EMCAL/AliEMCALReconstructor.cxx

   1 /**************************************************************************
   2  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
   3  *                                                                        *
   4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
   5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
   6  *                                                                        *
   7  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
   8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
   9  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
  10  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
  11  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
  12  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
  13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
  14  **************************************************************************/
  15
  16 /* $Id$ */
  17
  18 //_________________________________________________________________________
  19 //--
  20 //-- Yves Schutz (SUBATECH)
  21 // Reconstruction class. Redesigned from the old AliReconstructionner class and
  22 // derived from STEER/AliReconstructor.
  23 //
  24
  25
  26 // --- ROOT system ---
  27 #include <TClonesArray.h>
  28 #include "TGeoManager.h"
  29 #include "TGeoMatrix.h"
  30
  31 // --- Standard library ---
  32
  33 // --- AliRoot header files ---
  34 #include "AliEMCALReconstructor.h"
  35
  36 #include "AliCodeTimer.h"
  37 #include "AliCaloCalibPedestal.h"
  38 #include "AliEMCALCalibData.h"
  39 #include "AliESDEvent.h"
  40 #include "AliESDCaloCluster.h"
  41 #include "AliESDCaloCells.h"
  42 #include "AliESDtrack.h"
  43 #include "AliEMCALLoader.h"
  44 #include "AliEMCALRawUtils.h"
  45 #include "AliEMCALDigit.h"
  46 #include "AliEMCALClusterizerv1.h"
  47 #include "AliEMCALClusterizerv2.h"
  48 #include "AliEMCALClusterizerNxN.h"
  49 #include "AliEMCALRecPoint.h"
  50 #include "AliEMCALPID.h"
  51 #include "AliRawReader.h"
  52 #include "AliCDBEntry.h"
  53 #include "AliCDBManager.h"
  54 #include "AliEMCALGeometry.h"
  55 #include "AliEMCAL.h"
  56 #include "AliESDVZERO.h"
  57 #include "AliCDBManager.h"
  58 #include "AliRunLoader.h"
  59 #include "AliRun.h"
  60 #include "AliEMCALTriggerData.h"
  61 #include "AliEMCALTriggerElectronics.h"
  62 #include "AliEMCALTriggerDCSConfigDB.h"
  63 #include "AliEMCALTriggerDCSConfig.h"
  64 #include "AliEMCALTriggerData.h"
  65 #include "AliEMCALTriggerRawDigit.h"
  66 #include "AliEMCALTriggerPatch.h"
  67 #include "AliEMCALTriggerTypes.h"
  68
  69 ClassImp(AliEMCALReconstructor)
  70
  71 const AliEMCALRecParam*     AliEMCALReconstructor::fgkRecParam        = 0;   // EMCAL rec. parameters
  72 AliEMCALRawUtils*           AliEMCALReconstructor::fgRawUtils         = 0;   // EMCAL raw utilities class
  73 AliEMCALClusterizer*        AliEMCALReconstructor::fgClusterizer      = 0;   // EMCAL clusterizer class
  74 TClonesArray*               AliEMCALReconstructor::fgDigitsArr        = 0;   // list of digits, to be used multiple times
  75 TObjArray*                  AliEMCALReconstructor::fgClustersArr      = 0;   // list of clusters, to be used multiple times
  76 TClonesArray*               AliEMCALReconstructor::fgTriggerDigits    = 0;   // list of trigger digits, to be used multiple times
  77 AliEMCALTriggerElectronics* AliEMCALReconstructor::fgTriggerProcessor = 0x0;
  78 //____________________________________________________________________________
  79 AliEMCALReconstructor::AliEMCALReconstructor()
  80   : fGeom(0),fCalibData(0),fPedestalData(0),fTriggerData(0x0), fMatches(0x0)
  81 {
  82   // ctor
  83
  84   // AliDebug(2, "Mark.");
  85
  86   fgRawUtils = new AliEMCALRawUtils;
  87
  88   //To make sure we match with the geometry in a simulation file,
  89   //let's try to get it first.  If not, take the default geometry
  90   AliRunLoader *rl = AliRunLoader::Instance();
  91   if (rl->GetAliRun()){
  92     AliEMCAL * emcal = dynamic_cast<AliEMCAL*>(rl->GetAliRun()->GetDetector("EMCAL"));
  93     if(emcal) fGeom = emcal->GetGeometry();
  94   }
  95
  96   if(!fGeom) {
  97     AliInfo(Form("Using default geometry in reconstruction"));
  98     fGeom =  AliEMCALGeometry::GetInstance(AliEMCALGeometry::GetDefaultGeometryName());
  99   }
 100
 101   //Get calibration parameters
 102   if(!fCalibData)
 103     {
 104       AliCDBEntry *entry = (AliCDBEntry*)
 105         AliCDBManager::Instance()->Get("EMCAL/Calib/Data");
 106       if (entry) fCalibData =  (AliEMCALCalibData*) entry->GetObject();
 107     }
 108
 109   if(!fCalibData)
 110     AliFatal("Calibration parameters not found in CDB!");
 111
 112   //Get calibration parameters
 113   if(!fPedestalData)
 114     {
 115       AliCDBEntry *entry = (AliCDBEntry*)
 116         AliCDBManager::Instance()->Get("EMCAL/Calib/Pedestals");
 117       if (entry) fPedestalData =  (AliCaloCalibPedestal*) entry->GetObject();
 118     }
 119
 120   if(!fPedestalData)
 121     AliFatal("Dead map not found in CDB!");
 122
 123   if(!fGeom) AliFatal(Form("Could not get geometry!"));
 124
 125   AliEMCALTriggerDCSConfigDB* dcsConfigDB = AliEMCALTriggerDCSConfigDB::Instance();
 126
 127   const AliEMCALTriggerDCSConfig* dcsConfig = dcsConfigDB->GetTriggerDCSConfig();
 128
 129   if (!dcsConfig) AliFatal("No Trigger DCS Configuration from OCDB!");
 130   fgTriggerProcessor = new AliEMCALTriggerElectronics( dcsConfig );
 131
 132   fTriggerData = new AliEMCALTriggerData();
 133
 134   //Init temporary list of digits
 135   fgDigitsArr     = new TClonesArray("AliEMCALDigit",1000);
 136   fgClustersArr   = new TObjArray(1000);
 137   fgTriggerDigits = new TClonesArray("AliEMCALTriggerRawDigit",1000);
 138
 139   //Track matching
 140   fMatches = new TList();
 141   fMatches->SetOwner(kTRUE);
 142 }
 143
 144 //____________________________________________________________________________
 145 AliEMCALReconstructor::~AliEMCALReconstructor()
 146 {
 147   // dtor
 148
 149   //AliDebug(2, "Mark.");
 150
 151   if(fGeom)              delete fGeom;
 152
 153   //No need to delete, recovered from OCDB
 154   //if(fCalibData)         delete fCalibData;
 155   //if(fPedestalData)      delete fPedestalData;
 156
 157   if(fgDigitsArr){
 158     fgDigitsArr->Clear("C");
 159     delete fgDigitsArr;
 160   }
 161
 162   if(fgClustersArr){
 163     fgClustersArr->Clear();
 164     delete fgClustersArr;
 165   }
 166
 167   if(fgTriggerDigits){
 168     fgTriggerDigits->Clear();
 169     delete fgTriggerDigits;
 170   }
 171
 172   if(fgRawUtils)         delete fgRawUtils;
 173   if(fgClusterizer)      delete fgClusterizer;
 174   if(fgTriggerProcessor) delete fgTriggerProcessor;
 175
 176   if(fMatches) { fMatches->Delete(); delete fMatches; fMatches = 0;}
 177
 178   AliCodeTimer::Instance()->Print();
 179 }
 180
 181 //____________________________________________________________________________
 182 void AliEMCALReconstructor::InitClusterizer() const
 183 {
 184   //Init the clusterizer with geometry and calibration pointers, avoid doing it twice.
 185   Int_t clusterizerType = -1;
 186   Int_t eventType = -1;
 187   if(GetRecParam()) {
 188     clusterizerType = GetRecParam()->GetClusterizerFlag();
 189     eventType       = GetRecParam()->GetEventSpecie();
 190   }
 191   else{
 192     AliCDBEntry *entry = (AliCDBEntry*)
 193       AliCDBManager::Instance()->Get("EMCAL/Calib/RecoParam");
 194     //Get The reco param for the default event specie
 195     if (entry) {
 196       AliEMCALRecParam *recParam  = (AliEMCALRecParam*)((TObjArray *) entry->GetObject())->At(0);
 197       if(recParam) clusterizerType = recParam->GetClusterizerFlag();
 198     }
 199   }
 200
 201   //Check if clusterizer previously set corresponds to what is needed for this event type
 202   if(fgClusterizer){
 203     if(eventType!=AliRecoParam::kCalib){
 204       //printf("ReCreate clusterizer? Clusterizer set <%d>, Clusterizer in use <%s>\n",
 205       //     clusterizerType, fgClusterizer->Version());
 206
 207       if     (clusterizerType == AliEMCALRecParam::kClusterizerv1  && !strcmp(fgClusterizer->Version(),"clu-v1"))  return;
 208
 209       else if(clusterizerType == AliEMCALRecParam::kClusterizerNxN && !strcmp(fgClusterizer->Version(),"clu-NxN")) return;
 210
 211       else if(clusterizerType == AliEMCALRecParam::kClusterizerv2  && !strcmp(fgClusterizer->Version(),"clu-v2"))  return;
 212
 213       //Need to create new clusterizer, the one set previously is not the correct one
 214       delete fgClusterizer;
 215     }
 216     else return;
 217   }
 218
 219   if      (clusterizerType  == AliEMCALRecParam::kClusterizerv1)
 220     {
 221       fgClusterizer = new AliEMCALClusterizerv1 (fGeom, fCalibData,fPedestalData);
 222     }
 223   else if (clusterizerType  == AliEMCALRecParam::kClusterizerNxN)
 224     {
 225       fgClusterizer = new AliEMCALClusterizerNxN(fGeom, fCalibData,fPedestalData);
 226     }
 227   else if (clusterizerType  == AliEMCALRecParam::kClusterizerv2)
 228   {
 229     fgClusterizer = new AliEMCALClusterizerv2   (fGeom, fCalibData,fPedestalData);
 230   }
 231   else
 232   {
 233     AliFatal(Form("Unknown clusterizer %d ", clusterizerType));
 234   }
 235 }
 236
 237 //____________________________________________________________________________
 238 void AliEMCALReconstructor::Reconstruct(TTree* digitsTree, TTree* clustersTree) const
 239 {
 240   // method called by AliReconstruction;
 241   // Only the clusterization is performed,; the rest of the reconstruction is done in FillESD because the track
 242   // segment maker needs access to the AliESD object to retrieve the tracks reconstructed by
 243   // the global tracking.
 244   // Works on the current event.
 245
 246   AliCodeTimerAuto("",0)
 247
 248   //Get input digits and put them in fgDigitsArr, clear the list before
 249   ReadDigitsArrayFromTree(digitsTree);
 250
 251   InitClusterizer();
 252
 253   fgClusterizer->InitParameters();
 254   fgClusterizer->SetOutput(clustersTree);
 255
 256   //Skip clusterization of LED events
 257   if (GetRecParam()->GetEventSpecie()!=AliRecoParam::kCalib){
 258
 259     if(fgDigitsArr && fgDigitsArr->GetEntries()) {
 260
 261       fgClusterizer->SetInput(digitsTree);
 262
 263       //fgClusterizer->Digits2Clusters("deb all") ; //For debugging
 264       fgClusterizer->Digits2Clusters("");
 265
 266       fgClusterizer->Clear();
 267
 268     }//digits array exists and has somethind
 269   }//not a LED event
 270
 271   clustersTree->Fill();
 272
 273   // Deleting the recpoints at the end of the reconstruction call
 274   fgClusterizer->DeleteRecPoints();
 275 }
 276
 277 //____________________________________________________________________________
 278 void AliEMCALReconstructor::ConvertDigits(AliRawReader* rawReader, TTree* digitsTree) const
 279
 280 {
 281   // Conversion from raw data to
 282   // EMCAL digits.
 283   // Works on a single-event basis
 284
 285   rawReader->Reset() ;
 286
 287   fTriggerData->SetMode(1);
 288
 289   if(fgDigitsArr) fgDigitsArr->Clear("C");
 290
 291   TClonesArray *digitsTrg = new TClonesArray("AliEMCALTriggerRawDigit", 32 * 96);
 292
 293   Int_t bufsize = 32000;
 294   digitsTree->Branch("EMCAL", &fgDigitsArr, bufsize);
 295   digitsTree->Branch("EMTRG", &digitsTrg, bufsize);
 296
 297   //Skip calibration events do the rest
 298   Bool_t doFit = kTRUE;
 299   if ( !(GetRecParam()->FitLEDEvents()) && GetRecParam()->GetEventSpecie()==AliRecoParam::kCalib) doFit = kFALSE;
 300   if (doFit){
 301     //must be done here because, in constructor, option is not yet known
 302     fgRawUtils->SetOption(GetOption());
 303
 304     //  fgRawUtils->SetRawFormatHighLowGainFactor(GetRecParam()->GetHighLowGainFactor());
 305
 306     //   fgRawUtils->SetRawFormatOrder(GetRecParam()->GetOrderParameter());
 307     //    fgRawUtils->SetRawFormatTau(GetRecParam()->GetTau());
 308     fgRawUtils->SetNoiseThreshold(GetRecParam()->GetNoiseThreshold());
 309     fgRawUtils->SetNPedSamples(GetRecParam()->GetNPedSamples());
 310     fgRawUtils->SetRemoveBadChannels(GetRecParam()->GetRemoveBadChannels());
 311     fgRawUtils->SetFittingAlgorithm(GetRecParam()->GetFittingAlgorithm());
 312     fgRawUtils->SetFALTROUsage(GetRecParam()->UseFALTRO());
 313
 314     //fgRawUtils->SetTimeMin(GetRecParam()->GetTimeMin());
 315     //fgRawUtils->SetTimeMax(GetRecParam()->GetTimeMax());
 316
 317     //  fgRawUtils->SetTimeMin(-99999 );
 318     //  fgRawUtils->SetTimeMax( 99999 );
 319
 320     fgRawUtils->Raw2Digits(rawReader,fgDigitsArr,fPedestalData,digitsTrg,fTriggerData);
 321
 322   }//skip calibration event
 323   else{
 324     AliDebug(1," Calibration Event, skip!");
 325   }
 326
 327   digitsTree->Fill();
 328   digitsTrg->Delete();
 329   delete digitsTrg;
 330
 331 }
 332
 333
 334 //____________________________________________________________________________
 335 void AliEMCALReconstructor::FillESD(TTree* digitsTree, TTree* clustersTree,
 336                                     AliESDEvent* esd) const
 337 {
 338   // Called by AliReconstruct after Reconstruct() and global tracking and vertexing
 339   // and V0
 340   // Works on the current event
 341   // printf(" ## AliEMCALReconstructor::FillESD() is started ### \n ");
 342   //return;
 343
 344   //########################################
 345   // Trigger
 346   //########################################
 347
 348   static int saveOnce = 0;
 349
 350   Int_t v0M[2] = {0, 0};
 351
 352   AliESDVZERO* esdV0 = esd->GetVZEROData();
 353
 354   if (esdV0)
 355     {
 356       for (Int_t i = 0; i < 32; i++)
 357         {
 358           v0M[0] += (Int_t)esdV0->GetAdcV0C(i);
 359           v0M[1] += (Int_t)esdV0->GetAdcV0A(i);
 360         }
 361     }
 362   else
 363     {
 364       AliWarning("Cannot retrieve V0 ESD! Run w/ null V0 charges");
 365     }
 366
 367   if (fgTriggerDigits) fgTriggerDigits->Clear();
 368
 369   TBranch *branchtrg = digitsTree->GetBranch("EMTRG");
 370
 371   if (!branchtrg)
 372     {
 373       AliError("Can't get the branch with the EMCAL trigger digits!");
 374       return;
 375     }
 376
 377   branchtrg->SetAddress(&fgTriggerDigits);
 378   branchtrg->GetEntry(0);
 379
 380   // Note: fgTriggerProcessor reset done at the end of this method
 381   fgTriggerProcessor->Digits2Trigger(fgTriggerDigits, v0M, fTriggerData);
 382
 383   // Fill ESD
 384   AliESDCaloTrigger* trgESD = esd->GetCaloTrigger("EMCAL");
 385
 386   if (trgESD)
 387     {
 388       trgESD->Allocate(fgTriggerDigits->GetEntriesFast());
 389
 390       for (Int_t i = 0; i < fgTriggerDigits->GetEntriesFast(); i++)
 391         {
 392           AliEMCALTriggerRawDigit* rdig = (AliEMCALTriggerRawDigit*)fgTriggerDigits->At(i);
 393
 394           Int_t px, py;
 395           if (fGeom->GetPositionInEMCALFromAbsFastORIndex(rdig->GetId(), px, py))
 396             {
 397               Int_t a = -1, t = -1, times[10];
 398
 399               rdig->GetMaximum(a, t);
 400               rdig->GetL0Times(times);
 401
 402               trgESD->Add(px, py, a, t, times, rdig->GetNL0Times(), rdig->GetL1TimeSum(), rdig->GetTriggerBits());
 403             }
 404         }
 405
 406       trgESD->SetL1Threshold(0, fTriggerData->GetL1GammaThreshold());
 407
 408       trgESD->SetL1Threshold(1, fTriggerData->GetL1JetThreshold()  );
 409
 410       Int_t v0[2];
 411       fTriggerData->GetL1V0(v0);
 412
 413       trgESD->SetL1V0(v0);
 414       trgESD->SetL1FrameMask(fTriggerData->GetL1FrameMask());
 415
 416       if (!saveOnce && fTriggerData->GetL1DataDecoded())
 417         {
 418           int type[8] = {0};
 419           fTriggerData->GetL1TriggerType(type);
 420
 421           esd->SetCaloTriggerType(type);
 422
 423           saveOnce = 1;
 424         }
 425     }
 426
 427   // Resetting
 428   fTriggerData->Reset();
 429
 430   //########################################
 431   //##############Fill CaloCells###############
 432   //########################################
 433
 434   //Get input digits and put them in fgDigitsArr, clear the list before
 435   ReadDigitsArrayFromTree(digitsTree);
 436
 437   Int_t nDigits = fgDigitsArr->GetEntries(), idignew = 0 ;
 438   AliDebug(1,Form("%d digits",nDigits));
 439   AliESDCaloCells &emcCells = *(esd->GetEMCALCells());
 440   emcCells.CreateContainer(nDigits);
 441   emcCells.SetType(AliVCaloCells::kEMCALCell);
 442   Float_t energy = 0;
 443   Float_t time   = 0;
 444   for (Int_t idig = 0 ; idig < nDigits ; idig++) {
 445     const AliEMCALDigit * dig = (const AliEMCALDigit*)fgDigitsArr->At(idig);
 446     time   = dig->GetTime();      // Time already calibrated in clusterizer
 447     energy = dig->GetAmplitude(); // energy calibrated in clusterizer
 448     if(energy > 0 ){
 449       fgClusterizer->Calibrate(energy,time,dig->GetId()); //Digits already calibrated in clusterizers
 450       if(energy > 0){ //Digits tagged as bad (dead, hot, not alive) are set to 0 in calibrate, remove them
 451         emcCells.SetCell(idignew,dig->GetId(),energy, time);
 452         idignew++;
 453       }
 454     }
 455   }
 456   emcCells.SetNumberOfCells(idignew);
 457   emcCells.Sort();
 458
 459   //------------------------------------------------------------
 460   //-----------------CLUSTERS-----------------------------
 461   //------------------------------------------------------------
 462   clustersTree->SetBranchStatus("*",0); //disable all branches
 463   clustersTree->SetBranchStatus("EMCALECARP",1); //Enable only the branch we need
 464   if(fgClustersArr) fgClustersArr->Clear();
 465   TBranch *branch = clustersTree->GetBranch("EMCALECARP");
 466   branch->SetAddress(&fgClustersArr);
 467   branch->GetEntry(0);
 468   //clustersTree->GetEvent(0);
 469
 470   Int_t nClusters = fgClustersArr->GetEntries(),  nClustersNew=0;
 471   AliDebug(1,Form("%d clusters",nClusters));
 472
 473
 474   //########################################
 475   //##############Fill CaloClusters#############
 476   //########################################
 477   for (Int_t iClust = 0 ; iClust < nClusters ; iClust++) {
 478     const AliEMCALRecPoint * clust = (const AliEMCALRecPoint*)fgClustersArr->At(iClust);
 479     if(!clust) continue;
 480     //if(clust->GetClusterType()== AliVCluster::kEMCALClusterv1) nRP++; else nPC++;
 481     // clust->Print(); //For debugging
 482     // Get information from EMCAL reconstruction points
 483     Float_t xyz[3];
 484     TVector3 gpos;
 485     clust->GetGlobalPosition(gpos);
 486     for (Int_t ixyz=0; ixyz<3; ixyz++)
 487       xyz[ixyz] = gpos[ixyz];
 488     Float_t elipAxis[2];
 489     clust->GetElipsAxis(elipAxis);
 490     //Create digits lists
 491     Int_t cellMult = clust->GetMultiplicity();
 492     //TArrayS digiList(digitMult);
 493     Float_t *amplFloat = clust->GetEnergiesList();
 494     Int_t   *digitInts = clust->GetAbsId();
 495     TArrayS absIdList(cellMult);
 496     TArrayD fracList(cellMult);
 497
 498     Int_t newCellMult = 0;
 499     for (Int_t iCell=0; iCell<cellMult; iCell++) {
 500       if (amplFloat[iCell] > 0) {
 501         absIdList[newCellMult] = (UShort_t)(digitInts[iCell]);
 502         //Calculate Fraction
 503         if(emcCells.GetCellAmplitude(digitInts[iCell])>0 && GetRecParam()->GetUnfold()){
 504           fracList[newCellMult] = amplFloat[iCell]/(emcCells.GetCellAmplitude(digitInts[iCell]));//get cell calibration value
 505
 506         }
 507         else{
 508           fracList[newCellMult] = 0;
 509         }
 510         newCellMult++;
 511       }
 512     }
 513
 514     absIdList.Set(newCellMult);
 515     fracList.Set(newCellMult);
 516
 517     if(newCellMult > 0) { // accept cluster if it has some digit
 518       nClustersNew++;
 519       //Primaries
 520       Int_t  parentMult  = 0;
 521       Int_t *parentList =  clust->GetParents(parentMult);
 522       // fills the ESDCaloCluster
 523       AliESDCaloCluster * ec = new AliESDCaloCluster() ;
 524       ec->SetType(AliVCluster::kEMCALClusterv1);
 525       ec->SetPosition(xyz);
 526       ec->SetE(clust->GetEnergy());
 527
 528       //Distance to the nearest bad crystal
 529       ec->SetDistanceToBadChannel(clust->GetDistanceToBadTower());
 530
 531       ec->SetNCells(newCellMult);
 532       //Change type of list from short to ushort
 533       UShort_t *newAbsIdList  = new UShort_t[newCellMult];
 534       Double_t *newFracList   = new Double_t[newCellMult];
 535       for(Int_t i = 0; i < newCellMult ; i++) {
 536         newAbsIdList[i]=absIdList[i];
 537         newFracList[i] =fracList[i];
 538       }
 539       ec->SetCellsAbsId(newAbsIdList);
 540       ec->SetCellsAmplitudeFraction(newFracList);
 541       ec->SetDispersion(clust->GetDispersion());
 542       ec->SetChi2(-1); //not yet implemented
 543       ec->SetM02(elipAxis[0]*elipAxis[0]) ;
 544       ec->SetM20(elipAxis[1]*elipAxis[1]) ;
 545       ec->SetTOF(clust->GetTime()) ; //time-of-fligh
 546       ec->SetNExMax(clust->GetNExMax());          //number of local maxima
 547
 548
 549       TArrayI arrayParents(parentMult,parentList);
 550       ec->AddLabels(arrayParents);
 551       //
 552       //Track matching
 553       //
 554       fMatches->Clear();
 555       Int_t nTracks = esd->GetNumberOfTracks();
 556       for (Int_t itrack = 0; itrack < nTracks; itrack++)
 557         {
 558           AliESDtrack * track = esd->GetTrack(itrack) ; // retrieve track
 559           if(track->GetEMCALcluster()==iClust)
 560             {
 561               Double_t dEta=-999, dPhi=-999;
 562               Bool_t isMatch =  CalculateResidual(track, ec, dEta, dPhi);
 563               if(!isMatch)
 564                 {
 565                   // AliDebug(10, "Not good");
 566                   continue;
 567                 }
 568               AliEMCALMatch *match = new AliEMCALMatch();
 569               match->SetIndexT(itrack);
 570               match->SetDistance(TMath::Sqrt(dEta*dEta+dPhi*dPhi));
 571               match->SetdEta(dEta);
 572               match->SetdPhi(dPhi);
 573               fMatches->Add(match);
 574             }
 575         }
 576       fMatches->Sort(kSortAscending); //Sort matched tracks from closest to furthest
 577       Int_t nMatch = fMatches->GetEntries();
 578       TArrayI arrayTrackMatched(nMatch);
 579       for(Int_t imatch=0; imatch<nMatch; imatch++)
 580         {
 581           AliEMCALMatch *match = (AliEMCALMatch*)fMatches->At(imatch);
 582           arrayTrackMatched[imatch] = match->GetIndexT();
 583           if(imatch==0)
 584             {
 585               ec->SetTrackDistance(match->GetdPhi(), match->GetdEta());
 586             }
 587         }
 588       ec->AddTracksMatched(arrayTrackMatched);
 589
 590       //add the cluster to the esd object
 591       esd->AddCaloCluster(ec);
 592
 593       delete ec;
 594       delete [] newAbsIdList ;
 595       delete [] newFracList ;
 596     }
 597   } // cycle on clusters
 598
 599   //
 600   //Reset the index of matched cluster for tracks
 601   //to the one in CaloCluster array
 602   Int_t ncls = esd->GetNumberOfCaloClusters();
 603   for(Int_t icl=0; icl<ncls; icl++)
 604     {
 605       AliESDCaloCluster *cluster = esd->GetCaloCluster(icl);
 606       if(!cluster || !cluster->IsEMCAL()) continue;
 607       TArrayI *trackIndex = cluster->GetTracksMatched();
 608       for(Int_t itr=0; itr<trackIndex->GetSize(); itr++)
 609         {
 610           AliESDtrack *track = esd->GetTrack(trackIndex->At(itr));
 611           track->SetEMCALcluster(cluster->GetID());
 612         }
 613     }
 614
 615
 616   //Fill ESDCaloCluster with PID weights
 617   AliEMCALPID *pid = new AliEMCALPID;
 618   //pid->SetPrintInfo(kTRUE);
 619   pid->SetReconstructor(kTRUE);
 620   pid->RunPID(esd);
 621   delete pid;
 622
 623   //Store EMCAL misalignment matrixes
 624   FillMisalMatrixes(esd) ;
 625
 626 }
 627
 628 //==================================================================================
 629 void AliEMCALReconstructor::FillMisalMatrixes(AliESDEvent* esd)const{
 630   //Store EMCAL matrixes in ESD Header
 631
 632   //Check, if matrixes was already stored
 633   for(Int_t sm = 0 ; sm < fGeom->GetNumberOfSuperModules(); sm++){
 634     if(esd->GetEMCALMatrix(sm)!=0)
 635       return ;
 636   }
 637
 638   //Create and store matrixes
 639   if(!gGeoManager){
 640     AliError("Can not store misal. matrixes: no gGeoManager! \n") ;
 641     return ;
 642   }
 643   //Note, that owner of copied marixes will be header
 644   const Int_t bufsize = 255;
 645   char path[bufsize] ;
 646   TGeoHMatrix * m = 0x0;
 647   for(Int_t sm = 0; sm < fGeom->GetNumberOfSuperModules(); sm++){
 648     snprintf(path,bufsize,"/ALIC_1/XEN1_1/SMOD_%d",sm+1) ; //In Geometry modules numbered 1,2,.,5
 649     if(sm >= 10) snprintf(path,bufsize,"/ALIC_1/XEN1_1/SM10_%d",sm-10+1) ;
 650
 651     if (gGeoManager->CheckPath(path)){
 652       gGeoManager->cd(path);
 653       m = gGeoManager->GetCurrentMatrix() ;
 654       //                        printf("================================================= \n");
 655       //                        printf("AliEMCALReconstructor::FixMisalMatrixes(), sm %d, \n",sm);
 656       //                        m->Print("");
 657       esd->SetEMCALMatrix(new TGeoHMatrix(*m),sm) ;
 658       //                        printf("================================================= \n");
 659     }
 660     else{
 661       esd->SetEMCALMatrix(NULL,sm) ;
 662     }
 663   }
 664 }
 665
 666 //__________________________________________________________________________
 667 void AliEMCALReconstructor::ReadDigitsArrayFromTree(TTree *digitsTree) const
 668 {
 669   // Read the digits from the input tree
 670   // See AliEMCALClusterizer::SetInput(TTree *digitsTree);
 671
 672   // Clear previous digits in the list
 673   if(fgDigitsArr){
 674     fgDigitsArr->Clear("C");
 675   }
 676   else{
 677     // It should not happen, but just in case ...
 678     fgDigitsArr = new TClonesArray("AliEMCALDigit",100);
 679   }
 680
 681   // Read the digits from the input tree
 682   TBranch *branch = digitsTree->GetBranch("EMCAL");
 683   if (!branch) {
 684     AliError("can't get the branch with the EMCAL digits !");
 685     return;
 686   }
 687
 688   branch->SetAddress(&fgDigitsArr);
 689   branch->GetEntry(0);
 690 }
 691
 692 //==================================================================================
 693 Bool_t AliEMCALReconstructor::CalculateResidual(AliESDtrack *track, AliESDCaloCluster *cluster, Double_t &dEta, Double_t &dPhi)const
 694 {
 695   //
 696   // calculate the residual between track and cluster
 697   //
 698
 699   // If the esdFriend is available, use the TPCOuter point as the starting point of extrapolation
 700   // Otherwise use the TPCInner point
 701   AliExternalTrackParam *trkParam = 0;
 702   const AliESDfriendTrack*  friendTrack = track->GetFriendTrack();
 703   if(friendTrack && friendTrack->GetTPCOut())
 704     trkParam = const_cast<AliExternalTrackParam*>(friendTrack->GetTPCOut());
 705   else
 706     trkParam = const_cast<AliExternalTrackParam*>(track->GetInnerParam());
 707   if(!trkParam) return kFALSE;
 708
 709   //Perform extrapolation
 710   Double_t trkPos[3];
 711   Float_t  clsPos[3];
 712
 713   AliExternalTrackParam trkParamTmp (*trkParam);
 714   cluster->GetPosition(clsPos);
 715   TVector3 vec(clsPos[0],clsPos[1],clsPos[2]);
 716   Double_t alpha =  ((int)(vec.Phi()*TMath::RadToDeg()/20)+0.5)*20*TMath::DegToRad();
 717   //Rotate to proper local coordinate
 718   vec.RotateZ(-alpha);
 719   trkParamTmp.Rotate(alpha);
 720   //extrapolation is done here
 721   if(!AliTrackerBase::PropagateTrackToBxByBz(&trkParamTmp, vec.X(), track->GetMass(), GetRecParam()->GetExtrapolateStep(), kFALSE, 0.8, -1))
 722     return kFALSE;
 723
 724   //Calculate the residuals
 725   trkParamTmp.GetXYZ(trkPos);
 726
 727   TVector3 clsPosVec(clsPos[0],clsPos[1],clsPos[2]);
 728   TVector3 trkPosVec(trkPos[0],trkPos[1],trkPos[2]);
 729
 730   Double_t clsPhi = clsPosVec.Phi();
 731   if(clsPhi<0) clsPhi+=2*TMath::Pi();
 732   Double_t trkPhi = trkPosVec.Phi();
 733   if(trkPhi<0) trkPhi+=2*TMath::Pi();
 734
 735   dPhi = clsPhi-trkPhi;
 736   dEta = clsPosVec.Eta()-trkPosVec.Eta();
 737
 738   return kTRUE;
 739 }
 740
 741 //
 742 //==================================================================================
 743 //
 744 AliEMCALReconstructor::AliEMCALMatch::AliEMCALMatch()
 745   : TObject(),
 746     fIndexT(-1),
 747     fDistance(-999.),
 748     fdEta(-999.),
 749     fdPhi(-999.)
 750 {
 751   //default constructor
 752
 753 }
 754
 755 //
 756 //==================================================================================
 757 //
 758 AliEMCALReconstructor::AliEMCALMatch::AliEMCALMatch(const AliEMCALMatch& copy)
 759   : TObject(),
 760     fIndexT(copy.fIndexT),
 761     fDistance(copy.fDistance),
 762     fdEta(copy.fdEta),
 763     fdPhi(copy.fdPhi)
 764 {
 765   //copy ctor
 766 }
 767
 768 //
 769 //==================================================================================
 770 //
 771 Int_t AliEMCALReconstructor::AliEMCALMatch::Compare(const TObject *obj) const
 772 {
 773   //
 774   // Compare wrt the residual
 775   //
 776
 777   AliEMCALReconstructor::AliEMCALMatch *that = (AliEMCALReconstructor::AliEMCALMatch*)obj;
 778
 779   Double_t thisDist = fDistance;//fDistance;
 780   Double_t thatDist = that->fDistance;//that->GetDistance();
 781
 782   if (thisDist > thatDist) return 1;
 783   else if (thisDist < thatDist) return -1;
 784   return 0;
 785 }