EMCAL/AliEMCALReconstructor.cxx

   1 /**************************************************************************
   2  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
   3  *                                                                        *
   4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
   5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
   6  *                                                                        *
   7  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
   8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
   9  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
  10  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
  11  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
  12  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
  13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
  14  **************************************************************************/
  15
  16 /* $Id$ */
  17
  18 //_________________________________________________________________________
  19 //--
  20 //-- Yves Schutz (SUBATECH)
  21 // Reconstruction class. Redesigned from the old AliReconstructionner class and
  22 // derived from STEER/AliReconstructor.
  23 //
  24
  25
  26 // --- ROOT system ---
  27 #include <TClonesArray.h>
  28 #include "TGeoManager.h"
  29 #include "TGeoMatrix.h"
  30
  31 // --- Standard library ---
  32
  33 // --- AliRoot header files ---
  34 #include "AliEMCALReconstructor.h"
  35
  36 #include "AliCodeTimer.h"
  37 #include "AliCaloCalibPedestal.h"
  38 #include "AliEMCALCalibData.h"
  39 #include "AliESDEvent.h"
  40 #include "AliESDCaloCluster.h"
  41 #include "AliESDCaloCells.h"
  42 #include "AliESDtrack.h"
  43 #include "AliEMCALLoader.h"
  44 #include "AliEMCALRawUtils.h"
  45 #include "AliEMCALDigit.h"
  46 #include "AliEMCALClusterizerv1.h"
  47 #include "AliEMCALClusterizerv2.h"
  48 #include "AliEMCALClusterizerNxN.h"
  49 #include "AliEMCALRecPoint.h"
  50 #include "AliEMCALPID.h"
  51 #include "AliEMCALRecoUtils.h"
  52 #include "AliRawReader.h"
  53 #include "AliCDBEntry.h"
  54 #include "AliCDBManager.h"
  55 #include "AliEMCALGeometry.h"
  56 #include "AliEMCAL.h"
  57 #include "AliESDVZERO.h"
  58 #include "AliCDBManager.h"
  59 #include "AliRunLoader.h"
  60 #include "AliRun.h"
  61 #include "AliEMCALTriggerData.h"
  62 #include "AliEMCALTriggerElectronics.h"
  63 #include "AliEMCALTriggerDCSConfigDB.h"
  64 #include "AliEMCALTriggerDCSConfig.h"
  65 #include "AliEMCALTriggerData.h"
  66 #include "AliEMCALTriggerRawDigit.h"
  67 #include "AliEMCALTriggerPatch.h"
  68 #include "AliEMCALTriggerTypes.h"
  69
  70 ClassImp(AliEMCALReconstructor)
  71
  72 const AliEMCALRecParam*     AliEMCALReconstructor::fgkRecParam        = 0;   // EMCAL rec. parameters
  73 AliEMCALRawUtils*           AliEMCALReconstructor::fgRawUtils         = 0;   // EMCAL raw utilities class
  74 AliEMCALClusterizer*        AliEMCALReconstructor::fgClusterizer      = 0;   // EMCAL clusterizer class
  75 TClonesArray*               AliEMCALReconstructor::fgDigitsArr        = 0;   // list of digits, to be used multiple times
  76 TObjArray*                  AliEMCALReconstructor::fgClustersArr      = 0;   // list of clusters, to be used multiple times
  77 TClonesArray*               AliEMCALReconstructor::fgTriggerDigits    = 0;   // list of trigger digits, to be used multiple times
  78 AliEMCALTriggerElectronics* AliEMCALReconstructor::fgTriggerProcessor = 0x0;
  79 //____________________________________________________________________________
  80 AliEMCALReconstructor::AliEMCALReconstructor()
  81   : fGeom(0),fCalibData(0),fPedestalData(0),fTriggerData(0x0), fMatches(0x0)
  82 {
  83   // ctor
  84
  85   // AliDebug(2, "Mark.");
  86
  87   fgRawUtils = new AliEMCALRawUtils;
  88
  89   //To make sure we match with the geometry in a simulation file,
  90   //let's try to get it first.  If not, take the default geometry
  91   AliRunLoader *rl = AliRunLoader::Instance();
  92   if (rl->GetAliRun()){
  93     AliEMCAL * emcal = dynamic_cast<AliEMCAL*>(rl->GetAliRun()->GetDetector("EMCAL"));
  94     if(emcal) fGeom = emcal->GetGeometry();
  95   }
  96
  97   if(!fGeom) {
  98     AliInfo(Form("Using default geometry in reconstruction"));
  99     fGeom =  AliEMCALGeometry::GetInstance(AliEMCALGeometry::GetDefaultGeometryName());
 100   }
 101
 102   //Get calibration parameters
 103   if(!fCalibData)
 104     {
 105       AliCDBEntry *entry = (AliCDBEntry*)
 106         AliCDBManager::Instance()->Get("EMCAL/Calib/Data");
 107       if (entry) fCalibData =  (AliEMCALCalibData*) entry->GetObject();
 108     }
 109
 110   if(!fCalibData)
 111     AliFatal("Calibration parameters not found in CDB!");
 112
 113   //Get calibration parameters
 114   if(!fPedestalData)
 115     {
 116       AliCDBEntry *entry = (AliCDBEntry*)
 117         AliCDBManager::Instance()->Get("EMCAL/Calib/Pedestals");
 118       if (entry) fPedestalData =  (AliCaloCalibPedestal*) entry->GetObject();
 119     }
 120
 121   if(!fPedestalData)
 122     AliFatal("Dead map not found in CDB!");
 123
 124   if(!fGeom) AliFatal(Form("Could not get geometry!"));
 125
 126   AliEMCALTriggerDCSConfigDB* dcsConfigDB = AliEMCALTriggerDCSConfigDB::Instance();
 127
 128   const AliEMCALTriggerDCSConfig* dcsConfig = dcsConfigDB->GetTriggerDCSConfig();
 129
 130   if (!dcsConfig) AliFatal("No Trigger DCS Configuration from OCDB!");
 131   fgTriggerProcessor = new AliEMCALTriggerElectronics( dcsConfig );
 132
 133   fTriggerData = new AliEMCALTriggerData();
 134
 135   //Init temporary list of digits
 136   fgDigitsArr     = new TClonesArray("AliEMCALDigit",1000);
 137   fgClustersArr   = new TObjArray(1000);
 138   fgTriggerDigits = new TClonesArray("AliEMCALTriggerRawDigit", 32 * 96);
 139
 140   //Track matching
 141   fMatches = new TList();
 142   fMatches->SetOwner(kTRUE);
 143 }
 144
 145 //____________________________________________________________________________
 146 AliEMCALReconstructor::~AliEMCALReconstructor()
 147 {
 148   // dtor
 149
 150   //AliDebug(2, "Mark.");
 151
 152   if(fGeom)              delete fGeom;
 153
 154   //No need to delete, recovered from OCDB
 155   //if(fCalibData)         delete fCalibData;
 156   //if(fPedestalData)      delete fPedestalData;
 157
 158   if(fgDigitsArr){
 159     fgDigitsArr->Clear("C");
 160     delete fgDigitsArr;
 161   }
 162
 163   if(fgClustersArr){
 164     fgClustersArr->Clear();
 165     delete fgClustersArr;
 166   }
 167
 168   if(fgTriggerDigits){
 169     fgTriggerDigits->Clear();
 170     delete fgTriggerDigits;
 171   }
 172
 173   if(fgRawUtils)         delete fgRawUtils;
 174   if(fgClusterizer)      delete fgClusterizer;
 175   if(fgTriggerProcessor) delete fgTriggerProcessor;
 176
 177   if(fMatches) { fMatches->Delete(); delete fMatches; fMatches = 0;}
 178
 179   AliCodeTimer::Instance()->Print();
 180 }
 181
 182 //____________________________________________________________________________
 183 void AliEMCALReconstructor::InitClusterizer() const
 184 {
 185   //Init the clusterizer with geometry and calibration pointers, avoid doing it twice.
 186   Int_t clusterizerType = -1;
 187   Int_t eventType = -1;
 188   if(GetRecParam()) {
 189     clusterizerType = GetRecParam()->GetClusterizerFlag();
 190     eventType       = GetRecParam()->GetEventSpecie();
 191   }
 192   else{
 193     AliCDBEntry *entry = (AliCDBEntry*)
 194       AliCDBManager::Instance()->Get("EMCAL/Calib/RecoParam");
 195     //Get The reco param for the default event specie
 196     if (entry) {
 197       AliEMCALRecParam *recParam  = (AliEMCALRecParam*)((TObjArray *) entry->GetObject())->At(0);
 198       if(recParam) clusterizerType = recParam->GetClusterizerFlag();
 199     }
 200   }
 201
 202   //Check if clusterizer previously set corresponds to what is needed for this event type
 203   if(fgClusterizer){
 204     if(eventType!=AliRecoParam::kCalib){
 205       //printf("ReCreate clusterizer? Clusterizer set <%d>, Clusterizer in use <%s>\n",
 206       //     clusterizerType, fgClusterizer->Version());
 207
 208       if     (clusterizerType == AliEMCALRecParam::kClusterizerv1  && !strcmp(fgClusterizer->Version(),"clu-v1"))  return;
 209
 210       else if(clusterizerType == AliEMCALRecParam::kClusterizerNxN && !strcmp(fgClusterizer->Version(),"clu-NxN")) return;
 211
 212       else if(clusterizerType == AliEMCALRecParam::kClusterizerv2  && !strcmp(fgClusterizer->Version(),"clu-v2"))  return;
 213
 214       //Need to create new clusterizer, the one set previously is not the correct one
 215       delete fgClusterizer;
 216     }
 217     else return;
 218   }
 219
 220   if      (clusterizerType  == AliEMCALRecParam::kClusterizerv1)
 221     {
 222       fgClusterizer = new AliEMCALClusterizerv1 (fGeom, fCalibData,fPedestalData);
 223     }
 224   else if (clusterizerType  == AliEMCALRecParam::kClusterizerNxN)
 225     {
 226       fgClusterizer = new AliEMCALClusterizerNxN(fGeom, fCalibData,fPedestalData);
 227     }
 228   else if (clusterizerType  == AliEMCALRecParam::kClusterizerv2)
 229   {
 230     fgClusterizer = new AliEMCALClusterizerv2   (fGeom, fCalibData,fPedestalData);
 231   }
 232   else
 233   {
 234     AliFatal(Form("Unknown clusterizer %d ", clusterizerType));
 235   }
 236 }
 237
 238 //____________________________________________________________________________
 239 void AliEMCALReconstructor::Reconstruct(TTree* digitsTree, TTree* clustersTree) const
 240 {
 241   // method called by AliReconstruction;
 242   // Only the clusterization is performed,; the rest of the reconstruction is done in FillESD because the track
 243   // segment maker needs access to the AliESD object to retrieve the tracks reconstructed by
 244   // the global tracking.
 245   // Works on the current event.
 246
 247   AliCodeTimerAuto("",0)
 248
 249   //Get input digits and put them in fgDigitsArr, clear the list before
 250   ReadDigitsArrayFromTree(digitsTree);
 251
 252   InitClusterizer();
 253
 254   fgClusterizer->InitParameters();
 255   fgClusterizer->SetOutput(clustersTree);
 256
 257   //Skip clusterization of LED events
 258   if (GetRecParam()->GetEventSpecie()!=AliRecoParam::kCalib){
 259
 260     if(fgDigitsArr && fgDigitsArr->GetEntries()) {
 261
 262       fgClusterizer->SetInput(digitsTree);
 263
 264       //fgClusterizer->Digits2Clusters("deb all") ; //For debugging
 265       fgClusterizer->Digits2Clusters("");
 266
 267       fgClusterizer->Clear();
 268
 269     }//digits array exists and has somethind
 270   }//not a LED event
 271
 272   clustersTree->Fill();
 273
 274   // Deleting the recpoints at the end of the reconstruction call
 275   fgClusterizer->DeleteRecPoints();
 276 }
 277
 278 //____________________________________________________________________________
 279 void AliEMCALReconstructor::ConvertDigits(AliRawReader* rawReader, TTree* digitsTree) const
 280
 281 {
 282   // Conversion from raw data to
 283   // EMCAL digits.
 284   // Works on a single-event basis
 285
 286   rawReader->Reset() ;
 287
 288   fTriggerData->SetMode(1);
 289
 290   if(fgDigitsArr) fgDigitsArr->Clear("C");
 291
 292   TClonesArray *digitsTrg = new TClonesArray("AliEMCALTriggerRawDigit", 32 * 96);
 293
 294   Int_t bufsize = 32000;
 295   digitsTree->Branch("EMCAL", &fgDigitsArr, bufsize);
 296   digitsTree->Branch("EMTRG", &digitsTrg, bufsize);
 297
 298   //Skip calibration events do the rest
 299   Bool_t doFit = kTRUE;
 300   if ( !(GetRecParam()->FitLEDEvents()) && GetRecParam()->GetEventSpecie()==AliRecoParam::kCalib) doFit = kFALSE;
 301   if (doFit){
 302     //must be done here because, in constructor, option is not yet known
 303     fgRawUtils->SetOption(GetOption());
 304
 305     //  fgRawUtils->SetRawFormatHighLowGainFactor(GetRecParam()->GetHighLowGainFactor());
 306
 307     //   fgRawUtils->SetRawFormatOrder(GetRecParam()->GetOrderParameter());
 308     //    fgRawUtils->SetRawFormatTau(GetRecParam()->GetTau());
 309     fgRawUtils->SetNoiseThreshold(GetRecParam()->GetNoiseThreshold());
 310     fgRawUtils->SetNPedSamples(GetRecParam()->GetNPedSamples());
 311     fgRawUtils->SetRemoveBadChannels(GetRecParam()->GetRemoveBadChannels());
 312     if (!fgRawUtils->GetFittingAlgorithm()) fgRawUtils->SetFittingAlgorithm(GetRecParam()->GetFittingAlgorithm());
 313     fgRawUtils->SetFALTROUsage(GetRecParam()->UseFALTRO());
 314
 315     //fgRawUtils->SetTimeMin(GetRecParam()->GetTimeMin());
 316     //fgRawUtils->SetTimeMax(GetRecParam()->GetTimeMax());
 317
 318     //  fgRawUtils->SetTimeMin(-99999 );
 319     //  fgRawUtils->SetTimeMax( 99999 );
 320
 321     fgRawUtils->Raw2Digits(rawReader,fgDigitsArr,fPedestalData,digitsTrg,fTriggerData);
 322
 323   }//skip calibration event
 324   else{
 325     AliDebug(1," Calibration Event, skip!");
 326   }
 327
 328   digitsTree->Fill();
 329   digitsTrg->Delete();
 330   delete digitsTrg;
 331
 332 }
 333
 334
 335 //____________________________________________________________________________
 336 void AliEMCALReconstructor::FillESD(TTree* digitsTree, TTree* clustersTree,
 337                                     AliESDEvent* esd) const
 338 {
 339   // Called by AliReconstruct after Reconstruct() and global tracking and vertexing
 340   // and V0
 341   // Works on the current event
 342   // printf(" ## AliEMCALReconstructor::FillESD() is started ### \n ");
 343   //return;
 344
 345   //########################################
 346   // Trigger
 347   //########################################
 348
 349   static int saveOnce = 0;
 350
 351   Int_t v0M[2] = {0, 0};
 352
 353   AliESDVZERO* esdV0 = esd->GetVZEROData();
 354
 355   if (esdV0)
 356     {
 357                 v0M[0] = esdV0->GetTriggerChargeC();
 358                 v0M[1] = esdV0->GetTriggerChargeA();
 359     }
 360   else
 361     {
 362       AliWarning("No V0 ESD! Run trigger processor w/ null V0 charges");
 363     }
 364
 365   if (fgTriggerDigits && fgTriggerDigits->GetEntriesFast()) fgTriggerDigits->Delete();
 366
 367   TBranch *branchtrg = digitsTree->GetBranch("EMTRG");
 368
 369   if (!branchtrg)
 370     {
 371       AliError("Can't get the branch with the EMCAL trigger digits!");
 372       return;
 373     }
 374
 375   branchtrg->SetAddress(&fgTriggerDigits);
 376   branchtrg->GetEntry(0);
 377
 378   // Note: fgTriggerProcessor reset done at the end of this method
 379   fgTriggerProcessor->Digits2Trigger(fgTriggerDigits, v0M, fTriggerData);
 380
 381   // Fill ESD
 382   AliESDCaloTrigger* trgESD = esd->GetCaloTrigger("EMCAL");
 383
 384   if (trgESD)
 385     {
 386       trgESD->Allocate(fgTriggerDigits->GetEntriesFast());
 387
 388       for (Int_t i = 0; i < fgTriggerDigits->GetEntriesFast(); i++)
 389         {
 390           AliEMCALTriggerRawDigit* rdig = (AliEMCALTriggerRawDigit*)fgTriggerDigits->At(i);
 391           if (AliDebugLevel() > 999) rdig->Print("");
 392
 393           Int_t px, py;
 394           if (fGeom->GetPositionInEMCALFromAbsFastORIndex(rdig->GetId(), px, py))
 395             {
 396               Int_t a = -1, t = -1, times[10];
 397
 398               rdig->GetMaximum(a, t);
 399               rdig->GetL0Times(times);
 400
 401               trgESD->Add(px, py, a, t, times, rdig->GetNL0Times(), rdig->GetL1TimeSum(), rdig->GetTriggerBits());
 402             }
 403         }
 404
 405                 for (int i = 0; i < 2; i++) {
 406                         trgESD->SetL1Threshold(2 * i    , fTriggerData->GetL1JetThreshold(  i));
 407                         trgESD->SetL1Threshold(2 * i + 1, fTriggerData->GetL1GammaThreshold(i));
 408                 }
 409
 410       Int_t v0[2];
 411       fTriggerData->GetL1V0(v0);
 412
 413       trgESD->SetL1V0(v0);
 414       trgESD->SetL1FrameMask(fTriggerData->GetL1FrameMask());
 415
 416       if (!saveOnce && fTriggerData->GetL1DataDecoded())
 417         {
 418           int type[15] = {0};
 419           fTriggerData->GetL1TriggerType(type);
 420
 421           esd->SetCaloTriggerType(type);
 422
 423           saveOnce = 1;
 424         }
 425     }
 426
 427   // Resetting
 428   fTriggerData->Reset();
 429
 430   //########################################
 431   //##############Fill CaloCells###############
 432   //########################################
 433
 434   //Get input digits and put them in fgDigitsArr, clear the list before
 435   ReadDigitsArrayFromTree(digitsTree);
 436
 437   Int_t nDigits = fgDigitsArr->GetEntries(), idignew = 0 ;
 438   AliDebug(1,Form("%d digits",nDigits));
 439
 440   AliESDCaloCells &emcCells = *(esd->GetEMCALCells());
 441   emcCells.CreateContainer(nDigits);
 442   emcCells.SetType(AliVCaloCells::kEMCALCell);
 443
 444   Float_t energy = 0;
 445   Float_t time   = 0;
 446   for (Int_t idig = 0 ; idig < nDigits ; idig++)
 447   {
 448     const AliEMCALDigit * dig = (const AliEMCALDigit*)fgDigitsArr->At(idig);
 449     time   = dig->GetTime();      // Time already calibrated in clusterizer
 450     energy = dig->GetAmplitude(); // energy calibrated in clusterizer
 451
 452     if(energy > 0 )
 453     {
 454       fgClusterizer->Calibrate(energy,time,dig->GetId()); //Digits already calibrated in clusterizers
 455
 456       if(energy > 0) //Digits tagged as bad (dead, hot, not alive) are set to 0 in calibrate, remove them
 457       {
 458         // Only for MC
 459         // Get the label of the primary particle that generated the cell
 460         // Assign the particle that deposited more energy
 461         Int_t   nprimaries = dig->GetNprimary() ;
 462         Int_t   digLabel   =-1 ;
 463         Float_t edep       =-1.;
 464         if ( nprimaries > 0 )
 465         {
 466           Int_t jndex ;
 467           for ( jndex = 0 ; jndex < nprimaries ; jndex++ ) { // all primaries in digit
 468
 469             if(edep < dig->GetDEParent(jndex+1))
 470             {
 471               digLabel = dig->GetIparent (jndex+1);
 472               edep     = dig->GetDEParent(jndex+1);
 473             }
 474
 475           } // all primaries in digit
 476         } // select primary label
 477
 478         emcCells.SetCell(idignew,dig->GetId(),energy, time,digLabel);
 479         idignew++;
 480       }
 481     }
 482   }
 483
 484   emcCells.SetNumberOfCells(idignew);
 485   emcCells.Sort();
 486
 487   //------------------------------------------------------------
 488   //-----------------CLUSTERS-----------------------------
 489   //------------------------------------------------------------
 490   clustersTree->SetBranchStatus("*",0); //disable all branches
 491   clustersTree->SetBranchStatus("EMCALECARP",1); //Enable only the branch we need
 492   if(fgClustersArr) fgClustersArr->Clear();
 493   TBranch *branch = clustersTree->GetBranch("EMCALECARP");
 494   branch->SetAddress(&fgClustersArr);
 495   branch->GetEntry(0);
 496   //clustersTree->GetEvent(0);
 497
 498   Int_t nClusters = fgClustersArr->GetEntries(),  nClustersNew=0;
 499   AliDebug(1,Form("%d clusters",nClusters));
 500
 501
 502   //########################################
 503   //##############Fill CaloClusters#############
 504   //########################################
 505   for (Int_t iClust = 0 ; iClust < nClusters ; iClust++) {
 506     const AliEMCALRecPoint * clust = (const AliEMCALRecPoint*)fgClustersArr->At(iClust);
 507     if(!clust) continue;
 508     //if(clust->GetClusterType()== AliVCluster::kEMCALClusterv1) nRP++; else nPC++;
 509     // clust->Print(); //For debugging
 510     // Get information from EMCAL reconstruction points
 511     Float_t xyz[3];
 512     TVector3 gpos;
 513     clust->GetGlobalPosition(gpos);
 514     for (Int_t ixyz=0; ixyz<3; ixyz++)
 515       xyz[ixyz] = gpos[ixyz];
 516     Float_t elipAxis[2];
 517     clust->GetElipsAxis(elipAxis);
 518     //Create digits lists
 519     Int_t cellMult = clust->GetMultiplicity();
 520     //TArrayS digiList(digitMult);
 521     Float_t *amplFloat = clust->GetEnergiesList();
 522     Int_t   *digitInts = clust->GetAbsId();
 523     TArrayS absIdList(cellMult);
 524     TArrayD fracList(cellMult);
 525
 526     Int_t newCellMult = 0;
 527     for (Int_t iCell=0; iCell<cellMult; iCell++) {
 528       if (amplFloat[iCell] > 0) {
 529         absIdList[newCellMult] = (UShort_t)(digitInts[iCell]);
 530         //Calculate Fraction
 531         if(emcCells.GetCellAmplitude(digitInts[iCell])>0 && GetRecParam()->GetUnfold()){
 532           fracList[newCellMult] = amplFloat[iCell]/(emcCells.GetCellAmplitude(digitInts[iCell]));//get cell calibration value
 533
 534         }
 535         else{
 536           fracList[newCellMult] = 0;
 537         }
 538         newCellMult++;
 539       }
 540     }
 541
 542     absIdList.Set(newCellMult);
 543     fracList.Set(newCellMult);
 544
 545     if(newCellMult > 0) { // accept cluster if it has some digit
 546       nClustersNew++;
 547       //Primaries
 548       Int_t  parentMult  = 0;
 549       Int_t *parentList =  clust->GetParents(parentMult);
 550       // fills the ESDCaloCluster
 551       AliESDCaloCluster * ec = new AliESDCaloCluster() ;
 552       ec->SetType(AliVCluster::kEMCALClusterv1);
 553       ec->SetPosition(xyz);
 554       ec->SetE(clust->GetEnergy());
 555
 556       //Distance to the nearest bad crystal
 557       ec->SetDistanceToBadChannel(clust->GetDistanceToBadTower());
 558
 559       ec->SetNCells(newCellMult);
 560       //Change type of list from short to ushort
 561       UShort_t *newAbsIdList  = new UShort_t[newCellMult];
 562       Double_t *newFracList   = new Double_t[newCellMult];
 563       for(Int_t i = 0; i < newCellMult ; i++) {
 564         newAbsIdList[i]=absIdList[i];
 565         newFracList[i] =fracList[i];
 566       }
 567       ec->SetCellsAbsId(newAbsIdList);
 568       ec->SetCellsAmplitudeFraction(newFracList);
 569       ec->SetDispersion(clust->GetDispersion());
 570       ec->SetChi2(-1); //not yet implemented
 571       ec->SetM02(elipAxis[0]*elipAxis[0]) ;
 572       ec->SetM20(elipAxis[1]*elipAxis[1]) ;
 573       ec->SetTOF(clust->GetTime()) ; //time-of-fligh
 574       ec->SetNExMax(clust->GetNExMax());          //number of local maxima
 575
 576
 577       TArrayI arrayParents(parentMult,parentList);
 578       ec->AddLabels(arrayParents);
 579       //
 580       //Track matching
 581       //
 582       fMatches->Clear();
 583       Int_t nTracks = esd->GetNumberOfTracks();
 584       for (Int_t itrack = 0; itrack < nTracks; itrack++)
 585         {
 586           AliESDtrack * track = esd->GetTrack(itrack) ; // retrieve track
 587           if(track->GetEMCALcluster()==iClust)
 588             {
 589               Float_t dEta=-999, dPhi=-999;
 590               Bool_t isMatch =  CalculateResidual(track, ec, dEta, dPhi);
 591               if(!isMatch)
 592                 {
 593                   // AliDebug(10, "Not good");
 594                   continue;
 595                 }
 596               AliEMCALMatch *match = new AliEMCALMatch();
 597               match->SetIndexT(itrack);
 598               match->SetDistance(TMath::Sqrt(dEta*dEta+dPhi*dPhi));
 599               match->SetdEta(dEta);
 600               match->SetdPhi(dPhi);
 601               fMatches->Add(match);
 602             }
 603         }
 604       fMatches->Sort(kSortAscending); //Sort matched tracks from closest to furthest
 605       Int_t nMatch = fMatches->GetEntries();
 606       TArrayI arrayTrackMatched(nMatch);
 607       for(Int_t imatch=0; imatch<nMatch; imatch++)
 608         {
 609           AliEMCALMatch *match = (AliEMCALMatch*)fMatches->At(imatch);
 610           arrayTrackMatched[imatch] = match->GetIndexT();
 611           if(imatch==0)
 612             {
 613               ec->SetTrackDistance(match->GetdPhi(), match->GetdEta());
 614             }
 615         }
 616       ec->AddTracksMatched(arrayTrackMatched);
 617
 618       //add the cluster to the esd object
 619       esd->AddCaloCluster(ec);
 620
 621       delete ec;
 622       delete [] newAbsIdList ;
 623       delete [] newFracList ;
 624     }
 625   } // cycle on clusters
 626
 627   //
 628   //Reset the index of matched cluster for tracks
 629   //to the one in CaloCluster array
 630   Int_t ncls = esd->GetNumberOfCaloClusters();
 631   for(Int_t icl=0; icl<ncls; icl++)
 632     {
 633       AliESDCaloCluster *cluster = esd->GetCaloCluster(icl);
 634       if(!cluster || !cluster->IsEMCAL()) continue;
 635       TArrayI *trackIndex = cluster->GetTracksMatched();
 636       for(Int_t itr=0; itr<trackIndex->GetSize(); itr++)
 637         {
 638           AliESDtrack *track = esd->GetTrack(trackIndex->At(itr));
 639           track->SetEMCALcluster(cluster->GetID());
 640         }
 641     }
 642
 643
 644   //Fill ESDCaloCluster with PID weights
 645   AliEMCALPID *pid = new AliEMCALPID;
 646   //pid->SetPrintInfo(kTRUE);
 647   pid->SetReconstructor(kTRUE);
 648   pid->RunPID(esd);
 649   delete pid;
 650
 651   //Store EMCAL misalignment matrixes
 652   FillMisalMatrixes(esd) ;
 653
 654 }
 655
 656 //==================================================================================
 657 void AliEMCALReconstructor::FillMisalMatrixes(AliESDEvent* esd)const{
 658   //Store EMCAL matrixes in ESD Header
 659
 660   //Check, if matrixes was already stored
 661   for(Int_t sm = 0 ; sm < fGeom->GetNumberOfSuperModules(); sm++){
 662     if(esd->GetEMCALMatrix(sm)!=0)
 663       return ;
 664   }
 665
 666   //Create and store matrixes
 667   if(!gGeoManager){
 668     AliError("Can not store misal. matrixes: no gGeoManager! \n") ;
 669     return ;
 670   }
 671   //Note, that owner of copied marixes will be header
 672   const Int_t bufsize = 255;
 673   char path[bufsize] ;
 674   TGeoHMatrix * m = 0x0;
 675   for(Int_t sm = 0; sm < fGeom->GetNumberOfSuperModules(); sm++){
 676     snprintf(path,bufsize,"/ALIC_1/XEN1_1/SMOD_%d",sm+1) ; //In Geometry modules numbered 1,2,.,5
 677     if(sm >= 10 && !((fGeom->GetEMCGeometry()->GetGeoName()).Contains("12SMV1"))) snprintf(path,bufsize,"/ALIC_1/XEN1_1/SM10_%d",sm-10+1) ;
 678     if(sm >= 10 &&  ((fGeom->GetEMCGeometry()->GetGeoName()).Contains("12SMV1"))) snprintf(path,bufsize,"/ALIC_1/XEN1_1/SM3rd_%d",sm-10+1) ;
 679
 680     if (gGeoManager->CheckPath(path)){
 681       gGeoManager->cd(path);
 682       m = gGeoManager->GetCurrentMatrix() ;
 683       //                        printf("================================================= \n");
 684       //                        printf("AliEMCALReconstructor::FixMisalMatrixes(), sm %d, \n",sm);
 685       //                        m->Print("");
 686       esd->SetEMCALMatrix(new TGeoHMatrix(*m),sm) ;
 687       //                        printf("================================================= \n");
 688     }
 689     else{
 690       esd->SetEMCALMatrix(NULL,sm) ;
 691     }
 692   }
 693 }
 694
 695 //__________________________________________________________________________
 696 void AliEMCALReconstructor::ReadDigitsArrayFromTree(TTree *digitsTree) const
 697 {
 698   // Read the digits from the input tree
 699   // See AliEMCALClusterizer::SetInput(TTree *digitsTree);
 700
 701   // Clear previous digits in the list
 702   if(fgDigitsArr){
 703     fgDigitsArr->Clear("C");
 704   }
 705   else{
 706     // It should not happen, but just in case ...
 707     fgDigitsArr = new TClonesArray("AliEMCALDigit",100);
 708   }
 709
 710   // Read the digits from the input tree
 711   TBranch *branch = digitsTree->GetBranch("EMCAL");
 712   if (!branch) {
 713     AliError("can't get the branch with the EMCAL digits !");
 714     return;
 715   }
 716
 717   branch->SetAddress(&fgDigitsArr);
 718   branch->GetEntry(0);
 719 }
 720
 721 //==================================================================================
 722 Bool_t AliEMCALReconstructor::CalculateResidual(AliESDtrack *track, AliESDCaloCluster *cluster, Float_t &dEta, Float_t &dPhi)const
 723 {
 724   //
 725   // calculate the residual between track and cluster
 726   //
 727
 728   // If the esdFriend is available, use the TPCOuter point as the starting point of extrapolation
 729   // Otherwise use the TPCInner point
 730
 731   dEta = -999, dPhi = -999;
 732
 733   AliExternalTrackParam *trkParam = 0;
 734   const AliESDfriendTrack*  friendTrack = track->GetFriendTrack();
 735   if(friendTrack && friendTrack->GetTPCOut())
 736     trkParam = const_cast<AliExternalTrackParam*>(friendTrack->GetTPCOut());
 737   else
 738     trkParam = const_cast<AliExternalTrackParam*>(track->GetInnerParam());
 739   if(!trkParam) return kFALSE;
 740
 741   AliExternalTrackParam trkParamTmp (*trkParam);
 742   if(!AliEMCALRecoUtils::ExtrapolateTrackToCluster(&trkParamTmp, cluster, track->GetMass(kTRUE), GetRecParam()->GetExtrapolateStep(), dEta, dPhi)) return kFALSE;
 743
 744   return kTRUE;
 745 }
 746
 747 //
 748 //==================================================================================
 749 //
 750 AliEMCALReconstructor::AliEMCALMatch::AliEMCALMatch()
 751   : TObject(),
 752     fIndexT(-1),
 753     fDistance(-999.),
 754     fdEta(-999.),
 755     fdPhi(-999.)
 756 {
 757   //default constructor
 758
 759 }
 760
 761 //
 762 //==================================================================================
 763 //
 764 AliEMCALReconstructor::AliEMCALMatch::AliEMCALMatch(const AliEMCALMatch& copy)
 765   : TObject(),
 766     fIndexT(copy.fIndexT),
 767     fDistance(copy.fDistance),
 768     fdEta(copy.fdEta),
 769     fdPhi(copy.fdPhi)
 770 {
 771   //copy ctor
 772 }
 773 //_____________________________________________________________________
 774 AliEMCALReconstructor::AliEMCALMatch& AliEMCALReconstructor::AliEMCALMatch::AliEMCALMatch::operator = (const AliEMCALMatch &source)
 775 { // assignment operator; use copy ctor
 776   if (&source == this) return *this;
 777
 778   new (this) AliEMCALMatch(source);
 779   return *this;
 780 }
 781 //
 782 //==================================================================================
 783 //
 784 Int_t AliEMCALReconstructor::AliEMCALMatch::Compare(const TObject *obj) const
 785 {
 786   //
 787   // Compare wrt the residual
 788   //
 789
 790   AliEMCALReconstructor::AliEMCALMatch *that = (AliEMCALReconstructor::AliEMCALMatch*)obj;
 791
 792   Double_t thisDist = fDistance;//fDistance;
 793   Double_t thatDist = that->fDistance;//that->GetDistance();
 794
 795   if (thisDist > thatDist) return 1;
 796   else if (thisDist < thatDist) return -1;
 797   return 0;
 798 }