EMCAL/AliEMCALReconstructor.cxx

   1 /**************************************************************************
   2  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
   3  *                                                                        *
   4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
   5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
   6  *                                                                        *
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   8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
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  13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
  14  **************************************************************************/
  15
  16 /* $Id$ */
  17
  18 //_________________________________________________________________________
  19 //--
  20 //-- Yves Schutz (SUBATECH)
  21 // Reconstruction class. Redesigned from the old AliReconstructionner class and
  22 // derived from STEER/AliReconstructor.
  23 //
  24 //-- Aleksei Pavlinov : added staf for EMCAL jet trigger 9Apr 25, 2008)
  25 //                    : fgDigitsArr should read just once at event
  26
  27 // --- ROOT system ---
  28 #include <TList.h>
  29 #include <TClonesArray.h>
  30 #include <TH2.h>
  31 #include "TGeoManager.h"
  32 #include "TGeoMatrix.h"
  33
  34 // --- Standard library ---
  35
  36 // --- AliRoot header files ---
  37 #include "AliEMCALReconstructor.h"
  38
  39 #include "AliCodeTimer.h"
  40 #include "AliCaloCalibPedestal.h"
  41 #include "AliEMCALCalibData.h"
  42 #include "AliESDEvent.h"
  43 #include "AliESDCaloCluster.h"
  44 #include "AliESDCaloCells.h"
  45 #include "AliESDtrack.h"
  46 #include "AliEMCALLoader.h"
  47 #include "AliEMCALRawUtils.h"
  48 #include "AliEMCALDigit.h"
  49 #include "AliEMCALClusterizerv1.h"
  50 #include "AliEMCALClusterizerNxN.h"
  51 #include "AliEMCALRecPoint.h"
  52 #include "AliEMCALPID.h"
  53 #include "AliEMCALTrigger.h"
  54 #include "AliRawReader.h"
  55 #include "AliCDBEntry.h"
  56 #include "AliCDBManager.h"
  57 #include "AliEMCALGeometry.h"
  58 #include "AliEMCAL.h"
  59 #include "AliESDVZERO.h"
  60 #include "AliCDBManager.h"
  61 #include "AliRunLoader.h"
  62 #include "AliRun.h"
  63 #include "AliEMCALTriggerData.h"
  64 #include "AliEMCALTriggerElectronics.h"
  65 #include "AliEMCALTriggerDCSConfigDB.h"
  66 #include "AliEMCALTriggerDCSConfig.h"
  67 #include "AliEMCALTriggerData.h"
  68 #include "AliEMCALTriggerRawDigit.h"
  69 #include "AliEMCALTriggerPatch.h"
  70 #include "AliEMCALTriggerTypes.h"
  71
  72 ClassImp(AliEMCALReconstructor)
  73
  74 const AliEMCALRecParam*     AliEMCALReconstructor::fgkRecParam        = 0;   // EMCAL rec. parameters
  75 AliEMCALRawUtils*           AliEMCALReconstructor::fgRawUtils         = 0;   // EMCAL raw utilities class
  76 AliEMCALClusterizer*        AliEMCALReconstructor::fgClusterizer      = 0;   // EMCAL clusterizer class
  77 TClonesArray*               AliEMCALReconstructor::fgDigitsArr        = 0;   // list of digits, to be used multiple times
  78 TObjArray*                  AliEMCALReconstructor::fgClustersArr      = 0;   // list of clusters, to be used multiple times
  79 AliEMCALTriggerElectronics* AliEMCALReconstructor::fgTriggerProcessor = 0x0;
  80 //____________________________________________________________________________
  81 AliEMCALReconstructor::AliEMCALReconstructor()
  82   : fDebug(kFALSE), fList(0), fGeom(0),fCalibData(0),fPedestalData(0),fTriggerData(0x0)
  83 {
  84   // ctor
  85
  86   fgRawUtils = new AliEMCALRawUtils;
  87
  88   //To make sure we match with the geometry in a simulation file,
  89   //let's try to get it first.  If not, take the default geometry
  90   AliRunLoader *rl = AliRunLoader::Instance();
  91   if (rl->GetAliRun()){
  92     AliEMCAL * emcal = dynamic_cast<AliEMCAL*>(rl->GetAliRun()->GetDetector("EMCAL"));
  93     if(emcal) fGeom = emcal->GetGeometry();
  94   }
  95
  96   if(!fGeom) {
  97     AliInfo(Form("Using default geometry in reconstruction"));
  98     fGeom =  AliEMCALGeometry::GetInstance(AliEMCALGeometry::GetDefaultGeometryName());
  99   }
 100
 101   //Get calibration parameters
 102   if(!fCalibData)
 103     {
 104                 AliCDBEntry *entry = (AliCDBEntry*)
 105                 AliCDBManager::Instance()->Get("EMCAL/Calib/Data");
 106                 if (entry) fCalibData =  (AliEMCALCalibData*) entry->GetObject();
 107     }
 108
 109   if(!fCalibData)
 110                 AliFatal("Calibration parameters not found in CDB!");
 111
 112   //Get calibration parameters
 113   if(!fPedestalData)
 114     {
 115       AliCDBEntry *entry = (AliCDBEntry*)
 116       AliCDBManager::Instance()->Get("EMCAL/Calib/Pedestals");
 117       if (entry) fPedestalData =  (AliCaloCalibPedestal*) entry->GetObject();
 118     }
 119
 120   if(!fPedestalData)
 121     AliFatal("Dead map not found in CDB!");
 122
 123   InitClusterizer();
 124
 125   if(!fGeom) AliFatal(Form("Could not get geometry!"));
 126
 127   AliEMCALTriggerDCSConfigDB* dcsConfigDB = AliEMCALTriggerDCSConfigDB::Instance();
 128
 129   const AliEMCALTriggerDCSConfig* dcsConfig = dcsConfigDB->GetTriggerDCSConfig();
 130
 131   if (!dcsConfig) AliFatal("No Trigger DCS Configuration from OCDB!");
 132   fgTriggerProcessor = new AliEMCALTriggerElectronics( dcsConfig );
 133
 134   fTriggerData = new AliEMCALTriggerData();
 135
 136   //Init temporary list of digits
 137   fgDigitsArr   = new TClonesArray("AliEMCALDigit",1000);
 138   fgClustersArr = new TObjArray(1000);
 139
 140 }
 141
 142 //____________________________________________________________________________
 143 AliEMCALReconstructor::~AliEMCALReconstructor()
 144 {
 145   // dtor
 146
 147   if(fGeom)              delete fGeom;
 148
 149   //No need to delete, recovered from OCDB
 150   //if(fCalibData)         delete fCalibData;
 151   //if(fPedestalData)      delete fPedestalData;
 152
 153   if(fgDigitsArr){
 154     fgDigitsArr->Clear("C");
 155     delete fgDigitsArr;
 156   }
 157
 158   if(fgClustersArr){
 159     fgClustersArr->Clear();
 160     delete fgClustersArr;
 161   }
 162
 163   if(fgRawUtils)         delete fgRawUtils;
 164   if(fgClusterizer)      delete fgClusterizer;
 165   if(fgTriggerProcessor) delete fgTriggerProcessor;
 166
 167   AliCodeTimer::Instance()->Print();
 168 }
 169
 170 // //____________________________________________________________________________
 171 // void AliEMCALReconstructor::Init()
 172 // {
 173 //   // Trigger hists - Oct 24, 2007
 174 //    fList = AliEMCALHistoUtilities::GetTriggersListOfHists(kTRUE);
 175 // }
 176
 177 //____________________________________________________________________________
 178 void AliEMCALReconstructor::InitClusterizer()
 179 {
 180   //Init the clusterizer with geometry and calibration pointers, avoid doing it twice.
 181
 182   AliEMCALRecParam *recParam = NULL;
 183   AliCDBEntry *entry = (AliCDBEntry*)
 184   AliCDBManager::Instance()->Get("EMCAL/Calib/RecoParam");
 185   //Get The reco param for the default event specie
 186   if (entry)
 187     recParam = (AliEMCALRecParam*)((TObjArray *) entry->GetObject())->At(0);
 188
 189   if(!recParam){
 190     AliFatal("RecoParam not found in CDB!");
 191   }
 192   else{
 193     if (recParam->GetClusterizerFlag() == AliEMCALRecParam::kClusterizerv1)
 194     {
 195       fgClusterizer = new AliEMCALClusterizerv1(fGeom, fCalibData,fPedestalData);
 196     }
 197     else
 198     {
 199       fgClusterizer = new AliEMCALClusterizerNxN(fGeom, fCalibData,fPedestalData);
 200     }
 201   }
 202
 203 }
 204
 205 //____________________________________________________________________________
 206 void AliEMCALReconstructor::Reconstruct(TTree* digitsTree, TTree* clustersTree) const
 207 {
 208   // method called by AliReconstruction;
 209   // Only the clusterization is performed,; the rest of the reconstruction is done in FillESD because the track
 210   // segment maker needs access to the AliESD object to retrieve the tracks reconstructed by
 211   // the global tracking.
 212   // Works on the current event.
 213
 214   AliCodeTimerAuto("",0)
 215
 216   ReadDigitsArrayFromTree(digitsTree);
 217
 218   fgClusterizer->InitParameters();
 219   fgClusterizer->SetOutput(clustersTree);
 220
 221   //Skip clusterization of LED events
 222   if (GetRecParam()->GetEventSpecie()!=AliRecoParam::kCalib){
 223
 224                 if(fgDigitsArr && fgDigitsArr->GetEntries()) {
 225
 226                   fgClusterizer->SetInput(digitsTree);
 227
 228                   if(Debug())
 229                           fgClusterizer->Digits2Clusters("deb all") ;
 230                   else
 231                           fgClusterizer->Digits2Clusters("");
 232
 233                   fgClusterizer->Clear();
 234
 235           }//digits array exists and has somethind
 236   }//not a LED event
 237
 238   clustersTree->Fill();
 239 }
 240
 241 //____________________________________________________________________________
 242 void AliEMCALReconstructor::ConvertDigits(AliRawReader* rawReader, TTree* digitsTree) const
 243
 244 {
 245   // Conversion from raw data to
 246   // EMCAL digits.
 247   // Works on a single-event basis
 248
 249   rawReader->Reset() ;
 250
 251   fTriggerData->SetMode(1);
 252
 253   if(fgDigitsArr) fgDigitsArr->Clear("C");
 254
 255   TClonesArray *digitsTrg = new TClonesArray("AliEMCALTriggerRawDigit", 32 * 96);
 256
 257   Int_t bufsize = 32000;
 258   digitsTree->Branch("EMCAL", &fgDigitsArr, bufsize);
 259   digitsTree->Branch("EMTRG", &digitsTrg, bufsize);
 260
 261   //Skip calibration events do the rest
 262   Bool_t doFit = kTRUE;
 263   if ( !(GetRecParam()->FitLEDEvents()) && GetRecParam()->GetEventSpecie()==AliRecoParam::kCalib) doFit = kFALSE;
 264   if (doFit){
 265           //must be done here because, in constructor, option is not yet known
 266           fgRawUtils->SetOption(GetOption());
 267
 268           fgRawUtils->SetRawFormatHighLowGainFactor(GetRecParam()->GetHighLowGainFactor());
 269           fgRawUtils->SetRawFormatOrder(GetRecParam()->GetOrderParameter());
 270           fgRawUtils->SetRawFormatTau(GetRecParam()->GetTau());
 271           fgRawUtils->SetNoiseThreshold(GetRecParam()->GetNoiseThreshold());
 272           fgRawUtils->SetNPedSamples(GetRecParam()->GetNPedSamples());
 273           fgRawUtils->SetRemoveBadChannels(GetRecParam()->GetRemoveBadChannels());
 274           fgRawUtils->SetFittingAlgorithm(GetRecParam()->GetFittingAlgorithm());
 275           fgRawUtils->SetFALTROUsage(GetRecParam()->UseFALTRO());
 276           fgRawUtils->SetTimeMin(GetRecParam()->GetTimeMin());
 277           fgRawUtils->SetTimeMax(GetRecParam()->GetTimeMax());
 278
 279           fgRawUtils->Raw2Digits(rawReader,fgDigitsArr,fPedestalData,digitsTrg,fTriggerData);
 280   }//skip calibration event
 281   else{
 282         AliDebug(1," Calibration Event, skip!");
 283   }
 284
 285   digitsTree->Fill();
 286   digitsTrg->Delete();
 287   delete digitsTrg;
 288
 289 }
 290
 291
 292 //____________________________________________________________________________
 293 void AliEMCALReconstructor::FillESD(TTree* digitsTree, TTree* clustersTree,
 294                                     AliESDEvent* esd) const
 295 {
 296   // Called by AliReconstruct after Reconstruct() and global tracking and vertexing
 297   // and V0
 298   // Works on the current event
 299   // printf(" ## AliEMCALReconstructor::FillESD() is started ### \n ");
 300   //return;
 301
 302   //FIXME UNCOMMENT WHEN ESDTRIGGER AVAILABLE
 303 //   // Trigger
 304 //   Int_t v0M[2] = {0, 0};
 305
 306 //   AliESDVZERO* esdV0 = esd->GetVZEROData();
 307
 308 //   if (esdV0)
 309 //   {
 310 //        for (Int_t i = 0; i < 32; i++)
 311 //        {
 312 //                v0M[0] += esdV0->GetAdcV0C(i);
 313 //                v0M[1] += esdV0->GetAdcV0A(i);
 314 //        }
 315 //   }
 316 //   else
 317 //   {
 318 //        AliWarning("Cannot retrieve V0 ESD! Run w/ null V0 charges");
 319 //   }
 320
 321 //   TClonesArray *trgDigits = new TClonesArray("AliEMCALTriggerRawDigit",1000);
 322
 323 //   TBranch *branchtrg = digitsTree->GetBranch("EMTRG");
 324
 325 //   if (!branchtrg)
 326 //   {
 327 //        AliError("Can't get the branch with the EMCAL trigger digits!");
 328 //        return;
 329 //   }
 330
 331 //   branchtrg->SetAddress(&trgDigits);
 332 //   branchtrg->GetEntry(0);
 333
 334 //   // Note: fgTriggerProcessor reset done at the end of this method
 335 //   fgTriggerProcessor->Digits2Trigger(trgDigits, v0M, fTriggerData);
 336
 337 //   // Fill ESD
 338 //   AliESDCaloTrigger* trgESD = esd->GetCaloTrigger("EMCAL");
 339
 340 //   if (trgESD)
 341 //   {
 342 //        trgESD->Allocate(trgDigits->GetEntriesFast());
 343
 344 //        for (Int_t i = 0; i < trgDigits->GetEntriesFast(); i++)
 345 //        {
 346 //                AliEMCALTriggerRawDigit* rdig = (AliEMCALTriggerRawDigit*)trgDigits->At(i);
 347
 348 //                Int_t px, py;
 349 //                if (fGeom->GetPositionInEMCALFromAbsFastORIndex(rdig->GetId(), px, py))
 350 //                {
 351 //                        Int_t a = -1, t = -1, times[10];
 352
 353 //                        rdig->GetMaximum(a, t);
 354 //                        rdig->GetL0Times(times);
 355
 356 // //                     rdig->Print("");
 357
 358 //                        trgESD->Add(px, py, a, t, times, rdig->GetNL0Times(), rdig->GetL1TimeSum());
 359 //                }
 360 //        }
 361
 362 // //     cout << "End of Adding................." << endl;
 363
 364 //        trgESD->SetL1Threshold(0, fTriggerData->GetL1GammaThreshold());
 365
 366 //        trgESD->SetL1Threshold(1, fTriggerData->GetL1JetThreshold()  );
 367
 368 //        for (Int_t i = 0; i < kTriggerTypeEnd; i++)
 369 //        {
 370 //                for (Int_t j = 0; j < 2; j++)
 371 //                {
 372 //                        TClonesArray* patches = fTriggerData->GetPatches((TriggerType_t)i, j);
 373
 374 //                        TIter NextPatch(patches);
 375 //                        while (AliEMCALTriggerPatch* p = (AliEMCALTriggerPatch*)NextPatch())
 376 //                        {
 377 //                                TVector2 pos; p->Position(pos);
 378 //                                trgESD->SetTriggerBits(pos.X(), pos.Y(), i, j);
 379 //                        }
 380 //                }
 381 //        }
 382 //   }
 383
 384 //   // Resetting
 385 //   fTriggerData->Reset();
 386 // //  cout << "Reset trg data" << endl;
 387   //FIXME UNCOMMENT WHEN ESDTRIGGER AVAILABLE
 388
 389   //########################################
 390   //##############Fill CaloCells###############
 391   //########################################
 392   ReadDigitsArrayFromTree(digitsTree);
 393
 394 //   TClonesArray *digits = new TClonesArray("AliEMCALDigit",1000);
 395 //   TBranch *branchdig = digitsTree->GetBranch("EMCAL");
 396 //   if (!branchdig) {
 397 //     AliError("can't get the branch with the EMCAL digits !");
 398 //     return;
 399 //   }
 400 //   branchdig->SetAddress(&digits);
 401 //   digitsTree->GetEvent(0);
 402   Int_t nDigits = fgDigitsArr->GetEntries(), idignew = 0 ;
 403   AliDebug(1,Form("%d digits",nDigits));
 404
 405   AliESDCaloCells &emcCells = *(esd->GetEMCALCells());
 406   emcCells.CreateContainer(nDigits);
 407   emcCells.SetType(AliVCaloCells::kEMCALCell);
 408   Float_t energy = 0;
 409   for (Int_t idig = 0 ; idig < nDigits ; idig++) {
 410     const AliEMCALDigit * dig = (const AliEMCALDigit*)fgDigitsArr->At(idig);
 411     if(dig->GetAmplitude() > 0 ){
 412           energy = fgClusterizer->Calibrate(dig->GetAmplitude(),dig->GetTime(),dig->GetId()); //TimeR or Time?
 413           if(energy > 0){ //Digits tagged as bad (dead, hot, not alive) are set to 0 in calibrate, remove them
 414                   emcCells.SetCell(idignew,dig->GetId(),energy, dig->GetTime());
 415                   idignew++;
 416           }
 417     }
 418   }
 419   emcCells.SetNumberOfCells(idignew);
 420   emcCells.Sort();
 421
 422   //------------------------------------------------------------
 423   //-----------------CLUSTERS-----------------------------
 424   //------------------------------------------------------------
 425   clustersTree->SetBranchStatus("*",0); //disable all branches
 426   clustersTree->SetBranchStatus("EMCALECARP",1); //Enable only the branch we need
 427   if(fgClustersArr) fgClustersArr->Clear();
 428   TBranch *branch = clustersTree->GetBranch("EMCALECARP");
 429   branch->SetAddress(&fgClustersArr);
 430   branch->GetEntry(0);
 431   //clustersTree->GetEvent(0);
 432
 433   Int_t nClusters = fgClustersArr->GetEntries(),  nClustersNew=0;
 434   AliDebug(1,Form("%d clusters",nClusters));
 435
 436   //######################################################
 437   //#######################TRACK MATCHING###############
 438   //######################################################
 439   //Fill list of integers, each one is index of track to which the cluster belongs.
 440
 441   // step 1 - initialize array of matched track indexes
 442   Int_t *matchedTrack = new Int_t[nClusters];
 443   for (Int_t iclus = 0; iclus < nClusters; iclus++)
 444     matchedTrack[iclus] = -1;  // neg. index --> no matched track
 445
 446   // step 2, change the flag for all matched clusters found in tracks
 447   Int_t iemcalMatch = -1;
 448   Int_t endtpc = esd->GetNumberOfTracks();
 449   for (Int_t itrack = 0; itrack < endtpc; itrack++) {
 450     AliESDtrack * track = esd->GetTrack(itrack) ; // retrieve track
 451     iemcalMatch = track->GetEMCALcluster();
 452     if(iemcalMatch >= 0) matchedTrack[iemcalMatch] = itrack;
 453   }
 454
 455   //########################################
 456   //##############Fill CaloClusters#############
 457   //########################################
 458   for (Int_t iClust = 0 ; iClust < nClusters ; iClust++) {
 459     const AliEMCALRecPoint * clust = (const AliEMCALRecPoint*)fgClustersArr->At(iClust);
 460     //if(clust->GetClusterType()== AliVCluster::kEMCALClusterv1) nRP++; else nPC++;
 461     if (Debug()) clust->Print();
 462     // Get information from EMCAL reconstruction points
 463     Float_t xyz[3];
 464     TVector3 gpos;
 465     clust->GetGlobalPosition(gpos);
 466     for (Int_t ixyz=0; ixyz<3; ixyz++)
 467       xyz[ixyz] = gpos[ixyz];
 468     Float_t elipAxis[2];
 469     clust->GetElipsAxis(elipAxis);
 470        //Create digits lists
 471     Int_t cellMult = clust->GetMultiplicity();
 472     //TArrayS digiList(digitMult);
 473     Float_t *amplFloat = clust->GetEnergiesList();
 474     Int_t   *digitInts = clust->GetAbsId();
 475     TArrayS absIdList(cellMult);
 476     TArrayD fracList(cellMult);
 477
 478     Int_t newCellMult = 0;
 479     for (Int_t iCell=0; iCell<cellMult; iCell++) {
 480       if (amplFloat[iCell] > 0) {
 481       absIdList[newCellMult] = (UShort_t)(digitInts[iCell]);
 482       //Calculate Fraction
 483       if(emcCells.GetCellAmplitude(digitInts[iCell])>0 && GetRecParam()->GetUnfold())
 484         fracList[newCellMult] = amplFloat[iCell]/(emcCells.GetCellAmplitude(digitInts[iCell]));//get cell calibration value
 485       else
 486         fracList[newCellMult] = 0;
 487       newCellMult++;
 488       }
 489     }
 490
 491     absIdList.Set(newCellMult);
 492     fracList.Set(newCellMult);
 493
 494     if(newCellMult > 0) { // accept cluster if it has some digit
 495       nClustersNew++;
 496       //Primaries
 497       Int_t  parentMult  = 0;
 498       Int_t *parentList =  clust->GetParents(parentMult);
 499       // fills the ESDCaloCluster
 500       AliESDCaloCluster * ec = new AliESDCaloCluster() ;
 501       ec->SetType(AliVCluster::kEMCALClusterv1);
 502       ec->SetPosition(xyz);
 503       ec->SetE(clust->GetEnergy());
 504
 505       //Distance to the nearest bad crystal
 506       ec->SetDistanceToBadChannel(clust->GetDistanceToBadTower());
 507
 508       ec->SetNCells(newCellMult);
 509       //Change type of list from short to ushort
 510       UShort_t *newAbsIdList  = new UShort_t[newCellMult];
 511       Double_t *newFracList   = new Double_t[newCellMult];
 512       for(Int_t i = 0; i < newCellMult ; i++) {
 513         newAbsIdList[i]=absIdList[i];
 514         newFracList[i] =fracList[i];
 515       }
 516       ec->SetCellsAbsId(newAbsIdList);
 517       ec->SetCellsAmplitudeFraction(newFracList);
 518       ec->SetDispersion(clust->GetDispersion());
 519       ec->SetChi2(-1); //not yet implemented
 520       ec->SetM02(elipAxis[0]*elipAxis[0]) ;
 521       ec->SetM20(elipAxis[1]*elipAxis[1]) ;
 522       ec->SetTOF(clust->GetTime()) ; //time-of-fligh
 523       ec->SetNExMax(clust->GetNExMax());          //number of local maxima
 524       TArrayI arrayTrackMatched(1);// Only one track, temporal solution.
 525       arrayTrackMatched[0]= matchedTrack[iClust];
 526       ec->AddTracksMatched(arrayTrackMatched);
 527
 528       TArrayI arrayParents(parentMult,parentList);
 529       ec->AddLabels(arrayParents);
 530
 531       // add the cluster to the esd object
 532       esd->AddCaloCluster(ec);
 533       delete ec;
 534       delete [] newAbsIdList ;
 535       delete [] newFracList ;
 536    }
 537  } // cycle on clusters
 538
 539  delete [] matchedTrack;
 540
 541  //Fill ESDCaloCluster with PID weights
 542  AliEMCALPID *pid = new AliEMCALPID;
 543  //pid->SetPrintInfo(kTRUE);
 544  pid->SetReconstructor(kTRUE);
 545  pid->RunPID(esd);
 546  delete pid;
 547
 548  //Store EMCAL misalignment matrixes
 549  FillMisalMatrixes(esd) ;
 550
 551 }
 552
 553 //==================================================================================
 554 void AliEMCALReconstructor::FillMisalMatrixes(AliESDEvent* esd)const{
 555         //Store EMCAL matrixes in ESD Header
 556
 557         //Check, if matrixes was already stored
 558         for(Int_t sm = 0 ; sm < fGeom->GetNumberOfSuperModules(); sm++){
 559                 if(esd->GetEMCALMatrix(sm)!=0)
 560                         return ;
 561         }
 562
 563         //Create and store matrixes
 564         if(!gGeoManager){
 565                 AliError("Can not store misal. matrixes: no gGeoManager! \n") ;
 566                 return ;
 567         }
 568         //Note, that owner of copied marixes will be header
 569   const Int_t bufsize = 255;
 570         char path[bufsize] ;
 571         TGeoHMatrix * m = 0x0;
 572         for(Int_t sm = 0; sm < fGeom->GetNumberOfSuperModules(); sm++){
 573                 snprintf(path,bufsize,"/ALIC_1/XEN1_1/SMOD_%d",sm+1) ; //In Geometry modules numbered 1,2,.,5
 574                 if(sm >= 10) snprintf(path,bufsize,"/ALIC_1/XEN1_1/SM10_%d",sm-10+1) ;
 575
 576                 if (gGeoManager->CheckPath(path)){
 577                         gGeoManager->cd(path);
 578                         m = gGeoManager->GetCurrentMatrix() ;
 579 //                      printf("================================================= \n");
 580 //                      printf("AliEMCALReconstructor::FixMisalMatrixes(), sm %d, \n",sm);
 581 //                      m->Print("");
 582                         esd->SetEMCALMatrix(new TGeoHMatrix(*m),sm) ;
 583 //                      printf("================================================= \n");
 584                 }
 585                 else{
 586                         esd->SetEMCALMatrix(NULL,sm) ;
 587                 }
 588         }
 589 }
 590
 591
 592
 593 //__________________________________________________________________________
 594 void AliEMCALReconstructor::ReadDigitsArrayFromTree(TTree *digitsTree) const
 595 {
 596   // See AliEMCALClusterizer::SetInput(TTree *digitsTree);
 597   if(fgDigitsArr) {
 598     // Clear previous digits
 599     fgDigitsArr->Clear("C");
 600     //delete fgDigitsArr;
 601   }
 602   // Read the digits from the input tree
 603   TBranch *branch = digitsTree->GetBranch("EMCAL");
 604   if (!branch) {
 605     AliError("can't get the branch with the EMCAL digits !");
 606     return;
 607   }
 608   fgDigitsArr = new TClonesArray("AliEMCALDigit",100);
 609   branch->SetAddress(&fgDigitsArr);
 610   branch->GetEntry(0);
 611 }
 612
 613