EMCAL/AliEMCALReconstructor.cxx

   1 /**************************************************************************
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   3  *                                                                        *
   4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
   5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
   6  *                                                                        *
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   8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
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  13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
  14  **************************************************************************/
  15
  16 /* $Id$ */
  17
  18 //_________________________________________________________________________
  19 //--
  20 //-- Yves Schutz (SUBATECH)
  21 // Reconstruction class. Redesigned from the old AliReconstructionner class and
  22 // derived from STEER/AliReconstructor.
  23 //
  24 //-- Aleksei Pavlinov : added staf for EMCAL jet trigger 9Apr 25, 2008)
  25 //                    : fgDigitsArr should read just once at event
  26
  27 // --- ROOT system ---
  28 #include <TList.h>
  29 #include <TClonesArray.h>
  30 #include <TH2.h>
  31 #include "TGeoManager.h"
  32 #include "TGeoMatrix.h"
  33
  34 // --- Standard library ---
  35
  36 // --- AliRoot header files ---
  37 #include "AliEMCALReconstructor.h"
  38
  39 #include "AliCodeTimer.h"
  40 #include "AliESDEvent.h"
  41 #include "AliESDCaloCluster.h"
  42 #include "AliESDCaloCells.h"
  43 #include "AliESDtrack.h"
  44 #include "AliEMCALLoader.h"
  45 #include "AliEMCALRawUtils.h"
  46 #include "AliEMCALDigit.h"
  47 #include "AliEMCALClusterizerv1.h"
  48 #include "AliEMCALRecPoint.h"
  49 #include "AliEMCALPID.h"
  50 #include "AliEMCALTrigger.h"
  51 #include "AliRawReader.h"
  52 #include "AliCDBEntry.h"
  53 #include "AliCDBManager.h"
  54 #include "AliEMCALGeometry.h"
  55 #include "AliEMCAL.h"
  56 #include "AliESDVZERO.h"
  57 #include "AliCDBManager.h"
  58 #include "AliRunLoader.h"
  59 #include "AliRun.h"
  60 #include "AliEMCALTriggerData.h"
  61 #include "AliEMCALTriggerElectronics.h"
  62 //#include "AliVZEROLoader.h"
  63
  64 ClassImp(AliEMCALReconstructor)
  65
  66 const AliEMCALRecParam* AliEMCALReconstructor::fgkRecParam = 0;  // EMCAL rec. parameters
  67 AliEMCALRawUtils* AliEMCALReconstructor::fgRawUtils = 0;   // EMCAL raw utilities class
  68 AliEMCALClusterizer* AliEMCALReconstructor::fgClusterizer = 0;   // EMCAL clusterizer class
  69 TClonesArray*     AliEMCALReconstructor::fgDigitsArr = 0;  // shoud read just once at event
  70 AliEMCALTriggerElectronics* AliEMCALReconstructor::fgTriggerProcessor = 0x0;
  71 //____________________________________________________________________________
  72 AliEMCALReconstructor::AliEMCALReconstructor()
  73   : fDebug(kFALSE), fList(0), fGeom(0),fCalibData(0),fPedestalData(0)
  74 {
  75   // ctor
  76
  77   fgRawUtils = new AliEMCALRawUtils;
  78
  79   //To make sure we match with the geometry in a simulation file,
  80   //let's try to get it first.  If not, take the default geometry
  81   AliRunLoader *rl = AliRunLoader::Instance();
  82   if (rl->GetAliRun() && rl->GetAliRun()->GetDetector("EMCAL")) {
  83     fGeom = dynamic_cast<AliEMCAL*>(rl->GetAliRun()->GetDetector("EMCAL"))->GetGeometry();
  84   } else {
  85     AliInfo(Form("Using default geometry in reconstruction"));
  86     fGeom =  AliEMCALGeometry::GetInstance(AliEMCALGeometry::GetDefaultGeometryName());
  87   }
  88
  89   //Get calibration parameters
  90   if(!fCalibData)
  91     {
  92                 AliCDBEntry *entry = (AliCDBEntry*)
  93                 AliCDBManager::Instance()->Get("EMCAL/Calib/Data");
  94                 if (entry) fCalibData =  (AliEMCALCalibData*) entry->GetObject();
  95     }
  96
  97   if(!fCalibData)
  98                 AliFatal("Calibration parameters not found in CDB!");
  99
 100   //Get calibration parameters
 101   if(!fPedestalData)
 102     {
 103                 AliCDBEntry *entry = (AliCDBEntry*)
 104                 AliCDBManager::Instance()->Get("EMCAL/Calib/Pedestals");
 105                 if (entry) fPedestalData =  (AliCaloCalibPedestal*) entry->GetObject();
 106     }
 107
 108         if(!fPedestalData)
 109                 AliFatal("Dead map not found in CDB!");
 110
 111
 112   //Init the clusterizer with geometry and calibration pointers, avoid doing it twice.
 113   fgClusterizer = new AliEMCALClusterizerv1(fGeom, fCalibData,fPedestalData);
 114
 115   if(!fGeom) AliFatal(Form("Could not get geometry!"));
 116
 117   fgTriggerProcessor = new AliEMCALTriggerElectronics();
 118 }
 119
 120 //____________________________________________________________________________
 121 AliEMCALReconstructor::~AliEMCALReconstructor()
 122 {
 123   // dtor
 124   delete fGeom;
 125   delete fgRawUtils;
 126   delete fgClusterizer;
 127   delete fgTriggerProcessor;
 128
 129   AliCodeTimer::Instance()->Print();
 130 }
 131
 132 // //____________________________________________________________________________
 133 // void AliEMCALReconstructor::Init()
 134 // {
 135 //   // Trigger hists - Oct 24, 2007
 136 //    fList = AliEMCALHistoUtilities::GetTriggersListOfHists(kTRUE);
 137 // }
 138
 139 //____________________________________________________________________________
 140 void AliEMCALReconstructor::Reconstruct(TTree* digitsTree, TTree* clustersTree) const
 141 {
 142   // method called by AliReconstruction;
 143   // Only the clusterization is performed,; the rest of the reconstruction is done in FillESD because the track
 144   // segment maker needs access to the AliESD object to retrieve the tracks reconstructed by
 145   // the global tracking.
 146   // Works on the current event.
 147
 148   AliCodeTimerAuto("",0)
 149
 150   ReadDigitsArrayFromTree(digitsTree);
 151   fgClusterizer->InitParameters();
 152   fgClusterizer->SetOutput(clustersTree);
 153
 154   AliEMCALTriggerData* trgData = new AliEMCALTriggerData();
 155
 156   Int_t bufferSize = 32000;
 157
 158   if (TBranch* triggerBranch = clustersTree->GetBranch("EMTRG"))
 159           triggerBranch->SetAddress(&trgData);
 160   else
 161           clustersTree->Branch("EMTRG","AliEMCALTriggerData",&trgData,bufferSize);
 162
 163 //  AliVZEROLoader* vzeroLoader = dynamic_cast<AliVZEROLoader*>(AliRunLoader::Instance()->GetDetectorLoader("VZERO"));
 164 //
 165 //  TTree* treeV0 = 0x0;
 166 //
 167 //  if (vzeroLoader)
 168 //  {
 169 //        vzeroLoader->LoadDigits("READ");
 170 //      treeV0 = vzeroLoader->TreeD();
 171 //  }
 172 //
 173   TClonesArray *trgDigits = new TClonesArray("AliEMCALRawDigit",1000);
 174   TBranch *branchdig = digitsTree->GetBranch("EMTRG");
 175   if (!branchdig)
 176   {
 177           AliError("Can't get the branch with the EMCAL trigger digits !");
 178           return;
 179   }
 180
 181   branchdig->SetAddress(&trgDigits);
 182   branchdig->GetEntry(0);
 183
 184   fgTriggerProcessor->Digits2Trigger(trgDigits, NULL, trgData);
 185
 186   trgDigits->Delete();
 187   delete        trgDigits;
 188
 189   if(fgDigitsArr && fgDigitsArr->GetEntries()) {
 190
 191     fgClusterizer->SetInput(digitsTree);
 192
 193     if(Debug())
 194       fgClusterizer->Digits2Clusters("deb all") ;
 195     else
 196       fgClusterizer->Digits2Clusters("");
 197
 198     fgClusterizer->Clear();
 199
 200   }
 201
 202 //  if (vzeroLoader)
 203 //  {
 204 //        vzeroLoader->UnloadDigits();
 205 //  }
 206 //
 207   clustersTree->Fill();
 208
 209   delete trgData;
 210 }
 211
 212 //____________________________________________________________________________
 213 void AliEMCALReconstructor::ConvertDigits(AliRawReader* rawReader, TTree* digitsTree) const
 214
 215 {
 216   // Conversion from raw data to
 217   // EMCAL digits.
 218   // Works on a single-event basis
 219
 220   rawReader->Reset() ;
 221
 222   TClonesArray *digitsArr = new TClonesArray("AliEMCALDigit",200);
 223   TClonesArray *digitsTrg = new TClonesArray("AliEMCALRawDigit", 200);
 224
 225   Int_t bufsize = 32000;
 226   digitsTree->Branch("EMCAL", &digitsArr, bufsize);
 227   digitsTree->Branch("EMTRG", &digitsTrg, bufsize);
 228
 229   //must be done here because, in constructor, option is not yet known
 230   fgRawUtils->SetOption(GetOption());
 231
 232   fgRawUtils->SetRawFormatHighLowGainFactor(GetRecParam()->GetHighLowGainFactor());
 233   fgRawUtils->SetRawFormatOrder(GetRecParam()->GetOrderParameter());
 234   fgRawUtils->SetRawFormatTau(GetRecParam()->GetTau());
 235   fgRawUtils->SetNoiseThreshold(GetRecParam()->GetNoiseThreshold());
 236   fgRawUtils->SetNPedSamples(GetRecParam()->GetNPedSamples());
 237   fgRawUtils->SetRemoveBadChannels(GetRecParam()->GetRemoveBadChannels());
 238   fgRawUtils->SetFittingAlgorithm(GetRecParam()->GetFittingAlgorithm());
 239   fgRawUtils->SetFALTROUsage(GetRecParam()->UseFALTRO());
 240   fgRawUtils->SetTimeMin(GetRecParam()->GetTimeMin());
 241   fgRawUtils->SetTimeMax(GetRecParam()->GetTimeMax());
 242
 243   fgRawUtils->Raw2Digits(rawReader,digitsArr,fPedestalData,digitsTrg);
 244
 245   digitsTree->Fill();
 246   digitsArr->Delete();
 247   digitsTrg->Delete();
 248   delete digitsArr;
 249   delete digitsTrg;
 250
 251 }
 252
 253
 254 //____________________________________________________________________________
 255 void AliEMCALReconstructor::FillESD(TTree* digitsTree, TTree* clustersTree,
 256                                     AliESDEvent* esd) const
 257 {
 258   // Called by AliReconstruct after Reconstruct() and global tracking and vertexing
 259   // and V0
 260   // Works on the current event
 261   //  printf(" ## AliEMCALReconstructor::FillESD() is started ### \n ");
 262   //return;
 263
 264   //######################################################
 265   //#########Calculate trigger and set trigger info###########
 266   //######################################################
 267   // Obsolete, to be changed with new trigger emulator when consensus is achieved about what is stored in ESDs.
 268   AliEMCALTrigger tr;
 269   //   tr.SetPatchSize(1);  // create 4x4 patches
 270   tr.SetSimulation(kFALSE); // Reconstruction mode
 271   tr.SetDigitsList(fgDigitsArr);
 272   // Get VZERO total multiplicity for jet trigger simulation
 273   // The simulation of jey trigger will be incorrect if no VZERO data
 274   // at ESD
 275   AliESDVZERO* vZero = esd->GetVZEROData();
 276   if(vZero) {
 277     tr.SetVZER0Multiplicity(vZero->GetMTotV0A() + vZero->GetMTotV0C());
 278   }
 279   //
 280   tr.Trigger();
 281
 282   Float_t maxAmp2x2  = tr.Get2x2MaxAmplitude();
 283   Float_t maxAmpnxn  = tr.GetnxnMaxAmplitude();
 284   Float_t ampOutOfPatch2x2  = tr.Get2x2AmpOutOfPatch() ;
 285   Float_t ampOutOfPatchnxn  = tr.GetnxnAmpOutOfPatch() ;
 286
 287   Int_t iSM2x2      = tr.Get2x2SuperModule();
 288   Int_t iSMnxn      = tr.GetnxnSuperModule();
 289   Int_t iModulePhi2x2 = tr.Get2x2ModulePhi();
 290   Int_t iModulePhinxn = tr.GetnxnModulePhi();
 291   Int_t iModuleEta2x2 = tr.Get2x2ModuleEta();
 292   Int_t iModuleEtanxn = tr.GetnxnModuleEta();
 293
 294   AliDebug(2, Form("Trigger 2x2 max amp %f, out amp %f, SM %d, iphi %d ieta %d",  maxAmp2x2, ampOutOfPatch2x2, iSM2x2,iModulePhi2x2, iModuleEta2x2));
 295   AliDebug(2, Form("Trigger 4x4 max amp %f , out amp %f, SM %d, iphi %d, ieta %d",  maxAmpnxn, ampOutOfPatchnxn, iSMnxn,iModulePhinxn, iModuleEtanxn));
 296
 297   TVector3    pos2x2(-1,-1,-1);
 298   TVector3    posnxn(-1,-1,-1);
 299
 300   Int_t iAbsId2x2 = fGeom->GetAbsCellIdFromCellIndexes( iSM2x2, iModulePhi2x2, iModuleEta2x2) ; // should be changed to Module
 301   Int_t iAbsIdnxn = fGeom->GetAbsCellIdFromCellIndexes( iSMnxn, iModulePhinxn, iModuleEtanxn) ;
 302   fGeom->GetGlobal(iAbsId2x2, pos2x2);
 303   fGeom->GetGlobal(iAbsIdnxn, posnxn);
 304   //printf(" iAbsId2x2 %i iAbsIdnxn %i \n", iAbsId2x2, iAbsIdnxn);
 305
 306   TArrayF triggerPosition(6);
 307   triggerPosition[0] = pos2x2(0) ;
 308   triggerPosition[1] = pos2x2(1) ;
 309   triggerPosition[2] = pos2x2(2) ;
 310   triggerPosition[3] = posnxn(0) ;
 311   triggerPosition[4] = posnxn(1) ;
 312   triggerPosition[5] = posnxn(2) ;
 313   //printf(" triggerPosition ");
 314   //for(int i=0; i<6; i++) printf(" %i %f : ", i, triggerPosition[i]);
 315
 316   TArrayF triggerAmplitudes(4);
 317   triggerAmplitudes[0] = maxAmp2x2 ;
 318   triggerAmplitudes[1] = ampOutOfPatch2x2 ;
 319   triggerAmplitudes[2] = maxAmpnxn ;
 320   triggerAmplitudes[3] = ampOutOfPatchnxn ;
 321   //printf("\n triggerAmplitudes ");
 322   //for(int i=0; i<4; i++) printf(" %i %f : ", i, triggerAmplitudes[i]);
 323   //printf("\n");
 324   //tr.Print("");
 325   //
 326   // Trigger jet staff
 327   //
 328   if(tr.GetNJetThreshold()>0) {
 329     // Jet phi/eta
 330     Int_t n0 = triggerPosition.GetSize();
 331     const TH2F *hpatch = tr.GetJetMatrixE();
 332     triggerPosition.Set(n0 + 2);
 333     for(Int_t i=0; i<2; i++) triggerPosition[n0+i] = hpatch->GetMean(i+1);
 334     // Add jet ampitudes
 335     n0 = triggerAmplitudes.GetSize();
 336     triggerAmplitudes.Set(n0 + tr.GetNJetThreshold());
 337     Double_t *ampJet = tr.GetL1JetThresholds();
 338     for(Int_t i=0; i<tr.GetNJetThreshold(); i++){
 339       triggerAmplitudes[n0 + i] = Float_t(ampJet[i]);
 340     }
 341   }
 342   esd->AddEMCALTriggerPosition(triggerPosition);
 343   esd->AddEMCALTriggerAmplitudes(triggerAmplitudes);
 344   // Fill trigger hists
 345   //  AliEMCALHistoUtilities::FillTriggersListOfHists(fList,&triggerPosition,&triggerAmplitudes);
 346
 347   //########################################
 348   //##############Fill CaloCells###############
 349   //########################################
 350
 351   TClonesArray *digits = new TClonesArray("AliEMCALDigit",1000);
 352   TBranch *branchdig = digitsTree->GetBranch("EMCAL");
 353   if (!branchdig) {
 354     AliError("can't get the branch with the EMCAL digits !");
 355     return;
 356   }
 357   branchdig->SetAddress(&digits);
 358   digitsTree->GetEvent(0);
 359   Int_t nDigits = digits->GetEntries(), idignew = 0 ;
 360   AliDebug(1,Form("%d digits",nDigits));
 361
 362   AliESDCaloCells &emcCells = *(esd->GetEMCALCells());
 363   emcCells.CreateContainer(nDigits);
 364   emcCells.SetType(AliESDCaloCells::kEMCALCell);
 365   Float_t energy = 0;
 366   for (Int_t idig = 0 ; idig < nDigits ; idig++) {
 367     const AliEMCALDigit * dig = (const AliEMCALDigit*)digits->At(idig);
 368     if(dig->GetAmplitude() > 0 ){
 369           energy = (static_cast<AliEMCALClusterizerv1*> (fgClusterizer))->Calibrate(dig->GetAmplitude(),dig->GetTime(),dig->GetId()); //TimeR or Time?
 370           if(energy > 0){ //Digits tagged as bad (dead, hot, not alive) are set to 0 in calibrate, remove them
 371                   emcCells.SetCell(idignew,dig->GetId(),energy, dig->GetTime());
 372                   idignew++;
 373           }
 374     }
 375   }
 376   emcCells.SetNumberOfCells(idignew);
 377   emcCells.Sort();
 378
 379   //------------------------------------------------------------
 380   //-----------------CLUSTERS-----------------------------
 381   //------------------------------------------------------------
 382   clustersTree->SetBranchStatus("*",0); //disable all branches
 383   clustersTree->SetBranchStatus("EMCALECARP",1); //Enable only the branch we need
 384
 385   TObjArray *clusters = new TObjArray(100);
 386   TBranch *branch = clustersTree->GetBranch("EMCALECARP");
 387   branch->SetAddress(&clusters);
 388   branch->GetEntry(0);
 389   //clustersTree->GetEvent(0);
 390
 391   Int_t nClusters = clusters->GetEntries(),  nClustersNew=0;
 392   AliDebug(1,Form("%d clusters",nClusters));
 393
 394   //######################################################
 395   //#######################TRACK MATCHING###############
 396   //######################################################
 397   //Fill list of integers, each one is index of track to which the cluster belongs.
 398
 399   // step 1 - initialize array of matched track indexes
 400   Int_t *matchedTrack = new Int_t[nClusters];
 401   for (Int_t iclus = 0; iclus < nClusters; iclus++)
 402     matchedTrack[iclus] = -1;  // neg. index --> no matched track
 403
 404   // step 2, change the flag for all matched clusters found in tracks
 405   Int_t iemcalMatch = -1;
 406   Int_t endtpc = esd->GetNumberOfTracks();
 407   for (Int_t itrack = 0; itrack < endtpc; itrack++) {
 408     AliESDtrack * track = esd->GetTrack(itrack) ; // retrieve track
 409     iemcalMatch = track->GetEMCALcluster();
 410     if(iemcalMatch >= 0) matchedTrack[iemcalMatch] = itrack;
 411   }
 412
 413   //########################################
 414   //##############Fill CaloClusters#############
 415   //########################################
 416   for (Int_t iClust = 0 ; iClust < nClusters ; iClust++) {
 417     const AliEMCALRecPoint * clust = (const AliEMCALRecPoint*)clusters->At(iClust);
 418     //if(clust->GetClusterType()== AliESDCaloCluster::kEMCALClusterv1) nRP++; else nPC++;
 419     if (Debug()) clust->Print();
 420     // Get information from EMCAL reconstruction points
 421     Float_t xyz[3];
 422     TVector3 gpos;
 423     clust->GetGlobalPosition(gpos);
 424     for (Int_t ixyz=0; ixyz<3; ixyz++)
 425       xyz[ixyz] = gpos[ixyz];
 426     Float_t elipAxis[2];
 427     clust->GetElipsAxis(elipAxis);
 428        //Create digits lists
 429     Int_t cellMult = clust->GetMultiplicity();
 430     //TArrayS digiList(digitMult);
 431     Float_t *amplFloat = clust->GetEnergiesList();
 432     Int_t   *digitInts = clust->GetAbsId();
 433     TArrayS absIdList(cellMult);
 434     TArrayD fracList(cellMult);
 435
 436     Int_t newCellMult = 0;
 437     for (Int_t iCell=0; iCell<cellMult; iCell++) {
 438       if (amplFloat[iCell] > 0) {
 439       absIdList[newCellMult] = (UShort_t)(digitInts[iCell]);
 440       //Uncomment when unfolding is done
 441       //if(emcCells.GetCellAmplitude(digitInts[iCell])>0)
 442       //fracList[newCellMult] = amplFloat[iCell]/(emcCells.GetCellAmplitude(digitInts[iCell])*calibration);//get cell calibration value
 443       //else
 444       fracList[newCellMult] = 0;
 445       newCellMult++;
 446       }
 447     }
 448
 449     absIdList.Set(newCellMult);
 450     fracList.Set(newCellMult);
 451
 452     if(newCellMult > 0) { // accept cluster if it has some digit
 453       nClustersNew++;
 454       //Primaries
 455       Int_t  parentMult  = 0;
 456       Int_t *parentList =  clust->GetParents(parentMult);
 457       // fills the ESDCaloCluster
 458       AliESDCaloCluster * ec = new AliESDCaloCluster() ;
 459       ec->SetClusterType(AliESDCaloCluster::kEMCALClusterv1);
 460       ec->SetPosition(xyz);
 461       ec->SetE(clust->GetEnergy());
 462
 463           //Distance to the nearest bad crystal
 464           ec->SetDistanceToBadChannel(clust->GetDistanceToBadTower());
 465
 466       ec->SetNCells(newCellMult);
 467       //Change type of list from short to ushort
 468       UShort_t *newAbsIdList  = new UShort_t[newCellMult];
 469       Double_t *newFracList  = new Double_t[newCellMult];
 470       for(Int_t i = 0; i < newCellMult ; i++) {
 471         newAbsIdList[i]=absIdList[i];
 472         newFracList[i]=fracList[i];
 473       }
 474       ec->SetCellsAbsId(newAbsIdList);
 475       ec->SetCellsAmplitudeFraction(newFracList);
 476       ec->SetClusterDisp(clust->GetDispersion());
 477       ec->SetClusterChi2(-1); //not yet implemented
 478       ec->SetM02(elipAxis[0]*elipAxis[0]) ;
 479       ec->SetM20(elipAxis[1]*elipAxis[1]) ;
 480       ec->SetTOF(clust->GetTime()) ; //time-of-fligh
 481       ec->SetNExMax(clust->GetNExMax());          //number of local maxima
 482       TArrayI arrayTrackMatched(1);// Only one track, temporal solution.
 483       arrayTrackMatched[0]= matchedTrack[iClust];
 484       ec->AddTracksMatched(arrayTrackMatched);
 485
 486       TArrayI arrayParents(parentMult,parentList);
 487       ec->AddLabels(arrayParents);
 488
 489       // add the cluster to the esd object
 490       esd->AddCaloCluster(ec);
 491       delete ec;
 492       delete [] newAbsIdList ;
 493       delete [] newFracList ;
 494    }
 495  } // cycle on clusters
 496
 497  delete [] matchedTrack;
 498
 499  //Fill ESDCaloCluster with PID weights
 500  AliEMCALPID *pid = new AliEMCALPID;
 501  //pid->SetPrintInfo(kTRUE);
 502  pid->SetReconstructor(kTRUE);
 503  pid->RunPID(esd);
 504  delete pid;
 505
 506  delete digits;
 507  delete clusters;
 508
 509  //Store EMCAL misalignment matrixes
 510  FillMisalMatrixes(esd) ;
 511
 512 }
 513
 514 //==================================================================================
 515 void AliEMCALReconstructor::FillMisalMatrixes(AliESDEvent* esd)const{
 516         //Store EMCAL matrixes in ESD Header
 517
 518         //Check, if matrixes was already stored
 519         for(Int_t sm = 0 ; sm < fGeom->GetNumberOfSuperModules(); sm++){
 520                 if(esd->GetEMCALMatrix(sm)!=0)
 521                         return ;
 522         }
 523
 524         //Create and store matrixes
 525         if(!gGeoManager){
 526                 AliError("Can not store misal. matrixes: no gGeoManager! \n") ;
 527                 return ;
 528         }
 529         //Note, that owner of copied marixes will be header
 530         char path[255] ;
 531         TGeoHMatrix * m = 0x0;
 532         for(Int_t sm = 0; sm < fGeom->GetNumberOfSuperModules(); sm++){
 533                 sprintf(path,"/ALIC_1/XEN1_1/SMOD_%d",sm+1) ; //In Geometry modules numbered 1,2,.,5
 534                 if(sm >= 10) sprintf(path,"/ALIC_1/XEN1_1/SM10_%d",sm-10+1) ;
 535
 536                 if (gGeoManager->CheckPath(path)){
 537                         gGeoManager->cd(path);
 538                         m = gGeoManager->GetCurrentMatrix() ;
 539 //                      printf("================================================= \n");
 540 //                      printf("AliEMCALReconstructor::FixMisalMatrixes(), sm %d, \n",sm);
 541 //                      m->Print("");
 542                         esd->SetEMCALMatrix(new TGeoHMatrix(*m),sm) ;
 543 //                      printf("================================================= \n");
 544                 }
 545                 else{
 546                         esd->SetEMCALMatrix(NULL,sm) ;
 547                 }
 548         }
 549 }
 550
 551
 552
 553 //__________________________________________________________________________
 554 void AliEMCALReconstructor::ReadDigitsArrayFromTree(TTree *digitsTree) const
 555 {
 556   // See AliEMCALClusterizer::SetInput(TTree *digitsTree);
 557   if(fgDigitsArr) {
 558     // Clear previous digits
 559     fgDigitsArr->Delete();
 560     delete fgDigitsArr;
 561   }
 562   // Read the digits from the input tree
 563   TBranch *branch = digitsTree->GetBranch("EMCAL");
 564   if (!branch) {
 565     AliError("can't get the branch with the EMCAL digits !");
 566     return;
 567   }
 568   fgDigitsArr = new TClonesArray("AliEMCALDigit",100);
 569   branch->SetAddress(&fgDigitsArr);
 570   branch->GetEntry(0);
 571 }
 572
 573