EMCAL/AliEMCALReconstructor.cxx

   1 /**************************************************************************
   2  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
   3  *                                                                        *
   4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
   5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
   6  *                                                                        *
   7  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
   8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
   9  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
  10  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
  11  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
  12  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
  13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
  14  **************************************************************************/
  15
  16 /* $Id$ */
  17
  18 //_________________________________________________________________________
  19 //--
  20 //-- Yves Schutz (SUBATECH)
  21 // Reconstruction class. Redesigned from the old AliReconstructionner class and
  22 // derived from STEER/AliReconstructor.
  23 //
  24
  25
  26 // --- ROOT system ---
  27 #include <TClonesArray.h>
  28 #include "TGeoManager.h"
  29 #include "TGeoMatrix.h"
  30
  31 // --- Standard library ---
  32
  33 // --- AliRoot header files ---
  34 #include "AliEMCALReconstructor.h"
  35
  36 #include "AliCodeTimer.h"
  37 #include "AliCaloCalibPedestal.h"
  38 #include "AliEMCALCalibData.h"
  39 #include "AliESDEvent.h"
  40 #include "AliESDCaloCluster.h"
  41 #include "AliESDCaloCells.h"
  42 #include "AliESDtrack.h"
  43 #include "AliEMCALLoader.h"
  44 #include "AliEMCALRawUtils.h"
  45 #include "AliEMCALDigit.h"
  46 #include "AliEMCALClusterizerv1.h"
  47 #include "AliEMCALClusterizerNxN.h"
  48 #include "AliEMCALRecPoint.h"
  49 #include "AliEMCALPID.h"
  50 #include "AliEMCALTrigger.h"
  51 #include "AliRawReader.h"
  52 #include "AliCDBEntry.h"
  53 #include "AliCDBManager.h"
  54 #include "AliEMCALGeometry.h"
  55 #include "AliEMCAL.h"
  56 #include "AliESDVZERO.h"
  57 #include "AliCDBManager.h"
  58 #include "AliRunLoader.h"
  59 #include "AliRun.h"
  60 #include "AliEMCALTriggerData.h"
  61 #include "AliEMCALTriggerElectronics.h"
  62 #include "AliEMCALTriggerDCSConfigDB.h"
  63 #include "AliEMCALTriggerDCSConfig.h"
  64 #include "AliEMCALTriggerData.h"
  65 #include "AliEMCALTriggerRawDigit.h"
  66 #include "AliEMCALTriggerPatch.h"
  67 #include "AliEMCALTriggerTypes.h"
  68
  69 ClassImp(AliEMCALReconstructor)
  70
  71 const AliEMCALRecParam*     AliEMCALReconstructor::fgkRecParam        = 0;   // EMCAL rec. parameters
  72 AliEMCALRawUtils*           AliEMCALReconstructor::fgRawUtils         = 0;   // EMCAL raw utilities class
  73 AliEMCALClusterizer*        AliEMCALReconstructor::fgClusterizer      = 0;   // EMCAL clusterizer class
  74 TClonesArray*               AliEMCALReconstructor::fgDigitsArr        = 0;   // list of digits, to be used multiple times
  75 TObjArray*                  AliEMCALReconstructor::fgClustersArr      = 0;   // list of clusters, to be used multiple times
  76 TClonesArray*               AliEMCALReconstructor::fgTriggerDigits    = 0;   // list of trigger digits, to be used multiple times
  77 AliEMCALTriggerElectronics* AliEMCALReconstructor::fgTriggerProcessor = 0x0;
  78 //____________________________________________________________________________
  79 AliEMCALReconstructor::AliEMCALReconstructor()
  80   : fGeom(0),fCalibData(0),fPedestalData(0),fTriggerData(0x0), fMatches(0x0)
  81 {
  82   // ctor
  83
  84   // AliDebug(2, "Mark.");
  85
  86   fgRawUtils = new AliEMCALRawUtils;
  87
  88   //To make sure we match with the geometry in a simulation file,
  89   //let's try to get it first.  If not, take the default geometry
  90   AliRunLoader *rl = AliRunLoader::Instance();
  91   if (rl->GetAliRun()){
  92     AliEMCAL * emcal = dynamic_cast<AliEMCAL*>(rl->GetAliRun()->GetDetector("EMCAL"));
  93     if(emcal) fGeom = emcal->GetGeometry();
  94   }
  95
  96   if(!fGeom) {
  97     AliInfo(Form("Using default geometry in reconstruction"));
  98     fGeom =  AliEMCALGeometry::GetInstance(AliEMCALGeometry::GetDefaultGeometryName());
  99   }
 100
 101   //Get calibration parameters
 102   if(!fCalibData)
 103     {
 104       AliCDBEntry *entry = (AliCDBEntry*)
 105         AliCDBManager::Instance()->Get("EMCAL/Calib/Data");
 106       if (entry) fCalibData =  (AliEMCALCalibData*) entry->GetObject();
 107     }
 108
 109   if(!fCalibData)
 110     AliFatal("Calibration parameters not found in CDB!");
 111
 112   //Get calibration parameters
 113   if(!fPedestalData)
 114     {
 115       AliCDBEntry *entry = (AliCDBEntry*)
 116         AliCDBManager::Instance()->Get("EMCAL/Calib/Pedestals");
 117       if (entry) fPedestalData =  (AliCaloCalibPedestal*) entry->GetObject();
 118     }
 119
 120   if(!fPedestalData)
 121     AliFatal("Dead map not found in CDB!");
 122
 123   if(!fGeom) AliFatal(Form("Could not get geometry!"));
 124
 125   AliEMCALTriggerDCSConfigDB* dcsConfigDB = AliEMCALTriggerDCSConfigDB::Instance();
 126
 127   const AliEMCALTriggerDCSConfig* dcsConfig = dcsConfigDB->GetTriggerDCSConfig();
 128
 129   if (!dcsConfig) AliFatal("No Trigger DCS Configuration from OCDB!");
 130   fgTriggerProcessor = new AliEMCALTriggerElectronics( dcsConfig );
 131
 132   fTriggerData = new AliEMCALTriggerData();
 133
 134   //Init temporary list of digits
 135   fgDigitsArr     = new TClonesArray("AliEMCALDigit",1000);
 136   fgClustersArr   = new TObjArray(1000);
 137   fgTriggerDigits = new TClonesArray("AliEMCALTriggerRawDigit",1000);
 138
 139   //Track matching
 140   fMatches = new TList();
 141   fMatches->SetOwner(kTRUE);
 142 }
 143
 144 //____________________________________________________________________________
 145 AliEMCALReconstructor::~AliEMCALReconstructor()
 146 {
 147   // dtor
 148
 149   //AliDebug(2, "Mark.");
 150
 151   if(fGeom)              delete fGeom;
 152
 153   //No need to delete, recovered from OCDB
 154   //if(fCalibData)         delete fCalibData;
 155   //if(fPedestalData)      delete fPedestalData;
 156
 157   if(fgDigitsArr){
 158     fgDigitsArr->Clear("C");
 159     delete fgDigitsArr;
 160   }
 161
 162   if(fgClustersArr){
 163     fgClustersArr->Clear();
 164     delete fgClustersArr;
 165   }
 166
 167   if(fgTriggerDigits){
 168     fgTriggerDigits->Clear();
 169     delete fgTriggerDigits;
 170   }
 171
 172   if(fgRawUtils)         delete fgRawUtils;
 173   if(fgClusterizer)      delete fgClusterizer;
 174   if(fgTriggerProcessor) delete fgTriggerProcessor;
 175
 176   if(fMatches) { fMatches->Delete(); delete fMatches; fMatches = 0;}
 177
 178   AliCodeTimer::Instance()->Print();
 179 }
 180
 181 //____________________________________________________________________________
 182 void AliEMCALReconstructor::InitClusterizer() const
 183 {
 184   //Init the clusterizer with geometry and calibration pointers, avoid doing it twice.
 185   Int_t clusterizerType = -1;
 186   Int_t eventType = -1;
 187   if(GetRecParam()) {
 188     clusterizerType = GetRecParam()->GetClusterizerFlag();
 189     eventType       = GetRecParam()->GetEventSpecie();
 190   }
 191   else{
 192     AliCDBEntry *entry = (AliCDBEntry*)
 193       AliCDBManager::Instance()->Get("EMCAL/Calib/RecoParam");
 194     //Get The reco param for the default event specie
 195     if (entry) {
 196       AliEMCALRecParam *recParam  = (AliEMCALRecParam*)((TObjArray *) entry->GetObject())->At(0);
 197       if(recParam) clusterizerType = recParam->GetClusterizerFlag();
 198     }
 199   }
 200
 201   //Check if clusterizer previously set corresponds to what is needed for this event type
 202   if(fgClusterizer){
 203     if(eventType!=AliRecoParam::kCalib){
 204       //printf("ReCreate clusterizer? Clusterizer set <%d>, Clusterizer in use <%s>\n",
 205       //     clusterizerType, fgClusterizer->Version());
 206
 207       if     (clusterizerType == AliEMCALRecParam::kClusterizerv1 && !strcmp(fgClusterizer->Version(),"clu-v1")) return;
 208
 209       else if(clusterizerType == AliEMCALRecParam::kClusterizerNxN && !strcmp(fgClusterizer->Version(),"clu-NxN")) return;
 210
 211       //Need to create new clusterizer, the one set previously is not the correct one
 212       delete fgClusterizer;
 213     }
 214     else return;
 215   }
 216
 217   if (clusterizerType  == AliEMCALRecParam::kClusterizerv1)
 218     {
 219       fgClusterizer = new AliEMCALClusterizerv1(fGeom, fCalibData,fPedestalData);
 220     }
 221   else
 222     {
 223       fgClusterizer = new AliEMCALClusterizerNxN(fGeom, fCalibData,fPedestalData);
 224     }
 225 }
 226
 227 //____________________________________________________________________________
 228 void AliEMCALReconstructor::Reconstruct(TTree* digitsTree, TTree* clustersTree) const
 229 {
 230   // method called by AliReconstruction;
 231   // Only the clusterization is performed,; the rest of the reconstruction is done in FillESD because the track
 232   // segment maker needs access to the AliESD object to retrieve the tracks reconstructed by
 233   // the global tracking.
 234   // Works on the current event.
 235
 236   AliCodeTimerAuto("",0)
 237
 238   //Get input digits and put them in fgDigitsArr, clear the list before
 239   ReadDigitsArrayFromTree(digitsTree);
 240
 241   InitClusterizer();
 242
 243   fgClusterizer->InitParameters();
 244   fgClusterizer->SetOutput(clustersTree);
 245
 246   //Skip clusterization of LED events
 247   if (GetRecParam()->GetEventSpecie()!=AliRecoParam::kCalib){
 248
 249     if(fgDigitsArr && fgDigitsArr->GetEntries()) {
 250
 251       fgClusterizer->SetInput(digitsTree);
 252
 253       //fgClusterizer->Digits2Clusters("deb all") ; //For debugging
 254       fgClusterizer->Digits2Clusters("");
 255
 256       fgClusterizer->Clear();
 257
 258     }//digits array exists and has somethind
 259   }//not a LED event
 260
 261   clustersTree->Fill();
 262
 263   // Deleting the recpoints at the end of the reconstruction call
 264   fgClusterizer->DeleteRecPoints();
 265 }
 266
 267 //____________________________________________________________________________
 268 void AliEMCALReconstructor::ConvertDigits(AliRawReader* rawReader, TTree* digitsTree) const
 269
 270 {
 271   // Conversion from raw data to
 272   // EMCAL digits.
 273   // Works on a single-event basis
 274
 275   rawReader->Reset() ;
 276
 277   fTriggerData->SetMode(1);
 278
 279   if(fgDigitsArr) fgDigitsArr->Clear("C");
 280
 281   TClonesArray *digitsTrg = new TClonesArray("AliEMCALTriggerRawDigit", 32 * 96);
 282
 283   Int_t bufsize = 32000;
 284   digitsTree->Branch("EMCAL", &fgDigitsArr, bufsize);
 285   digitsTree->Branch("EMTRG", &digitsTrg, bufsize);
 286
 287   //Skip calibration events do the rest
 288   Bool_t doFit = kTRUE;
 289   if ( !(GetRecParam()->FitLEDEvents()) && GetRecParam()->GetEventSpecie()==AliRecoParam::kCalib) doFit = kFALSE;
 290   if (doFit){
 291     //must be done here because, in constructor, option is not yet known
 292     fgRawUtils->SetOption(GetOption());
 293
 294     //  fgRawUtils->SetRawFormatHighLowGainFactor(GetRecParam()->GetHighLowGainFactor());
 295
 296     //   fgRawUtils->SetRawFormatOrder(GetRecParam()->GetOrderParameter());
 297     //    fgRawUtils->SetRawFormatTau(GetRecParam()->GetTau());
 298     fgRawUtils->SetNoiseThreshold(GetRecParam()->GetNoiseThreshold());
 299     fgRawUtils->SetNPedSamples(GetRecParam()->GetNPedSamples());
 300     fgRawUtils->SetRemoveBadChannels(GetRecParam()->GetRemoveBadChannels());
 301     fgRawUtils->SetFittingAlgorithm(GetRecParam()->GetFittingAlgorithm());
 302     fgRawUtils->SetFALTROUsage(GetRecParam()->UseFALTRO());
 303
 304     //fgRawUtils->SetTimeMin(GetRecParam()->GetTimeMin());
 305     //fgRawUtils->SetTimeMax(GetRecParam()->GetTimeMax());
 306
 307     //  fgRawUtils->SetTimeMin(-99999 );
 308     //  fgRawUtils->SetTimeMax( 99999 );
 309
 310     fgRawUtils->Raw2Digits(rawReader,fgDigitsArr,fPedestalData,digitsTrg,fTriggerData);
 311
 312   }//skip calibration event
 313   else{
 314     AliDebug(1," Calibration Event, skip!");
 315   }
 316
 317   digitsTree->Fill();
 318   digitsTrg->Delete();
 319   delete digitsTrg;
 320
 321 }
 322
 323
 324 //____________________________________________________________________________
 325 void AliEMCALReconstructor::FillESD(TTree* digitsTree, TTree* clustersTree,
 326                                     AliESDEvent* esd) const
 327 {
 328   // Called by AliReconstruct after Reconstruct() and global tracking and vertexing
 329   // and V0
 330   // Works on the current event
 331   // printf(" ## AliEMCALReconstructor::FillESD() is started ### \n ");
 332   //return;
 333
 334   //########################################
 335   // Trigger
 336   //########################################
 337
 338   static int saveOnce = 0;
 339
 340   Int_t v0M[2] = {0, 0};
 341
 342   AliESDVZERO* esdV0 = esd->GetVZEROData();
 343
 344   if (esdV0)
 345     {
 346       for (Int_t i = 0; i < 32; i++)
 347         {
 348           v0M[0] += (Int_t)esdV0->GetAdcV0C(i);
 349           v0M[1] += (Int_t)esdV0->GetAdcV0A(i);
 350         }
 351     }
 352   else
 353     {
 354       AliWarning("Cannot retrieve V0 ESD! Run w/ null V0 charges");
 355     }
 356
 357   if (fgTriggerDigits) fgTriggerDigits->Clear();
 358
 359   TBranch *branchtrg = digitsTree->GetBranch("EMTRG");
 360
 361   if (!branchtrg)
 362     {
 363       AliError("Can't get the branch with the EMCAL trigger digits!");
 364       return;
 365     }
 366
 367   branchtrg->SetAddress(&fgTriggerDigits);
 368   branchtrg->GetEntry(0);
 369
 370   // Note: fgTriggerProcessor reset done at the end of this method
 371   fgTriggerProcessor->Digits2Trigger(fgTriggerDigits, v0M, fTriggerData);
 372
 373   // Fill ESD
 374   AliESDCaloTrigger* trgESD = esd->GetCaloTrigger("EMCAL");
 375
 376   if (trgESD)
 377     {
 378       trgESD->Allocate(fgTriggerDigits->GetEntriesFast());
 379
 380       for (Int_t i = 0; i < fgTriggerDigits->GetEntriesFast(); i++)
 381         {
 382           AliEMCALTriggerRawDigit* rdig = (AliEMCALTriggerRawDigit*)fgTriggerDigits->At(i);
 383
 384           Int_t px, py;
 385           if (fGeom->GetPositionInEMCALFromAbsFastORIndex(rdig->GetId(), px, py))
 386             {
 387               Int_t a = -1, t = -1, times[10];
 388
 389               rdig->GetMaximum(a, t);
 390               rdig->GetL0Times(times);
 391
 392               trgESD->Add(px, py, a, t, times, rdig->GetNL0Times(), rdig->GetL1TimeSum(), rdig->GetTriggerBits());
 393             }
 394         }
 395
 396       trgESD->SetL1Threshold(0, fTriggerData->GetL1GammaThreshold());
 397
 398       trgESD->SetL1Threshold(1, fTriggerData->GetL1JetThreshold()  );
 399
 400       Int_t v0[2];
 401       fTriggerData->GetL1V0(v0);
 402
 403       trgESD->SetL1V0(v0);
 404       trgESD->SetL1FrameMask(fTriggerData->GetL1FrameMask());
 405
 406       if (!saveOnce && fTriggerData->GetL1DataDecoded())
 407         {
 408           int type[8] = {0};
 409           fTriggerData->GetL1TriggerType(type);
 410
 411           esd->SetCaloTriggerType(type);
 412
 413           saveOnce = 1;
 414         }
 415     }
 416
 417   // Resetting
 418   fTriggerData->Reset();
 419
 420   //########################################
 421   //##############Fill CaloCells###############
 422   //########################################
 423
 424   //Get input digits and put them in fgDigitsArr, clear the list before
 425   ReadDigitsArrayFromTree(digitsTree);
 426
 427   Int_t nDigits = fgDigitsArr->GetEntries(), idignew = 0 ;
 428   AliDebug(1,Form("%d digits",nDigits));
 429
 430   AliESDCaloCells &emcCells = *(esd->GetEMCALCells());
 431   emcCells.CreateContainer(nDigits);
 432   emcCells.SetType(AliVCaloCells::kEMCALCell);
 433   Float_t energy = 0;
 434   for (Int_t idig = 0 ; idig < nDigits ; idig++) {
 435     const AliEMCALDigit * dig = (const AliEMCALDigit*)fgDigitsArr->At(idig);
 436     if(dig->GetAmplitude() > 0 ){
 437       energy = fgClusterizer->Calibrate(dig->GetAmplitude(),dig->GetTime(),dig->GetId()); //TimeR or Time?
 438       if(energy > 0){ //Digits tagged as bad (dead, hot, not alive) are set to 0 in calibrate, remove them
 439         emcCells.SetCell(idignew,dig->GetId(),energy, dig->GetTime());
 440         idignew++;
 441       }
 442     }
 443   }
 444   emcCells.SetNumberOfCells(idignew);
 445   emcCells.Sort();
 446
 447   //------------------------------------------------------------
 448   //-----------------CLUSTERS-----------------------------
 449   //------------------------------------------------------------
 450   clustersTree->SetBranchStatus("*",0); //disable all branches
 451   clustersTree->SetBranchStatus("EMCALECARP",1); //Enable only the branch we need
 452   if(fgClustersArr) fgClustersArr->Clear();
 453   TBranch *branch = clustersTree->GetBranch("EMCALECARP");
 454   branch->SetAddress(&fgClustersArr);
 455   branch->GetEntry(0);
 456   //clustersTree->GetEvent(0);
 457
 458   Int_t nClusters = fgClustersArr->GetEntries(),  nClustersNew=0;
 459   AliDebug(1,Form("%d clusters",nClusters));
 460
 461
 462   //########################################
 463   //##############Fill CaloClusters#############
 464   //########################################
 465   for (Int_t iClust = 0 ; iClust < nClusters ; iClust++) {
 466     const AliEMCALRecPoint * clust = (const AliEMCALRecPoint*)fgClustersArr->At(iClust);
 467     if(!clust) continue;
 468     //if(clust->GetClusterType()== AliVCluster::kEMCALClusterv1) nRP++; else nPC++;
 469     // clust->Print(); //For debugging
 470     // Get information from EMCAL reconstruction points
 471     Float_t xyz[3];
 472     TVector3 gpos;
 473     clust->GetGlobalPosition(gpos);
 474     for (Int_t ixyz=0; ixyz<3; ixyz++)
 475       xyz[ixyz] = gpos[ixyz];
 476     Float_t elipAxis[2];
 477     clust->GetElipsAxis(elipAxis);
 478     //Create digits lists
 479     Int_t cellMult = clust->GetMultiplicity();
 480     //TArrayS digiList(digitMult);
 481     Float_t *amplFloat = clust->GetEnergiesList();
 482     Int_t   *digitInts = clust->GetAbsId();
 483     TArrayS absIdList(cellMult);
 484     TArrayD fracList(cellMult);
 485
 486     Int_t newCellMult = 0;
 487     for (Int_t iCell=0; iCell<cellMult; iCell++) {
 488       if (amplFloat[iCell] > 0) {
 489         absIdList[newCellMult] = (UShort_t)(digitInts[iCell]);
 490         //Calculate Fraction
 491         if(emcCells.GetCellAmplitude(digitInts[iCell])>0 && GetRecParam()->GetUnfold()){
 492           fracList[newCellMult] = amplFloat[iCell]/(emcCells.GetCellAmplitude(digitInts[iCell]));//get cell calibration value
 493
 494         }
 495         else{
 496           fracList[newCellMult] = 0;
 497         }
 498         newCellMult++;
 499       }
 500     }
 501
 502     absIdList.Set(newCellMult);
 503     fracList.Set(newCellMult);
 504
 505     if(newCellMult > 0) { // accept cluster if it has some digit
 506       nClustersNew++;
 507       //Primaries
 508       Int_t  parentMult  = 0;
 509       Int_t *parentList =  clust->GetParents(parentMult);
 510       // fills the ESDCaloCluster
 511       AliESDCaloCluster * ec = new AliESDCaloCluster() ;
 512       ec->SetType(AliVCluster::kEMCALClusterv1);
 513       ec->SetPosition(xyz);
 514       ec->SetE(clust->GetEnergy());
 515
 516       //Distance to the nearest bad crystal
 517       ec->SetDistanceToBadChannel(clust->GetDistanceToBadTower());
 518
 519       ec->SetNCells(newCellMult);
 520       //Change type of list from short to ushort
 521       UShort_t *newAbsIdList  = new UShort_t[newCellMult];
 522       Double_t *newFracList   = new Double_t[newCellMult];
 523       for(Int_t i = 0; i < newCellMult ; i++) {
 524         newAbsIdList[i]=absIdList[i];
 525         newFracList[i] =fracList[i];
 526       }
 527       ec->SetCellsAbsId(newAbsIdList);
 528       ec->SetCellsAmplitudeFraction(newFracList);
 529       ec->SetDispersion(clust->GetDispersion());
 530       ec->SetChi2(-1); //not yet implemented
 531       ec->SetM02(elipAxis[0]*elipAxis[0]) ;
 532       ec->SetM20(elipAxis[1]*elipAxis[1]) ;
 533       ec->SetTOF(clust->GetTime()) ; //time-of-fligh
 534       ec->SetNExMax(clust->GetNExMax());          //number of local maxima
 535
 536
 537       TArrayI arrayParents(parentMult,parentList);
 538       ec->AddLabels(arrayParents);
 539       //
 540       //Track matching
 541       //
 542       fMatches->Clear();
 543       Int_t nTracks = esd->GetNumberOfTracks();
 544       for (Int_t itrack = 0; itrack < nTracks; itrack++)
 545         {
 546           AliESDtrack * track = esd->GetTrack(itrack) ; // retrieve track
 547           if(track->GetEMCALcluster()==iClust)
 548             {
 549               Double_t dEta=-999, dPhi=-999;
 550               Bool_t isMatch =  CalculateResidual(track, ec, dEta, dPhi);
 551               if(!isMatch)
 552                 {
 553                   // AliDebug(10, "Not good");
 554                   continue;
 555                 }
 556               AliEMCALMatch *match = new AliEMCALMatch();
 557               match->SetIndexT(itrack);
 558               match->SetDistance(TMath::Sqrt(dEta*dEta+dPhi*dPhi));
 559               match->SetdEta(dEta);
 560               match->SetdPhi(dPhi);
 561               fMatches->Add(match);
 562             }
 563         }
 564       fMatches->Sort(kSortAscending); //Sort matched tracks from closest to furthest
 565       Int_t nMatch = fMatches->GetEntries();
 566       TArrayI arrayTrackMatched(nMatch);
 567       for(Int_t imatch=0; imatch<nMatch; imatch++)
 568         {
 569           AliEMCALMatch *match = (AliEMCALMatch*)fMatches->At(imatch);
 570           arrayTrackMatched[imatch] = match->GetIndexT();
 571           if(imatch==0)
 572             {
 573               ec->SetTrackDistance(match->GetdPhi(), match->GetdEta());
 574             }
 575         }
 576       ec->AddTracksMatched(arrayTrackMatched);
 577
 578       //add the cluster to the esd object
 579       esd->AddCaloCluster(ec);
 580
 581       delete ec;
 582       delete [] newAbsIdList ;
 583       delete [] newFracList ;
 584     }
 585   } // cycle on clusters
 586
 587   //
 588   //Reset the index of matched cluster for tracks
 589   //to the one in CaloCluster array
 590   Int_t ncls = esd->GetNumberOfCaloClusters();
 591   for(Int_t icl=0; icl<ncls; icl++)
 592     {
 593       AliESDCaloCluster *cluster = esd->GetCaloCluster(icl);
 594       if(!cluster || !cluster->IsEMCAL()) continue;
 595       TArrayI *trackIndex = cluster->GetTracksMatched();
 596       for(Int_t itr=0; itr<trackIndex->GetSize(); itr++)
 597         {
 598           AliESDtrack *track = esd->GetTrack(trackIndex->At(itr));
 599           track->SetEMCALcluster(cluster->GetID());
 600         }
 601     }
 602
 603
 604   //Fill ESDCaloCluster with PID weights
 605   AliEMCALPID *pid = new AliEMCALPID;
 606   //pid->SetPrintInfo(kTRUE);
 607   pid->SetReconstructor(kTRUE);
 608   pid->RunPID(esd);
 609   delete pid;
 610
 611   //Store EMCAL misalignment matrixes
 612   FillMisalMatrixes(esd) ;
 613
 614 }
 615
 616 //==================================================================================
 617 void AliEMCALReconstructor::FillMisalMatrixes(AliESDEvent* esd)const{
 618   //Store EMCAL matrixes in ESD Header
 619
 620   //Check, if matrixes was already stored
 621   for(Int_t sm = 0 ; sm < fGeom->GetNumberOfSuperModules(); sm++){
 622     if(esd->GetEMCALMatrix(sm)!=0)
 623       return ;
 624   }
 625
 626   //Create and store matrixes
 627   if(!gGeoManager){
 628     AliError("Can not store misal. matrixes: no gGeoManager! \n") ;
 629     return ;
 630   }
 631   //Note, that owner of copied marixes will be header
 632   const Int_t bufsize = 255;
 633   char path[bufsize] ;
 634   TGeoHMatrix * m = 0x0;
 635   for(Int_t sm = 0; sm < fGeom->GetNumberOfSuperModules(); sm++){
 636     snprintf(path,bufsize,"/ALIC_1/XEN1_1/SMOD_%d",sm+1) ; //In Geometry modules numbered 1,2,.,5
 637     if(sm >= 10) snprintf(path,bufsize,"/ALIC_1/XEN1_1/SM10_%d",sm-10+1) ;
 638
 639     if (gGeoManager->CheckPath(path)){
 640       gGeoManager->cd(path);
 641       m = gGeoManager->GetCurrentMatrix() ;
 642       //                        printf("================================================= \n");
 643       //                        printf("AliEMCALReconstructor::FixMisalMatrixes(), sm %d, \n",sm);
 644       //                        m->Print("");
 645       esd->SetEMCALMatrix(new TGeoHMatrix(*m),sm) ;
 646       //                        printf("================================================= \n");
 647     }
 648     else{
 649       esd->SetEMCALMatrix(NULL,sm) ;
 650     }
 651   }
 652 }
 653
 654 //__________________________________________________________________________
 655 void AliEMCALReconstructor::ReadDigitsArrayFromTree(TTree *digitsTree) const
 656 {
 657   // Read the digits from the input tree
 658   // See AliEMCALClusterizer::SetInput(TTree *digitsTree);
 659
 660   // Clear previous digits in the list
 661   if(fgDigitsArr){
 662     fgDigitsArr->Clear("C");
 663   }
 664   else{
 665     // It should not happen, but just in case ...
 666     fgDigitsArr = new TClonesArray("AliEMCALDigit",100);
 667   }
 668
 669   // Read the digits from the input tree
 670   TBranch *branch = digitsTree->GetBranch("EMCAL");
 671   if (!branch) {
 672     AliError("can't get the branch with the EMCAL digits !");
 673     return;
 674   }
 675
 676   branch->SetAddress(&fgDigitsArr);
 677   branch->GetEntry(0);
 678 }
 679
 680 //==================================================================================
 681 Bool_t AliEMCALReconstructor::CalculateResidual(AliESDtrack *track, AliESDCaloCluster *cluster, Double_t &dEta, Double_t &dPhi)const
 682 {
 683   //
 684   // calculate the residual between track and cluster
 685   //
 686
 687   // If the esdFriend is available, use the TPCOuter point as the starting point of extrapolation
 688   // Otherwise use the TPCInner point
 689   AliExternalTrackParam *trkParam = 0;
 690   const AliESDfriendTrack*  friendTrack = track->GetFriendTrack();
 691   if(friendTrack && friendTrack->GetTPCOut())
 692     trkParam = const_cast<AliExternalTrackParam*>(friendTrack->GetTPCOut());
 693   else
 694     trkParam = const_cast<AliExternalTrackParam*>(track->GetInnerParam());
 695   if(!trkParam) return kFALSE;
 696
 697   //Perform extrapolation
 698   Double_t trkPos[3];
 699   Float_t  clsPos[3];
 700
 701   AliExternalTrackParam trkParamTmp (*trkParam);
 702   cluster->GetPosition(clsPos);
 703   TVector3 vec(clsPos[0],clsPos[1],clsPos[2]);
 704   Double_t alpha =  ((int)(vec.Phi()*TMath::RadToDeg()/20)+0.5)*20*TMath::DegToRad();
 705   //Rotate to proper local coordinate
 706   vec.RotateZ(-alpha);
 707   trkParamTmp.Rotate(alpha);
 708   //extrapolation is done here
 709   if(!AliTrackerBase::PropagateTrackToBxByBz(&trkParamTmp, vec.X(), track->GetMass(), GetRecParam()->GetExtrapolateStep(), kFALSE, 0.8, -1))
 710     return kFALSE;
 711
 712   //Calculate the residuals
 713   trkParamTmp.GetXYZ(trkPos);
 714
 715   TVector3 clsPosVec(clsPos[0],clsPos[1],clsPos[2]);
 716   TVector3 trkPosVec(trkPos[0],trkPos[1],trkPos[2]);
 717
 718   Double_t clsPhi = clsPosVec.Phi();
 719   if(clsPhi<0) clsPhi+=2*TMath::Pi();
 720   Double_t trkPhi = trkPosVec.Phi();
 721   if(trkPhi<0) trkPhi+=2*TMath::Pi();
 722
 723   dPhi = clsPhi-trkPhi;
 724   dEta = clsPosVec.Eta()-trkPosVec.Eta();
 725
 726   return kTRUE;
 727 }
 728
 729 //
 730 //==================================================================================
 731 //
 732 AliEMCALReconstructor::AliEMCALMatch::AliEMCALMatch()
 733   : TObject(),
 734     fIndexT(-1),
 735     fDistance(-999.),
 736     fdEta(-999.),
 737     fdPhi(-999.)
 738 {
 739   //default constructor
 740
 741 }
 742
 743 //
 744 //==================================================================================
 745 //
 746 AliEMCALReconstructor::AliEMCALMatch::AliEMCALMatch(const AliEMCALMatch& copy)
 747   : TObject(),
 748     fIndexT(copy.fIndexT),
 749     fDistance(copy.fDistance),
 750     fdEta(copy.fdEta),
 751     fdPhi(copy.fdPhi)
 752 {
 753   //copy ctor
 754 }
 755
 756 //
 757 //==================================================================================
 758 //
 759 Int_t AliEMCALReconstructor::AliEMCALMatch::Compare(const TObject *obj) const
 760 {
 761   //
 762   // Compare wrt the residual
 763   //
 764
 765   AliEMCALReconstructor::AliEMCALMatch *that = (AliEMCALReconstructor::AliEMCALMatch*)obj;
 766
 767   Double_t thisDist = fDistance;//fDistance;
 768   Double_t thatDist = that->fDistance;//that->GetDistance();
 769
 770   if (thisDist > thatDist) return 1;
 771   else if (thisDist < thatDist) return -1;
 772   return 0;
 773 }