {
2645       arrayTrackMatched[nMatched] = matchTrackIndex;
2646       nMatched++;
2647     }
2648
2649     // Get all other tracks matched to the cluster
2650     for(Int_t iTrk=0; iTrk<nTracks; ++iTrk)
2651     {
2652       AliVTrack* track = dynamic_cast<AliVTrack*>(event->GetTrack(iTrk));
2653       if(iTrk == matchTrackIndex) continue;
2654       if(track->GetEMCALcluster() == iClus)
2655       {
2656         arrayTrackMatched[nMatched] = iTrk;
2657         ++nMatched;
2658       }
2659     }
2660
2661     //printf("Tender::SetTracksMatchedToCluster - cluster E %f, N matches %d, first match %d\n",cluster->E(),nMatched,arrayTrackMatched[0]);
2662
2663     arrayTrackMatched.Set(nMatched);
2664     AliESDCaloCluster *esdcluster = dynamic_cast<AliESDCaloCluster*>(cluster);
2665     if (esdcluster)
2666       esdcluster->AddTracksMatched(arrayTrackMatched);
2667     else if (nMatched>0) {
2668       AliAODCaloCluster *aodcluster = dynamic_cast<AliAODCaloCluster*>(cluster);
2669       if (aodcluster)
2670         aodcluster->AddTrackMatched(event->GetTrack(arrayTrackMatched.At(0)));
2671     }
2672
2673     Float_t eta= -999, phi = -999;
2674     if (matchTrackIndex != -1)
2675       GetMatchedResiduals(iClus, eta, phi);
2676     cluster->SetTrackDistance(phi, eta);
2677   }
2678
2679   AliDebug(2,"Cluster matched to tracks");
2680 }
2681
2682 //___________________________________________________
2683 void AliEMCALRecoUtils::Print(const Option_t *) const
2684 {
2685   // Print Parameters
2686
2687   printf("AliEMCALRecoUtils Settings: \n");
2688   printf("Misalignment shifts\n");
2689   for(Int_t i=0; i<5; i++) printf("\t sector %d, traslation (x,y,z)=(%f,%f,%f), rotation (x,y,z)=(%f,%f,%f)\n",i,
2690                                   fMisalTransShift[i*3],fMisalTransShift[i*3+1],fMisalTransShift[i*3+2],
2691                                   fMisalRotShift[i*3],  fMisalRotShift[i*3+1],  fMisalRotShift[i*3+2]   );
2692   printf("Non linearity function %d, parameters:\n", fNonLinearityFunction);
2693   for(Int_t i=0; i<6; i++) printf("param[%d]=%f\n",i, fNonLinearityParams[i]);
2694
2695   printf("Position Recalculation option %d, Particle Type %d, fW0 %2.2f, Recalibrate Data %d \n",fPosAlgo,fParticleType,fW0, fRecalibration);
2696
2697   printf("Matching criteria: ");
2698   if(fCutEtaPhiSum)
2699     {
2700       printf("sqrt(dEta^2+dPhi^2)<%4.3f\n",fCutR);
2701     }
2702   else if(fCutEtaPhiSeparate)
2703     {
2704       printf("dEta<%4.3f, dPhi<%4.3f\n",fCutEta,fCutPhi);
2705     }
2706   else
2707     {
2708       printf("Error\n");
2709       printf("please specify your cut criteria\n");
2710       printf("To cut on sqrt(dEta^2+dPhi^2), use: SwitchOnCutEtaPhiSum()\n");
2711       printf("To cut on dEta and dPhi separately, use: SwitchOnCutEtaPhiSeparate()\n");
2712     }
2713
2714   printf("Mass hypothesis = %2.3f [GeV/c^2], extrapolation step to surface = %2.2f[cm], step to cluster = %2.2f[cm]\n",fMass,fStepSurface, fStepCluster);
2715   printf("Cluster selection window: dR < %2.0f\n",fClusterWindow);
2716
2717   printf("Track cuts: \n");
2718   printf("Minimum track pT: %1.2f\n",fCutMinTrackPt);
2719   printf("AOD track selection: tpc only %d, or hybrid %d, or mask: %d\n",fAODTPCOnlyTracks,fAODHybridTracks, fAODFilterMask);
2720   printf("TPCRefit = %d, ITSRefit = %d\n",fCutRequireTPCRefit,fCutRequireITSRefit);
2721   printf("AcceptKinks = %d\n",fCutAcceptKinkDaughters);
2722   printf("MinNCulsterTPC = %d, MinNClusterITS = %d\n",fCutMinNClusterTPC,fCutMinNClusterITS);
2723   printf("MaxChi2TPC = %2.2f, MaxChi2ITS = %2.2f\n",fCutMaxChi2PerClusterTPC,fCutMaxChi2PerClusterITS);
2724   printf("DCSToVertex2D = %d, MaxDCAToVertexXY = %2.2f, MaxDCAToVertexZ = %2.2f\n",fCutDCAToVertex2D,fCutMaxDCAToVertexXY,fCutMaxDCAToVertexZ);
2725 }
2726