put back previous default value, although decission needs to be made to which one...
[u/mrichter/AliRoot.git] / EMCAL / AliEMCALRecoUtils.cxx
1 /**************************************************************************
2  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
3  *                                                                        *
4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
6  *                                                                        *
7  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
9  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
10  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
11  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
12  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
14  **************************************************************************/
15
16 /* $Id: AliEMCALRecoUtils.cxx | Sun Dec 8 06:56:48 2013 +0100 | Constantin Loizides  $ */
17
18 ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
19 //
20 // Class AliEMCALRecoUtils
21 // Some utilities to recalculate the cluster position or energy linearity
22 //
23 //
24 // Author:  Gustavo Conesa (LPSC- Grenoble) 
25 //          Track matching part: Rongrong Ma (Yale)
26
27 ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
28 // --- standard c ---
29
30 // standard C++ includes
31 //#include <Riostream.h>
32
33 // ROOT includes
34 #include <TGeoManager.h>
35 #include <TGeoMatrix.h>
36 #include <TGeoBBox.h>
37 #include <TH2F.h>
38 #include <TArrayI.h>
39 #include <TArrayF.h>
40 #include <TObjArray.h>
41
42 // STEER includes
43 #include "AliVCluster.h"
44 #include "AliVCaloCells.h"
45 #include "AliLog.h"
46 #include "AliPID.h"
47 #include "AliESDEvent.h"
48 #include "AliAODEvent.h"
49 #include "AliESDtrack.h"
50 #include "AliAODTrack.h"
51 #include "AliExternalTrackParam.h"
52 #include "AliESDfriendTrack.h"
53 #include "AliTrackerBase.h"
54
55 // EMCAL includes
56 #include "AliEMCALRecoUtils.h"
57 #include "AliEMCALGeometry.h"
58 #include "AliTrackerBase.h"
59 #include "AliEMCALPIDUtils.h"
60
61 ClassImp(AliEMCALRecoUtils)
62   
63 //_____________________________________
64 AliEMCALRecoUtils::AliEMCALRecoUtils():
65   fParticleType(0),                       fPosAlgo(0),                            fW0(0), 
66   fNonLinearityFunction(0),               fNonLinearThreshold(0),
67   fSmearClusterEnergy(kFALSE),            fRandom(),
68   fCellsRecalibrated(kFALSE),             fRecalibration(kFALSE),                 fEMCALRecalibrationFactors(),
69   fTimeRecalibration(kFALSE),             fEMCALTimeRecalibrationFactors(),       fUseRunCorrectionFactors(kFALSE),       
70   fRemoveBadChannels(kFALSE),             fRecalDistToBadChannels(kFALSE),        fEMCALBadChannelMap(),
71   fNCellsFromEMCALBorder(0),              fNoEMCALBorderAtEta0(kTRUE),
72   fRejectExoticCluster(kFALSE),           fRejectExoticCells(kFALSE), 
73   fExoticCellFraction(0),                 fExoticCellDiffTime(0),                 fExoticCellMinAmplitude(0),
74   fPIDUtils(),                            fAODFilterMask(0),
75   fAODHybridTracks(0),                    fAODTPCOnlyTracks(0),
76   fMatchedTrackIndex(0x0),                fMatchedClusterIndex(0x0), 
77   fResidualEta(0x0), fResidualPhi(0x0),   fCutEtaPhiSum(kFALSE),                  fCutEtaPhiSeparate(kFALSE), 
78   fCutR(0),                               fCutEta(0),                             fCutPhi(0),
79   fClusterWindow(0),                      fMass(0),                           
80   fStepSurface(0),                        fStepCluster(0),
81   fITSTrackSA(kFALSE),                    fEMCalSurfaceDistance(440.),
82   fTrackCutsType(0),                      fCutMinTrackPt(0),                      fCutMinNClusterTPC(0), 
83   fCutMinNClusterITS(0),                  fCutMaxChi2PerClusterTPC(0),            fCutMaxChi2PerClusterITS(0),
84   fCutRequireTPCRefit(kFALSE),            fCutRequireITSRefit(kFALSE),            fCutAcceptKinkDaughters(kFALSE),
85   fCutMaxDCAToVertexXY(0),                fCutMaxDCAToVertexZ(0),                 fCutDCAToVertex2D(kFALSE),
86   fCutRequireITSStandAlone(kFALSE),       fCutRequireITSpureSA(kFALSE) 
87 {
88 //
89   // Constructor.
90   // Initialize all constant values which have to be used
91   // during Reco algorithm execution
92   //
93   
94   // Init parameters
95   InitParameters();
96   
97   //Track matching
98   fMatchedTrackIndex     = new TArrayI();
99   fMatchedClusterIndex   = new TArrayI();
100   fResidualPhi           = new TArrayF();
101   fResidualEta           = new TArrayF();
102   fPIDUtils              = new AliEMCALPIDUtils();
103
104 }
105
106 //______________________________________________________________________
107 AliEMCALRecoUtils::AliEMCALRecoUtils(const AliEMCALRecoUtils & reco) 
108 : TNamed(reco), 
109   fParticleType(reco.fParticleType),                         fPosAlgo(reco.fPosAlgo),     fW0(reco.fW0),
110   fNonLinearityFunction(reco.fNonLinearityFunction),         fNonLinearThreshold(reco.fNonLinearThreshold),
111   fSmearClusterEnergy(reco.fSmearClusterEnergy),             fRandom(),
112   fCellsRecalibrated(reco.fCellsRecalibrated),
113   fRecalibration(reco.fRecalibration),                       fEMCALRecalibrationFactors(reco.fEMCALRecalibrationFactors),
114   fTimeRecalibration(reco.fTimeRecalibration),               fEMCALTimeRecalibrationFactors(reco.fEMCALTimeRecalibrationFactors),
115   fUseRunCorrectionFactors(reco.fUseRunCorrectionFactors),   
116   fRemoveBadChannels(reco.fRemoveBadChannels),               fRecalDistToBadChannels(reco.fRecalDistToBadChannels),
117   fEMCALBadChannelMap(reco.fEMCALBadChannelMap),
118   fNCellsFromEMCALBorder(reco.fNCellsFromEMCALBorder),       fNoEMCALBorderAtEta0(reco.fNoEMCALBorderAtEta0),
119   fRejectExoticCluster(reco.fRejectExoticCluster),           fRejectExoticCells(reco.fRejectExoticCells), 
120   fExoticCellFraction(reco.fExoticCellFraction),             fExoticCellDiffTime(reco.fExoticCellDiffTime),               
121   fExoticCellMinAmplitude(reco.fExoticCellMinAmplitude),
122   fPIDUtils(reco.fPIDUtils),                                 fAODFilterMask(reco.fAODFilterMask),
123   fAODHybridTracks(reco.fAODHybridTracks),                   fAODTPCOnlyTracks(reco.fAODTPCOnlyTracks),
124   fMatchedTrackIndex(  reco.fMatchedTrackIndex?  new TArrayI(*reco.fMatchedTrackIndex):0x0),
125   fMatchedClusterIndex(reco.fMatchedClusterIndex?new TArrayI(*reco.fMatchedClusterIndex):0x0),
126   fResidualEta(        reco.fResidualEta?        new TArrayF(*reco.fResidualEta):0x0),
127   fResidualPhi(        reco.fResidualPhi?        new TArrayF(*reco.fResidualPhi):0x0),
128   fCutEtaPhiSum(reco.fCutEtaPhiSum),                         fCutEtaPhiSeparate(reco.fCutEtaPhiSeparate), 
129   fCutR(reco.fCutR),        fCutEta(reco.fCutEta),           fCutPhi(reco.fCutPhi),
130   fClusterWindow(reco.fClusterWindow),
131   fMass(reco.fMass),        fStepSurface(reco.fStepSurface), fStepCluster(reco.fStepCluster),
132   fITSTrackSA(reco.fITSTrackSA),                             fEMCalSurfaceDistance(440.),
133   fTrackCutsType(reco.fTrackCutsType),                       fCutMinTrackPt(reco.fCutMinTrackPt), 
134   fCutMinNClusterTPC(reco.fCutMinNClusterTPC),               fCutMinNClusterITS(reco.fCutMinNClusterITS), 
135   fCutMaxChi2PerClusterTPC(reco.fCutMaxChi2PerClusterTPC),   fCutMaxChi2PerClusterITS(reco.fCutMaxChi2PerClusterITS),
136   fCutRequireTPCRefit(reco.fCutRequireTPCRefit),             fCutRequireITSRefit(reco.fCutRequireITSRefit),
137   fCutAcceptKinkDaughters(reco.fCutAcceptKinkDaughters),     fCutMaxDCAToVertexXY(reco.fCutMaxDCAToVertexXY),    
138   fCutMaxDCAToVertexZ(reco.fCutMaxDCAToVertexZ),             fCutDCAToVertex2D(reco.fCutDCAToVertex2D),
139   fCutRequireITSStandAlone(reco.fCutRequireITSStandAlone),   fCutRequireITSpureSA(reco.fCutRequireITSpureSA) 
140 {
141   //Copy ctor
142   
143   for (Int_t i = 0; i < 15 ; i++) { fMisalRotShift[i]      = reco.fMisalRotShift[i]      ; 
144                                    fMisalTransShift[i]    = reco.fMisalTransShift[i]    ; }
145   for (Int_t i = 0; i < 7  ; i++) { fNonLinearityParams[i] = reco.fNonLinearityParams[i] ; }
146   for (Int_t i = 0; i < 3  ; i++) { fSmearClusterParam[i]  = reco.fSmearClusterParam[i]  ; }
147
148 }
149
150
151 //______________________________________________________________________
152 AliEMCALRecoUtils & AliEMCALRecoUtils::operator = (const AliEMCALRecoUtils & reco) 
153 {
154   //Assignment operator
155   
156   if (this == &reco)return *this;
157   ((TNamed *)this)->operator=(reco);
158
159   for (Int_t i = 0; i < 15 ; i++) { fMisalTransShift[i]    = reco.fMisalTransShift[i]    ; 
160                                    fMisalRotShift[i]      = reco.fMisalRotShift[i]      ; }
161   for (Int_t i = 0; i < 7  ; i++) { fNonLinearityParams[i] = reco.fNonLinearityParams[i] ; }
162   for (Int_t i = 0; i < 3  ; i++) { fSmearClusterParam[i]  = reco.fSmearClusterParam[i]  ; }   
163   
164   fParticleType              = reco.fParticleType;
165   fPosAlgo                   = reco.fPosAlgo; 
166   fW0                        = reco.fW0;
167   
168   fNonLinearityFunction      = reco.fNonLinearityFunction;
169   fNonLinearThreshold        = reco.fNonLinearThreshold;
170   fSmearClusterEnergy        = reco.fSmearClusterEnergy;
171
172   fCellsRecalibrated         = reco.fCellsRecalibrated;
173   fRecalibration             = reco.fRecalibration;
174   fEMCALRecalibrationFactors = reco.fEMCALRecalibrationFactors;
175
176   fTimeRecalibration             = reco.fTimeRecalibration;
177   fEMCALTimeRecalibrationFactors = reco.fEMCALTimeRecalibrationFactors;
178
179   fUseRunCorrectionFactors   = reco.fUseRunCorrectionFactors;
180   
181   fRemoveBadChannels         = reco.fRemoveBadChannels;
182   fRecalDistToBadChannels    = reco.fRecalDistToBadChannels;
183   fEMCALBadChannelMap        = reco.fEMCALBadChannelMap;
184   
185   fNCellsFromEMCALBorder     = reco.fNCellsFromEMCALBorder;
186   fNoEMCALBorderAtEta0       = reco.fNoEMCALBorderAtEta0;
187   
188   fRejectExoticCluster       = reco.fRejectExoticCluster;           
189   fRejectExoticCells         = reco.fRejectExoticCells; 
190   fExoticCellFraction        = reco.fExoticCellFraction;
191   fExoticCellDiffTime        = reco.fExoticCellDiffTime;              
192   fExoticCellMinAmplitude    = reco.fExoticCellMinAmplitude;
193   
194   fPIDUtils                  = reco.fPIDUtils;
195
196   fAODFilterMask             = reco.fAODFilterMask;
197   fAODHybridTracks           = reco.fAODHybridTracks;
198   fAODTPCOnlyTracks          = reco.fAODTPCOnlyTracks;
199   
200   fCutEtaPhiSum              = reco.fCutEtaPhiSum;
201   fCutEtaPhiSeparate         = reco.fCutEtaPhiSeparate;
202   fCutR                      = reco.fCutR;
203   fCutEta                    = reco.fCutEta;
204   fCutPhi                    = reco.fCutPhi;
205   fClusterWindow             = reco.fClusterWindow;
206   fMass                      = reco.fMass;
207   fStepSurface               = reco.fStepSurface;
208   fStepCluster               = reco.fStepCluster;
209   fITSTrackSA                = reco.fITSTrackSA;
210   fEMCalSurfaceDistance      = reco.fEMCalSurfaceDistance;
211   
212   fTrackCutsType             = reco.fTrackCutsType;
213   fCutMinTrackPt             = reco.fCutMinTrackPt;
214   fCutMinNClusterTPC         = reco.fCutMinNClusterTPC;
215   fCutMinNClusterITS         = reco.fCutMinNClusterITS; 
216   fCutMaxChi2PerClusterTPC   = reco.fCutMaxChi2PerClusterTPC;
217   fCutMaxChi2PerClusterITS   = reco.fCutMaxChi2PerClusterITS;
218   fCutRequireTPCRefit        = reco.fCutRequireTPCRefit;
219   fCutRequireITSRefit        = reco.fCutRequireITSRefit;
220   fCutAcceptKinkDaughters    = reco.fCutAcceptKinkDaughters;
221   fCutMaxDCAToVertexXY       = reco.fCutMaxDCAToVertexXY;
222   fCutMaxDCAToVertexZ        = reco.fCutMaxDCAToVertexZ;
223   fCutDCAToVertex2D          = reco.fCutDCAToVertex2D;
224   fCutRequireITSStandAlone   = reco.fCutRequireITSStandAlone; 
225   fCutRequireITSpureSA       = reco.fCutRequireITSpureSA; 
226   if (reco.fResidualEta) {
227     // assign or copy construct
228     if (fResidualEta) { 
229       *fResidualEta = *reco.fResidualEta;
230     } else {
231       fResidualEta = new TArrayF(*reco.fResidualEta);
232     }
233   } else {
234     if (fResidualEta) delete fResidualEta;
235     fResidualEta = 0;
236   }
237   
238   if (reco.fResidualPhi) {
239     // assign or copy construct
240     if (fResidualPhi) { 
241       *fResidualPhi = *reco.fResidualPhi;
242     } else {
243       fResidualPhi = new TArrayF(*reco.fResidualPhi);
244     }
245   } else {
246     if (fResidualPhi) delete fResidualPhi;
247     fResidualPhi = 0;
248   }
249   
250   if (reco.fMatchedTrackIndex) {
251     // assign or copy construct
252     if (fMatchedTrackIndex) { 
253       *fMatchedTrackIndex = *reco.fMatchedTrackIndex;
254     } else  { 
255       fMatchedTrackIndex = new TArrayI(*reco.fMatchedTrackIndex);
256     }
257   } else {
258     if (fMatchedTrackIndex) delete fMatchedTrackIndex;
259     fMatchedTrackIndex = 0;
260   }  
261   
262   if (reco.fMatchedClusterIndex) {
263     // assign or copy construct
264     if (fMatchedClusterIndex) { 
265       *fMatchedClusterIndex = *reco.fMatchedClusterIndex;
266     } else {
267       fMatchedClusterIndex = new TArrayI(*reco.fMatchedClusterIndex);
268     }
269   } else {
270     if (fMatchedClusterIndex) delete fMatchedClusterIndex;
271     fMatchedClusterIndex = 0;
272   }
273    
274   return *this;
275 }
276
277 //_____________________________________
278 AliEMCALRecoUtils::~AliEMCALRecoUtils()
279 {
280   //Destructor.
281   
282   if (fEMCALRecalibrationFactors) { 
283     fEMCALRecalibrationFactors->Clear();
284     delete fEMCALRecalibrationFactors;
285   }  
286   
287   if (fEMCALTimeRecalibrationFactors) { 
288     fEMCALTimeRecalibrationFactors->Clear();
289     delete fEMCALTimeRecalibrationFactors;
290   }  
291   
292   if (fEMCALBadChannelMap) { 
293     fEMCALBadChannelMap->Clear();
294     delete fEMCALBadChannelMap;
295   }
296  
297   delete fMatchedTrackIndex   ; 
298   delete fMatchedClusterIndex ; 
299   delete fResidualEta         ; 
300   delete fResidualPhi         ; 
301   delete fPIDUtils            ;
302
303   InitTrackCuts();
304 }
305
306 //_______________________________________________________________________________
307 Bool_t AliEMCALRecoUtils::AcceptCalibrateCell(Int_t absID, Int_t bc,
308                                               Float_t  & amp,    Double_t & time, 
309                                               AliVCaloCells* cells) 
310 {
311   // Reject cell if criteria not passed and calibrate it
312   
313   AliEMCALGeometry* geom = AliEMCALGeometry::GetInstance();
314   
315   if (absID < 0 || absID >= 24*48*geom->GetNumberOfSuperModules()) 
316     return kFALSE;
317   
318   Int_t imod = -1, iphi =-1, ieta=-1,iTower = -1, iIphi = -1, iIeta = -1; 
319   
320   if (!geom->GetCellIndex(absID,imod,iTower,iIphi,iIeta)) {
321     // cell absID does not exist
322     amp=0; time = 1.e9;
323     return kFALSE; 
324   }
325   
326   geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(imod,iTower,iIphi, iIeta,iphi,ieta);  
327
328   // Do not include bad channels found in analysis,
329   if (IsBadChannelsRemovalSwitchedOn() && GetEMCALChannelStatus(imod, ieta, iphi)) {
330     return kFALSE;
331   }
332   
333   //Recalibrate energy
334   amp  = cells->GetCellAmplitude(absID);
335   if (!fCellsRecalibrated && IsRecalibrationOn())
336     amp *= GetEMCALChannelRecalibrationFactor(imod,ieta,iphi);
337   
338   // Recalibrate time
339   time = cells->GetCellTime(absID);
340   
341   RecalibrateCellTime(absID,bc,time);
342   
343   return kTRUE;
344 }
345
346 //_____________________________________________________________________________
347 Bool_t AliEMCALRecoUtils::CheckCellFiducialRegion(const AliEMCALGeometry* geom, 
348                                                   const AliVCluster* cluster, 
349                                                   AliVCaloCells* cells) 
350 {
351   // Given the list of AbsId of the cluster, get the maximum cell and 
352   // check if there are fNCellsFromBorder from the calorimeter border
353   
354   if (!cluster)
355   {
356     AliInfo("Cluster pointer null!");
357     return kFALSE;
358   }
359   
360   //If the distance to the border is 0 or negative just exit accept all clusters
361   if (cells->GetType()==AliVCaloCells::kEMCALCell && fNCellsFromEMCALBorder <= 0 ) 
362     return kTRUE;
363   
364   Int_t absIdMax  = -1, iSM =-1, ieta = -1, iphi = -1;
365   Bool_t shared = kFALSE;
366   GetMaxEnergyCell(geom, cells, cluster, absIdMax,  iSM, ieta, iphi, shared);
367   
368   AliDebug(2,Form("Cluster Max AbsId %d, Cell Energy %2.2f, Cluster Energy %2.2f, Ncells from border %d, EMCAL eta=0 %d\n", 
369                   absIdMax, cells->GetCellAmplitude(absIdMax), cluster->E(), fNCellsFromEMCALBorder, fNoEMCALBorderAtEta0));
370   
371   if (absIdMax==-1) return kFALSE;
372   
373   //Check if the cell is close to the borders:
374   Bool_t okrow = kFALSE;
375   Bool_t okcol = kFALSE;
376   
377   if (iSM < 0 || iphi < 0 || ieta < 0 ) {
378     AliFatal(Form("Negative value for super module: %d, or cell ieta: %d, or cell iphi: %d, check EMCAL geometry name\n",
379                   iSM,ieta,iphi));
380     return kFALSE; // trick coverity
381   }
382   
383   //Check rows/phi
384   Int_t iPhiLast = 24;
385    if( geom->GetSMType(iSM) == AliEMCALGeometry::kEMCAL_Half ) iPhiLast /= 2;
386    else if (  geom->GetSMType(iSM) == AliEMCALGeometry::kEMCAL_3rd ) iPhiLast /= 3;// 1/3 sm case
387   
388   if(iphi >= fNCellsFromEMCALBorder && iphi < iPhiLast - fNCellsFromEMCALBorder) okrow = kTRUE; 
389
390   //Check columns/eta
391   Int_t iEtaLast = 48;
392   if(!fNoEMCALBorderAtEta0 || geom->IsDCALSM(iSM)) {// conside inner border
393      if(  geom->GetSMType(iSM) == AliEMCALGeometry::kDCAL_Standard )  iEtaLast = iEtaLast*2/3;        
394      if(ieta  > fNCellsFromEMCALBorder && ieta < iEtaLast-fNCellsFromEMCALBorder) okcol = kTRUE;  
395   } else {
396     if (iSM%2==0) {
397      if (ieta >= fNCellsFromEMCALBorder)     okcol = kTRUE;  
398     } else {
399      if(ieta <  iEtaLast-fNCellsFromEMCALBorder)  okcol = kTRUE; 
400     }
401   }//eta 0 not checked
402   
403   AliDebug(2,Form("EMCAL Cluster in %d cells fiducial volume: ieta %d, iphi %d, SM %d:  column? %d, row? %d\nq",
404                   fNCellsFromEMCALBorder, ieta, iphi, iSM, okcol, okrow));
405   
406   if (okcol && okrow) {
407     //printf("Accept\n");
408     return kTRUE;
409   } else  {
410     //printf("Reject\n");
411     AliDebug(2,Form("Reject cluster in border, max cell : ieta %d, iphi %d, SM %d\n",ieta, iphi, iSM));
412     return kFALSE;
413   }
414 }  
415
416 //_______________________________________________________________________________
417 Bool_t AliEMCALRecoUtils::ClusterContainsBadChannel(const AliEMCALGeometry* geom, 
418                                                     const UShort_t* cellList, 
419                                                     Int_t nCells)
420 {
421   // Check that in the cluster cells, there is no bad channel of those stored 
422   // in fEMCALBadChannelMap or fPHOSBadChannelMap
423   
424   if (!fRemoveBadChannels)  return kFALSE;
425   if (!fEMCALBadChannelMap) return kFALSE;
426   
427   Int_t icol = -1;
428   Int_t irow = -1;
429   Int_t imod = -1;
430   for (Int_t iCell = 0; iCell<nCells; iCell++) {
431     //Get the column and row
432     Int_t iTower = -1, iIphi = -1, iIeta = -1; 
433     geom->GetCellIndex(cellList[iCell],imod,iTower,iIphi,iIeta); 
434     if (fEMCALBadChannelMap->GetEntries() <= imod) continue;
435     geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(imod,iTower,iIphi, iIeta,irow,icol);      
436     if (GetEMCALChannelStatus(imod, icol, irow)) {
437       AliDebug(2,Form("Cluster with bad channel: SM %d, col %d, row %d\n",imod, icol, irow));
438       return kTRUE;
439     }
440   }// cell cluster loop
441
442   return kFALSE;
443 }
444
445
446 //___________________________________________________________________________
447 Float_t AliEMCALRecoUtils::GetECross(Int_t absID, Double_t tcell,
448                                      AliVCaloCells* cells, Int_t bc)
449 {
450   //Calculate the energy in the cross around the energy given cell
451   
452   AliEMCALGeometry * geom = AliEMCALGeometry::GetInstance();
453   
454   Int_t imod = -1, iphi =-1, ieta=-1,iTower = -1, iIphi = -1, iIeta = -1; 
455   geom->GetCellIndex(absID,imod,iTower,iIphi,iIeta); 
456   geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(imod,iTower,iIphi, iIeta,iphi,ieta);  
457   
458   //Get close cells index, energy and time, not in corners
459   
460   Int_t absID1 = -1;
461   Int_t absID2 = -1;
462   
463   if ( iphi < AliEMCALGeoParams::fgkEMCALRows-1) absID1 = geom-> GetAbsCellIdFromCellIndexes(imod, iphi+1, ieta);
464   if ( iphi > 0 )                                absID2 = geom-> GetAbsCellIdFromCellIndexes(imod, iphi-1, ieta);
465   
466   // In case of cell in eta = 0 border, depending on SM shift the cross cell index
467   
468   Int_t absID3 = -1;
469   Int_t absID4 = -1;
470   
471   if ( ieta == AliEMCALGeoParams::fgkEMCALCols-1 && !(imod%2) ) {
472     absID3 = geom-> GetAbsCellIdFromCellIndexes(imod+1, iphi, 0);
473     absID4 = geom-> GetAbsCellIdFromCellIndexes(imod,   iphi, ieta-1); 
474   } else if ( ieta == 0 && imod%2 ) {
475     absID3 = geom-> GetAbsCellIdFromCellIndexes(imod,   iphi, ieta+1);
476     absID4 = geom-> GetAbsCellIdFromCellIndexes(imod-1, iphi, AliEMCALGeoParams::fgkEMCALCols-1); 
477   } else {
478     if ( ieta < AliEMCALGeoParams::fgkEMCALCols-1 ) 
479       absID3 = geom-> GetAbsCellIdFromCellIndexes(imod, iphi, ieta+1);
480     if ( ieta > 0 )                                 
481       absID4 = geom-> GetAbsCellIdFromCellIndexes(imod, iphi, ieta-1); 
482   }
483   
484   //printf("IMOD %d, AbsId %d, a %d, b %d, c %d e %d \n",imod,absID,absID1,absID2,absID3,absID4);
485   
486   Float_t  ecell1  = 0, ecell2  = 0, ecell3  = 0, ecell4  = 0;
487   Double_t tcell1  = 0, tcell2  = 0, tcell3  = 0, tcell4  = 0;
488
489   AcceptCalibrateCell(absID1,bc, ecell1,tcell1,cells); 
490   AcceptCalibrateCell(absID2,bc, ecell2,tcell2,cells); 
491   AcceptCalibrateCell(absID3,bc, ecell3,tcell3,cells); 
492   AcceptCalibrateCell(absID4,bc, ecell4,tcell4,cells); 
493   
494   if (TMath::Abs(tcell-tcell1)*1.e9 > fExoticCellDiffTime) ecell1 = 0 ;
495   if (TMath::Abs(tcell-tcell2)*1.e9 > fExoticCellDiffTime) ecell2 = 0 ;
496   if (TMath::Abs(tcell-tcell3)*1.e9 > fExoticCellDiffTime) ecell3 = 0 ;
497   if (TMath::Abs(tcell-tcell4)*1.e9 > fExoticCellDiffTime) ecell4 = 0 ;
498   
499   return ecell1+ecell2+ecell3+ecell4;
500 }
501
502 //_____________________________________________________________________________________________
503 Bool_t AliEMCALRecoUtils::IsExoticCell(Int_t absID, AliVCaloCells* cells, Int_t bc)
504 {
505   // Look to cell neighbourhood and reject if it seems exotic
506   // Do before recalibrating the cells
507
508   if (!fRejectExoticCells) return kFALSE;
509   
510   Float_t  ecell  = 0;
511   Double_t tcell  = 0;
512   Bool_t   accept = AcceptCalibrateCell(absID, bc, ecell ,tcell ,cells); 
513   
514   if (!accept) return kTRUE; // reject this cell
515   
516   if (ecell < fExoticCellMinAmplitude) return kFALSE; // do not reject low energy cells
517
518   Float_t eCross = GetECross(absID,tcell,cells,bc);
519   
520   if (1-eCross/ecell > fExoticCellFraction) {
521     AliDebug(2,Form("AliEMCALRecoUtils::IsExoticCell() - EXOTIC CELL id %d, eCell %f, eCross %f, 1-eCross/eCell %f\n",
522                     absID,ecell,eCross,1-eCross/ecell));
523     return kTRUE;
524   }
525
526   return kFALSE;
527 }
528
529 //___________________________________________________________________
530 Bool_t AliEMCALRecoUtils::IsExoticCluster(const AliVCluster *cluster, 
531                                           AliVCaloCells *cells, 
532                                           Int_t bc) 
533 {
534   // Check if the cluster highest energy tower is exotic
535   
536   if (!cluster) {
537     AliInfo("Cluster pointer null!");
538     return kFALSE;
539   }
540   
541   if (!fRejectExoticCluster) return kFALSE;
542   
543   // Get highest energy tower
544   AliEMCALGeometry* geom = AliEMCALGeometry::GetInstance();
545   Int_t iSupMod = -1, absId = -1, ieta = -1, iphi = -1;
546   Bool_t shared = kFALSE;
547   GetMaxEnergyCell(geom, cells, cluster, absId, iSupMod, ieta, iphi, shared);
548   
549   return IsExoticCell(absId,cells,bc);
550 }
551
552 //_______________________________________________________________________
553 Float_t AliEMCALRecoUtils::SmearClusterEnergy(const AliVCluster* cluster) 
554 {
555   //In case of MC analysis, smear energy to match resolution/calibration in real data
556   
557   if (!cluster) {
558     AliInfo("Cluster pointer null!");
559     return 0;
560   }
561   
562   Float_t energy    = cluster->E() ;
563   Float_t rdmEnergy = energy ;
564   if (fSmearClusterEnergy) {
565     rdmEnergy = fRandom.Gaus(energy,fSmearClusterParam[0] * TMath::Sqrt(energy) +
566                                     fSmearClusterParam[1] * energy +
567                                     fSmearClusterParam[2] );
568     AliDebug(2, Form("Energy: original %f, smeared %f\n", energy, rdmEnergy));
569   }
570   
571   return rdmEnergy;
572 }
573
574 //____________________________________________________________________________
575 Float_t AliEMCALRecoUtils::CorrectClusterEnergyLinearity(AliVCluster* cluster)
576 {
577   // Correct cluster energy from non linearity functions
578   
579   if (!cluster) {
580     AliInfo("Cluster pointer null!");
581     return 0;
582   }
583   
584   Float_t energy = cluster->E();
585
586   if (energy < 0.05) {
587     // Clusters with less than 50 MeV or negative are not possible
588     AliInfo(Form("Too Low Cluster energy!, E = %f < 0.05 GeV",energy));
589     return 0;
590   }
591   
592   switch (fNonLinearityFunction) 
593   {
594     case kPi0MC:
595     {
596       //Non-Linearity correction (from MC with function ([0]*exp(-[1]/E))+(([2]/([3]*2.*TMath::Pi())*exp(-(E-[4])^2/(2.*[3]^2)))))
597       //fNonLinearityParams[0] = 1.014;
598       //fNonLinearityParams[1] =-0.03329;
599       //fNonLinearityParams[2] =-0.3853;
600       //fNonLinearityParams[3] = 0.5423;
601       //fNonLinearityParams[4] =-0.4335;
602        energy *= (fNonLinearityParams[0]*exp(-fNonLinearityParams[1]/energy))+
603                   ((fNonLinearityParams[2]/(fNonLinearityParams[3]*2.*TMath::Pi())*
604                     exp(-(energy-fNonLinearityParams[4])*(energy-fNonLinearityParams[4])/(2.*fNonLinearityParams[3]*fNonLinearityParams[3]))));
605       break;
606     }
607      
608     case kPi0MCv2:
609     {
610       //Non-Linearity correction (from MC with function [0]/((x+[1])^[2]))+1;
611       //fNonLinearityParams[0] = 3.11111e-02;
612       //fNonLinearityParams[1] =-5.71666e-02; 
613       //fNonLinearityParams[2] = 5.67995e-01;      
614       
615       energy *= fNonLinearityParams[0]/TMath::Power(energy+fNonLinearityParams[1],fNonLinearityParams[2])+1;
616       break;
617     }
618     
619     case kPi0MCv3:
620     {
621       //Same as beam test corrected, change parameters
622       //fNonLinearityParams[0] =  9.81039e-01
623       //fNonLinearityParams[1] =  1.13508e-01;
624       //fNonLinearityParams[2] =  1.00173e+00; 
625       //fNonLinearityParams[3] =  9.67998e-02;
626       //fNonLinearityParams[4] =  2.19381e+02;
627       //fNonLinearityParams[5] =  6.31604e+01;
628       //fNonLinearityParams[6] =  1;
629       energy *= fNonLinearityParams[6]/(fNonLinearityParams[0]*(1./(1.+fNonLinearityParams[1]*exp(-energy/fNonLinearityParams[2]))*1./(1.+fNonLinearityParams[3]*exp((energy-fNonLinearityParams[4])/fNonLinearityParams[5]))));
630       
631       break;
632     }
633       
634       
635     case kPi0GammaGamma:
636     {
637       //Non-Linearity correction (from Olga Data with function p0+p1*exp(-p2*E))
638       //fNonLinearityParams[0] = 1.04;
639       //fNonLinearityParams[1] = -0.1445;
640       //fNonLinearityParams[2] = 1.046;
641       energy /= (fNonLinearityParams[0]+fNonLinearityParams[1]*exp(-fNonLinearityParams[2]*energy)); //Olga function
642       break;
643     }
644       
645     case kPi0GammaConversion:
646     {
647       //Non-Linearity correction (Nicolas from Dimitri Data with function C*[1-a*exp(-b*E)])
648       //fNonLinearityParams[0] = 0.139393/0.1349766;
649       //fNonLinearityParams[1] = 0.0566186;
650       //fNonLinearityParams[2] = 0.982133;
651       energy /= fNonLinearityParams[0]*(1-fNonLinearityParams[1]*exp(-fNonLinearityParams[2]*energy));
652       
653       break;
654     }
655       
656     case kBeamTest:
657     {
658       //From beam test, Alexei's results, for different ZS thresholds
659       //                        th=30 MeV; th = 45 MeV; th = 75 MeV
660       //fNonLinearityParams[0] = 1.007;      1.003;      1.002 
661       //fNonLinearityParams[1] = 0.894;      0.719;      0.797 
662       //fNonLinearityParams[2] = 0.246;      0.334;      0.358 
663       //Rescale the param[0] with 1.03
664       energy /= fNonLinearityParams[0]/(1+fNonLinearityParams[1]*exp(-energy/fNonLinearityParams[2]));
665       
666       break;
667     }
668       
669     case kBeamTestCorrected:
670     {
671       //From beam test, corrected for material between beam and EMCAL
672       //fNonLinearityParams[0] =  0.99078
673       //fNonLinearityParams[1] =  0.161499;
674       //fNonLinearityParams[2] =  0.655166; 
675       //fNonLinearityParams[3] =  0.134101;
676       //fNonLinearityParams[4] =  163.282;
677       //fNonLinearityParams[5] =  23.6904;
678       //fNonLinearityParams[6] =  0.978;
679         energy *= fNonLinearityParams[6]/(fNonLinearityParams[0]*(1./(1.+fNonLinearityParams[1]*exp(-energy/fNonLinearityParams[2]))*1./(1.+fNonLinearityParams[3]*exp((energy-fNonLinearityParams[4])/fNonLinearityParams[5]))));
680
681       break;
682     }
683      
684     case kBeamTestCorrectedv2:
685     {
686       //From beam test, corrected for material between beam and EMCAL
687       //fNonLinearityParams[0] =  0.983504;
688       //fNonLinearityParams[1] =  0.210106;
689       //fNonLinearityParams[2] =  0.897274;
690       //fNonLinearityParams[3] =  0.0829064;
691       //fNonLinearityParams[4] =  152.299;
692       //fNonLinearityParams[5] =  31.5028;
693       //fNonLinearityParams[6] =  0.968;
694       energy *= fNonLinearityParams[6]/(fNonLinearityParams[0]*(1./(1.+fNonLinearityParams[1]*exp(-energy/fNonLinearityParams[2]))*1./(1.+fNonLinearityParams[3]*exp((energy-fNonLinearityParams[4])/fNonLinearityParams[5]))));
695       
696       break;
697     }
698       
699     case kSDMv5:
700     {
701       //Based on fit to the MC/data using kNoCorrection on the data - utilizes symmetric decay method and kPi0MCv5(MC) - 28 Oct 2013
702       //fNonLinearityParams[0] =  1.0;
703       //fNonLinearityParams[1] =  6.64778e-02;
704       //fNonLinearityParams[2] =  1.570;
705       //fNonLinearityParams[3] =  9.67998e-02;
706       //fNonLinearityParams[4] =  2.19381e+02;
707       //fNonLinearityParams[5] =  6.31604e+01;
708       //fNonLinearityParams[6] =  1.01286;
709       energy *= fNonLinearityParams[6]/(fNonLinearityParams[0]*(1./(1.+fNonLinearityParams[1]*exp(-energy/fNonLinearityParams[2]))*1./(1.+fNonLinearityParams[3]*exp((energy-fNonLinearityParams[4])/fNonLinearityParams[5])))) * (0.964 + exp(-3.132-0.435*energy*2.0));
710       
711       break;
712     }
713       
714     case kPi0MCv5:
715     {
716       //Based on comparing MC truth information to the reconstructed energy of clusters. 
717       //fNonLinearityParams[0] =  1.0;
718       //fNonLinearityParams[1] =  6.64778e-02;
719       //fNonLinearityParams[2] =  1.570;
720       //fNonLinearityParams[3] =  9.67998e-02;
721       //fNonLinearityParams[4] =  2.19381e+02;
722       //fNonLinearityParams[5] =  6.31604e+01;
723       //fNonLinearityParams[6] =  1.01286;
724       energy *= fNonLinearityParams[6]/(fNonLinearityParams[0]*(1./(1.+fNonLinearityParams[1]*exp(-energy/fNonLinearityParams[2]))*1./(1.+fNonLinearityParams[3]*exp((energy-fNonLinearityParams[4])/fNonLinearityParams[5]))));
725       
726       break;
727     }
728       
729     case kNoCorrection:
730       AliDebug(2,"No correction on the energy\n");
731       break;
732       
733   }
734
735   return energy;
736 }
737
738 //__________________________________________________
739 void AliEMCALRecoUtils::InitNonLinearityParam()
740 {
741   //Initialising Non Linearity Parameters
742   
743   if (fNonLinearityFunction == kPi0MC) {
744     fNonLinearityParams[0] = 1.014;
745     fNonLinearityParams[1] = -0.03329;
746     fNonLinearityParams[2] = -0.3853;
747     fNonLinearityParams[3] = 0.5423;
748     fNonLinearityParams[4] = -0.4335;
749   }
750   
751   if (fNonLinearityFunction == kPi0MCv2) {
752     fNonLinearityParams[0] = 3.11111e-02;
753     fNonLinearityParams[1] =-5.71666e-02; 
754     fNonLinearityParams[2] = 5.67995e-01;      
755   }
756   
757   if (fNonLinearityFunction == kPi0MCv3) {
758     fNonLinearityParams[0] =  9.81039e-01;
759     fNonLinearityParams[1] =  1.13508e-01;
760     fNonLinearityParams[2] =  1.00173e+00; 
761     fNonLinearityParams[3] =  9.67998e-02;
762     fNonLinearityParams[4] =  2.19381e+02;
763     fNonLinearityParams[5] =  6.31604e+01;
764     fNonLinearityParams[6] =  1;
765   }
766   
767   if (fNonLinearityFunction == kPi0GammaGamma) {
768     fNonLinearityParams[0] = 1.04;
769     fNonLinearityParams[1] = -0.1445;
770     fNonLinearityParams[2] = 1.046;
771   }  
772
773   if (fNonLinearityFunction == kPi0GammaConversion) {
774     fNonLinearityParams[0] = 0.139393;
775     fNonLinearityParams[1] = 0.0566186;
776     fNonLinearityParams[2] = 0.982133;
777   }  
778
779   if (fNonLinearityFunction == kBeamTest) {
780     if (fNonLinearThreshold == 30) {
781       fNonLinearityParams[0] = 1.007; 
782       fNonLinearityParams[1] = 0.894; 
783       fNonLinearityParams[2] = 0.246; 
784     }
785     if (fNonLinearThreshold == 45) {
786       fNonLinearityParams[0] = 1.003; 
787       fNonLinearityParams[1] = 0.719; 
788       fNonLinearityParams[2] = 0.334; 
789     }
790     if (fNonLinearThreshold == 75) {
791       fNonLinearityParams[0] = 1.002; 
792       fNonLinearityParams[1] = 0.797; 
793       fNonLinearityParams[2] = 0.358; 
794     }
795   }
796
797   if (fNonLinearityFunction == kBeamTestCorrected) {
798     fNonLinearityParams[0] =  0.99078;
799     fNonLinearityParams[1] =  0.161499;
800     fNonLinearityParams[2] =  0.655166; 
801     fNonLinearityParams[3] =  0.134101;
802     fNonLinearityParams[4] =  163.282;
803     fNonLinearityParams[5] =  23.6904;
804     fNonLinearityParams[6] =  0.978;
805   }
806   
807   if (fNonLinearityFunction == kBeamTestCorrectedv2) {
808     fNonLinearityParams[0] =  0.983504;
809     fNonLinearityParams[1] =  0.210106;
810     fNonLinearityParams[2] =  0.897274;
811     fNonLinearityParams[3] =  0.0829064;
812     fNonLinearityParams[4] =  152.299;
813     fNonLinearityParams[5] =  31.5028;
814     fNonLinearityParams[6] =  0.968;
815   }
816
817   if (fNonLinearityFunction == kSDMv5) {
818     fNonLinearityParams[0] =  1.0;
819     fNonLinearityParams[1] =  6.64778e-02;
820     fNonLinearityParams[2] =  1.570;
821     fNonLinearityParams[3] =  9.67998e-02;
822     fNonLinearityParams[4] =  2.19381e+02;
823     fNonLinearityParams[5] =  6.31604e+01;
824     fNonLinearityParams[6] =  1.01286;
825   }
826
827   if (fNonLinearityFunction == kPi0MCv5) {
828     fNonLinearityParams[0] =  1.0;
829     fNonLinearityParams[1] =  6.64778e-02;
830     fNonLinearityParams[2] =  1.570;
831     fNonLinearityParams[3] =  9.67998e-02;
832     fNonLinearityParams[4] =  2.19381e+02;
833     fNonLinearityParams[5] =  6.31604e+01;
834     fNonLinearityParams[6] =  1.01286;
835   }
836
837 }
838
839 //_________________________________________________________
840 Float_t  AliEMCALRecoUtils::GetDepth(Float_t energy, 
841                                      Int_t iParticle, 
842                                      Int_t iSM) const 
843 {
844   //Calculate shower depth for a given cluster energy and particle type
845
846   // parameters 
847   Float_t x0    = 1.31;
848   Float_t ecr   = 8;
849   Float_t depth = 0;
850   Float_t arg   = energy*1000/ ecr; //Multiply energy by 1000 to transform to MeV
851   
852   switch ( iParticle )
853   {
854     case kPhoton:
855       if (arg < 1) 
856         depth = 0;
857       else
858         depth = x0 * (TMath::Log(arg) + 0.5); 
859       break;
860       
861     case kElectron:
862       if (arg < 1) 
863         depth = 0;
864       else
865         depth = x0 * (TMath::Log(arg) - 0.5); 
866       break;
867       
868     case kHadron:
869       // hadron 
870       // boxes anc. here
871       if (gGeoManager) {
872         gGeoManager->cd("ALIC_1/XEN1_1");
873         TGeoNode        *geoXEn1    = gGeoManager->GetCurrentNode();
874         TGeoNodeMatrix  *geoSM      = dynamic_cast<TGeoNodeMatrix *>(geoXEn1->GetDaughter(iSM));
875         if (geoSM) {
876           TGeoVolume      *geoSMVol   = geoSM->GetVolume(); 
877           TGeoShape       *geoSMShape = geoSMVol->GetShape();
878           TGeoBBox        *geoBox     = dynamic_cast<TGeoBBox *>(geoSMShape);
879           if (geoBox) depth = 0.5 * geoBox->GetDX()*2 ;
880           else AliFatal("Null GEANT box");
881         }
882         else AliFatal("NULL  GEANT node matrix");
883       }
884       else
885       {//electron
886         if (arg < 1) 
887           depth = 0;
888         else
889           depth = x0 * (TMath::Log(arg) - 0.5); 
890       }
891         
892       break;
893       
894     default://photon
895       if (arg < 1) 
896         depth = 0;
897       else
898         depth = x0 * (TMath::Log(arg) + 0.5);
899   }  
900   
901   return depth;
902 }
903
904 //____________________________________________________________________
905 void AliEMCALRecoUtils::GetMaxEnergyCell(const AliEMCALGeometry *geom, 
906                                          AliVCaloCells* cells, 
907                                          const AliVCluster* clu, 
908                                          Int_t  & absId,  
909                                          Int_t  & iSupMod, 
910                                          Int_t  & ieta, 
911                                          Int_t  & iphi, 
912                                          Bool_t & shared)
913 {
914   //For a given CaloCluster gets the absId of the cell 
915   //with maximum energy deposit.
916   
917   Double_t eMax        = -1.;
918   Double_t eCell       = -1.;
919   Float_t  fraction    = 1.;
920   Float_t  recalFactor = 1.;
921   Int_t    cellAbsId   = -1 ;
922
923   Int_t iTower  = -1;
924   Int_t iIphi   = -1;
925   Int_t iIeta   = -1;
926   Int_t iSupMod0= -1;
927
928   if (!clu) {
929     AliInfo("Cluster pointer null!");
930     absId=-1; iSupMod0=-1, ieta = -1; iphi = -1; shared = -1;
931     return;
932   }
933   
934   for (Int_t iDig=0; iDig< clu->GetNCells(); iDig++) {
935     cellAbsId = clu->GetCellAbsId(iDig);
936     fraction  = clu->GetCellAmplitudeFraction(iDig);
937     //printf("a Cell %d, id, %d, amp %f, fraction %f\n",iDig,cellAbsId,cells->GetCellAmplitude(cellAbsId),fraction);
938     if (fraction < 1e-4) fraction = 1.; // in case unfolding is off
939     geom->GetCellIndex(cellAbsId,iSupMod,iTower,iIphi,iIeta); 
940     geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(iSupMod,iTower,iIphi, iIeta,iphi,ieta);
941     if (iDig==0) {
942       iSupMod0=iSupMod;
943     } else if (iSupMod0!=iSupMod)  {
944       shared = kTRUE;
945       //printf("AliEMCALRecoUtils::GetMaxEnergyCell() - SHARED CLUSTER\n");
946     }
947     if (!fCellsRecalibrated && IsRecalibrationOn()) {
948       recalFactor = GetEMCALChannelRecalibrationFactor(iSupMod,ieta,iphi);
949     }
950     eCell  = cells->GetCellAmplitude(cellAbsId)*fraction*recalFactor;
951     //printf("b Cell %d, id, %d, amp %f, fraction %f\n",iDig,cellAbsId,eCell,fraction);
952     if (eCell > eMax) { 
953       eMax  = eCell; 
954       absId = cellAbsId;
955       //printf("\t new max: cell %d, e %f, ecell %f\n",maxId, eMax,eCell);
956     }
957   }// cell loop
958   
959   //Get from the absid the supermodule, tower and eta/phi numbers
960   geom->GetCellIndex(absId,iSupMod,iTower,iIphi,iIeta); 
961   //Gives SuperModule and Tower numbers
962   geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(iSupMod,iTower,
963                                          iIphi, iIeta,iphi,ieta); 
964   //printf("Max id %d, iSM %d, col %d, row %d\n",absId,iSupMod,ieta,iphi);
965   //printf("Max end---\n");
966 }
967
968 //______________________________________
969 void AliEMCALRecoUtils::InitParameters()
970 {
971   // Initialize data members with default values
972   
973   fParticleType = kPhoton;
974   fPosAlgo      = kUnchanged;
975   fW0           = 4.5;
976   
977   fNonLinearityFunction = kNoCorrection;
978   fNonLinearThreshold   = 30;
979   
980   fExoticCellFraction     = 0.97;
981   fExoticCellDiffTime     = 1e6;
982   fExoticCellMinAmplitude = 0.5;
983   
984   fAODFilterMask    = 128;
985   fAODHybridTracks  = kFALSE;
986   fAODTPCOnlyTracks = kTRUE;
987   
988   fCutEtaPhiSum      = kTRUE;
989   fCutEtaPhiSeparate = kFALSE;
990   
991   fCutR   = 0.05; 
992   fCutEta = 0.025; 
993   fCutPhi = 0.05;
994   
995   fClusterWindow = 100;
996   fMass          = 0.139;
997   
998   fStepSurface   = 20.;                      
999   fStepCluster   = 5.;
1000   fTrackCutsType = kLooseCut;
1001   
1002   fCutMinTrackPt     = 0;
1003   fCutMinNClusterTPC = -1;
1004   fCutMinNClusterITS = -1;
1005   
1006   fCutMaxChi2PerClusterTPC  = 1e10;
1007   fCutMaxChi2PerClusterITS  = 1e10;
1008   
1009   fCutRequireTPCRefit     = kFALSE;
1010   fCutRequireITSRefit     = kFALSE;
1011   fCutAcceptKinkDaughters = kFALSE;
1012   
1013   fCutMaxDCAToVertexXY = 1e10;             
1014   fCutMaxDCAToVertexZ  = 1e10;              
1015   fCutDCAToVertex2D    = kFALSE;
1016   
1017   fCutRequireITSStandAlone = kFALSE; //MARCEL
1018   fCutRequireITSpureSA     = kFALSE; //Marcel
1019   
1020   //Misalignment matrices
1021   for (Int_t i = 0; i < 15 ; i++) 
1022   {
1023     fMisalTransShift[i] = 0.; 
1024     fMisalRotShift[i]   = 0.; 
1025   }
1026   
1027   //Non linearity
1028   for (Int_t i = 0; i < 7  ; i++) fNonLinearityParams[i] = 0.; 
1029   
1030   //For kBeamTestCorrectedv2 case, but default is no correction
1031   fNonLinearityParams[0] =  0.983504;
1032   fNonLinearityParams[1] =  0.210106;
1033   fNonLinearityParams[2] =  0.897274;
1034   fNonLinearityParams[3] =  0.0829064;
1035   fNonLinearityParams[4] =  152.299;
1036   fNonLinearityParams[5] =  31.5028;
1037   fNonLinearityParams[6] =  0.968;
1038   
1039   //Cluster energy smearing
1040   fSmearClusterEnergy   = kFALSE;
1041   fSmearClusterParam[0] = 0.07; // * sqrt E term
1042   fSmearClusterParam[1] = 0.00; // * E term
1043   fSmearClusterParam[2] = 0.00; // constant
1044 }
1045
1046 //_____________________________________________________
1047 void AliEMCALRecoUtils::InitEMCALRecalibrationFactors()
1048 {
1049   //Init EMCAL recalibration factors
1050   AliDebug(2,"AliCalorimeterUtils::InitEMCALRecalibrationFactors()");
1051   //In order to avoid rewriting the same histograms
1052   Bool_t oldStatus = TH1::AddDirectoryStatus();
1053   TH1::AddDirectory(kFALSE);
1054   
1055   fEMCALRecalibrationFactors = new TObjArray(12);
1056   for (int i = 0; i < 12; i++) 
1057     fEMCALRecalibrationFactors->Add(new TH2F(Form("EMCALRecalFactors_SM%d",i),
1058                                              Form("EMCALRecalFactors_SM%d",i),  48, 0, 48, 24, 0, 24));
1059   //Init the histograms with 1
1060   for (Int_t sm = 0; sm < 12; sm++) 
1061   {
1062     for (Int_t i = 0; i < 48; i++) 
1063     {
1064       for (Int_t j = 0; j < 24; j++) 
1065       {
1066         SetEMCALChannelRecalibrationFactor(sm,i,j,1.);
1067       }
1068     }
1069   }
1070   
1071   fEMCALRecalibrationFactors->SetOwner(kTRUE);
1072   fEMCALRecalibrationFactors->Compress();
1073   
1074   //In order to avoid rewriting the same histograms
1075   TH1::AddDirectory(oldStatus);    
1076 }
1077
1078 //_________________________________________________________
1079 void AliEMCALRecoUtils::InitEMCALTimeRecalibrationFactors()
1080 {
1081   //Init EMCAL recalibration factors
1082   AliDebug(2,"AliCalorimeterUtils::InitEMCALRecalibrationFactors()");
1083   //In order to avoid rewriting the same histograms
1084   Bool_t oldStatus = TH1::AddDirectoryStatus();
1085   TH1::AddDirectory(kFALSE);
1086   
1087   fEMCALTimeRecalibrationFactors = new TObjArray(4);
1088   for (int i = 0; i < 4; i++) 
1089     fEMCALTimeRecalibrationFactors->Add(new TH1F(Form("hAllTimeAvBC%d",i),
1090                                                  Form("hAllTimeAvBC%d",i),  
1091                                                  48*24*12,0.,48*24*12)          );
1092   //Init the histograms with 1
1093   for (Int_t bc = 0; bc < 4; bc++) 
1094   {
1095     for (Int_t i = 0; i < 48*24*12; i++) 
1096       SetEMCALChannelTimeRecalibrationFactor(bc,i,0.);
1097   }
1098   
1099   fEMCALTimeRecalibrationFactors->SetOwner(kTRUE);
1100   fEMCALTimeRecalibrationFactors->Compress();
1101   
1102   //In order to avoid rewriting the same histograms
1103   TH1::AddDirectory(oldStatus);    
1104 }
1105
1106 //____________________________________________________
1107 void AliEMCALRecoUtils::InitEMCALBadChannelStatusMap()
1108 {
1109   //Init EMCAL bad channels map
1110   AliDebug(2,"AliEMCALRecoUtils::InitEMCALBadChannelStatusMap()");
1111   //In order to avoid rewriting the same histograms
1112   Bool_t oldStatus = TH1::AddDirectoryStatus();
1113   TH1::AddDirectory(kFALSE);
1114   
1115   fEMCALBadChannelMap = new TObjArray(12);
1116   //TH2F * hTemp = new  TH2I("EMCALBadChannelMap","EMCAL SuperModule bad channel map", 48, 0, 48, 24, 0, 24);
1117   for (int i = 0; i < 12; i++) 
1118   {
1119     fEMCALBadChannelMap->Add(new TH2I(Form("EMCALBadChannelMap_Mod%d",i),Form("EMCALBadChannelMap_Mod%d",i), 48, 0, 48, 24, 0, 24));
1120   }
1121   
1122   fEMCALBadChannelMap->SetOwner(kTRUE);
1123   fEMCALBadChannelMap->Compress();
1124   
1125   //In order to avoid rewriting the same histograms
1126   TH1::AddDirectory(oldStatus);    
1127 }
1128
1129 //____________________________________________________________________________
1130 void AliEMCALRecoUtils::RecalibrateClusterEnergy(const AliEMCALGeometry* geom, 
1131                                                  AliVCluster * cluster, 
1132                                                  AliVCaloCells * cells, 
1133                                                  Int_t bc)
1134 {
1135   // Recalibrate the cluster energy and Time, considering the recalibration map 
1136   // and the energy of the cells and time that compose the cluster.
1137   // bc= bunch crossing number returned by esdevent->GetBunchCrossNumber();
1138   
1139   if (!cluster) {
1140     AliInfo("Cluster pointer null!");
1141     return;
1142   }  
1143   
1144   //Get the cluster number of cells and list of absId, check what kind of cluster do we have.
1145   UShort_t * index    = cluster->GetCellsAbsId() ;
1146   Double_t * fraction = cluster->GetCellsAmplitudeFraction() ;
1147   Int_t ncells = cluster->GetNCells();
1148   
1149   //Initialize some used variables
1150   Float_t energy = 0;
1151   Int_t   absId  =-1;
1152   Int_t   icol   =-1, irow =-1, imod=1;
1153   Float_t factor = 1, frac = 0;
1154   Int_t   absIdMax = -1;
1155   Float_t emax     = 0;
1156   
1157   //Loop on the cells, get the cell amplitude and recalibration factor, multiply and and to the new energy
1158   for (Int_t icell = 0; icell < ncells; icell++)
1159   {
1160     absId = index[icell];
1161     frac =  fraction[icell];
1162     if (frac < 1e-5) frac = 1; //in case of EMCAL, this is set as 0 since unfolding is off
1163     
1164     if (!fCellsRecalibrated && IsRecalibrationOn()) {
1165       // Energy  
1166       Int_t iTower = -1, iIphi = -1, iIeta = -1; 
1167       geom->GetCellIndex(absId,imod,iTower,iIphi,iIeta); 
1168       if (fEMCALRecalibrationFactors->GetEntries() <= imod) 
1169         continue;
1170       geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(imod,iTower,iIphi, iIeta,irow,icol);      
1171       factor = GetEMCALChannelRecalibrationFactor(imod,icol,irow);
1172       
1173       AliDebug(2,Form("AliEMCALRecoUtils::RecalibrateClusterEnergy - recalibrate cell: module %d, col %d, row %d, cell fraction %f,recalibration factor %f, cell energy %f\n",
1174                       imod,icol,irow,frac,factor,cells->GetCellAmplitude(absId)));
1175       
1176     } 
1177     
1178     energy += cells->GetCellAmplitude(absId)*factor*frac;
1179     
1180     if (emax < cells->GetCellAmplitude(absId)*factor*frac) {
1181       emax     = cells->GetCellAmplitude(absId)*factor*frac;
1182       absIdMax = absId;
1183     }
1184   }
1185   
1186   AliDebug(2,Form("AliEMCALRecoUtils::RecalibrateClusterEnergy - Energy before %f, after %f \n",cluster->E(),energy));
1187
1188   cluster->SetE(energy);
1189
1190   // Recalculate time of cluster
1191   Double_t timeorg = cluster->GetTOF();
1192
1193   Double_t time = cells->GetCellTime(absIdMax);
1194   if (!fCellsRecalibrated && IsTimeRecalibrationOn())
1195     RecalibrateCellTime(absIdMax,bc,time);
1196
1197   cluster->SetTOF(time);
1198
1199   AliDebug(2,Form("AliEMCALRecoUtils::RecalibrateClusterEnergy - Time before %f, after %f \n",timeorg,cluster->GetTOF()));
1200 }
1201
1202 //_____________________________________________________________
1203 void AliEMCALRecoUtils::RecalibrateCells(AliVCaloCells * cells,
1204                                          Int_t bc)
1205 {
1206   // Recalibrate the cells time and energy, considering the recalibration map and the energy 
1207   // of the cells that compose the cluster.
1208   // bc= bunch crossing number returned by esdevent->GetBunchCrossNumber();
1209
1210   if (!IsRecalibrationOn() && !IsTimeRecalibrationOn() && !IsBadChannelsRemovalSwitchedOn()) 
1211     return;
1212   
1213   if (!cells) {
1214     AliInfo("Cells pointer null!");
1215     return;
1216   }  
1217   
1218   Short_t  absId  =-1;
1219   Bool_t   accept = kFALSE;
1220   Float_t  ecell  = 0;
1221   Double_t tcell  = 0;
1222   Double_t ecellin = 0;
1223   Double_t tcellin = 0;
1224   Int_t  mclabel = -1;
1225   Double_t efrac = 0;
1226   
1227   Int_t nEMcell  = cells->GetNumberOfCells() ;  
1228   for (Int_t iCell = 0; iCell < nEMcell; iCell++) 
1229   { 
1230     cells->GetCell( iCell, absId, ecellin, tcellin, mclabel, efrac );
1231     
1232     accept = AcceptCalibrateCell(absId, bc, ecell ,tcell ,cells); 
1233     if (!accept) {
1234       ecell = 0;
1235       tcell = -1;
1236     }
1237     
1238     //Set new values
1239     cells->SetCell(iCell,absId,ecell, tcell, mclabel, efrac);
1240   }
1241
1242   fCellsRecalibrated = kTRUE;
1243 }
1244
1245 //_______________________________________________________________________________________________________
1246 void AliEMCALRecoUtils::RecalibrateCellTime(Int_t absId, Int_t bc, Double_t & celltime) const
1247 {
1248   // Recalibrate time of cell with absID  considering the recalibration map 
1249   // bc= bunch crossing number returned by esdevent->GetBunchCrossNumber();
1250   
1251   if (!fCellsRecalibrated && IsTimeRecalibrationOn() && bc >= 0) {
1252     celltime -= GetEMCALChannelTimeRecalibrationFactor(bc%4,absId)*1.e-9;    ;  
1253   }
1254 }
1255   
1256 //______________________________________________________________________________
1257 void AliEMCALRecoUtils::RecalculateClusterPosition(const AliEMCALGeometry *geom, 
1258                                                    AliVCaloCells* cells, 
1259                                                    AliVCluster* clu)
1260 {
1261   //For a given CaloCluster recalculates the position for a given set of misalignment shifts and puts it again in the CaloCluster.
1262   
1263   if (!clu) {
1264     AliInfo("Cluster pointer null!");
1265     return;
1266   }
1267     
1268   if      (fPosAlgo==kPosTowerGlobal) RecalculateClusterPositionFromTowerGlobal( geom, cells, clu);
1269   else if (fPosAlgo==kPosTowerIndex)  RecalculateClusterPositionFromTowerIndex ( geom, cells, clu);
1270   else    AliDebug(2,"Algorithm to recalculate position not selected, do nothing.");
1271 }  
1272
1273 //_____________________________________________________________________________________________
1274 void AliEMCALRecoUtils::RecalculateClusterPositionFromTowerGlobal(const AliEMCALGeometry *geom, 
1275                                                                   AliVCaloCells* cells, 
1276                                                                   AliVCluster* clu)
1277 {
1278   // For a given CaloCluster recalculates the position for a given set of misalignment shifts and puts it again in the CaloCluster.
1279   // The algorithm is a copy of what is done in AliEMCALRecPoint
1280   
1281   Double_t eCell       = 0.;
1282   Float_t  fraction    = 1.;
1283   Float_t  recalFactor = 1.;
1284   
1285   Int_t    absId   = -1;
1286   Int_t    iTower  = -1, iIphi  = -1, iIeta  = -1;
1287   Int_t    iSupModMax = -1, iSM=-1, iphi   = -1, ieta   = -1;
1288   Float_t  weight = 0.,  totalWeight=0.;
1289   Float_t  newPos[3] = {0,0,0};
1290   Double_t pLocal[3], pGlobal[3];
1291   Bool_t shared = kFALSE;
1292
1293   Float_t  clEnergy = clu->E(); //Energy already recalibrated previously
1294   if (clEnergy <= 0)
1295     return;
1296   GetMaxEnergyCell(geom, cells, clu, absId,  iSupModMax, ieta, iphi,shared);
1297   Double_t depth = GetDepth(clEnergy,fParticleType,iSupModMax) ;
1298   
1299   //printf("** Cluster energy %f, ncells %d, depth %f\n",clEnergy,clu->GetNCells(),depth);
1300   
1301   for (Int_t iDig=0; iDig< clu->GetNCells(); iDig++) 
1302   {
1303     absId = clu->GetCellAbsId(iDig);
1304     fraction  = clu->GetCellAmplitudeFraction(iDig);
1305     if (fraction < 1e-4) fraction = 1.; // in case unfolding is off
1306     
1307     if (!fCellsRecalibrated) {
1308       geom->GetCellIndex(absId,iSM,iTower,iIphi,iIeta); 
1309       geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(iSM,iTower,iIphi, iIeta,iphi,ieta);      
1310       if (IsRecalibrationOn()) {
1311         recalFactor = GetEMCALChannelRecalibrationFactor(iSM,ieta,iphi);
1312       }
1313     }
1314     
1315     eCell  = cells->GetCellAmplitude(absId)*fraction*recalFactor;
1316     
1317     weight = GetCellWeight(eCell,clEnergy);
1318     totalWeight += weight;
1319     
1320     geom->RelPosCellInSModule(absId,depth,pLocal[0],pLocal[1],pLocal[2]);
1321     //printf("pLocal (%f,%f,%f), SM %d, absId %d\n",pLocal[0],pLocal[1],pLocal[2],iSupModMax,absId);
1322     geom->GetGlobal(pLocal,pGlobal,iSupModMax);
1323     //printf("pLocal (%f,%f,%f)\n",pGlobal[0],pGlobal[1],pGlobal[2]);
1324
1325     for (int i=0; i<3; i++ ) newPos[i] += (weight*pGlobal[i]);
1326   }// cell loop
1327   
1328   if (totalWeight>0) {
1329     for (int i=0; i<3; i++ )    newPos[i] /= totalWeight;
1330   }
1331     
1332   //Float_t pos[]={0,0,0};
1333   //clu->GetPosition(pos);
1334   //printf("OldPos  : %2.3f,%2.3f,%2.3f\n",pos[0],pos[1],pos[2]);
1335   //printf("NewPos  : %2.3f,%2.3f,%2.3f\n",newPos[0],newPos[1],newPos[2]);
1336   
1337   if (iSupModMax > 1) { //sector 1
1338     newPos[0] +=fMisalTransShift[3];//-=3.093; 
1339     newPos[1] +=fMisalTransShift[4];//+=6.82;
1340     newPos[2] +=fMisalTransShift[5];//+=1.635;
1341     //printf("   +    : %2.3f,%2.3f,%2.3f\n",fMisalTransShift[3],fMisalTransShift[4],fMisalTransShift[5]);
1342   } else { //sector 0
1343     newPos[0] +=fMisalTransShift[0];//+=1.134;
1344     newPos[1] +=fMisalTransShift[1];//+=8.2;
1345     newPos[2] +=fMisalTransShift[2];//+=1.197;
1346     //printf("   +    : %2.3f,%2.3f,%2.3f\n",fMisalTransShift[0],fMisalTransShift[1],fMisalTransShift[2]);
1347   }
1348   //printf("NewPos : %2.3f,%2.3f,%2.3f\n",newPos[0],newPos[1],newPos[2]);
1349
1350   clu->SetPosition(newPos);
1351 }  
1352
1353 //____________________________________________________________________________________________
1354 void AliEMCALRecoUtils::RecalculateClusterPositionFromTowerIndex(const AliEMCALGeometry *geom, 
1355                                                                  AliVCaloCells* cells, 
1356                                                                  AliVCluster* clu)
1357 {
1358   // For a given CaloCluster recalculates the position for a given set of misalignment shifts and puts it again in the CaloCluster.
1359   // The algorithm works with the tower indeces, averages the indeces and from them it calculates the global position
1360   
1361   Double_t eCell       = 1.;
1362   Float_t  fraction    = 1.;
1363   Float_t  recalFactor = 1.;
1364   
1365   Int_t absId   = -1;
1366   Int_t iTower  = -1;
1367   Int_t iIphi   = -1, iIeta   = -1;
1368   Int_t iSupMod = -1, iSupModMax = -1;
1369   Int_t iphi = -1, ieta =-1;
1370   Bool_t shared = kFALSE;
1371
1372   Float_t clEnergy = clu->E(); //Energy already recalibrated previously.
1373   
1374   if (clEnergy <= 0)
1375     return;
1376   GetMaxEnergyCell(geom, cells, clu, absId,  iSupModMax, ieta, iphi,shared);
1377   Float_t  depth = GetDepth(clEnergy,fParticleType,iSupMod) ;
1378
1379   Float_t weight = 0., weightedCol = 0., weightedRow = 0., totalWeight=0.;
1380   Bool_t areInSameSM = kTRUE; //exclude clusters with cells in different SMs for now
1381   Int_t startingSM = -1;
1382   
1383   for (Int_t iDig=0; iDig< clu->GetNCells(); iDig++) 
1384   {
1385     absId = clu->GetCellAbsId(iDig);
1386     fraction  = clu->GetCellAmplitudeFraction(iDig);
1387     if (fraction < 1e-4) fraction = 1.; // in case unfolding is off
1388
1389     if      (iDig==0)  startingSM = iSupMod;
1390     else if (iSupMod != startingSM) areInSameSM = kFALSE;
1391
1392     eCell  = cells->GetCellAmplitude(absId);
1393     
1394     geom->GetCellIndex(absId,iSupMod,iTower,iIphi,iIeta); 
1395     geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(iSupMod,iTower,iIphi, iIeta,iphi,ieta);    
1396     
1397     if (!fCellsRecalibrated)
1398     {
1399       if (IsRecalibrationOn()) {
1400         recalFactor = GetEMCALChannelRecalibrationFactor(iSupMod,ieta,iphi);
1401       }
1402     }
1403     
1404     eCell  = cells->GetCellAmplitude(absId)*fraction*recalFactor;
1405     
1406     weight = GetCellWeight(eCell,clEnergy);
1407     if (weight < 0) weight = 0;
1408     totalWeight += weight;
1409     weightedCol += ieta*weight;
1410     weightedRow += iphi*weight;
1411     
1412     //printf("Max cell? cell %d, amplitude org %f, fraction %f, recalibration %f, amplitude new %f \n",cellAbsId, cells->GetCellAmplitude(cellAbsId), fraction, recalFactor, eCell) ;
1413   }// cell loop
1414     
1415   Float_t xyzNew[]={0.,0.,0.};
1416   if (areInSameSM == kTRUE) {
1417     //printf("In Same SM\n");
1418     weightedCol = weightedCol/totalWeight;
1419     weightedRow = weightedRow/totalWeight;
1420     geom->RecalculateTowerPosition(weightedRow, weightedCol, iSupModMax, depth, fMisalTransShift, fMisalRotShift, xyzNew); 
1421   } 
1422   else 
1423   {
1424     //printf("In Different SM\n");
1425     geom->RecalculateTowerPosition(iphi,        ieta,        iSupModMax, depth, fMisalTransShift, fMisalRotShift, xyzNew); 
1426   }
1427   
1428   clu->SetPosition(xyzNew);
1429 }
1430
1431 //___________________________________________________________________________________________
1432 void AliEMCALRecoUtils::RecalculateClusterDistanceToBadChannel(const AliEMCALGeometry * geom, 
1433                                                                AliVCaloCells* cells, 
1434                                                                AliVCluster * cluster)
1435 {           
1436   //re-evaluate distance to bad channel with updated bad map
1437   
1438   if (!fRecalDistToBadChannels) return;
1439   
1440   if (!cluster)
1441   {
1442     AliInfo("Cluster pointer null!");
1443     return;
1444   }  
1445   
1446   //Get channels map of the supermodule where the cluster is.
1447   Int_t absIdMax  = -1, iSupMod =-1, icolM = -1, irowM = -1;
1448   Bool_t shared = kFALSE;
1449   GetMaxEnergyCell(geom, cells, cluster, absIdMax,  iSupMod, icolM, irowM, shared);
1450   TH2D* hMap  = (TH2D*)fEMCALBadChannelMap->At(iSupMod);
1451
1452   Int_t dRrow, dRcol;  
1453   Float_t  minDist = 10000.;
1454   Float_t  dist    = 0.;
1455   
1456   //Loop on tower status map 
1457   for (Int_t irow = 0; irow < AliEMCALGeoParams::fgkEMCALRows; irow++)
1458   {
1459     for (Int_t icol = 0; icol < AliEMCALGeoParams::fgkEMCALCols; icol++)
1460     {
1461       //Check if tower is bad.
1462       if (hMap->GetBinContent(icol,irow)==0) continue;
1463       //printf("AliEMCALRecoUtils::RecalculateDistanceToBadChannels() - \n \t Bad channel in SM %d, col %d, row %d, \n \t Cluster max in col %d, row %d\n",
1464       //       iSupMod,icol, irow, icolM,irowM);
1465       
1466       dRrow=TMath::Abs(irowM-irow);
1467       dRcol=TMath::Abs(icolM-icol);
1468       dist=TMath::Sqrt(dRrow*dRrow+dRcol*dRcol);
1469       if (dist < minDist)
1470       {
1471         //printf("MIN DISTANCE TO BAD %2.2f\n",dist);
1472         minDist = dist;
1473       }
1474     }
1475   }
1476   
1477   //In case the cluster is shared by 2 SuperModules, need to check the map of the second Super Module
1478   if (shared) 
1479   {
1480     TH2D* hMap2 = 0;
1481     Int_t iSupMod2 = -1;
1482     
1483     //The only possible combinations are (0,1), (2,3) ... (8,9)
1484     if (iSupMod%2) iSupMod2 = iSupMod-1;
1485     else           iSupMod2 = iSupMod+1;
1486     hMap2  = (TH2D*)fEMCALBadChannelMap->At(iSupMod2);
1487     
1488     //Loop on tower status map of second super module
1489     for (Int_t irow = 0; irow < AliEMCALGeoParams::fgkEMCALRows; irow++)
1490     {
1491       for (Int_t icol = 0; icol < AliEMCALGeoParams::fgkEMCALCols; icol++)
1492       {
1493         //Check if tower is bad.
1494         if (hMap2->GetBinContent(icol,irow)==0) 
1495           continue;
1496         //printf("AliEMCALRecoUtils::RecalculateDistanceToBadChannels(shared) - \n \t Bad channel in SM %d, col %d, row %d \n \t Cluster max in SM %d, col %d, row %d\n",
1497         //     iSupMod2,icol, irow,iSupMod,icolM,irowM);
1498         dRrow=TMath::Abs(irow-irowM);
1499         
1500         if (iSupMod%2) {
1501           dRcol=TMath::Abs(icol-(AliEMCALGeoParams::fgkEMCALCols+icolM));
1502         } else {
1503           dRcol=TMath::Abs(AliEMCALGeoParams::fgkEMCALCols+icol-icolM);
1504         }                    
1505         
1506         dist=TMath::Sqrt(dRrow*dRrow+dRcol*dRcol);
1507         if (dist < minDist) minDist = dist;        
1508       }
1509     }
1510   }// shared cluster in 2 SuperModules
1511   
1512   AliDebug(2,Form("Max cluster cell (SM,col,row)=(%d %d %d) - Distance to Bad Channel %2.2f",iSupMod, icolM, irowM, minDist));
1513   cluster->SetDistanceToBadChannel(minDist);
1514 }
1515
1516 //__________________________________________________________________
1517 void AliEMCALRecoUtils::RecalculateClusterPID(AliVCluster * cluster)
1518 {           
1519   //re-evaluate identification parameters with bayesian
1520   
1521   if (!cluster) {
1522     AliInfo("Cluster pointer null!");
1523     return;
1524   }
1525   
1526   if (cluster->GetM02() != 0)
1527     fPIDUtils->ComputePID(cluster->E(),cluster->GetM02());
1528   
1529   Float_t pidlist[AliPID::kSPECIESCN+1];
1530   for (Int_t i = 0; i < AliPID::kSPECIESCN+1; i++) pidlist[i] = fPIDUtils->GetPIDFinal(i);
1531         
1532   cluster->SetPID(pidlist);
1533 }
1534
1535 //___________________________________________________________________________________________________________________
1536 void AliEMCALRecoUtils::RecalculateClusterShowerShapeParameters(const AliEMCALGeometry * geom, 
1537                                                                 AliVCaloCells* cells, 
1538                                                                 AliVCluster * cluster,
1539                                                                 Float_t & l0,   Float_t & l1,   
1540                                                                 Float_t & disp, Float_t & dEta, Float_t & dPhi,
1541                                                                 Float_t & sEta, Float_t & sPhi, Float_t & sEtaPhi)
1542 {
1543   // Calculates new center of gravity in the local EMCAL-module coordinates 
1544   // and tranfers into global ALICE coordinates
1545   // Calculates Dispersion and main axis
1546   
1547   if (!cluster) {
1548     AliInfo("Cluster pointer null!");
1549     return;
1550   }
1551     
1552   Double_t eCell       = 0.;
1553   Float_t  fraction    = 1.;
1554   Float_t  recalFactor = 1.;
1555
1556   Int_t    iSupMod = -1;
1557   Int_t    iTower  = -1;
1558   Int_t    iIphi   = -1;
1559   Int_t    iIeta   = -1;
1560   Int_t    iphi    = -1;
1561   Int_t    ieta    = -1;
1562   Double_t etai    = -1.;
1563   Double_t phii    = -1.;
1564   
1565   Int_t    nstat   = 0 ;
1566   Float_t  wtot    = 0.;
1567   Double_t w       = 0.;
1568   Double_t etaMean = 0.;
1569   Double_t phiMean = 0.;
1570   
1571   //Loop on cells, calculate the cluster energy, in case a cut on cell energy is added
1572   // and to check if the cluster is between 2 SM in eta
1573   Int_t   iSM0   = -1;
1574   Bool_t  shared = kFALSE;
1575   Float_t energy = 0;
1576   
1577   for (Int_t iDigit=0; iDigit < cluster->GetNCells(); iDigit++)
1578   {
1579     //Get from the absid the supermodule, tower and eta/phi numbers
1580     geom->GetCellIndex(cluster->GetCellAbsId(iDigit),iSupMod,iTower,iIphi,iIeta);
1581     geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(iSupMod,iTower,iIphi,iIeta, iphi,ieta);
1582     
1583     //Check if there are cells of different SM
1584     if      (iDigit == 0   ) iSM0 = iSupMod;
1585     else if (iSupMod!= iSM0) shared = kTRUE;
1586     
1587     //Get the cell energy, if recalibration is on, apply factors
1588     fraction  = cluster->GetCellAmplitudeFraction(iDigit);
1589     if (fraction < 1e-4) fraction = 1.; // in case unfolding is off
1590     
1591     if (IsRecalibrationOn()) {
1592       recalFactor = GetEMCALChannelRecalibrationFactor(iSupMod,ieta,iphi);
1593     }
1594     
1595     eCell  = cells->GetCellAmplitude(cluster->GetCellAbsId(iDigit))*fraction*recalFactor;
1596     
1597     energy += eCell;
1598     
1599   }//cell loop
1600   
1601   //Loop on cells
1602   for (Int_t iDigit=0; iDigit < cluster->GetNCells(); iDigit++) 
1603   {
1604     //Get from the absid the supermodule, tower and eta/phi numbers
1605     geom->GetCellIndex(cluster->GetCellAbsId(iDigit),iSupMod,iTower,iIphi,iIeta); 
1606     geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(iSupMod,iTower,iIphi,iIeta, iphi,ieta);        
1607     
1608     //Get the cell energy, if recalibration is on, apply factors
1609     fraction  = cluster->GetCellAmplitudeFraction(iDigit);
1610     if (fraction < 1e-4) fraction = 1.; // in case unfolding is off
1611     
1612     if (!fCellsRecalibrated) {
1613       if (IsRecalibrationOn()) {
1614         recalFactor = GetEMCALChannelRecalibrationFactor(iSupMod,ieta,iphi);
1615       }
1616     }
1617     
1618     eCell  = cells->GetCellAmplitude(cluster->GetCellAbsId(iDigit))*fraction*recalFactor;
1619     
1620     // In case of a shared cluster, index of SM in C side, columns start at 48 and ends at 48*2
1621     // C Side impair SM, nSupMod%2=1; A side pair SM, nSupMod%2=0
1622     if (shared && iSupMod%2) ieta+=AliEMCALGeoParams::fgkEMCALCols;
1623     
1624     if (cluster->E() > 0 && eCell > 0) {
1625       w  = GetCellWeight(eCell,cluster->E());
1626       
1627       etai=(Double_t)ieta;
1628       phii=(Double_t)iphi;  
1629       
1630       if (w > 0.0) {
1631         wtot += w ;
1632         nstat++;            
1633         //Shower shape
1634         sEta     += w * etai * etai ;
1635         etaMean  += w * etai ;
1636         sPhi     += w * phii * phii ;
1637         phiMean  += w * phii ; 
1638         sEtaPhi  += w * etai * phii ; 
1639       }
1640     } else
1641       AliError(Form("Wrong energy %f and/or amplitude %f\n", eCell, cluster->E()));
1642   }//cell loop
1643   
1644   //Normalize to the weight  
1645   if (wtot > 0) {
1646     etaMean /= wtot ;
1647     phiMean /= wtot ;
1648   } else
1649     AliError(Form("Wrong weight %f\n", wtot));
1650   
1651   //Calculate dispersion  
1652   for (Int_t iDigit=0; iDigit < cluster->GetNCells(); iDigit++) 
1653   {
1654     //Get from the absid the supermodule, tower and eta/phi numbers
1655     geom->GetCellIndex(cluster->GetCellAbsId(iDigit),iSupMod,iTower,iIphi,iIeta); 
1656     geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(iSupMod,iTower,iIphi,iIeta, iphi,ieta);
1657     
1658     //Get the cell energy, if recalibration is on, apply factors
1659     fraction  = cluster->GetCellAmplitudeFraction(iDigit);
1660     if (fraction < 1e-4) fraction = 1.; // in case unfolding is off
1661     if (IsRecalibrationOn()) {
1662       recalFactor = GetEMCALChannelRecalibrationFactor(iSupMod,ieta,iphi);
1663     }
1664     eCell  = cells->GetCellAmplitude(cluster->GetCellAbsId(iDigit))*fraction*recalFactor;
1665     
1666     // In case of a shared cluster, index of SM in C side, columns start at 48 and ends at 48*2
1667     // C Side impair SM, nSupMod%2=1; A side pair SM, nSupMod%2=0
1668     if (shared && iSupMod%2) ieta+=AliEMCALGeoParams::fgkEMCALCols;
1669     
1670     if (cluster->E() > 0 && eCell > 0) {
1671       w  = GetCellWeight(eCell,cluster->E());
1672       
1673       etai=(Double_t)ieta;
1674       phii=(Double_t)iphi;    
1675       if (w > 0.0) { 
1676         disp +=  w *((etai-etaMean)*(etai-etaMean)+(phii-phiMean)*(phii-phiMean)); 
1677         dEta +=  w * (etai-etaMean)*(etai-etaMean) ; 
1678         dPhi +=  w * (phii-phiMean)*(phii-phiMean) ; 
1679       }
1680     } else
1681       AliError(Form("Wrong energy %f and/or amplitude %f\n", eCell, cluster->E()));
1682   }// cell loop
1683   
1684   //Normalize to the weigth and set shower shape parameters
1685   if (wtot > 0 && nstat > 1) {
1686     disp    /= wtot ;
1687     dEta    /= wtot ;
1688     dPhi    /= wtot ;
1689     sEta    /= wtot ;
1690     sPhi    /= wtot ;
1691     sEtaPhi /= wtot ;
1692     
1693     sEta    -= etaMean * etaMean ;
1694     sPhi    -= phiMean * phiMean ;
1695     sEtaPhi -= etaMean * phiMean ;
1696     
1697     l0 = (0.5 * (sEta + sPhi) + TMath::Sqrt( 0.25 * (sEta - sPhi) * (sEta - sPhi) + sEtaPhi * sEtaPhi ));
1698     l1 = (0.5 * (sEta + sPhi) - TMath::Sqrt( 0.25 * (sEta - sPhi) * (sEta - sPhi) + sEtaPhi * sEtaPhi ));
1699   } else {
1700     l0   = 0. ;
1701     l1   = 0. ;
1702     dEta = 0. ; dPhi = 0. ; disp    = 0. ;
1703     sEta = 0. ; sPhi = 0. ; sEtaPhi = 0. ;
1704   }  
1705 }
1706
1707 //____________________________________________________________________________________________
1708 void AliEMCALRecoUtils::RecalculateClusterShowerShapeParameters(const AliEMCALGeometry * geom, 
1709                                                                 AliVCaloCells* cells, 
1710                                                                 AliVCluster * cluster)
1711 {
1712   // Calculates new center of gravity in the local EMCAL-module coordinates 
1713   // and tranfers into global ALICE coordinates
1714   // Calculates Dispersion and main axis and puts them into the cluster
1715   
1716   Float_t l0   = 0., l1   = 0.;
1717   Float_t disp = 0., dEta = 0., dPhi    = 0.; 
1718   Float_t sEta = 0., sPhi = 0., sEtaPhi = 0.;
1719   
1720   AliEMCALRecoUtils::RecalculateClusterShowerShapeParameters(geom,cells,cluster,l0,l1,disp,
1721                                                              dEta, dPhi, sEta, sPhi, sEtaPhi);
1722   
1723   cluster->SetM02(l0);
1724   cluster->SetM20(l1);
1725   if (disp > 0. ) cluster->SetDispersion(TMath::Sqrt(disp)) ;
1726   
1727
1728
1729 //____________________________________________________________________________
1730 void AliEMCALRecoUtils::FindMatches(AliVEvent *event,
1731                                     TObjArray * clusterArr,  
1732                                     const AliEMCALGeometry *geom)
1733 {
1734   //This function should be called before the cluster loop
1735   //Before call this function, please recalculate the cluster positions
1736   //Given the input event, loop over all the tracks, select the closest cluster as matched with fCutR
1737   //Store matched cluster indexes and residuals
1738   
1739   fMatchedTrackIndex  ->Reset();
1740   fMatchedClusterIndex->Reset();
1741   fResidualPhi->Reset();
1742   fResidualEta->Reset();
1743   
1744   fMatchedTrackIndex  ->Set(1000);
1745   fMatchedClusterIndex->Set(1000);
1746   fResidualPhi->Set(1000);
1747   fResidualEta->Set(1000);
1748   
1749   AliESDEvent* esdevent = dynamic_cast<AliESDEvent*> (event);
1750   AliAODEvent* aodevent = dynamic_cast<AliAODEvent*> (event);
1751   
1752   // init the magnetic field if not already on
1753   if (!TGeoGlobalMagField::Instance()->GetField()) {
1754     if (!event->InitMagneticField())
1755     {
1756       AliInfo("Mag Field not initialized, null esd/aod evetn pointers");
1757     }
1758   } // Init mag field
1759   
1760   if (esdevent) {
1761     UInt_t mask1 = esdevent->GetESDRun()->GetDetectorsInDAQ();
1762     UInt_t mask2 = esdevent->GetESDRun()->GetDetectorsInReco();
1763     Bool_t desc1 = (mask1 >> 3) & 0x1;
1764     Bool_t desc2 = (mask2 >> 3) & 0x1;
1765     if (desc1==0 || desc2==0) { 
1766 //       AliError(Form("TPC not in DAQ/RECO: %u (%u)/%u (%u)", 
1767 //       mask1, esdevent->GetESDRun()->GetDetectorsInReco(),
1768 //       mask2, esdevent->GetESDRun()->GetDetectorsInDAQ()));
1769       fITSTrackSA=kTRUE;
1770     }
1771   }
1772
1773   TObjArray *clusterArray = 0x0;
1774   if (!clusterArr) {
1775     clusterArray = new TObjArray(event->GetNumberOfCaloClusters());
1776     for (Int_t icl=0; icl<event->GetNumberOfCaloClusters(); icl++) 
1777     {
1778       AliVCluster *cluster = (AliVCluster*) event->GetCaloCluster(icl);
1779       if (geom && !IsGoodCluster(cluster,geom,(AliVCaloCells*)event->GetEMCALCells())) 
1780         continue;
1781       clusterArray->AddAt(cluster,icl);
1782     }
1783   }
1784   
1785   Int_t    matched=0;
1786   Double_t cv[21];
1787   for (Int_t i=0; i<21;i++) cv[i]=0;
1788   for (Int_t itr=0; itr<event->GetNumberOfTracks(); itr++)
1789   {
1790     AliExternalTrackParam *trackParam = 0;
1791     
1792     //If the input event is ESD, the starting point for extrapolation is TPCOut, if available, or TPCInner 
1793     AliESDtrack *esdTrack = 0;
1794     AliAODTrack *aodTrack = 0;
1795     if (esdevent) {
1796       esdTrack = esdevent->GetTrack(itr);
1797       if (!esdTrack) continue;
1798       if (!IsAccepted(esdTrack)) continue;
1799       if (esdTrack->Pt()<fCutMinTrackPt) continue;
1800       Double_t phi = esdTrack->Phi()*TMath::RadToDeg();
1801       if (TMath::Abs(esdTrack->Eta())>0.9 || phi <= 10 || phi >= 250 ) continue;
1802       if (!fITSTrackSA)
1803         trackParam =  const_cast<AliExternalTrackParam*>(esdTrack->GetInnerParam());  // if TPC Available
1804       else
1805         trackParam =  new AliExternalTrackParam(*esdTrack); // If ITS Track Standing alone              
1806     }
1807     
1808     //If the input event is AOD, the starting point for extrapolation is at vertex
1809     //AOD tracks are selected according to its filterbit.
1810     else if (aodevent) {
1811       aodTrack = aodevent->GetTrack(itr);
1812       if (!aodTrack) continue;
1813             
1814       if (fAODTPCOnlyTracks) { // Match with TPC only tracks, default from May 2013, before filter bit 32
1815         //printf("Match with TPC only tracks, accept? %d, test bit 128 <%d> \n", aodTrack->IsTPCOnly(), aodTrack->TestFilterMask(128));
1816         if (!aodTrack->IsTPCConstrained()) continue ;
1817       } else if (fAODHybridTracks) { // Match with hybrid tracks
1818         //printf("Match with Hybrid tracks, accept? %d \n", aodTrack->IsHybridGlobalConstrainedGlobal());
1819         if (!aodTrack->IsHybridGlobalConstrainedGlobal()) continue ;
1820       } else { // Match with tracks on a mask
1821         //printf("Match with tracks having filter bit mask %d, accept? %d \n",fAODFilterMask,aodTrack->TestFilterMask(fAODFilterMask));
1822         if (!aodTrack->TestFilterMask(fAODFilterMask) ) continue; //Select AOD tracks
1823       }
1824       
1825       if (aodTrack->Pt()<fCutMinTrackPt) continue;
1826
1827       Double_t phi = aodTrack->Phi()*TMath::RadToDeg();
1828       if (TMath::Abs(aodTrack->Eta())>0.9 || phi <= 10 || phi >= 250 ) 
1829         continue;
1830       Double_t pos[3],mom[3];
1831       aodTrack->GetXYZ(pos);
1832       aodTrack->GetPxPyPz(mom);
1833       AliDebug(5,Form("aod track: i=%d | pos=(%5.4f,%5.4f,%5.4f) | mom=(%5.4f,%5.4f,%5.4f) | charge=%d\n",itr,pos[0],pos[1],pos[2],mom[0],mom[1],mom[2],aodTrack->Charge()));
1834
1835       trackParam= new AliExternalTrackParam(pos,mom,cv,aodTrack->Charge());
1836     }
1837     
1838     //Return if the input data is not "AOD" or "ESD"
1839     else {
1840       printf("Wrong input data type! Should be \"AOD\" or \"ESD\"\n");
1841       if (clusterArray) {
1842         clusterArray->Clear();
1843         delete clusterArray;
1844       }
1845       return;
1846     }
1847     
1848     if (!trackParam) continue;
1849
1850     //Extrapolate the track to EMCal surface
1851     AliExternalTrackParam emcalParam(*trackParam);
1852     Float_t eta, phi, pt;
1853     if (!ExtrapolateTrackToEMCalSurface(&emcalParam, fEMCalSurfaceDistance, fMass, fStepSurface, eta, phi, pt)) {
1854       if (aodevent && trackParam) delete trackParam;
1855       if (fITSTrackSA && trackParam) delete trackParam;
1856       continue;
1857     }
1858
1859     if (TMath::Abs(eta)>0.75 || (phi) < 70*TMath::DegToRad() || (phi) > 190*TMath::DegToRad()) {
1860       if (aodevent && trackParam) delete trackParam;
1861       if (fITSTrackSA && trackParam) delete trackParam;
1862       continue;
1863     }
1864
1865     //Find matched clusters
1866     Int_t index = -1;
1867     Float_t dEta = -999, dPhi = -999;
1868     if (!clusterArr) {
1869       index = FindMatchedClusterInClusterArr(&emcalParam, &emcalParam, clusterArray, dEta, dPhi);  
1870     } else {
1871       index = FindMatchedClusterInClusterArr(&emcalParam, &emcalParam, clusterArr, dEta, dPhi);  
1872     }  
1873     
1874     if (index>-1) {
1875       fMatchedTrackIndex   ->AddAt(itr,matched);
1876       fMatchedClusterIndex ->AddAt(index,matched);
1877       fResidualEta         ->AddAt(dEta,matched);
1878       fResidualPhi         ->AddAt(dPhi,matched);
1879       matched++;
1880     }
1881     if (aodevent && trackParam) delete trackParam;
1882     if (fITSTrackSA && trackParam) delete trackParam;
1883   }//track loop
1884
1885   if (clusterArray) {
1886     clusterArray->Clear();
1887     delete clusterArray;
1888   }
1889   
1890   AliDebug(2,Form("Number of matched pairs = %d !\n",matched));
1891   
1892   fMatchedTrackIndex   ->Set(matched);
1893   fMatchedClusterIndex ->Set(matched);
1894   fResidualPhi         ->Set(matched);
1895   fResidualEta         ->Set(matched);
1896 }
1897
1898 //________________________________________________________________________________
1899 Int_t AliEMCALRecoUtils::FindMatchedClusterInEvent(const AliESDtrack *track, 
1900                                                    const AliVEvent *event, 
1901                                                    const AliEMCALGeometry *geom, 
1902                                                    Float_t &dEta, Float_t &dPhi)
1903 {
1904   //
1905   // This function returns the index of matched cluster to input track
1906   // Returns -1 if no match is found
1907   Int_t index = -1;
1908   Double_t phiV = track->Phi()*TMath::RadToDeg();
1909   if (TMath::Abs(track->Eta())>0.9 || phiV <= 10 || phiV >= 250 ) return index;
1910   AliExternalTrackParam *trackParam = 0;
1911   if (!fITSTrackSA)
1912     trackParam = const_cast<AliExternalTrackParam*>(track->GetInnerParam());  // If TPC
1913   else
1914     trackParam = new AliExternalTrackParam(*track);
1915     
1916   if (!trackParam) return index;
1917   AliExternalTrackParam emcalParam(*trackParam);
1918   Float_t eta, phi, pt;
1919
1920   if (!ExtrapolateTrackToEMCalSurface(&emcalParam, fEMCalSurfaceDistance, fMass, fStepSurface, eta, phi, pt))   {
1921     if (fITSTrackSA) delete trackParam;
1922     return index;
1923   }
1924   if (TMath::Abs(eta)>0.75 || (phi) < 70*TMath::DegToRad() || (phi) > 190*TMath::DegToRad()) {
1925     if (fITSTrackSA) delete trackParam;
1926     return index;
1927   }
1928   
1929   TObjArray *clusterArr = new TObjArray(event->GetNumberOfCaloClusters());
1930
1931   for (Int_t icl=0; icl<event->GetNumberOfCaloClusters(); icl++)
1932   {
1933     AliVCluster *cluster = (AliVCluster*) event->GetCaloCluster(icl);
1934     if (geom && !IsGoodCluster(cluster,geom,(AliVCaloCells*)event->GetEMCALCells())) continue;
1935     clusterArr->AddAt(cluster,icl);
1936   }
1937
1938   index = FindMatchedClusterInClusterArr(&emcalParam, &emcalParam, clusterArr, dEta, dPhi);  
1939   clusterArr->Clear();
1940   delete clusterArr;
1941   if (fITSTrackSA) delete trackParam;
1942
1943   return index;
1944 }
1945
1946 //_______________________________________________________________________________________________
1947 Int_t  AliEMCALRecoUtils::FindMatchedClusterInClusterArr(const AliExternalTrackParam *emcalParam, 
1948                                                          AliExternalTrackParam *trkParam, 
1949                                                          const TObjArray * clusterArr, 
1950                                                          Float_t &dEta, Float_t &dPhi)
1951 {
1952   // Find matched cluster in array
1953   
1954   dEta=-999, dPhi=-999;
1955   Float_t dRMax = fCutR, dEtaMax=fCutEta, dPhiMax=fCutPhi;
1956   Int_t index = -1;
1957   Float_t tmpEta=-999, tmpPhi=-999;
1958
1959   Double_t exPos[3] = {0.,0.,0.};
1960   if (!emcalParam->GetXYZ(exPos)) return index;
1961
1962   Float_t clsPos[3] = {0.,0.,0.};
1963   for (Int_t icl=0; icl<clusterArr->GetEntriesFast(); icl++)
1964   {
1965     AliVCluster *cluster = dynamic_cast<AliVCluster*> (clusterArr->At(icl)) ;
1966     if (!cluster || !cluster->IsEMCAL()) continue;
1967     cluster->GetPosition(clsPos);
1968     Double_t dR = TMath::Sqrt(TMath::Power(exPos[0]-clsPos[0],2)+TMath::Power(exPos[1]-clsPos[1],2)+TMath::Power(exPos[2]-clsPos[2],2));
1969     if (dR > fClusterWindow) continue;
1970     
1971     AliExternalTrackParam trkPamTmp (*trkParam);//Retrieve the starting point every time before the extrapolation
1972     if (!ExtrapolateTrackToCluster(&trkPamTmp, cluster, fMass, fStepCluster, tmpEta, tmpPhi)) continue;
1973     if (fCutEtaPhiSum) {
1974       Float_t tmpR=TMath::Sqrt(tmpEta*tmpEta + tmpPhi*tmpPhi);
1975       if (tmpR<dRMax) {
1976         dRMax=tmpR;
1977         dEtaMax=tmpEta;
1978         dPhiMax=tmpPhi;
1979         index=icl;
1980       }
1981     } else if (fCutEtaPhiSeparate) {
1982       if (TMath::Abs(tmpEta)<TMath::Abs(dEtaMax) && TMath::Abs(tmpPhi)<TMath::Abs(dPhiMax)) {
1983         dEtaMax = tmpEta;
1984         dPhiMax = tmpPhi;
1985         index=icl;
1986       }
1987     } else {
1988       printf("Error: please specify your cut criteria\n");
1989       printf("To cut on sqrt(dEta^2+dPhi^2), use: SwitchOnCutEtaPhiSum()\n");
1990       printf("To cut on dEta and dPhi separately, use: SwitchOnCutEtaPhiSeparate()\n");
1991       return index;
1992     }
1993   }
1994
1995   dEta=dEtaMax;
1996   dPhi=dPhiMax;
1997
1998   return index;
1999 }
2000
2001 //------------------------------------------------------------------------------------
2002 Bool_t AliEMCALRecoUtils::ExtrapolateTrackToEMCalSurface(AliVTrack *track,
2003                                                          Double_t emcalR, Double_t mass, Double_t step, Double_t minpt)
2004
2005   // Extrapolate track to EMCAL surface
2006
2007   track->SetTrackPhiEtaPtOnEMCal(-999, -999, -999);
2008
2009   if (track->Pt()<minpt)
2010     return kFALSE;
2011
2012   Double_t phi = track->Phi()*TMath::RadToDeg();
2013   if (TMath::Abs(track->Eta())>0.9 || phi <= 10 || phi >= 250) 
2014     return kFALSE;
2015
2016   AliESDtrack *esdt = dynamic_cast<AliESDtrack*>(track);
2017   AliAODTrack *aodt = 0;
2018   if (!esdt) {
2019     aodt = dynamic_cast<AliAODTrack*>(track);
2020     if (!aodt)
2021       return kFALSE;
2022   }
2023
2024   if (mass<0) {
2025     Bool_t onlyTPC = kFALSE;
2026     if (mass==-99)
2027       onlyTPC=kTRUE;
2028     if (esdt)
2029       mass = esdt->GetMass(onlyTPC);
2030     else 
2031       mass = aodt->M();
2032   }
2033
2034   AliExternalTrackParam *trackParam = 0;
2035   if (esdt) {
2036     const AliExternalTrackParam *in = esdt->GetInnerParam();
2037     if (!in)
2038       return kFALSE;
2039     trackParam = new AliExternalTrackParam(*in);
2040   } else {
2041     Double_t xyz[3] = {0}, pxpypz[3] = {0}, cv[21] = {0};
2042     aodt->PxPyPz(pxpypz);  
2043     aodt->XvYvZv(xyz);
2044     aodt->GetCovarianceXYZPxPyPz(cv);  
2045     trackParam = new AliExternalTrackParam(xyz,pxpypz,cv,aodt->Charge());
2046   }
2047   if (!trackParam)
2048     return kFALSE;
2049
2050   Float_t etaout=-999, phiout=-999, ptout=-999;
2051   Bool_t ret = ExtrapolateTrackToEMCalSurface(trackParam, 
2052                                               emcalR,
2053                                               mass,
2054                                               step,
2055                                               etaout, 
2056                                               phiout,
2057                                               ptout);
2058   delete trackParam;
2059   if (!ret)
2060     return kFALSE;
2061   if (TMath::Abs(etaout)>0.75 || (phiout<70*TMath::DegToRad()) || (phiout>190*TMath::DegToRad()))
2062     return kFALSE;
2063   track->SetTrackPhiEtaPtOnEMCal(phiout, etaout, ptout);
2064   return kTRUE;
2065 }
2066
2067
2068 //------------------------------------------------------------------------------------
2069 Bool_t AliEMCALRecoUtils::ExtrapolateTrackToEMCalSurface(AliExternalTrackParam *trkParam, 
2070                                                          Double_t emcalR,
2071                                                          Double_t mass, 
2072                                                          Double_t step, 
2073                                                          Float_t &eta, 
2074                                                          Float_t &phi,
2075                                                          Float_t &pt)
2076 {
2077   //Extrapolate track to EMCAL surface
2078   
2079   eta = -999, phi = -999, pt = -999;
2080   if (!trkParam) return kFALSE;
2081   if (!AliTrackerBase::PropagateTrackToBxByBz(trkParam, emcalR, mass, step, kTRUE, 0.8, -1)) return kFALSE;
2082   Double_t trkPos[3] = {0.,0.,0.};
2083   if (!trkParam->GetXYZ(trkPos)) return kFALSE;
2084   TVector3 trkPosVec(trkPos[0],trkPos[1],trkPos[2]);
2085   eta = trkPosVec.Eta();
2086   phi = trkPosVec.Phi();
2087   pt = trkParam->Pt();
2088   if (phi<0)
2089     phi += 2*TMath::Pi();
2090
2091   return kTRUE;
2092 }
2093
2094 //-----------------------------------------------------------------------------------
2095 Bool_t AliEMCALRecoUtils::ExtrapolateTrackToPosition(AliExternalTrackParam *trkParam, 
2096                                                      const Float_t *clsPos, 
2097                                                      Double_t mass, 
2098                                                      Double_t step, 
2099                                                      Float_t &tmpEta, 
2100                                                      Float_t &tmpPhi)
2101 {
2102   //
2103   //Return the residual by extrapolating a track param to a global position
2104   //
2105   tmpEta = -999;
2106   tmpPhi = -999;
2107   if (!trkParam) return kFALSE;
2108   Double_t trkPos[3] = {0.,0.,0.};
2109   TVector3 vec(clsPos[0],clsPos[1],clsPos[2]);
2110   Double_t alpha =  ((int)(vec.Phi()*TMath::RadToDeg()/20)+0.5)*20*TMath::DegToRad();
2111   vec.RotateZ(-alpha); //Rotate the cluster to the local extrapolation coordinate system
2112   if (!AliTrackerBase::PropagateTrackToBxByBz(trkParam, vec.X(), mass, step,kTRUE, 0.8, -1)) return kFALSE;
2113   if (!trkParam->GetXYZ(trkPos)) return kFALSE; //Get the extrapolated global position
2114
2115   TVector3 clsPosVec(clsPos[0],clsPos[1],clsPos[2]);
2116   TVector3 trkPosVec(trkPos[0],trkPos[1],trkPos[2]);
2117
2118   // track cluster matching
2119   tmpPhi = clsPosVec.DeltaPhi(trkPosVec);    // tmpPhi is between -pi and pi
2120   tmpEta = clsPosVec.Eta()-trkPosVec.Eta();
2121
2122   return kTRUE;
2123 }
2124
2125 //----------------------------------------------------------------------------------
2126 Bool_t AliEMCALRecoUtils::ExtrapolateTrackToCluster(AliExternalTrackParam *trkParam, 
2127                                                     const AliVCluster *cluster, 
2128                                                     Double_t mass, 
2129                                                     Double_t step, 
2130                                                     Float_t &tmpEta, 
2131                                                     Float_t &tmpPhi)
2132 {
2133   //
2134   //Return the residual by extrapolating a track param to a cluster
2135   //
2136   tmpEta = -999;
2137   tmpPhi = -999;
2138   if (!cluster || !trkParam) 
2139     return kFALSE;
2140
2141   Float_t clsPos[3] = {0.,0.,0.};
2142   cluster->GetPosition(clsPos);
2143
2144   return ExtrapolateTrackToPosition(trkParam, clsPos, mass, step, tmpEta, tmpPhi);
2145 }
2146
2147 //---------------------------------------------------------------------------------
2148 Bool_t AliEMCALRecoUtils::ExtrapolateTrackToCluster(AliExternalTrackParam *trkParam, 
2149                                                     const AliVCluster *cluster, 
2150                                                     Float_t &tmpEta, 
2151                                                     Float_t &tmpPhi)
2152 {
2153   //
2154   //Return the residual by extrapolating a track param to a clusterfStepCluster
2155   //
2156
2157   return ExtrapolateTrackToCluster(trkParam, cluster, fMass, fStepCluster, tmpEta, tmpPhi);
2158 }
2159
2160 //_______________________________________________________________________
2161 void AliEMCALRecoUtils::GetMatchedResiduals(Int_t clsIndex, 
2162                                             Float_t &dEta, Float_t &dPhi)
2163 {
2164   //Given a cluster index as in AliESDEvent::GetCaloCluster(clsIndex)
2165   //Get the residuals dEta and dPhi for this cluster to the closest track
2166   //Works with ESDs and AODs
2167
2168   if (FindMatchedPosForCluster(clsIndex) >= 999) {
2169     AliDebug(2,"No matched tracks found!\n");
2170     dEta=999.;
2171     dPhi=999.;
2172     return;
2173   }
2174   dEta = fResidualEta->At(FindMatchedPosForCluster(clsIndex));
2175   dPhi = fResidualPhi->At(FindMatchedPosForCluster(clsIndex));
2176 }
2177
2178 //______________________________________________________________________________________________
2179 void AliEMCALRecoUtils::GetMatchedClusterResiduals(Int_t trkIndex, Float_t &dEta, Float_t &dPhi)
2180 {
2181   //Given a track index as in AliESDEvent::GetTrack(trkIndex)
2182   //Get the residuals dEta and dPhi for this track to the closest cluster
2183   //Works with ESDs and AODs
2184
2185   if (FindMatchedPosForTrack(trkIndex) >= 999) {
2186     AliDebug(2,"No matched cluster found!\n");
2187     dEta=999.;
2188     dPhi=999.;
2189     return;
2190   }
2191   dEta = fResidualEta->At(FindMatchedPosForTrack(trkIndex));
2192   dPhi = fResidualPhi->At(FindMatchedPosForTrack(trkIndex));
2193 }
2194
2195 //__________________________________________________________
2196 Int_t AliEMCALRecoUtils::GetMatchedTrackIndex(Int_t clsIndex)
2197 {
2198   //Given a cluster index as in AliESDEvent::GetCaloCluster(clsIndex)
2199   //Get the index of matched track to this cluster
2200   //Works with ESDs and AODs
2201   
2202   if (IsClusterMatched(clsIndex))
2203     return fMatchedTrackIndex->At(FindMatchedPosForCluster(clsIndex));
2204   else 
2205     return -1; 
2206 }
2207
2208 //__________________________________________________________
2209 Int_t AliEMCALRecoUtils::GetMatchedClusterIndex(Int_t trkIndex)
2210 {
2211   //Given a track index as in AliESDEvent::GetTrack(trkIndex)
2212   //Get the index of matched cluster to this track
2213   //Works with ESDs and AODs
2214   
2215   if (IsTrackMatched(trkIndex))
2216     return fMatchedClusterIndex->At(FindMatchedPosForTrack(trkIndex));
2217   else 
2218     return -1; 
2219 }
2220
2221 //______________________________________________________________
2222 Bool_t AliEMCALRecoUtils::IsClusterMatched(Int_t clsIndex) const
2223 {
2224   //Given a cluster index as in AliESDEvent::GetCaloCluster(clsIndex)
2225   //Returns if the cluster has a match
2226   if (FindMatchedPosForCluster(clsIndex) < 999) 
2227     return kTRUE;
2228   else
2229     return kFALSE;
2230 }
2231
2232 //____________________________________________________________
2233 Bool_t AliEMCALRecoUtils::IsTrackMatched(Int_t trkIndex) const 
2234 {
2235   //Given a track index as in AliESDEvent::GetTrack(trkIndex)
2236   //Returns if the track has a match
2237   if (FindMatchedPosForTrack(trkIndex) < 999) 
2238     return kTRUE;
2239   else
2240     return kFALSE;
2241 }
2242
2243 //______________________________________________________________________
2244 UInt_t AliEMCALRecoUtils::FindMatchedPosForCluster(Int_t clsIndex) const
2245 {
2246   //Given a cluster index as in AliESDEvent::GetCaloCluster(clsIndex)
2247   //Returns the position of the match in the fMatchedClusterIndex array
2248   Float_t tmpR = fCutR;
2249   UInt_t pos = 999;
2250   
2251   for (Int_t i=0; i<fMatchedClusterIndex->GetSize(); i++) 
2252   {
2253     if (fMatchedClusterIndex->At(i)==clsIndex) {
2254       Float_t r = TMath::Sqrt(fResidualEta->At(i)*fResidualEta->At(i) + fResidualPhi->At(i)*fResidualPhi->At(i));
2255       if (r<tmpR) {
2256         pos=i;
2257         tmpR=r;
2258         AliDebug(3,Form("Matched cluster index: index: %d, dEta: %2.4f, dPhi: %2.4f.\n",
2259                         fMatchedClusterIndex->At(i),fResidualEta->At(i),fResidualPhi->At(i)));
2260       }
2261     }
2262   }
2263   return pos;
2264 }
2265
2266 //____________________________________________________________________
2267 UInt_t AliEMCALRecoUtils::FindMatchedPosForTrack(Int_t trkIndex) const
2268 {
2269   //Given a track index as in AliESDEvent::GetTrack(trkIndex)
2270   //Returns the position of the match in the fMatchedTrackIndex array
2271   Float_t tmpR = fCutR;
2272   UInt_t pos = 999;
2273   
2274   for (Int_t i=0; i<fMatchedTrackIndex->GetSize(); i++) 
2275   {
2276     if (fMatchedTrackIndex->At(i)==trkIndex) {
2277       Float_t r = TMath::Sqrt(fResidualEta->At(i)*fResidualEta->At(i) + fResidualPhi->At(i)*fResidualPhi->At(i));
2278       if (r<tmpR) {
2279         pos=i;
2280         tmpR=r;
2281         AliDebug(3,Form("Matched track index: index: %d, dEta: %2.4f, dPhi: %2.4f.\n",
2282                         fMatchedTrackIndex->At(i),fResidualEta->At(i),fResidualPhi->At(i)));
2283       }
2284     }
2285   }
2286   return pos;
2287 }
2288
2289 //__________________________________________________________________________
2290 Bool_t AliEMCALRecoUtils::IsGoodCluster(AliVCluster *cluster, 
2291                                         const AliEMCALGeometry *geom, 
2292                                         AliVCaloCells* cells, Int_t bc)
2293 {
2294   // check if the cluster survives some quality cut
2295   //
2296   //
2297   Bool_t isGood=kTRUE;
2298
2299   if (!cluster || !cluster->IsEMCAL())              return kFALSE;
2300   if (ClusterContainsBadChannel(geom,cluster->GetCellsAbsId(),cluster->GetNCells())) return kFALSE;
2301   if (!CheckCellFiducialRegion(geom,cluster,cells)) return kFALSE;
2302   if (IsExoticCluster(cluster, cells,bc))           return kFALSE;
2303
2304   return isGood;
2305 }
2306
2307 //__________________________________________________________
2308 Bool_t AliEMCALRecoUtils::IsAccepted(AliESDtrack *esdTrack)
2309 {
2310   // Given a esd track, return whether the track survive all the cuts
2311
2312   // The different quality parameter are first
2313   // retrieved from the track. then it is found out what cuts the
2314   // track did not survive and finally the cuts are imposed.
2315
2316   UInt_t status = esdTrack->GetStatus();
2317
2318   Int_t nClustersITS = esdTrack->GetITSclusters(0);
2319   Int_t nClustersTPC = esdTrack->GetTPCclusters(0);
2320
2321   Float_t chi2PerClusterITS = -1;
2322   Float_t chi2PerClusterTPC = -1;
2323   if (nClustersITS!=0)
2324     chi2PerClusterITS = esdTrack->GetITSchi2()/Float_t(nClustersITS);
2325   if (nClustersTPC!=0) 
2326     chi2PerClusterTPC = esdTrack->GetTPCchi2()/Float_t(nClustersTPC);
2327
2328
2329   //DCA cuts
2330   if (fTrackCutsType==kGlobalCut) {
2331     Float_t maxDCAToVertexXYPtDep = 0.0182 + 0.0350/TMath::Power(esdTrack->Pt(),1.01); //This expression comes from AliESDtrackCuts::GetStandardITSTPCTrackCuts2010()
2332     //AliDebug(3,Form("Track pT = %f, DCAtoVertexXY = %f",esdTrack->Pt(),MaxDCAToVertexXYPtDep));
2333     SetMaxDCAToVertexXY(maxDCAToVertexXYPtDep); //Set pT dependent DCA cut to vertex in x-y plane
2334   }
2335
2336   Float_t b[2];
2337   Float_t bCov[3];
2338   esdTrack->GetImpactParameters(b,bCov);
2339   if (bCov[0]<=0 || bCov[2]<=0) {
2340     AliDebug(1, "Estimated b resolution lower or equal zero!");
2341     bCov[0]=0; bCov[2]=0;
2342   }
2343
2344   Float_t dcaToVertexXY = b[0];
2345   Float_t dcaToVertexZ = b[1];
2346   Float_t dcaToVertex = -1;
2347
2348   if (fCutDCAToVertex2D)
2349     dcaToVertex = TMath::Sqrt(dcaToVertexXY*dcaToVertexXY/fCutMaxDCAToVertexXY/fCutMaxDCAToVertexXY + dcaToVertexZ*dcaToVertexZ/fCutMaxDCAToVertexZ/fCutMaxDCAToVertexZ);
2350   else
2351     dcaToVertex = TMath::Sqrt(dcaToVertexXY*dcaToVertexXY + dcaToVertexZ*dcaToVertexZ);
2352     
2353   // cut the track?
2354   
2355   Bool_t cuts[kNCuts];
2356   for (Int_t i=0; i<kNCuts; i++) cuts[i]=kFALSE;
2357   
2358   // track quality cuts
2359   if (fCutRequireTPCRefit && (status&AliESDtrack::kTPCrefit)==0)
2360     cuts[0]=kTRUE;
2361   if (fCutRequireITSRefit && (status&AliESDtrack::kITSrefit)==0)
2362     cuts[1]=kTRUE;
2363   if (nClustersTPC<fCutMinNClusterTPC)
2364     cuts[2]=kTRUE;
2365   if (nClustersITS<fCutMinNClusterITS) 
2366     cuts[3]=kTRUE;
2367   if (chi2PerClusterTPC>fCutMaxChi2PerClusterTPC) 
2368     cuts[4]=kTRUE; 
2369   if (chi2PerClusterITS>fCutMaxChi2PerClusterITS) 
2370     cuts[5]=kTRUE;  
2371   if (!fCutAcceptKinkDaughters && esdTrack->GetKinkIndex(0)>0)
2372     cuts[6]=kTRUE;
2373   if (fCutDCAToVertex2D && dcaToVertex > 1)
2374     cuts[7] = kTRUE;
2375   if (!fCutDCAToVertex2D && TMath::Abs(dcaToVertexXY) > fCutMaxDCAToVertexXY)
2376     cuts[8] = kTRUE;
2377   if (!fCutDCAToVertex2D && TMath::Abs(dcaToVertexZ) > fCutMaxDCAToVertexZ)
2378     cuts[9] = kTRUE;
2379
2380   if (fTrackCutsType==kGlobalCut) {
2381     //Require at least one SPD point + anything else in ITS
2382     if ( (esdTrack->HasPointOnITSLayer(0) || esdTrack->HasPointOnITSLayer(1)) == kFALSE)
2383       cuts[10] = kTRUE;
2384   }
2385
2386   // ITS
2387   if (fCutRequireITSStandAlone || fCutRequireITSpureSA) {
2388     if ((status & AliESDtrack::kITSin) == 0 || (status & AliESDtrack::kTPCin)) {
2389       // TPC tracks
2390       cuts[11] = kTRUE; 
2391     } else {
2392       // ITS standalone tracks
2393       if (fCutRequireITSStandAlone && !fCutRequireITSpureSA) {
2394         if (status & AliESDtrack::kITSpureSA) cuts[11] = kTRUE;
2395       } else if (fCutRequireITSpureSA) {
2396         if (!(status & AliESDtrack::kITSpureSA)) cuts[11] = kTRUE;
2397       }
2398     }
2399   }
2400   
2401   Bool_t cut=kFALSE;
2402   for (Int_t i=0; i<kNCuts; i++)
2403     if (cuts[i]) { cut = kTRUE ; }
2404
2405     // cut the track
2406   if (cut) 
2407     return kFALSE;
2408   else 
2409     return kTRUE;
2410 }
2411
2412 //_____________________________________
2413 void AliEMCALRecoUtils::InitTrackCuts()
2414 {
2415   //Intilize the track cut criteria
2416   //By default these cuts are set according to AliESDtrackCuts::GetStandardTPCOnlyTrackCuts()
2417   //Also you can customize the cuts using the setters
2418   
2419   switch (fTrackCutsType)
2420   {
2421     case kTPCOnlyCut:
2422     {
2423       AliInfo(Form("Track cuts for matching: GetStandardTPCOnlyTrackCuts()"));
2424       //TPC
2425       SetMinNClustersTPC(70);
2426       SetMaxChi2PerClusterTPC(4);
2427       SetAcceptKinkDaughters(kFALSE);
2428       SetRequireTPCRefit(kFALSE);
2429       
2430       //ITS
2431       SetRequireITSRefit(kFALSE);
2432       SetMaxDCAToVertexZ(3.2);
2433       SetMaxDCAToVertexXY(2.4);
2434       SetDCAToVertex2D(kTRUE);
2435       
2436       break;
2437     }
2438       
2439     case kGlobalCut:
2440     {
2441       AliInfo(Form("Track cuts for matching: GetStandardITSTPCTrackCuts2010(kTURE)"));
2442       //TPC
2443       SetMinNClustersTPC(70);
2444       SetMaxChi2PerClusterTPC(4);
2445       SetAcceptKinkDaughters(kFALSE);
2446       SetRequireTPCRefit(kTRUE);
2447       
2448       //ITS
2449       SetRequireITSRefit(kTRUE);
2450       SetMaxDCAToVertexZ(2);
2451       SetMaxDCAToVertexXY();
2452       SetDCAToVertex2D(kFALSE);
2453       
2454       break;
2455     }
2456       
2457     case kLooseCut:
2458     {
2459       AliInfo(Form("Track cuts for matching: Loose cut w/o DCA cut"));
2460       SetMinNClustersTPC(50);
2461       SetAcceptKinkDaughters(kTRUE);
2462       
2463       break;
2464     }
2465
2466     case kITSStandAlone:
2467     {
2468       AliInfo(Form("Track cuts for matching: ITS Stand Alone tracks cut w/o DCA cut"));
2469       SetRequireITSRefit(kTRUE);
2470       SetRequireITSStandAlone(kTRUE);
2471       SetITSTrackSA(kTRUE);
2472       break;
2473     }
2474     
2475   }
2476 }
2477
2478
2479 //________________________________________________________________________
2480 void AliEMCALRecoUtils::SetClusterMatchedToTrack(const AliVEvent *event)
2481 {
2482   // Checks if tracks are matched to EMC clusters and set the matched EMCAL cluster index to ESD track. 
2483
2484   Int_t nTracks = event->GetNumberOfTracks();
2485   for (Int_t iTrack = 0; iTrack < nTracks; ++iTrack) 
2486   {
2487     AliVTrack* track = dynamic_cast<AliVTrack*>(event->GetTrack(iTrack));
2488     if (!track) 
2489     {
2490       AliWarning(Form("Could not receive track %d", iTrack));
2491       continue;
2492     }
2493     
2494     Int_t matchClusIndex = GetMatchedClusterIndex(iTrack);       
2495     track->SetEMCALcluster(matchClusIndex); //sets -1 if track not matched within residual
2496     /*the following can be done better if AliVTrack::SetStatus will be there. Patch pending with Andreas/Peter*/
2497     AliESDtrack* esdtrack = dynamic_cast<AliESDtrack*>(track);
2498     if (esdtrack) { 
2499       if (matchClusIndex != -1) 
2500         esdtrack->SetStatus(AliESDtrack::kEMCALmatch);
2501       else
2502         esdtrack->ResetStatus(AliESDtrack::kEMCALmatch);
2503     } else {
2504       AliAODTrack* aodtrack = dynamic_cast<AliAODTrack*>(track);
2505       if (matchClusIndex != -1) 
2506         aodtrack->SetStatus(AliESDtrack::kEMCALmatch);
2507       else
2508         aodtrack->ResetStatus(AliESDtrack::kEMCALmatch);
2509     }
2510   }
2511   AliDebug(2,"Track matched to closest cluster");  
2512 }
2513
2514 //_________________________________________________________________________
2515 void AliEMCALRecoUtils::SetTracksMatchedToCluster(const AliVEvent *event)
2516 {
2517   // Checks if EMC clusters are matched to ESD track.
2518   // Adds track indexes of all the tracks matched to a cluster withing residuals in ESDCalocluster.
2519   
2520   for (Int_t iClus=0; iClus < event->GetNumberOfCaloClusters(); ++iClus) 
2521   {
2522     AliVCluster *cluster = event->GetCaloCluster(iClus);
2523     if (!cluster->IsEMCAL()) 
2524       continue;
2525     
2526     Int_t nTracks = event->GetNumberOfTracks();
2527     TArrayI arrayTrackMatched(nTracks);
2528     
2529     // Get the closest track matched to the cluster
2530     Int_t nMatched = 0;
2531     Int_t matchTrackIndex = GetMatchedTrackIndex(iClus);
2532     if (matchTrackIndex != -1) 
2533     {
2534       arrayTrackMatched[nMatched] = matchTrackIndex;
2535       nMatched++;
2536     }
2537     
2538     // Get all other tracks matched to the cluster
2539     for (Int_t iTrk=0; iTrk<nTracks; ++iTrk) 
2540     {
2541       AliVTrack* track = dynamic_cast<AliVTrack*>(event->GetTrack(iTrk));
2542       
2543       if( !track ) continue;
2544       
2545       if ( iTrk == matchTrackIndex ) continue;
2546       
2547       if ( track->GetEMCALcluster() == iClus )
2548       {
2549         arrayTrackMatched[nMatched] = iTrk;
2550         ++nMatched;
2551       }
2552     }
2553     
2554     //printf("Tender::SetTracksMatchedToCluster - cluster E %f, N matches %d, first match %d\n",cluster->E(),nMatched,arrayTrackMatched[0]);
2555     
2556     arrayTrackMatched.Set(nMatched);
2557     AliESDCaloCluster *esdcluster = dynamic_cast<AliESDCaloCluster*>(cluster);
2558     if (esdcluster) 
2559       esdcluster->AddTracksMatched(arrayTrackMatched);
2560     else if (nMatched>0) {
2561       AliAODCaloCluster *aodcluster = dynamic_cast<AliAODCaloCluster*>(cluster);
2562       if (aodcluster)
2563         aodcluster->AddTrackMatched(event->GetTrack(arrayTrackMatched.At(0)));
2564     }
2565     
2566     Float_t eta= -999, phi = -999;
2567     if (matchTrackIndex != -1) 
2568       GetMatchedResiduals(iClus, eta, phi);
2569     cluster->SetTrackDistance(phi, eta);
2570   }
2571   
2572   AliDebug(2,"Cluster matched to tracks");  
2573 }
2574
2575 //___________________________________________________
2576 void AliEMCALRecoUtils::Print(const Option_t *) const 
2577 {
2578   // Print Parameters
2579   
2580   printf("AliEMCALRecoUtils Settings: \n");
2581   printf("Misalignment shifts\n");
2582   for (Int_t i=0; i<5; i++) printf("\t sector %d, traslation (x,y,z)=(%f,%f,%f), rotation (x,y,z)=(%f,%f,%f)\n",i, 
2583                                   fMisalTransShift[i*3],fMisalTransShift[i*3+1],fMisalTransShift[i*3+2],
2584                                   fMisalRotShift[i*3],  fMisalRotShift[i*3+1],  fMisalRotShift[i*3+2]   );
2585   printf("Non linearity function %d, parameters:\n", fNonLinearityFunction);
2586   for (Int_t i=0; i<6; i++) printf("param[%d]=%f\n",i, fNonLinearityParams[i]);
2587   
2588   printf("Position Recalculation option %d, Particle Type %d, fW0 %2.2f, Recalibrate Data %d \n",fPosAlgo,fParticleType,fW0, fRecalibration);
2589
2590   printf("Matching criteria: ");
2591   if (fCutEtaPhiSum) {
2592     printf("sqrt(dEta^2+dPhi^2)<%4.3f\n",fCutR);
2593   } else if (fCutEtaPhiSeparate) {
2594     printf("dEta<%4.3f, dPhi<%4.3f\n",fCutEta,fCutPhi);
2595   } else {
2596     printf("Error\n");
2597     printf("please specify your cut criteria\n");
2598     printf("To cut on sqrt(dEta^2+dPhi^2), use: SwitchOnCutEtaPhiSum()\n");
2599     printf("To cut on dEta and dPhi separately, use: SwitchOnCutEtaPhiSeparate()\n");
2600   }
2601
2602   printf("Mass hypothesis = %2.3f [GeV/c^2], extrapolation step to surface = %2.2f[cm], step to cluster = %2.2f[cm]\n",fMass,fStepSurface, fStepCluster);
2603   printf("Cluster selection window: dR < %2.0f\n",fClusterWindow);
2604
2605   printf("Track cuts: \n");
2606   printf("Minimum track pT: %1.2f\n",fCutMinTrackPt);
2607   printf("AOD track selection: tpc only %d, or hybrid %d, or mask: %d\n",fAODTPCOnlyTracks,fAODHybridTracks, fAODFilterMask);
2608   printf("TPCRefit = %d, ITSRefit = %d\n",fCutRequireTPCRefit,fCutRequireITSRefit);
2609   printf("AcceptKinks = %d\n",fCutAcceptKinkDaughters);
2610   printf("MinNCulsterTPC = %d, MinNClusterITS = %d\n",fCutMinNClusterTPC,fCutMinNClusterITS);
2611   printf("MaxChi2TPC = %2.2f, MaxChi2ITS = %2.2f\n",fCutMaxChi2PerClusterTPC,fCutMaxChi2PerClusterITS);
2612   printf("DCSToVertex2D = %d, MaxDCAToVertexXY = %2.2f, MaxDCAToVertexZ = %2.2f\n",fCutDCAToVertex2D,fCutMaxDCAToVertexXY,fCutMaxDCAToVertexZ);
2613 }