85d778009d30145f38709f5a09a494fbe09a8fbe
[u/mrichter/AliRoot.git] / EMCAL / AliEMCALRecoUtils.cxx
1 /**************************************************************************
2  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
3  *                                                                        *
4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
6  *                                                                        *
7  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
9  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
10  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
11  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
12  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
14  **************************************************************************/
15
16 /* $Id: AliEMCALRecoUtils.cxx 33808 2009-07-15 09:48:08Z gconesab $ */
17
18 ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
19 //
20 // Class AliEMCALRecoUtils
21 // Some utilities to recalculate the cluster position or energy linearity
22 //
23 //
24 // Author:  Gustavo Conesa (LPSC- Grenoble) 
25 //          Track matching part: Rongrong Ma (Yale)
26
27 ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
28 // --- standard c ---
29
30 // standard C++ includes
31 //#include <Riostream.h>
32
33 // ROOT includes
34 #include <TGeoManager.h>
35 #include <TGeoMatrix.h>
36 #include <TGeoBBox.h>
37 #include <TH2F.h>
38 #include <TArrayI.h>
39 #include <TArrayF.h>
40 #include <TObjArray.h>
41
42 // STEER includes
43 #include "AliVCluster.h"
44 #include "AliVCaloCells.h"
45 #include "AliLog.h"
46 #include "AliPID.h"
47 #include "AliESDEvent.h"
48 #include "AliAODEvent.h"
49 #include "AliESDtrack.h"
50 #include "AliAODTrack.h"
51 #include "AliExternalTrackParam.h"
52 #include "AliESDfriendTrack.h"
53 #include "AliTrackerBase.h"
54
55 // EMCAL includes
56 #include "AliEMCALRecoUtils.h"
57 #include "AliEMCALGeometry.h"
58 #include "AliTrackerBase.h"
59 #include "AliEMCALPIDUtils.h"
60
61 ClassImp(AliEMCALRecoUtils)
62   
63 //_____________________________________
64 AliEMCALRecoUtils::AliEMCALRecoUtils():
65   fParticleType(0),                       fPosAlgo(0),                            fW0(0), 
66   fNonLinearityFunction(0),               fNonLinearThreshold(0),
67   fSmearClusterEnergy(kFALSE),            fRandom(),
68   fCellsRecalibrated(kFALSE),             fRecalibration(kFALSE),                 fEMCALRecalibrationFactors(),
69   fTimeRecalibration(kFALSE),             fEMCALTimeRecalibrationFactors(),       fUseRunCorrectionFactors(kFALSE),       
70   fRemoveBadChannels(kFALSE),             fRecalDistToBadChannels(kFALSE),        fEMCALBadChannelMap(),
71   fNCellsFromEMCALBorder(0),              fNoEMCALBorderAtEta0(kTRUE),
72   fRejectExoticCluster(kFALSE),           fRejectExoticCells(kFALSE), 
73   fExoticCellFraction(0),                 fExoticCellDiffTime(0),                 fExoticCellMinAmplitude(0),
74   fPIDUtils(),                            fAODFilterMask(0),
75   fMatchedTrackIndex(0x0),                fMatchedClusterIndex(0x0), 
76   fResidualEta(0x0), fResidualPhi(0x0),   fCutEtaPhiSum(kFALSE),                  fCutEtaPhiSeparate(kFALSE), 
77   fCutR(0),                               fCutEta(0),                             fCutPhi(0),
78   fClusterWindow(0),                      fMass(0),                           
79   fStepSurface(0),                        fStepCluster(0),
80   fITSTrackSA(kFALSE),
81   fTrackCutsType(0),                      fCutMinTrackPt(0),                      fCutMinNClusterTPC(0), 
82   fCutMinNClusterITS(0),                  fCutMaxChi2PerClusterTPC(0),            fCutMaxChi2PerClusterITS(0),
83   fCutRequireTPCRefit(kFALSE),            fCutRequireITSRefit(kFALSE),            fCutAcceptKinkDaughters(kFALSE),
84   fCutMaxDCAToVertexXY(0),                fCutMaxDCAToVertexZ(0),                 fCutDCAToVertex2D(kFALSE),
85   fCutRequireITSStandAlone(kFALSE),       fCutRequireITSpureSA(kFALSE) 
86 {
87 //
88   // Constructor.
89   // Initialize all constant values which have to be used
90   // during Reco algorithm execution
91   //
92   
93   // Init parameters
94   InitParameters();
95   
96   //Track matching
97   fMatchedTrackIndex     = new TArrayI();
98   fMatchedClusterIndex   = new TArrayI();
99   fResidualPhi           = new TArrayF();
100   fResidualEta           = new TArrayF();
101   fPIDUtils              = new AliEMCALPIDUtils();
102
103 }
104
105 //______________________________________________________________________
106 AliEMCALRecoUtils::AliEMCALRecoUtils(const AliEMCALRecoUtils & reco) 
107 : TNamed(reco), 
108   fParticleType(reco.fParticleType),                         fPosAlgo(reco.fPosAlgo),     fW0(reco.fW0),
109   fNonLinearityFunction(reco.fNonLinearityFunction),         fNonLinearThreshold(reco.fNonLinearThreshold),
110   fSmearClusterEnergy(reco.fSmearClusterEnergy),             fRandom(),
111   fCellsRecalibrated(reco.fCellsRecalibrated),
112   fRecalibration(reco.fRecalibration),                       fEMCALRecalibrationFactors(reco.fEMCALRecalibrationFactors),
113   fTimeRecalibration(reco.fTimeRecalibration),               fEMCALTimeRecalibrationFactors(reco.fEMCALTimeRecalibrationFactors),
114   fUseRunCorrectionFactors(reco.fUseRunCorrectionFactors),   
115   fRemoveBadChannels(reco.fRemoveBadChannels),               fRecalDistToBadChannels(reco.fRecalDistToBadChannels),
116   fEMCALBadChannelMap(reco.fEMCALBadChannelMap),
117   fNCellsFromEMCALBorder(reco.fNCellsFromEMCALBorder),       fNoEMCALBorderAtEta0(reco.fNoEMCALBorderAtEta0),
118   fRejectExoticCluster(reco.fRejectExoticCluster),           fRejectExoticCells(reco.fRejectExoticCells), 
119   fExoticCellFraction(reco.fExoticCellFraction),             fExoticCellDiffTime(reco.fExoticCellDiffTime),               
120   fExoticCellMinAmplitude(reco.fExoticCellMinAmplitude),
121   fPIDUtils(reco.fPIDUtils),                                 fAODFilterMask(reco.fAODFilterMask),
122   fMatchedTrackIndex(  reco.fMatchedTrackIndex?  new TArrayI(*reco.fMatchedTrackIndex):0x0),
123   fMatchedClusterIndex(reco.fMatchedClusterIndex?new TArrayI(*reco.fMatchedClusterIndex):0x0),
124   fResidualEta(        reco.fResidualEta?        new TArrayF(*reco.fResidualEta):0x0),
125   fResidualPhi(        reco.fResidualPhi?        new TArrayF(*reco.fResidualPhi):0x0),
126   fCutEtaPhiSum(reco.fCutEtaPhiSum),                         fCutEtaPhiSeparate(reco.fCutEtaPhiSeparate), 
127   fCutR(reco.fCutR),        fCutEta(reco.fCutEta),           fCutPhi(reco.fCutPhi),
128   fClusterWindow(reco.fClusterWindow),
129   fMass(reco.fMass),        fStepSurface(reco.fStepSurface), fStepCluster(reco.fStepCluster),
130   fITSTrackSA(reco.fITSTrackSA),
131   fTrackCutsType(reco.fTrackCutsType),                       fCutMinTrackPt(reco.fCutMinTrackPt), 
132   fCutMinNClusterTPC(reco.fCutMinNClusterTPC),               fCutMinNClusterITS(reco.fCutMinNClusterITS), 
133   fCutMaxChi2PerClusterTPC(reco.fCutMaxChi2PerClusterTPC),   fCutMaxChi2PerClusterITS(reco.fCutMaxChi2PerClusterITS),
134   fCutRequireTPCRefit(reco.fCutRequireTPCRefit),             fCutRequireITSRefit(reco.fCutRequireITSRefit),
135   fCutAcceptKinkDaughters(reco.fCutAcceptKinkDaughters),     fCutMaxDCAToVertexXY(reco.fCutMaxDCAToVertexXY),    
136   fCutMaxDCAToVertexZ(reco.fCutMaxDCAToVertexZ),             fCutDCAToVertex2D(reco.fCutDCAToVertex2D),
137   fCutRequireITSStandAlone(reco.fCutRequireITSStandAlone),   fCutRequireITSpureSA(reco.fCutRequireITSpureSA) 
138 {
139   //Copy ctor
140   
141   for(Int_t i = 0; i < 15 ; i++) { fMisalRotShift[i]      = reco.fMisalRotShift[i]      ; 
142                                    fMisalTransShift[i]    = reco.fMisalTransShift[i]    ; } 
143   for(Int_t i = 0; i < 7  ; i++) { fNonLinearityParams[i] = reco.fNonLinearityParams[i] ; }
144   for(Int_t i = 0; i < 3  ; i++) { fSmearClusterParam[i]  = reco.fSmearClusterParam[i]  ; }
145
146 }
147
148
149 //______________________________________________________________________
150 AliEMCALRecoUtils & AliEMCALRecoUtils::operator = (const AliEMCALRecoUtils & reco) 
151 {
152   //Assignment operator
153   
154   if(this == &reco)return *this;
155   ((TNamed *)this)->operator=(reco);
156
157   for(Int_t i = 0; i < 15 ; i++) { fMisalTransShift[i]    = reco.fMisalTransShift[i]    ; 
158                                    fMisalRotShift[i]      = reco.fMisalRotShift[i]      ; }
159   for(Int_t i = 0; i < 7  ; i++) { fNonLinearityParams[i] = reco.fNonLinearityParams[i] ; }
160   for(Int_t i = 0; i < 3  ; i++) { fSmearClusterParam[i]  = reco.fSmearClusterParam[i]  ; }   
161   
162   fParticleType              = reco.fParticleType;
163   fPosAlgo                   = reco.fPosAlgo; 
164   fW0                        = reco.fW0;
165   
166   fNonLinearityFunction      = reco.fNonLinearityFunction;
167   fNonLinearThreshold        = reco.fNonLinearThreshold;
168   fSmearClusterEnergy        = reco.fSmearClusterEnergy;
169
170   fCellsRecalibrated         = reco.fCellsRecalibrated;
171   fRecalibration             = reco.fRecalibration;
172   fEMCALRecalibrationFactors = reco.fEMCALRecalibrationFactors;
173
174   fTimeRecalibration             = reco.fTimeRecalibration;
175   fEMCALTimeRecalibrationFactors = reco.fEMCALTimeRecalibrationFactors;
176
177   fUseRunCorrectionFactors   = reco.fUseRunCorrectionFactors;
178   
179   fRemoveBadChannels         = reco.fRemoveBadChannels;
180   fRecalDistToBadChannels    = reco.fRecalDistToBadChannels;
181   fEMCALBadChannelMap        = reco.fEMCALBadChannelMap;
182   
183   fNCellsFromEMCALBorder     = reco.fNCellsFromEMCALBorder;
184   fNoEMCALBorderAtEta0       = reco.fNoEMCALBorderAtEta0;
185   
186   fRejectExoticCluster       = reco.fRejectExoticCluster;           
187   fRejectExoticCells         = reco.fRejectExoticCells; 
188   fExoticCellFraction        = reco.fExoticCellFraction;
189   fExoticCellDiffTime        = reco.fExoticCellDiffTime;              
190   fExoticCellMinAmplitude    = reco.fExoticCellMinAmplitude;
191   
192   fPIDUtils                  = reco.fPIDUtils;
193
194   fAODFilterMask             = reco.fAODFilterMask;
195   
196   fCutEtaPhiSum              = reco.fCutEtaPhiSum;
197   fCutEtaPhiSeparate         = reco.fCutEtaPhiSeparate;
198   fCutR                      = reco.fCutR;
199   fCutEta                    = reco.fCutEta;
200   fCutPhi                    = reco.fCutPhi;
201   fClusterWindow             = reco.fClusterWindow;
202   fMass                      = reco.fMass;
203   fStepSurface               = reco.fStepSurface;
204   fStepCluster               = reco.fStepCluster;
205   fITSTrackSA                = reco.fITSTrackSA;  
206   
207   fTrackCutsType             = reco.fTrackCutsType;
208   fCutMinTrackPt             = reco.fCutMinTrackPt;
209   fCutMinNClusterTPC         = reco.fCutMinNClusterTPC;
210   fCutMinNClusterITS         = reco.fCutMinNClusterITS; 
211   fCutMaxChi2PerClusterTPC   = reco.fCutMaxChi2PerClusterTPC;
212   fCutMaxChi2PerClusterITS   = reco.fCutMaxChi2PerClusterITS;
213   fCutRequireTPCRefit        = reco.fCutRequireTPCRefit;
214   fCutRequireITSRefit        = reco.fCutRequireITSRefit;
215   fCutAcceptKinkDaughters    = reco.fCutAcceptKinkDaughters;
216   fCutMaxDCAToVertexXY       = reco.fCutMaxDCAToVertexXY;
217   fCutMaxDCAToVertexZ        = reco.fCutMaxDCAToVertexZ;
218   fCutDCAToVertex2D          = reco.fCutDCAToVertex2D;
219   fCutRequireITSStandAlone   = reco.fCutRequireITSStandAlone; 
220   fCutRequireITSpureSA       = reco.fCutRequireITSpureSA; 
221   if(reco.fResidualEta)
222   {
223     // assign or copy construct
224     if(fResidualEta)
225     { 
226       *fResidualEta = *reco.fResidualEta;
227     }
228     else 
229     {
230       fResidualEta = new TArrayF(*reco.fResidualEta);
231     }
232   }
233   else
234   {
235     if(fResidualEta)delete fResidualEta;
236     fResidualEta = 0;
237   }
238   
239   if(reco.fResidualPhi)
240   {
241     // assign or copy construct
242     if(fResidualPhi)
243     { 
244       *fResidualPhi = *reco.fResidualPhi;
245     }
246     else 
247     {
248       fResidualPhi = new TArrayF(*reco.fResidualPhi);
249     }
250   }
251   else
252   {
253     if(fResidualPhi)delete fResidualPhi;
254     fResidualPhi = 0;
255   }
256   
257   if(reco.fMatchedTrackIndex)
258   {
259     // assign or copy construct
260     if(fMatchedTrackIndex)
261     { 
262       *fMatchedTrackIndex = *reco.fMatchedTrackIndex;
263     }
264     else 
265     { 
266       fMatchedTrackIndex = new TArrayI(*reco.fMatchedTrackIndex);
267     }
268   }
269   else
270   {
271     if(fMatchedTrackIndex)delete fMatchedTrackIndex;
272     fMatchedTrackIndex = 0;
273   }  
274   
275   if(reco.fMatchedClusterIndex)
276   {
277     // assign or copy construct
278     if(fMatchedClusterIndex)
279     { 
280       *fMatchedClusterIndex = *reco.fMatchedClusterIndex;
281     }
282     else 
283     {
284       fMatchedClusterIndex = new TArrayI(*reco.fMatchedClusterIndex);
285     }
286   }
287   else
288   {
289     if(fMatchedClusterIndex)delete fMatchedClusterIndex;
290     fMatchedClusterIndex = 0;
291   }
292    
293   return *this;
294 }
295
296
297 //_____________________________________
298 AliEMCALRecoUtils::~AliEMCALRecoUtils()
299 {
300   //Destructor.
301   
302   if(fEMCALRecalibrationFactors) 
303   { 
304     fEMCALRecalibrationFactors->Clear();
305     delete fEMCALRecalibrationFactors;
306   }  
307   
308   if(fEMCALTimeRecalibrationFactors) 
309   { 
310     fEMCALTimeRecalibrationFactors->Clear();
311     delete fEMCALTimeRecalibrationFactors;
312   }  
313   
314   if(fEMCALBadChannelMap) 
315   { 
316     fEMCALBadChannelMap->Clear();
317     delete fEMCALBadChannelMap;
318   }
319  
320   delete fMatchedTrackIndex   ; 
321   delete fMatchedClusterIndex ; 
322   delete fResidualEta         ; 
323   delete fResidualPhi         ; 
324   delete fPIDUtils            ;
325
326   InitTrackCuts();
327 }
328
329 //_______________________________________________________________________________
330 Bool_t AliEMCALRecoUtils::AcceptCalibrateCell(const Int_t absID, const Int_t bc,
331                                               Float_t  & amp,    Double_t & time, 
332                                               AliVCaloCells* cells) 
333 {
334   // Reject cell if criteria not passed and calibrate it
335   
336   AliEMCALGeometry* geom = AliEMCALGeometry::GetInstance();
337   
338   if(absID < 0 || absID >= 24*48*geom->GetNumberOfSuperModules()) return kFALSE;
339   
340   Int_t imod = -1, iphi =-1, ieta=-1,iTower = -1, iIphi = -1, iIeta = -1; 
341   
342   if(!geom->GetCellIndex(absID,imod,iTower,iIphi,iIeta)) 
343   {
344     // cell absID does not exist
345     amp=0; time = 1.e9;
346     return kFALSE; 
347   }
348   
349   geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(imod,iTower,iIphi, iIeta,iphi,ieta);  
350
351   // Do not include bad channels found in analysis,
352   if( IsBadChannelsRemovalSwitchedOn() && GetEMCALChannelStatus(imod, ieta, iphi)) 
353   {
354     return kFALSE;
355   }
356   
357   //Recalibrate energy
358   amp  = cells->GetCellAmplitude(absID);
359   if(!fCellsRecalibrated && IsRecalibrationOn())
360     amp *= GetEMCALChannelRecalibrationFactor(imod,ieta,iphi);
361   
362   
363   // Recalibrate time
364   time = cells->GetCellTime(absID);
365   
366   RecalibrateCellTime(absID,bc,time);
367   
368   return kTRUE;
369 }
370
371 //_____________________________________________________________________________
372 Bool_t AliEMCALRecoUtils::CheckCellFiducialRegion(const AliEMCALGeometry* geom, 
373                                                   const AliVCluster* cluster, 
374                                                   AliVCaloCells* cells) 
375 {
376   // Given the list of AbsId of the cluster, get the maximum cell and 
377   // check if there are fNCellsFromBorder from the calorimeter border
378   
379   if(!cluster)
380   {
381     AliInfo("Cluster pointer null!");
382     return kFALSE;
383   }
384   
385   //If the distance to the border is 0 or negative just exit accept all clusters
386   if(cells->GetType()==AliVCaloCells::kEMCALCell && fNCellsFromEMCALBorder <= 0 ) return kTRUE;
387   
388   Int_t absIdMax  = -1, iSM =-1, ieta = -1, iphi = -1;
389   Bool_t shared = kFALSE;
390   GetMaxEnergyCell(geom, cells, cluster, absIdMax,  iSM, ieta, iphi, shared);
391   
392   AliDebug(2,Form("Cluster Max AbsId %d, Cell Energy %2.2f, Cluster Energy %2.2f, Ncells from border %d, EMCAL eta=0 %d\n", 
393                   absIdMax, cells->GetCellAmplitude(absIdMax), cluster->E(), fNCellsFromEMCALBorder, fNoEMCALBorderAtEta0));
394   
395   if(absIdMax==-1) return kFALSE;
396   
397   //Check if the cell is close to the borders:
398   Bool_t okrow = kFALSE;
399   Bool_t okcol = kFALSE;
400   
401   if(iSM < 0 || iphi < 0 || ieta < 0 ) 
402   {
403     AliFatal(Form("Negative value for super module: %d, or cell ieta: %d, or cell iphi: %d, check EMCAL geometry name\n",
404                   iSM,ieta,iphi));
405   }
406   
407   //Check rows/phi
408   if(iSM < 10)
409   {
410     if(iphi >= fNCellsFromEMCALBorder && iphi < 24-fNCellsFromEMCALBorder) okrow =kTRUE; 
411   }
412   else if (iSM >=10 && ( ( geom->GetEMCGeometry()->GetGeoName()).Contains("12SMV1"))) 
413   {
414     if(iphi >= fNCellsFromEMCALBorder && iphi < 8-fNCellsFromEMCALBorder) okrow =kTRUE; //1/3 sm case
415   }
416   else 
417   {
418     if(iphi >= fNCellsFromEMCALBorder && iphi < 12-fNCellsFromEMCALBorder) okrow =kTRUE; // half SM case
419   }
420   
421   //Check columns/eta
422   if(!fNoEMCALBorderAtEta0)
423   {
424     if(ieta  > fNCellsFromEMCALBorder && ieta < 48-fNCellsFromEMCALBorder) okcol =kTRUE; 
425   }
426   else
427   {
428     if(iSM%2==0)
429     {
430       if(ieta >= fNCellsFromEMCALBorder)     okcol = kTRUE;  
431     }
432     else 
433     {
434       if(ieta <  48-fNCellsFromEMCALBorder)  okcol = kTRUE;  
435     }
436   }//eta 0 not checked
437   
438   AliDebug(2,Form("EMCAL Cluster in %d cells fiducial volume: ieta %d, iphi %d, SM %d:  column? %d, row? %d\nq",
439                   fNCellsFromEMCALBorder, ieta, iphi, iSM, okcol, okrow));
440   
441   if (okcol && okrow) 
442   {
443     //printf("Accept\n");
444     return kTRUE;
445   }
446   else  
447   {
448     //printf("Reject\n");
449     AliDebug(2,Form("Reject cluster in border, max cell : ieta %d, iphi %d, SM %d\n",ieta, iphi, iSM));
450     return kFALSE;
451   }
452   
453 }  
454
455
456 //_______________________________________________________________________________
457 Bool_t AliEMCALRecoUtils::ClusterContainsBadChannel(const AliEMCALGeometry* geom, 
458                                                     const UShort_t* cellList, 
459                                                     const Int_t nCells)
460 {
461   // Check that in the cluster cells, there is no bad channel of those stored 
462   // in fEMCALBadChannelMap or fPHOSBadChannelMap
463   
464   if(!fRemoveBadChannels)  return kFALSE;
465   if(!fEMCALBadChannelMap) return kFALSE;
466   
467   Int_t icol = -1;
468   Int_t irow = -1;
469   Int_t imod = -1;
470   for(Int_t iCell = 0; iCell<nCells; iCell++)
471   {
472     //Get the column and row
473     Int_t iTower = -1, iIphi = -1, iIeta = -1; 
474     geom->GetCellIndex(cellList[iCell],imod,iTower,iIphi,iIeta); 
475     if(fEMCALBadChannelMap->GetEntries() <= imod) continue;
476     geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(imod,iTower,iIphi, iIeta,irow,icol);      
477     if(GetEMCALChannelStatus(imod, icol, irow))
478     {
479       AliDebug(2,Form("Cluster with bad channel: SM %d, col %d, row %d\n",imod, icol, irow));
480       return kTRUE;
481     }
482     
483   }// cell cluster loop
484   
485   return kFALSE;
486 }
487
488
489 //___________________________________________________________________________
490 Float_t AliEMCALRecoUtils::GetECross(const Int_t absID, const Double_t tcell,
491                                      AliVCaloCells* cells, const Int_t bc)
492 {
493   //Calculate the energy in the cross around the energy given cell
494   
495   AliEMCALGeometry * geom = AliEMCALGeometry::GetInstance();
496   
497   Int_t imod = -1, iphi =-1, ieta=-1,iTower = -1, iIphi = -1, iIeta = -1; 
498   geom->GetCellIndex(absID,imod,iTower,iIphi,iIeta); 
499   geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(imod,iTower,iIphi, iIeta,iphi,ieta);  
500   
501   //Get close cells index, energy and time, not in corners
502   
503   Int_t absID1 = -1;
504   Int_t absID2 = -1;
505   
506   if( iphi < AliEMCALGeoParams::fgkEMCALRows-1) absID1 = geom-> GetAbsCellIdFromCellIndexes(imod, iphi+1, ieta);
507   if( iphi > 0 )                                absID2 = geom-> GetAbsCellIdFromCellIndexes(imod, iphi-1, ieta);
508   
509   // In case of cell in eta = 0 border, depending on SM shift the cross cell index
510   
511   Int_t absID3 = -1;
512   Int_t absID4 = -1;
513   
514   if     ( ieta == AliEMCALGeoParams::fgkEMCALCols-1 && !(imod%2) )
515   {
516     absID3 = geom-> GetAbsCellIdFromCellIndexes(imod+1, iphi, 0);
517     absID4 = geom-> GetAbsCellIdFromCellIndexes(imod,   iphi, ieta-1); 
518   }
519   else if( ieta == 0 && imod%2 )
520   {
521     absID3 = geom-> GetAbsCellIdFromCellIndexes(imod,   iphi, ieta+1);
522     absID4 = geom-> GetAbsCellIdFromCellIndexes(imod-1, iphi, AliEMCALGeoParams::fgkEMCALCols-1); 
523   }
524   else
525   {
526     if( ieta < AliEMCALGeoParams::fgkEMCALCols-1 ) 
527       absID3 = geom-> GetAbsCellIdFromCellIndexes(imod, iphi, ieta+1);
528     if( ieta > 0 )                                 
529       absID4 = geom-> GetAbsCellIdFromCellIndexes(imod, iphi, ieta-1); 
530   }
531   
532   //printf("IMOD %d, AbsId %d, a %d, b %d, c %d e %d \n",imod,absID,absID1,absID2,absID3,absID4);
533   
534   Float_t  ecell1  = 0, ecell2  = 0, ecell3  = 0, ecell4  = 0;
535   Double_t tcell1  = 0, tcell2  = 0, tcell3  = 0, tcell4  = 0;
536   Bool_t   accept1 = 0, accept2 = 0, accept3 = 0, accept4 = 0;
537   
538   accept1 = AcceptCalibrateCell(absID1,bc, ecell1,tcell1,cells); 
539   accept2 = AcceptCalibrateCell(absID2,bc, ecell2,tcell2,cells); 
540   accept3 = AcceptCalibrateCell(absID3,bc, ecell3,tcell3,cells); 
541   accept4 = AcceptCalibrateCell(absID4,bc, ecell4,tcell4,cells); 
542   
543   /*
544    printf("Cell absID %d \n",absID);
545    printf("\t  accept1 %d, accept2 %d, accept3 %d, accept4 %d\n",
546    accept1,accept2,accept3,accept4);
547    printf("\t id %d: id1 %d, id2 %d, id3 %d, id4 %d\n",
548    absID,absID1,absID2,absID3,absID4);
549    printf("\t e %f: e1 %f, e2 %f, e3 %f, e4 %f\n",
550    ecell,ecell1,ecell2,ecell3,ecell4);
551    printf("\t t %f: t1 %f, t2 %f, t3 %f, t4 %f;\n dt1 %f, dt2 %f, dt3 %f, dt4 %f\n",
552    tcell*1.e9,tcell1*1.e9,tcell2*1.e9,tcell3*1.e9,tcell4*1.e9,
553    TMath::Abs(tcell-tcell1)*1.e9, TMath::Abs(tcell-tcell2)*1.e9, TMath::Abs(tcell-tcell3)*1.e9, TMath::Abs(tcell-tcell4)*1.e9);
554    */
555   
556   if(TMath::Abs(tcell-tcell1)*1.e9 > fExoticCellDiffTime) ecell1 = 0 ;
557   if(TMath::Abs(tcell-tcell2)*1.e9 > fExoticCellDiffTime) ecell2 = 0 ;
558   if(TMath::Abs(tcell-tcell3)*1.e9 > fExoticCellDiffTime) ecell3 = 0 ;
559   if(TMath::Abs(tcell-tcell4)*1.e9 > fExoticCellDiffTime) ecell4 = 0 ;
560   
561   return ecell1+ecell2+ecell3+ecell4;
562   
563 }
564
565 //_____________________________________________________________________________________________
566 Bool_t AliEMCALRecoUtils::IsExoticCell(const Int_t absID, AliVCaloCells* cells, const Int_t bc)
567 {
568   // Look to cell neighbourhood and reject if it seems exotic
569   // Do before recalibrating the cells
570
571   if(!fRejectExoticCells) return kFALSE;
572   
573   Float_t  ecell  = 0;
574   Double_t tcell  = 0;
575   Bool_t   accept = AcceptCalibrateCell(absID, bc, ecell ,tcell ,cells); 
576   
577   if(!accept) return kTRUE; // reject this cell
578   
579   if(ecell < fExoticCellMinAmplitude) return kFALSE; // do not reject low energy cells
580
581   Float_t eCross = GetECross(absID,tcell,cells,bc);
582   
583   if(1-eCross/ecell > fExoticCellFraction) 
584   {
585     AliDebug(2,Form("AliEMCALRecoUtils::IsExoticCell() - EXOTIC CELL id %d, eCell %f, eCross %f, 1-eCross/eCell %f\n",
586                     absID,ecell,eCross,1-eCross/ecell));
587     return kTRUE;
588   }
589
590   return kFALSE;
591 }
592
593 //___________________________________________________________________
594 Bool_t AliEMCALRecoUtils::IsExoticCluster(const AliVCluster *cluster, 
595                                           AliVCaloCells *cells, 
596                                           const Int_t bc) 
597 {
598   // Check if the cluster highest energy tower is exotic
599   
600   if(!cluster)
601   {
602     AliInfo("Cluster pointer null!");
603     return kFALSE;
604   }
605   
606   if(!fRejectExoticCluster) return kFALSE;
607   
608   // Get highest energy tower
609   AliEMCALGeometry* geom = AliEMCALGeometry::GetInstance();
610   Int_t iSupMod = -1, absId = -1, ieta = -1, iphi = -1;
611   Bool_t shared = kFALSE;
612   GetMaxEnergyCell(geom, cells, cluster, absId, iSupMod, ieta, iphi, shared);
613   
614   return IsExoticCell(absId,cells,bc);
615   
616 }
617
618 //_______________________________________________________________________
619 Float_t AliEMCALRecoUtils::SmearClusterEnergy(const AliVCluster* cluster) 
620 {
621   //In case of MC analysis, smear energy to match resolution/calibration in real data
622   
623   if(!cluster)
624   {
625     AliInfo("Cluster pointer null!");
626     return 0;
627   }
628   
629   Float_t energy    = cluster->E() ;
630   Float_t rdmEnergy = energy ;
631   if(fSmearClusterEnergy)
632   {
633     rdmEnergy = fRandom.Gaus(energy,fSmearClusterParam[0] * TMath::Sqrt(energy) +
634                                     fSmearClusterParam[1] * energy +
635                                     fSmearClusterParam[2] );
636     AliDebug(2, Form("Energy: original %f, smeared %f\n", energy, rdmEnergy));
637   }
638   
639   return rdmEnergy;
640 }
641
642 //____________________________________________________________________________
643 Float_t AliEMCALRecoUtils::CorrectClusterEnergyLinearity(AliVCluster* cluster)
644 {
645   // Correct cluster energy from non linearity functions
646   
647   if(!cluster)
648   {
649     AliInfo("Cluster pointer null!");
650     return 0;
651   }
652   
653   Float_t energy = cluster->E();
654
655   if(energy < 0.1)
656   {
657     // Clusters with less than 100 MeV or negative are not possible
658     AliInfo(Form("Too Low Cluster energy!, E = %f < 0.1 GeV",energy));
659     return 0;
660   }
661   
662   switch (fNonLinearityFunction) 
663   {
664       
665     case kPi0MC:
666     {
667       //Non-Linearity correction (from MC with function ([0]*exp(-[1]/E))+(([2]/([3]*2.*TMath::Pi())*exp(-(E-[4])^2/(2.*[3]^2)))))
668       //fNonLinearityParams[0] = 1.014;
669       //fNonLinearityParams[1] =-0.03329;
670       //fNonLinearityParams[2] =-0.3853;
671       //fNonLinearityParams[3] = 0.5423;
672       //fNonLinearityParams[4] =-0.4335;
673        energy *= (fNonLinearityParams[0]*exp(-fNonLinearityParams[1]/energy))+
674                   ((fNonLinearityParams[2]/(fNonLinearityParams[3]*2.*TMath::Pi())*
675                     exp(-(energy-fNonLinearityParams[4])*(energy-fNonLinearityParams[4])/(2.*fNonLinearityParams[3]*fNonLinearityParams[3]))));
676       break;
677     }
678      
679     case kPi0MCv2:
680     {
681       //Non-Linearity correction (from MC with function [0]/((x+[1])^[2]))+1;
682       //fNonLinearityParams[0] = 3.11111e-02;
683       //fNonLinearityParams[1] =-5.71666e-02; 
684       //fNonLinearityParams[2] = 5.67995e-01;      
685       
686       energy *= fNonLinearityParams[0]/TMath::Power(energy+fNonLinearityParams[1],fNonLinearityParams[2])+1;
687       break;
688     }
689     
690     case kPi0MCv3:
691     {
692       //Same as beam test corrected, change parameters
693       //fNonLinearityParams[0] =  9.81039e-01
694       //fNonLinearityParams[1] =  1.13508e-01;
695       //fNonLinearityParams[2] =  1.00173e+00; 
696       //fNonLinearityParams[3] =  9.67998e-02;
697       //fNonLinearityParams[4] =  2.19381e+02;
698       //fNonLinearityParams[5] =  6.31604e+01;
699       //fNonLinearityParams[6] =  1;
700       energy *= fNonLinearityParams[6]/(fNonLinearityParams[0]*(1./(1.+fNonLinearityParams[1]*exp(-energy/fNonLinearityParams[2]))*1./(1.+fNonLinearityParams[3]*exp((energy-fNonLinearityParams[4])/fNonLinearityParams[5]))));
701       
702       break;
703     }
704       
705       
706     case kPi0GammaGamma:
707     {
708       //Non-Linearity correction (from Olga Data with function p0+p1*exp(-p2*E))
709       //fNonLinearityParams[0] = 1.04;
710       //fNonLinearityParams[1] = -0.1445;
711       //fNonLinearityParams[2] = 1.046;
712       energy /= (fNonLinearityParams[0]+fNonLinearityParams[1]*exp(-fNonLinearityParams[2]*energy)); //Olga function
713       break;
714     }
715       
716     case kPi0GammaConversion:
717     {
718       //Non-Linearity correction (Nicolas from Dimitri Data with function C*[1-a*exp(-b*E)])
719       //fNonLinearityParams[0] = 0.139393/0.1349766;
720       //fNonLinearityParams[1] = 0.0566186;
721       //fNonLinearityParams[2] = 0.982133;
722       energy /= fNonLinearityParams[0]*(1-fNonLinearityParams[1]*exp(-fNonLinearityParams[2]*energy));
723       
724       break;
725     }
726       
727     case kBeamTest:
728     {
729       //From beam test, Alexei's results, for different ZS thresholds
730       //                        th=30 MeV; th = 45 MeV; th = 75 MeV
731       //fNonLinearityParams[0] = 1.007;      1.003;      1.002 
732       //fNonLinearityParams[1] = 0.894;      0.719;      0.797 
733       //fNonLinearityParams[2] = 0.246;      0.334;      0.358 
734       //Rescale the param[0] with 1.03
735       energy /= fNonLinearityParams[0]/(1+fNonLinearityParams[1]*exp(-energy/fNonLinearityParams[2]));
736       
737       break;
738     }
739       
740     case kBeamTestCorrected:
741     {
742       //From beam test, corrected for material between beam and EMCAL
743       //fNonLinearityParams[0] =  0.99078
744       //fNonLinearityParams[1] =  0.161499;
745       //fNonLinearityParams[2] =  0.655166; 
746       //fNonLinearityParams[3] =  0.134101;
747       //fNonLinearityParams[4] =  163.282;
748       //fNonLinearityParams[5] =  23.6904;
749       //fNonLinearityParams[6] =  0.978;
750         energy *= fNonLinearityParams[6]/(fNonLinearityParams[0]*(1./(1.+fNonLinearityParams[1]*exp(-energy/fNonLinearityParams[2]))*1./(1.+fNonLinearityParams[3]*exp((energy-fNonLinearityParams[4])/fNonLinearityParams[5]))));
751
752       break;
753     }
754       
755     case kNoCorrection:
756       AliDebug(2,"No correction on the energy\n");
757       break;
758       
759   }
760
761   return energy;
762 }
763
764 //__________________________________________________
765 void AliEMCALRecoUtils::InitNonLinearityParam()
766 {
767   //Initialising Non Linearity Parameters
768   
769   if(fNonLinearityFunction == kPi0MC) 
770   {
771     fNonLinearityParams[0] = 1.014;
772     fNonLinearityParams[1] = -0.03329;
773     fNonLinearityParams[2] = -0.3853;
774     fNonLinearityParams[3] = 0.5423;
775     fNonLinearityParams[4] = -0.4335;
776   }
777   
778   if(fNonLinearityFunction == kPi0MCv2) 
779   {
780     fNonLinearityParams[0] = 3.11111e-02;
781     fNonLinearityParams[1] =-5.71666e-02; 
782     fNonLinearityParams[2] = 5.67995e-01;      
783   }
784   
785   if(fNonLinearityFunction == kPi0MCv3) 
786   {
787     fNonLinearityParams[0] =  9.81039e-01;
788     fNonLinearityParams[1] =  1.13508e-01;
789     fNonLinearityParams[2] =  1.00173e+00; 
790     fNonLinearityParams[3] =  9.67998e-02;
791     fNonLinearityParams[4] =  2.19381e+02;
792     fNonLinearityParams[5] =  6.31604e+01;
793     fNonLinearityParams[6] =  1;
794   }
795   
796   if(fNonLinearityFunction == kPi0GammaGamma) 
797   {
798     fNonLinearityParams[0] = 1.04;
799     fNonLinearityParams[1] = -0.1445;
800     fNonLinearityParams[2] = 1.046;
801   }  
802
803   if(fNonLinearityFunction == kPi0GammaConversion) 
804   {
805     fNonLinearityParams[0] = 0.139393;
806     fNonLinearityParams[1] = 0.0566186;
807     fNonLinearityParams[2] = 0.982133;
808   }  
809
810   if(fNonLinearityFunction == kBeamTest) 
811   {
812     if(fNonLinearThreshold == 30) 
813     {
814       fNonLinearityParams[0] = 1.007; 
815       fNonLinearityParams[1] = 0.894; 
816       fNonLinearityParams[2] = 0.246; 
817     }
818     if(fNonLinearThreshold == 45) 
819     {
820       fNonLinearityParams[0] = 1.003; 
821       fNonLinearityParams[1] = 0.719; 
822       fNonLinearityParams[2] = 0.334; 
823     }
824     if(fNonLinearThreshold == 75) 
825     {
826       fNonLinearityParams[0] = 1.002; 
827       fNonLinearityParams[1] = 0.797; 
828       fNonLinearityParams[2] = 0.358; 
829     }
830   }
831
832   if(fNonLinearityFunction == kBeamTestCorrected) 
833   {
834     fNonLinearityParams[0] =  0.99078;
835     fNonLinearityParams[1] =  0.161499;
836     fNonLinearityParams[2] =  0.655166; 
837     fNonLinearityParams[3] =  0.134101;
838     fNonLinearityParams[4] =  163.282;
839     fNonLinearityParams[5] =  23.6904;
840     fNonLinearityParams[6] =  0.978;
841   }
842 }
843
844 //_________________________________________________________
845 Float_t  AliEMCALRecoUtils::GetDepth(const Float_t energy, 
846                                      const Int_t iParticle, 
847                                      const Int_t iSM) const 
848 {
849   //Calculate shower depth for a given cluster energy and particle type
850
851   // parameters 
852   Float_t x0    = 1.31;
853   Float_t ecr   = 8;
854   Float_t depth = 0;
855   Float_t arg   = energy*1000/ ecr; //Multiply energy by 1000 to transform to MeV
856   
857   switch ( iParticle )
858   {
859     case kPhoton:
860       if (arg < 1) 
861         depth = 0;
862       else
863         depth = x0 * (TMath::Log(arg) + 0.5); 
864       break;
865       
866     case kElectron:
867       if (arg < 1) 
868         depth = 0;
869       else
870         depth = x0 * (TMath::Log(arg) - 0.5); 
871       break;
872       
873     case kHadron:
874       // hadron 
875       // boxes anc. here
876       if(gGeoManager)
877       {
878         gGeoManager->cd("ALIC_1/XEN1_1");
879         TGeoNode        *geoXEn1    = gGeoManager->GetCurrentNode();
880         TGeoNodeMatrix  *geoSM      = dynamic_cast<TGeoNodeMatrix *>(geoXEn1->GetDaughter(iSM));
881         if(geoSM)
882         {
883           TGeoVolume      *geoSMVol   = geoSM->GetVolume(); 
884           TGeoShape       *geoSMShape = geoSMVol->GetShape();
885           TGeoBBox        *geoBox     = dynamic_cast<TGeoBBox *>(geoSMShape);
886           if(geoBox) depth = 0.5 * geoBox->GetDX()*2 ;
887           else AliFatal("Null GEANT box");
888         }
889         else AliFatal("NULL  GEANT node matrix");
890       }
891       else
892       {//electron
893         if (arg < 1) 
894           depth = 0;
895         else
896           depth = x0 * (TMath::Log(arg) - 0.5); 
897       }
898         
899       break;
900       
901     default://photon
902       if (arg < 1) 
903         depth = 0;
904       else
905         depth = x0 * (TMath::Log(arg) + 0.5);
906   }  
907   
908   return depth;
909 }
910
911 //____________________________________________________________________
912 void AliEMCALRecoUtils::GetMaxEnergyCell(const AliEMCALGeometry *geom, 
913                                          AliVCaloCells* cells, 
914                                          const AliVCluster* clu, 
915                                          Int_t  & absId,  
916                                          Int_t  & iSupMod, 
917                                          Int_t  & ieta, 
918                                          Int_t  & iphi, 
919                                          Bool_t & shared)
920 {
921   //For a given CaloCluster gets the absId of the cell 
922   //with maximum energy deposit.
923   
924   Double_t eMax        = -1.;
925   Double_t eCell       = -1.;
926   Float_t  fraction    = 1.;
927   Float_t  recalFactor = 1.;
928   Int_t    cellAbsId   = -1 ;
929
930   Int_t iTower  = -1;
931   Int_t iIphi   = -1;
932   Int_t iIeta   = -1;
933   Int_t iSupMod0= -1;
934
935   if(!clu)
936   {
937     AliInfo("Cluster pointer null!");
938     absId=-1; iSupMod0=-1, ieta = -1; iphi = -1; shared = -1;
939     return;
940   }
941   
942   for (Int_t iDig=0; iDig< clu->GetNCells(); iDig++) 
943   {
944     cellAbsId = clu->GetCellAbsId(iDig);
945     fraction  = clu->GetCellAmplitudeFraction(iDig);
946     //printf("a Cell %d, id, %d, amp %f, fraction %f\n",iDig,cellAbsId,cells->GetCellAmplitude(cellAbsId),fraction);
947     if(fraction < 1e-4) fraction = 1.; // in case unfolding is off
948     geom->GetCellIndex(cellAbsId,iSupMod,iTower,iIphi,iIeta); 
949     geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(iSupMod,iTower,iIphi, iIeta,iphi,ieta);
950     if     (iDig==0) 
951     {
952       iSupMod0=iSupMod;
953     }
954     else if(iSupMod0!=iSupMod) 
955     {
956       shared = kTRUE;
957       //printf("AliEMCALRecoUtils::GetMaxEnergyCell() - SHARED CLUSTER\n");
958     }
959     if(!fCellsRecalibrated && IsRecalibrationOn()) 
960     {
961       recalFactor = GetEMCALChannelRecalibrationFactor(iSupMod,ieta,iphi);
962     }
963     eCell  = cells->GetCellAmplitude(cellAbsId)*fraction*recalFactor;
964     //printf("b Cell %d, id, %d, amp %f, fraction %f\n",iDig,cellAbsId,eCell,fraction);
965     if(eCell > eMax)  
966     { 
967       eMax  = eCell; 
968       absId = cellAbsId;
969       //printf("\t new max: cell %d, e %f, ecell %f\n",maxId, eMax,eCell);
970     }
971   }// cell loop
972   
973   //Get from the absid the supermodule, tower and eta/phi numbers
974   geom->GetCellIndex(absId,iSupMod,iTower,iIphi,iIeta); 
975   //Gives SuperModule and Tower numbers
976   geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(iSupMod,iTower,
977                                          iIphi, iIeta,iphi,ieta); 
978   //printf("Max id %d, iSM %d, col %d, row %d\n",absId,iSupMod,ieta,iphi);
979   //printf("Max end---\n");
980 }
981
982 //______________________________________
983 void AliEMCALRecoUtils::InitParameters()
984 {
985   // Initialize data members with default values
986   
987   fParticleType = kPhoton;
988   fPosAlgo      = kUnchanged;
989   fW0           = 4.5;
990   
991   fNonLinearityFunction = kNoCorrection;
992   fNonLinearThreshold   = 30;
993   
994   fExoticCellFraction     = 0.97;
995   fExoticCellDiffTime     = 1e6;
996   fExoticCellMinAmplitude = 0.5;
997   
998   fAODFilterMask = 32;
999   
1000   fCutEtaPhiSum      = kTRUE;
1001   fCutEtaPhiSeparate = kFALSE;
1002   
1003   fCutR   = 0.05; 
1004   fCutEta = 0.025; 
1005   fCutPhi = 0.05;
1006   
1007   fClusterWindow = 100;
1008   fMass          = 0.139;
1009   
1010   fStepSurface   = 20.;                      
1011   fStepCluster   = 5.;
1012   fTrackCutsType = kLooseCut;
1013   
1014   fCutMinTrackPt     = 0;
1015   fCutMinNClusterTPC = -1;
1016   fCutMinNClusterITS = -1;
1017   
1018   fCutMaxChi2PerClusterTPC  = 1e10;
1019   fCutMaxChi2PerClusterITS  = 1e10;
1020   
1021   fCutRequireTPCRefit     = kFALSE;
1022   fCutRequireITSRefit     = kFALSE;
1023   fCutAcceptKinkDaughters = kFALSE;
1024   
1025   fCutMaxDCAToVertexXY = 1e10;             
1026   fCutMaxDCAToVertexZ  = 1e10;              
1027   fCutDCAToVertex2D    = kFALSE;
1028   
1029   fCutRequireITSStandAlone = kFALSE; //MARCEL
1030   fCutRequireITSpureSA     = kFALSE; //Marcel
1031   
1032   //Misalignment matrices
1033   for(Int_t i = 0; i < 15 ; i++) 
1034   {
1035     fMisalTransShift[i] = 0.; 
1036     fMisalRotShift[i]   = 0.; 
1037   }
1038   
1039   //Non linearity
1040   for(Int_t i = 0; i < 7  ; i++) fNonLinearityParams[i] = 0.; 
1041   
1042   //For kBeamTestCorrected case, but default is no correction
1043   fNonLinearityParams[0] =  0.99078;
1044   fNonLinearityParams[1] =  0.161499;
1045   fNonLinearityParams[2] =  0.655166; 
1046   fNonLinearityParams[3] =  0.134101;
1047   fNonLinearityParams[4] =  163.282;
1048   fNonLinearityParams[5] =  23.6904;
1049   fNonLinearityParams[6] =  0.978;
1050   
1051   //For kPi0GammaGamma case
1052   //fNonLinearityParams[0] = 0.1457/0.1349766/1.038;
1053   //fNonLinearityParams[1] = -0.02024/0.1349766/1.038;
1054   //fNonLinearityParams[2] = 1.046;
1055   
1056   //Cluster energy smearing
1057   fSmearClusterEnergy   = kFALSE;
1058   fSmearClusterParam[0] = 0.07; // * sqrt E term
1059   fSmearClusterParam[1] = 0.00; // * E term
1060   fSmearClusterParam[2] = 0.00; // constant
1061 }
1062
1063 //_____________________________________________________
1064 void AliEMCALRecoUtils::InitEMCALRecalibrationFactors()
1065 {
1066   //Init EMCAL recalibration factors
1067   AliDebug(2,"AliCalorimeterUtils::InitEMCALRecalibrationFactors()");
1068   //In order to avoid rewriting the same histograms
1069   Bool_t oldStatus = TH1::AddDirectoryStatus();
1070   TH1::AddDirectory(kFALSE);
1071   
1072   fEMCALRecalibrationFactors = new TObjArray(12);
1073   for (int i = 0; i < 12; i++) 
1074     fEMCALRecalibrationFactors->Add(new TH2F(Form("EMCALRecalFactors_SM%d",i),
1075                                              Form("EMCALRecalFactors_SM%d",i),  48, 0, 48, 24, 0, 24));
1076   //Init the histograms with 1
1077   for (Int_t sm = 0; sm < 12; sm++) 
1078   {
1079     for (Int_t i = 0; i < 48; i++) 
1080     {
1081       for (Int_t j = 0; j < 24; j++) 
1082       {
1083         SetEMCALChannelRecalibrationFactor(sm,i,j,1.);
1084       }
1085     }
1086   }
1087   
1088   fEMCALRecalibrationFactors->SetOwner(kTRUE);
1089   fEMCALRecalibrationFactors->Compress();
1090   
1091   //In order to avoid rewriting the same histograms
1092   TH1::AddDirectory(oldStatus);    
1093 }
1094
1095 //_________________________________________________________
1096 void AliEMCALRecoUtils::InitEMCALTimeRecalibrationFactors()
1097 {
1098   //Init EMCAL recalibration factors
1099   AliDebug(2,"AliCalorimeterUtils::InitEMCALRecalibrationFactors()");
1100   //In order to avoid rewriting the same histograms
1101   Bool_t oldStatus = TH1::AddDirectoryStatus();
1102   TH1::AddDirectory(kFALSE);
1103   
1104   fEMCALTimeRecalibrationFactors = new TObjArray(4);
1105   for (int i = 0; i < 4; i++) 
1106     fEMCALTimeRecalibrationFactors->Add(new TH1F(Form("hAllTimeAvBC%d",i),
1107                                                  Form("hAllTimeAvBC%d",i),  
1108                                                  48*24*12,0.,48*24*12)          );
1109   //Init the histograms with 1
1110   for (Int_t bc = 0; bc < 4; bc++) 
1111   {
1112     for (Int_t i = 0; i < 48*24*12; i++) 
1113       SetEMCALChannelTimeRecalibrationFactor(bc,i,0.);
1114   }
1115   
1116   fEMCALTimeRecalibrationFactors->SetOwner(kTRUE);
1117   fEMCALTimeRecalibrationFactors->Compress();
1118   
1119   //In order to avoid rewriting the same histograms
1120   TH1::AddDirectory(oldStatus);    
1121 }
1122
1123 //____________________________________________________
1124 void AliEMCALRecoUtils::InitEMCALBadChannelStatusMap()
1125 {
1126   //Init EMCAL bad channels map
1127   AliDebug(2,"AliEMCALRecoUtils::InitEMCALBadChannelStatusMap()");
1128   //In order to avoid rewriting the same histograms
1129   Bool_t oldStatus = TH1::AddDirectoryStatus();
1130   TH1::AddDirectory(kFALSE);
1131   
1132   fEMCALBadChannelMap = new TObjArray(12);
1133   //TH2F * hTemp = new  TH2I("EMCALBadChannelMap","EMCAL SuperModule bad channel map", 48, 0, 48, 24, 0, 24);
1134   for (int i = 0; i < 12; i++) 
1135   {
1136     fEMCALBadChannelMap->Add(new TH2I(Form("EMCALBadChannelMap_Mod%d",i),Form("EMCALBadChannelMap_Mod%d",i), 48, 0, 48, 24, 0, 24));
1137   }
1138   
1139   fEMCALBadChannelMap->SetOwner(kTRUE);
1140   fEMCALBadChannelMap->Compress();
1141   
1142   //In order to avoid rewriting the same histograms
1143   TH1::AddDirectory(oldStatus);    
1144 }
1145
1146 //____________________________________________________________________________
1147 void AliEMCALRecoUtils::RecalibrateClusterEnergy(const AliEMCALGeometry* geom, 
1148                                                  AliVCluster * cluster, 
1149                                                  AliVCaloCells * cells, 
1150                                                  const Int_t bc)
1151 {
1152   // Recalibrate the cluster energy and Time, considering the recalibration map 
1153   // and the energy of the cells and time that compose the cluster.
1154   // bc= bunch crossing number returned by esdevent->GetBunchCrossNumber();
1155   
1156   if(!cluster)
1157   {
1158     AliInfo("Cluster pointer null!");
1159     return;
1160   }  
1161   
1162   //Get the cluster number of cells and list of absId, check what kind of cluster do we have.
1163   UShort_t * index    = cluster->GetCellsAbsId() ;
1164   Double_t * fraction = cluster->GetCellsAmplitudeFraction() ;
1165   Int_t ncells = cluster->GetNCells();
1166   
1167   //Initialize some used variables
1168   Float_t energy = 0;
1169   Int_t   absId  =-1;
1170   Int_t   icol   =-1, irow =-1, imod=1;
1171   Float_t factor = 1, frac = 0;
1172   Int_t   absIdMax = -1;
1173   Float_t emax     = 0;
1174   
1175   //Loop on the cells, get the cell amplitude and recalibration factor, multiply and and to the new energy
1176   for(Int_t icell = 0; icell < ncells; icell++)
1177   {
1178     absId = index[icell];
1179     frac =  fraction[icell];
1180     if(frac < 1e-5) frac = 1; //in case of EMCAL, this is set as 0 since unfolding is off
1181     
1182     if(!fCellsRecalibrated && IsRecalibrationOn()) 
1183     {
1184       // Energy  
1185       Int_t iTower = -1, iIphi = -1, iIeta = -1; 
1186       geom->GetCellIndex(absId,imod,iTower,iIphi,iIeta); 
1187       if(fEMCALRecalibrationFactors->GetEntries() <= imod) continue;
1188       geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(imod,iTower,iIphi, iIeta,irow,icol);      
1189       factor = GetEMCALChannelRecalibrationFactor(imod,icol,irow);
1190       
1191       AliDebug(2,Form("AliEMCALRecoUtils::RecalibrateClusterEnergy - recalibrate cell: module %d, col %d, row %d, cell fraction %f,recalibration factor %f, cell energy %f\n",
1192                       imod,icol,irow,frac,factor,cells->GetCellAmplitude(absId)));
1193       
1194     } 
1195     
1196     energy += cells->GetCellAmplitude(absId)*factor*frac;
1197     
1198     if(emax < cells->GetCellAmplitude(absId)*factor*frac)
1199     {
1200       emax     = cells->GetCellAmplitude(absId)*factor*frac;
1201       absIdMax = absId;
1202     }
1203   }
1204   
1205   AliDebug(2,Form("AliEMCALRecoUtils::RecalibrateClusterEnergy - Energy before %f, after %f \n",cluster->E(),energy));
1206
1207   cluster->SetE(energy);
1208
1209   // Recalculate time of cluster
1210   Double_t timeorg = cluster->GetTOF();
1211
1212   Double_t time = cells->GetCellTime(absIdMax);
1213   if(!fCellsRecalibrated && IsTimeRecalibrationOn())
1214     RecalibrateCellTime(absIdMax,bc,time);
1215
1216   cluster->SetTOF(time);
1217
1218   AliDebug(2,Form("AliEMCALRecoUtils::RecalibrateClusterEnergy - Time before %f, after %f \n",timeorg,cluster->GetTOF()));
1219 }
1220
1221 //_____________________________________________________________
1222 void AliEMCALRecoUtils::RecalibrateCells(AliVCaloCells * cells,
1223                                          const Int_t bc)
1224 {
1225   // Recalibrate the cells time and energy, considering the recalibration map and the energy 
1226   // of the cells that compose the cluster.
1227   // bc= bunch crossing number returned by esdevent->GetBunchCrossNumber();
1228
1229   if(!IsRecalibrationOn() && !IsTimeRecalibrationOn() && !IsBadChannelsRemovalSwitchedOn()) return;
1230   
1231   if(!cells)
1232   {
1233     AliInfo("Cells pointer null!");
1234     return;
1235   }  
1236   
1237   Short_t  absId  =-1;
1238   Bool_t   accept = kFALSE;
1239   Float_t  ecell  = 0;
1240   Double_t tcell  = 0;
1241   Double_t ecellin = 0;
1242   Double_t tcellin = 0;
1243   Short_t  mclabel = -1;
1244   Double_t efrac = 0;
1245   
1246   Int_t nEMcell  = cells->GetNumberOfCells() ;  
1247   for (Int_t iCell = 0; iCell < nEMcell; iCell++) 
1248   { 
1249     cells->GetCell( iCell, absId, ecellin, tcellin, mclabel, efrac );
1250     
1251     accept = AcceptCalibrateCell(absId, bc, ecell ,tcell ,cells); 
1252     if(!accept) 
1253     {
1254       ecell = 0;
1255       tcell = -1;
1256     }
1257     
1258     //Set new values
1259     cells->SetCell(iCell,absId,ecell, tcell, mclabel, efrac);
1260   }
1261
1262   fCellsRecalibrated = kTRUE;
1263 }
1264
1265 //_______________________________________________________________________________________________________
1266 void AliEMCALRecoUtils::RecalibrateCellTime(const Int_t absId, const Int_t bc, Double_t & celltime) const
1267 {
1268   // Recalibrate time of cell with absID  considering the recalibration map 
1269   // bc= bunch crossing number returned by esdevent->GetBunchCrossNumber();
1270   
1271   if(!fCellsRecalibrated && IsTimeRecalibrationOn() && bc >= 0)
1272   {
1273     celltime -= GetEMCALChannelTimeRecalibrationFactor(bc%4,absId)*1.e-9;    ;  
1274   }
1275 }
1276   
1277 //______________________________________________________________________________
1278 void AliEMCALRecoUtils::RecalculateClusterPosition(const AliEMCALGeometry *geom, 
1279                                                    AliVCaloCells* cells, 
1280                                                    AliVCluster* clu)
1281 {
1282   //For a given CaloCluster recalculates the position for a given set of misalignment shifts and puts it again in the CaloCluster.
1283   
1284   if(!clu)
1285   {
1286     AliInfo("Cluster pointer null!");
1287     return;
1288   }
1289     
1290   if     (fPosAlgo==kPosTowerGlobal) RecalculateClusterPositionFromTowerGlobal( geom, cells, clu);
1291   else if(fPosAlgo==kPosTowerIndex)  RecalculateClusterPositionFromTowerIndex ( geom, cells, clu);
1292   else   AliDebug(2,"Algorithm to recalculate position not selected, do nothing.");
1293 }  
1294
1295 //_____________________________________________________________________________________________
1296 void AliEMCALRecoUtils::RecalculateClusterPositionFromTowerGlobal(const AliEMCALGeometry *geom, 
1297                                                                   AliVCaloCells* cells, 
1298                                                                   AliVCluster* clu)
1299 {
1300   // For a given CaloCluster recalculates the position for a given set of misalignment shifts and puts it again in the CaloCluster.
1301   // The algorithm is a copy of what is done in AliEMCALRecPoint
1302   
1303   Double_t eCell       = 0.;
1304   Float_t  fraction    = 1.;
1305   Float_t  recalFactor = 1.;
1306   
1307   Int_t    absId   = -1;
1308   Int_t    iTower  = -1, iIphi  = -1, iIeta  = -1;
1309   Int_t    iSupModMax = -1, iSM=-1, iphi   = -1, ieta   = -1;
1310   Float_t  weight = 0.,  totalWeight=0.;
1311   Float_t  newPos[3] = {0,0,0};
1312   Double_t pLocal[3], pGlobal[3];
1313   Bool_t shared = kFALSE;
1314
1315   Float_t  clEnergy = clu->E(); //Energy already recalibrated previously
1316   if (clEnergy <= 0)
1317     return;
1318   GetMaxEnergyCell(geom, cells, clu, absId,  iSupModMax, ieta, iphi,shared);
1319   Double_t depth = GetDepth(clEnergy,fParticleType,iSupModMax) ;
1320   
1321   //printf("** Cluster energy %f, ncells %d, depth %f\n",clEnergy,clu->GetNCells(),depth);
1322   
1323   for (Int_t iDig=0; iDig< clu->GetNCells(); iDig++) 
1324   {
1325     absId = clu->GetCellAbsId(iDig);
1326     fraction  = clu->GetCellAmplitudeFraction(iDig);
1327     if(fraction < 1e-4) fraction = 1.; // in case unfolding is off
1328     
1329     if (!fCellsRecalibrated)
1330     {
1331       geom->GetCellIndex(absId,iSM,iTower,iIphi,iIeta); 
1332       geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(iSM,iTower,iIphi, iIeta,iphi,ieta);      
1333       
1334       if(IsRecalibrationOn()) 
1335       {
1336         recalFactor = GetEMCALChannelRecalibrationFactor(iSM,ieta,iphi);
1337       }
1338     }
1339     
1340     eCell  = cells->GetCellAmplitude(absId)*fraction*recalFactor;
1341     
1342     weight = GetCellWeight(eCell,clEnergy);
1343     totalWeight += weight;
1344     
1345     geom->RelPosCellInSModule(absId,depth,pLocal[0],pLocal[1],pLocal[2]);
1346     //printf("pLocal (%f,%f,%f), SM %d, absId %d\n",pLocal[0],pLocal[1],pLocal[2],iSupModMax,absId);
1347     geom->GetGlobal(pLocal,pGlobal,iSupModMax);
1348     //printf("pLocal (%f,%f,%f)\n",pGlobal[0],pGlobal[1],pGlobal[2]);
1349
1350     for(int i=0; i<3; i++ ) newPos[i] += (weight*pGlobal[i]);
1351   }// cell loop
1352   
1353   if(totalWeight>0)
1354   {
1355     for(int i=0; i<3; i++ )    newPos[i] /= totalWeight;
1356   }
1357     
1358   //Float_t pos[]={0,0,0};
1359   //clu->GetPosition(pos);
1360   //printf("OldPos  : %2.3f,%2.3f,%2.3f\n",pos[0],pos[1],pos[2]);
1361   //printf("NewPos  : %2.3f,%2.3f,%2.3f\n",newPos[0],newPos[1],newPos[2]);
1362   
1363   if(iSupModMax > 1) //sector 1
1364   {
1365     newPos[0] +=fMisalTransShift[3];//-=3.093; 
1366     newPos[1] +=fMisalTransShift[4];//+=6.82;
1367     newPos[2] +=fMisalTransShift[5];//+=1.635;
1368     //printf("   +    : %2.3f,%2.3f,%2.3f\n",fMisalTransShift[3],fMisalTransShift[4],fMisalTransShift[5]);
1369   } else //sector 0
1370   {
1371     newPos[0] +=fMisalTransShift[0];//+=1.134;
1372     newPos[1] +=fMisalTransShift[1];//+=8.2;
1373     newPos[2] +=fMisalTransShift[2];//+=1.197;
1374     //printf("   +    : %2.3f,%2.3f,%2.3f\n",fMisalTransShift[0],fMisalTransShift[1],fMisalTransShift[2]);
1375   }
1376   //printf("NewPos : %2.3f,%2.3f,%2.3f\n",newPos[0],newPos[1],newPos[2]);
1377
1378   clu->SetPosition(newPos);
1379 }  
1380
1381 //____________________________________________________________________________________________
1382 void AliEMCALRecoUtils::RecalculateClusterPositionFromTowerIndex(const AliEMCALGeometry *geom, 
1383                                                                  AliVCaloCells* cells, 
1384                                                                  AliVCluster* clu)
1385 {
1386   // For a given CaloCluster recalculates the position for a given set of misalignment shifts and puts it again in the CaloCluster.
1387   // The algorithm works with the tower indeces, averages the indeces and from them it calculates the global position
1388   
1389   Double_t eCell       = 1.;
1390   Float_t  fraction    = 1.;
1391   Float_t  recalFactor = 1.;
1392   
1393   Int_t absId   = -1;
1394   Int_t iTower  = -1;
1395   Int_t iIphi   = -1, iIeta   = -1;
1396   Int_t iSupMod = -1, iSupModMax = -1;
1397   Int_t iphi = -1, ieta =-1;
1398   Bool_t shared = kFALSE;
1399
1400   Float_t clEnergy = clu->E(); //Energy already recalibrated previously.
1401   if (clEnergy <= 0)
1402     return;
1403   GetMaxEnergyCell(geom, cells, clu, absId,  iSupModMax, ieta, iphi,shared);
1404   Float_t  depth = GetDepth(clEnergy,fParticleType,iSupMod) ;
1405
1406   Float_t weight = 0., weightedCol = 0., weightedRow = 0., totalWeight=0.;
1407   Bool_t areInSameSM = kTRUE; //exclude clusters with cells in different SMs for now
1408   Int_t startingSM = -1;
1409   
1410   for (Int_t iDig=0; iDig< clu->GetNCells(); iDig++) 
1411   {
1412     absId = clu->GetCellAbsId(iDig);
1413     fraction  = clu->GetCellAmplitudeFraction(iDig);
1414     if(fraction < 1e-4) fraction = 1.; // in case unfolding is off
1415
1416     if     (iDig==0)  startingSM = iSupMod;
1417     else if(iSupMod != startingSM) areInSameSM = kFALSE;
1418
1419     eCell  = cells->GetCellAmplitude(absId);
1420     
1421     geom->GetCellIndex(absId,iSupMod,iTower,iIphi,iIeta); 
1422     geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(iSupMod,iTower,iIphi, iIeta,iphi,ieta);    
1423     
1424     if (!fCellsRecalibrated)
1425     {
1426       if(IsRecalibrationOn()) 
1427       {
1428         recalFactor = GetEMCALChannelRecalibrationFactor(iSupMod,ieta,iphi);
1429       }
1430     }
1431     
1432     eCell  = cells->GetCellAmplitude(absId)*fraction*recalFactor;
1433     
1434     weight = GetCellWeight(eCell,clEnergy);
1435     if(weight < 0) weight = 0;
1436     totalWeight += weight;
1437     weightedCol += ieta*weight;
1438     weightedRow += iphi*weight;
1439     
1440     //printf("Max cell? cell %d, amplitude org %f, fraction %f, recalibration %f, amplitude new %f \n",cellAbsId, cells->GetCellAmplitude(cellAbsId), fraction, recalFactor, eCell) ;
1441   }// cell loop
1442     
1443   Float_t xyzNew[]={0.,0.,0.};
1444   if(areInSameSM == kTRUE) 
1445   {
1446     //printf("In Same SM\n");
1447     weightedCol = weightedCol/totalWeight;
1448     weightedRow = weightedRow/totalWeight;
1449     geom->RecalculateTowerPosition(weightedRow, weightedCol, iSupModMax, depth, fMisalTransShift, fMisalRotShift, xyzNew); 
1450   } 
1451   else 
1452   {
1453     //printf("In Different SM\n");
1454     geom->RecalculateTowerPosition(iphi,        ieta,        iSupModMax, depth, fMisalTransShift, fMisalRotShift, xyzNew); 
1455   }
1456   
1457   clu->SetPosition(xyzNew);
1458 }
1459
1460 //___________________________________________________________________________________________
1461 void AliEMCALRecoUtils::RecalculateClusterDistanceToBadChannel(const AliEMCALGeometry * geom, 
1462                                                                AliVCaloCells* cells, 
1463                                                                AliVCluster * cluster)
1464 {           
1465   //re-evaluate distance to bad channel with updated bad map
1466   
1467   if(!fRecalDistToBadChannels) return;
1468   
1469   if(!cluster)
1470   {
1471     AliInfo("Cluster pointer null!");
1472     return;
1473   }  
1474   
1475   //Get channels map of the supermodule where the cluster is.
1476   Int_t absIdMax  = -1, iSupMod =-1, icolM = -1, irowM = -1;
1477   Bool_t shared = kFALSE;
1478   GetMaxEnergyCell(geom, cells, cluster, absIdMax,  iSupMod, icolM, irowM, shared);
1479   TH2D* hMap  = (TH2D*)fEMCALBadChannelMap->At(iSupMod);
1480
1481   Int_t dRrow, dRcol;  
1482   Float_t  minDist = 10000.;
1483   Float_t  dist    = 0.;
1484   
1485   //Loop on tower status map 
1486   for(Int_t irow = 0; irow < AliEMCALGeoParams::fgkEMCALRows; irow++)
1487   {
1488     for(Int_t icol = 0; icol < AliEMCALGeoParams::fgkEMCALCols; icol++)
1489     {
1490       //Check if tower is bad.
1491       if(hMap->GetBinContent(icol,irow)==0) continue;
1492       //printf("AliEMCALRecoUtils::RecalculateDistanceToBadChannels() - \n \t Bad channel in SM %d, col %d, row %d, \n \t Cluster max in col %d, row %d\n",
1493       //       iSupMod,icol, irow, icolM,irowM);
1494       
1495       dRrow=TMath::Abs(irowM-irow);
1496       dRcol=TMath::Abs(icolM-icol);
1497       dist=TMath::Sqrt(dRrow*dRrow+dRcol*dRcol);
1498       if(dist < minDist)
1499       {
1500         //printf("MIN DISTANCE TO BAD %2.2f\n",dist);
1501         minDist = dist;
1502       }
1503     }
1504   }
1505   
1506   //In case the cluster is shared by 2 SuperModules, need to check the map of the second Super Module
1507   if (shared) 
1508   {
1509     TH2D* hMap2 = 0;
1510     Int_t iSupMod2 = -1;
1511     
1512     //The only possible combinations are (0,1), (2,3) ... (8,9)
1513     if(iSupMod%2) iSupMod2 = iSupMod-1;
1514     else          iSupMod2 = iSupMod+1;
1515     hMap2  = (TH2D*)fEMCALBadChannelMap->At(iSupMod2);
1516     
1517     //Loop on tower status map of second super module
1518     for(Int_t irow = 0; irow < AliEMCALGeoParams::fgkEMCALRows; irow++)
1519     {
1520       for(Int_t icol = 0; icol < AliEMCALGeoParams::fgkEMCALCols; icol++)
1521       {
1522         //Check if tower is bad.
1523         if(hMap2->GetBinContent(icol,irow)==0) continue;
1524         //printf("AliEMCALRecoUtils::RecalculateDistanceToBadChannels(shared) - \n \t Bad channel in SM %d, col %d, row %d \n \t Cluster max in SM %d, col %d, row %d\n",
1525         //     iSupMod2,icol, irow,iSupMod,icolM,irowM);
1526         dRrow=TMath::Abs(irow-irowM);
1527         
1528         if(iSupMod%2) 
1529         {
1530           dRcol=TMath::Abs(icol-(AliEMCALGeoParams::fgkEMCALCols+icolM));
1531         } else 
1532         {
1533           dRcol=TMath::Abs(AliEMCALGeoParams::fgkEMCALCols+icol-icolM);
1534         }                    
1535         
1536         dist=TMath::Sqrt(dRrow*dRrow+dRcol*dRcol);
1537         if(dist < minDist) minDist = dist;        
1538       }
1539     }
1540   }// shared cluster in 2 SuperModules
1541   
1542   AliDebug(2,Form("Max cluster cell (SM,col,row)=(%d %d %d) - Distance to Bad Channel %2.2f",iSupMod, icolM, irowM, minDist));
1543   cluster->SetDistanceToBadChannel(minDist);
1544 }
1545
1546 //__________________________________________________________________
1547 void AliEMCALRecoUtils::RecalculateClusterPID(AliVCluster * cluster)
1548 {           
1549   //re-evaluate identification parameters with bayesian
1550   
1551   if(!cluster)
1552   {
1553     AliInfo("Cluster pointer null!");
1554     return;
1555   }
1556   
1557   if ( cluster->GetM02() != 0)
1558     fPIDUtils->ComputePID(cluster->E(),cluster->GetM02());
1559   
1560   Float_t pidlist[AliPID::kSPECIESCN+1];
1561   for(Int_t i = 0; i < AliPID::kSPECIESCN+1; i++) pidlist[i] = fPIDUtils->GetPIDFinal(i);
1562         
1563   cluster->SetPID(pidlist);
1564 }
1565
1566 //___________________________________________________________________________________________________________________
1567 void AliEMCALRecoUtils::RecalculateClusterShowerShapeParameters(const AliEMCALGeometry * geom, 
1568                                                                 AliVCaloCells* cells, 
1569                                                                 AliVCluster * cluster,
1570                                                                 Float_t & l0,   Float_t & l1,   
1571                                                                 Float_t & disp, Float_t & dEta, Float_t & dPhi,
1572                                                                 Float_t & sEta, Float_t & sPhi, Float_t & sEtaPhi)
1573 {
1574   // Calculates new center of gravity in the local EMCAL-module coordinates 
1575   // and tranfers into global ALICE coordinates
1576   // Calculates Dispersion and main axis
1577   
1578   if(!cluster)
1579   {
1580     AliInfo("Cluster pointer null!");
1581     return;
1582   }
1583     
1584   Double_t eCell       = 0.;
1585   Float_t  fraction    = 1.;
1586   Float_t  recalFactor = 1.;
1587
1588   Int_t    iSupMod = -1;
1589   Int_t    iTower  = -1;
1590   Int_t    iIphi   = -1;
1591   Int_t    iIeta   = -1;
1592   Int_t    iphi    = -1;
1593   Int_t    ieta    = -1;
1594   Double_t etai    = -1.;
1595   Double_t phii    = -1.;
1596   
1597   Int_t    nstat   = 0 ;
1598   Float_t  wtot    = 0.;
1599   Double_t w       = 0.;
1600   Double_t etaMean = 0.;
1601   Double_t phiMean = 0.;
1602     
1603   //Loop on cells
1604   for(Int_t iDigit=0; iDigit < cluster->GetNCells(); iDigit++) 
1605   {
1606     //Get from the absid the supermodule, tower and eta/phi numbers
1607     geom->GetCellIndex(cluster->GetCellAbsId(iDigit),iSupMod,iTower,iIphi,iIeta); 
1608     geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(iSupMod,iTower,iIphi,iIeta, iphi,ieta);        
1609     
1610     //Get the cell energy, if recalibration is on, apply factors
1611     fraction  = cluster->GetCellAmplitudeFraction(iDigit);
1612     if(fraction < 1e-4) fraction = 1.; // in case unfolding is off
1613     
1614     if (!fCellsRecalibrated)
1615     {
1616       if(IsRecalibrationOn()) 
1617       {
1618         recalFactor = GetEMCALChannelRecalibrationFactor(iSupMod,ieta,iphi);
1619       }
1620     }
1621     
1622     eCell  = cells->GetCellAmplitude(cluster->GetCellAbsId(iDigit))*fraction*recalFactor;
1623     
1624     if(cluster->E() > 0 && eCell > 0)
1625     {
1626       w  = GetCellWeight(eCell,cluster->E());
1627       
1628       etai=(Double_t)ieta;
1629       phii=(Double_t)iphi;  
1630       
1631       if(w > 0.0) 
1632       {
1633         wtot += w ;
1634         nstat++;            
1635         //Shower shape
1636         sEta     += w * etai * etai ;
1637         etaMean  += w * etai ;
1638         sPhi     += w * phii * phii ;
1639         phiMean  += w * phii ; 
1640         sEtaPhi  += w * etai * phii ; 
1641       }
1642     } 
1643     else
1644       AliError(Form("Wrong energy %f and/or amplitude %f\n", eCell, cluster->E()));
1645   }//cell loop
1646   
1647   //Normalize to the weight  
1648   if (wtot > 0) 
1649   {
1650     etaMean /= wtot ;
1651     phiMean /= wtot ;
1652   }
1653   else
1654     AliError(Form("Wrong weight %f\n", wtot));
1655   
1656   //Calculate dispersion  
1657   for(Int_t iDigit=0; iDigit < cluster->GetNCells(); iDigit++) 
1658   {
1659     //Get from the absid the supermodule, tower and eta/phi numbers
1660     geom->GetCellIndex(cluster->GetCellAbsId(iDigit),iSupMod,iTower,iIphi,iIeta); 
1661     geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(iSupMod,iTower,iIphi,iIeta, iphi,ieta);
1662     
1663     //Get the cell energy, if recalibration is on, apply factors
1664     fraction  = cluster->GetCellAmplitudeFraction(iDigit);
1665     if(fraction < 1e-4) fraction = 1.; // in case unfolding is off
1666     if (IsRecalibrationOn()) 
1667     {
1668       recalFactor = GetEMCALChannelRecalibrationFactor(iSupMod,ieta,iphi);
1669     }
1670     eCell  = cells->GetCellAmplitude(cluster->GetCellAbsId(iDigit))*fraction*recalFactor;
1671     
1672     if(cluster->E() > 0 && eCell > 0)
1673     {
1674       w  = GetCellWeight(eCell,cluster->E());
1675       
1676       etai=(Double_t)ieta;
1677       phii=(Double_t)iphi;    
1678       if(w > 0.0) 
1679       { 
1680         disp +=  w *((etai-etaMean)*(etai-etaMean)+(phii-phiMean)*(phii-phiMean)); 
1681         dEta +=  w * (etai-etaMean)*(etai-etaMean) ; 
1682         dPhi +=  w * (phii-phiMean)*(phii-phiMean) ; 
1683       }
1684     }
1685     else
1686       AliError(Form("Wrong energy %f and/or amplitude %f\n", eCell, cluster->E()));
1687   }// cell loop
1688   
1689   //Normalize to the weigth and set shower shape parameters
1690   if (wtot > 0 && nstat > 1) 
1691   {
1692     disp    /= wtot ;
1693     dEta    /= wtot ;
1694     dPhi    /= wtot ;
1695     sEta    /= wtot ;
1696     sPhi    /= wtot ;
1697     sEtaPhi /= wtot ;
1698     
1699     sEta    -= etaMean * etaMean ;
1700     sPhi    -= phiMean * phiMean ;
1701     sEtaPhi -= etaMean * phiMean ;
1702     
1703     l0 = (0.5 * (sEta + sPhi) + TMath::Sqrt( 0.25 * (sEta - sPhi) * (sEta - sPhi) + sEtaPhi * sEtaPhi ));
1704     l1 = (0.5 * (sEta + sPhi) - TMath::Sqrt( 0.25 * (sEta - sPhi) * (sEta - sPhi) + sEtaPhi * sEtaPhi ));
1705   }
1706   else
1707   {
1708     l0   = 0. ;
1709     l1   = 0. ;
1710     dEta = 0. ; dPhi = 0. ; disp    = 0. ;
1711     sEta = 0. ; sPhi = 0. ; sEtaPhi = 0. ;
1712   }  
1713   
1714 }
1715
1716 //____________________________________________________________________________________________
1717 void AliEMCALRecoUtils::RecalculateClusterShowerShapeParameters(const AliEMCALGeometry * geom, 
1718                                                                 AliVCaloCells* cells, 
1719                                                                 AliVCluster * cluster)
1720 {
1721   // Calculates new center of gravity in the local EMCAL-module coordinates 
1722   // and tranfers into global ALICE coordinates
1723   // Calculates Dispersion and main axis and puts them into the cluster
1724   
1725   Float_t l0   = 0., l1   = 0.;
1726   Float_t disp = 0., dEta = 0., dPhi    = 0.; 
1727   Float_t sEta = 0., sPhi = 0., sEtaPhi = 0.;
1728   
1729   AliEMCALRecoUtils::RecalculateClusterShowerShapeParameters(geom,cells,cluster,l0,l1,disp,
1730                                                              dEta, dPhi, sEta, sPhi, sEtaPhi);
1731   
1732   cluster->SetM02(l0);
1733   cluster->SetM20(l1);
1734   if(disp > 0. ) cluster->SetDispersion(TMath::Sqrt(disp)) ;
1735   
1736
1737
1738 //____________________________________________________________________________
1739 void AliEMCALRecoUtils::FindMatches(AliVEvent *event,
1740                                     TObjArray * clusterArr,  
1741                                     const AliEMCALGeometry *geom)
1742 {
1743   //This function should be called before the cluster loop
1744   //Before call this function, please recalculate the cluster positions
1745   //Given the input event, loop over all the tracks, select the closest cluster as matched with fCutR
1746   //Store matched cluster indexes and residuals
1747   
1748   fMatchedTrackIndex  ->Reset();
1749   fMatchedClusterIndex->Reset();
1750   fResidualPhi->Reset();
1751   fResidualEta->Reset();
1752   
1753   fMatchedTrackIndex  ->Set(1000);
1754   fMatchedClusterIndex->Set(1000);
1755   fResidualPhi->Set(1000);
1756   fResidualEta->Set(1000);
1757   
1758   AliESDEvent* esdevent = dynamic_cast<AliESDEvent*> (event);
1759   AliAODEvent* aodevent = dynamic_cast<AliAODEvent*> (event);
1760   
1761   // init the magnetic field if not already on
1762   if(!TGeoGlobalMagField::Instance()->GetField())
1763   {
1764     AliInfo("Init the magnetic field\n");
1765     if     (esdevent) 
1766     {
1767       esdevent->InitMagneticField();
1768     }
1769     else if(aodevent)
1770     {
1771       Double_t curSol = 30000*aodevent->GetMagneticField()/5.00668;
1772       Double_t curDip = 6000 *aodevent->GetMuonMagFieldScale();
1773       AliMagF *field  = AliMagF::CreateFieldMap(curSol,curDip);
1774       TGeoGlobalMagField::Instance()->SetField(field);
1775     }
1776     else
1777     {
1778       AliInfo("Mag Field not initialized, null esd/aod evetn pointers");
1779     }
1780     
1781   } // Init mag field
1782   
1783   if (esdevent) {
1784     UInt_t mask1 = esdevent->GetESDRun()->GetDetectorsInDAQ();
1785     UInt_t mask2 = esdevent->GetESDRun()->GetDetectorsInReco();
1786     Bool_t desc1 = (mask1 >> 3) & 0x1;
1787     Bool_t desc2 = (mask2 >> 3) & 0x1;
1788     if (desc1==0 || desc2==0) { 
1789       AliError(Form("TPC not in DAQ/RECO: %u (%u)/%u (%u)", 
1790       mask1, esdevent->GetESDRun()->GetDetectorsInReco(),
1791       mask2, esdevent->GetESDRun()->GetDetectorsInDAQ()));
1792       fITSTrackSA=kTRUE;
1793     }
1794   }
1795
1796   TObjArray *clusterArray = 0x0;
1797   if(!clusterArr)
1798     {
1799       clusterArray = new TObjArray(event->GetNumberOfCaloClusters());
1800       for(Int_t icl=0; icl<event->GetNumberOfCaloClusters(); icl++)
1801   {
1802     AliVCluster *cluster = (AliVCluster*) event->GetCaloCluster(icl);
1803     if(geom && !IsGoodCluster(cluster,geom,(AliVCaloCells*)event->GetEMCALCells())) continue;
1804     clusterArray->AddAt(cluster,icl);
1805   }
1806     }
1807   
1808   Int_t    matched=0;
1809   Double_t cv[21];
1810   for (Int_t i=0; i<21;i++) cv[i]=0;
1811   for(Int_t itr=0; itr<event->GetNumberOfTracks(); itr++)
1812   {
1813     AliExternalTrackParam *trackParam = 0;
1814     
1815     //If the input event is ESD, the starting point for extrapolation is TPCOut, if available, or TPCInner 
1816     AliESDtrack *esdTrack = 0;
1817     AliAODTrack *aodTrack = 0;
1818     if(esdevent)
1819     {
1820       esdTrack = esdevent->GetTrack(itr);
1821       if(!esdTrack) continue;
1822       if(!IsAccepted(esdTrack)) continue;
1823       if(esdTrack->Pt()<fCutMinTrackPt) continue;
1824       Double_t phi = esdTrack->Phi()*TMath::RadToDeg();
1825       if(TMath::Abs(esdTrack->Eta())>0.8 || phi <= 20 || phi >= 240 ) continue;
1826       if(!fITSTrackSA)
1827         trackParam =  const_cast<AliExternalTrackParam*>(esdTrack->GetInnerParam());  // if TPC Available
1828       else
1829         trackParam =  new AliExternalTrackParam(*esdTrack); // If ITS Track Standing alone              
1830     }
1831     
1832     //If the input event is AOD, the starting point for extrapolation is at vertex
1833     //AOD tracks are selected according to its filterbit.
1834     else if(aodevent)
1835     {
1836       aodTrack = aodevent->GetTrack(itr);
1837       if(!aodTrack) continue;
1838       if(!aodTrack->TestFilterMask(fAODFilterMask)) continue; //Select AOD tracks that fulfill GetStandardITSTPCTrackCuts2010()
1839       if(aodTrack->Pt()<fCutMinTrackPt) continue;
1840       Double_t phi = aodTrack->Phi()*TMath::RadToDeg();
1841       if(TMath::Abs(aodTrack->Eta())>0.8 || phi <= 20 || phi >= 240 ) continue;
1842       Double_t pos[3],mom[3];
1843       aodTrack->GetXYZ(pos);
1844       aodTrack->GetPxPyPz(mom);
1845       AliDebug(5,Form("aod track: i=%d | pos=(%5.4f,%5.4f,%5.4f) | mom=(%5.4f,%5.4f,%5.4f) | charge=%d\n",itr,pos[0],pos[1],pos[2],mom[0],mom[1],mom[2],aodTrack->Charge()));
1846       trackParam= new AliExternalTrackParam(pos,mom,cv,aodTrack->Charge());
1847     }
1848     
1849     //Return if the input data is not "AOD" or "ESD"
1850     else
1851     {
1852       printf("Wrong input data type! Should be \"AOD\" or \"ESD\"\n");
1853       if(clusterArray)
1854   {
1855     clusterArray->Clear();
1856     delete clusterArray;
1857   }
1858       return;
1859     }
1860     
1861     if(!trackParam) continue;
1862
1863     //Extrapolate the track to EMCal surface
1864     AliExternalTrackParam emcalParam(*trackParam);
1865     Float_t eta, phi;
1866     if(!ExtrapolateTrackToEMCalSurface(&emcalParam, 430., fMass, fStepSurface, eta, phi)) 
1867       {
1868   if(aodevent && trackParam) delete trackParam;
1869   continue;
1870       }
1871
1872 //    if(esdevent)
1873 //      {
1874 //  esdTrack->SetOuterParam(&emcalParam,AliExternalTrackParam::kMultSec);
1875 //      }
1876
1877     if(TMath::Abs(eta)>0.75 || (phi) < 70*TMath::DegToRad() || (phi) > 190*TMath::DegToRad())
1878       {
1879   if(aodevent && trackParam) delete trackParam;
1880   continue;
1881       }
1882
1883
1884     //Find matched clusters
1885     Int_t index = -1;
1886     Float_t dEta = -999, dPhi = -999;
1887     if(!clusterArr)
1888       {
1889   index = FindMatchedClusterInClusterArr(&emcalParam, &emcalParam, clusterArray, dEta, dPhi);  
1890       }
1891     else
1892       {
1893   index = FindMatchedClusterInClusterArr(&emcalParam, &emcalParam, clusterArr, dEta, dPhi);  
1894       }  
1895     
1896     if(index>-1)
1897     {
1898       fMatchedTrackIndex   ->AddAt(itr,matched);
1899       fMatchedClusterIndex ->AddAt(index,matched);
1900       fResidualEta         ->AddAt(dEta,matched);
1901       fResidualPhi         ->AddAt(dPhi,matched);
1902       matched++;
1903     }
1904     if(aodevent && trackParam) delete trackParam;
1905   }//track loop
1906
1907   if(clusterArray)
1908     {
1909       clusterArray->Clear();
1910       delete clusterArray;
1911     }
1912   
1913   AliDebug(2,Form("Number of matched pairs = %d !\n",matched));
1914   
1915   fMatchedTrackIndex   ->Set(matched);
1916   fMatchedClusterIndex ->Set(matched);
1917   fResidualPhi         ->Set(matched);
1918   fResidualEta         ->Set(matched);
1919 }
1920
1921 //________________________________________________________________________________
1922 Int_t AliEMCALRecoUtils::FindMatchedClusterInEvent(const AliESDtrack *track, 
1923                                                    const AliVEvent *event, 
1924                                                    const AliEMCALGeometry *geom, 
1925                                                    Float_t &dEta, Float_t &dPhi)
1926 {
1927   //
1928   // This function returns the index of matched cluster to input track
1929   // Returns -1 if no match is found
1930   Int_t index = -1;
1931   Double_t phiV = track->Phi()*TMath::RadToDeg();
1932   if(TMath::Abs(track->Eta())>0.8 || phiV <= 20 || phiV >= 240 ) return index;
1933   AliExternalTrackParam *trackParam = 0;
1934   if(!fITSTrackSA)
1935     trackParam = const_cast<AliExternalTrackParam*>(track->GetInnerParam());  // If TPC
1936   else
1937     trackParam = new AliExternalTrackParam(*track);
1938     
1939   if(!trackParam) return index;
1940   AliExternalTrackParam emcalParam(*trackParam);
1941   Float_t eta, phi;
1942   if(!ExtrapolateTrackToEMCalSurface(&emcalParam, 430., fMass, fStepSurface, eta, phi)) return index;
1943   if(TMath::Abs(eta)>0.75 || (phi) < 70*TMath::DegToRad() || (phi) > 190*TMath::DegToRad()) return index;
1944
1945   TObjArray *clusterArr = new TObjArray(event->GetNumberOfCaloClusters());
1946
1947   for(Int_t icl=0; icl<event->GetNumberOfCaloClusters(); icl++)
1948   {
1949     AliVCluster *cluster = (AliVCluster*) event->GetCaloCluster(icl);
1950     if(geom && !IsGoodCluster(cluster,geom,(AliVCaloCells*)event->GetEMCALCells())) continue;
1951     clusterArr->AddAt(cluster,icl);
1952   }
1953
1954   index = FindMatchedClusterInClusterArr(&emcalParam, &emcalParam, clusterArr, dEta, dPhi);  
1955   clusterArr->Clear();
1956   delete clusterArr;
1957   
1958   return index;
1959 }
1960
1961 //_______________________________________________________________________________________________
1962 Int_t  AliEMCALRecoUtils::FindMatchedClusterInClusterArr(const AliExternalTrackParam *emcalParam, 
1963                                                          AliExternalTrackParam *trkParam, 
1964                                                          const TObjArray * clusterArr, 
1965                                                          Float_t &dEta, Float_t &dPhi)
1966 {
1967   // Find matched cluster in array
1968   
1969   dEta=-999, dPhi=-999;
1970   Float_t dRMax = fCutR, dEtaMax=fCutEta, dPhiMax=fCutPhi;
1971   Int_t index = -1;
1972   Float_t tmpEta=-999, tmpPhi=-999;
1973
1974   Double_t exPos[3] = {0.,0.,0.};
1975   if(!emcalParam->GetXYZ(exPos)) return index;
1976
1977   Float_t clsPos[3] = {0.,0.,0.};
1978   for(Int_t icl=0; icl<clusterArr->GetEntriesFast(); icl++)
1979     {
1980       AliVCluster *cluster = dynamic_cast<AliVCluster*> (clusterArr->At(icl)) ;
1981       if(!cluster || !cluster->IsEMCAL()) continue;
1982       cluster->GetPosition(clsPos);
1983       Double_t dR = TMath::Sqrt(TMath::Power(exPos[0]-clsPos[0],2)+TMath::Power(exPos[1]-clsPos[1],2)+TMath::Power(exPos[2]-clsPos[2],2));
1984       if(dR > fClusterWindow) continue;
1985
1986       AliExternalTrackParam trkPamTmp (*trkParam);//Retrieve the starting point every time before the extrapolation
1987       if(!ExtrapolateTrackToCluster(&trkPamTmp, cluster, fMass, fStepCluster, tmpEta, tmpPhi)) continue;
1988       if(fCutEtaPhiSum)
1989         {
1990           Float_t tmpR=TMath::Sqrt(tmpEta*tmpEta + tmpPhi*tmpPhi);
1991           if(tmpR<dRMax)
1992       {
1993         dRMax=tmpR;
1994         dEtaMax=tmpEta;
1995         dPhiMax=tmpPhi;
1996         index=icl;
1997       }
1998         }
1999       else if(fCutEtaPhiSeparate)
2000         {
2001           if(TMath::Abs(tmpEta)<TMath::Abs(dEtaMax) && TMath::Abs(tmpPhi)<TMath::Abs(dPhiMax))
2002       {
2003         dEtaMax = tmpEta;
2004         dPhiMax = tmpPhi;
2005         index=icl;
2006       }
2007         }
2008       else
2009         {
2010           printf("Error: please specify your cut criteria\n");
2011           printf("To cut on sqrt(dEta^2+dPhi^2), use: SwitchOnCutEtaPhiSum()\n");
2012           printf("To cut on dEta and dPhi separately, use: SwitchOnCutEtaPhiSeparate()\n");
2013           return index;
2014         }
2015     }
2016
2017   dEta=dEtaMax;
2018   dPhi=dPhiMax;
2019
2020   return index;
2021 }
2022
2023 //------------------------------------------------------------------------------------
2024 Bool_t AliEMCALRecoUtils::ExtrapolateTrackToEMCalSurface(AliExternalTrackParam *trkParam, 
2025                                                          const Double_t emcalR,
2026                                                          const Double_t mass, 
2027                                                          const Double_t step, 
2028                                                          Float_t &eta, 
2029                                                          Float_t &phi)
2030 {
2031   //Extrapolate track to EMCAL surface
2032   
2033   eta = -999, phi = -999;
2034   if(!trkParam) return kFALSE;
2035   if(!AliTrackerBase::PropagateTrackToBxByBz(trkParam, emcalR, mass, step, kTRUE, 0.8, -1)) return kFALSE;
2036   Double_t trkPos[3] = {0.,0.,0.};
2037   if(!trkParam->GetXYZ(trkPos)) return kFALSE;
2038   TVector3 trkPosVec(trkPos[0],trkPos[1],trkPos[2]);
2039   eta = trkPosVec.Eta();
2040   phi = trkPosVec.Phi();
2041   if(phi<0)
2042     phi += 2*TMath::Pi();
2043
2044   return kTRUE;
2045 }
2046
2047 //-----------------------------------------------------------------------------------
2048 Bool_t AliEMCALRecoUtils::ExtrapolateTrackToPosition(AliExternalTrackParam *trkParam, 
2049                                                      const Float_t *clsPos, 
2050                                                      Double_t mass, 
2051                                                      Double_t step, 
2052                                                      Float_t &tmpEta, 
2053                                                      Float_t &tmpPhi)
2054 {
2055   //
2056   //Return the residual by extrapolating a track param to a global position
2057   //
2058   tmpEta = -999;
2059   tmpPhi = -999;
2060   if(!trkParam) return kFALSE;
2061   Double_t trkPos[3] = {0.,0.,0.};
2062   TVector3 vec(clsPos[0],clsPos[1],clsPos[2]);
2063   Double_t alpha =  ((int)(vec.Phi()*TMath::RadToDeg()/20)+0.5)*20*TMath::DegToRad();
2064   vec.RotateZ(-alpha); //Rotate the cluster to the local extrapolation coordinate system
2065   if(!AliTrackerBase::PropagateTrackToBxByBz(trkParam, vec.X(), mass, step,kTRUE, 0.8, -1)) return kFALSE;
2066   if(!trkParam->GetXYZ(trkPos)) return kFALSE; //Get the extrapolated global position
2067
2068   TVector3 clsPosVec(clsPos[0],clsPos[1],clsPos[2]);
2069   TVector3 trkPosVec(trkPos[0],trkPos[1],trkPos[2]);
2070
2071   // track cluster matching
2072   tmpPhi = clsPosVec.DeltaPhi(trkPosVec);    // tmpPhi is between -pi and pi
2073   tmpEta = clsPosVec.Eta()-trkPosVec.Eta();
2074
2075   return kTRUE;
2076 }
2077
2078 //----------------------------------------------------------------------------------
2079 Bool_t AliEMCALRecoUtils::ExtrapolateTrackToCluster(AliExternalTrackParam *trkParam, 
2080                                                     const AliVCluster *cluster, 
2081                                                     const Double_t mass, 
2082                                                     const Double_t step, 
2083                                                     Float_t &tmpEta, 
2084                                                     Float_t &tmpPhi)
2085 {
2086   //
2087   //Return the residual by extrapolating a track param to a cluster
2088   //
2089   tmpEta = -999;
2090   tmpPhi = -999;
2091   if(!cluster || !trkParam) return kFALSE;
2092
2093   Float_t clsPos[3] = {0.,0.,0.};
2094   cluster->GetPosition(clsPos);
2095
2096   return ExtrapolateTrackToPosition(trkParam, clsPos, mass, step, tmpEta, tmpPhi);
2097 }
2098
2099 //---------------------------------------------------------------------------------
2100 Bool_t AliEMCALRecoUtils::ExtrapolateTrackToCluster(AliExternalTrackParam *trkParam, 
2101                                                     const AliVCluster *cluster, 
2102                                                     Float_t &tmpEta, 
2103                                                     Float_t &tmpPhi)
2104 {
2105   //
2106   //Return the residual by extrapolating a track param to a clusterfStepCluster
2107   //
2108
2109   return ExtrapolateTrackToCluster(trkParam, cluster, fMass, fStepCluster, tmpEta, tmpPhi);
2110 }
2111
2112 //_______________________________________________________________________
2113 void AliEMCALRecoUtils::GetMatchedResiduals(const Int_t clsIndex, 
2114                                             Float_t &dEta, Float_t &dPhi)
2115 {
2116   //Given a cluster index as in AliESDEvent::GetCaloCluster(clsIndex)
2117   //Get the residuals dEta and dPhi for this cluster to the closest track
2118   //Works with ESDs and AODs
2119
2120   if( FindMatchedPosForCluster(clsIndex) >= 999 )
2121   {
2122     AliDebug(2,"No matched tracks found!\n");
2123     dEta=999.;
2124     dPhi=999.;
2125     return;
2126   }
2127   dEta = fResidualEta->At(FindMatchedPosForCluster(clsIndex));
2128   dPhi = fResidualPhi->At(FindMatchedPosForCluster(clsIndex));
2129 }
2130
2131 //______________________________________________________________________________________________
2132 void AliEMCALRecoUtils::GetMatchedClusterResiduals(Int_t trkIndex, Float_t &dEta, Float_t &dPhi)
2133 {
2134   //Given a track index as in AliESDEvent::GetTrack(trkIndex)
2135   //Get the residuals dEta and dPhi for this track to the closest cluster
2136   //Works with ESDs and AODs
2137
2138   if( FindMatchedPosForTrack(trkIndex) >= 999 )
2139   {
2140     AliDebug(2,"No matched cluster found!\n");
2141     dEta=999.;
2142     dPhi=999.;
2143     return;
2144   }
2145   dEta = fResidualEta->At(FindMatchedPosForTrack(trkIndex));
2146   dPhi = fResidualPhi->At(FindMatchedPosForTrack(trkIndex));
2147 }
2148
2149 //__________________________________________________________
2150 Int_t AliEMCALRecoUtils::GetMatchedTrackIndex(Int_t clsIndex)
2151 {
2152   //Given a cluster index as in AliESDEvent::GetCaloCluster(clsIndex)
2153   //Get the index of matched track to this cluster
2154   //Works with ESDs and AODs
2155   
2156   if(IsClusterMatched(clsIndex))
2157     return fMatchedTrackIndex->At(FindMatchedPosForCluster(clsIndex));
2158   else 
2159     return -1; 
2160 }
2161
2162 //__________________________________________________________
2163 Int_t AliEMCALRecoUtils::GetMatchedClusterIndex(Int_t trkIndex)
2164 {
2165   //Given a track index as in AliESDEvent::GetTrack(trkIndex)
2166   //Get the index of matched cluster to this track
2167   //Works with ESDs and AODs
2168   
2169   if(IsTrackMatched(trkIndex))
2170     return fMatchedClusterIndex->At(FindMatchedPosForTrack(trkIndex));
2171   else 
2172     return -1; 
2173 }
2174
2175 //______________________________________________________________
2176 Bool_t AliEMCALRecoUtils::IsClusterMatched(Int_t clsIndex) const
2177 {
2178   //Given a cluster index as in AliESDEvent::GetCaloCluster(clsIndex)
2179   //Returns if the cluster has a match
2180   if(FindMatchedPosForCluster(clsIndex) < 999) 
2181     return kTRUE;
2182   else
2183     return kFALSE;
2184 }
2185
2186 //____________________________________________________________
2187 Bool_t AliEMCALRecoUtils::IsTrackMatched(Int_t trkIndex) const 
2188 {
2189   //Given a track index as in AliESDEvent::GetTrack(trkIndex)
2190   //Returns if the track has a match
2191   if(FindMatchedPosForTrack(trkIndex) < 999) 
2192     return kTRUE;
2193   else
2194     return kFALSE;
2195 }
2196
2197 //______________________________________________________________________
2198 UInt_t AliEMCALRecoUtils::FindMatchedPosForCluster(Int_t clsIndex) const
2199 {
2200   //Given a cluster index as in AliESDEvent::GetCaloCluster(clsIndex)
2201   //Returns the position of the match in the fMatchedClusterIndex array
2202   Float_t tmpR = fCutR;
2203   UInt_t pos = 999;
2204   
2205   for(Int_t i=0; i<fMatchedClusterIndex->GetSize(); i++) 
2206   {
2207     if(fMatchedClusterIndex->At(i)==clsIndex) 
2208     {
2209       Float_t r = TMath::Sqrt(fResidualEta->At(i)*fResidualEta->At(i) + fResidualPhi->At(i)*fResidualPhi->At(i));
2210       if(r<tmpR) 
2211       {
2212         pos=i;
2213         tmpR=r;
2214         AliDebug(3,Form("Matched cluster index: index: %d, dEta: %2.4f, dPhi: %2.4f.\n",
2215                         fMatchedClusterIndex->At(i),fResidualEta->At(i),fResidualPhi->At(i)));
2216       }
2217     }
2218   }
2219   return pos;
2220 }
2221
2222 //____________________________________________________________________
2223 UInt_t AliEMCALRecoUtils::FindMatchedPosForTrack(Int_t trkIndex) const
2224 {
2225   //Given a track index as in AliESDEvent::GetTrack(trkIndex)
2226   //Returns the position of the match in the fMatchedTrackIndex array
2227   Float_t tmpR = fCutR;
2228   UInt_t pos = 999;
2229   
2230   for(Int_t i=0; i<fMatchedTrackIndex->GetSize(); i++) 
2231   {
2232     if(fMatchedTrackIndex->At(i)==trkIndex) 
2233     {
2234       Float_t r = TMath::Sqrt(fResidualEta->At(i)*fResidualEta->At(i) + fResidualPhi->At(i)*fResidualPhi->At(i));
2235       if(r<tmpR) 
2236       {
2237         pos=i;
2238         tmpR=r;
2239         AliDebug(3,Form("Matched track index: index: %d, dEta: %2.4f, dPhi: %2.4f.\n",
2240                         fMatchedTrackIndex->At(i),fResidualEta->At(i),fResidualPhi->At(i)));
2241       }
2242     }
2243   }
2244   return pos;
2245 }
2246
2247 //__________________________________________________________________________
2248 Bool_t AliEMCALRecoUtils::IsGoodCluster(AliVCluster *cluster, 
2249                                         const AliEMCALGeometry *geom, 
2250                                         AliVCaloCells* cells,const Int_t bc)
2251 {
2252   // check if the cluster survives some quality cut
2253   //
2254   //
2255   Bool_t isGood=kTRUE;
2256
2257   if(!cluster || !cluster->IsEMCAL())              return kFALSE;
2258   
2259   if(ClusterContainsBadChannel(geom,cluster->GetCellsAbsId(),cluster->GetNCells())) return kFALSE;
2260   
2261   if(!CheckCellFiducialRegion(geom,cluster,cells)) return kFALSE;
2262   
2263   if(IsExoticCluster(cluster, cells,bc))           return kFALSE;
2264
2265   return isGood;
2266 }
2267
2268 //__________________________________________________________
2269 Bool_t AliEMCALRecoUtils::IsAccepted(AliESDtrack *esdTrack)
2270 {
2271   // Given a esd track, return whether the track survive all the cuts
2272
2273   // The different quality parameter are first
2274   // retrieved from the track. then it is found out what cuts the
2275   // track did not survive and finally the cuts are imposed.
2276
2277   UInt_t status = esdTrack->GetStatus();
2278
2279   Int_t nClustersITS = esdTrack->GetITSclusters(0);
2280   Int_t nClustersTPC = esdTrack->GetTPCclusters(0);
2281
2282   Float_t chi2PerClusterITS = -1;
2283   Float_t chi2PerClusterTPC = -1;
2284   if (nClustersITS!=0)
2285     chi2PerClusterITS = esdTrack->GetITSchi2()/Float_t(nClustersITS);
2286   if (nClustersTPC!=0) 
2287     chi2PerClusterTPC = esdTrack->GetTPCchi2()/Float_t(nClustersTPC);
2288
2289
2290   //DCA cuts
2291   if(fTrackCutsType==kGlobalCut)
2292     {
2293       Float_t maxDCAToVertexXYPtDep = 0.0182 + 0.0350/TMath::Power(esdTrack->Pt(),1.01); //This expression comes from AliESDtrackCuts::GetStandardITSTPCTrackCuts2010()
2294       //AliDebug(3,Form("Track pT = %f, DCAtoVertexXY = %f",esdTrack->Pt(),MaxDCAToVertexXYPtDep));
2295       SetMaxDCAToVertexXY(maxDCAToVertexXYPtDep); //Set pT dependent DCA cut to vertex in x-y plane
2296     }
2297
2298
2299   Float_t b[2];
2300   Float_t bCov[3];
2301   esdTrack->GetImpactParameters(b,bCov);
2302   if (bCov[0]<=0 || bCov[2]<=0) 
2303   {
2304     AliDebug(1, "Estimated b resolution lower or equal zero!");
2305     bCov[0]=0; bCov[2]=0;
2306   }
2307
2308   Float_t dcaToVertexXY = b[0];
2309   Float_t dcaToVertexZ = b[1];
2310   Float_t dcaToVertex = -1;
2311
2312   if (fCutDCAToVertex2D)
2313     dcaToVertex = TMath::Sqrt(dcaToVertexXY*dcaToVertexXY/fCutMaxDCAToVertexXY/fCutMaxDCAToVertexXY + dcaToVertexZ*dcaToVertexZ/fCutMaxDCAToVertexZ/fCutMaxDCAToVertexZ);
2314   else
2315     dcaToVertex = TMath::Sqrt(dcaToVertexXY*dcaToVertexXY + dcaToVertexZ*dcaToVertexZ);
2316     
2317   // cut the track?
2318   
2319   Bool_t cuts[kNCuts];
2320   for (Int_t i=0; i<kNCuts; i++) cuts[i]=kFALSE;
2321   
2322   // track quality cuts
2323   if (fCutRequireTPCRefit && (status&AliESDtrack::kTPCrefit)==0)
2324     cuts[0]=kTRUE;
2325   if (fCutRequireITSRefit && (status&AliESDtrack::kITSrefit)==0)
2326     cuts[1]=kTRUE;
2327   if (nClustersTPC<fCutMinNClusterTPC)
2328     cuts[2]=kTRUE;
2329   if (nClustersITS<fCutMinNClusterITS) 
2330     cuts[3]=kTRUE;
2331   if (chi2PerClusterTPC>fCutMaxChi2PerClusterTPC) 
2332     cuts[4]=kTRUE; 
2333   if (chi2PerClusterITS>fCutMaxChi2PerClusterITS) 
2334     cuts[5]=kTRUE;  
2335   if (!fCutAcceptKinkDaughters && esdTrack->GetKinkIndex(0)>0)
2336     cuts[6]=kTRUE;
2337   if (fCutDCAToVertex2D && dcaToVertex > 1)
2338     cuts[7] = kTRUE;
2339   if (!fCutDCAToVertex2D && TMath::Abs(dcaToVertexXY) > fCutMaxDCAToVertexXY)
2340     cuts[8] = kTRUE;
2341   if (!fCutDCAToVertex2D && TMath::Abs(dcaToVertexZ) > fCutMaxDCAToVertexZ)
2342     cuts[9] = kTRUE;
2343
2344   if(fTrackCutsType==kGlobalCut)
2345     {
2346       //Require at least one SPD point + anything else in ITS
2347       if( (esdTrack->HasPointOnITSLayer(0) || esdTrack->HasPointOnITSLayer(1)) == kFALSE)
2348   cuts[10] = kTRUE;
2349     }
2350
2351       // ITS
2352   if(fCutRequireITSStandAlone || fCutRequireITSpureSA){
2353     if ((status & AliESDtrack::kITSin) == 0 || (status & AliESDtrack::kTPCin)){
2354       // TPC tracks
2355       cuts[11] = kTRUE; 
2356     }else{
2357       // ITS standalone tracks
2358       if(fCutRequireITSStandAlone && !fCutRequireITSpureSA){
2359         if(status & AliESDtrack::kITSpureSA) cuts[11] = kTRUE;
2360       }else if(fCutRequireITSpureSA){
2361         if(!(status & AliESDtrack::kITSpureSA)) cuts[11] = kTRUE;
2362       }
2363     }
2364   }
2365   
2366   Bool_t cut=kFALSE;
2367   for (Int_t i=0; i<kNCuts; i++)
2368     if (cuts[i]) { cut = kTRUE ; }
2369
2370     // cut the track
2371   if (cut) 
2372     return kFALSE;
2373   else 
2374     return kTRUE;
2375 }
2376
2377 //_____________________________________
2378 void AliEMCALRecoUtils::InitTrackCuts()
2379 {
2380   //Intilize the track cut criteria
2381   //By default these cuts are set according to AliESDtrackCuts::GetStandardTPCOnlyTrackCuts()
2382   //Also you can customize the cuts using the setters
2383   
2384   switch (fTrackCutsType)
2385   {
2386     case kTPCOnlyCut:
2387     {
2388       AliInfo(Form("Track cuts for matching: GetStandardTPCOnlyTrackCuts()"));
2389       //TPC
2390       SetMinNClustersTPC(70);
2391       SetMaxChi2PerClusterTPC(4);
2392       SetAcceptKinkDaughters(kFALSE);
2393       SetRequireTPCRefit(kFALSE);
2394       
2395       //ITS
2396       SetRequireITSRefit(kFALSE);
2397       SetMaxDCAToVertexZ(3.2);
2398       SetMaxDCAToVertexXY(2.4);
2399       SetDCAToVertex2D(kTRUE);
2400       
2401       break;
2402     }
2403       
2404     case kGlobalCut:
2405     {
2406       AliInfo(Form("Track cuts for matching: GetStandardITSTPCTrackCuts2010(kTURE)"));
2407       //TPC
2408       SetMinNClustersTPC(70);
2409       SetMaxChi2PerClusterTPC(4);
2410       SetAcceptKinkDaughters(kFALSE);
2411       SetRequireTPCRefit(kTRUE);
2412       
2413       //ITS
2414       SetRequireITSRefit(kTRUE);
2415       SetMaxDCAToVertexZ(2);
2416       SetMaxDCAToVertexXY();
2417       SetDCAToVertex2D(kFALSE);
2418       
2419       break;
2420     }
2421       
2422     case kLooseCut:
2423     {
2424       AliInfo(Form("Track cuts for matching: Loose cut w/o DCA cut"));
2425       SetMinNClustersTPC(50);
2426       SetAcceptKinkDaughters(kTRUE);
2427       
2428       break;
2429     }
2430
2431     case kITSStandAlone:
2432     {
2433       AliInfo(Form("Track cuts for matching: ITS Stand Alone tracks cut w/o DCA cut"));
2434       SetRequireITSRefit(kTRUE);
2435       SetRequireITSStandAlone(kTRUE);
2436       SetITSTrackSA(kTRUE);
2437       break;
2438     }
2439     
2440   }
2441 }
2442
2443
2444 //________________________________________________________________________
2445 void AliEMCALRecoUtils::SetClusterMatchedToTrack(const AliVEvent *event)
2446 {
2447   // Checks if tracks are matched to EMC clusters and set the matched EMCAL cluster index to ESD track. 
2448
2449   Int_t nTracks = event->GetNumberOfTracks();
2450   for (Int_t iTrack = 0; iTrack < nTracks; ++iTrack) 
2451   {
2452     AliVTrack* track = dynamic_cast<AliVTrack*>(event->GetTrack(iTrack));
2453     if (!track) 
2454     {
2455       AliWarning(Form("Could not receive track %d", iTrack));
2456       continue;
2457     }
2458     
2459     Int_t matchClusIndex = GetMatchedClusterIndex(iTrack);       
2460     track->SetEMCALcluster(matchClusIndex); //sets -1 if track not matched within residual
2461     /*the following can be done better if AliVTrack::SetStatus will be there. Patch pending with Andreas/Peter*/
2462     AliESDtrack* esdtrack = dynamic_cast<AliESDtrack*>(track);
2463     if (esdtrack) { 
2464       if(matchClusIndex != -1) 
2465         esdtrack->SetStatus(AliESDtrack::kEMCALmatch);
2466       else
2467         esdtrack->ResetStatus(AliESDtrack::kEMCALmatch);
2468     } else {
2469       AliAODTrack* aodtrack = dynamic_cast<AliAODTrack*>(track);
2470       if(matchClusIndex != -1) 
2471         aodtrack->SetStatus(AliESDtrack::kEMCALmatch);
2472       else
2473         aodtrack->ResetStatus(AliESDtrack::kEMCALmatch);
2474     }
2475
2476   }
2477   AliDebug(2,"Track matched to closest cluster");  
2478 }
2479
2480 //_________________________________________________________________________
2481 void AliEMCALRecoUtils::SetTracksMatchedToCluster(const AliVEvent *event)
2482 {
2483   // Checks if EMC clusters are matched to ESD track.
2484   // Adds track indexes of all the tracks matched to a cluster withing residuals in ESDCalocluster.
2485   
2486   for (Int_t iClus=0; iClus < event->GetNumberOfCaloClusters(); ++iClus) 
2487   {
2488     AliVCluster *cluster = event->GetCaloCluster(iClus);
2489     if (!cluster->IsEMCAL()) 
2490       continue;
2491     
2492     Int_t nTracks = event->GetNumberOfTracks();
2493     TArrayI arrayTrackMatched(nTracks);
2494     
2495     // Get the closest track matched to the cluster
2496     Int_t nMatched = 0;
2497     Int_t matchTrackIndex = GetMatchedTrackIndex(iClus);
2498     if (matchTrackIndex != -1) 
2499     {
2500       arrayTrackMatched[nMatched] = matchTrackIndex;
2501       nMatched++;
2502     }
2503     
2504     // Get all other tracks matched to the cluster
2505     for(Int_t iTrk=0; iTrk<nTracks; ++iTrk) 
2506     {
2507       AliVTrack* track = dynamic_cast<AliVTrack*>(event->GetTrack(iTrk));
2508       if(iTrk == matchTrackIndex) continue;
2509       if(track->GetEMCALcluster() == iClus)
2510       {
2511         arrayTrackMatched[nMatched] = iTrk;
2512         ++nMatched;
2513       }
2514     }
2515     
2516     //printf("Tender::SetTracksMatchedToCluster - cluster E %f, N matches %d, first match %d\n",cluster->E(),nMatched,arrayTrackMatched[0]);
2517     
2518     arrayTrackMatched.Set(nMatched);
2519     AliESDCaloCluster *esdcluster = dynamic_cast<AliESDCaloCluster*>(cluster);
2520     if (esdcluster) 
2521       esdcluster->AddTracksMatched(arrayTrackMatched);
2522     else if (nMatched>0) {
2523       AliAODCaloCluster *aodcluster = dynamic_cast<AliAODCaloCluster*>(cluster);
2524       if (aodcluster)
2525         aodcluster->AddTrackMatched(event->GetTrack(arrayTrackMatched.At(0)));
2526     }
2527     
2528     Float_t eta= -999, phi = -999;
2529     if (matchTrackIndex != -1) 
2530       GetMatchedResiduals(iClus, eta, phi);
2531     cluster->SetTrackDistance(phi, eta);
2532   }
2533   
2534   AliDebug(2,"Cluster matched to tracks");  
2535 }
2536
2537 //___________________________________________________
2538 void AliEMCALRecoUtils::Print(const Option_t *) const 
2539 {
2540   // Print Parameters
2541   
2542   printf("AliEMCALRecoUtils Settings: \n");
2543   printf("Misalignment shifts\n");
2544   for(Int_t i=0; i<5; i++) printf("\t sector %d, traslation (x,y,z)=(%f,%f,%f), rotation (x,y,z)=(%f,%f,%f)\n",i, 
2545                                   fMisalTransShift[i*3],fMisalTransShift[i*3+1],fMisalTransShift[i*3+2],
2546                                   fMisalRotShift[i*3],  fMisalRotShift[i*3+1],  fMisalRotShift[i*3+2]   );
2547   printf("Non linearity function %d, parameters:\n", fNonLinearityFunction);
2548   for(Int_t i=0; i<6; i++) printf("param[%d]=%f\n",i, fNonLinearityParams[i]);
2549   
2550   printf("Position Recalculation option %d, Particle Type %d, fW0 %2.2f, Recalibrate Data %d \n",fPosAlgo,fParticleType,fW0, fRecalibration);
2551
2552   printf("Matching criteria: ");
2553   if(fCutEtaPhiSum)
2554     {
2555       printf("sqrt(dEta^2+dPhi^2)<%4.3f\n",fCutR);
2556     }
2557   else if(fCutEtaPhiSeparate)
2558     {
2559       printf("dEta<%4.3f, dPhi<%4.3f\n",fCutEta,fCutPhi);
2560     }
2561   else
2562     {
2563       printf("Error\n");
2564       printf("please specify your cut criteria\n");
2565       printf("To cut on sqrt(dEta^2+dPhi^2), use: SwitchOnCutEtaPhiSum()\n");
2566       printf("To cut on dEta and dPhi separately, use: SwitchOnCutEtaPhiSeparate()\n");
2567     }
2568
2569   printf("Mass hypothesis = %2.3f [GeV/c^2], extrapolation step to surface = %2.2f[cm], step to cluster = %2.2f[cm]\n",fMass,fStepSurface, fStepCluster);
2570   printf("Cluster selection window: dR < %2.0f\n",fClusterWindow);
2571
2572   printf("Track cuts: \n");
2573   printf("Minimum track pT: %1.2f\n",fCutMinTrackPt);
2574   printf("AOD track selection mask: %d\n",fAODFilterMask);
2575   printf("TPCRefit = %d, ITSRefit = %d\n",fCutRequireTPCRefit,fCutRequireITSRefit);
2576   printf("AcceptKinks = %d\n",fCutAcceptKinkDaughters);
2577   printf("MinNCulsterTPC = %d, MinNClusterITS = %d\n",fCutMinNClusterTPC,fCutMinNClusterITS);
2578   printf("MaxChi2TPC = %2.2f, MaxChi2ITS = %2.2f\n",fCutMaxChi2PerClusterTPC,fCutMaxChi2PerClusterITS);
2579   printf("DCSToVertex2D = %d, MaxDCAToVertexXY = %2.2f, MaxDCAToVertexZ = %2.2f\n",fCutDCAToVertex2D,fCutMaxDCAToVertexXY,fCutMaxDCAToVertexZ);
2580 }
2581