From Constantin.
[u/mrichter/AliRoot.git] / EMCAL / AliEMCALRecoUtils.cxx
1 /**************************************************************************
2  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
3  *                                                                        *
4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
6  *                                                                        *
7  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
9  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
10  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
11  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
12  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
14  **************************************************************************/
15
16 /* $Id: AliEMCALRecoUtils.cxx | Sun Dec 8 06:56:48 2013 +0100 | Constantin Loizides  $ */
17
18 ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
19 //
20 // Class AliEMCALRecoUtils
21 // Some utilities to recalculate the cluster position or energy linearity
22 //
23 //
24 // Author:  Gustavo Conesa (LPSC- Grenoble) 
25 //          Track matching part: Rongrong Ma (Yale)
26
27 ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
28 // --- standard c ---
29
30 // standard C++ includes
31 //#include <Riostream.h>
32
33 // ROOT includes
34 #include <TGeoManager.h>
35 #include <TGeoMatrix.h>
36 #include <TGeoBBox.h>
37 #include <TH2F.h>
38 #include <TArrayI.h>
39 #include <TArrayF.h>
40 #include <TObjArray.h>
41
42 // STEER includes
43 #include "AliVCluster.h"
44 #include "AliVCaloCells.h"
45 #include "AliLog.h"
46 #include "AliPID.h"
47 #include "AliESDEvent.h"
48 #include "AliAODEvent.h"
49 #include "AliESDtrack.h"
50 #include "AliAODTrack.h"
51 #include "AliExternalTrackParam.h"
52 #include "AliESDfriendTrack.h"
53 #include "AliTrackerBase.h"
54
55 // EMCAL includes
56 #include "AliEMCALRecoUtils.h"
57 #include "AliEMCALGeometry.h"
58 #include "AliTrackerBase.h"
59 #include "AliEMCALPIDUtils.h"
60
61 ClassImp(AliEMCALRecoUtils)
62   
63 //_____________________________________
64 AliEMCALRecoUtils::AliEMCALRecoUtils():
65   fParticleType(0),                       fPosAlgo(0),                            fW0(0), 
66   fNonLinearityFunction(0),               fNonLinearThreshold(0),
67   fSmearClusterEnergy(kFALSE),            fRandom(),
68   fCellsRecalibrated(kFALSE),             fRecalibration(kFALSE),                 fEMCALRecalibrationFactors(),
69   fTimeRecalibration(kFALSE),             fEMCALTimeRecalibrationFactors(),       fUseRunCorrectionFactors(kFALSE),       
70   fRemoveBadChannels(kFALSE),             fRecalDistToBadChannels(kFALSE),        fEMCALBadChannelMap(),
71   fNCellsFromEMCALBorder(0),              fNoEMCALBorderAtEta0(kTRUE),
72   fRejectExoticCluster(kFALSE),           fRejectExoticCells(kFALSE), 
73   fExoticCellFraction(0),                 fExoticCellDiffTime(0),                 fExoticCellMinAmplitude(0),
74   fPIDUtils(),                            fAODFilterMask(0),
75   fAODHybridTracks(0),                    fAODTPCOnlyTracks(0),
76   fMatchedTrackIndex(0x0),                fMatchedClusterIndex(0x0), 
77   fResidualEta(0x0), fResidualPhi(0x0),   fCutEtaPhiSum(kFALSE),                  fCutEtaPhiSeparate(kFALSE), 
78   fCutR(0),                               fCutEta(0),                             fCutPhi(0),
79   fClusterWindow(0),                      fMass(0),                           
80   fStepSurface(0),                        fStepCluster(0),
81   fITSTrackSA(kFALSE),                    fEMCalSurfaceDistance(430.),
82   fTrackCutsType(0),                      fCutMinTrackPt(0),                      fCutMinNClusterTPC(0), 
83   fCutMinNClusterITS(0),                  fCutMaxChi2PerClusterTPC(0),            fCutMaxChi2PerClusterITS(0),
84   fCutRequireTPCRefit(kFALSE),            fCutRequireITSRefit(kFALSE),            fCutAcceptKinkDaughters(kFALSE),
85   fCutMaxDCAToVertexXY(0),                fCutMaxDCAToVertexZ(0),                 fCutDCAToVertex2D(kFALSE),
86   fCutRequireITSStandAlone(kFALSE),       fCutRequireITSpureSA(kFALSE) 
87 {
88 //
89   // Constructor.
90   // Initialize all constant values which have to be used
91   // during Reco algorithm execution
92   //
93   
94   // Init parameters
95   InitParameters();
96   
97   //Track matching
98   fMatchedTrackIndex     = new TArrayI();
99   fMatchedClusterIndex   = new TArrayI();
100   fResidualPhi           = new TArrayF();
101   fResidualEta           = new TArrayF();
102   fPIDUtils              = new AliEMCALPIDUtils();
103
104 }
105
106 //______________________________________________________________________
107 AliEMCALRecoUtils::AliEMCALRecoUtils(const AliEMCALRecoUtils & reco) 
108 : TNamed(reco), 
109   fParticleType(reco.fParticleType),                         fPosAlgo(reco.fPosAlgo),     fW0(reco.fW0),
110   fNonLinearityFunction(reco.fNonLinearityFunction),         fNonLinearThreshold(reco.fNonLinearThreshold),
111   fSmearClusterEnergy(reco.fSmearClusterEnergy),             fRandom(),
112   fCellsRecalibrated(reco.fCellsRecalibrated),
113   fRecalibration(reco.fRecalibration),                       fEMCALRecalibrationFactors(reco.fEMCALRecalibrationFactors),
114   fTimeRecalibration(reco.fTimeRecalibration),               fEMCALTimeRecalibrationFactors(reco.fEMCALTimeRecalibrationFactors),
115   fUseRunCorrectionFactors(reco.fUseRunCorrectionFactors),   
116   fRemoveBadChannels(reco.fRemoveBadChannels),               fRecalDistToBadChannels(reco.fRecalDistToBadChannels),
117   fEMCALBadChannelMap(reco.fEMCALBadChannelMap),
118   fNCellsFromEMCALBorder(reco.fNCellsFromEMCALBorder),       fNoEMCALBorderAtEta0(reco.fNoEMCALBorderAtEta0),
119   fRejectExoticCluster(reco.fRejectExoticCluster),           fRejectExoticCells(reco.fRejectExoticCells), 
120   fExoticCellFraction(reco.fExoticCellFraction),             fExoticCellDiffTime(reco.fExoticCellDiffTime),               
121   fExoticCellMinAmplitude(reco.fExoticCellMinAmplitude),
122   fPIDUtils(reco.fPIDUtils),                                 fAODFilterMask(reco.fAODFilterMask),
123   fAODHybridTracks(reco.fAODHybridTracks),                   fAODTPCOnlyTracks(reco.fAODTPCOnlyTracks),
124   fMatchedTrackIndex(  reco.fMatchedTrackIndex?  new TArrayI(*reco.fMatchedTrackIndex):0x0),
125   fMatchedClusterIndex(reco.fMatchedClusterIndex?new TArrayI(*reco.fMatchedClusterIndex):0x0),
126   fResidualEta(        reco.fResidualEta?        new TArrayF(*reco.fResidualEta):0x0),
127   fResidualPhi(        reco.fResidualPhi?        new TArrayF(*reco.fResidualPhi):0x0),
128   fCutEtaPhiSum(reco.fCutEtaPhiSum),                         fCutEtaPhiSeparate(reco.fCutEtaPhiSeparate), 
129   fCutR(reco.fCutR),        fCutEta(reco.fCutEta),           fCutPhi(reco.fCutPhi),
130   fClusterWindow(reco.fClusterWindow),
131   fMass(reco.fMass),        fStepSurface(reco.fStepSurface), fStepCluster(reco.fStepCluster),
132   fITSTrackSA(reco.fITSTrackSA),                             fEMCalSurfaceDistance(430.),
133   fTrackCutsType(reco.fTrackCutsType),                       fCutMinTrackPt(reco.fCutMinTrackPt), 
134   fCutMinNClusterTPC(reco.fCutMinNClusterTPC),               fCutMinNClusterITS(reco.fCutMinNClusterITS), 
135   fCutMaxChi2PerClusterTPC(reco.fCutMaxChi2PerClusterTPC),   fCutMaxChi2PerClusterITS(reco.fCutMaxChi2PerClusterITS),
136   fCutRequireTPCRefit(reco.fCutRequireTPCRefit),             fCutRequireITSRefit(reco.fCutRequireITSRefit),
137   fCutAcceptKinkDaughters(reco.fCutAcceptKinkDaughters),     fCutMaxDCAToVertexXY(reco.fCutMaxDCAToVertexXY),    
138   fCutMaxDCAToVertexZ(reco.fCutMaxDCAToVertexZ),             fCutDCAToVertex2D(reco.fCutDCAToVertex2D),
139   fCutRequireITSStandAlone(reco.fCutRequireITSStandAlone),   fCutRequireITSpureSA(reco.fCutRequireITSpureSA) 
140 {
141   //Copy ctor
142   
143   for(Int_t i = 0; i < 15 ; i++) { fMisalRotShift[i]      = reco.fMisalRotShift[i]      ; 
144                                    fMisalTransShift[i]    = reco.fMisalTransShift[i]    ; }
145   for(Int_t i = 0; i < 7  ; i++) { fNonLinearityParams[i] = reco.fNonLinearityParams[i] ; }
146   for(Int_t i = 0; i < 3  ; i++) { fSmearClusterParam[i]  = reco.fSmearClusterParam[i]  ; }
147
148 }
149
150
151 //______________________________________________________________________
152 AliEMCALRecoUtils & AliEMCALRecoUtils::operator = (const AliEMCALRecoUtils & reco) 
153 {
154   //Assignment operator
155   
156   if(this == &reco)return *this;
157   ((TNamed *)this)->operator=(reco);
158
159   for(Int_t i = 0; i < 15 ; i++) { fMisalTransShift[i]    = reco.fMisalTransShift[i]    ; 
160                                    fMisalRotShift[i]      = reco.fMisalRotShift[i]      ; }
161   for(Int_t i = 0; i < 7  ; i++) { fNonLinearityParams[i] = reco.fNonLinearityParams[i] ; }
162   for(Int_t i = 0; i < 3  ; i++) { fSmearClusterParam[i]  = reco.fSmearClusterParam[i]  ; }   
163   
164   fParticleType              = reco.fParticleType;
165   fPosAlgo                   = reco.fPosAlgo; 
166   fW0                        = reco.fW0;
167   
168   fNonLinearityFunction      = reco.fNonLinearityFunction;
169   fNonLinearThreshold        = reco.fNonLinearThreshold;
170   fSmearClusterEnergy        = reco.fSmearClusterEnergy;
171
172   fCellsRecalibrated         = reco.fCellsRecalibrated;
173   fRecalibration             = reco.fRecalibration;
174   fEMCALRecalibrationFactors = reco.fEMCALRecalibrationFactors;
175
176   fTimeRecalibration             = reco.fTimeRecalibration;
177   fEMCALTimeRecalibrationFactors = reco.fEMCALTimeRecalibrationFactors;
178
179   fUseRunCorrectionFactors   = reco.fUseRunCorrectionFactors;
180   
181   fRemoveBadChannels         = reco.fRemoveBadChannels;
182   fRecalDistToBadChannels    = reco.fRecalDistToBadChannels;
183   fEMCALBadChannelMap        = reco.fEMCALBadChannelMap;
184   
185   fNCellsFromEMCALBorder     = reco.fNCellsFromEMCALBorder;
186   fNoEMCALBorderAtEta0       = reco.fNoEMCALBorderAtEta0;
187   
188   fRejectExoticCluster       = reco.fRejectExoticCluster;           
189   fRejectExoticCells         = reco.fRejectExoticCells; 
190   fExoticCellFraction        = reco.fExoticCellFraction;
191   fExoticCellDiffTime        = reco.fExoticCellDiffTime;              
192   fExoticCellMinAmplitude    = reco.fExoticCellMinAmplitude;
193   
194   fPIDUtils                  = reco.fPIDUtils;
195
196   fAODFilterMask             = reco.fAODFilterMask;
197   fAODHybridTracks           = reco.fAODHybridTracks;
198   fAODTPCOnlyTracks          = reco.fAODTPCOnlyTracks;
199   
200   fCutEtaPhiSum              = reco.fCutEtaPhiSum;
201   fCutEtaPhiSeparate         = reco.fCutEtaPhiSeparate;
202   fCutR                      = reco.fCutR;
203   fCutEta                    = reco.fCutEta;
204   fCutPhi                    = reco.fCutPhi;
205   fClusterWindow             = reco.fClusterWindow;
206   fMass                      = reco.fMass;
207   fStepSurface               = reco.fStepSurface;
208   fStepCluster               = reco.fStepCluster;
209   fITSTrackSA                = reco.fITSTrackSA;
210   fEMCalSurfaceDistance      = reco.fEMCalSurfaceDistance;
211   
212   fTrackCutsType             = reco.fTrackCutsType;
213   fCutMinTrackPt             = reco.fCutMinTrackPt;
214   fCutMinNClusterTPC         = reco.fCutMinNClusterTPC;
215   fCutMinNClusterITS         = reco.fCutMinNClusterITS; 
216   fCutMaxChi2PerClusterTPC   = reco.fCutMaxChi2PerClusterTPC;
217   fCutMaxChi2PerClusterITS   = reco.fCutMaxChi2PerClusterITS;
218   fCutRequireTPCRefit        = reco.fCutRequireTPCRefit;
219   fCutRequireITSRefit        = reco.fCutRequireITSRefit;
220   fCutAcceptKinkDaughters    = reco.fCutAcceptKinkDaughters;
221   fCutMaxDCAToVertexXY       = reco.fCutMaxDCAToVertexXY;
222   fCutMaxDCAToVertexZ        = reco.fCutMaxDCAToVertexZ;
223   fCutDCAToVertex2D          = reco.fCutDCAToVertex2D;
224   fCutRequireITSStandAlone   = reco.fCutRequireITSStandAlone; 
225   fCutRequireITSpureSA       = reco.fCutRequireITSpureSA; 
226   if(reco.fResidualEta)
227   {
228     // assign or copy construct
229     if(fResidualEta)
230     { 
231       *fResidualEta = *reco.fResidualEta;
232     }
233     else 
234     {
235       fResidualEta = new TArrayF(*reco.fResidualEta);
236     }
237   }
238   else
239   {
240     if(fResidualEta)delete fResidualEta;
241     fResidualEta = 0;
242   }
243   
244   if(reco.fResidualPhi)
245   {
246     // assign or copy construct
247     if(fResidualPhi)
248     { 
249       *fResidualPhi = *reco.fResidualPhi;
250     }
251     else 
252     {
253       fResidualPhi = new TArrayF(*reco.fResidualPhi);
254     }
255   }
256   else
257   {
258     if(fResidualPhi)delete fResidualPhi;
259     fResidualPhi = 0;
260   }
261   
262   if(reco.fMatchedTrackIndex)
263   {
264     // assign or copy construct
265     if(fMatchedTrackIndex)
266     { 
267       *fMatchedTrackIndex = *reco.fMatchedTrackIndex;
268     }
269     else 
270     { 
271       fMatchedTrackIndex = new TArrayI(*reco.fMatchedTrackIndex);
272     }
273   }
274   else
275   {
276     if(fMatchedTrackIndex)delete fMatchedTrackIndex;
277     fMatchedTrackIndex = 0;
278   }  
279   
280   if(reco.fMatchedClusterIndex)
281   {
282     // assign or copy construct
283     if(fMatchedClusterIndex)
284     { 
285       *fMatchedClusterIndex = *reco.fMatchedClusterIndex;
286     }
287     else 
288     {
289       fMatchedClusterIndex = new TArrayI(*reco.fMatchedClusterIndex);
290     }
291   }
292   else
293   {
294     if(fMatchedClusterIndex)delete fMatchedClusterIndex;
295     fMatchedClusterIndex = 0;
296   }
297    
298   return *this;
299 }
300
301
302 //_____________________________________
303 AliEMCALRecoUtils::~AliEMCALRecoUtils()
304 {
305   //Destructor.
306   
307   if(fEMCALRecalibrationFactors) 
308   { 
309     fEMCALRecalibrationFactors->Clear();
310     delete fEMCALRecalibrationFactors;
311   }  
312   
313   if(fEMCALTimeRecalibrationFactors) 
314   { 
315     fEMCALTimeRecalibrationFactors->Clear();
316     delete fEMCALTimeRecalibrationFactors;
317   }  
318   
319   if(fEMCALBadChannelMap) 
320   { 
321     fEMCALBadChannelMap->Clear();
322     delete fEMCALBadChannelMap;
323   }
324  
325   delete fMatchedTrackIndex   ; 
326   delete fMatchedClusterIndex ; 
327   delete fResidualEta         ; 
328   delete fResidualPhi         ; 
329   delete fPIDUtils            ;
330
331   InitTrackCuts();
332 }
333
334 //_______________________________________________________________________________
335 Bool_t AliEMCALRecoUtils::AcceptCalibrateCell(const Int_t absID, const Int_t bc,
336                                               Float_t  & amp,    Double_t & time, 
337                                               AliVCaloCells* cells) 
338 {
339   // Reject cell if criteria not passed and calibrate it
340   
341   AliEMCALGeometry* geom = AliEMCALGeometry::GetInstance();
342   
343   if(absID < 0 || absID >= 24*48*geom->GetNumberOfSuperModules()) return kFALSE;
344   
345   Int_t imod = -1, iphi =-1, ieta=-1,iTower = -1, iIphi = -1, iIeta = -1; 
346   
347   if(!geom->GetCellIndex(absID,imod,iTower,iIphi,iIeta)) 
348   {
349     // cell absID does not exist
350     amp=0; time = 1.e9;
351     return kFALSE; 
352   }
353   
354   geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(imod,iTower,iIphi, iIeta,iphi,ieta);  
355
356   // Do not include bad channels found in analysis,
357   if( IsBadChannelsRemovalSwitchedOn() && GetEMCALChannelStatus(imod, ieta, iphi)) 
358   {
359     return kFALSE;
360   }
361   
362   //Recalibrate energy
363   amp  = cells->GetCellAmplitude(absID);
364   if(!fCellsRecalibrated && IsRecalibrationOn())
365     amp *= GetEMCALChannelRecalibrationFactor(imod,ieta,iphi);
366   
367   
368   // Recalibrate time
369   time = cells->GetCellTime(absID);
370   
371   RecalibrateCellTime(absID,bc,time);
372   
373   return kTRUE;
374 }
375
376 //_____________________________________________________________________________
377 Bool_t AliEMCALRecoUtils::CheckCellFiducialRegion(const AliEMCALGeometry* geom, 
378                                                   const AliVCluster* cluster, 
379                                                   AliVCaloCells* cells) 
380 {
381   // Given the list of AbsId of the cluster, get the maximum cell and 
382   // check if there are fNCellsFromBorder from the calorimeter border
383   
384   if(!cluster)
385   {
386     AliInfo("Cluster pointer null!");
387     return kFALSE;
388   }
389   
390   //If the distance to the border is 0 or negative just exit accept all clusters
391   if(cells->GetType()==AliVCaloCells::kEMCALCell && fNCellsFromEMCALBorder <= 0 ) return kTRUE;
392   
393   Int_t absIdMax  = -1, iSM =-1, ieta = -1, iphi = -1;
394   Bool_t shared = kFALSE;
395   GetMaxEnergyCell(geom, cells, cluster, absIdMax,  iSM, ieta, iphi, shared);
396   
397   AliDebug(2,Form("Cluster Max AbsId %d, Cell Energy %2.2f, Cluster Energy %2.2f, Ncells from border %d, EMCAL eta=0 %d\n", 
398                   absIdMax, cells->GetCellAmplitude(absIdMax), cluster->E(), fNCellsFromEMCALBorder, fNoEMCALBorderAtEta0));
399   
400   if(absIdMax==-1) return kFALSE;
401   
402   //Check if the cell is close to the borders:
403   Bool_t okrow = kFALSE;
404   Bool_t okcol = kFALSE;
405   
406   if(iSM < 0 || iphi < 0 || ieta < 0 ) 
407   {
408     AliFatal(Form("Negative value for super module: %d, or cell ieta: %d, or cell iphi: %d, check EMCAL geometry name\n",
409                   iSM,ieta,iphi));
410   }
411   
412   //Check rows/phi
413   if(iSM < 10)
414   {
415     if(iphi >= fNCellsFromEMCALBorder && iphi < 24-fNCellsFromEMCALBorder) okrow =kTRUE; 
416   }
417   else if (iSM >=10 && ( ( geom->GetEMCGeometry()->GetGeoName()).Contains("12SMV1"))) 
418   {
419     if(iphi >= fNCellsFromEMCALBorder && iphi < 8-fNCellsFromEMCALBorder) okrow =kTRUE; //1/3 sm case
420   }
421   else 
422   {
423     if(iphi >= fNCellsFromEMCALBorder && iphi < 12-fNCellsFromEMCALBorder) okrow =kTRUE; // half SM case
424   }
425   
426   //Check columns/eta
427   if(!fNoEMCALBorderAtEta0)
428   {
429     if(ieta  > fNCellsFromEMCALBorder && ieta < 48-fNCellsFromEMCALBorder) okcol =kTRUE; 
430   }
431   else
432   {
433     if(iSM%2==0)
434     {
435       if(ieta >= fNCellsFromEMCALBorder)     okcol = kTRUE;  
436     }
437     else 
438     {
439       if(ieta <  48-fNCellsFromEMCALBorder)  okcol = kTRUE;  
440     }
441   }//eta 0 not checked
442   
443   AliDebug(2,Form("EMCAL Cluster in %d cells fiducial volume: ieta %d, iphi %d, SM %d:  column? %d, row? %d\nq",
444                   fNCellsFromEMCALBorder, ieta, iphi, iSM, okcol, okrow));
445   
446   if (okcol && okrow) 
447   {
448     //printf("Accept\n");
449     return kTRUE;
450   }
451   else  
452   {
453     //printf("Reject\n");
454     AliDebug(2,Form("Reject cluster in border, max cell : ieta %d, iphi %d, SM %d\n",ieta, iphi, iSM));
455     return kFALSE;
456   }
457   
458 }  
459
460
461 //_______________________________________________________________________________
462 Bool_t AliEMCALRecoUtils::ClusterContainsBadChannel(const AliEMCALGeometry* geom, 
463                                                     const UShort_t* cellList, 
464                                                     const Int_t nCells)
465 {
466   // Check that in the cluster cells, there is no bad channel of those stored 
467   // in fEMCALBadChannelMap or fPHOSBadChannelMap
468   
469   if(!fRemoveBadChannels)  return kFALSE;
470   if(!fEMCALBadChannelMap) return kFALSE;
471   
472   Int_t icol = -1;
473   Int_t irow = -1;
474   Int_t imod = -1;
475   for(Int_t iCell = 0; iCell<nCells; iCell++)
476   {
477     //Get the column and row
478     Int_t iTower = -1, iIphi = -1, iIeta = -1; 
479     geom->GetCellIndex(cellList[iCell],imod,iTower,iIphi,iIeta); 
480     if(fEMCALBadChannelMap->GetEntries() <= imod) continue;
481     geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(imod,iTower,iIphi, iIeta,irow,icol);      
482     if(GetEMCALChannelStatus(imod, icol, irow))
483     {
484       AliDebug(2,Form("Cluster with bad channel: SM %d, col %d, row %d\n",imod, icol, irow));
485       return kTRUE;
486     }
487     
488   }// cell cluster loop
489   
490   return kFALSE;
491 }
492
493
494 //___________________________________________________________________________
495 Float_t AliEMCALRecoUtils::GetECross(const Int_t absID, const Double_t tcell,
496                                      AliVCaloCells* cells, const Int_t bc)
497 {
498   //Calculate the energy in the cross around the energy given cell
499   
500   AliEMCALGeometry * geom = AliEMCALGeometry::GetInstance();
501   
502   Int_t imod = -1, iphi =-1, ieta=-1,iTower = -1, iIphi = -1, iIeta = -1; 
503   geom->GetCellIndex(absID,imod,iTower,iIphi,iIeta); 
504   geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(imod,iTower,iIphi, iIeta,iphi,ieta);  
505   
506   //Get close cells index, energy and time, not in corners
507   
508   Int_t absID1 = -1;
509   Int_t absID2 = -1;
510   
511   if( iphi < AliEMCALGeoParams::fgkEMCALRows-1) absID1 = geom-> GetAbsCellIdFromCellIndexes(imod, iphi+1, ieta);
512   if( iphi > 0 )                                absID2 = geom-> GetAbsCellIdFromCellIndexes(imod, iphi-1, ieta);
513   
514   // In case of cell in eta = 0 border, depending on SM shift the cross cell index
515   
516   Int_t absID3 = -1;
517   Int_t absID4 = -1;
518   
519   if     ( ieta == AliEMCALGeoParams::fgkEMCALCols-1 && !(imod%2) )
520   {
521     absID3 = geom-> GetAbsCellIdFromCellIndexes(imod+1, iphi, 0);
522     absID4 = geom-> GetAbsCellIdFromCellIndexes(imod,   iphi, ieta-1); 
523   }
524   else if( ieta == 0 && imod%2 )
525   {
526     absID3 = geom-> GetAbsCellIdFromCellIndexes(imod,   iphi, ieta+1);
527     absID4 = geom-> GetAbsCellIdFromCellIndexes(imod-1, iphi, AliEMCALGeoParams::fgkEMCALCols-1); 
528   }
529   else
530   {
531     if( ieta < AliEMCALGeoParams::fgkEMCALCols-1 ) 
532       absID3 = geom-> GetAbsCellIdFromCellIndexes(imod, iphi, ieta+1);
533     if( ieta > 0 )                                 
534       absID4 = geom-> GetAbsCellIdFromCellIndexes(imod, iphi, ieta-1); 
535   }
536   
537   //printf("IMOD %d, AbsId %d, a %d, b %d, c %d e %d \n",imod,absID,absID1,absID2,absID3,absID4);
538   
539   Float_t  ecell1  = 0, ecell2  = 0, ecell3  = 0, ecell4  = 0;
540   Double_t tcell1  = 0, tcell2  = 0, tcell3  = 0, tcell4  = 0;
541   Bool_t   accept1 = 0, accept2 = 0, accept3 = 0, accept4 = 0;
542   
543   accept1 = AcceptCalibrateCell(absID1,bc, ecell1,tcell1,cells); 
544   accept2 = AcceptCalibrateCell(absID2,bc, ecell2,tcell2,cells); 
545   accept3 = AcceptCalibrateCell(absID3,bc, ecell3,tcell3,cells); 
546   accept4 = AcceptCalibrateCell(absID4,bc, ecell4,tcell4,cells); 
547   
548   /*
549    printf("Cell absID %d \n",absID);
550    printf("\t  accept1 %d, accept2 %d, accept3 %d, accept4 %d\n",
551    accept1,accept2,accept3,accept4);
552    printf("\t id %d: id1 %d, id2 %d, id3 %d, id4 %d\n",
553    absID,absID1,absID2,absID3,absID4);
554    printf("\t e %f: e1 %f, e2 %f, e3 %f, e4 %f\n",
555    ecell,ecell1,ecell2,ecell3,ecell4);
556    printf("\t t %f: t1 %f, t2 %f, t3 %f, t4 %f;\n dt1 %f, dt2 %f, dt3 %f, dt4 %f\n",
557    tcell*1.e9,tcell1*1.e9,tcell2*1.e9,tcell3*1.e9,tcell4*1.e9,
558    TMath::Abs(tcell-tcell1)*1.e9, TMath::Abs(tcell-tcell2)*1.e9, TMath::Abs(tcell-tcell3)*1.e9, TMath::Abs(tcell-tcell4)*1.e9);
559    */
560   
561   if(TMath::Abs(tcell-tcell1)*1.e9 > fExoticCellDiffTime) ecell1 = 0 ;
562   if(TMath::Abs(tcell-tcell2)*1.e9 > fExoticCellDiffTime) ecell2 = 0 ;
563   if(TMath::Abs(tcell-tcell3)*1.e9 > fExoticCellDiffTime) ecell3 = 0 ;
564   if(TMath::Abs(tcell-tcell4)*1.e9 > fExoticCellDiffTime) ecell4 = 0 ;
565   
566   return ecell1+ecell2+ecell3+ecell4;
567   
568 }
569
570 //_____________________________________________________________________________________________
571 Bool_t AliEMCALRecoUtils::IsExoticCell(const Int_t absID, AliVCaloCells* cells, const Int_t bc)
572 {
573   // Look to cell neighbourhood and reject if it seems exotic
574   // Do before recalibrating the cells
575
576   if(!fRejectExoticCells) return kFALSE;
577   
578   Float_t  ecell  = 0;
579   Double_t tcell  = 0;
580   Bool_t   accept = AcceptCalibrateCell(absID, bc, ecell ,tcell ,cells); 
581   
582   if(!accept) return kTRUE; // reject this cell
583   
584   if(ecell < fExoticCellMinAmplitude) return kFALSE; // do not reject low energy cells
585
586   Float_t eCross = GetECross(absID,tcell,cells,bc);
587   
588   if(1-eCross/ecell > fExoticCellFraction) 
589   {
590     AliDebug(2,Form("AliEMCALRecoUtils::IsExoticCell() - EXOTIC CELL id %d, eCell %f, eCross %f, 1-eCross/eCell %f\n",
591                     absID,ecell,eCross,1-eCross/ecell));
592     return kTRUE;
593   }
594
595   return kFALSE;
596 }
597
598 //___________________________________________________________________
599 Bool_t AliEMCALRecoUtils::IsExoticCluster(const AliVCluster *cluster, 
600                                           AliVCaloCells *cells, 
601                                           const Int_t bc) 
602 {
603   // Check if the cluster highest energy tower is exotic
604   
605   if(!cluster)
606   {
607     AliInfo("Cluster pointer null!");
608     return kFALSE;
609   }
610   
611   if(!fRejectExoticCluster) return kFALSE;
612   
613   // Get highest energy tower
614   AliEMCALGeometry* geom = AliEMCALGeometry::GetInstance();
615   Int_t iSupMod = -1, absId = -1, ieta = -1, iphi = -1;
616   Bool_t shared = kFALSE;
617   GetMaxEnergyCell(geom, cells, cluster, absId, iSupMod, ieta, iphi, shared);
618   
619   return IsExoticCell(absId,cells,bc);
620   
621 }
622
623 //_______________________________________________________________________
624 Float_t AliEMCALRecoUtils::SmearClusterEnergy(const AliVCluster* cluster) 
625 {
626   //In case of MC analysis, smear energy to match resolution/calibration in real data
627   
628   if(!cluster)
629   {
630     AliInfo("Cluster pointer null!");
631     return 0;
632   }
633   
634   Float_t energy    = cluster->E() ;
635   Float_t rdmEnergy = energy ;
636   if(fSmearClusterEnergy)
637   {
638     rdmEnergy = fRandom.Gaus(energy,fSmearClusterParam[0] * TMath::Sqrt(energy) +
639                                     fSmearClusterParam[1] * energy +
640                                     fSmearClusterParam[2] );
641     AliDebug(2, Form("Energy: original %f, smeared %f\n", energy, rdmEnergy));
642   }
643   
644   return rdmEnergy;
645 }
646
647 //____________________________________________________________________________
648 Float_t AliEMCALRecoUtils::CorrectClusterEnergyLinearity(AliVCluster* cluster)
649 {
650   // Correct cluster energy from non linearity functions
651   
652   if(!cluster)
653   {
654     AliInfo("Cluster pointer null!");
655     return 0;
656   }
657   
658   Float_t energy = cluster->E();
659
660   if(energy < 0.05)
661   {
662     // Clusters with less than 50 MeV or negative are not possible
663     AliInfo(Form("Too Low Cluster energy!, E = %f < 0.05 GeV",energy));
664     return 0;
665   }
666   
667   switch (fNonLinearityFunction) 
668   {
669       
670     case kPi0MC:
671     {
672       //Non-Linearity correction (from MC with function ([0]*exp(-[1]/E))+(([2]/([3]*2.*TMath::Pi())*exp(-(E-[4])^2/(2.*[3]^2)))))
673       //fNonLinearityParams[0] = 1.014;
674       //fNonLinearityParams[1] =-0.03329;
675       //fNonLinearityParams[2] =-0.3853;
676       //fNonLinearityParams[3] = 0.5423;
677       //fNonLinearityParams[4] =-0.4335;
678        energy *= (fNonLinearityParams[0]*exp(-fNonLinearityParams[1]/energy))+
679                   ((fNonLinearityParams[2]/(fNonLinearityParams[3]*2.*TMath::Pi())*
680                     exp(-(energy-fNonLinearityParams[4])*(energy-fNonLinearityParams[4])/(2.*fNonLinearityParams[3]*fNonLinearityParams[3]))));
681       break;
682     }
683      
684     case kPi0MCv2:
685     {
686       //Non-Linearity correction (from MC with function [0]/((x+[1])^[2]))+1;
687       //fNonLinearityParams[0] = 3.11111e-02;
688       //fNonLinearityParams[1] =-5.71666e-02; 
689       //fNonLinearityParams[2] = 5.67995e-01;      
690       
691       energy *= fNonLinearityParams[0]/TMath::Power(energy+fNonLinearityParams[1],fNonLinearityParams[2])+1;
692       break;
693     }
694     
695     case kPi0MCv3:
696     {
697       //Same as beam test corrected, change parameters
698       //fNonLinearityParams[0] =  9.81039e-01
699       //fNonLinearityParams[1] =  1.13508e-01;
700       //fNonLinearityParams[2] =  1.00173e+00; 
701       //fNonLinearityParams[3] =  9.67998e-02;
702       //fNonLinearityParams[4] =  2.19381e+02;
703       //fNonLinearityParams[5] =  6.31604e+01;
704       //fNonLinearityParams[6] =  1;
705       energy *= fNonLinearityParams[6]/(fNonLinearityParams[0]*(1./(1.+fNonLinearityParams[1]*exp(-energy/fNonLinearityParams[2]))*1./(1.+fNonLinearityParams[3]*exp((energy-fNonLinearityParams[4])/fNonLinearityParams[5]))));
706       
707       break;
708     }
709       
710       
711     case kPi0GammaGamma:
712     {
713       //Non-Linearity correction (from Olga Data with function p0+p1*exp(-p2*E))
714       //fNonLinearityParams[0] = 1.04;
715       //fNonLinearityParams[1] = -0.1445;
716       //fNonLinearityParams[2] = 1.046;
717       energy /= (fNonLinearityParams[0]+fNonLinearityParams[1]*exp(-fNonLinearityParams[2]*energy)); //Olga function
718       break;
719     }
720       
721     case kPi0GammaConversion:
722     {
723       //Non-Linearity correction (Nicolas from Dimitri Data with function C*[1-a*exp(-b*E)])
724       //fNonLinearityParams[0] = 0.139393/0.1349766;
725       //fNonLinearityParams[1] = 0.0566186;
726       //fNonLinearityParams[2] = 0.982133;
727       energy /= fNonLinearityParams[0]*(1-fNonLinearityParams[1]*exp(-fNonLinearityParams[2]*energy));
728       
729       break;
730     }
731       
732     case kBeamTest:
733     {
734       //From beam test, Alexei's results, for different ZS thresholds
735       //                        th=30 MeV; th = 45 MeV; th = 75 MeV
736       //fNonLinearityParams[0] = 1.007;      1.003;      1.002 
737       //fNonLinearityParams[1] = 0.894;      0.719;      0.797 
738       //fNonLinearityParams[2] = 0.246;      0.334;      0.358 
739       //Rescale the param[0] with 1.03
740       energy /= fNonLinearityParams[0]/(1+fNonLinearityParams[1]*exp(-energy/fNonLinearityParams[2]));
741       
742       break;
743     }
744       
745     case kBeamTestCorrected:
746     {
747       //From beam test, corrected for material between beam and EMCAL
748       //fNonLinearityParams[0] =  0.99078
749       //fNonLinearityParams[1] =  0.161499;
750       //fNonLinearityParams[2] =  0.655166; 
751       //fNonLinearityParams[3] =  0.134101;
752       //fNonLinearityParams[4] =  163.282;
753       //fNonLinearityParams[5] =  23.6904;
754       //fNonLinearityParams[6] =  0.978;
755         energy *= fNonLinearityParams[6]/(fNonLinearityParams[0]*(1./(1.+fNonLinearityParams[1]*exp(-energy/fNonLinearityParams[2]))*1./(1.+fNonLinearityParams[3]*exp((energy-fNonLinearityParams[4])/fNonLinearityParams[5]))));
756
757       break;
758     }
759      
760     case kBeamTestCorrectedv2:
761     {
762       //From beam test, corrected for material between beam and EMCAL
763       //fNonLinearityParams[0] =  0.983504;
764       //fNonLinearityParams[1] =  0.210106;
765       //fNonLinearityParams[2] =  0.897274;
766       //fNonLinearityParams[3] =  0.0829064;
767       //fNonLinearityParams[4] =  152.299;
768       //fNonLinearityParams[5] =  31.5028;
769       //fNonLinearityParams[6] =  0.968;
770       energy *= fNonLinearityParams[6]/(fNonLinearityParams[0]*(1./(1.+fNonLinearityParams[1]*exp(-energy/fNonLinearityParams[2]))*1./(1.+fNonLinearityParams[3]*exp((energy-fNonLinearityParams[4])/fNonLinearityParams[5]))));
771       
772       break;
773     }
774       
775     case kNoCorrection:
776       AliDebug(2,"No correction on the energy\n");
777       break;
778       
779   }
780
781   return energy;
782 }
783
784 //__________________________________________________
785 void AliEMCALRecoUtils::InitNonLinearityParam()
786 {
787   //Initialising Non Linearity Parameters
788   
789   if(fNonLinearityFunction == kPi0MC) 
790   {
791     fNonLinearityParams[0] = 1.014;
792     fNonLinearityParams[1] = -0.03329;
793     fNonLinearityParams[2] = -0.3853;
794     fNonLinearityParams[3] = 0.5423;
795     fNonLinearityParams[4] = -0.4335;
796   }
797   
798   if(fNonLinearityFunction == kPi0MCv2) 
799   {
800     fNonLinearityParams[0] = 3.11111e-02;
801     fNonLinearityParams[1] =-5.71666e-02; 
802     fNonLinearityParams[2] = 5.67995e-01;      
803   }
804   
805   if(fNonLinearityFunction == kPi0MCv3) 
806   {
807     fNonLinearityParams[0] =  9.81039e-01;
808     fNonLinearityParams[1] =  1.13508e-01;
809     fNonLinearityParams[2] =  1.00173e+00; 
810     fNonLinearityParams[3] =  9.67998e-02;
811     fNonLinearityParams[4] =  2.19381e+02;
812     fNonLinearityParams[5] =  6.31604e+01;
813     fNonLinearityParams[6] =  1;
814   }
815   
816   if(fNonLinearityFunction == kPi0GammaGamma) 
817   {
818     fNonLinearityParams[0] = 1.04;
819     fNonLinearityParams[1] = -0.1445;
820     fNonLinearityParams[2] = 1.046;
821   }  
822
823   if(fNonLinearityFunction == kPi0GammaConversion) 
824   {
825     fNonLinearityParams[0] = 0.139393;
826     fNonLinearityParams[1] = 0.0566186;
827     fNonLinearityParams[2] = 0.982133;
828   }  
829
830   if(fNonLinearityFunction == kBeamTest) 
831   {
832     if(fNonLinearThreshold == 30) 
833     {
834       fNonLinearityParams[0] = 1.007; 
835       fNonLinearityParams[1] = 0.894; 
836       fNonLinearityParams[2] = 0.246; 
837     }
838     if(fNonLinearThreshold == 45) 
839     {
840       fNonLinearityParams[0] = 1.003; 
841       fNonLinearityParams[1] = 0.719; 
842       fNonLinearityParams[2] = 0.334; 
843     }
844     if(fNonLinearThreshold == 75) 
845     {
846       fNonLinearityParams[0] = 1.002; 
847       fNonLinearityParams[1] = 0.797; 
848       fNonLinearityParams[2] = 0.358; 
849     }
850   }
851
852   if(fNonLinearityFunction == kBeamTestCorrected) 
853   {
854     fNonLinearityParams[0] =  0.99078;
855     fNonLinearityParams[1] =  0.161499;
856     fNonLinearityParams[2] =  0.655166; 
857     fNonLinearityParams[3] =  0.134101;
858     fNonLinearityParams[4] =  163.282;
859     fNonLinearityParams[5] =  23.6904;
860     fNonLinearityParams[6] =  0.978;
861   }
862   
863   if(fNonLinearityFunction == kBeamTestCorrectedv2)
864   {
865     fNonLinearityParams[0] =  0.983504;
866     fNonLinearityParams[1] =  0.210106;
867     fNonLinearityParams[2] =  0.897274;
868     fNonLinearityParams[3] =  0.0829064;
869     fNonLinearityParams[4] =  152.299;
870     fNonLinearityParams[5] =  31.5028;
871     fNonLinearityParams[6] =  0.968;
872   }
873 }
874
875 //_________________________________________________________
876 Float_t  AliEMCALRecoUtils::GetDepth(const Float_t energy, 
877                                      const Int_t iParticle, 
878                                      const Int_t iSM) const 
879 {
880   //Calculate shower depth for a given cluster energy and particle type
881
882   // parameters 
883   Float_t x0    = 1.31;
884   Float_t ecr   = 8;
885   Float_t depth = 0;
886   Float_t arg   = energy*1000/ ecr; //Multiply energy by 1000 to transform to MeV
887   
888   switch ( iParticle )
889   {
890     case kPhoton:
891       if (arg < 1) 
892         depth = 0;
893       else
894         depth = x0 * (TMath::Log(arg) + 0.5); 
895       break;
896       
897     case kElectron:
898       if (arg < 1) 
899         depth = 0;
900       else
901         depth = x0 * (TMath::Log(arg) - 0.5); 
902       break;
903       
904     case kHadron:
905       // hadron 
906       // boxes anc. here
907       if(gGeoManager)
908       {
909         gGeoManager->cd("ALIC_1/XEN1_1");
910         TGeoNode        *geoXEn1    = gGeoManager->GetCurrentNode();
911         TGeoNodeMatrix  *geoSM      = dynamic_cast<TGeoNodeMatrix *>(geoXEn1->GetDaughter(iSM));
912         if(geoSM)
913         {
914           TGeoVolume      *geoSMVol   = geoSM->GetVolume(); 
915           TGeoShape       *geoSMShape = geoSMVol->GetShape();
916           TGeoBBox        *geoBox     = dynamic_cast<TGeoBBox *>(geoSMShape);
917           if(geoBox) depth = 0.5 * geoBox->GetDX()*2 ;
918           else AliFatal("Null GEANT box");
919         }
920         else AliFatal("NULL  GEANT node matrix");
921       }
922       else
923       {//electron
924         if (arg < 1) 
925           depth = 0;
926         else
927           depth = x0 * (TMath::Log(arg) - 0.5); 
928       }
929         
930       break;
931       
932     default://photon
933       if (arg < 1) 
934         depth = 0;
935       else
936         depth = x0 * (TMath::Log(arg) + 0.5);
937   }  
938   
939   return depth;
940 }
941
942 //____________________________________________________________________
943 void AliEMCALRecoUtils::GetMaxEnergyCell(const AliEMCALGeometry *geom, 
944                                          AliVCaloCells* cells, 
945                                          const AliVCluster* clu, 
946                                          Int_t  & absId,  
947                                          Int_t  & iSupMod, 
948                                          Int_t  & ieta, 
949                                          Int_t  & iphi, 
950                                          Bool_t & shared)
951 {
952   //For a given CaloCluster gets the absId of the cell 
953   //with maximum energy deposit.
954   
955   Double_t eMax        = -1.;
956   Double_t eCell       = -1.;
957   Float_t  fraction    = 1.;
958   Float_t  recalFactor = 1.;
959   Int_t    cellAbsId   = -1 ;
960
961   Int_t iTower  = -1;
962   Int_t iIphi   = -1;
963   Int_t iIeta   = -1;
964   Int_t iSupMod0= -1;
965
966   if(!clu)
967   {
968     AliInfo("Cluster pointer null!");
969     absId=-1; iSupMod0=-1, ieta = -1; iphi = -1; shared = -1;
970     return;
971   }
972   
973   for (Int_t iDig=0; iDig< clu->GetNCells(); iDig++) 
974   {
975     cellAbsId = clu->GetCellAbsId(iDig);
976     fraction  = clu->GetCellAmplitudeFraction(iDig);
977     //printf("a Cell %d, id, %d, amp %f, fraction %f\n",iDig,cellAbsId,cells->GetCellAmplitude(cellAbsId),fraction);
978     if(fraction < 1e-4) fraction = 1.; // in case unfolding is off
979     geom->GetCellIndex(cellAbsId,iSupMod,iTower,iIphi,iIeta); 
980     geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(iSupMod,iTower,iIphi, iIeta,iphi,ieta);
981     if     (iDig==0) 
982     {
983       iSupMod0=iSupMod;
984     }
985     else if(iSupMod0!=iSupMod) 
986     {
987       shared = kTRUE;
988       //printf("AliEMCALRecoUtils::GetMaxEnergyCell() - SHARED CLUSTER\n");
989     }
990     if(!fCellsRecalibrated && IsRecalibrationOn()) 
991     {
992       recalFactor = GetEMCALChannelRecalibrationFactor(iSupMod,ieta,iphi);
993     }
994     eCell  = cells->GetCellAmplitude(cellAbsId)*fraction*recalFactor;
995     //printf("b Cell %d, id, %d, amp %f, fraction %f\n",iDig,cellAbsId,eCell,fraction);
996     if(eCell > eMax)  
997     { 
998       eMax  = eCell; 
999       absId = cellAbsId;
1000       //printf("\t new max: cell %d, e %f, ecell %f\n",maxId, eMax,eCell);
1001     }
1002   }// cell loop
1003   
1004   //Get from the absid the supermodule, tower and eta/phi numbers
1005   geom->GetCellIndex(absId,iSupMod,iTower,iIphi,iIeta); 
1006   //Gives SuperModule and Tower numbers
1007   geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(iSupMod,iTower,
1008                                          iIphi, iIeta,iphi,ieta); 
1009   //printf("Max id %d, iSM %d, col %d, row %d\n",absId,iSupMod,ieta,iphi);
1010   //printf("Max end---\n");
1011 }
1012
1013 //______________________________________
1014 void AliEMCALRecoUtils::InitParameters()
1015 {
1016   // Initialize data members with default values
1017   
1018   fParticleType = kPhoton;
1019   fPosAlgo      = kUnchanged;
1020   fW0           = 4.5;
1021   
1022   fNonLinearityFunction = kNoCorrection;
1023   fNonLinearThreshold   = 30;
1024   
1025   fExoticCellFraction     = 0.97;
1026   fExoticCellDiffTime     = 1e6;
1027   fExoticCellMinAmplitude = 0.5;
1028   
1029   fAODFilterMask    = 128;
1030   fAODHybridTracks  = kFALSE;
1031   fAODTPCOnlyTracks = kTRUE;
1032   
1033   fCutEtaPhiSum      = kTRUE;
1034   fCutEtaPhiSeparate = kFALSE;
1035   
1036   fCutR   = 0.05; 
1037   fCutEta = 0.025; 
1038   fCutPhi = 0.05;
1039   
1040   fClusterWindow = 100;
1041   fMass          = 0.139;
1042   
1043   fStepSurface   = 20.;                      
1044   fStepCluster   = 5.;
1045   fTrackCutsType = kLooseCut;
1046   
1047   fCutMinTrackPt     = 0;
1048   fCutMinNClusterTPC = -1;
1049   fCutMinNClusterITS = -1;
1050   
1051   fCutMaxChi2PerClusterTPC  = 1e10;
1052   fCutMaxChi2PerClusterITS  = 1e10;
1053   
1054   fCutRequireTPCRefit     = kFALSE;
1055   fCutRequireITSRefit     = kFALSE;
1056   fCutAcceptKinkDaughters = kFALSE;
1057   
1058   fCutMaxDCAToVertexXY = 1e10;             
1059   fCutMaxDCAToVertexZ  = 1e10;              
1060   fCutDCAToVertex2D    = kFALSE;
1061   
1062   fCutRequireITSStandAlone = kFALSE; //MARCEL
1063   fCutRequireITSpureSA     = kFALSE; //Marcel
1064   
1065   //Misalignment matrices
1066   for(Int_t i = 0; i < 15 ; i++) 
1067   {
1068     fMisalTransShift[i] = 0.; 
1069     fMisalRotShift[i]   = 0.; 
1070   }
1071   
1072   //Non linearity
1073   for(Int_t i = 0; i < 7  ; i++) fNonLinearityParams[i] = 0.; 
1074   
1075   //For kBeamTestCorrectedv2 case, but default is no correction
1076   fNonLinearityParams[0] =  0.983504;
1077   fNonLinearityParams[1] =  0.210106;
1078   fNonLinearityParams[2] =  0.897274;
1079   fNonLinearityParams[3] =  0.0829064;
1080   fNonLinearityParams[4] =  152.299;
1081   fNonLinearityParams[5] =  31.5028;
1082   fNonLinearityParams[6] =  0.968;
1083   
1084   //Cluster energy smearing
1085   fSmearClusterEnergy   = kFALSE;
1086   fSmearClusterParam[0] = 0.07; // * sqrt E term
1087   fSmearClusterParam[1] = 0.00; // * E term
1088   fSmearClusterParam[2] = 0.00; // constant
1089 }
1090
1091 //_____________________________________________________
1092 void AliEMCALRecoUtils::InitEMCALRecalibrationFactors()
1093 {
1094   //Init EMCAL recalibration factors
1095   AliDebug(2,"AliCalorimeterUtils::InitEMCALRecalibrationFactors()");
1096   //In order to avoid rewriting the same histograms
1097   Bool_t oldStatus = TH1::AddDirectoryStatus();
1098   TH1::AddDirectory(kFALSE);
1099   
1100   fEMCALRecalibrationFactors = new TObjArray(12);
1101   for (int i = 0; i < 12; i++) 
1102     fEMCALRecalibrationFactors->Add(new TH2F(Form("EMCALRecalFactors_SM%d",i),
1103                                              Form("EMCALRecalFactors_SM%d",i),  48, 0, 48, 24, 0, 24));
1104   //Init the histograms with 1
1105   for (Int_t sm = 0; sm < 12; sm++) 
1106   {
1107     for (Int_t i = 0; i < 48; i++) 
1108     {
1109       for (Int_t j = 0; j < 24; j++) 
1110       {
1111         SetEMCALChannelRecalibrationFactor(sm,i,j,1.);
1112       }
1113     }
1114   }
1115   
1116   fEMCALRecalibrationFactors->SetOwner(kTRUE);
1117   fEMCALRecalibrationFactors->Compress();
1118   
1119   //In order to avoid rewriting the same histograms
1120   TH1::AddDirectory(oldStatus);    
1121 }
1122
1123 //_________________________________________________________
1124 void AliEMCALRecoUtils::InitEMCALTimeRecalibrationFactors()
1125 {
1126   //Init EMCAL recalibration factors
1127   AliDebug(2,"AliCalorimeterUtils::InitEMCALRecalibrationFactors()");
1128   //In order to avoid rewriting the same histograms
1129   Bool_t oldStatus = TH1::AddDirectoryStatus();
1130   TH1::AddDirectory(kFALSE);
1131   
1132   fEMCALTimeRecalibrationFactors = new TObjArray(4);
1133   for (int i = 0; i < 4; i++) 
1134     fEMCALTimeRecalibrationFactors->Add(new TH1F(Form("hAllTimeAvBC%d",i),
1135                                                  Form("hAllTimeAvBC%d",i),  
1136                                                  48*24*12,0.,48*24*12)          );
1137   //Init the histograms with 1
1138   for (Int_t bc = 0; bc < 4; bc++) 
1139   {
1140     for (Int_t i = 0; i < 48*24*12; i++) 
1141       SetEMCALChannelTimeRecalibrationFactor(bc,i,0.);
1142   }
1143   
1144   fEMCALTimeRecalibrationFactors->SetOwner(kTRUE);
1145   fEMCALTimeRecalibrationFactors->Compress();
1146   
1147   //In order to avoid rewriting the same histograms
1148   TH1::AddDirectory(oldStatus);    
1149 }
1150
1151 //____________________________________________________
1152 void AliEMCALRecoUtils::InitEMCALBadChannelStatusMap()
1153 {
1154   //Init EMCAL bad channels map
1155   AliDebug(2,"AliEMCALRecoUtils::InitEMCALBadChannelStatusMap()");
1156   //In order to avoid rewriting the same histograms
1157   Bool_t oldStatus = TH1::AddDirectoryStatus();
1158   TH1::AddDirectory(kFALSE);
1159   
1160   fEMCALBadChannelMap = new TObjArray(12);
1161   //TH2F * hTemp = new  TH2I("EMCALBadChannelMap","EMCAL SuperModule bad channel map", 48, 0, 48, 24, 0, 24);
1162   for (int i = 0; i < 12; i++) 
1163   {
1164     fEMCALBadChannelMap->Add(new TH2I(Form("EMCALBadChannelMap_Mod%d",i),Form("EMCALBadChannelMap_Mod%d",i), 48, 0, 48, 24, 0, 24));
1165   }
1166   
1167   fEMCALBadChannelMap->SetOwner(kTRUE);
1168   fEMCALBadChannelMap->Compress();
1169   
1170   //In order to avoid rewriting the same histograms
1171   TH1::AddDirectory(oldStatus);    
1172 }
1173
1174 //____________________________________________________________________________
1175 void AliEMCALRecoUtils::RecalibrateClusterEnergy(const AliEMCALGeometry* geom, 
1176                                                  AliVCluster * cluster, 
1177                                                  AliVCaloCells * cells, 
1178                                                  const Int_t bc)
1179 {
1180   // Recalibrate the cluster energy and Time, considering the recalibration map 
1181   // and the energy of the cells and time that compose the cluster.
1182   // bc= bunch crossing number returned by esdevent->GetBunchCrossNumber();
1183   
1184   if(!cluster)
1185   {
1186     AliInfo("Cluster pointer null!");
1187     return;
1188   }  
1189   
1190   //Get the cluster number of cells and list of absId, check what kind of cluster do we have.
1191   UShort_t * index    = cluster->GetCellsAbsId() ;
1192   Double_t * fraction = cluster->GetCellsAmplitudeFraction() ;
1193   Int_t ncells = cluster->GetNCells();
1194   
1195   //Initialize some used variables
1196   Float_t energy = 0;
1197   Int_t   absId  =-1;
1198   Int_t   icol   =-1, irow =-1, imod=1;
1199   Float_t factor = 1, frac = 0;
1200   Int_t   absIdMax = -1;
1201   Float_t emax     = 0;
1202   
1203   //Loop on the cells, get the cell amplitude and recalibration factor, multiply and and to the new energy
1204   for(Int_t icell = 0; icell < ncells; icell++)
1205   {
1206     absId = index[icell];
1207     frac =  fraction[icell];
1208     if(frac < 1e-5) frac = 1; //in case of EMCAL, this is set as 0 since unfolding is off
1209     
1210     if(!fCellsRecalibrated && IsRecalibrationOn()) 
1211     {
1212       // Energy  
1213       Int_t iTower = -1, iIphi = -1, iIeta = -1; 
1214       geom->GetCellIndex(absId,imod,iTower,iIphi,iIeta); 
1215       if(fEMCALRecalibrationFactors->GetEntries() <= imod) continue;
1216       geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(imod,iTower,iIphi, iIeta,irow,icol);      
1217       factor = GetEMCALChannelRecalibrationFactor(imod,icol,irow);
1218       
1219       AliDebug(2,Form("AliEMCALRecoUtils::RecalibrateClusterEnergy - recalibrate cell: module %d, col %d, row %d, cell fraction %f,recalibration factor %f, cell energy %f\n",
1220                       imod,icol,irow,frac,factor,cells->GetCellAmplitude(absId)));
1221       
1222     } 
1223     
1224     energy += cells->GetCellAmplitude(absId)*factor*frac;
1225     
1226     if(emax < cells->GetCellAmplitude(absId)*factor*frac)
1227     {
1228       emax     = cells->GetCellAmplitude(absId)*factor*frac;
1229       absIdMax = absId;
1230     }
1231   }
1232   
1233   AliDebug(2,Form("AliEMCALRecoUtils::RecalibrateClusterEnergy - Energy before %f, after %f \n",cluster->E(),energy));
1234
1235   cluster->SetE(energy);
1236
1237   // Recalculate time of cluster
1238   Double_t timeorg = cluster->GetTOF();
1239
1240   Double_t time = cells->GetCellTime(absIdMax);
1241   if(!fCellsRecalibrated && IsTimeRecalibrationOn())
1242     RecalibrateCellTime(absIdMax,bc,time);
1243
1244   cluster->SetTOF(time);
1245
1246   AliDebug(2,Form("AliEMCALRecoUtils::RecalibrateClusterEnergy - Time before %f, after %f \n",timeorg,cluster->GetTOF()));
1247 }
1248
1249 //_____________________________________________________________
1250 void AliEMCALRecoUtils::RecalibrateCells(AliVCaloCells * cells,
1251                                          const Int_t bc)
1252 {
1253   // Recalibrate the cells time and energy, considering the recalibration map and the energy 
1254   // of the cells that compose the cluster.
1255   // bc= bunch crossing number returned by esdevent->GetBunchCrossNumber();
1256
1257   if(!IsRecalibrationOn() && !IsTimeRecalibrationOn() && !IsBadChannelsRemovalSwitchedOn()) return;
1258   
1259   if(!cells)
1260   {
1261     AliInfo("Cells pointer null!");
1262     return;
1263   }  
1264   
1265   Short_t  absId  =-1;
1266   Bool_t   accept = kFALSE;
1267   Float_t  ecell  = 0;
1268   Double_t tcell  = 0;
1269   Double_t ecellin = 0;
1270   Double_t tcellin = 0;
1271   Int_t  mclabel = -1;
1272   Double_t efrac = 0;
1273   
1274   Int_t nEMcell  = cells->GetNumberOfCells() ;  
1275   for (Int_t iCell = 0; iCell < nEMcell; iCell++) 
1276   { 
1277     cells->GetCell( iCell, absId, ecellin, tcellin, mclabel, efrac );
1278     
1279     accept = AcceptCalibrateCell(absId, bc, ecell ,tcell ,cells); 
1280     if(!accept) 
1281     {
1282       ecell = 0;
1283       tcell = -1;
1284     }
1285     
1286     //Set new values
1287     cells->SetCell(iCell,absId,ecell, tcell, mclabel, efrac);
1288   }
1289
1290   fCellsRecalibrated = kTRUE;
1291 }
1292
1293 //_______________________________________________________________________________________________________
1294 void AliEMCALRecoUtils::RecalibrateCellTime(const Int_t absId, const Int_t bc, Double_t & celltime) const
1295 {
1296   // Recalibrate time of cell with absID  considering the recalibration map 
1297   // bc= bunch crossing number returned by esdevent->GetBunchCrossNumber();
1298   
1299   if(!fCellsRecalibrated && IsTimeRecalibrationOn() && bc >= 0)
1300   {
1301     celltime -= GetEMCALChannelTimeRecalibrationFactor(bc%4,absId)*1.e-9;    ;  
1302   }
1303 }
1304   
1305 //______________________________________________________________________________
1306 void AliEMCALRecoUtils::RecalculateClusterPosition(const AliEMCALGeometry *geom, 
1307                                                    AliVCaloCells* cells, 
1308                                                    AliVCluster* clu)
1309 {
1310   //For a given CaloCluster recalculates the position for a given set of misalignment shifts and puts it again in the CaloCluster.
1311   
1312   if(!clu)
1313   {
1314     AliInfo("Cluster pointer null!");
1315     return;
1316   }
1317     
1318   if     (fPosAlgo==kPosTowerGlobal) RecalculateClusterPositionFromTowerGlobal( geom, cells, clu);
1319   else if(fPosAlgo==kPosTowerIndex)  RecalculateClusterPositionFromTowerIndex ( geom, cells, clu);
1320   else   AliDebug(2,"Algorithm to recalculate position not selected, do nothing.");
1321 }  
1322
1323 //_____________________________________________________________________________________________
1324 void AliEMCALRecoUtils::RecalculateClusterPositionFromTowerGlobal(const AliEMCALGeometry *geom, 
1325                                                                   AliVCaloCells* cells, 
1326                                                                   AliVCluster* clu)
1327 {
1328   // For a given CaloCluster recalculates the position for a given set of misalignment shifts and puts it again in the CaloCluster.
1329   // The algorithm is a copy of what is done in AliEMCALRecPoint
1330   
1331   Double_t eCell       = 0.;
1332   Float_t  fraction    = 1.;
1333   Float_t  recalFactor = 1.;
1334   
1335   Int_t    absId   = -1;
1336   Int_t    iTower  = -1, iIphi  = -1, iIeta  = -1;
1337   Int_t    iSupModMax = -1, iSM=-1, iphi   = -1, ieta   = -1;
1338   Float_t  weight = 0.,  totalWeight=0.;
1339   Float_t  newPos[3] = {0,0,0};
1340   Double_t pLocal[3], pGlobal[3];
1341   Bool_t shared = kFALSE;
1342
1343   Float_t  clEnergy = clu->E(); //Energy already recalibrated previously
1344   if (clEnergy <= 0)
1345     return;
1346   GetMaxEnergyCell(geom, cells, clu, absId,  iSupModMax, ieta, iphi,shared);
1347   Double_t depth = GetDepth(clEnergy,fParticleType,iSupModMax) ;
1348   
1349   //printf("** Cluster energy %f, ncells %d, depth %f\n",clEnergy,clu->GetNCells(),depth);
1350   
1351   for (Int_t iDig=0; iDig< clu->GetNCells(); iDig++) 
1352   {
1353     absId = clu->GetCellAbsId(iDig);
1354     fraction  = clu->GetCellAmplitudeFraction(iDig);
1355     if(fraction < 1e-4) fraction = 1.; // in case unfolding is off
1356     
1357     if (!fCellsRecalibrated)
1358     {
1359       geom->GetCellIndex(absId,iSM,iTower,iIphi,iIeta); 
1360       geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(iSM,iTower,iIphi, iIeta,iphi,ieta);      
1361       
1362       if(IsRecalibrationOn()) 
1363       {
1364         recalFactor = GetEMCALChannelRecalibrationFactor(iSM,ieta,iphi);
1365       }
1366     }
1367     
1368     eCell  = cells->GetCellAmplitude(absId)*fraction*recalFactor;
1369     
1370     weight = GetCellWeight(eCell,clEnergy);
1371     totalWeight += weight;
1372     
1373     geom->RelPosCellInSModule(absId,depth,pLocal[0],pLocal[1],pLocal[2]);
1374     //printf("pLocal (%f,%f,%f), SM %d, absId %d\n",pLocal[0],pLocal[1],pLocal[2],iSupModMax,absId);
1375     geom->GetGlobal(pLocal,pGlobal,iSupModMax);
1376     //printf("pLocal (%f,%f,%f)\n",pGlobal[0],pGlobal[1],pGlobal[2]);
1377
1378     for(int i=0; i<3; i++ ) newPos[i] += (weight*pGlobal[i]);
1379   }// cell loop
1380   
1381   if(totalWeight>0)
1382   {
1383     for(int i=0; i<3; i++ )    newPos[i] /= totalWeight;
1384   }
1385     
1386   //Float_t pos[]={0,0,0};
1387   //clu->GetPosition(pos);
1388   //printf("OldPos  : %2.3f,%2.3f,%2.3f\n",pos[0],pos[1],pos[2]);
1389   //printf("NewPos  : %2.3f,%2.3f,%2.3f\n",newPos[0],newPos[1],newPos[2]);
1390   
1391   if(iSupModMax > 1) //sector 1
1392   {
1393     newPos[0] +=fMisalTransShift[3];//-=3.093; 
1394     newPos[1] +=fMisalTransShift[4];//+=6.82;
1395     newPos[2] +=fMisalTransShift[5];//+=1.635;
1396     //printf("   +    : %2.3f,%2.3f,%2.3f\n",fMisalTransShift[3],fMisalTransShift[4],fMisalTransShift[5]);
1397   } else //sector 0
1398   {
1399     newPos[0] +=fMisalTransShift[0];//+=1.134;
1400     newPos[1] +=fMisalTransShift[1];//+=8.2;
1401     newPos[2] +=fMisalTransShift[2];//+=1.197;
1402     //printf("   +    : %2.3f,%2.3f,%2.3f\n",fMisalTransShift[0],fMisalTransShift[1],fMisalTransShift[2]);
1403   }
1404   //printf("NewPos : %2.3f,%2.3f,%2.3f\n",newPos[0],newPos[1],newPos[2]);
1405
1406   clu->SetPosition(newPos);
1407 }  
1408
1409 //____________________________________________________________________________________________
1410 void AliEMCALRecoUtils::RecalculateClusterPositionFromTowerIndex(const AliEMCALGeometry *geom, 
1411                                                                  AliVCaloCells* cells, 
1412                                                                  AliVCluster* clu)
1413 {
1414   // For a given CaloCluster recalculates the position for a given set of misalignment shifts and puts it again in the CaloCluster.
1415   // The algorithm works with the tower indeces, averages the indeces and from them it calculates the global position
1416   
1417   Double_t eCell       = 1.;
1418   Float_t  fraction    = 1.;
1419   Float_t  recalFactor = 1.;
1420   
1421   Int_t absId   = -1;
1422   Int_t iTower  = -1;
1423   Int_t iIphi   = -1, iIeta   = -1;
1424   Int_t iSupMod = -1, iSupModMax = -1;
1425   Int_t iphi = -1, ieta =-1;
1426   Bool_t shared = kFALSE;
1427
1428   Float_t clEnergy = clu->E(); //Energy already recalibrated previously.
1429   
1430   if (clEnergy <= 0)
1431     return;
1432   GetMaxEnergyCell(geom, cells, clu, absId,  iSupModMax, ieta, iphi,shared);
1433   Float_t  depth = GetDepth(clEnergy,fParticleType,iSupMod) ;
1434
1435   Float_t weight = 0., weightedCol = 0., weightedRow = 0., totalWeight=0.;
1436   Bool_t areInSameSM = kTRUE; //exclude clusters with cells in different SMs for now
1437   Int_t startingSM = -1;
1438   
1439   for (Int_t iDig=0; iDig< clu->GetNCells(); iDig++) 
1440   {
1441     absId = clu->GetCellAbsId(iDig);
1442     fraction  = clu->GetCellAmplitudeFraction(iDig);
1443     if(fraction < 1e-4) fraction = 1.; // in case unfolding is off
1444
1445     if     (iDig==0)  startingSM = iSupMod;
1446     else if(iSupMod != startingSM) areInSameSM = kFALSE;
1447
1448     eCell  = cells->GetCellAmplitude(absId);
1449     
1450     geom->GetCellIndex(absId,iSupMod,iTower,iIphi,iIeta); 
1451     geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(iSupMod,iTower,iIphi, iIeta,iphi,ieta);    
1452     
1453     if (!fCellsRecalibrated)
1454     {
1455       if(IsRecalibrationOn()) 
1456       {
1457         recalFactor = GetEMCALChannelRecalibrationFactor(iSupMod,ieta,iphi);
1458       }
1459     }
1460     
1461     eCell  = cells->GetCellAmplitude(absId)*fraction*recalFactor;
1462     
1463     weight = GetCellWeight(eCell,clEnergy);
1464     if(weight < 0) weight = 0;
1465     totalWeight += weight;
1466     weightedCol += ieta*weight;
1467     weightedRow += iphi*weight;
1468     
1469     //printf("Max cell? cell %d, amplitude org %f, fraction %f, recalibration %f, amplitude new %f \n",cellAbsId, cells->GetCellAmplitude(cellAbsId), fraction, recalFactor, eCell) ;
1470   }// cell loop
1471     
1472   Float_t xyzNew[]={0.,0.,0.};
1473   if(areInSameSM == kTRUE) 
1474   {
1475     //printf("In Same SM\n");
1476     weightedCol = weightedCol/totalWeight;
1477     weightedRow = weightedRow/totalWeight;
1478     geom->RecalculateTowerPosition(weightedRow, weightedCol, iSupModMax, depth, fMisalTransShift, fMisalRotShift, xyzNew); 
1479   } 
1480   else 
1481   {
1482     //printf("In Different SM\n");
1483     geom->RecalculateTowerPosition(iphi,        ieta,        iSupModMax, depth, fMisalTransShift, fMisalRotShift, xyzNew); 
1484   }
1485   
1486   clu->SetPosition(xyzNew);
1487 }
1488
1489 //___________________________________________________________________________________________
1490 void AliEMCALRecoUtils::RecalculateClusterDistanceToBadChannel(const AliEMCALGeometry * geom, 
1491                                                                AliVCaloCells* cells, 
1492                                                                AliVCluster * cluster)
1493 {           
1494   //re-evaluate distance to bad channel with updated bad map
1495   
1496   if(!fRecalDistToBadChannels) return;
1497   
1498   if(!cluster)
1499   {
1500     AliInfo("Cluster pointer null!");
1501     return;
1502   }  
1503   
1504   //Get channels map of the supermodule where the cluster is.
1505   Int_t absIdMax  = -1, iSupMod =-1, icolM = -1, irowM = -1;
1506   Bool_t shared = kFALSE;
1507   GetMaxEnergyCell(geom, cells, cluster, absIdMax,  iSupMod, icolM, irowM, shared);
1508   TH2D* hMap  = (TH2D*)fEMCALBadChannelMap->At(iSupMod);
1509
1510   Int_t dRrow, dRcol;  
1511   Float_t  minDist = 10000.;
1512   Float_t  dist    = 0.;
1513   
1514   //Loop on tower status map 
1515   for(Int_t irow = 0; irow < AliEMCALGeoParams::fgkEMCALRows; irow++)
1516   {
1517     for(Int_t icol = 0; icol < AliEMCALGeoParams::fgkEMCALCols; icol++)
1518     {
1519       //Check if tower is bad.
1520       if(hMap->GetBinContent(icol,irow)==0) continue;
1521       //printf("AliEMCALRecoUtils::RecalculateDistanceToBadChannels() - \n \t Bad channel in SM %d, col %d, row %d, \n \t Cluster max in col %d, row %d\n",
1522       //       iSupMod,icol, irow, icolM,irowM);
1523       
1524       dRrow=TMath::Abs(irowM-irow);
1525       dRcol=TMath::Abs(icolM-icol);
1526       dist=TMath::Sqrt(dRrow*dRrow+dRcol*dRcol);
1527       if(dist < minDist)
1528       {
1529         //printf("MIN DISTANCE TO BAD %2.2f\n",dist);
1530         minDist = dist;
1531       }
1532     }
1533   }
1534   
1535   //In case the cluster is shared by 2 SuperModules, need to check the map of the second Super Module
1536   if (shared) 
1537   {
1538     TH2D* hMap2 = 0;
1539     Int_t iSupMod2 = -1;
1540     
1541     //The only possible combinations are (0,1), (2,3) ... (8,9)
1542     if(iSupMod%2) iSupMod2 = iSupMod-1;
1543     else          iSupMod2 = iSupMod+1;
1544     hMap2  = (TH2D*)fEMCALBadChannelMap->At(iSupMod2);
1545     
1546     //Loop on tower status map of second super module
1547     for(Int_t irow = 0; irow < AliEMCALGeoParams::fgkEMCALRows; irow++)
1548     {
1549       for(Int_t icol = 0; icol < AliEMCALGeoParams::fgkEMCALCols; icol++)
1550       {
1551         //Check if tower is bad.
1552         if(hMap2->GetBinContent(icol,irow)==0) continue;
1553         //printf("AliEMCALRecoUtils::RecalculateDistanceToBadChannels(shared) - \n \t Bad channel in SM %d, col %d, row %d \n \t Cluster max in SM %d, col %d, row %d\n",
1554         //     iSupMod2,icol, irow,iSupMod,icolM,irowM);
1555         dRrow=TMath::Abs(irow-irowM);
1556         
1557         if(iSupMod%2) 
1558         {
1559           dRcol=TMath::Abs(icol-(AliEMCALGeoParams::fgkEMCALCols+icolM));
1560         } else 
1561         {
1562           dRcol=TMath::Abs(AliEMCALGeoParams::fgkEMCALCols+icol-icolM);
1563         }                    
1564         
1565         dist=TMath::Sqrt(dRrow*dRrow+dRcol*dRcol);
1566         if(dist < minDist) minDist = dist;        
1567       }
1568     }
1569   }// shared cluster in 2 SuperModules
1570   
1571   AliDebug(2,Form("Max cluster cell (SM,col,row)=(%d %d %d) - Distance to Bad Channel %2.2f",iSupMod, icolM, irowM, minDist));
1572   cluster->SetDistanceToBadChannel(minDist);
1573 }
1574
1575 //__________________________________________________________________
1576 void AliEMCALRecoUtils::RecalculateClusterPID(AliVCluster * cluster)
1577 {           
1578   //re-evaluate identification parameters with bayesian
1579   
1580   if(!cluster)
1581   {
1582     AliInfo("Cluster pointer null!");
1583     return;
1584   }
1585   
1586   if ( cluster->GetM02() != 0)
1587     fPIDUtils->ComputePID(cluster->E(),cluster->GetM02());
1588   
1589   Float_t pidlist[AliPID::kSPECIESCN+1];
1590   for(Int_t i = 0; i < AliPID::kSPECIESCN+1; i++) pidlist[i] = fPIDUtils->GetPIDFinal(i);
1591         
1592   cluster->SetPID(pidlist);
1593 }
1594
1595 //___________________________________________________________________________________________________________________
1596 void AliEMCALRecoUtils::RecalculateClusterShowerShapeParameters(const AliEMCALGeometry * geom, 
1597                                                                 AliVCaloCells* cells, 
1598                                                                 AliVCluster * cluster,
1599                                                                 Float_t & l0,   Float_t & l1,   
1600                                                                 Float_t & disp, Float_t & dEta, Float_t & dPhi,
1601                                                                 Float_t & sEta, Float_t & sPhi, Float_t & sEtaPhi)
1602 {
1603   // Calculates new center of gravity in the local EMCAL-module coordinates 
1604   // and tranfers into global ALICE coordinates
1605   // Calculates Dispersion and main axis
1606   
1607   if(!cluster)
1608   {
1609     AliInfo("Cluster pointer null!");
1610     return;
1611   }
1612     
1613   Double_t eCell       = 0.;
1614   Float_t  fraction    = 1.;
1615   Float_t  recalFactor = 1.;
1616
1617   Int_t    iSupMod = -1;
1618   Int_t    iTower  = -1;
1619   Int_t    iIphi   = -1;
1620   Int_t    iIeta   = -1;
1621   Int_t    iphi    = -1;
1622   Int_t    ieta    = -1;
1623   Double_t etai    = -1.;
1624   Double_t phii    = -1.;
1625   
1626   Int_t    nstat   = 0 ;
1627   Float_t  wtot    = 0.;
1628   Double_t w       = 0.;
1629   Double_t etaMean = 0.;
1630   Double_t phiMean = 0.;
1631   
1632   //Loop on cells, calculate the cluster energy, in case a cut on cell energy is added
1633   // and to check if the cluster is between 2 SM in eta
1634   Int_t   iSM0   = -1;
1635   Bool_t  shared = kFALSE;
1636   Float_t energy = 0;
1637   
1638   for(Int_t iDigit=0; iDigit < cluster->GetNCells(); iDigit++)
1639   {
1640     //Get from the absid the supermodule, tower and eta/phi numbers
1641     geom->GetCellIndex(cluster->GetCellAbsId(iDigit),iSupMod,iTower,iIphi,iIeta);
1642     geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(iSupMod,iTower,iIphi,iIeta, iphi,ieta);
1643     
1644     //Check if there are cells of different SM
1645     if     (iDigit == 0   ) iSM0 = iSupMod;
1646     else if(iSupMod!= iSM0) shared = kTRUE;
1647     
1648     //Get the cell energy, if recalibration is on, apply factors
1649     fraction  = cluster->GetCellAmplitudeFraction(iDigit);
1650     if(fraction < 1e-4) fraction = 1.; // in case unfolding is off
1651     
1652     if(IsRecalibrationOn())
1653     {
1654       recalFactor = GetEMCALChannelRecalibrationFactor(iSupMod,ieta,iphi);
1655     }
1656     
1657     eCell  = cells->GetCellAmplitude(cluster->GetCellAbsId(iDigit))*fraction*recalFactor;
1658     
1659     energy += eCell;
1660     
1661   }//cell loop
1662   
1663   //Loop on cells
1664   for(Int_t iDigit=0; iDigit < cluster->GetNCells(); iDigit++) 
1665   {
1666     //Get from the absid the supermodule, tower and eta/phi numbers
1667     geom->GetCellIndex(cluster->GetCellAbsId(iDigit),iSupMod,iTower,iIphi,iIeta); 
1668     geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(iSupMod,iTower,iIphi,iIeta, iphi,ieta);        
1669     
1670     //Get the cell energy, if recalibration is on, apply factors
1671     fraction  = cluster->GetCellAmplitudeFraction(iDigit);
1672     if(fraction < 1e-4) fraction = 1.; // in case unfolding is off
1673     
1674     if (!fCellsRecalibrated)
1675     {
1676       if(IsRecalibrationOn()) 
1677       {
1678         recalFactor = GetEMCALChannelRecalibrationFactor(iSupMod,ieta,iphi);
1679       }
1680     }
1681     
1682     eCell  = cells->GetCellAmplitude(cluster->GetCellAbsId(iDigit))*fraction*recalFactor;
1683     
1684     // In case of a shared cluster, index of SM in C side, columns start at 48 and ends at 48*2
1685     // C Side impair SM, nSupMod%2=1; A side pair SM, nSupMod%2=0
1686     if(shared && iSupMod%2) ieta+=AliEMCALGeoParams::fgkEMCALCols;
1687     
1688     if(cluster->E() > 0 && eCell > 0)
1689     {
1690       w  = GetCellWeight(eCell,cluster->E());
1691       
1692       etai=(Double_t)ieta;
1693       phii=(Double_t)iphi;  
1694       
1695       if(w > 0.0) 
1696       {
1697         wtot += w ;
1698         nstat++;            
1699         //Shower shape
1700         sEta     += w * etai * etai ;
1701         etaMean  += w * etai ;
1702         sPhi     += w * phii * phii ;
1703         phiMean  += w * phii ; 
1704         sEtaPhi  += w * etai * phii ; 
1705       }
1706     } 
1707     else
1708       AliError(Form("Wrong energy %f and/or amplitude %f\n", eCell, cluster->E()));
1709   }//cell loop
1710   
1711   //Normalize to the weight  
1712   if (wtot > 0) 
1713   {
1714     etaMean /= wtot ;
1715     phiMean /= wtot ;
1716   }
1717   else
1718     AliError(Form("Wrong weight %f\n", wtot));
1719   
1720   //Calculate dispersion  
1721   for(Int_t iDigit=0; iDigit < cluster->GetNCells(); iDigit++) 
1722   {
1723     //Get from the absid the supermodule, tower and eta/phi numbers
1724     geom->GetCellIndex(cluster->GetCellAbsId(iDigit),iSupMod,iTower,iIphi,iIeta); 
1725     geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(iSupMod,iTower,iIphi,iIeta, iphi,ieta);
1726     
1727     //Get the cell energy, if recalibration is on, apply factors
1728     fraction  = cluster->GetCellAmplitudeFraction(iDigit);
1729     if(fraction < 1e-4) fraction = 1.; // in case unfolding is off
1730     if (IsRecalibrationOn()) 
1731     {
1732       recalFactor = GetEMCALChannelRecalibrationFactor(iSupMod,ieta,iphi);
1733     }
1734     eCell  = cells->GetCellAmplitude(cluster->GetCellAbsId(iDigit))*fraction*recalFactor;
1735     
1736     // In case of a shared cluster, index of SM in C side, columns start at 48 and ends at 48*2
1737     // C Side impair SM, nSupMod%2=1; A side pair SM, nSupMod%2=0
1738     if(shared && iSupMod%2) ieta+=AliEMCALGeoParams::fgkEMCALCols;
1739     
1740     if(cluster->E() > 0 && eCell > 0)
1741     {
1742       w  = GetCellWeight(eCell,cluster->E());
1743       
1744       etai=(Double_t)ieta;
1745       phii=(Double_t)iphi;    
1746       if(w > 0.0) 
1747       { 
1748         disp +=  w *((etai-etaMean)*(etai-etaMean)+(phii-phiMean)*(phii-phiMean)); 
1749         dEta +=  w * (etai-etaMean)*(etai-etaMean) ; 
1750         dPhi +=  w * (phii-phiMean)*(phii-phiMean) ; 
1751       }
1752     }
1753     else
1754       AliError(Form("Wrong energy %f and/or amplitude %f\n", eCell, cluster->E()));
1755   }// cell loop
1756   
1757   //Normalize to the weigth and set shower shape parameters
1758   if (wtot > 0 && nstat > 1) 
1759   {
1760     disp    /= wtot ;
1761     dEta    /= wtot ;
1762     dPhi    /= wtot ;
1763     sEta    /= wtot ;
1764     sPhi    /= wtot ;
1765     sEtaPhi /= wtot ;
1766     
1767     sEta    -= etaMean * etaMean ;
1768     sPhi    -= phiMean * phiMean ;
1769     sEtaPhi -= etaMean * phiMean ;
1770     
1771     l0 = (0.5 * (sEta + sPhi) + TMath::Sqrt( 0.25 * (sEta - sPhi) * (sEta - sPhi) + sEtaPhi * sEtaPhi ));
1772     l1 = (0.5 * (sEta + sPhi) - TMath::Sqrt( 0.25 * (sEta - sPhi) * (sEta - sPhi) + sEtaPhi * sEtaPhi ));
1773   }
1774   else
1775   {
1776     l0   = 0. ;
1777     l1   = 0. ;
1778     dEta = 0. ; dPhi = 0. ; disp    = 0. ;
1779     sEta = 0. ; sPhi = 0. ; sEtaPhi = 0. ;
1780   }  
1781   
1782 }
1783
1784 //____________________________________________________________________________________________
1785 void AliEMCALRecoUtils::RecalculateClusterShowerShapeParameters(const AliEMCALGeometry * geom, 
1786                                                                 AliVCaloCells* cells, 
1787                                                                 AliVCluster * cluster)
1788 {
1789   // Calculates new center of gravity in the local EMCAL-module coordinates 
1790   // and tranfers into global ALICE coordinates
1791   // Calculates Dispersion and main axis and puts them into the cluster
1792   
1793   Float_t l0   = 0., l1   = 0.;
1794   Float_t disp = 0., dEta = 0., dPhi    = 0.; 
1795   Float_t sEta = 0., sPhi = 0., sEtaPhi = 0.;
1796   
1797   AliEMCALRecoUtils::RecalculateClusterShowerShapeParameters(geom,cells,cluster,l0,l1,disp,
1798                                                              dEta, dPhi, sEta, sPhi, sEtaPhi);
1799   
1800   cluster->SetM02(l0);
1801   cluster->SetM20(l1);
1802   if(disp > 0. ) cluster->SetDispersion(TMath::Sqrt(disp)) ;
1803   
1804
1805
1806 //____________________________________________________________________________
1807 void AliEMCALRecoUtils::FindMatches(AliVEvent *event,
1808                                     TObjArray * clusterArr,  
1809                                     const AliEMCALGeometry *geom)
1810 {
1811   //This function should be called before the cluster loop
1812   //Before call this function, please recalculate the cluster positions
1813   //Given the input event, loop over all the tracks, select the closest cluster as matched with fCutR
1814   //Store matched cluster indexes and residuals
1815   
1816   fMatchedTrackIndex  ->Reset();
1817   fMatchedClusterIndex->Reset();
1818   fResidualPhi->Reset();
1819   fResidualEta->Reset();
1820   
1821   fMatchedTrackIndex  ->Set(1000);
1822   fMatchedClusterIndex->Set(1000);
1823   fResidualPhi->Set(1000);
1824   fResidualEta->Set(1000);
1825   
1826   AliESDEvent* esdevent = dynamic_cast<AliESDEvent*> (event);
1827   AliAODEvent* aodevent = dynamic_cast<AliAODEvent*> (event);
1828   
1829   // init the magnetic field if not already on
1830   if(!TGeoGlobalMagField::Instance()->GetField())
1831   {
1832     if (!event->InitMagneticField())
1833     {
1834       AliInfo("Mag Field not initialized, null esd/aod evetn pointers");
1835     }
1836     
1837   } // Init mag field
1838   
1839   if (esdevent) {
1840     UInt_t mask1 = esdevent->GetESDRun()->GetDetectorsInDAQ();
1841     UInt_t mask2 = esdevent->GetESDRun()->GetDetectorsInReco();
1842     Bool_t desc1 = (mask1 >> 3) & 0x1;
1843     Bool_t desc2 = (mask2 >> 3) & 0x1;
1844     if (desc1==0 || desc2==0) { 
1845 //       AliError(Form("TPC not in DAQ/RECO: %u (%u)/%u (%u)", 
1846 //       mask1, esdevent->GetESDRun()->GetDetectorsInReco(),
1847 //       mask2, esdevent->GetESDRun()->GetDetectorsInDAQ()));
1848       fITSTrackSA=kTRUE;
1849     }
1850   }
1851
1852   TObjArray *clusterArray = 0x0;
1853   if(!clusterArr) 
1854   {
1855     clusterArray = new TObjArray(event->GetNumberOfCaloClusters());
1856     for(Int_t icl=0; icl<event->GetNumberOfCaloClusters(); icl++) 
1857     {
1858       AliVCluster *cluster = (AliVCluster*) event->GetCaloCluster(icl);
1859       if(geom && !IsGoodCluster(cluster,geom,(AliVCaloCells*)event->GetEMCALCells())) continue;
1860       clusterArray->AddAt(cluster,icl);
1861     }
1862   }
1863   
1864   Int_t    matched=0;
1865   Double_t cv[21];
1866   for (Int_t i=0; i<21;i++) cv[i]=0;
1867   for(Int_t itr=0; itr<event->GetNumberOfTracks(); itr++)
1868   {
1869     AliExternalTrackParam *trackParam = 0;
1870     
1871     //If the input event is ESD, the starting point for extrapolation is TPCOut, if available, or TPCInner 
1872     AliESDtrack *esdTrack = 0;
1873     AliAODTrack *aodTrack = 0;
1874     if(esdevent)
1875     {
1876       esdTrack = esdevent->GetTrack(itr);
1877       if(!esdTrack) continue;
1878       if(!IsAccepted(esdTrack)) continue;
1879       if(esdTrack->Pt()<fCutMinTrackPt) continue;
1880       Double_t phi = esdTrack->Phi()*TMath::RadToDeg();
1881       if(TMath::Abs(esdTrack->Eta())>0.8 || phi <= 20 || phi >= 240 ) continue;
1882       if(!fITSTrackSA)
1883         trackParam =  const_cast<AliExternalTrackParam*>(esdTrack->GetInnerParam());  // if TPC Available
1884       else
1885         trackParam =  new AliExternalTrackParam(*esdTrack); // If ITS Track Standing alone              
1886     }
1887     
1888     //If the input event is AOD, the starting point for extrapolation is at vertex
1889     //AOD tracks are selected according to its filterbit.
1890     else if(aodevent)
1891     {
1892       aodTrack = aodevent->GetTrack(itr);
1893       if(!aodTrack) continue;
1894             
1895       if(fAODTPCOnlyTracks) // Match with TPC only tracks, default from May 2013, before filter bit 32
1896       {
1897         //printf("Match with TPC only tracks, accept? %d, test bit 128 <%d> \n", aodTrack->IsTPCOnly(), aodTrack->TestFilterMask(128));
1898         if(!aodTrack->IsTPCOnly()) continue ;
1899       }
1900       else if(fAODHybridTracks) // Match with hybrid tracks
1901       {
1902         //printf("Match with Hybrid tracks, accept? %d \n", aodTrack->IsHybridGlobalConstrainedGlobal());
1903         if(!aodTrack->IsHybridGlobalConstrainedGlobal()) continue ;
1904       }
1905       else // Match with tracks on a mask
1906       {
1907         //printf("Match with tracks having filter bit mask %d, accept? %d \n",fAODFilterMask,aodTrack->TestFilterMask(fAODFilterMask));
1908         if(!aodTrack->TestFilterMask(fAODFilterMask) ) continue; //Select AOD tracks
1909       }
1910       
1911       if(aodTrack->Pt()<fCutMinTrackPt) continue;
1912
1913       Double_t phi = aodTrack->Phi()*TMath::RadToDeg();
1914       if(TMath::Abs(aodTrack->Eta())>0.8 || phi <= 20 || phi >= 240 ) continue;
1915       Double_t pos[3],mom[3];
1916       aodTrack->GetXYZ(pos);
1917       aodTrack->GetPxPyPz(mom);
1918       AliDebug(5,Form("aod track: i=%d | pos=(%5.4f,%5.4f,%5.4f) | mom=(%5.4f,%5.4f,%5.4f) | charge=%d\n",itr,pos[0],pos[1],pos[2],mom[0],mom[1],mom[2],aodTrack->Charge()));
1919
1920       trackParam= new AliExternalTrackParam(pos,mom,cv,aodTrack->Charge());
1921     }
1922     
1923     //Return if the input data is not "AOD" or "ESD"
1924     else
1925     {
1926       printf("Wrong input data type! Should be \"AOD\" or \"ESD\"\n");
1927       if(clusterArray)
1928       {
1929         clusterArray->Clear();
1930         delete clusterArray;
1931       }
1932       return;
1933     }
1934     
1935     if(!trackParam) continue;
1936
1937     //Extrapolate the track to EMCal surface
1938     AliExternalTrackParam emcalParam(*trackParam);
1939     Float_t eta, phi, pt;
1940     if(!ExtrapolateTrackToEMCalSurface(&emcalParam, fEMCalSurfaceDistance, fMass, fStepSurface, eta, phi, pt)) 
1941     {
1942       if(aodevent && trackParam) delete trackParam;
1943       if(fITSTrackSA && trackParam) delete trackParam;
1944       continue;
1945     }
1946
1947     if(TMath::Abs(eta)>0.75 || (phi) < 70*TMath::DegToRad() || (phi) > 190*TMath::DegToRad())
1948     {
1949       if(aodevent && trackParam) delete trackParam;
1950       if(fITSTrackSA && trackParam) delete trackParam;
1951       continue;
1952     }
1953
1954     //Find matched clusters
1955     Int_t index = -1;
1956     Float_t dEta = -999, dPhi = -999;
1957     if(!clusterArr)
1958     {
1959       index = FindMatchedClusterInClusterArr(&emcalParam, &emcalParam, clusterArray, dEta, dPhi);  
1960     } 
1961     else
1962     {
1963       index = FindMatchedClusterInClusterArr(&emcalParam, &emcalParam, clusterArr, dEta, dPhi);  
1964     }  
1965     
1966     if(index>-1)
1967     {
1968       fMatchedTrackIndex   ->AddAt(itr,matched);
1969       fMatchedClusterIndex ->AddAt(index,matched);
1970       fResidualEta         ->AddAt(dEta,matched);
1971       fResidualPhi         ->AddAt(dPhi,matched);
1972       matched++;
1973     }
1974     if(aodevent && trackParam) delete trackParam;
1975     if(fITSTrackSA && trackParam) delete trackParam;
1976   }//track loop
1977
1978   if(clusterArray)
1979   {
1980     clusterArray->Clear();
1981     delete clusterArray;
1982   }
1983   
1984   AliDebug(2,Form("Number of matched pairs = %d !\n",matched));
1985   
1986   fMatchedTrackIndex   ->Set(matched);
1987   fMatchedClusterIndex ->Set(matched);
1988   fResidualPhi         ->Set(matched);
1989   fResidualEta         ->Set(matched);
1990 }
1991
1992 //________________________________________________________________________________
1993 Int_t AliEMCALRecoUtils::FindMatchedClusterInEvent(const AliESDtrack *track, 
1994                                                    const AliVEvent *event, 
1995                                                    const AliEMCALGeometry *geom, 
1996                                                    Float_t &dEta, Float_t &dPhi)
1997 {
1998   //
1999   // This function returns the index of matched cluster to input track
2000   // Returns -1 if no match is found
2001   Int_t index = -1;
2002   Double_t phiV = track->Phi()*TMath::RadToDeg();
2003   if(TMath::Abs(track->Eta())>0.8 || phiV <= 20 || phiV >= 240 ) return index;
2004   AliExternalTrackParam *trackParam = 0;
2005   if(!fITSTrackSA)
2006     trackParam = const_cast<AliExternalTrackParam*>(track->GetInnerParam());  // If TPC
2007   else
2008     trackParam = new AliExternalTrackParam(*track);
2009     
2010   if(!trackParam) return index;
2011   AliExternalTrackParam emcalParam(*trackParam);
2012   Float_t eta, phi, pt;
2013
2014   if(!ExtrapolateTrackToEMCalSurface(&emcalParam, fEMCalSurfaceDistance, fMass, fStepSurface, eta, phi, pt))    {
2015         if(fITSTrackSA) delete trackParam;
2016         return index;
2017   }
2018   if(TMath::Abs(eta)>0.75 || (phi) < 70*TMath::DegToRad() || (phi) > 190*TMath::DegToRad()){
2019         if(fITSTrackSA) delete trackParam;
2020         return index;
2021   }
2022   
2023   TObjArray *clusterArr = new TObjArray(event->GetNumberOfCaloClusters());
2024
2025   for(Int_t icl=0; icl<event->GetNumberOfCaloClusters(); icl++)
2026   {
2027     AliVCluster *cluster = (AliVCluster*) event->GetCaloCluster(icl);
2028     if(geom && !IsGoodCluster(cluster,geom,(AliVCaloCells*)event->GetEMCALCells())) continue;
2029     clusterArr->AddAt(cluster,icl);
2030   }
2031
2032   index = FindMatchedClusterInClusterArr(&emcalParam, &emcalParam, clusterArr, dEta, dPhi);  
2033   clusterArr->Clear();
2034   delete clusterArr;
2035   if(fITSTrackSA) delete trackParam;
2036
2037   return index;
2038 }
2039
2040 //_______________________________________________________________________________________________
2041 Int_t  AliEMCALRecoUtils::FindMatchedClusterInClusterArr(const AliExternalTrackParam *emcalParam, 
2042                                                          AliExternalTrackParam *trkParam, 
2043                                                          const TObjArray * clusterArr, 
2044                                                          Float_t &dEta, Float_t &dPhi)
2045 {
2046   // Find matched cluster in array
2047   
2048   dEta=-999, dPhi=-999;
2049   Float_t dRMax = fCutR, dEtaMax=fCutEta, dPhiMax=fCutPhi;
2050   Int_t index = -1;
2051   Float_t tmpEta=-999, tmpPhi=-999;
2052
2053   Double_t exPos[3] = {0.,0.,0.};
2054   if(!emcalParam->GetXYZ(exPos)) return index;
2055
2056   Float_t clsPos[3] = {0.,0.,0.};
2057   for(Int_t icl=0; icl<clusterArr->GetEntriesFast(); icl++)
2058   {
2059     AliVCluster *cluster = dynamic_cast<AliVCluster*> (clusterArr->At(icl)) ;
2060     if(!cluster || !cluster->IsEMCAL()) continue;
2061     cluster->GetPosition(clsPos);
2062     Double_t dR = TMath::Sqrt(TMath::Power(exPos[0]-clsPos[0],2)+TMath::Power(exPos[1]-clsPos[1],2)+TMath::Power(exPos[2]-clsPos[2],2));
2063     if(dR > fClusterWindow) continue;
2064     
2065     AliExternalTrackParam trkPamTmp (*trkParam);//Retrieve the starting point every time before the extrapolation
2066     if(!ExtrapolateTrackToCluster(&trkPamTmp, cluster, fMass, fStepCluster, tmpEta, tmpPhi)) continue;
2067     if(fCutEtaPhiSum)
2068     {
2069       Float_t tmpR=TMath::Sqrt(tmpEta*tmpEta + tmpPhi*tmpPhi);
2070       if(tmpR<dRMax)
2071       {
2072         dRMax=tmpR;
2073         dEtaMax=tmpEta;
2074         dPhiMax=tmpPhi;
2075         index=icl;
2076       }
2077     }
2078     else if(fCutEtaPhiSeparate)
2079     {
2080       if(TMath::Abs(tmpEta)<TMath::Abs(dEtaMax) && TMath::Abs(tmpPhi)<TMath::Abs(dPhiMax))
2081       {
2082         dEtaMax = tmpEta;
2083         dPhiMax = tmpPhi;
2084         index=icl;
2085       }
2086     }
2087     else
2088     {
2089       printf("Error: please specify your cut criteria\n");
2090       printf("To cut on sqrt(dEta^2+dPhi^2), use: SwitchOnCutEtaPhiSum()\n");
2091       printf("To cut on dEta and dPhi separately, use: SwitchOnCutEtaPhiSeparate()\n");
2092       return index;
2093     }
2094   }
2095
2096   dEta=dEtaMax;
2097   dPhi=dPhiMax;
2098
2099   return index;
2100 }
2101
2102 //------------------------------------------------------------------------------------
2103 Bool_t AliEMCALRecoUtils::ExtrapolateTrackToEMCalSurface(AliVTrack *track,
2104                                                          Double_t emcalR, Double_t mass, Double_t step)
2105
2106   // Extrpolate track to EMCAL surface
2107
2108   track->SetTrackPhiEtaPtOnEMCal(-999, -999, -999);
2109
2110   if (track->Pt()<0.350) 
2111     return kFALSE;
2112
2113   Double_t phi = track->Phi()*TMath::RadToDeg();
2114   if (TMath::Abs(track->Eta())>0.9 || phi <= 10 || phi >= 250) 
2115     return kFALSE;
2116
2117   AliESDtrack *esdt = dynamic_cast<AliESDtrack*>(track);
2118   AliAODTrack *aodt = 0;
2119   if (!esdt) {
2120     aodt = dynamic_cast<AliAODTrack*>(track);
2121     if (!aodt)
2122       return kFALSE;
2123   }
2124
2125   if (mass<0) {
2126     Bool_t onlyTPC = kFALSE;
2127     if (mass==-99)
2128       onlyTPC=kTRUE;
2129     if (esdt)
2130       mass = esdt->GetMass(onlyTPC);
2131     else 
2132       mass = aodt->M();
2133   }
2134
2135   AliExternalTrackParam *trackParam = 0;
2136   if (esdt) {
2137     AliExternalTrackParam *in = esdt->GetInnerParam();
2138     if (!in)
2139       return kFALSE;
2140     trackParam = new AliExternalTrackParam(*in);
2141   } else {
2142     Double_t xyz[3] = {0}, pxpypz[3] = {0}, cv[21] = {0};
2143     aodt->PxPyPz(pxpypz);  
2144     aodt->XvYvZv(xyz);
2145     aodt->GetCovarianceXYZPxPyPz(cv);  
2146     trackParam = new AliExternalTrackParam(xyz,pxpypz,cv,aodt->Charge());
2147   }
2148   if (!trackParam)
2149     return kFALSE;
2150
2151   Float_t etaout=-999, phiout=-999, ptout=-999;
2152   Bool_t ret = ExtrapolateTrackToEMCalSurface(trackParam, 
2153                                               emcalR,
2154                                               mass,
2155                                               step,
2156                                               etaout, 
2157                                               phiout,
2158                                               ptout);
2159   delete trackParam;
2160   if (!ret)
2161     return kFALSE;
2162   if (TMath::Abs(etaout)>0.75 || (phiout<70*TMath::DegToRad()) || (phiout>190*TMath::DegToRad()))
2163     return kFALSE;
2164   track->SetTrackPhiEtaPtOnEMCal(phiout, etaout, ptout);
2165   return kTRUE;
2166 }
2167
2168
2169 //------------------------------------------------------------------------------------
2170 Bool_t AliEMCALRecoUtils::ExtrapolateTrackToEMCalSurface(AliExternalTrackParam *trkParam, 
2171                                                          const Double_t emcalR,
2172                                                          const Double_t mass, 
2173                                                          const Double_t step, 
2174                                                          Float_t &eta, 
2175                                                          Float_t &phi,
2176                                                          Float_t &pt)
2177 {
2178   //Extrapolate track to EMCAL surface
2179   
2180   eta = -999, phi = -999, pt = -999;
2181   if(!trkParam) return kFALSE;
2182   if(!AliTrackerBase::PropagateTrackToBxByBz(trkParam, emcalR, mass, step, kTRUE, 0.8, -1)) return kFALSE;
2183   Double_t trkPos[3] = {0.,0.,0.};
2184   if(!trkParam->GetXYZ(trkPos)) return kFALSE;
2185   TVector3 trkPosVec(trkPos[0],trkPos[1],trkPos[2]);
2186   eta = trkPosVec.Eta();
2187   phi = trkPosVec.Phi();
2188   pt = trkParam->Pt();
2189   if(phi<0)
2190     phi += 2*TMath::Pi();
2191
2192   return kTRUE;
2193 }
2194
2195 //-----------------------------------------------------------------------------------
2196 Bool_t AliEMCALRecoUtils::ExtrapolateTrackToPosition(AliExternalTrackParam *trkParam, 
2197                                                      const Float_t *clsPos, 
2198                                                      Double_t mass, 
2199                                                      Double_t step, 
2200                                                      Float_t &tmpEta, 
2201                                                      Float_t &tmpPhi)
2202 {
2203   //
2204   //Return the residual by extrapolating a track param to a global position
2205   //
2206   tmpEta = -999;
2207   tmpPhi = -999;
2208   if(!trkParam) return kFALSE;
2209   Double_t trkPos[3] = {0.,0.,0.};
2210   TVector3 vec(clsPos[0],clsPos[1],clsPos[2]);
2211   Double_t alpha =  ((int)(vec.Phi()*TMath::RadToDeg()/20)+0.5)*20*TMath::DegToRad();
2212   vec.RotateZ(-alpha); //Rotate the cluster to the local extrapolation coordinate system
2213   if(!AliTrackerBase::PropagateTrackToBxByBz(trkParam, vec.X(), mass, step,kTRUE, 0.8, -1)) return kFALSE;
2214   if(!trkParam->GetXYZ(trkPos)) return kFALSE; //Get the extrapolated global position
2215
2216   TVector3 clsPosVec(clsPos[0],clsPos[1],clsPos[2]);
2217   TVector3 trkPosVec(trkPos[0],trkPos[1],trkPos[2]);
2218
2219   // track cluster matching
2220   tmpPhi = clsPosVec.DeltaPhi(trkPosVec);    // tmpPhi is between -pi and pi
2221   tmpEta = clsPosVec.Eta()-trkPosVec.Eta();
2222
2223   return kTRUE;
2224 }
2225
2226 //----------------------------------------------------------------------------------
2227 Bool_t AliEMCALRecoUtils::ExtrapolateTrackToCluster(AliExternalTrackParam *trkParam, 
2228                                                     const AliVCluster *cluster, 
2229                                                     const Double_t mass, 
2230                                                     const Double_t step, 
2231                                                     Float_t &tmpEta, 
2232                                                     Float_t &tmpPhi)
2233 {
2234   //
2235   //Return the residual by extrapolating a track param to a cluster
2236   //
2237   tmpEta = -999;
2238   tmpPhi = -999;
2239   if(!cluster || !trkParam) return kFALSE;
2240
2241   Float_t clsPos[3] = {0.,0.,0.};
2242   cluster->GetPosition(clsPos);
2243
2244   return ExtrapolateTrackToPosition(trkParam, clsPos, mass, step, tmpEta, tmpPhi);
2245 }
2246
2247 //---------------------------------------------------------------------------------
2248 Bool_t AliEMCALRecoUtils::ExtrapolateTrackToCluster(AliExternalTrackParam *trkParam, 
2249                                                     const AliVCluster *cluster, 
2250                                                     Float_t &tmpEta, 
2251                                                     Float_t &tmpPhi)
2252 {
2253   //
2254   //Return the residual by extrapolating a track param to a clusterfStepCluster
2255   //
2256
2257   return ExtrapolateTrackToCluster(trkParam, cluster, fMass, fStepCluster, tmpEta, tmpPhi);
2258 }
2259
2260 //_______________________________________________________________________
2261 void AliEMCALRecoUtils::GetMatchedResiduals(const Int_t clsIndex, 
2262                                             Float_t &dEta, Float_t &dPhi)
2263 {
2264   //Given a cluster index as in AliESDEvent::GetCaloCluster(clsIndex)
2265   //Get the residuals dEta and dPhi for this cluster to the closest track
2266   //Works with ESDs and AODs
2267
2268   if( FindMatchedPosForCluster(clsIndex) >= 999 )
2269   {
2270     AliDebug(2,"No matched tracks found!\n");
2271     dEta=999.;
2272     dPhi=999.;
2273     return;
2274   }
2275   dEta = fResidualEta->At(FindMatchedPosForCluster(clsIndex));
2276   dPhi = fResidualPhi->At(FindMatchedPosForCluster(clsIndex));
2277 }
2278
2279 //______________________________________________________________________________________________
2280 void AliEMCALRecoUtils::GetMatchedClusterResiduals(Int_t trkIndex, Float_t &dEta, Float_t &dPhi)
2281 {
2282   //Given a track index as in AliESDEvent::GetTrack(trkIndex)
2283   //Get the residuals dEta and dPhi for this track to the closest cluster
2284   //Works with ESDs and AODs
2285
2286   if( FindMatchedPosForTrack(trkIndex) >= 999 )
2287   {
2288     AliDebug(2,"No matched cluster found!\n");
2289     dEta=999.;
2290     dPhi=999.;
2291     return;
2292   }
2293   dEta = fResidualEta->At(FindMatchedPosForTrack(trkIndex));
2294   dPhi = fResidualPhi->At(FindMatchedPosForTrack(trkIndex));
2295 }
2296
2297 //__________________________________________________________
2298 Int_t AliEMCALRecoUtils::GetMatchedTrackIndex(Int_t clsIndex)
2299 {
2300   //Given a cluster index as in AliESDEvent::GetCaloCluster(clsIndex)
2301   //Get the index of matched track to this cluster
2302   //Works with ESDs and AODs
2303   
2304   if(IsClusterMatched(clsIndex))
2305     return fMatchedTrackIndex->At(FindMatchedPosForCluster(clsIndex));
2306   else 
2307     return -1; 
2308 }
2309
2310 //__________________________________________________________
2311 Int_t AliEMCALRecoUtils::GetMatchedClusterIndex(Int_t trkIndex)
2312 {
2313   //Given a track index as in AliESDEvent::GetTrack(trkIndex)
2314   //Get the index of matched cluster to this track
2315   //Works with ESDs and AODs
2316   
2317   if(IsTrackMatched(trkIndex))
2318     return fMatchedClusterIndex->At(FindMatchedPosForTrack(trkIndex));
2319   else 
2320     return -1; 
2321 }
2322
2323 //______________________________________________________________
2324 Bool_t AliEMCALRecoUtils::IsClusterMatched(Int_t clsIndex) const
2325 {
2326   //Given a cluster index as in AliESDEvent::GetCaloCluster(clsIndex)
2327   //Returns if the cluster has a match
2328   if(FindMatchedPosForCluster(clsIndex) < 999) 
2329     return kTRUE;
2330   else
2331     return kFALSE;
2332 }
2333
2334 //____________________________________________________________
2335 Bool_t AliEMCALRecoUtils::IsTrackMatched(Int_t trkIndex) const 
2336 {
2337   //Given a track index as in AliESDEvent::GetTrack(trkIndex)
2338   //Returns if the track has a match
2339   if(FindMatchedPosForTrack(trkIndex) < 999) 
2340     return kTRUE;
2341   else
2342     return kFALSE;
2343 }
2344
2345 //______________________________________________________________________
2346 UInt_t AliEMCALRecoUtils::FindMatchedPosForCluster(Int_t clsIndex) const
2347 {
2348   //Given a cluster index as in AliESDEvent::GetCaloCluster(clsIndex)
2349   //Returns the position of the match in the fMatchedClusterIndex array
2350   Float_t tmpR = fCutR;
2351   UInt_t pos = 999;
2352   
2353   for(Int_t i=0; i<fMatchedClusterIndex->GetSize(); i++) 
2354   {
2355     if(fMatchedClusterIndex->At(i)==clsIndex) 
2356     {
2357       Float_t r = TMath::Sqrt(fResidualEta->At(i)*fResidualEta->At(i) + fResidualPhi->At(i)*fResidualPhi->At(i));
2358       if(r<tmpR) 
2359       {
2360         pos=i;
2361         tmpR=r;
2362         AliDebug(3,Form("Matched cluster index: index: %d, dEta: %2.4f, dPhi: %2.4f.\n",
2363                         fMatchedClusterIndex->At(i),fResidualEta->At(i),fResidualPhi->At(i)));
2364       }
2365     }
2366   }
2367   return pos;
2368 }
2369
2370 //____________________________________________________________________
2371 UInt_t AliEMCALRecoUtils::FindMatchedPosForTrack(Int_t trkIndex) const
2372 {
2373   //Given a track index as in AliESDEvent::GetTrack(trkIndex)
2374   //Returns the position of the match in the fMatchedTrackIndex array
2375   Float_t tmpR = fCutR;
2376   UInt_t pos = 999;
2377   
2378   for(Int_t i=0; i<fMatchedTrackIndex->GetSize(); i++) 
2379   {
2380     if(fMatchedTrackIndex->At(i)==trkIndex) 
2381     {
2382       Float_t r = TMath::Sqrt(fResidualEta->At(i)*fResidualEta->At(i) + fResidualPhi->At(i)*fResidualPhi->At(i));
2383       if(r<tmpR) 
2384       {
2385         pos=i;
2386         tmpR=r;
2387         AliDebug(3,Form("Matched track index: index: %d, dEta: %2.4f, dPhi: %2.4f.\n",
2388                         fMatchedTrackIndex->At(i),fResidualEta->At(i),fResidualPhi->At(i)));
2389       }
2390     }
2391   }
2392   return pos;
2393 }
2394
2395 //__________________________________________________________________________
2396 Bool_t AliEMCALRecoUtils::IsGoodCluster(AliVCluster *cluster, 
2397                                         const AliEMCALGeometry *geom, 
2398                                         AliVCaloCells* cells,const Int_t bc)
2399 {
2400   // check if the cluster survives some quality cut
2401   //
2402   //
2403   Bool_t isGood=kTRUE;
2404
2405   if(!cluster || !cluster->IsEMCAL())              return kFALSE;
2406   
2407   if(ClusterContainsBadChannel(geom,cluster->GetCellsAbsId(),cluster->GetNCells())) return kFALSE;
2408   
2409   if(!CheckCellFiducialRegion(geom,cluster,cells)) return kFALSE;
2410   
2411   if(IsExoticCluster(cluster, cells,bc))           return kFALSE;
2412
2413   return isGood;
2414 }
2415
2416 //__________________________________________________________
2417 Bool_t AliEMCALRecoUtils::IsAccepted(AliESDtrack *esdTrack)
2418 {
2419   // Given a esd track, return whether the track survive all the cuts
2420
2421   // The different quality parameter are first
2422   // retrieved from the track. then it is found out what cuts the
2423   // track did not survive and finally the cuts are imposed.
2424
2425   UInt_t status = esdTrack->GetStatus();
2426
2427   Int_t nClustersITS = esdTrack->GetITSclusters(0);
2428   Int_t nClustersTPC = esdTrack->GetTPCclusters(0);
2429
2430   Float_t chi2PerClusterITS = -1;
2431   Float_t chi2PerClusterTPC = -1;
2432   if (nClustersITS!=0)
2433     chi2PerClusterITS = esdTrack->GetITSchi2()/Float_t(nClustersITS);
2434   if (nClustersTPC!=0) 
2435     chi2PerClusterTPC = esdTrack->GetTPCchi2()/Float_t(nClustersTPC);
2436
2437
2438   //DCA cuts
2439   if(fTrackCutsType==kGlobalCut)
2440     {
2441       Float_t maxDCAToVertexXYPtDep = 0.0182 + 0.0350/TMath::Power(esdTrack->Pt(),1.01); //This expression comes from AliESDtrackCuts::GetStandardITSTPCTrackCuts2010()
2442       //AliDebug(3,Form("Track pT = %f, DCAtoVertexXY = %f",esdTrack->Pt(),MaxDCAToVertexXYPtDep));
2443       SetMaxDCAToVertexXY(maxDCAToVertexXYPtDep); //Set pT dependent DCA cut to vertex in x-y plane
2444     }
2445
2446
2447   Float_t b[2];
2448   Float_t bCov[3];
2449   esdTrack->GetImpactParameters(b,bCov);
2450   if (bCov[0]<=0 || bCov[2]<=0) 
2451   {
2452     AliDebug(1, "Estimated b resolution lower or equal zero!");
2453     bCov[0]=0; bCov[2]=0;
2454   }
2455
2456   Float_t dcaToVertexXY = b[0];
2457   Float_t dcaToVertexZ = b[1];
2458   Float_t dcaToVertex = -1;
2459
2460   if (fCutDCAToVertex2D)
2461     dcaToVertex = TMath::Sqrt(dcaToVertexXY*dcaToVertexXY/fCutMaxDCAToVertexXY/fCutMaxDCAToVertexXY + dcaToVertexZ*dcaToVertexZ/fCutMaxDCAToVertexZ/fCutMaxDCAToVertexZ);
2462   else
2463     dcaToVertex = TMath::Sqrt(dcaToVertexXY*dcaToVertexXY + dcaToVertexZ*dcaToVertexZ);
2464     
2465   // cut the track?
2466   
2467   Bool_t cuts[kNCuts];
2468   for (Int_t i=0; i<kNCuts; i++) cuts[i]=kFALSE;
2469   
2470   // track quality cuts
2471   if (fCutRequireTPCRefit && (status&AliESDtrack::kTPCrefit)==0)
2472     cuts[0]=kTRUE;
2473   if (fCutRequireITSRefit && (status&AliESDtrack::kITSrefit)==0)
2474     cuts[1]=kTRUE;
2475   if (nClustersTPC<fCutMinNClusterTPC)
2476     cuts[2]=kTRUE;
2477   if (nClustersITS<fCutMinNClusterITS) 
2478     cuts[3]=kTRUE;
2479   if (chi2PerClusterTPC>fCutMaxChi2PerClusterTPC) 
2480     cuts[4]=kTRUE; 
2481   if (chi2PerClusterITS>fCutMaxChi2PerClusterITS) 
2482     cuts[5]=kTRUE;  
2483   if (!fCutAcceptKinkDaughters && esdTrack->GetKinkIndex(0)>0)
2484     cuts[6]=kTRUE;
2485   if (fCutDCAToVertex2D && dcaToVertex > 1)
2486     cuts[7] = kTRUE;
2487   if (!fCutDCAToVertex2D && TMath::Abs(dcaToVertexXY) > fCutMaxDCAToVertexXY)
2488     cuts[8] = kTRUE;
2489   if (!fCutDCAToVertex2D && TMath::Abs(dcaToVertexZ) > fCutMaxDCAToVertexZ)
2490     cuts[9] = kTRUE;
2491
2492   if(fTrackCutsType==kGlobalCut)
2493     {
2494       //Require at least one SPD point + anything else in ITS
2495       if( (esdTrack->HasPointOnITSLayer(0) || esdTrack->HasPointOnITSLayer(1)) == kFALSE)
2496   cuts[10] = kTRUE;
2497     }
2498
2499       // ITS
2500   if(fCutRequireITSStandAlone || fCutRequireITSpureSA){
2501     if ((status & AliESDtrack::kITSin) == 0 || (status & AliESDtrack::kTPCin)){
2502       // TPC tracks
2503       cuts[11] = kTRUE; 
2504     }else{
2505       // ITS standalone tracks
2506       if(fCutRequireITSStandAlone && !fCutRequireITSpureSA){
2507         if(status & AliESDtrack::kITSpureSA) cuts[11] = kTRUE;
2508       }else if(fCutRequireITSpureSA){
2509         if(!(status & AliESDtrack::kITSpureSA)) cuts[11] = kTRUE;
2510       }
2511     }
2512   }
2513   
2514   Bool_t cut=kFALSE;
2515   for (Int_t i=0; i<kNCuts; i++)
2516     if (cuts[i]) { cut = kTRUE ; }
2517
2518     // cut the track
2519   if (cut) 
2520     return kFALSE;
2521   else 
2522     return kTRUE;
2523 }
2524
2525 //_____________________________________
2526 void AliEMCALRecoUtils::InitTrackCuts()
2527 {
2528   //Intilize the track cut criteria
2529   //By default these cuts are set according to AliESDtrackCuts::GetStandardTPCOnlyTrackCuts()
2530   //Also you can customize the cuts using the setters
2531   
2532   switch (fTrackCutsType)
2533   {
2534     case kTPCOnlyCut:
2535     {
2536       AliInfo(Form("Track cuts for matching: GetStandardTPCOnlyTrackCuts()"));
2537       //TPC
2538       SetMinNClustersTPC(70);
2539       SetMaxChi2PerClusterTPC(4);
2540       SetAcceptKinkDaughters(kFALSE);
2541       SetRequireTPCRefit(kFALSE);
2542       
2543       //ITS
2544       SetRequireITSRefit(kFALSE);
2545       SetMaxDCAToVertexZ(3.2);
2546       SetMaxDCAToVertexXY(2.4);
2547       SetDCAToVertex2D(kTRUE);
2548       
2549       break;
2550     }
2551       
2552     case kGlobalCut:
2553     {
2554       AliInfo(Form("Track cuts for matching: GetStandardITSTPCTrackCuts2010(kTURE)"));
2555       //TPC
2556       SetMinNClustersTPC(70);
2557       SetMaxChi2PerClusterTPC(4);
2558       SetAcceptKinkDaughters(kFALSE);
2559       SetRequireTPCRefit(kTRUE);
2560       
2561       //ITS
2562       SetRequireITSRefit(kTRUE);
2563       SetMaxDCAToVertexZ(2);
2564       SetMaxDCAToVertexXY();
2565       SetDCAToVertex2D(kFALSE);
2566       
2567       break;
2568     }
2569       
2570     case kLooseCut:
2571     {
2572       AliInfo(Form("Track cuts for matching: Loose cut w/o DCA cut"));
2573       SetMinNClustersTPC(50);
2574       SetAcceptKinkDaughters(kTRUE);
2575       
2576       break;
2577     }
2578
2579     case kITSStandAlone:
2580     {
2581       AliInfo(Form("Track cuts for matching: ITS Stand Alone tracks cut w/o DCA cut"));
2582       SetRequireITSRefit(kTRUE);
2583       SetRequireITSStandAlone(kTRUE);
2584       SetITSTrackSA(kTRUE);
2585       break;
2586     }
2587     
2588   }
2589 }
2590
2591
2592 //________________________________________________________________________
2593 void AliEMCALRecoUtils::SetClusterMatchedToTrack(const AliVEvent *event)
2594 {
2595   // Checks if tracks are matched to EMC clusters and set the matched EMCAL cluster index to ESD track. 
2596
2597   Int_t nTracks = event->GetNumberOfTracks();
2598   for (Int_t iTrack = 0; iTrack < nTracks; ++iTrack) 
2599   {
2600     AliVTrack* track = dynamic_cast<AliVTrack*>(event->GetTrack(iTrack));
2601     if (!track) 
2602     {
2603       AliWarning(Form("Could not receive track %d", iTrack));
2604       continue;
2605     }
2606     
2607     Int_t matchClusIndex = GetMatchedClusterIndex(iTrack);       
2608     track->SetEMCALcluster(matchClusIndex); //sets -1 if track not matched within residual
2609     /*the following can be done better if AliVTrack::SetStatus will be there. Patch pending with Andreas/Peter*/
2610     AliESDtrack* esdtrack = dynamic_cast<AliESDtrack*>(track);
2611     if (esdtrack) { 
2612       if(matchClusIndex != -1) 
2613         esdtrack->SetStatus(AliESDtrack::kEMCALmatch);
2614       else
2615         esdtrack->ResetStatus(AliESDtrack::kEMCALmatch);
2616     } else {
2617       AliAODTrack* aodtrack = dynamic_cast<AliAODTrack*>(track);
2618       if(matchClusIndex != -1) 
2619         aodtrack->SetStatus(AliESDtrack::kEMCALmatch);
2620       else
2621         aodtrack->ResetStatus(AliESDtrack::kEMCALmatch);
2622     }
2623
2624   }
2625   AliDebug(2,"Track matched to closest cluster");  
2626 }
2627
2628 //_________________________________________________________________________
2629 void AliEMCALRecoUtils::SetTracksMatchedToCluster(const AliVEvent *event)
2630 {
2631   // Checks if EMC clusters are matched to ESD track.
2632   // Adds track indexes of all the tracks matched to a cluster withing residuals in ESDCalocluster.
2633   
2634   for (Int_t iClus=0; iClus < event->GetNumberOfCaloClusters(); ++iClus) 
2635   {
2636     AliVCluster *cluster = event->GetCaloCluster(iClus);
2637     if (!cluster->IsEMCAL()) 
2638       continue;
2639     
2640     Int_t nTracks = event->GetNumberOfTracks();
2641     TArrayI arrayTrackMatched(nTracks);
2642     
2643     // Get the closest track matched to the cluster
2644     Int_t nMatched = 0;
2645     Int_t matchTrackIndex = GetMatchedTrackIndex(iClus);
2646     if (matchTrackIndex != -1) 
2647     {
2648       arrayTrackMatched[nMatched] = matchTrackIndex;
2649       nMatched++;
2650     }
2651     
2652     // Get all other tracks matched to the cluster
2653     for(Int_t iTrk=0; iTrk<nTracks; ++iTrk) 
2654     {
2655       AliVTrack* track = dynamic_cast<AliVTrack*>(event->GetTrack(iTrk));
2656       if(iTrk == matchTrackIndex) continue;
2657       if(track->GetEMCALcluster() == iClus)
2658       {
2659         arrayTrackMatched[nMatched] = iTrk;
2660         ++nMatched;
2661       }
2662     }
2663     
2664     //printf("Tender::SetTracksMatchedToCluster - cluster E %f, N matches %d, first match %d\n",cluster->E(),nMatched,arrayTrackMatched[0]);
2665     
2666     arrayTrackMatched.Set(nMatched);
2667     AliESDCaloCluster *esdcluster = dynamic_cast<AliESDCaloCluster*>(cluster);
2668     if (esdcluster) 
2669       esdcluster->AddTracksMatched(arrayTrackMatched);
2670     else if (nMatched>0) {
2671       AliAODCaloCluster *aodcluster = dynamic_cast<AliAODCaloCluster*>(cluster);
2672       if (aodcluster)
2673         aodcluster->AddTrackMatched(event->GetTrack(arrayTrackMatched.At(0)));
2674     }
2675     
2676     Float_t eta= -999, phi = -999;
2677     if (matchTrackIndex != -1) 
2678       GetMatchedResiduals(iClus, eta, phi);
2679     cluster->SetTrackDistance(phi, eta);
2680   }
2681   
2682   AliDebug(2,"Cluster matched to tracks");  
2683 }
2684
2685 //___________________________________________________
2686 void AliEMCALRecoUtils::Print(const Option_t *) const 
2687 {
2688   // Print Parameters
2689   
2690   printf("AliEMCALRecoUtils Settings: \n");
2691   printf("Misalignment shifts\n");
2692   for(Int_t i=0; i<5; i++) printf("\t sector %d, traslation (x,y,z)=(%f,%f,%f), rotation (x,y,z)=(%f,%f,%f)\n",i, 
2693                                   fMisalTransShift[i*3],fMisalTransShift[i*3+1],fMisalTransShift[i*3+2],
2694                                   fMisalRotShift[i*3],  fMisalRotShift[i*3+1],  fMisalRotShift[i*3+2]   );
2695   printf("Non linearity function %d, parameters:\n", fNonLinearityFunction);
2696   for(Int_t i=0; i<6; i++) printf("param[%d]=%f\n",i, fNonLinearityParams[i]);
2697   
2698   printf("Position Recalculation option %d, Particle Type %d, fW0 %2.2f, Recalibrate Data %d \n",fPosAlgo,fParticleType,fW0, fRecalibration);
2699
2700   printf("Matching criteria: ");
2701   if(fCutEtaPhiSum)
2702     {
2703       printf("sqrt(dEta^2+dPhi^2)<%4.3f\n",fCutR);
2704     }
2705   else if(fCutEtaPhiSeparate)
2706     {
2707       printf("dEta<%4.3f, dPhi<%4.3f\n",fCutEta,fCutPhi);
2708     }
2709   else
2710     {
2711       printf("Error\n");
2712       printf("please specify your cut criteria\n");
2713       printf("To cut on sqrt(dEta^2+dPhi^2), use: SwitchOnCutEtaPhiSum()\n");
2714       printf("To cut on dEta and dPhi separately, use: SwitchOnCutEtaPhiSeparate()\n");
2715     }
2716
2717   printf("Mass hypothesis = %2.3f [GeV/c^2], extrapolation step to surface = %2.2f[cm], step to cluster = %2.2f[cm]\n",fMass,fStepSurface, fStepCluster);
2718   printf("Cluster selection window: dR < %2.0f\n",fClusterWindow);
2719
2720   printf("Track cuts: \n");
2721   printf("Minimum track pT: %1.2f\n",fCutMinTrackPt);
2722   printf("AOD track selection: tpc only %d, or hybrid %d, or mask: %d\n",fAODTPCOnlyTracks,fAODHybridTracks, fAODFilterMask);
2723   printf("TPCRefit = %d, ITSRefit = %d\n",fCutRequireTPCRefit,fCutRequireITSRefit);
2724   printf("AcceptKinks = %d\n",fCutAcceptKinkDaughters);
2725   printf("MinNCulsterTPC = %d, MinNClusterITS = %d\n",fCutMinNClusterTPC,fCutMinNClusterITS);
2726   printf("MaxChi2TPC = %2.2f, MaxChi2ITS = %2.2f\n",fCutMaxChi2PerClusterTPC,fCutMaxChi2PerClusterITS);
2727   printf("DCSToVertex2D = %d, MaxDCAToVertexXY = %2.2f, MaxDCAToVertexZ = %2.2f\n",fCutDCAToVertex2D,fCutMaxDCAToVertexXY,fCutMaxDCAToVertexZ);
2728 }
2729