EMCAL/AliEMCALReconstructor.cxx

   1 /**************************************************************************
   2  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
   3  *                                                                        *
   4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
   5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
   6  *                                                                        *
   7  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
   8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
   9  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
  10  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
  11  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
  12  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
  13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
  14  **************************************************************************/
  15
  16 /* $Id$ */
  17
  18 //_________________________________________________________________________
  19 //--
  20 //-- Yves Schutz (SUBATECH)
  21 // Reconstruction class. Redesigned from the old AliReconstructionner class and
  22 // derived from STEER/AliReconstructor.
  23 //
  24
  25
  26 // --- ROOT system ---
  27 #include <TClonesArray.h>
  28 #include "TGeoManager.h"
  29 #include "TGeoMatrix.h"
  30
  31 // --- Standard library ---
  32
  33 // --- AliRoot header files ---
  34 #include "AliEMCALReconstructor.h"
  35
  36 #include "AliCodeTimer.h"
  37 #include "AliCaloCalibPedestal.h"
  38 #include "AliEMCALCalibData.h"
  39 #include "AliESDEvent.h"
  40 #include "AliESDCaloCluster.h"
  41 #include "AliESDCaloCells.h"
  42 #include "AliESDtrack.h"
  43 #include "AliEMCALLoader.h"
  44 #include "AliEMCALRawUtils.h"
  45 #include "AliEMCALDigit.h"
  46 #include "AliEMCALClusterizerv1.h"
  47 #include "AliEMCALClusterizerv2.h"
  48 #include "AliEMCALClusterizerNxN.h"
  49 #include "AliEMCALRecPoint.h"
  50 #include "AliEMCALPID.h"
  51 #include "AliEMCALRecoUtils.h"
  52 #include "AliRawReader.h"
  53 #include "AliCDBEntry.h"
  54 #include "AliCDBManager.h"
  55 #include "AliEMCALGeometry.h"
  56 #include "AliEMCAL.h"
  57 #include "AliESDVZERO.h"
  58 #include "AliCDBManager.h"
  59 #include "AliRunLoader.h"
  60 #include "AliRun.h"
  61 #include "AliEMCALTriggerData.h"
  62 #include "AliEMCALTriggerElectronics.h"
  63 #include "AliEMCALTriggerDCSConfigDB.h"
  64 #include "AliEMCALTriggerDCSConfig.h"
  65 #include "AliEMCALTriggerData.h"
  66 #include "AliEMCALTriggerRawDigit.h"
  67 #include "AliEMCALTriggerPatch.h"
  68 #include "AliEMCALTriggerTypes.h"
  69
  70 ClassImp(AliEMCALReconstructor)
  71
  72 const AliEMCALRecParam*     AliEMCALReconstructor::fgkRecParam        = 0;   // EMCAL rec. parameters
  73 AliEMCALRawUtils*           AliEMCALReconstructor::fgRawUtils         = 0;   // EMCAL raw utilities class
  74 AliEMCALClusterizer*        AliEMCALReconstructor::fgClusterizer      = 0;   // EMCAL clusterizer class
  75 TClonesArray*               AliEMCALReconstructor::fgDigitsArr        = 0;   // list of digits, to be used multiple times
  76 TObjArray*                  AliEMCALReconstructor::fgClustersArr      = 0;   // list of clusters, to be used multiple times
  77 TClonesArray*               AliEMCALReconstructor::fgTriggerDigits    = 0;   // list of trigger digits, to be used multiple times
  78 AliEMCALTriggerElectronics* AliEMCALReconstructor::fgTriggerProcessor = 0x0;
  79 //____________________________________________________________________________
  80 AliEMCALReconstructor::AliEMCALReconstructor()
  81   : fGeom(0),fCalibData(0),fPedestalData(0),fTriggerData(0x0), fMatches(0x0)
  82 {
  83   // ctor
  84
  85   // AliDebug(2, "Mark.");
  86
  87   fgRawUtils = new AliEMCALRawUtils;
  88
  89   //To make sure we match with the geometry in a simulation file,
  90   //let's try to get it first.  If not, take the default geometry
  91   AliRunLoader *rl = AliRunLoader::Instance();
  92   if (rl->GetAliRun()){
  93     AliEMCAL * emcal = dynamic_cast<AliEMCAL*>(rl->GetAliRun()->GetDetector("EMCAL"));
  94     if(emcal) fGeom = emcal->GetGeometry();
  95   }
  96
  97   if(!fGeom) {
  98     AliInfo(Form("Using default geometry in reconstruction"));
  99     fGeom =  AliEMCALGeometry::GetInstance(AliEMCALGeometry::GetDefaultGeometryName());
 100   }
 101
 102   //Get calibration parameters
 103   if(!fCalibData)
 104     {
 105       AliCDBEntry *entry = (AliCDBEntry*)
 106       AliCDBManager::Instance()->Get("EMCAL/Calib/Data");
 107       if (entry) fCalibData =  (AliEMCALCalibData*) entry->GetObject();
 108     }
 109
 110   if(!fCalibData)
 111     AliFatal("Calibration parameters not found in CDB!");
 112
 113   //Get calibration parameters
 114   if(!fPedestalData)
 115     {
 116       AliCDBEntry *entry = (AliCDBEntry*)
 117       AliCDBManager::Instance()->Get("EMCAL/Calib/Pedestals");
 118       if (entry) fPedestalData =  (AliCaloCalibPedestal*) entry->GetObject();
 119     }
 120
 121   if(!fPedestalData)
 122     AliFatal("Dead map not found in CDB!");
 123
 124   if(!fGeom) AliFatal(Form("Could not get geometry!"));
 125
 126   AliEMCALTriggerDCSConfigDB* dcsConfigDB = AliEMCALTriggerDCSConfigDB::Instance();
 127
 128   const AliEMCALTriggerDCSConfig* dcsConfig = dcsConfigDB->GetTriggerDCSConfig();
 129
 130   if (!dcsConfig) AliFatal("No Trigger DCS Configuration from OCDB!");
 131   fgTriggerProcessor = new AliEMCALTriggerElectronics( dcsConfig );
 132
 133   fTriggerData = new AliEMCALTriggerData();
 134
 135   //Init temporary list of digits
 136   fgDigitsArr     = new TClonesArray("AliEMCALDigit",1000);
 137   fgClustersArr   = new TObjArray(1000);
 138
 139   const int kNTRU = fGeom->GetNTotalTRU();
 140   fgTriggerDigits = new TClonesArray("AliEMCALTriggerRawDigit", kNTRU * 96);
 141
 142   //Track matching
 143   fMatches = new TList();
 144   fMatches->SetOwner(kTRUE);
 145 }
 146
 147 //____________________________________________________________________________
 148 AliEMCALReconstructor::~AliEMCALReconstructor()
 149 {
 150   // dtor
 151
 152   //AliDebug(2, "Mark.");
 153
 154   ////RS  if(fGeom)              delete fGeom;
 155
 156   //No need to delete, recovered from OCDB
 157   //if(fCalibData)         delete fCalibData;
 158   //if(fPedestalData)      delete fPedestalData;
 159
 160   if(fgDigitsArr) fgDigitsArr->Clear("C");
 161   delete fgDigitsArr;
 162   fgDigitsArr = 0;
 163
 164   if(fgClustersArr) fgClustersArr->Clear();
 165   delete fgClustersArr;
 166   fgClustersArr = 0;
 167
 168   if(fgTriggerDigits) fgTriggerDigits->Clear();
 169   delete fgTriggerDigits;
 170   fgTriggerDigits = 0;
 171
 172   delete fgRawUtils;
 173   fgRawUtils = 0;
 174   delete fgClusterizer;
 175   fgClusterizer = 0;
 176
 177   delete fgTriggerProcessor;
 178   fgTriggerProcessor = 0;
 179
 180   if(fMatches) { fMatches->Delete(); delete fMatches; fMatches = 0;}
 181
 182   AliCodeTimer::Instance()->Print();
 183 }
 184
 185 //____________________________________________________________________________
 186 void AliEMCALReconstructor::InitClusterizer() const
 187 {
 188   //Init the clusterizer with geometry and calibration pointers, avoid doing it twice.
 189   Int_t clusterizerType = -1;
 190   Int_t eventType = -1;
 191   if(GetRecParam()) {
 192     clusterizerType = GetRecParam()->GetClusterizerFlag();
 193     eventType       = GetRecParam()->GetEventSpecie();
 194   }
 195   else{
 196     AliCDBEntry *entry = (AliCDBEntry*)
 197       AliCDBManager::Instance()->Get("EMCAL/Calib/RecoParam");
 198     //Get The reco param for the default event specie
 199     if (entry) {
 200       AliEMCALRecParam *recParam  = (AliEMCALRecParam*)((TObjArray *) entry->GetObject())->At(0);
 201       if(recParam) clusterizerType = recParam->GetClusterizerFlag();
 202     }
 203   }
 204
 205   //Check if clusterizer previously set corresponds to what is needed for this event type
 206   if(fgClusterizer){
 207     if(eventType!=AliRecoParam::kCalib){
 208       //printf("ReCreate clusterizer? Clusterizer set <%d>, Clusterizer in use <%s>\n",
 209       //     clusterizerType, fgClusterizer->Version());
 210
 211       if     (clusterizerType == AliEMCALRecParam::kClusterizerv1  && !strcmp(fgClusterizer->Version(),"clu-v1"))  return;
 212
 213       else if(clusterizerType == AliEMCALRecParam::kClusterizerNxN && !strcmp(fgClusterizer->Version(),"clu-NxN")) return;
 214
 215       else if(clusterizerType == AliEMCALRecParam::kClusterizerv2  && !strcmp(fgClusterizer->Version(),"clu-v2"))  return;
 216
 217       //Need to create new clusterizer, the one set previously is not the correct one
 218       delete fgClusterizer;
 219     }
 220     else return;
 221   }
 222
 223   if      (clusterizerType  == AliEMCALRecParam::kClusterizerv1)
 224     {
 225       fgClusterizer = new AliEMCALClusterizerv1 (fGeom, fCalibData,fPedestalData);
 226     }
 227   else if (clusterizerType  == AliEMCALRecParam::kClusterizerNxN)
 228     {
 229       fgClusterizer = new AliEMCALClusterizerNxN(fGeom, fCalibData,fPedestalData);
 230     }
 231   else if (clusterizerType  == AliEMCALRecParam::kClusterizerv2)
 232   {
 233     fgClusterizer = new AliEMCALClusterizerv2   (fGeom, fCalibData,fPedestalData);
 234   }
 235   else
 236   {
 237     AliFatal(Form("Unknown clusterizer %d ", clusterizerType));
 238   }
 239 }
 240
 241 //____________________________________________________________________________
 242 void AliEMCALReconstructor::Reconstruct(TTree* digitsTree, TTree* clustersTree) const
 243 {
 244   // method called by AliReconstruction;
 245   // Only the clusterization is performed,; the rest of the reconstruction is done in FillESD because the track
 246   // segment maker needs access to the AliESD object to retrieve the tracks reconstructed by
 247   // the global tracking.
 248   // Works on the current event.
 249
 250   AliCodeTimerAuto("",0)
 251
 252   //Get input digits and put them in fgDigitsArr, clear the list before
 253   ReadDigitsArrayFromTree(digitsTree);
 254
 255   InitClusterizer();
 256
 257   fgClusterizer->InitParameters();
 258   fgClusterizer->SetOutput(clustersTree);
 259
 260   //Skip clusterization of LED events
 261   if (GetRecParam()->GetEventSpecie()!=AliRecoParam::kCalib){
 262
 263     if(fgDigitsArr && fgDigitsArr->GetEntries()) {
 264
 265       fgClusterizer->SetInput(digitsTree);
 266
 267       //fgClusterizer->Digits2Clusters("deb all") ; //For debugging
 268       fgClusterizer->Digits2Clusters("");
 269
 270       fgClusterizer->Clear();
 271
 272     }//digits array exists and has somethind
 273   }//not a LED event
 274
 275   clustersTree->Fill();
 276
 277   // Deleting the recpoints at the end of the reconstruction call
 278   fgClusterizer->DeleteRecPoints();
 279 }
 280
 281 //____________________________________________________________________________
 282 void AliEMCALReconstructor::ConvertDigits(AliRawReader* rawReader, TTree* digitsTree) const
 283
 284 {
 285   // Conversion from raw data to
 286   // EMCAL digits.
 287   // Works on a single-event basis
 288
 289   rawReader->Reset() ;
 290
 291   fTriggerData->SetMode(1);
 292
 293   if(fgDigitsArr) fgDigitsArr->Clear("C");
 294
 295   const int kNTRU = fGeom->GetNTotalTRU();
 296   TClonesArray *digitsTrg = new TClonesArray("AliEMCALTriggerRawDigit", kNTRU * 96);
 297
 298   Int_t bufsize = 32000;
 299   digitsTree->Branch("EMCAL", &fgDigitsArr, bufsize);
 300   digitsTree->Branch("EMTRG", &digitsTrg, bufsize);
 301
 302   //Skip calibration events do the rest
 303   Bool_t doFit = kTRUE;
 304   if ( !(GetRecParam()->FitLEDEvents()) && GetRecParam()->GetEventSpecie()==AliRecoParam::kCalib) doFit = kFALSE;
 305   if (doFit){
 306     //must be done here because, in constructor, option is not yet known
 307     fgRawUtils->SetOption(GetOption());
 308
 309     //  fgRawUtils->SetRawFormatHighLowGainFactor(GetRecParam()->GetHighLowGainFactor());
 310
 311     //   fgRawUtils->SetRawFormatOrder(GetRecParam()->GetOrderParameter());
 312     //    fgRawUtils->SetRawFormatTau(GetRecParam()->GetTau());
 313     fgRawUtils->SetNoiseThreshold(GetRecParam()->GetNoiseThreshold());
 314     fgRawUtils->SetNPedSamples(GetRecParam()->GetNPedSamples());
 315     fgRawUtils->SetRemoveBadChannels(GetRecParam()->GetRemoveBadChannels());
 316     if (!fgRawUtils->GetFittingAlgorithm()) fgRawUtils->SetFittingAlgorithm(GetRecParam()->GetFittingAlgorithm());
 317     fgRawUtils->SetFALTROUsage(GetRecParam()->UseFALTRO());
 318     //  fgRawUtils->SetFALTROUsage(0);
 319
 320     //fgRawUtils->SetTimeMin(GetRecParam()->GetTimeMin());
 321     //fgRawUtils->SetTimeMax(GetRecParam()->GetTimeMax());
 322
 323     //  fgRawUtils->SetTimeMin(-99999 );
 324     //  fgRawUtils->SetTimeMax( 99999 );
 325
 326     fgRawUtils->Raw2Digits(rawReader,fgDigitsArr,fPedestalData,digitsTrg,fTriggerData);
 327
 328   }//skip calibration event
 329   else{
 330     AliDebug(1," Calibration Event, skip!");
 331   }
 332
 333   digitsTree->Fill();
 334   digitsTrg->Delete();
 335   delete digitsTrg;
 336
 337 }
 338
 339
 340 //____________________________________________________________________________
 341 void AliEMCALReconstructor::FillESD(TTree* digitsTree, TTree* clustersTree,
 342                                     AliESDEvent* esd) const
 343 {
 344   // Called by AliReconstruct after Reconstruct() and global tracking and vertexing
 345   // and V0
 346   // Works on the current event
 347   // printf(" ## AliEMCALReconstructor::FillESD() is started ### \n ");
 348   //return;
 349
 350   //########################################
 351   // Trigger
 352   //########################################
 353
 354   static int saveOnce = 0;
 355
 356   Int_t v0M[2] = {0, 0};
 357
 358   AliESDVZERO* esdV0 = esd->GetVZEROData();
 359
 360   if (esdV0)
 361     {
 362                 v0M[0] = esdV0->GetTriggerChargeC();
 363                 v0M[1] = esdV0->GetTriggerChargeA();
 364     }
 365   else
 366     {
 367       AliWarning("No V0 ESD! Run trigger processor w/ null V0 charges");
 368     }
 369
 370   if (fgTriggerDigits && fgTriggerDigits->GetEntriesFast()) fgTriggerDigits->Delete();
 371
 372   TBranch *branchtrg = digitsTree->GetBranch("EMTRG");
 373
 374   if (!branchtrg)
 375     {
 376       AliError("Can't get the branch with the EMCAL trigger digits!");
 377       return;
 378     }
 379
 380   branchtrg->SetAddress(&fgTriggerDigits);
 381   branchtrg->GetEntry(0);
 382
 383   // Note: fgTriggerProcessor reset done at the end of this method
 384   fgTriggerProcessor->Digits2Trigger(fgTriggerDigits, v0M, fTriggerData);
 385
 386   // Fill ESD
 387   AliESDCaloTrigger* trgESD = esd->GetCaloTrigger("EMCAL");
 388
 389   if (trgESD)
 390     {
 391       trgESD->Allocate(fgTriggerDigits->GetEntriesFast());
 392
 393       for (Int_t i = 0; i < fgTriggerDigits->GetEntriesFast(); i++)
 394         {
 395           AliEMCALTriggerRawDigit* rdig = (AliEMCALTriggerRawDigit*)fgTriggerDigits->At(i);
 396           if (AliDebugLevel() > 999) rdig->Print("");
 397
 398           Int_t px, py;
 399           if (fGeom->GetPositionInEMCALFromAbsFastORIndex(rdig->GetId(), px, py))
 400             {
 401               Int_t a = -1, t = -1, times[10];
 402
 403               rdig->GetMaximum(a, t);
 404               rdig->GetL0Times(times);
 405
 406               trgESD->Add(px, py, a, t, times, rdig->GetNL0Times(), rdig->GetL1TimeSum(), rdig->GetTriggerBits());
 407             }
 408         }
 409
 410                 for (int i = 0; i < 2; i++) {
 411                         trgESD->SetL1Threshold(2 * i    , fTriggerData->GetL1JetThreshold(  i));
 412                         trgESD->SetL1Threshold(2 * i + 1, fTriggerData->GetL1GammaThreshold(i));
 413                 }
 414
 415       Int_t v0[2];
 416       fTriggerData->GetL1V0(v0);
 417
 418       trgESD->SetL1V0(v0);
 419       trgESD->SetL1FrameMask(fTriggerData->GetL1FrameMask());
 420
 421       if (!saveOnce && fTriggerData->GetL1DataDecoded())
 422         {
 423           int type[15] = {0};
 424           fTriggerData->GetL1TriggerType(type);
 425
 426           esd->SetCaloTriggerType(type);
 427
 428           saveOnce = 1;
 429         }
 430     }
 431
 432   // Resetting
 433   fTriggerData->Reset();
 434
 435   //########################################
 436   //##############Fill CaloCells###############
 437   //########################################
 438
 439   //Get input digits and put them in fgDigitsArr, clear the list before
 440   ReadDigitsArrayFromTree(digitsTree);
 441
 442   Int_t nDigits = fgDigitsArr->GetEntries(), idignew = 0 ;
 443   AliDebug(1,Form("%d digits",nDigits));
 444
 445   AliESDCaloCells &emcCells = *(esd->GetEMCALCells());
 446   emcCells.CreateContainer(nDigits);
 447   emcCells.SetType(AliVCaloCells::kEMCALCell);
 448
 449   Float_t energy = 0;
 450   Float_t time   = 0;
 451   for (Int_t idig = 0 ; idig < nDigits ; idig++)
 452   {
 453     const AliEMCALDigit * dig = (const AliEMCALDigit*)fgDigitsArr->At(idig);
 454     time   = dig->GetTime();      // Time already calibrated in clusterizer
 455     energy = dig->GetAmplitude(); // energy calibrated in clusterizer
 456
 457     if(energy > 0 )
 458     {
 459       fgClusterizer->Calibrate(energy,time,dig->GetId()); //Digits already calibrated in clusterizers
 460
 461       if(energy > 0) //Digits tagged as bad (dead, hot, not alive) are set to 0 in calibrate, remove them
 462       {
 463         // Only for MC
 464         // Get the label of the primary particle that generated the cell
 465         // Assign the particle that deposited more energy
 466         Int_t   nprimaries = dig->GetNprimary() ;
 467         Int_t   digLabel   =-1 ;
 468         Float_t edep       =-1.;
 469         if ( nprimaries > 0 )
 470         {
 471           Int_t jndex ;
 472           for ( jndex = 0 ; jndex < nprimaries ; jndex++ ) { // all primaries in digit
 473
 474             if(edep < dig->GetDEParent(jndex+1))
 475             {
 476               digLabel = dig->GetIparent (jndex+1);
 477               edep     = dig->GetDEParent(jndex+1);
 478             }
 479
 480           } // all primaries in digit
 481         } // select primary label
 482
 483         Bool_t highGain = kFALSE;
 484         if( dig->GetType() == AliEMCALDigit::kHG ) highGain = kTRUE;
 485
 486         emcCells.SetCell(idignew,dig->GetId(),energy, time,digLabel,0.,highGain);
 487         idignew++;
 488       }
 489     }
 490   }
 491
 492   emcCells.SetNumberOfCells(idignew);
 493   emcCells.Sort();
 494
 495   //------------------------------------------------------------
 496   //-----------------CLUSTERS-----------------------------
 497   //------------------------------------------------------------
 498   clustersTree->SetBranchStatus("*",0); //disable all branches
 499   clustersTree->SetBranchStatus("EMCALECARP",1); //Enable only the branch we need
 500   if(fgClustersArr) fgClustersArr->Clear();
 501   TBranch *branch = clustersTree->GetBranch("EMCALECARP");
 502   branch->SetAddress(&fgClustersArr);
 503   branch->GetEntry(0);
 504   //clustersTree->GetEvent(0);
 505
 506   Int_t nClusters = fgClustersArr->GetEntries(),  nClustersNew=0;
 507   AliDebug(1,Form("%d clusters",nClusters));
 508
 509
 510   //########################################
 511   //##############Fill CaloClusters#############
 512   //########################################
 513   for (Int_t iClust = 0 ; iClust < nClusters ; iClust++) {
 514     const AliEMCALRecPoint * clust = (const AliEMCALRecPoint*)fgClustersArr->At(iClust);
 515     if(!clust) continue;
 516     //if(clust->GetClusterType()== AliVCluster::kEMCALClusterv1) nRP++; else nPC++;
 517     // clust->Print(); //For debugging
 518     // Get information from EMCAL reconstruction points
 519     Float_t xyz[3];
 520     TVector3 gpos;
 521     clust->GetGlobalPosition(gpos);
 522     for (Int_t ixyz=0; ixyz<3; ixyz++)
 523       xyz[ixyz] = gpos[ixyz];
 524     Float_t elipAxis[2];
 525     clust->GetElipsAxis(elipAxis);
 526     //Create digits lists
 527     Int_t cellMult = clust->GetMultiplicity();
 528     //TArrayS digiList(digitMult);
 529     Float_t *amplFloat = clust->GetEnergiesList();
 530     Int_t   *digitInts = clust->GetAbsId();
 531     TArrayS absIdList(cellMult);
 532     TArrayD fracList(cellMult);
 533
 534     Int_t newCellMult = 0;
 535     for (Int_t iCell=0; iCell<cellMult; iCell++) {
 536       if (amplFloat[iCell] > 0) {
 537         absIdList[newCellMult] = (UShort_t)(digitInts[iCell]);
 538         //Calculate Fraction
 539         if(emcCells.GetCellAmplitude(digitInts[iCell])>0 && GetRecParam()->GetUnfold()){
 540           fracList[newCellMult] = amplFloat[iCell]/(emcCells.GetCellAmplitude(digitInts[iCell]));//get cell calibration value
 541
 542         }
 543         else{
 544           fracList[newCellMult] = 0;
 545         }
 546         newCellMult++;
 547       }
 548     }
 549
 550     absIdList.Set(newCellMult);
 551     fracList.Set(newCellMult);
 552
 553     if(newCellMult > 0) { // accept cluster if it has some digit
 554       nClustersNew++;
 555       //Primaries
 556       Int_t  parentMult  = 0;
 557       Int_t *parentList =  clust->GetParents(parentMult);
 558       // fills the ESDCaloCluster
 559       AliESDCaloCluster * ec = new AliESDCaloCluster() ;
 560       ec->SetType(AliVCluster::kEMCALClusterv1);
 561       ec->SetPosition(xyz);
 562       ec->SetE(clust->GetEnergy());
 563
 564       //Distance to the nearest bad crystal
 565       ec->SetDistanceToBadChannel(clust->GetDistanceToBadTower());
 566
 567       ec->SetNCells(newCellMult);
 568       //Change type of list from short to ushort
 569       UShort_t *newAbsIdList  = new UShort_t[newCellMult];
 570       Double_t *newFracList   = new Double_t[newCellMult];
 571       for(Int_t i = 0; i < newCellMult ; i++) {
 572         newAbsIdList[i]=absIdList[i];
 573         newFracList[i] =fracList[i];
 574       }
 575       ec->SetCellsAbsId(newAbsIdList);
 576       ec->SetCellsAmplitudeFraction(newFracList);
 577       ec->SetDispersion(clust->GetDispersion());
 578       ec->SetChi2(-1); //not yet implemented
 579       ec->SetM02(elipAxis[0]*elipAxis[0]) ;
 580       ec->SetM20(elipAxis[1]*elipAxis[1]) ;
 581       ec->SetTOF(clust->GetTime()) ; //time-of-fligh
 582       ec->SetNExMax(clust->GetNExMax());          //number of local maxima
 583
 584
 585       TArrayI arrayParents(parentMult,parentList);
 586       ec->AddLabels(arrayParents);
 587       //
 588       //Track matching
 589       //
 590       fMatches->Clear();
 591       Int_t nTracks = esd->GetNumberOfTracks();
 592       for (Int_t itrack = 0; itrack < nTracks; itrack++)
 593         {
 594           AliESDtrack * track = esd->GetTrack(itrack) ; // retrieve track
 595           if(track->GetEMCALcluster()==iClust)
 596             {
 597               Float_t dEta=-999, dPhi=-999;
 598               Bool_t isMatch =  CalculateResidual(track, ec, dEta, dPhi);
 599               if(!isMatch)
 600                 {
 601                   // AliDebug(10, "Not good");
 602                   continue;
 603                 }
 604               AliEMCALMatch *match = new AliEMCALMatch();
 605               match->SetIndexT(itrack);
 606               match->SetDistance(TMath::Sqrt(dEta*dEta+dPhi*dPhi));
 607               match->SetdEta(dEta);
 608               match->SetdPhi(dPhi);
 609               fMatches->Add(match);
 610             }
 611         }
 612       fMatches->Sort(kSortAscending); //Sort matched tracks from closest to furthest
 613       Int_t nMatch = fMatches->GetEntries();
 614       TArrayI arrayTrackMatched(nMatch);
 615       for(Int_t imatch=0; imatch<nMatch; imatch++)
 616         {
 617           AliEMCALMatch *match = (AliEMCALMatch*)fMatches->At(imatch);
 618           arrayTrackMatched[imatch] = match->GetIndexT();
 619           if(imatch==0)
 620             {
 621               ec->SetTrackDistance(match->GetdPhi(), match->GetdEta());
 622             }
 623         }
 624       ec->AddTracksMatched(arrayTrackMatched);
 625
 626       //add the cluster to the esd object
 627       esd->AddCaloCluster(ec);
 628
 629       delete ec;
 630       delete [] newAbsIdList ;
 631       delete [] newFracList ;
 632     }
 633   } // cycle on clusters
 634
 635   //
 636   //Reset the index of matched cluster for tracks
 637   //to the one in CaloCluster array
 638   Int_t ncls = esd->GetNumberOfCaloClusters();
 639   for(Int_t icl=0; icl<ncls; icl++)
 640     {
 641       AliESDCaloCluster *cluster = esd->GetCaloCluster(icl);
 642       if(!cluster || !cluster->IsEMCAL()) continue;
 643       TArrayI *trackIndex = cluster->GetTracksMatched();
 644       for(Int_t itr=0; itr<trackIndex->GetSize(); itr++)
 645         {
 646           AliESDtrack *track = esd->GetTrack(trackIndex->At(itr));
 647           track->SetEMCALcluster(cluster->GetID());
 648         }
 649     }
 650
 651
 652   //Fill ESDCaloCluster with PID weights
 653   AliEMCALPID *pid = new AliEMCALPID;
 654   //pid->SetPrintInfo(kTRUE);
 655   pid->SetReconstructor(kTRUE);
 656   pid->RunPID(esd);
 657   delete pid;
 658
 659   //Store EMCAL misalignment matrixes
 660   FillMisalMatrixes(esd) ;
 661
 662 }
 663
 664 //==================================================================================
 665 void AliEMCALReconstructor::FillMisalMatrixes(AliESDEvent* esd)const{
 666   //Store EMCAL matrixes in ESD Header
 667
 668   //Check, if matrixes was already stored
 669   for(Int_t sm = 0 ; sm < fGeom->GetNumberOfSuperModules(); sm++){
 670     if(esd->GetEMCALMatrix(sm)!=0)
 671       return ;
 672   }
 673
 674   //Create and store matrixes
 675   if(!gGeoManager){
 676     AliError("Can not store misal. matrixes: no gGeoManager! \n") ;
 677     return ;
 678   }
 679   //Note, that owner of copied marixes will be header
 680   const Int_t bufsize = 255;
 681   char path[bufsize] ;
 682   TGeoHMatrix * m = 0x0;
 683   Int_t tmpType = -1;
 684   Int_t SMOrder = 0;
 685   TString SMName;
 686   for(Int_t sm = 0; sm < fGeom->GetNumberOfSuperModules(); sm++){
 687     if(fGeom->GetSMType(sm) == AliEMCALGeometry::kEMCAL_Standard )      SMName = "SMOD";
 688     else if(fGeom->GetSMType(sm) == AliEMCALGeometry::kEMCAL_Half )     SMName = "SM10";
 689     else if(fGeom->GetSMType(sm) == AliEMCALGeometry::kEMCAL_3rd )      SMName = "SM3rd";
 690     else if( fGeom->GetSMType(sm) == AliEMCALGeometry::kDCAL_Standard ) SMName = "DCSM";
 691     else if( fGeom->GetSMType(sm) == AliEMCALGeometry::kDCAL_Ext )      SMName = "DCEXT";
 692     else AliError("Unkown SM Type!!");
 693
 694     if(fGeom->GetSMType(sm) == tmpType) {
 695       SMOrder++;
 696     } else {
 697       tmpType = fGeom->GetSMType(sm);
 698       SMOrder = 1;
 699     }
 700     snprintf(path,bufsize,"/ALIC_1/XEN1_1/%s_%d", SMName.Data(), SMOrder) ;
 701
 702     if (gGeoManager->CheckPath(path)){
 703       gGeoManager->cd(path);
 704       m = gGeoManager->GetCurrentMatrix() ;
 705       //                        printf("================================================= \n");
 706       //                        printf("AliEMCALReconstructor::FixMisalMatrixes(), sm %d, \n",sm);
 707       //                        m->Print("");
 708       esd->SetEMCALMatrix(new TGeoHMatrix(*m),sm) ;
 709       //                        printf("================================================= \n");
 710     }
 711     else{
 712       esd->SetEMCALMatrix(NULL,sm) ;
 713     }
 714   }
 715 }
 716
 717 //__________________________________________________________________________
 718 void AliEMCALReconstructor::ReadDigitsArrayFromTree(TTree *digitsTree) const
 719 {
 720   // Read the digits from the input tree
 721   // See AliEMCALClusterizer::SetInput(TTree *digitsTree);
 722
 723   // Clear previous digits in the list
 724   if(fgDigitsArr){
 725     fgDigitsArr->Clear("C");
 726   }
 727   else{
 728     // It should not happen, but just in case ...
 729     fgDigitsArr = new TClonesArray("AliEMCALDigit",100);
 730   }
 731
 732   // Read the digits from the input tree
 733   TBranch *branch = digitsTree->GetBranch("EMCAL");
 734   if (!branch) {
 735     AliError("can't get the branch with the EMCAL digits !");
 736     return;
 737   }
 738
 739   branch->SetAddress(&fgDigitsArr);
 740   branch->GetEntry(0);
 741 }
 742
 743 //==================================================================================
 744 Bool_t AliEMCALReconstructor::CalculateResidual(AliESDtrack *track, AliESDCaloCluster *cluster, Float_t &dEta, Float_t &dPhi)const
 745 {
 746   //
 747   // calculate the residual between track and cluster
 748   //
 749
 750   // If the esdFriend is available, use the TPCOuter point as the starting point of extrapolation
 751   // Otherwise use the TPCInner point
 752
 753   dEta = -999, dPhi = -999;
 754   Bool_t ITSTrackSA = 0;
 755
 756   AliExternalTrackParam *trkParam = 0;
 757
 758   const AliESDfriendTrack*  friendTrack = track->GetFriendTrack();
 759   if(friendTrack && friendTrack->GetTPCOut())
 760     trkParam = const_cast<AliExternalTrackParam*>(friendTrack->GetTPCOut());
 761   else if(track->GetInnerParam())
 762     trkParam = const_cast<AliExternalTrackParam*>(track->GetInnerParam());
 763   else{
 764     trkParam = new AliExternalTrackParam(*track); //If there is ITSSa track
 765     ITSTrackSA = 1;
 766   }
 767   if(!trkParam) return kFALSE;
 768
 769   AliExternalTrackParam trkParamTmp (*trkParam);
 770   if(!AliEMCALRecoUtils::ExtrapolateTrackToCluster(&trkParamTmp, cluster, track->GetMass(kTRUE), GetRecParam()->GetExtrapolateStep(), dEta, dPhi)){
 771         if(ITSTrackSA) delete trkParam;
 772         return kFALSE;
 773   }
 774
 775   if(ITSTrackSA) delete trkParam;
 776   return kTRUE;
 777 }
 778
 779 //
 780 //==================================================================================
 781 //
 782 AliEMCALReconstructor::AliEMCALMatch::AliEMCALMatch()
 783   : TObject(),
 784     fIndexT(-1),
 785     fDistance(-999.),
 786     fdEta(-999.),
 787     fdPhi(-999.)
 788 {
 789   //default constructor
 790
 791 }
 792
 793 //
 794 //==================================================================================
 795 //
 796 AliEMCALReconstructor::AliEMCALMatch::AliEMCALMatch(const AliEMCALMatch& copy)
 797   : TObject(),
 798     fIndexT(copy.fIndexT),
 799     fDistance(copy.fDistance),
 800     fdEta(copy.fdEta),
 801     fdPhi(copy.fdPhi)
 802 {
 803   //copy ctor
 804 }
 805 //_____________________________________________________________________
 806 AliEMCALReconstructor::AliEMCALMatch& AliEMCALReconstructor::AliEMCALMatch::AliEMCALMatch::operator = (const AliEMCALMatch &source)
 807 { // assignment operator; use copy ctor
 808   if (&source == this) return *this;
 809
 810   new (this) AliEMCALMatch(source);
 811   return *this;
 812 }
 813 //
 814 //==================================================================================
 815 //
 816 Int_t AliEMCALReconstructor::AliEMCALMatch::Compare(const TObject *obj) const
 817 {
 818   //
 819   // Compare wrt the residual
 820   //
 821
 822   AliEMCALReconstructor::AliEMCALMatch *that = (AliEMCALReconstructor::AliEMCALMatch*)obj;
 823
 824   Double_t thisDist = fDistance;//fDistance;
 825   Double_t thatDist = that->fDistance;//that->GetDistance();
 826
 827   if (thisDist > thatDist) return 1;
 828   else if (thisDist < thatDist) return -1;
 829   return 0;
 830 }