d607f903a723f80d3590260257907cfbf8a9cf7a
[u/mrichter/AliRoot.git] / EMCAL / AliEMCALRecoUtils.cxx
1 /**************************************************************************
2  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
3  *                                                                        *
4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
6  *                                                                        *
7  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
9  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
10  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
11  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
12  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
14  **************************************************************************/
15
16 /* $Id: AliEMCALRecoUtils.cxx 33808 2009-07-15 09:48:08Z gconesab $ */
17
18 ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
19 //
20 // Class AliEMCALRecoUtils
21 // Some utilities to recalculate the cluster position or energy linearity
22 //
23 //
24 // Author:  Gustavo Conesa (LPSC- Grenoble) 
25 //          Track matching part: Rongrong Ma (Yale)
26
27 ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
28 // --- standard c ---
29
30 // standard C++ includes
31 //#include <Riostream.h>
32
33 // ROOT includes
34 #include <TGeoManager.h>
35 #include <TGeoMatrix.h>
36 #include <TGeoBBox.h>
37 #include <TH2F.h>
38 #include <TArrayI.h>
39 #include <TArrayF.h>
40 #include <TObjArray.h>
41
42 // STEER includes
43 #include "AliVCluster.h"
44 #include "AliVCaloCells.h"
45 #include "AliLog.h"
46 #include "AliPID.h"
47 #include "AliESDEvent.h"
48 #include "AliAODEvent.h"
49 #include "AliESDtrack.h"
50 #include "AliAODTrack.h"
51 #include "AliExternalTrackParam.h"
52 #include "AliESDfriendTrack.h"
53 #include "AliTrackerBase.h"
54
55 // EMCAL includes
56 #include "AliEMCALRecoUtils.h"
57 #include "AliEMCALGeometry.h"
58 #include "AliTrackerBase.h"
59 #include "AliEMCALPIDUtils.h"
60
61
62 ClassImp(AliEMCALRecoUtils)
63   
64 //_____________________________________
65 AliEMCALRecoUtils::AliEMCALRecoUtils():
66   fParticleType(0),                       fPosAlgo(0),                            fW0(0), 
67   fNonLinearityFunction(0),               fNonLinearThreshold(0),
68   fSmearClusterEnergy(kFALSE),            fRandom(),
69   fCellsRecalibrated(kFALSE),             fRecalibration(kFALSE),                 fEMCALRecalibrationFactors(),
70   fTimeRecalibration(kFALSE),             fEMCALTimeRecalibrationFactors(),       fUseRunCorrectionFactors(kFALSE),       
71   fRemoveBadChannels(kFALSE),             fRecalDistToBadChannels(kFALSE),        fEMCALBadChannelMap(),
72   fNCellsFromEMCALBorder(0),              fNoEMCALBorderAtEta0(kTRUE),
73   fRejectExoticCluster(kFALSE),           fRejectExoticCells(kFALSE), 
74   fExoticCellFraction(0),                 fExoticCellDiffTime(0),                 fExoticCellMinAmplitude(0),
75   fPIDUtils(),                            fAODFilterMask(0),
76   fMatchedTrackIndex(0x0),                fMatchedClusterIndex(0x0), 
77   fResidualEta(0x0), fResidualPhi(0x0),   fCutEtaPhiSum(kFALSE),                  fCutEtaPhiSeparate(kFALSE), 
78   fCutR(0),                               fCutEta(0),                             fCutPhi(0),
79   fClusterWindow(0),                      fMass(0),                           
80   fStepSurface(0),                        fStepCluster(0),
81   fTrackCutsType(0),                      fCutMinTrackPt(0),                      fCutMinNClusterTPC(0), 
82   fCutMinNClusterITS(0),                  fCutMaxChi2PerClusterTPC(0),            fCutMaxChi2PerClusterITS(0),
83   fCutRequireTPCRefit(kFALSE),            fCutRequireITSRefit(kFALSE),            fCutAcceptKinkDaughters(kFALSE),
84   fCutMaxDCAToVertexXY(0),                fCutMaxDCAToVertexZ(0),                 fCutDCAToVertex2D(kFALSE)
85 {
86 //
87   // Constructor.
88   // Initialize all constant values which have to be used
89   // during Reco algorithm execution
90   //
91   
92   // Init parameters
93   InitParameters();
94   
95   //Track matching
96   fMatchedTrackIndex     = new TArrayI();
97   fMatchedClusterIndex   = new TArrayI();
98   fResidualPhi           = new TArrayF();
99   fResidualEta           = new TArrayF();
100   fPIDUtils              = new AliEMCALPIDUtils();
101
102   InitTrackCuts();
103 }
104
105 //______________________________________________________________________
106 AliEMCALRecoUtils::AliEMCALRecoUtils(const AliEMCALRecoUtils & reco) 
107 : TNamed(reco), 
108   fParticleType(reco.fParticleType),                         fPosAlgo(reco.fPosAlgo),     fW0(reco.fW0),
109   fNonLinearityFunction(reco.fNonLinearityFunction),         fNonLinearThreshold(reco.fNonLinearThreshold),
110   fSmearClusterEnergy(reco.fSmearClusterEnergy),             fRandom(),
111   fCellsRecalibrated(reco.fCellsRecalibrated),
112   fRecalibration(reco.fRecalibration),                       fEMCALRecalibrationFactors(reco.fEMCALRecalibrationFactors),
113   fTimeRecalibration(reco.fTimeRecalibration),               fEMCALTimeRecalibrationFactors(reco.fEMCALTimeRecalibrationFactors),
114   fUseRunCorrectionFactors(reco.fUseRunCorrectionFactors),   
115   fRemoveBadChannels(reco.fRemoveBadChannels),               fRecalDistToBadChannels(reco.fRecalDistToBadChannels),
116   fEMCALBadChannelMap(reco.fEMCALBadChannelMap),
117   fNCellsFromEMCALBorder(reco.fNCellsFromEMCALBorder),       fNoEMCALBorderAtEta0(reco.fNoEMCALBorderAtEta0),
118   fRejectExoticCluster(reco.fRejectExoticCluster),           fRejectExoticCells(reco.fRejectExoticCells), 
119   fExoticCellFraction(reco.fExoticCellFraction),             fExoticCellDiffTime(reco.fExoticCellDiffTime),               
120   fExoticCellMinAmplitude(reco.fExoticCellMinAmplitude),
121   fPIDUtils(reco.fPIDUtils),                                 fAODFilterMask(reco.fAODFilterMask),
122   fMatchedTrackIndex(  reco.fMatchedTrackIndex?  new TArrayI(*reco.fMatchedTrackIndex):0x0),
123   fMatchedClusterIndex(reco.fMatchedClusterIndex?new TArrayI(*reco.fMatchedClusterIndex):0x0),
124   fResidualEta(        reco.fResidualEta?        new TArrayF(*reco.fResidualEta):0x0),
125   fResidualPhi(        reco.fResidualPhi?        new TArrayF(*reco.fResidualPhi):0x0),
126   fCutEtaPhiSum(reco.fCutEtaPhiSum),                         fCutEtaPhiSeparate(reco.fCutEtaPhiSeparate), 
127   fCutR(reco.fCutR),        fCutEta(reco.fCutEta),           fCutPhi(reco.fCutPhi),
128   fClusterWindow(reco.fClusterWindow),
129   fMass(reco.fMass),        fStepSurface(reco.fStepSurface), fStepCluster(reco.fStepCluster),
130   fTrackCutsType(reco.fTrackCutsType),                       fCutMinTrackPt(reco.fCutMinTrackPt), 
131   fCutMinNClusterTPC(reco.fCutMinNClusterTPC),               fCutMinNClusterITS(reco.fCutMinNClusterITS), 
132   fCutMaxChi2PerClusterTPC(reco.fCutMaxChi2PerClusterTPC),   fCutMaxChi2PerClusterITS(reco.fCutMaxChi2PerClusterITS),
133   fCutRequireTPCRefit(reco.fCutRequireTPCRefit),             fCutRequireITSRefit(reco.fCutRequireITSRefit),
134   fCutAcceptKinkDaughters(reco.fCutAcceptKinkDaughters),     fCutMaxDCAToVertexXY(reco.fCutMaxDCAToVertexXY),    
135   fCutMaxDCAToVertexZ(reco.fCutMaxDCAToVertexZ),             fCutDCAToVertex2D(reco.fCutDCAToVertex2D)
136 {
137   //Copy ctor
138   
139   for(Int_t i = 0; i < 15 ; i++) { fMisalRotShift[i]      = reco.fMisalRotShift[i]      ; 
140                                    fMisalTransShift[i]    = reco.fMisalTransShift[i]    ; } 
141   for(Int_t i = 0; i < 7  ; i++) { fNonLinearityParams[i] = reco.fNonLinearityParams[i] ; }
142   for(Int_t i = 0; i < 3  ; i++) { fSmearClusterParam[i]  = reco.fSmearClusterParam[i]  ; }
143
144 }
145
146
147 //______________________________________________________________________
148 AliEMCALRecoUtils & AliEMCALRecoUtils::operator = (const AliEMCALRecoUtils & reco) 
149 {
150   //Assignment operator
151   
152   if(this == &reco)return *this;
153   ((TNamed *)this)->operator=(reco);
154
155   for(Int_t i = 0; i < 15 ; i++) { fMisalTransShift[i]    = reco.fMisalTransShift[i]    ; 
156                                    fMisalRotShift[i]      = reco.fMisalRotShift[i]      ; }
157   for(Int_t i = 0; i < 7  ; i++) { fNonLinearityParams[i] = reco.fNonLinearityParams[i] ; }
158   for(Int_t i = 0; i < 3  ; i++) { fSmearClusterParam[i]  = reco.fSmearClusterParam[i]  ; }   
159   
160   fParticleType              = reco.fParticleType;
161   fPosAlgo                   = reco.fPosAlgo; 
162   fW0                        = reco.fW0;
163   
164   fNonLinearityFunction      = reco.fNonLinearityFunction;
165   fNonLinearThreshold        = reco.fNonLinearThreshold;
166   fSmearClusterEnergy        = reco.fSmearClusterEnergy;
167
168   fCellsRecalibrated         = reco.fCellsRecalibrated;
169   fRecalibration             = reco.fRecalibration;
170   fEMCALRecalibrationFactors = reco.fEMCALRecalibrationFactors;
171
172   fTimeRecalibration             = reco.fTimeRecalibration;
173   fEMCALTimeRecalibrationFactors = reco.fEMCALTimeRecalibrationFactors;
174
175   fUseRunCorrectionFactors   = reco.fUseRunCorrectionFactors;
176   
177   fRemoveBadChannels         = reco.fRemoveBadChannels;
178   fRecalDistToBadChannels    = reco.fRecalDistToBadChannels;
179   fEMCALBadChannelMap        = reco.fEMCALBadChannelMap;
180   
181   fNCellsFromEMCALBorder     = reco.fNCellsFromEMCALBorder;
182   fNoEMCALBorderAtEta0       = reco.fNoEMCALBorderAtEta0;
183   
184   fRejectExoticCluster       = reco.fRejectExoticCluster;           
185   fRejectExoticCells         = reco.fRejectExoticCells; 
186   fExoticCellFraction        = reco.fExoticCellFraction;
187   fExoticCellDiffTime        = reco.fExoticCellDiffTime;              
188   fExoticCellMinAmplitude    = reco.fExoticCellMinAmplitude;
189   
190   fPIDUtils                  = reco.fPIDUtils;
191
192   fAODFilterMask             = reco.fAODFilterMask;
193   
194   fCutEtaPhiSum              = reco.fCutEtaPhiSum;
195   fCutEtaPhiSeparate         = reco.fCutEtaPhiSeparate;
196   fCutR                      = reco.fCutR;
197   fCutEta                    = reco.fCutEta;
198   fCutPhi                    = reco.fCutPhi;
199   fClusterWindow             = reco.fClusterWindow;
200   fMass                      = reco.fMass;
201   fStepSurface               = reco.fStepSurface;
202   fStepCluster               = reco.fStepCluster;
203
204   fTrackCutsType             = reco.fTrackCutsType;
205   fCutMinTrackPt             = reco.fCutMinTrackPt;
206   fCutMinNClusterTPC         = reco.fCutMinNClusterTPC;
207   fCutMinNClusterITS         = reco.fCutMinNClusterITS; 
208   fCutMaxChi2PerClusterTPC   = reco.fCutMaxChi2PerClusterTPC;
209   fCutMaxChi2PerClusterITS   = reco.fCutMaxChi2PerClusterITS;
210   fCutRequireTPCRefit        = reco.fCutRequireTPCRefit;
211   fCutRequireITSRefit        = reco.fCutRequireITSRefit;
212   fCutAcceptKinkDaughters    = reco.fCutAcceptKinkDaughters;
213   fCutMaxDCAToVertexXY       = reco.fCutMaxDCAToVertexXY;
214   fCutMaxDCAToVertexZ        = reco.fCutMaxDCAToVertexZ;
215   fCutDCAToVertex2D          = reco.fCutDCAToVertex2D;
216   
217   if(reco.fResidualEta)
218   {
219     // assign or copy construct
220     if(fResidualEta)
221     { 
222       *fResidualEta = *reco.fResidualEta;
223     }
224     else 
225     {
226       fResidualEta = new TArrayF(*reco.fResidualEta);
227     }
228   }
229   else
230   {
231     if(fResidualEta)delete fResidualEta;
232     fResidualEta = 0;
233   }
234   
235   if(reco.fResidualPhi)
236   {
237     // assign or copy construct
238     if(fResidualPhi)
239     { 
240       *fResidualPhi = *reco.fResidualPhi;
241     }
242     else 
243     {
244       fResidualPhi = new TArrayF(*reco.fResidualPhi);
245     }
246   }
247   else
248   {
249     if(fResidualPhi)delete fResidualPhi;
250     fResidualPhi = 0;
251   }
252   
253   if(reco.fMatchedTrackIndex)
254   {
255     // assign or copy construct
256     if(fMatchedTrackIndex)
257     { 
258       *fMatchedTrackIndex = *reco.fMatchedTrackIndex;
259     }
260     else 
261     { 
262       fMatchedTrackIndex = new TArrayI(*reco.fMatchedTrackIndex);
263     }
264   }
265   else
266   {
267     if(fMatchedTrackIndex)delete fMatchedTrackIndex;
268     fMatchedTrackIndex = 0;
269   }  
270   
271   if(reco.fMatchedClusterIndex)
272   {
273     // assign or copy construct
274     if(fMatchedClusterIndex)
275     { 
276       *fMatchedClusterIndex = *reco.fMatchedClusterIndex;
277     }
278     else 
279     {
280       fMatchedClusterIndex = new TArrayI(*reco.fMatchedClusterIndex);
281     }
282   }
283   else
284   {
285     if(fMatchedClusterIndex)delete fMatchedClusterIndex;
286     fMatchedClusterIndex = 0;
287   }
288    
289   return *this;
290 }
291
292
293 //_____________________________________
294 AliEMCALRecoUtils::~AliEMCALRecoUtils()
295 {
296   //Destructor.
297   
298   if(fEMCALRecalibrationFactors) 
299   { 
300     fEMCALRecalibrationFactors->Clear();
301     delete fEMCALRecalibrationFactors;
302   }  
303   
304   if(fEMCALTimeRecalibrationFactors) 
305   { 
306     fEMCALTimeRecalibrationFactors->Clear();
307     delete fEMCALTimeRecalibrationFactors;
308   }  
309   
310   if(fEMCALBadChannelMap) 
311   { 
312     fEMCALBadChannelMap->Clear();
313     delete fEMCALBadChannelMap;
314   }
315  
316   delete fMatchedTrackIndex   ; 
317   delete fMatchedClusterIndex ; 
318   delete fResidualEta         ; 
319   delete fResidualPhi         ; 
320   delete fPIDUtils            ;
321
322   InitTrackCuts();
323 }
324
325 //_______________________________________________________________________________
326 Bool_t AliEMCALRecoUtils::AcceptCalibrateCell(const Int_t absID, const Int_t bc,
327                                               Float_t  & amp,    Double_t & time, 
328                                               AliVCaloCells* cells) 
329 {
330   // Reject cell if criteria not passed and calibrate it
331   
332   AliEMCALGeometry* geom = AliEMCALGeometry::GetInstance();
333   
334   if(absID < 0 || absID >= 24*48*geom->GetNumberOfSuperModules()) return kFALSE;
335   
336   Int_t imod = -1, iphi =-1, ieta=-1,iTower = -1, iIphi = -1, iIeta = -1; 
337   
338   if(!geom->GetCellIndex(absID,imod,iTower,iIphi,iIeta)) 
339   {
340     // cell absID does not exist
341     amp=0; time = 1.e9;
342     return kFALSE; 
343   }
344   
345   geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(imod,iTower,iIphi, iIeta,iphi,ieta);  
346
347   // Do not include bad channels found in analysis,
348   if( IsBadChannelsRemovalSwitchedOn() && GetEMCALChannelStatus(imod, ieta, iphi)) 
349   {
350     return kFALSE;
351   }
352   
353   //Recalibrate energy
354   amp  = cells->GetCellAmplitude(absID);
355   if(!fCellsRecalibrated && IsRecalibrationOn())
356     amp *= GetEMCALChannelRecalibrationFactor(imod,ieta,iphi);
357   
358   
359   // Recalibrate time
360   time = cells->GetCellTime(absID);
361   
362   RecalibrateCellTime(absID,bc,time);
363   
364   return kTRUE;
365 }
366
367 //_____________________________________________________________________________
368 Bool_t AliEMCALRecoUtils::CheckCellFiducialRegion(const AliEMCALGeometry* geom, 
369                                                   const AliVCluster* cluster, 
370                                                   AliVCaloCells* cells) 
371 {
372   // Given the list of AbsId of the cluster, get the maximum cell and 
373   // check if there are fNCellsFromBorder from the calorimeter border
374   
375   if(!cluster)
376   {
377     AliInfo("Cluster pointer null!");
378     return kFALSE;
379   }
380   
381   //If the distance to the border is 0 or negative just exit accept all clusters
382   if(cells->GetType()==AliVCaloCells::kEMCALCell && fNCellsFromEMCALBorder <= 0 ) return kTRUE;
383   
384   Int_t absIdMax  = -1, iSM =-1, ieta = -1, iphi = -1;
385   Bool_t shared = kFALSE;
386   GetMaxEnergyCell(geom, cells, cluster, absIdMax,  iSM, ieta, iphi, shared);
387   
388   AliDebug(2,Form("Cluster Max AbsId %d, Cell Energy %2.2f, Cluster Energy %2.2f, Ncells from border %d, EMCAL eta=0 %d\n", 
389                   absIdMax, cells->GetCellAmplitude(absIdMax), cluster->E(), fNCellsFromEMCALBorder, fNoEMCALBorderAtEta0));
390   
391   if(absIdMax==-1) return kFALSE;
392   
393   //Check if the cell is close to the borders:
394   Bool_t okrow = kFALSE;
395   Bool_t okcol = kFALSE;
396   
397   if(iSM < 0 || iphi < 0 || ieta < 0 ) 
398   {
399     AliFatal(Form("Negative value for super module: %d, or cell ieta: %d, or cell iphi: %d, check EMCAL geometry name\n",
400                   iSM,ieta,iphi));
401   }
402   
403   //Check rows/phi
404   if(iSM < 10)
405   {
406     if(iphi >= fNCellsFromEMCALBorder && iphi < 24-fNCellsFromEMCALBorder) okrow =kTRUE; 
407   }
408   else if (iSM >=10 && ( ( geom->GetEMCGeometry()->GetGeoName()).Contains("12SMV1"))) 
409   {
410     if(iphi >= fNCellsFromEMCALBorder && iphi < 8-fNCellsFromEMCALBorder) okrow =kTRUE; //1/3 sm case
411   }
412   else 
413   {
414     if(iphi >= fNCellsFromEMCALBorder && iphi < 12-fNCellsFromEMCALBorder) okrow =kTRUE; // half SM case
415   }
416   
417   //Check columns/eta
418   if(!fNoEMCALBorderAtEta0)
419   {
420     if(ieta  > fNCellsFromEMCALBorder && ieta < 48-fNCellsFromEMCALBorder) okcol =kTRUE; 
421   }
422   else
423   {
424     if(iSM%2==0)
425     {
426       if(ieta >= fNCellsFromEMCALBorder)     okcol = kTRUE;  
427     }
428     else 
429     {
430       if(ieta <  48-fNCellsFromEMCALBorder)  okcol = kTRUE;  
431     }
432   }//eta 0 not checked
433   
434   AliDebug(2,Form("EMCAL Cluster in %d cells fiducial volume: ieta %d, iphi %d, SM %d:  column? %d, row? %d\nq",
435                   fNCellsFromEMCALBorder, ieta, iphi, iSM, okcol, okrow));
436   
437   if (okcol && okrow) 
438   {
439     //printf("Accept\n");
440     return kTRUE;
441   }
442   else  
443   {
444     //printf("Reject\n");
445     AliDebug(2,Form("Reject cluster in border, max cell : ieta %d, iphi %d, SM %d\n",ieta, iphi, iSM));
446     return kFALSE;
447   }
448   
449 }  
450
451
452 //_______________________________________________________________________________
453 Bool_t AliEMCALRecoUtils::ClusterContainsBadChannel(const AliEMCALGeometry* geom, 
454                                                     const UShort_t* cellList, 
455                                                     const Int_t nCells)
456 {
457   // Check that in the cluster cells, there is no bad channel of those stored 
458   // in fEMCALBadChannelMap or fPHOSBadChannelMap
459   
460   if(!fRemoveBadChannels)  return kFALSE;
461   if(!fEMCALBadChannelMap) return kFALSE;
462   
463   Int_t icol = -1;
464   Int_t irow = -1;
465   Int_t imod = -1;
466   for(Int_t iCell = 0; iCell<nCells; iCell++)
467   {
468     //Get the column and row
469     Int_t iTower = -1, iIphi = -1, iIeta = -1; 
470     geom->GetCellIndex(cellList[iCell],imod,iTower,iIphi,iIeta); 
471     if(fEMCALBadChannelMap->GetEntries() <= imod) continue;
472     geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(imod,iTower,iIphi, iIeta,irow,icol);      
473     if(GetEMCALChannelStatus(imod, icol, irow))
474     {
475       AliDebug(2,Form("Cluster with bad channel: SM %d, col %d, row %d\n",imod, icol, irow));
476       return kTRUE;
477     }
478     
479   }// cell cluster loop
480   
481   return kFALSE;
482 }
483
484
485 //___________________________________________________________________________
486 Float_t AliEMCALRecoUtils::GetECross(const Int_t absID, const Double_t tcell,
487                                      AliVCaloCells* cells, const Int_t bc)
488 {
489   //Calculate the energy in the cross around the energy given cell
490   
491   AliEMCALGeometry * geom = AliEMCALGeometry::GetInstance();
492   
493   Int_t imod = -1, iphi =-1, ieta=-1,iTower = -1, iIphi = -1, iIeta = -1; 
494   geom->GetCellIndex(absID,imod,iTower,iIphi,iIeta); 
495   geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(imod,iTower,iIphi, iIeta,iphi,ieta);  
496   
497   //Get close cells index, energy and time, not in corners
498   
499   Int_t absID1 = -1;
500   Int_t absID2 = -1;
501   
502   if( iphi < AliEMCALGeoParams::fgkEMCALRows-1) absID1 = geom-> GetAbsCellIdFromCellIndexes(imod, iphi+1, ieta);
503   if( iphi > 0 )                                absID2 = geom-> GetAbsCellIdFromCellIndexes(imod, iphi-1, ieta);
504   
505   // In case of cell in eta = 0 border, depending on SM shift the cross cell index
506   
507   Int_t absID3 = -1;
508   Int_t absID4 = -1;
509   
510   if     ( ieta == AliEMCALGeoParams::fgkEMCALCols-1 && !(imod%2) )
511   {
512     absID3 = geom-> GetAbsCellIdFromCellIndexes(imod+1, iphi, 0);
513     absID4 = geom-> GetAbsCellIdFromCellIndexes(imod,   iphi, ieta-1); 
514   }
515   else if( ieta == 0 && imod%2 )
516   {
517     absID3 = geom-> GetAbsCellIdFromCellIndexes(imod,   iphi, ieta+1);
518     absID4 = geom-> GetAbsCellIdFromCellIndexes(imod-1, iphi, AliEMCALGeoParams::fgkEMCALCols-1); 
519   }
520   else
521   {
522     if( ieta < AliEMCALGeoParams::fgkEMCALCols-1 ) 
523       absID3 = geom-> GetAbsCellIdFromCellIndexes(imod, iphi, ieta+1);
524     if( ieta > 0 )                                 
525       absID4 = geom-> GetAbsCellIdFromCellIndexes(imod, iphi, ieta-1); 
526   }
527   
528   //printf("IMOD %d, AbsId %d, a %d, b %d, c %d e %d \n",imod,absID,absID1,absID2,absID3,absID4);
529   
530   Float_t  ecell1  = 0, ecell2  = 0, ecell3  = 0, ecell4  = 0;
531   Double_t tcell1  = 0, tcell2  = 0, tcell3  = 0, tcell4  = 0;
532   Bool_t   accept1 = 0, accept2 = 0, accept3 = 0, accept4 = 0;
533   
534   accept1 = AcceptCalibrateCell(absID1,bc, ecell1,tcell1,cells); 
535   accept2 = AcceptCalibrateCell(absID2,bc, ecell2,tcell2,cells); 
536   accept3 = AcceptCalibrateCell(absID3,bc, ecell3,tcell3,cells); 
537   accept4 = AcceptCalibrateCell(absID4,bc, ecell4,tcell4,cells); 
538   
539   /*
540    printf("Cell absID %d \n",absID);
541    printf("\t  accept1 %d, accept2 %d, accept3 %d, accept4 %d\n",
542    accept1,accept2,accept3,accept4);
543    printf("\t id %d: id1 %d, id2 %d, id3 %d, id4 %d\n",
544    absID,absID1,absID2,absID3,absID4);
545    printf("\t e %f: e1 %f, e2 %f, e3 %f, e4 %f\n",
546    ecell,ecell1,ecell2,ecell3,ecell4);
547    printf("\t t %f: t1 %f, t2 %f, t3 %f, t4 %f;\n dt1 %f, dt2 %f, dt3 %f, dt4 %f\n",
548    tcell*1.e9,tcell1*1.e9,tcell2*1.e9,tcell3*1.e9,tcell4*1.e9,
549    TMath::Abs(tcell-tcell1)*1.e9, TMath::Abs(tcell-tcell2)*1.e9, TMath::Abs(tcell-tcell3)*1.e9, TMath::Abs(tcell-tcell4)*1.e9);
550    */
551   
552   if(TMath::Abs(tcell-tcell1)*1.e9 > fExoticCellDiffTime) ecell1 = 0 ;
553   if(TMath::Abs(tcell-tcell2)*1.e9 > fExoticCellDiffTime) ecell2 = 0 ;
554   if(TMath::Abs(tcell-tcell3)*1.e9 > fExoticCellDiffTime) ecell3 = 0 ;
555   if(TMath::Abs(tcell-tcell4)*1.e9 > fExoticCellDiffTime) ecell4 = 0 ;
556   
557   return ecell1+ecell2+ecell3+ecell4;
558   
559 }
560
561 //_____________________________________________________________________________________________
562 Bool_t AliEMCALRecoUtils::IsExoticCell(const Int_t absID, AliVCaloCells* cells, const Int_t bc)
563 {
564   // Look to cell neighbourhood and reject if it seems exotic
565   // Do before recalibrating the cells
566
567   if(!fRejectExoticCells) return kFALSE;
568   
569   Float_t  ecell  = 0;
570   Double_t tcell  = 0;
571   Bool_t   accept = AcceptCalibrateCell(absID, bc, ecell ,tcell ,cells); 
572   
573   if(!accept) return kTRUE; // reject this cell
574   
575   if(ecell < fExoticCellMinAmplitude) return kFALSE; // do not reject low energy cells
576
577   Float_t eCross = GetECross(absID,tcell,cells,bc);
578   
579   if(1-eCross/ecell > fExoticCellFraction) 
580   {
581     AliDebug(2,Form("AliEMCALRecoUtils::IsExoticCell() - EXOTIC CELL id %d, eCell %f, eCross %f, 1-eCross/eCell %f\n",
582                     absID,ecell,eCross,1-eCross/ecell));
583     return kTRUE;
584   }
585
586   return kFALSE;
587 }
588
589 //___________________________________________________________________
590 Bool_t AliEMCALRecoUtils::IsExoticCluster(const AliVCluster *cluster, 
591                                           AliVCaloCells *cells, 
592                                           const Int_t bc) 
593 {
594   // Check if the cluster highest energy tower is exotic
595   
596   if(!cluster)
597   {
598     AliInfo("Cluster pointer null!");
599     return kFALSE;
600   }
601   
602   if(!fRejectExoticCluster) return kFALSE;
603   
604   // Get highest energy tower
605   AliEMCALGeometry* geom = AliEMCALGeometry::GetInstance();
606   Int_t iSupMod = -1, absId = -1, ieta = -1, iphi = -1;
607   Bool_t shared = kFALSE;
608   GetMaxEnergyCell(geom, cells, cluster, absId, iSupMod, ieta, iphi, shared);
609   
610   return IsExoticCell(absId,cells,bc);
611   
612 }
613
614 //_______________________________________________________________________
615 Float_t AliEMCALRecoUtils::SmearClusterEnergy(const AliVCluster* cluster) 
616 {
617   //In case of MC analysis, smear energy to match resolution/calibration in real data
618   
619   if(!cluster)
620   {
621     AliInfo("Cluster pointer null!");
622     return 0;
623   }
624   
625   Float_t energy    = cluster->E() ;
626   Float_t rdmEnergy = energy ;
627   if(fSmearClusterEnergy)
628   {
629     rdmEnergy = fRandom.Gaus(energy,fSmearClusterParam[0] * TMath::Sqrt(energy) +
630                                     fSmearClusterParam[1] * energy +
631                                     fSmearClusterParam[2] );
632     AliDebug(2, Form("Energy: original %f, smeared %f\n", energy, rdmEnergy));
633   }
634   
635   return rdmEnergy;
636 }
637
638 //____________________________________________________________________________
639 Float_t AliEMCALRecoUtils::CorrectClusterEnergyLinearity(AliVCluster* cluster)
640 {
641   // Correct cluster energy from non linearity functions
642   
643   if(!cluster)
644   {
645     AliInfo("Cluster pointer null!");
646     return 0;
647   }
648   
649   Float_t energy = cluster->E();
650
651   if(energy < 0.1)
652   {
653     // Clusters with less than 100 MeV or negative are not possible
654     AliInfo(Form("Too Low Cluster energy!, E = %f < 0.1 GeV",energy));
655     return 0;
656   }
657   
658   switch (fNonLinearityFunction) 
659   {
660       
661     case kPi0MC:
662     {
663       //Non-Linearity correction (from MC with function ([0]*exp(-[1]/E))+(([2]/([3]*2.*TMath::Pi())*exp(-(E-[4])^2/(2.*[3]^2)))))
664       //fNonLinearityParams[0] = 1.014;
665       //fNonLinearityParams[1] =-0.03329;
666       //fNonLinearityParams[2] =-0.3853;
667       //fNonLinearityParams[3] = 0.5423;
668       //fNonLinearityParams[4] =-0.4335;
669        energy *= (fNonLinearityParams[0]*exp(-fNonLinearityParams[1]/energy))+
670                   ((fNonLinearityParams[2]/(fNonLinearityParams[3]*2.*TMath::Pi())*
671                     exp(-(energy-fNonLinearityParams[4])*(energy-fNonLinearityParams[4])/(2.*fNonLinearityParams[3]*fNonLinearityParams[3]))));
672       break;
673     }
674      
675     case kPi0MCv2:
676     {
677       //Non-Linearity correction (from MC with function [0]/((x+[1])^[2]))+1;
678       //fNonLinearityParams[0] = 3.11111e-02;
679       //fNonLinearityParams[1] =-5.71666e-02; 
680       //fNonLinearityParams[2] = 5.67995e-01;      
681       
682       energy *= fNonLinearityParams[0]/TMath::Power(energy+fNonLinearityParams[1],fNonLinearityParams[2])+1;
683       break;
684     }
685     
686     case kPi0MCv3:
687     {
688       //Same as beam test corrected, change parameters
689       //fNonLinearityParams[0] =  9.81039e-01
690       //fNonLinearityParams[1] =  1.13508e-01;
691       //fNonLinearityParams[2] =  1.00173e+00; 
692       //fNonLinearityParams[3] =  9.67998e-02;
693       //fNonLinearityParams[4] =  2.19381e+02;
694       //fNonLinearityParams[5] =  6.31604e+01;
695       //fNonLinearityParams[6] =  1;
696       energy *= fNonLinearityParams[6]/(fNonLinearityParams[0]*(1./(1.+fNonLinearityParams[1]*exp(-energy/fNonLinearityParams[2]))*1./(1.+fNonLinearityParams[3]*exp((energy-fNonLinearityParams[4])/fNonLinearityParams[5]))));
697       
698       break;
699     }
700       
701       
702     case kPi0GammaGamma:
703     {
704       //Non-Linearity correction (from Olga Data with function p0+p1*exp(-p2*E))
705       //fNonLinearityParams[0] = 1.04;
706       //fNonLinearityParams[1] = -0.1445;
707       //fNonLinearityParams[2] = 1.046;
708       energy /= (fNonLinearityParams[0]+fNonLinearityParams[1]*exp(-fNonLinearityParams[2]*energy)); //Olga function
709       break;
710     }
711       
712     case kPi0GammaConversion:
713     {
714       //Non-Linearity correction (Nicolas from Dimitri Data with function C*[1-a*exp(-b*E)])
715       //fNonLinearityParams[0] = 0.139393/0.1349766;
716       //fNonLinearityParams[1] = 0.0566186;
717       //fNonLinearityParams[2] = 0.982133;
718       energy /= fNonLinearityParams[0]*(1-fNonLinearityParams[1]*exp(-fNonLinearityParams[2]*energy));
719       
720       break;
721     }
722       
723     case kBeamTest:
724     {
725       //From beam test, Alexei's results, for different ZS thresholds
726       //                        th=30 MeV; th = 45 MeV; th = 75 MeV
727       //fNonLinearityParams[0] = 1.007;      1.003;      1.002 
728       //fNonLinearityParams[1] = 0.894;      0.719;      0.797 
729       //fNonLinearityParams[2] = 0.246;      0.334;      0.358 
730       //Rescale the param[0] with 1.03
731       energy /= fNonLinearityParams[0]/(1+fNonLinearityParams[1]*exp(-energy/fNonLinearityParams[2]));
732       
733       break;
734     }
735       
736     case kBeamTestCorrected:
737     {
738       //From beam test, corrected for material between beam and EMCAL
739       //fNonLinearityParams[0] =  0.99078
740       //fNonLinearityParams[1] =  0.161499;
741       //fNonLinearityParams[2] =  0.655166; 
742       //fNonLinearityParams[3] =  0.134101;
743       //fNonLinearityParams[4] =  163.282;
744       //fNonLinearityParams[5] =  23.6904;
745       //fNonLinearityParams[6] =  0.978;
746         energy *= fNonLinearityParams[6]/(fNonLinearityParams[0]*(1./(1.+fNonLinearityParams[1]*exp(-energy/fNonLinearityParams[2]))*1./(1.+fNonLinearityParams[3]*exp((energy-fNonLinearityParams[4])/fNonLinearityParams[5]))));
747
748       break;
749     }
750       
751     case kNoCorrection:
752       AliDebug(2,"No correction on the energy\n");
753       break;
754       
755   }
756
757   return energy;
758 }
759
760 //__________________________________________________
761 void AliEMCALRecoUtils::InitNonLinearityParam()
762 {
763   //Initialising Non Linearity Parameters
764   
765   if(fNonLinearityFunction == kPi0MC) 
766   {
767     fNonLinearityParams[0] = 1.014;
768     fNonLinearityParams[1] = -0.03329;
769     fNonLinearityParams[2] = -0.3853;
770     fNonLinearityParams[3] = 0.5423;
771     fNonLinearityParams[4] = -0.4335;
772   }
773   
774   if(fNonLinearityFunction == kPi0MCv2) 
775   {
776     fNonLinearityParams[0] = 3.11111e-02;
777     fNonLinearityParams[1] =-5.71666e-02; 
778     fNonLinearityParams[2] = 5.67995e-01;      
779   }
780   
781   if(fNonLinearityFunction == kPi0MCv3) 
782   {
783     fNonLinearityParams[0] =  9.81039e-01;
784     fNonLinearityParams[1] =  1.13508e-01;
785     fNonLinearityParams[2] =  1.00173e+00; 
786     fNonLinearityParams[3] =  9.67998e-02;
787     fNonLinearityParams[4] =  2.19381e+02;
788     fNonLinearityParams[5] =  6.31604e+01;
789     fNonLinearityParams[6] =  1;
790   }
791   
792   if(fNonLinearityFunction == kPi0GammaGamma) 
793   {
794     fNonLinearityParams[0] = 1.04;
795     fNonLinearityParams[1] = -0.1445;
796     fNonLinearityParams[2] = 1.046;
797   }  
798
799   if(fNonLinearityFunction == kPi0GammaConversion) 
800   {
801     fNonLinearityParams[0] = 0.139393;
802     fNonLinearityParams[1] = 0.0566186;
803     fNonLinearityParams[2] = 0.982133;
804   }  
805
806   if(fNonLinearityFunction == kBeamTest) 
807   {
808     if(fNonLinearThreshold == 30) 
809     {
810       fNonLinearityParams[0] = 1.007; 
811       fNonLinearityParams[1] = 0.894; 
812       fNonLinearityParams[2] = 0.246; 
813     }
814     if(fNonLinearThreshold == 45) 
815     {
816       fNonLinearityParams[0] = 1.003; 
817       fNonLinearityParams[1] = 0.719; 
818       fNonLinearityParams[2] = 0.334; 
819     }
820     if(fNonLinearThreshold == 75) 
821     {
822       fNonLinearityParams[0] = 1.002; 
823       fNonLinearityParams[1] = 0.797; 
824       fNonLinearityParams[2] = 0.358; 
825     }
826   }
827
828   if(fNonLinearityFunction == kBeamTestCorrected) 
829   {
830     fNonLinearityParams[0] =  0.99078;
831     fNonLinearityParams[1] =  0.161499;
832     fNonLinearityParams[2] =  0.655166; 
833     fNonLinearityParams[3] =  0.134101;
834     fNonLinearityParams[4] =  163.282;
835     fNonLinearityParams[5] =  23.6904;
836     fNonLinearityParams[6] =  0.978;
837   }
838 }
839
840 //_________________________________________________________
841 Float_t  AliEMCALRecoUtils::GetDepth(const Float_t energy, 
842                                      const Int_t iParticle, 
843                                      const Int_t iSM) const 
844 {
845   //Calculate shower depth for a given cluster energy and particle type
846
847   // parameters 
848   Float_t x0    = 1.31;
849   Float_t ecr   = 8;
850   Float_t depth = 0;
851   Float_t arg   = energy*1000/ ecr; //Multiply energy by 1000 to transform to MeV
852   
853   switch ( iParticle )
854   {
855     case kPhoton:
856       if (arg < 1) 
857         depth = 0;
858       else
859         depth = x0 * (TMath::Log(arg) + 0.5); 
860       break;
861       
862     case kElectron:
863       if (arg < 1) 
864         depth = 0;
865       else
866         depth = x0 * (TMath::Log(arg) - 0.5); 
867       break;
868       
869     case kHadron:
870       // hadron 
871       // boxes anc. here
872       if(gGeoManager)
873       {
874         gGeoManager->cd("ALIC_1/XEN1_1");
875         TGeoNode        *geoXEn1    = gGeoManager->GetCurrentNode();
876         TGeoNodeMatrix  *geoSM      = dynamic_cast<TGeoNodeMatrix *>(geoXEn1->GetDaughter(iSM));
877         if(geoSM)
878         {
879           TGeoVolume      *geoSMVol   = geoSM->GetVolume(); 
880           TGeoShape       *geoSMShape = geoSMVol->GetShape();
881           TGeoBBox        *geoBox     = dynamic_cast<TGeoBBox *>(geoSMShape);
882           if(geoBox) depth = 0.5 * geoBox->GetDX()*2 ;
883           else AliFatal("Null GEANT box");
884         }
885         else AliFatal("NULL  GEANT node matrix");
886       }
887       else
888       {//electron
889         if (arg < 1) 
890           depth = 0;
891         else
892           depth = x0 * (TMath::Log(arg) - 0.5); 
893       }
894         
895       break;
896       
897     default://photon
898       if (arg < 1) 
899         depth = 0;
900       else
901         depth = x0 * (TMath::Log(arg) + 0.5);
902   }  
903   
904   return depth;
905 }
906
907 //____________________________________________________________________
908 void AliEMCALRecoUtils::GetMaxEnergyCell(const AliEMCALGeometry *geom, 
909                                          AliVCaloCells* cells, 
910                                          const AliVCluster* clu, 
911                                          Int_t  & absId,  
912                                          Int_t  & iSupMod, 
913                                          Int_t  & ieta, 
914                                          Int_t  & iphi, 
915                                          Bool_t & shared)
916 {
917   //For a given CaloCluster gets the absId of the cell 
918   //with maximum energy deposit.
919   
920   Double_t eMax        = -1.;
921   Double_t eCell       = -1.;
922   Float_t  fraction    = 1.;
923   Float_t  recalFactor = 1.;
924   Int_t    cellAbsId   = -1 ;
925
926   Int_t iTower  = -1;
927   Int_t iIphi   = -1;
928   Int_t iIeta   = -1;
929   Int_t iSupMod0= -1;
930
931   if(!clu)
932   {
933     AliInfo("Cluster pointer null!");
934     absId=-1; iSupMod0=-1, ieta = -1; iphi = -1; shared = -1;
935     return;
936   }
937   
938   for (Int_t iDig=0; iDig< clu->GetNCells(); iDig++) 
939   {
940     cellAbsId = clu->GetCellAbsId(iDig);
941     fraction  = clu->GetCellAmplitudeFraction(iDig);
942     //printf("a Cell %d, id, %d, amp %f, fraction %f\n",iDig,cellAbsId,cells->GetCellAmplitude(cellAbsId),fraction);
943     if(fraction < 1e-4) fraction = 1.; // in case unfolding is off
944     geom->GetCellIndex(cellAbsId,iSupMod,iTower,iIphi,iIeta); 
945     geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(iSupMod,iTower,iIphi, iIeta,iphi,ieta);
946     if     (iDig==0) 
947     {
948       iSupMod0=iSupMod;
949     }
950     else if(iSupMod0!=iSupMod) 
951     {
952       shared = kTRUE;
953       //printf("AliEMCALRecoUtils::GetMaxEnergyCell() - SHARED CLUSTER\n");
954     }
955     if(!fCellsRecalibrated && IsRecalibrationOn()) 
956     {
957       recalFactor = GetEMCALChannelRecalibrationFactor(iSupMod,ieta,iphi);
958     }
959     eCell  = cells->GetCellAmplitude(cellAbsId)*fraction*recalFactor;
960     //printf("b Cell %d, id, %d, amp %f, fraction %f\n",iDig,cellAbsId,eCell,fraction);
961     if(eCell > eMax)  
962     { 
963       eMax  = eCell; 
964       absId = cellAbsId;
965       //printf("\t new max: cell %d, e %f, ecell %f\n",maxId, eMax,eCell);
966     }
967   }// cell loop
968   
969   //Get from the absid the supermodule, tower and eta/phi numbers
970   geom->GetCellIndex(absId,iSupMod,iTower,iIphi,iIeta); 
971   //Gives SuperModule and Tower numbers
972   geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(iSupMod,iTower,
973                                          iIphi, iIeta,iphi,ieta); 
974   //printf("Max id %d, iSM %d, col %d, row %d\n",absId,iSupMod,ieta,iphi);
975   //printf("Max end---\n");
976 }
977
978 //______________________________________
979 void AliEMCALRecoUtils::InitParameters()
980 {
981   // Initialize data members with default values
982   
983   fParticleType = kPhoton;
984   fPosAlgo      = kUnchanged;
985   fW0           = 4.5;
986   
987   fNonLinearityFunction = kNoCorrection;
988   fNonLinearThreshold   = 30;
989   
990   fExoticCellFraction     = 0.97;
991   fExoticCellDiffTime     = 1e6;
992   fExoticCellMinAmplitude = 0.5;
993   
994   fAODFilterMask = 32;
995   
996   fCutEtaPhiSum      = kTRUE;
997   fCutEtaPhiSeparate = kFALSE;
998   
999   fCutR   = 0.05; 
1000   fCutEta = 0.025; 
1001   fCutPhi = 0.05;
1002   
1003   fClusterWindow = 100;
1004   fMass          = 0.139;
1005   
1006   fStepSurface   = 20.;                      
1007   fStepCluster   = 5.;
1008   fTrackCutsType = kLooseCut;
1009   
1010   fCutMinTrackPt     = 0;
1011   fCutMinNClusterTPC = -1;
1012   fCutMinNClusterITS = -1;
1013   
1014   fCutMaxChi2PerClusterTPC  = 1e10;
1015   fCutMaxChi2PerClusterITS  = 1e10;
1016   
1017   fCutRequireTPCRefit     = kFALSE;
1018   fCutRequireITSRefit     = kFALSE;
1019   fCutAcceptKinkDaughters = kFALSE;
1020   
1021   fCutMaxDCAToVertexXY = 1e10;             
1022   fCutMaxDCAToVertexZ  = 1e10;              
1023   fCutDCAToVertex2D    = kFALSE;
1024   
1025   
1026   //Misalignment matrices
1027   for(Int_t i = 0; i < 15 ; i++) 
1028   {
1029     fMisalTransShift[i] = 0.; 
1030     fMisalRotShift[i]   = 0.; 
1031   }
1032   
1033   //Non linearity
1034   for(Int_t i = 0; i < 7  ; i++) fNonLinearityParams[i] = 0.; 
1035   
1036   //For kBeamTestCorrected case, but default is no correction
1037   fNonLinearityParams[0] =  0.99078;
1038   fNonLinearityParams[1] =  0.161499;
1039   fNonLinearityParams[2] =  0.655166; 
1040   fNonLinearityParams[3] =  0.134101;
1041   fNonLinearityParams[4] =  163.282;
1042   fNonLinearityParams[5] =  23.6904;
1043   fNonLinearityParams[6] =  0.978;
1044   
1045   //For kPi0GammaGamma case
1046   //fNonLinearityParams[0] = 0.1457/0.1349766/1.038;
1047   //fNonLinearityParams[1] = -0.02024/0.1349766/1.038;
1048   //fNonLinearityParams[2] = 1.046;
1049   
1050   //Cluster energy smearing
1051   fSmearClusterEnergy   = kFALSE;
1052   fSmearClusterParam[0] = 0.07; // * sqrt E term
1053   fSmearClusterParam[1] = 0.00; // * E term
1054   fSmearClusterParam[2] = 0.00; // constant
1055 }
1056
1057 //_____________________________________________________
1058 void AliEMCALRecoUtils::InitEMCALRecalibrationFactors()
1059 {
1060   //Init EMCAL recalibration factors
1061   AliDebug(2,"AliCalorimeterUtils::InitEMCALRecalibrationFactors()");
1062   //In order to avoid rewriting the same histograms
1063   Bool_t oldStatus = TH1::AddDirectoryStatus();
1064   TH1::AddDirectory(kFALSE);
1065   
1066   fEMCALRecalibrationFactors = new TObjArray(12);
1067   for (int i = 0; i < 12; i++) 
1068     fEMCALRecalibrationFactors->Add(new TH2F(Form("EMCALRecalFactors_SM%d",i),
1069                                              Form("EMCALRecalFactors_SM%d",i),  48, 0, 48, 24, 0, 24));
1070   //Init the histograms with 1
1071   for (Int_t sm = 0; sm < 12; sm++) 
1072   {
1073     for (Int_t i = 0; i < 48; i++) 
1074     {
1075       for (Int_t j = 0; j < 24; j++) 
1076       {
1077         SetEMCALChannelRecalibrationFactor(sm,i,j,1.);
1078       }
1079     }
1080   }
1081   
1082   fEMCALRecalibrationFactors->SetOwner(kTRUE);
1083   fEMCALRecalibrationFactors->Compress();
1084   
1085   //In order to avoid rewriting the same histograms
1086   TH1::AddDirectory(oldStatus);    
1087 }
1088
1089 //_________________________________________________________
1090 void AliEMCALRecoUtils::InitEMCALTimeRecalibrationFactors()
1091 {
1092   //Init EMCAL recalibration factors
1093   AliDebug(2,"AliCalorimeterUtils::InitEMCALRecalibrationFactors()");
1094   //In order to avoid rewriting the same histograms
1095   Bool_t oldStatus = TH1::AddDirectoryStatus();
1096   TH1::AddDirectory(kFALSE);
1097   
1098   fEMCALTimeRecalibrationFactors = new TObjArray(4);
1099   for (int i = 0; i < 4; i++) 
1100     fEMCALTimeRecalibrationFactors->Add(new TH1F(Form("hAllTimeAvBC%d",i),
1101                                                  Form("hAllTimeAvBC%d",i),  
1102                                                  48*24*12,0.,48*24*12)          );
1103   //Init the histograms with 1
1104   for (Int_t bc = 0; bc < 4; bc++) 
1105   {
1106     for (Int_t i = 0; i < 48*24*12; i++) 
1107       SetEMCALChannelTimeRecalibrationFactor(bc,i,0.);
1108   }
1109   
1110   fEMCALTimeRecalibrationFactors->SetOwner(kTRUE);
1111   fEMCALTimeRecalibrationFactors->Compress();
1112   
1113   //In order to avoid rewriting the same histograms
1114   TH1::AddDirectory(oldStatus);    
1115 }
1116
1117 //____________________________________________________
1118 void AliEMCALRecoUtils::InitEMCALBadChannelStatusMap()
1119 {
1120   //Init EMCAL bad channels map
1121   AliDebug(2,"AliEMCALRecoUtils::InitEMCALBadChannelStatusMap()");
1122   //In order to avoid rewriting the same histograms
1123   Bool_t oldStatus = TH1::AddDirectoryStatus();
1124   TH1::AddDirectory(kFALSE);
1125   
1126   fEMCALBadChannelMap = new TObjArray(12);
1127   //TH2F * hTemp = new  TH2I("EMCALBadChannelMap","EMCAL SuperModule bad channel map", 48, 0, 48, 24, 0, 24);
1128   for (int i = 0; i < 12; i++) 
1129   {
1130     fEMCALBadChannelMap->Add(new TH2I(Form("EMCALBadChannelMap_Mod%d",i),Form("EMCALBadChannelMap_Mod%d",i), 48, 0, 48, 24, 0, 24));
1131   }
1132   
1133   fEMCALBadChannelMap->SetOwner(kTRUE);
1134   fEMCALBadChannelMap->Compress();
1135   
1136   //In order to avoid rewriting the same histograms
1137   TH1::AddDirectory(oldStatus);    
1138 }
1139
1140 //____________________________________________________________________________
1141 void AliEMCALRecoUtils::RecalibrateClusterEnergy(const AliEMCALGeometry* geom, 
1142                                                  AliVCluster * cluster, 
1143                                                  AliVCaloCells * cells, 
1144                                                  const Int_t bc)
1145 {
1146   // Recalibrate the cluster energy and Time, considering the recalibration map 
1147   // and the energy of the cells and time that compose the cluster.
1148   // bc= bunch crossing number returned by esdevent->GetBunchCrossNumber();
1149   
1150   if(!cluster)
1151   {
1152     AliInfo("Cluster pointer null!");
1153     return;
1154   }  
1155   
1156   //Get the cluster number of cells and list of absId, check what kind of cluster do we have.
1157   UShort_t * index    = cluster->GetCellsAbsId() ;
1158   Double_t * fraction = cluster->GetCellsAmplitudeFraction() ;
1159   Int_t ncells = cluster->GetNCells();
1160   
1161   //Initialize some used variables
1162   Float_t energy = 0;
1163   Int_t   absId  =-1;
1164   Int_t   icol   =-1, irow =-1, imod=1;
1165   Float_t factor = 1, frac = 0;
1166   Int_t   absIdMax = -1;
1167   Float_t emax     = 0;
1168   
1169   //Loop on the cells, get the cell amplitude and recalibration factor, multiply and and to the new energy
1170   for(Int_t icell = 0; icell < ncells; icell++)
1171   {
1172     absId = index[icell];
1173     frac =  fraction[icell];
1174     if(frac < 1e-5) frac = 1; //in case of EMCAL, this is set as 0 since unfolding is off
1175     
1176     if(!fCellsRecalibrated && IsRecalibrationOn()) 
1177     {
1178       // Energy  
1179       Int_t iTower = -1, iIphi = -1, iIeta = -1; 
1180       geom->GetCellIndex(absId,imod,iTower,iIphi,iIeta); 
1181       if(fEMCALRecalibrationFactors->GetEntries() <= imod) continue;
1182       geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(imod,iTower,iIphi, iIeta,irow,icol);      
1183       factor = GetEMCALChannelRecalibrationFactor(imod,icol,irow);
1184       
1185       AliDebug(2,Form("AliEMCALRecoUtils::RecalibrateClusterEnergy - recalibrate cell: module %d, col %d, row %d, cell fraction %f,recalibration factor %f, cell energy %f\n",
1186                       imod,icol,irow,frac,factor,cells->GetCellAmplitude(absId)));
1187       
1188     } 
1189     
1190     energy += cells->GetCellAmplitude(absId)*factor*frac;
1191     
1192     if(emax < cells->GetCellAmplitude(absId)*factor*frac)
1193     {
1194       emax     = cells->GetCellAmplitude(absId)*factor*frac;
1195       absIdMax = absId;
1196     }
1197   }
1198   
1199   AliDebug(2,Form("AliEMCALRecoUtils::RecalibrateClusterEnergy - Energy before %f, after %f \n",cluster->E(),energy));
1200
1201   cluster->SetE(energy);
1202
1203   // Recalculate time of cluster
1204   Double_t timeorg = cluster->GetTOF();
1205
1206   Double_t time = cells->GetCellTime(absIdMax);
1207   if(!fCellsRecalibrated && IsTimeRecalibrationOn())
1208     RecalibrateCellTime(absIdMax,bc,time);
1209
1210   cluster->SetTOF(time);
1211
1212   AliDebug(2,Form("AliEMCALRecoUtils::RecalibrateClusterEnergy - Time before %f, after %f \n",timeorg,cluster->GetTOF()));
1213 }
1214
1215 //_____________________________________________________________
1216 void AliEMCALRecoUtils::RecalibrateCells(AliVCaloCells * cells,
1217                                          const Int_t bc)
1218 {
1219   // Recalibrate the cells time and energy, considering the recalibration map and the energy 
1220   // of the cells that compose the cluster.
1221   // bc= bunch crossing number returned by esdevent->GetBunchCrossNumber();
1222
1223   if(!IsRecalibrationOn() && !IsTimeRecalibrationOn() && !IsBadChannelsRemovalSwitchedOn()) return;
1224   
1225   if(!cells)
1226   {
1227     AliInfo("Cells pointer null!");
1228     return;
1229   }  
1230   
1231   Short_t  absId  =-1;
1232   Bool_t   accept = kFALSE;
1233   Float_t  ecell  = 0;
1234   Double_t tcell  = 0;
1235   Double_t ecellin = 0;
1236   Double_t tcellin = 0;
1237   Short_t  mclabel = -1;
1238   Double_t efrac = 0;
1239   
1240   Int_t nEMcell  = cells->GetNumberOfCells() ;  
1241   for (Int_t iCell = 0; iCell < nEMcell; iCell++) 
1242   { 
1243     cells->GetCell( iCell, absId, ecellin, tcellin, mclabel, efrac );
1244     
1245     accept = AcceptCalibrateCell(absId, bc, ecell ,tcell ,cells); 
1246     if(!accept) 
1247     {
1248       ecell = 0;
1249       tcell = -1;
1250     }
1251     
1252     //Set new values
1253     cells->SetCell(iCell,absId,ecell, tcell, mclabel, efrac);
1254   }
1255
1256   fCellsRecalibrated = kTRUE;
1257 }
1258
1259 //_______________________________________________________________________________________________________
1260 void AliEMCALRecoUtils::RecalibrateCellTime(const Int_t absId, const Int_t bc, Double_t & celltime) const
1261 {
1262   // Recalibrate time of cell with absID  considering the recalibration map 
1263   // bc= bunch crossing number returned by esdevent->GetBunchCrossNumber();
1264   
1265   if(!fCellsRecalibrated && IsTimeRecalibrationOn() && bc >= 0)
1266   {
1267     celltime -= GetEMCALChannelTimeRecalibrationFactor(bc%4,absId)*1.e-9;    ;  
1268   }
1269 }
1270   
1271 //______________________________________________________________________________
1272 void AliEMCALRecoUtils::RecalculateClusterPosition(const AliEMCALGeometry *geom, 
1273                                                    AliVCaloCells* cells, 
1274                                                    AliVCluster* clu)
1275 {
1276   //For a given CaloCluster recalculates the position for a given set of misalignment shifts and puts it again in the CaloCluster.
1277   
1278   if(!clu)
1279   {
1280     AliInfo("Cluster pointer null!");
1281     return;
1282   }
1283     
1284   if     (fPosAlgo==kPosTowerGlobal) RecalculateClusterPositionFromTowerGlobal( geom, cells, clu);
1285   else if(fPosAlgo==kPosTowerIndex)  RecalculateClusterPositionFromTowerIndex ( geom, cells, clu);
1286   else   AliDebug(2,"Algorithm to recalculate position not selected, do nothing.");
1287 }  
1288
1289 //_____________________________________________________________________________________________
1290 void AliEMCALRecoUtils::RecalculateClusterPositionFromTowerGlobal(const AliEMCALGeometry *geom, 
1291                                                                   AliVCaloCells* cells, 
1292                                                                   AliVCluster* clu)
1293 {
1294   // For a given CaloCluster recalculates the position for a given set of misalignment shifts and puts it again in the CaloCluster.
1295   // The algorithm is a copy of what is done in AliEMCALRecPoint
1296   
1297   Double_t eCell       = 0.;
1298   Float_t  fraction    = 1.;
1299   Float_t  recalFactor = 1.;
1300   
1301   Int_t    absId   = -1;
1302   Int_t    iTower  = -1, iIphi  = -1, iIeta  = -1;
1303   Int_t    iSupModMax = -1, iSM=-1, iphi   = -1, ieta   = -1;
1304   Float_t  weight = 0.,  totalWeight=0.;
1305   Float_t  newPos[3] = {0,0,0};
1306   Double_t pLocal[3], pGlobal[3];
1307   Bool_t shared = kFALSE;
1308
1309   Float_t  clEnergy = clu->E(); //Energy already recalibrated previously
1310   if (clEnergy <= 0)
1311     return;
1312   GetMaxEnergyCell(geom, cells, clu, absId,  iSupModMax, ieta, iphi,shared);
1313   Double_t depth = GetDepth(clEnergy,fParticleType,iSupModMax) ;
1314   
1315   //printf("** Cluster energy %f, ncells %d, depth %f\n",clEnergy,clu->GetNCells(),depth);
1316   
1317   for (Int_t iDig=0; iDig< clu->GetNCells(); iDig++) 
1318   {
1319     absId = clu->GetCellAbsId(iDig);
1320     fraction  = clu->GetCellAmplitudeFraction(iDig);
1321     if(fraction < 1e-4) fraction = 1.; // in case unfolding is off
1322     
1323     if (!fCellsRecalibrated)
1324     {
1325       geom->GetCellIndex(absId,iSM,iTower,iIphi,iIeta); 
1326       geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(iSM,iTower,iIphi, iIeta,iphi,ieta);      
1327       
1328       if(IsRecalibrationOn()) 
1329       {
1330         recalFactor = GetEMCALChannelRecalibrationFactor(iSM,ieta,iphi);
1331       }
1332     }
1333     
1334     eCell  = cells->GetCellAmplitude(absId)*fraction*recalFactor;
1335     
1336     weight = GetCellWeight(eCell,clEnergy);
1337     totalWeight += weight;
1338     
1339     geom->RelPosCellInSModule(absId,depth,pLocal[0],pLocal[1],pLocal[2]);
1340     //printf("pLocal (%f,%f,%f), SM %d, absId %d\n",pLocal[0],pLocal[1],pLocal[2],iSupModMax,absId);
1341     geom->GetGlobal(pLocal,pGlobal,iSupModMax);
1342     //printf("pLocal (%f,%f,%f)\n",pGlobal[0],pGlobal[1],pGlobal[2]);
1343
1344     for(int i=0; i<3; i++ ) newPos[i] += (weight*pGlobal[i]);
1345   }// cell loop
1346   
1347   if(totalWeight>0)
1348   {
1349     for(int i=0; i<3; i++ )    newPos[i] /= totalWeight;
1350   }
1351     
1352   //Float_t pos[]={0,0,0};
1353   //clu->GetPosition(pos);
1354   //printf("OldPos  : %2.3f,%2.3f,%2.3f\n",pos[0],pos[1],pos[2]);
1355   //printf("NewPos  : %2.3f,%2.3f,%2.3f\n",newPos[0],newPos[1],newPos[2]);
1356   
1357   if(iSupModMax > 1) //sector 1
1358   {
1359     newPos[0] +=fMisalTransShift[3];//-=3.093; 
1360     newPos[1] +=fMisalTransShift[4];//+=6.82;
1361     newPos[2] +=fMisalTransShift[5];//+=1.635;
1362     //printf("   +    : %2.3f,%2.3f,%2.3f\n",fMisalTransShift[3],fMisalTransShift[4],fMisalTransShift[5]);
1363   } else //sector 0
1364   {
1365     newPos[0] +=fMisalTransShift[0];//+=1.134;
1366     newPos[1] +=fMisalTransShift[1];//+=8.2;
1367     newPos[2] +=fMisalTransShift[2];//+=1.197;
1368     //printf("   +    : %2.3f,%2.3f,%2.3f\n",fMisalTransShift[0],fMisalTransShift[1],fMisalTransShift[2]);
1369   }
1370   //printf("NewPos : %2.3f,%2.3f,%2.3f\n",newPos[0],newPos[1],newPos[2]);
1371
1372   clu->SetPosition(newPos);
1373 }  
1374
1375 //____________________________________________________________________________________________
1376 void AliEMCALRecoUtils::RecalculateClusterPositionFromTowerIndex(const AliEMCALGeometry *geom, 
1377                                                                  AliVCaloCells* cells, 
1378                                                                  AliVCluster* clu)
1379 {
1380   // For a given CaloCluster recalculates the position for a given set of misalignment shifts and puts it again in the CaloCluster.
1381   // The algorithm works with the tower indeces, averages the indeces and from them it calculates the global position
1382   
1383   Double_t eCell       = 1.;
1384   Float_t  fraction    = 1.;
1385   Float_t  recalFactor = 1.;
1386   
1387   Int_t absId   = -1;
1388   Int_t iTower  = -1;
1389   Int_t iIphi   = -1, iIeta   = -1;
1390   Int_t iSupMod = -1, iSupModMax = -1;
1391   Int_t iphi = -1, ieta =-1;
1392   Bool_t shared = kFALSE;
1393
1394   Float_t clEnergy = clu->E(); //Energy already recalibrated previously.
1395   if (clEnergy <= 0)
1396     return;
1397   GetMaxEnergyCell(geom, cells, clu, absId,  iSupModMax, ieta, iphi,shared);
1398   Float_t  depth = GetDepth(clEnergy,fParticleType,iSupMod) ;
1399
1400   Float_t weight = 0., weightedCol = 0., weightedRow = 0., totalWeight=0.;
1401   Bool_t areInSameSM = kTRUE; //exclude clusters with cells in different SMs for now
1402   Int_t startingSM = -1;
1403   
1404   for (Int_t iDig=0; iDig< clu->GetNCells(); iDig++) 
1405   {
1406     absId = clu->GetCellAbsId(iDig);
1407     fraction  = clu->GetCellAmplitudeFraction(iDig);
1408     if(fraction < 1e-4) fraction = 1.; // in case unfolding is off
1409
1410     if     (iDig==0)  startingSM = iSupMod;
1411     else if(iSupMod != startingSM) areInSameSM = kFALSE;
1412
1413     eCell  = cells->GetCellAmplitude(absId);
1414     
1415     geom->GetCellIndex(absId,iSupMod,iTower,iIphi,iIeta); 
1416     geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(iSupMod,iTower,iIphi, iIeta,iphi,ieta);    
1417     
1418     if (!fCellsRecalibrated)
1419     {
1420       if(IsRecalibrationOn()) 
1421       {
1422         recalFactor = GetEMCALChannelRecalibrationFactor(iSupMod,ieta,iphi);
1423       }
1424     }
1425     
1426     eCell  = cells->GetCellAmplitude(absId)*fraction*recalFactor;
1427     
1428     weight = GetCellWeight(eCell,clEnergy);
1429     if(weight < 0) weight = 0;
1430     totalWeight += weight;
1431     weightedCol += ieta*weight;
1432     weightedRow += iphi*weight;
1433     
1434     //printf("Max cell? cell %d, amplitude org %f, fraction %f, recalibration %f, amplitude new %f \n",cellAbsId, cells->GetCellAmplitude(cellAbsId), fraction, recalFactor, eCell) ;
1435   }// cell loop
1436     
1437   Float_t xyzNew[]={0.,0.,0.};
1438   if(areInSameSM == kTRUE) 
1439   {
1440     //printf("In Same SM\n");
1441     weightedCol = weightedCol/totalWeight;
1442     weightedRow = weightedRow/totalWeight;
1443     geom->RecalculateTowerPosition(weightedRow, weightedCol, iSupModMax, depth, fMisalTransShift, fMisalRotShift, xyzNew); 
1444   } 
1445   else 
1446   {
1447     //printf("In Different SM\n");
1448     geom->RecalculateTowerPosition(iphi,        ieta,        iSupModMax, depth, fMisalTransShift, fMisalRotShift, xyzNew); 
1449   }
1450   
1451   clu->SetPosition(xyzNew);
1452 }
1453
1454 //___________________________________________________________________________________________
1455 void AliEMCALRecoUtils::RecalculateClusterDistanceToBadChannel(const AliEMCALGeometry * geom, 
1456                                                                AliVCaloCells* cells, 
1457                                                                AliVCluster * cluster)
1458 {           
1459   //re-evaluate distance to bad channel with updated bad map
1460   
1461   if(!fRecalDistToBadChannels) return;
1462   
1463   if(!cluster)
1464   {
1465     AliInfo("Cluster pointer null!");
1466     return;
1467   }  
1468   
1469   //Get channels map of the supermodule where the cluster is.
1470   Int_t absIdMax  = -1, iSupMod =-1, icolM = -1, irowM = -1;
1471   Bool_t shared = kFALSE;
1472   GetMaxEnergyCell(geom, cells, cluster, absIdMax,  iSupMod, icolM, irowM, shared);
1473   TH2D* hMap  = (TH2D*)fEMCALBadChannelMap->At(iSupMod);
1474
1475   Int_t dRrow, dRcol;  
1476   Float_t  minDist = 10000.;
1477   Float_t  dist    = 0.;
1478   
1479   //Loop on tower status map 
1480   for(Int_t irow = 0; irow < AliEMCALGeoParams::fgkEMCALRows; irow++)
1481   {
1482     for(Int_t icol = 0; icol < AliEMCALGeoParams::fgkEMCALCols; icol++)
1483     {
1484       //Check if tower is bad.
1485       if(hMap->GetBinContent(icol,irow)==0) continue;
1486       //printf("AliEMCALRecoUtils::RecalculateDistanceToBadChannels() - \n \t Bad channel in SM %d, col %d, row %d, \n \t Cluster max in col %d, row %d\n",
1487       //       iSupMod,icol, irow, icolM,irowM);
1488       
1489       dRrow=TMath::Abs(irowM-irow);
1490       dRcol=TMath::Abs(icolM-icol);
1491       dist=TMath::Sqrt(dRrow*dRrow+dRcol*dRcol);
1492       if(dist < minDist)
1493       {
1494         //printf("MIN DISTANCE TO BAD %2.2f\n",dist);
1495         minDist = dist;
1496       }
1497     }
1498   }
1499   
1500   //In case the cluster is shared by 2 SuperModules, need to check the map of the second Super Module
1501   if (shared) 
1502   {
1503     TH2D* hMap2 = 0;
1504     Int_t iSupMod2 = -1;
1505     
1506     //The only possible combinations are (0,1), (2,3) ... (8,9)
1507     if(iSupMod%2) iSupMod2 = iSupMod-1;
1508     else          iSupMod2 = iSupMod+1;
1509     hMap2  = (TH2D*)fEMCALBadChannelMap->At(iSupMod2);
1510     
1511     //Loop on tower status map of second super module
1512     for(Int_t irow = 0; irow < AliEMCALGeoParams::fgkEMCALRows; irow++)
1513     {
1514       for(Int_t icol = 0; icol < AliEMCALGeoParams::fgkEMCALCols; icol++)
1515       {
1516         //Check if tower is bad.
1517         if(hMap2->GetBinContent(icol,irow)==0) continue;
1518         //printf("AliEMCALRecoUtils::RecalculateDistanceToBadChannels(shared) - \n \t Bad channel in SM %d, col %d, row %d \n \t Cluster max in SM %d, col %d, row %d\n",
1519         //     iSupMod2,icol, irow,iSupMod,icolM,irowM);
1520         dRrow=TMath::Abs(irow-irowM);
1521         
1522         if(iSupMod%2) 
1523         {
1524           dRcol=TMath::Abs(icol-(AliEMCALGeoParams::fgkEMCALCols+icolM));
1525         } else 
1526         {
1527           dRcol=TMath::Abs(AliEMCALGeoParams::fgkEMCALCols+icol-icolM);
1528         }                    
1529         
1530         dist=TMath::Sqrt(dRrow*dRrow+dRcol*dRcol);
1531         if(dist < minDist) minDist = dist;        
1532       }
1533     }
1534   }// shared cluster in 2 SuperModules
1535   
1536   AliDebug(2,Form("Max cluster cell (SM,col,row)=(%d %d %d) - Distance to Bad Channel %2.2f",iSupMod, icolM, irowM, minDist));
1537   cluster->SetDistanceToBadChannel(minDist);
1538 }
1539
1540 //__________________________________________________________________
1541 void AliEMCALRecoUtils::RecalculateClusterPID(AliVCluster * cluster)
1542 {           
1543   //re-evaluate identification parameters with bayesian
1544   
1545   if(!cluster)
1546   {
1547     AliInfo("Cluster pointer null!");
1548     return;
1549   }
1550   
1551   if ( cluster->GetM02() != 0)
1552     fPIDUtils->ComputePID(cluster->E(),cluster->GetM02());
1553   
1554   Float_t pidlist[AliPID::kSPECIESCN+1];
1555   for(Int_t i = 0; i < AliPID::kSPECIESCN+1; i++) pidlist[i] = fPIDUtils->GetPIDFinal(i);
1556         
1557   cluster->SetPID(pidlist);
1558 }
1559
1560 //___________________________________________________________________________________________________________________
1561 void AliEMCALRecoUtils::RecalculateClusterShowerShapeParameters(const AliEMCALGeometry * geom, 
1562                                                                 AliVCaloCells* cells, 
1563                                                                 AliVCluster * cluster,
1564                                                                 Float_t & l0,   Float_t & l1,   
1565                                                                 Float_t & disp, Float_t & dEta, Float_t & dPhi,
1566                                                                 Float_t & sEta, Float_t & sPhi, Float_t & sEtaPhi)
1567 {
1568   // Calculates new center of gravity in the local EMCAL-module coordinates 
1569   // and tranfers into global ALICE coordinates
1570   // Calculates Dispersion and main axis
1571   
1572   if(!cluster)
1573   {
1574     AliInfo("Cluster pointer null!");
1575     return;
1576   }
1577     
1578   Double_t eCell       = 0.;
1579   Float_t  fraction    = 1.;
1580   Float_t  recalFactor = 1.;
1581
1582   Int_t    iSupMod = -1;
1583   Int_t    iTower  = -1;
1584   Int_t    iIphi   = -1;
1585   Int_t    iIeta   = -1;
1586   Int_t    iphi    = -1;
1587   Int_t    ieta    = -1;
1588   Double_t etai    = -1.;
1589   Double_t phii    = -1.;
1590   
1591   Int_t    nstat   = 0 ;
1592   Float_t  wtot    = 0.;
1593   Double_t w       = 0.;
1594   Double_t etaMean = 0.;
1595   Double_t phiMean = 0.;
1596     
1597   //Loop on cells
1598   for(Int_t iDigit=0; iDigit < cluster->GetNCells(); iDigit++) 
1599   {
1600     //Get from the absid the supermodule, tower and eta/phi numbers
1601     geom->GetCellIndex(cluster->GetCellAbsId(iDigit),iSupMod,iTower,iIphi,iIeta); 
1602     geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(iSupMod,iTower,iIphi,iIeta, iphi,ieta);        
1603     
1604     //Get the cell energy, if recalibration is on, apply factors
1605     fraction  = cluster->GetCellAmplitudeFraction(iDigit);
1606     if(fraction < 1e-4) fraction = 1.; // in case unfolding is off
1607     
1608     if (!fCellsRecalibrated)
1609     {
1610       if(IsRecalibrationOn()) 
1611       {
1612         recalFactor = GetEMCALChannelRecalibrationFactor(iSupMod,ieta,iphi);
1613       }
1614     }
1615     
1616     eCell  = cells->GetCellAmplitude(cluster->GetCellAbsId(iDigit))*fraction*recalFactor;
1617     
1618     if(cluster->E() > 0 && eCell > 0)
1619     {
1620       w  = GetCellWeight(eCell,cluster->E());
1621       
1622       etai=(Double_t)ieta;
1623       phii=(Double_t)iphi;  
1624       
1625       if(w > 0.0) 
1626       {
1627         wtot += w ;
1628         nstat++;            
1629         //Shower shape
1630         sEta     += w * etai * etai ;
1631         etaMean  += w * etai ;
1632         sPhi     += w * phii * phii ;
1633         phiMean  += w * phii ; 
1634         sEtaPhi  += w * etai * phii ; 
1635       }
1636     } 
1637     else
1638       AliError(Form("Wrong energy %f and/or amplitude %f\n", eCell, cluster->E()));
1639   }//cell loop
1640   
1641   //Normalize to the weight  
1642   if (wtot > 0) 
1643   {
1644     etaMean /= wtot ;
1645     phiMean /= wtot ;
1646   }
1647   else
1648     AliError(Form("Wrong weight %f\n", wtot));
1649   
1650   //Calculate dispersion  
1651   for(Int_t iDigit=0; iDigit < cluster->GetNCells(); iDigit++) 
1652   {
1653     //Get from the absid the supermodule, tower and eta/phi numbers
1654     geom->GetCellIndex(cluster->GetCellAbsId(iDigit),iSupMod,iTower,iIphi,iIeta); 
1655     geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(iSupMod,iTower,iIphi,iIeta, iphi,ieta);
1656     
1657     //Get the cell energy, if recalibration is on, apply factors
1658     fraction  = cluster->GetCellAmplitudeFraction(iDigit);
1659     if(fraction < 1e-4) fraction = 1.; // in case unfolding is off
1660     if (IsRecalibrationOn()) 
1661     {
1662       recalFactor = GetEMCALChannelRecalibrationFactor(iSupMod,ieta,iphi);
1663     }
1664     eCell  = cells->GetCellAmplitude(cluster->GetCellAbsId(iDigit))*fraction*recalFactor;
1665     
1666     if(cluster->E() > 0 && eCell > 0)
1667     {
1668       w  = GetCellWeight(eCell,cluster->E());
1669       
1670       etai=(Double_t)ieta;
1671       phii=(Double_t)iphi;    
1672       if(w > 0.0) 
1673       { 
1674         disp +=  w *((etai-etaMean)*(etai-etaMean)+(phii-phiMean)*(phii-phiMean)); 
1675         dEta +=  w * (etai-etaMean)*(etai-etaMean) ; 
1676         dPhi +=  w * (phii-phiMean)*(phii-phiMean) ; 
1677       }
1678     }
1679     else
1680       AliError(Form("Wrong energy %f and/or amplitude %f\n", eCell, cluster->E()));
1681   }// cell loop
1682   
1683   //Normalize to the weigth and set shower shape parameters
1684   if (wtot > 0 && nstat > 1) 
1685   {
1686     disp    /= wtot ;
1687     dEta    /= wtot ;
1688     dPhi    /= wtot ;
1689     sEta    /= wtot ;
1690     sPhi    /= wtot ;
1691     sEtaPhi /= wtot ;
1692     
1693     sEta    -= etaMean * etaMean ;
1694     sPhi    -= phiMean * phiMean ;
1695     sEtaPhi -= etaMean * phiMean ;
1696     
1697     l0 = (0.5 * (sEta + sPhi) + TMath::Sqrt( 0.25 * (sEta - sPhi) * (sEta - sPhi) + sEtaPhi * sEtaPhi ));
1698     l1 = (0.5 * (sEta + sPhi) - TMath::Sqrt( 0.25 * (sEta - sPhi) * (sEta - sPhi) + sEtaPhi * sEtaPhi ));
1699   }
1700   else
1701   {
1702     l0   = 0. ;
1703     l1   = 0. ;
1704     dEta = 0. ; dPhi = 0. ; disp    = 0. ;
1705     sEta = 0. ; sPhi = 0. ; sEtaPhi = 0. ;
1706   }  
1707   
1708 }
1709
1710 //____________________________________________________________________________________________
1711 void AliEMCALRecoUtils::RecalculateClusterShowerShapeParameters(const AliEMCALGeometry * geom, 
1712                                                                 AliVCaloCells* cells, 
1713                                                                 AliVCluster * cluster)
1714 {
1715   // Calculates new center of gravity in the local EMCAL-module coordinates 
1716   // and tranfers into global ALICE coordinates
1717   // Calculates Dispersion and main axis and puts them into the cluster
1718   
1719   Float_t l0   = 0., l1   = 0.;
1720   Float_t disp = 0., dEta = 0., dPhi    = 0.; 
1721   Float_t sEta = 0., sPhi = 0., sEtaPhi = 0.;
1722   
1723   AliEMCALRecoUtils::RecalculateClusterShowerShapeParameters(geom,cells,cluster,l0,l1,disp,
1724                                                              dEta, dPhi, sEta, sPhi, sEtaPhi);
1725   
1726   cluster->SetM02(l0);
1727   cluster->SetM20(l1);
1728   if(disp > 0. ) cluster->SetDispersion(TMath::Sqrt(disp)) ;
1729   
1730
1731
1732 //____________________________________________________________________________
1733 void AliEMCALRecoUtils::FindMatches(AliVEvent *event,
1734                                     TObjArray * clusterArr,  
1735                                     const AliEMCALGeometry *geom)
1736 {
1737   //This function should be called before the cluster loop
1738   //Before call this function, please recalculate the cluster positions
1739   //Given the input event, loop over all the tracks, select the closest cluster as matched with fCutR
1740   //Store matched cluster indexes and residuals
1741   
1742   fMatchedTrackIndex  ->Reset();
1743   fMatchedClusterIndex->Reset();
1744   fResidualPhi->Reset();
1745   fResidualEta->Reset();
1746   
1747   fMatchedTrackIndex  ->Set(1000);
1748   fMatchedClusterIndex->Set(1000);
1749   fResidualPhi->Set(1000);
1750   fResidualEta->Set(1000);
1751   
1752   AliESDEvent* esdevent = dynamic_cast<AliESDEvent*> (event);
1753   AliAODEvent* aodevent = dynamic_cast<AliAODEvent*> (event);
1754   
1755   // init the magnetic field if not already on
1756   if(!TGeoGlobalMagField::Instance()->GetField())
1757   {
1758     AliInfo("Init the magnetic field\n");
1759     if     (esdevent) 
1760     {
1761       esdevent->InitMagneticField();
1762     }
1763     else if(aodevent)
1764     {
1765       Double_t curSol = 30000*aodevent->GetMagneticField()/5.00668;
1766       Double_t curDip = 6000 *aodevent->GetMuonMagFieldScale();
1767       AliMagF *field  = AliMagF::CreateFieldMap(curSol,curDip);
1768       TGeoGlobalMagField::Instance()->SetField(field);
1769     }
1770     else
1771     {
1772       AliInfo("Mag Field not initialized, null esd/aod evetn pointers");
1773     }
1774     
1775   } // Init mag field
1776   
1777   TObjArray *clusterArray = 0x0;
1778   if(!clusterArr)
1779     {
1780       clusterArray = new TObjArray(event->GetNumberOfCaloClusters());
1781       for(Int_t icl=0; icl<event->GetNumberOfCaloClusters(); icl++)
1782   {
1783     AliVCluster *cluster = (AliVCluster*) event->GetCaloCluster(icl);
1784     if(geom && !IsGoodCluster(cluster,geom,(AliVCaloCells*)event->GetEMCALCells())) continue;
1785     clusterArray->AddAt(cluster,icl);
1786   }
1787     }
1788   
1789   Int_t    matched=0;
1790   Double_t cv[21];
1791   for (Int_t i=0; i<21;i++) cv[i]=0;
1792   for(Int_t itr=0; itr<event->GetNumberOfTracks(); itr++)
1793   {
1794     AliExternalTrackParam *trackParam = 0;
1795     
1796     //If the input event is ESD, the starting point for extrapolation is TPCOut, if available, or TPCInner 
1797     AliESDtrack *esdTrack = 0;
1798     AliAODTrack *aodTrack = 0;
1799     if(esdevent)
1800     {
1801       esdTrack = esdevent->GetTrack(itr);
1802       if(!esdTrack) continue;
1803       if(!IsAccepted(esdTrack)) continue;
1804       if(esdTrack->Pt()<fCutMinTrackPt) continue;
1805       Double_t phi = esdTrack->Phi()*TMath::RadToDeg();
1806       if(TMath::Abs(esdTrack->Eta())>0.8 || phi <= 20 || phi >= 240 ) continue;
1807       trackParam =  const_cast<AliExternalTrackParam*>(esdTrack->GetInnerParam());
1808     }
1809     
1810     //If the input event is AOD, the starting point for extrapolation is at vertex
1811     //AOD tracks are selected according to its filterbit.
1812     else if(aodevent)
1813     {
1814       aodTrack = aodevent->GetTrack(itr);
1815       if(!aodTrack) continue;
1816       if(!aodTrack->TestFilterMask(fAODFilterMask)) continue; //Select AOD tracks that fulfill GetStandardITSTPCTrackCuts2010()
1817       if(aodTrack->Pt()<fCutMinTrackPt) continue;
1818       Double_t phi = aodTrack->Phi()*TMath::RadToDeg();
1819       if(TMath::Abs(aodTrack->Eta())>0.8 || phi <= 20 || phi >= 240 ) continue;
1820       Double_t pos[3],mom[3];
1821       aodTrack->GetXYZ(pos);
1822       aodTrack->GetPxPyPz(mom);
1823       AliDebug(5,Form("aod track: i=%d | pos=(%5.4f,%5.4f,%5.4f) | mom=(%5.4f,%5.4f,%5.4f) | charge=%d\n",itr,pos[0],pos[1],pos[2],mom[0],mom[1],mom[2],aodTrack->Charge()));
1824       trackParam= new AliExternalTrackParam(pos,mom,cv,aodTrack->Charge());
1825     }
1826     
1827     //Return if the input data is not "AOD" or "ESD"
1828     else
1829     {
1830       printf("Wrong input data type! Should be \"AOD\" or \"ESD\"\n");
1831       if(clusterArray)
1832   {
1833     clusterArray->Clear();
1834     delete clusterArray;
1835   }
1836       return;
1837     }
1838     
1839     if(!trackParam) continue;
1840
1841     //Extrapolate the track to EMCal surface
1842     AliExternalTrackParam emcalParam(*trackParam);
1843     Float_t eta, phi;
1844     if(!ExtrapolateTrackToEMCalSurface(&emcalParam, 430., fMass, fStepSurface, eta, phi)) 
1845       {
1846   if(aodevent && trackParam) delete trackParam;
1847   continue;
1848       }
1849
1850 //    if(esdevent)
1851 //      {
1852 //  esdTrack->SetOuterParam(&emcalParam,AliExternalTrackParam::kMultSec);
1853 //      }
1854
1855     if(TMath::Abs(eta)>0.75 || (phi) < 70*TMath::DegToRad() || (phi) > 190*TMath::DegToRad())
1856       {
1857   if(aodevent && trackParam) delete trackParam;
1858   continue;
1859       }
1860
1861
1862     //Find matched clusters
1863     Int_t index = -1;
1864     Float_t dEta = -999, dPhi = -999;
1865     if(!clusterArr)
1866       {
1867   index = FindMatchedClusterInClusterArr(&emcalParam, &emcalParam, clusterArray, dEta, dPhi);  
1868       }
1869     else
1870       {
1871   index = FindMatchedClusterInClusterArr(&emcalParam, &emcalParam, clusterArr, dEta, dPhi);  
1872       }  
1873     
1874     if(index>-1)
1875     {
1876       fMatchedTrackIndex   ->AddAt(itr,matched);
1877       fMatchedClusterIndex ->AddAt(index,matched);
1878       fResidualEta         ->AddAt(dEta,matched);
1879       fResidualPhi         ->AddAt(dPhi,matched);
1880       matched++;
1881     }
1882     if(aodevent && trackParam) delete trackParam;
1883   }//track loop
1884
1885   if(clusterArray)
1886     {
1887       clusterArray->Clear();
1888       delete clusterArray;
1889     }
1890   
1891   AliDebug(2,Form("Number of matched pairs = %d !\n",matched));
1892   
1893   fMatchedTrackIndex   ->Set(matched);
1894   fMatchedClusterIndex ->Set(matched);
1895   fResidualPhi         ->Set(matched);
1896   fResidualEta         ->Set(matched);
1897 }
1898
1899 //________________________________________________________________________________
1900 Int_t AliEMCALRecoUtils::FindMatchedClusterInEvent(const AliESDtrack *track, 
1901                                                    const AliVEvent *event, 
1902                                                    const AliEMCALGeometry *geom, 
1903                                                    Float_t &dEta, Float_t &dPhi)
1904 {
1905   //
1906   // This function returns the index of matched cluster to input track
1907   // Returns -1 if no match is found
1908   Int_t index = -1;
1909   Double_t phiV = track->Phi()*TMath::RadToDeg();
1910   if(TMath::Abs(track->Eta())>0.8 || phiV <= 20 || phiV >= 240 ) return index;
1911   AliExternalTrackParam *trackParam = const_cast<AliExternalTrackParam*>(track->GetInnerParam());
1912   if(!trackParam) return index;
1913   AliExternalTrackParam emcalParam(*trackParam);
1914   Float_t eta, phi;
1915   if(!ExtrapolateTrackToEMCalSurface(&emcalParam, 430., fMass, fStepSurface, eta, phi)) return index;
1916   if(TMath::Abs(eta)>0.75 || (phi) < 70*TMath::DegToRad() || (phi) > 190*TMath::DegToRad()) return index;
1917
1918   TObjArray *clusterArr = new TObjArray(event->GetNumberOfCaloClusters());
1919
1920   for(Int_t icl=0; icl<event->GetNumberOfCaloClusters(); icl++)
1921   {
1922     AliVCluster *cluster = (AliVCluster*) event->GetCaloCluster(icl);
1923     if(geom && !IsGoodCluster(cluster,geom,(AliVCaloCells*)event->GetEMCALCells())) continue;
1924     clusterArr->AddAt(cluster,icl);
1925   }
1926
1927   index = FindMatchedClusterInClusterArr(&emcalParam, &emcalParam, clusterArr, dEta, dPhi);  
1928   clusterArr->Clear();
1929   delete clusterArr;
1930   
1931   return index;
1932 }
1933
1934 //_______________________________________________________________________________________________
1935 Int_t  AliEMCALRecoUtils::FindMatchedClusterInClusterArr(const AliExternalTrackParam *emcalParam, 
1936                                                          AliExternalTrackParam *trkParam, 
1937                                                          const TObjArray * clusterArr, 
1938                                                          Float_t &dEta, Float_t &dPhi)
1939 {
1940   // Find matched cluster in array
1941   
1942   dEta=-999, dPhi=-999;
1943   Float_t dRMax = fCutR, dEtaMax=fCutEta, dPhiMax=fCutPhi;
1944   Int_t index = -1;
1945   Float_t tmpEta=-999, tmpPhi=-999;
1946
1947   Double_t exPos[3] = {0.,0.,0.};
1948   if(!emcalParam->GetXYZ(exPos)) return index;
1949
1950   Float_t clsPos[3] = {0.,0.,0.};
1951   for(Int_t icl=0; icl<clusterArr->GetEntriesFast(); icl++)
1952     {
1953       AliVCluster *cluster = dynamic_cast<AliVCluster*> (clusterArr->At(icl)) ;
1954       if(!cluster || !cluster->IsEMCAL()) continue;
1955       cluster->GetPosition(clsPos);
1956       Double_t dR = TMath::Sqrt(TMath::Power(exPos[0]-clsPos[0],2)+TMath::Power(exPos[1]-clsPos[1],2)+TMath::Power(exPos[2]-clsPos[2],2));
1957       if(dR > fClusterWindow) continue;
1958
1959       AliExternalTrackParam trkPamTmp (*trkParam);//Retrieve the starting point every time before the extrapolation
1960       if(!ExtrapolateTrackToCluster(&trkPamTmp, cluster, fMass, fStepCluster, tmpEta, tmpPhi)) continue;
1961       if(fCutEtaPhiSum)
1962         {
1963           Float_t tmpR=TMath::Sqrt(tmpEta*tmpEta + tmpPhi*tmpPhi);
1964           if(tmpR<dRMax)
1965       {
1966         dRMax=tmpR;
1967         dEtaMax=tmpEta;
1968         dPhiMax=tmpPhi;
1969         index=icl;
1970       }
1971         }
1972       else if(fCutEtaPhiSeparate)
1973         {
1974           if(TMath::Abs(tmpEta)<TMath::Abs(dEtaMax) && TMath::Abs(tmpPhi)<TMath::Abs(dPhiMax))
1975       {
1976         dEtaMax = tmpEta;
1977         dPhiMax = tmpPhi;
1978         index=icl;
1979       }
1980         }
1981       else
1982         {
1983           printf("Error: please specify your cut criteria\n");
1984           printf("To cut on sqrt(dEta^2+dPhi^2), use: SwitchOnCutEtaPhiSum()\n");
1985           printf("To cut on dEta and dPhi separately, use: SwitchOnCutEtaPhiSeparate()\n");
1986           return index;
1987         }
1988     }
1989
1990   dEta=dEtaMax;
1991   dPhi=dPhiMax;
1992
1993   return index;
1994 }
1995
1996 //------------------------------------------------------------------------------------
1997 Bool_t AliEMCALRecoUtils::ExtrapolateTrackToEMCalSurface(AliExternalTrackParam *trkParam, 
1998                                                          const Double_t emcalR,
1999                                                          const Double_t mass, 
2000                                                          const Double_t step, 
2001                                                          Float_t &eta, 
2002                                                          Float_t &phi)
2003 {
2004   //Extrapolate track to EMCAL surface
2005   
2006   eta = -999, phi = -999;
2007   if(!trkParam) return kFALSE;
2008   if(!AliTrackerBase::PropagateTrackToBxByBz(trkParam, emcalR, mass, step, kTRUE, 0.8, -1)) return kFALSE;
2009   Double_t trkPos[3] = {0.,0.,0.};
2010   if(!trkParam->GetXYZ(trkPos)) return kFALSE;
2011   TVector3 trkPosVec(trkPos[0],trkPos[1],trkPos[2]);
2012   eta = trkPosVec.Eta();
2013   phi = trkPosVec.Phi();
2014   if(phi<0)
2015     phi += 2*TMath::Pi();
2016
2017   return kTRUE;
2018 }
2019
2020 //-----------------------------------------------------------------------------------
2021 Bool_t AliEMCALRecoUtils::ExtrapolateTrackToPosition(AliExternalTrackParam *trkParam, 
2022                                                      const Float_t *clsPos, 
2023                                                      Double_t mass, 
2024                                                      Double_t step, 
2025                                                      Float_t &tmpEta, 
2026                                                      Float_t &tmpPhi)
2027 {
2028   //
2029   //Return the residual by extrapolating a track param to a global position
2030   //
2031   tmpEta = -999;
2032   tmpPhi = -999;
2033   if(!trkParam) return kFALSE;
2034   Double_t trkPos[3] = {0.,0.,0.};
2035   TVector3 vec(clsPos[0],clsPos[1],clsPos[2]);
2036   Double_t alpha =  ((int)(vec.Phi()*TMath::RadToDeg()/20)+0.5)*20*TMath::DegToRad();
2037   vec.RotateZ(-alpha); //Rotate the cluster to the local extrapolation coordinate system
2038   if(!AliTrackerBase::PropagateTrackToBxByBz(trkParam, vec.X(), mass, step,kTRUE, 0.8, -1)) return kFALSE;
2039   if(!trkParam->GetXYZ(trkPos)) return kFALSE; //Get the extrapolated global position
2040
2041   TVector3 clsPosVec(clsPos[0],clsPos[1],clsPos[2]);
2042   TVector3 trkPosVec(trkPos[0],trkPos[1],trkPos[2]);
2043
2044   // track cluster matching
2045   tmpPhi = clsPosVec.DeltaPhi(trkPosVec);    // tmpPhi is between -pi and pi
2046   tmpEta = clsPosVec.Eta()-trkPosVec.Eta();
2047
2048   return kTRUE;
2049 }
2050
2051 //----------------------------------------------------------------------------------
2052 Bool_t AliEMCALRecoUtils::ExtrapolateTrackToCluster(AliExternalTrackParam *trkParam, 
2053                                                     const AliVCluster *cluster, 
2054                                                     const Double_t mass, 
2055                                                     const Double_t step, 
2056                                                     Float_t &tmpEta, 
2057                                                     Float_t &tmpPhi)
2058 {
2059   //
2060   //Return the residual by extrapolating a track param to a cluster
2061   //
2062   tmpEta = -999;
2063   tmpPhi = -999;
2064   if(!cluster || !trkParam) return kFALSE;
2065
2066   Float_t clsPos[3] = {0.,0.,0.};
2067   cluster->GetPosition(clsPos);
2068
2069   return ExtrapolateTrackToPosition(trkParam, clsPos, mass, step, tmpEta, tmpPhi);
2070 }
2071
2072 //---------------------------------------------------------------------------------
2073 Bool_t AliEMCALRecoUtils::ExtrapolateTrackToCluster(AliExternalTrackParam *trkParam, 
2074                                                     const AliVCluster *cluster, 
2075                                                     Float_t &tmpEta, 
2076                                                     Float_t &tmpPhi)
2077 {
2078   //
2079   //Return the residual by extrapolating a track param to a clusterfStepCluster
2080   //
2081
2082   return ExtrapolateTrackToCluster(trkParam, cluster, fMass, fStepCluster, tmpEta, tmpPhi);
2083 }
2084
2085 //_______________________________________________________________________
2086 void AliEMCALRecoUtils::GetMatchedResiduals(const Int_t clsIndex, 
2087                                             Float_t &dEta, Float_t &dPhi)
2088 {
2089   //Given a cluster index as in AliESDEvent::GetCaloCluster(clsIndex)
2090   //Get the residuals dEta and dPhi for this cluster to the closest track
2091   //Works with ESDs and AODs
2092
2093   if( FindMatchedPosForCluster(clsIndex) >= 999 )
2094   {
2095     AliDebug(2,"No matched tracks found!\n");
2096     dEta=999.;
2097     dPhi=999.;
2098     return;
2099   }
2100   dEta = fResidualEta->At(FindMatchedPosForCluster(clsIndex));
2101   dPhi = fResidualPhi->At(FindMatchedPosForCluster(clsIndex));
2102 }
2103
2104 //______________________________________________________________________________________________
2105 void AliEMCALRecoUtils::GetMatchedClusterResiduals(Int_t trkIndex, Float_t &dEta, Float_t &dPhi)
2106 {
2107   //Given a track index as in AliESDEvent::GetTrack(trkIndex)
2108   //Get the residuals dEta and dPhi for this track to the closest cluster
2109   //Works with ESDs and AODs
2110
2111   if( FindMatchedPosForTrack(trkIndex) >= 999 )
2112   {
2113     AliDebug(2,"No matched cluster found!\n");
2114     dEta=999.;
2115     dPhi=999.;
2116     return;
2117   }
2118   dEta = fResidualEta->At(FindMatchedPosForTrack(trkIndex));
2119   dPhi = fResidualPhi->At(FindMatchedPosForTrack(trkIndex));
2120 }
2121
2122 //__________________________________________________________
2123 Int_t AliEMCALRecoUtils::GetMatchedTrackIndex(Int_t clsIndex)
2124 {
2125   //Given a cluster index as in AliESDEvent::GetCaloCluster(clsIndex)
2126   //Get the index of matched track to this cluster
2127   //Works with ESDs and AODs
2128   
2129   if(IsClusterMatched(clsIndex))
2130     return fMatchedTrackIndex->At(FindMatchedPosForCluster(clsIndex));
2131   else 
2132     return -1; 
2133 }
2134
2135 //__________________________________________________________
2136 Int_t AliEMCALRecoUtils::GetMatchedClusterIndex(Int_t trkIndex)
2137 {
2138   //Given a track index as in AliESDEvent::GetTrack(trkIndex)
2139   //Get the index of matched cluster to this track
2140   //Works with ESDs and AODs
2141   
2142   if(IsTrackMatched(trkIndex))
2143     return fMatchedClusterIndex->At(FindMatchedPosForTrack(trkIndex));
2144   else 
2145     return -1; 
2146 }
2147
2148 //______________________________________________________________
2149 Bool_t AliEMCALRecoUtils::IsClusterMatched(Int_t clsIndex) const
2150 {
2151   //Given a cluster index as in AliESDEvent::GetCaloCluster(clsIndex)
2152   //Returns if the cluster has a match
2153   if(FindMatchedPosForCluster(clsIndex) < 999) 
2154     return kTRUE;
2155   else
2156     return kFALSE;
2157 }
2158
2159 //____________________________________________________________
2160 Bool_t AliEMCALRecoUtils::IsTrackMatched(Int_t trkIndex) const 
2161 {
2162   //Given a track index as in AliESDEvent::GetTrack(trkIndex)
2163   //Returns if the track has a match
2164   if(FindMatchedPosForTrack(trkIndex) < 999) 
2165     return kTRUE;
2166   else
2167     return kFALSE;
2168 }
2169
2170 //______________________________________________________________________
2171 UInt_t AliEMCALRecoUtils::FindMatchedPosForCluster(Int_t clsIndex) const
2172 {
2173   //Given a cluster index as in AliESDEvent::GetCaloCluster(clsIndex)
2174   //Returns the position of the match in the fMatchedClusterIndex array
2175   Float_t tmpR = fCutR;
2176   UInt_t pos = 999;
2177   
2178   for(Int_t i=0; i<fMatchedClusterIndex->GetSize(); i++) 
2179   {
2180     if(fMatchedClusterIndex->At(i)==clsIndex) 
2181     {
2182       Float_t r = TMath::Sqrt(fResidualEta->At(i)*fResidualEta->At(i) + fResidualPhi->At(i)*fResidualPhi->At(i));
2183       if(r<tmpR) 
2184       {
2185         pos=i;
2186         tmpR=r;
2187         AliDebug(3,Form("Matched cluster index: index: %d, dEta: %2.4f, dPhi: %2.4f.\n",
2188                         fMatchedClusterIndex->At(i),fResidualEta->At(i),fResidualPhi->At(i)));
2189       }
2190     }
2191   }
2192   return pos;
2193 }
2194
2195 //____________________________________________________________________
2196 UInt_t AliEMCALRecoUtils::FindMatchedPosForTrack(Int_t trkIndex) const
2197 {
2198   //Given a track index as in AliESDEvent::GetTrack(trkIndex)
2199   //Returns the position of the match in the fMatchedTrackIndex array
2200   Float_t tmpR = fCutR;
2201   UInt_t pos = 999;
2202   
2203   for(Int_t i=0; i<fMatchedTrackIndex->GetSize(); i++) 
2204   {
2205     if(fMatchedTrackIndex->At(i)==trkIndex) 
2206     {
2207       Float_t r = TMath::Sqrt(fResidualEta->At(i)*fResidualEta->At(i) + fResidualPhi->At(i)*fResidualPhi->At(i));
2208       if(r<tmpR) 
2209       {
2210         pos=i;
2211         tmpR=r;
2212         AliDebug(3,Form("Matched track index: index: %d, dEta: %2.4f, dPhi: %2.4f.\n",
2213                         fMatchedTrackIndex->At(i),fResidualEta->At(i),fResidualPhi->At(i)));
2214       }
2215     }
2216   }
2217   return pos;
2218 }
2219
2220 //__________________________________________________________________________
2221 Bool_t AliEMCALRecoUtils::IsGoodCluster(AliVCluster *cluster, 
2222                                         const AliEMCALGeometry *geom, 
2223                                         AliVCaloCells* cells,const Int_t bc)
2224 {
2225   // check if the cluster survives some quality cut
2226   //
2227   //
2228   Bool_t isGood=kTRUE;
2229
2230   if(!cluster || !cluster->IsEMCAL())              return kFALSE;
2231   
2232   if(ClusterContainsBadChannel(geom,cluster->GetCellsAbsId(),cluster->GetNCells())) return kFALSE;
2233   
2234   if(!CheckCellFiducialRegion(geom,cluster,cells)) return kFALSE;
2235   
2236   if(IsExoticCluster(cluster, cells,bc))           return kFALSE;
2237
2238   return isGood;
2239 }
2240
2241 //__________________________________________________________
2242 Bool_t AliEMCALRecoUtils::IsAccepted(AliESDtrack *esdTrack)
2243 {
2244   // Given a esd track, return whether the track survive all the cuts
2245
2246   // The different quality parameter are first
2247   // retrieved from the track. then it is found out what cuts the
2248   // track did not survive and finally the cuts are imposed.
2249
2250   UInt_t status = esdTrack->GetStatus();
2251
2252   Int_t nClustersITS = esdTrack->GetITSclusters(0);
2253   Int_t nClustersTPC = esdTrack->GetTPCclusters(0);
2254
2255   Float_t chi2PerClusterITS = -1;
2256   Float_t chi2PerClusterTPC = -1;
2257   if (nClustersITS!=0)
2258     chi2PerClusterITS = esdTrack->GetITSchi2()/Float_t(nClustersITS);
2259   if (nClustersTPC!=0) 
2260     chi2PerClusterTPC = esdTrack->GetTPCchi2()/Float_t(nClustersTPC);
2261
2262
2263   //DCA cuts
2264   if(fTrackCutsType==kGlobalCut)
2265     {
2266       Float_t maxDCAToVertexXYPtDep = 0.0182 + 0.0350/TMath::Power(esdTrack->Pt(),1.01); //This expression comes from AliESDtrackCuts::GetStandardITSTPCTrackCuts2010()
2267       //AliDebug(3,Form("Track pT = %f, DCAtoVertexXY = %f",esdTrack->Pt(),MaxDCAToVertexXYPtDep));
2268       SetMaxDCAToVertexXY(maxDCAToVertexXYPtDep); //Set pT dependent DCA cut to vertex in x-y plane
2269     }
2270
2271
2272   Float_t b[2];
2273   Float_t bCov[3];
2274   esdTrack->GetImpactParameters(b,bCov);
2275   if (bCov[0]<=0 || bCov[2]<=0) 
2276   {
2277     AliDebug(1, "Estimated b resolution lower or equal zero!");
2278     bCov[0]=0; bCov[2]=0;
2279   }
2280
2281   Float_t dcaToVertexXY = b[0];
2282   Float_t dcaToVertexZ = b[1];
2283   Float_t dcaToVertex = -1;
2284
2285   if (fCutDCAToVertex2D)
2286     dcaToVertex = TMath::Sqrt(dcaToVertexXY*dcaToVertexXY/fCutMaxDCAToVertexXY/fCutMaxDCAToVertexXY + dcaToVertexZ*dcaToVertexZ/fCutMaxDCAToVertexZ/fCutMaxDCAToVertexZ);
2287   else
2288     dcaToVertex = TMath::Sqrt(dcaToVertexXY*dcaToVertexXY + dcaToVertexZ*dcaToVertexZ);
2289     
2290   // cut the track?
2291   
2292   Bool_t cuts[kNCuts];
2293   for (Int_t i=0; i<kNCuts; i++) cuts[i]=kFALSE;
2294   
2295   // track quality cuts
2296   if (fCutRequireTPCRefit && (status&AliESDtrack::kTPCrefit)==0)
2297     cuts[0]=kTRUE;
2298   if (fCutRequireITSRefit && (status&AliESDtrack::kITSrefit)==0)
2299     cuts[1]=kTRUE;
2300   if (nClustersTPC<fCutMinNClusterTPC)
2301     cuts[2]=kTRUE;
2302   if (nClustersITS<fCutMinNClusterITS) 
2303     cuts[3]=kTRUE;
2304   if (chi2PerClusterTPC>fCutMaxChi2PerClusterTPC) 
2305     cuts[4]=kTRUE; 
2306   if (chi2PerClusterITS>fCutMaxChi2PerClusterITS) 
2307     cuts[5]=kTRUE;  
2308   if (!fCutAcceptKinkDaughters && esdTrack->GetKinkIndex(0)>0)
2309     cuts[6]=kTRUE;
2310   if (fCutDCAToVertex2D && dcaToVertex > 1)
2311     cuts[7] = kTRUE;
2312   if (!fCutDCAToVertex2D && TMath::Abs(dcaToVertexXY) > fCutMaxDCAToVertexXY)
2313     cuts[8] = kTRUE;
2314   if (!fCutDCAToVertex2D && TMath::Abs(dcaToVertexZ) > fCutMaxDCAToVertexZ)
2315     cuts[9] = kTRUE;
2316
2317   if(fTrackCutsType==kGlobalCut)
2318     {
2319       //Require at least one SPD point + anything else in ITS
2320       if( (esdTrack->HasPointOnITSLayer(0) || esdTrack->HasPointOnITSLayer(1)) == kFALSE)
2321   cuts[10] = kTRUE;
2322     }
2323
2324   Bool_t cut=kFALSE;
2325   for (Int_t i=0; i<kNCuts; i++)
2326     if (cuts[i]) { cut = kTRUE ; }
2327
2328     // cut the track
2329   if (cut) 
2330     return kFALSE;
2331   else 
2332     return kTRUE;
2333 }
2334
2335 //_____________________________________
2336 void AliEMCALRecoUtils::InitTrackCuts()
2337 {
2338   //Intilize the track cut criteria
2339   //By default these cuts are set according to AliESDtrackCuts::GetStandardTPCOnlyTrackCuts()
2340   //Also you can customize the cuts using the setters
2341   
2342   switch (fTrackCutsType)
2343   {
2344     case kTPCOnlyCut:
2345     {
2346       AliInfo(Form("Track cuts for matching: GetStandardTPCOnlyTrackCuts()"));
2347       //TPC
2348       SetMinNClustersTPC(70);
2349       SetMaxChi2PerClusterTPC(4);
2350       SetAcceptKinkDaughters(kFALSE);
2351       SetRequireTPCRefit(kFALSE);
2352       
2353       //ITS
2354       SetRequireITSRefit(kFALSE);
2355       SetMaxDCAToVertexZ(3.2);
2356       SetMaxDCAToVertexXY(2.4);
2357       SetDCAToVertex2D(kTRUE);
2358       
2359       break;
2360     }
2361       
2362     case kGlobalCut:
2363     {
2364       AliInfo(Form("Track cuts for matching: GetStandardITSTPCTrackCuts2010(kTURE)"));
2365       //TPC
2366       SetMinNClustersTPC(70);
2367       SetMaxChi2PerClusterTPC(4);
2368       SetAcceptKinkDaughters(kFALSE);
2369       SetRequireTPCRefit(kTRUE);
2370       
2371       //ITS
2372       SetRequireITSRefit(kTRUE);
2373       SetMaxDCAToVertexZ(2);
2374       SetMaxDCAToVertexXY();
2375       SetDCAToVertex2D(kFALSE);
2376       
2377       break;
2378     }
2379       
2380     case kLooseCut:
2381     {
2382       AliInfo(Form("Track cuts for matching: Loose cut w/o DCA cut"));
2383       SetMinNClustersTPC(50);
2384       SetAcceptKinkDaughters(kTRUE);
2385       
2386       break;
2387     }
2388   }
2389 }
2390
2391
2392 //________________________________________________________________________
2393 void AliEMCALRecoUtils::SetClusterMatchedToTrack(const AliVEvent *event)
2394 {
2395   // Checks if tracks are matched to EMC clusters and set the matched EMCAL cluster index to ESD track. 
2396
2397   Int_t nTracks = event->GetNumberOfTracks();
2398   for (Int_t iTrack = 0; iTrack < nTracks; ++iTrack) 
2399   {
2400     AliVTrack* track = dynamic_cast<AliVTrack*>(event->GetTrack(iTrack));
2401     if (!track) 
2402     {
2403       AliWarning(Form("Could not receive track %d", iTrack));
2404       continue;
2405     }
2406     
2407     Int_t matchClusIndex = GetMatchedClusterIndex(iTrack);       
2408     track->SetEMCALcluster(matchClusIndex); //sets -1 if track not matched within residual
2409     /*the following can be done better if AliVTrack::SetStatus will be there. Patch pending with Andreas/Peter*/
2410     AliESDtrack* esdtrack = dynamic_cast<AliESDtrack*>(track);
2411     if (esdtrack) { 
2412       if(matchClusIndex != -1) 
2413         esdtrack->SetStatus(AliESDtrack::kEMCALmatch);
2414       else
2415         esdtrack->ResetStatus(AliESDtrack::kEMCALmatch);
2416     } else {
2417       AliAODTrack* aodtrack = dynamic_cast<AliAODTrack*>(track);
2418       if(matchClusIndex != -1) 
2419         aodtrack->SetStatus(AliESDtrack::kEMCALmatch);
2420       else
2421         aodtrack->ResetStatus(AliESDtrack::kEMCALmatch);
2422     }
2423
2424   }
2425   AliDebug(2,"Track matched to closest cluster");  
2426 }
2427
2428 //_________________________________________________________________________
2429 void AliEMCALRecoUtils::SetTracksMatchedToCluster(const AliVEvent *event)
2430 {
2431   // Checks if EMC clusters are matched to ESD track.
2432   // Adds track indexes of all the tracks matched to a cluster withing residuals in ESDCalocluster.
2433   
2434   for (Int_t iClus=0; iClus < event->GetNumberOfCaloClusters(); ++iClus) 
2435   {
2436     AliVCluster *cluster = event->GetCaloCluster(iClus);
2437     if (!cluster->IsEMCAL()) 
2438       continue;
2439     
2440     Int_t nTracks = event->GetNumberOfTracks();
2441     TArrayI arrayTrackMatched(nTracks);
2442     
2443     // Get the closest track matched to the cluster
2444     Int_t nMatched = 0;
2445     Int_t matchTrackIndex = GetMatchedTrackIndex(iClus);
2446     if (matchTrackIndex != -1) 
2447     {
2448       arrayTrackMatched[nMatched] = matchTrackIndex;
2449       nMatched++;
2450     }
2451     
2452     // Get all other tracks matched to the cluster
2453     for(Int_t iTrk=0; iTrk<nTracks; ++iTrk) 
2454     {
2455       AliVTrack* track = dynamic_cast<AliVTrack*>(event->GetTrack(iTrk));
2456       if(iTrk == matchTrackIndex) continue;
2457       if(track->GetEMCALcluster() == iClus)
2458       {
2459         arrayTrackMatched[nMatched] = iTrk;
2460         ++nMatched;
2461       }
2462     }
2463     
2464     //printf("Tender::SetTracksMatchedToCluster - cluster E %f, N matches %d, first match %d\n",cluster->E(),nMatched,arrayTrackMatched[0]);
2465     
2466     arrayTrackMatched.Set(nMatched);
2467     AliESDCaloCluster *esdcluster = dynamic_cast<AliESDCaloCluster*>(cluster);
2468     if (esdcluster) 
2469       esdcluster->AddTracksMatched(arrayTrackMatched);
2470     else if (nMatched>0) {
2471       AliAODCaloCluster *aodcluster = dynamic_cast<AliAODCaloCluster*>(cluster);
2472       if (aodcluster)
2473         aodcluster->AddTrackMatched(event->GetTrack(arrayTrackMatched.At(0)));
2474     }
2475     
2476     Float_t eta= -999, phi = -999;
2477     if (matchTrackIndex != -1) 
2478       GetMatchedResiduals(iClus, eta, phi);
2479     cluster->SetTrackDistance(phi, eta);
2480   }
2481   
2482   AliDebug(2,"Cluster matched to tracks");  
2483 }
2484
2485 //___________________________________________________
2486 void AliEMCALRecoUtils::Print(const Option_t *) const 
2487 {
2488   // Print Parameters
2489   
2490   printf("AliEMCALRecoUtils Settings: \n");
2491   printf("Misalignment shifts\n");
2492   for(Int_t i=0; i<5; i++) printf("\t sector %d, traslation (x,y,z)=(%f,%f,%f), rotation (x,y,z)=(%f,%f,%f)\n",i, 
2493                                   fMisalTransShift[i*3],fMisalTransShift[i*3+1],fMisalTransShift[i*3+2],
2494                                   fMisalRotShift[i*3],  fMisalRotShift[i*3+1],  fMisalRotShift[i*3+2]   );
2495   printf("Non linearity function %d, parameters:\n", fNonLinearityFunction);
2496   for(Int_t i=0; i<6; i++) printf("param[%d]=%f\n",i, fNonLinearityParams[i]);
2497   
2498   printf("Position Recalculation option %d, Particle Type %d, fW0 %2.2f, Recalibrate Data %d \n",fPosAlgo,fParticleType,fW0, fRecalibration);
2499
2500   printf("Matching criteria: ");
2501   if(fCutEtaPhiSum)
2502     {
2503       printf("sqrt(dEta^2+dPhi^2)<%4.3f\n",fCutR);
2504     }
2505   else if(fCutEtaPhiSeparate)
2506     {
2507       printf("dEta<%4.3f, dPhi<%4.3f\n",fCutEta,fCutPhi);
2508     }
2509   else
2510     {
2511       printf("Error\n");
2512       printf("please specify your cut criteria\n");
2513       printf("To cut on sqrt(dEta^2+dPhi^2), use: SwitchOnCutEtaPhiSum()\n");
2514       printf("To cut on dEta and dPhi separately, use: SwitchOnCutEtaPhiSeparate()\n");
2515     }
2516
2517   printf("Mass hypothesis = %2.3f [GeV/c^2], extrapolation step to surface = %2.2f[cm], step to cluster = %2.2f[cm]\n",fMass,fStepSurface, fStepCluster);
2518   printf("Cluster selection window: dR < %2.0f\n",fClusterWindow);
2519
2520   printf("Track cuts: \n");
2521   printf("Minimum track pT: %1.2f\n",fCutMinTrackPt);
2522   printf("AOD track selection mask: %d\n",fAODFilterMask);
2523   printf("TPCRefit = %d, ITSRefit = %d\n",fCutRequireTPCRefit,fCutRequireITSRefit);
2524   printf("AcceptKinks = %d\n",fCutAcceptKinkDaughters);
2525   printf("MinNCulsterTPC = %d, MinNClusterITS = %d\n",fCutMinNClusterTPC,fCutMinNClusterITS);
2526   printf("MaxChi2TPC = %2.2f, MaxChi2ITS = %2.2f\n",fCutMaxChi2PerClusterTPC,fCutMaxChi2PerClusterITS);
2527   printf("DCSToVertex2D = %d, MaxDCAToVertexXY = %2.2f, MaxDCAToVertexZ = %2.2f\n",fCutDCAToVertex2D,fCutMaxDCAToVertexXY,fCutMaxDCAToVertexZ);
2528 }
2529