change default max distance R to 0.1
[u/mrichter/AliRoot.git] / EMCAL / AliEMCALReconstructor.cxx
1 /**************************************************************************
2  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
3  *                                                                        *
4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
6  *                                                                        *
7  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
9  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
10  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
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12  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
14  **************************************************************************/
15
16 /* $Id$ */
17
18 //_________________________________________________________________________
19 //--
20 //-- Yves Schutz (SUBATECH) 
21 // Reconstruction class. Redesigned from the old AliReconstructionner class and 
22 // derived from STEER/AliReconstructor. 
23 // 
24
25
26 // --- ROOT system ---
27 #include <TClonesArray.h>
28 #include "TGeoManager.h"
29 #include "TGeoMatrix.h"
30
31 // --- Standard library ---
32
33 // --- AliRoot header files ---
34 #include "AliEMCALReconstructor.h"
35
36 #include "AliCodeTimer.h"
37 #include "AliCaloCalibPedestal.h"
38 #include "AliEMCALCalibData.h"
39 #include "AliESDEvent.h"
40 #include "AliESDCaloCluster.h"
41 #include "AliESDCaloCells.h"
42 #include "AliESDtrack.h"
43 #include "AliEMCALLoader.h"
44 #include "AliEMCALRawUtils.h"
45 #include "AliEMCALDigit.h"
46 #include "AliEMCALClusterizerv1.h"
47 #include "AliEMCALClusterizerv2.h"
48 #include "AliEMCALClusterizerNxN.h"
49 #include "AliEMCALRecPoint.h"
50 #include "AliEMCALPID.h"
51 #include "AliEMCALRecoUtils.h"
52 #include "AliRawReader.h"
53 #include "AliCDBEntry.h"
54 #include "AliCDBManager.h"
55 #include "AliEMCALGeometry.h"
56 #include "AliEMCAL.h"
57 #include "AliESDVZERO.h"
58 #include "AliCDBManager.h"
59 #include "AliRunLoader.h"
60 #include "AliRun.h"
61 #include "AliEMCALTriggerData.h"
62 #include "AliEMCALTriggerElectronics.h"
63 #include "AliEMCALTriggerDCSConfigDB.h"
64 #include "AliEMCALTriggerDCSConfig.h"
65 #include "AliEMCALTriggerData.h"
66 #include "AliEMCALTriggerRawDigit.h"
67 #include "AliEMCALTriggerPatch.h"
68 #include "AliEMCALTriggerTypes.h"
69
70 ClassImp(AliEMCALReconstructor) 
71   
72 const AliEMCALRecParam*     AliEMCALReconstructor::fgkRecParam        = 0;   // EMCAL rec. parameters
73 AliEMCALRawUtils*           AliEMCALReconstructor::fgRawUtils         = 0;   // EMCAL raw utilities class
74 AliEMCALClusterizer*        AliEMCALReconstructor::fgClusterizer      = 0;   // EMCAL clusterizer class
75 TClonesArray*               AliEMCALReconstructor::fgDigitsArr        = 0;   // list of digits, to be used multiple times
76 TObjArray*                  AliEMCALReconstructor::fgClustersArr      = 0;   // list of clusters, to be used multiple times
77 TClonesArray*               AliEMCALReconstructor::fgTriggerDigits    = 0;   // list of trigger digits, to be used multiple times
78 AliEMCALTriggerElectronics* AliEMCALReconstructor::fgTriggerProcessor = 0x0;
79 //____________________________________________________________________________
80 AliEMCALReconstructor::AliEMCALReconstructor() 
81   : fGeom(0),fCalibData(0),fPedestalData(0),fTriggerData(0x0), fMatches(0x0)
82 {
83   // ctor
84
85   // AliDebug(2, "Mark.");  
86
87   fgRawUtils = new AliEMCALRawUtils;
88   
89   //To make sure we match with the geometry in a simulation file,
90   //let's try to get it first.  If not, take the default geometry
91   AliRunLoader *rl = AliRunLoader::Instance();
92   if (rl->GetAliRun()){
93     AliEMCAL * emcal = dynamic_cast<AliEMCAL*>(rl->GetAliRun()->GetDetector("EMCAL"));
94     if(emcal) fGeom = emcal->GetGeometry();
95   }
96   
97   if(!fGeom) {
98     AliInfo(Form("Using default geometry in reconstruction"));
99     fGeom =  AliEMCALGeometry::GetInstance(AliEMCALGeometry::GetDefaultGeometryName());
100   }
101   
102   //Get calibration parameters  
103   if(!fCalibData)
104     {
105       AliCDBEntry *entry = (AliCDBEntry*) 
106         AliCDBManager::Instance()->Get("EMCAL/Calib/Data");
107       if (entry) fCalibData =  (AliEMCALCalibData*) entry->GetObject();
108     }
109   
110   if(!fCalibData)
111     AliFatal("Calibration parameters not found in CDB!");
112   
113   //Get calibration parameters  
114   if(!fPedestalData)
115     {
116       AliCDBEntry *entry = (AliCDBEntry*) 
117         AliCDBManager::Instance()->Get("EMCAL/Calib/Pedestals");
118       if (entry) fPedestalData =  (AliCaloCalibPedestal*) entry->GetObject();
119     }
120   
121   if(!fPedestalData)
122     AliFatal("Dead map not found in CDB!");
123   
124   if(!fGeom) AliFatal(Form("Could not get geometry!"));
125   
126   AliEMCALTriggerDCSConfigDB* dcsConfigDB = AliEMCALTriggerDCSConfigDB::Instance();
127   
128   const AliEMCALTriggerDCSConfig* dcsConfig = dcsConfigDB->GetTriggerDCSConfig();
129   
130   if (!dcsConfig) AliFatal("No Trigger DCS Configuration from OCDB!");
131   fgTriggerProcessor = new AliEMCALTriggerElectronics( dcsConfig );
132   
133   fTriggerData = new AliEMCALTriggerData();
134   
135   //Init temporary list of digits
136   fgDigitsArr     = new TClonesArray("AliEMCALDigit",1000);
137   fgClustersArr   = new TObjArray(1000);
138
139   const int kNTRU = fGeom->GetNTotalTRU();
140   fgTriggerDigits = new TClonesArray("AliEMCALTriggerRawDigit", kNTRU * 96);    
141         
142   //Track matching
143   fMatches = new TList();
144   fMatches->SetOwner(kTRUE);
145
146
147 //____________________________________________________________________________
148 AliEMCALReconstructor::~AliEMCALReconstructor()
149 {
150   // dtor
151
152   //AliDebug(2, "Mark.");
153
154   if(fGeom)              delete fGeom;
155   
156   //No need to delete, recovered from OCDB
157   //if(fCalibData)         delete fCalibData;
158   //if(fPedestalData)      delete fPedestalData;
159   
160   if(fgDigitsArr){
161     fgDigitsArr->Clear("C");
162     delete fgDigitsArr; 
163   }
164   
165   if(fgClustersArr){
166     fgClustersArr->Clear();
167     delete fgClustersArr; 
168   }
169   
170   if(fgTriggerDigits){
171     fgTriggerDigits->Clear();
172     delete fgTriggerDigits; 
173   }
174   
175   if(fgRawUtils)         delete fgRawUtils;
176   if(fgClusterizer)      delete fgClusterizer;
177   if(fgTriggerProcessor) delete fgTriggerProcessor;
178   
179   if(fMatches) { fMatches->Delete(); delete fMatches; fMatches = 0;}
180   
181   AliCodeTimer::Instance()->Print();
182
183
184 //____________________________________________________________________________                                  
185 void AliEMCALReconstructor::InitClusterizer() const
186 {
187   //Init the clusterizer with geometry and calibration pointers, avoid doing it twice.                          
188   Int_t clusterizerType = -1;
189   Int_t eventType = -1;
190   if(GetRecParam()) {
191     clusterizerType = GetRecParam()->GetClusterizerFlag();
192     eventType       = GetRecParam()->GetEventSpecie();
193   }
194   else{
195     AliCDBEntry *entry = (AliCDBEntry*)
196       AliCDBManager::Instance()->Get("EMCAL/Calib/RecoParam");
197     //Get The reco param for the default event specie                                                           
198     if (entry) {
199       AliEMCALRecParam *recParam  = (AliEMCALRecParam*)((TObjArray *) entry->GetObject())->At(0);
200       if(recParam) clusterizerType = recParam->GetClusterizerFlag(); 
201     }
202   }
203   
204   //Check if clusterizer previously set corresponds to what is needed for this event type                       
205   if(fgClusterizer){
206     if(eventType!=AliRecoParam::kCalib){
207       //printf("ReCreate clusterizer? Clusterizer set <%d>, Clusterizer in use <%s>\n",
208       //     clusterizerType, fgClusterizer->Version());
209       
210       if     (clusterizerType == AliEMCALRecParam::kClusterizerv1  && !strcmp(fgClusterizer->Version(),"clu-v1"))  return;
211       
212       else if(clusterizerType == AliEMCALRecParam::kClusterizerNxN && !strcmp(fgClusterizer->Version(),"clu-NxN")) return;
213       
214       else if(clusterizerType == AliEMCALRecParam::kClusterizerv2  && !strcmp(fgClusterizer->Version(),"clu-v2"))  return;
215       
216       //Need to create new clusterizer, the one set previously is not the correct one     
217       delete fgClusterizer;
218     }
219     else return;
220   }
221   
222   if      (clusterizerType  == AliEMCALRecParam::kClusterizerv1)
223     {
224       fgClusterizer = new AliEMCALClusterizerv1 (fGeom, fCalibData,fPedestalData);
225     }
226   else if (clusterizerType  == AliEMCALRecParam::kClusterizerNxN)
227     {
228       fgClusterizer = new AliEMCALClusterizerNxN(fGeom, fCalibData,fPedestalData);
229     }
230   else if (clusterizerType  == AliEMCALRecParam::kClusterizerv2)
231   {
232     fgClusterizer = new AliEMCALClusterizerv2   (fGeom, fCalibData,fPedestalData);
233   }
234   else 
235   {
236     AliFatal(Form("Unknown clusterizer %d ", clusterizerType));
237   }
238 }
239
240 //____________________________________________________________________________
241 void AliEMCALReconstructor::Reconstruct(TTree* digitsTree, TTree* clustersTree) const
242 {
243   // method called by AliReconstruction; 
244   // Only the clusterization is performed,; the rest of the reconstruction is done in FillESD because the track
245   // segment maker needs access to the AliESD object to retrieve the tracks reconstructed by 
246   // the global tracking.
247   // Works on the current event.
248   
249   AliCodeTimerAuto("",0)
250     
251   //Get input digits and put them in fgDigitsArr, clear the list before 
252   ReadDigitsArrayFromTree(digitsTree);
253   
254   InitClusterizer();
255   
256   fgClusterizer->InitParameters();
257   fgClusterizer->SetOutput(clustersTree);
258   
259   //Skip clusterization of LED events
260   if (GetRecParam()->GetEventSpecie()!=AliRecoParam::kCalib){
261     
262     if(fgDigitsArr && fgDigitsArr->GetEntries()) {
263       
264       fgClusterizer->SetInput(digitsTree);
265       
266       //fgClusterizer->Digits2Clusters("deb all") ; //For debugging
267       fgClusterizer->Digits2Clusters("");
268       
269       fgClusterizer->Clear();
270       
271     }//digits array exists and has somethind
272   }//not a LED event
273   
274   clustersTree->Fill(); 
275
276   // Deleting the recpoints at the end of the reconstruction call
277   fgClusterizer->DeleteRecPoints();
278 }
279
280 //____________________________________________________________________________
281 void AliEMCALReconstructor::ConvertDigits(AliRawReader* rawReader, TTree* digitsTree) const
282   
283 {
284   // Conversion from raw data to
285   // EMCAL digits.
286   // Works on a single-event basis
287   
288   rawReader->Reset() ; 
289   
290   fTriggerData->SetMode(1);     
291   
292   if(fgDigitsArr) fgDigitsArr->Clear("C");
293   
294   const int kNTRU = fGeom->GetNTotalTRU();
295   TClonesArray *digitsTrg = new TClonesArray("AliEMCALTriggerRawDigit", kNTRU * 96);
296   
297   Int_t bufsize = 32000;
298   digitsTree->Branch("EMCAL", &fgDigitsArr, bufsize);
299   digitsTree->Branch("EMTRG", &digitsTrg, bufsize);
300   
301   //Skip calibration events do the rest
302   Bool_t doFit = kTRUE;
303   if ( !(GetRecParam()->FitLEDEvents()) && GetRecParam()->GetEventSpecie()==AliRecoParam::kCalib) doFit = kFALSE;
304   if (doFit){
305     //must be done here because, in constructor, option is not yet known
306     fgRawUtils->SetOption(GetOption());
307     
308     //  fgRawUtils->SetRawFormatHighLowGainFactor(GetRecParam()->GetHighLowGainFactor());
309     
310     //   fgRawUtils->SetRawFormatOrder(GetRecParam()->GetOrderParameter());
311     //    fgRawUtils->SetRawFormatTau(GetRecParam()->GetTau());
312     fgRawUtils->SetNoiseThreshold(GetRecParam()->GetNoiseThreshold());
313     fgRawUtils->SetNPedSamples(GetRecParam()->GetNPedSamples());
314     fgRawUtils->SetRemoveBadChannels(GetRecParam()->GetRemoveBadChannels());
315     if (!fgRawUtils->GetFittingAlgorithm()) fgRawUtils->SetFittingAlgorithm(GetRecParam()->GetFittingAlgorithm());
316     fgRawUtils->SetFALTROUsage(GetRecParam()->UseFALTRO());
317     //  fgRawUtils->SetFALTROUsage(0);
318  
319     //fgRawUtils->SetTimeMin(GetRecParam()->GetTimeMin());
320     //fgRawUtils->SetTimeMax(GetRecParam()->GetTimeMax());
321     
322     //  fgRawUtils->SetTimeMin(-99999 );
323     //  fgRawUtils->SetTimeMax( 99999 );
324     
325     fgRawUtils->Raw2Digits(rawReader,fgDigitsArr,fPedestalData,digitsTrg,fTriggerData);
326     
327   }//skip calibration event
328   else{
329     AliDebug(1," Calibration Event, skip!");
330   }
331   
332   digitsTree->Fill();
333   digitsTrg->Delete();
334   delete digitsTrg;
335   
336 }
337
338
339 //____________________________________________________________________________
340 void AliEMCALReconstructor::FillESD(TTree* digitsTree, TTree* clustersTree, 
341                                     AliESDEvent* esd) const
342 {
343   // Called by AliReconstruct after Reconstruct() and global tracking and vertexing 
344   // and V0 
345   // Works on the current event
346   // printf(" ## AliEMCALReconstructor::FillESD() is started ### \n ");
347   //return;
348   
349   //########################################
350   // Trigger
351   //########################################
352   
353   static int saveOnce = 0;
354   
355   Int_t v0M[2] = {0, 0};
356   
357   AliESDVZERO* esdV0 = esd->GetVZEROData();
358   
359   if (esdV0) 
360     {
361                 v0M[0] = esdV0->GetTriggerChargeC();
362                 v0M[1] = esdV0->GetTriggerChargeA();
363     }
364   else
365     {
366       AliWarning("No V0 ESD! Run trigger processor w/ null V0 charges");
367     }
368   
369   if (fgTriggerDigits && fgTriggerDigits->GetEntriesFast()) fgTriggerDigits->Delete();
370   
371   TBranch *branchtrg = digitsTree->GetBranch("EMTRG");
372   
373   if (!branchtrg) 
374     { 
375       AliError("Can't get the branch with the EMCAL trigger digits!");
376       return;
377     }
378   
379   branchtrg->SetAddress(&fgTriggerDigits);
380   branchtrg->GetEntry(0);
381   
382   // Note: fgTriggerProcessor reset done at the end of this method
383   fgTriggerProcessor->Digits2Trigger(fgTriggerDigits, v0M, fTriggerData);
384   
385   // Fill ESD
386   AliESDCaloTrigger* trgESD = esd->GetCaloTrigger("EMCAL");
387   
388   if (trgESD)
389     {
390       trgESD->Allocate(fgTriggerDigits->GetEntriesFast());
391       
392       for (Int_t i = 0; i < fgTriggerDigits->GetEntriesFast(); i++)
393         {         
394           AliEMCALTriggerRawDigit* rdig = (AliEMCALTriggerRawDigit*)fgTriggerDigits->At(i);
395           if (AliDebugLevel() > 999) rdig->Print("");
396                 
397           Int_t px, py;
398           if (fGeom->GetPositionInEMCALFromAbsFastORIndex(rdig->GetId(), px, py))
399             {
400               Int_t a = -1, t = -1, times[10]; 
401               
402               rdig->GetMaximum(a, t);
403               rdig->GetL0Times(times);
404                         
405               trgESD->Add(px, py, a, t, times, rdig->GetNL0Times(), rdig->GetL1TimeSum(), rdig->GetTriggerBits());
406             }
407         }
408       
409                 for (int i = 0; i < 2; i++) {
410                         trgESD->SetL1Threshold(2 * i    , fTriggerData->GetL1JetThreshold(  i));
411                         trgESD->SetL1Threshold(2 * i + 1, fTriggerData->GetL1GammaThreshold(i));
412                 }
413       
414       Int_t v0[2];
415       fTriggerData->GetL1V0(v0);
416       
417       trgESD->SetL1V0(v0);      
418       trgESD->SetL1FrameMask(fTriggerData->GetL1FrameMask());            
419       
420       if (!saveOnce && fTriggerData->GetL1DataDecoded()) 
421         {
422           int type[15] = {0};
423           fTriggerData->GetL1TriggerType(type);
424           
425           esd->SetCaloTriggerType(type);
426           
427           saveOnce = 1;
428         }
429     }
430   
431   // Resetting
432   fTriggerData->Reset();
433   
434   //########################################
435   //##############Fill CaloCells###############
436   //########################################
437   
438   //Get input digits and put them in fgDigitsArr, clear the list before 
439   ReadDigitsArrayFromTree(digitsTree);
440   
441   Int_t nDigits = fgDigitsArr->GetEntries(), idignew = 0 ;
442   AliDebug(1,Form("%d digits",nDigits));
443   
444   AliESDCaloCells &emcCells = *(esd->GetEMCALCells());
445   emcCells.CreateContainer(nDigits);
446   emcCells.SetType(AliVCaloCells::kEMCALCell);
447   
448   Float_t energy = 0;
449   Float_t time   = 0;
450   for (Int_t idig = 0 ; idig < nDigits ; idig++) 
451   {
452     const AliEMCALDigit * dig = (const AliEMCALDigit*)fgDigitsArr->At(idig);
453     time   = dig->GetTime();      // Time already calibrated in clusterizer
454     energy = dig->GetAmplitude(); // energy calibrated in clusterizer
455     
456     if(energy > 0 )
457     {
458       fgClusterizer->Calibrate(energy,time,dig->GetId()); //Digits already calibrated in clusterizers
459       
460       if(energy > 0) //Digits tagged as bad (dead, hot, not alive) are set to 0 in calibrate, remove them
461       { 
462         // Only for MC
463         // Get the label of the primary particle that generated the cell
464         // Assign the particle that deposited more energy
465         Int_t   nprimaries = dig->GetNprimary() ;
466         Int_t   digLabel   =-1 ;
467         Float_t edep       =-1.;
468         if ( nprimaries > 0 )
469         {
470           Int_t jndex ;
471           for ( jndex = 0 ; jndex < nprimaries ; jndex++ ) { // all primaries in digit
472  
473             if(edep < dig->GetDEParent(jndex+1))
474             {
475               digLabel = dig->GetIparent (jndex+1);
476               edep     = dig->GetDEParent(jndex+1);
477             }
478                    
479           } // all primaries in digit      
480         } // select primary label
481         
482         emcCells.SetCell(idignew,dig->GetId(),energy, time,digLabel);   
483         idignew++;
484       }
485     }
486   }
487   
488   emcCells.SetNumberOfCells(idignew);
489   emcCells.Sort();
490   
491   //------------------------------------------------------------
492   //-----------------CLUSTERS-----------------------------
493   //------------------------------------------------------------
494   clustersTree->SetBranchStatus("*",0); //disable all branches
495   clustersTree->SetBranchStatus("EMCALECARP",1); //Enable only the branch we need
496   if(fgClustersArr) fgClustersArr->Clear();
497   TBranch *branch = clustersTree->GetBranch("EMCALECARP");
498   branch->SetAddress(&fgClustersArr);
499   branch->GetEntry(0);
500   //clustersTree->GetEvent(0);
501   
502   Int_t nClusters = fgClustersArr->GetEntries(),  nClustersNew=0;
503   AliDebug(1,Form("%d clusters",nClusters));
504
505   
506   //########################################
507   //##############Fill CaloClusters#############
508   //########################################
509   for (Int_t iClust = 0 ; iClust < nClusters ; iClust++) {
510     const AliEMCALRecPoint * clust = (const AliEMCALRecPoint*)fgClustersArr->At(iClust);
511     if(!clust) continue;
512     //if(clust->GetClusterType()== AliVCluster::kEMCALClusterv1) nRP++; else nPC++;
513     // clust->Print(); //For debugging
514     // Get information from EMCAL reconstruction points
515     Float_t xyz[3];
516     TVector3 gpos;
517     clust->GetGlobalPosition(gpos);
518     for (Int_t ixyz=0; ixyz<3; ixyz++)
519       xyz[ixyz] = gpos[ixyz];
520     Float_t elipAxis[2];
521     clust->GetElipsAxis(elipAxis);
522     //Create digits lists
523     Int_t cellMult = clust->GetMultiplicity();
524     //TArrayS digiList(digitMult);
525     Float_t *amplFloat = clust->GetEnergiesList();
526     Int_t   *digitInts = clust->GetAbsId();
527     TArrayS absIdList(cellMult);
528     TArrayD fracList(cellMult);
529     
530     Int_t newCellMult = 0;
531     for (Int_t iCell=0; iCell<cellMult; iCell++) {
532       if (amplFloat[iCell] > 0) {
533         absIdList[newCellMult] = (UShort_t)(digitInts[iCell]);
534         //Calculate Fraction
535         if(emcCells.GetCellAmplitude(digitInts[iCell])>0 && GetRecParam()->GetUnfold()){
536           fracList[newCellMult] = amplFloat[iCell]/(emcCells.GetCellAmplitude(digitInts[iCell]));//get cell calibration value 
537           
538         }
539         else{
540           fracList[newCellMult] = 0; 
541         }
542         newCellMult++;
543       }
544     }
545     
546     absIdList.Set(newCellMult);
547     fracList.Set(newCellMult);
548     
549     if(newCellMult > 0) { // accept cluster if it has some digit
550       nClustersNew++;
551       //Primaries
552       Int_t  parentMult  = 0;
553       Int_t *parentList =  clust->GetParents(parentMult);
554       // fills the ESDCaloCluster
555       AliESDCaloCluster * ec = new AliESDCaloCluster() ;
556       ec->SetType(AliVCluster::kEMCALClusterv1);
557       ec->SetPosition(xyz);
558       ec->SetE(clust->GetEnergy());
559       
560       //Distance to the nearest bad crystal
561       ec->SetDistanceToBadChannel(clust->GetDistanceToBadTower()); 
562       
563       ec->SetNCells(newCellMult);
564       //Change type of list from short to ushort
565       UShort_t *newAbsIdList  = new UShort_t[newCellMult];
566       Double_t *newFracList   = new Double_t[newCellMult];
567       for(Int_t i = 0; i < newCellMult ; i++) {
568         newAbsIdList[i]=absIdList[i];
569         newFracList[i] =fracList[i];
570       }
571       ec->SetCellsAbsId(newAbsIdList);
572       ec->SetCellsAmplitudeFraction(newFracList);
573       ec->SetDispersion(clust->GetDispersion());
574       ec->SetChi2(-1); //not yet implemented
575       ec->SetM02(elipAxis[0]*elipAxis[0]) ;
576       ec->SetM20(elipAxis[1]*elipAxis[1]) ;
577       ec->SetTOF(clust->GetTime()) ; //time-of-fligh
578       ec->SetNExMax(clust->GetNExMax());          //number of local maxima
579   
580       
581       TArrayI arrayParents(parentMult,parentList);
582       ec->AddLabels(arrayParents);
583       //
584       //Track matching
585       //
586       fMatches->Clear();
587       Int_t nTracks = esd->GetNumberOfTracks();
588       for (Int_t itrack = 0; itrack < nTracks; itrack++)
589         {
590           AliESDtrack * track = esd->GetTrack(itrack) ; // retrieve track
591           if(track->GetEMCALcluster()==iClust)
592             {
593               Float_t dEta=-999, dPhi=-999;
594               Bool_t isMatch =  CalculateResidual(track, ec, dEta, dPhi);
595               if(!isMatch) 
596                 {
597                   // AliDebug(10, "Not good");
598                   continue;
599                 }
600               AliEMCALMatch *match = new AliEMCALMatch();
601               match->SetIndexT(itrack);
602               match->SetDistance(TMath::Sqrt(dEta*dEta+dPhi*dPhi));
603               match->SetdEta(dEta);
604               match->SetdPhi(dPhi);
605               fMatches->Add(match);
606             }
607         } 
608       fMatches->Sort(kSortAscending); //Sort matched tracks from closest to furthest
609       Int_t nMatch = fMatches->GetEntries();
610       TArrayI arrayTrackMatched(nMatch);
611       for(Int_t imatch=0; imatch<nMatch; imatch++)
612         {
613           AliEMCALMatch *match = (AliEMCALMatch*)fMatches->At(imatch);
614           arrayTrackMatched[imatch] = match->GetIndexT();
615           if(imatch==0)
616             {
617               ec->SetTrackDistance(match->GetdPhi(), match->GetdEta());
618             }
619         }
620       ec->AddTracksMatched(arrayTrackMatched);
621     
622       //add the cluster to the esd object
623       esd->AddCaloCluster(ec);
624
625       delete ec;
626       delete [] newAbsIdList ;
627       delete [] newFracList ;
628     }
629   } // cycle on clusters
630
631   //
632   //Reset the index of matched cluster for tracks
633   //to the one in CaloCluster array
634   Int_t ncls = esd->GetNumberOfCaloClusters();
635   for(Int_t icl=0; icl<ncls; icl++)
636     {
637       AliESDCaloCluster *cluster = esd->GetCaloCluster(icl);
638       if(!cluster || !cluster->IsEMCAL()) continue;
639       TArrayI *trackIndex = cluster->GetTracksMatched();
640       for(Int_t itr=0; itr<trackIndex->GetSize(); itr++)
641         {
642           AliESDtrack *track = esd->GetTrack(trackIndex->At(itr));
643           track->SetEMCALcluster(cluster->GetID());
644         }
645     }
646   
647   
648   //Fill ESDCaloCluster with PID weights
649   AliEMCALPID *pid = new AliEMCALPID;
650   //pid->SetPrintInfo(kTRUE);
651   pid->SetReconstructor(kTRUE);
652   pid->RunPID(esd);
653   delete pid;
654   
655   //Store EMCAL misalignment matrixes
656   FillMisalMatrixes(esd) ;
657   
658 }
659
660 //==================================================================================
661 void AliEMCALReconstructor::FillMisalMatrixes(AliESDEvent* esd)const{
662   //Store EMCAL matrixes in ESD Header
663   
664   //Check, if matrixes was already stored
665   for(Int_t sm = 0 ; sm < fGeom->GetNumberOfSuperModules(); sm++){
666     if(esd->GetEMCALMatrix(sm)!=0)
667       return ;
668   }
669   
670   //Create and store matrixes
671   if(!gGeoManager){
672     AliError("Can not store misal. matrixes: no gGeoManager! \n") ;
673     return ;
674   }
675   //Note, that owner of copied marixes will be header
676   const Int_t bufsize = 255;
677   char path[bufsize] ;
678   TGeoHMatrix * m = 0x0;
679   Int_t tmpType = -1;
680   Int_t SMOrder = 0;
681   TString SMName;
682   for(Int_t sm = 0; sm < fGeom->GetNumberOfSuperModules(); sm++){
683     if(fGeom->GetSMType(sm) == AliEMCALGeometry::kEMCAL_Standard )      SMName = "SMOD";
684     else if(fGeom->GetSMType(sm) == AliEMCALGeometry::kEMCAL_Half )     SMName = "SM10";
685     else if(fGeom->GetSMType(sm) == AliEMCALGeometry::kEMCAL_3rd )      SMName = "SM3rd";
686     else if( fGeom->GetSMType(sm) == AliEMCALGeometry::kDCAL_Standard ) SMName = "DCSM";
687     else if( fGeom->GetSMType(sm) == AliEMCALGeometry::kDCAL_Ext )      SMName = "DCEXT";
688     else AliError("Unkown SM Type!!");
689
690     if(fGeom->GetSMType(sm) == tmpType) {
691       SMOrder++;
692     } else {
693       tmpType = fGeom->GetSMType(sm);
694       SMOrder = 1;
695     }
696     snprintf(path,bufsize,"/ALIC_1/XEN1_1/%s_%d", SMName.Data(), SMOrder) ;
697
698     if (gGeoManager->CheckPath(path)){
699       gGeoManager->cd(path);
700       m = gGeoManager->GetCurrentMatrix() ;
701       //                        printf("================================================= \n");
702       //                        printf("AliEMCALReconstructor::FixMisalMatrixes(), sm %d, \n",sm);
703       //                        m->Print("");
704       esd->SetEMCALMatrix(new TGeoHMatrix(*m),sm) ;
705       //                        printf("================================================= \n");
706     }
707     else{
708       esd->SetEMCALMatrix(NULL,sm) ;
709     }
710   }
711 }
712
713 //__________________________________________________________________________
714 void AliEMCALReconstructor::ReadDigitsArrayFromTree(TTree *digitsTree) const
715 {
716   // Read the digits from the input tree
717   // See AliEMCALClusterizer::SetInput(TTree *digitsTree);    
718   
719   // Clear previous digits in the list
720   if(fgDigitsArr){ 
721     fgDigitsArr->Clear("C");
722   }
723   else{
724     // It should not happen, but just in case ...
725     fgDigitsArr = new TClonesArray("AliEMCALDigit",100); 
726   }
727   
728   // Read the digits from the input tree
729   TBranch *branch = digitsTree->GetBranch("EMCAL");
730   if (!branch) { 
731     AliError("can't get the branch with the EMCAL digits !");
732     return;
733   }  
734   
735   branch->SetAddress(&fgDigitsArr);
736   branch->GetEntry(0);
737 }
738
739 //==================================================================================
740 Bool_t AliEMCALReconstructor::CalculateResidual(AliESDtrack *track, AliESDCaloCluster *cluster, Float_t &dEta, Float_t &dPhi)const
741 {
742   //
743   // calculate the residual between track and cluster
744   //
745
746   // If the esdFriend is available, use the TPCOuter point as the starting point of extrapolation
747   // Otherwise use the TPCInner point
748
749   dEta = -999, dPhi = -999;
750   Bool_t ITSTrackSA = 0;
751
752   AliExternalTrackParam *trkParam = 0;
753   
754   const AliESDfriendTrack*  friendTrack = track->GetFriendTrack();
755   if(friendTrack && friendTrack->GetTPCOut())
756     trkParam = const_cast<AliExternalTrackParam*>(friendTrack->GetTPCOut());
757   else if(track->GetInnerParam())
758     trkParam = const_cast<AliExternalTrackParam*>(track->GetInnerParam());
759   else{
760     trkParam = new AliExternalTrackParam(*track); //If there is ITSSa track 
761     ITSTrackSA = 1;     
762   }
763   if(!trkParam) return kFALSE;
764   
765   AliExternalTrackParam trkParamTmp (*trkParam);
766   if(!AliEMCALRecoUtils::ExtrapolateTrackToCluster(&trkParamTmp, cluster, track->GetMass(kTRUE), GetRecParam()->GetExtrapolateStep(), dEta, dPhi)){
767         if(ITSTrackSA) delete trkParam;
768         return kFALSE;
769   }
770
771   if(ITSTrackSA) delete trkParam;
772   return kTRUE;
773 }
774
775 //
776 //==================================================================================
777 //
778 AliEMCALReconstructor::AliEMCALMatch::AliEMCALMatch() 
779   : TObject(),  
780     fIndexT(-1), 
781     fDistance(-999.),
782     fdEta(-999.),
783     fdPhi(-999.)
784 {
785   //default constructor
786
787 }
788
789 //
790 //==================================================================================
791 //
792 AliEMCALReconstructor::AliEMCALMatch::AliEMCALMatch(const AliEMCALMatch& copy)
793   : TObject(),
794     fIndexT(copy.fIndexT),
795     fDistance(copy.fDistance),
796     fdEta(copy.fdEta),
797     fdPhi(copy.fdPhi)
798 {
799   //copy ctor
800 }
801 //_____________________________________________________________________
802 AliEMCALReconstructor::AliEMCALMatch& AliEMCALReconstructor::AliEMCALMatch::AliEMCALMatch::operator = (const AliEMCALMatch &source)
803 { // assignment operator; use copy ctor
804   if (&source == this) return *this;
805
806   new (this) AliEMCALMatch(source);
807   return *this;
808 }
809 //
810 //==================================================================================
811 //
812 Int_t AliEMCALReconstructor::AliEMCALMatch::Compare(const TObject *obj) const 
813 {
814   //
815   // Compare wrt the residual
816   //
817         
818   AliEMCALReconstructor::AliEMCALMatch *that = (AliEMCALReconstructor::AliEMCALMatch*)obj;
819         
820   Double_t thisDist = fDistance;//fDistance;
821   Double_t thatDist = that->fDistance;//that->GetDistance();
822         
823   if (thisDist > thatDist) return 1;
824   else if (thisDist < thatDist) return -1;
825   return 0;
826 }