EMCAL/AliEMCALReconstructor.cxx

   1 /**************************************************************************
   2 #/eliza17/alice/esdfiles/data/2011/LHC11a/000146805/ESDs/pass2_without_SDD/11000146805038.550/root_archive.zip#AliESDs.root
   3  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
   4  *                                                                        *
   5  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
   6  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
   7  *                                                                        *
   8  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
   9  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
  10  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
  11  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
  12  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
  13  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
  14  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
  15  **************************************************************************/
  16
  17 /* $Id$ */
  18
  19 //_________________________________________________________________________
  20 //--
  21 //-- Yves Schutz (SUBATECH)
  22 // Reconstruction class. Redesigned from the old AliReconstructionner class and
  23 // derived from STEER/AliReconstructor.
  24 //
  25
  26
  27 // --- ROOT system ---
  28 #include <TClonesArray.h>
  29 #include "TGeoManager.h"
  30 #include "TGeoMatrix.h"
  31
  32 // --- Standard library ---
  33
  34 // --- AliRoot header files ---
  35 #include "AliEMCALReconstructor.h"
  36
  37 #include "AliCodeTimer.h"
  38 #include "AliCaloCalibPedestal.h"
  39 #include "AliEMCALCalibData.h"
  40 #include "AliESDEvent.h"
  41 #include "AliESDCaloCluster.h"
  42 #include "AliESDCaloCells.h"
  43 #include "AliESDtrack.h"
  44 #include "AliEMCALLoader.h"
  45 #include "AliEMCALRawUtils.h"
  46 #include "AliEMCALDigit.h"
  47 #include "AliEMCALClusterizerv1.h"
  48 #include "AliEMCALClusterizerv2.h"
  49 #include "AliEMCALClusterizerNxN.h"
  50 #include "AliEMCALRecPoint.h"
  51 #include "AliEMCALPID.h"
  52 #include "AliEMCALRecoUtils.h"
  53 #include "AliRawReader.h"
  54 #include "AliCDBEntry.h"
  55 #include "AliCDBManager.h"
  56 #include "AliEMCALGeometry.h"
  57 #include "AliEMCAL.h"
  58 #include "AliESDVZERO.h"
  59 #include "AliCDBManager.h"
  60 #include "AliRunLoader.h"
  61 #include "AliRun.h"
  62 #include "AliEMCALTriggerData.h"
  63 #include "AliEMCALTriggerElectronics.h"
  64 #include "AliEMCALTriggerDCSConfigDB.h"
  65 #include "AliEMCALTriggerDCSConfig.h"
  66 #include "AliEMCALTriggerData.h"
  67 #include "AliEMCALTriggerRawDigit.h"
  68 #include "AliEMCALTriggerPatch.h"
  69 #include "AliEMCALTriggerTypes.h"
  70
  71 ClassImp(AliEMCALReconstructor)
  72
  73 const AliEMCALRecParam*     AliEMCALReconstructor::fgkRecParam        = 0;   // EMCAL rec. parameters
  74 AliEMCALRawUtils*           AliEMCALReconstructor::fgRawUtils         = 0;   // EMCAL raw utilities class
  75 AliEMCALClusterizer*        AliEMCALReconstructor::fgClusterizer      = 0;   // EMCAL clusterizer class
  76 TClonesArray*               AliEMCALReconstructor::fgDigitsArr        = 0;   // list of digits, to be used multiple times
  77 TObjArray*                  AliEMCALReconstructor::fgClustersArr      = 0;   // list of clusters, to be used multiple times
  78 TClonesArray*               AliEMCALReconstructor::fgTriggerDigits    = 0;   // list of trigger digits, to be used multiple times
  79 AliEMCALTriggerElectronics* AliEMCALReconstructor::fgTriggerProcessor = 0x0;
  80 //____________________________________________________________________________
  81 AliEMCALReconstructor::AliEMCALReconstructor()
  82   : fGeom(0),fCalibData(0),fPedestalData(0),fTriggerData(0x0), fMatches(0x0)
  83 {
  84   // ctor
  85
  86   // AliDebug(2, "Mark.");
  87
  88   fgRawUtils = new AliEMCALRawUtils;
  89
  90   //To make sure we match with the geometry in a simulation file,
  91   //let's try to get it first.  If not, take the default geometry
  92   AliRunLoader *rl = AliRunLoader::Instance();
  93   if (rl->GetAliRun()){
  94     AliEMCAL * emcal = dynamic_cast<AliEMCAL*>(rl->GetAliRun()->GetDetector("EMCAL"));
  95     if(emcal) fGeom = emcal->GetGeometry();
  96   }
  97
  98   if(!fGeom) {
  99     AliInfo(Form("Using default geometry in reconstruction"));
 100     fGeom =  AliEMCALGeometry::GetInstance(AliEMCALGeometry::GetDefaultGeometryName());
 101   }
 102
 103   //Get calibration parameters
 104   if(!fCalibData)
 105     {
 106       AliCDBEntry *entry = (AliCDBEntry*)
 107         AliCDBManager::Instance()->Get("EMCAL/Calib/Data");
 108       if (entry) fCalibData =  (AliEMCALCalibData*) entry->GetObject();
 109     }
 110
 111   if(!fCalibData)
 112     AliFatal("Calibration parameters not found in CDB!");
 113
 114   //Get calibration parameters
 115   if(!fPedestalData)
 116     {
 117       AliCDBEntry *entry = (AliCDBEntry*)
 118         AliCDBManager::Instance()->Get("EMCAL/Calib/Pedestals");
 119       if (entry) fPedestalData =  (AliCaloCalibPedestal*) entry->GetObject();
 120     }
 121
 122   if(!fPedestalData)
 123     AliFatal("Dead map not found in CDB!");
 124
 125   if(!fGeom) AliFatal(Form("Could not get geometry!"));
 126
 127   AliEMCALTriggerDCSConfigDB* dcsConfigDB = AliEMCALTriggerDCSConfigDB::Instance();
 128
 129   const AliEMCALTriggerDCSConfig* dcsConfig = dcsConfigDB->GetTriggerDCSConfig();
 130
 131   if (!dcsConfig) AliFatal("No Trigger DCS Configuration from OCDB!");
 132   fgTriggerProcessor = new AliEMCALTriggerElectronics( dcsConfig );
 133
 134   fTriggerData = new AliEMCALTriggerData();
 135
 136   //Init temporary list of digits
 137   fgDigitsArr     = new TClonesArray("AliEMCALDigit",1000);
 138   fgClustersArr   = new TObjArray(1000);
 139   fgTriggerDigits = new TClonesArray("AliEMCALTriggerRawDigit",1000);
 140
 141   //Track matching
 142   fMatches = new TList();
 143   fMatches->SetOwner(kTRUE);
 144 }
 145
 146 //____________________________________________________________________________
 147 AliEMCALReconstructor::~AliEMCALReconstructor()
 148 {
 149   // dtor
 150
 151   //AliDebug(2, "Mark.");
 152
 153   if(fGeom)              delete fGeom;
 154
 155   //No need to delete, recovered from OCDB
 156   //if(fCalibData)         delete fCalibData;
 157   //if(fPedestalData)      delete fPedestalData;
 158
 159   if(fgDigitsArr){
 160     fgDigitsArr->Clear("C");
 161     delete fgDigitsArr;
 162   }
 163
 164   if(fgClustersArr){
 165     fgClustersArr->Clear();
 166     delete fgClustersArr;
 167   }
 168
 169   if(fgTriggerDigits){
 170     fgTriggerDigits->Clear();
 171     delete fgTriggerDigits;
 172   }
 173
 174   if(fgRawUtils)         delete fgRawUtils;
 175   if(fgClusterizer)      delete fgClusterizer;
 176   if(fgTriggerProcessor) delete fgTriggerProcessor;
 177
 178   if(fMatches) { fMatches->Delete(); delete fMatches; fMatches = 0;}
 179
 180   AliCodeTimer::Instance()->Print();
 181 }
 182
 183 //____________________________________________________________________________
 184 void AliEMCALReconstructor::InitClusterizer() const
 185 {
 186   //Init the clusterizer with geometry and calibration pointers, avoid doing it twice.
 187   Int_t clusterizerType = -1;
 188   Int_t eventType = -1;
 189   if(GetRecParam()) {
 190     clusterizerType = GetRecParam()->GetClusterizerFlag();
 191     eventType       = GetRecParam()->GetEventSpecie();
 192   }
 193   else{
 194     AliCDBEntry *entry = (AliCDBEntry*)
 195       AliCDBManager::Instance()->Get("EMCAL/Calib/RecoParam");
 196     //Get The reco param for the default event specie
 197     if (entry) {
 198       AliEMCALRecParam *recParam  = (AliEMCALRecParam*)((TObjArray *) entry->GetObject())->At(0);
 199       if(recParam) clusterizerType = recParam->GetClusterizerFlag();
 200     }
 201   }
 202
 203   //Check if clusterizer previously set corresponds to what is needed for this event type
 204   if(fgClusterizer){
 205     if(eventType!=AliRecoParam::kCalib){
 206       //printf("ReCreate clusterizer? Clusterizer set <%d>, Clusterizer in use <%s>\n",
 207       //     clusterizerType, fgClusterizer->Version());
 208
 209       if     (clusterizerType == AliEMCALRecParam::kClusterizerv1  && !strcmp(fgClusterizer->Version(),"clu-v1"))  return;
 210
 211       else if(clusterizerType == AliEMCALRecParam::kClusterizerNxN && !strcmp(fgClusterizer->Version(),"clu-NxN")) return;
 212
 213       else if(clusterizerType == AliEMCALRecParam::kClusterizerv2  && !strcmp(fgClusterizer->Version(),"clu-v2"))  return;
 214
 215       //Need to create new clusterizer, the one set previously is not the correct one
 216       delete fgClusterizer;
 217     }
 218     else return;
 219   }
 220
 221   if      (clusterizerType  == AliEMCALRecParam::kClusterizerv1)
 222     {
 223       fgClusterizer = new AliEMCALClusterizerv1 (fGeom, fCalibData,fPedestalData);
 224     }
 225   else if (clusterizerType  == AliEMCALRecParam::kClusterizerNxN)
 226     {
 227       fgClusterizer = new AliEMCALClusterizerNxN(fGeom, fCalibData,fPedestalData);
 228     }
 229   else if (clusterizerType  == AliEMCALRecParam::kClusterizerv2)
 230   {
 231     fgClusterizer = new AliEMCALClusterizerv2   (fGeom, fCalibData,fPedestalData);
 232   }
 233   else
 234   {
 235     AliFatal(Form("Unknown clusterizer %d ", clusterizerType));
 236   }
 237 }
 238
 239 //____________________________________________________________________________
 240 void AliEMCALReconstructor::Reconstruct(TTree* digitsTree, TTree* clustersTree) const
 241 {
 242   // method called by AliReconstruction;
 243   // Only the clusterization is performed,; the rest of the reconstruction is done in FillESD because the track
 244   // segment maker needs access to the AliESD object to retrieve the tracks reconstructed by
 245   // the global tracking.
 246   // Works on the current event.
 247
 248   AliCodeTimerAuto("",0)
 249
 250   //Get input digits and put them in fgDigitsArr, clear the list before
 251   ReadDigitsArrayFromTree(digitsTree);
 252
 253   InitClusterizer();
 254
 255   fgClusterizer->InitParameters();
 256   fgClusterizer->SetOutput(clustersTree);
 257
 258   //Skip clusterization of LED events
 259   if (GetRecParam()->GetEventSpecie()!=AliRecoParam::kCalib){
 260
 261     if(fgDigitsArr && fgDigitsArr->GetEntries()) {
 262
 263       fgClusterizer->SetInput(digitsTree);
 264
 265       //fgClusterizer->Digits2Clusters("deb all") ; //For debugging
 266       fgClusterizer->Digits2Clusters("");
 267
 268       fgClusterizer->Clear();
 269
 270     }//digits array exists and has somethind
 271   }//not a LED event
 272
 273   clustersTree->Fill();
 274
 275   // Deleting the recpoints at the end of the reconstruction call
 276   fgClusterizer->DeleteRecPoints();
 277 }
 278
 279 //____________________________________________________________________________
 280 void AliEMCALReconstructor::ConvertDigits(AliRawReader* rawReader, TTree* digitsTree) const
 281
 282 {
 283   // Conversion from raw data to
 284   // EMCAL digits.
 285   // Works on a single-event basis
 286
 287   rawReader->Reset() ;
 288
 289   fTriggerData->SetMode(1);
 290
 291   if(fgDigitsArr) fgDigitsArr->Clear("C");
 292
 293   TClonesArray *digitsTrg = new TClonesArray("AliEMCALTriggerRawDigit", 32 * 96);
 294
 295   Int_t bufsize = 32000;
 296   digitsTree->Branch("EMCAL", &fgDigitsArr, bufsize);
 297   digitsTree->Branch("EMTRG", &digitsTrg, bufsize);
 298
 299   //Skip calibration events do the rest
 300   Bool_t doFit = kTRUE;
 301   if ( !(GetRecParam()->FitLEDEvents()) && GetRecParam()->GetEventSpecie()==AliRecoParam::kCalib) doFit = kFALSE;
 302   if (doFit){
 303     //must be done here because, in constructor, option is not yet known
 304     fgRawUtils->SetOption(GetOption());
 305
 306     //  fgRawUtils->SetRawFormatHighLowGainFactor(GetRecParam()->GetHighLowGainFactor());
 307
 308     //   fgRawUtils->SetRawFormatOrder(GetRecParam()->GetOrderParameter());
 309     //    fgRawUtils->SetRawFormatTau(GetRecParam()->GetTau());
 310     fgRawUtils->SetNoiseThreshold(GetRecParam()->GetNoiseThreshold());
 311     fgRawUtils->SetNPedSamples(GetRecParam()->GetNPedSamples());
 312     fgRawUtils->SetRemoveBadChannels(GetRecParam()->GetRemoveBadChannels());
 313     if (!fgRawUtils->GetFittingAlgorithm()) fgRawUtils->SetFittingAlgorithm(GetRecParam()->GetFittingAlgorithm());
 314     fgRawUtils->SetFALTROUsage(GetRecParam()->UseFALTRO());
 315
 316     //fgRawUtils->SetTimeMin(GetRecParam()->GetTimeMin());
 317     //fgRawUtils->SetTimeMax(GetRecParam()->GetTimeMax());
 318
 319     //  fgRawUtils->SetTimeMin(-99999 );
 320     //  fgRawUtils->SetTimeMax( 99999 );
 321
 322     fgRawUtils->Raw2Digits(rawReader,fgDigitsArr,fPedestalData,digitsTrg,fTriggerData);
 323
 324   }//skip calibration event
 325   else{
 326     AliDebug(1," Calibration Event, skip!");
 327   }
 328
 329   digitsTree->Fill();
 330   digitsTrg->Delete();
 331   delete digitsTrg;
 332
 333 }
 334
 335
 336 //____________________________________________________________________________
 337 void AliEMCALReconstructor::FillESD(TTree* digitsTree, TTree* clustersTree,
 338                                     AliESDEvent* esd) const
 339 {
 340   // Called by AliReconstruct after Reconstruct() and global tracking and vertexing
 341   // and V0
 342   // Works on the current event
 343   // printf(" ## AliEMCALReconstructor::FillESD() is started ### \n ");
 344   //return;
 345
 346   //########################################
 347   // Trigger
 348   //########################################
 349
 350   static int saveOnce = 0;
 351
 352   Int_t v0M[2] = {0, 0};
 353
 354   AliESDVZERO* esdV0 = esd->GetVZEROData();
 355
 356   if (esdV0)
 357     {
 358       for (Int_t i = 0; i < 32; i++)
 359         {
 360           v0M[0] += (Int_t)esdV0->GetAdcV0C(i);
 361           v0M[1] += (Int_t)esdV0->GetAdcV0A(i);
 362         }
 363     }
 364   else
 365     {
 366       AliWarning("Cannot retrieve V0 ESD! Run w/ null V0 charges");
 367     }
 368
 369   if (fgTriggerDigits) fgTriggerDigits->Clear();
 370
 371   TBranch *branchtrg = digitsTree->GetBranch("EMTRG");
 372
 373   if (!branchtrg)
 374     {
 375       AliError("Can't get the branch with the EMCAL trigger digits!");
 376       return;
 377     }
 378
 379   branchtrg->SetAddress(&fgTriggerDigits);
 380   branchtrg->GetEntry(0);
 381
 382   // Note: fgTriggerProcessor reset done at the end of this method
 383 //   fgTriggerProcessor->Digits2Trigger(fgTriggerDigits, v0M, fTriggerData);
 384
 385   // Fill ESD
 386   AliESDCaloTrigger* trgESD = esd->GetCaloTrigger("EMCAL");
 387
 388   if (trgESD)
 389     {
 390       trgESD->Allocate(fgTriggerDigits->GetEntriesFast());
 391
 392       for (Int_t i = 0; i < fgTriggerDigits->GetEntriesFast(); i++)
 393         {
 394           AliEMCALTriggerRawDigit* rdig = (AliEMCALTriggerRawDigit*)fgTriggerDigits->At(i);
 395
 396           Int_t px, py;
 397           if (fGeom->GetPositionInEMCALFromAbsFastORIndex(rdig->GetId(), px, py))
 398             {
 399               Int_t a = -1, t = -1, times[10];
 400
 401               rdig->GetMaximum(a, t);
 402               rdig->GetL0Times(times);
 403
 404               trgESD->Add(px, py, a, t, times, rdig->GetNL0Times(), rdig->GetL1TimeSum(), rdig->GetTriggerBits());
 405             }
 406         }
 407
 408       trgESD->SetL1Threshold(0, fTriggerData->GetL1GammaThreshold());
 409
 410       trgESD->SetL1Threshold(1, fTriggerData->GetL1JetThreshold()  );
 411
 412       Int_t v0[2];
 413       fTriggerData->GetL1V0(v0);
 414
 415       trgESD->SetL1V0(v0);
 416       trgESD->SetL1FrameMask(fTriggerData->GetL1FrameMask());
 417
 418       if (!saveOnce && fTriggerData->GetL1DataDecoded())
 419         {
 420           int type[8] = {0};
 421           fTriggerData->GetL1TriggerType(type);
 422
 423           esd->SetCaloTriggerType(type);
 424
 425           saveOnce = 1;
 426         }
 427     }
 428
 429   // Resetting
 430   fTriggerData->Reset();
 431
 432   //########################################
 433   //##############Fill CaloCells###############
 434   //########################################
 435
 436   //Get input digits and put them in fgDigitsArr, clear the list before
 437   ReadDigitsArrayFromTree(digitsTree);
 438
 439   Int_t nDigits = fgDigitsArr->GetEntries(), idignew = 0 ;
 440   AliDebug(1,Form("%d digits",nDigits));
 441   AliESDCaloCells &emcCells = *(esd->GetEMCALCells());
 442   emcCells.CreateContainer(nDigits);
 443   emcCells.SetType(AliVCaloCells::kEMCALCell);
 444   Float_t energy = 0;
 445   Float_t time   = 0;
 446   for (Int_t idig = 0 ; idig < nDigits ; idig++) {
 447     const AliEMCALDigit * dig = (const AliEMCALDigit*)fgDigitsArr->At(idig);
 448     time   = dig->GetTime();      // Time already calibrated in clusterizer
 449     energy = dig->GetAmplitude(); // energy calibrated in clusterizer
 450     if(energy > 0 ){
 451       fgClusterizer->Calibrate(energy,time,dig->GetId()); //Digits already calibrated in clusterizers
 452       if(energy > 0){ //Digits tagged as bad (dead, hot, not alive) are set to 0 in calibrate, remove them
 453         emcCells.SetCell(idignew,dig->GetId(),energy, time);
 454         idignew++;
 455       }
 456     }
 457   }
 458   emcCells.SetNumberOfCells(idignew);
 459   emcCells.Sort();
 460
 461   //------------------------------------------------------------
 462   //-----------------CLUSTERS-----------------------------
 463   //------------------------------------------------------------
 464   clustersTree->SetBranchStatus("*",0); //disable all branches
 465   clustersTree->SetBranchStatus("EMCALECARP",1); //Enable only the branch we need
 466   if(fgClustersArr) fgClustersArr->Clear();
 467   TBranch *branch = clustersTree->GetBranch("EMCALECARP");
 468   branch->SetAddress(&fgClustersArr);
 469   branch->GetEntry(0);
 470   //clustersTree->GetEvent(0);
 471
 472   Int_t nClusters = fgClustersArr->GetEntries(),  nClustersNew=0;
 473   AliDebug(1,Form("%d clusters",nClusters));
 474
 475
 476   //########################################
 477   //##############Fill CaloClusters#############
 478   //########################################
 479   for (Int_t iClust = 0 ; iClust < nClusters ; iClust++) {
 480     const AliEMCALRecPoint * clust = (const AliEMCALRecPoint*)fgClustersArr->At(iClust);
 481     if(!clust) continue;
 482     //if(clust->GetClusterType()== AliVCluster::kEMCALClusterv1) nRP++; else nPC++;
 483     // clust->Print(); //For debugging
 484     // Get information from EMCAL reconstruction points
 485     Float_t xyz[3];
 486     TVector3 gpos;
 487     clust->GetGlobalPosition(gpos);
 488     for (Int_t ixyz=0; ixyz<3; ixyz++)
 489       xyz[ixyz] = gpos[ixyz];
 490     Float_t elipAxis[2];
 491     clust->GetElipsAxis(elipAxis);
 492     //Create digits lists
 493     Int_t cellMult = clust->GetMultiplicity();
 494     //TArrayS digiList(digitMult);
 495     Float_t *amplFloat = clust->GetEnergiesList();
 496     Int_t   *digitInts = clust->GetAbsId();
 497     TArrayS absIdList(cellMult);
 498     TArrayD fracList(cellMult);
 499
 500     Int_t newCellMult = 0;
 501     for (Int_t iCell=0; iCell<cellMult; iCell++) {
 502       if (amplFloat[iCell] > 0) {
 503         absIdList[newCellMult] = (UShort_t)(digitInts[iCell]);
 504         //Calculate Fraction
 505         if(emcCells.GetCellAmplitude(digitInts[iCell])>0 && GetRecParam()->GetUnfold()){
 506           fracList[newCellMult] = amplFloat[iCell]/(emcCells.GetCellAmplitude(digitInts[iCell]));//get cell calibration value
 507
 508         }
 509         else{
 510           fracList[newCellMult] = 0;
 511         }
 512         newCellMult++;
 513       }
 514     }
 515
 516     absIdList.Set(newCellMult);
 517     fracList.Set(newCellMult);
 518
 519     if(newCellMult > 0) { // accept cluster if it has some digit
 520       nClustersNew++;
 521       //Primaries
 522       Int_t  parentMult  = 0;
 523       Int_t *parentList =  clust->GetParents(parentMult);
 524       // fills the ESDCaloCluster
 525       AliESDCaloCluster * ec = new AliESDCaloCluster() ;
 526       ec->SetType(AliVCluster::kEMCALClusterv1);
 527       ec->SetPosition(xyz);
 528       ec->SetE(clust->GetEnergy());
 529
 530       //Distance to the nearest bad crystal
 531       ec->SetDistanceToBadChannel(clust->GetDistanceToBadTower());
 532
 533       ec->SetNCells(newCellMult);
 534       //Change type of list from short to ushort
 535       UShort_t *newAbsIdList  = new UShort_t[newCellMult];
 536       Double_t *newFracList   = new Double_t[newCellMult];
 537       for(Int_t i = 0; i < newCellMult ; i++) {
 538         newAbsIdList[i]=absIdList[i];
 539         newFracList[i] =fracList[i];
 540       }
 541       ec->SetCellsAbsId(newAbsIdList);
 542       ec->SetCellsAmplitudeFraction(newFracList);
 543       ec->SetDispersion(clust->GetDispersion());
 544       ec->SetChi2(-1); //not yet implemented
 545       ec->SetM02(elipAxis[0]*elipAxis[0]) ;
 546       ec->SetM20(elipAxis[1]*elipAxis[1]) ;
 547       ec->SetTOF(clust->GetTime()) ; //time-of-fligh
 548       ec->SetNExMax(clust->GetNExMax());          //number of local maxima
 549
 550
 551       TArrayI arrayParents(parentMult,parentList);
 552       ec->AddLabels(arrayParents);
 553       //
 554       //Track matching
 555       //
 556       fMatches->Clear();
 557       Int_t nTracks = esd->GetNumberOfTracks();
 558       for (Int_t itrack = 0; itrack < nTracks; itrack++)
 559         {
 560           AliESDtrack * track = esd->GetTrack(itrack) ; // retrieve track
 561           if(track->GetEMCALcluster()==iClust)
 562             {
 563               Float_t dEta=-999, dPhi=-999;
 564               Bool_t isMatch =  CalculateResidual(track, ec, dEta, dPhi);
 565               if(!isMatch)
 566                 {
 567                   // AliDebug(10, "Not good");
 568                   continue;
 569                 }
 570               AliEMCALMatch *match = new AliEMCALMatch();
 571               match->SetIndexT(itrack);
 572               match->SetDistance(TMath::Sqrt(dEta*dEta+dPhi*dPhi));
 573               match->SetdEta(dEta);
 574               match->SetdPhi(dPhi);
 575               fMatches->Add(match);
 576             }
 577         }
 578       fMatches->Sort(kSortAscending); //Sort matched tracks from closest to furthest
 579       Int_t nMatch = fMatches->GetEntries();
 580       TArrayI arrayTrackMatched(nMatch);
 581       for(Int_t imatch=0; imatch<nMatch; imatch++)
 582         {
 583           AliEMCALMatch *match = (AliEMCALMatch*)fMatches->At(imatch);
 584           arrayTrackMatched[imatch] = match->GetIndexT();
 585           if(imatch==0)
 586             {
 587               ec->SetTrackDistance(match->GetdPhi(), match->GetdEta());
 588             }
 589         }
 590       ec->AddTracksMatched(arrayTrackMatched);
 591
 592       //add the cluster to the esd object
 593       esd->AddCaloCluster(ec);
 594
 595       delete ec;
 596       delete [] newAbsIdList ;
 597       delete [] newFracList ;
 598     }
 599   } // cycle on clusters
 600
 601   //
 602   //Reset the index of matched cluster for tracks
 603   //to the one in CaloCluster array
 604   Int_t ncls = esd->GetNumberOfCaloClusters();
 605   for(Int_t icl=0; icl<ncls; icl++)
 606     {
 607       AliESDCaloCluster *cluster = esd->GetCaloCluster(icl);
 608       if(!cluster || !cluster->IsEMCAL()) continue;
 609       TArrayI *trackIndex = cluster->GetTracksMatched();
 610       for(Int_t itr=0; itr<trackIndex->GetSize(); itr++)
 611         {
 612           AliESDtrack *track = esd->GetTrack(trackIndex->At(itr));
 613           track->SetEMCALcluster(cluster->GetID());
 614         }
 615     }
 616
 617
 618   //Fill ESDCaloCluster with PID weights
 619   AliEMCALPID *pid = new AliEMCALPID;
 620   //pid->SetPrintInfo(kTRUE);
 621   pid->SetReconstructor(kTRUE);
 622   pid->RunPID(esd);
 623   delete pid;
 624
 625   //Store EMCAL misalignment matrixes
 626   FillMisalMatrixes(esd) ;
 627
 628 }
 629
 630 //==================================================================================
 631 void AliEMCALReconstructor::FillMisalMatrixes(AliESDEvent* esd)const{
 632   //Store EMCAL matrixes in ESD Header
 633
 634   //Check, if matrixes was already stored
 635   for(Int_t sm = 0 ; sm < fGeom->GetNumberOfSuperModules(); sm++){
 636     if(esd->GetEMCALMatrix(sm)!=0)
 637       return ;
 638   }
 639
 640   //Create and store matrixes
 641   if(!gGeoManager){
 642     AliError("Can not store misal. matrixes: no gGeoManager! \n") ;
 643     return ;
 644   }
 645   //Note, that owner of copied marixes will be header
 646   const Int_t bufsize = 255;
 647   char path[bufsize] ;
 648   TGeoHMatrix * m = 0x0;
 649   for(Int_t sm = 0; sm < fGeom->GetNumberOfSuperModules(); sm++){
 650     snprintf(path,bufsize,"/ALIC_1/XEN1_1/SMOD_%d",sm+1) ; //In Geometry modules numbered 1,2,.,5
 651     if(sm >= 10) snprintf(path,bufsize,"/ALIC_1/XEN1_1/SM10_%d",sm-10+1) ;
 652
 653     if (gGeoManager->CheckPath(path)){
 654       gGeoManager->cd(path);
 655       m = gGeoManager->GetCurrentMatrix() ;
 656       //                        printf("================================================= \n");
 657       //                        printf("AliEMCALReconstructor::FixMisalMatrixes(), sm %d, \n",sm);
 658       //                        m->Print("");
 659       esd->SetEMCALMatrix(new TGeoHMatrix(*m),sm) ;
 660       //                        printf("================================================= \n");
 661     }
 662     else{
 663       esd->SetEMCALMatrix(NULL,sm) ;
 664     }
 665   }
 666 }
 667
 668 //__________________________________________________________________________
 669 void AliEMCALReconstructor::ReadDigitsArrayFromTree(TTree *digitsTree) const
 670 {
 671   // Read the digits from the input tree
 672   // See AliEMCALClusterizer::SetInput(TTree *digitsTree);
 673
 674   // Clear previous digits in the list
 675   if(fgDigitsArr){
 676     fgDigitsArr->Clear("C");
 677   }
 678   else{
 679     // It should not happen, but just in case ...
 680     fgDigitsArr = new TClonesArray("AliEMCALDigit",100);
 681   }
 682
 683   // Read the digits from the input tree
 684   TBranch *branch = digitsTree->GetBranch("EMCAL");
 685   if (!branch) {
 686     AliError("can't get the branch with the EMCAL digits !");
 687     return;
 688   }
 689
 690   branch->SetAddress(&fgDigitsArr);
 691   branch->GetEntry(0);
 692 }
 693
 694 //==================================================================================
 695 Bool_t AliEMCALReconstructor::CalculateResidual(AliESDtrack *track, AliESDCaloCluster *cluster, Float_t &dEta, Float_t &dPhi)const
 696 {
 697   //
 698   // calculate the residual between track and cluster
 699   //
 700
 701   // If the esdFriend is available, use the TPCOuter point as the starting point of extrapolation
 702   // Otherwise use the TPCInner point
 703
 704   dEta = -999, dPhi = -999;
 705
 706   AliExternalTrackParam *trkParam = 0;
 707   const AliESDfriendTrack*  friendTrack = track->GetFriendTrack();
 708   if(friendTrack && friendTrack->GetTPCOut())
 709     trkParam = const_cast<AliExternalTrackParam*>(friendTrack->GetTPCOut());
 710   else
 711     trkParam = const_cast<AliExternalTrackParam*>(track->GetInnerParam());
 712   if(!trkParam) return kFALSE;
 713
 714   AliExternalTrackParam trkParamTmp (*trkParam);
 715   if(!AliEMCALRecoUtils::ExtrapolateTrackToCluster(&trkParamTmp, cluster, track->GetMass(), GetRecParam()->GetExtrapolateStep(), dEta, dPhi)) return kFALSE;
 716
 717   return kTRUE;
 718 }
 719
 720 //
 721 //==================================================================================
 722 //
 723 AliEMCALReconstructor::AliEMCALMatch::AliEMCALMatch()
 724   : TObject(),
 725     fIndexT(-1),
 726     fDistance(-999.),
 727     fdEta(-999.),
 728     fdPhi(-999.)
 729 {
 730   //default constructor
 731
 732 }
 733
 734 //
 735 //==================================================================================
 736 //
 737 AliEMCALReconstructor::AliEMCALMatch::AliEMCALMatch(const AliEMCALMatch& copy)
 738   : TObject(),
 739     fIndexT(copy.fIndexT),
 740     fDistance(copy.fDistance),
 741     fdEta(copy.fdEta),
 742     fdPhi(copy.fdPhi)
 743 {
 744   //copy ctor
 745 }
 746
 747 //
 748 //==================================================================================
 749 //
 750 Int_t AliEMCALReconstructor::AliEMCALMatch::Compare(const TObject *obj) const
 751 {
 752   //
 753   // Compare wrt the residual
 754   //
 755
 756   AliEMCALReconstructor::AliEMCALMatch *that = (AliEMCALReconstructor::AliEMCALMatch*)obj;
 757
 758   Double_t thisDist = fDistance;//fDistance;
 759   Double_t thatDist = that->fDistance;//that->GetDistance();
 760
 761   if (thisDist > thatDist) return 1;
 762   else if (thisDist < thatDist) return -1;
 763   return 0;
 764 }