EMCAL/AliEMCALRecoUtils.cxx

   1 /**************************************************************************
   2  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
   3  *                                                                        *
   4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
   5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
   6  *                                                                        *
   7  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
   8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
   9  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
  10  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
  11  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
  12  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
  13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
  14  **************************************************************************/
  15
  16 /* $Id: AliEMCALRecoUtils.cxx 33808 2009-07-15 09:48:08Z gconesab $ */
  17
  18 ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
  19 //
  20 // Class AliEMCALRecoUtils
  21 // Some utilities to recalculate the cluster position or energy linearity
  22 //
  23 //
  24 // Author:  Gustavo Conesa (LPSC- Grenoble)
  25 //          Track matching part: Rongrong Ma (Yale)
  26
  27 ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
  28 // --- standard c ---
  29
  30 // standard C++ includes
  31 //#include <Riostream.h>
  32
  33 // ROOT includes
  34 #include <TGeoManager.h>
  35 #include <TGeoMatrix.h>
  36 #include <TGeoBBox.h>
  37 #include <TH2F.h>
  38 #include <TArrayI.h>
  39 #include <TArrayF.h>
  40 #include <TObjArray.h>
  41
  42 // STEER includes
  43 #include "AliVCluster.h"
  44 #include "AliVCaloCells.h"
  45 #include "AliVEvent.h"
  46 #include "AliLog.h"
  47 #include "AliPID.h"
  48 #include "AliESDEvent.h"
  49 #include "AliAODEvent.h"
  50 #include "AliESDtrack.h"
  51 #include "AliAODTrack.h"
  52 #include "AliExternalTrackParam.h"
  53 #include "AliESDfriendTrack.h"
  54 #include "AliTrackerBase.h"
  55
  56 // EMCAL includes
  57 #include "AliEMCALRecoUtils.h"
  58 #include "AliEMCALGeometry.h"
  59 #include "AliEMCALTrack.h"
  60 #include "AliEMCALCalibTimeDepCorrection.h" // Run dependent
  61 #include "AliEMCALPIDUtils.h"
  62
  63 ClassImp(AliEMCALRecoUtils)
  64
  65 //______________________________________________
  66 AliEMCALRecoUtils::AliEMCALRecoUtils():
  67   fParticleType(kPhoton),                 fPosAlgo(kUnchanged),                   fW0(4.),
  68   fNonLinearityFunction(kNoCorrection),   fNonLinearThreshold(30),
  69   fSmearClusterEnergy(kFALSE),            fRandom(),
  70   fCellsRecalibrated(kFALSE),             fRecalibration(kFALSE),                 fEMCALRecalibrationFactors(),
  71   fTimeRecalibration(kFALSE),             fEMCALTimeRecalibrationFactors(),
  72   fUseRunCorrectionFactors(kFALSE),       fRunCorrectionFactorsSet(kFALSE),
  73   fRemoveBadChannels(kFALSE),             fRecalDistToBadChannels(kFALSE),        fEMCALBadChannelMap(),
  74   fNCellsFromEMCALBorder(0),              fNoEMCALBorderAtEta0(kTRUE),
  75   fRejectExoticCluster(kFALSE),           fPIDUtils(),                            fAODFilterMask(32),
  76   fMatchedTrackIndex(0x0),                fMatchedClusterIndex(0x0),
  77   fResidualEta(0x0), fResidualPhi(0x0),   fCutEtaPhiSum(kTRUE),                   fCutEtaPhiSeparate(kFALSE),
  78   fCutR(0.1),                             fCutEta(0.025),                         fCutPhi(0.05),
  79   fMass(0.139),                           fStep(10),
  80   fTrackCutsType(kLooseCut),              fCutMinTrackPt(0),                      fCutMinNClusterTPC(-1),
  81   fCutMinNClusterITS(-1),                 fCutMaxChi2PerClusterTPC(1e10),         fCutMaxChi2PerClusterITS(1e10),
  82   fCutRequireTPCRefit(kFALSE),            fCutRequireITSRefit(kFALSE),            fCutAcceptKinkDaughters(kFALSE),
  83   fCutMaxDCAToVertexXY(1e10),             fCutMaxDCAToVertexZ(1e10),              fCutDCAToVertex2D(kFALSE)
  84 {
  85 //
  86   // Constructor.
  87   // Initialize all constant values which have to be used
  88   // during Reco algorithm execution
  89   //
  90
  91   //Misalignment matrices
  92   for(Int_t i = 0; i < 15 ; i++) {
  93       fMisalTransShift[i] = 0.;
  94       fMisalRotShift[i]   = 0.;
  95   }
  96
  97   //Non linearity
  98   for(Int_t i = 0; i < 7  ; i++) fNonLinearityParams[i] = 0.;
  99
 100   //For kBeamTestCorrected case, but default is no correction
 101   fNonLinearityParams[0] =  0.99078;
 102   fNonLinearityParams[1] =  0.161499;
 103   fNonLinearityParams[2] =  0.655166;
 104   fNonLinearityParams[3] =  0.134101;
 105   fNonLinearityParams[4] =  163.282;
 106   fNonLinearityParams[5] =  23.6904;
 107   fNonLinearityParams[6] =  0.978;
 108
 109   //For kPi0GammaGamma case
 110   //fNonLinearityParams[0] = 0.1457/0.1349766/1.038;
 111   //fNonLinearityParams[1] = -0.02024/0.1349766/1.038;
 112   //fNonLinearityParams[2] = 1.046;
 113
 114   //Cluster energy smearing
 115   fSmearClusterEnergy   = kFALSE;
 116   fSmearClusterParam[0] = 0.07; // * sqrt E term
 117   fSmearClusterParam[1] = 0.00; // * E term
 118   fSmearClusterParam[2] = 0.00; // constant
 119
 120   //Track matching
 121   fMatchedTrackIndex     = new TArrayI();
 122   fMatchedClusterIndex   = new TArrayI();
 123   fResidualPhi           = new TArrayF();
 124   fResidualEta           = new TArrayF();
 125   fPIDUtils              = new AliEMCALPIDUtils();
 126
 127   InitTrackCuts();
 128 }
 129
 130 //______________________________________________________________________
 131 AliEMCALRecoUtils::AliEMCALRecoUtils(const AliEMCALRecoUtils & reco)
 132 : TNamed(reco),
 133   fParticleType(reco.fParticleType),                         fPosAlgo(reco.fPosAlgo),     fW0(reco.fW0),
 134   fNonLinearityFunction(reco.fNonLinearityFunction),         fNonLinearThreshold(reco.fNonLinearThreshold),
 135   fSmearClusterEnergy(reco.fSmearClusterEnergy),             fRandom(),
 136   fCellsRecalibrated(reco.fCellsRecalibrated),
 137   fRecalibration(reco.fRecalibration),                       fEMCALRecalibrationFactors(reco.fEMCALRecalibrationFactors),
 138   fTimeRecalibration(reco.fTimeRecalibration),               fEMCALTimeRecalibrationFactors(reco.fEMCALTimeRecalibrationFactors),
 139   fUseRunCorrectionFactors(reco.fUseRunCorrectionFactors),   fRunCorrectionFactorsSet(reco.fRunCorrectionFactorsSet),
 140   fRemoveBadChannels(reco.fRemoveBadChannels),               fRecalDistToBadChannels(reco.fRecalDistToBadChannels),
 141   fEMCALBadChannelMap(reco.fEMCALBadChannelMap),
 142   fNCellsFromEMCALBorder(reco.fNCellsFromEMCALBorder),       fNoEMCALBorderAtEta0(reco.fNoEMCALBorderAtEta0),
 143   fRejectExoticCluster(reco.fRejectExoticCluster),           fPIDUtils(reco.fPIDUtils),
 144   fAODFilterMask(reco.fAODFilterMask),
 145   fMatchedTrackIndex(  reco.fMatchedTrackIndex?  new TArrayI(*reco.fMatchedTrackIndex):0x0),
 146   fMatchedClusterIndex(reco.fMatchedClusterIndex?new TArrayI(*reco.fMatchedClusterIndex):0x0),
 147   fResidualEta(        reco.fResidualEta?        new TArrayF(*reco.fResidualEta):0x0),
 148   fResidualPhi(        reco.fResidualPhi?        new TArrayF(*reco.fResidualPhi):0x0),
 149   fCutEtaPhiSum(reco.fCutEtaPhiSum),                         fCutEtaPhiSeparate(reco.fCutEtaPhiSeparate),
 150   fCutR(reco.fCutR),        fCutEta(reco.fCutEta),           fCutPhi(reco.fCutPhi),
 151   fMass(reco.fMass),        fStep(reco.fStep),
 152   fTrackCutsType(reco.fTrackCutsType),                       fCutMinTrackPt(reco.fCutMinTrackPt),
 153   fCutMinNClusterTPC(reco.fCutMinNClusterTPC),               fCutMinNClusterITS(reco.fCutMinNClusterITS),
 154   fCutMaxChi2PerClusterTPC(reco.fCutMaxChi2PerClusterTPC),   fCutMaxChi2PerClusterITS(reco.fCutMaxChi2PerClusterITS),
 155   fCutRequireTPCRefit(reco.fCutRequireTPCRefit),             fCutRequireITSRefit(reco.fCutRequireITSRefit),
 156   fCutAcceptKinkDaughters(reco.fCutAcceptKinkDaughters),     fCutMaxDCAToVertexXY(reco.fCutMaxDCAToVertexXY),
 157   fCutMaxDCAToVertexZ(reco.fCutMaxDCAToVertexZ),             fCutDCAToVertex2D(reco.fCutDCAToVertex2D)
 158 {
 159   //Copy ctor
 160
 161   for(Int_t i = 0; i < 15 ; i++) { fMisalRotShift[i]      = reco.fMisalRotShift[i]      ;
 162                                    fMisalTransShift[i]    = reco.fMisalTransShift[i]    ; }
 163   for(Int_t i = 0; i < 7  ; i++) { fNonLinearityParams[i] = reco.fNonLinearityParams[i] ; }
 164   for(Int_t i = 0; i < 3  ; i++) { fSmearClusterParam[i]  = reco.fSmearClusterParam[i]  ; }
 165
 166 }
 167
 168
 169 //______________________________________________________________________
 170 AliEMCALRecoUtils & AliEMCALRecoUtils::operator = (const AliEMCALRecoUtils & reco)
 171 {
 172   //Assignment operator
 173
 174   if(this == &reco)return *this;
 175   ((TNamed *)this)->operator=(reco);
 176
 177   for(Int_t i = 0; i < 15 ; i++) { fMisalTransShift[i]    = reco.fMisalTransShift[i]    ;
 178                                    fMisalRotShift[i]      = reco.fMisalRotShift[i]      ; }
 179   for(Int_t i = 0; i < 7  ; i++) { fNonLinearityParams[i] = reco.fNonLinearityParams[i] ; }
 180   for(Int_t i = 0; i < 3  ; i++) { fSmearClusterParam[i]  = reco.fSmearClusterParam[i]  ; }
 181
 182   fParticleType              = reco.fParticleType;
 183   fPosAlgo                   = reco.fPosAlgo;
 184   fW0                        = reco.fW0;
 185
 186   fNonLinearityFunction      = reco.fNonLinearityFunction;
 187   fNonLinearThreshold        = reco.fNonLinearThreshold;
 188   fSmearClusterEnergy        = reco.fSmearClusterEnergy;
 189
 190   fCellsRecalibrated         = reco.fCellsRecalibrated;
 191   fRecalibration             = reco.fRecalibration;
 192   fEMCALRecalibrationFactors = reco.fEMCALRecalibrationFactors;
 193
 194   fTimeRecalibration             = reco.fTimeRecalibration;
 195   fEMCALTimeRecalibrationFactors = reco.fEMCALTimeRecalibrationFactors;
 196
 197   fUseRunCorrectionFactors   = reco.fUseRunCorrectionFactors;
 198   fRunCorrectionFactorsSet   = reco.fRunCorrectionFactorsSet;
 199
 200   fRemoveBadChannels         = reco.fRemoveBadChannels;
 201   fRecalDistToBadChannels    = reco.fRecalDistToBadChannels;
 202   fEMCALBadChannelMap        = reco.fEMCALBadChannelMap;
 203
 204   fNCellsFromEMCALBorder     = reco.fNCellsFromEMCALBorder;
 205   fNoEMCALBorderAtEta0       = reco.fNoEMCALBorderAtEta0;
 206   fRejectExoticCluster       = reco.fRejectExoticCluster;
 207
 208   fPIDUtils                  = reco.fPIDUtils;
 209
 210   fAODFilterMask             = reco.fAODFilterMask;
 211
 212   fCutEtaPhiSum              = reco.fCutEtaPhiSum;
 213   fCutEtaPhiSeparate         = reco.fCutEtaPhiSeparate;
 214   fCutR                      = reco.fCutR;
 215   fCutEta                    = reco.fCutEta;
 216   fCutPhi                    = reco.fCutPhi;
 217   fMass                      = reco.fMass;
 218   fStep                      = reco.fStep;
 219   fRejectExoticCluster       = reco.fRejectExoticCluster;
 220
 221   fTrackCutsType             = reco.fTrackCutsType;
 222   fCutMinTrackPt             = reco.fCutMinTrackPt;
 223   fCutMinNClusterTPC         = reco.fCutMinNClusterTPC;
 224   fCutMinNClusterITS         = reco.fCutMinNClusterITS;
 225   fCutMaxChi2PerClusterTPC   = reco.fCutMaxChi2PerClusterTPC;
 226   fCutMaxChi2PerClusterITS   = reco.fCutMaxChi2PerClusterITS;
 227   fCutRequireTPCRefit        = reco.fCutRequireTPCRefit;
 228   fCutRequireITSRefit        = reco.fCutRequireITSRefit;
 229   fCutAcceptKinkDaughters    = reco.fCutAcceptKinkDaughters;
 230   fCutMaxDCAToVertexXY       = reco.fCutMaxDCAToVertexXY;
 231   fCutMaxDCAToVertexZ        = reco.fCutMaxDCAToVertexZ;
 232   fCutDCAToVertex2D          = reco.fCutDCAToVertex2D;
 233
 234   if(reco.fResidualEta){
 235     // assign or copy construct
 236     if(fResidualEta){
 237       *fResidualEta = *reco.fResidualEta;
 238     }
 239     else fResidualEta = new TArrayF(*reco.fResidualEta);
 240   }
 241   else{
 242     if(fResidualEta)delete fResidualEta;
 243     fResidualEta = 0;
 244   }
 245
 246   if(reco.fResidualPhi){
 247     // assign or copy construct
 248     if(fResidualPhi){
 249       *fResidualPhi = *reco.fResidualPhi;
 250     }
 251     else fResidualPhi = new TArrayF(*reco.fResidualPhi);
 252   }
 253   else{
 254     if(fResidualPhi)delete fResidualPhi;
 255     fResidualPhi = 0;
 256   }
 257
 258   if(reco.fMatchedTrackIndex){
 259     // assign or copy construct
 260     if(fMatchedTrackIndex){
 261       *fMatchedTrackIndex = *reco.fMatchedTrackIndex;
 262     }
 263     else fMatchedTrackIndex = new TArrayI(*reco.fMatchedTrackIndex);
 264   }
 265   else{
 266     if(fMatchedTrackIndex)delete fMatchedTrackIndex;
 267     fMatchedTrackIndex = 0;
 268   }
 269
 270   if(reco.fMatchedClusterIndex){
 271     // assign or copy construct
 272     if(fMatchedClusterIndex){
 273       *fMatchedClusterIndex = *reco.fMatchedClusterIndex;
 274     }
 275     else fMatchedClusterIndex = new TArrayI(*reco.fMatchedClusterIndex);
 276   }
 277   else{
 278     if(fMatchedClusterIndex)delete fMatchedClusterIndex;
 279     fMatchedClusterIndex = 0;
 280   }
 281
 282   return *this;
 283 }
 284
 285
 286 //__________________________________________________
 287 AliEMCALRecoUtils::~AliEMCALRecoUtils()
 288 {
 289   //Destructor.
 290
 291   if(fEMCALRecalibrationFactors) {
 292     fEMCALRecalibrationFactors->Clear();
 293     delete  fEMCALRecalibrationFactors;
 294   }
 295
 296   if(fEMCALTimeRecalibrationFactors) {
 297                 fEMCALTimeRecalibrationFactors->Clear();
 298                 delete  fEMCALTimeRecalibrationFactors;
 299         }
 300
 301   if(fEMCALBadChannelMap) {
 302     fEMCALBadChannelMap->Clear();
 303     delete  fEMCALBadChannelMap;
 304   }
 305
 306   delete fMatchedTrackIndex   ;
 307   delete fMatchedClusterIndex ;
 308   delete fResidualEta         ;
 309   delete fResidualPhi         ;
 310   delete fPIDUtils            ;
 311
 312   InitTrackCuts();
 313 }
 314
 315 //_______________________________________________________________
 316 Bool_t AliEMCALRecoUtils::CheckCellFiducialRegion(AliEMCALGeometry* geom, AliVCluster* cluster, AliVCaloCells* cells)
 317 {
 318         // Given the list of AbsId of the cluster, get the maximum cell and
 319         // check if there are fNCellsFromBorder from the calorimeter border
 320
 321   if(!cluster){
 322     AliInfo("Cluster pointer null!");
 323     return kFALSE;
 324   }
 325
 326   //If the distance to the border is 0 or negative just exit accept all clusters
 327         if(cells->GetType()==AliVCaloCells::kEMCALCell && fNCellsFromEMCALBorder <= 0 ) return kTRUE;
 328
 329   Int_t absIdMax        = -1, iSM =-1, ieta = -1, iphi = -1;
 330   Bool_t shared = kFALSE;
 331   GetMaxEnergyCell(geom, cells, cluster, absIdMax,  iSM, ieta, iphi, shared);
 332
 333   AliDebug(2,Form("Cluster Max AbsId %d, Cell Energy %2.2f, Cluster Energy %2.2f, Ncells from border %d, EMCAL eta=0 %d\n",
 334            absIdMax, cells->GetCellAmplitude(absIdMax), cluster->E(), fNCellsFromEMCALBorder, fNoEMCALBorderAtEta0));
 335
 336         if(absIdMax==-1) return kFALSE;
 337
 338         //Check if the cell is close to the borders:
 339         Bool_t okrow = kFALSE;
 340         Bool_t okcol = kFALSE;
 341
 342   if(iSM < 0 || iphi < 0 || ieta < 0 ) {
 343     AliFatal(Form("Negative value for super module: %d, or cell ieta: %d, or cell iphi: %d, check EMCAL geometry name\n",
 344                   iSM,ieta,iphi));
 345   }
 346
 347   //Check rows/phi
 348   if(iSM < 10){
 349     if(iphi >= fNCellsFromEMCALBorder && iphi < 24-fNCellsFromEMCALBorder) okrow =kTRUE;
 350   }
 351   else{
 352     if(iphi >= fNCellsFromEMCALBorder && iphi < 12-fNCellsFromEMCALBorder) okrow =kTRUE;
 353   }
 354
 355   //Check columns/eta
 356   if(!fNoEMCALBorderAtEta0){
 357     if(ieta  > fNCellsFromEMCALBorder && ieta < 48-fNCellsFromEMCALBorder) okcol =kTRUE;
 358   }
 359   else{
 360     if(iSM%2==0){
 361       if(ieta >= fNCellsFromEMCALBorder)     okcol = kTRUE;
 362     }
 363     else {
 364       if(ieta <  48-fNCellsFromEMCALBorder)  okcol = kTRUE;
 365     }
 366   }//eta 0 not checked
 367
 368   AliDebug(2,Form("EMCAL Cluster in %d cells fiducial volume: ieta %d, iphi %d, SM %d:  column? %d, row? %d\nq",
 369            fNCellsFromEMCALBorder, ieta, iphi, iSM, okcol, okrow));
 370
 371         if (okcol && okrow) {
 372     //printf("Accept\n");
 373     return kTRUE;
 374   }
 375         else  {
 376     //printf("Reject\n");
 377     AliDebug(2,Form("Reject cluster in border, max cell : ieta %d, iphi %d, SM %d\n",ieta, iphi, iSM));
 378     return kFALSE;
 379   }
 380
 381 }
 382
 383
 384 //_________________________________________________________________________________________________________
 385 Bool_t AliEMCALRecoUtils::ClusterContainsBadChannel(AliEMCALGeometry* geom, UShort_t* cellList, const Int_t nCells){
 386         // Check that in the cluster cells, there is no bad channel of those stored
 387         // in fEMCALBadChannelMap or fPHOSBadChannelMap
 388
 389         if(!fRemoveBadChannels)  return kFALSE;
 390         if(!fEMCALBadChannelMap) return kFALSE;
 391
 392         Int_t icol = -1;
 393         Int_t irow = -1;
 394         Int_t imod = -1;
 395         for(Int_t iCell = 0; iCell<nCells; iCell++){
 396
 397                 //Get the column and row
 398     Int_t iTower = -1, iIphi = -1, iIeta = -1;
 399     geom->GetCellIndex(cellList[iCell],imod,iTower,iIphi,iIeta);
 400     if(fEMCALBadChannelMap->GetEntries() <= imod) continue;
 401     geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(imod,iTower,iIphi, iIeta,irow,icol);
 402     if(GetEMCALChannelStatus(imod, icol, irow)){
 403       AliDebug(2,Form("Cluster with bad channel: SM %d, col %d, row %d\n",imod, icol, irow));
 404       return kTRUE;
 405     }
 406
 407         }// cell cluster loop
 408
 409         return kFALSE;
 410
 411 }
 412
 413 //_________________________________________________
 414 Bool_t AliEMCALRecoUtils::IsExoticCluster(AliVCluster *cluster) const {
 415   // Check if the cluster has high energy  but small number of cells
 416   // The criteria comes from Gustavo's study
 417   //
 418
 419   if(!cluster){
 420     AliInfo("Cluster pointer null!");
 421     return kFALSE;
 422   }
 423
 424   Int_t nc = cluster->GetNCells() ;
 425
 426   if      ( nc > 8 )                   return kFALSE ; // Good cluster, needed for 3x3 clusterizer
 427   else if ( nc < 1 + cluster->E()/3. ) return kTRUE  ; // Bad cluster
 428   else                                 return kFALSE ; // Good cluster
 429
 430 }
 431
 432 //__________________________________________________
 433 Float_t AliEMCALRecoUtils::SmearClusterEnergy(AliVCluster* cluster) {
 434
 435   //In case of MC analysis, smear energy to match resolution/calibration in real data
 436
 437   if(!cluster){
 438     AliInfo("Cluster pointer null!");
 439     return 0;
 440   }
 441
 442   Float_t energy    = cluster->E() ;
 443   Float_t rdmEnergy = energy ;
 444   if(fSmearClusterEnergy){
 445     rdmEnergy = fRandom.Gaus(energy,fSmearClusterParam[0] * TMath::Sqrt(energy) +
 446                                     fSmearClusterParam[1] * energy +
 447                                     fSmearClusterParam[2] );
 448     AliDebug(2, Form("Energy: original %f, smeared %f\n", energy, rdmEnergy));
 449   }
 450
 451   return rdmEnergy ;
 452
 453 }
 454
 455 //__________________________________________________
 456 Float_t AliEMCALRecoUtils::CorrectClusterEnergyLinearity(AliVCluster* cluster){
 457 // Correct cluster energy from non linearity functions
 458
 459   if(!cluster){
 460     AliInfo("Cluster pointer null!");
 461     return 0;
 462   }
 463
 464   Float_t energy = cluster->E();
 465
 466   switch (fNonLinearityFunction) {
 467
 468     case kPi0MC:
 469     {
 470       //Non-Linearity correction (from MC with function ([0]*exp(-[1]/E))+(([2]/([3]*2.*TMath::Pi())*exp(-(E-[4])^2/(2.*[3]^2)))))
 471       //Double_t fNonLinearityParams[0] = 1.014;
 472       //Double_t fNonLinearityParams[1] = -0.03329;
 473       //Double_t fNonLinearityParams[2] = -0.3853;
 474       //Double_t fNonLinearityParams[3] = 0.5423;
 475       //Double_t fNonLinearityParams[4] = -0.4335;
 476        energy *= (fNonLinearityParams[0]*exp(-fNonLinearityParams[1]/energy))+
 477                   ((fNonLinearityParams[2]/(fNonLinearityParams[3]*2.*TMath::Pi())*
 478                     exp(-(energy-fNonLinearityParams[4])*(energy-fNonLinearityParams[4])/(2.*fNonLinearityParams[3]*fNonLinearityParams[3]))));
 479       break;
 480     }
 481
 482     case kPi0GammaGamma:
 483     {
 484       //Non-Linearity correction (from Olga Data with function p0+p1*exp(-p2*E))
 485       //Double_t fNonLinearityParams[0] = 1.04;
 486       //Double_t fNonLinearityParams[1] = -0.1445;
 487       //Double_t fNonLinearityParams[2] = 1.046;
 488       energy /= (fNonLinearityParams[0]+fNonLinearityParams[1]*exp(-fNonLinearityParams[2]*energy)); //Olga function
 489       break;
 490     }
 491
 492     case kPi0GammaConversion:
 493     {
 494       //Non-Linearity correction (Nicolas from Dimitri Data with function C*[1-a*exp(-b*E)])
 495       //fNonLinearityParams[0] = 0.139393/0.1349766;
 496       //fNonLinearityParams[1] = 0.0566186;
 497       //fNonLinearityParams[2] = 0.982133;
 498       energy /= fNonLinearityParams[0]*(1-fNonLinearityParams[1]*exp(-fNonLinearityParams[2]*energy));
 499
 500       break;
 501     }
 502
 503     case kBeamTest:
 504     {
 505       //From beam test, Alexei's results, for different ZS thresholds
 506       //                        th=30 MeV; th = 45 MeV; th = 75 MeV
 507       //fNonLinearityParams[0] = 1.007;      1.003;      1.002
 508       //fNonLinearityParams[1] = 0.894;      0.719;      0.797
 509       //fNonLinearityParams[2] = 0.246;      0.334;      0.358
 510       //Rescale the param[0] with 1.03
 511       energy /= fNonLinearityParams[0]/(1+fNonLinearityParams[1]*exp(-energy/fNonLinearityParams[2]));
 512
 513       break;
 514     }
 515
 516     case kBeamTestCorrected:
 517     {
 518       //From beam test, corrected for material between beam and EMCAL
 519       //fNonLinearityParams[0] =  0.99078
 520       //fNonLinearityParams[1] =  0.161499;
 521       //fNonLinearityParams[2] =  0.655166;
 522       //fNonLinearityParams[3] =  0.134101;
 523       //fNonLinearityParams[4] =  163.282;
 524       //fNonLinearityParams[5] =  23.6904;
 525       //fNonLinearityParams[6] =  0.978;
 526         energy *= fNonLinearityParams[6]/(fNonLinearityParams[0]*(1./(1.+fNonLinearityParams[1]*exp(-energy/fNonLinearityParams[2]))*1./(1.+fNonLinearityParams[3]*exp((energy-fNonLinearityParams[4])/fNonLinearityParams[5]))));
 527
 528       break;
 529     }
 530
 531     case kNoCorrection:
 532       AliDebug(2,"No correction on the energy\n");
 533       break;
 534
 535   }
 536
 537   return energy;
 538
 539 }
 540 //__________________________________________________
 541 void AliEMCALRecoUtils::InitNonLinearityParam()
 542 {
 543         //Initialising Non Linearity Parameters
 544
 545         if(fNonLinearityFunction == kPi0MC)
 546                 {
 547                         fNonLinearityParams[0] = 1.014;
 548       fNonLinearityParams[1] = -0.03329;
 549       fNonLinearityParams[2] = -0.3853;
 550       fNonLinearityParams[3] = 0.5423;
 551       fNonLinearityParams[4] = -0.4335;
 552                 }
 553
 554         if(fNonLinearityFunction == kPi0GammaGamma)
 555                 {
 556                         fNonLinearityParams[0] = 1.04;
 557                         fNonLinearityParams[1] = -0.1445;
 558                         fNonLinearityParams[2] = 1.046;
 559                 }
 560
 561         if(fNonLinearityFunction == kPi0GammaConversion)
 562                 {
 563       fNonLinearityParams[0] = 0.139393;
 564       fNonLinearityParams[1] = 0.0566186;
 565       fNonLinearityParams[2] = 0.982133;
 566                 }
 567
 568         if(fNonLinearityFunction == kBeamTest)
 569                 {
 570                         if(fNonLinearThreshold == 30)
 571                         {
 572                                 fNonLinearityParams[0] = 1.007;
 573                                 fNonLinearityParams[1] = 0.894;
 574                                 fNonLinearityParams[2] = 0.246;
 575                         }
 576                         if(fNonLinearThreshold == 45)
 577                         {
 578                                 fNonLinearityParams[0] = 1.003;
 579                                 fNonLinearityParams[1] = 0.719;
 580                                 fNonLinearityParams[2] = 0.334;
 581                         }
 582                         if(fNonLinearThreshold == 75)
 583                         {
 584                                 fNonLinearityParams[0] = 1.002;
 585                                 fNonLinearityParams[1] = 0.797;
 586                                 fNonLinearityParams[2] = 0.358;
 587                         }
 588                 }
 589
 590         if(fNonLinearityFunction == kBeamTestCorrected)
 591                 {
 592                         fNonLinearityParams[0] =  0.99078;
 593                         fNonLinearityParams[1] =  0.161499;
 594                         fNonLinearityParams[2] =  0.655166;
 595                         fNonLinearityParams[3] =  0.134101;
 596                         fNonLinearityParams[4] =  163.282;
 597                         fNonLinearityParams[5] =  23.6904;
 598                         fNonLinearityParams[6] =  0.978;
 599                 }
 600 }
 601
 602 //__________________________________________________
 603 Float_t  AliEMCALRecoUtils::GetDepth(const Float_t energy, const Int_t iParticle, const Int_t iSM) const
 604 {
 605   //Calculate shower depth for a given cluster energy and particle type
 606
 607   // parameters
 608   Float_t x0    = 1.31;
 609   Float_t ecr   = 8;
 610   Float_t depth = 0;
 611
 612   switch ( iParticle )
 613   {
 614     case kPhoton:
 615       depth = x0 * (TMath::Log(energy*1000/ ecr) + 0.5); //Multiply energy by 1000 to transform to MeV
 616       break;
 617
 618     case kElectron:
 619       depth = x0 * (TMath::Log(energy*1000/ ecr) - 0.5); //Multiply energy by 1000 to transform to MeV
 620       break;
 621
 622     case kHadron:
 623       // hadron
 624       // boxes anc. here
 625       if(gGeoManager){
 626         gGeoManager->cd("ALIC_1/XEN1_1");
 627         TGeoNode        *geoXEn1    = gGeoManager->GetCurrentNode();
 628         TGeoNodeMatrix  *geoSM      = dynamic_cast<TGeoNodeMatrix *>(geoXEn1->GetDaughter(iSM));
 629         if(geoSM){
 630           TGeoVolume      *geoSMVol   = geoSM->GetVolume();
 631           TGeoShape       *geoSMShape = geoSMVol->GetShape();
 632           TGeoBBox        *geoBox     = dynamic_cast<TGeoBBox *>(geoSMShape);
 633           if(geoBox) depth = 0.5 * geoBox->GetDX()*2 ;
 634           else AliFatal("Null GEANT box");
 635         }else AliFatal("NULL  GEANT node matrix");
 636       }
 637       else{//electron
 638         depth = x0 * (TMath::Log(energy*1000 / ecr)  - 0.5); //Multiply energy by 1000 to transform to MeV
 639       }
 640
 641       break;
 642
 643     default://photon
 644       depth = x0 * (TMath::Log(energy*1000 / ecr) + 0.5); //Multiply energy by 1000 to transform to MeV
 645   }
 646
 647   return depth;
 648
 649 }
 650
 651 //__________________________________________________
 652 void AliEMCALRecoUtils::GetMaxEnergyCell(AliEMCALGeometry *geom, AliVCaloCells* cells, AliVCluster* clu,
 653                                          Int_t & absId,  Int_t& iSupMod, Int_t& ieta, Int_t& iphi, Bool_t &shared)
 654 {
 655   //For a given CaloCluster gets the absId of the cell
 656   //with maximum energy deposit.
 657
 658   Double_t eMax        = -1.;
 659   Double_t eCell       = -1.;
 660   Float_t  fraction    = 1.;
 661   Float_t  recalFactor = 1.;
 662   Int_t    cellAbsId   = -1 ;
 663
 664   Int_t iTower  = -1;
 665   Int_t iIphi   = -1;
 666   Int_t iIeta   = -1;
 667   Int_t iSupMod0= -1;
 668
 669   if(!clu){
 670     AliInfo("Cluster pointer null!");
 671     absId=-1; iSupMod0=-1, ieta = -1; iphi = -1; shared = -1;
 672     return;
 673   }
 674
 675   for (Int_t iDig=0; iDig< clu->GetNCells(); iDig++) {
 676     cellAbsId = clu->GetCellAbsId(iDig);
 677     fraction  = clu->GetCellAmplitudeFraction(iDig);
 678     //printf("a Cell %d, id, %d, amp %f, fraction %f\n",iDig,cellAbsId,cells->GetCellAmplitude(cellAbsId),fraction);
 679     if(fraction < 1e-4) fraction = 1.; // in case unfolding is off
 680     geom->GetCellIndex(cellAbsId,iSupMod,iTower,iIphi,iIeta);
 681     geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(iSupMod,iTower,iIphi, iIeta,iphi,ieta);
 682     if(iDig==0) iSupMod0=iSupMod;
 683     else if(iSupMod0!=iSupMod) {
 684       shared = kTRUE;
 685       //printf("AliEMCALRecoUtils::GetMaxEnergyCell() - SHARED CLUSTER\n");
 686     }
 687     if(IsRecalibrationOn()) {
 688       recalFactor = GetEMCALChannelRecalibrationFactor(iSupMod,ieta,iphi);
 689     }
 690     eCell  = cells->GetCellAmplitude(cellAbsId)*fraction*recalFactor;
 691     //printf("b Cell %d, id, %d, amp %f, fraction %f\n",iDig,cellAbsId,eCell,fraction);
 692     if(eCell > eMax)  {
 693       eMax  = eCell;
 694       absId = cellAbsId;
 695       //printf("\t new max: cell %d, e %f, ecell %f\n",maxId, eMax,eCell);
 696     }
 697   }// cell loop
 698
 699   //Get from the absid the supermodule, tower and eta/phi numbers
 700   geom->GetCellIndex(absId,iSupMod,iTower,iIphi,iIeta);
 701   //Gives SuperModule and Tower numbers
 702   geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(iSupMod,iTower,
 703                                          iIphi, iIeta,iphi,ieta);
 704   //printf("Max id %d, iSM %d, col %d, row %d\n",absId,iSupMod,ieta,iphi);
 705   //printf("Max end---\n");
 706
 707 }
 708
 709 //________________________________________________________________
 710 void AliEMCALRecoUtils::InitEMCALRecalibrationFactors(){
 711         //Init EMCAL recalibration factors
 712         AliDebug(2,"AliCalorimeterUtils::InitEMCALRecalibrationFactors()");
 713         //In order to avoid rewriting the same histograms
 714         Bool_t oldStatus = TH1::AddDirectoryStatus();
 715         TH1::AddDirectory(kFALSE);
 716
 717         fEMCALRecalibrationFactors = new TObjArray(10);
 718         for (int i = 0; i < 10; i++) fEMCALRecalibrationFactors->Add(new TH2F(Form("EMCALRecalFactors_SM%d",i),Form("EMCALRecalFactors_SM%d",i),  48, 0, 48, 24, 0, 24));
 719         //Init the histograms with 1
 720         for (Int_t sm = 0; sm < 10; sm++) {
 721                 for (Int_t i = 0; i < 48; i++) {
 722                         for (Int_t j = 0; j < 24; j++) {
 723                                 SetEMCALChannelRecalibrationFactor(sm,i,j,1.);
 724                         }
 725                 }
 726         }
 727         fEMCALRecalibrationFactors->SetOwner(kTRUE);
 728         fEMCALRecalibrationFactors->Compress();
 729
 730         //In order to avoid rewriting the same histograms
 731         TH1::AddDirectory(oldStatus);
 732 }
 733
 734 //________________________________________________________________
 735 void AliEMCALRecoUtils::InitEMCALTimeRecalibrationFactors(){
 736         //Init EMCAL recalibration factors
 737         AliDebug(2,"AliCalorimeterUtils::InitEMCALRecalibrationFactors()");
 738         //In order to avoid rewriting the same histograms
 739         Bool_t oldStatus = TH1::AddDirectoryStatus();
 740         TH1::AddDirectory(kFALSE);
 741
 742         fEMCALTimeRecalibrationFactors = new TObjArray(4);
 743         for (int i = 0; i < 4; i++)
 744     fEMCALTimeRecalibrationFactors->Add(new TH1F(Form("hAllTimeAvBC%d",i),
 745                                                  Form("hAllTimeAvBC%d",i),
 746                                                  48*24*10,0.,48*24*10)          );
 747         //Init the histograms with 1
 748         for (Int_t bc = 0; bc < 4; bc++) {
 749                         for (Int_t i = 0; i < 48*24*10; i++)
 750         SetEMCALChannelTimeRecalibrationFactor(bc,i,0.);
 751   }
 752
 753         fEMCALTimeRecalibrationFactors->SetOwner(kTRUE);
 754         fEMCALTimeRecalibrationFactors->Compress();
 755
 756         //In order to avoid rewriting the same histograms
 757         TH1::AddDirectory(oldStatus);
 758 }
 759
 760 //________________________________________________________________
 761 void AliEMCALRecoUtils::InitEMCALBadChannelStatusMap(){
 762         //Init EMCAL bad channels map
 763         AliDebug(2,"AliEMCALRecoUtils::InitEMCALBadChannelStatusMap()");
 764         //In order to avoid rewriting the same histograms
 765         Bool_t oldStatus = TH1::AddDirectoryStatus();
 766         TH1::AddDirectory(kFALSE);
 767
 768         fEMCALBadChannelMap = new TObjArray(10);
 769         //TH2F * hTemp = new  TH2I("EMCALBadChannelMap","EMCAL SuperModule bad channel map", 48, 0, 48, 24, 0, 24);
 770         for (int i = 0; i < 10; i++) {
 771                 fEMCALBadChannelMap->Add(new TH2I(Form("EMCALBadChannelMap_Mod%d",i),Form("EMCALBadChannelMap_Mod%d",i), 48, 0, 48, 24, 0, 24));
 772         }
 773
 774         fEMCALBadChannelMap->SetOwner(kTRUE);
 775         fEMCALBadChannelMap->Compress();
 776
 777         //In order to avoid rewriting the same histograms
 778         TH1::AddDirectory(oldStatus);
 779 }
 780
 781 //________________________________________________________________
 782 void AliEMCALRecoUtils::RecalibrateClusterEnergy(AliEMCALGeometry* geom, AliVCluster * cluster, AliVCaloCells * cells, const Int_t bc){
 783         // Recalibrate the cluster energy and Time, considering the recalibration map
 784   // and the energy of the cells and time that compose the cluster.
 785   // bc= bunch crossing number returned by esdevent->GetBunchCrossNumber();
 786
 787   if(!cluster){
 788     AliInfo("Cluster pointer null!");
 789     return;
 790   }
 791
 792         //Get the cluster number of cells and list of absId, check what kind of cluster do we have.
 793         UShort_t * index    = cluster->GetCellsAbsId() ;
 794         Double_t * fraction = cluster->GetCellsAmplitudeFraction() ;
 795         Int_t ncells = cluster->GetNCells();
 796
 797         //Initialize some used variables
 798         Float_t energy = 0;
 799         Int_t   absId  =-1;
 800   Int_t   icol   =-1, irow =-1, imod=1;
 801         Float_t factor = 1, frac = 0;
 802   Int_t   absIdMax = -1;
 803   Float_t emax     = 0;
 804
 805         //Loop on the cells, get the cell amplitude and recalibration factor, multiply and and to the new energy
 806         for(Int_t icell = 0; icell < ncells; icell++){
 807                 absId = index[icell];
 808                 frac =  fraction[icell];
 809                 if(frac < 1e-5) frac = 1; //in case of EMCAL, this is set as 0 since unfolding is off
 810
 811     if(!fCellsRecalibrated && IsRecalibrationOn()){
 812
 813       // Energy
 814       Int_t iTower = -1, iIphi = -1, iIeta = -1;
 815       geom->GetCellIndex(absId,imod,iTower,iIphi,iIeta);
 816       if(fEMCALRecalibrationFactors->GetEntries() <= imod) continue;
 817       geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(imod,iTower,iIphi, iIeta,irow,icol);
 818       factor = GetEMCALChannelRecalibrationFactor(imod,icol,irow);
 819
 820       AliDebug(2,Form("AliEMCALRecoUtils::RecalibrateClusterEnergy - recalibrate cell: module %d, col %d, row %d, cell fraction %f,recalibration factor %f, cell energy %f\n",
 821                       imod,icol,irow,frac,factor,cells->GetCellAmplitude(absId)));
 822
 823     }
 824
 825                 energy += cells->GetCellAmplitude(absId)*factor*frac;
 826
 827     if(emax < cells->GetCellAmplitude(absId)*factor*frac){
 828       emax     = cells->GetCellAmplitude(absId)*factor*frac;
 829       absIdMax = absId;
 830     }
 831
 832         }
 833
 834   cluster->SetE(energy);
 835
 836   AliDebug(2,Form("AliEMCALRecoUtils::RecalibrateClusterEnergy - Energy before %f, after %f\n",cluster->E(),energy));
 837
 838         // Recalculate time of cluster only for ESDs
 839   if(!strcmp("AliESDCaloCluster",Form("%s",cluster->ClassName()))){
 840
 841     // Time
 842     Double_t weightedTime = 0;
 843     Double_t weight       = 0;
 844     Double_t weightTot    = 0;
 845     Double_t maxcellTime  = 0;
 846     for(Int_t icell = 0; icell < ncells; icell++){
 847       absId = index[icell];
 848       frac =  fraction[icell];
 849       if(frac < 1e-5) frac = 1; //in case of EMCAL, this is set as 0 since unfolding is off
 850
 851       Double_t celltime = cells->GetCellTime(absId);
 852       RecalibrateCellTime(absId, bc, celltime);
 853       if(absId == absIdMax) maxcellTime = celltime;
 854
 855       if(!fCellsRecalibrated){
 856
 857         Int_t iTower = -1, iIphi = -1, iIeta = -1;
 858         geom->GetCellIndex(absId,imod,iTower,iIphi,iIeta);
 859         if(fEMCALRecalibrationFactors->GetEntries() <= imod) continue;
 860         geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(imod,iTower,iIphi, iIeta,irow,icol);
 861         factor = GetEMCALChannelRecalibrationFactor(imod,icol,irow);
 862
 863         AliDebug(2,Form("AliEMCALRecoUtils::RecalibrateClusterEnergy - recalibrate cell: module %d, col %d, row %d, cell fraction %f,recalibration factor %f, cell energy %f\n",
 864                         imod,icol,irow,frac,factor,cells->GetCellTime(absId)));
 865
 866       }
 867
 868       weight        = GetCellWeight(cells->GetCellAmplitude(absId)*factor*frac , energy );
 869       weightTot    += weight;
 870       weightedTime += celltime * weight;
 871
 872     }
 873
 874     if(weightTot > 0)
 875       cluster->SetTOF(weightedTime/weightTot);
 876     else
 877       cluster->SetTOF(maxcellTime);
 878
 879   }
 880 }
 881
 882 //________________________________________________________________
 883 void AliEMCALRecoUtils::RecalibrateCells(AliEMCALGeometry* geom, AliVCaloCells * cells, Int_t bc){
 884         // Recalibrate the cells time and energy, considering the recalibration map and the energy
 885   // of the cells that compose the cluster.
 886   // bc= bunch crossing number returned by esdevent->GetBunchCrossNumber();
 887
 888   if(!IsRecalibrationOn()) return;
 889
 890   if(!cells){
 891     AliInfo("Cells pointer null!");
 892     return;
 893   }
 894
 895   fCellsRecalibrated = kTRUE;
 896
 897   Int_t absId  =-1;
 898   Int_t icol   =-1, irow  =-1, imod  = 1;
 899   Int_t iTower =-1, iIeta =-1, iIphi =-1;
 900
 901   Int_t nEMcell = cells->GetNumberOfCells() ;
 902
 903   for (Int_t iCell = 0; iCell < nEMcell; iCell++) {
 904
 905     absId = cells->GetCellNumber(iCell);
 906
 907     // Energy
 908     Float_t factor = 1;
 909     if(IsRecalibrationOn()){
 910       geom->GetCellIndex(absId,imod,iTower,iIphi,iIeta);
 911       if(fEMCALRecalibrationFactors->GetEntries() <= imod) continue;
 912       geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(imod,iTower,iIphi, iIeta,irow,icol);
 913       factor = GetEMCALChannelRecalibrationFactor(imod,icol,irow);
 914                 }
 915
 916     Float_t cellE      = cells->GetAmplitude(iCell) * factor ;
 917
 918     //Time
 919     Double_t celltime = cells->GetCellTime(absId);
 920     RecalibrateCellTime(absId, bc, celltime);
 921
 922     //Set new values
 923     cells->SetCell(iCell,cells->GetCellNumber(iCell),cellE, celltime);
 924
 925   }
 926
 927 }
 928
 929 //________________________________________________________________
 930 void AliEMCALRecoUtils::RecalibrateCellTime(const Int_t absId, const Int_t bc, Double_t & celltime){
 931         // Recalibrate time of cell with absID  considering the recalibration map
 932   // bc= bunch crossing number returned by esdevent->GetBunchCrossNumber();
 933
 934   if(!fCellsRecalibrated && IsTimeRecalibrationOn()){
 935 //    printf("cell time org %g, ",celltime);
 936
 937     Double_t timeBCoffset = 0.;
 938     if( bc%4 ==0 || bc%4==1) timeBCoffset = 100.*1.e-9; //in ns
 939
 940     Double_t celloffset = GetEMCALChannelTimeRecalibrationFactor(bc%4,absId)*1.e-9;
 941
 942 //    printf("absId %d, time %f bc %d-%d: bc0 %f, bc1 %f, bc2 %f, bc3 %f \n", absId, celltime*1.e9,bc, bc%4,
 943 //           GetEMCALChannelTimeRecalibrationFactor(0,absId),GetEMCALChannelTimeRecalibrationFactor(1,absId),
 944 //           GetEMCALChannelTimeRecalibrationFactor(2,absId),GetEMCALChannelTimeRecalibrationFactor(3,absId));
 945
 946     celltime -= timeBCoffset ;
 947     celltime -= celloffset   ;
 948 //    printf("new %g\n",celltime);
 949   }
 950
 951 }
 952
 953 //__________________________________________________
 954 void AliEMCALRecoUtils::RecalculateClusterPosition(AliEMCALGeometry *geom, AliVCaloCells* cells, AliVCluster* clu)
 955 {
 956   //For a given CaloCluster recalculates the position for a given set of misalignment shifts and puts it again in the CaloCluster.
 957
 958   if(!clu){
 959     AliInfo("Cluster pointer null!");
 960     return;
 961   }
 962
 963   if     (fPosAlgo==kPosTowerGlobal) RecalculateClusterPositionFromTowerGlobal( geom, cells, clu);
 964   else if(fPosAlgo==kPosTowerIndex)  RecalculateClusterPositionFromTowerIndex ( geom, cells, clu);
 965   else   AliDebug(2,"Algorithm to recalculate position not selected, do nothing.");
 966
 967 }
 968
 969 //__________________________________________________
 970 void AliEMCALRecoUtils::RecalculateClusterPositionFromTowerGlobal(AliEMCALGeometry *geom, AliVCaloCells* cells, AliVCluster* clu)
 971 {
 972   // For a given CaloCluster recalculates the position for a given set of misalignment shifts and puts it again in the CaloCluster.
 973   // The algorithm is a copy of what is done in AliEMCALRecPoint
 974
 975   Double_t eCell       = 0.;
 976   Float_t  fraction    = 1.;
 977   Float_t  recalFactor = 1.;
 978
 979   Int_t    absId   = -1;
 980   Int_t    iTower  = -1, iIphi  = -1, iIeta  = -1;
 981   Int_t    iSupModMax = -1, iSM=-1, iphi   = -1, ieta   = -1;
 982   Float_t  weight = 0.,  totalWeight=0.;
 983   Float_t  newPos[3] = {0,0,0};
 984   Double_t pLocal[3], pGlobal[3];
 985   Bool_t shared = kFALSE;
 986
 987   Float_t  clEnergy = clu->E(); //Energy already recalibrated previously
 988   GetMaxEnergyCell(geom, cells, clu, absId,  iSupModMax, ieta, iphi,shared);
 989   Double_t depth = GetDepth(clEnergy,fParticleType,iSupModMax) ;
 990
 991   //printf("** Cluster energy %f, ncells %d, depth %f\n",clEnergy,clu->GetNCells(),depth);
 992
 993   for (Int_t iDig=0; iDig< clu->GetNCells(); iDig++) {
 994
 995       absId = clu->GetCellAbsId(iDig);
 996       fraction  = clu->GetCellAmplitudeFraction(iDig);
 997       if(fraction < 1e-4) fraction = 1.; // in case unfolding is off
 998
 999     if(!fCellsRecalibrated){
1000
1001       geom->GetCellIndex(absId,iSM,iTower,iIphi,iIeta);
1002       geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(iSM,iTower,iIphi, iIeta,iphi,ieta);
1003
1004       if(IsRecalibrationOn()) {
1005         recalFactor = GetEMCALChannelRecalibrationFactor(iSM,ieta,iphi);
1006       }
1007     }
1008
1009     eCell  = cells->GetCellAmplitude(absId)*fraction*recalFactor;
1010
1011     weight = GetCellWeight(eCell,clEnergy);
1012     totalWeight += weight;
1013
1014     geom->RelPosCellInSModule(absId,depth,pLocal[0],pLocal[1],pLocal[2]);
1015     //printf("pLocal (%f,%f,%f), SM %d, absId %d\n",pLocal[0],pLocal[1],pLocal[2],iSupModMax,absId);
1016     geom->GetGlobal(pLocal,pGlobal,iSupModMax);
1017     //printf("pLocal (%f,%f,%f)\n",pGlobal[0],pGlobal[1],pGlobal[2]);
1018
1019     for(int i=0; i<3; i++ ) newPos[i] += (weight*pGlobal[i]);
1020
1021   }// cell loop
1022
1023   if(totalWeight>0){
1024     for(int i=0; i<3; i++ )    newPos[i] /= totalWeight;
1025   }
1026
1027   //Float_t pos[]={0,0,0};
1028   //clu->GetPosition(pos);
1029   //printf("OldPos  : %2.3f,%2.3f,%2.3f\n",pos[0],pos[1],pos[2]);
1030   //printf("NewPos  : %2.3f,%2.3f,%2.3f\n",newPos[0],newPos[1],newPos[2]);
1031
1032         if(iSupModMax > 1) {//sector 1
1033           newPos[0] +=fMisalTransShift[3];//-=3.093;
1034           newPos[1] +=fMisalTransShift[4];//+=6.82;
1035           newPos[2] +=fMisalTransShift[5];//+=1.635;
1036     //printf("   +    : %2.3f,%2.3f,%2.3f\n",fMisalTransShift[3],fMisalTransShift[4],fMisalTransShift[5]);
1037
1038         }
1039         else {//sector 0
1040           newPos[0] +=fMisalTransShift[0];//+=1.134;
1041           newPos[1] +=fMisalTransShift[1];//+=8.2;
1042           newPos[2] +=fMisalTransShift[2];//+=1.197;
1043     //printf("   +    : %2.3f,%2.3f,%2.3f\n",fMisalTransShift[0],fMisalTransShift[1],fMisalTransShift[2]);
1044
1045         }
1046   //printf("NewPos : %2.3f,%2.3f,%2.3f\n",newPos[0],newPos[1],newPos[2]);
1047
1048   clu->SetPosition(newPos);
1049
1050 }
1051
1052 //__________________________________________________
1053 void AliEMCALRecoUtils::RecalculateClusterPositionFromTowerIndex(AliEMCALGeometry *geom, AliVCaloCells* cells, AliVCluster* clu)
1054 {
1055   // For a given CaloCluster recalculates the position for a given set of misalignment shifts and puts it again in the CaloCluster.
1056   // The algorithm works with the tower indeces, averages the indeces and from them it calculates the global position
1057
1058   Double_t eCell       = 1.;
1059   Float_t  fraction    = 1.;
1060   Float_t  recalFactor = 1.;
1061
1062   Int_t absId   = -1;
1063   Int_t iTower  = -1;
1064   Int_t iIphi   = -1, iIeta   = -1;
1065         Int_t iSupMod = -1, iSupModMax = -1;
1066   Int_t iphi = -1, ieta =-1;
1067   Bool_t shared = kFALSE;
1068
1069   Float_t clEnergy = clu->E(); //Energy already recalibrated previously.
1070   GetMaxEnergyCell(geom, cells, clu, absId,  iSupModMax, ieta, iphi,shared);
1071   Float_t  depth = GetDepth(clEnergy,fParticleType,iSupMod) ;
1072
1073   Float_t weight = 0., weightedCol = 0., weightedRow = 0., totalWeight=0.;
1074   Bool_t areInSameSM = kTRUE; //exclude clusters with cells in different SMs for now
1075   Int_t startingSM = -1;
1076
1077   for (Int_t iDig=0; iDig< clu->GetNCells(); iDig++) {
1078     absId = clu->GetCellAbsId(iDig);
1079     fraction  = clu->GetCellAmplitudeFraction(iDig);
1080     if(fraction < 1e-4) fraction = 1.; // in case unfolding is off
1081
1082     if     (iDig==0)  startingSM = iSupMod;
1083     else if(iSupMod != startingSM) areInSameSM = kFALSE;
1084
1085     eCell  = cells->GetCellAmplitude(absId);
1086
1087     geom->GetCellIndex(absId,iSupMod,iTower,iIphi,iIeta);
1088     geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(iSupMod,iTower,iIphi, iIeta,iphi,ieta);
1089
1090     if(!fCellsRecalibrated){
1091
1092       if(IsRecalibrationOn()) {
1093
1094         recalFactor = GetEMCALChannelRecalibrationFactor(iSupMod,ieta,iphi);
1095
1096       }
1097     }
1098
1099     eCell  = cells->GetCellAmplitude(absId)*fraction*recalFactor;
1100
1101     weight = GetCellWeight(eCell,clEnergy);
1102     if(weight < 0) weight = 0;
1103     totalWeight += weight;
1104     weightedCol += ieta*weight;
1105     weightedRow += iphi*weight;
1106
1107     //printf("Max cell? cell %d, amplitude org %f, fraction %f, recalibration %f, amplitude new %f \n",cellAbsId, cells->GetCellAmplitude(cellAbsId), fraction, recalFactor, eCell) ;
1108
1109     }// cell loop
1110
1111   Float_t xyzNew[]={0.,0.,0.};
1112   if(areInSameSM == kTRUE) {
1113     //printf("In Same SM\n");
1114     weightedCol = weightedCol/totalWeight;
1115     weightedRow = weightedRow/totalWeight;
1116     geom->RecalculateTowerPosition(weightedRow, weightedCol, iSupModMax, depth, fMisalTransShift, fMisalRotShift, xyzNew);
1117   }
1118   else {
1119     //printf("In Different SM\n");
1120     geom->RecalculateTowerPosition(iphi,        ieta,        iSupModMax, depth, fMisalTransShift, fMisalRotShift, xyzNew);
1121   }
1122
1123   clu->SetPosition(xyzNew);
1124
1125 }
1126
1127 //____________________________________________________________________________
1128 void AliEMCALRecoUtils::RecalculateClusterDistanceToBadChannel(AliEMCALGeometry * geom, AliVCaloCells* cells, AliVCluster * cluster){
1129
1130   //re-evaluate distance to bad channel with updated bad map
1131
1132   if(!fRecalDistToBadChannels) return;
1133
1134   if(!cluster){
1135     AliInfo("Cluster pointer null!");
1136     return;
1137   }
1138
1139         //Get channels map of the supermodule where the cluster is.
1140   Int_t absIdMax        = -1, iSupMod =-1, icolM = -1, irowM = -1;
1141   Bool_t shared = kFALSE;
1142   GetMaxEnergyCell(geom, cells, cluster, absIdMax,  iSupMod, icolM, irowM, shared);
1143   TH2D* hMap  = (TH2D*)fEMCALBadChannelMap->At(iSupMod);
1144
1145   Int_t dRrow, dRcol;
1146         Float_t  minDist = 10000.;
1147         Float_t  dist    = 0.;
1148
1149   //Loop on tower status map
1150         for(Int_t irow = 0; irow < AliEMCALGeoParams::fgkEMCALRows; irow++){
1151                 for(Int_t icol = 0; icol < AliEMCALGeoParams::fgkEMCALCols; icol++){
1152                         //Check if tower is bad.
1153                         if(hMap->GetBinContent(icol,irow)==0) continue;
1154       //printf("AliEMCALRecoUtils::RecalculateDistanceToBadChannels() - \n \t Bad channel in SM %d, col %d, row %d, \n \t Cluster max in col %d, row %d\n",
1155       //       iSupMod,icol, irow, icolM,irowM);
1156
1157       dRrow=TMath::Abs(irowM-irow);
1158       dRcol=TMath::Abs(icolM-icol);
1159       dist=TMath::Sqrt(dRrow*dRrow+dRcol*dRcol);
1160                         if(dist < minDist){
1161         //printf("MIN DISTANCE TO BAD %2.2f\n",dist);
1162         minDist = dist;
1163       }
1164
1165                 }
1166         }
1167
1168         //In case the cluster is shared by 2 SuperModules, need to check the map of the second Super Module
1169         if (shared) {
1170                 TH2D* hMap2 = 0;
1171                 Int_t iSupMod2 = -1;
1172
1173                 //The only possible combinations are (0,1), (2,3) ... (8,9)
1174                 if(iSupMod%2) iSupMod2 = iSupMod-1;
1175                 else          iSupMod2 = iSupMod+1;
1176                 hMap2  = (TH2D*)fEMCALBadChannelMap->At(iSupMod2);
1177
1178                 //Loop on tower status map of second super module
1179                 for(Int_t irow = 0; irow < AliEMCALGeoParams::fgkEMCALRows; irow++){
1180                         for(Int_t icol = 0; icol < AliEMCALGeoParams::fgkEMCALCols; icol++){
1181                                 //Check if tower is bad.
1182                                 if(hMap2->GetBinContent(icol,irow)==0) continue;
1183                                 //printf("AliEMCALRecoUtils::RecalculateDistanceToBadChannels(shared) - \n \t Bad channel in SM %d, col %d, row %d \n \t Cluster max in SM %d, col %d, row %d\n",
1184           //     iSupMod2,icol, irow,iSupMod,icolM,irowM);
1185
1186         dRrow=TMath::Abs(irow-irowM);
1187
1188         if(iSupMod%2) {
1189                                   dRcol=TMath::Abs(icol-(AliEMCALGeoParams::fgkEMCALCols+icolM));
1190                                 }
1191         else {
1192           dRcol=TMath::Abs(AliEMCALGeoParams::fgkEMCALCols+icol-icolM);
1193                                 }
1194
1195                                 dist=TMath::Sqrt(dRrow*dRrow+dRcol*dRcol);
1196         if(dist < minDist) minDist = dist;
1197
1198                         }
1199                 }
1200
1201         }// shared cluster in 2 SuperModules
1202
1203   AliDebug(2,Form("Max cluster cell (SM,col,row)=(%d %d %d) - Distance to Bad Channel %2.2f",iSupMod, icolM, irowM, minDist));
1204   cluster->SetDistanceToBadChannel(minDist);
1205
1206 }
1207
1208 //____________________________________________________________________________
1209 void AliEMCALRecoUtils::RecalculateClusterPID(AliVCluster * cluster){
1210
1211   //re-evaluate identification parameters with bayesian
1212
1213   if(!cluster){
1214     AliInfo("Cluster pointer null!");
1215     return;
1216   }
1217
1218         if ( cluster->GetM02() != 0)
1219     fPIDUtils->ComputePID(cluster->E(),cluster->GetM02());
1220
1221   Float_t pidlist[AliPID::kSPECIESN+1];
1222         for(Int_t i = 0; i < AliPID::kSPECIESN+1; i++) pidlist[i] = fPIDUtils->GetPIDFinal(i);
1223
1224   cluster->SetPID(pidlist);
1225
1226 }
1227
1228 //____________________________________________________________________________
1229 void AliEMCALRecoUtils::RecalculateClusterShowerShapeParameters(AliEMCALGeometry * geom, AliVCaloCells* cells, AliVCluster * cluster)
1230 {
1231   // Calculates new center of gravity in the local EMCAL-module coordinates
1232   // and tranfers into global ALICE coordinates
1233   // Calculates Dispersion and main axis
1234
1235   if(!cluster){
1236     AliInfo("Cluster pointer null!");
1237     return;
1238   }
1239
1240   Int_t nstat  = 0;
1241   Float_t wtot = 0. ;
1242   Double_t eCell       = 0.;
1243   Float_t  fraction    = 1.;
1244   Float_t  recalFactor = 1.;
1245
1246   Int_t iSupMod = -1;
1247   Int_t iTower  = -1;
1248   Int_t iIphi   = -1;
1249   Int_t iIeta   = -1;
1250   Int_t iphi    = -1;
1251   Int_t ieta    = -1;
1252   Double_t etai = -1.;
1253   Double_t phii = -1.;
1254
1255   Double_t w     = 0.;
1256   Double_t d     = 0.;
1257   Double_t dxx   = 0.;
1258   Double_t dzz   = 0.;
1259   Double_t dxz   = 0.;
1260   Double_t xmean = 0.;
1261   Double_t zmean = 0.;
1262
1263   //Loop on cells
1264   for(Int_t iDigit=0; iDigit < cluster->GetNCells(); iDigit++) {
1265
1266     //Get from the absid the supermodule, tower and eta/phi numbers
1267     geom->GetCellIndex(cluster->GetCellAbsId(iDigit),iSupMod,iTower,iIphi,iIeta);
1268     geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(iSupMod,iTower,iIphi,iIeta, iphi,ieta);
1269
1270     //Get the cell energy, if recalibration is on, apply factors
1271     fraction  = cluster->GetCellAmplitudeFraction(iDigit);
1272     if(fraction < 1e-4) fraction = 1.; // in case unfolding is off
1273
1274     if(!fCellsRecalibrated){
1275
1276       if(IsRecalibrationOn()) {
1277         recalFactor = GetEMCALChannelRecalibrationFactor(iSupMod,ieta,iphi);
1278       }
1279
1280     }
1281
1282     eCell  = cells->GetCellAmplitude(cluster->GetCellAbsId(iDigit))*fraction*recalFactor;
1283
1284     if(cluster->E() > 0 && eCell > 0){
1285
1286       w  = GetCellWeight(eCell,cluster->E());
1287
1288       etai=(Double_t)ieta;
1289       phii=(Double_t)iphi;
1290       if(w > 0.0) {
1291         wtot += w ;
1292         nstat++;
1293         //Shower shape
1294         dxx  += w * etai * etai ;
1295         xmean+= w * etai ;
1296         dzz  += w * phii * phii ;
1297         zmean+= w * phii ;
1298         dxz  += w * etai * phii ;
1299       }
1300     }
1301     else
1302       AliError(Form("Wrong energy %f and/or amplitude %f\n", eCell, cluster->E()));
1303   }//cell loop
1304
1305   //Normalize to the weight
1306   if (wtot > 0) {
1307     xmean /= wtot ;
1308     zmean /= wtot ;
1309   }
1310   else
1311     AliError(Form("Wrong weight %f\n", wtot));
1312
1313   //Calculate dispersion
1314   for(Int_t iDigit=0; iDigit < cluster->GetNCells(); iDigit++) {
1315
1316     //Get from the absid the supermodule, tower and eta/phi numbers
1317     geom->GetCellIndex(cluster->GetCellAbsId(iDigit),iSupMod,iTower,iIphi,iIeta);
1318     geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(iSupMod,iTower,iIphi,iIeta, iphi,ieta);
1319
1320     //Get the cell energy, if recalibration is on, apply factors
1321     fraction  = cluster->GetCellAmplitudeFraction(iDigit);
1322     if(fraction < 1e-4) fraction = 1.; // in case unfolding is off
1323     if(IsRecalibrationOn()) {
1324       recalFactor = GetEMCALChannelRecalibrationFactor(iSupMod,ieta,iphi);
1325     }
1326     eCell  = cells->GetCellAmplitude(cluster->GetCellAbsId(iDigit))*fraction*recalFactor;
1327
1328     if(cluster->E() > 0 && eCell > 0){
1329
1330       w  = GetCellWeight(eCell,cluster->E());
1331
1332       etai=(Double_t)ieta;
1333       phii=(Double_t)iphi;
1334       if(w > 0.0)  d +=  w*((etai-xmean)*(etai-xmean)+(phii-zmean)*(phii-zmean));
1335     }
1336     else
1337       AliError(Form("Wrong energy %f and/or amplitude %f\n", eCell, cluster->E()));
1338   }// cell loop
1339
1340   //Normalize to the weigth and set shower shape parameters
1341   if (wtot > 0 && nstat > 1) {
1342     d /= wtot ;
1343     dxx /= wtot ;
1344     dzz /= wtot ;
1345     dxz /= wtot ;
1346     dxx -= xmean * xmean ;
1347     dzz -= zmean * zmean ;
1348     dxz -= xmean * zmean ;
1349     cluster->SetM02(0.5 * (dxx + dzz) + TMath::Sqrt( 0.25 * (dxx - dzz) * (dxx - dzz) + dxz * dxz ));
1350     cluster->SetM20(0.5 * (dxx + dzz) - TMath::Sqrt( 0.25 * (dxx - dzz) * (dxx - dzz) + dxz * dxz ));
1351   }
1352   else{
1353     d=0. ;
1354     cluster->SetM20(0.) ;
1355     cluster->SetM02(0.) ;
1356   }
1357
1358   if (d>=0)
1359     cluster->SetDispersion(TMath::Sqrt(d)) ;
1360   else
1361     cluster->SetDispersion(0) ;
1362 }
1363
1364 //____________________________________________________________________________
1365 void AliEMCALRecoUtils::FindMatches(AliVEvent *event,TObjArray * clusterArr,  AliEMCALGeometry *geom)
1366 {
1367   //This function should be called before the cluster loop
1368   //Before call this function, please recalculate the cluster positions
1369   //Given the input event, loop over all the tracks, select the closest cluster as matched with fCutR
1370   //Store matched cluster indexes and residuals
1371
1372   fMatchedTrackIndex->Reset();
1373   fMatchedClusterIndex->Reset();
1374   fResidualPhi->Reset();
1375   fResidualEta->Reset();
1376
1377   fMatchedTrackIndex->Set(500);
1378   fMatchedClusterIndex->Set(500);
1379   fResidualPhi->Set(500);
1380   fResidualEta->Set(500);
1381
1382   AliESDEvent* esdevent = dynamic_cast<AliESDEvent*> (event);
1383   AliAODEvent* aodevent = dynamic_cast<AliAODEvent*> (event);
1384
1385   Int_t    matched=0;
1386   Double_t cv[21];
1387   for (Int_t i=0; i<21;i++) cv[i]=0;
1388   for(Int_t itr=0; itr<event->GetNumberOfTracks(); itr++)
1389   {
1390     AliExternalTrackParam *trackParam = 0;
1391
1392     //If the input event is ESD, the starting point for extrapolation is TPCOut, if available, or TPCInner
1393     if(esdevent)
1394     {
1395       AliESDtrack *esdTrack = esdevent->GetTrack(itr);
1396       if(!esdTrack || !IsAccepted(esdTrack)) continue;
1397       if(esdTrack->Pt()<fCutMinTrackPt) continue;
1398       trackParam =  const_cast<AliExternalTrackParam*>(esdTrack->GetInnerParam());
1399     }
1400
1401     //If the input event is AOD, the starting point for extrapolation is at vertex
1402     //AOD tracks are selected according to its bit.
1403     else if(aodevent)
1404     {
1405       AliAODTrack *aodTrack = aodevent->GetTrack(itr);
1406       if(!aodTrack) continue;
1407       if(!aodTrack->TestFilterMask(fAODFilterMask)) continue; //Select AOD tracks that fulfill GetStandardITSTPCTrackCuts2010()
1408       if(aodTrack->Pt()<fCutMinTrackPt) continue;
1409       Double_t pos[3],mom[3];
1410       aodTrack->GetXYZ(pos);
1411       aodTrack->GetPxPyPz(mom);
1412       AliDebug(5,Form("aod track: i=%d | pos=(%5.4f,%5.4f,%5.4f) | mom=(%5.4f,%5.4f,%5.4f) | charge=%d\n",itr,pos[0],pos[1],pos[2],mom[0],mom[1],mom[2],aodTrack->Charge()));
1413       trackParam= new AliExternalTrackParam(pos,mom,cv,aodTrack->Charge());
1414     }
1415
1416     //Return if the input data is not "AOD" or "ESD"
1417     else
1418     {
1419       printf("Wrong input data type! Should be \"AOD\" or \"ESD\"\n");
1420       return;
1421     }
1422
1423     if(!trackParam) continue;
1424
1425     Float_t dRMax = fCutR, dEtaMax=fCutEta, dPhiMax=fCutPhi;
1426     Int_t index = -1;
1427     if(!clusterArr){// get clusters from event
1428       for(Int_t icl=0; icl<event->GetNumberOfCaloClusters(); icl++)
1429       {
1430         AliVCluster *cluster = (AliVCluster*) event->GetCaloCluster(icl);
1431         if(geom && !IsGoodCluster(cluster,geom,(AliVCaloCells*)event->GetEMCALCells())) continue;
1432         AliExternalTrackParam trkPamTmp(*trackParam);//Retrieve the starting point every time before the extrapolation
1433         Float_t tmpEta=-999, tmpPhi=-999;
1434         if(!ExtrapolateTrackToCluster(&trkPamTmp, cluster, tmpEta, tmpPhi)) continue;
1435         if(fCutEtaPhiSum)
1436         {
1437           Float_t tmpR=TMath::Sqrt(tmpEta*tmpEta + tmpPhi*tmpPhi);
1438           if(tmpR<dRMax)
1439           {
1440             dRMax=tmpR;
1441             dEtaMax=tmpEta;
1442             dPhiMax=tmpPhi;
1443             index=icl;
1444           }
1445         }
1446         else if(fCutEtaPhiSeparate)
1447         {
1448           if(TMath::Abs(tmpEta)<TMath::Abs(dEtaMax) && TMath::Abs(tmpPhi)<TMath::Abs(dPhiMax))
1449           {
1450             dEtaMax = tmpEta;
1451             dPhiMax = tmpPhi;
1452             index=icl;
1453           }
1454         }
1455         else
1456         {
1457           printf("Error: please specify your cut criteria\n");
1458           printf("To cut on sqrt(dEta^2+dPhi^2), use: SwitchOnCutEtaPhiSum()\n");
1459           printf("To cut on dEta and dPhi separately, use: SwitchOnCutEtaPhiSeparate()\n");
1460           if(aodevent && trackParam) delete trackParam;
1461           return;
1462         }
1463       }//cluster loop
1464     }
1465     else { // external cluster array, not from ESD event
1466       for(Int_t icl=0; icl<clusterArr->GetEntriesFast(); icl++)
1467       {
1468         AliVCluster *cluster = dynamic_cast<AliVCluster*> (clusterArr->At(icl)) ;
1469         if(!cluster){
1470           AliInfo("Cluster not found!!!");
1471           continue;
1472         }
1473         if(!cluster->IsEMCAL()) continue;
1474         AliExternalTrackParam trkPamTmp (*trackParam);//Retrieve the starting point every time before the extrapolation
1475         Float_t tmpEta=-999, tmpPhi=-999;
1476         if(!ExtrapolateTrackToCluster(&trkPamTmp, cluster, tmpEta, tmpPhi)) continue;
1477         if(fCutEtaPhiSum)
1478         {
1479           Float_t tmpR=TMath::Sqrt(tmpEta*tmpEta + tmpPhi*tmpPhi);
1480           if(tmpR<dRMax)
1481           {
1482             dRMax=tmpR;
1483             dEtaMax=tmpEta;
1484             dPhiMax=tmpPhi;
1485             index=icl;
1486           }
1487         }
1488         else if(fCutEtaPhiSeparate)
1489         {
1490           if(TMath::Abs(tmpEta)<TMath::Abs(dEtaMax) && TMath::Abs(tmpPhi)<TMath::Abs(dPhiMax))
1491           {
1492             dEtaMax = tmpEta;
1493             dPhiMax = tmpPhi;
1494             index=icl;
1495           }
1496         }
1497         else
1498         {
1499           printf("Error: please specify your cut criteria\n");
1500           printf("To cut on sqrt(dEta^2+dPhi^2), use: SwitchOnCutEtaPhiSum()\n");
1501           printf("To cut on dEta and dPhi separately, use: SwitchOnCutEtaPhiSeparate()\n");
1502           if(aodevent && trackParam) delete trackParam;
1503           return;
1504         }
1505       }//cluster loop
1506     }// external list of clusters
1507
1508     if(index>-1)
1509     {
1510       fMatchedTrackIndex  ->AddAt(itr,matched);
1511       fMatchedClusterIndex->AddAt(index,matched);
1512       fResidualEta          ->AddAt(dEtaMax,matched);
1513       fResidualPhi          ->AddAt(dPhiMax,matched);
1514       matched++;
1515     }
1516     if(aodevent && trackParam) delete trackParam;
1517   }//track loop
1518
1519   AliDebug(2,Form("Number of matched pairs = %d !\n",matched));
1520
1521   fMatchedTrackIndex  ->Set(matched);
1522   fMatchedClusterIndex->Set(matched);
1523   fResidualPhi          ->Set(matched);
1524   fResidualEta          ->Set(matched);
1525 }
1526
1527 //________________________________________________________________________________
1528 Int_t AliEMCALRecoUtils::FindMatchedCluster(AliESDtrack *track, AliVEvent *event, AliEMCALGeometry *geom)
1529 {
1530   //
1531   // This function returns the index of matched cluster to input track
1532   // Returns -1 if no match is found
1533
1534
1535   Float_t dRMax = fCutR, dEtaMax = fCutEta, dPhiMax = fCutPhi;
1536   Int_t index = -1;
1537
1538   AliExternalTrackParam *trackParam = const_cast<AliExternalTrackParam*>(track->GetInnerParam());
1539
1540   if(!trackParam) return index;
1541   for(Int_t icl=0; icl<event->GetNumberOfCaloClusters(); icl++)
1542   {
1543     AliVCluster *cluster = (AliVCluster*) event->GetCaloCluster(icl);
1544     if(geom && !IsGoodCluster(cluster,geom,(AliVCaloCells*)event->GetEMCALCells())) continue;
1545     AliExternalTrackParam trkPamTmp (*trackParam);//Retrieve the starting point every time before the extrapolation
1546     Float_t tmpEta=-999, tmpPhi=-999;
1547     if(!ExtrapolateTrackToCluster(&trkPamTmp, cluster, tmpEta, tmpPhi)) continue;
1548     if(fCutEtaPhiSum)
1549     {
1550       Float_t tmpR=TMath::Sqrt(tmpEta*tmpEta + tmpPhi*tmpPhi);
1551       if(tmpR<dRMax)
1552             {
1553               dRMax=tmpR;
1554               dEtaMax=tmpEta;
1555               dPhiMax=tmpPhi;
1556               index=icl;
1557             }
1558     }
1559     else if(fCutEtaPhiSeparate)
1560     {
1561       if(TMath::Abs(tmpEta)<TMath::Abs(dEtaMax) && TMath::Abs(tmpPhi)<TMath::Abs(dPhiMax))
1562             {
1563               dEtaMax = tmpEta;
1564               dPhiMax = tmpPhi;
1565               index=icl;
1566             }
1567     }
1568     else
1569     {
1570       printf("Error: please specify your cut criteria\n");
1571       printf("To cut on sqrt(dEta^2+dPhi^2), use: SwitchOnCutEtaPhiSum()\n");
1572       printf("To cut on dEta and dPhi separately, use: SwitchOnCutEtaPhiSeparate()\n");
1573       return -1;
1574     }
1575   }//cluster loop
1576   return index;
1577 }
1578
1579 //________________________________________________________________________________
1580 Bool_t  AliEMCALRecoUtils::ExtrapolateTrackToCluster(AliExternalTrackParam *trkParam, AliVCluster *cluster, Float_t &tmpEta, Float_t &tmpPhi)
1581 {
1582   //
1583   //Return the residual by extrapolating a track to a cluster
1584   //
1585   if(!trkParam || !cluster) return kFALSE;
1586   Float_t clsPos[3];
1587   Double_t trkPos[3];
1588   cluster->GetPosition(clsPos); //Has been recalculated
1589   TVector3 vec(clsPos[0],clsPos[1],clsPos[2]);
1590   Double_t alpha =  ((int)(vec.Phi()*TMath::RadToDeg()/20)+0.5)*20*TMath::DegToRad();
1591   vec.RotateZ(-alpha); //Rotate the cluster to the local extrapolation coordinate system
1592   if(!AliTrackerBase::PropagateTrackToBxByBz(trkParam, vec.X(), fMass, fStep,kTRUE, 0.8, -1)) return kFALSE;
1593   trkParam->GetXYZ(trkPos); //Get the extrapolated global position
1594
1595   TVector3 clsPosVec(clsPos[0],clsPos[1],clsPos[2]);
1596   TVector3 trkPosVec(trkPos[0],trkPos[1],trkPos[2]);
1597
1598   // track cluster matching
1599   tmpPhi = clsPosVec.DeltaPhi(trkPosVec); // tmpPhi is between -pi and pi
1600   tmpEta = clsPosVec.Eta()-trkPosVec.Eta();  // track cluster matching
1601
1602   return kTRUE;
1603 }
1604
1605 //________________________________________________________________________________
1606 void AliEMCALRecoUtils::GetMatchedResiduals(Int_t clsIndex, Float_t &dEta, Float_t &dPhi)
1607 {
1608   //Given a cluster index as in AliESDEvent::GetCaloCluster(clsIndex)
1609   //Get the residuals dEta and dPhi for this cluster to the closest track
1610   //Works with ESDs and AODs
1611
1612   if( FindMatchedPosForCluster(clsIndex) >= 999 )
1613   {
1614     AliDebug(2,"No matched tracks found!\n");
1615     dEta=999.;
1616     dPhi=999.;
1617     return;
1618   }
1619   dEta = fResidualEta->At(FindMatchedPosForCluster(clsIndex));
1620   dPhi = fResidualPhi->At(FindMatchedPosForCluster(clsIndex));
1621 }
1622 //________________________________________________________________________________
1623 void AliEMCALRecoUtils::GetMatchedClusterResiduals(Int_t trkIndex, Float_t &dEta, Float_t &dPhi)
1624 {
1625   //Given a track index as in AliESDEvent::GetTrack(trkIndex)
1626   //Get the residuals dEta and dPhi for this track to the closest cluster
1627   //Works with ESDs and AODs
1628
1629   if( FindMatchedPosForTrack(trkIndex) >= 999 )
1630   {
1631     AliDebug(2,"No matched cluster found!\n");
1632     dEta=999.;
1633     dPhi=999.;
1634     return;
1635   }
1636   dEta = fResidualEta->At(FindMatchedPosForTrack(trkIndex));
1637   dPhi = fResidualPhi->At(FindMatchedPosForTrack(trkIndex));
1638 }
1639
1640 //__________________________________________________________
1641 Int_t AliEMCALRecoUtils::GetMatchedTrackIndex(Int_t clsIndex)
1642 {
1643   //Given a cluster index as in AliESDEvent::GetCaloCluster(clsIndex)
1644   //Get the index of matched track to this cluster
1645   //Works with ESDs and AODs
1646
1647   if(IsClusterMatched(clsIndex))
1648     return fMatchedTrackIndex->At(FindMatchedPosForCluster(clsIndex));
1649   else
1650     return -1;
1651 }
1652
1653 //__________________________________________________________
1654 Int_t AliEMCALRecoUtils::GetMatchedClusterIndex(Int_t trkIndex)
1655 {
1656   //Given a track index as in AliESDEvent::GetTrack(trkIndex)
1657   //Get the index of matched cluster to this track
1658   //Works with ESDs and AODs
1659
1660   if(IsTrackMatched(trkIndex))
1661     return fMatchedClusterIndex->At(FindMatchedPosForTrack(trkIndex));
1662   else
1663     return -1;
1664 }
1665
1666 //__________________________________________________
1667 Bool_t AliEMCALRecoUtils::IsClusterMatched(Int_t clsIndex) const
1668 {
1669   //Given a cluster index as in AliESDEvent::GetCaloCluster(clsIndex)
1670   //Returns if the cluster has a match
1671   if(FindMatchedPosForCluster(clsIndex) < 999)
1672     return kTRUE;
1673   else
1674     return kFALSE;
1675 }
1676
1677 //__________________________________________________
1678 Bool_t AliEMCALRecoUtils::IsTrackMatched(Int_t trkIndex) const
1679 {
1680   //Given a track index as in AliESDEvent::GetTrack(trkIndex)
1681   //Returns if the track has a match
1682   if(FindMatchedPosForTrack(trkIndex) < 999)
1683     return kTRUE;
1684   else
1685     return kFALSE;
1686 }
1687
1688 //__________________________________________________________
1689 UInt_t AliEMCALRecoUtils::FindMatchedPosForCluster(Int_t clsIndex) const
1690 {
1691   //Given a cluster index as in AliESDEvent::GetCaloCluster(clsIndex)
1692   //Returns the position of the match in the fMatchedClusterIndex array
1693   Float_t tmpR = fCutR;
1694   UInt_t pos = 999;
1695
1696   for(Int_t i=0; i<fMatchedClusterIndex->GetSize(); i++)
1697   {
1698     if(fMatchedClusterIndex->At(i)==clsIndex)
1699       {
1700         Float_t r = TMath::Sqrt(fResidualEta->At(i)*fResidualEta->At(i) + fResidualPhi->At(i)*fResidualPhi->At(i));
1701         if(r<tmpR)
1702           {
1703             pos=i;
1704             tmpR=r;
1705             AliDebug(3,Form("Matched cluster index: index: %d, dEta: %2.4f, dPhi: %2.4f.\n",fMatchedClusterIndex->At(i),fResidualEta->At(i),fResidualPhi->At(i)));
1706           }
1707       }
1708   }
1709   return pos;
1710 }
1711
1712 //__________________________________________________________
1713 UInt_t AliEMCALRecoUtils::FindMatchedPosForTrack(Int_t trkIndex) const
1714 {
1715   //Given a track index as in AliESDEvent::GetTrack(trkIndex)
1716   //Returns the position of the match in the fMatchedTrackIndex array
1717   Float_t tmpR = fCutR;
1718   UInt_t pos = 999;
1719
1720   for(Int_t i=0; i<fMatchedTrackIndex->GetSize(); i++)
1721   {
1722     if(fMatchedTrackIndex->At(i)==trkIndex)
1723       {
1724         Float_t r = TMath::Sqrt(fResidualEta->At(i)*fResidualEta->At(i) + fResidualPhi->At(i)*fResidualPhi->At(i));
1725         if(r<tmpR)
1726           {
1727             pos=i;
1728             tmpR=r;
1729             AliDebug(3,Form("Matched track index: index: %d, dEta: %2.4f, dPhi: %2.4f.\n",fMatchedTrackIndex->At(i),fResidualEta->At(i),fResidualPhi->At(i)));
1730           }
1731       }
1732   }
1733   return pos;
1734 }
1735
1736 //__________________________________________________________
1737 Bool_t AliEMCALRecoUtils::IsGoodCluster(AliVCluster *cluster, AliEMCALGeometry *geom, AliVCaloCells* cells)
1738 {
1739   // check if the cluster survives some quality cut
1740   //
1741   //
1742   Bool_t isGood=kTRUE;
1743   if(!cluster || !cluster->IsEMCAL()) return kFALSE;
1744   if(ClusterContainsBadChannel(geom,cluster->GetCellsAbsId(),cluster->GetNCells())) return kFALSE;
1745   if(!CheckCellFiducialRegion(geom,cluster,cells)) return kFALSE;
1746   if(fRejectExoticCluster && IsExoticCluster(cluster)) return kFALSE;
1747
1748   return isGood;
1749 }
1750
1751 //__________________________________________________________
1752 Bool_t AliEMCALRecoUtils::IsAccepted(AliESDtrack *esdTrack)
1753 {
1754   // Given a esd track, return whether the track survive all the cuts
1755
1756   // The different quality parameter are first
1757   // retrieved from the track. then it is found out what cuts the
1758   // track did not survive and finally the cuts are imposed.
1759
1760   UInt_t status = esdTrack->GetStatus();
1761
1762   Int_t nClustersITS = esdTrack->GetITSclusters(0);
1763   Int_t nClustersTPC = esdTrack->GetTPCclusters(0);
1764
1765   Float_t chi2PerClusterITS = -1;
1766   Float_t chi2PerClusterTPC = -1;
1767   if (nClustersITS!=0)
1768     chi2PerClusterITS = esdTrack->GetITSchi2()/Float_t(nClustersITS);
1769   if (nClustersTPC!=0)
1770     chi2PerClusterTPC = esdTrack->GetTPCchi2()/Float_t(nClustersTPC);
1771
1772
1773   //DCA cuts
1774   if(fTrackCutsType==kGlobalCut)
1775     {
1776       Float_t maxDCAToVertexXYPtDep = 0.0182 + 0.0350/TMath::Power(esdTrack->Pt(),1.01); //This expression comes from AliESDtrackCuts::GetStandardITSTPCTrackCuts2010()
1777       //AliDebug(3,Form("Track pT = %f, DCAtoVertexXY = %f",esdTrack->Pt(),MaxDCAToVertexXYPtDep));
1778       SetMaxDCAToVertexXY(maxDCAToVertexXYPtDep); //Set pT dependent DCA cut to vertex in x-y plane
1779     }
1780
1781
1782   Float_t b[2];
1783   Float_t bCov[3];
1784   esdTrack->GetImpactParameters(b,bCov);
1785   if (bCov[0]<=0 || bCov[2]<=0) {
1786     AliDebug(1, "Estimated b resolution lower or equal zero!");
1787     bCov[0]=0; bCov[2]=0;
1788   }
1789
1790   Float_t dcaToVertexXY = b[0];
1791   Float_t dcaToVertexZ = b[1];
1792   Float_t dcaToVertex = -1;
1793
1794   if (fCutDCAToVertex2D)
1795     dcaToVertex = TMath::Sqrt(dcaToVertexXY*dcaToVertexXY/fCutMaxDCAToVertexXY/fCutMaxDCAToVertexXY + dcaToVertexZ*dcaToVertexZ/fCutMaxDCAToVertexZ/fCutMaxDCAToVertexZ);
1796   else
1797     dcaToVertex = TMath::Sqrt(dcaToVertexXY*dcaToVertexXY + dcaToVertexZ*dcaToVertexZ);
1798
1799   // cut the track?
1800
1801   Bool_t cuts[kNCuts];
1802   for (Int_t i=0; i<kNCuts; i++) cuts[i]=kFALSE;
1803
1804   // track quality cuts
1805   if (fCutRequireTPCRefit && (status&AliESDtrack::kTPCrefit)==0)
1806     cuts[0]=kTRUE;
1807   if (fCutRequireITSRefit && (status&AliESDtrack::kITSrefit)==0)
1808     cuts[1]=kTRUE;
1809   if (nClustersTPC<fCutMinNClusterTPC)
1810     cuts[2]=kTRUE;
1811   if (nClustersITS<fCutMinNClusterITS)
1812     cuts[3]=kTRUE;
1813   if (chi2PerClusterTPC>fCutMaxChi2PerClusterTPC)
1814     cuts[4]=kTRUE;
1815   if (chi2PerClusterITS>fCutMaxChi2PerClusterITS)
1816     cuts[5]=kTRUE;
1817   if (!fCutAcceptKinkDaughters && esdTrack->GetKinkIndex(0)>0)
1818     cuts[6]=kTRUE;
1819   if (fCutDCAToVertex2D && dcaToVertex > 1)
1820     cuts[7] = kTRUE;
1821   if (!fCutDCAToVertex2D && TMath::Abs(dcaToVertexXY) > fCutMaxDCAToVertexXY)
1822     cuts[8] = kTRUE;
1823   if (!fCutDCAToVertex2D && TMath::Abs(dcaToVertexZ) > fCutMaxDCAToVertexZ)
1824     cuts[9] = kTRUE;
1825
1826   if(fTrackCutsType==kGlobalCut)
1827     {
1828       //Require at least one SPD point + anything else in ITS
1829       if( (esdTrack->HasPointOnITSLayer(0) || esdTrack->HasPointOnITSLayer(1)) == kFALSE)
1830         cuts[10] = kTRUE;
1831     }
1832
1833   Bool_t cut=kFALSE;
1834   for (Int_t i=0; i<kNCuts; i++)
1835     if (cuts[i]) {cut = kTRUE;}
1836
1837     // cut the track
1838   if (cut)
1839     return kFALSE;
1840   else
1841     return kTRUE;
1842 }
1843
1844
1845 //__________________________________________________
1846 void AliEMCALRecoUtils::InitTrackCuts()
1847 {
1848   //Intilize the track cut criteria
1849   //By default these cuts are set according to AliESDtrackCuts::GetStandardTPCOnlyTrackCuts()
1850   //Also you can customize the cuts using the setters
1851
1852   switch (fTrackCutsType)
1853     {
1854     case kTPCOnlyCut:
1855       {
1856         AliInfo(Form("Track cuts for matching: GetStandardTPCOnlyTrackCuts()"));
1857         //TPC
1858         SetMinNClustersTPC(70);
1859         SetMaxChi2PerClusterTPC(4);
1860         SetAcceptKinkDaughters(kFALSE);
1861         SetRequireTPCRefit(kFALSE);
1862
1863         //ITS
1864         SetRequireITSRefit(kFALSE);
1865         SetMaxDCAToVertexZ(3.2);
1866         SetMaxDCAToVertexXY(2.4);
1867         SetDCAToVertex2D(kTRUE);
1868
1869         break;
1870       }
1871
1872     case kGlobalCut:
1873       {
1874         AliInfo(Form("Track cuts for matching: GetStandardITSTPCTrackCuts2010(kTURE)"));
1875         //TPC
1876         SetMinNClustersTPC(70);
1877         SetMaxChi2PerClusterTPC(4);
1878         SetAcceptKinkDaughters(kFALSE);
1879         SetRequireTPCRefit(kTRUE);
1880
1881         //ITS
1882         SetRequireITSRefit(kTRUE);
1883         SetMaxDCAToVertexZ(2);
1884         SetMaxDCAToVertexXY();
1885         SetDCAToVertex2D(kFALSE);
1886
1887         break;
1888       }
1889
1890     case kLooseCut:
1891       {
1892         AliInfo(Form("Track cuts for matching: Loose cut w/o DCA cut"));
1893         SetMinNClustersTPC(50);
1894         SetAcceptKinkDaughters(kTRUE);
1895
1896         break;
1897       }
1898     }
1899 }
1900
1901 //___________________________________________________
1902 void AliEMCALRecoUtils::Print(const Option_t *) const
1903 {
1904   // Print Parameters
1905
1906   printf("AliEMCALRecoUtils Settings: \n");
1907   printf("Misalignment shifts\n");
1908   for(Int_t i=0; i<5; i++) printf("\t sector %d, traslation (x,y,z)=(%f,%f,%f), rotation (x,y,z)=(%f,%f,%f)\n",i,
1909                                   fMisalTransShift[i*3],fMisalTransShift[i*3+1],fMisalTransShift[i*3+2],
1910                                   fMisalRotShift[i*3],  fMisalRotShift[i*3+1],  fMisalRotShift[i*3+2]   );
1911   printf("Non linearity function %d, parameters:\n", fNonLinearityFunction);
1912   for(Int_t i=0; i<6; i++) printf("param[%d]=%f\n",i, fNonLinearityParams[i]);
1913
1914   printf("Position Recalculation option %d, Particle Type %d, fW0 %2.2f, Recalibrate Data %d \n",fPosAlgo,fParticleType,fW0, fRecalibration);
1915
1916   printf("Matching criteria: ");
1917   if(fCutEtaPhiSum)
1918     {
1919       printf("sqrt(dEta^2+dPhi^2)<%2.2f\n",fCutR);
1920     }
1921   else if(fCutEtaPhiSeparate)
1922     {
1923       printf("dEta<%2.2f, dPhi<%2.2f\n",fCutEta,fCutPhi);
1924     }
1925   else
1926     {
1927       printf("Error\n");
1928       printf("please specify your cut criteria\n");
1929       printf("To cut on sqrt(dEta^2+dPhi^2), use: SwitchOnCutEtaPhiSum()\n");
1930       printf("To cut on dEta and dPhi separately, use: SwitchOnCutEtaPhiSeparate()\n");
1931     }
1932
1933   printf("Mass hypothesis = %2.3f [GeV/c^2], extrapolation step = %2.2f[cm]\n",fMass,fStep);
1934
1935   printf("Track cuts: \n");
1936   printf("Minimum track pT: %1.2f\n",fCutMinTrackPt);
1937   printf("AOD track selection mask: %d\n",fAODFilterMask);
1938   printf("TPCRefit = %d, ITSRefit = %d\n",fCutRequireTPCRefit,fCutRequireITSRefit);
1939   printf("AcceptKinks = %d\n",fCutAcceptKinkDaughters);
1940   printf("MinNCulsterTPC = %d, MinNClusterITS = %d\n",fCutMinNClusterTPC,fCutMinNClusterITS);
1941   printf("MaxChi2TPC = %2.2f, MaxChi2ITS = %2.2f\n",fCutMaxChi2PerClusterTPC,fCutMaxChi2PerClusterITS);
1942   printf("DCSToVertex2D = %d, MaxDCAToVertexXY = %2.2f, MaxDCAToVertexZ = %2.2f\n",fCutDCAToVertex2D,fCutMaxDCAToVertexXY,fCutMaxDCAToVertexZ);
1943
1944 }
1945
1946 //_____________________________________________________________________
1947 void AliEMCALRecoUtils::SetRunDependentCorrections(Int_t runnumber){
1948   //Get EMCAL time dependent corrections from file and put them in the recalibration histograms
1949   //Do it only once and only if it is requested
1950
1951   if(!fUseRunCorrectionFactors) return;
1952   if(fRunCorrectionFactorsSet)  return;
1953
1954   AliInfo(Form("AliEMCALRecoUtils::GetRunDependentCorrections() - Get Correction Factors for Run number %d\n",runnumber));
1955
1956   AliEMCALCalibTimeDepCorrection  *corr =  new AliEMCALCalibTimeDepCorrection();
1957   corr->ReadRootInfo(Form("CorrectionFiles/Run%d_Correction.root",runnumber));
1958
1959   SwitchOnRecalibration();
1960   for(Int_t ism = 0; ism < 4; ism++){
1961     for(Int_t icol = 0; icol < 48; icol++){
1962       for(Int_t irow = 0; irow < 24; irow++){
1963         Float_t orgRecalFactor = GetEMCALChannelRecalibrationFactors(ism)->GetBinContent(icol,irow);
1964         Float_t newRecalFactor = orgRecalFactor*corr->GetCorrection(ism, icol,irow,0);
1965         GetEMCALChannelRecalibrationFactors(ism)->SetBinContent(icol,irow,newRecalFactor);
1966         //printf("ism %d, icol %d, irow %d, corrections : org %f, time dep %f, final %f (org*time %f)\n",ism, icol, irow,
1967         //        orgRecalFactor, corr->GetCorrection(ism, icol,irow,0),
1968         //       (GetEMCALChannelRecalibrationFactors(ism))->GetBinContent(icol,irow),newRecalFactor);
1969       }
1970     }
1971   }
1972    fRunCorrectionFactorsSet = kTRUE;
1973 }
1974